Αφηρημένο

Ιστορικό

Τα microRNAs (miRNAs) είναι ευρέως μελετηθεί μη-κωδικοποίησης RNA που ρυθμίζουν την έκφραση των γονιδίων. Τα miRNAs απελευθερωθεί σε διαφορετικούς όγκους, συμπεριλαμβανομένων του καρκίνου του στομάχου (GC) και έχουν τη δυνατότητα διαγνωστικές και προγνωστικές επιπτώσεις. Ο σκοπός της μελέτης μας ήταν να προσδιορίσει το προφίλ miRNA σε ιστούς GC, που ακολουθείται από αξιολόγηση της απελευθερωμένης miRNAs στο πλάσμα των ασθενών GC. Χρησιμοποιώντας τις διαθέσιμες βάσεις δεδομένων και της βιοπληροφορικής μεθόδους που στοχεύουν επίσης στην αξιολόγηση των πιθανών γονιδίων στόχων του επιβεβαίωσε διαφορικά εκφρασμένων miRNA και να επικυρώνει αυτά τα ευρήματα στους ιστούς GC.

Μέθοδοι

Στη μελέτη συμμετείχαν 51 ασθενείς GC και 51 ελέγχους. Αρχικά, θα προβληθεί προφίλ έκφρασης των miRNAs σε 13 δείγματα ιστού του GC και 12 φυσιολογικά γαστρικό ιστούς με TaqMan σειρά χαμηλής πυκνότητας (TLDA). Στο δεύτερο στάδιο, εκφράζονται διαφορικά miRNAs επικυρώθηκαν σε μία κοόρτη αντιγραφής χρησιμοποιώντας qRT-PCR σε δείγματα ιστού και πλάσματος. Στη συνέχεια, αναλύσαμε το δυναμικό γονιδίων στόχων της απελευθερωμένης miRNAs χρήση βιοπληροφορική προσέγγιση, καθορίζεται η έκφρασή τους σε ιστούς GC και πραγματοποιήθηκε ανάλυση συσχέτισης με τη στόχευση miRNAs.

Αποτελέσματα

Profiling με TLDA αποκάλυψε 15 απορυθμισμένη miRNAs στο GC ιστούς σε σύγκριση με την κανονική γαστρικό βλεννογόνο. Ανάλυση αντιγραφής επιβεβαίωσε ότι το miR-148a-3ρ, miR-204-5p, miR-223-3p και miR-375 είχαν απελευθερωθεί με συνέπεια σε ιστούς GC. Η ανάλυση των δειγμάτων πλάσματος ασθενών GC »παρουσίασαν σημαντική προς τα κάτω ρύθμιση του miR-148a-3ρ, miR-375 και up-ρύθμιση του miR-223-3p σε σύγκριση με υγιή άτομα. Περαιτέρω, με τη χρήση εργαλείων βιοπληροφορικής εντοπίσαμε τους στόχους της αναπαραχθεί miRNAs και πραγματοποιείται ανάλυση εμπλουτισμό του γονιδίου σχετίζεται με τη νόσο. Τελικά, αξιολογείται το δυναμικό του γονιδίου-στόχου

BCL2

και

DNMT3B

έκφραση με qRT-PCR σε ιστό GC, το οποίο συσχετίζεται με τη στόχευση της έκφρασης των miRNAs.

Συμπεράσματα

η μελέτη μας αποκάλυψε προφίλ miRNA σε ιστούς GC και έδειξαν ότι miR-148a-3ρ, miR-223-3p και miR-375 είναι απελευθερωμένη σε δείγματα πλάσματος GC, αλλά αυτά που κυκλοφορούν miRNAs έδειξε σχετικά μικρή διαγνωστική απόδοση ως μοναδικό βιοδείκτες. ανάλυση του γονιδίου στόχου έδειξε ότι

BCL2

και

DNMT3B

έκφρασης σε ιστό GC συσχετίζεται με στόχευση την έκφρασή τους miRNA

Παράθεση:. Juzėnas S, Saltenienė V, KUPČINSKAS J, Link A , Kiudelis G, Jonaitis L, et al. (2015) Ανάλυση των Απελευθερωμένης microRNAs και γονιδίων-στόχων τους σε γαστρικό καρκίνο. PLoS ONE 10 (7): e0132327. doi: 10.1371 /journal.pone.0132327

Επιμέλεια: Λιν Ζανγκ, University of Pennsylvania School of Medicine, Ηνωμένες Πολιτείες