Αφηρημένο

Ο καρκίνος του προστάτη παραμένει η πιο συχνή κακοήθεια μεταξύ των ανδρών στις Ηνωμένες Πολιτείες, και δεν υπάρχει θεραπεία που διατίθενται σήμερα για τον προχωρημένο στάδιο ορμονοάντοχου καρκίνο. Αυτό οφείλεται εν μέρει στην ελλιπή κατανόηση των ανδρογόνων ρυθμιζόμενων πρωτεϊνών και κωδικοποιημένα τις λειτουργίες τους. των πρωτεϊνών ολόκληρου του κυττάρου των ανδρογόνων-πεινασμένο και τα κύτταρα LNCaP ανδρογόνων επεξεργασμένα αναλύθηκαν με ημι-ποσοτική MudPIT ESI- παγίδα ιόντων MS /MS και ποσοτική iTRAQ MALDI- TOF MS /MS πλατφόρμες, με αναγνώριση των πάνω από 1300 πρωτεΐνες υψηλής εμπιστοσύνης. Ένας εμπλουτισμός με βάση τη χαρτογράφηση μονοπάτι των συνόλων πρωτεομικά δεδομένα ανδρογόνο ρυθμίζεται αποκάλυψε μια σημαντική απορρύθμιση των συνθετασών αμινοακυλο tRNA, που δείχνει μια αύξηση στην πρωτεΐνη biosynthesis- ένα χαρακτηριστικό κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου του προστάτη. Αυτή η παρατήρηση υποστηρίζεται από ανοσοκηλίδα και μεταγραφή δεδομένα από κύτταρα LNCaP, και ιστών καρκίνου του προστάτη. Έτσι, τα δεδομένα που προέρχονται από πολλαπλές πλατφόρμες πρωτεομική και τα δεδομένα μεταγραφή σε συνδυασμό με την ανάλυση της πληροφορικής παρέχει μια βαθύτερη κατανόηση των λειτουργικών συνέπειες της δράσης των ανδρογόνων στον καρκίνο του προστάτη

Παράθεση:. Vellaichamy Α, Sreekumar Α, Strahler JR, Rajendiran Τ, Yu J, Varambally S, et al. (2009) πρωτεομικής Ανάκριση των ανδρογόνων σε Δράση Τα κύτταρα του καρκίνου του προστάτη αποκαλύπτει ρόλοι των αμινοακυλο tRNA συνθετάσες. PLoS ONE 4 (9): e7075. doi: 10.1371 /journal.pone.0007075

Επιμέλεια: Lennart Randau, Πανεπιστήμιο Yale, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 3 Ιούλη του 2009? Αποδεκτές: 29, Ιούλ του 2009? Δημοσιεύθηκε: 18 Σεπ 2009

Copyright: © 2009 Vellaichamy et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από το Μίτσιγκαν τεχνολογία Tri-Διάδρομος, Michigan Οικονομικής Ανάπτυξης Corporation επιχορήγηση 687 για το Michigan Πρωτεομική Συμμαχία για την Έρευνα του Καρκίνου (ΓΣΟ, AMC, AS, AV), τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας χορηγεί U54DA021519 για το Εθνικό Κέντρο Ολοκληρωμένης Βιοϊατρικής Πληροφορικής (ΓΣΟ, AMC), R01CA126239 (AN), RO1CA133458 (AS, AMC) U01 CA111275 (AMC), 1K99CA129565-01A1 (JY), και Ρ50 CA69568 (AMC, AS), του Υπουργείου άμυνας PC080665 (JY), και η Ταμείο για το Discovery από το Πανεπιστήμιο του Michigan Comprehensive Κέντρο Καρκίνου (AS). AMC υποστηρίζεται από μια Clinical Award Μεταγραφική Science από την Burroughs Καλώς Ίδρυμα και αποτελεί ανακριτής του Ιατρικού Ινστιτούτου Howard Hughes. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του προστάτη (PCA) είναι η πιο συχνά διαγιγνώσκεται καρκίνος μεταξύ των ανδρών στις Ηνωμένες Πολιτείες, με κατ ‘εκτίμηση 200.000 νέες περιπτώσεις και 29.000 θάνατοι το 2008 [1]. Πολλές εκθέσεις δείχνουν ότι τα ανδρογόνα οι οποίες απαιτούνται για τη φυσιολογική ανάπτυξη του προστάτη υποστηρίζουν επίσης την ανάπτυξη και την εξέλιξη του προστάτη. Τα ανδρογόνα ασκούν τις κυτταρικές επιδράσεις τους μέσω δέσμευσης με τον υποδοχέα ανδρογόνων (AR), μέλος του υποδοχέα πυρηνικών ορμονών (NR) σούπερ οικογένεια. AR, με τη σειρά του, συνδέεται με στοιχεία ανδρογόνων απόκριση (AREs) στις περιοχές προαγωγέα και ενισχυτή των γονιδίων στόχων, που ενεργεί σαν ένας μεταγραφικός ρυθμιστής με μεταγωγή του σήματος συγγενές ορμόνης στον πυρήνα [2], [3]. θεραπεία του καρκίνου του προστάτη μέσω ανδρογόνων κατάλυση επιτυγχάνει αρχικά υποχώρηση των όγκων? Ωστόσο, μια πιο επιθετική, ορμονοάντοχου μορφή του όγκου (HR-PCA) μπορεί να εξελιχθεί, με επακόλουθη θνησιμότητα. Αν και πολλές ομάδες έχουν ανακρίνεται ανδρογόνο ρυθμίζονται αλλαγές στα επίπεδα μεταγραφικό και πρωτεώματος χρησιμοποιώντας συστοιχίες γονιδιακής έκφρασης και φασματομετρία μάζας, αντιστοίχως [4], [5], [6], [7], [8], [9], [10 ], εξακολουθεί να υπάρχει έλλειψη σημαντικής συμφωνίας σχετικά με τη λειτουργική συνέπεια της δράσης των ορμονών κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης του καρκίνου του προστάτη. Εν μέρει αυτή η ανεπάρκεια είναι μια αντανάκλαση της σποραδικότητας στην πρωτεομική δεδομένων? λόγω των περιορισμών της πρωτεομικής τεχνολογίες, ο συνολικός αριθμός των πρωτεϊνών προσδιοριστούν και να ποσοτικοποιηθούν σε μία μόνο μελέτη είναι μέτρια. Επιπλέον, υπάρχουν τεχνικές προκλήσεις από αυτές τις υπο-εκπροσώπηση των πρωτεϊνών και για την εκτίμηση της στατιστικής σημαντικότητας των διαφορών στην έκφραση της πρωτεΐνης.

Για την αντιμετώπιση αυτών των προκλήσεων, και να αποκτήσουν μια βαθύτερη κατανόηση των ανδρογόνων-ρυθμίζονται πρωτεομική μεταβολές στη καρκίνο του προστάτη, εφαρμόσαμε μια διττή στρατηγική. Πρώτον, ενίσχυσε την αναπνοή του ανδρογόνο ρυθμίζεται πρωτεώματος προφίλ σε αυτή τη μελέτη με την χρησιμοποίηση δύο συμπληρωματικών φασματομετρία μάζας (MS) πλατφόρμες: μια που περιλαμβάνει επισήμανση ισότοπο των πεπτιδίων με ένα αντιδραστήριο iTRAQ ακολουθούμενη από υγρή χρωματογραφία 2D (LC) MALDI- TOF η ανάλυση MS /MS σε ένα ΑΒΙ tandem 4800 MALDI ώρα της πτήσης (/TOF TOF) μέσο [11] και η άλλη μία ετικέτα-free προσέγγιση που βασίζεται στην φασματική μέτρησης [12], [13], [14], [15] χρησιμοποιώντας Αναγνώριση Τεχνολογία Πολυδιάστατη πρωτεΐνη (MudPIT) [16] με ιονισμό ηλεκτροψεκασμού (ESI) – παγίδα ιόντων MS /MS σε ένα γραμμικό παγίδα ιόντων (LTQ) μέσο. Δεύτερον, διευκρινίσθηκε τις πρωτεομική αλλαγές στο πλαίσιο των λειτουργικών μονοπατιών χρησιμοποιώντας Μοριακής Έννοιες Mapping (MCM, που ονομάζεται επίσης Oncomine Έννοιες Mapping (ΚΟΑ)) [17], για να αποκτήσουν βαθύτερη κατανόηση της βιολογίας της δράσης των ανδρογόνων στον καρκίνο του προστάτη. Αξίζει να σημειωθεί ότι, όπως συνδυαστικές αναλύσεις αποκάλυψαν μια εντυπωσιακή αύξηση του επιπέδου των συνθετασών αμινοακυλο tRNA (ΕΕΔ) που θα μπορούσαν να αποτελούν τη βάση της αύξηση στην βιοσύνθεση πρωτεϊνών προβλεπόμενη στον καρκίνο του προστάτη με διάφορες μελέτες γονιδιακής έκφρασης.

Αποτελέσματα

χρησιμοποιήσαμε μια ενοποιητική στρατηγική (Σχήμα 1) για την κατανόηση δράση των ανδρογόνων στον καρκίνο του προστάτη. Εν συντομία, εκτελέσαμε φασματομετρία μάζας με βάση πρωτεώματος των χαρακτηριστικών των ανδρογόνων στερημένου και ανδρογόνου διεγερμένα LNCaP κύτταρα. Θρυψίνη-πέψη πρωτεΐνες ταυτοποιήθηκαν και ποσοτικά με τη χρήση δύο μάζας πλατφόρμες φασματομετρίας: iTRAQ MALDI-TOF MS /MS και MudPIT ESI- παγίδα ιόντων MS /MS. Τα δεδομένα από κάθε ένα από αυτές τις πλατφόρμες κανονικοποιήθηκαν ανεξάρτητα και να συνδυαστούν για να δημιουργήσει έναν κατάλογο ανδρογόνων ρυθμιζόμενων πρωτεϊνών. Η ανδρογόνων ρυθμίζονται proteome ανακρίθηκε για τις βιολογικές ενώσεις με τη χρήση Μοριακής Έννοιες Mapping (MCM). Από τις πολλές μοριακές έννοιες, συμπεριλαμβανομένων των ανδρογόνων-ρυθμίζονται και τον καρκίνο του προστάτη έννοιες που εμπλουτίστηκαν από ανδρογόνα μας μέχρι ρυθμίζεται σύνολο δεδομένων, επιλέχθηκε η έννοια που περιγράφει αυξημένα αμινοακυλο tRNA συνθετάσες (aaRSs) για περαιτέρω εξέταση. Ένα υποσύνολο αυτών των πρωτεϊνών ελέγχθηκε με ανοσοστύπωση ανάλυση. Χρησιμοποιώντας transcriptomic προφίλ και χρωματίνης ανοσοκαθίζηση, δείξαμε ότι ανδρογόνων οδηγεί την έκφραση του aaRSs στο επίπεδο μεταγραφής. Τέλος, δείξαμε την ύπαρξη της αυξημένης θέση ΕΕΔ κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου του προστάτη με τη χρήση κλινικών δειγμάτων.

ανδρογόνων-διεγερμένα κύτταρα LNCaP έγιναν προφίλ χρησιμοποιώντας τόσο ποσοτικές iTRAQ MALDI- TOF /TOF και ημι-ποσοτική MudPIT ESI- LTQ πρωτεομική πλατφόρμες. Τα δεδομένα από κάθε ένα από αυτές τις πλατφόρμες κανονικοποιήθηκαν ανεξάρτητα και να συνδυαστούν για να δημιουργήσει έναν κατάλογο ανδρογόνο ρυθμιζόμενων πρωτεϊνών. Αυτή η λίστα ανακρίθηκε για τις βιολογικές ενώσεις με τη χρήση Μοριακής Έννοιες Mapping (MCM). επιλέχθηκε η έννοια που περιγράφει αμινοακυλο tRNA συνθετάσες για περαιτέρω εξέταση? επιλεγμένες πρωτεΐνες επικυρωθεί χρησιμοποιώντας ανοσοαποτύπωση και χρώση ανοσοφθορισμού. Transcriptomic προφίλ και χρωματίνης ανοσοκαθίζηση έδειξε ότι ανδρογόνων οδηγεί την έκφραση του αμινοακυλο-tRNA συνθετάσες στο επίπεδο μεταγραφής. Αυτό επιβεβαιώθηκε περαιτέρω με τη χρήση των δεδομένων γονιδιακής έκφρασης καρκινικό ιστό και ανάλυση ανοσοστύπωσης σε δείγματα ιστού του προστάτη, η οποία κατέδειξε την ύπαρξη της αυξημένης συνθάσης κόγχη αμινοακυλο-tRNA κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου του προστάτη.

Η

Ταυτοποίηση και σχετική ποσοτικοποίηση των LNCaP πρωτεΐνες από iTRAQ MALDI-TOF MS /MS

Χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα iTRAQ MALDI-TOF MS /MS, εντοπίσαμε 904 πρωτεΐνες με υψηλή βαθμολογία εμπιστοσύνης, όπως προσδιορίζεται με SEQUEST [18], PeptideProphet [19] και ProteinProphet [20] υπολογιστικών εργαλείων. Από αυτά, 879 ποσοτικοποιήθηκαν ομαλοποίηση μετα-δεδομένα (Σχήμα 2Α), με τη συνολική αναγνώριση πρωτεΐνη FDR μικρότερη του 1% (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι για λεπτομέρειες).

Α) διάγραμμα Venn δείχνει τον αριθμό των συνολικών και οι υπο-ομάδες των ανδρογόνων-ρυθμίζονται οι πρωτεΐνες ταυτοποιήθηκαν από την ανάλυση iTRAQ MALDI TOF- MS /MS. Ένα ελάχιστο όριο του 1,25 SD από την παγκόσμια μέση και στα δύο δείγματα ανδρογόνων επεξεργασμένου και όχι λιγότερο από 1,5 SD σε ένα από τα δείγματα αγωγή ανδρογόνων ορίστηκε. Β) διάγραμμα Venn δείχνει τον αριθμό των συνολικών και ανδρογόνων ρυθμιζόμενων πρωτεϊνών LNCaP που προσδιορίζονται στο MudPIT (ESI ιόντων trap- /MS ανάλυση MS). Πρωτεΐνες σε παρένθεση δεν ελήφθησαν υπόψη για διαφορική ανάλυση, λόγω των χαμηλότερων φασματικών μετρήσεων τους. διάγραμμα C) Venn δείχνει τον συνολικό αριθμό των πρωτεϊνών που προσδιορίζονται από τα δύο με φασματομετρία μάζας πλατφόρμες και επικάλυψη τους. Δ) διάγραμμα Venn δείχνει τον συνολικό αριθμό των ανδρογόνων πάνω ρυθμισμένα πρωτεΐνες που ταυτοποιήθηκαν από τα δύο με φασματομετρία μάζας πλατφόρμες και επικάλυψη τους. διάγραμμα Venn Ε δείχνει τον συνολικό αριθμό των ανδρογόνων κάτω ρυθμισμένα πρωτεΐνες που ταυτοποιήθηκαν από τα δύο με φασματομετρία μάζας πλατφόρμες και επικάλυψη τους.

Η

Διαδικαστικά, ο πρωτεώματος ανδρογόνων αξιολογήθηκε από iTRAQ χρήση δύο ανεξάρτητων βιολογική επαναλήψεις. Ένα πείραμα iTRAQ διπλή διπλής όψης διεξήχθη όπου δείγματα ανδρογόνων που έλαβαν σε κάθε επανάληψη επισημάνθηκαν με τις 115 και 117 ισοβαρή ετικέτες, ενώ αντίστοιχα δείγματα ελέγχου τους είχαν επισημανθεί χρησιμοποιώντας τις 114 και 116 ισοβαρή ετικέτες. Προκειμένου να αντλήσει ένα όριο για τον ορισμό αλλαγές έκφρασης πρωτεΐνης, μπορούμε κανονικοποιηθεί η σχετική αναλογία πρωτεΐνης για καθένα από τα δείγματα ανδρογόνα αγωγή και ένα από τα στοιχεία ελέγχου (επισημασμένο με ισοβαρή ετικέτα 116) προς την έκφραση της πρωτεΐνης στο δείγμα ελέγχου επισημαίνεται με το 114 ισοβαρή ετικέτα. Η κατανομή των πρωτεϊνών όλες τις αναλογίες για το δείγμα ανδρογόνο θεραπεία (ετικέτα 115) έναντι του ελέγχου (ετικέτα 116) φαίνεται στο Σχήμα Συμπληρωματικό S1 Α. Περισσότερο από το 80% των πρωτεϊνών είχαν αναλογίες εντός της περιοχής 0.8-1.2. Η διάμεση επίκεντρο ομαλοποίηση ως αποτέλεσμα μία μέση κοντά στη μονάδα για όλα τα δείγματα, και η τυπική απόκλιση της επαναληπτικές ελέγχου (ετικέτα 116, SD = 0.16) χρησιμοποιήθηκε ως μια κλίμακα για να ρυθμίσετε την αναλογία ορίου για διαφορικά εκφρασμένων πρωτεϊνών. Συνεπώς, οι αλλαγές με ελάχιστο όριο 1,25 SD (αναλογία 1.2 για τα επάνω ρυθμισμένη και 0,83 για κάτω-ρυθμιζόμενες) θεωρήθηκαν ως σημαντικές (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι για λεπτομέρειες). Οι λίστες όλων των 70 ανδρογόνων up-ρυθμίζονται και 39 κάτω-ρυθμιζόμενες πρωτεΐνες ταυτοποιήθηκαν από την ανάλυση αυτή δίδεται στο συμπληρωματικό πίνακα S1 και S2 συμπληρωματικό πίνακα, αντίστοιχα.

Ημι-ποσοτική σύγκριση των πρωτεϊνών με τη χρήση ανάλυσης MudPIT

Χρησιμοποιώντας MudPIT ESI- παγίδα ιόντων MS /MS προσέγγιση πρωτεομική προφίλ 857 πρωτεΐνες ταυτοποιήθηκαν με την ελάχιστη βαθμολογία της πιθανότητας πρωτεΐνη 0,9 (κατ ‘εκτίμηση FDR λιγότερο από 1%)? 67% (574) από αυτούς που προσδιορίζονται στην κοινή μεταξύ ελέγχου και δειγμάτων ανδρογόνου θεραπεία, ενώ 126 και 157 πρωτεΐνες πρωτεΐνες ταυτοποιήθηκαν μόνο στον έλεγχο και τα δείγματα ανδρογόνου αγωγή, αντίστοιχα (Σχήμα 2Β). Εκτός από τον καθορισμό της παρουσίας ή απουσίας των πρωτεϊνών, πραγματοποιήθηκε στατιστική ανάλυση για να συγκρίνουν τις σχετικές φασματικές μετρήσεις για πρωτεΐνες σε κάθε επεξεργασία. Ο συνολικός αριθμός των φασμάτων είτε από τον έλεγχο ή δεδομένα ανδρογόνο θεραπεία ήταν ανεξάρτητα κανονικοποιημένη, και οι κανονικοποιημένες αθροιστικές φασματικές μετρήσεις όλων των πεπτιδίων για κάθε πρωτεΐνη χρησιμοποιήθηκαν ως μέτρο της πρωτεΐνης αφθονία. Με βάση την στατιστική ανάλυση των δεδομένων, οι πρωτεΐνες που χαρακτηρίζονται ως εκφράζονται διαφορικά εάν εντοπίστηκαν μόνο είτε με τον έλεγχο (κάτω ρυθμισμένα) ή δείγμα επεξεργασμένο ανδρογόνων (up-ρυθμιζόμενες) με τέσσερα ή περισσότερα πεπτίδια. Για πρωτεΐνες που προσδιορίζονται στα δύο δείγματα, ομαλοποιημένη φασματική αναλογίες καταμέτρηση των δύο τυπικές αποκλίσεις πάνω ή κάτω από το μέσο του συνόλου των πρωτεϊνών σε αυτή την ομάδα (που αντιστοιχεί σε τετραπλάσια μεταβολή) χρησιμοποιήθηκε ως cut-off (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι? Βλέπε συμπληρωματικό Σχήμα S1B για διανομή των ομαλοποιημένη φασματική αναλογίες σκορ για πρωτεΐνες που προσδιορίζονται στον έλεγχο και τα δείγματα ανδρογόνου θεραπεία). Με βάση αυτά τα κριτήρια, 65 και 57 πρωτεΐνες ορίστηκαν ως ανδρογόνο επάνω ρυθμισμένη και ρυθμισμένα προς τα κάτω, αντίστοιχα (συμπληρωματικός Πίνακας S3, και θεσπίζουν συμπληρωματικές Πίνακας S4).

Συνδυασμένη κατάλογος των διαφορικά εκφρασμένων πρωτεϊνών προσδιορίζονται από τις δύο πλατφόρμες MS

με την κατανόηση ότι ο κατάλογος των πεπτιδίων προφίλ με φασματομετρία μάζας επηρεάζεται από την πηγή ιονισμού και αναλυτή μάζας [21] (σε αυτή την περίπτωση MALDI- TOF εναντίον παγίδα ESI-ion), συνδυάσαμε την πρωτεΐνη λίστες που προέρχονται από τις δύο πλατφόρμες κράτη μέλη να αντλούν ένα σύνθετο λίστα. Αυτό διευκολύνεται από το γεγονός ότι οι δύο πλατφόρμες που προσδιορίζονται παρόμοιους αριθμούς πρωτεϊνών υψηλής εμπιστοσύνης (857 και 879 πρωτεΐνες από MudPIT και iTRAQ, αντίστοιχα, με συγκρίσιμες FDR μικρότερη από 1%). Ως πρώτο βήμα στη διαδικασία, χωρίς περιττές πρωτεΐνες επιλέγονται από κάθε πείραμα με τη μετατροπή τους αριθμούς προσχώρησή τους IPI να αναγνωριστικά γονίδιο. Τρεις πρωτεΐνες (λεκτίνη, μαννόζη-δεσμευτική 2, LMAN2? Clp Χ, καζεϊνολυτικών πεπτιδάσης Χ ομόλογο? Και 40S ριβοσωμικής πρωτεΐνης S9, RPS9) που έδειξε ασύμφωνα τάσεις στην έκφρασή τους μεταξύ των δύο πλατφόρμες αφαιρέθηκαν. Αυτές οι διαδικασίες απέδωσαν ένα σύνολο 844 και 875 πρωτεΐνες, αντίστοιχα, για MudPIT και σύνολα δεδομένων iTRAQ (Σχήμα 2Β, 2Α). Μαζί 1.306 πρωτεΐνες παρατηρήθηκαν στη συνδυασμένη δέσμη στοιχείων (Σχήμα 1 και Σχήμα 2C). Από αυτά, 126 μοναδικές πρωτεΐνες ήταν αυξημένα κατά ανδρογόνων θεραπεία. Αξίζει να σημειωθεί ότι, 9 από αυτά τα ανδρογόνα-up ρυθμίζονται πρωτεΐνες επικαλύπτονται μεταξύ των δύο πρωτεομική πλατφόρμες (Εικόνα 2D): KLK3, ACSL3, FASN, FKBP5, ΕΕΔ (αλανυλ-tRNA συνθετάση), FDFT1 (φαρνεσυλ-διφωσφορικής φαρνεζυλτρανσφεράσης 1), UAP1 (UDP- πυροφωσφορυλάση 1 Ν-acteylglucosamine), ENDOD1 (περιοχή ενδονουκλεάσης που περιέχει 1), και NDRG1. Η συνδυασμένη κάτω-ρυθμίζονται κατάλογος περιείχε 95 πρωτεΐνες, και ένα (HNRPL, ετερογενές πυρηνικό ριβονουκλεοπρωτεϊνικού L ισομορφή α) ήταν κοινή μεταξύ iTRAQ και πλατφόρμες MudPIT (Σχήμα 2Ε).

Ο κατάλογος των up-ρυθμίζονται οι πρωτεΐνες περιλαμβάνονται πέντε πρωτεΐνες που έχουν δείξει στο παρελθόν να είναι αυξημένα από ανδρογόνο δράση: ACSL3 (αναλογία iTRAQ 2,76), FKBP51 (iTRAQ αναλογία 1,91? MudPIT φασματική μετράει 17:00), FASN (iTRAQ αναλογία 1,85? MudPIT φασματική μετράει 417:45), NDRG1 (iTRAQ αναλογία 1,76? MudPIT φασματική μετράει πέντε η ώρα), και KLK3 (επίσης γνωστή ως PSA, ειδικό προστατικό αντιγόνο [22], η αναλογία iTRAQ 1,44? MudPIT αναλογία έντεκα η ώρα). Μια άμεση ποσοτική σύγκριση των πρωτεϊνών που προσδιορίζονται στις δύο πλατφόρμες MS έδειξε μια υψηλή θετική συσχέτιση (R2 = 0,92) για τρεις πρωτεΐνες (ACSL3, FASN και ΕΕΔ? Δούμε συμπληρωματικό σχήμα S1). Αυτά τα ευρήματα ανεξάρτητα επικυρωμένη διαδικασία κανονικοποίησης μας και τα κατώτατα όρια που χρησιμοποιήθηκαν για την κατασκευή του συνδυασμένο κατάλογο των ανδρογόνων ρυθμιζόμενων πρωτεϊνών. Περαιτέρω, η ανάλυση ανοσοστυπώματος χρησιμοποιήθηκε για να επιβεβαιώσει την ανδρογόνο ρύθμιση ενός υποσυνόλου πάνω ρυθμισμένα πρωτεΐνες (Σχήμα 3Α). Αξίζει να σημειωθεί ότι, εκτός από την επικύρωση μάζα αποτελέσματα φασματομετρίας μας, η ανάλυση ανοσοστυπώματος έδειξε σημαντική συμπίεση στην φορές μεταβολής έκφρασης πρωτεΐνης που οριοθετείται από το πείραμα iTRAQ (Σχήμα 3Α). Μια παρόμοια ορθογώνια επαλήθευση πραγματοποιείται για το ανδρογόνο up-ρυθμιζόμενη συνθάσης πρωτεΐνης λιπαρού οξέος με Ανοσοφθορισμός μικροσκοπία φαίνεται στο Σχήμα 3Β.

Α) αλλαγή φορές Έκφραση ανδρογόνο ρυθμίζονται πρωτεϊνών σε φασματομετρία μάζας ποσοτικοποίηση σε σύγκριση με την αξιολόγηση της ανοσοκηλίδος . Παρουσιάζονται οι λωρίδες ανοσοστυπώματος και οι εντάσεις τους για ανδρογόνο επάνω ρυθμισμένη πρωτεΐνες και υπολογίζονται οι αναλογίες της έντασης τους, καθώς και οι αναλογίες iTRAQ και MudPIT φασματικές μετρήσεις για τις αντίστοιχες πρωτεΐνες. Οι β-τουμπουλίνης χρησιμοποιείται ως έλεγχος φόρτωσης δείγματος. Β) χρώση ανοσοφθορισμού του AR (Κόκκινο) και FASN (Πράσινο) ακόλουθο όχημα (αιθανόλη) και 1 ηΜ θεραπείες R1881 για 48 h σε κύτταρα LNCaP. Η θεραπεία δόθηκε μετά από 48 ώρες στέρησης ανδρογόνων.

Η

Ανάλυση των ανδρογόνων up-ρύθμιση των βιολογικών διαδικασιών και πορείες από MCM ανάλυση

Για να αποκτήσουν γνώσεις σχετικά με την λειτουργική συνέπεια των ανδρογόνων-δράσης, Μια ανάλυση σύνδεσης μεγάλης κλίμακας διεξήχθη συγκρίνοντας ανδρογόνων μας πάνω ρυθμισμένα σύνολο δεδομένων πρωτεΐνη από 126 πρωτεΐνες με κάθε μία από τις 13.364 έννοιες του MCM [23]. Η διαδικασία που εμπλέκονται στην επιλογή των σημαντικών μοριακών έννοιες περιγράφεται στην ενότητα «Υλικά και Μέθοδοι». Το δίκτυο εμπλουτισμός είχε ως αποτέλεσμα την ανάλυση MCM με το συνδυασμένο σύνολο των ανδρογόνων πάνω ρυθμισμένα πρωτεΐνες παρουσιάζεται στο Σχήμα 4. Σημαντικά, η ανάλυση έδειξε εμπλουτισμό των γνωστών του καρκίνου του προστάτη-ειδική και ανδρογόνου ρυθμίζονται έννοιες, παρέχοντας έτσι μία επικύρωση της πρωτεομικής δεδομένων που δημιουργούνται σε αυτό το έργο (Σχήμα 4, κόκκινο χρώμα στα άκρα). Ένθετα μέσα αυτά προηγουμένως γνωστές έννοιες ειδικού προστατικού ήταν αυτή που περιγράφεται ένα σύνολο συν-εμπλουτισμένου γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω σε ασθενείς με καρκίνο του προστάτη μετά μετα-εισαγωγική (αντι-ανδρογόνων) θεραπεία [17]. Πρόσθετες έννοιες της σημασίας περιλαμβάνονται εκείνες για τη βιοσύνθεση αμινοακυλο-tRNA και ER να Golgi μεταφορών (τόσο GO βιολογική διαδικασία), αμινοακυλο-μεταφορά συνθετάση RNA Class II (Interpro), και RSRFC4 (MEF2A) και NKX3A (δύο TRANSFAC). Μας κέντρισε το ενδιαφέρον από τις έννοιες που αναφέρονται αμινοακυλο tRNA συνθετάσες (KEGG οδός: https://www.genome.jp/kegg/[24], [23]), καθώς ενδεχομένως να αντικατοπτρίζει μια αύξηση στη χρησιμοποίηση αμινοξέων και συνεπώς αυξάνουν σε κατάντη πρωτεΐνη βιοσύνθεση ανδρογόνων μετά κατεργασία (Σχήμα 4, μπλε χρώμα στα άκρα). Αυτή η παρατήρηση είναι σε συμφωνία με προηγούμενες γονίδιο πρόβλεψη έκφραση μας που βασίζονται αυξημένης πρωτεΐνης βιοσύνθεση ως ένα από τα χαρακτηριστικά κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης του καρκίνου του προστάτη [17]. Αυξημένα δραστηριότητα Aars ήταν επίσης μεταξύ των σημαντικών εννοιών εμπλουτίζεται με προσαρμοσμένα δεδομένα μεταγραφικό για τα κύτταρα LNCaP αγωγή ανδρογόνων (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Έτσι, τέτοιες παρατηρήσεις μας οδήγησαν να επιλέξετε την αμινοακυλο tRNA συνθετάση ιδέα για περαιτέρω αναλύσεις.

θέα Δίκτυο της μοριακής έννοιες ή σύνολα βιολογικά σχετικών γονιδίων εμπλουτισμένο σε ανδρογόνα up-οργανωμένη ομάδα πρωτεϊνών που λαμβάνονται μέσω Μοριακής Έννοιες Mapping (MCM) ανάλυση. Κάθε κόμβος αντιπροσωπεύει μια βιολογική έννοια? το μέγεθος κόμβος είναι ανάλογη με τον αριθμό των γονιδίων σε κάθε έννοια. Κάθε ακμή αντιπροσωπεύει μια στατιστικά σημαντική εμπλουτισμό. P-αξία κάθε έννοιας και τον αριθμό MCM της έννοιας δίδονται σε παρενθέσεις. Το πιο εμπλουτισμένο έννοια υποδεικνύεται από ένα παχύ άκρο. Κόκκινου χρώματος ακμές υποδεικνύουν εμπλουτισμό των γνωστών του καρκίνου του προστάτη-ειδική και ανδρογόνα ρυθμίζονται έννοιες. Τα διασυνδεδεμένα αμινοακυλο tRNA συνθετάση έννοιες που αναφέρονται στο μπλε άκρες στο κάτω μέρος του δικτύου.

Η

ρύθμιση ανδρογόνων των συνθετασών tRNA αμινοακυλο

Υπήρχαν 7 πρωτεϊνών στην κατηγορία ΕΕΔ που υπερέβαινε το σύνολο όριο στη συνδυασμένη λίστα πρωτεΐνες ορίζονται χρησιμοποιώντας τόσο MS πλατφόρμες: ΕΕΔ για αλανίνης (ΕΕΔ), φαινυλαλανίνη (FARSLA), γλυκίνη (GARS), ιστιδίνη (HARS), ασπαραγίνη (NARS), θρεονίνη (TARS) και τρυπτοφάνη (πόλεμοι). Από αυτές μόνο ΕΕΔ και HARS ορίστηκαν από την πλατφόρμα MudPIT (Πίνακας S3), ενώ ΕΕΔ και το υπόλοιπο ορίστηκαν από τη μελέτη iTRAQ (Πίνακας S1). Παρά το γεγονός ότι, ο συνολικός αριθμός των ετήσιων εκθέσεων δραστηριοτήτων που προσδιορίζονται στην iTRAQ και πειράματα MudPIT ήταν 14 και 13, αντίστοιχα, αρκετές από αυτές τις πρωτεΐνες ταυτοποιήθηκαν με λιγότερα από τέσσερα πεπτίδια στο πείραμα MudPIT καθιστά λιγότερο αξιόπιστες συσκευές για φασματική μέτρηση με βάση τον ποσοτικό προσδιορισμό τους. Αυτό δείχνει επίσης το χαμηλό άφθονη φύση αυτής της κρίσιμης κατηγορίας πρωτεϊνών. Ως εκ τούτου, εστιάσαμε να αναλύσει περαιτέρω το iTRAQ προσδιορίζονται aaRSs και εξετάζεται αν υπάρχει συμπίεση σε αναλογία έκφρασης παρά την αυξημένη έκφραση τους. Από τις 14 aaRSs προσδιορίζονται στη μελέτη iTRAQ, έξι είχαν αναλογίες iTRAQ 1.2 και άνω, και τρεις από αυτούς είχαν αναλογίες 1.1 και άνω και στις δύο ανδρογόνων που έλαβαν (115 και 117) αναπαράγουν δείγματα. Υπερ-έκφραση του πλειοψηφία αυτών (εννέα από 14) aaRSs απεικονίζεται σε θερμότητα χάρτη (Σχήμα 5Α). Ένα υποσύνολο αυτών των iTRAQ προσδιορίζονται aaRSs (GARS, KARS, και των πολέμων) επικυρώθηκαν με τη χρήση κυττάρων LNCaP ανδρογόνο θεραπεία με ανάλυση ανοσοστυπώματος (Σχήμα 5C). Περαιτέρω, εξετάσαμε τα επίπεδα μεταγραφής τους, χρησιμοποιώντας προσαρμοσμένα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης για κύτταρα LNCaP ανδρογόνο θεραπεία (βλέπε τμήμα Υλικά και Μέθοδοι). Εννέα από τα δεκατέσσερα πρωτεΐνες που προσδιορίζονται από πρωτεΐνη προφίλ μας ήταν αυξημένα στο επίπεδο μεταγραφής απέναντι ανεξάρτητα πειράματα γονιδιακής έκφρασης (Σχήμα 5Β). Αυτό αποκάλυψε δυναμικό ρύθμιση αυτών των πρωτεϊνών με μεταγραφική ενεργοποίηση από ανδρογόνο. Αυτά τα δεδομένα υποστηρίζουν επίσης την παρατήρηση της συμπίεσης σε φορές αλλαγή της έκφρασης της πρωτεΐνης σε αναλογίες iTRAQ.

Α) Heat χάρτη που δείχνει την αυξημένη έκφραση των αμινοακυλο-tRNA συνθετάσες προσδιορίζονται από πείραμα iTRAQ. Μόνο πρωτεΐνες με έντονη γραφή χαρακτηρίζεται ως ανδρογόνων επάνω ρυθμισμένη στα δεδομένα iTRAQ βασίζονται στο κατώφλι αποκοπής που χρησιμοποιείται. Β) χάρτης θερμότητας που δείχνει την σύμφωνη υπερ-έκφραση των μεταγραφημάτων μετρήθηκε χρησιμοποιώντας ολιγονουκλεοτίδιο μικροσυστοιχιών (Affymetrix U133 Plus 2.0) για συνθετάσες αμινοακυλ-tRNA φαίνεται στο Α Γ) Ανάλυση ανοσοστυπώματος του αμινοακυλ t-RNA συνθετάσες GARS, KARS, και των πολέμων σε απόκριση επεξεργασία των ανδρογόνων στα κύτταρα LNCaP. Οι β-τουμπουλίνης χρησιμοποιείται ως έλεγχος φόρτωσης. Δ) Ανάλυση ανοσοστυπώματος του KARS και GARS σε εντοπισμένο καρκίνο του προστάτη (PCA), και μεταστατικό καρκίνο του προστάτη (Met) σε σύγκριση με το φυσιολογικό (καλοήθης) ιστούς του προστάτη. Βήτα-ακτίνη χρησιμοποιήθηκε ως έλεγχος φόρτωσης. Ε) Ανάδοχος-πληρότητας του AR για αμινοακυλο tRNA γονίδια. ανάλυση της χρωματίνης ανοσοκατακρήμνιση (μάρκας) -PCR δείχνει την εξαρτώμενη από ανδρογόνο εμπλουτισμό του AR-σύνδεση με τους φορείς στόχους της

GARS

και

KARS

. Εμπλουτισμός δείκτης υπολογίσθηκε με βάση την ποσότητα των ενίσχυσης στόχου έναντι του DNA εισόδου, με εκκινητές για

GAPDH

υποκινητή χρησιμοποιήθηκαν ως μάρτυρες. Οι αλληλουχίες εκκινητών που καλύπτουν τους υποκινητές γονιδίων που δίνονται στον Πίνακα S5. F) Μετα-ανάλυση των γονιδίων συνθετάσης αμινοακυλο t-RNA (πρωτεϊνών φαίνεται στο Α) σε όλη την έκφραση του γονιδίου του καρκίνου του προστάτη τρία προφίλ μελέτες. Oncomine άποψη θερμότητα χάρτη που δείχνει τη υπερ-έκφραση ενός υποσυνόλου γονιδίων συνθετάσης αμινοακυλο-ίΚΝΑ σε εντοπισμένο καρκίνο του προστάτη σε σύγκριση με καλοήθη τους ελέγχους τους. σύμβολα γονίδιο των πρωτεϊνών που περνούν μέσα από την τιμή αποκοπής και ορίστηκαν ως ανδρογόνο up-ρυθμίζονται στα δεδομένα iTRAQ σημειώνονται με έντονη γραφή. Ρ-τιμή αντιπροσωπεύει τη σημασία της έκφρασης σε δύο από τις τρεις μελέτες. Κόκκινο, άσπρο και μπλε (που δεν υπάρχουν στην εικόνα) δείχνει σχετική πάνω, αμετάβλητη, και σύμφωνα με την έκφραση, αντίστοιχα.

Η

Τα ανδρογόνα μεσολαβήσει θετική επίδρασή τους στην μεταγραφή με σύνδεση προς υποδοχέα ανδρογόνων, η οποία με τη σειρά της συνδέεται με ανδρογόνων στοιχεία απόκρισης για τους υποστηρικτές των γονιδίων στόχων [25]. Έτσι, προχωρήσαμε για να εξετάσει ανδρογόνων συνδέεται με τους υποστηρικτές του αμινοακυλο tRNA συνθετάσες χρήση ανοσοκατακρήμνισης χρωματίνης (ChIP, βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Σχήμα 5Ε δείχνει αντιπροσωπευτικό παράδειγμα της αυξημένης πληρότητας του AR στον υποκινητή του

GARS

και

KARS

επιβεβαιώνοντας ρύθμιση των ανδρογόνων έκφρασης του στο επίπεδο μεταγραφής.

επόμενο επεκταθεί μας παρατήρηση κυτταρική σειρά σε δείγματα καρκινικού ιστού του προστάτη. Πρώτον, χρησιμοποιήσαμε τη βάση δεδομένων ONCOMINE (www.oncomine.org) για να εκτελέσει μια μετα-ανάλυση για αμινοακυλο tRNA συνθετάση μεταγραφές σε πολλές μελέτες για τον καρκίνο του προστάτη [26]. Ένα υποσύνολο των aaRSs βρέθηκε να είναι ρυθμισμένα προς τα πάνω σε εντοπισμένες δείγματα καρκίνου του προστάτη σε περισσότερες από μία μελέτη (Σχήμα 5F). Αυτή η παρατήρηση επιβεβαιώθηκε χρησιμοποιώντας ανοσοαποτύπωσης ανάλυση των δειγμάτων του προστάτη προερχόμενα που περιλάμβανε καλοήθη παρακείμενα, εντοπισμένο καρκίνο του προστάτη, και μεταστατική νόσο. Σημαντικά, τέσσερα από τα πέντε εντοπισμένες PCa και τέσσερα από τα πέντε μεταστατικού προστάτη έδειξαν αυξημένη έκφραση του KARS και GARS όταν συγκρίνεται με τα τρία από τα τέσσερα καλοήθη δείγματα που ελέγχθηκαν (Σχήμα 5D). Αυτά συνηγορούν σε ένα πιθανό ρόλο των ανδρογόνων ρυθμιζόμενων αμινοακυλο tRNA συνθετάσες δράση κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου του προστάτη.

Συζήτηση

Για να οριοθετηθούν οι βιολογικές διεργασίες και τα μονοπάτια που απορυθμίζεται από ανδρογόνων στον καρκίνο του προστάτη, εμείς υιοθέτησε μια στρατηγική της παγκόσμιας πρωτεομική προφίλ MS-βάση σε συνδυασμό με τη χαρτογράφηση της οδού εμπλουτισμού που βασίζεται στην αποκρίνονται στο ανδρογόνο κυτταρική σειρά καρκίνου του προστάτη LNCaP. Εμείς προφίλ του πρωτεώματος των κυττάρων LNCaP με και χωρίς θεραπεία των ανδρογόνων με τη χρήση δύο πρωτεομική πλατφόρμες: ποσοτική iTRAQ MALDI-TOF MS και ημι-ποσοτική MudPIT MS Ion Trap. Κάθε μία από τις πλατφόρμες ανεξάρτητα προσδιορίζονται στην υπέρβαση των 850 πρωτεϊνών υψηλής εμπιστοσύνη, δίδοντας ένα σύνολο 1306. Το κέρδος σε αθροιστικές μετρήσεις πρωτεΐνη είναι συνεπής με προηγούμενες αναφορές που περιγράφουν το πλεονέκτημα της ερωτώντος παγκόσμιας των πρωτεϊνών με τη χρήση συμπληρωματικών πλατφορμών φασματομετρία μάζας [21], [27] . Ήμασταν σε θέση να προσδιορίσει 126 πρωτεΐνες που ρυθμίζεται προς τα πάνω κατά ανδρογόνων θεραπεία. Συμπεριλαμβάνεται ήταν γνωστό στόχων της δράσης των ανδρογόνων: KLK3, FKBP5, FASN, AGR2 (πρόσθια κλίση ομόλογο 2), Sord (σορβιτόλη αφυδρογονάση), NDRG1, ACSL3 και FOLH1 (φυλλικό οξύ υδρολάσης 1). Επιπλέον, ένθετα στο επιτομές των διαφορικά ρυθμίζονται πρωτεϊνών, ήταν μυθιστόρημα στόχοι της δράσης των ανδρογόνων που περιλαμβάνονται PCID1 (περιοχή PCI περιέχει 1), RAB10 (ras σχετίζονται με GTP-δεσμευτική πρωτεΐνη RAB10), και PEA15 (φωσφοπρωτεΐνη εμπλουτίζεται σε αστροκύτταρα 15).

Ένα επιπλέον πλεονέκτημα της χρήσης του trap- ιόντων στρατηγική προφίλ βασίζεται σε συνδυασμό με ΤΟΡ-TOF ποσοτικών χαρακτηριστικών που βασίζονται ήταν ότι τα δεδομένα από την πρώην βοήθησε αντισταθμίσει την απώλεια του ψηφίσματος που προκύπτει από τη συμπίεση αναλογία iTRAQ δει στην τελευταία. Αυτό επέτρεψε τη χρήση χαμηλότερων όριο από iTRAQ με βάση επιμέτρησης για την ανάλυση διαταραχών. Η συμπίεση αναλογία έχει αναφερθεί ευρέως από άλλους, π.χ. [28], και είναι καλά απεικονίζεται από την άμεση σύγκριση των ποσοστών iTRAQ για ανδρογόνο ρυθμιζόμενες πρωτεΐνες με την αντίστοιχη έκφραση όπως εκτιμήθηκε με ανάλυση ανοσοστυπώματος (Σχήμα 3). Ως παράδειγμα, η πρωτεΐνη FASN ταυτίστηκε με 17 πεπτίδια? μεταξύ των οποίων η πιο διαφορικά εκφραζόμενο πεπτίδιο είχε μια αναλογία iTRAQ του 2,79. Αξίζει να σημειωθεί ότι, κατά μέσο όρο όλες τις αναλογίες iTRAQ για 17 πεπτίδια οδήγησε σε περαιτέρω συμπιεσμένο αναλογία πρωτεΐνης iTRAQ 1,85, ενώ η ανάλυση πυκνομετρίας με βάση της έκφρασης του με ανοσοκηλίδα έδειξε φορές μεταβολής οκτώ και η ανάλυση ανοσοφθορισμού έδειξε επίσης μια εξαιρετικά αυξημένη έκφραση. Αυτό το συμπέρασμα υποστηρίζεται από τη φασματική καταμέτρηση των δεδομένων MudPIT, όπου FASN εκπροσωπήθηκε από 417 φάσματα στο δείγμα ανδρογόνων σε σύγκριση με το μόνο 45 φάσματα στο δείγμα ελέγχου. Τέτοια συμπίεση αναλογία, αν δει σε άλλες μελέτες, ήταν πιο εμφανείς στα δεδομένα μας /TOF iTRAQ MALDI- TOF σε σύγκριση με άλλα ποσοτικά πλατφόρμες MS όπως ICAT [9]. Αυτή η διαφορά μπορεί να εξηγηθεί από ένα ευρύτερο παράθυρο μάζα ανοχή για την επιλογή των ιόντων πεπτιδίων για τον κατακερματισμό MS /MS στο ΑΒΙ 4800 TOF /TOF αναλυτής μάζας χρησιμοποιείται εδώ [29]. Πιστεύουμε ότι αυτή η συμπίεση σε αναλογία θα μπορούσε να εξηγήσει εν μέρει την κακή επικάλυψη μεταξύ των συνόλων των ανδρογόνων ρυθμιζόμενων πρωτεϊνών που ορίζονται από κάθε μία από τις δύο πλατφόρμες MS. Επιπλέον, παράγοντες όπως οι διαφορές στην επεξεργασία πεπτίδιο (με την ένδειξη έναντι μη επισημασμένη), πεπτίδιο κλασματοποίησης (on-line και offline), την απόκτηση MS δεδομένα (παγίδα ιόντων έναντι TOF αναλυτή μάζας /TOF), κανονικοποίηση των δεδομένων (οι αναλογίες των φασματικών μετρήσεων σε σχέση με αναλογίες iTRAQ αιχμή ετικέτα εντάσεις), και οι ιδιότητες των πεπτιδίων που επιλέγονται για αλληλούχιση MS /MS θα μπορούσε να παίξει καθοριστικό ρόλο στην έλλειψη της παγκόσμιας αντιστοιχίας. Αυτοί οι παράγοντες, εκτός από τις βιολογικές παραλλαγές όπως οι μορφές πολλαπλών ματίσματος για ένα ενιαίο ένταξη θα μπορούσαν επίσης να έχουν συμβάλει σε αυτές τις τρεις πρωτεΐνες που έδειξαν ασύμφωνα τάσεις μεταξύ των δύο πλατφόρμες που παρατηρήθηκαν.

Πράγματι, έχει αποδειχθεί ότι διαφορετικές πρωτεομική πλατφόρμες δείχνουν σημαντικές διαφορές στις φυσικοχημικές ιδιότητες των προσδιοριζόμενων πεπτιδίων [30]. Έτσι, η στρατηγική της χρησιμοποιώντας δύο διαφορετικά φασματόμετρα μάζας, τα οποία διαφέρουν τόσο στην πηγή ιονισμού τους και την αρχή της ανίχνευσης πεπτιδίου, μας επέτρεψε να οικοδομήσουμε μια λίστα με πρόσθετο πρωτεϊνών και να αποκτήσουν βαθύτερη γνώση της ανδρογόνο-ρυθμίζεται proteome. Με αναλύσεις υψηλότερο εμπλουτισμό επίπεδο, η μελέτη μας έδειξε ότι τα υποσύνολα των πρωτεϊνών, που διορίζονται από κάθε μία από τις δύο πλατφόρμες, χάρτης με παρόμοιες έννοιες, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που ανδρογόνων που προέρχονται και καρκίνο του προστάτη που προέρχονται. Με μια αυστηρή ρύθμιση ορίου για την ημι-ποσοτικοποίηση φασματική καταμέτρηση βάση, το πείραμα MudPIT είχε προταθεί μόνο δύο υποψήφιοι aaRSs ως ανδρογόνων ρυθμίζεται. Ωστόσο, λόγω του διορισμού του μεγαλύτερου αριθμού των aaRSs από το πείραμα iTRAQ, δίκτυο μοριακή ιδέα με συνδυασμένο σύνολο δεδομένων έδειξε ένα σύνολο διασυνδεδεμένων ΕΕΔ έννοιες με σημαντικά αποτελέσματα (Σχήμα 4). Ακόμη πιο ενδιαφέρουσα, ωστόσο, ήταν ότι κάθε μία από τις δύο ανεξάρτητες λίστες των πρωτεϊνών, όταν αναλύθηκε χωριστά χρησιμοποιώντας ανάλυση MCM, εμπλουτισμένο για τις έννοιες που είναι γνωστό ότι σχετίζονται με την εξέλιξη του καρκίνου του προστάτη αλλά δεν ταυτοποιήθηκαν στην ανάλυση της συνδυασμένης σύνολο δεδομένων (Εικόνα 4, Συμπληρωματική Εικόνα S2). Ένα παράδειγμα αυτού ήταν ο εμπλουτισμός του ETS (ETV1 και ERG) υπερέκφραση έννοιες από τα ανδρογόνα ρυθμίζονται πρωτεΐνες που διορίζονται από την ανάλυση MudPIT. Αυτό ήταν ενδιαφέρον στο πλαίσιο των προηγούμενων εκθέσεων που περιγράφουν την ύπαρξη επαναλαμβανόμενων συγχωνεύσεις γονιδίων που περιλαμβάνουν παράγοντες μεταγραφής ETS να είναι pathonomonic για την ανάπτυξη του καρκίνου του προστάτη [31], [32]. Αυτές οι συντήξεις γονιδίων έχουν δειχθεί ότι φέρουν παράγοντες μεταγραφής ETS υπό έλεγχο ανδρογόνου, και ETV1 (χρωμόσωμα 7p21) είναι γνωστό ότι υπερ-εκφράζεται από ανδρογόνα μέσω αναδιάταξης του να 14q13.3-14q21.1 περιοχή του χρωμοσώματος 14 σε κυτταρική σειρά LNCaP που μελετήθηκαν εδώ [31]. Καθώς ο αριθμός των ETS ρυθμίζονται πρωτεΐνες που προσδιορίζονται στο MudPIT ήταν επαρκής για να χαρτογραφήσει τις ETS υπερέκφραση έννοια, έλλειψη παρόμοια αναλογία αυτής της κατηγορίας των πρωτεϊνών στην πλατφόρμα iTRAQ πιθανώς ως αποτέλεσμα την εξαφάνιση της ίδιας έννοιας στην συνδυασμένη ανάλυση. Έτσι, η χρήση πολλαπλές πλατφόρμες με φασματομετρία μάζας βοηθά να διαφωτίσει πολλαπλούς ρόλους της δράσης των ανδρογόνων.

Εκτός από προηγουμένως γνωστά από ανδρογόνο ρυθμίζονται βιολογικές διαδικασίες που συνδέονται με την εξέλιξη του καρκίνου του προστάτη, όπως NDRG1 [33] που βοήθησε να επικυρώσει μας πρωτεομική μελέτη, τη λίστα των ανδρογόνων ρυθμιζόμενων πρωτεϊνών εμπλουτίστηκε για αμινοακυλο tRNA συνθετάσες. Αρκετές aaRSs που είναι γνωστό ότι παίζουν κεντρικό ρόλο στη βιοσύνθεση πρωτεϊνών που περιλαμβάνονται σε αυτή την ιδέα. Αυτό το εύρημα ήταν ενδιαφέρον στο πλαίσιο του προγενέστερου γονιδίου έκφρασης με βάση προβλέψεις από το εργαστήριο μας: μια αύξηση στη σύνθεση πρωτεΐνης κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου του προστάτη οδηγείται από τις δράσεις των παραγόντων μεταγραφής ETS [17]. Αυτές οι παρατηρήσεις μας οδηγούν στην επικύρωση αυτού του ευρήματος σε πολλαπλά επίπεδα?