Αφηρημένο

Ιστορικό

Πρόσφατες μελέτες έχουν εντοπίσει αρκετές πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) στον πληθυσμό που σχετίζονται με μεταβολές τους κινδύνους πολλών διαφορετικών ασθενειών, συμπεριλαμβανομένων των καρκίνων όπως του μαστού, του προστάτη και του παχέος. Για τον καρκίνο των ωοθηκών, ο γνωστός εξαιρετικά διεισδυτικό γονίδια προδιάθεσης (

BRCA1

και

BRCA2

) είναι πιθανώς υπεύθυνη μόνο για το 40% των επιπλέον οικογενειακών τους κινδύνους του καρκίνου των ωοθηκών, γεγονός που υποδηλώνει ότι άλλα γονίδια ευαισθησίας των χαμηλότερων διεισδυτικότητα υπάρχει.

Μέθοδοι

Έχουμε λάβει έναν υποψήφιο προσέγγιση για τον προσδιορισμό μέτρια αλληλόμορφα ευαισθησίας κινδύνου για καρκίνο των ωοθηκών. Μέχρι σήμερα, έχουμε γονότυπος 340 SNPs από 94 υποψήφια γονίδια ή περιοχές, μέχρι και σε 1.491 επεμβατική επιθηλιακά περιπτώσεις καρκίνου των ωοθηκών και 3.145 ανεπηρέαστη έλεγχοι από τρεις διαφορετικές μελέτες που βασίζονται πληθυσμού από το Ηνωμένο Βασίλειο, τη Δανία και τις ΗΠΑ.

Αποτελέσματα

Μετά την προσαρμογή για τη διαστρωμάτωση του πληθυσμού από γονιδιωματική ελέγχου, 18 SNPs (5,3%) ήταν σημαντικές στο επίπεδο του 5%, και 5 SNPs (1,5%) ήταν σημαντική σε επίπεδο 1%. Η πιο σημαντική συσχέτιση ήταν για τους rs2107425 SNP, που βρίσκεται στο χρωμόσωμα 11ρ15.5, η οποία έχει προηγουμένως ταυτοποιηθεί ως αλληλόμορφο ευαισθησίας για τον καρκίνο του μαστού από μια μελέτη γονιδιώματος ευρύ ένωση (Ρ-τάση = 0,0012). Όταν SNPs /γονίδια κατανεμήθηκαν σε 7 διαφορετικές οδούς ή ομάδες επικύρωσης SNPs, οι καρκίνου του μαστού σχετίζονται SNPs ήταν η μόνη ομάδα των SNPs που συσχετίστηκε σημαντικά με τον κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών (

P

-heterogeneity = 0,0003?

P

-trend = 0,0028? ρυθμιστεί (για τη διαστρωμάτωση του πληθυσμού)

P

-trend = 0,006). Δεν βρήκαμε στατιστικά σημαντικές συσχετίσεις όταν τα συνδυασμένα στοιχεία για όλες τις SNPs αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας ένα μίγμα μέγιστης πιθανότητας (AML) δοκιμή πείραμα-σοφός σύνδεσης (

P

-heterogeneity = 0,051?

P

-trend = 0,068).

Συμπέρασμα

Αυτά τα δεδομένα υποδεικνύουν ότι ένα ποσοστό των SNPs που αξιολογούνται συσχετίστηκαν με τον κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών, αλλά ότι τα μεγέθη επίδρασης ήταν πολύ μικρό για την ανίχνευση ενώσεων με μεμονωμένες SNPs

Παράθεση:. Quaye L, Tyrer J, Ramus SJ, Τραγούδι Η Wozniak Ε, DiCioccio RA, et al. (2009) Σύνδεσης μεταξύ της κοινής βλαστικής σειράς γενετική παραλλαγή σε 94 υποψήφια γονίδια ή οι περιφέρειες και οι κίνδυνοι από χωροκατακτητικά επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών. PLoS ONE 4 (6): e5983. doi: 10.1371 /journal.pone.0005983

Συντάκτης: Amanda Ewart Toland, Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Οχάιο Medical Center, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 13 του Φλεβάρη 2009? Αποδεκτές: 8 Μάη 2009? Δημοσιεύθηκε: 19 Ιουνίου 2009

Copyright: © 2009 Quaye et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. LQ είναι χρηματοδοτείται από το MRC. SJR χρηματοδοτείται από τη συνιστώσα Γοργόνα της προσφυγών Εύα, HS χρηματοδοτείται με επιχορήγηση από την ευημερία των γυναικών, DFE είναι ένας κύριος Ερευνητής του Cancer Research UK, PDpp είναι Senior Clinical Research Fellow. Η έρευνα χρηματοδοτήθηκε από μια επιχορήγηση έργο Cancer Research UK (αρ. C8804 /A7058). Πρόσθετη στήριξη που παρέχεται από το Roswell Park Alliance και το Εθνικό Ίδρυμα Καρκίνου (CA71766 και Core Grant CA16056). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ένα από τα ισχυρότερα παράγοντες κινδύνου για επεμβατικές επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών είναι ένα οικογενειακό ιστορικό της νόσου? μια γυναίκα με ένα μόνο συγγενή πρώτου βαθμού διαγνωστεί με καρκίνο των ωοθηκών έχει 2-3 φορές αύξηση του κινδύνου [1]. Η οικογενής συνάθροιση του καρκίνου μπορεί να οφείλεται είτε σε ανταλλαγή περιβαλλοντικών ή κινδύνου παράγοντες τρόπου ζωής μέσα στην οικογένεια, ή μέσω της κληρονομικότητας των γενετικών παραγόντων κινδύνου. Τα υψηλότερα ποσοστά καρκίνου σε monozoygotic δίδυμα, σε σύγκριση με τα διζυγωτικά δίδυμα ή άλλα αδέλφια των ατόμων με καρκίνο, δείχνει ότι οι γενετικοί παράγοντες παίζουν μεγαλύτερο ρόλο [2].

βλαστικές μεταλλάξεις στα γονίδια υψηλή διεισδυτικότητα

BRCA1

και

BRCA2

είναι υπεύθυνες για τη συντριπτική πλειοψηφία των οικογενειών που περιέχουν πολλαπλές περιπτώσεις καρκίνου των ωοθηκών (& gt? 3 περιπτώσεις) και δύο ή περισσότερες περιπτώσεις καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών καρκίνου [3] – [5]. Άλλα εξαιρετικά διεισδυτικό γονίδια μπορεί να υπάρχουν, αλλά αυτά είναι πιθανό να είναι σπάνιες και αντιπροσωπεύουν μόνο ένα μικρό κλάσμα της περίσσειας οικογενούς κινδύνου. Ο κίνδυνος καρκίνου των ωοθηκών σε συγγενείς πρώτου βαθμού των ασθενών με καρκίνο των ωοθηκών σε σχέση με τον κίνδυνο πληθυσμό εκτιμάται ότι είναι περίπου 2.4 [6]. Περίπου το 60% αυτής της οικογενούς σχετικός κίνδυνος δεν εξηγείται από τους γνωστούς τόπους υψηλού κινδύνου [7]. Αυτό που απομένει κίνδυνος είναι πιθανό να προκαλείται από έναν συνδυασμό των κοινών γονιδίων χαμηλή διεισδυτικότητα (η κοινή παραλλαγή: κοινή υπόθεση της νόσου). Ή /και σπάνιες παραλλαγές μέτρια διεισδυτικότητα [8]

μελέτες γενετικής συσχέτισης, η οποία συγκρίνει το συχνότητες των κοινών γενετικών παραλλαγών μεταξύ των περιπτώσεων και δεν επηρεάζεται ελέγχους, έχουν γίνει η προτιμώμενη προσέγγιση για να ψάξουν για γονίδια προδιάθεσης καρκίνου χαμηλή διεισδυτικότητα. Μελέτες υποψήφιο γονίδιο έχουν επικεντρωθεί σε κοινές παραλλαγές σε γονίδια που μπορεί να παίζει ένα ρόλο στον καρκίνο (π.χ. έλεγχος του κυτταρικού κύκλου? επιδιόρθωση του DNA βλάβη και την ανταπόκριση? πολλαπλασιασμό και απόπτωση) με κάποια επιτυχία [9] – [14]. Ωστόσο, έχουν συχνά περιορίζεται από μικρά μεγέθη δειγμάτων, τα οποία μειώνουν τη δύναμη να ανιχνεύσουν ενώσεις σε πολύ αυστηρά επίπεδα σημαντικότητας. Οι μελέτες κοινοπραξία βάση έχουν χρησιμοποιηθεί για να αυξηθεί το μέγεθος των δειγμάτων και να προσπαθήσει να επικυρώσει τα προκαταρκτικά αποτελέσματα [15] – [19]. Πιο πρόσφατα, μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος σε επίπεδο, μια προσέγγιση που συγκρίνει την συχνότητα των εκατοντάδων χιλιάδων SNPs κατανέμονται ομοιόμορφα σε όλο το γονιδίωμα, υπήρξαν επιτυχείς στον προσδιορισμό παραλλαγών χαμηλή ευαισθησία διεισδυτικότητα του μαστού, του παχέος εντέρου και του προστάτη [20] – [25] . Υπάρχουν, ακόμη, υπάρχουν δημοσιευμένες μελέτες σύνδεσης γονιδιώματος κλίμακα για τον καρκίνο των ωοθηκών. Ως εκ τούτου, έχουμε συνέχισαν να λάβει μια προσέγγιση υποψηφίου γονιδίου για τον εντοπισμό δεικτών ευαισθησίας στον καρκίνο των ωοθηκών. Έχουμε χρησιμοποιείται κυρίως μια εμπειρική προσέγγιση, στην οποία ένα ελάχιστο σύνολο «tagging» πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου (SNPs) που αιχμαλωτίζουν αποτελεσματικά όλη την κοινή γενετική παραλλαγή σε ένα γονίδιο, να βρουν δείκτες γενετική προδιάθεση για καρκίνο των ωοθηκών [11] – [14] . Τα υποψήφια γονίδια σε αυτήν την μελέτη έχουν εμπλακεί σε πολλά σχετικά με τον καρκίνο οδούς? αλλά έχουμε αναλύσει επίσης υποψήφιος SNPs από τον καρκίνο των ωοθηκών Association Consortium (OCAC) μελέτες επικύρωσης και από τις δύο μελέτες ευρεία ένωση που ολοκληρώθηκε πρόσφατα γονιδιώματος του καρκίνου του μαστού [20], [21].

Η ανάλυση των μελετών γενετικής συσχέτισης αναπόφευκτα περιλαμβάνει ένα μεγάλο αριθμό στατιστικών δοκιμών, και έχει υπάρξει πολλή συζήτηση για το πώς να διορθώσετε για πολλαπλές έλεγχο υποθέσεων. Αυτό έχει συνήθως θεωρείται ένα πρόβλημα ελέγχου υπόθεσης στην οποία ο στόχος είναι να ελέγχει τη συνολική «πείραμα-σοφός» σφάλμα τύπου Ι. Η μηδενική υπόθεση είναι ότι δεν υπάρχει καμία συσχέτιση μεταξύ καθεμίας από τις SNPs που δοκιμάζεται με την ασθένεια, και ο στόχος είναι να ελεγχθεί αν αυτή η παγκόσμια μηδενική υπόθεση της μη σύνδεσης μπορεί να απορριφθεί. Έχει προταθεί μια ποικιλία μεθόδων για τον έλεγχο της παγκόσμιας μηδενική υπόθεση [26] – [30]. Ένα από αυτά, η μέγιστη πρόσμιξη πιθανότητα (AML) δοκιμή, υπολογίζει ταυτόχρονα το ποσοστό των συνδεδεμένων SNPs και τυπικά μέγεθος της επίδρασης τους. Η ισχύς του ελέγχου AML έχει βρεθεί να είναι παρόμοια ή καλύτερη από όλες τις άλλες εξετάσεις (rank περικοπεί προϊόν, χωρίς περιορισμούς μέγιστης πιθανοφάνειας, περιορισμένο χώρο μέγιστης πιθανοφάνειας, πιο σημαντική SNP, Παγκόσμια χ2, Best υποσύνολο χ2) σε ένα ευρύ φάσμα σεναρίων για την εναλλακτική υπόθεση [31]. Η απλή Bonferroni διόρθωση εκτελείται καλύτερα μόνο όταν ο αριθμός των συνδεδεμένων SNPs ήταν μικρή. (Συνήθως ≤3 ή & lt? 5% των SNPs που δοκιμάστηκαν, όποιο από τα δύο είναι μικρότερο)

Η μέθοδος AML έχει χρησιμοποιηθεί για την αξιολόγηση της συνολικής αποδείξεις συσχέτισης μεταξύ 710 κοινές παραλλαγές σε 117 υποψήφια γονίδια και τον κίνδυνο καρκίνου του μαστού [32]. Τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης έδειξαν ότι ένα ποσοστό των SNPs σε αυτά τα υποψήφια γονίδια συνδέθηκαν με κίνδυνο καρκίνου του μαστού, αλλά ότι τα αποτελέσματα των μεμονωμένων SNPs ήταν πιθανό να είναι μικρή. Στην παρούσα μελέτη, χρησιμοποιούμε τη μέθοδο AML να αξιολογήσει τα δεδομένα από 12 προηγούμενες μελέτες [9] – [19] για την παγκόσμια απόδειξη της συσχέτισης ανάμεσα στον κίνδυνο εμφάνισης διηθητικού επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών και 340 SNPs από 84 γονίδια και 10 διαφορετικές χρωμοσωμικές περιοχές – SNPs σε αυτές τις περιοχές δεν είναι μέσα σε γνωστά γονίδια ή ανοιχτά πλαίσια ανάγνωσης. Τρεις πληθυσμού με βάση μελέτες που περιλαμβάνουν περίπου 1.500 περιπτώσεις διηθητικού επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών και 3.100 ανεπηρέαστη ελέγχου αναλύθηκαν.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

έγκριση της επιτροπής δεοντολογίας ελήφθη για η συλλογή και η γενετική ανάλυση όλων των δειγμάτων, και ενημέρωσε γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους συμμετέχοντες. εγκρίσεις Δεοντολογίας χορηγήθηκαν από? οι δανικές Ηθική Επιτροπές Κοπενχάγη και Frederiksberg (Malova), Anglia και της Οξφόρδης Κέντρο Επιτροπής Δεοντολογίας πολλαπλών Ερευνών (Αναζήτηση) και οι Institutional Review Boards του Stanford University School of Medicine και Roswell Park Cancer Institute (GEOCS).

Μελέτη άτομα

Τρεις με βάση τον πληθυσμό του καρκίνου των ωοθηκών σειρά ασθενών-μαρτύρων χρησιμοποιήθηκαν στην έρευνα αυτή [9]: Malova (446 περιπτώσεις, 1.221 έλεγχοι) από τη Δανία, SEARCH (719 περιπτώσεις, 855 έλεγχοι) από το Ηνωμένο Βασίλειο, και GEOCS (325 περιπτώσεις, 429 έλεγχοι) από τις ΗΠΑ. Η συλλογή περίπτωση Malova έτρεξε 1994-1999 στη δανική νομούς με ένα γυναικολογικό τμήμα του νοσοκομείου. Περιπτώσεις γυναικών που διαγιγνώσκονται με διηθητικό επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών, ηλικίας 30-80 ετών. Οι μάρτυρες ήταν ίδιας ηλικίας (εντός 3 ετών) και τυχαία προέρχονται από γεννήθηκαν γυναίκες από τη Δανία στην περιοχή μελέτης μέσω του μηχανογραφικού της Δανίας Κεντρικό Μητρώο Πληθυσμού. ΑΝΑΖΗΤΗΣΗ ξεκίνησε προσλήψεις το 1998 και καλύπτει τις περιοχές που εξυπηρετούνται από τα μητρώα καρκίνου Ανατολή Anglian και West Midlands στο Ηνωμένο Βασίλειο. Επιλέξιμες γυναίκες αυτούς που διαγνώστηκαν από το 1991 με διηθητικό επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών κάτω από την ηλικία των 70 ετών. Έλεγχοι, ηλικίας 45-74 ετών, από την ίδια γεωγραφική περιοχή με τις περιπτώσεις, ήταν από το συστατικό του Norfolk της Ευρωπαϊκή Προοπτική Διερεύνηση του Καρκίνου (EPIC) ομάδα. Η επιδημιολογία Μελέτη Γενετική του καρκίνου των ωοθηκών (GEOCS, παλαιότερα γνωστή ως FROC) προσλαμβάνονται συμμετέχοντες από 6 χώρες στην περιοχή του κόλπου του Σαν Φρανσίσκο των ΗΠΑ από το 1997 έως το 2002. Οι ασθενείς, ηλικίας μεταξύ 23 έως 64 ετών, με διηθητικό επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών εντοπίστηκαν μέσω ταχείας περίπτωση διαπίστωση μέσω της μεγαλύτερης Bay Area του καρκίνου Μητρώο που διαχειρίζεται το Κέντρο Καρκίνου της Βόρειας Καλιφόρνιας, ως μέρος του Προγράμματος SEER. οι γυναίκες τον έλεγχο εντοπίστηκαν μέσω τυχαίων ψηφίων κλήσης και είχαν συχνότητα ταιριάζουν σε περιπτώσεις σχετικά με τη φυλή /εθνικότητα και την ηλικιακή ομάδα των πέντε ετών. Περιπτώσεις στις Malova συλλέχθηκαν προοπτικά, GEOCS αναδρομικά και να αναζητήσετε τόσο προοπτικά και εκ των υστέρων. Για όλες τις τρεις μελέτες, δείγματα DNA εκχυλίστηκαν από το αίμα με Whatman International. Περαιτέρω λεπτομέρειες σχετικά με τις μελέτες αυτές έχουν δημοσιευτεί στο παρελθόν [9] – [14]

Gene και SNP ετικέτα επιλογή

επιλογή υποψήφιων γονιδίων βασίστηκε κυρίως σε βιολογικές οδούς που προβλέπεται να συμμετέχουν σε. ωοθηκών καρκινογένεση. Οι κυριότερες οδούς που αξιολογήθηκαν ήταν DNA διπλό σκέλος επισκευή διάλειμμα, τον έλεγχο του κυτταρικού κύκλου και στην επιδιόρθωση του DNA αναντιστοιχία (MMR). Αναλύσαμε επίσης αρκετά γονίδια που είναι γνωστό ή υποψήφιο ογκοκατασταλτικό και ογκογονίδια για τον καρκίνο των ωοθηκών και μια σειρά από γονίδια που προσδιορίσαμε από την ανάλυση ενός

in vitro

λειτουργικό μοντέλο καρκίνου των ωοθηκών [33]. Τέλος, αναλύσαμε SNPs που έχουν δείξει προηγουμένως αδύναμα στοιχεία σύνδεσης με τους κινδύνους και SNPs που είναι γνωστό ότι σχετίζονται με τον κίνδυνο καρκίνου του μαστού των ωοθηκών καρκίνο. Οι οδοί, τα γονίδια και SNPs αναλύονται παρατίθενται στον Πίνακα S1. Περαιτέρω λεπτομέρειες σχετικά με ορισμένα από αυτά τα γονίδια και SNPs και τη σχέση τους με τον καρκίνο των ωοθηκών έχουν δημοσιευτεί [9] – [14]

Για τους περισσότερους γονίδια, μια προσέγγιση tagging SNP χρησιμοποιήθηκε για να επιλέξετε γνωστές κοινές παραλλαγές.. Haploview και Tagger χρησιμοποιήθηκαν για την επιλογή των κοινών παραλλαγών από τους γονότυπους CEPH αναφοράς. Η προσέγγιση περιλάμβανε την σήμανση των κοινών SNPs με ετικέτες SNP (tSNP) με ελάχιστη r

2 0.8. Εάν ένα SNP ήταν κακώς συσχετίζεται με άλλες SNPs, στη συνέχεια, χρησιμοποιήθηκαν 2 ή 3-δείκτη απλοτύπων, (μια προσέγγιση που ονομάζεται «επιθετικό tagging»), εάν οι απλότυποι ετικέτα του SNP (ες) με ελάχιστη r

2 0.8 . SNP tagging μειώνει τον αριθμό των SNPs που απαιτούν προσδιορισμού του γονότυπου σε μελέτες σύνδεσης. Η μελέτη γονίδιο MMR ολοκληρώθηκε πριν από την τοποθέτηση πινακίδων SNP προσεγγίσεις χρησιμοποιούνται ευρέως λόγω της έλλειψης διαθέσιμων πληροφοριών από το Διεθνές HapMap έργου? και γι ‘αυτό αναλύονται SNPs διαφόρων συχνοτήτων που επιλέγονται από δημόσιες βάσεις δεδομένων όπως η βάση δεδομένων dbSNP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP) και από την περιβαλλοντική Γονιδιώματος NIEHS (EGP) (http: //EGP .gs.washington.edu /) [12].

Οι μέθοδοι προσδιορισμού του γονότυπου χρησιμοποιήθηκαν σε αυτές τις μελέτες έχουν περιγραφεί προηγουμένως (9-14). Όλες οι δοκιμασίες διεξήχθησαν σε πλάκες 384-φρεατίων και περιελάμβανε 12 διπλά δείγματα ανά πλάκα (3%). Γονότυπους αποκλείονταν αν διπλές τιμές συμφωνία για την εκπόνηση μελέτης ήταν & lt? 98%. Πλάκες περιλαμβάνονται επίσης μη-πρότυπο αρνητικοί έλεγχοι δοκιμασίας. Τέλος γονότυπους εξαιρέθηκαν από την ανάλυση, αν τα ποσοστά κλήσης ήταν & lt? 90% ανά πλάκα. Οι μέσες τιμές κλήσεων για αυτά τα SNP ήταν 94% στις περιπτώσεις και το 96% σε ελέγχους. Ο κατάλογος των SNPs γονότυπου σε αυτή τη μελέτη παρέχονται στον Πίνακα S1

Στατιστικές μέθοδοι

Σύλλογοι μεταξύ επεμβατική επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών και κάθε SNP αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας δύο δοκιμές.? το ένα βαθμό ελευθερίας τεστ τάσης Cochran-Armitage και οι γενικοί δύο βαθμούς ελευθερίας χ

2 τεστ (τεστ ετερογένεια). Και οι δύο δοκιμές ταξινομήθηκαν από τη μελέτη στο λογαριασμό για τυχόν διαφορές στα σύνολα δειγμάτων. Η συνολική μαρτυρία για μία περίσσεια των ενώσεων μεταξύ των κοινών παραλλαγών και τον κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών αξιολογήθηκε με την μέθοδο AML, η οποία περιγράφεται λεπτομερώς στο Tyrer et al [31]. Εν συντομία, η μέθοδος AML διατυπώνει την εναλλακτική υπόθεση όσον αφορά την πιθανότητα (α) ότι μια συγκεκριμένη SNP συνδέεται με τη νόσο και ένα μετρούμενο μέγεθος της επίδρασης. Όταν ένα SNP σχετίζεται με τη νόσο, η υπολογιζόμενη χ

2 στατιστικό στοιχείο θα διανεμηθεί, ασυμπτωτικά, ως μη-κεντρική χ

2 κατανομή με τις συνήθεις βαθμούς ελευθερίας και μη κεντρικότητας παράμετρο η. Η παράμετρος μη κεντρικότητας είναι ένα μέτρο του μεγέθους της επίδρασης της SNP, και είναι στενά συνδεδεμένη με τη συμβολή του SNP στο γενετικό διακύμανση των γνωρισμάτων. Η παράμετρος μη κεντρικότητας ήταν υποτίθεται ότι είναι το ίδιο για όλα τα SNPs να κάνει το μοντέλο πιο φειδωλή. Αυτή ήταν μια προσέγγιση, αλλά βελτιώνει την εξουσία, αν η παράμετρος μη κεντρικότητας είναι περίπου η ίδια για τις συνδεδεμένες SNPs όπως λιγότερες παραμέτρους πρέπει να βελτιστοποιηθεί. Εάν η υποτίθεται ότι είναι το ίδιο για κάθε SNP που συνδέεται, τότε και οι δύο α και η μπορεί να εκτιμηθεί από τη μέγιστη πιθανότητα, και μια δοκιμή της μηδενικής υπόθεσης μπορεί στη συνέχεια να ληφθεί ως δοκιμή αναλογία πιθανότητας. Σε περιπτώσεις όπως αυτή, όπου συσχετίστηκαν κάποιοι SNPs, οι εκτιμήσεις πιθανότητα ψευδο-μέγιστο μπορεί ακόμα να παραχθούν με την ίδια διαδικασία, όπως και αν οι SNPs ήταν ανεξάρτητοι. Συνεπώς, η μέθοδος ψευδο-μέγιστης πιθανότητας εφαρμόστηκε σε αντιπροσωπεύουν LD μεταξύ SNPs. Προσομοίωση μπορεί στη συνέχεια να χρησιμοποιηθεί για να καθοριστεί η στατιστική σημασία της δοκιμής. Εφαρμόσαμε τη μέθοδο AML χρησιμοποιώντας τόσο την τάση και τις δοκιμές ετερογένεια. Όλες οι αναλύσεις προσαρμόστηκαν για αινιγματικό διαστρωμάτωση του πληθυσμού, χρησιμοποιώντας τη μέθοδο που περιγράφεται από Devlin

et al

[32], [33]. δεδομένα γονοτυπικός από 280 τυχαία επιλεγμένα, αποσυνδέθηκε SNPs χρησιμοποιήθηκαν για την προσαρμογή για τη διαστρωμάτωση του πληθυσμού με τη χρήση της μεθόδου γενωμικού ελέγχου [33]. Αυτά τα στοιχεία προσδιορισμού του γονοτύπου ήταν από τις περιπτώσεις και τους ελέγχους που προέρχονται από μια μελέτη συσχέτιση του καρκίνου του μαστού γονιδιώματος σε επίπεδο [20]. Το στατιστικό αποτέλεσμα της δοκιμής του πληθωρισμού που χρησιμοποιήθηκε βασίστηκε στο πληθωρισμού δει σε γονιδιωματική δείγματα ελέγχου για τη μελέτη του καρκίνου του μαστού και επιλέχθηκε να είναι ελαφρώς υψηλότερο από το εκτιμώμενο πληθωρισμό ως «συντηρητική» διόρθωση. Ως εκ τούτου, ρυθμίζεται το ρ-τάση κατά 10% (1.1) και ρ-ετερογένεια κατά 5% (1,05) ως μέσο συντηρητικά επιτρέποντας για κάθε κρυπτικό διαστρωμάτωση του πληθυσμού. Η στατιστική σημαντικότητα είναι στο επίπεδο του 5%, εκτός εάν ορίζεται διαφορετικά.

Αποτελέσματα

Έχουμε γονότυπος 340 SNPs σε έως και 1.491 επεμβατική επιθηλιακά περιπτώσεις καρκίνου των ωοθηκών και 3.145 ανεπηρέαστη έλεγχοι από τρεις διαφορετικές μελέτες που βασίζονται πληθυσμού από το Ηνωμένο Βασίλειο, τη Δανία και τις ΗΠΑ. SNPs είτε tagging SNPs που βρίσκεται σε 84 υποψήφια γονίδια από οδούς που εμπλέκονται στην ανάπτυξη του καρκίνου των ωοθηκών, ή υποψήφιος SNPs βρίσκονται σε 10 διαφορετικές περιοχές στα χρωμοσώματα 2, 3, 5, 8, 11, 12 και 17 που είχαν επιλεγεί για επικύρωση από την Ωοθηκών καρκίνο του συνδέσμου Consortium (OCAC) ή είχαν εντοπιστεί σε μια μελέτη σύνδεσης γονιδίωμα-ευρεία καρκίνου του μαστού [9] – [21]. Οι συχνότητες γονότυπο για αυτά τα SNPs σε περιπτώσεις και τους ελέγχους που δίνονται στον Πίνακα S1.

Χρησιμοποιώντας το τεστ τάση για ένωση, 22 SNPs (6,5%) ήταν σημαντική στο επίπεδο 5%, και 5 SNPs (1,5%) ήταν σημαντική σε επίπεδο 1%. Μετά την προσαρμογή για τη διαστρωμάτωση του πληθυσμού από γονιδιωματική ελέγχου, 18 SNPs (5,3%) ήταν σημαντικές στο επίπεδο του 5%, και 5 SNPs (1,5%) ήταν σημαντική σε επίπεδο 1% (Πίνακας 1). Τα αποτελέσματα της δοκιμής για κάθε SNP δίνονται στον Πίνακα S2. Το Σχήμα 1 απεικονίζει τα αποτελέσματα της δοκιμής μονομεταβλητών τάση εμφανίζεται ως πλοκή ποσοστημόριο-ποσοστημόριο (Q-Q), στην οποία τα παραγγείλει στατιστικές δοκιμή σχεδιάζεται έναντι των αναμενόμενων στατιστικές δοθεί η τάξη. Το οικόπεδο Q-Q ακολουθεί τη γραμμή της ισοδυναμίας για τα πρώτα 240 SNPs και στη συνέχεια αρχίζει να αποκλίνει, όπως θα αναμενόταν εάν ένα μικρό ποσοστό των SNPs είχαν σχετίζεται με τη νόσο.

Οι διέταξε στατιστικά τεστ συναρτήσει της αναμένεται στατιστικά στοιχεία που παρατίθενται στην τάξη.

η

από τους 22 SNPs που ήταν σημαντικές στο επίπεδο του 5%, τρεις ήταν SNPs που είχαν επιλεγεί λόγω της σύνδεσής τους με τον καρκίνο του μαστού σε μελέτες συσχέτισης ευρύ γονιδιώματος (από 16 σε αυτή την ομάδα), οκτώ ήταν από την οδό έλεγχο του κυτταρικού κύκλου (101), δύο ήταν από την οδό επιδιόρθωσης αναντιστοιχία DNA (43), ένα ήταν από τη διπλή έλικα οδού επιδιόρθωσης θραύσης DNA (28), δύο ήταν από την ομάδα (63) MMCT-18 (λειτουργική υποψήφιο γονίδιο) και πέντε ήταν από την ομάδα OCAC των SNPs (55). Ωστόσο, δεν είναι μόνο SNP φτάσει σε ένα επίπεδο σημαντικότητας που παρέχουν οριστική απόδειξη του συνεταιρίζεσθαι – η πιο σημαντική συσχέτιση ήταν για τον καρκίνο του μαστού σχετίζεται SNP, rs2107425, βρίσκεται στο χρωμόσωμα 11ρ15.5 (μη προσαρμοσμένες

P

-trend = 0,0012 ). Το SNP ακόμα σχετίζεται σημαντικά με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου των ωοθηκών μετά την προσαρμογή για τη διαστρωμάτωση του πληθυσμού (

P

-trend = 0,0019).

Ο Πίνακας 2 δείχνει τα αποτελέσματα του πειράματος-σοφός δοκιμές AML συνοψίζονται για το πλήρες σύνολο των SNPs σε κατηγορίες ανάλογα με λειτουργική ομάδα, βιολογικής οδού ή ομάδα του γονότυπου. Η δοκιμή για τη συνολική σχέση ήταν σημαντική για τη συναφή ομάδα του καρκίνου του μαστού των SNPs που προσδιορίζονται από μελέτες γονιδιώματος σε επίπεδο σύνδεσης (

P

-het = 0,0003,

P

-trend = 0,0028?. Προσαρμοστούν

P

-trend = 0,0059). Καμία άλλη ομάδα SNPs ήταν σημαντική. Όταν συνδυάζονται όλα τα δεδομένα, η δοκιμή πείραμα-σοφός AML για ένωση δεν ήταν σημαντική τόσο για τη δοκιμή ετερογένειας (

P

= 0,051) και τη δοκιμή τάσης (

P

= 0,068). Αυτό υποδηλώνει ότι, αν και δεν είναι στατιστικά σημαντική, υπάρχει μια τάση προς ένα ποσοστό της SNPs που αξιολογήθηκαν που σχετίζονται με τη νόσο και ότι τα μεγέθη επίδρασης ήταν πολύ μικρό για να ανιχνεύσει για μεμονωμένες SNPs.

Η

Συζήτηση

υπάρχουν πολλές μελέτες στη δημοσιευμένη βιβλιογραφία που περιγράφει έναν υποψήφιο προσέγγιση /γονίδιο SNP για να ψάξετε κοινό, βλαστική γενετικές παραλλαγές που σχετίζονται με επιθηλιακά τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου των ωοθηκών. Αυτές οι μελέτες παρέχουν ενδείξεις για συσχέτιση με τον κίνδυνο της νόσου για κάποιο SNPs [9] – [19], [34], [35]. Στην παρούσα μελέτη, χρησιμοποιήσαμε δεδομένα από 12 από αυτές τις μελέτες από την βάση της σειράς περίπτωση-ελέγχου του καρκίνου των ωοθηκών τρεις πληθυσμού. Συνολικά, 340 SNPs σε 94 γονίδια ή περιοχές αναλύθηκαν σε περίπου 1.500 περιπτώσεις και 3.100 μάρτυρες. Με βάση τα αποτελέσματα της μονοδιάστατες αναλύσεις, βρήκαμε οριακά στοιχεία σύνδεσης για αρκετούς SNPs, αλλά δεν αλληλόμορφα ευαισθησίας σημαντική στο

P

& lt? 0,00001 επίπεδο, το οποίο έχει προταθεί ως το όριο για μελέτες υποψήφιο γονίδιο [36] . Στην παρούσα ανάλυση, οι πιο σημαντικές SNPs που εντοπίζονται στην παρούσα σύνολο δεδομένων ήταν rs2107425 στην CHR 11ρ15.5 (

P =

0,0012) και rs3817198 στο

LSP1

(

P =

0,0016), και οι δύο εκ των οποίων έχουν ταυτοποιηθεί ως αλληλόμορφα ευαισθησίας για τον καρκίνο του μαστού, και rs9322336, η οποία βρίσκεται στον υποδοχέα οιστρογόνου (

ESR1

) γονίδιο (

Ρ = 0.0013

). Και οι τρεις SNPs παρέμεινε σημαντική μετά την προσαρμογή για τη διαστρωμάτωση του πληθυσμού.

Ακόμα κι αν καμία από τις ενώσεις που βρήκαμε ήταν ιδιαίτερα στατιστικά σημαντικές, δεν μπορούμε να αποκλείσουμε ότι ένα ή περισσότερα από αυτά τα SNPs, ή εναλλακτικά SNPs μέσα στα υποψήφια γονίδια που αναλύθηκαν συνδέθηκαν με τον κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών. Το συνολικό μέγεθος του δείγματος από τις τρεις μελέτες ασθενών-μαρτύρων δεν διέθετε επαρκή στατιστική ισχύ για την ανίχνευση ενώσεων με ιδιαίτερα αυστηρά επίπεδα στατιστικής σημαντικότητας. Για τις μεμονωμένες παραλλαγές, η στατιστική ισχύ της μελέτης εξαρτάται από τον ανήλικο συχνότητα αλληλόμορφο, τους κινδύνους που ανατίθενται, και το γενετικό μοντέλο. Για τη μελέτη αυτή, είχαμε 97% ισχύς σε επίπεδο σημαντικότητας 5% για την ανίχνευση μιας συν-κυρίαρχο αλληλόμορφο με μια μικρή συχνότητα αλληλόμορφου του 0,3 που προσδίδει μια αναλογία πιθανοτήτων 1.2, και 96% δύναμη για την ανίχνευση μιας κυρίαρχο αλληλόμορφο με ένα ελάχιστο αλληλόμορφο συχνότητα των 0,1 που προσδίδει μια αναλογία πιθανοτήτων της τάξης του 1,3. Για τις τρεις πρώτες SNPs, χρησιμοποιήσαμε Pupasuite PupaSNP (https://pupasuite.bioinfo.cipf.es/) [37] για να ψάξουν για επιπλέον αποδείξεις ότι μπορεί να εμπλέκονται στην αιτιολογία του καρκίνου, αλλά δεν βρήκε τίποτα εντυπωσιακό. rs2107425 βρίσκεται σε μια περιοχή του χρωμοσώματος 11ρ15.5 που δεν έχει γνωστά γονίδια ή ανοιχτά πλαίσια ανάγνωσης? αλλά ετικέτες άλλη SNP (rs2251375) με r

2 = 1, που βρίσκεται σε μια περιοχή που διατηρούνται σε ποντίκια. rs3817198 είναι στη λεμφοκυττάρων ειδική πρωτεΐνη 1 (

LSP1

) γονίδιο, επίσης στο χρωμόσωμα 11ρ15.5, και επίσης σε μια περιοχή διατηρημένη σε ποντικούς. Απώλεια ετεροζυγωτίας στην περιοχή αυτή έχει βρεθεί σε ωοθηκών, του μαστού, του πνεύμονα, του στομάχου και της ουροδόχου κύστης καρκίνους, και έχει περιγραφεί ως μια περιοχή καταστολέα όγκου σε πνεύμονα και του μαστού [38] – [44]. rs9322336 είναι στο ιντρόνιο 2 του

ESR1

? υπάρχουν άλλες κοινές παραλλαγές φαίνεται να επισημάνετε αυτό το SNP.

ESR1

είναι ενεργοποιημένο συνδέτη μεταγραφικός παράγοντας, ο οποίος έχει ενοχοποιηθεί σε καρκίνο των ωοθηκών και του μαστού [45], [46].

Απλή πολλαπλές μεθόδους δοκιμών διόρθωση, όπως η Bonferroni ή Sidak είναι πάρα πολύ αυστηρές για την προσαρμογή των αποτελεσμάτων για τις επιμέρους SNPs. Καμία από αυτές τις μεθόδους να λάβει υπόψη τη συσχέτιση που υπάρχει μεταξύ SNPs που επισημάνετε τη γενετική παραλλαγή μεταξύ των περιφερειών γονίδιο. Συνεπώς, τα αποτελέσματα που αναφέρθηκαν δεν έχουν προσαρμοστεί για πολλαπλές δοκιμές. Ωστόσο, αυτές οι SNPs μπορεί να μην είναι σημαντική μετά την προσαρμογή για πολλαπλές δοκιμές. Δείξαμε πρόσφατα ότι οι μέθοδοι που λαμβάνουν υπόψη το σύνολο των στοιχείων που έχουν μεγαλύτερη δύναμη για την ανίχνευση ενώσεων [33]. Ως εκ τούτου, χρησιμοποιήσαμε τη μέθοδο AML για να ελεγχθεί η υπόθεση ότι υποσύνολα των SNPs που αξιολογούνται, και όχι μεμονωμένα SNPs, συσχετίστηκαν με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου των ωοθηκών. Εμείς δεν βρήκε στοιχεία για μια συνολική συσχέτιση μεταξύ κοινή γενετική παραλλαγή στα 94 υποψήφια γονίδια ή περιοχές και τον κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών. Ωστόσο, βρήκαμε αποδείξεις ότι υπάρχει συσχετισμός των SNPs που είχαν εντοπιστεί από μελέτες συσχέτισης του καρκίνου του μαστού. Αυτό είναι ενδιαφέρουσα δεδομένου προηγούμενες μελέτες που έχουν δείξει ισχυρή γενετική σχέση μεταξύ καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών για τις ιδιαίτερα τα διεισδυτικά γονίδια

BRCA1

και

BRCA2

[3] και πρόσφατες μελέτες σύνδεσης που δείχνουν κάποιες κοινές παραλλαγές μπορεί να είναι αλληλόμορφα ευαισθησίας χαμηλή διεισδυτικότητα για πολλούς φαινοτύπους (δηλαδή pleiotropism). Για παράδειγμα SNPs σε μια περιοχή του χρωμοσώματος 8q24 φαίνεται να συνδέεται με καρκίνο του μαστού, του προστάτη και του κινδύνου καρκίνου των ωοθηκών [47].

Εν κατακλείδι, η μόνη σημαντική παγκόσμια ένωση που εντοπίστηκε ήταν με τον καρκίνο του μαστού σχετίζεται SNPs. Ωστόσο, η παροχή οριστική απόδειξη ότι οποιαδήποτε από αυτές τις παραλλαγές αντιπροσωπεύει ένα αληθινό αλληλόμορφο επιδεκτικότητα περιορίζεται από το μέγεθος του δείγματος και, κατά συνέπεια, τη στατιστική ισχύ για τον εντοπισμό αλληλίων του κινδύνου για τις οποίες το μέγεθος της επίδρασης είναι πιθανό να είναι μικρή. Πρέπει επίσης να ληφθεί υπόψη ότι πολλές οργανώσεις δεν έχουν επικυρωθεί σε μια δεύτερη μελέτη στάδιο. Γονιδίωμα μελέτες συσχέτισης ευρύ ταυτοποίησαν επιτυχώς κοινά αλληλόμορφα του κινδύνου για ορισμένα κοινούς καρκίνους, συμπεριλαμβανομένων των καρκίνων μαστού και του προστάτη [20], [48]. Σε αμφότερες τις μελέτες, τα μεγέθη των δειγμάτων ήταν πολύ μεγαλύτερες από εκείνες που χρησιμοποιούνται στην παρούσα μελέτη. Αυτές οι μελέτες έδειξαν επίσης ότι οι εμπειρικές μελέτες γονιδιώματος σε επίπεδο αποτελούν μια αποτελεσματική προσέγγιση για τον προσδιορισμό αλληλόμορφα ευαισθησίας χαμηλή διεισδυτικότητα, αλλά ότι οι πιο σημαντικές αλληλόμορφα παρέχουν μόνο μικρές σχετικούς κινδύνους (& lt? 1.3). Θα απαιτήσει μεγαλύτερο αριθμό από πιο εκτεταμένες συνεργασίες πολυκεντρική να βρείτε αλληλόμορφα των ωοθηκών ευαισθησία καρκίνου που προσδίδουν τέτοια μέτρια κινδύνους. Αυτό έχει επιτευχθεί πρόσφατα με την ανάπτυξη της κοινοπραξίας ωοθηκών συνδέσμου καρκίνου (OCAC), η οποία περιλαμβάνει περισσότερα από 20 μελέτες για τον καρκίνο-μαρτύρων ωοθηκών σε ολόκληρο τον κόσμο [49]? αλλά ως τις εμπειρίες του μαστού και του προστάτη κοινοπραξίες δείχνουν, κοινά αλληλόμορφα κίνδυνο για καρκίνο των ωοθηκών είναι πιθανό να υπάρχει και ένας συνδυασμός και των δύο υποψήφιων γονιδίων και του γονιδιώματος μεγάλη μελέτες συσχέτισης έχουν τη δυνατότητα να εντοπίζουν τους. Ωστόσο, έχει αποδειχθεί μέχρι τώρα δύσκολο να προσδιοριστούν πολύ σημαντική SNPs για καρκίνο των ωοθηκών χρησιμοποιώντας την προσέγγιση υποψηφίου γονιδίου. GWAS μελέτες άλλων καρκίνων έχουν δείξει ότι αυτό είναι πιθανό να αποδειχθεί πιο επιτυχημένη προσέγγιση για τον εντοπισμό χαμηλού μέτρια αλληλόμορφα κίνδυνο για καρκίνο των ωοθηκών στο μέλλον.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1. συχνότητες

γονότυπου για όλα τα SNPs σε περιπτώσεις και τους ελέγχους

doi: 10.1371 /journal.pone.0005983.s001

(0,07 MB XLS)

Πίνακας S2.

η υλικοτεχνική αποτελέσματα παλινδρόμησης για όλα τα SNPs

doi:. 10.1371 /journal.pone.0005983.s002

(0,36 MB XLS)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε: Joan Macintosh, Hannah Munday, Barbara Perkins, Clare την Ιορδανία, Kristy οδηγού, Mitul Shah, οι τοπικές γενικές πρακτικές και οι νοσοκόμες και το Αρχείο Καρκίνου East Anglian για την πρόσληψη των περιπτώσεων Αναζήτηση: οι ερευνητές EPIC-Norfolk για την πρόσληψη των ελέγχων Αναζήτηση? Craig Luccarini και Don Conroy για εξειδικευμένη τεχνική βοήθεια. Τέλος, θα θέλαμε να εκφράσουμε τις θερμές ευχαριστίες μας σε όλους τους συμμετέχοντες στη μελέτη που συνέβαλαν σε αυτή την έρευνα.