Αφηρημένο

Ο προσδιορισμός αξιόπιστων βιοδεικτών μεταγραφικό απαιτεί την ταυτόχρονη εξέταση των ρυθμιστικών και στόχος στοιχεία συμπεριλαμβανομένων των microRNAs (miRNAs), παράγοντες μεταγραφής (ΤΡ), και τα γονίδια-στόχους. Μια νέα προσέγγιση που ενσωματώνει την πολυπαραγοντική ανάλυση επιβίωσης, επιλογή χαρακτηριστικών και ρυθμιστικών οπτικοποίηση του δικτύου χρησιμοποιήθηκε για τον εντοπισμό αξιόπιστων βιοδεικτών της επιβίωσης με καρκίνο των ωοθηκών και της επανάληψης. προφίλ έκφρασης των miRNAs 799, 17814 TFs και τα γονίδια-στόχους και ομάδα κλινικών αρχείων σε 272 ασθενείς που διαγνώστηκαν με καρκίνο των ωοθηκών ήταν ταυτόχρονα υπόψη και τα αποτελέσματα επικυρώθηκαν σε μια ανεξάρτητη ομάδα 146 ασθενών. Τρεις miRNAs (HSA-miR-16, HSA-miR-22 *, και EBV-miR-BHRF1-2 *) συνδέθηκαν τόσο με την επιβίωση του καρκίνου των ωοθηκών και της επανάληψης και 27 miRNAs συσχετίστηκαν είτε με έναν κίνδυνο. Δύο miRNAs (HSA-miR-521 και HSA-miR-497) ήταν ομάδα-εξαρτώμενη, ενώ 28 ήταν ομάδα-ανεξάρτητη. Η μελέτη αυτή επιβεβαίωσε 19 miRNAs στο παρελθόν που σχετίζονται με τον καρκίνο των ωοθηκών και εντόπισε δύο miRNAs που έχουν προηγουμένως συσχετιστεί με άλλους τύπους καρκίνου. Συνολικά, η έκφραση των 838 και 734 γονιδίων στόχων και 12 και οκτώ TFs συνδέθηκαν (FDR προσαρμοσμένη τιμή Ρ και 2) το χρόνο υποτροπής από τη διάγνωση μέχρι την υποτροπή (μήνες από τη διάγνωση μέχρι την υποτροπή). Πληροφορίες σχετικά με συνοσηρότητα ή αιτία θανάτου δεν ήταν διαθέσιμος, έτσι η πρώτη μεταβλητή περιγράφει την εξαρτώμενη από το χρόνο πιθανότητα θανάτου, υπό την προϋπόθεση προηγούμενης καρκίνο των ωοθηκών διαγνωστική, ανεξάρτητα από την αιτία θανάτου ή συννοσηρότητα. Μια ωοθηκών μοντέλο πρόβλεψης που ταυτόχρονα θεωρούνται όλα τα miRNAs και πληροφορίες ομάδα χρησιμοποιήθηκε για να προσδιορίσει γενικές (ή ομάδα-ανεξάρτητο) και εξατομικευμένη (ή ομάδα-εξαρτώμενη) βιοδείκτες. Αυτό το μοντέλο ξεπέρασε τους περιορισμούς της προηγούμενης μελέτες που αγνόησαν την ταυτόχρονη σύνδεση αναλύοντας μόνο ένα miRNA σε μια στιγμή ή αγνοώντας πιθανές σχέσεις ομάδα.

Ένας αγωγός ταυτοποίηση βιοδεικτών υλοποιήθηκε με βάση την πολυπαραγοντική ανάλυση Cox επιβίωση και συμπληρωματικές στρατηγικές επιλογής χαρακτηριστικών [8], [9], [11]. Το μοντέλο αναλογικών κινδύνων Cox υποθέτει ένα παραμετρικό μοντέλο για να δοκιμαστεί η σύνδεση μεταξύ των συμπαράγοντες και η αναλογία κινδύνου (HR) της εκδήλωσης. Μετά το μετασχηματισμό, ο κίνδυνος (στιγμιαία πιθανότητα) του συμβάντος (θάνατος ή επανάληψης) διαμορφώθηκε με γραμμικό συνδυασμό μιας βάσης κινδύνου και επεξηγηματικές συμπαράγοντες συμπεριλαμβανομένων όλων των μεταβλητών ομάδα, τα προφίλ έκφρασης όλων των μεταβλητών γονιδιώματος (miRNAs, στόχοι TFs, ή ένα γονίδιο ), και η αλληλεπίδραση μεταξύ τους [12]. Σταδιακή και προς τα εμπρός επιλογής στρατηγικές χρησιμοποιήθηκαν για τον προσδιορισμό των προφίλ έκφρασης που συνδέονται με την επιβίωση ή την επανάληψη λόγω των συμπληρωματικών πλεονεκτήματα αυτών των στρατηγικών. Προφίλ παρέμεινε στο κίνδυνο μοντέλο πρόβλεψης μετά την εξέταση των άλλων βιοδεικτών στο P-value & lt? 0.1. Οι σημαντικές προφίλ από την προηγούμενη κατά βήματα και προς τα εμπρός μοντέλο συμπεριλήφθηκαν σε ένα μοντέλο το οποίο υποβλήθηκε σε μία βηματική επιλογή. Αυτό το βήμα επέτρεψε τον προσδιορισμό των γενικών ή γενικής ενώσεις μεταξύ των προφίλ και τους κινδύνους του καρκίνου των ωοθηκών, που μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως πληθυσμός προγνωστικούς βιοδείκτες. Η χαλαρή όριο P-value επέτρεψε την ανίχνευση των προφίλ που μπορεί να έχουν αδύναμο ενώσεις μεταξύ των μεγάλων συνόλων προφίλ και ισχυρότερη ενώσεις, όπως το σετ είχε εκσυγχρονιστεί. Στο δεύτερο στάδιο, η αλληλεπίδραση μεταξύ των επιλεγμένων προφίλ και τους δείκτες κοόρτη αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας την σταδιακή προσέγγιση. Αυτό το βήμα επέτρεψε την ταυτοποίηση ομάδα που εξαρτώνται από τις ενώσεις μεταξύ των προφίλ και τον κίνδυνο του θανάτου του καρκίνου των ωοθηκών ή επανάληψης που μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως εξατομικευμένη πρόβλεψης βιοδείκτες. Στο τρίτο στάδιο, όλα τα επιλεγμένα προφίλ και τις αλληλεπιδράσεις συνενώθηκαν και περαιτέρω εκσυγχρονιστεί χρησιμοποιώντας τη σταδιακή μέθοδο. Η σύνδεση μεταξύ των κινδύνων καρκίνου των ωοθηκών και των παραγόντων της ομάδας και τα προφίλ έκφρασης απεικονίστηκε με γραφική παράσταση της πιθανότητας επιβίωσης προβλέπεται από το μοντέλο Cox ενάντια στο χρόνο.

Η δοκιμή καμία συσχέτιση μεταξύ του miRNA, TF, γονίδιο ή ομάδα προγνωστικούς δείκτες και το HR μεταξύ των ομάδων ομάδα και το 95% διάστημα εμπιστοσύνης όρια ακολουθήσει μια Chi-τετράγωνο κατανομή. αναλογία εκτιμήσεις επικινδυνότητας & gt? 1 (& lt? 1) δείχνουν αύξηση στον κίνδυνο (μείωση της επικινδυνότητας) ή μείωση της πιθανότητας επιβίωσης (αύξηση της πιθανότητας επιβίωσης) ανά μοναδιαία αύξηση του επιπέδου της γονιδιακής έκφρασης. Μια False Discovery Rate (FDR) -adjusted P & lt? 0.05 και