Αφηρημένο

Ιστορικό

Πολλοί άνδρες αναπτύσσουν ένα αυξανόμενο PSA μετά την αρχική θεραπεία για τον καρκίνο του προστάτη. Ενώ μερικοί από αυτούς τους άνδρες θα αναπτύξει ένα τοπικό ή μεταστατικό υποτροπή που δικαιολογεί περαιτέρω θεραπεία, άλλοι θα έχουν κανένα στοιχείο της εξέλιξης της νόσου. Υποθέσαμε ότι μια ομάδα βιοδεικτών έκφραση μπορεί να προβλέψει ποια άνδρες με την αύξηση του PSA θα επωφεληθούν από την περαιτέρω θεραπεία.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Ένα σχέδιο case-control χρησιμοποιήθηκε για να δοκιμαστεί η σύνδεση των γονιδίων έκφρασης με αποτέλεσμα. Συστημική (SYS) περιπτώσεις εξέλιξης ήταν άνδρες μετά από προστατεκτομή ο οποίος ανέπτυξε συστηματική πρόοδο μέσα σε 5 χρόνια μετά την PSA υποτροπή. PSA έλεγχοι εξέλιξη αντιστοιχήθηκαν οι άνδρες μετά από προστατεκτομή με την PSA υποτροπή, αλλά καμία απόδειξη της κλινικής εξέλιξης εντός 5 ετών. Χρησιμοποιώντας συστοιχίες έκφραση βελτιστοποιηθεί για εγκλεισμένο σε παραφίνη RNA ιστού, 1021 γονίδια σχετίζονται με τον καρκίνο αξιολογήθηκαν-συμπεριλαμβανομένων 570 γονίδια που εμπλέκονται στην πρόοδο του καρκίνου του προστάτη. συμπεριλήφθηκαν γονίδια από 8 έχουν αναφερθεί στο παρελθόν πάνελ δείκτη. Αναπτύχθηκε ένα συστημικό μοντέλο εξέλιξης που περιέχει 17 γονίδια. Το μοντέλο αυτό δημιουργείται μια AUC 0,88 (95% CI: 0,84 – 0,92). Παρόμοιες AUCs παρήχθησαν χρησιμοποιώντας 3 έχουν αναφερθεί στο παρελθόν πάνελ. Σε δευτερεύουσες αναλύσεις, το μοντέλο προέβλεψε τις παραμέτρους του θανάτου από καρκίνο του προστάτη (σε περιπτώσεις SYS) και η συστηματική εξέλιξη πάνω από 5 έτη (σε ελέγχους PSA) με αναλογίες κινδύνου 2.5 και 4.7, αντίστοιχα (p-τιμές log-rank του 0,0007 και 0,0005). Γονίδια αντιστοιχίζονται με 8q24 ήταν σημαντικά εμπλουτισμένη με το μοντέλο.

Συμπεράσματα /Σημασία

Ειδικά πρότυπα γονιδιακής έκφρασης είναι σημαντικά σχετίζονται με συστηματική εξέλιξη μετά PSA υποτροπή. Η μέτρηση του προτύπου έκφρασης του γονιδίου μπορεί να είναι χρήσιμη για τον προσδιορισμό των ανδρών μπορούν να επωφεληθούν από επιπλέον θεραπεία μετά PSA υποτροπή

Παράθεση:. Nakagawa Τ, Kollmeyer TM, Morlan BW, Άντερσον SK, Bergstralh EJ, Davis BJ, κ.ά. . (2008) Μια ιστών βιοδεικτών Panel Πρόβλεψη Συστηματική Εξέλιξη μετά PSA Υποτροπή μετά την Οριστική Καρκίνος του προστάτη θεραπεία. PLoS ONE 3 (5): E2318. doi: 10.1371 /journal.pone.0002318

Επιμέλεια: Anja-Katrin Bielinsky, Πανεπιστήμιο της Μινεσότα, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 27 Δεκεμβρίου του 2007? Αποδεκτές: 12 Μαρτίου, 2008? Δημοσιεύθηκε: May 28, 2008

Copyright: © 2008 Nakagawa et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η έρευνα υποστηρίχθηκε από το P50 CA91956 επιχορήγηση του καρκίνου του προστάτη Mayo SPORE από το ΝΙΗ, και το Ίδρυμα Richard M. Schulze Οικογένεια. Είναι επίσης υποστηρίζεται από το Τμήμα Μινεσότα Απασχόλησης και Οικονομικής Ανάπτυξης από το νομοθετικό πίστωσης του κράτους για την Μινεσότα εταιρικής σχέσης για τη βιοτεχνολογία και την ιατρική Genomics. Tohru Nakagawa υποστηρίχθηκε εν μέρει από μια επιχορήγηση-in-Ενισχύσεις για τον τρίτο όρο Περιεκτική 10-Year στρατηγική για τον έλεγχο του καρκίνου από το Υπουργείο Υγείας, Εργασίας και Πρόνοιας της Ιαπωνίας

συμφερόντων Ανταγωνιστικά:. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα.

Εισαγωγή

Η πλειοψηφία των ανδρών με καρκίνο του προστάτη είναι σήμερα διαγιγνώσκονται με καρκίνο που έχουν χαμηλό κίνδυνο αιτίας θνησιμότητα [1]. Αυτοί οι άνθρωποι συνήθως αντιμετωπίζονται με ριζική οπισθοηβική προστατεκτομή (RRP), την εξωτερική ακτινοθεραπεία, ή διάμεση βραχυθεραπεία και στη συνέχεια ακολουθείται από τακτικές αξιολογήσεις PSA στον ορό. Κατά τη διάρκεια της επόμενης περιόδου από 5 έως 10 χρόνια, 15-30% αυτών των ανδρών θα αναπτύξουν ένα αυξανόμενο PSA [2] – [6], που ορίζει ένα ταχύτατα αυξανόμενο πληθυσμό της μεγάλης σημασίας των κλινικών και τη δημόσια υγεία. Από αυτή την ομάδα υποτροπής PSA μερικοί άντρες θα έχουν τοπική υποτροπή ή να έχουν κλινικά ανιχνεύσιμη μετάσταση, αλλά πολλοί δεν θα έχει καμία άλλη ένδειξη υποτροπιάζουσας καρκίνου του προστάτη, εκτός από την αύξηση του PSA. Η PSA «διπλασιασμού του χρόνου» έχει αναγνωριστεί ως μια πιθανή υποκατάστατο για την αιτία συγκεκριμένες θνησιμότητα, και χρησιμοποιείται από ορισμένους γιατρούς να καθορίσει ποια άνδρες με PSA υποτροπή αξίζουν επικουρική ορμονική εκτομή, τοπική ακτινοθεραπεία, ή απλή παρατήρηση [4] – [6 ]. Βιοδείκτες που προβλέπουν ποιος από αυτούς τους άνδρες θα επωφεληθεί από οποιαδήποτε πρόσθετη θεραπεία χρειάζονται

κλίμακας μελέτες γονιδιακής έκφρασης Μεγάλες των καρκίνων του προστάτη του διαφορετικού βαθμού και το στάδιο έχουν πραγματοποιηθεί από αρκετές ομάδες [7] -. [16]. Αυτές οι μελέτες έκφρασης έχουν χρησιμοποιηθεί συστοιχίες που περιέχουν σύνολα ανιχνευτή έως 35.000 γονίδια. Αν και αυτές οι μελέτες είναι σημαντικές για την ανακάλυψη βιοδεικτών, αρκετές δυσκολίες εμποδίζουν τη μετάφρασή τους σε clincial ρύθμιση. Πρώτον, είναι πιθανό ότι οι μικρές πλάκες θα χρησιμοποιηθεί κλινικά. Δεύτερον, επειδή οι προηγούμενες μελέτες που απαιτούνται κατεψυγμένο υλικό, ο αριθμός των δειγμάτων που αναλύθηκαν ήταν περιορισμένη. Τρίτον, διότι κλινικές ανεπιθύμητες ενέργειες σε ασθενείς με καρκίνο του προστάτη απαιτεί χρονοβόρες follow-up, οι μέθοδοι ελέγχου πρέπει να εφαρμόζεται σε αρχειακό παραφίνη-ενσωματωμένες υλικό. Τέλος, καμία από τις προηγούμενες μελέτες επικεντρώθηκε στην ανάπτυξη ενός πίνακα βιοδείκτη για την πρόβλεψη του καρκίνου του προστάτη συστηματική εξέλιξη στη ρύθμιση της PSA υποτροπής.

Χρησιμοποιώντας το Mayo Clinic Ριζική οπισθοηβική προστατεκτομή (RRP) Μητρώο, σχεδιάσαμε ένα μελέτη ασθενών-μαρτύρων ένθετη να ελεγχθεί η υπόθεση ότι ένα περιορισμένο σύνολο των βιοδεικτών έκφρασης RNA μπορεί να προβλέψει ποια άνδρες με την αύξηση του PSA μετά Καταλόγου μπορούν να επωφεληθούν από επιπλέον κλινική παρέμβαση. Η DASL ™ πλατφόρμα μικροσυστοιχιών έκφραση Illumina επελέγη ως η μέθοδος μέτρησης των βιοδεικτών, επειδή μετρά την έκφραση του γονιδίου χρησιμοποιώντας στόχων ιστούς παραφίνης [17] – [19]. Χρησιμοποιώντας στοιχεία έκφρασης από τη βιβλιογραφία και προέρχονται από τη δική μας έρευνα πρόγραμμα αναπτύξαμε ένα περιορισμένο σύνολο δεικτών έκφρασης που πιθανότατα να μεταβληθεί σε σχέση με την εξέλιξη του καρκίνου του προστάτη. Ο πίνακας περιλαμβάνει επίσης βιοδείκτες έκφραση από διάφορα άλλα προγενέστερα δημοσιευθείσες πάνελ που συνδέονται με υποκατάστατα (υψηλή Gleason Score, υψηλή παθολογική στάδιο, ή μεταστατική νόσο) για επιθετικότητα του καρκίνου του προστάτη [12] – [16].

Αναφέρουμε ότι οι μετρήσεις array-based έδειξε εξαιρετική συσχέτιση με ποσοτικές μετρήσεις RT-PCR του RNA που παραφίνης που προέρχεται. Έχουμε επίσης την έκθεση εξαιρετική ενδο-array, μεταξύ συστοιχία και εντός-γονιδίου αναπαραγωγιμότητα. Στη συνέχεια περιγράφουμε τη δοκιμή και την επικύρωση της γονιδιακής έκφρασης πάνελ βιοδεικτών ιστού για την πρόβλεψη του καρκίνου του προστάτη συστηματική εξέλιξη μετά από μια αύξηση του PSA μετά από ριζική προστατεκτομή. Συγκρίνουμε την απόδοση των πάνελ μας με άλλες προηγουμένως δημοσιευθεί πάνελ. Τέλος, δείχνουμε ότι η υπερέκφραση των γονιδίων χαρτογραφηθεί στο χρωμόσωμα 8q24 ζώνη συνδέεται με τον καρκίνο του προστάτη συστηματική εξέλιξη.

Μέθοδοι

γονίδιο επιλογής και Array Σχεδιασμός για την DASL ™ Δοκιμασία

Δύο μικροσυστοιχίες έκφρασης DASL Illumina χρησιμοποιήθηκαν για τα πειράματα.

Το πρότυπο εμπορικά διαθέσιμο Illumina μικροσυστοιχιών έκφραση DASL (Cancer Panel ™ v1) που περιέχει 502 ογκογονίδια, ογκοκατασταλτικά γονίδια και τα γονίδια σε συνδεδεμένες οδούς τους. Εβδομήντα οκτώ από τους στόχους που εμφανίζονται στην εμπορική συστοιχίας έχουν συσχετιστεί με την εξέλιξη του καρκίνου του προστάτη.

Μια προσαρμοσμένη Illumina μικροσυστοιχία έκφραση DASL ™ που περιέχει 526 γονίδια στόχοι για RNAs, συμπεριλαμβανομένων γονιδίων των οποίων η έκφραση μεταβάλλεται σε συνδυασμό με την εξέλιξη του καρκίνου του προστάτη . Ανιχνευτές για το πάνελ έθιμο DASL® σχεδιάστηκαν και συντέθηκαν με Illumina, Inc. (San Diego, CA).

Τέσσερις διαφορετικές ομάδες γονιδίων επιθετικότητα του καρκίνου του προστάτη συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη (αν τα γονίδια δεν ήταν παρούσες στην σειρά του πίνακα του καρκίνου v1, είχαν συμπεριληφθεί στο σχεδιασμό του προσαρμοσμένου πίνακα):

Μαρκαδόροι της επιθετικότητας του καρκίνου του προστάτη που προσδιορίζονται από ένα Mayo /Πανεπιστήμιο της Μινεσότα εταιρικής σχέσης [20]: Τα προφίλ έκφρασης των 100 λέιζερ συλλαμβάνει μικροτομή βλάβες του καρκίνου του προστάτη και συμφωνημένα κανονικά και BPH αλλοιώσεις ελέγχου αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας Affymetrix HG-U133 Plus 2.0 μικροσυστοιχίες. Βαθμολογήθηκε καταλόγους σημαντικά υπερ- και υπο-εκφρασμένα γονίδια συγκρίνοντας 10 Gleason 5 και 7 μεταστατικών βλαβών σε 31 Gleason 3 βλάβες του καρκίνου παρήχθησαν. Οι κορυφαίοι 500 γονίδια σε αυτή τη λίστα συγκρίθηκαν με τις λίστες που δημιουργούνται από προηγούμενες μελέτες μικροσυστοιχιών έκφρασης και άλλες μελέτες δείκτης του καρκίνου του προστάτη (βλέπε 2-4 επόμενο). Μετά από αυτή την ανάλυση δεν υπήρχε χώρος για 204 νέους στόχους με δυνατότητες σύνδεσης με επιθετικό καρκίνο του προστάτη στο έθιμο συστοιχία.

Μαρκαδόροι σχετίζεται με την επιθετικότητα του καρκίνου του προστάτη από δημόσια διαθέσιμες σύνολα δεδομένων μικροσυστοιχιών έκφρασης (π.χ. ΕΖΗ2, AMACR, εψίνη, PRLz, PRL3): Όταν σχεδιάζαμε το φάσμα αρκετά μεγάλα σύνολα δεδομένων από τις 9 προηγούμενες μελέτες μικροσυστοιχιών του καρκίνου του προστάτη διαφόρων βαθμών και μεταστατικό δυναμικό [7] – [15] ήταν διαθέσιμα από το Oncomine ιστοσελίδα στο διαδίκτυο [21], [22], www.oncomine .org. Από διέταξε καταλόγους των εν λόγω δεδομένων επιλέξαμε 32 γονίδια για ένταξη στη συστοιχία

Προηγουμένως δημοσιεύονται δείκτες που σχετίζονται με την επιθετικότητα του καρκίνου του προστάτη (π.χ. PSMA, PSCA, Cav-1):. Δεδομένων των μικροσυστοιχιών έκφρασης έχει επίσης δημοσιευθεί. Αυτή η βιβλιογραφία αξιολογήθηκε για επιπλέον βιοδείκτες ιστού. Για παράδειγμα, κατά τη στιγμή της μελέτης συστοιχίας ήμασταν σε θέση να προσδιορίσει 13 υψηλής ποιότητας μελέτες μικροσυστοιχίας έκφραση της επιθετικότητας του καρκίνου του προστάτη (βλέπε πίνακες S1 και S2 για πλήρη κατάλογο αναφοράς). Επιπλέον, μεταξύ των 13 εκθέσεις, 5 χαρτιά παρουσιάζονται 8 πάνελ βιοδείκτη έκφραση για να προβλέψει τον καρκίνο του προστάτη επιθετικότητα [12] – [16]. Όταν κατάλληλους ανιχνευτές κατάλληλο για τη χημεία DASL θα μπορούσε να σχεδιαστεί για αυτές τις ομάδες που συμπεριλήφθηκαν στο έθιμο συστοιχία. Εμείς εντόπισε επίσης 12 άρθρα αναθεώρηση γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο του προστάτη. Τα κριτήρια αυτά οδήγησαν στην επιλογή των 150 γονιδίων.

Μαρκαδόροι που προέρχονται από την έρευνα Mayo σπορίων (συμπεριλαμβανομένων των γονιδίων και EST που χαρτογραφούνται στο 8q24). Ενενήντα τρεις επιπλέον βιοδείκτες εντοπίστηκαν (βλέπε πίνακες S1 και S2).

Η

Το έθιμο συστοιχία περιλαμβάνει επίσης σετ καθετήρα για 45 γονίδια που δεν αναμένεται να διαφέρουν μεταξύ υπόθεση και ομάδες ελέγχου με βάση την Mayo /Πανεπιστήμιο των δεδομένων Μινεσότα εταιρικής σχέσης. Τριάντα οκτώ από αυτά τα γονίδια ήταν επίσης παρόντες στην εμπορική σειρά (βλέπε πίνακες S1 και S2).

Μετά την απαρίθμηση του δυνητικά καρκίνο του προστάτη σχετικών γονιδίων στο εμπορικά διαθέσιμο πίνακα του καρκίνου 570 δυνητικά καρκίνο του προστάτη σχετικών γονιδίων και 451 άλλες γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο αξιολογήθηκαν και στις δύο σειρές.

Σχεδιασμός Φωλιά case-control μελέτη

Για την παρούσα μελέτη δείγμα ατόμων από το RRP Μητρώο Mayo Clinic. Το μητρώο αποτελείται από έναν πληθυσμό των ανδρών που έλαβαν προστατεκτομή ως πρώτη θεραπεία τους για τον καρκίνο του προστάτη στη Mayo Clinic (Για την τρέχουσα περιγραφή και τη χρήση του μητρώου? Βλέπε αναφορά [23]). Όπως συστηματική εξέλιξη είναι σχετικά σπάνια, σχεδιάσαμε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων ένθετα μέσα σε μια ομάδα ανδρών με μια άνοδο του PSA. Μεταξύ 1987-2001, χωρίς αποκλεισμούς, 9989 προηγουμένως ανεπεξέργαστων άνδρες είχαν RRP στη Mayo. Στη συνέχεια, 2.131 ανέπτυξαν μια άνοδο του PSA (& gt? 30 ημέρες μετά RRP) απουσία ταυτόχρονης κλινικής υποτροπής. αύξηση του PSA ορίστηκε ως συνέχεια PSA & gt? = 0.20 ng /ml, με την επόμενη PSA τουλάχιστον 0.05 ng /ml ή υψηλότερη από την έναρξη της θεραπείας για PSA επανάληψης (για ασθενείς των οποίων η παρακολούθηση PSA ήταν αρκετά υψηλή ώστε να χρήζει θεραπείας). Αυτή η ομάδα των 2.131 ανδρών περιλαμβάνει τη βασική ομάδα από την οποία επιλέχθηκαν περιπτώσεις SYS και οι έλεγχοι PSA.

Μέσα σε 5 χρόνια από την άνοδο της PSA, 213 άνδρες ανέπτυξαν συστηματική εξέλιξη (περιπτώσεις SYS), ορίζεται ως ένα θετικό σπινθηρογράφημα οστών ή CT σάρωση. Από αυτούς, 100 άνδρες υπέκυψαν σε καρκίνο του προστάτη-ειδικού θανάτου, 37 πέθαναν από άλλες αιτίες και 76 παραμένουν σε κίνδυνο.

έλεγχοι PSA υποτροπή (213) επιλέχθηκαν από εκείνα τα άτομα χωρίς συστηματική εξέλιξη εντός 5 ετών από την αύξηση του PSA και αντιστοιχήθηκαν (1: 1) για το έτος γέννησης, το ημερολογιακό έτος της αύξησης του PSA και της αρχικής διάγνωσης παθολογικών σκορ Gleason (& lt? = 6, 7+). Είκοσι από αυτούς τους άνδρες ανέπτυξαν συστηματική εξέλιξη υπερβαίνει τα 5 έτη μετά την αρχική άνοδο του PSA και 9 υπέκυψαν σε καρκίνο του προστάτη-ειδικό θάνατο.

Ένα σύνολο 213 Δεν ενδείξεις της νόσου (NED) έλεγχοι πρόοδο της νόσου ήταν επίσης επιλεγεί από το Mayo Clinic RRP Γραμματεία του 9989 άνδρες και χρησιμοποιείται για κάποιες συγκρίσεις. Οι έλεγχοι αυτοί είχαν Καταλόγου από την 1987-1998 χωρίς ενδείξεις αύξησης του PSA μέσα σε 7 χρόνια RRP. Το μεσαίο (25

ου, 75

ο εκατοστημόριο) παρακολούθηση από Προτεινόμενη τιμή ήταν 11,3 (9,3, 13,8) έτη. Οι NED μάρτυρες ταιριάζουν με τις περιπτώσεις συστημικών εξέλιξη για τη γέννηση ετών, το ημερολογιακό έτος της RRP και την αρχική διαγνωστική Σκορ Gleason. Μηχανογραφημένη βέλτιστη αντιστοίχιση έγινε για να ελαχιστοποιηθεί το συνολικό «απόσταση» μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων σε σχέση με το άθροισμα της απόλυτης διαφοράς μεταξύ των παραγόντων που ταιριάζουν [24].

Η παρούσα μελέτη εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο Institutional Review της Mayo Clinic.

Αποκλεισμός Ταυτοποίηση, Απομόνωση RNA και Ανάλυση έκφρασης

Ο κατάλογος των 639 περιπτώσεων και ελέγχων ήταν τυχαία. Έγινε προσπάθεια να εντοπίσει όλα τα διαθέσιμα μπλοκ (συμπεριλαμβανομένων προφανώς φυσιολογικών και μη φυσιολογικών λεμφαδένες) από την τυχαιοποιημένη κατάλογο των 639 επιλέξιμων περιπτώσεων και ελέγχων. Η διατήρηση της τυχαίας επιλογής, κάθε διαθέσιμο μπλοκ αξιολογήθηκε ως προς την περιεκτικότητα των ιστών κατά την εξέταση από την παθολογία και το μπλοκ που περιέχει το κυρίαρχο Gleason καρκίνου πρότυπο επιλέχθηκε για την απομόνωση του RNA.

Τέσσερις φρεσκοκομμένο τμήματα 10μm των FFPE ιστού αποπαραφινοποιήθηκαν και το Gleason κυρίαρχη εστίαση καρκίνου macrodissected. RNA εξήχθη χρησιμοποιώντας το υψηλής καθαρότητας Κιτ RNA παραφίνης από τη Roche (Indianapolis, IN). Το RNA ποσοτικά με τη χρήση ND-1000 φασματοφωτόμετρο από NanoDrop Technologies (Wilmington, DE). Τα RNA, συμπεριλαμβανομένων των ενδο-πλάκα και μεταξύ των πλακών των επαναλήψεων, διανεμήθηκαν σε 96-φρεατίων στην τυχαία σειρά για την ανάλυση DASL.

RNA δείγματα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία, σε υβριδισμό με Sentrix Οικουμενικής 96 Πίνακες, σαρώνονται χρησιμοποιώντας BeadArray Reader, και τα δεδομένα αρχικά σε επεξεργασία σε BeadStudio σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. δεδομένων των μικροσυστοιχιών είναι διαθέσιμη από τη βάση δεδομένων GEO (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/αριθμός ένταξη GSE10645).

Για να αξιολογηθεί η ακρίβεια των επιπέδων έκφρασης των γονιδίων που ορίζεται από την τεχνολογία DASL , πραγματοποιήσαμε ποσοτική SYBR Green RT-PCR αντιδράσεις για 9 επιλεγμένων γονιδίων «στόχος» (Cdh1, MUC1, VEGF, IGFBP3, ERG, TPD52, YWHAZ, FAM13C1, και Σελίδα4) και 4 που χρησιμοποιούνται συνήθως γονίδια ενδογενούς ελέγχου (GAPDH, Β2Μ, PPIA και RPL13a) σε πλάκες 384-καλά, με τη χρήση των μέσων Prism 7900HT (Applied Biosystems, Foster City, CA). 210 δείγματα RNA με άφθονη RNA από την ομάδα των συνολικών 639 ασθενείς αναλύθηκαν. Λόγω της έλλειψης RNA, μόνο 77 δείγματα αναλύθηκαν για Σελίδα4. Το mRNA μεταγράφηκε αντίστροφα με SuperScript III First Strand Synthesis SuperMix (Invitrogen, Carlsbad, CA) με τη χρήση τυχαίων εξαμερών. Για κάθε ένα από τα εννέα γονίδια που μελετήθηκαν, το όριο κύκλου (Ct) προσδιορίστηκε εις τριπλούν και η έκφραση ομαλοποιήθηκε σε σχέση με το σύνολο των τεσσάρων γονιδίων αναφοράς.

Παθολογία κριτική

Η Gleason σκοράρει το Μητρώο Mayo Clinic Καταλόγου ορίστηκε ως η αρχική βαθμολογία Gleason. Επειδή υπήρξαν αλλαγές στην παθολογική ερμηνεία της βαθμολογίας Gleason την πάροδο του χρόνου, μια ενιαία παθολόγος (JCC) αναθεώρησε το σκορ Gleason καθενός από τα μπλοκ που έχουν επιλεγεί για την ανάλυση της έκφρασης. Αυτή η κλινική μεταβλητή ορίστηκε ως η αναθεωρημένη σκορ Gleason.

Στατιστική Μεθοδολογία

Η συλλογή των δεδομένων γονιδιακής έκφρασης επιχειρήθηκε για τους 623 ασθενείς, όπως περιγράφεται στα αποτελέσματα. Από αυτούς, υπήρχαν 596 (n

SYS = 200, n

PSA = 201, n

NED = 195) ασθενείς για τους οποίους τα δεδομένα συλλέχθηκαν, τα υπόλοιπα έχουν αποτύχει σε μία ή και τις δύο πλάκες έκφρασης όπως περιγράφεται στο αποτελέσματα. Για να εξασφαλιστεί η επιλογή παρόμοια σύνολα κατάρτισης και επικύρωσης, επιλέχθηκαν 100 ομάδες ασθενών-μαρτύρων ελέγχου αποτελείται από 133 ασθενείς τυχαία επιλεγμένων SYS (τα δύο τρίτα των 200 για την εκπαίδευση) μαζί με συμφωνημένα PSA τους και NED ελέγχους ως προτεινόμενο σύνολο εκπαίδευσης. Οι υπόλοιπες περιπτώσεις και έλεγχοι αντιμετωπίζεται ως προτεινόμενο σύνολο επικύρωσης. Οι κλινικές μεταβλητές εξετάστηκαν για την ανεξαρτησία μεταξύ της προτεινόμενης κατάρτισης και σύνολα επικύρωσης χωριστά εντός των περιπτώσεων SYS και οι έλεγχοι PSA. Διακριτά κλινικούς παράγοντες (παθολογική στάδιο, ορμονική θεραπεία ανοσοενισχυτικό για να RRP, θεραπεία ακτινοβολίας ανοσοενισχυτικό για να RRP, ορμονική επικουρική θεραπεία για PSA επανάληψη, και ακτινοθεραπεία ανοσοενισχυτικό για PSA επανάληψη) ελέγχθηκαν χρησιμοποιώντας ανάλυση Chi-square. Συνεχής κλινικές μεταβλητές (σκορ Gleason (αναθεωρημένο), ηλικία κατά την PSA επανάληψης, πρώτη αυξανόμενη αξία του PSA, δεύτερη αυξανόμενη αξία του PSA, και η κλίση PSA) εξετάστηκαν χρησιμοποιώντας Wilcoxon rank ποσό. Έξι από τα εκατό τυχαία δείγματα σύνολα απέτυχε να δείξει την εξάρτηση για οποιαδήποτε από τις κλινικές μεταβλητές σε επίπεδο 0,2, και το πρώτο από αυτά επιλέχθηκε ως σύνολο εκπαίδευσης: 391 ασθενείς (n

SYS = 133, n

PSA = 133, n

NED = 125). Αυτό προορίζεται 205 ασθενείς για το σύνολο επικύρωσης (n

SYS = 67, n

PSA = 68, n

NED = 70).

Τα ανεπεξέργαστα δεδομένα από BeadStudio ομαλοποιήθηκε χρησιμοποιώντας κυκλική loess (fastlo) [25].

Τα δεδομένα εκπαίδευσης αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας τυχαία δάση [26] χρησιμοποιώντας Ε έκδοση 2.3.1 (https://www.r-project.org) και randomForest έκδοση 4,5 έως 16 ( https://stat-www.berkeley.edu/users/breiman/RandomForests). Τα δεδομένα αναλύθηκαν με πάνελ (Καρκίνος, Προσαρμοσμένη και συγχωνεύτηκαν, όπου Συγχωνεύεται ήταν τα δεδομένα του Καρκίνου και Custom αντιμετωπίζεται ως ενιαία σειρά). Με τον έλεγχο του

ntree

παράμετρος της συνάρτησης randomForest διαπιστώσαμε ότι 4000 τυχαία δάση ήταν αρκετή για να δημιουργήσει μια σταθερή λίστα των δεικτών. Οι κορυφαίοι δείκτες, όπως ταξινομηθεί για σημασία από το πρόγραμμα randomForest συνδυάστηκαν με διάφορους συνδυασμούς των κλινικών μεταβλητών χρησιμοποιώντας λογιστική πρόγραμμα παλινδρόμησης R (GLM () με την οικογένειά = δυαδικό (α λογιστικό μοντέλο), όπου GLM αναφέρεται σε γενικευμένο γραμμικό μοντέλο). Η προκύπτουσα συνάρτηση βαθμολόγησης στη συνέχεια αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας Χαρακτηριστική μεθόδους Receiver Operating (ROC) και το cut-off επελέγη που υποτίθεται ίση ποινή για ψευδή θετικά και ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα. Μια ανασκόπηση των μοντέλων επιτρέπεται ένα υποσύνολο των δεικτών που πρέπει να εντοπιστεί, και ένα υποσύνολο της υποστήριξης κλινικών δεδομένων που προσδιορίζονται. Ο αριθμός των χαρακτηριστικών του μοντέλου καθορίστηκε από την άδεια 1/3 από το Μόντε Κάρλο Cross Validation (MCCV) χρησιμοποιώντας 100 επαναλήψεις. επιλεγμένα Ο αριθμός των χαρακτηριστικών ήταν η μεγιστοποίηση AUC και την ελαχιστοποίηση τυχαία μεταβολή στο μοντέλο. Το τελικό μοντέλο εφαρμόστηκε στη συνέχεια στο 391 σύνολο των ασθενών εκπαίδευση και στο σύνολο των ασθενών επικύρωση διατηρούνται 205. Για σύγκριση, άλλα μοντέλα έκφρασης γονιδίων έχουν αναφερθεί στο παρελθόν δοκιμάστηκαν επίσης ενάντια στα σύνολα κατάρτισης και επικύρωσης [12] – [16].

Συγκρίναμε τα προηγουμένως αναφερθέντα μοντέλα για την ταξινόμησή τους των ασθενών στην γνωστή ελέγχου επανάληψη PSA και SYS ομάδες περίπτωση εξέλιξης. Χρησιμοποιήσαμε V-στατιστική της του Cramer [27] για να συγκρίνουν τα μοντέλα.

Αποτελέσματα

Μελέτη /παραφίνης Block Ανάκτηση /RNA Απομόνωση και έκφραση Panel επιτυχία

Εν συντομία, ένα ένθετο μελέτη ασθενών-μαρτύρων πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το μεγάλο, καλά καθορισμένη ομάδα των ανδρών με την αύξηση του PSA μετά από Προτεινόμενη τιμή (Σχήμα S1). περιπτώσεις SYS ήταν 213 άνδρες που ανέπτυξε συστηματική εξέλιξη μεταξύ 90 ημερών και 5,0 χρόνια μετά την άνοδο του PSA. έλεγχοι PSA ήταν ένα τυχαίο δείγμα 213 άνδρες που ήταν πέντε χρόνια μετά Καταλόγου με την PSA υποτροπή, αλλά χωρίς ενδείξεις περαιτέρω κλινικής εξέλιξης. NED έλεγχοι ήταν ένα τυχαίο δείγμα 213 ανδρών που ήταν εφτά χρόνια μετά Καταλόγου χωρίς αύξηση του PSA (τη σύγκριση των ελέγχων PSA με NED Controls-θα παρουσιαστεί σε επόμενη χαρτί). περιπτώσεις SYS και οι έλεγχοι PSA αντιστοιχήθηκαν (1: 1) για το έτος γέννησης, το ημερολογιακό έτος της αύξησης του PSA, και η αρχική παθολογική σκορ Gleason (& lt? = 6 εναντίον & gt? = 7). Ο κατάλογος των επιλέξιμων περιπτώσεων και ελέγχων ήταν randomizeed για τυφλούς διαπίστωση του μπλοκ, την απομόνωση του RNA και την απόδοση των πειραμάτων σειρά έκφρασης.

Ο Πίνακας 1 συνοψίζει την κατανομή των κλινικών παραμέτρων μεταξύ των περιπτώσεων SYS και το PSA και NED ομάδες ελέγχου. Δεν υπήρχε σημαντική διαφορά μεταξύ των ομάδων για τις μεταβλητές που ταιριάζουν (δεν υπήρχε σημαντική διαφορά στην αρχική διαγνωστική σκορ Gleason, όταν η & lt? = 6 και & gt? κριτήρια-οι 7 ομάδες-η αντίστοιχη σύγκριση). Σύγκριση της αρχικής διάγνωσης σκορ Gleason με τα αναθεωρημένα Gleason αποτελέσματα αποκάλυψαν ότι Gleason βαθμολογίες έχουν αυξηθεί την πάροδο του χρόνου. Επιπλέον, το ποσοστό των Gleason 8-10 όγκοι αυξήθηκαν σύγκριση NED ελέγχει τους ελέγχους PSA και PSA ελέγχει τις περιπτώσεις SYS. Το αναθεωρημένο σκορ Gleason χρησιμοποιήθηκε σε όλα τα μοντέλα βιοδεικτών.

Η

Εντοπίστηκαν Όλα παραφίνη-ενσωματωμένες τετράγωνα από επιλέξιμες άνδρες και κάθε μπλοκ που συμμετείχαν στην έρευνα για τον ιστό του παρόντος (πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας Gleason καρκίνου περιοχές, κανονική και μεταστατικούς λεμφαδένες, κτλ). Εμείς macrodissected την κυρίαρχη περιοχή μοτίβο Gleason και προσπάθησαν να απομονώσουν RNA. Illumina Panel Καρκίνος ™ και αναλύσεις σειρά πάνελ καρκίνο DASL έθιμο του προστάτη στη συνέχεια πραγματοποιήθηκαν σε όλα τα δείγματα RNA. Το τμήμα Μέθοδοι και Πίνακες S1 & amp? S2 περιγράφουν τη σύνθεση της ομάδας του Καρκίνου και το σχεδιασμό του εθίμου πίνακα.

Ο Πίνακας 2 συνοψίζει την τελική διαθεσιμότητα μπλοκ, το ποσοστό επιτυχίας απομόνωση RNA και τα ποσοστά επιτυχίας της έκφρασης αναλύσεις συστοιχίας. Από τους 639 ασθενείς που μπορούν, μπλοκ ήταν διαθέσιμα σε 623 (97,5%). RNA απομονώθηκε και αναλύσεις DASL πραγματοποιηθεί με επιτυχία σε ένα υψηλό ποσοστό των ασθενών /δειγμάτων: χρησιμοποιήσιμο RNA παρασκευάστηκε από όλα τα 623 τεμάχια, και η ομάδα του Καρκίνου και προσαρμοσμένες πάνελ συστοιχίες DASL ήταν τόσο επιτυχής (μετά την επανάληψη κάποια δείγματα-βλέπε παρακάτω) σε 596 RNA δείγματα (95,7% των RNAs? 93,3% των ασθενών της μελέτης). Μόνο 9 (1,4%) δείγματα RNA απέτυχε δύο πίνακες. Ο πρωταρχικός λόγος για αυτές τις αποτυχίες ήταν κακή ποιότητα RNA-όπως μετράται με qRT-PCR της έκφρασης γονιδίου RPL13a [19]. Από τα 1246 αρχικά δείγματα τρέχουν στις δύο πάνελ, 87 (7,0%) απέτυχε δείγματα. Τα εν λόγω δείγματα για τα οποία δεν υπήρχε υπολειμματική RNA επαναλήφθηκαν με ένα ποσοστό επιτυχίας 77,2% (61 από 79 δείγματα).

Η

Ανάλυση έκφρασης Επαναληψιμότητα

Επαναληπτικές αποτελέσματα της ανάλυσης (Σχήμα S2), οι συγκρίσεις RT-PCR (Σχήμα S3) και δια- και ενδο-πάνελ συγκρίσεις γονιδιακής έκφρασης που περιγράφεται στο Αποτελέσματα S1.

συγκεκριμένα αποτελέσματα γονιδιακής έκφρασης Συγκρίνοντας τη συστημική εξέλιξη Κοόρτεις με την PSA υποτροπή και δεν υπάρχουν στοιχεία εξέλιξης Κοόρτεις

μονοπαραγοντική αναλύσεις από το γονίδιο.

Επειδή ο προσδιορισμός DASL φάνηκε να δημιουργήσει ακριβή και επαναλήψιμα αποτελέσματα, τα στοιχεία array εξετάστηκε για τα γονίδια των οποίων η έκφραση ήταν σημαντικά μεταβληθεί όταν οι υποθέσεις SYS συγκρίθηκαν με τους ελέγχους PSA . Για την αρχική αυτή την ανάλυση, η τιμή γονιδιακή έκφραση DASL προσδιορίστηκε να είναι ο μέσος όρος των up-to-τρεις ανιχνευτές για κάθε γονίδιο σε κάθε παράταξη. Κατά την μονοπαραγοντική ανάλυση (δύο ουρά t-test) των κανονικοποιημένων δεδομένων καθετήρα-κατά μέσο όρο και fastlo [25], 68 γονίδια ήταν πολύ σημαντικά υπερ- ή υπο-εκφράζεται σε περιπτώσεις SYS έναντι των ελέγχων PSA (p & lt? 9,73 × 10

-7, Bonferroni διόρθωσης για την p & lt? 0.001) (Πίνακας 3). Εκατόν είκοσι έξι γονίδια ήταν σημαντικά υπερ- ή υπο-εκφράζεται σε περιπτώσεις SYS έναντι των ελέγχων PSA (p & lt? 4,86 ​​× 10

-5, διόρθωση Bonferroni για την P & lt? 0,05). Πίνακας S3 παρέχει την πλήρη λίστα γονίδιο εντολή p-value. Το Σχήμα 1 απεικονίζει εννέα γονίδια με σημαντικά διαφορετική έκφραση στις περιπτώσεις SYS και ελέγχων PSA.

P-τιμές είναι (t-test) για τη σύγκριση SYS υπόθεση /έλεγχος PSA δείχνονται. Περιλαμβάνονται επίσης οι έλεγχοι χωρίς ενδείξεις υποτροπής της νόσου (NED).

Η

Συστηματική εξέλιξη πρόβλεψη του μοντέλου ανάπτυξης και δοκιμής σε ένα σύνολο εκπαίδευσης.

Ένα στατιστικό μοντέλο για να προβλέψει συστηματική εξέλιξης (με και χωρίς κλινικές μεταβλητές) χρησιμοποιώντας ένα σύνολο εκπαίδευσης αναπτύχθηκε χρησιμοποιώντας τυχαία δάση [21] και της λογιστικής παλινδρόμησης όπως περιγράφεται στις μεθόδους. Τα δεδομένα εκπαίδευσης αναλύθηκαν με πάνελ (καρκίνος, έθιμο και συγχωνεύονται), από το γονίδιο (ο μέσος όρος έκφρασης όλων των γονιδίων-ειδικούς ανιχνευτές), και από μεμονωμένους ανιχνευτές. Στον Πίνακα 4 παρατίθενται τα 15 γονίδια και 2 επιμέρους ανιχνευτές που έχουν επιλεγεί για το τελικό μοντέλο.

Η

Πίνακας 5 και Σχήμα 2Α συνοψίσει τις περιοχές κάτω από την καμπύλη (καμπύλη AUC) για τρία κλινικά μοντέλα, η τελική 17 γονίδιο /καθετήρα οι συνδυασμένες μοντέλα κλινική ανιχνευτή μοντέλο και. Οι μεταβλητές στα κλινικά μοντέλα (Πίνακας 6) βασίστηκαν στα διαθέσιμα κλινικά στοιχεία. Κλινική υπόδειγμα Α περιλαμβάνονται αναθεωρημένα σκορ Gleason και παθολογικές στάδιο (πληροφορίες που διατίθενται αμέσως μετά RRP). Η προσθήκη των διαγνωστικών PSA και την ηλικία κατά τη χειρουργική επέμβαση δεν προσθέτουν σημαντικά στην AUC και έμεινε έξω από αυτό το μοντέλο (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Κλινικό μοντέλο Β προστίθεται ηλικία κατά τη χειρουργική επέμβαση, η προεγχειρητική τιμή PSA, καθώς και κάθε πρόσθετο ή ορμονική θεραπεία εντός 90 ημερών από την RRP (πληροφορίες που διατίθενται μετά Καταλόγου αλλά πριν PSA υποτροπή). Κλινικό μοντέλο C προστίθεται ηλικία κατά την υποτροπή του PSA, το δεύτερο επίπεδο του PSA κατά τη στιγμή της PSA υποτροπής, και η κλίση PSA (πληροφορίες που διατίθενται κατά τη στιγμή της PSA υποτροπής).

Α. Η εκπαίδευση που AUCs για τρεις κλινικά μοντέλα, το τελικό μοντέλο 17 γονίδιο /καθετήρα και το συνδυασμένο μοντέλο /ανιχνευτή κλινική /17 γονίδιο. B. Η επικύρωση που AUCs για τρεις κλινικά μοντέλα, το τελικό μοντέλο 17 γονίδιο /καθετήρα και το συνδυασμένο μοντέλο /ανιχνευτή κλινική /17 γονίδιο. C. Η εκπαίδευση που AUCs της 4ης προηγουμένως αναφερθεί μοντέλα γονιδιακής έκφρασης της επιθετικότητας του καρκίνου του προστάτη σε σύγκριση με την κλινική μοντέλο μόνος C και με το μοντέλο /ανιχνευτών 17 γονίδιο. Δ Η επικύρωση που AUCs των 4 έχουν αναφερθεί στο παρελθόν μοντέλα γονιδιακής έκφρασης της επιθετικότητας του καρκίνου του προστάτη σε σύγκριση με την κλινική μοντέλο μόνοι C και με το μοντέλο /καθετήρα 17 γονίδιο. Για την επεξήγηση των κλινικών μοντέλων βλέπε πίνακα 6. (Ε και F) Μια σύγκριση των AUC κατάρτισης και σύνολο επικύρωσης για κάθε μοντέλο. Ε AUCs του κάθε ένα από τα μοντέλα του γονιδίου /ανιχνευτή μόνο. ΣΤ AUCs καθενός από τα μοντέλα του γονιδίου /καθετήρα με τη συμπερίληψη των κλινικών μοντέλο Γ

Η

Η

Χρησιμοποιώντας το σύνολο εκπαίδευσης, κλινική υποδείγματα Α, Β και Γ μόνο είχε καμπύλη AUC του 0.74 (95% CI 0,68 – 0,80), 0,76 (95% CI 0,70 – 0,82) και 0,78 (95% CI 0,73 – 0,84), αντίστοιχα. Το μοντέλο /ανιχνευτής 17 γονιδίου και μόνο είχε AUC 0,85 (95% CI 0,81-0,90). Όταν συνδυάζεται με το μοντέλο /καθετήρα 17 γονίδιο, κλινική υποδείγματα Α, Β, και Γ είχαν AUCs 0,86 (95% CI 0,81-0,90), 0,87 (95% CI 0,83-0,91) και 0,88 (95% CI 0,84 – 0,92) , αντίστοιχα. Δοκιμάσαμε επίσης ένα μοντέλο 19 γονίδιο που προστίθενται TOP2A και survivin (BIRC5) με το μοντέλο γονίδιο /ανιχνευτή the17. Η προσθήκη αυτών των δύο γονιδίων δεν βελτίωσε την πρόβλεψη της συστηματικής εξέλιξης στο σύνολο εκπαίδευσης (τα δεδομένα δεν φαίνονται)

επιλέχθηκαν Οι συστοιχίες να περιλαμβάνουν σύνολα ανιχνευτή για αρκετές προηγουμένως δημοσιευθέντα μοντέλα επιθετικότητα του προστάτη [12] -. [ ,,,0],16]. Ο Πίνακας 5 συνοψίζει τα αποτελέσματα AUCs για έκφραση συστοιχία για τα μοντέλα αυτά βιοδείκτη. Σχήμα 2C απεικονίζει τις AUCs για τέσσερα από αυτά τα μοντέλα με την κατάλληλη σύγκριση με τις κλινικές μοντέλο C και με το μοντέλο /καθετήρα 17 γονίδιο. Κάθε ένα από αυτά τα μοντέλα που παράγονται AUCs που ήταν μικρότερο από το μοντέλο που αναπτύξαμε. Ωστόσο, αρκετές από τα μοντέλα που παράγονται AUCs (π.χ. το Lapointe et al. 2004 επανάληψης, Υυ et al. 2004, και Singh et al. Μοντέλα 2002) που ήταν μέσα ή κοντά στο 95% των ορίων εμπιστοσύνης των AUC εκτιμήσεις σετ εκπαίδευσης μας.

Δοκιμές μοντέλα για την επικύρωση set.

στη συνέχεια, εφαρμόστηκε το μοντέλο 17 γονίδιο /καθετήρα και τα άλλα προηγουμένως δημοσιευθεί μοντέλα στην reserved 205 σύνολο επικύρωσης του ασθενούς (Εικόνες 2Β και 2D). Σχήμα 2Ε συγκρίνει το σύνολο εκπαίδευσης και επικύρωσης που AUCs του κάθε ένα από τα μοντέλα του γονιδίου /ανιχνευτή. Με την εξαίρεση της Glinsky et al. 2004 Υπογραφή 1, όλα τα μοντέλα γονιδιακής /καθετήρα είχαν σημαντικά χαμηλότερες τιμές AUC στο σύνολο επικύρωσης σε σχέση με το σύνολο εκπαίδευσης. Σχήμα 2F συγκρίνει την εκπαίδευση και την επικύρωση που AUCs καθενός από τα μοντέλα του γονιδίου /καθετήρα συμπεριλαμβανομένης της κλινικής μοντέλο C. Αν και το μοντέλο 17 γονίδιο /καθετήρα και τρία από τα προηγούμενα δημοσιευθεί μοντέλα (η LaPointe et al. 2004 υποτροπής, Yu et al. 2004 και Glinsky et al. 2005 μοντέλα) ξεπέρασε το κλινικό μοντέλο και μόνο, οι τιμές AUC ήταν σημαντικά χαμηλότερη στο σύνολο επικύρωσης σε σχέση με το σύνολο εκπαίδευσης.

σύγκριση επίσης τα μοντέλα για την ταξινόμησή τους ασθενείς στο γνωστό PSA υποτροπή έλεγχο και την περίπτωση της εξέλιξης SYS ομάδες. Πίνακας S4 συνοψίζει V-στατιστική της του Cramer [27] από τα διάφορα μοντέλα, και περιλαμβάνει μια τέλεια προγνωστικός ( «αλήθεια») μοντέλο για την άμεση αξιολόγηση των μοντέλων. Εν συντομία, V-στατιστική της Cramér κυμάνθηκε 0,38 έως 0,70. V-στατιστική τη χαμηλότερη Cramér ήταν μεταξύ την πραγματική κατάσταση (τέλεια πρόβλεψη) και το Glinsky et al. 2005 μοντέλο με τα κλινικά δεδομένα. Η αξία του υψηλότερου του Cramer V ήταν το μοντέλο του ανιχνευτή μας 17 γονιδίου και /Singh et al. μοντέλο 2002, και οι δύο με κλινικά δεδομένα. Τα περισσότερα από τα μοντέλα που κατατάσσονται στους ίδιους ασθενείς στις γνωστές ομάδες (π.χ. θεωρηθεί ότι ένας ασθενής στην ομάδα ελέγχου PSA ως επανάληψη PSA και έναν ασθενή στην ομάδα περίπτωση SYS ως συστημικό εξέλιξη). Μπορούν επίσης έτειναν να ταξινομήσει εσφαλμένα τα ίδια ασθενείς (π.χ. θεωρηθεί ότι ένας ασθενής στην ομάδα ελέγχου PSA ως μια συστηματική εξέλιξη και το αντίστροφο). Το μοντέλο /ανιχνευτής 17 γονίδιο που ταξινομούνται σωστά 5-15 περισσότερους ασθενείς σε γνωστή κατηγορία τους (έλεγχοι PSA ή περιπτώσεις SYS) σε σύγκριση με τα άλλα μοντέλα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Δευτεροβάθμια Αναλύσεις

Διερευνητική μελέτες επιβίωσης.

Όπως σημειώθηκε παραπάνω, το μοντέλο 17 γονίδιο /ανιχνευτή και τα προηγουμένως αναφερθέντα μοντέλα κάθε ταξινομούνται ορισμένες από τις περιπτώσεις SYS στην κατηγορία καλή έκβαση (π.χ. να είναι υποτροπές PSA, δεν συστημική εξελικτικούς) και ορισμένα από οι έλεγχοι PSA στην κακή κατηγορία αποτελέσματος (π.χ. για να πάει για να συστηματική εξέλιξη). Ήμασταν περίεργος να μάθω αν αυτά τα φαινόμενα ψευδείς ταξινομήσεις είχε καμία βιολογική ή κλινική σημασία.

Δεκαεπτά άνδρες στην ομάδα ελέγχου PSA (ο οποίος είχε τόσο πίνακα και τα δεδομένα των κλινικών μοντέλο C) πήγε για να υπάρξει συστηματική εξέλιξη πάνω από 5 έτη κατά το χρόνο της τελευταίας παρακολούθησης. Από αυτούς τους 17 ασθενείς, 9 είχαν προβλέψει να έχουν μια κακή έκβαση από το μοντέλο /καθετήρα 17 γονίδιο. Από τους 179 ασθενείς, οι οποίοι δεν έχουν καμία συστηματική πρόοδο, 38 ταξινομήθηκαν στην κακή κατηγορία αποτελέσματος από το μοντέλο (p value = 0.0066, Fisher exact test). Σχήμα 3Α απεικονίζει την συστηματική επιβίωση χωρίς εξέλιξη για το καλό και των φτωχών ομάδων έκβαση των ελέγχων PSA. έλεγχοι PSA με έναν όγκο που ταξινομούνται όπως έχοντας μια κακή έκβαση είχαν σημαντικά αυξημένο κίνδυνο για την ανάπτυξη συστηματική εξέλιξη πάνω από 5 έτη (log p-value rank = 0,00050) (HR = 4,7, 95% CI: 01.08 – 12.01).

Α) Συστημικές επιβίωση χωρίς εξέλιξη για τους ασθενείς που κατατάσσονται στην κακή κατηγορία αποτελέσματος και για εκείνους στην καλή κατηγορία αποτελέσματος στην ομάδα-17 μοντέλο γονίδιο /ανιχνευτή ελέγχου PSA. Β) Καρκίνος του προστάτη-ειδική συνολική επιβίωση για τους ασθενείς που κατατάσσονται στην κακή κατηγορία αποτελέσματος και για εκείνους στην καλή κατηγορία αποτελέσματος στην ομάδα-17 μοντέλο γονίδιο /ανιχνευτή περίπτωση SYS.