Αφηρημένο

Η γκάμα Taihang βουνό της βόρειο-κεντρική Κίνα, η Νότια περιοχή περιοχή της επαρχίας Φουτζιάν, και η Chaoshan πεδιάδα της επαρχίας Γκουανγκντόνγκ είναι 3 μεγάλες περιοχές στην Κίνα γνωστή για την υψηλή συχνότητα εμφάνισης τους οισοφαγικού καρκίνου (ΕΚ). Οι περιοχές αυτές παρουσιάζουν επίσης υψηλή συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του στομάχου καρδιακή (GCC). Οι πρόγονοι του Chaoshanese, τώρα οι μεγάλες κατοίκους στην πεδιάδα Chaoshan, ήταν από βόρεια-κεντρική Κίνα. Υποθέσαμε ότι η ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου ασθενείς σε Chaoshan περιοχές μοιράζονται μια κοινή καταγωγή με τους ασθενείς Taihang βουνό. Αναλύσαμε 16 Ανατολικής Ασίας-ειδικό Υ-χρωμοσώματος διαλληλικών δεικτών (πολυμορφισμοί μονού νουκλεοτιδίου? Υ-SNPs) και 6 Υ-χρωμοσώματος σύντομη διαδοχική επανάληψη (Y-STR) θέσεις σε 72 ΕΚ και 48 ασθενείς GCC από Chaoshan και 49 ΕΚ και 63 ΣΣΚ ασθενείς από την περιοχή Taihang βουνό. Έχουμε, επίσης, σε σύγκριση με τα δεδομένα για 32 Chaoshan Hakka άτομα και 24 μέλη της μειονότητας αυτόχθονες Εκείνη που ζουν κοντά στην περιοχή Chaoshan. Η ανάλυση έγινε με τη διανομή συχνότητας και κύρια συνιστώσα, η συσχέτιση και η ιεραρχική ανάλυση συστάδων του Υ-SNP. Chaoshan ασθενείς σχετίζεται στενά με τους ασθενείς Taihang βουνό, ακόμα κι αν είναι γεωγραφικά απομακρυσμένα. ανάλυση Y-STR αποκάλυψε ότι οι 4 ομάδες ασθενών πιο στενά με μεταξύ τους από ό, τι με τις άλλες ομάδες. ανάλυση του δικτύου της απλοομάδα O3a3c1-Μ117 έδειξαν υψηλό βαθμό ειδικά για τον ασθενή υποδομή. Προτείνουμε ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου ασθενείς από αυτές τις 2 περιοχές μοιράζονται μια παρόμοια πατρογονικές γενετικό υπόβαθρο, το οποίο μπορεί να διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στο γενετικό παράγοντα της ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου σε αυτούς τους πληθυσμούς

Παράθεση:. Liu S, Huang Β, Huang Η, Li Χ, Chen G, Zhang G, et al. (2013) πατρογονικές Ιστορικό καρκίνου του οισοφάγου και του γαστρικού Καρδία Καρκινοπαθών σε Chaoshan περιοχή υψηλού κινδύνου στην Κίνα. PLoS ONE 8 (12): e81670. doi: 10.1371 /journal.pone.0081670

Επιμέλεια: Suminori Akiba, Καγκοσίμα Πανεπιστημίου Graduate School της Ιατρικής και Οδοντιατρικής Επιστημών, Ιαπωνία

Ελήφθη: 9 Ιουν του 2013? Αποδεκτές: 17 Οκτωβρίου, 2013? Δημοσιεύθηκε: 10 Δεκεμβρίου, 2013

Copyright: © 2013 Liu et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη χρηματοδοτήθηκε από NSFC-Guangdong κοινό ταμείο βασικό έργο (U1132004), NSFC (31171226, 81101548), Guangdong International Cooperative Τεχνική Πλατφόρμα Καινοτομίας (πιστοποιητικά gihz1106), και NSF επαρχία Γκουανγκντόνγκ (S2011020002393). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

οισοφάγου καρκίνου (ΕΚ) είναι ένα από τα πιο κοινά θανατηφόρου καρκίνου σε όλο τον κόσμο. Η Κίνα έχει γεωγραφική «καυτά σημεία» της υψηλής συχνότητας εμφάνισης ΕΚ. Ένα πολύ γνωστό περιοχή με υψηλό κίνδυνο ΕΚ στην Κίνα είναι η περιοχή Taihang Βουνό μεταξύ των επαρχιών Henan, Hebei, και Shanxi στη βόρεια-κεντρική Κίνα, το περίφημο «ασιατική ζώνη ΕΚ» που κυμαίνονται από τα Καυκάσιος βουνά, σε όλη την βόρειο Ιράν, όλα τα τρόπος για να βόρειο τμήμα της Κίνας [1]. Επίσης, η συχνότητα εμφάνισης γαστρικού καρκίνου καρδιακή (GCC) είναι υψηλή στον ιμάντα. Για παράδειγμα, ο κόσμος τυποποιημένη συχνότητα των ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου στο Linxian, επαρχία Henan, ήταν 81,96 /100.000 άτομα και 31.04 /100.000, αντίστοιχα, μεταξύ των ετών 1983 και 2002 [2], [3]. Η περιοχή Chaoshan στη νότια Κίνα είναι μια άλλη περιοχή υψηλού κινδύνου ΕΚ. Τα ηλικία τυποποιημένα ποσοστά εμφάνισης στο νησί Nanao για την ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου ήταν 74,47 /100.000 και 34.81 /100.000, αντίστοιχα, μεταξύ των ετών 1995 και 2004 [4].

Τα γεωγραφικά χαρακτηριστικά της νοτιο-παράκτιων Chaoshan και βόρεια-κεντρική Taihang περιοχή Mountain είναι διακριτές, αλλά η συχνότητα εμφάνισης της ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου είναι υψηλό μέσα σε αυτές τις 2 περιοχές [5]. Εμείς και άλλοι έχουν αναφερθεί οικογενειακή συνάθροιση ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου και την αύξηση της ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου κινδύνου σε μέλη της οικογένειας σε αυτό τον πληθυσμό υψηλού κινδύνου [6] – [9]. Στην περιοχή υψηλού κινδύνου Chaoshan, η συχνότητα εμφάνισης της ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου δεν είναι καν μεταξύ των ομάδων του πληθυσμού, αν και αυτά είναι εκτεθειμένα σε παρόμοιο περιβάλλον

Τα 3 κύρια πληθυσμών στην περιοχή Chaoshan περιλαμβάνουν 2 πληθυσμούς Han -. Chaoshanese με Chaoshan διαλέκτων και Hakka με Hakka διαλέκτους – και μία τοπική ιθαγενής πληθυσμός Εκείνη. Από τη δυναστεία των Τσινγκ (216~207 π.Χ.), οι Henan και Shanxi Han άνθρωποι της βόρειο-κεντρική Κίνα μετανάστευσαν στην περιοχή Chaoshan στην επαρχία Γκουανγκντόνγκ μέσω επαρχία Fujian, λόγω του πολέμου και της πείνας. Σταδιακά έγινε η κυρίαρχη κατοίκους της περιοχής Chaoshan και ονομάζονται Chaoshanese [10], έτσι ώστε η διάλεκτος Chaoshan είναι παρόμοια με την αρχαία κινεζική. Hakka κινεζική προέρχεται από τη βόρεια Κινέζων Χαν της λεκάνης Κίτρινου Ποταμού και Luohe Ποταμός της κεντρικής πεδιάδας. Από τη δυναστεία Jin (266~316 μ.Χ.) στη δυναστεία Tong (960~1297 μ.Χ.), αναγκάστηκαν να μετακινηθούν σε νότιες περιοχές και λόγω των πολέμων. Όταν οι Χάκκας έφτασαν στην περιοχή Chaoshan, η Chaoshanese είχε ήδη εγκαταστάθηκαν στην πλούσια πεδιάδα περιοχή, έτσι ώστε οι Χάκκας έπρεπε να εγκατασταθούν στην ορεινή περιοχή, όπου ζούσαν με τους τοπικούς ιθαγενείς, τον πληθυσμό Εκείνη (Σχήμα 1).

τα βέλη δείχνουν τις μεταναστεύσεις από βορρά προς νότο της Χαν κατοίκων από το βόρειο-κεντρική Κίνα, σύμφωνα με τα ιστορικά αρχεία. 218BC, AD311 και AD669 είναι οι τρεις μεγάλες χρονικές περιόδους από βορρά προς νότο μεταναστεύσεις

Η

Η Hakka και Chaoshanese πληθυσμοί παρουσιάζουν τα χαρακτηριστικά των μοναδικών πολιτισμών τους [10] – [13]. Οι οποίες έχουν πολλά ομοιότητες στη βόρεια Κινέζων Χαν, συμπεριλαμβανομένων και ορισμένων χαρακτηριστικών της διαλέκτου, ο τρόπος ζωής, τα έθιμα και τις συνήθειες [10]. Ο πληθυσμός Chaoshan Είναι το μόνο γηγενών και των μειονοτικών πληθυσμών. Είναι οι άνθρωποι εργάζονται κυρίως στη γεωργία, τη δασοκομία και την κτηνοτροφία? γλώσσας και διαβίωσης έθιμά τους διαφέρει από αυτή του πληθυσμού Han [14]. Παρά το γεγονός ότι όλοι οι 3 πληθυσμούς που έχουν εκτεθεί σε παρόμοιο γεωγραφικό περιβάλλον, μόνο οι Chaoshanese έχουν υψηλή συχνότητα εμφάνισης της ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου.

προηγούμενη έρευνα του χρωμοσώματος Υ και απλοομάδες mtDNA μας κατέληξε στο συμπέρασμα ότι οι πληθυσμοί υψηλού κινδύνου ΕΚ Taihang βουνό, Fujian Minnan και Guangdong Chaoshan μοιράζονται μια παρόμοια πατρογονικές και μητρογραμμική γενετικό υπόβαθρο [15], [16]. Στην παρούσα μελέτη, ερευνήσαμε περαιτέρω την πατρογονικές γενετική δομή των ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου ασθενείς σε Chaoshan περιοχές υψηλού κινδύνου και σε σύγκριση με συμφωνημένα πληθυσμούς υψηλού κινδύνου και των αντίστοιχων πληθυσμών χαμηλού κινδύνου. Έχουμε ως στόχο να εξετάσει κατά πόσον ασθενείς με καρκίνο Chaoshan έχουν κοινή καταγωγή με τους ασθενείς Taihang βουνό και αν έχουν τα ίδια μοναδικά απλοτύπων Υ-χρωμόσωμα. Συγκρίναμε επίσης αυτά τα στοιχεία για το Υ χρωμόσωμα πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (Y-SNPs) και Υ-χρωμόσωμα μικρή διαδοχική επανάληψη (Y-STRs) με εκείνη των άλλων κινεζικών πληθυσμών από δημόσιες βάσεις δεδομένων για να εξερευνήσετε τη σχετική γενετική συγγένεια των υπό μελέτη πληθυσμών. Αναλύσαμε το πρώτο τμήμα μη ανασύνθεση του χρωμοσώματος Υ (NRY) σε αυτά τα 6 πληθυσμούς με 16 Ανατολικής Ασίας-συγκεκριμένες διαλληλικών δεικτών [17], [18] (SNPs), οι οποίες χαρακτηρίζονται από χαμηλό ρυθμό μετάλλαξης και χαμηλές πιθανότητες πίσω και παράλληλη μετάλλαξη και είναι κατάλληλο για τον εντοπισμό νωρίς δημογραφικά γεγονότα στην ανθρώπινη ιστορία. Στη συνέχεια μελετήθηκε η γενετική απόσταση μεταξύ των ασθενών ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου με Y-STR θέσεις με σχετικά υψηλό ρυθμό μετάλλαξης και κατάλληλες για την ανάλυση της σχέσης μεταξύ στενών ομάδων και μικροεξέλιξη τους [15], [16]. Και τα δύο αποτελέσματα της ανάλυσης Υ-SNP και Y-STR υποστηρίζουν ότι οι Chaoshan ασθενείς έχουν στενή γενετική συγγένεια με τους ασθενείς Taihang βουνό και οι ασθενείς να έχουν στενότερη σχέση με κάθε άλλο παρά με το υψηλό πληθυσμό κινδύνου.

Αποτελέσματα

Διανομή NRY απλοομάδων στις 6 Σπούδασε πληθυσμοί στην Κίνα

Y-SNP γονοτυπική αποκάλυψε τις συχνότητες απλοομάδα του Chaoshan ΕΚ ή GCC ασθενείς, Taihang βουνό ΕΚ ή GCC ασθενείς, και Chaoshan Hakka και αυτή πληθυσμούς. Η υψηλότερη απλοομάδα των ασθενών Chaoshan ήταν O3a3c1-M117, η οποία είναι η χαρακτηριστική απλοομάδα για τη Βόρεια Ανατολική Ασία (Πίνακας 1). Ήταν επίσης υψηλό για τους ασθενείς Taihang βουνό, αλλά ήταν σημαντικά χαμηλότερη για τους πληθυσμούς Chaoshan Hakka και αυτή από Chaoshan ασθενείς (p Chaoshan: Chaoshan πληθυσμού υψηλού κινδύνου? Fujian: Fujian πληθυσμού υψηλού κινδύνου. Οι άλλες συντομογραφίες ορίζονται σύμφωνα με τις μεθόδους και Εικόνα 2.

Η

Γενετική Απόσταση Ανάλυση και Κατασκευή φυλογενετικό δέντρο

Χρησιμοποιήσαμε δεδομένα Y-STR για τη διερεύνηση των γενετικών σχέσεων μεταξύ των 4 πληθυσμούς ασθενών. R

st αποστάσεις μεταξύ των ζευγών των πληθυσμών υπολογίστηκαν με βάση το 6-Y STRs: DYS389 (Ι, ΙΙ), DYS390, DYS391, DYS392, DYS393 και DYS394. Εμείς περιλαμβάνονται 6 επιπλέον κινεζικών πληθυσμών και 3 πληθυσμούς υψηλού κινδύνου: Zhejiang [20], Henan [21], Ντονγκμπέι [22], Tianjing [23], Χουνάν Χαν [24], και του Θιβέτ [25], και Chaoshan, Φουτζιάν, και Taihang Moutain πληθυσμούς υψηλού κινδύνου, τα οποία ανήκουν στην οικογένεια των σινο-θιβετιανή γλώσσα [15], όπως και οι 4 ομάδες ασθενών. Από την

πίνακα αποστάσεων ST R, κατασκευάσαμε ένα Μοσχεύματα χωρίς ρίζα γείτονα-που ενώνει δέντρο (Εικ. 4). Οι ομάδες ασθενών ήταν πιο κοντά ο ένας στον άλλο από ό, τι στους πληθυσμούς υψηλού κινδύνου και των άλλων πληθυσμών Κινέζοι Χαν.

Οι 4 ομάδες ασθενών είναι κοντά το ένα στο άλλο και είναι συγκεντρωμένα με τους πληθυσμούς υψηλού κινδύνου.

Ανάλυση Δίκτυο Y-STR απλοομάδων των 4 ομάδων ασθενών και 3 πληθυσμούς υψηλού κινδύνου

Το υψηλότερο απλοομάδα συχνότητα μοιράζονται οι ασθενείς Chaoshan ήταν O3a3c1-M117 (Πίνακας 1). Το δίκτυο για τους ασθενείς και τους πληθυσμούς υψηλού κινδύνου περαιτέρω κατασκευάστηκε με βάση την απλοομάδα O3a3c1-M117. Συνολικά, 12 Henan και 15 ασθενείς Chaoshan ΕΚ, 17 Chaoshan και 9 ασθενείς Henan GCC, και 23 Chaoshan, 8 Henan και 24 Fujian άτομα υψηλού κινδύνου ανήκε στην απλοομάδα O3a3c1-M117. Τα άτομα με Y-STR συχνότητας & lt? 2 αποκλείστηκαν από την ανάλυση. Τέλος, τα στοιχεία για 55 άτομα συμπεριλήφθηκαν και αναλύθηκαν (Εικ. 5). Ο κεντρικός κόμβος εκπροσωπήθηκε από 8 Fujian άτομα υψηλού κινδύνου, 1 Henan ατομική υψηλού κινδύνου και 1 Chaoshan ΕΚ ασθενή. Όλα τα άλλα απλοομάδα O3a3c1-M117 ατόμων προήλθε από αυτό το κεντρικό κόμβο. Αυτό το κεντρικό κόμβο συνδέθηκε με 5 ένα βήμα γείτονες, με 2 γείτονες που εκπροσωπούν το 5 Fujian άτομα υψηλού κινδύνου? το τρίτο γείτονα αντιπροσώπευαν το 8 Chaoshan άτομα υψηλού κινδύνου, 1 Henan ατομική υψηλού κινδύνου, 2 Fujian άτομα υψηλού κινδύνου και 1 Chaoshan ΕΚ του ασθενούς? η τέταρτη γείτονας αντιπροσώπευαν το 2 ασθενείς Chaoshan ΕΚ, 1 Chaoshan ατομική υψηλού κινδύνου και 1 Fujian ατομική υψηλού κινδύνου? και το πέμπτο γείτονα εκπροσωπείται 1 Chaoshan GCC ασθενή και 1 Chaoshan ατομική υψηλού κινδύνου. Οι περισσότεροι ασθενείς δημιουργήθηκαν από την πέμπτη ενός σταδίου γείτονα και έτσι συγκεντρωμένα κυρίως σε μια περιοχή (κύκλο στο Σχ. 5). Η περιοχή αυτή περιλαμβάνονται όλα τα GCC ασθενείς και 5 ασθενείς ΕΚ, με τις υπόλοιπες 6 ασθενείς ΕΚ διάσπαρτα σε άλλους κόμβους.

Οι περισσότερες ομάδες ασθενών που παράγεται από έναν κόμβο και συγκεντρωμένα κυρίως σε έναν τομέα (κύκλος). Κύκλοι αντιπροσωπεύουν καταγωγές, η περιοχή είναι ανάλογη με τη συχνότητα και το χρώμα υποδεικνύει πληθυσμό προέλευσης.

Η

Υλικά και Μέθοδοι

Συλλογή των δειγμάτων και του DNA Extraction

Τα δείγματα αίματος από 288 άσχετα αρσενικά συλλέχθηκαν από το βουνό Taihang και Chaoshan περιοχές υψηλού κινδύνου. Ενημερωμένη συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους ασθενείς. Θέματα ήταν 1) Chaoshan ασθενείς-72 ΕΚ και 48 ασθενείς GCC? 2) ασθενείς-49 Taihang βουνό ΕΚ και 63 ασθενείς GCC? και 3) τον πληθυσμό-24 Chaoshan ΕΚ χαμηλού κινδύνου Εκείνη ανθρώπους από Chaoshan Fenghuang Mountain και 32 Chaoshan Hakka από Chaoshan Puning νομών. Νόσου σε όλους τους ασθενείς επιβεβαιώθηκε παθολογικά. Όλοι οι συμμετέχοντες που εμπλέκονται στη μελέτη μας δόθηκαν γραπτές πληροφορημένες συγκαταθέσεις. Η μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας αναθεώρηση του Πανεπιστημίου Σάντου Medical College. Γονιδιακό DNA που εξάγεται από ολικό αίμα από το κιτ TIANamp DNA Blood (DP318-03) (Tiangen Biotech Co., Πεκίνο).

γονοτυπικός έλεγχος του Υ-SNPs και Υ-STRs

Υ- SNPs γονότυπος με Sequenom MassARRAY iPlex Gold μονάδας (Sequenom Inc.) (PCR εκκινητές και εκκινητές επέκτασης είναι στον πίνακα 3). M1 πολυμορφισμός (εισαγωγή Alu, που ονομάζεται επίσης YAP) αναλύθηκε άμεσα από πηκτώματος αγαρόζης ηλεκτροφόρηση μετά από PCR [26]. STRs γονότυπος με φθορισμό PCR όπως περιγράφηκε προηγουμένως [15], και προϊόντα επέκτασης φθορίζουσα σήμανση ήταν τριχοειδής ηλεκτροφόρηση σε ΑΒΙ 3730x Genetic Analyzer (ΑΒΙ, USA). Όλοι οι εκκινητές συντέθηκαν από Sangon Co. (Σαγκάη). Το 1999, Su et al. εξακριβωθεί 17 απλοομάδες χρωμοσώματος Υ που βασίζονται στις 19 Ανατολικής Ασίας-συγκεκριμένες διαλληλικών δεικτών ως πατρική δομή Ανατολική Ασία [19]. Το προσαρμοσμένο διάγραμμα φυλογενετική Υ-SNPs [27] περιλαμβάνει σχεδόν 600 SNPs και καθορίζει 311 απλοομάδων. Η φυλογενετική διάγραμμα 17 απλοομάδων ορίζεται από 16 Y-SNPs είναι στο σχήμα 6.

Οι πιο πρόσφατες δείκτες για τον καθορισμό των απλοομάδων είναι δίπλα από τα κλαδιά.

Η

Πληθυσμός και Γονοτυπικές

τα υποκείμενα γονότυπος για Y-SNP απλοομάδα και συχνότητες συγκρίθηκαν μεταξύ των 4 πληθυσμούς ασθενών και αυτή και Hakka πληθυσμοί (Πίνακας S1). Κύρια συνιστώσα, η συσχέτιση και αναλύσεις ιεραρχική διασποράς χρησιμοποιήθηκαν για την ανάλυση της σχέσης μεταξύ των 6 πληθυσμών. συγκρίθηκαν τρεις πληθυσμούς υψηλού κινδύνου από το Taihang βουνό, Fujian Minnan και Chaoshan περιοχές και 25 προηγουμένως δημοσιευθεί κινεζική πληθυσμούς. Οι 25 Κινέζοι πληθυσμοί χωρίστηκαν σε 4 ομάδες από τη γεωγραφική θέση και την εθνικότητα [15]:. Βόρεια Han (NHS) και εθνικοτήτων βόρεια μειοψηφίας (NMNs), νότια Han (SH) και εθνικοτήτων νότια μειοψηφίας (SMNS)

NH πληθυσμοί ήταν Hebei [28], Liaoning (στοιχεία που παρέχονται από το Χημείο του κράτους Κλειδί της Γενετικής Μηχανικής και το Κέντρο για ανθρωπολογικές μελέτες, Σχολή Επιστημών ζωής, Πανεπιστήμιο Fudan), Xinjiang, Gansu, Shanxi, Neimeng, Shandong και Henan [28]? πληθυσμοί SH ήταν Χουνάν, Hubei, Zhejiang, Jiangxi, Σαγκάη, Anhui, Jiangsu, Sichuan [28], Guangzhou και Guangxi (στοιχεία που παρέχονται από το Πανεπιστήμιο Fudan)? πληθυσμοί NMN ήταν Θιβέτ, Μογγόλους, Χούι, Ewenki και Σούι (στοιχεία που παρέχονται από το Πανεπιστήμιο Fudan)? δεδομένα για 3 εθνικότητες νότια της μειοψηφίας (Yao, Zhuang και Dong [19] και 5 εθνικοτήτων βόρεια της μειοψηφίας (Θιβέτ, Μογγόλους, Χούι, Ewenki, και οι πληθυσμοί Shui δόθηκαν από το Πανεπιστήμιο Fudan). Chaoshan ασθενείς, ασθενείς Henan, Chaoshan Hakka και Chaoshan Εκείνη του πληθυσμού ανήκει σε SHS, ΕΣΥ SHS, και SMNS, αντίστοιχα. Guangzhou Han, Chaoshan Hakka, και οι ασθενείς Chaoshan ανήκουν στην Guangfu, Hakka, και Fulao /Helao φατριών, αντίστοιχα, οι 3 μεγάλες φυλές στην επαρχία Γκουανγκντόνγκ. Chaoshan Εκείνη ανθρώπους περιλαμβάνουν οι μεγάλες SMNS που ζουν στην περιοχή Chaoshan. Αυτά τα 4 πληθυσμών είναι γεωγραφικά κοντά.

STRs μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να αναλύσει λεπτό γενετικής ποικιλότητας σε στενή πληθυσμούς, τόσο βάσει των αποτελεσμάτων Υ-SNP, Y-STRs ήταν . που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση της γενετικής διαφοροποίησης και καταγωγής μεταξύ των ασθενών και των πληθυσμών υψηλού κινδύνου (Πίνακας S2) Προσθέσαμε τα δεδομένα Y-STR για 3 πληθυσμούς υψηλού κινδύνου από την προηγούμενη έρευνά μας [15] και για 6 δημοσιευθεί προηγουμένως πληθυσμούς: Zhejiang [20] , Henan [21], Ντονγκμπέι [22], Tianjing [23], Χουνάν Χαν [24] και θιβετιανού λαού [25].

Η έκταση της γενετικής διαφοροποίησης των πληθυσμών εκτιμήθηκε από την R

st στατιστική επί τη βάσει των απλοτύπων Y-STR με χρήση Alrequin 3.1. Ένα δέντρο γείτονα-που ενώνει κατασκευάστηκε σύμφωνα με την R

st απόσταση μήτρα με χρήση του MEGA 5.1. Ένα δίκτυο δεδομένων Y-STR κατασκευάστηκε με τη χρήση του δικτύου 4.6.1.1 (www.fluxus-engineering.com). Στο χάρτη δίκτυο, τα άτομα με τις ίδιες μεταλλάξεις του Y-STRs ήταν στο ίδιο κόμβο, και ένας κόμβος θα μπορούσε να δημιουργήσει άλλους κόμβους λόγω της σταδιακής μετάλλαξης Y-STR [15].

Συζήτηση

Chaoshanese είναι απόγονοι της βόρειο-κεντρικής άνθρωποι Κίνα Χαν. Βόρεια-κεντρική κινεζική Han άρχισαν να μεταναστεύουν στη νότια Κίνα αρχίζει της δυναστείας Τσιν (216 π.Χ.). Η δυναστεία των Χαν (206 π.Χ.-220 μ.Χ.) παρουσίασαν άλλα 3 κύματα της μετανάστευσης μεγάλης κλίμακας στη νότια Κίνα, λόγω της μείωσης του γηγενούς πληθυσμού σε αυτόν τον τομέα. Σταδιακά, πάνω από 2.000 χρόνια, η βόρεια-κεντρική κινεζική Χαν έγινε το κύριο πληθυσμό – Chaoshanese στην περιοχή Chaoshan, που ονομάζεται Helao, που μετανάστευσαν απ ‘ευθείας από το βόρειο-κεντρική Κίνα, ή Fulao, ο οποίος πρώτος μετανάστευσαν στην Fujian Minnan, στη συνέχεια, να Chaoshan με καλά -maintained γλώσσα και τα έθιμα από το βόρειο-κεντρική Κίνα. Οι Taihang Βουνό άνθρωποι στη βόρεια-κεντρική Κίνα, Φουτζιάν Minnan και Chaoshan περιοχές είναι γνωστές για την υψηλή συχνότητα εμφάνισης τους ΕΚ [15].

Με την ανάπτυξη των διαγνωστικών μεθόδων και τη βελτίωση της επιδημιολογίας, περισσότερες περιπτώσεις ΣΣΚ έχουν επιβεβαιωθεί σε αυτούς τους τομείς. ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου είναι οι 2 πιο κοινούς καρκίνους σε αυτούς τους 3 τομείς. προηγούμενες γενετικές έρευνες μας έδειξαν ότι οι πληθυσμοί υψηλού κινδύνου σε αυτούς τους 3 τομείς μοιράζονται μια κοινή καταγωγή [15], [16]. Στην παρούσα μελέτη, μελετήσαμε απλοομάδων Υ-χρωμόσωμα του ΕΚ και του ΣΣΚ ασθενείς από τις περιοχές Chaoshan και Taihang βουνό για να διερευνήσει περαιτέρω το πατρικό γενετικό υπόβαθρο των ασθενών. Συγκρίναμε τα δεδομένα με 2 χαμηλού κινδύνου Chaoshan Hakka και εκείνη του πληθυσμού και 3 πληθυσμούς υψηλού κινδύνου. Αναλύσαμε πρώτα την κατανομή της Y-SNP απλοομάδων ανάμεσα στους πληθυσμούς που μελετήθηκαν. Η απλοομάδα με την υψηλότερη συχνότητα συμμερίζονται Chaoshan ΕΚ και οι ασθενείς ΣΣΚ ήταν O3a3c1-M117, μία από τις βόρειες κυρίαρχη απλοομάδων Χαν, ο οποίος ήταν επίσης υψηλό σε ασθενείς Taihang βουνό, αλλά χαμηλή σε πληθυσμούς Chaoshan Hakka και αυτή. Σε σύγκριση με Chaoshan τους ασθενείς και τον πληθυσμό υψηλού κινδύνου, οι Hakka και αυτή πληθυσμούς Chaoshan έδειξε μια σχετικά υψηλότερη συχνότητα της νότιας μητρική κυρίαρχη Ο1 *. Παρόμοια με τους ασθενείς Taihang βουνό, Chaoshan ασθενείς έδειξαν βόρεια κυρίαρχη απλοομάδων Han ως ανώτατο απλοομάδων τη συχνότητά τους, έτσι Chaoshan και Taihang βουνό ασθενείς είναι σχετικά στενά συνδεδεμένα.

Κατά την ανάλυση κύριο συστατικό Υ-SNP, η πατρική δομή για τους ασθενείς Chaoshan διέφερε από εκείνη για την Chaoshan Hakka και Εκείνη πληθυσμούς, αν και βρίσκονται σε γεωγραφική εγγύτητα και Chaoshan Hakka είναι επίσης απόγονοι των βόρειο-κεντρική κινεζική Hans. Chaoshan ασθενείς συγκεντρωμένα στενά με τον πληθυσμό υψηλού κινδύνου Fujian και Henan και οι ασθενείς, αν και είναι γεωγραφικά απομακρυσμένα. Chaoshan Hakka και αυτή πληθυσμοί συγκεντρωμένοι, η οποία συμφωνεί με τα ιστορικά αρχεία. Chaoshan Hakka κατοικούν κυρίως την ορεινή περιοχή, για περισσότερες ροή γονιδίων με τον πληθυσμό Εκείνη, που ζουν επίσης στην ορεινή περιοχή. συχνότητες απλότυπος Υ-SNP σχετίστηκαν θετικά μεταξύ των ασθενών, η οποία υποστηρίζει την περαιτέρω στενή γενετική συγγένεια τους. Τα αποτελέσματα της ιεραρχικής ανάλυσης συστάδων υποστήριξε επίσης τη στενή γενετική συγγένεια μεταξύ των ασθενών και των πληθυσμών υψηλού κινδύνου. Φυλογενετικά, οι ομάδες ασθενών ήταν πιο στενά συνδεδεμένα μεταξύ τους σε σχέση με τον πληθυσμό υψηλού κινδύνου (Εικ. 4). ανάλυση του δικτύου (Εικ. 5) πρότεινε ότι η πατρογονικές γενεαλογία της απλοομάδα O3a3c1-M117 άτομα ήταν στο βουνό Taihang και Fujian άτομα υψηλού κινδύνου και Chaoshan ΕΚ ασθενών, οι οποίοι αποτελούσαν το κεντρικό κόμβο, και οι ασθενείς των ατόμων O3a3c1-M117 από την 2 σπούδασε περιοχές ήταν σε μεγάλο βαθμό από το ένα one-step γείτονες που περιέχει 1 Chaoshan ατομική υψηλού κινδύνου και 1 Chaoshan GCC ασθενή. Η απλοομάδα O3a3c1-M117 ανάλυση του δικτύου αποκάλυψε διαφορές μεταξύ των πληθυσμών, αλλά και υψηλό βαθμό ειδικά για τον ασθενή υποδομή. Όλα τα 14 GCC ασθενείς και 5 από τους 11 ασθενείς ΕΚ εμπίπτουν σε μία συστάδα (Εικ. 5, κύκλος). ασθενείς απλοομάδα O3a3c1-M117 μπορεί να προέρχεται από το ίδιο προγονικό απλοομάδα. Έτσι, προτείνουμε πατρογονικές γενετική συγγένεια μεταξύ των δύο γεωγραφικά χωρίζονται ασθενείς ΣΣΚ και της ΕΚ στην Κίνα.

Πρόσφατες μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία από την Κίνα περιοχές υψηλού κινδύνου έδειξε σημαντική συσχέτιση μιας παραλλαγής στο 10q23 στο PLCE1 και τόσο οισοφάγου πλακώδες καρκίνωμα και το αδενοκαρκίνωμα του γαστρικού καρδιακή, η οποία αναδεικνύει τις κοινές γενετικούς μηχανισμούς που μπορούν να συμβάλλουν στην αιτιολογία των δύο μορφών καρκίνου [29]. Αν ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου είναι παθολογικά διακριτές, οι επιδημιολογικές μελέτες [2] – [9], μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία και παρούσα μελέτη όλες υποστηρίζουν ότι η ΕΚ και το ΣΣΚ μπορεί να μοιράζονται κοινά γενετική δομή. ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου είναι ανατομικά δίπλα και έχουν παρόμοια εμβρυογένεση. Αυτά είναι εκτεθειμένα σε παρόμοιες περιβαλλοντικές συνθήκες κατά τη διάρκεια της ζωής. Ωστόσο, ο λόγος που μπορεί να επηρεαστούν από μια κοινή γενετική δομή είναι ακόμα άγνωστη.

Προτείνουμε ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου δεν συμβαίνουν τυχαία σε πληθυσμούς υψηλού κινδύνου, αλλά συνδέονται στενά με μια ορισμένη πατρογονικές δομή υπόβαθρο και αυτά τα συναφή οι ασθενείς μπορεί να κληρονομήσει ένα παθογόνο γενετική δομή από κοινούς προγόνους τους.

Εν ολίγοις, η πατρογονικές γενετική δομή των Chaoshan και Taihang βουνό ασθενείς είναι παρόμοια, και οι ασθενείς έχουν στενότερη συγγένεια μεταξύ τους από ό, τι με τους πληθυσμούς υψηλού κινδύνου. Οι ασθενείς με ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου μοιράζονται ένα πρόσφατο κοινό πρόγονο. Σε αντίθεση, οι πληθυσμοί Chaoshan Hakka και αυτή έχει μια σχετικά μακρινή σχέση με Chaoshanese ανθρώπους, η οποία μπορεί να εξηγήσει εν μέρει την υψηλή συχνότητα της ΕΚ και Συμβουλίου Συνεργασίας του Κόλπου στο Chaoshanese ανθρώπους.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1. δεδομένων

Πρώτες για μεμονωμένες Υ-SNP

doi:. 10.1371 /journal.pone.0081670.s001

(XLS)

Πίνακας S2. δεδομένων

Πρώτες για μεμονωμένες Y-STR

doi:. 10.1371 /journal.pone.0081670.s002

(XLS)