Αφηρημένο

Ιστορικό

Έχουμε ήδη εντοπιστεί μια ομάδα γονιδίων που σχετίζονται με την έκβαση του καρκίνου των ωοθηκών. Ο σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν να αξιολογηθεί εάν οι παραλλαγές στα γονίδια αυτά συσχετίζονται με τον κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών.

Μέθοδοι και Ευρήματα

Οι γυναίκες με και χωρίς διηθητικό καρκίνο των ωοθηκών (749 περιπτώσεις, 1.041 έλεγχοι) ήταν γονότυπος σε 136 πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) μέσα σε 13 υποψήφια γονίδια. Κίνδυνος εκτιμήθηκε για κάθε SNP και για τη συνολική διακύμανση εντός κάθε γονιδίου. Στο γονίδιο-επίπεδο, διακύμανση εντός

MSL1

(αρσενικό-ειδικό θανατηφόρο-1 ομόλογο) συσχετίστηκε με κίνδυνο ορώδες καρκίνου (p = 0,03)? απλοτύπων μέσα σε

PRPF31

(PRP31 προ-mRNA επεξεργασία συντελεστή 31 ομόλογο) σχετίστηκαν με τον κίνδυνο της διεισδυτικής νόσου (p = 0.03).

MSL1

rs7211770 συσχετίστηκε με μειωμένο κίνδυνο ορώδες νόσου (OR 0,81, 95% CI 0,66 – 0,98? P = 0.03). SNPs σε

MFSD7

,

BTN3A3

,

ZNF200

,

PTPRS

, και

CCND1A

ήταν αντιστρόφως σχετική με τον κίνδυνο (p & lt? 0,05), και υπήρχε αυξημένος κίνδυνος σε

HEXIM1

rs1053578 (p = 0.04, OR 1.40, 95% CI 1,02 – 1,91).

Συμπεράσματα

μελέτες όγκων μπορεί να αποκαλύψει νέα γονίδια που αξίζει παρακολούθησης για την ευαισθησία του καρκίνου. Εδώ, βρήκαμε ότι κληρονόμησε δείκτες στο γονίδιο που κωδικοποιεί MSL1, μέρος ενός σύνθετου που τροποποιεί την Η4 ιστόνης, μπορεί να μειώσει τον κίνδυνο διηθητικού καρκίνου των ωοθηκών ορώδες

Παράθεση:. Peedicayil Α, Vierkant RA, Hartmann LC, Fridley BL, Fredericksen ZS, Λευκό KL, et al. (2010) κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών και Κληρονομικές Παραλλαγές στην Relapse-Associated γονίδια. PLoS ONE 5 (1): e8884. doi: 10.1371 /journal.pone.0008884

Επιμέλεια: Alfons Navarro, Πανεπιστήμιο της Βαρκελώνης, Ισπανία

Ελήφθη: πέμπτης Οκτωβρίου 2009? Αποδεκτές: 16η Δεκεμβρίου 2009? Δημοσιεύθηκε: 27, Ιανουαρίου 2010

Copyright: © 2010 Peedicayil et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου [R01 CA122443, R01 CA88868], το καρκίνο των ωοθηκών Ταμείου Έρευνας, και το Fred C. και Katherine Β Ίδρυμα Andersen. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Παγκοσμίως, υπάρχουν περίπου 125.000 θανάτους κάθε χρόνο που οφείλονται στον καρκίνο των ωοθηκών [1]? αυξημένη κατανόηση των παραγόντων που σχετίζονται με την έκβαση και την αιτιολογία της θα πρέπει να μειώσει το βάρος αυτής της ασθένειας. Αναφέραμε προηγουμένως τα αποτελέσματα των μελετών έκφρασης του mRNA όγκου που πρότεινε ότι αλλαγμένη έκφραση ενός συγκεκριμένου συνόλου γονιδίων προβλεπόμενη απόκριση στη χημειοθεραπεία μεταξύ των γυναικών με καρκίνο των ωοθηκών σε προχωρημένο στάδιο υψηλής ποιότητας επιθηλιακών [2]. Αυτά τα γονίδια που περιλαμβάνονται

SF3A3

,

MFSD7

(παλαιότερα γνωστή ως

FLJ22269

),

ID4

,

BTN3A3

,

OSGIN2

(παλαιότερα γνωστή ως

C8orf1

),

FARP1

,

PRKCH

,

C15orf15

,

ZNF200

,

MSL1

(παλαιότερα γνωστή ως

LOC339287

),

HEXIM1

(παλαιότερα γνωστή ως

His 1

),

PTPRS

,

CC2D1A

(παλαιότερα γνωστή ως

FLJ20241

), και

PRPF31

. επίπεδα έκφρασης διέφερε μεταξύ των όγκων από γυναίκες με διαφορετικά αποτελέσματα? δηλαδή, σε συνδυασμό, η έκφραση αυτών των γονιδίων προέβλεψε πρώιμη υποτροπή (& lt? 21 μήνες). μετά τη βέλτιστη χειρουργική επέμβαση και πλατίνα χημειοθεραπεία με πακλιταξέλη με ακρίβεια 86% και θετική προγνωστική αξία του 95% [3], [2]

Η αιτιολογία του καρκίνου των ωοθηκών είναι γνωστό ότι είναι πολύπλοκα και, τουλάχιστον εν μέρει, περιλαμβάνει κληρονομικούς παράγοντες ευαισθησίας. Μεταλλάξεις στο

BRCA1

,

BRCA2

,

MLH1

, και

MSH2

αντιπροσωπεύουν περίπου το 50% του οικογενούς καρκίνου των ωοθηκών [4], [5] και υπόλοιπες περιπτώσεις με οικογενειακό ιστορικό είναι πιθανόν να οφείλεται σε συνδυασμούς πολλαπλών αλληλομόρφων που παρέχουν χαμηλή έως μέτρια διεισδυτικά ευαισθησίας [6], [7], όπως παραλλαγές στο

BNC2

[8] και, ενδεχομένως,

TP53

[9],

CDKN2A

[10],

CDKN1B

[10], και

AURKA

[11]. Ως συμπλήρωμα στις αναζητήσεις του γονιδιώματος-ευρεία, μια χρήσιμη προσέγγιση για τον προσδιορισμό των πρόσθετων αλληλόμορφα χαμηλού κινδύνου είναι η μελέτη των εξαιρετικά κατατοπιστική κληρονόμησε παραλλαγές στην υποψήφια γονίδια εντοπίστηκαν από τις μελέτες έκφρασης όγκου. Για να εκτιμηθεί εάν διακύμανση γονιδίων με διαφορετικά επίπεδα έκφρασης με αποτέλεσμα επηρέασε κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών, πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση-μαρτύρων κληρονομικών παραλλαγές γονιδίων στο μοντέλο πρόβλεψης που αναφέρθηκαν παραπάνω [2], καθώς και σε

HTRA1

(που κωδικοποιεί την πρωτεάση σερίνης HtrA1) το οποίο έχουμε δείξει ρυθμίζεται προς τα κάτω σε μια πλειονότητα των όγκων των ωοθηκών [12], [13] και έχει έναν βασικό ρόλο στην απόπτωση [13]. Δεδομένου ότι η πρώτη εξέταση της βλαστικής σειράς παραλλαγή σε αυτό το μυθιστόρημα σύνολο των γονιδίων (Πίνακας 1), έχουμε ως στόχο να αποσαφηνίσει ευρύτερα το ρόλο τους σε επιθηλιακά καρκινογόνες διαδικασίες των ωοθηκών.

Η

Αποτελέσματα

Οι δημογραφικές, τα αναπαραγωγικά, τον τρόπο ζωής, και του όγκου χαρακτηριστικά των επιθηλιακών 749 επεμβατικές ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών και 1.041 ελέγχους που περιγράφονται στον πίνακα 2. Γενικά, παρατηρήθηκαν οι αναμενόμενες κατανομές των παραγόντων κινδύνου? ένα μεγαλύτερο ποσοστό των ασθενών από τους μάρτυρες δεν είχαν χρησιμοποιηθεί από του στόματος αντισυλληπτικά (ρ & lt? 0.001), είχε χρησιμοποιήσει ορμονική θεραπεία (ρ & lt? 0.001), ήταν άτοκα (p = 0.01), και είχε μια πρώτη ή δεύτερη οικογένεια βαθμού ιστορικό καρκίνου των ωοθηκών (ρ & lt ? 0.001). Τέτοιοι παράγοντες που σχετίζονται με τον κίνδυνο του καρκίνου των ωοθηκών συμπεριλήφθηκαν ως συμπαράγοντες σε όλες τις γενετικές αναλύσεις.

Η

Gene επιπέδου και επιλεγμένα αποτελέσματα ένωση δοκιμές SNP-επίπεδο παρουσιάζονται στον Πίνακα 3 και στον πίνακα 4, αντίστοιχα. Οι ενώσεις για την πλήρη σειρά των SNPs που εξετάστηκαν παρουσιάζονται στον Πίνακα S1. Των γονιδίων που εξετάστηκαν σε σχέση με τον κίνδυνο διηθητικού καρκίνου των ωοθηκών και του κινδύνου διηθητικού ορώδες καρκίνου των ωοθηκών, μόνο παγκόσμια διακύμανση του

MSL1

και

PRPF31

γονίδια συνδέθηκε στο ρ & lt? 0,05.

MSL1

γονίδιο-επίπεδο κύριες συνιστώσες (που συνοψίζονται συνδυασμούς γονότυπων βασίζεται σε δύο SNPs) σχετίστηκαν με τον κίνδυνο διηθητικού ορώδες νόσου (p = 0.03). Σε ένα από τα δύο SNPs σε αυτό το γονίδιο, rs7211440 (r

2 = 0.53 με rs17678694? Σχήμα S1), μεταφορά του ανηλίκου αλληλόμορφο συσχετίστηκε με μειωμένο κίνδυνο τόσο επεμβατικές και επεμβατικές ορώδες νόσου (OR 0.85, 95% CI 0,72 – 1,00, p = 0,05? Ή 0,81, 95% CI 0,66 – 0,98, p = 0,03, αντίστοιχα, Πίνακας 4), γεγονός που υποδηλώνει αυτό το SNP ως πρωταρχικό οδηγό της

MSL1

‘s γονίδιο-επίπεδο ορώδες ένωση .

Η

PRPF31

απλοτύπων (διαδοχική σειρά από αλληλόμορφα βασίζεται σε οκτώ SNPs) σχετίστηκαν με τον κίνδυνο της διεισδυτικής νόσου (p = 0.03). Όπως ανάλυση χρωμοσωμάτων μπορεί να αποκαλύψει κρυφές ενώσεις, εξετάσαμε πιο στενά τις είκοσι έξι κοινά απλοτύπων μέσα σε

PRPF31

(Πίνακας S2). Σε σύγκριση με την πιο κοινή απλότυπος 11111111 (μεγάλες αλληλόμορφα σε όλα τα

PRPF31

SNPs), ο απλότυπος 10.101.111 (ελάσσονα αλληλόμορφα σε ιντρονική τοποθέτηση πινακίδων μόνο πολυμορφισμών νουκλεοτιδίου (tagSNPs) rs12985735 και rs254272) ανατίθενται μειωμένο κίνδυνο εμφάνισης διηθητικού καρκίνου των ωοθηκών (OR 0.22, 95% CI 0,06 έως 0,82, ρ = 0,02). Αυτές οι δύο SNPs ήταν μόνο μέτρια συσχέτιση (r

2 = 0,23? Σχήμα S1), και δεν συσχετίστηκε ανεξάρτητα με τον κίνδυνο (rs12985735 ανά αλληλόμορφο Ή 1,13, 95% CI 0,98 – 1,30, p = 0,10? Rs254272 ανά αλληλόμορφο Ή 1,05 , 95% CI 0,89 – 1,25, p = 0,56), γεγονός που υποδηλώνει ότι μια ungenotyped παραλλαγή σε άμεση γειτνίαση με το

PRPF31

απλότυπος μπορεί να συμβάλει στην ένωση. Όπως άλλες δύο

PRPF31

απλοτύπων συσχετίστηκαν με τον κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών σε ρ & lt? 0,10 (00.111.101 OR 2,81, 95% CI 0,85 – 9,22, p = 0,09? 10101101 OR 2.86, 95% CI 0,94 – 8,71, p = 0.06), άλλες παραλλαγές στο γονίδιο μπορεί επίσης να συνεισφέρει στην παρατηρούμενη παγκόσμια ένωση απλότυπος.

εκτός των συνδεδεμένων γονιδίων γονιδίων-επίπεδο δύο (

MSL1

και

PRPF31

) , ένας μικρός αριθμός SNPs σε έξι άλλα γονίδια συνδέθηκαν στο single-SNP επίπεδο (ρ & lt? 0,05, Πίνακας 4) μεταξύ των οποίων τρεις SNPs που σχετίζονται με μειωμένο κίνδυνο τόσο επεμβατική και επεμβατική ορώδης ασθένεια (σε

CC2DIA

,

MFSD7

, και

ZNF200

). Η ισχυρότερη συσχέτιση SNP σε επίπεδο παρατηρήθηκε στο μη-συνώνυμη rs2305777 (T801M) στο NF-κΒ ενεργοποίηση του γονιδίου

CC2D1A

(επεμβατικές ή 0,84, 95% 0,72 έως 0,99, p = 0,03? Ορώδες επεμβατικές ή 0,76 , 95% CI 0,62 – 0,99 p = 0,005). Με βάση την διατήρηση αλληλουχίας μεταξύ των ειδών [14], αυτή η SNP προβλέπεται να είναι σχετικά undamaging να λειτουργία της πρωτεΐνης. Επειδή αυτό το SNP δεν συσχετίστηκε με άλλες γονότυπος SNPs (r

2 & lt? 0.12, Σχήμα S1) και δεν ετικέτα άλλες κοινές HapMap SNPs σε r

2 & gt? 0.9, αλληλουχίας μπορεί να υποχρεωθεί να διευκρινίσει την έννοια της παρούσας SNP σχέση. Ομοίως,

MFSD7

rs6840253 συσχετίστηκε με μείωση του κινδύνου καρκίνου των ωοθηκών (επεμβατικές ή 0.81, 95% CI 0,66 έως 1,0, p = 0,05? Ορώδες επεμβατικές ή 0.76, 95% CI 0,58 – 0,98, p = 0,03 ), όπως ήταν

ZNF200

rs186493 (επεμβατικές ή 0,83, 95% 0,71 έως 0,82, p = 0,02? επεμβατική ορώδες OR 0,82, 95% CI 0,68 – 0,98, p = 0,03). Και οι δύο είναι υποστηρικτής SNPs περιοχή (εντός 5 kb 5 ‘ανάντη) και ανεξάρτητη από άλλα HapMap SNPs σε r

2 & gt? 0,9. Επειδή κάθε συσχετίζεται σε r

2 & gt?. 0.6 με άλλα γονότυπος SNPs, επιπλέον του γονότυπου των σεμνά συσχετίζονται SNPs θα μπορούσε να βοηθήσει τη διαλεύκανση αυτών των ενώσεων

Τρεις SNPs συνδέθηκαν μόνο με μειωμένο κίνδυνο διηθητικού ορώδες νόσου (σε

PTPRS

και

BTN3A3

), και ένα SNP σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο εμφάνισης διηθητικού ορώδες νόσου (στο

HEXIM1

). Έτσι, ενώ τα αποτελέσματα ήταν γενικά παρόμοια και στις δύο ομάδες περίπτωση, η συχνά μεγαλύτερη στατιστική σημαντικότητα των αποτελεσμάτων μεταξύ των γυναικών με ορώδες νόσο, παρά την μειωμένη δύναμη λόγω της κατά 40% μικρότερο μέγεθος του δείγματος, υποδηλώνει ότι η ανάλυση υποτύπου αποκάλυψε ετερογένεια από ιστολογία.

SNPs που ήταν ενδεικτικά μόνο στο ορώδες ασθένεια περιελάμβανε δύο πολύ-συσχετίζονται

PTPRS

ιντρόνιο 9 SNPs (r

2 = 0,99? rs886936 OR 0.85, 95% CI 0,72 – 1,00, p = 0,05? rs11878779 Ή 0,79, 95% CI 0,66 – 0,95, p = 0,01). Είναι ενδιαφέρον ότι, αυτά και άλλα τρία πολύ-συσχετίζονται ιντρόνιο 9 SNPs (Σχήμα S1) ήταν ανεξάρτητες μεταξύ τους σε HapMap σε r

2 & lt? 0.9, που χρησιμεύει ως ένα παράδειγμα της μη μεταφοράς της ανισορροπίας σύνδεσης (LD) σε όλους τους πληθυσμούς. Το μόνο SNP με μικρές αλληλόμορφα που σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο ήταν οι πιθανές

HEXIM1

rs1053578 περιοχή του υποκινητή SNP (ορώδες ή 1.40, 95% CI 1,02 – 1,91, p = 0,04), η οποία ήταν ανεξάρτητη από άλλους γονότυπου SNPs σε r

2 & lt? 0.04 και άλλων HapMap SNPs σε r

2 & lt? 0,9.

BTN3A3

‘s υποτιθέμενη rs12206812 περιοχή του υποκινητή SNP συσχετίστηκε με μειωμένο κίνδυνο ορώδες διεισδυτικής νόσου (OR 0,63, 95% CI 0,44 – 0,90, p = 0,01)? Ωστόσο, υποψιαζόμαστε γονότυπο ή το γενετικό σφάλμα χάρτη, λόγω της αποτυχίας στην WGA DNA και την ανεξαρτησία με όλα τα άλλα γονότυπου

BTN3A3

SNPs (r

2 = 0? Σχήμα S1). Δεν γονίδιο επιπέδου ή SNP-επίπεδο συλλόγων σε ρ & lt? 0,05 παρατηρήθηκαν για

SF3A3

,

ID4

,

OSGIN2

,

HTRA1

, ή

C15orf15

.

Συζήτηση

οι γνώσεις σχετικά με τη γενετική του καρκίνου των ωοθηκών είναι σε ταχεία κατάσταση της επέκτασης. Ως το πιο θανατηφόρο γυναικολογικό καρκίνο, την ανακάλυψη των κληρονομικών παραγόντων που σχετίζονται με την αιτιολογία και το αποτέλεσμα μπορεί να βοηθήσει στην ανάπτυξη σημαντικών στοχευμένες πρόβλεψη και θεραπευτικές στρατηγικές. Πρόσφατες εργασίες αποσαφήνισε το ρόλο των μακροχρόνιων υποψήφιος SNPs στον υποδοχέα προγεστερόνης, ρετινοβλάστωμα, τα γονίδια p53 και του κυτταρικού κύκλου [10], και επέτρεψε μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος σε επίπεδο [8]. Ανάλυση των εξαιρετικά κατατοπιστική παραλλαγές σε επιλεκτική σύνολα των νέων γονιδίων συμπληρώνει αυτές τις μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος σε επίπεδο υποψήφιων SNP και παρέχει βελτιωμένη κάλυψη σε περιοχές υψηλής προτεραιότητας με βάση την γνωστή βιολογία του όγκου [16]. Εδώ, έχουμε επιλέξει τα νέα υποψήφια γονίδια που βασίζεται σε προγενέστερη απόδειξη της σύνδεσής τους με το χρόνο έως την υποτροπή του καρκίνου των ωοθηκών, και εμείς επιλέξαμε ολοκληρωμένο σετ παραλλαγές [2], [13]. κύριο αποτέλεσμα μας είναι ότι η μεταβολή στο

MSL1

συνδεόταν με κίνδυνο ορώδες διηθητικού καρκίνου των ωοθηκών? κυρίως, τα ανήλικα αλληλόμορφα σε rs7211440 συσχετίστηκε με μειωμένο κίνδυνο (OR 0,81, 95% CI 0,66 – 0,98, p = 0,03). Προηγουμένως, η αυξημένη έκφραση του MSL1 συσχετίστηκε με προγενέστερο χρόνο μέχρι την υποτροπή [2]? πρόσθετη επικύρωση του προγνωστικού μοντέλου και την αντιγραφή του συνδέσμου αιτιολογικός είναι δικαιολογημένη.

MSL1

κωδικοποιεί ένα από τα πέντε πρωτεΐνες που αποτελούν το εξαιρετικά διατηρημένο συγκρότημα MSL με ενζυματική δυνατότητες ως ακετυλοτρανσφεράσης ιστόνης (ΗΑΤ ) [17]. HATs τροποποιήσει μια ποικιλία πεδίων ιστόνης μέσω ακετυλίωσης, η οποία, μαζί με άλλα συνενεργοποιητές, ρυθμίζει την ενεργοποίηση της ιστόνης και χρωματίνης και την γονιδιακή έκφραση επιρροές [18]. Το συγκρότημα MSL ακετυλιώνει ειδικά κατάλοιπο λυσίνης 16 σχετικά ιστόνης Η4 (H4-Lys16), η οποία παίζει έναν κρίσιμο ρόλο στη ρύθμιση της χρωματίνης αναδίπλωση και σίγηση της γονιδιακής έκφρασης [19], [20], [17]. μοντέλα Knock-out δείχνουν ότι η απουσία του συμπλόκου MSL οδηγεί σε δυσλειτουργίες κατά τη διάρκεια της φάσης S του κυτταρικού κύκλου, που οδηγούν σε λάθη στην αντιγραφή του DNA [17]. Επιπλέον, η απώλεια της Μονοακετυλίωση του Η4-Lys16 και παρεκκλίνουσα λειτουργία επί H4 είναι το σήμα κατατεθέν των καρκινικών κυττάρων. Τα στοιχεία μας δείχνουν ότι κληρονόμησε διακύμανση

MSL1

μπορεί να επηρεάσει τον κίνδυνο διηθητικού ορώδες καρκίνου των ωοθηκών και είναι σύμφωνες με τα ευρήματα αντικανονική τροποποιήσεις H4 μπορεί να προκαλέσει σφάλματα στη χρωματίνη αναδίπλωση και την έκφραση των γονιδίων και είναι ευρέως διαδεδομένες στην φαινοτύπων του καρκίνου [21]. Με υποβλητική SNPs σε γονίδια p53 και CDKN2A [10], [9], το οποίο ρυθμίζει επίσης την τροποποίηση των ιστονών, αποδείξεις για έναν ρόλο κληρονομικών παραγόντων κινδύνου που σχετίζονται με ιστόνες συσσωρεύεται.

Πλεονεκτήματα αυτού του έργου περιλαμβάνουν τη χρήση των δύο πληθυσμών μελέτη ασθενών-μαρτύρων (από το Mayo Clinic και το Duke University), προηγμένες τεχνικές επιλογής SNP (π.χ., υψηλό επίπεδο που απαιτείται συσχετισμός μεταξύ αλληλόμορφα, την ένταξη των θεωρούμενων-λειτουργική SNPs, και την επιλογή των πολλαπλών tagSNPs σε μεγάλες κάδους LD), και άριστη ποιότητα του γονότυπου. Η εκτίμησή μας του κινδύνου για ορώδες διεισδυτικής νόσου πρότεινε ένα βαθμό γενετική ετερογένεια με ιστολογική υποτύπου? Ωστόσο, προτείνουμε προσοχή στην ερμηνεία των αποτελεσμάτων (ιδιαίτερα μονής SNP έχει ως αποτέλεσμα την απουσία του γονιδίου-επίπεδο σημαντικότητας) λόγω του σχετικά μεγάλου αριθμού των δοκιμών που πραγματοποιήθηκαν. Σημειώνουμε επίσης ότι δεν τα αποτελέσματα είναι στατιστικά σημαντική μετά από προσαρμογή για πολλαπλές δοκιμές χρησιμοποιώντας μια συντηρητική διόρθωση Bonferroni. Έτσι, αντιγραφή των αποτελεσμάτων μας δικαιολογείται να επιβεβαιώσει αυτές τις ενώσεις. Κατευθύνσεις για μελλοντική έρευνα που εκτείνεται από αυτήν την έκφραση με βάση το έργο υποψήφιο γονίδιο περιλαμβάνουν ανάλυση των άλλων ρυθμιστικών γονιδίων ιστόνης και λεπτομερή αξιολόγηση των λειτουργικών μηχανισμών. Πιο άμεσα, εξέταση υπόσχεται SNPs στο

MSL1

ανάμεσα σε ένα μεγαλύτερο σύνολο ορώδες επεμβατική ασθενείς και τους ελέγχους και χαρτογράφηση πρόσθετο πρόστιμο κλίμακας [16] θα βοηθήσει στην αποσαφήνιση της σημασίας αυτών των γονιδίων με την ευαισθησία του καρκίνου των ωοθηκών. Αυτό θα πρέπει, με τη σειρά του, ενημερώνει μετάφραση αυτών των ευρημάτων με την κλινική διαχείριση γυναίκες με αυξημένο κίνδυνο για καρκίνο των ωοθηκών.

Υλικά και Μέθοδοι

Οι συμμετέχοντες στη μελέτη

Θέματα συμμετείχε στην δύο εν εξελίξει μελέτες ασθενών-μαρτύρων του επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών που ξεκίνησε τον Ιανουάριο του 2000 στο Mayo Clinic (Rochester, MN) και το Μάιο του 1999 στο Πανεπιστήμιο Duke (Durham, NC). Οι λεπτομέρειες του σχεδιασμού της μελέτης έχουν περιγραφεί με μεγαλύτερη λεπτομέρεια αλλού [22] – [24]. Εν συντομία, συνολικά 749 γυναίκες με διηθητικό επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών ιστολογικά επιβεβαιωμένο και 1041 μάρτυρες χωρίς καρκίνο των ωοθηκών και χωρίς αμφίπλευρη ωοθηκεκτομή είχαν προσληφθεί από τις δύο θέσεις της μελέτης (Πίνακας 2? Χαρακτηριστικά site-specific παρέχονται στον Πίνακα S3). Στη Mayo Clinic, περιπτώσεις καρκίνου των ωοθηκών (ασθενείς) ήταν πάνω από 20 ετών με ιστολογικά επιβεβαιωμένο περιστατικό επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών και εντάχθηκαν στη μελέτη εντός ενός έτους μετά τη διάγνωση. κλήθηκαν να συμμετάσχουν σε όλες τις περιπτώσεις παρατηρείται στις μονάδες γυναικολογικό ή ιατρική ογκολογία, που έζησε στα έξι-κρατική περιοχή που καθορίζει την πρωταρχική πληθυσμού υπηρεσία της Mayo Clinic (Μινεσότα, Αϊόβα, Ουισκόνσιν, Ιλινόις, Βόρεια Ντακότα, και Νότια Ντακότα). Οι έλεγχοι που προσλαμβάνονται μεταξύ των γυναικών δει για γενικές ιατρικές εξετάσεις και τη συχνότητα ταιριάζουν στους ασθενείς σχετικά με την ηλικία και την περιοχή της κατοικίας (δηλαδή, κράτος, νομός). Στο Πανεπιστήμιο Duke, οι ασθενείς ήταν γυναίκες με ιστολογικά επιβεβαιωμένο πρωτογενές επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών, μεταξύ 20 και 74 ετών, και εντοπίζονται σε μια περιοχή 48 νομών χρησιμοποιώντας την Βόρεια Καρολίνα Κεντρικό Αρχείο Καρκίνου. Έλεγχοι ταυτοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας λίστα με τη βοήθεια τυχαίων ψηφίων κλήσης και συχνότητα ταιριάζουν στους ασθενείς σχετικά με τη φυλή, την ηλικία, και το νομό της κατοικίας. Δεν αποκλεισμοί με βάση την εθνότητα έγιναν. Οι υποψήφιοι με την προϋπόθεση έγγραφη συγκατάθεση, και τα πρωτόκολλα εγκρίθηκαν από το Διοικητικό Συμβούλιο της Mayo Clinic και Duke University Institutional Review.

Δεδομένα και Biospecimen Συλλογή

Πληροφορίες σχετικά με τους δυνητικούς παράγοντες κινδύνου συλλέχθηκαν μέσω πρόσωπο με πρόσωπο συνεντεύξεις σε δύο τοποθεσίες που χρησιμοποιούν παρόμοια ερωτηματολόγια. DNA εκχυλίστηκε από 10 σε 15 mL φρέσκο ​​φλεβικό αίμα με τη χρήση της Gentra AutoPure LS Purgene εξαλάτωση μεθοδολογία (Gentra, Minneapolis, ΜΝ). DNA από τους συμμετέχοντες Πανεπιστήμιο Duke μεταφέρθηκαν σε Mayo Clinic για ενίσχυση ολόκληρου γονιδιώματος (WGA) με το πρωτόκολλο REPLI-G (Qiagen Inc, Valencia CA) το οποίο έχουμε δείξει απέδωσαν εξαιρετικά επαναλήψιμα αποτελέσματα [25]. Οι συγκεντρώσεις DNA ρυθμίστηκαν σε 50 ng /μl πριν από γονότυπου και επαλήθευσε χρησιμοποιώντας το κιτ PicoGreen dsDNA Η ποσοτικοποίηση (Molecular Probes, Inc., Eugene OR). Τα δείγματα bar-κωδικοποιημένες για να εξασφαλίζεται η ακριβής και αξιόπιστη επεξεργασία.

Επιλογή SNP

εντοπίσαμε tagSNPs εντός πέντε kb του κάθε υποψηφίου γονιδίου χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο της ldSelect [26] για να bin ζεύγη συσχετίζονται SNPs σε r

2≥0.90 με μικρές συχνότητα αλληλόμορφο (MAF) ≥0.05 στον πληθυσμό HapMap CEU (Γιούτα κάτοικοι με καταγωγή από τη βόρεια και δυτική Ευρώπη) [27]. HapMap δεδομένα χρησιμοποιήθηκαν, επειδή, το Νοέμβριο του 2007, ήταν πιο κατατοπιστική για αυτά τα γονίδια από τα στοιχεία από Perlegen Επιστημών [28], το Σιάτλ SNPs (https://pga.mbt.washington.edu), και NIEHS SNPs (http: //www.egp.gs.washingon.edu). επέλεξε μία tagSNP ανά κάδος αν είναι λιγότερο από δέκα SNPs ήταν σε κάδο LD, και επιλέχθηκαν δύο tagSNPs ανά κάδο σε κάδους LD με δέκα ή περισσότερες SNPs. Μεταξύ tagSNPs, SNPs επελέγησαν για να μεγιστοποιήσει το σκορ Illumina SNP (ένα μέτρο της προβλεπόμενης επιτυχία του γονότυπου) και, στη συνέχεια, MAF.

FARP1

(307 kb) και

PRKCH

(229 kb) που απαιτούνται πάνω από 100 tagSNPs καθένα και αποκλείστηκαν από τη μελέτη για το κόστος-αποτελεσματικότητα. Για τα υπόλοιπα γονίδια (Πίνακας 1), 117 tagSNPs και 19 υποτιθέμενο-λειτουργικό SNPs (εντός 10 kb ανοδικά, 5 ‘UTR, 3’ UTR, ή μη-συνώνυμη από Ensembl έκδοση 34 με την ευρωπαϊκή-αμερικανική MAF≥0.05 και βαθμολογία Illumina SNP ≥0.6) επελέγησαν. Έτσι, συνολικά 136 SNPs σε αυτά τα 13 υποψήφια γονίδια είχαν γονότυπου.

Γονοτυπικές

Ως μέρος μιας μεγαλύτερης μελέτης, γονοτυπική από 2.176 δείγματα DNA (897 γονιδιωματική, 1.279 WGA, και 129 αντίγραφα ) από 2.047 μοναδικά συμμετέχοντες στη μελέτη πραγματοποιήθηκε στη Mayo Clinic, μαζί με 65 εργαστηριακών ελέγχων. Χρησιμοποιήσαμε τη δοκιμασία Illumina GoldenGate BeadArray και λογισμικού BeadStudio για την αυτοματοποιημένη ομαδοποίηση και καλώντας σύμφωνα με ένα πρότυπο πρωτόκολλο [29]. Από 2.047 συμμετέχοντες γονότυπου, 44 δείγματα (2,1%) απέτυχαν (ποσοστό & lt καλέσετε? 90%), και 213 συμμετέχοντες (10,4%) βρέθηκαν να είναι μη επιλέξιμες ή να έχουν οριακά νόσου και αποκλείστηκαν? έτσι 1.790 συμμετέχοντες (συμπεριλαμβανομένων 749 ασθενών με διεισδυτική νόσο και 1.041 έλεγχοι) αναλύθηκαν εδώ. είχαν προσπαθήσει συνολικά 1.152 SNPs για μια ποικιλία σχεδίων? 25 απέτυχε SNPs περιλαμβάνονται 15 (1,3%) με το ποσοστό κλήσεων & lt? 90%, εννέα (0,8%) με κακή clustering, και ένα (& lt? 0,1%) με άλυτα αντιγραφή ή Μέντελ λάθη στο γονιδιακό DNA. Εκτιμήσαμε αναχωρήσεις από Hardy Weinberg ισορροπία (HWE) σε αυτο-αναφερόμενη λευκό, μη-ισπανόφωνοι ελέγχους με Pearson test καλοσύνη-of-fit ή, στην περίπτωση των SNPs με MAF & lt? 5%, μια ακριβής δοκιμασία Fisher, και αποκλείσαμε SNPs με MAF & lt? lt 0,01 (Ν = 64, 5.6%) ή HWE p-value &? 0,0001 (Ν = 11, 1,0%), αφήνοντας 1.052 SNPs για ανάλυση. Για WGA DNA, επιπλέον 20 SNPs (1,7%) αποκλείστηκαν λόγω ένα ή περισσότερα από τα παραπάνω κριτήρια. Μεταξύ των 13 υποψήφια γονίδια που μελετήθηκαν, 134, 136 SNPs με επιτυχία ο γονότυπος στη γονιδιωματική δείγματα, και όλα, αλλά έξι από αυτά ήταν επίσης ο γονότυπος με επιτυχία σε δείγματα WGA (Πίνακας S4).

Στατιστικές Μέθοδοι

κατανομές των δημογραφικών και κλινικών μεταβλητές συγκρίθηκαν μεταξύ ασθενών και μαρτύρων χρησιμοποιώντας chi-square τεστ ή t-tests, και οι εκτιμήσεις της κατά ζεύγη LD μεταξύ ελήφθησαν SNPs χρησιμοποιώντας Haploview λογισμικό, έκδοση 4.1 [30]. Γενετική συσχέτιση αναλύσεις (περιγράφεται παρακάτω) προσαρμόστηκαν για την περιοχή μελέτης, την ηλικία, το δείκτη μάζας σώματος, θεραπεία ορμονών, χρήση αντισυλληπτικών χαπιών, ο αριθμός των γεννήσεων ζώντων, ηλικία κατά την πρώτη ζωντανή τη γέννηση, και η δομή του πληθυσμού κύρια συστατικά που αντιπροσώπευαν τη δυνατότητα διαστρωμάτωσης του πληθυσμού χρησιμοποιώντας μια προσέγγιση παρόμοια με εκείνη που περιγράφηκε προηγουμένως [31]. δομή του πληθυσμού κύρια συστατικά δημιουργήθηκαν χρησιμοποιώντας 2.517 SNPs από αυτό και πριν από πάνελ του γονότυπου [23]? διάγραμμα διασποράς μήτρες από την αυτο-αναφερόμενη αγώνα έδειξε ότι οι τέσσερις πρώτες δομή του πληθυσμού κύρια συστατικά λογικά προσέγγιση φυλετικές διαφορές μεταξύ ιδιωτών και, συνεπώς, συμπεριληφθεί ως συμπαράγοντες σε όλα τα μοντέλα (Εικόνα S2).

αξιολογήθηκαν Σύλλογοι με τον κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών μέθοδο της λογιστικής παλινδρόμησης των SNPs, τα κύρια στοιχεία του γονιδίου-επίπεδο, και απλοτύπων γονίδιο-επίπεδο. Για SNPs, αναλογίες πιθανοτήτων (OR) και τα διαστήματα εμπιστοσύνης 95% (CI) υπολογίστηκαν ξεχωριστά για ομόζυγα και ετερόζυγα ήσσονος σημασίας γονότυπους αλληλόμορφο, χρησιμοποιώντας το ομόζυγο γονότυπο μεγάλες αλληλόμορφο ως ομάδα αναφερόμενο. Συμπεριλάβαμε οκτώ SNPs με HWE & lt? 0,05 (Πίνακας S4), λόγω των αποδεκτών οικόπεδα συμπλέγματος γονότυπο, ο μεγάλος αριθμός των δοκιμών (Bonferroni διορθωμένη p-value≤3.7 × 10

-4), και καμία παραδοχή της HWE για single-SNP ανάλυση. Τυπική γονοτυπική δοκιμές του συνεταιρίζεσθαι διεξήχθησαν υποθέτοντας αποτέλεσμα ένας τακτικός (log-πρόσθετο) χρησιμοποιώντας απλές δοκιμασίες για την τάση. Μέσα σε κάθε γονίδιο, χρησιμοποιήσαμε ένα ανάλυση κύριων συνιστωσών για να δημιουργήσουν ορθογώνια γραμμικοί συνδυασμοί των μεταβλητών καταμέτρηση ελάχιστο αλληλόμορφο SNP (συμπεριλαμβανομένων γονότυποι καταλόγισε χρησιμοποιώντας το πακέτο λογισμικού MACH [32]) για να παράσχει μια εναλλακτική και ισοδύναμη αντιπροσώπευση της συλλογής SNPs στο σύνολό . Το προκύπτον μικρότερο υποσύνολο των κύριων συστατικών γονιδίου επιπέδου που αντιπροσώπευαν τουλάχιστον 90% της διακύμανσης SNP συμπεριλήφθηκε σε μοντέλα παλινδρόμησης, και ειδικά για το γονίδιο ενώσεις αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα πολλαπλάσιο βαθμό τεστ λόγου ελευθερία πιθανότητας. Gene-centric σύνδεσης απλότυπος που βασίζονται σε αναλύσεις διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας οπίσθιο πιθανοτήτων όλων των πιθανών απλοτύπων για ένα άτομο (με εξαίρεση τα SNPs με τιμή p & lt HWE? 0.05), υπό την προϋπόθεση τα παρατηρούμενα γονότυπους. Ο αλγόριθμος προσδοκία μεγιστοποίησης χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση απλότυπους [33] και να δημιουργήσουν τις μεταβλητές σχεδιασμού απλότυπος που κυμαίνονται από 0 έως 2. Λόγω της ανακρίβειας που εμπλέκονται στην απλότυπους χαμηλής συχνότητας, αποκλείσαμε απλότυπους με εκτιμώμενη συχνότητα μικρότερη από δέκα. Οι αξιολογήσεις του κινδύνου μεταξύ των κοινών απλοτύπων δοκιμαστεί τις ταυτόχρονες επιδράσεις όλων των απλοτύπων σε συνδυασμό με λογιστική παλινδρόμηση? μεμονωμένες ενώσεις απλότυπος χρησιμοποίησε το πιο κοινό απλότυπο ως αναφορά. Όλες οι στατιστικές δοκιμασίες ήταν δύο όψεων, και εκτός αν αναφέρεται διαφορετικά, πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του λογισμικού SAS (SAS Institute, Inc., Cary, NC).

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Linkage οικόπεδα ανισορροπία. Γονίδια με το γονίδιο-επίπεδο ή SNP-επίπεδο p & lt? 0.05 φαίνονται? Haploview 4.1 βασίζεται στην αυτο-αναφερθεί λευκό-μη-ισπανόφωνοι ελέγχους (Barrett et al., 2005)? r2 = 0 = λευκό και r2 = 1 = μαύρο? αριθμοί αντιπροσωπεύουν r2 * 100.

doi: 10.1371 /journal.pone.0008884.s001

(1.04 MB DOC)

Εικόνα S2.

Matrix της scatterplots για τέσσερις δομή του πληθυσμού κύρια συστατικά από την αυτο-αναφερόμενη αγώνα. δομή του πληθυσμού ανάλυση κύριων στοιχείων που βασίζονται σε 1.981 συμμετέχοντες και 2.517 SNPs που περιλαμβάνει το τεκμαρτό γονότυπων? για κάθε σκέδασης, κατακόρυφο άξονα αντιστοιχεί στο συστατικό που απαριθμούνται στο διαγώνιο στοιχείο στα αριστερά του οικοπέδου, και οριζόντιο άξονα αντιστοιχεί στη συνιστώσα που απαριθμούνται στο διαγώνια κάτω από το οικόπεδο? τα αποτελέσματα δείχνουν ότι το πρώτο συστατικό διαφοροποιείται λευκό μη-ισπανόφωνοι και μαύρο μη-ισπανόφωνοι από άλλα δείγματα, ενώ το τέταρτο συστατικό βοήθησε στην περαιτέρω διαφοροποίηση της Ασίας από άλλα δείγματα? Αυτές οι τέσσερις δομή του πληθυσμού κύρια συστατικά χρησιμοποιήθηκαν ως συμπαράγοντες στις δοκιμές σύνδεσης

doi:. 10.1371 /journal.pone.0008884.s002

(0,30 MB DOC)

Πίνακα S1.

SNPs και τον κίνδυνο του καρκίνου των ωοθηκών, OR (95% CI)

doi: 10.1371 /journal.pone.0008884.s003

(0,43 MB DOC)

Πίνακας S2. αποτελέσματα

Απλότυπου για PRPF31 (παγκόσμια p-value = 0,03)

doi: 10.1371 /journal.pone.0008884.s004

(0,12 MB DOC)

Πίνακα S3.

Χαρακτηριστικά των συμμετεχόντων στην μελέτη από το site μελέτη

doi: 10.1371 /journal.pone.0008884.s005

(0,14 MB DOC)

Πίνακας S4.

SNP και πληροφορίες γονότυπο

doi: 10.1371 /journal.pone.0008884.s006

(0,56 MB DOC)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε την κα Karin Γκούντμαν και η κα . Ashley Pitzer για το θέμα πρόσληψης, η κα Michele Schmidt και ο κ Sebastian Armasu για βοήθεια σχετικά με στατιστικές αναλύσεις, και η κα Katelyn Goodman για βοήθεια με την προετοιμασία του χειρογράφου.