έχουν

Abstract

Ιστορικό

επιγενετικές διαταραχές έχουν ενοχοποιηθεί για την παθογένεση των στερεών όγκων, ωστόσο, πρωτο-ογκογονίδια ενεργοποιούνται με απομεθυλίωση υποκινητή έχουν σποραδικά αναφερθεί. Χρησιμοποιήσαμε μια ολοκληρωμένη μέθοδο για την ανάλυση της έκφρασης στην πρωτοβάθμια φαρμακολογικά απομεθυλιωμένο κυτταρικές σειρές κεφαλής και του τραχήλου ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα (HNSCC) και για τον εντοπισμό έκτροπα απομεθυλιωμένο και εξέφρασε υποψήφιος πρωτο-ογκογονίδια και καρκίνος όρχεων αντιγόνα σε HNSCC.

Μεθοδολογία /Principal ευρήματα

σημειώσαμε συντονισμένες απομεθυλίωση υποκινητή και ταυτόχρονη μεταγραφική ρύθμιση προς τα άνω του πρωτο-ογκογονιδίου υποψηφίους με ομολογία υποκινητή, και φυλογενετική αποτύπωμα αυτών των υποκινητών κατέδειξε πιθανές θέσεις αναγνώρισης για τον παράγοντα μεταγραφής BORIS. έκφραση παρεκκλίνουσα BORIS συσχετίζεται με προς τα πάνω ρύθμιση του υποψηφίου πρωτο-ογκογονίδια σε πολλαπλές ανθρώπινες κακοήθειες συμπεριλαμβανομένης της πρωτογενούς μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα και HNSCC, προκαλούμενη συντονισμένη ειδική απομεθυλίωση υποκινητή πρωτο-ογκογονίδιο και έκφραση σε μη ογκογόνα κύτταρα, και μετασχηματισμένα κύτταρα ΝΙΗ3Τ3.

Συμπεράσματα /Σημασία

συντονισμένη, επιγενετική αποκάλυψη των πολλαπλών γονιδίων με δράση ενίσχυσης της ανάπτυξης εμφανίζεται σε καρκίνους αναπνευστικής και BORIS εμπλέκεται στη συντονισμένη απομεθυλίωση υποκινητή και την επανενεργοποίηση της επιγενετικώς σιγήσει γονιδίων σε ανθρώπινους καρκίνους.

Παράθεση: Smith IM, Glazer CA, Mithani SK, Ochs MF, Sun W, Bhan S, et al. (2009) Συντονισμένη ενεργοποίηση των υποψήφιων πρωτο-ογκογονίδια και καρκίνος όρχεων αντιγόνα μέσω υποστηρικτής απομεθυλίωση σε καρκίνο κεφαλής και τραχήλου και του καρκίνου του πνεύμονα. PLoS ONE 4 (3): e4961. doi: 10.1371 /journal.pone.0004961

Επιμέλεια: Ιωσήφ Najbauer, City of Hope Medical Center, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 5 Οκτώβρη 2008? Αποδεκτές: 3 Φλεβάρη του 2009? Δημοσιεύθηκε: 23 του Μάρτη του 2009

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της δήλωσης Creative Commons Public Domain που ορίζει ότι, μόλις τοποθετηθεί στο δημόσιο τομέα, το έργο αυτό μπορεί να ελεύθερα αναπαραχθεί, να διανεμηθεί, μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο σκοπό

Χρηματοδότηση:. ΝΙΗ T32 επιχορήγηση, Κλινική Βραβείο Innovator από το Attendant πτήσης Medical Research Institute, και ο σπόρος Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου (5P50CA096784-05 ). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

οι επιγενετικές αλλαγές στη μεθυλίωση προαγωγού και ακετυλίωση των ιστονών έχουν σχέση με διαφορές έκφραση ειδική για τον καρκίνο στον άνθρωπο κακοήθειες.

η μεθυλίωση έχει κατά κύριο λόγο θεωρείται ως μηχανισμός του γονιδίου καταστολής (ΕΠΠΕ) αδρανοποίηση του όγκου, και ολοκληρωμένο προφίλ ολόκληρου του γονιδιώματος προσεγγίσεις για υπερμεθυλίωση προαγωγού έχουν εντοπίσει πολλαπλές νέες υποθετικές ΕΠΠΕ σιγήσει υπερμεθυλίωση προαγωγού.

οι έμμεσες ενδείξεις υποστηρίζουν ένα ρόλο για

υπογλυκαιμία

μεθυλίωση στην ανάπτυξη των όγκων. Παγκόσμια γονιδιωματικό υπομεθυλίωση έχει αναφερθεί σε όλες σχεδόν τις συμπαγείς όγκους [1] – [3]. Τα ποντίκια με λειτουργική διαταραχή του DNA μεθυλοτρανσφεράση 1 (

DNMT1

) συνάρτηση επιδεικνύουν σημαντική γονιδιωματική υπομεθυλίωση σε όλους τους ιστούς και την ανάπτυξη επιθετικών Τ-κυτταρικά λεμφώματα με χρωμοσωμική αστάθεια [4]. Σε στερεών ανθρώπινων όγκων, μετα-ανάλυση δείχνει μια γενική συσχέτιση μεταξύ των παγκόσμιων υπομεθυλίωσης και το στάδιο προηγμένη όγκου [3].

Μέχρι σήμερα, μόνο σποραδικά παραδείγματα υπομεθυλίωσης υποκινητή που σχετίζονται με ακάλυπτη την έκφραση των θεωρούμενων ογκογονίδια έχουν αναφερθεί, συμπεριλαμβανομένων :

Ε-Ras

στο γαστρικό καρκίνο [5],

c-Neu

σε διαγονιδιακά μοντέλα ποντικών [6], η

ΗΟΧ11

πρωτο-ογκογονιδίου σε λευχαιμία [7] ,

BCL-2

γονίδιο υπομεθυλίωση και υψηλού επιπέδου έκφραση σε Β-κυττάρου χρόνια λεμφοκυτταρική λεμφωμάτων [8], απομεθυλίωση σε ΜΜΤν /N-rasN διαγονιδιακά ποντίκια [9], και σπάνια ενεργοποίηση των δύο

RAS

μέλη της οικογένειας σε καρκίνο του παχέος εντέρου και μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα [10]. Αυτές οι παρατηρήσεις καταδεικνύουν ότι τα πρωτο-ογκογονίδια με ιστο-ειδικούς ή αναπτυξιακά περιορισμένη έκφραση-δηλαδή, κατά τη διάρκεια της πρώιμης ανάπτυξης, διαφοροποίησης, ή της γαμετογένεσης-μπορεί να είναι δυσανάλογα νέου εκφράζεται σε καρκίνους μέσω επιγενετικές μεταβολές, συμπεριλαμβανομένων και απομεθυλίωση.

HNSCC είναι χρήσιμη σαν ένα στερεό σύστημα μοντέλου όγκου, λόγω της καθιερωμένο ρόλο του επιγενετικές μεταβολές στην παθογένεση του [11], καθώς και η διαθεσιμότητα των κανονικών, ελάχιστα μετασχηματισμένων κυτταρικών σειρών για χρήση σε στρατηγικές γονιδιακής ανακάλυψη [12]. Χρησιμοποιώντας φαρμακολογική απομεθυλίωση σε κανονική, ελάχιστα μετασχηματισμένα στόματος κερατινοκυττάρων κυτταρικές σειρές σε συνδυασμό με τον καρκίνο ακραίων τιμών Προφίλ Ανάλυση (COPA) σε πρωτογενείς ιστούς ως μια προσέγγιση ανακάλυψη, ήμασταν σε θέση να καθορίσει ένα σύνολο υποψήφιων πρωτο-ογκογονιδίων που υποβάλλονται σε παρεκκλίνουσα απομεθυλίωση και αυξημένη έκφραση σε πρωτογενείς ανθρώπινους όγκους.

Λειτουργική δεδομένα και πριν δημοσιευμένες παρατηρήσεις υποδεικνύουν ότι η έκφραση αυτών των γονιδίων που σχετίζονται με την προώθηση του όγκου. Πρόσθετες αναλύσεις απέδειξαν ομολογία υποκινητή και συντονισμένη ρύθμιση προς τα άνω σε επιμέρους όγκους για υποσύνολα αυτών των γονιδίων-στόχων (πρωτο-ογκογονίδια). Ήμασταν σε θέση να διευρύνουμε αυτές τις παρατηρήσεις σε μια ποικιλία στερεών τύπους όγκων και εμπλέκουν ένα βασικό παράγοντα μεταγραφής, BORIS, σε συντονισμένη επιγενετικές ενεργοποίηση του πρωτο-ογκογονίδια. Αυτά τα δεδομένα υποδεικνύουν ότι παρεκκλίνουσα μεθυλίωση των πολλαπλών, φυσιολογικά καταπιεσμένη πρωτο-ογκογονίδια συμβαίνει με συντονισμένο τρόπο σε επιμέρους όγκους από πολλαπλούς τύπους στερεών όγκων.

Αποτελέσματα

Ολοκληρωμένες Discovery επιγενετικώς Αποκαλυμμένος γονίδια σε HNSCC

Υποθέσαμε ότι η κανονική κυτταρικές γραμμές περιέχουν μεθυλιωμένη γονίδια που συνήθως καταστέλλεται σε φυσιολογικούς ιστούς, αλλά ότι αυτά τα γονίδια μπορεί να επαναχρησιμοποιηθεί εκφράζεται από φαρμακολογική χειρισμό. Ένα υποσύνολο αυτών των γονιδίων θα περιλαμβάνει υποψήφιος πρωτο-ογκογονίδια ενεργοποιούνται από απομεθυλίωση σε ανθρώπινους καρκίνους που μπορούν να επιλεγούν περαιτέρω βάσει του πρωτογενούς όγκου ανάλυση της σειράς έκφρασης χρησιμοποιώντας ενοποιητική μεθόδους. Επιλέξαμε να προσαρμόσουν τις προηγούμενες μεθόδους των επιγενετικών διαλογής χρησιμοποιώντας 5-αζα θεραπεία /TSA που έχουν βρεθεί να είναι επιτυχές στον καθορισμό γονίδια καταστολής υποψήφιος όγκου. Δύο TERT-μετασχηματισμένων φυσιολογικές κυτταρικές σειρές του στόματος κερατινοκυττάρων υποβλήθηκαν σε επεξεργασία με 5 μΜ 5-αζα δεοξυκυτιδίνης για τέσσερις ημέρες και τριχοστατίνη Α για μία ημέρα πριν από τη συλλογή ολικού RNA για ανάλυση της σειράς έκφρασης χρησιμοποιώντας dChip [12], [13].

Παράλληλα, πραγματοποιήσαμε μια συγκριτική επιγενετική προσέγγιση αξιοποιώντας τον καρκίνο ακραίων τιμών Profiling Ανάλυση (COPA) χρησιμοποιώντας 49 πρωτοβάθμια HNSCC και 19 της κανονικής βλεννογόνου ιστούς προσδιορίστηκαν για έκφραση του mRNA για την πλατφόρμα μικροσυστοιχιών έκφραση Affymetrix U133A mRNA (16.383 σετ καθετήρα) που καταρτίζονται από την προηγούμενη εργασία και τις δημόσιες πηγές της έκφρασης (oncomine.org). COPA είναι ιδιαίτερα χρήσιμη για τον προσδιορισμό των διαφορών σε έκφρασης για συγκεκριμένα γονίδια σε υποσύνολα των δειγμάτων πρωτογενούς όγκου, με βελτιωμένη απόδοση σε σύγκριση με στατιστικά εργαλεία που βασίζονται σε διάμεσο ή μέση διαφορά έκφρασης μεταξύ δύο συνόλων δεδομένων [14]. Υπολογίσαμε COPA στο 90

ο εκατοστημόριο για την τελική μας κατάταξη όλων 16.383 χαρακτηριστικά των συστοιχιών, όπως αυτό είχε ως αποτέλεσμα τις πιο έντονες διαφορές στην έκφραση με το μέγεθος του δείγματος μας. Η στατιστική σημασία των διαφορών έκφρασης στα διαγράμματα COPA μετρήθηκαν με Mann-Whitney U test (Εικόνα 1Β).

(α) Αρχικά, ελάχιστα-μετασχηματισμένες κυτταρικές γραμμές υποβλήθηκαν σε θεραπεία με 5-αζα-δεοξυκυτιδίνη και TSA να ξεσκεπάσουν επιγενετικώς σιγήσει γονίδια. Για να συσχετισθούν επιγενετικών αποκάλυψης με νόημα προς τα πάνω ρυθμισμένη ειδική για τον καρκίνο γονίδια, πραγματοποιήσαμε μια συγκριτική επιγενετικές προσέγγιση με Καρκίνο ακραίων τιμών ανάλυσης των χαρακτηριστικών (COPA) χρησιμοποιώντας 49 όγκους και 19 φυσιολογικούς ιστούς που είχαν χαρακτηριστεί στην πλατφόρμα μικροσυστοιχία έκφραση Affymetrix U133A mRNA. Γονίδια (από probeset) κατέκτησαν την πρώτη θέση με βαθμό upfold ρύθμισης με 5-αζα επεξεργασία /TSA και το δεύτερο από COPA ρύθμιση προς τα πάνω σε 90

ου εκατοστημόριο. Το προϊόν αυτών των βαθμίδων χρησιμοποιήθηκε για την κατάταξη όλων των στόχων και ένα κατώτατο όριο σημαντικότητας (α = 0,005) επιλέχθηκε με αποτέλεσμα 106 γονίδια των οποίων αξιολογήθηκαν οι κορυφαίοι 26 γονίδια. Για να μην αποκλείει τα γονίδια έξω από την πλατφόρμα U133A, μπορούμε επίσης να θεωρηθούν όλα τα άλλα γονίδια στο U133 Plus 2.0 πλατφόρμα για τη μόνη βάση της 5-αζα /TSA ρύθμιση upfold. Γονίδια ακολούθως διαλέγονται από την παρουσία των CpG νησίδων χρησιμοποιώντας MethPrimer και όλα τα γονίδια επικυρώθηκαν με όξινο θειώδες αλληλουχία των όγκων και των φυσιολογικών ιστών, και QRT-PCR των κυτταρικών γραμμών και πρωτογενείς όγκους. Των ενοποιητική στόχους 7/26 πέρασε επικύρωσης μας, ενώ 2/46 των μη ολοκληρωμένη στόχους πέρασε. Λειτουργική πειράματα στη συνέχεια πραγματοποιούνται σε αυτά τα γονίδια. (Β) Εκπρόσωπος COPA γράφημα

MAGEA3

αποδεικνύουν την στατιστική προσέγγιση για την εξεύρεση υποψηφίου υπερεκφράζεται ογκογονίδια. Διαφορά όγκου (n = 49), έναντι της φυσιολογικής (n = 19) η έκφραση ήταν σημαντική, τιμή ρ & lt? 0,001 μετρούμενη με Mann-Whitney U test. (Γ) Ανάδοχος απομεθυλίωση προκαλεί μεταγραφική ρύθμιση προς τα πάνω. Προς τα πάνω ρύθμιση μετά από θεραπεία με 5-αζα /TSA παρουσιάζεται σε κυτταρικές γραμμές όπως μετράται με QRT-PCR. Η αναλογία του 5-αζα /TSA αντιμετωπίζονται έκφραση με την αρχική τιμή εμφανίζεται για

C19ORF28

,

Η19

,

TKLT1

,

GPR17

,

GRIN1

,

MAGEA2

,

MAGEA3 /6

,

MAGEA4

,

MAGEA11

. Κάθε γονίδιο επέδειξε σημαντική αυξορρύθμιση από 5-αζα θεραπεία /TSA σε τουλάχιστον ένα κυτταρική σειρά. Οι μπάρες σφάλματος δείχνουν SE

Η

Εμείς καθορίζεται γονίδιο τάξεις με δύο τρόπους:. 1) COPA κατάταξη στο 90

ου εκατοστημόριο ρύθμιση προς τα άνω στην πρωτοβάθμια ιστό του όγκου σε σχέση με την κανονική έκφραση ιστού και 2) upfold κανονισμού μετά φαρμακολογική απομεθυλίωση μετά dChip εξομάλυνση σε κυτταρικές σειρές.

Μια ολοκληρωμένη προϊόν κατάταξη υπολογίστηκε (Σχήμα 1Α). Χρησιμοποιώντας ένα όριο σημαντικότητας (α = 0,005) και την επακόλουθη τυχαία μετάθεση της κατάταξης-λίστες μας, εντοπίσαμε 106 γονίδια που ήταν σημαντικά διαφορικά απορυθμίζεται με βάση την επιγενετική διαλογής και της έκφρασης μικροσυστοιχιών ιστού (Πίνακας S1). Εμείς εμπειρικά επιλεγεί στην κορυφή βαθμολόγησης 26 γονίδια για περαιτέρω αναλύσεις. Δεκαεπτά από 26 γονιδίων που περιέχουν προαγωγό που συνδέεται με CpG νησίδες χρησιμοποιώντας το λογισμικό MethPrimer επιλέχθηκαν για περαιτέρω μελέτες [15].

Σε μια ξεχωριστή παράλληλη ανάλυση να αντιπροσωπεύουν πιθανές ενεργοποιημένων πρωτο-ογκογονιδίων που δεν περιλαμβάνονται στην πλατφόρμα U133A, εμείς ανέλυσε 32.500 γονίδια στην πλατφόρμα U133plus2 κατατάσσονται βάσει μόνο της 5-αζα /TSA ρύθμιση upfold στην ομαλοποιημένη κυτταρικές σειρές μας, που δεν είχαν συμπεριληφθεί στο αρχικό όγκο ανάλυση της σειράς έκφρασης. Εντοπίσαμε 46 γονιδίων στόχων με & gt?. 2 φορές προς τα πάνω ρύθμιση σε διάστημα εμπιστοσύνης 90% και μέσο έκφρασης τιμή διαφοράς πάνω από την αρχική τιμή μεγαλύτερη από 50. Μεταξύ αυτών, 30 επιβεβαιώθηκε ότι έχουν νησίδες CpG (Πίνακας S2)

Επικύρωση των ειδικών όγκων απομεθυλίωσης υποκινητή των γονιδίων στόχων

CpG νησίδες στην περιοχή προαγωγού των 47 επιλεγμένους στόχους γονίδιο με CpG νησιά όξινο θειώδες αλληλουχία σε φυσιολογικά δείγματα βλεννογόνου από ασθενείς χωρίς διάγνωση του καρκίνου για την επιβεβαίωση επιγενετικών σίγηση σε ώριμες ανώτερο βλεννογόνο αναπνευστικής οδού (πίνακες S1 & amp? S2). Μόνο 18/47 περιοχές υποκινητή κατέδειξε πλήρη μεθυλίωση σε όλα αλληλουχία CpG θέσεις σε όλους τους φυσιολογικούς ιστούς. Αυτοί οι στόχοι στη συνέχεια όξινο θειώδες αλληλουχία σε 10 πρωτογενείς HNSCC για να προσδιοριστεί για την παρουσία υπομεθυλίωσης. (Εικόνα 2Α). Από αυτούς τους στόχους, 9/18 έδειξε απομεθυλίωση (βλέπε Πίνακα 1) σε ιστούς του όγκου σε μεγαλύτερη από 30% των δειγμάτων, συμπεριλαμβανομένων των

TKTL1

(4/10, ρ & lt? 0,05),

Η19

(6/10, σ & lt? 0.05),

MAGEA2

(5/10, σ & lt? 0.05),

MAGEA3 /6

(5/10, σ & lt? 0.05),

MAGEA4

(5/10, σ & lt? 0.05),

MAGEA11

(5/10, σ & lt? 0.05),

GPR17

(3/10, σ & lt? 0.10),

GRIN1

(6/10, σ & lt? 0.05),

C19ORF28

(5/10, σ & lt? 0.05), (chi-τετράγωνο). Για την επιβεβαίωση της μεταγραφής προς τα πάνω ρύθμιση των γονιδίων στόχων με 5-αζα θεραπεία /TSA σε μας σύστημα κυτταρική γραμμή (φαίνεται στο σχήμα S1), πραγματοποιήσαμε ποσοτική RT-PCR επί /TSA επεξεργασμένα φυσιολογικά κύτταρα 5-αζα σε σύγκριση με ψευδο-κατεργασμένα κύτταρα για αυτούς εννέα γονίδια (Σχήμα 1 C). Κάθε γονίδιο επέδειξε σημαντική αυξορρύθμιση από 5-αζα θεραπεία /TSA σε τουλάχιστον μία κυτταρική σειρά που υποστηρίζουν λειτουργικές ρύθμισης γονιδίου από υπομεθυλίωση υποκινητή. Χρησιμοποιώντας την αρχική ομάδα των 10 πρωτογενών όγκων, πραγματοποιήσαμε μια προκαταρκτική ανάλυση για να προσδιοριστεί η σχέση της υπομεθυλίωσης υποκινητή για έκφραση. έκφραση QRT-PCR με το όξινο θειώδες αλληλούχιση του αντίστοιχου υποκινητή παρακάτω φαίνεται στο Σχήμα 2β-j. Χρησιμοποιήσαμε το Mann-Whitney U για σύγκριση της έκφρασης QRT-PCR των μεθυλιωμένων και μη-μεθυλιωμένων ομάδες. Τρία γονίδια είχαν στατιστικά σημαντική αύξηση της έκφρασης στην μη μεθυλιωμένη ομάδα:

MAGEA2

(p = 0,007),

MAGEA3 /6

(p = 0,007),

MAGEA11

(p = 0.05). Πιθανές συσχετίσεις μεταξύ της έκφρασης και της κατάστασης μεθυλίωσης υποστηρικτής σε αυτό το μικρό ομάδα επίσης προταθεί για

TKTL1

(p = 0.06),

MAGEA4

(p = 0,09),

C19ORF28

( p = 0,09),

GRIN1

(p = 0.06), αλλά

Η19

(p = 0,7), αλλά

GPR17

(p = 0,38) δεν δείχνουν αυτή τη συσχέτιση.

(α) Παρουσιάζονται οι θειώδους αποτελέσματα αλληλουχίας σε 10 όγκους και 10 φυσιολογικά για:

TKTL1

(4/10, σ & lt? 0.05),

Η19

(6 /10, σελ & lt? 0.05),

MAGEA2

(5/10, σ & lt? 0.05),

MAGEA3 /6

(5/10, σ & lt? 0.05),

MAGEA4

(5/10, σ & lt? 0.05),

MAGEA11

(5/10, σ & lt? 0.05),

GPR17

(3/10, σ & lt? 0.10),

GRIN1

(6/10, σ & lt? 0.05),

C19ORF28

(5/10, σ & lt? 0,05). (Β-ι) έκφραση QRT-PCR με το όξινο θειώδες αλληλούχιση του αντίστοιχου υποκινητή παρακάτω (το λευκό είναι μη μεθυλιωμένη, γκρι είναι μεθυλιωμένη). Σημασία μετρήθηκε με σύγκριση της έκφρασης του μεθυλιώνεται για να μη μεθυλιωμένων με Mann-Whitney U test. Σημασία βρέθηκε σε MAGEA2 (p = 0,007), MAGEA3 /6 (ρ = 0,007), MAGEA11 (p = 0.05). Ισχυρή συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης και της κατάστασης μεθυλίωσης υποστηρικτής βρέθηκαν επίσης για TKTL1 (p = 0.06), MAGEA4 (p = 0,09), C19ORF28 (p = 0,09), GRIN1 (p = 0.06). Η19 (ρ = 0,7) και GPR17 (p = 0.38) δεν έδειξαν συσχετίσεις μεταξύ διθειώδες αλληλουχίας και έκφραση σε αυτό το κοόρτη. Οι μπάρες σφάλματος απεικονίζουν το τυπικό σφάλμα.

Η

Λειτουργική επικύρωση των υποψηφίων γονιδίων

Στη συνέχεια πραγματοποιήθηκε παροδικές επιμολύνσεις για την αξιολόγηση ή /και επιβεβαιώστε αυξητικά αποτελέσματα αυτών των εννέα στόχους που δείχνουν ογκοειδικό υπομεθυλίωση υποκινητή. Αν και Η19 κωδικοποιεί για ένα μη μεταφρασμένη μεταγραφή RNA, το προϊόν Η19 φαίνεται να επάγει αύξηση σε πνεύμονα και καρκίνου του μαστού κυτταρικές γραμμές [16] και μπορεί να προκαλέσει αντίσταση φαρμάκου σε ηπατο-κυτταρικό καρκίνωμα [17]. Το Σχήμα 3Α δείχνει τα αποτελέσματα που λαμβάνονται με παροδική διαμόλυνση ενός

Η19

κατασκευάσει σε κύτταρα OKF6-Τριτ-1R. Σε τέσσερις ημέρες, υπήρχε μια 41.4% (± 15%) αύξηση στην ανάπτυξη κατά τη διάρκεια της επιμολυσμένα με κενό φορέα. Η οικογένεια MAGE αποτελείται από συναφείς μέλη της οικογένειας που είναι γνωστό ότι ρυθμίζεται προς τα πάνω σε μια ποικιλία τύπων όγκου [18], αλλά πρόσφατα εμπλακεί στην επαγωγή της μεταγραφής επαναπρογραμματισμό σε κύτταρα όγκου [19].

MAGEA2

επάγουν μία αύξηση 72,7% (± 26%) της αύξησης του την ημέρα τρία (Σχήμα 3Β).

MAGEA4

διαμόλυνση επάγουν μία αύξηση 203% (± 17%) για την ανάπτυξη (Σχήμα 3D). Λειτουργικές διαφορές ανάπτυξης δοκιμάστηκαν, αλλά δεν βρέθηκε για

C19ORF28

.

(α) Παροδική επιμόλυνση του

H19

κατασκευάσει μέσα στα κύτταρα OKF6-Τριτ-1R (κατά την ημέρα 4 , 41,4% ± 15% αύξηση της ανάπτυξης). (Β) Παροδική επιμόλυνση ενός

MAGEA2

κατασκευάσει σε κύτταρα OKF6-Τριτ-1 R (κατά την ημέρα 3, 72,7% ± 26% αύξηση της ανάπτυξης). (Γ) Η παροδική επιμόλυνση ένα

TKTL1

κατασκευάσει μέσα στα κύτταρα OKF6-Τριτ-1R (κατά την ημέρα 4, 50,1% ± 38% αύξηση της ανάπτυξης). (Δ) Παροδική επιμόλυνση

MAGEA4

κατασκευάσει σε κύτταρα OKF6-Τριτ-1 R (κατά την ημέρα 4, 203% ± 17% αύξηση της ανάπτυξης). Για (Ε) αναπτύξαμε μία ποσοτική δοκιμασία για τη μέτρηση της μη μεθυλιωμένα προαγωγούς, που ονομάζονται ποσοτικοί Unmethylation-ειδική PCR (QUMSP). QUMSP ποσοστό

C19ORF28

,

GRIN1

,

Η19

,

MAGEA11

,

MAGEA2

,

MAGEA3 /6

,

GPR17

, και

TKTL1

διεξήχθη σε ένα ξεχωριστό σειρά ασθενών καρκίνου κεφαλής και τραχήλου χρησιμοποιώντας 25 όγκους και 11 ανώτερης αναπνευστικής βλεννογόνου δείγματα για να απομεθυλίωση υποκινητή δοκιμασίας. Στατιστικά σημαντικές διαφορές βρέθηκαν στο

GRIN1

,

MAGEA11

,

MAGEA2

. Επόμενο απομεθυλίωση υποκινητή θεωρήθηκε ως αιτία των αυξήσεων έκφρασης mRNA δει στο σύνολο δεδομένων EXPO. (Στ) δείχνει τα αποτελέσματα QUMSP για μια ανεξάρτητη ομάδα των 14 κανονικών πνεύμονα και 13 ασθενείς όγκου πνεύμονα. Σημαντικές διαφορές στην QUMSP βρέθηκαν στο

Η19

,

MAGEA11

,

MAGEA2

, και

MAGEA3 /6

.

Η

στο Σχήμα 3C,

TKTL1

επάγουν μία αύξηση 50,1% (± 38%) για την ανάπτυξη σε τέσσερις ημέρα. Ενισχυμένη έκφραση του TKTL1 έχει πρόσφατα εμπλακεί στην μετατροπή των κυττάρων σε αερόβιο, γλυκολυτικό μεταβολισμό καθώς και την αύξηση του πολλαπλασιασμού σε κύτταρα καρκίνου του παχέος εντέρου [20] – [25]. TKTL1 ανεξάρτητα συνδέεται με κακή επιβίωση σε καρκίνωμα του λάρυγγα, του παχέος εντέρου και ουροθηλίου καρκίνους, καθώς και μακρινή μετάσταση σε καρκίνωμα των ωοθηκών [22], [23], [26] Για να επιβεβαιωθεί περαιτέρω TKTL1 ως υποψήφια πρωτο-ογκογονιδίου σε HNSCC, εκτελέσαμε προσκολλημένη δοκιμασίες εστίαση αποικία στην TKTL1 την χαμηλή έκφραση HNSCC κυτταρικές σειρές JHU-011 και JHU-028, και διαπίστωσε σημαντική αύξηση της ανάπτυξης και στις δύο κυτταρικές σειρές (Σχήμα 4 Α, Β). Στη συνέχεια μισθωτούς shRNA κατασκευάσματα σε ένα TKTL1 υψηλής κυτταρική γραμμή που εκφράζει UM-22Β σε αγκυροβόλιο ανεξάρτητες δοκιμασίες ανάπτυξης, και σημειώνεται μία δραματική μείωση στο μέγεθος και τον αριθμό των αποικιών (Σχήμα 4 C, D) σε σύγκριση με ψευδο-διαμολυσμένα κύτταρα.

(α) TKTL1 αναγκαστική υπερέκφραση μέσω παροδική επιμόλυνση σε φόντο χαμηλού εκφράζουν JHU-011 κύτταρα επάγει αυξημένη αγκύρωση εξαρτώμενη σχηματισμό αποικίας και (β) TKTL1 shRNA σε υψηλή κυτταρική γραμμή που εκφράζει FaDu επάγει αναστολή της ανάπτυξης. (Γ) Anchorage ανεξάρτητη ανάπτυξη των κυττάρων UM-22Β αναστέλλεται σημαντικά από TKTL1 shRNA (d), με μείωση του μεγέθους αποικιών. (* = P & lt? 0,01, ** = ρ & lt? 0.001, πλατεία chi).

Η

Υποψήφιος πρωτο-ογκογονιδίου έκφρασης και απομεθυλίωση υποκινητή σε άλλους τύπους ανθρώπινου καρκίνου

Για να καθοριστεί εάν οι υποψήφιες πρωτο-ογκογονιδίου έκφραση μεταβλήθηκε σε ένα ευρύτερο φάσμα των τύπων όγκων, αναλύσαμε τα δεδομένα έκφρασης που διατίθενται μέσω των συνόλων δεδομένων Expo για 1041 ανθρώπινους όγκους όλων των ιστολογίες [27]. Τα δεδομένα ήταν το πρώτο μεσαίο-έκφραση ομαλοποιηθεί από κάθε σειρά και στη συνέχεια από την μέση κανονικοποίηση από το σύνολο ανιχνευτή χαρακτηριστικό των 1041 όγκων από πολλούς τύπους καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του πνεύμονα και ουροθηλιακών, αλλά όχι HNSCC. Επιλέξαμε ένα υποσύνολο αυτών των όγκων, μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC), λέμφωμα, μελάνωμα, καρκίνο του παγκρέατος, καρκίνοι του προστάτη, και ουροθηλίου καρκίνων, για την παρουσίαση (Σχήμα 5Α-Δ).

Η19

ήταν σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω σε NSCLC (p = 0.008), και ουροθηλίου καρκίνου (p = 0,0013), όπως υπολογίζεται από Mann-Whitney U test συγκρίνοντας συστοιχία κανονικοποιημένη έκφραση σε τύπο όγκου σε όλους τους άλλους όγκους. Σημειώσαμε σημαντικά αυξημένη έκφραση του MAGEA2 σε NSCLC (p = 0.005), αλλά όχι σε urothelial καρκίνους (p = 0.18).

TKTL1

έδειξαν επίσης υπερέκφραση σε NSCLC (p = 0.05), αλλά όχι το ουροθηλιακό καρκίνο (p = 0.55), και

MAGEA4

υπερεκφράστηκε σε NSCLC (p = 0.04), αλλά όχι σημαντικά τόσο σε ουροθηλιακό καρκίνο (p = 0.12). Για να επιβεβαιωθεί ειδικού στόχου απομεθυλίωση σημειώνεται στην πρωτογενείς όγκους, επινοήσαμε μια ταχεία, ποσοτική δοκιμασία για ειδικά τη μέτρηση μη-μεθυλιωμένου προαγωγούς, την οποία ονομάζονται ποσοτικοί Unmethylation-ειδική PCR (QUMSP). Είκοσι πέντε όγκους HNSCC και 11 ανώτερης αναπνευστικής βλεννογόνου δείγματα αναλύθηκαν για απομεθυλίωση προαγωγό (Σχήμα 3Ε). Ογκοειδικό απομεθυλίωση βρέθηκε σε

GRIN1

(p = 0,005),

MAGEA11

(p = 0.001), και

MAGEA2

(p = 0,002). Πραγματοποιήσαμε μια παρόμοια ανάλυση χρησιμοποιώντας μια ξεχωριστή, ανεξάρτητη ομάδα των 13 δειγμάτων NSCLC με 14 δείγματα πνεύμονα από ασθενείς χωρίς νεοπλασματική νόσο και επιβεβαιώθηκε υπομεθυλίωση υποστηρικτής στα γονίδια-στόχους. Σημαντικές διαφορές σε

Η19

(p = 0.02),

MAGEA11

(p = 0.03),

MAGEA2

(p = 0,005) και

MAGEA3 /6

(p = 0.02). Δείτε το Σχήμα 3F.

Το αποθετήριο Expo σύνολο δεδομένων ήταν εξορύσσεται για την έκφραση του γονιδίου καρκινικού ιστού μετράται με την Affymetrix U133 Plus πλατφόρμα έκφρασης του mRNA 2.0. Αρχικά τα δεδομένα ήταν διάμεση-κανονικοποιούνται με συστοιχία έκφρασης και κάθε γονίδιο ήταν διάμεση κανονικοποιούνται για αυτή την εικόνα. Μόνο τα υποσύνολα των μη μικροκυτταρικού καρκίνου του πνεύμονα, λέμφωμα, μελάνωμα, καρκίνο του παγκρέατος και καρκίνο ουροθηλιακό εμφανίζονται. (Α) δείχνει την έκφραση του

Η19

σε αυτούς τους καρκίνους. (Β)

MAGEA2

έκφρασης, (γ)

TKTL1

έκφρασης, και (δ)

MAGEA4

. Η στατιστική σημαντικότητα μετρήθηκε σε κάθε τύπο όγκου, συγκρίνοντας την έκφραση του γονιδίου στον τύπο όγκου προς έκφραση σε όλα τα εναπομείναντα 1.041 δείγματα. τύπους όγκων χωρίς να σ τιμές δεν προσεγγίζουν στατιστική σημαντικότητα. Πνεύμονα και ουροφόρων παρουσίασαν σημαντική επικάλυψη έκφραση.

Η

Η ανώμαλη έκφραση των υποψηφίων πρωτο-ογκογονίδια συμβαίνει με συντονισμένο τρόπο σε επιμέρους πρωτογενείς όγκους

Κατά τη διάρκεια αυτών των αναλύσεων, μπορούμε γρήγορα σημείωσε ότι μεταγραφική ρύθμιση προς τα πάνω μέσω της υπομεθυλίωση υποκινητή έτεινε να συμβεί συγχρόνως σε ένα υποσύνολο των όγκων. Σε ομάδα μας από 49 πρωτογενείς HNSCC προσδιορίστηκαν μέσω ανάλυσης συστοιχία έκφρασης, κατασκευάσαμε μία μήτρα συντελεστών συσχέτισης κατά Pearson μεταξύ των επιπέδων έκφρασης του κάθε στόχου (Σχήμα 6Α). Για εννέα γονίδια στόχους μας, σημαντική συσπείρωση της αυξημένης έκφρασης παρατηρήθηκε μέσα στην οικογένεια MAGEA των γονιδίων. Η19 δεν συμπεριλήφθηκε λόγω της απουσίας του στην πλατφόρμα U133A. Ένα ξεχωριστό σύμπλεγμα που σχετίζεται υπερέκφραση σημειώθηκε για

TKTL1

,

GRIN1

, και

GPR17

. Από τα στοιχεία της έκφρασης NSCLC που προέρχονται από τα σύνολα δεδομένων Expo δημιουργήσαμε παρόμοιες μήτρες για να εξετάσει τις συσχετίσεις μεταξύ μεμονωμένων γονιδίων. Σημειώσαμε ότι MAGEA οικογένεια έκφρασης και

H19

έκφρασης έδειξε εξαιρετικά σημαντικές συσχετίσεις σε επιμέρους NSCLC (βλέπε Εικόνα 6Β). Αντίθετα, δεν υπήρχαν συσχετισμοί στόχο-στόχο για NSCLC έκφραση του άλλου cluster (

TKTL1

,

GRIN1

, και

GPR17

) που εκτίθενται συντονισμένη έκφραση σε HNSCC.

(α) Δείχνει το γονίδιο συσχέτιση της έκφρασης μήτρας ρ-τιμή για την συν-έκφραση για κάθε ζεύγος γονιδίων σε όλους τους όγκους. Η σύγκριση αυτή δείχνει τη συσχέτιση κάθε ζεύγους γονιδίων σε 49 όγκους κεφαλής και τραχήλου. (Β) πίνακα συσχέτισης p-value έκφραση ζεύγος γονιδίων για 80 NSCLC. Της σημείωσης C19ORF28 δεν πλακάκια σε αυτήν την πλατφόρμα συστοιχία. (Γ) Ανάλυση των περιοχών προαγωγού των γονιδίων. Παρουσιάζεται είναι ένα phylogram υποκινητών μας ενδιαφέρουν με βάση την ανάλυση ΟΙυδίβίνν μετά από πολλαπλή ευθυγράμμιση ακολουθίας. Η περιοχή της σημαντική ομολογία παρουσιάζεται μετά από τις στατιστικές ευθυγράμμιση ακολουθίας και Ε από τη σύγκριση PromoterWise EMBL-EBI του. (Δ) Ανάδοχος υπομεθυλίωσης (QUMSP) μήτρας ρ-τιμή συσχέτισης για HNSCC (25 όγκοι). (Ε) Ανάδοχος υπομεθυλίωσης (QUMSP) συσχέτιση μήτρα τιμή p για NSCLC (13 όγκοι).

Η

μοτίβα έκφρασης συσχετίζονται με την ομολογία υποκινητή για υποστηρικτής απομεθυλιούνται γονιδίων-στόχων

Στη συνέχεια θέλησε να καθορίσει εάν ομολογία προαγωγό συνδέθηκε με το συνδεδεμένο έκφραση των δύο πρωτο-ογκογονιδίου συστάδες. Χρησιμοποιήσαμε συνέχεια εργαλείο ClustalW του Ευρωπαϊκού Ινστιτούτου Βιοπληροφορικής (Εικόνα 6C) για την ανάλυση phylogram μετά από πολλαπλές ευθυγράμμιση ακολουθίας των αντίστοιχων δικαιούχων. Για να επιβεβαιώσετε ομολογία ποσοτικά, χρησιμοποιήσαμε εργαλείο σύγκρισης PromoterWise EMBL-EBI, η οποία βρέθηκε σημαντικά ζεύγη περιοχές της ομολογίας υποκινητή στο

GPR17

,

GRIN1

, και

TKTL1

. Όπως αναμενόταν από παλαιότερες μελέτες, η MAGE-Μια οικογένεια συγκεντρωμένα μαζί, όπως το MAGE-Α μελών της οικογένειας και Η19 είναι γνωστό ότι έχουν sites συναίνεση δέσμευσης για παράγοντες δέσμευσης ευαίσθητα σε μεθυλίωση

CTCF

και

CTCFL

/

BORIS

. Επιπλέον, αυτή η δεύτερη ομάδα των

GRIN1

,

GPR17

, και

TKTL1

συγκεντρωμένα μαζί με ομολογία αλληλουχίας.

Τέλος, θελήσαμε να δούμε αν ο βαθμός υπομεθυλίωσης υποκινητή συσχετιζόταν σε επιμέρους όγκους. Για τόσο στην πρωτοβάθμια όσο HNSCC (Σχήμα 6D) και NSCLC (Σχήμα 6Ε), πολλαπλές σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ της κατάστασης μεθυλίωσης βρέθηκαν μεταξύ των στόχων, αλλά την κατάσταση μεθυλίωσης δεν συγκεντρώνονται σε ομάδες που ορίζονται από το Α MAGE-cluster έκφραση της οικογένειας /Η19 ή το

TKTL1

,

GRIN1

,

GPR17

συμπλέγματος. Αντίθετα, υπήρξαν σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ όλων προσδιορίζονται υποψήφιος πρωτο-ογκογονίδια. Υπομεθυλίωση, ως εκ τούτου, φαίνεται να παρουσιάζονται σε μια σχετική μόδα σε επιμέρους όγκους για όλα τα γονίδια-στόχους, αλλά η ταυτόχρονη έκφραση των γονιδίων εντός των δύο ομάδων συσχετίστηκε με ομολογία υποκινητή παρά κατάσταση μεθυλίωσης. Αυτό σήμαινε ότι ειδικοί μεταγραφικοί παράγοντες μπορεί να εμπλέκονται στην ρύθμιση των επιγενετικών αποκάλυψης ή /και μεταγραφική ενεργοποίηση με βάση την ομολογία υποκινητή μεταξύ αυτών των υποψήφιων πρωτο-ογκογονίδια.

έκφραση BORIS συνδέεται με πρωτο-ογκογονίδιο ενεργοποίησης σε πρωτογενείς όγκους, προκαλεί απομεθυλίωση υποκινητή, υποψήφιος πρωτο-ογκογονιδίου έκφρασης, και το μετασχηματισμό των κυττάρων

Η προφανής παρουσία πολλών γονιδίων MAGE μεταξύ των στόχων μας, μας ώθησε να μελετήσουμε ανάντη ρυθμιστικές οδούς γνωστών αντιγόνων καρκίνο των όρχεων. BORIS και CTCF είναι μια μοναδική συγγενές ζεύγος μεταγραφικών παραγόντων που εμπλέκονται στην επιγενετική ρύθμιση που μοιράζονται την ίδια περιοχή πρόσδεσης του DNA. BORIS είναι μεταγραφικά σιγήσει στους περισσότερους φυσιολογικούς ιστούς, αλλά εκφράζεται σε φυσιολογική εμβρυϊκή, γεννητικών κυττάρων, και καρκινικούς ιστούς. Έχουμε καθορίζεται εάν η έκφραση της BORIS συσχετίζεται με υποψήφιο έκφρασης πρωτο-ογκογονιδίου σε μια ξεχωριστή ομάδα από 36 πρωτοβάθμια HNSCC. Εικόνα 7Α παρουσιάζει έναν χάρτη θερμότητας κατασκευασμένο από μέση κανονικοποιημένη, τα δεδομένα έκφρασης qRT-PCR των πρωτο-ογκογονιδίων μας, κατατάσσονται σύμφωνα με την έκφραση BORIS. Σε αυτά τα 36 καρκίνους, BORIS υπερέκφραση συσχετίστηκε σημαντικά με υπερέκφραση του 6/9 πρωτο-ογκογονιδίων, συμπεριλαμβανομένων:

MAGEA3 /6

(p = 0,0017),

MAGEA4

(p = 0.04),

MAGEA11

(p & lt? 0.001),

GPR17

(p = 0,01), και

C19ORF28

(p = 0,001). Για να εξεταστεί περαιτέρω η συσχέτιση της έκφρασης BORIS με γονίδια-στόχους μας σε στερεά καρκίνους, αναλύσαμε τα δεδομένα EXPO σύνολο δεδομένων για 1.041 ανθρώπινων όγκων από μία ευρεία ποικιλία πηγών ιστών και ιστολογίες. Σημαντική θετική συσχέτιση της έκφρασης BORIS με την έκφραση του καθενός από εννέα πρωτο-ογκογονίδια μας τόνισε:

GRIN1

(p & lt? 0.001),

C19ORF28

(p & lt? 0.001),

Η19

(p & lt? 0.001),

MAGEA11

(p & lt? 0.001),

MAGEA2

(p & lt? 0.001),

MAGEA3 /6

(p = 0,003),

MAGE4

(p & lt? 0.001),

TKTL1

(p & lt? 0.001),

GPR17

(p & lt? 0.001), (Εικόνα S2). Παρά το γεγονός ότι BORIS μεταγραφές είναι συνήθως μη ανιχνεύσιμα σε φυσιολογικά κύτταρα, διαπιστώσαμε ότι το 59% όλων των όγκων έχουν ένα επίπεδο BORIS που υπερβαίνει το διάμεσο έκφραση όλων των γονιδίων, και το 90% των όγκων έχουν ένα επίπεδο έκφρασης BORIS & gt? 25% της μέσης τιμής έκφρασης για όλα τα γονίδια, που δείχνει ότι παρεκκλίνουσα έκφραση BORIS είναι μια κοινή εκδήλωση στον ανθρώπινο καρκίνο.

(α)

BORIS

έκφραση συσχετίζεται με την έκφραση των γονιδίων στόχων σε HNSCC (ΟΚΤ-PR) χάρτη θερμότητας (Pearson συσχέτισης) (β) Παροδική επιμόλυνση του

BORIS

κατασκευάσει σε κυτταρικές σειρές OKF6-Tert1R ΝΙΗ-3Τ3 και.

BORIS

υπερέκφραση οδήγησε σε αυξημένη κυτταρική ανάπτυξη στην κυτταρική γραμμή 3Τ3 (την ημέρα 3, 77% ± 34% αύξηση της ανάπτυξης) και στην κυτταρική σειρά OKF6-Tert1R (κατά την ημέρα 3, 161% ± 78% αύξηση αυξάνουν). Η ανάπτυξη των κυττάρων πάνω από την αρχική τιμή υπολογίζεται διαιρώντας τις τιμές με σήμα Καλσεϊνη 1η ημέρα του. (Γ) Anchorage ανεξάρτητη ανάπτυξη προσδιορίστηκε μετά από επιμόλυνση με κενό φορέα (EV), CTCF, και BORIS σε διάφορες συγκεντρώσεις δοξυκυκλίνης, με αντιπροσωπευτικά αποικίας (παρακάτω). (Δ) QUMSP εννέα στόχους του ενδιαφέροντος μετά την επιμόλυνση με κενό φορέα (μη επεξεργασμένα) και BORIS κατασκεύασμα (αντιμετωπίζονται) υπό την παρουσία 0.0625 μg /mL δοξυκυκλίνης. (Ε) Διπλώστε την αύξηση της ποσοτικής RT-PCR εννέα στόχους των τόκων μετά BORIS επιμόλυνση ρυθμίζεται σύμφωνα με τις τιμές μετά την επιμόλυνση με άδειο φορέα.

Η

Για να διερευνήσει τις λειτουργικές και επιγενετικές επιδράσεις της BORIS, επαγόμενη με τετρακυκλίνη pBIG2i-BORIS κατασκευάσματα επιμολύνθηκαν παροδικά σε κυτταρικές σειρές ΝΙΗ-3Τ3 και OKF6-Tert1R παρουσία δοξυκυκλίνης, με αποτέλεσμα την αύξηση προσκολλημένων κυτταρικής ανάπτυξης σε άγριου τύπου, BORIS μη εκφράζοντα ΝΙΗ3Τ3, και κυτταρικές γραμμές OKF6-Tert1R. 3Τ3 είχαν 77% ± 34% αύξηση ανάπτυξη σε τρεις ημέρες. OKF6 κυτταρικές σειρές είχαν 161% ± 78% αύξηση της ανάπτυξης την ημέρα τρία (Σχήμα 7Β). Είναι σημαντικό, αυτές οι επιδράσεις παρατηρήθηκαν όταν τα επίπεδα του

BORIS

έκφραση ρυθμίζεται να είναι παρόμοια με τα επίπεδα που βρέθηκαν σε πρωτογενείς όγκους.

Αυτή η επίδραση δεν παρατηρήθηκε με αυξημένες συγκεντρώσεις των δοξυκυκλίνη που προκαλείται από τα υψηλά επίπεδα του

BORIS

μεταγραφές. Μια ανάλυση των μεταγραφών έδειξε ότι η έκφραση του επτά από τα εννέα γονιδίων στόχων ήταν σημαντικά αυξημένη σε OKF6-Tert1R κύτταρο που εκφράζει BORIS (Σχήμα 7Ε). Για να ελεγχθεί αν BORIS εκφράζεται σε χαμηλά επίπεδα θα μπορούσαν να συμβάλουν στην μεταμόρφωση, μελετήσαμε τα κύτταρα ΝΙΗ3Τ3 για αγκύρωση ανεξάρτητη ανάπτυξη. Μετά από 12 ημέρες, σημαντικό αριθμό των αποικιών (30 +/- 3) παρατηρήθηκαν σε δοκιμές του BORIS εκφράζουν κύτταρα αλλά όχι σε κύτταρα επιμολυσμένα με ένα πλασμίδιο ελέγχου (Σχήμα 7C).

Τέλος, για να ελεγχθεί η δυνατότητα ότι BORIS μπορεί να σχετίζεται με επιγενετικές μεταβολές καθώς και μεταγραφική ρύθμιση προς τα άνω των γονιδίων στόχων μας, έχουμε ποσοτικά προσδιορίστηκαν για την κατάσταση μεθυλίωσης της υποψήφιας πρωτο-ογκογονίδια μας μετά BORIS διαμόλυνση και σημείωσε ότι έξι από τα εννέα στόχων (C19 ORF28, GPR17, GRIN1, MAGEA2 , MAGEA3 /6, και MAGE11) παρουσίασαν αύξηση μεγαλύτερη από 100% σε απομεθυλιωμένο υποστηρικτής ήδη 48 ώρες μετά την επαγωγή της BORIS (Σχήμα 7D).

Συζήτηση

Τα στοιχεία που παρουσιάστηκαν παραπάνω δείχνουν ότι HNSCC και NSCLC υποβάλλονται ενεργοποίηση των υποψηφίων πρωτο-ογκογονίδια με σχετίζεται απομεθυλίωση με συντονισμένο τρόπο σε επιμέρους όγκους. Ήμασταν σε θέση να αποδείξει μετασχηματισμού που σχετίζονται με επιπτώσεις της BORIS εκφράζεται εκτοπικά σε BORIS-αρνητικές κυτταρικές σειρές καθώς και των επιπτώσεων της ανάπτυξης με επιμέρους γονιδίων στόχων που έχουν δείξει να ενεργοποιηθεί επιγενετικώς και εκφράζεται από BORIS. Ωστόσο, αυτό δεν αποκλείει τη συμβολή της, ακόμη μη γονίδια να σχετίζονται BORIS επιδράσεις ή μια συνεργατική δράση μεταξύ εντοπίστηκαν γονίδια-στόχους.