Αφηρημένο

Ιστορικό

Παρά το γεγονός ότι η πιο κοινή πυελικό γυναικολογικό κακοήθεια σε βιομηχανοποιημένες χώρες, όχι στοχευμένες θεραπείες είναι διαθέσιμες για ασθενείς με μεταστατικό καρκίνωμα του ενδομητρίου. Προκειμένου να βελτιωθεί η θεραπεία, θα πρέπει να διερευνηθούν υποκείμενη μοριακά χαρακτηριστικά της πρωτοβάθμιας και της μεταστατικής νόσου.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Αξιοποιήσαμε την τεχνολογία ανίχνευσης μετάλλαξης φασματομετρίας μάζας που βασίζεται OncoMap να καθορίσει τους τύπους και συχνότητα του σημείου σωματικών μεταλλάξεων στον καρκίνο του ενδομητρίου. 67 πρωτογενείς όγκους, μεταστάσεις 15 που αντιστοιχεί σε 7 από τις περιλαμβάνονται πρωτογενείς όγκους και 11 ενδομητρίου καρκινικές κυτταρικές γραμμές εξετάστηκαν για σημειακές μεταλλάξεις σε 28 γνωστά ογκογονίδια. Βρήκαμε ότι 27 (40,3%) των 67 πρωτοπαθείς όγκους έτρεφε μία ή περισσότερες μεταλλάξεις χωρίς αύξηση των μεταστατικών βλαβών.

FGFR2

,

KRAS

και

PIK3CA

ήταν σταθερά οι πιο συχνά μεταλλαγμένα γονίδια σε πρωτογενείς όγκους, μεταστατικές βλάβες και κυτταρικές σειρές.

Συμπεράσματα /Σημασία

Τα αποτελέσματά μας τονίζουν το δυναμικό για τη στόχευση

FGFR2

,

KRAS

και

PIK3CA

μεταλλάξεις στον καρκίνο του ενδομητρίου για την ανάπτυξη νέων θεραπευτικών στρατηγικών.

Παράθεση: Krakstad C, Birkeland Ε, Seidel D, Kusonmano Κ, Petersen K, Mjøs S, et al. (2012) High-Throughput Μετάλλαξη Profiling της Πρωτοβάθμιας και Μεταστατικό ενδομητρίου Αναγνωρίζει

KRAS

,

FGFR2

και

PIK3CA

συχνά πρέπει να μεταλλαχθεί. PLoS ONE 7 (12): e52795. doi: 10.1371 /journal.pone.0052795

Επιμέλεια: Wayne A. Phillips, Peter MacCallum Κέντρο Καρκίνου, Αυστραλία

Ελήφθη: 28 του Σεπτεμβρίου, 2012? Αποδεκτές: 21 Νοεμ 2012? Δημοσιεύθηκε: 27, Δεκ 2012

Copyright: © 2012 Krakstad et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Η Δυτική Νορβηγία Περιφερειακή Αρχή Υγείας (αριθμός επιχορήγησης: 911.351 και 911.624), νορβηγικό Συμβούλιο Έρευνας (αριθμός επιχορήγησης: 193373 και 205404), και η νορβηγική Εταιρεία Καρκίνου (αριθμός επιχορήγησης: 628.837). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Παρά το γεγονός ότι η πιο κοινή πυελικό γυναικολογική κακοήθεια στις βιομηχανικές χώρες, δεν είναι στοχευμένες θεραπείες είναι διαθέσιμες για ασθενείς με μεταστατικό καρκίνο του ενδομητρίου. Παρά το γεγονός ότι το 75% αντιμετωπίζονται σε πρώιμο στάδιο, 15% έως 20% επαναληφθεί. Για τους ασθενείς με προχωρημένη νόσο κατά τη διάγνωση ή υποτροπιάζουσας νόσου, το αποτέλεσμα είναι κακή. Προκειμένου να βελτιωθεί η θεραπεία, θα πρέπει να διερευνηθούν υποκείμενη μοριακά χαρακτηριστικά της πρωτοβάθμιας και της μεταστατικής νόσου. Επιπλέον, βελτιωμένα εργαλεία για τη σωστή διαστρωμάτωση των ασθενών ανάλογα με τον κίνδυνο-ομάδες και βελτίωση των ορισμών των πιθανών στόχων για καινοτόμες θεραπείες έχουν μεγάλη σημασία και πολύ δουλειά έχει αναλάβει να αναπτύξει καλύτερα κριτήρια για την επιλογή των ασθενών για εξατομικευμένη θεραπεία [1].

Για την εκτίμηση του κινδύνου επανεμφάνισης της νόσου, παραδοσιακά καρκίνου του ενδομητρίου έχει χωριστεί σε δύο υποομάδες, τύπου Ι και τύπου ΙΙ καρκινώματα [2]. Τύπου Ι καρκίνο του ενδομητρίου συνδέεται με καλή πρόγνωση, χαμηλής ποιότητας, ενδομητριοειδές ιστολογίας και σπάνια μεταστάσεις σε περιφερειακό και απομακρυσμένες περιοχές [3]. Επιπλέον, ο τύπος Ι του ενδομητρίου είναι συχνά θετικούς ορμονικούς υποδοχείς με

PTEN

και

KRAS

μεταλλάξεις. Οι τύπου II ενδομητρίου καρκινώματα που σχετίζονται με κακή πρόγνωση, μη ενδομητριοειδές ιστολογία, υψηλής ποιότητας, την απώλεια των υποδοχέων ορμονών και αλλαγμένη έκφραση της ρ53 και ρ16. Παρόλα αυτά, η αξία αυτής της ταξινόμησης να προβλέψουμε την πρόγνωση και για τη διαστρωμάτωση της θεραπείας περιορίζεται στο 20% του τύπου Ι ενδομητρίου καρκίνων επαναληφθεί και το 50% των καρκίνων του τύπου II δεν [4].

Σήμερα, τα συμβατικά σχήματα χημειοθεραπείας και αντι-ορμονική θεραπεία είναι βάση για την επικουρική και συστηματική θεραπεία του υποτροπιάζοντα ή μεταστατικό καρκίνο του ενδομητρίου, καθώς στοχευμένες θεραπείες δεν είναι ακόμα διαθέσιμη στην κλινική. Ωστόσο, τα προφίλ μεταλλάξεων που εφαρμόζονται για την επιλογή των στοχευμένων θεραπευτικών για αρκετούς άλλους καρκίνους και, επίσης, εφαρμόζεται για τις κλινικές δοκιμές διαστρωμάτωσης. προηγούμενη προβολή ενός μικρότερου αριθμού των ασθενών με καρκίνο του ενδομητρίου μας προσδιορίζονται σωματικές μεταλλάξεις στο FGFR2, KRAS, PIK3CA, PTEN, PT53 και CTNNB1 [5]. Ωστόσο, αυτή η μελέτη δεν απέκλεισε πιθανές μεταλλάξεις σε άλλα γνωστά ογκογονίδια που θα μπορούσαν να είναι δυνητικά ενδιαφέρον για στοχευμένη θεραπεία του καρκίνου του ενδομητρίου. Έτσι, η παρούσα μελέτη αναλήφθηκε για τη διαλογή για ένα μεγάλο πάνελ γνωστών ογκογόνους μεταλλάξεις σε μια σειρά πρωτογενών και μεταστατικών βλαβών από ασθενείς με καρκίνο του ενδομητρίου χρησιμοποιώντας τη μέθοδο υψηλής απόδοσης OncoMap [6], [7]. OncoMap παρέχει μια μοναδική ευκαιρία για να ανακρίνει ταυτόχρονα ένα μεγάλο αριθμό γνωστών μεταλλάξεων σε ένα μεγάλο αριθμό γονιδίων, παρέχοντας έτσι την ευκαιρία για τον χαρακτηρισμό των μοριακών υποομάδες του καρκίνου του ενδομητρίου με ένα δυνητικό ενδιαφέρον για τη στόχευση νέα θεραπευτικά.

Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

Όλα τα τμήματα της μελέτης έχουν εγκριθεί σύμφωνα με τη νορβηγική νομοθεσία, καθώς και τις διεθνείς απαιτήσεις για την ηθική επανεξέταση. Η μελέτη εγκρίθηκε από το νορβηγικό Επιθεώρηση δεδομένων, νορβηγική Κοινωνικών Επιστημών Data Services, και η Περιφερειακή Επιτροπή Δυτικής Ιατρικής και Υγείας Έρευνας Ηθικής, REC Δύση (NSD15501? REK 052,01). Οι ασθενείς συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη μετά από έγγραφη συγκατάθεση έχει εγκριθεί από την επιτροπή δεοντολογίας (REK Δύση).

Δείγματα

Έχουμε μελετήσει συνολικά 69 ασθενείς για μεταλλάξεις σε 28 γνωστά ογκογονίδια (Πίνακας 1 ). 23 από τους περιελάμβανε ασθενείς είχαν προηγουμένως υποβληθεί σε έλεγχο για λιγότερες ογκογονίδιο μεταλλάξεις με άλλη μέθοδο [5]. Οι ασθενείς είχαν προσληφθεί από μια σειρά ασθενή με βάση τον πληθυσμό των 701 ασθενών με καρκίνο του ενδομητρίου προοπτικά συλλέγονται στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Haukeland, Νορβηγία. Ηλικία κατά τη διάγνωση, το στάδιο της νόσου, ιστολογικές υποτύπου και βαθμό, τη θεραπεία και την παρακολούθηση καταχωρήθηκε ως έχουν αναφερθεί στο παρελθόν [8]. Κατανομή των κλινικο-παθολογικών μεταβλητής για τις περιπτώσεις που ερευνήθηκαν 69 δεν διέφερε σημαντικά από το μεγαλύτερο (n = 701) μη επιλεγμένα κοόρτη ασθενών (Πίνακας 2). Ιστός που διατίθεται από 67 πρωτογενείς όγκους και 15 μεταστατικών βλαβών από 9 ασθενείς των οποίων τα 7 είχαν αντίστοιχους ιστούς από πρωτογενείς βλάβες διαθέσιμα για σύγκριση. Η πλειοψηφία των επιλεγμένων βλάβες επαληθεύεται από κατεψυγμένα τμήματα να περιέχουν & gt? 80% συστατικό κακοήθων επιθηλιακών με ελάχιστη αποκοπεί για την ένταξη της καθαρότητας 50%

Η

Οι κυτταρικές σειρές

Ο καρκίνος του ενδομητρίου κυτταρικές σειρές Hec1A, Hec1B, KLE, RL95-2, ECC1 αγοράστηκαν από την ATCC-LGC Προτύπων, Λονδίνο, Ηνωμένο Βασίλειο, MFE-280, MFE-296, MFE3-19, EFE-184, AN3-CA ήταν από DSMZ , Γερμανία και Ishikawa από την Sigma-Aldrich, St.Louis, ΜΟ. Όλα τα κύτταρα διατηρήθηκαν σε μέσο όπως συνιστάται από τον προμηθευτή, συμπληρωμένο με πενικιλλίνη /στρεπτομυκίνη (Sigma-Aldrich, St.Louis, ΜΟ).

OncoMap και DNA αλληλούχιση

DNA από πρωτογενείς και μεταστατικούς βλαβών που προέρχονται από κατεψυγμένα βιοψίες. DNA απομονώθηκε με πέψη όλη τη νύχτα στους 65 ° C σε ρυθμιστικό διάλυμα λύσης που περιέχει πρωτεϊνάση Κ, που ακολουθείται από ένα πρότυπο καταβύθιση αιθανόλης. DNA από 11 ενδομητρίου καρκινικές κυτταρικές γραμμές εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας κιτ Qiagen Tissue DNA σύμφωνα με το πρωτόκολλο των κατασκευαστών. ποσότητα DNA μετρήθηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία Quant-iT ™ Picogreen® (Invitrogen) και η υψηλή ποιότητα του DNA εξασφαλίζεται σε γέλη αγαρόζης 0,7% πριν από γονιδιωματικό DNA ενισχύθηκε με τη χρήση της Repli-g Midi Kit (Qiagen, Germany) σύμφωνα με τους κατασκευαστές ‘ οδηγίες. Το ενισχυμένο DNA αραιώθηκε 1:10 σε ρυθμιστικό 1xTE (ρΗ 8,0) και μετά από ενυδάτωση για 24 ώρες σε θερμοκρασία δωματίου αραιώνεται περαιτέρω σε μια συγκέντρωση εργασίας 5 ng /μl σε νερό. Μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν στο γονιδίωμά-ενισχυμένο DNA χρησιμοποιώντας μια τεχνική επέκταση ενιαία βάση φασματομετρία μάζας με βάση (Sequenom, Inc.) όπως περιγράφηκε προηγουμένως [7]. Εκκινητές για επιπλέον δοκιμασίες για την ανίχνευση μεταλλάξεων που περιγράφονται σε αρκετές μελέτες για τον καρκίνο από το 2008 [9], [10], [11], [12], [13] σχεδιάστηκαν χρησιμοποιώντας το Λογισμικό Δοκιμασία Sequenom σχεδίασης. Μετά την ενίσχυση και θέσης μετάλλαξης ειδικού ανιχνευτή αναλυτών επιμήκυνση κηλιδώθηκαν επί SpectroCHIPs Ι και μάζες ανιχνεύθηκαν χρησιμοποιώντας ένα Bruker υποβοηθούμενης από μήτρα εκρόφησης λέιζερ /ιονισμός-χρόνος φασματόμετρο μάζας πτήσης (Sequenom). Φάσματα χειροκίνητα επανεξετάζεται με το Λογισμικό Typer 4.0 (Sequenom). Μια λίστα από τις μεταλλάξεις που περιλαμβάνονται στο OncoMap και τις αντίστοιχες αλλαγές αμινοξέων δίνεται στον Πίνακα S1.

Για την επικύρωση της αναλογίας από τα πιο συχνά μεταλλαγμένα ογκογονίδια που ανιχνεύεται από OncoMap, γονιδιωματικό DNA εξήχθη από προσφάτως κατεψυγμένο ιστό πρωτοπαθούς όγκου από 199 επιπλέον ασθενείς. Συνολικά 264 ασθενείς υποβλήθηκαν σε διαλογή για σημειακές μεταλλάξεις σε ποσοστό

KRAS

(εξόνιο 2) και

PIK3CA

(εξόνιο 9 και 20) όπως περιγράφεται [14]. Λεπτομέρειες σχετικά με εκκινητές και οι συνθήκες είναι διαθέσιμα κατόπιν αιτήματος. αντιδράσεις προσδιορισμού αλληλουχίας αναλύθηκαν σε έναν ΑΒΙ Prism 3100 γενετικό αναλυτή με τη χρήση του λογισμικού αλληλουχίας ανάλυση, έκδοση 3.7.

ολιγονουκλεοτιδίων DNA μικροσυστοιχιών αναλύει

Ένα σύνολο δεδομένων μικροσυστοιχιών που αντιστοιχούν στα δείγματα 69 πρωτοπαθούς όγκου που περιλαμβάνονται στο OncoMap οθόνης δημιουργήθηκε. RNA εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας το RNeasy Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) και υβριδοποιήθηκε σε Agilent Σύνολο Ανθρώπινου Γονιδιώματος μικροσυστοιχίες 44K (Cat G4112F), σύμφωνα με τις οδηγίες των κατασκευαστών. Συστοιχίες σαρώθηκαν χρησιμοποιώντας την Agilent μικροσυστοιχιών Scanner Bundle και τα δεδομένα εισήχθησαν και αναλύθηκαν σε λογισμικό J-Express (Molmine, Νορβηγία). Διάμεση σήμα spot χρησιμοποιήθηκε ως μέτρο της έντασης. δεδομένα έκφρασης ομαλοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας quantile εξομάλυνση. Microarraydata έχουν κατατεθεί στη βάση δεδομένων ArrayExpress Αρχείο, https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/(ένταξη ArrayExpress: E-mtab-1358).

Μια SAM (Σημασία Ανάλυση μικροσυστοιχιών) ανάλυση μεταξύ βαθμού Ι-ΙΙ και ΙΙΙ βαθμού διεξήχθη για να προσδιορίσει σημαντικά διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια σύμφωνα με ιστολογική βαθμολογία. 306 γονίδια ήταν σημαντικά διαφορικά εκφραζόμενο (FDR & lt? 0,01) μεταξύ των δύο ομάδων. Ιεραρχική ομαδοποίηση έγινε σε αυτόν τον κατάλογο των γονιδίων με μέσο σταθμισμένο σύνδεσης και συσχέτισης Pearson ως μέτρα ομοιότητας. δεδομένων κλινικο-παθολογικές και κατάστασης μεταλλάξεων χαρτογραφήθηκαν με το χέρι στο σύμπλεγμα-δέντρο για να απεικονίσει την κατανομή της μετάλλαξης σε όλο τον πληθυσμό ασθενών.

Αποτελέσματα

Η οθόνη OncoMap για 387 ογκογόνους μεταλλάξεις σε 28 κοινά μεταλλαγμένα γονίδια σε καρκίνο (Πίνακας S1) εφαρμόστηκε σε 67 πρωτογενείς και 15 μεταστατικών βλαβών του ενδομητρίου καρκινώματος καθώς και 11 του ενδομητρίου κυτταρικές γραμμές καρκινώματος και ανιχνεύθηκαν μεταλλάξεις σε 7 από τα γονίδια διερευνώνται. Βρήκαμε ότι 27 ασθενείς (40,3%) είχαν σημειακές μεταλλάξεις σε ένα μόνο γονίδιο, ενώ 4 ασθενείς (6,0%) είχαν μεταλλάξεις σε 2 γονίδια. Μεταξύ των επτά γονίδια με ανιχνεύεται σωματικές μεταλλάξεις στην πρωτοβάθμια και μεταστατικών βλαβών,

KRAS

(17,9%),

PIK3CA

(14,6%) και

FGFR2

(10,4%) ήταν η πιο συχνά μεταλλάσσεται, ενώ μεταλλάξεις στο

BRAF

(1,5%),

EGFR

(1,5%),

HRAS

(1,5%) και

NRAS

(1,5%) ήταν σπάνιες. Οι συχνότητες των

KRAS

και

PIK3CA

μεταλλάξεις επικυρώθηκαν με προσδιορισμό της αλληλουχίας DNA σε 264 πρωτογενείς όγκους (Πίνακας 3).

FGFR2

συχνότητα μετάλλαξης είχαν επικυρωθεί προηγουμένως [5]. Η πιο κοινή μετάλλαξη βρέθηκε από OncoMap ελέγχου ήταν

FGFR2

aaS252W (9,0%), ωστόσο η πιο συχνά μεταλλαγμένο γονίδιο ήταν

KRAS

(17,4%) (Πίνακας 3). Η OncoMap οθόνη των 11 ιδρύθηκε καρκίνο του ενδομητρίου κυτταρικές σειρές που προσδιορίζονται όπως αναμενόταν

KRAS

G12D και

PIK3CA

μεταλλάξεις G1049R τόσο Hec1A και Hec1B, ενώ

FGFR2

μετάλλαξη S252W βρέθηκε σε MFE280 και MFE319. Επιπλέον, δύο μεταλλάξεις PIK3CA εντοπίστηκαν στην MFE280 και MFE296 (E545K και P539R, αντίστοιχα). Δεν βρήκαμε καμία από τις κυτταρικές σειρές να έχουν μεταλλάξεις σε οποιοδήποτε από τα άλλα γονίδια που περιλαμβάνονται στον πίνακα OncoMap.

Η

Για να διερευνηθεί μία πιθανή σύνδεση μεταξύ του τύπου των μεταλλάξεων και τα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης σε πρωτογενείς όγκους, μια ιεραρχική ανάλυση συστάδων των 306 γονιδίων σημαντικά διαφορικά εκφρασμένων (ανάλυση SAM, FDR & lt? 0.01) σύμφωνα με την ιστολογική βαθμό διεξήχθη. Βρήκαμε ότι δεν υπήρχε σημαντική συσχέτιση μεταξύ συγκεκριμένων ογκογονιδίων μεταλλάξεων και συμπλέγματα ασθενή με βάση την μεταγραφική υπογραφές (Σχήμα 1). Η διαπίστωση αυτή φαίνεται να ευθυγραμμίζεται με προηγούμενη αναφορά μας σε ένα μικρότερο σύνολο δεδομένων που εφαρμόζει μια προηγούμενη γενιά genearrays mRNA, χωρίς εμπλουτισμό για μεταλλάξεις PIK3CA στο σύμπλεγμα ασθενή σύλληψη επιθετικό φαινότυπο [15].

Μια ιεραρχική ομαδοποίηση από 306 σημαντικά διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων μεταξύ βαθμού Ι-ΙΙ και ΙΙΙ βαθμού χαρτογραφήθηκε με δεδομένα κλινικο- παθολογικά και κατάστασης μεταλλάξεων να απεικονίσει τη διανομή της μετάλλαξης στον πληθυσμό ασθενών. Πράσινο τετράγωνο χρώματος δείχνουν καλή ομάδων πρόγνωση (βαθμός Ι-ΙΙ, ΦΥΓΩ Ι-ΙΙ, ενδομητριοειδές τύπου, ΕΡα θετικότητα) και δεν ανιχνεύεται μετάλλαξη στο γονίδιο που υποδεικνύεται, κόκκινο τετράγωνο χρώματος υποδεικνύουν φτωχές ομάδες πρόγνωση (Grade III, ΦΥΓΩ ΙΙΙ-IV, μη ενδομητριοειδές τύπους, ΕΡα αρνητικότητα) και ανιχνεύεται μετάλλαξη στο γονίδιο που υποδεικνύεται. Μαύρο τετράγωνο:. Τα στοιχεία που λείπουν

Η

Για να διερευνηθεί περαιτέρω εάν μοτίβο μετάλλαξη αλλάξει κατά τη διάρκεια της εξέλιξης της νόσου, 15 μεταστατικές βλάβες από 9 ασθενείς από τα οποία επτά είχαν πρωτοπαθείς όγκους διαθέσιμο για σύγκριση, αναλύθηκαν για μεταλλάξεις.

KRAS

,

PIK3CA

και

FGFR2

βρέθηκαν να είναι τα πιο συχνά μεταλλαγμένα γονίδια και σε μεταστατικές αλλοιώσεις, χωρίς σημαντική αύξηση στη συχνότητα μετάλλαξης (Πίνακας 4). Σε δύο περιπτώσεις, οι μεταλλάξεις ανιχνεύθηκαν στα μεταστατικές αλλοιώσεις, αλλά όχι στην πρωτογενή βλάβη, ενώ μία περίπτωση με μετάλλαξη στην πρωτογενή βλάβη δεν είχε καμία ανιχνεύσιμη μετάλλαξη στο μεταστατικό αλλοίωση. Το μικρό δείγμα που διατίθενται για την ανάλυση αυτή, η ετερογένεια των όγκων και των διαφορών στη μόλυνση στρωματικά θα πρέπει να καλέσετε για προσοχή στα συμπεράσματα.

Η

Συζήτηση

Ενεργοποίηση μεταλλάξεις σε συγκεκριμένες πρωτο-ογκογονίδια μπορούν να αναθέσουν ογκογονίδιο -εθισμός. Τέτοιες μεταλλάξεις έχουν ταυτοποιηθεί σε διάφορα γονίδια και μπορούν να οδηγούν κακοήθη εξέλιξη της νόσου. Αυτή η αρχή για ογκογονίδιο-εθισμός μπορεί να αξιοποιηθεί για την ανάπτυξη νέων στοχευμένων θεραπειών [16]. Επί του παρόντος, τα προφίλ μεταλλάξεων που εφαρμόζονται για την επιλογή των στοχευμένων θεραπευτικών για π.χ. αναστολείς BRAF σε κακόηθες μελάνωμα [17] και BRAF και EGFR που στοχεύουν στην πνεύμονα- και του παχέος εντέρου [18], [19]. Για τον καρκίνο του ενδομητρίου, κανένα από τα νέα στοχευμένη θεραπευτικά είναι διαθέσιμο στην κλινική επί του παρόντος. Ωστόσο, πολλές συνεχιζόμενες κλινικές δοκιμές στοχεύουν στην αξιοποίηση των στόχων που υποστηρίζονται από τις πρόσφατες ολοκληρωμένη μοριακή προφίλ του πρωτογενούς ενδομητρίου βλάβη καρκινώματος [1], που κυριαρχείται από δοκιμές με στόχο την φωσφατιδυλοϊνοσιτόλης 3-κινάση (PI3K) /AKT /στόχος της ραπαμυκίνης στα θηλαστικά (mTOR) ή FGFR2. Ωστόσο, απ ‘όσο γνωρίζουμε, καμία προηγούμενη μελέτη έχει αναφερθεί ως ολοκληρωμένο μεταλλακτικό δεδομένα για ένα μεγάλο πάνελ ογκογονιδίων σε ενδομητριακών καρκίνων περιλαμβανομένων των μεταστατικών βλαβών.

Ένας μεγάλος αριθμός ογκογονιδίου μεταλλάξεων έχει αναγνωριστεί ότι είναι σημαντικός για την ανάπτυξη του καρκίνου. Πρόσφατα, αρκετές χαρτιά έχουν αναφέρει την χρησιμότητα της πλατφόρμας γονοτύπησης υψηλής απόδοσης OncoMap για τη διαλογή μεταλλάξεων σε ένα μεγάλο πάνελ γνωστών ογκογονιδίων του καρκίνου [6], [20], [21], [22]. Ο υψηλός βαθμός αντιστοιχίας μεταξύ των ευρημάτων μας, χρησιμοποιώντας OncoMap για τα γονίδια διερευνώνται και την επικυρωμένη συχνότητα στην παρούσα μελέτη, καθώς στο παρελθόν έχει δημοσιευθεί συχνότητες μετάλλαξης στο ενδομήτριο δείγματα καρκίνου που βασίζεται στις παραδοσιακές αλληλουχίας, είναι διασφάλιση. Χρησιμοποιώντας OncoMap βρήκαμε ότι 40,3% των αναλυθέντων ενδομητρίου δείγματα καρκίνου του harbored τουλάχιστον μία μετάλλαξη. Της περιλαμβάνονται τα 28 ογκογονίδια, μεταλλάξεις βρέθηκαν μόνο σε υψηλή συχνότητα (& gt? 10%) στο

KRAS

,

PIK3CA

και

FGFR2

. Αυτά τα γονίδια έχουν συνδεθεί με τον καρκίνο του ενδομητρίου στο παρελθόν, τόσο από εμάς [5], [15] και άλλοι [23], [24].

Στην παρούσα μελέτη, η μετάλλαξη S252W στο

FGFR2

ταυτοποιήθηκε ως η πιο συχνή μετάλλαξη (9%) στον καρκίνο του ενδομητρίου. Η σωματική

FGFR2

μεταλλάξεις περιλαμβάνουν τις S252W και P253R αλληλόμορφα, όπου αυτοσωματικό κυρίαρχο μεταλλάξεις που σχετίζονται με τη συγγενή αναπτυξιακή διαταραχή σύνδρομο Apert [25]. Εμείς και άλλοι [26], έχουν συνδέσει προηγουμένως αυτές τις μεταλλάξεις σε καρκίνο του ενδομητρίου, μέσω της αύξησης της επιβίωσης των κυττάρων του όγκου και την αγκυροβόληση ανεξάρτητη ανάπτυξη σε καρκίνο του ενδομητρίου κυτταρικές σειρές, και έδειξαν την δυνατότητα για αναστολείς FGFR2 σε μεταλλαγμένες κυτταρικές σειρές [5]. Έχει επίσης αναφερθεί ότι οι αναστολείς FGFR2 προκαλεί κυτταρικό θάνατο σε κύτταρα καρκίνου του ενδομητρίου παρά

ΡΤΕΝ

αδρανοποίησης μεταλλάξεων [27]. Η συχνότητα των

FGFR2

μεταλλάξεις που ανιχνεύονται στην παρούσα OncoMap οθόνη 10,4% είναι σε συμφωνία με τα προηγούμενα ευρήματά μας από 122 ασθενείς με καρκίνο του ενδομητρίου από την ίδια περιοχή, βρίσκοντας

FGFR2

να μεταλλαχθεί σε 12,3 % [5]. Πρόσφατα, μια συχνότητα σε αυτό το εύρος 10,3% δημοσιεύθηκε επίσης από άλλους [23]

Αρκετές από το

PIK3CA

μεταλλάξεις εντοπίστηκαν σε σχετικά χαμηλές συχνότητες (& lt? 3%). Ωστόσο η συνολική συχνότητα των τυχόν εντοπιστεί

PIK3CA

μεταλλάξεις ήταν 13,4%. Έχουμε επικυρωθεί αυτή τη συχνότητα των σημειακών μεταλλάξεων στο

PIK3CA

(εξόνιο 9 και 20) σε 14,6% σε μία ομάδα από 264 ασθενείς με καρκίνο του ενδομητρίου. Αυτό είναι σύμφωνο με την αναφερόμενη μεταλλάξεων συχνότητα

PIK3CA

σε καρκίνο του ενδομητρίου στην κοσμική βάση δεδομένων για το

PIK3CA

μεταλλάξεις ελέγχονται για το OncoMap [28]. Μια πιθανή σημασία για τη στόχευση της θεραπείας σε ασθενείς που φέρουν

PIK3CA

μεταλλάξεις υποστήριξε πρόσφατα σε μια μελέτη που αποδεικνύει υψηλότερο ποσοστό ανταπόκρισης προς /AKT αναστολείς PI3K /mTOR για ασθενείς με μεταλλαγμένα σε σύγκριση με το αγρίου τύπου

PIK3CA

στην του μαστού και γυναικολογικές κακοήθειες [29].

KRAS

μεταλλάξεις βρέθηκαν στο 17.9% των περιπτώσεων, με υψηλή συχνότητα των σημειακών μεταλλάξεων στο εξόνιο 2 (G12A, G12C, G12D και G13D), επικυρωθεί σε 264 ασθενείς με καρκίνο του ενδομητρίου (14,7%? [14]), καθώς επίσης και σύμφωνα με προηγούμενες μελέτες (18%? [30]).

KRAS

μεταλλάξεις έχουν συσχετιστεί με χαμηλής ποιότητας, και ενδομητριοειδές ιστολογική υπότυπο, αν και όχι με την πρόγνωση [31], [32]. Είναι ενδιαφέρον,

KRAS

και

FGFR2

μεταλλάξεις βρέθηκαν να είναι αμοιβαία αποκλειόμενα, σύμφωνα με μια προηγούμενη αναφορά [23]. Από την άποψη της θεραπείας κατάστασης μεταλλάξεων του KRAS έχει συνδεθεί με την αντίσταση αναστολέας του EGFR σε καρκίνο του παχέος εντέρου [33], αλλά απαιτούνται περαιτέρω μελέτες σε καρκίνο του ενδομητρίου να διερευνήσει τέτοιες δυνατότητες σύνδεσης.

Σύμφωνα με την παρούσα μελέτη, εμείς στο παρελθόν ανέφεραν χαμηλής συχνότητας (2%) των μεταλλάξεων σε

BRAF

στον καρκίνο του ενδομητρίου [30]. Είναι ενδιαφέρον ότι, με την εξαίρεση των λίγων μεταλλάξεις στο

NRAS

,

HRAS

,

EGFR

και

BRAF

(1,5%), καμία άλλη θερμής σημειακές μεταλλάξεις εντοπίστηκαν στα υπόλοιπα 21 ογκογονίδια διαλογή για, ούτε σε πρωτογενείς όγκους ούτε σε μεταστατικές αλλοιώσεις.

Η παρούσα εργασία χρησιμοποιείται μια έκδοση του OncoMap καλύπτει 387 μεταλλάξεις σε συνολικά 28 διαφορετικές ογκογονίδια. Σε ενδομητρίου καρκινώματα, τα ογκογονίδια

CTNNB1

και γονίδια καταστολείς όγκων

ΡΤΕΝ

και

Ρ53

έχουν επίσης αναφερθεί να μεταλλαχθεί συχνά [34], [35], αλλά δεν ήταν περιλαμβάνονται στην παρούσα sceen και ως εκ τούτου δεν μπορεί να εξηγηθεί. Μεταξύ των περιελάμβανε γονίδια και μεταλλάξεις, έχουμε εντοπίσει και να επικυρωθούν

KRAS

,

PIK3CA

και

FGFR2

να είναι τα πιο συχνά μεταλλαγμένα ογκογονίδια στον καρκίνο του ενδομητρίου. Παρά το γεγονός ότι μεταγραφικό πρότυπο υπογραφής σύμφωνα με ιστολογική βαθμίδα δεν εντοπίσει τυχόν διακριτές υποομάδες που συνδέουν οποιαδήποτε από τις μεταλλάξεις στο φαινότυπο,

PIK3CA

,

KRAS

και

FGFR2

μεταλλάξεις μπορεί να εξακολουθεί να είναι ενδιαφέρον για τη στόχευση νέα θεραπευτικά στον καρκίνο του ενδομητρίου. Παρ ‘όλα αυτά, περισσότερες γνώσεις σχετικά με λειτουργικές πτυχές των διαφόρων μεταλλάξεων και τις επιπτώσεις τους για την αντιμετώπιση των ναρκωτικών θα είναι σημαντικό να καθοδηγήσει περαιτέρω την επιλογή των ασθενών για τις κλινικές δοκιμές μοριακά βάση.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

Oncogene μεταλλάξεις και τις αλλαγές νουκλεοτιδίων που περιλαμβάνονται στο OncoMap.

doi: 10.1371 /journal.pone.0052795.s001

(DOCX)

Ευχαριστίες

Οι συγγραφείς ευχαριστήσω Britt Edvardsen, Ingjerd Bergo, Gerd Lillian Hallseth, Bendik Nordanger, Μπεθ Johannessen και Hua μου Hoang για τεχνική βοήθεια. Ρωμαϊκή Θωμάς ευχαρίστησε για την παροχή υποστήριξης και εγκαταστάσεις εργαστήριο για να τρέξει το Oncomap οθόνη.