Αφηρημένο

Ιστορικό

αποουβικιτινίωσης ένζυμα (αποκαλεί) είναι πρωτεάσες που επεξεργάζονται ουβικιτίνη (Ub) ή προϊόντα γονιδίου ουβικιτίνης-όπως , αναδιαμορφώνει πολυουμπικιτίνης (-όπως) αλυσίδες σε πρωτεΐνες-στόχους, και την εξουδετέρωση της πρωτεΐνης ουβικιτινίωση που ασκείται από Ε3 ουβικιτίνης-λιγάσες. Μια πληθώρα μελετών απέδειξε τη συνάφεια Dubs για τον έλεγχο των φυσιολογικών διαδικασιών των οποίων ανατροπή είναι γνωστό ότι προκαλεί κυτταρικό μετασχηματισμό, συμπεριλαμβανομένων εξέλιξη του κυτταρικού κύκλου, την επιδιόρθωση του DNA, ενδοκύτωση και μεταγωγής σήματος. Αλλαγμένη έκφραση αποκαλεί μπορούσε, ως εκ τούτου, να ανατρέψει τόσο την πρωτεολυτική και τις λειτουργίες σηματοδότησης του συστήματος Ub.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Στην παρούσα μελέτη, αναφέρουμε την πρώτη ολοκληρωμένη προβολή των DUB απορρύθμισης στην ανθρώπινων καρκίνων με in situ υβριδισμού σε ιστικές μικροσυστοιχίες (ISH-ΤΜΑ). ISH-TMA έχει αποδειχθεί ότι είναι μια αξιόπιστη μεθοδολογία για να πραγματοποιήσει αυτό το είδος της μελέτης, κυρίως επειδή επιτρέπει τον ακριβή προσδιορισμό της κυτταρικής προέλευσης των σημάτων. Έτσι, τα σήματα που σχετίζονται με το συστατικό του όγκου μπορούν να διακριθούν από εκείνα που συνδέονται με το μικροπεριβάλλον του όγκου. Δείγματα που προέρχονται από διάφορους φυσιολογικούς και κακοήθεις ιστούς όγκων αναλύθηκαν, και οι «κανονικές» δείγματα προήλθαν, όποτε είναι δυνατόν, από τους ίδιους ασθενείς από τους οποίους λήφθηκαν όγκους. Από τους -90 Dubs που κωδικοποιούνται από το ανθρώπινο γονιδίωμα, 33 βρέθηκαν να εκφράζονται σε τουλάχιστον μία από τις αναλύθηκαν ιστούς, εκ των οποίων 22 μεταβλήθηκε σε καρκίνους. Επιλεγμένα Dubs υποβλήθηκαν σε περαιτέρω επικύρωση, αναλύοντας την έκφρασή τους σε μεγάλες ομάδες δειγμάτων όγκου. Αυτή η ανάλυση αποκάλυψε σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ της έκφρασης DUB και σχετικές κλινικές και παθολογικές παραμέτρους, οι οποίες σε ορισμένες περιπτώσεις ενδεικτικό της επιθετικής νόσου.

Συμπεράσματα /Σημασία

Τα αποτελέσματα που παρουσιάζονται εδώ δείχνουν ότι DUB απορρύθμισης είναι συχνή εκδήλωση του καρκίνου, και έχουν επιπτώσεις για τις θεραπευτικές προσεγγίσεις που βασίζονται στην αναστολή DUB

Παράθεση:. Luise C, Capra M, Donzelli Μ, Mazzarol G, Jodice MG, Nuciforo P, et al. (2011) Μια Άτλαντα των αλλαγμένη έκφραση αποουβικιτινίωσης ένζυμα σε ανθρώπινα καρκινικά. PLoS ONE 6 (1): e15891. doi: 10.1371 /journal.pone.0015891

Επιμέλεια: Μαρία Masucci, του Ινστιτούτου Καρολίνσκα, στη Σουηδία

Ελήφθη: 2 Οκτ 2010? Αποδεκτές: 29 Νοεμβρίου του 2010? Δημοσιεύθηκε: 25 του Γενάρη 2011

Copyright: © 2011 Luise et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από τον Associazione Italiana per la Ricerca sul Cancro, της Ευρωπαϊκής Κοινότητας (FP6 και FP7), το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο Έρευνας, οι ιταλικές Υπουργεία Παιδείας-Πανεπιστημίου-Έρευνας (MIUR) και της Υγείας, το Ίδρυμα Ferrari, η Monzino Ίδρυμα και το Ίδρυμα Cariplo να PPDF. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Η μετα-μεταφραστική τροποποίηση των πρωτεϊνών από μονο- ή πολυ-ουβικουϊτινίωση είναι κρίσιμη για τη ρύθμιση των πρωτεϊνών σταθερότητα, τη δραστηριότητα και τις αλληλεπιδράσεις. Μέσω της διαμόρφωσης αυτών των ιδιοτήτων πρωτεΐνης-στόχου, ουβικιτινίωση ελέγχει αρκετές κυτταρικά προγράμματα, συμπεριλαμβανομένων μεταγωγή σήματος, φυσαλιδώδη μεταφορά, μεταγραφή, απόπτωση, χρωματίνης αναδιαμόρφωση, και επιδιόρθωση του DNA [1] – [7]. Παρόμοια με άλλες ομοιοπολικές τροποποιήσεις, όπως φωσφορυλίωση ή μεθυλίωση, ουβικουϊτινίωση είναι αναστρέψιμη. Περίπου 100 αποουβικιτινίωσης ένζυμα (Dubs) που κωδικοποιείται από το ανθρώπινο γονιδίωμα, από τα οποία 90 φαίνεται να εκφράζεται [8]. Αυτά τα ένζυμα διασπούν το ισοπεπτιδικούς δεσμού μεταξύ του υποστρώματος και της πρωτεΐνης υπόλειμμα η ουβικιτίνη (Ub), τερματίζοντας έτσι Ub-εξαρτώμενη σηματοδότηση. Dubs ανήκουν στην υπεροικογένεια των πεπτιδασών, ειδικά στις οικογένειες κυστεΐνης και μεταλλο-πεπτιδάση. Βάσει της περιοχής Ub-πρωτεάσης, οι Dubs κυστεΐνη πεπτιδάσης μπορούν να οργανωθούν περαιτέρω σε τέσσερις υποτάξεις: Ub καρβοξυλ-τερματικού υδρολάσες, οικογένειες 1 (UCH) και 2 (USP) [9], ωοθήκης όγκους, όπως (OTU ή OTUBIAN) πρωτεάσες [10], [11], και η ασθένεια Machado-Joseph (MJD ή MACHADO) πρωτεάσες [12]. Επιπλέον, μία κατηγορία DUB μεταλλο-ενζύμων έχει περιγραφεί:. Η JAB1 /MPN /Mov34 (Jamm) της οικογένειας [13]

αποκαλεί συμμετέχουν στη ρύθμιση των διαφόρων βιολογικών λειτουργιών. Κάποια Dubs έχουν βρεθεί σε σύμπλεγμα με το πρωτεάσωμα, όπου απαιτείται η λειτουργία τους για την αποικοδόμηση των πρωτεϊνών και Ub ανακύκλωση [14], [15]. Σε άλλες περιπτώσεις, οι αποκαλεί συμμετέχουν στην αναδιαμόρφωση του περιεχομένου Ub των πρωτεϊνών στόχων, ένας μηχανισμός που αναφέρεται ως Ub-μοντάζ. Αυτή η διαδικασία θα μπορούσε να εμπλέκεται στην διάσωση των λανθασμένα ουβικουιτινωμένης πρωτεϊνών από την αποικοδόμηση του πρωτεασώματος, ή του προστίμου διαμόρφωση της ποσότητας και του τύπου των αλυσίδων Ub συνδέονται με ιδιαίτερα υποστρώματα [16]. Τέλος, και δεν προκαλεί έκπληξη δεδομένης το απέραντο εμπλοκή του συστήματος Ub στην ενδοκυτταρική σηματοδότηση, σχεδόν σε κάθε πτυχή της ρύθμισης των κυττάρων τέμνεται από αποκαλεί, συμπεριλαμβανομένης της ρύθμισης της μεταγραφής, αναδιαμόρφωσης χρωματίνης, ενδοκυτταρική φυσαλιδώδη διακίνηση, την επιδιόρθωση του DNA, την εξέλιξη του κυτταρικού κύκλου, απόπτωση, και καταρράκτες μεταγωγής σήματος κινάσης (για πρόσφατες αξιολογήσεις δείτε [17], [18]).

ανατροπή της αποκαλεί μπορούσε, ως εκ τούτου, να αλλάξει τόσο την πρωτεολυτική και τις λειτουργίες σηματοδότησης του συστήματος Ub. Αυτό αναμένεται να επηρεάσει την κυτταρική ομοιόσταση και, σε ορισμένες περιπτώσεις, να προάγουν την κυτταρική μεταμόρφωση. Πράγματι, οι δύο ογκογόνους και όγκου ρόλους καταστολέα έχουν προταθεί για αριθμό Dubs [18], [19], που οδηγεί στην ιδέα ότι θα μπορούσαν να αντιπροσωπεύουν ελκυστικούς στόχους για νέες θεραπείες καρκίνου ([20], [21] και παραπομπές εκεί) . Έτσι, μια καλύτερη κατανόηση των λειτουργικών ρόλων των Dubs στον καρκίνο θα μπορούσε να έχει σημαντικές συνέπειες για τη θεραπεία του καρκίνου, ειδικά υπό το φως της πρόσφατης προόδου στην ανάπτυξη των μικρών αναστολέων DUB-ειδικό μόριο [22]. Ωστόσο, η κατανόηση του ακριβή ρόλου του αποκαλεί το «πραγματικό» καρκίνους περιπλέκεται από το γεγονός ότι αποκαλεί έχουν πολλαπλά υποστρώματα. Έτσι, ένα άτλαντα των DUB μεταβολές στον ανθρώπινο καρκίνο θα μπορούσε να αποτελέσει ένα σημαντικό εργαλείο για να κατευθύνουν τη μελλοντική φαρμακολογική εξελίξεις. Στο γενετικό επίπεδο, μεταλλάξεις ή αναδιατάξεις /μετατοπίσεις των αποκαλεί φαίνεται σπάνια (με τη σημαντική προειδοποίηση ότι το θέμα δεν έχει ερευνηθεί εκτενώς). Αντίθετα, οι μεταβολές στα επίπεδα της έκφρασης φαίνεται να είναι πιο συχνή (για πρόσφατες αξιολογήσεις του καρκίνου που σχετίζονται με αποκαλεί, βλέπε [18], [19]). Εδώ, αναφέρουμε την πρώτη ολοκληρωμένη προβολή των αλλαγών στην έκφραση DUB σε εννέα ανθρώπινων καρκίνων. Η μελέτη αυτή αποτελεί το πρώτο βήμα προς την κατάρτιση μιας συστηματικής κατάλογο DUB απορρύθμισης στον καρκίνο.

Αποτελέσματα

Σχεδιασμός μελέτης

Ένα σχηματικό του σχεδιασμού της μελέτης απεικονίζεται στο Σχήμα 1Α. Ένα σύνολο των 89 γονιδίων που κωδικοποιούν DUB-αναλύθηκαν από

in situ υβριδισμού

(ISH) για μικροσυστοιχίες ιστό πολλαπλών όγκων (TMAs). Εμείς που απασχολούνται ISH /ΤΜΑ ως πλατφόρμα ελέγχου, επειδή, μεταξύ τεχνολογίες RNA βάση, ISH /TMA ζευγάρια τα πλεονεκτήματα της μεθοδολογίας μέσης /υψηλής απόδοσης (εκατοντάδες γονίδια μπορούν να εξεταστούν σε εκατοντάδες όγκων) με εκείνες ενός τεχνολογία υψηλής ανάλυσης (κάθε πυρήνας μπορεί να αναλυθεί με οπτικό έλεγχο, επιτρέποντας έτσι τον προσδιορισμό της κυτταρικής προέλευσης του σήματος σε ένα ετερογενές ιστού). Έχουμε επικυρωθεί προηγουμένως διεξοδικά την ειδικότητα και το δυναμικό εύρος ανίχνευσης αυτής της μεθόδου (για παράδειγμα, σε σύγκριση με εκείνα που λαμβάνονται με εξαιρετικά ποσοτικές μεθόδους, όπως η Q-PCR), σε μια σειρά μεγάλων έργων διαλογής [23] – [26 ]. Η ISH /ΤΜΑ διαλογής οδήγησε στην ταυτοποίηση του 22 Dubs που απορυθμίζεται σε ανθρώπινους καρκίνους, για ένα σύνολο 34 εμφανίσεις του απορρύθμισης (Σχήμα 1Α). Επιλεγμένα αποκαλεί υποβλήθηκαν σε περαιτέρω επικύρωση αναλύοντας την έκφρασή τους σε μεγάλες ομάδες των δειγμάτων του όγκου (Εικόνα 1Α).

Α. Ένα σχέδιο του σχεδιασμού της μελέτης παρουσιάζεται. Αριστερά (εγκλωβιστούμε σε μαύρο), τη στρατηγική και τα αποτελέσματα της ISH /TMA ελέγχου? δεξιά (εγκλωβιστούμε σε κόκκινο), η στρατηγική των εκτεταμένων αναλύσεων (λεπτομέρειες στο κυρίως κείμενο). Όλα Dubs εκφράζονται σε ανθρώπινους ιστούς (90, σύμφωνα με το [8]) αναλύθηκαν? Ωστόσο, η ακολουθία του μέλους της οικογένειας Jamm ENSG00000198817 αποσύρθηκε από τη βάση δεδομένων Ensembl? Επιπλέον, η γονιδιωματική πλαίσιο στο οποίο ανατέθηκε αυτό υποθετικό μεταγραφή (CHR2: 58,390,463-58,391,299) (βλέπε Πίνακα S1 στο [8]) τώρα αντιστοιχεί στο γονίδιο FANCL η οποία είναι ένα Ε3 λιγάση. Β Δυσλειτουργία των αποκαλεί σε ανθρώπινους καρκίνους. Οι μέσες επίπεδα έκφρασης σε διάφορους ανθρώπινους όγκους (Τ) και συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς (Ν) φαίνεται από μια ημι-ποσοτική χρωματικό κώδικα, που αντικατοπτρίζει τις μέσες βαθμολογίες ISH. Οι πραγματικές βαθμολογίες (και

P

τιμές) που παρατίθενται στον Πίνακα S3. σήμα αστερίσκους στατιστικά σημαντική (

P

≤.05) διαφορές (μαύρο αστερίσκους, προς τα πάνω ρύθμιση? κόκκινο αστερίσκους, ρύθμιση προς τα κάτω). ** Καλοηθών σπίλων χρησιμοποιήθηκαν ως κανονικός ομολόγους ιστού για μελανώματα. *** Για λεμφώματα μη Hodgkin (NHLs), χρησιμοποιήσαμε αντιδραστική ιστούς λεμφαδένων ως κανονική ομόλογό του.

Η

Ανάλυση των μεταβολών στην έκφραση DUB σε ανθρώπινους καρκίνους από ISH /TMA

Εμείς διαλογή με ISH όγκους /ΤΜΑ ~ 300, συμπεριλαμβανομένων των καρκινωμάτων του μαστού, του παχέος εντέρου-ορθού, του λάρυγγα, του πνεύμονα (μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα, NSCLCs), του στομάχου, των νεφρών και του προστάτη, μη-Hodgkin λεμφωμάτων (NHLs) και μελανώματα (η σύνθεση του TMAs περιγράφεται στον πίνακα S1). Επιπλέον, έχουμε διαλογή ~260 φυσιολογικά δείγματα από τους ίδιους τους ιστούς (συχνά, και όποτε είναι δυνατόν, από τον ίδιο ασθενή, βλέπε Πίνακα S1? Για NHL, χρησιμοποιήσαμε αντιδραστικά ιστό λεμφαδένα ως την κανονική ομολόγου, ενώ για το μελάνωμα χρησιμοποιήσαμε καλοηθών σπίλων ). Οι 89 προβληθεί αποκαλεί περιλαμβάνονται 55 ΦΠΚΥ, 4 UCHs, 5 MJDs, 13 Otus, και 12 JAMMs (που αναφέρονται και περιγράφονται στον πίνακα S2).

Από τους 89 που αναλύθηκαν μεταγραφές, 33 (37%) θα μπορούσε να ανιχνευθεί ( ISH σκορ & gt? 1) σε τουλάχιστον μία από τις αναλύθηκαν ιστούς (Πίνακας S3). Τα υπόλοιπα γονίδια ήταν είτε μη ανιχνεύσιμα (40 γονίδια) ή μόλις (16 γονίδια) ανιχνεύσιμη στα αναλύθηκαν ιστούς, πιθανόν λόγω της χαμηλής αφθονίας mRNA. Αξίζει να σημειωθεί ότι σε όλες τις περιπτώσεις στις οποίες αντινοηματικοί ανιχνευτές έδωσε θετικά σήματα, το αντίστοιχο ανιχνευτή έννοια, χρησιμοποιήθηκε ως αρνητικός έλεγχος, δεν αποφέρει κανένα αισθητό σήμα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Η πλήρης σειρά των αποτελεσμάτων παρουσιάζεται στον Πίνακα S2 και S3 Πίνακα.

Είκοσι δύο Dubs ήταν απορρυθμισμένης (67% του συνόλου των ανιχνεύσιμων γονιδίων και ~ 25% όλων των γονιδίων σε διαλογή) με στατιστικά σημαντικό τρόπο (Εικόνα 1Β , και πίνακες S2 και S3) σε τουλάχιστον ένα τύπο όγκου (βλέπε Σχήμα 2 για αντιπροσωπευτικά παραδείγματα). Έντεκα άλλες mRNAs DUB (CYLD, USP2, USP4, USP7, USP15, USP18, USP21, USP25, USP49, PRPF8, OTUB1) εκφράστηκαν σε διάφορους ιστούς ή όγκους, αλλά δεν απορυθμίζεται σημαντικά (βλέπε πίνακα S3). Συνολικά, υπήρξαν 34 περιπτώσεις στις οποίες ένα συγκεκριμένο DUB σημαντικά απορρυθμισμένη σε έναν συγκεκριμένο τύπο όγκου, σε σχέση με την κανονική ομόλογό? Από αυτούς, 22 (65%) ήταν upregulations, ενώ 12 (35%) ήταν downregulations (Σχήμα 1Β). Εντυπωσιακά, 9 upregulations συνέβη σε καρκινώματα του λάρυγγα, ενώ 6 downregulations συνέβη στο NHL. καρκίνωμα του μαστού ήταν ο μόνος τύπος όγκου στον οποίο παρατηρήσαμε τόσο πάνω και κάτω κανονισμούς. Δεν Dubs ήταν σημαντικά απορρυθμισμένη σε καρκινώματα του προστάτη, και μόνο ένας βρέθηκε στο νεφρό (UCHL1, μειωτικά), υποδηλώνοντας ότι οι διαφορετικοί τύποι όγκων εμφανίζουν διαφορετικά επίπεδα μεταβολή του μηχανήματος αποουβιτικινίωσης. Τέλος, ενώ το 15 Dubs βρέθηκαν να απορυθμίζεται σημαντικά σε μόνο έναν τύπο καρκίνου, 7 (UCHL1, USP9X, USP11, USP10, USP22, COPS5 και COPS6) που εμφανίζονται πολλαπλές μεταβολές σε δύο ή περισσότερους τύπους όγκων (Σχήμα 1Β).

Παραδείγματα των δεδομένων που συνοψίζονται στην Εικόνα 1Β δείχνεται για φυσιολογικών και καρκινικών ιστών. Σε κάθε ζεύγος, το άνω πάνελ είναι ένα λαμπρό πεδίο (για μορφολογική αξιολόγηση) και το κάτω φύλλο είναι ένα σκοτεινό πεδίο (μεταγραφές εμφανίζονται ως φωτεινές κουκκίδες). Μεγεθύνσεις επιλεγμένων περιοχών παρουσιάζονται επίσης κάτω από κάθε επιμέρους πυρήνα.

Η

Με θεραπευτικές επιπτώσεις κατά νου, οι πιο ενδιαφέρουσες Dubs ήταν αυτές που εκφράζεται σε χαμηλά ή μη ανιχνεύσιμα επίπεδα στους περισσότερους φυσιολογικούς ιστούς, ενώ ρυθμίζεται προς τα πάνω σε τουλάχιστον έναν τύπο όγκου. Σε αυτές τις περιπτώσεις, οι απορυθμισμένη Dubs εμφανίζονται συχνά υπερέκφραση μόνο σε ένα κλάσμα του δείγματα όγκων, γεγονός που υποδηλώνει ότι τα επίπεδά τους θα μπορούσε επίσης να είναι χρήσιμη για τη διαστρωμάτωση των ασθενών για την επιλεξιμότητα για θεραπεία αντι-DUB. Για παράδειγμα, UCHL1 σε καρκινώματα του πνεύμονα (παρομοίως στα καρκινώματα λάρυγγα) ήταν έντονα εκφράζεται σε 7 από τις 25 δείγματα όγκου (28%), ενώ ήταν εντελώς μη ανιχνεύσιμο στην κανονική ομόλογό. Επιπλέον, USP31 ήταν εντόνως εκφρασμένο σε 8 από τα 27 καρκινώματα λάρυγγα (30%), και μόνο σε 2 από τα 31 φυσιολογικούς ιστούς, όπου η έκφραση του περιορίστηκε στην πολλαπλασιαστική βασική στιβάδα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Επέκταση ανάλυση επιλεγμένων αποκαλεί σε μεγάλες ομάδες ασθενών όγκου

Για να διερευνήσουν περαιτέρω τις μεταβολές των αποκαλεί σε ανθρώπινους καρκίνους, αναλύσαμε την έκφραση των επιλεγμένων αποκαλεί σε μεγάλες ομάδες των ανθρώπινων όγκων. Έχουμε επικεντρωθεί στην NSCLCs και μελανώματα ως παραδείγματα των όγκων που φιλοξενούν συχνά προς τα πάνω ρύθμιση αποκαλεί, και των γαστρικών καρκινωμάτων ως παραδείγματα των όγκων εμφανίζει αρνητική ρύθμιση των αποκαλεί

Σε NSCLCs, τέσσερις αποκαλεί σημαντικά υπερεκφράζεται:. JOSD1, COPS5 UCHL1 και USP9X ( Εικόνα 1Β). JOSD1 εξακολουθεί να μη χαρακτηρισμένα εντελώς σε λειτουργικό επίπεδο, και ως εκ τούτου δεν ερευνήθηκε περαιτέρω. COPS5, από την άλλη πλευρά, έχει χαρακτηριστεί εκτενώς σε όγκους, συμπεριλαμβανομένων NSCLCs (βλέπε Συζήτηση), καθιστώντας επιπλέον χαρακτηρισμός του λιγότερο αναγκαία. Εμείς συγκεντρώνεται, ως εκ τούτου, από την ανάλυση των UCHL1 και USP9X από ISH /ΤΜΑ σε μια συλλογή περίπτωση 420 συνεχόμενες NSCLC δείγματα (που περιγράφεται στον Πίνακα S4). Παρατηρήσαμε ότι η έκφραση UCHL1 συσχετίζεται άμεσα (Ρ & lt? 0.001) με βαθμό του όγκου, του φύλου και της έκφρασης Ki67, ενώ η έκφραση USP9X συσχετίζονται απευθείας με την έκφραση Κί67 (Ρ & lt? 0,001? Πίνακας 1). Επιπλέον, και οι δύο αποκαλεί τα πιο συχνά εκφράζεται σε καρκινώματα πλακωδών κυττάρων του πνεύμονα (ΕΣΕ), σε σύγκριση με αδενοκαρκινώματα (AC).

Η

Στην αρχική διαλογή των δειγμάτων μελανώματος, πέντε γονίδια (USP10, USP11, USP22, USP48 και COPS5) ήταν σημαντικά υπερεκφράζεται, σε σύγκριση με καλοηθών σπίλων. Πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση σε βάθος σε τέσσερις από αυτούς (COPS5 δεν αναλύθηκε για τους λόγους που αναφέρονται στην προηγούμενη παράγραφο) σε μια μεγάλη συλλογή περίπτωση μελανώματος (που περιγράφεται στον Πίνακα S5). Η έκφραση τρεις από τις τέσσερις ανάλυσης των γονιδίων (USP10, USP11, USP22) ήταν σημαντικά υψηλότερη στην μεταστατικό μελάνωμα σε σύγκριση με καλοηθών σπίλων και πρωτόγονης όγκων (Πίνακας 2), υποδηλώνοντας ότι η έκφραση τους συσχετίζεται με μια πιο επιθετική και διηθητική φαινότυπο. Αυτό το συμπέρασμα υποστηρίζεται από τη σημαντική συσχέτιση παρατηρήθηκε μεταξύ της έκφρασης DUB και κλινικο-παθολογικές παραμέτρους ενδεικτικές της νόσου σε προχωρημένο στάδιο (Πίνακας 2), συμπεριλαμβανομένου του δείκτη Breslow (για USP10 και USP22), ο δείκτης Clark (για USP22, USP11 εμφανίζεται μια οριακή συσχέτιση) , η παρουσία του έλκους (για USP10 και USP22), και ο αριθμός των μιτωτικών κυττάρων (για USP10 και USP22, USP11 εμφάνισε οριακή συσχέτιση). έκφραση USP48 δεν συσχετίστηκε με οποιαδήποτε κλινικο- παθολογικών παραμέτρων αφού χαμηλά επίπεδα μεταγραφήματος ανιχνεύθηκαν σε όλα σχεδόν τα δείγματα όγκων (& gt? 95%, τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Έτσι, σε ένα σημαντικό αριθμό περιπτώσεων μελανώματος, DUB έκφραση συσχετίζεται με μερικές από τις ισχυρότερες γνωστές προγνωστικούς παράγοντες, προβάλλοντας τη χρησιμότητά τους σε προγνωστικά μοντέλα.

Η

Τέλος, μετρήθηκε η έκφραση του USP1 σε γαστρικό καρκίνο «εξέλιξη» ΤΜΑ περιέχουν φυσιολογικό γαστρικό επιθήλιο, εντερική μεταπλασία, δυσπλασία, πρωτογενή καρκινώματα και μεταστάσεις (Πίνακας S6). Παρατηρήσαμε ότι η έκφραση του USP1 χάθηκε κατά τη μετάβαση από την κανονική προς μεταπλασίας κατάσταση (Πίνακας 3, βλέπε επίσης Σχήμα 1Β και το Σχήμα S1). Όλα τα μη φυσιολογικά και νεοπλασματικά γαστρικό ιστούς ήταν αρνητικά για την έκφραση USP1, ενδεχομένως, υποδεικνύοντας ότι το γεγονός αυτό συσχετίζεται με τα αρχικά στάδια του μετασχηματισμού του γαστρικού βλεννογόνου.

Η

Συζήτηση

Εδώ, σας παρέχουμε την πρώτο άτλαντα των μεταβολών της έκφρασης DUB σε ανθρώπινους καρκίνους. Το πλήρες ρεπερτόριο των Dubs κωδικοποιούνται από το ανθρώπινο γονιδίωμα αναλύθηκε σε εννέα τύπους καρκίνου, στα οποία περιλαμβάνονται τα τέσσερα πιο συχνές μορφές καρκίνου (πνεύμονα, του προστάτη, του μαστού, του παχέος εντέρου-ορθού), και τα οποία αντιπροσωπεύουν τρίτα ~two όλων των περιπτώσεων καρκίνου και του καρκίνου θανάτων στον δυτικό κόσμο.

Είκοσι δύο Dubs βρέθηκαν να απορυθμίζεται σημαντικά σε τουλάχιστον έναν τύπο καρκίνου. Σε επτά περιπτώσεις (UCHL1, USP9X, USP11, USP10, USP22, COPS5 και COPS6), απορύθμιση παρατηρήθηκε σε περισσότερους από έναν τύπο όγκου. Λαμβάνοντας υπόψη ότι μόνο 33 από τα 89 διαλογή Dubs εμφανίζεται ποσοτικά σήματα ISH, φαίνεται ότι τα ένζυμα αυτά συχνά μεταβάλλονται σε ανθρώπινους καρκίνους. Προφανώς, απορρύθμισης σε όγκους δεν συνιστά

per se

στοιχεία για μια αιτιώδη εμπλοκή σε καρκίνο. Σε όλο αναλύσεις μας, όμως, παρατηρείται μια συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης των επιλεγμένων αποκαλεί και των σχετικών κλινικο-pathalogical παραμέτρους, σε ορισμένες περιπτώσεις, ενδεικτικό της επιθετικής νόσου. Αυτά τα δεδομένα υποστηρίζουν την ιδέα ότι τουλάχιστον κάποιες από τις ανιχνεύεται dysregulations μπορεί να έχει κάποιο ρόλο στην ογκογένεση. Επιπλέον, ορισμένα από τα οποία χαρακτηρίζεται από Dubs θα μπορούσε να παράσχει χρήσιμοι δείκτες για διαγνωστικό /προγνωστικό αξιολόγησης (π.χ., USP10, USP11 και USP22 σε μελάνωμα), ή θα μπορούσε να αντιπροσωπεύει θεραπευτικοί στόχοι (π.χ., Dubs που είναι εντόνως εκφρασμένα σε όγκους, αλλά απουσιάζει σε φυσιολογικούς ιστούς ), ανεξάρτητα από τον ακριβή ρόλο τους στην ογκογένεση.

Πολλά από τα απορυθμισμένη αποκαλεί εντοπιστεί εδώ έχουν ήδη αποδειχθεί ότι εμπλέκονται στον καρκίνο (για πρόσφατες αξιολογήσεις δείτε [18], [19]). Για παράδειγμα, COPS5 υπερεκφράζεται σε διάφορους τύπους όγκων [27], [28], και η υπερέκφραση του συνδέεται με μικρή ελεύθερη νόσου και συνολική επιβίωση στον καρκίνο του πνεύμονα [29], [30]. Πράγματι, COPS5 έχει προταθεί ως ένας στόχος για την ανάπτυξη φαρμάκων κατά του καρκίνου [31].

έκφραση USP9X έχει δειχθεί ότι προάγει την αυτο-ανανέωση των εμβρυϊκών βλαστικών κυττάρων που προέρχονται από νευρικά προγονικά, που ενεργεί ως ένα νευρωνικό βλαστική ικανότητα γονίδιο [32]? προωθεί την κυτταρική επιβίωση μέσω της σταθεροποίησης MCL1, η οποία είναι απαραίτητη για την επιβίωση των βλαστικών και των προγονικών κυττάρων των πολλαπλών σειρών [33]. Βρήκαμε USP9X υπερεκφράζεται στον καρκίνο του πνεύμονα, γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτό το γεγονός θα μπορούσε να συνδεθεί με την επέκταση του διαμερίσματος καρκινικού κυττάρου αρχέγονων σε αυτή όγκου:. Δυνατότητα που δικαιολογεί περαιτέρω έρευνα

Προς τα πάνω ρύθμιση της έκφρασης UCHL1 παρατηρήθηκε σε βρογχικές βιοψίες των καπνιστών σε σύγκριση με τους μη καπνιστές [34], και η έκφρασή του έχει συνδεθεί με την έκβαση της νόσου σε καρκίνο του πνεύμονα [35], [36]. Επιπλέον UCHL1 έκφραση στον καρκίνο που σχετίζεται με ινοβλάστες του καρκίνου του παχέος εντέρου βρέθηκε να είναι ένας ανεξάρτητος προγνωστικός παράγοντας για τη συνολική και επιβίωση χωρίς υποτροπή [37]. Τέλος, η υπερέκφραση του επιταχύνθηκε έντονα lymphomagenesis στην Εμ-myc διαγονιδιακών ποντικών μέσω της ενίσχυσης της ΑΚΤ σηματοδότησης [38].

Ένα άλλο παράδειγμα αντιπροσωπεύεται από USP22, η οποία αποτελεί μέρος μιας μικρής ομάδας γονιδίων δείκτη ικανό πρόβλεψη μεταστατικό δυναμικού και θεραπευτικό αποτέλεσμα στον ανθρώπινο καρκίνο [39], [40]. USP22 υπερεκφράζεται σε ορθοκολικό καρκίνο και την ενεργοποίησή του συνδέεται με την εξέλιξη του όγκου και την αποτυχία της θεραπείας [41]. USP22 μπορεί να ασκήσει ογκογόνο δυναμικό του μέσω του ΒΜΙ-1 ογκογονίδιο καθοδηγείται μονοπάτι υπογραφή με ενεργοποίηση c-Myc στόχευσης γονιδίων, όπως κυκλίνη D2 [41]. Αξίζει να σημειωθεί ότι η θεραπεία με USP22-ειδικό siRNA και aiRNA (ασύμμετρο παρεμβαλλόμενο RNA) αναστέλλει την ανάπτυξη των εμφυτευμένων όγκων της ουροδόχου κύστης in vivo [42], ενδεχομένως μέσω της προς τα κάτω ρύθμιση Mdm2 και κυκλίνη Ε, με αποτέλεσμα την σταθεροποίηση του ρ53 και ρ21 και επακόλουθη διακοπή του κυτταρικού κύκλου [42].

σε όλες αυτές τις περιπτώσεις, τα ευρήματά μας υποστηρίζουν την ιδέα ότι αυτά τα αποκαλεί διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στον καρκίνο του ανθρώπου, και την περαιτέρω θέτουν το ερώτημα των οποίων είναι οι μοριακοί μηχανισμοί που ευθύνονται για την απορρύθμιση τους. Επιπλέον, θα είναι ενδιαφέρον να ελέγξετε αν γενετικές αλλοιώσεις που επηρεάζουν άμεσα τα γονίδια για διατριβές ένζυμα μπορούν να αποδεικνύεται στον καρκίνο.

Αντίθετα, για πολλούς άλλους αποκαλεί (USP31, USP39, USP48, PSMD14, USP1, PSMD7 , STAMBP, USP16, USP24, COPS6, EIF3S5 και JOSD1) ευρήματά μας αποτελούν, για το καλύτερο της γνώσης μας, την πρώτη έκθεση των μεταβολών στον καρκίνο. Δύο από αυτές τις αποκαλεί, PSMD7 και PSDM14, είναι συστατικό στοιχείο του πρωτεασώματος, και θα μπορούσε, επομένως, να έχουν άμεση σχέση με τη θεραπεία, συμπεριλαμβανομένων διαστρωμάτωση των ασθενών, υπό το πρίσμα του γεγονότος ότι η βορτεζομίμπη αναστολέας πρωτεασώματος έχει ήδη εγκριθεί για τη θεραπεία του πολλαπλού μυελώματος και λέμφωμα κυττάρων μανδύα [43], και ότι επιπλέον κλινικές δοκιμές για τη θεραπεία των συμπαγών όγκων και άλλων αιματολογικών κακοηθειών βρίσκονται σε εξέλιξη [44]. Ειδικότερα, PSMD14 εντοπίστηκε ως σημαντικό DUB του συγκροτήματος καπακιού 19S του πρωτεασώματος [45]. Η δραστηριότητά του είναι απαραίτητη για την αποουβικιτινίωση υπόστρωμα κατά τη διάρκεια της αποικοδόμησης του πρωτεασώματος [46], και μπορεί επίσης να παίζουν ένα ρόλο στην επεξεργασία του polyubiquitinated υποστρωμάτων ως μέσο για τον έλεγχο της υποβάθμισης, ενδεχομένως σε πρωτεασώματος τρόπο ανεξάρτητο [47], [48]. Επιπλέον PSMD14 έχει αποδειχθεί ότι αποουβικιτινιώνει τον παράγοντα Jun μεταγραφής? υπερέκφραση του συμβάλλει στη σταθεροποίηση και την ενεργοποίηση των γονιδίων στόχων κατάντη του [49] JUN, παρέχοντας έτσι μέτρια αντίσταση σε χημειοθεραπευτικά φάρμακα [50]. Θα είναι επομένως ενδιαφέρον να αξιολογηθεί κατά πόσον η πιθανή συμβολή της PSMD14 στον καρκίνο του ανθρώπου συμβαίνει μέσω proteosomal-εξαρτώμενη ή ανεξάρτητη από τις λειτουργίες.

Η πιθανή συνάφεια των DUB απορρύθμισης σε καρκίνους του ανθρώπου εκτιμάται καλύτερα στο πλαίσιο των διαθέσιμων γνώσεις σχετικά με το ρόλο τους σε βιοχημικές κυκλωματικούς εμπλέκεται στην κυτταρική ρύθμιση. Ενώ μια ολοκληρωμένη συζήτηση των γνωστών λειτουργιών όλων των απορυθμισμένη αποκαλεί προσδιορίζονται στην παρούσα μελέτη θα είναι αδύνατο εδώ (βλέπε όμως Πίνακα S2 και [8], [18], [19] για τις πρόσφατες αναθεωρήσεις των βιοχημικών λειτουργιών των αποκαλεί εμπλέκονται στον καρκίνο ), θα ήθελα να επισημάνω εν συντομία μερικά από τα λειτουργικά χαρακτηριστικά των αποκαλεί που έχουν εκτενώς επικυρωθεί στην παρούσα μελέτη (USP9X, UCHL1, USP1, USP10, USP11, και USP22). Αυτά τα Dubs εμπλέκονται στην ρύθμιση κυτταρικών λειτουργιών που σχετίζονται με τον καρκίνο, συμπεριλαμβανομένων των μονοπατιών μεταγωγής σήματος, την απόπτωση, τη μεταγραφή, τη ρύθμιση της χρωματίνης, και των διεργασιών επιδιόρθωσης του DNA.

USP9X, UCHL1 και USP11 έχουν εμπλακεί στη ρύθμιση της μονοπάτια μεταγωγής σήματος. USP9X αλληλεπιδρά με β-κατενίνης

in vitro

και

in vivo

[51], [52] και πιθανώς μεσολαβεί αποουβικιτινίωση της, αυξάνοντας έτσι ο χρόνος ημιζωής της [51]. UCHL1 μπορεί να εμπλέκονται στην ίδια οδό, δεδομένου ότι αποτελεί ενδογενή σύμπλοκα με β-κατενίνης, σταθεροποιεί αυτό, και ρυθμίζει αυξητικά β-κατενίνης /TCF-εξαρτώμενης μεταγραφής [53]. Επιπλέον, UCHL1 και β-κατενίνης μπορεί να ρυθμίσει θετικά ο ένας τον άλλο [53]. Τα αποτελέσματα της USP9X, και, ενδεχομένως, του UCHL1, θα μπορούσε επομένως μιμούνται την ενεργοποίηση της οδού σηματοδότησης Wnt, το οποίο είναι γνωστό ότι προκαλεί σταθεροποίηση β-κατενίνης και μετατόπιση εντός του πυρήνα, και έχει εμπλακεί σε μία ποικιλία καρκίνων του ανθρώπου (για επισκοπήσεις βλέπε [ ,,,0],54] – [57]). USP9X θα μπορούσε επίσης να λειτουργήσει ως ρυθμιστής του μονοπατιού TGF-β, ένα άλλο κύκλωμα σηματοδότησης μεγάλη σημασία για τον καρκίνο (ανασκόπηση στο [58]), όπως αποδεικνύεται από το γεγονός ότι η απώλεια της USP9X καταργεί πολλαπλές απαντήσεις γονίδιο TGF-β [59]. Μηχανιστικά, αυτό μπορεί να εξαρτάται από την ικανότητα του να ενεργοποιεί USP9X Smad4 αφαιρώντας monoubiquitination της, η οποία με τη σειρά της εμποδίζει τον σχηματισμό του τελεστή SMAD2 /Smad4 συγκρότημα [59]. Τέλος, USP11 εμπλέκεται στη ρύθμιση του μονοπατιού σηματοδότησης ΝΡ-κΒ [60], [61].

Υπάρχουν στοιχεία ότι USP9X και USP10 μπορεί να εμπλέκεται σε οδούς κυτταρικής επιβίωσης. USP9X αφαιρείτην ουμπικουϊτίνην και σταθεροποιεί MCL-1, ένα προ-επιβίωσης μέλος της οικογένειας BCL2 [33], του οποίου η υπερέκφραση συνδέεται με αρκετές νεοπλαστικές συνθήκες [62] – [64]. USP10, από την άλλη πλευρά, έχει δειχθεί ότι είναι υπεύθυνη για την αποουβικιτινίωση της ρ53 στο κυτταρόπλασμα, επιτρέποντας τη σταθεροποίηση του και την εκ νέου είσοδο στο πυρήνα. Πράγματι, προς τα κάτω ρύθμιση USP10 μειώνει τη σταθερότητα p53 και αυξάνει τον πολλαπλασιασμό των καρκινικών κυττάρων [65], προβάλλοντας έτσι ένα ρόλο ως καταστολέας όγκου. Είναι ενδιαφέρον, ωστόσο, USP10 μπορεί επίσης να λειτουργήσει σαν ένα ογκογονίδιο, με την προώθηση του πολλαπλασιασμού καρκινικών κυττάρων σε κύτταρα που φιλοξενούν μεταλλαγμένο p53 [65], μια εκδήλωση πιθανώς συνδέεται με το γεγονός ότι ορισμένες μεταλλάξεις ρ53 εμφανίζουν ανώμαλη δραστικότητα κέρδος-of-λειτουργία που σταθεροποιείται μέσω αποουβιτικινίωσης από USP10.

υπάρχουν επίσης στοιχεία για τη συμμετοχή των USP22 και USP1 σε μια σειρά από πυρηνικά συμβάντα, συμπεριλαμβανομένης της οργάνωσης της χρωματίνης και τελομερή, και την επιδιόρθωση του DNA, η ανατροπή του οποίου μπορεί να οδηγήσει σε κυτταρικό μετασχηματισμό. USP22 είναι απαραίτητη για την κατάλληλη πρόοδο διαμέσου του κυτταρικού κύκλου, και είναι ένα συστατικό του συμπλόκου ανθρώπινης SAGA, ένας μεταγραφικός σύμπλεγμα συν-ενεργοποιητή. Μέσα SAGA, USP22 καταλύει την αποουβιτικινίωσης των ιστονών 2Α και 2Β, ως εκ τούτου, εξουδετερώνοντας ετεροχρωματίνη αποσιώπηση [66]. Επιπλέον, αφαιρείτην ουμπικουϊτίνην TRF1, ένα συστατικό του συμπλόκου νουκλεοπρωτεϊνης τελομερών που λειτουργεί ως αναστολέας της τελομεράσης [67], επηρεάζοντας έτσι τη σταθερότητα TRF1 και επιμήκυνση των τελομερών [68]. Τέλος, USP1 αφαιρείτην ουμπικουϊτίνην και αδρανοποιεί δύο συστατικά των μηχανισμών επιδιόρθωσης του DNA: FANCD2 (ένα συστατικό του μονοπατιού Fanconi αναιμία) [4], [69] και PCNA [70]. Ουβικιτινίωση FANCD2 και PCNA είναι σημαντική για τους ρόλους τους στην επιδιόρθωση του DNA [71], [72], υποδηλώνοντας ότι η ανατροπή του USP1 σε ανθρώπινους καρκίνους θα μπορούσαν να προσκρούουν στις γεγονότα μετασχηματισμού μέσω μεταβολών των οδών επιδιόρθωσης του DNA.

Τέλος, η interactome ανθρώπινων Dubs έχει πρόσφατα αναφερθεί [73], η οποία συνδέει μεταγλωττίζει σε διάφορες κυτταρικές διαδικασίες, συμπεριλαμβανομένων των εργασιών πρωτεΐνη, μεταγραφή, επεξεργασία RNA, βλάβη του DNA, και ενδοπλασματικό δίκτυο που σχετίζεται με την υποβάθμιση. Η interactome DUB παρέχει τα θεμέλια, πάνω στο οποίο μπορούν τώρα να προστεθούν επιπλέον στρώματα πολυπλοκότητας, όπως άτλαντα των DUB αλλοιώσεις στον καρκίνο που αναφέρονται εδώ, για να οικοδομήσουμε ένα χάρτη αναφοράς για την πλειοτροπική συμμετοχή αποκαλεί στην κυτταρική ομοιόσταση.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

γραπτή συγκατάθεση για την έρευνα χρήση των βιολογικών δειγμάτων που λαμβάνονται από όλους τους ασθενείς, και το ερευνητικό πρόγραμμα εγκρίθηκε από την Επιτροπή Δεοντολογίας Θεσμικών. Τρέχουσα Μέλη της Επιτροπής Δεοντολογίας ΙΕΟ: Luciano Martini (Πρόεδρος), Διευθυντής του Ινστιτούτου Ενδοκρινολογίας, Μιλάνο? Apolone Giovanni (Αντιπρόεδρος), Αρχηγός της Μεταγραφική και Αποτέλεσμα Research Laboratory και το «Mario Negri» Ινστιτούτο, το Μιλάνο? Bonardi Μαρία Santina, επικεφαλής της Νοσηλευτικής Υπηρεσίας – Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας, Μιλάνο? Cascinelli Natale, Επιστημονικός Διευθυντής – Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, το Μιλάνο? Gallus Giuseppe, Διευθυντή Διεύθυνσης – Ινστιτούτο Ιατρικής Στατιστικής – Μιλάνο? Γκαστάλντι Stefano, Ψυχολόγος και Ψυχοθεραπεύτρια, Επιστημονικός Διευθυντής της Attivecomeprima? Goldhirsch Aron, Διευθυντής του Τμήματος Ιατρικής – Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας, Μιλάνο? La Pietra Leonardo, Chief Medical Officer – Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας, Μιλάνο? Loi Umberto, Εξαγωγή στις νομικές διαδικασίες, Monza? Martini Luciano (Presidente), Διευθυντής – Ινστιτούτο Ενδοκρινολογίας, Μιλάνο? Merzagora Francesca, ο Πρόεδρος της Ιταλικής Forum της Europa Donna, Μιλάνο? Omodeo Πώληση »Emanuela, Διευθυντής Φαρμακευτικών Υπηρεσιών, Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας, Μιλάνο? Pellegrini Maurizio, επικεφαλής της τοπικής Υγείας District, το Μιλάνο? Rotmensz Nicole, Προϊστάμενος της Μονάδας Ελέγχου Ποιότητας, Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας, Μιλάνο? Tomamichel Michele, Διευθυντής, Sottoceneri Τομέα Καντονιών Οργανισμού Sociopsychiatric, Λουγκάνο? Monsignor Vella Charles, βιοηθικής και θεολόγος, S. Raffaele Hospital και Επιστημονικό Ινστιτούτο, το Μιλάνο? Veronesi Umberto, Επιστημονικός Διευθυντής, Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας, Μιλάνο

ΠΑΡΑΤΗΡΗΤΕΣ:. Ciani Κάρλο, Διευθύνων Σύμβουλος, Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας, Μιλάνο? Della Porta Giuseppe, Έρευνας Συντονιστής, Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας, Μιλάνο? Michelini Stefano, Διευθύνων Σύμβουλος, Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας, Μιλάνο

ΓΡΑΜΜΑΤΕΙΑ ΓΡΑΦΕΙΟ:. Νόνης Atanasio (κεφάλι), ελεγχομένων κλινικών μελετών Γραφείο, Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας, Μιλάνο? Tamagni Daniela (Επίκουρος), ελεγχομένων κλινικών μελετών Γραφείο, Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας, Μιλάνο.

Αναγνώριση και επιλογή αποκαλεί, πρότυπα cDNA και την προετοιμασία ανιχνευτή

Χρησιμοποιήσαμε το Pfam (Pfam 22,0, Ιούλιος 2007) [74], η Interpro (Interpro 16.0, Αύγουστος 2007, https://www.ebi.ac.uk/interpro/), και το Smart βάσεις δεδομένων για να ανακτήσει όλες τις πρωτεΐνες που περιέχουν ένα από τα πεδία πέντε Ub-πρωτεάσης. Μετά την αφαίρεση επικαλυπτόμενες ακολουθίες, εντοπίσαμε 55 ΦΠΚΥ, 4 UCHs, 5 MJDs, 13 Otus, και 12 JAMMs, που αντιπροσώπευε το 89 γονίδια που ελέγχονται TMAs (Πίνακας S2).

EST κλώνοι ελήφθησαν από ΕΛΕΓΧΟ μας σπίτι Unigene κλώνος συλλογή, ή από imagenes (https://www.imagenes.de/). Όλοι οι κλώνοι επαληθεύτηκαν αλληλουχία. BLAST έρευνες διεξήχθησαν για να προσδιοριστούν οι πιο συγκεκριμένες ~ 300 bp περιοχές, από κοινού με τον υψηλότερο αριθμό των παραλλαγών μεταγραφής για κάθε μεμονωμένο γονίδιο, και ριβοανιχνευτές συντέθηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [23].

δείγματα ιστών

Για τη μελέτη προσυμπτωματικού ελέγχου μεγάλης κλίμακας, φορμόλη σταθερό και δείγματα παραφίνης ενσωματωμένο δόθηκαν από την Παθολογία Τμήματα Ospedale Maggiore (Νοβάρα), Presidio Ospedaliero (Vimercate), και Ospedale Sacco (Μιλάνο). Τα δείγματα μαζεύτηκαν πάνω σε διαφορετικές TMAs (Πίνακας S1), που παρασκευάστηκε ουσιαστικώς όπως περιγράφηκε προηγουμένως [23], [25], [75]. Κάθε δείγμα παρατάσσονται εις διπλούν (επίσης για την TMAs μηχανικής για τα εκτεταμένα αναλύσεων, δείτε παρακάτω). Λεπτομέρειες της μηχανικής TMA είναι στον πίνακα S1

Για τις εκτεταμένες αναλύσεις αντιπροσωπευτικών αποκαλεί, χρησιμοποιήσαμε τρεις διαφορετικές ομάδες:.

Καρκίνος του πνεύμονα ομάδα. Σχεδιάσαμε πνεύμονα ειδικά TMAs αποτελείται από 420 NSCLCs (244 αδενοκαρκινώματα και 176 καρκινώματα πλακωδών κυττάρων), που παρέχεται από το Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας (Μιλάνο). Τα κλινικά και παθολογικά χαρακτηριστικά αναφέρονται στον Πίνακα S4.

Το μελάνωμα ομάδα. Σχεδιάσαμε ένα TMA μελάνωμα-εξέλιξη αποτελείται από 32 καλοήθεις βλάβες (σπίλοι), 138 πρωτογενή μελανώματα, και 62 μεταστατικό μελάνωμα που παρέχονται από την Παθολογία Τμήματα του Ospedale S. Paolo (Μιλάνο) και από το Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Ογκολογίας (Μιλάνο). Κλινικά και παθολογικά χαρακτηριστικά είναι στον Πίνακα S5.

Γαστρικό ομάδα του καρκίνου.