Αφηρημένο

χρωμόσωμα 8q24 είναι η πιο συχνά ενισχυμένη περιοχή σε πολλούς τύπους καρκίνου, και το τυπικό μήκος της ενίσχυσης δείχνει ότι η στόχευση των επιπλέον γονίδια για να

MYC

. Για να διερευνήσουν το ρόλο των γονιδίων συχνότερα περιλαμβάνονται στο 8q24 πολλαπλασιασμούς, αναλύσαμε την σχέση μεταξύ αριθμού αντιγράφου μετατροπές και γονιδιακή έκφραση σε τρία σύνολα ενδομητρίου καρκίνων (Ν = 252)? και σε γλοιοβλάστωμα, των ωοθηκών, του μαστού και του καρκίνου προφίλ με TCGA. Μεταξύ των γονιδίων γειτονικών

MYC

, η έκφραση του γονιδίου bromodomain περιέχει

ATAD2

ήταν η πιο σχετίζεται με την ενίσχυση. Bromodomain περιέχουν γονίδια έχουν ενοχοποιηθεί ως μεσολαβητές MYC μεταγραφική λειτουργία, και μάλιστα

ATAD2

έκφραση ήταν πιο στενά συνδεδεμένη με την έκφραση των γονιδίων που είναι γνωστό ότι ρυθμίζεται προς τα πάνω από MYC ό, τι ήταν

MYC

ίδια. Ενισχύσεις της 8q24, η έκφραση των γονιδίων καθοδικά από MYC, και η υπερέκφραση του

ATAD2

προβλεπόμενη κακή έκβαση και αυξημένη από πρωτογενείς σε μεταστατικές αλλοιώσεις. Νοκ ντάουν του

ATAD2

και

MYC

σε επτά ενδομητρίου και 21 κυτταρικές σειρές καρκίνου του μαστού έδειξαν ότι οι κυτταρικές σειρές που εξαρτώνται από MYC εξαρτάται επίσης από ATAD2. Αυτές οι ίδιες κυτταρικές σειρές ήταν επίσης η πιο ευαίσθητη στην αποακετυλάσης ιστόνης (HDAC) αναστολέας Τριχοστατίνη Α, σύμφωνα με προηγούμενες μελέτες ταυτοποίηση πρωτεϊνών bromodomain περιέχουν ως στόχοι της αναστολής από τους αναστολείς HDAC. Τα στοιχεία μας δείχνουν υψηλή έκφραση ATAD2 είναι ένας δείκτης της επιθετικής του ενδομητρίου, και προτείνουν ειδικοί αναστολείς της ATAD2 μπορεί να έχει θεραπευτική χρησιμότητα σε αυτούς και άλλους καρκίνους MYC-εξαρτώμενη

Παράθεση:. Ρέντερ MB, Birkeland Ε, Trovik J, Krakstad C, Shehata S, Schumacher S, et al. (2013) Ολοκληρωμένη Γονιδιωματική ανάλυση της 8q24 Ενίσχυσης στο ενδομητρίου Αναγνωρίζει

ATAD2

ως ζωτικής σημασίας για

MYC-

εξαρτώμενων καρκίνων. PLoS ONE 8 (2): e54873. doi: 10.1371 /journal.pone.0054873

Επιμέλεια: Wei-Guo Zhu, το Πανεπιστήμιο του Πεκίνου Κέντρο Επιστημών Υγείας, Κίνα

Ελήφθη: 28 του Σεπτεμβρίου 2012? Αποδεκτές: 17 Δεκ 2012? Δημοσιεύθηκε: 5 Φεβρουαρίου 2013

Copyright: © 2013 Ρέντερ et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οικονομική ενίσχυση : Helse Vest Επιχορηγήσεις 990 172 (MBR), 911351, 911624 και 911626 (HBS)? το Πανεπιστήμιο του Μπέργκεν? η Νορβηγική Εταιρεία Καρκίνου? το Συμβούλιο Ερευνών της Νορβηγίας Επιχορηγήσεις 205404 και 193373 (HBS)? το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου (K08CA122833 και U54CA143798)? και μια υποτροφία V Ίδρυμα (RB). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ενδομητρίου καρκίνωμα είναι η πιο κοινή πυελική γυναικολογική κακοήθεια, με κίνδυνο της ζωής μεταξύ των γυναικών του 2-3% [1]. Περίπου το 75% των όγκων περιορίζονται στο σώμα της μήτρας κατά τη διάγνωση και εκτομή. Ωστόσο, το 15% -20% των όγκων αυτών υποτροπή. Αυτοί οι όγκοι, και όγκοι που είναι μεταστατικά στο παρουσίαση, μικρή ανταπόκριση στη χημειοθεραπεία ή ακτινοβολία και είναι γενικά μοιραία [1], [2].

Υπάρχει ανάγκη για καινοφανείς δείκτες για τον εντοπισμό ασθενών με υψηλό κίνδυνο υποτροπής , και για την ανάπτυξη νέων θεραπειών για τους ασθενείς με μεταστατική νόσο [3], [4]. Δυστυχώς, η έρευνα προς την κατεύθυνση αυτών των στόχων είναι σε μεγάλο βαθμό υποεκπροσωπούνται στον καρκίνο του ενδομητρίου σε σύγκριση με άλλους τύπους καρκίνου, όπως του μαστού και των ωοθηκών. Μία προσέγγιση είναι να αναγνωρίσει γονίδια που, όταν μεταβάλλεται από σωματικά γενετικά γεγονότα, οδηγούν την εξέλιξη του όγκου. Αυτές οι αλλαγές μπορούν στη συνέχεια να χρησιμεύσει ως δείκτες επιθετικών καρκίνων και τα γονίδια μπορούν να χρησιμεύσουν ως πιθανοί θεραπευτικοί στόχοι.

Η πιο συχνή εστιακό ενίσχυση σε καρκίνο του ενδομητρίου είναι στο 8q24 [5]. Πράγματι, 8q24 είναι η πιο συχνά ενισχυμένη περιοχή σε πολλαπλές τύπους καρκίνου [6], και αυτό ενίσχυση είναι ένας αρνητικός προγνωστικός δείκτης σε αρκετούς καρκίνους [7]. Παρά το γεγονός ότι

MYC

είναι ένας πιθανός στόχος [6], τα αποτελέσματα αυτής της ενίσχυσης στον καρκίνο του ενδομητρίου δεν έχουν διαχωριστεί. Πράγματι, είναι δυνατόν να μπορεί να κατευθύνει πολλαπλά γονίδια, όπως έχει αποδειχθεί για πολλαπλασιασμούς αλλού στο γονιδίωμα του καρκίνου [8]. Για παράδειγμα, ένα γειτονικό γονίδιο,

ATAD2

, έχει βρεθεί ότι είναι ένας συν-ρυθμιστής του

MYC

και υπερέκφραση του

ATAD2

έχει συσχετιστεί με φτωχή πρόγνωση σε μαστού , του πνεύμονα και καρκίνοι του προστάτη [9], [10], [11].

Θα διερευνήσει το ρόλο της ενίσχυσης 8q24 στον καρκίνο του ενδομητρίου μέσω ενσωματωμένων γονιδιωματικής ανάλυσης των πρωτογενών και μεταστατικών καρκίνων του ενδομητρίου με εκτενή κλινικά στοιχεία, και να προσδιορίσει

ATAD2

ως πρόσθετο στόχο την ενίσχυση 8q24 σε αυτούς τους καρκίνους. Εντοπίζουμε αύξηση του αριθμού αντιγράφων του

ATAD2

ως ρυθμιστής του

ATAD2

έκφρασης, παρουσιάζει συνδέει τα πρώτα στοιχεία

ATAD2

υπερέκφραση σε

MYC

ενεργοποίηση, και παρέχουν λειτουργικά δεδομένα υποδηλώνουν ATAD2 ως θεραπευτικός στόχος σε καρκίνους MYC-εξαρτώμενη.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Η συλλογή του ενδομητρίου προκριματικές καρκίνωμα και μεταστάσεις για αυτή τη μελέτη ήταν που εγκρίθηκε από το νορβηγικό Επιθεώρηση δεδομένων (961478-2), νορβηγική Κοινωνικών Επιστημών Data Services (15501) και «Περιφερειακή Ερευνητικής Δεοντολογίας.

Επιτροπής στην Ιατρική, Δυτική Νορβηγία» (αναφορά 052,01). Όλοι οι συμμετέχοντες έδωσαν γραπτή συγκατάθεση.

Σειρά Ασθενής

ενδομητρίου προκριματικές καρκίνωμα και μεταστάσεις συλλέχθηκαν από ασθενείς που έλαβαν θεραπεία στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Haukeland, τη Νορβηγία όπως περιγράφηκε προηγουμένως [5]. Οι όγκοι που συλλέγονται για την πρωτογενή έρευνα και η σειρά επικύρωση qPCR πάγωσαν αμέσως μετά την εκτομή? όγκους που συλλέγονται για ψάρια φορμόλη σταθερής και τομές παραφίνης. Οι ασθενείς παρακολουθήθηκαν από την πρωτογενή χειρουργική επέμβαση μέχρι τον Οκτώβριο του 2010 ή το θάνατο. Τα προφίλ αριθμό αντιγράφων της αρχικής σειράς έρευνας, και τα προφίλ έκφρασης (Agilent 21 k και 22 k oligoarrays) από ένα υποσύνολο των 57 όγκων, είχαν δημοσιευθεί προηγουμένως [5].

RNA Ανάλυση

RNA εκχυλίστηκε και υβριδοποιήθηκε σε συστοιχίες Agilent 44K (Cat G4112F) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή και όπως περιγράφεται προηγουμένως [5]. εντάσεις σήματος αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας BRB-ArrayTools (Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Η.Π.Α.). Οι συστοιχίες ήταν παρτίδα μέση κανονικοποιημένη.

πραγματικού χρόνου ποσοτική PCR

cDNA συνετέθη από 1 μg RNA χρησιμοποιώντας υψηλής RNA ικανότητα κιτ cDNA (Applied Biosystems). Η έκφραση του

ATAD2

και

MYC

προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας προσδιορισμούς γονιδιακής έκφρασης TaqMan Hs00204205 και Hs00905030 αντίστοιχα (Applied Biosystems) και όλα τα δείγματα τρέχουν σε μικροροής κάρτες ανά instructuions κατασκευαστή, χρησιμοποιώντας GAPDH-Hs99999905_m1 ως ενδογενής έλεγχος. Τα δείγματα αναλύθηκαν εις τριπλούν και αναλύθηκαν στο διαχειριστή RQ (Applied Biosystems).

FISH

μικροσυστοιχίες ιστών (TMAs) που αντιπροσωπεύουν τις περιοχές υψηλότερης ποιότητας σε κάθε όγκου παρασκευάστηκαν όπως αναφέρθηκε προηγουμένως [12] και κατεργάστηκε σε 56C ° για όλη τη νύχτα πριν από την υβριδοποίηση. FISH έγινε με τη χρήση του MYC Spectrum Orange FISH σετ καθετήρα και χρωμοσωμάτων απαρίθμηση καθετήρα 8 (CEP8) (Vysis) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή, όπως έχουν αναφερθεί στο παρελθόν [13]. Μετρώντας διεξήχθη σε περιοχές βέλτιστη πέψη ιστού και χωρίς επικάλυψη πυρήνων. σήματα ανιχνευτή και ελέγχου μετρήθηκαν σε 40-60 κύτταρα σε περιοχές της βέλτιστης πέψης ιστού και χωρίς επικάλυψη πυρήνων. Ενισχύσεις βαθμολογήθηκαν όταν η αναλογία MYC /CEP8 ήταν & gt?. 1.0

TCGA Επικύρωση συνόλου δεδομένων

Έχουμε πρόσβαση επιπέδου 3 στοιχεία από την πύλη δεδομένων TCGA τον Νοέμβριο και τον Δεκέμβριο του 2010. Για τον καρκίνο του μαστού λάβαμε δεδομένα γονιδιακής έκφρασης για 279 όγκους και 24 φυσιολογικούς μάρτυρες (συστοιχίες έκφρασης Agilent 244K), και αριθμό αντιγράφων από 176 όγκους (Affymetrix SNP 6.0 πίνακες). Για τον καρκίνο των ωοθηκών πήραμε τη γονιδιακή έκφραση (συστοιχίες έκφρασης Agilent 244K) και αριθμό αντιγράφων (συστοιχίες Agilent 1Μ) δεδομένα από 514 και 489 όγκους, αντίστοιχα. Για γλοιοβλάστωμα λάβαμε δεδομένα γονιδιακής έκφρασης από 385 όγκους και 10 φυσιολογικούς μάρτυρες (συστοιχίες Affymetrix U133A) και τα δεδομένα copy-αριθμό από 261 όγκους (Agilent 244K συστοιχίες).

τηλέφωνα Βιωσιμότητας

Οι φορείς λεντοϊών κωδικοποίηση τα siRNAs ειδικά για

ATAD2

,

MYC

, και οι έλεγχοι

GFP

,

LACZ1

, και

LACZ2

(Πίνακας S1) ελήφθησαν από το RNAi Consortium. Lentivirus παρήχθη με επιμόλυνση των κυττάρων 293Τ με φορείς που κωδικοποιούν κάθε shRNA (5 μg) με πλασμίδια που κωδικοποιούν τη συσκευασία PSPAX2 και PDM2.G χρησιμοποιώντας Fugene HD (Roche). Φακοϊό περιέχον υπερκείμενο συλλέχθηκε 48 και 72 ώρες μετά την επιμόλυνση, ομαδοποιήθηκαν και φυλάχθηκαν στους -80 ° C. Τα κύτταρα μολύνθηκαν σε πολυβρένιο περιέχουν μέσα, φυγοκεντρήθηκε στα 1000 g για 30 λεπτά, και σε επιλεγμένα πουρομυκίνη (2.5 μg ml

-1) εκκινώντας 24 ώρες μετά την μόλυνση.

Καρκινικές κυτταρικές σειρές ελήφθησαν από την ATCC , DSMZ, ECACC και HSRRB, και αναπτύχθηκαν σύμφωνα με τις οδηγίες του προμηθευτή (Πίνακας S2). Η βιωσιμότητα των κυττάρων μετά RNAi μετρήθηκε σε πλάκες 96 φρεατίων. Οκτώ φρεάτια εμβολιάζονται με κύτταρα μολύνθηκαν με χρήση 1:30 αραιώσεις του ιού που περιέχει κάθε shRNA. Τα μισά από τα φρεάτια υποβλήθηκαν σε πουρομυκίνη επιλογή, και η κυτταρική βιωσιμότητα μετρήθηκε με τη χρήση κυττάρων-Titer Glo (Promega) μία εβδομάδα αργότερα. Οι τιμές από κάθε τετραπλούν υπολογίστηκαν κατά μέσο όρο? «Ακραία» πηγάδια αποκλείστηκαν αν τα πηγάδια επανάληψη είχαν SD /μέσης & gt? 0.2 και με εξαίρεση το πηγάδι βελτίωσε τη διακύμανση. Οι μέσες ATAD2- και MYC- τιμές φουρκέτα κανονικοποιήθηκαν προς τις μέσες τιμές από τον έλεγχο GFP.

Για τον προσδιορισμό Τριχοστατίνη-ευαισθησία, Τριχοστατίνη Α (Sigma) (0.040 έως 10 μΜ) και το όχημα (DMSO) ελέγχου προστέθηκαν χωριστά σε τρία φρεάτια που περιέχουν κάθε κυτταρική σειρά σε πλάκες 96 φρεατίων. Η βιωσιμότητα των κυττάρων προσδιορίστηκε μετά από 72 ώρες χρησιμοποιώντας κυττάρων Titer Glo (Promega).

ανοσοαποτύπωσης

Τα κύτταρα πλύθηκαν με PBS, συλλέχθηκαν, λύθηκαν με τη χρήση ρυθμιστικού διαλύματος λύσεως RIPA με αναστολείς πρωτεάσης και φωσφατάσης, και φυγοκεντρήθηκε σε 16,000 χ g. Το υπερκείμενο αναμίχθηκε με ρυθμιστικό δείγματος 4Χ SDS, έβρασαν για 7 λεπτά, και υποβλήθηκαν σε SDS-PAGE σε γέλες κλίσης 4-12%. Οι κηλίδες διερευνήθηκαν με αντισώματα έναντι ATAD2 (HPA029424, Sigma), MYC (SC-764, Santa Cruz) και ακτίνη (SC-1615, Santa Cruz).

Στατιστικά

Μοριακής δεδομένα ήταν σχετικές σε κλινικό φαινότυπο χρησιμοποιώντας χ Pearson ‘s

t test 2 ή δύο όψεων του Student ανάλογα με την περίπτωση. Χρησιμοποιήσαμε πολυπαραγοντική ανάλυση γραμμικής παλινδρόμησης για την πρόβλεψη των

ATAD2

επίπεδα έκφρασης. Μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική επιβίωση αναλύσεις έγιναν με μεθόδους καταγραφής βαθμό και Mantel-Cox, αντίστοιχα. «MYC δύναμη σηματοδότηση» και τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης παρουσιάστηκαν ως Z-score.

Αποτελέσματα

Αξιολόγηση των

MYC

ως στόχο του 8q24 Ενίσχυσης

Εκτεταμένη υποστήριξη βιολογικών δεδομένων

MYC

ως ογκογονίδιο [14], και 8q24, υπόθαλψη

MYC

, είναι η πιο κοινή ενισχυμένη περιοχή σε πολλούς τύπους καρκίνου [6]. Ωστόσο, η σημασία της ενεργοποίησης MYC στον καρκίνο του ενδομητρίου είναι ουσιαστικά άγνωστη.

Πραγματοποιήσαμε μια ολοκληρωμένη ανάλυση των δεδομένων αριθμό αντιγράφων και την έκφραση να ψάξουν για αποδείξεις ότι

MYC

είναι ο στόχος της ενίσχυσης 8q24 στον καρκίνο του ενδομητρίου. Αξιολογήσαμε τα δεδομένα έκφρασης από μια σειρά 82 του ενδομητρίου καρκίνων ολοκλήρου σε μία μόνο κομητεία στη Νορβηγία, με αντίστοιχο αριθμό αντιγράφων δεδομένων γονιδιώματος σε επίπεδο από 70 όγκους (η «αρχική σειρά της έρευνας»). Δεκαέξι αυτών των όγκων (23%) είχαν 8q24 ενίσχυσης. Οι περισσότερες από αυτές ενισχύσεις ήταν χαμηλού επιπέδου, που κυμαίνονται μέχρι ένα αριθμό αντιγράφων του 4,7. Εμείς επικυρωμένα αποτελέσματα μας σε τέσσερα πρόσθετα σύνολα δεδομένων. Δύο από αυτές αντιπροσωπεύουν δείγματα με προφίλ έκφρασης του γονιδιώματος σε επίπεδο: μια «εσωτερική σειρά επικύρωσης» για την οποία έχουμε στοιχεία από 40 πρωτοβάθμια και 19 μεταστατικό ενδομητρίου καρκίνων που προσλαμβάνονται από την ίδια περιοχή στη Νορβηγία, και μια «εξωτερική σειρά επικύρωση» αντιπροσωπεύει δημοσιευθεί προηγουμένως έκφρασης προφίλ από 111 όγκους [5]. Οι άλλες δύο ομάδες επικύρωσης αντιπροσωπεύουν δείγματα αναλύθηκαν με εστιασμένη αναλύσεις: μια «σειρά qPCR« 162 δείγματα και μια «σειρά FISH» των 399 δειγμάτων. Τα χαρακτηριστικά των ασθενών και την ιστολογική εξέταση μεταβλητών για όλες τις εσωτερικές σύνολα δεδομένων μας φαίνονται στον Πίνακα S3.

Βρήκαμε ότι τόσο

MYC

και γονιδίων απορυθμίζεται από MYC ήταν υπερεκφράζεται σε καρκίνους ενδομητρίου με 8q24 ενίσχυσης σε σχέση με ενδομητρίου καρκίνους χωρίς το (p = 0,047 και ρ = 0.0078, αντίστοιχα) (Σχήματα 1a-b). Χρησιμοποιήσαμε μια προηγουμένως δημοσιευμένο κατάλογο των 68 γονιδίων βρέθηκε να ρυθμίζεται προς τα πάνω από MYC σε πολλαπλά περιβάλλοντα και δοκιμασίες (Πίνακας S4? Www.myccancergene.org) [15] και σημείωσε υπερέκφραση τους ( «MYC σηματοδότησης δύναμη»), χρησιμοποιώντας GSEA [16]. Δοκιμάσαμε επίσης πέντε επιπλέον υπογραφές ενεργοποίηση MYC που λαμβάνονται από το «Gene Set Εμπλουτισμός Database», αντανακλώντας την ενεργοποίηση του MYC σε διαφορετικά πλαίσια. Τέσσερις από αυτές εκφράστηκαν σε υψηλότερα επίπεδα σε ενδομητρίου καρκίνων με 8q24 ενίσχυση (Σχήμα S1a).

(α)

MYC

έκφρασης και (β) σηματοδότησης MYC αυξάνονται και τα δύο μεταξύ του ενδομητρίου καρκίνων με 8q24 ενίσχυση. (Γ) Μεταβολές στο

MYC

έκφρασης εξηγούν μόνο ένα μικρό ποσοστό της διακύμανσης στη σηματοδότηση MYC. Οι γραμμικές ταιριάζει εμφανίζονται σε κόκκινο, κίτρινο και πράσινο για την αρχική σειρά της έρευνας, την εσωτερική σειρά επικύρωσης, καθώς και τις εξωτερικές σειρές επικύρωση, αντίστοιχα. (Δ) Τα μήκη των ενισχύσεις που περιέχουν

MYC

είναι σημαντικά μεγαλύτερη από την αναμενόμενη σε σχέση με ενισχύσεις που παρατηρούνται σε άλλα μέρη αυτούς τους καρκίνους. (Ε) Μεταξύ των 26 γονιδίων στον κορυφή 8q24 με αντίστοιχα δεδομένα έκφρασης, έκφραση του

ATAD2

είναι πιο έντονα και σημαντικά που συνδέονται με την ενίσχυση. Μπλε μπάρες δείχνουν την επί τοις εκατό αύξηση στην έκφραση γονιδίων και κόκκινες γραμμές δείχνουν τις τιμές ρ. Το όριο σημασία είναι Bonferroni διορθωμένη για πολλαπλές υποθέσεις. (Στ) Η έκφραση του

ATAD2

συσχετίζεται ιδιαίτερα με MYC δύναμη σηματοδότησης. Οι γραμμικές ταιριάζει εμφανίζεται ως το πάνελ γ.

Η

Ωστόσο, οι διακυμάνσεις στο

MYC

έκφραση ίδια εξηγηθεί μόνο ένα μικρό ποσοστό των διακυμάνσεων MYC δύναμη σηματοδότησης (R2 = 0,11, p = 0,002 ) (Σχήμα S1b). Έχουμε λάβει ομοίως αδύναμα αποτελέσματα στις εσωτερικές και εξωτερικές σύνολα δεδομένων επικύρωσης (R2 = 0.00, ρ = 0,34 και R2 = 0.06, ρ = 0.012, αντίστοιχα? Σχήμα S1b). Σε όλες τις τρεις ομάδες δεδομένων, μεταβολές στην έκφραση MYC αντιπροσωπεύουν μόνο το 5% των διακυμάνσεων MYC δύναμη σηματοδότησης (R2 = 0.05, Σχήμα 1γ).

Επιπλέον, 8q24 ενισχύσεις είναι μεγαλύτερη από την τυπική κατανομή των μεγεθών ενίσχυσης στην ενδομητρίου καρκίνου (p = 0.0021) (Σχήμα 1γ), και συνήθως περιλαμβάνουν πολλαπλά γονίδια. Ως εκ τούτου υποθέσαμε ότι 8q24 πολλαπλασιασμοί μπορούν να στοχεύουν επιπλέον γονίδια, μερικά από τα οποία μπορεί να λειτουργεί μέσω της αύξησης σηματοδότηση MYC. Να εντοπίσει αυτά, αξιολογήσαμε όλα τα 26 γονίδια στο μέγιστο περιοχή της ενίσχυσης για 8q24 για τους οποίους είχαμε δεδομένα έκφραση, να εντοπίσει τα γονίδια των οποίων η έκφραση συσχετίζεται πιο έντονα με ενίσχυση.

Η έκφραση του

ATAD2

συσχετίζεται έντονα με 8q24 ενίσχυσης και MYC Σηματοδοσίας

η έκφραση του

ATAD2

ήταν πιο έντονα συνδέεται με την ενίσχυση της 8q24 ό, τι ήταν έκφραση οποιουδήποτε άλλου γονιδίου στην κορυφή περιοχή της ενίσχυσης (p-value = 2.77E-06) (Εικόνα 1δ). Τέσσερα άλλα γονίδια,

NDUFB9

,

DERL1

,

FAM91A1

, και

WDR67,

σημαντικά απορυθμίζεται από 8q24 ενίσχυση, αν και λιγότερο έντονα από ό, τι

ATAD2

η

η έκφραση του

ATAD2

επίσης συσχετίζεται με τη δύναμη σηματοδότησης MYC πιο έντονα από ό, τι η έκφραση οποιουδήποτε άλλου γονιδίου στην κορυφή περιοχής 8q24 (R2 = 0,48, p & lt?. 0.001? Σχήμα 1e, Εικόνα S1b). Πράγματι, η σχέση μεταξύ

ATAD2

έκφρασης και MYC δύναμη σηματοδότησης παρατηρήθηκε ακόμη και μεταξύ των δειγμάτων χωρίς 8q24 ενίσχυση (R2 = 0,48, p & lt? 0.001). Η συσχέτιση μεταξύ

ATAD2

δύναμη έκφρασης και MYC σηματοδότησης ήταν περισσότερο από δύο φορές τόσο ισχυρή όσο η επόμενη πιο σημαντική συσχέτιση γονιδίων (

NDUFB9

) και ισχυρότερη από ό, τι για

MYC

ίδια ( R2 = 0,05? Σχήμα 1γ).

ATAD2

δεν είναι ένα από τα 68 γονίδια στο υπογραφή ενεργοποίηση MYC, και στη γνώση μας

MYC

δεν έχει βρεθεί για να ρυθμίζει έκφραση του

ATAD2

[15]. Ωστόσο, ATAD2 προηγουμένως βρέθηκε να συνδέεται προς MYC και στην περιοχή E-box πολλών γονιδίων στόχων MYC, και τα επίπεδα ATAD2 βρέθηκαν να είναι περιοριστική για MYC-εξαρτώμενης μεταγραφής [9].

Τόσο γονιδιώματος σε επίπεδο σειρά επικύρωση παρουσίασε επίσης τη συσχέτιση μεταξύ MYC σηματοδότησης και

ATAD2

έκφρασης (R2 = 0,54, p & lt? 0,001 και R2 = 0,45, p & lt? 0.001 στην εσωτερική και την εξωτερική σειρά επικύρωσης, αντίστοιχα) και η σχετική έλλειψη συσχέτισης με

MYC

έκφρασης (R2 = 0,00, p = 0,33 και R2 = 0,06, p = 0,012? Σχήματα 1F και S1b). Η έκφραση του

ATAD2

επίσης συσχετίζεται με τέσσερις από τις πέντε επιπλέον υπογραφές ενεργοποίησης MYC, και συσχετίζεται πιο έντονα με αυτές τις υπογραφές από ό, τι η έκφραση του

MYC

ίδια (Πίνακας 1). Η τελευταία υπογραφή δεν έδειξε συσχέτιση με το

ATAD2

ή

MYC

έκφρασης.

Η

Ενίσχυση της 8q24 και έκφραση

ATAD2

, αλλά δεν MYC , συνδέονται με την εξέλιξη της νόσου

Ανάμεσα στα 70 του ενδομητρίου για την οποία είχαμε SNP δεδομένων πίνακα γονιδίωμα-ευρεία, 8q24 ενίσχυση συσχετίστηκε με μειωμένη επιβίωση χωρίς εξέλιξη (p = 0,024) και αυξημένο κίνδυνο για συγκεκριμένες ασθένειες θανάτου (p = 0,043). Ενίσχυση 8q24 ήταν πιο συχνές σε μη ενδομητριοειδές (p = 2.98E-05) και υψηλού βαθμού όγκους (ρ = 2.90E-08) (Πίνακας S5), διαθέτει επίσης σχετίζεται με επιθετικών καρκίνων [17].

Επιβεβαιώσαμε 8q24 ενίσχυση σχετίζεται με κακή πρόγνωση, χρησιμοποιώντας FISH σε μια ανεξάρτητη σειρά 399 του ενδομητρίου καρκίνων. Είκοσι καρκίνους (5%) παρουσίασαν αυξημένη 8q24 copy-αριθμούς σε σχέση με το χρωμόσωμα 8 κεντρομεριδίου (Σχήμα 2α). Αυτά συνδέθηκαν με 64% 5-ετή επιβίωση, έναντι 85% για τους καρκίνους χωρίς 8q24 ενίσχυση (ρ & lt? 0.001) (Σχήμα 2β). Ένα παρόμοιο μοτίβο παρατηρήθηκε για υποτροπής επιβίωση χωρίς εξέλιξη (p = 0,001). Ενίσχυση της 8q24 συσχετίστηκε επίσης με υψηλό στάδιο ΦΥΓΩ (p = 0,003), μη ενδομητριοειδές ιστολογική υποτύπου (p & lt? 0.001), και υψηλού βαθμού (p & lt? 0.001). (Πίνακας S5)

ανιχνευτές FISH κατά 8q24 (κόκκινο) και το χρωμόσωμα 8 κεντρομερίδιο (πράσινο) σε πρωτοπαθή όγκο και η αντιστοιχισμένη ενίσχυσης δείχνουν μετάσταση μόνο στο τελευταίο (α) (β) Μεταξύ των 399 ασθενών που αξιολογήθηκαν από FISH, τα άτομα με 8q24 ενισχύσεις έχουν χειρότερη έκβαση. Στον πρωτογενή σειρά έρευνας, όγκοι από τα υψηλότερα τεταρτημόρια του (γ)

ATAD2

έκφρασης και (δ) αντοχή σηματοδότησης MYC επίσης είχαν αυξημένο κίνδυνο θανάτου από ασθένειες συγκεκριμένες. (Ε) του υποδοχέα των οιστρογόνων αρνητικό (ΕΚ-) όγκους με

ATAD2

έκφραση στην κορυφή τεταρτημόριο επίσης σχετίζεται με υψηλό κίνδυνο θανάτου συγκεκριμένες ασθένειες? ο κίνδυνος ήταν πολύ χαμηλότερη μεταξύ θετικούς οιστρογονικούς υποδοχείς (ER +) όγκους με

ATAD2

έκφραση στο κάτω τεταρτημόριο. (Στ)

ATAD2

έκφρασης και (ζ) σηματοδότησης MYC είναι τόσο υψηλότερη μεταξύ μεταστάσεις από πρωτοπαθείς όγκους στην εσωτερική σειρά επικύρωσης.

Η

Υψηλή έκφραση του

ATAD2

και σηματοδότηση MYC επίσης σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο εξέλιξης του καρκίνου (ρ = 0,003 και ρ = 0,015, αντίστοιχα), ο καρκίνος ειδική θανάτου (ρ = 0,004 και ρ = 0,001) (Σχήματα 2c-d), καθώς και άλλα χαρακτηριστικά φτωχή πρόγνωση .

ATAD2

έκφραση ήταν υψηλότερη σε μη-ενδομητριοειδές, υψηλής ποιότητας και αρνητικούς όγκους ER (p & lt? 0.001, p & lt? 0.001 και p = 0,02 αντίστοιχα? Πίνακας S6)? υψηλή σηματοδότηση MYC σχετίστηκε με ελάχιστα διαφοροποιημένα (p = 0,0016) και μη-ενδομητριοειδές (ρ & lt? 0.001) καρκίνους. Έκφραση του

ATAD2

επίσης αρνητικά που συνδέονται με την έκφραση του

ESR1

(R2 = 0,10, p = 0,005). Παρομοίως, προηγούμενες μελέτες έχουν διαπιστώσει ότι

ATAD2

έκφραση είναι υψηλότερη σε τριπλά αρνητικούς όγκους του καρκίνου του μαστού [18] και είναι μειωτικά από τα οιστρογόνα σε καλλιέργεια κυττάρων [19].

Μάλιστα,

ATAD2

έκφραση ήταν ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης για το θάνατο συγκεκριμένες ασθένειες (HR = 1,83, p = 0,027) και την εξέλιξη της νόσου (HR = 1,62, p = 0,011) και μετά την προσαρμογή για το καθεστώς του ER. ER-αρνητικούς όγκους με πάνω τεταρτημόριο

ATAD2

έκφραση ήταν ιδιαίτερα θανατηφόρα. (HR = 4,1, p = 0,002? Σχήμα 2ε)

Έχουμε επιβεβαιώσει αυτά τα αποτελέσματα από την αξιολόγηση

ATAD2

έκφραση με ποσοτική PCR και την κατάσταση ER με ανοσοϊστοχημεία σε qPCR σειρά επικύρωση μας 162 επιπλέον όγκων. Μεταξύ αυτών, ER-αρνητικούς όγκους με πάνω τεταρτημόριο

ATAD2

έκφρασης που συνδέονται με ακόμα χειρότερα αποτελέσματα σε σχέση με την αρχική σειρά (HR = 6,8, p & lt? 0.001) (Σχήμα S1c). Υψηλή

ATAD2

έκφραση παρέμεινε επίσης σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο θανάτου από ασθένειες συγκεκριμένο (p = 0.0043) και μικρότερη επιβίωση χωρίς εξέλιξη (p = 0,016). Μετά την προσαρμογή για το καθεστώς του ER,

ATAD2

έκφραση συνέχισε να προβλέψει το θάνατο συγκεκριμένες ασθένειες (HR = 1,86, p = 0,018), αλλά μόνο κινήθηκαν προς μια σύνδεση με την εξέλιξη της νόσου (HR = 1,31, p = 0,11). Έκφραση του

ATAD2

ήταν επίσης υψηλότερη σε υψηλής ποιότητας (p & lt? 0.001)., Μη-ενδομητριοειδές (p = 0.005), και ER-αρνητικούς όγκους (p = 0,02) (Πίνακας S6)

Αντίθετα,

MYC

έκφραση που δεν συνδέονται με την εξέλιξη ή κίνδυνο θανάτου συγκεκριμένες ασθένειες είτε σε πρωτογενή σειρά έρευνά μας (p = 0,07 και p = 0,68 αντίστοιχα) ή η σειρά επικύρωση qPCR (p = 0,53 και ρ = 0,28 αντίστοιχα). Υψηλή έκφραση του

MYC

συσχετίστηκε με υψηλό βαθμό και στις δύο σειρές (p & lt? 0.001 και p = 0,02, αντίστοιχα), καθώς και με μη ενδομητριοειδές ιστολογία στην αρχική σειρά της έρευνας (p = 0,03) (Πίνακας S6) .

Οι μεταστάσεις παρουσιάζουν επίσης πιο 8q24 ενίσχυση,

ATAD2

έκφρασης, και

MYC

δύναμη από πρωτοπαθείς όγκους σηματοδότησης. Σε σχέση με πρωτοπαθείς όγκους, μεταστάσεις εμφάνισε 2,4 × υψηλότερα ποσοστά εστίασης 8q24 ενίσχυσης με FISH (14,3%? P & lt? 0.007). Μεταξύ των 399 ασθενών στη σειρά FISH, 49 είχαν αντιστοιχιστεί πρωτογενών και μεταστατικών όγκων. Πέντε από αυτά τα δείγματα (10%) δεν εμφανίζουν 8q24 ενίσχυση στην πρωτογενή αλλά απέκτησε το στο μετάσταση. Μόνο ένα δείγμα (2%) εμφάνισαν το αντίθετο μοτίβο. Να εξετάσει

ATAD2

έκφρασης και MYC σηματοδότησης, συγκρίναμε και τις 42 πρωτογενείς όγκους με τις 19 μεταστάσεις στην εσωτερική σειρά επικύρωσης μας. Τόσο

ATAD2

έκφραση και MYC δύναμη σηματοδότηση ήταν υψηλότερα στα μεταστάσεις (ρ = 0,002 και 0,004 αντίστοιχα? Σχήμα 2στ-g), που περιλαμβάνουν μεταξύ 8 ασθενείς με ζευγαρωμένα πρωτογενείς όγκους και μεταστάσεις (ρ = 0.01 και 0.05 αντίστοιχα) .

επέκταση σε άλλους τύπους καρκίνου και του φυσιολογικού ιστού

επίσης, διερευνήθηκε κατά πόσον 8q24 ενίσχυση συνδέεται με αυξημένο

ATAD2

έκφρασης σε άλλους τύπους καρκίνου. Συγκεκριμένα, χρησιμοποιήθηκαν δεδομένα από 514 ωοθηκών, 279 καρκίνους του μαστού, και 385 γλοιοβλαστώματα από τον καρκίνο του Γονιδιώματος του Άτλαντα [20], [21]. Αυτές περιλάμβαναν στοιχεία έκφρασης από γειτονικό φυσιολογικό ιστό για 24 καρκίνους του μαστού και 10 γλοιοβλαστώματα. 8q24 ενισχύσεις παρατηρήθηκαν στο 72% (Ν = 126) από τους καρκίνους του μαστού, το 74% (Ν = 364) από τους καρκίνους των ωοθηκών, και 10% (Ν = 27) των γλοιοβλαστωμάτων.

ATAD2

ήταν συν-ενισχύεται στο ίδιο επίπεδο όπως

MYC

σε όλους σχεδόν τους όγκους (όπως ήταν μεταξύ του ενδομητρίου μας? Σχήμα S1d-ζ)

Η έκφραση του.

ATAD2

συσχετίζεται με 8q24 ενίσχυση μεταξύ όλων των τριών τύπων καρκίνου (R2 = 0.47, 0.11, και 0.36 για καρκίνους του μαστού, γλοιοβλαστώματα, και καρκίνων των ωοθηκών, αντίστοιχα? ρ & lt? 0.001 σε όλες τις περιπτώσεις? Πίνακας S7), και ήταν 2,6 × και 2,5 × υψηλότερο μεταξύ των καρκίνων σε σχέση με το φυσιολογικό ιστό στον καρκίνο του μαστού και γλοιοβλάστωμα, αντίστοιχα (ρ & lt? 0.001 και στις δύο περιπτώσεις).

MYC

έκφραση συσχετίζεται λιγότερο ισχυρά με 8q24 ενίσχυση σε όλους τους τρεις τύπους καρκίνου (R2 = 0.12, 0.07, και 0.10 για καρκίνους του μαστού, γλοιοβλαστώματα, και καρκίνων των ωοθηκών, αντίστοιχα? Ρ & lt? 0.001 σε όλες τις περιπτώσεις).

MYC

έκφρασης σε καρκίνους του μαστού ήταν εκπληκτικά μισό του φυσιολογικού ιστού (p & lt? 0.001)? σε γλοιοβλάστωμα ήταν υψηλότερη κατά ένα συντελεστή 3.5 (ρ & lt? 0.001).

ATAD2

έκφραση επίσης συσχετίζεται με σηματοδότηση MYC σε όλους τους τρεις τύπους καρκίνου (R2 = 0.11, 0.21, και R2 = 0.31, αντίστοιχα, για τους καρκίνους του μαστού, γλοιοβλαστώματα, και καρκίνων των ωοθηκών? p & lt? 0.001 σε όλες τις περιπτώσεις), και πιο στενά με MYC σηματοδότησης δύναμη από ό, τι

MYC

έκφραση ήταν (R2 = 0,10, p & lt? 0.001? R2 = 0,09, p & lt? 0.001?. και R2 = 0,02, p = 0,003 σε τρεις τύπους καρκίνου)

ATAD2

έκφραση συσχετίζεται με

E2F

Gene Expression και

ATAD2

αριθμός Αντιγραφή σε ένα αθροιστικό τρόπο

Θα διερευνηθούν επίσης οι σχετικές συνεισφορές των E2F, τα οιστρογόνα, και αντιγράψτε-αριθμό στην έκφραση ATAD2. Η

ATAD2

περιοχή του υποκινητή περιέχει θέσεις δέσμευσης για αρκετούς E2F πρωτεΐνες και τα προηγούμενα λειτουργικά δεδομένα έχουν δείξει ότι η E2F αυξήσεις

ATAD2

έκφραση σε καλλιέργεια κυττάρων [9], [22]?

ATAD2

έχει επίσης προκαλείται από τα οιστρογόνα [23]. Στα δεδομένα μας, η έκφραση του κάθε

E2F

μεταγραφικού παράγοντα συνδέθηκε με το

ATAD2

έκφραση, αλλά μόνο τη συμπερίληψη

E2F1

,

E2F2

και

E2F8

βελτίωσε τη συνολική εφαρμογή ενός μοντέλου πρόβλεψης

ATAD2

έκφραση από

ATAD2

αριθμό αντιγράφων και

ESR1

έκφρασης. Τα επίπεδα έκφρασης αυτών των τριών γονιδίων σχετίζεται σε μεγάλο βαθμό, και εστιάσαμε στο

E2F1

.

Βρήκαμε ότι

ATAD2

αριθμό αντιγράφων,

ESR1

έκφρασης και

E2F1

έκφραση εξήγησε το 77% της διακύμανσης στο

ATAD2

έκφραση στον καρκίνο του ενδομητρίου, και κάθε μια από τις μεταβλητές πρόβλεψης παρέμεινε σημαντικά που συνδέονται με

ATAD2

έκφραση στο προσαρμοστεί μοντέλο (Σχήμα 3a και πίνακα S7). Βρήκαμε επίσης ότι

ATAD2

αριθμό αντιγράφων και

E2F

έκφρασης ανεξάρτητα προβλέψει

ATAD2

έκφραση στον καρκίνο του μαστού, τον καρκίνο των ωοθηκών και γλοιοβλάστωμα (Σχήμα 3β-d και Πίνακας S7) .

ESR1

, η οποία ήταν λιγότερο έντονα σχετίζεται με

ATAD2

έκφραση, ήταν σημαντική στο προσαρμοσμένο μοντέλο μόνο στον καρκίνο του ενδομητρίου (p = 0,016) και το γλοιοβλάστωμα (p & lt? 0.001), όχι σε ωοθηκών ή καρκίνος του μαστού. Αυτά τα δεδομένα υποδεικνύουν ότι το αντίγραφο-αριθμός των

ATAD2

είναι ένας σημαντικός καθοριστικός παράγοντας της

ATAD2

έκφρασης, ακόμη και στο πλαίσιο των άλλων κυτταρικών ρυθμιστικών μηχανισμών.

(α) Ο καρκίνος του ενδομητρίου , (β) του καρκίνου του μαστού, (γ) τον καρκίνο των ωοθηκών, και (δ) γλοιοβλαστώματος. Κίτρινες κουκίδες αντιπροσωπεύουν τα δείγματα και το μπλε πλάκα είναι η προβλεπόμενη 3-D ταιριάζει. Οι πράσινες και κόκκινες γραμμές είναι η απόσταση μεταξύ των προβλεπόμενων σε φόρμα και το πραγματικό παρατηρήσεις για τα δείγματα πάνω και κάτω από το 3D-fit πλάκα, αντίστοιχα.

Η

Η εξάρτηση από

MYC

Προβλέπει εξάρτηση από

ATAD2

και να αντιμετωπίζουν την Αναστολείς HDAC σε Endometrial- και κύτταρα καρκίνου του μαστού

Τα παραπάνω αποτελέσματα μας οδήγησαν στην υπόθεση ότι

ATAD2

έκφραση προωθεί MYC σηματοδότησης και ότι ενδομητρίου καρκινικά κύτταρα που εξαρτώνται από

myc

θα είναι επίσης εξαρτάται από

ATAD2

. Μετρήσαμε την επίδραση στην βιωσιμότητα των shRNA knockdowns του

ATAD2

και

MYC

σε επτά ενδομητρίου καρκινικές κυτταρικές σειρές. Χρησιμοποιήσαμε δυο Τα siRNAs εναντίον κάθε γονίδιο, επιλέγοντας εκείνες που παρουσίασαν τη μεγαλύτερη μείωση της έκφρασης πρωτεΐνης μεταξύ έξι και τριών Τα siRNAs διαλογή έναντι

ATAD2

και

MYC

αντιστοίχως (Σχήμα 4Α, Β).

Δυτική κηλίδες για (α) ATAD2 και (β) MYC δείχνουν την έκταση των νοκ ντάουν με έξι Τα siRNAs ενάντια

ATAD2

και τρεις Τα siRNAs κατά MYC, αντίστοιχα. πειράματα ATAD2 διεξήχθησαν σε κύτταρα KLE και πειράματα MYC έγιναν σε κύτταρα TE9 μολυνθεί με τον έλεγχο GFP και φορείς MYC. Μετέπειτα πειράματα χρησιμοποιήθηκε

ATAD2

Τα siRNAs Α και Ε, και MYC Τα siRNAs a και b. Μειώσεις στη βιωσιμότητα κυττάρου μεταξύ επτά ενδομητρίου καρκινικές κυτταρικές σειρές (c) και καρκινικών κυτταρικών 21 μαστού γραμμών (δ) έχουν υψηλή συσχέτιση μετά knockdown του ATAD2 ή MYC και μετά knockdown του MYC και θεραπεία με τον αναστολέα HDAC Τριχοστατίνη Α (1,25 μm) ( e-στ).

Η

Νοκ ντάουν είτε

ATAD2

ή

MYC

οδήγησε σε υψηλή συσχέτιση μειώσεις στην βιωσιμότητα σε όλη την ενδομητρίου γραμμές καρκίνου επτά κυττάρων (R2 = 0,70 , ρ = 0.020? Σχήμα 4γ). Σε δύο περιπτώσεις, παρατηρήσαμε πάνω από 75% μείωση της βιωσιμότητας. Εμείς δεν βρήκε καμία συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης του

ATAD2

ή

MYC

ή 8q24 αριθμό αντιγράφων και ευαισθησία στο

ATAD2

ή

MYC

νοκ ντάουν.

Αυτά τα αποτελέσματα πρότειναν ότι MYC-εξαρτώμενων καρκίνων και άλλων τύπων ενδέχεται επίσης να εξαρτάται από ATAD2. Δεν παρατηρήθηκε μείωση στον πολλαπλασιασμό προηγουμένως είχε δει με

ATAD2

νοκ ντάουν στον TIG3-T ή U2OS κύτταρα [9]. Κατά τη δοκιμή ενός μεγαλύτερου πάνελ των γραμμών καρκίνου 21 του μαστού, ωστόσο, επιβεβαίωσε την ισχυρή συσχέτιση μεταξύ της μείωσης της βιωσιμότητας μετά από νοκ ντάουν της ATAD2 ή MYC (R2 = 0,61, p & lt? 0.001? Σχήμα 4δ).

Η ένωση μεταξύ εξάρτηση από το

MYC

και

ATAD2

προτείνει ATAD2 ως θεραπευτικός στόχος σε καρκίνους

MYC

εξαρτώμενη. Λαμβάνοντας υπόψη ότι η

MYC

έχει από καιρό γνωστό ογκογονίδιο, κλινικές προσεγγίσεις για να εμποδίσει τη σηματοδότηση MYC δεν έχουν ακόμη επιτυχία. Ιστόνης αποακετυλάσης αναστολείς (HDAC), όμως, έχουν αποδειχθεί ότι αναστέλλουν έμμεσα πρωτεΐνες bromodomain περιέχουν όπως ATAD2 [24].

Χρησιμοποιήσαμε το χάρτη Συνδεσιμότητα [25] για την αναγνώριση ενώσεων των οποίων οι υπογραφές anticorrelated με τη σηματοδότηση MYC υπογραφή. Μεταξύ των 1309 μικρών μορίων που αντιπροσωπεύεται από τον χάρτη σύνδεσης, η υπογραφή του αναστολέα HDAC Τριχοστατίνη-Α πιο anticorrelated με το MYC σηματοδότησης υπογραφή. (Τιμή p & lt? 0,00001? Πίνακας S8). Έχουμε δημιουργείται επίσης μία υπογραφή της επιθετικής νόσου από την αρχική σειρά έρευνα, χρησιμοποιώντας τα 50 πιο υπερ- και υπο-εκφρασμένα γονίδια σε ασθενείς με μεταστατική νόσο σε σύγκριση με ασθενείς χωρίς μεταστατική νόσο. Βρήκαμε το Τριχοστατίνη-A υπογραφή ήταν επίσης το πιο anticorrelated με αυτή την υπογραφή της επιθετικής νόσου, δεμένα με τις υπογραφές των τεσσάρων άλλων μορίων (p & lt? 0,00001? Πίνακας S8).

Για να επιβεβαιώσετε λειτουργικά τη σχέση μεταξύ Τριχοστατίνη Α και της εξάρτησης MYC, δοκιμάσαμε όλες τις ενδομητρίου κυτταρικές σειρές καρκίνου και καρκίνου του μαστού για την αναστολή της ανάπτυξης από Τριχοστατίνη-Α και συνέκριναν τα αποτελέσματα με

MYC

νοκ ντάουν. Τριχοστατίνη-Α ανέστειλε την ανάπτυξη στις ίδιες κυτταρικές σειρές που εξαρτώνται από

MYC

τόσο στην ενδομητρίου (R2 = 0.74, ρ = 0.013? Σχήμα 4Ε), και στα καρκίνου του μαστού κυτταρικές γραμμές (R2 = 0,31,