Αφηρημένο

Ιστορικό

Κοινή γενετικών πολυμορφισμών στο χρωμόσωμα 5p15.33, συμπεριλαμβανομένων rs401681 σε χειλεογναθουπερωιοσχιστία διαμεμβρανική 1-όπως γονίδιο (

CLPTM1L

), έχουν εμπλακεί στην ευαισθησία σε καρκίνο του πνεύμονα μέσω μελετών συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS)? Ωστόσο, μεταγενέστερες μελέτες αναπαραγωγής απέδωσε αμφιλεγόμενα αποτελέσματα.

Μεθοδολογία και Ευρήματα

Μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων νοσοκομείο με βάση σε ένα κινεζικό πληθυσμό διεξήχθη για να αναπαράγουν τη σύνδεση, και στη συνέχεια μια μετα-ανάλυση που συνδυάζει μη-επικαλυπτόμενα νέα δεδομένα και παλαιότερα δημοσιευμένα δεδομένα μας διεξήχθη για να διακρίνουμε με σαφήνεια το πραγματικό αποτέλεσμα της ευαισθησίας στον καρκίνο του πνεύμονα. Στη μελέτη μας με 611 περιπτώσεις και 1062 ελέγχους, τον ανήλικο φορέα αλληλόμορφο Τ (ΤΤ συν CT) ομάδα παρείχε Ή από 0,801 (95% CI = 0,654 – 0,981) κάτω από το κυρίαρχο μοντέλο. Η μετα-ανάλυση που περιλαμβάνει 9111 περιπτώσεις και 11424 μάρτυρες επιβεβαίωσαν περαιτέρω τη σημαντική συσχέτιση στο κυρίαρχο μοντέλο (OR = 0,842, 95% CI = 0,795 – 0,891). Με στρωματοποιημένη ανάλυση, αποκάλυψε ότι η εθνικότητα και το σχεδιασμό της μελέτης θα μπορούσαν να αποτελέσουν την πηγή της μεταξύ μελετών ετερογένεια. Εκτός αυτού, η ευαισθησία και η σωρευτική αναλύσεις έδειξαν την υψηλή σταθερότητα των αποτελεσμάτων.

Συμπέρασμα

Τα αποτελέσματα από τη μελέτη ασθενών-μαρτύρων μας και μετα-ανάλυση παρέχει πειστικές αποδείξεις ότι rs401681 συνδέεται σημαντικά με τον πνεύμονα τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου

Παράθεση:. Ke J, Zhong R, Zhang Τ, Liu L, Rui R, Shen N, et al. (2013) Η αναπαραγωγή Μελέτη στα κινεζικά Πληθυσμός και μετα-ανάλυση Υποστηρίζει Καταστατικού της 5p15.33 Locus με καρκίνο του πνεύμονα. PLoS ONE 8 (4): e62485. doi: 10.1371 /journal.pone.0062485

Επιμέλεια: Όλγα Γ Gorlova, το Πανεπιστήμιο του Τέξας Μ D. Anderson Κέντρο Καρκίνου, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 25 Οκτ 2012? Αποδεκτές: 21 Μαρτίου 2013? Δημοσιεύθηκε: 30 Απριλίου 2013

Copyright: © 2013 Ke et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Πρόγραμμα για New Century εξαιρετικά ταλέντα στο Πανεπιστήμιο [NCET-10 με 0388 για να MX]. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του πνεύμονα είναι η πιο κοινή μορφή καρκίνου σε όλο τον κόσμο. Παγκοσμίως, αντιπροσωπεύει το 13% (1,6 εκατομμύρια ευρώ) του συνόλου των περιπτώσεων και το 18% (1,4 εκατομμύρια) των θανάτων το 2008 [1]. Στην Κίνα, τα ποσοστά εμφάνισης και θνησιμότητας του καρκίνου του πνεύμονα αυξάνεται με ταχείς ρυθμούς τα τελευταία [2] δεκαετίες, και ο καρκίνος του πνεύμονα είναι τώρα η νούμερο ένα αιτία θνησιμότητας από καρκίνο [3]. Οι Περιβάλλον παράγοντες όπως το κάπνισμα και η ρύπανση αποδειχθεί ότι αυξάνουν τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα. Ωστόσο, η αιτιολογία παραμένει ασαφής, και γενετικοί παράγοντες είναι έντονα πρότεινε να παίξει ένα σημαντικό ρόλο στην καρκινογένεση του πνεύμονα, το οποίο εκτιμήθηκε η συμβολή 26 τοις εκατό στον κίνδυνο μέσω δίδυμο μελέτη [4].

Πρόσφατα γονιδιώματος σε επίπεδο μελέτες συσχέτισης (GWAS) έχουν ενοχοποιηθεί πολλαπλές μυθιστόρημα πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) με την ευαισθησία του καρκίνου του πνεύμονα [5] – [12]. rs401681, που βρίσκεται στο ιντρόνιο 13 του

CLPTM1L

(χειλεογναθουπερωιοσχιστία διαμεμβρανική 1-σαν γονίδιο) [13], είναι ένα από τα πιο μελετημένα SNPs. Κατά πρώτον, εντοπίστηκαν σε ένα σύνολο GWA του 1952 περιπτώσεις και 1438 ελέγχους, που υποστηρίζεται από τη συγκέντρωση δεδομένων με δύο άλλες μελέτες GWA (5095 περιπτώσεις και 5200 ελέγχους) και με την αντιγραφή σε επιπλέον 2484 περιπτώσεις και 3036 ελέγχους [5], οι οποίες ήταν όλες εντός του Καυκάσου πληθυσμός. Και σε Ασιάτες, Kohno et al. και Miki et al. τόσο επιβεβαίωσε τη σχέση μεταξύ του Τ αλληλόμορφου του rs401681 και μειωμένο κίνδυνο αδενοκαρκινώματος του πνεύμονα [14], [15]. Ωστόσο, οι αναφερόμενες γενετικές επιδράσεις ποίκιλαν ανάλογα με τις ακόλουθες μελέτες αναπαραγωγής. Για παράδειγμα, μια μελέτη στη Νορβηγία διέκρινε ότι το αλληλόμορφο rs401681 T δεν σχετίστηκε με τον κίνδυνο της μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC) σε 341 περιπτώσεις και 431 έλεγχοι των Καυκάσιων (

P

τάση = 0.259) [16], αλλά μια άλλη μελέτη με 1681 περιπτώσεις καρκίνου του πνεύμονα και το 1235 οι έλεγχοι έδειξαν ότι το Τ αλληλόμορφο σχετίζεται σημαντικά με μειωμένο κίνδυνο της συνολικής καρκίνο του πνεύμονα στην ίδια εθνικότητα (

P

= 1.1 × 10

-5) [17]. Από την άλλη πλευρά, εντός Ασιάτες, Υοοη et al. αναπαραχθεί με τη σύνδεση μεταξύ του SNP και ΜΜΚΠ (

P

τάση = 1,89 × 10

-4), στη συνέχεια, ούτε Bae et al. [18] ούτε Chen et al. [19] αναπαραχθούν τα παρόμοια θετικά αποτελέσματα σύμφωνα με το μοντέλο αλληλομόρφων.

Όπως και παραπάνω, τα αποτελέσματα παραμένουν ασαφείς και αντικρουόμενες, η οποία είναι πιθανόν να οφείλεται στην μέτρια επίδραση αυτού του SNP, οδηγώντας σε έλλειψη δύναμης στις μικρές γενετικές μελέτες συσχέτισης. Είναι, επίσης, δυνητικά ιδιοκτησία στο λεγόμενο φαινόμενο «κατάρα του νικητή» αυτού ή παραλλαγής της νόσου είναι συνήθως υπερεκτιμάται σε πρώτη θετική μελέτη. Σύμφωνα με την αναφερόμενη Ή αυτής της μελέτης, το απαραίτητο μέγεθος του δείγματος των μελετών αναπαραγωγής θα πρέπει να υποτιμάται, τότε η μικρής ισχύος αντιγραφής θα ήταν δύσκολο να πετύχει [20]. Παρ ‘όλα αυτά, μετα-ανάλυση είναι μια αποτελεσματική συνδυάζοντας στοιχεία μέθοδος μαζί για να αυξήσει το μέγεθος του δείγματος, να πάρει αρκετή δύναμη για να διευκρινίσει αντιφατικά αποτελέσματα σε μελέτες γενετικής σύνδεσης [21]. Μια περιεκτική μετα-ανάλυση των δημοσιεύσεων μελέτη των συσχετίσεων μεταξύ

TERT

πολυμορφισμούς τόπο και τον κίνδυνο διαφόρων μορφών καρκίνου σε ένα χρονικό διάστημα 2003-2011, παρουσίασε μια μικρή μείωση του κινδύνου (ανά αλληλόμορφο OR = 0,87, 95% CI = 0,84 να 0.89) του rs401681 για τον καρκίνο του πνεύμονα [22]. Δύο δημοσίευσε πρόσφατα μετα-αναλύσεις που υποστηρίζονται περαιτέρω τα παρόμοια ευρήματα σύμφωνα με το μοντέλο αλληλομόρφων [23] και πρόσθετου μοντέλο [24]. Αντίθετα, πραγματοποιήσαμε μια μετα-ανάλυση τεσσάρων συγκεκριμένων γενετικών μοντέλων, τα οποία θα μπορούσαν να παρέχουν περισσότερες επιπτώσεις για τις πιθανές ήθη της κληρονομιάς του SNP. Επιπλέον, η μελέτη μας συνδυασμένα αποτελέσματα από τις δημοσιευμένες μελέτες μέχρι το 2012, συμπεριλαμβανομένου ενός συνόλου αδημοσίευτα στοιχεία της συχνότητας του γονότυπου ζήτησε από τους αρχικούς συντάκτες ενός μεγάλου δείγματος μεγέθους GWAS [12]. Ταυτόχρονα, συμπεριλάβαμε τα δεδομένα της δικής μας μελέτης αντιγραφής μέσα σε ένα κινεζικό πληθυσμό σε όλη την μετα-ανάλυση που ακολουθείται από στρωματοποιημένη, ευαισθησία και αθροιστική ανάλυση, παρέχοντας μια ολοκληρωμένη και ακριβή εκτίμηση της σχέσης μεταξύ rs401681 και τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα.

Υλικά και Μέθοδοι

Πληθυσμός μελέτης

στην παρούσα μελέτη, συνολικά 611 περιπτώσεις καρκίνου του πνεύμονα και 1062 χωρίς καρκίνο έλεγχοι είχαν προσληφθεί από Tongji Νοσοκομείο της Huazhong Πανεπιστήμιο Επιστήμης και Τεχνολογίας (HUST) μεταξύ 2009 και 2011. Όλα τα άτομα ήταν άσχετες εθνοτικών Κινέζων Χαν στην περιοχή Γουχάν. Περιπτώσεις ιστοπαθολογικά επιβεβαιώθηκαν με όλους τους τύπους καρκίνου του πνεύμονα και δεν έχουν λάβει καμία θεραπεία πριν από τη συλλογή δειγμάτων αίματος. Έλεγχοι επιλέχθηκαν τυχαία από ένα προγράμματα σωματικής εξέτασης στο ίδιο νοσοκομείο στο ίδιο χρονικό διάστημα οι ασθενείς εντάχθηκαν. Οι ασθενείς υπόθεση και θέματα ελέγχου ταιριάζουν επαρκώς ως προς το φύλο και την ηλικία (± 5 έτη). Κατά την πρόσληψη, 5-ml περιφερικού φλεβικού αίματος συλλέχθηκε από κάθε υποκείμενο μετά λήφθηκε ενημερωμένη συγκατάθεση. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από την Ηθική επιτροπή Tongji Νοσοκομείο Huazhong Πανεπιστήμιο Επιστήμης και Τεχνολογίας.

Γονοτυπικές

Το γονιδιακό DNA εκχυλίζεται από το δείγμα περιφερικού αίματος εφαρμογή του RelaxGene αίματος Σύστημα DP319-02 (Tiangen , Πεκίνο, Κίνα), σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Η rs401681 ήταν γονότυπου με τη Δοκιμασία TaqMan SNP Γονοτυπικές (Applied Biosystems, Fostercity, CA) σε 7900HT Fast Real-Time PCR System (Applied Biosystems, Fostercity, CA). 5% διπλές δείγματα επιλέχθηκαν τυχαία για να εκτιμηθεί η δυνατότητα αναπαραγωγής για τον έλεγχο της ποιότητας, με ένα ποσοστό συμφωνία του 100%.

Στατιστική Ανάλυση

Το

χ

2

δοκιμή και

t

δοκιμή εφαρμόστηκαν σε εκτιμώμενη διαφορές στις δημογραφικές μεταβλητές και κατανομές των γονοτύπων μεταξύ ασθενών και μαρτύρων. Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE) υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας την καλοσύνη-of-fit

χ

2

τεστ για γονότυπους σε ελέγχους και σε τιμή

P

& lt? 0,05 θεωρήθηκε ως σημαντική ανισορροπία . Μετά από προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο και το κάπνισμα κατάσταση, άνευ όρων πολυπαραγοντική λογιστική παλινδρόμηση χρησιμοποιείται για τον υπολογισμό λόγος πιθανοτήτων γονοτυπικής (OR) και το διάστημα εμπιστοσύνης 95% της (95% CI), με την αναφορά της κοινής ομοζυγώτες. Προκειμένου να αποφευχθεί η υπόθεση των γενετικών μοντέλων, κυρίαρχη και προσθετικό μοντέλα αναλύθηκαν επίσης. Όλα τα παραπάνω στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με το λογισμικό SPSS 20.0.

Μετα-ανάλυση των rs401681 σε συνεργασία με τον Καρκίνο του Πνεύμονα Κίνδυνος

Μια συστηματική βιβλιογραφία αναζήτηση σε PubMed, EMBASE και ISI Web of Science βάσεων δεδομένων έως Απρίλιο του 2012 διεξήχθη, χρησιμοποιώντας τις λέξεις-κλειδιά «

rs401681

,

CLPTM1L

,

TERT

, ή

5p15.33»

σε συνδυασμό με την «

καρκίνο του πνεύμονα

,

NSCLC »χωρίς περιορισμούς γλώσσα. Βασιζόμενος στην παραπάνω στρατηγική αναζήτησης, ψάξαμε περαιτέρω στην κινεζική Βιοϊατρική (ΜΟΕ) της βάσης δεδομένων. Εν τω μεταξύ, οι αναφορές που αναφέρονται στα άρθρα ανακτώνται σαρώθηκαν. Κριτικές και σχόλια ελέγχθηκαν επίσης για πρόσθετες μελέτες. Τα άρθρα που συνάντησε είχαν συμπεριληφθεί τα ακόλουθα κριτήρια: (1) περίπτωση ελέγχου ή μελέτη ασθενών-μαρτύρων ένθετη αξιολόγηση της συσχέτισης μεταξύ rs401681 και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα? (2) την παροχή στοιχείων για τον υπολογισμό γονοτυπική αναλογία πιθανοτήτων (OR) με αντίστοιχο 95% διάστημα εμπιστοσύνης (95% CI)? (3) γονότυπους σε ελέγχους που είναι σε ισορροπία Hardy-Weinberg (

P

& gt? 0,05) (4) μελέτες των ανθρώπων. Κάθε φορά που οι μελέτες αφορούσαν τα επικαλυπτόμενα θέματα, επιλεγμένα το ένα με μεγαλύτερο μέγεθος δείγματος για να αποφευχθούν οι επικαλύψεις

Οι ακόλουθες πληροφορίες από κάθε μελέτη εξήχθη:. Το πρώτο συγγραφέα επώνυμο, έτος δημοσίευσης, γεωγραφική θέση, την εθνικότητα του πληθυσμού της μελέτης , ο σχεδιασμός της μελέτης, η μέθοδος προσδιορισμού του γονότυπου, ο αριθμός των υποθέσεων και των ελέγχων, οι συχνότητες των γονοτύπων σε περιπτώσεις και τους ελέγχους. Συγκεντρωτικά συχνότητα του αλληλομόρφου Τ σε διαφορετικές εθνότητες και ιστολογικών τύπων εκτιμήθηκε με τη μέθοδο διακύμανσης αντίστροφη χρησιμοποιηθεί στο παρελθόν από Thakkinstian et al [25]. Οι μετρήσεις για το μέγεθος επίδρασης των γονοτύπων CT έναντι CC και ΤΤ έναντι CC υπολογίστηκαν, και ένα κυρίαρχο μοντέλο και ένα πρόσθετο «ανά-αλληλόμορφο» μοντέλο Εξετάστηκαν επίσης. Εδώ χρησιμοποιείται

χ

2

βάση Cochran του

Q

στατιστικό στοιχείο και το

2

μετρικών για την αξιολόγηση ετερογένεια μεταξύ των μελετών. Ετερογένεια θεωρήθηκε σημαντική σε

P

& lt? 0.10. Τα επόμενα σημεία αποκοπής της ποσότητας

2

χρησιμοποιήθηκαν για την ποσοτικοποίηση της ετερογένειας:

2

= 0-30%, χωρίς ή με οριακή μεταξύ μελετών ετερογένεια ?

2 =

30% -75%, ήπια ετερογένεια?

2

= 75-100%, αξιοσημείωτη ετερογένεια [26]. Όταν ομοιογένεια υπήρχαν βασίζοντας την

P

για

Q

στατιστική μεγαλύτερη από 0,1, το σταθερό-εφέ μοντέλο (μέθοδος Mantel-Haenszel) εκδόθηκε για τον υπολογισμό των συγκεντρωμένων ΕΑΠ και 95% πιστωτικών ιδρυμάτων [27] ? Αλλιώς, το μοντέλο τυχαίων δράσεων (Dersimonian και Laird μέθοδος) εφαρμόστηκε [28]. Στη συνέχεια πραγματοποιήσαμε στρωματοποιημένη ανάλυση, εάν είναι εφικτό (ο αριθμός των μελετών που περιλαμβάνονται σε κάθε υποομάδα είναι όχι λιγότερο από 3), σύμφωνα με την εθνικότητα (Ασίας και του Καυκάσου), ο σχεδιασμός της μελέτης (GWAS και αναπαραγωγή μελέτες), και ιστολογικό τύπο (NSCLC και ολοκληρωμένη πνεύμονα Καρκίνος). Μια ανάλυση ευαισθησίας πραγματοποιήθηκε επίσης να αξιολογηθεί η επίδραση της κάθε μελέτης για τη συνολική συγκεντρωτική Ή, με διαδοχική παράλειψη της ατομικής μελέτης [29]. Για να διερευνηθεί η δυναμική τάση του συλλόγου, αθροιστική ανάλυση πραγματοποιήθηκε με ποικιλία φορές τη δημοσίευση [30]. Τέλος, η προκατάληψη δημοσίευση εκτιμήθηκε με δοκιμή Egger του [31]. Όλες οι στατιστικές αναλύσεις εφαρμόστηκαν από Stata 11,0 λογισμικό και όλα

P

τιμές είναι δίπλευρη με σημαντικό επίπεδο στο 0,05, εκτός από

Q

τεστ για ετερογένεια.

Αναλύσεις

Βιοπληροφορική

Για την πρόβλεψη της λειτουργίας των rs401681, αναλύσεις βιοπληροφορική διεξήχθησαν με τρεις online εργαλεία βιοπληροφορικής «F-SNP» (https://compbio.cs.queensu.ca/F-SNP/), «FastSNP» ( https://fastsnp.ibms.sinica.edu.tw/pages/input_CandidateGeneSearch.jsp) και «SNP Info» (https://snpinfo.niehs.nih.gov/snpinfo/snpfunc.htm).

Αποτελέσματα

Αποτελέσματα μελέτη ασθενών-μαρτύρων

χαρακτηριστικά του πληθυσμού.

Ένα σύνολο 611 νέες περιπτώσεις της συνολικής καρκίνου του πνεύμονα και 1062 ελέγχους συχνότητα ταιριαστό εντάχθηκαν σε αυτή τη μελέτη . Όπως φαίνεται στον Πίνακα 1, δεν παρατηρήθηκαν στατιστικά σημαντικές διαφορές βρέθηκαν μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων από την άποψη του φύλου (

P

= 0,475) και την ηλικία (

P

= 0,287) διανομής. Τα αρσενικά ήταν 68,6% μεταξύ των περιπτώσεων σε σύγκριση με 70,2% στους ελέγχους και η μέση ηλικία ήταν 61,5 χρόνια για τις περιπτώσεις και 61,0 για τους ελέγχους. Όπως ήταν αναμενόμενο, πιο καπνιστές παρουσιάστηκαν στις περιπτώσεις που από ό, τι στους μάρτυρες (53,1% έναντι 43,1%?

P

& lt? 0.001), θεωρώντας ότι το κάπνισμα είναι ο κύριος αιτιολογικός παράγοντας για τον καρκίνο του πνεύμονα. Παρόν, οι καπνιστές ορίστηκαν ως αυτοί που κάπνιζαν τουλάχιστον ένα τσιγάρο την ημέρα για 12 μήνες ή περισσότερο σε οποιαδήποτε στιγμή στη ζωή τους, ενώ οι μη-καπνιστές ορίστηκαν εκείνοι που δεν είχαν. Των περιπτώσεων, 427 (69,9%) είχαν ιστοπαθολογικά επιβεβαιώθηκε ως NSCLC, το πιο κοινό είδος που αντιπροσωπεύουν περίπου το 85% του καρκίνου του πνεύμονα σε γενικές γραμμές, συμπεριλαμβανομένων αδενοκαρκινώματα, ακανθοκυτταρικό καρκίνωμα και μεγάλα καρκινώματα του πνεύμονα.

Η

Association.

Η κατανομή των γονότυπων rs401681 μεταξύ των θεμάτων που εμφανίζονται στον πίνακα 2, και δεν παρατηρήθηκε σημαντική διαφορά μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων στη συνολική δοκιμή (

P

= 0.073). Γονότυπους των ελέγχων τηρούνται ισορροπία Hardy-Weinberg (

P

= 0.932). Στην πολυπαραγοντική μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης με προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο και την κατάσταση καπνίσματος, τα άτομα με την CT γονότυπο είχαν μια σημαντική μειωμένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα (OR = 0.794? 95% CI, 0,640 – 0,984) σε σύγκριση με εκείνους με την CC ομοζυγώτες. Ένα κυρίαρχο μοντέλο έγινε για να αυξηθεί η στατιστική ισχύς, συνδυάζοντας το ΤΤ με την CT σε έναν φορέα Τ (ΤΤ συν CT) ομάδα. Και το αποτέλεσμα έδειξε ότι οι μεταφορείς Τ επίσης παρόντες σημαντικά μειωμένο κίνδυνο (OR = 0,801? 95% CI, 0,654 – 0,981), γεγονός που υποδηλώνει μια κυρίαρχη επίδραση αυτού του πολυμορφισμού για τον καρκίνο στο κινεζικού πληθυσμού. Ομοίως, σημαντικές συσχετίσεις βρέθηκαν στα μοντέλα πρόσθετο, με ανά-T-αλληλόμορφο ή των 0,856 (95% CI = 0,734 – 0,998). Για να διερευνηθεί επίδραση της παραλλαγής σε NSCLC, συγκρίναμε επίσης τη διανομή γονότυπο μεταξύ των περιπτώσεων NSCLC και τους ελέγχους. Παρόμοια θετική συσχέτιση και ισχυρότερη γενετική επίδραση βρέθηκαν σε αυτόν τον υπότυπο της συνολικής καρκίνου του πνεύμονα (ετερόζυγο μοντέλο: OR = 0.736, 95% CI = 0,577 – 0,939? Κυρίαρχο μοντέλο: OR = 0.740, 95% CI = 0,588 – 0,931? Προσθετικό μοντέλο: OR = 0,803, 95% CI = 0,674 – 0,958).

η

Ωστόσο, όταν εξετάσαμε περαιτέρω με διαστρωματώσεις από το κάπνισμα κατάσταση (καπνιστών και μη καπνιστών) και η διάμεση ηλικία (age≤61.0 και την ηλικία & gt ? 61,0), δεν ισχύουν οι ενώσεις ανιχνεύθηκαν κάτω από το κυρίαρχο μοντέλο, εκτός από την ομάδα που ήταν κάτω από την ηλικία των 61.0. Null ένωση θα μπορούσε να είναι λόγω του μικρού αριθμού των ατόμων μετά τη διαστρωμάτωση στην παρούσα μελέτη. Το σημαντικό εύρημα της νέας ομάδας είναι σύμφωνη με την αντίληψη ότι η γενετική προδιάθεση συνδέεται συχνά με μια πρώιμη ηλικία έναρξης της νόσου. Αλλά όταν είμαστε ιδιαίτερα ορίζονται οι πρώιμης έναρξης περιπτώσεις που ήταν ≤50.0 ετών και πραγματοποιείται ανάλυση στρωματοποίησης, παρατηρήσαμε σημαντικές ενώσεις (Πίνακας S1).

Τα αποτελέσματα της μετα-ανάλυσης

χαρακτηριστικά Μελέτη

Όπως φαίνεται στο Σχήμα S1, 13 επιλέξιμες πρωτότυπες δημοσιεύσεις συμπεριλαμβανομένων 15 μελέτες [5], [7], [9] -. [12], [14] – [16], [18], [19], [32], [33] ήταν πρώτον ταυτοποιηθεί και διαλογή για ανάκτηση, από τα οποία, 9 μελέτες κρίθηκαν να χωρέσει προκαταρκτικά τα κριτήρια ένταξης. Ωστόσο, μετά από περαιτέρω εξέταση, μία από τις μελέτες «Wang-Texas 2008» από τη δημοσίευση αναφέρεται από τον Wang Y et al. [5] αποκλείστηκε αφού οι περιπτώσεις επικαλύπτονται με το δείγμα μιας προηγούμενης μελέτης που αναφέρθηκαν από Amos CI et al [7]. Εκτός αυτού, έχουμε αφαιρεθεί η μελέτη «Wang-IARC 2008» σε μας προ-ανάλυση των δεδομένων που συνέβαλαν κυρίως στην αρχική αξιοσημείωτη ετερογένεια, η οποία μπορεί να οφείλεται σε μικτό πληθυσμό της μελέτης του από διάφορες χώρες [5]. Τέλος, 7 δημοσιεύσεις συν παρούσα μελέτη περιλαμβάνει 8 μελέτες ασθενών-μαρτύρων του 9111 περιπτώσεις και 11424 ελέγχους που προβλέπονται στοιχεία για αυτό το μετα-ανάλυση [5], [7], [12], [16], [18], [19], [33]. Τα χαρακτηριστικά που περιλαμβάνονται μελέτες παρουσιάζονται στον Πίνακα 3.

Η

Συγκεντρωτικά συχνότητα του αλληλόμορφου κινδύνου

Σύμφωνα με σταθερό μοντέλο (είτε

P

για ετερογένεια & gt? 0,10). , συγκεντρώθηκαν συχνότητες αλληλόμορφο Τ ήταν 44,6% (95CI = 43,4% -45,9%) σε Καυκάσιους ελέγχους και 32,0% (95% CI = 31,2% -32,7%) στις ασιατικές ελέγχους, η οποία ήταν παρόμοια με εκείνα που αναφέρθηκαν σε HapMap βάση δεδομένων του 43,4% ., 31,0% και 35,8% για τους Καυκάσιους, Κινέζικα και Ιαπωνικά αντίστοιχα

Σημαντικές μεταξύ μελετών ετερογένεια παρατηρήθηκαν και στις δύο υπομονάδες του NSCLC και του καρκίνου των πνευμόνων (

P

για ετερογένεια & lt? 0.001). Υπό τυχαίων δράσεων μοντέλο, η συγκεντρωτική συχνότητα του αλληλομόρφου Τ ήταν 36,9% (95% CI = 26,2% -47,5%) στις περιπτώσεις NSCLC ολόκληρων μελέτη μας, η οποία ήταν ελαφρώς υψηλότερο από εκείνο των 31,6% (95% CI = 26,3% -36,8%) των συνολικών περιπτώσεων καρκίνου του πνεύμονα.

συνολικά μετα-αναλύσεις των rs401681 σε συνδέεται με τον καρκίνο του πνεύμονα.

Δεν σημαντικές ενδείξεις ετερογένειας παρατηρήθηκε σε όλες τις γενετικές τα μοντέλα εκτός από την ομόζυγη μοντέλο (

P

για ετερογένεια & lt? 0.10), καθώς και του ή η οποία συνενώθηκε κάτω από τυχαίες ενέργειες μοντέλο είναι 0.778 (95% CI = 0,674 – 0,900). Από την άλλη πλευρά, σταθερής επιπτώσεις μοντέλο εφαρμόστηκε για την ετερόζυγη, κυρίαρχη (Σχήμα 1) και τα μοντέλα πρόσθετο χωρίς εμφανή ετερογένεια (κάθε

P

για ετερογένεια & gt? 0,10). Όλα αυτά τα μοντέλα που ανατίθενται σημαντικά μειωμένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα, με ΕΑΠ από 0.864 (95% CI = 0,813 – 0,917), 0,842 (95% CI = 0,795 – 0,891), 0,871 (95% CI = 0,835 – 0,908), αντίστοιχα ( Πίνακας 4). Η μετα-ανάλυση των rs401681 αποκάλυψε τα παρόμοια αποτελέσματα σημαντικής μείωσης του κινδύνου με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε μελέτη ασθενών-μαρτύρων μας, για το ίδιο ετερόζυγη, κυρίαρχο και πρόσθετο μοντέλα.

Η

αναλύσεις διαστρωμάτωσης.

Για να εξερευνήσετε την πηγή της ετερογένειας, στρωματοποιημένη ανάλυση έγινε (Πίνακας 4). Μετά από στρωματοποίηση ως προς την εθνικότητα, όλες οι γενετικές μοντέλα που παρουσιάζονται σημαντικά μειωμένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα και έδειξε σχεδόν καμία ετερογένεια (

P

για ετερογένεια & gt? 0,10,

2

= 0) σε Καυκάσου. Στις ασιατικές πληθυσμού, μειωμένος κίνδυνος ήταν επίσης ανατεθεί χωρίς στοιχεία ετερογένειας σε όλες τις γενετικές μοντέλα εκτός από την γονοτυπική μοντέλο TT (συγκεντρωτικές OR = 0,825, 95% CI = 0,637 – 1,070,

P

για ετερογένεια & lt? 0.10,

2

= 71,8%). Η ήπια μείωση του κινδύνου από ένα αντίγραφο του Τ αλληλόμορφου σε δύο αντίτυπα στην κινεζική (Πίνακας 2) ή ασιατικό πληθυσμό (Πίνακας 4), ενδεχομένως επεσήμανε ότι η παραλλαγή Τ rs401681 ενεργήσει με διαφορετικό τρόπο μεταξύ των διαφόρων εθνοτικών πληθυσμών. Σύμφωνα με το σχεδιασμό της μελέτης, στατιστικά σημαντικά ευρήματα παρατηρήθηκαν στο GWAS χωρίς ετερογένεια, αλλά αρνητικά αποτελέσματα εμφανίστηκαν στην ομόζυγη μοντέλο και πάλι μέσα στην υποομάδα των μελετών αναπαραγωγής. Όσον αφορά το ιστολογικό τύπο, σημαντική συσχέτιση παρατηρήθηκε σε όλες τις τέσσερις γενετικά μοντέλα της μελέτης μας είτε NSCLC ή ολοκληρωμένων καρκίνο του πνεύμονα. Αξίζει να σημειωθεί ότι η μεγαλύτερη επίδραση του ανηλίκου αλληλόμορφο Τ παρατηρήθηκε σε NSCLC από ότι στη συνολική καρκίνο του πνεύμονα, το οποίο θα μπορούσε να υποστηρίξει το ίδιο εύρημα της μελέτης ασθενών-μαρτύρων μας.

Ανάλυση ευαισθησίας.

για να αξιολογηθεί η αγάπη της ατομικής μελέτης για τη συνδυασμένη εκτίμηση, πραγματοποιήθηκε μια μονόδρομη ανάλυση ευαισθησίας, με τη ρίψη κάθε συγκεκριμένο σύνολο δεδομένων σε μια στιγμή. Όπως φαίνεται στον Πίνακα 5, μια σειρά συγκεντρωμένων Ή με 95% CI δεν μεταβλήθηκαν ουσιαστικά πριν ή μετά από κάθε αποβολή της μελέτης σύμφωνα με το κυρίαρχο μοντέλο, που δείχνει ότι τα αποτελέσματά μας ήταν ισχυρή.

Η

Από σημαντικά μεταξύ -Μελέτη ετερογένεια για τις ασιατικές μελέτες παρατηρήθηκε στη γονοτυπική μοντέλο TT, πραγματοποιήσαμε επίσης μια ανάλυση ευαισθησίας μεταξύ των μελετών. Και έχουμε βρει ότι η ετερογένεια μειωθούν περισσότερο (

I

2 = 15,6%), όταν η μελέτη των Yoon et al. αποκλείστηκε (

I

2 = 56,2%,

P

= 0,077), με την ίδια ένωση null (OR = 0.909, 95% CI = 0,705 – 1,172).

Αθροιστική μετα-ανάλυση.

Αθροιστική μετα-ανάλυση πραγματοποιήθηκε μέσω ποικιλία από μελέτες σε χρονολογική σειρά. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 2, κλίσεις προς σημαντική συσχέτιση ήταν προφανές πάροδο του χρόνου στο κυρίαρχο μοντέλο. Ταυτόχρονα, οι 95% ΠΙ έγινε όλο και στενότερες με τη συσσώρευση των περισσότερων δεδομένων, γεγονός που υποδηλώνει τη σταδιακή βελτιωμένη ακρίβεια των εκτιμήσεων από συνεχείς μέγεθος του δείγματος μεγέθυνσης.

Η

προκατάληψη Δημοσίευση.

Τα αποτελέσματα της δοκιμή Egger έδειξε ότι δεν υπήρχε καμία προκατάληψη δημοσίευση σε όλα τα τέσσερα γενετικά μοντέλα (όλα

P

για δοκιμή & gt Egger είναι? 0.05, Πίνακας 4).

Τα Βιοπληροφορική αναλύσεις rs401681

μεταξύ των τριών εργαλείων βιοπληροφορικής, δύο από αυτούς, «F-SNP» και «FastSNP» προβλέπεται παγίως ότι το SNP ήταν πιθανό να είναι λειτουργική ως μεταγραφική ρύθμιση.

Συζήτηση

σε αυτήν την ένωση της μελέτης, θα επαναληφθεί την σημαντική συσχέτιση μεταξύ rs401681 και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα στην κινεζική πληθυσμό. Επίσης, τα ακόλουθα μετα-ανάλυση την ενσωμάτωση δεδομένων από την τρέχουσα και 7 προηγουμένως δημοσιευμένες μελέτες πρότειναν ότι το SNP συσχετίστηκε με μειωμένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα κάτω από το γονοτυπικό, κυρίαρχο και πρόσθετο μοντέλα. ανάλυση ευαισθησίας έδειξε την σταθερότητα του αποτελέσματος και αθροιστική ανάλυση επιβεβαίωσε περαιτέρω τα θετικά ευρήματα, που δείχνουν το αποτέλεσμα της παραλλαγής πήρε σταδιακά σημαντική με τη συσσώρευση των περισσότερων δεδομένων.

Τα ευρήματα αυτά είναι βιολογικά αληθοφανείς σε κάποιο βαθμό. rs401681 βρίσκεται σε 5p15.33, μια περιοχή ευαισθησίας για τον καρκίνο του πνεύμονα περιλαμβάνει δύο γνωστά γονίδια

TERT

(τελομεράσης ανάστροφης μεταγραφάσης) και

CLPTM1L

(χειλεογναθουπερωιοσχιστία διαμεμβρανική πρωτεΐνη 1-παρόμοια). Αν και λίγα ήταν γνωστά για τη λειτουργία του rs401681 που βρισκόταν μέσα στην ιντρονική περιοχή του

CLPTM1L

, ανάλυση βιοπληροφορικής μας έδειξε ότι θα μπορούσε να είναι η μεταγραφή ρυθμιστικών και περαιτέρω επηρεάζει την έκφραση του γονιδίου.

CLPTM1L

, που ονομάζεται για την ομολογία της με χειλεογναθουπερωιοσχιστία διαμεμβρανική πρωτεΐνη 1 που διαταράσσεται σε μια οικογένεια με χειλεογναθουπερωιοσχιστία [34], αναγνωρίστηκε ως ένα up-ρυθμιζόμενη μεταγραφή σε ένα σισπλατίνη ανθεκτική κυτταρική γραμμή ωοθηκών όγκου [13]. Υπερ-έκφραση του

CLPTM1L

mRNA ανακαλύφθηκε σε πολλά είδη καρκίνου [32], [35], [36]. Η λειτουργία του

CLPTM1L

και ο ρόλος του στην ογκογένεση είναι μέχρι στιγμής άγνωστη. Αλλά μια πρόσφατη μελέτη ανέφερε ότι

CLPTM1L

ήταν συνήθως υπερεκφράζεται αντι-αποπτωτικό παράγοντα στον καρκίνο του πνεύμονα, πρότεινε ένα ρόλο αναστολέα στο γονοτοξικό στρες που προκαλείται απόπτωση, και ως εκ τούτου εντοπιστεί

CLPTM1L

ως σημαντικός παράγοντας που επηρεάζουν την επιβίωση του DNA κατεστραμμένα καρκινικά κύτταρα και, ενδεχομένως, την ευαισθησία του καρκίνου του πνεύμονα [37].

CLPTM1L

μπορεί να έχει σημασία όχι μόνο υπό το πρίσμα των δικών της βιολογικής δραστηριότητας του, αλλά και επειδή είναι σε LD με

TERT

. Ολόκληρο το γονίδιο

CLPTM1L

κατοικεί σε 62-kb περιοχή υψηλής ανισορροπίας σύνδεσης (LD) που περικλείει το 5′-άκρο του

TERT

, υποκινητή του [38].

TERT

είναι η αντίστροφη μεταγραφάση συστατικό της τελομεράσης [39], καθιστώντας απαραίτητη για την παραγωγή του ενζύμου τελομεράση η οποία είναι υπεύθυνη για την αναγέννηση των τελομερών [40]. Και την αναγέννηση των τελομερών είναι πολύ προτείνεται να είναι ένα σημαντικό βήμα για την καρκινογένεση από τα πιο καρκίνου [41]. Το αλληλόμορφο C του rs401681 αναφέρθηκε ότι σχετίζεται με την βράχυνση του μήκους των τελομερών [32], η οποία είναι υπέρ της συμμετοχής της στην τελομερών βιολογία και ακόμη και την ανάπτυξη του καρκίνου. Είναι πιθανό ότι ο πολυμορφισμός του

CLPTM1L

είναι σε ανισορροπία σύνδεσης με κάποια αιτιώδης τόπο στον προαγωγέα του

TERT

που είναι μέχρι τώρα μη χαρακτηρισμένο.

Τα αποτελέσματα της νομολογία μας μελέτη ελέγχου έδειξε ότι ο ανήλικος αλληλόμορφο Τ του rs401681 συσχετίστηκε σημαντικά με προστατευτική δράση για τον καρκίνο του πνεύμονα σε ετερόζυγη, κυρίαρχη και την πρόσθετη γενετική μοντέλα, αλλά όχι στο ομόζυγη πιθανόν λόγω της σχετικής μικρού μεγέθους του δείγματος μας. Παρά παρόμοια σημαντική σχέση διατηρείται σε μας μετα-ανάλυση σε όλες τις γενετικές μοντέλα, προφανής μεταξύ μελετών ετερογένεια δεν μπορεί να αγνοηθεί στην ομόζυγη μοντέλο. Μια ολοκληρωμένη στρωματοποιημένη ανάλυση διεξήχθη για να ανακρίνουν την πιθανή πηγή της ετερογένειας. Μετά από στρωματοποίηση ως προς την εθνικότητα, όλα τα γενετικά μοντέλα του αλληλόμορφου παραλλαγής Τ ήταν σημαντικά σχετίζεται με μειωμένο κίνδυνο καρκίνου με εξαφανίστηκε ετερογένεια σε Καυκάσιους, ενώ σε Ασιάτες, όλα τα γενετικά μοντέλα που ανατίθενται μειωμένο κίνδυνο χωρίς σημαντική ετερογένεια εκτός από το ομόζυγο μοντέλο. Η εμφανής διαφορά μεταξύ των δύο ομόζυγο ΕΑΠ σιωπηρή διαφορετικές συχνότητες αλληλόμορφο μεταξύ Ασιατών και Καυκάσιων, το οποίο υποστηρίζεται από τη μελέτη μας συγκεντρωμένων συχνότητες αλληλόμορφο Τ και δεδομένων HapMap όπως φαίνεται παραπάνω. Λόγω των διαφορών στις συχνότητες αλληλόμορφου και πιθανή διάκριση των μοντέλων ανισορροπίας σύνδεσης μεταξύ των πληθυσμών, μπορεί να εμφανιστούν διακριτές γενετικούς μηχανισμούς με διαφορετικά μεγέθη γενετική επίδραση για ΤΤ γονότυπο μεταξύ δύο πληθυσμών. Ως προς την ετερογένεια στις ασιατικές μελέτες, φαίνεται από την ανάλυση ευαισθησίας υποομάδα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται), μπορεί να αποδώσει σε μεγάλο βαθμό με τη μελέτη του Υοοη et al με διάφορα είδη των μεθόδων προσδιορισμού του γονότυπου, τα οποία είναι Affymetrix, TaqMan και εισβολέα. Όσον αφορά το σχεδιασμό της μελέτης, προφανές ετερογένεια εξαφανίστηκε στην GWAS, αλλά εξακολουθεί να έδειξε σε μελέτες αναπαραγωγής, η οποία θα μπορούσε να εξηγηθεί και από τις διάφορες μεθόδους προσδιορισμού του γονότυπου των επαναλήψεων. Επειδή NSCLC λογαριασμούς για τη μεγάλη μάζα των συνολικών περιπτώσεων καρκίνου του πνεύμονα σε σχεδόν 85%, όπως προαναφέρθηκε, θα συγκεντρώνονται αυτά τα δύο είδη μελετών για μεγέθυνση μέγεθος του δείγματος, χωρίς ανησυχία για την πιθανή προκατάληψη για την ενίσχυση ή αποδυνάμωση την πραγματική επίδραση της παραλλαγής σε μεγάλο έκταση. Δεν υπήρχαν πολλές αλλαγές της ετερογένειας στην υποομάδα των NSCLC ή καρκίνο του πνεύμονα συνολικά, υπονοώντας ότι ιστολογικό τύπο δεν ήταν πιθανό η πηγή της ετερογένειας. Την ίδια στιγμή, μια πιο έντονη μείωση των κινδύνων για NSCLC πρότεινε ότι η παραλλαγή rs401681 θα μπορούσε να έχει μεγαλύτερη επίδραση επί NSCLC, υποστηρίζοντας την ίδια κατάσταση που παρατηρείται σε μελέτη ελέγχου. Η διακύμανση του γονοτυπική αποτελέσματος μεταξύ αυτών των δύο υποομάδων θα μπορούσε να αποδοθεί εν μέρει σε διαφορετικό ιστολογικό τύπο χαρακτηρίζονται από διαφορά συχνότητας αλληλόμορφου, με συγκεντρωτικές συχνότητες αλληλόμορφο Τ του 36,9% των περιπτώσεων NSCLC και του 31,6% της συνολικής καρκίνο του πνεύμονα. Στο σύνολό της, η εθνικότητα και η σχεδιαστική μελέτη πιθανώς αντιπροσώπευε την ετερογένεια της μετα-ανάλυσης.

Παρά τη σαφή δύναμη της τρέχουσας συνολικής στρατηγικής ανάλυσης (μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων και μία μετα-ανάλυση), διάφοροι περιορισμοί θα πρέπει να επισημανθεί. Πρώτον, το μέγεθος του δείγματος της μελέτης ασθενών-μαρτύρων μας ήταν σχετικά μικρό. Δεύτερον, ο καρκίνος του πνεύμονα είναι ένα σύνθετο χαρακτηριστικό σχετίζεται με περιβαλλοντικούς παράγοντες και παράγοντες γενετικού κινδύνου. Ωστόσο, ανεπαρκείς περιβαλλοντικές πληροφορίες μας περιορίζονται να διερευνήσει περαιτέρω την αλληλεπίδραση γονιδίων-περιβάλλοντος. Τρίτον, στερούνται του λειτουργικού πειράματα, αν αυτό το SNP είναι αιτιώδης παρέμεινε αβέβαιη.

Εν κατακλείδι, η μελέτη αναπαραγωγής μας σε ένα κινεζικό πληθυσμό και την επακόλουθη μετα-ανάλυση συλλογικά επιβεβαιώσει τη γενετική συμμετοχή των rs401681 πολυμορφισμού στην ευαισθησία του καρκίνου του πνεύμονα, και πρότεινε ότι η παραλλαγή μπορεί να δώσει ισχυρότερη επίδραση επί NSCLC. Ωστόσο, λεπτή χαρτογράφηση των 5p15.33 περιοχής και λειτουργικά πειράματα δικαιολογείται να προσδιορίσει την αιτιώδη παραλλαγή.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Ακολουθήστε διάγραμμα της επιλογής σπουδών

doi:. 10.1371 /journal.pone.0062485.s001

(ΔΕΘ)

Πίνακα S1.

Η συσχέτιση μεταξύ rs401681 και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα από το κάπνισμα κατάσταση και η ηλικία φάσμα

doi:. 10.1371 /journal.pone.0062485.s002

(DOC)

Λίστα ελέγχου S1.

PRISMA λίστα ελέγχου

doi:. 10.1371 /journal.pone.0062485.s003

(DOC)