Αφηρημένο

ουροδόχου κύστης καρκινογένεση πιστεύεται να ακολουθήσει δύο εναλλακτικές οδούς οδηγείται από την απώλεια του χρωμοσώματος 9 και το κέρδος του χρωμοσώματος 7, αν και άλλες μη τυχαίο αριθμό αντιγράφων αλλοιώσεις (προσαρμογείς CNA) εντοπίστηκαν. Ωστόσο, οι μελέτες επιβεβαίωσης χρειάζεται, δεδομένου ότι πολλές πτυχές αυτού του μοντέλου παραμένουν έχει αναδειχθεί ασαφής και σημαντική ανομοιογένεια μεταξύ των περιπτώσεων. Ένας από τους σκοπούς αυτής της μελέτης ήταν να αξιολογήσει την απόδοση ενός στοχευμένου δοκιμή (δοκιμασία UroVysion) χρησιμοποιούνται ευρέως για την ανίχνευση του μεταβατικού κυτταρικού καρκινώματος (TCC) της κύστης, σε δύο διαφορετικούς τύπους υλικού που προέρχεται από το ίδιο όγκο. Συγκρίναμε τα αποτελέσματα των δοκιμών UroVysion εκτελείται σε προσφάτως απομονωμένα interphasic Πυρήνων (FIN) και σε φορμόλη Σταθερή τομές παραφίνης (FFPE) ιστούς από 22 TCCS και δεν βρήκαμε σημαντικές διαφορές. Ένας δεύτερος στόχος ήταν να εκτιμηθεί η αντιστοιχία μεταξύ των προφίλ array-CGH και τις στοχευμένες χρωμοσωμικές προφίλ της δοκιμασίας UroVysion σε ένα πρόσθετο σύνολο 10 TCCS, προκειμένου να αξιολογηθεί κατά πόσον UroVysion είναι επαρκώς ευαίσθητη μέθοδο για την ταυτοποίηση των επιλεγμένων ανευπλοειδιών και μη τυχαίο προσαρμογείς CNA στην TCCS. Τα αποτελέσματά μας επιβεβαίωσαν τη σημασία της παγκόσμιας γονιδιωματικής μεθόδους διαλογής, δηλαδή array CGH βάση, να καθορίσει πλήρως τις γονιδιωματικής προφίλ της μεγάλης σειράς των όγκων TCCS. Ωστόσο, αυτή η τεχνική δεν έχει ακόμα κάποιους περιορισμούς, όπως το να μην είναι σε θέση να ανιχνεύσει χαμηλή μωσαϊκισμού επίπεδο, ή να μην ανιχνεύει καμία μεταβολή στον αριθμό των αντιγράφων για ένα είδος αντισταθμιστική επίδραση οφείλεται στην παρουσία υψηλών κυτταρική ετερογένεια. Έτσι, εξακολουθεί να είναι σκόπιμο να χρησιμοποιούν συμπληρωματικές τεχνικές, όπως array-CGH και FISH, καθώς η πρώτη είναι σε θέση να ανιχνεύουν μεταβολές στο επίπεδο του γονιδιώματος χωρίς να αποκλείεται κανένα χρωμόσωμα, αλλά ο τελευταίος είναι σε θέση να διατηρήσει τα επιμέρους στοιχεία σε επίπεδο μεμονωμένων κύτταρα, ακόμη και αν επικεντρώνεται σε μερικές περιοχές του γονιδιώματος

Παράθεση:. Panzeri E, Conconi D, Antolini L, Redaelli S, Valsecchi MG, Bovo G, et al. (2011) χρωμοσωμικές ανωμαλίες στον καρκίνο της ουροδόχου κύστης: Φρέσκο ​​έναντι Φορμόλης Σταθερή τομές παραφίνης και ιστών Στοχευμένες FISH έναντι Wide μικροσυστοιχιών βασισμένη Ανάλυση CGH. PLoS ONE 6 (9): e24237. doi: 10.1371 /journal.pone.0024237

Επιμέλεια: Syed A. Αζίζ, Health Canada, Καναδάς

Ελήφθη: 8 του Ιούνη 2011? Αποδεκτές: 3 του Αύγ 2011? Δημοσιεύθηκε: 1 Σεπ, 2011

Copyright: © 2011 Panzeri et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από Associazione Gianluca Strada Onlus και Regione Lombardia, Καλέστε ανά Progetti indipendenti στο ambito oncologico 2009. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου.

Αντικρουόμενα συμφέροντα: Οι συγγραφείς δηλώνουν ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνου της ουροδόχου κύστης είναι η έβδομη πιο κοινή μορφή καρκίνου σε όλο τον κόσμο [1] και η τέταρτη πιο κοινή μορφή καρκίνου που διαγιγνώσκεται στους άνδρες στο. ΗΠΑ και οι ευρωπαϊκές χώρες [2]. Καρκίνωμα από μεταβατικό επιθήλιο (TCC) περιλαμβάνει την πλειονότητα των καρκίνων της ουροδόχου κύστης που αντιπροσωπεύουν περισσότερο από το 90%. Κατά την παρουσίαση, η πλειονότητα (-70%) είναι επιφανειακή, εξωφυτικό, θηλωδών όγκων του που είναι καλά διαχωριζόμενες (χαμηλού βαθμού, LG) και δεν διεισδύουν στην επιθηλιακή βασική μεμβράνη (στάδιο Ta) [1], [3]? το υπόλοιπο είναι μυς επεμβατικές (Τ2-Τ4) ή μικροεπεμβατική όγκους (Τ1), που έχουν εισχωρήσει στον ίδιο υμένα, αλλά δεν εισβάλλουν το μυ. Σε αυτήν την μειονότητα, το επιθήλιο του όγκου δεν είναι καλά διαφοροποιημένα (υψηλής ποιότητας, HG) και συχνά συνδέεται με καρκίνωμα

in situ

(CIS), η οποία παρά την επιπολαιότητα της αποτελείται από ελάχιστα διαφοροποιημένο επιθήλιο. Αυτό πιστεύεται ότι είναι εκπρόσωπος ενός προδρόμου βλάβης [1]. Η πρόγνωση για όγκους LG Ta είναι γενικά καλό, γιατί όπως όγκοι σπάνια πρόοδο, αλλά η παρακολούθηση είναι απαραίτητη δεδομένης της σημαντικής κίνδυνο υποτροπής (έως 70%) [4]? Αυτό είναι απαραίτητο και για HG Ta (TAG3) και Τ1 όγκοι που παρουσιάζουν υψηλό κίνδυνο εξέλιξης σε μυϊκή εισβολή. Για τους ασθενείς με μυϊκή επεμβατικές όγκους (≥T2), μετάσταση είναι ένα σημαντικό κλινικό πρόβλημα και cystectomies συνήθως αναφέρεται. Η πρόγνωση είναι σχετικά φτωχή με μόνο το 50% επιβίωση στα 5 χρόνια από τη διάγνωση [4].

Οι βιολογικές διαφορές μεταξύ αυτών των ομάδων αντανακλά πιθανόν την υποκείμενη γενετική ετερογένεια που οδηγεί σε συγκεκριμένες οδούς της ανάπτυξης και της εξέλιξης του όγκου. Αμέτρητες μελέτες έχουν εντοπιστεί την ιδιότητα του γνωστού ογκογονίδια και ογκοκατασταλτικά γονίδια και έχουν αποκαλύψει πολλές επαναλαμβανόμενες χρωμοσωμικές αλλαγές που σχετίζονται με την παθολογική στάδιο ή /και το αποτέλεσμα του όγκου [5], [6]. Επιπλέον, με βάση τις γνωστές γενετικές μεταβολές του καρκίνου της ουροδόχου κύστης, ένας φθορισμός πολλαπλών στόχων σε in situ υβριδισμού (FISH) δοκιμασία έχει αναπτυχθεί [7]. Το σύστημα ανίχνευσης FISH UroVysion, που εγκρίθηκε από την αμερικανική Υπηρεσία Τροφίμων και Φαρμάκων, βασίζεται σε τρεις κεντρομερική ανιχνευτές για τα χρωμοσώματα 3, 7 και 17 και ένα τέταρτο καθετήρα στην περιοχή 9p21, για την ανίχνευση χρωμοσωμικών ανευσωμίας ή /και τη διαγραφή των 9p21 τόπου , οι οποίες είναι κοινές γενετικές μεταβολές στην TCCS [8], [9]. UroVysion έχει αρχικά χρησιμοποιήθηκε κατά την τελευταία δεκαετία μόνο για την επιτήρηση, αλλά πρόσφατα και ως εργαλείο προσυμπτωματικού ελέγχου του καρκίνου της ουροδόχου κύστης σε ασθενείς με αιματουρία [10] – [12]. Ωστόσο, άλλες μέθοδοι έχουν εφαρμοστεί για την ανίχνευση του αριθμού αντιγράφων αλλαγές που συνδέονται με την ανάπτυξη του όγκου και την εξέλιξη του TCC. Συμβατική συγκριτική γονιδιωματική υβριδισμός (CGH) μελέτες έχουν παράσχει ένα μεγάλο αριθμό πληροφοριών, συμπεριλαμβανομένου του προσδιορισμού του αριθμού των γονιδιωματικής περιοχές της ενίσχυσης του DNA που περιέχουν γνωστά ή υποψήφιο ογκογονίδια [13] – [15]. Από την άλλη πλευρά, η θέση του όγκου γονίδια καταστολής σε TCC έχουν σε μεγάλο βαθμό προσδιορίζεται από την απώλεια της ετεροζυγωτίας (ΑΕ) ανάλυση [16]. Με τη χρήση της χαρτογράφησης υψηλής ανάλυσης της διάταξης που βασίζονται CGH, νέες αλλοιώσεις αριθμό αντιγράφων (CNAs) ταυτοποιήθηκαν σε πολλά μικρά γονιδιωματικές περιοχές που δεν ανιχνεύθηκαν σε προηγούμενες μελέτες [17] – [19]. Τα δεδομένα που συλλέγονται μέχρι τώρα, εκτός από την αναγνώριση των τουλάχιστον δύο κυτταρογενετική οδούς για την ανάπτυξη του όγκου, δηλαδή η απώλεια του χρωμοσώματος 9 και το κέρδος του χρωμοσώματος 7 [20] – [22], μπορεί να είναι χρήσιμη στο σχεδιασμό νέων εξατομικευμένη θεραπείες. Ωστόσο, οι μελέτες επιβεβαίωσης χρειάζεται, δεδομένου ότι πολλές πτυχές αυτού του μοντέλου παραμένουν ασαφείς, ιδίως όσον αφορά τη χρονολογική σειρά των εκτροπών κατά τη διάρκεια της εξέλιξης της νόσου. Για μια λογική ταυτοποίηση των γονιδίων που διέπουν τις χρωμοσωμικές ανωμαλίες, καθίσταται ζωτικής σημασίας να χρησιμοποιήσουν αξιόπιστες τεχνικές και να περάσουν από τη διαδικασία επικύρωσης δεδομένων. Το θέμα αυτό πρόσφατα απευθύνεται για προστάτη και του καρκίνου του μαστού, γλοίωμα και πολλαπλό μυέλωμα [23] – [27], αλλά όχι για τον καρκίνο της ουροδόχου κύστης. Αν και σταθεροποιημένα με φορμαλίνη ενσωματωμένα σε παραφίνη δείγματα (FFPE) έχει πολλά πλεονεκτήματα, όπως είναι η βεβαιότητα της ιστολογική διάγνωση και επιτρέπουν αναδρομικές μελέτες ενός μεγάλου αριθμού δειγμάτων, τα φρέσκα ιστοί θεωρείται η πλέον αξιόπιστη για τη μοριακή γενετική ανάλυση? παρέχουν μια ολοκληρωμένη ανάλυση της βιοψίας, αν και το υλικό δεν έχει ιστολογική διάγνωση.

Ο πρώτος στόχος αυτής της μελέτης ήταν να αξιολογήσει την απόδοση ενός στοχευμένου δοκιμή σε δύο διαφορετικούς τύπους υλικού που προέρχεται από την ίδια όγκος. Στο πρώτο βήμα συγκρίναμε τα αποτελέσματα των δοκιμών UroVysion εκτελείται σε προσφάτως απομονωμένα interphasic Πυρήνων (FIN) και FFPE ιστούς από 22 TCCS (Σχήμα 1). Επιπλέον, ένας δεύτερος στόχος ήταν να εκτιμηθεί η αντιστοιχία μεταξύ των προφίλ array-CGH και τις στοχευμένες χρωμοσωμικές προφίλ, προκειμένου να αξιολογηθεί κατά πόσον UroVysion είναι επαρκώς ευαίσθητη μέθοδο για την ταυτοποίηση των επιλεγμένων ανευπλοειδιών και μη τυχαίο CNAs στο TCCS. Το δεύτερο βήμα της σύγκρισης εφαρμόστηκε σε ένα πρόσθετο σύνολο 10 TCCS, μεταξύ των δεδομένων που προέρχονται είτε από array-CGH για FIN και από την ανάλυση UroVysion για ιστούς FFPE (Σχήμα 1).

Η στρατηγική δύο σταδίων της ανάλυσης που εφαρμόζεται σε αυτή τη μελέτη

Η

Αποτελέσματα

Πρώτο βήμα της ανάλυσης:. αντιπαραβολή των δεδομένων UroVysion από FIN και FFPE

TCC μπορεί να διακριθεί σε υψηλή ή χαμηλή βαθμού (HG ή LG) και στους μυς επεμβατικές ή όχι (IN ή NI). Στο πρώτο στάδιο της ανάλυσης 22 TCCS (9 LGNI, 1 LGIN, 3 HGNI, 9 ΙιΟΙη) αναλύθηκαν με δοκιμή UroVysion εφαρμόζονται εις διπλούν από το ίδιο βιοψία σε FFPE και τα δείγματα FIN (Σχήμα 1).

η ανάλυση με βάση την multinomial μοντέλο, FIN δεδομένα ήταν γενικά συγκρίσιμες με εκείνες που προέρχονται από FFPE ομόλογό στο LGNI ομάδα, από την άποψη των ποσοστών της απώλειας, δισωμία και το κέρδος (Πίνακας 1? για μια λεπτομερή λίστα με βλέπε πίνακα S2). Αντίθετα, στην ομάδα HGNI οι δύο τύποι ανάλυσης που παράγεται σύμφωνα αποτελέσματα μόνο για CEP 3 (χρωμόσωμα Καταμέτρηση Probe 3). Πράγματι, στην CEP 7 και CEP17, FIN έτειναν να ανιχνεύσει ένα χαμηλότερο ποσοστό τόσο απώλειας (1,7 έναντι 10 για το CEP 7? 6 vs 11,3 για CEP17) και δισωμία (42,7 έναντι 62,3 για CEP7? 48, 3 vs 60,7 για CEP17)? κατά συνέπεια, ένα υψηλότερο ποσοστό κέρδους αναφέρθηκε (55,7 έναντι 27,7 για CEP7? 45,7 vs 28 για CEP 17). Τέλος, για Locus Ειδικές Identifier (LSI) 9p21 FIN έτειναν να ανιχνεύσει ένα μεγαλύτερο ποσοστό των δύο δισωμία (58,3 vs 20,0) και το κέρδος (10,3 vs 8,7), αλλά χαμηλότερο ποσοστό απώλειας (31,3 vs 71,3). Από την άλλη πλευρά, στην ομάδα ΙιΟΙη οι δύο τύποι ανάλυσης που δημιουργούνται αντικρουόμενα αποτελέσματα μόνο για CEP 3: FIN έτειναν να ανιχνεύσει ένα μεγαλύτερο ποσοστό της απώλειας (14,9 vs 2,2) και ένα χαμηλότερο ποσοστό κέρδους (48,1 vs 62,5) από ό, τι FFPE.

η

τα αποτελέσματα αυτά επιβεβαιώθηκαν στην πιο λεπτομερή ανάλυση από ένα μοντέλο Poisson (Σχήμα 2). Σε LGNI ομάδα, ο μέσος αριθμός των σημάτων για CEP3, CEP7, CEP17 και για την περιοχή 9ρ21 ήταν 2,3, 1,8, 2,0, 0,5 (σε FIN δείγματα) και 2.4, 2.1, 2.2, 0.9 (σε FFPE) χωρίς σημαντική διαφορά μεταξύ οι δύο τύποι δοκιμών (Εικόνα 2, A). Από την άλλη πλευρά, στην ομάδα HGNI ο μέσος αριθμός των σημάτων για CEP3, CEP7, CEP17 και για την περιοχή 9ρ21 ήταν 2.5, 2.9, 2.7, 1.8 (σε FIN δείγματα) και 2.3, 2.3, 2.3, 1.2 (σε FFPE) με στατιστικώς σημαντικές διαφορές μεταξύ των δύο δοκιμών, εκτός από CEP3 (Εικόνα 2, Β). Αντίθετα, στην ομάδα ΙιΟΙη, ο μέσος αριθμός των σημάτων για CEP3, CEP7, CEP17 και για την περιοχή 9ρ21 ήταν 2.5, 2.7, 2.3, 1.2 (σε FIN) και 3.0, 2.7, 2.7, 1.2 (σε δείγματα FFPE), με σημαντική διαφορά για CEP3 (Εικόνα 2, C).

Κατ ‘εκτίμηση καταμέτρηση των σημάτων που παρατηρείται σε κάθε ανιχνευτή (με διάστημα εμπιστοσύνης 95%) που λαμβάνεται σε κάθε τύπο όγκου, αντιπροσωπεύοντας για την ομαδοποίηση. Οι αναφερόμενες τιμές p αναφέρεται στη σύγκριση μεταξύ των μεθόδων FFPE και FIN. Ο πίνακας Α = LGNI (9 πόντοι)? πίνακα Β = HGNI (3 πόντοι)? πίνακα C = ΙιΟΙη (9 πόντοι).

Η

Γονιδιωματική αντίγραφο αριθμό αλλαγών (προσαρμογείς CNA) σε προσφάτως απομονωθεί πυρήνες (FIN) από συστοιχία-CGH

Στο δεύτερο βήμα της ανάλυσης μας πρώτα εκτελούνται array-CGH για ένα πρόσθετο σύνολο των 10 TCCS (6 ΙιΟΙη, 1 HGNI, 3 LGNI), με σκοπό τον εντοπισμό προσαρμογείς CNA μεταξύ όγκου και αναφοράς DNA. Οι πιο συχνές CNAs συνοψίζονται στον Πίνακα 2 (αναλυτική μορφή στον Πίνακα S3). Είμαστε κατατάσσονται τα δείγματα σε δύο κατηγορίες: τη διείσδυση των όγκων (IN-TCCS: 70CR09, 81CR09, 04CR10, 09CR10, 10CR10, 26CR10) και μη διηθητικά όγκων (NI-TCCS: 28CR09, 75CR09, 80CR09, 82CR09) (Σχήμα 3). Σε γενικές γραμμές, όπως αναμενόταν, IN-TCCS έχουν πολλά περισσότερα CNAs από NI-TCCS. κέρδος 20q μοιράστηκε με 4/6 IN-TCC όγκους, ενώ 2/4 NI-TCCS? 3p25.2 και 17q21 κέρδη από 4/6 IN-TCC όγκους και 1/4 NI-TCCS? 5p και το κέρδος 20p από 3/6 IN-TCC και 2/4 NI-TCCS? 6p22.3 και 11q13 μοιράστηκε μόνο IN-TCC (3/6 και 2/6 αντίστοιχα)? Τέλος το 3ο τρίμηνο και 8q ήταν στο 1/6 IN-TCCS και 1/4 NI-TCCS. Για τις απώλειες: 9p και 9p21 ήταν σε 4/6 και 3/6 IN-TCCS ενώ στο 2/4 και 3/4 NI-TCCS? 9q32-q34 ήταν στο 3/6 IN-TCCS και 2/4 του NI-TCCS? απώλεια 2q ήταν στο 3/6 IN-TCCS και 1/4 NI-TCCS? 8ρ απώλεια μόνο στο 2/6 IN-TCCS

προσαρμογείς CNA των δειγμάτων 10 TCCS:. 6 διείσδυση όγκων (IN-TCCS: 70CR09, 81CR09, 04CR10, 09CR10, 10CR10, 26CR10) στα αριστερά, και 4 μη – διείσδυση όγκων (NI-TCCS: 28CR09, 75CR09, 80CR09, 82CR09) στα δεξιά. Κάθε τελεία /γραμμή αντιστοιχεί σε ένα δείγμα. Οι απώλειες αποδεικνύεται σε πράσινο, ενώ τα κέρδη σε κόκκινο.

Η

Για να εντοπιστούν πιθανές εμπλουτισμό των λειτουργικών ομάδων στα γονίδια εντός των περιοχών με κέρδος και την απώλεια της ΙιΟΙη και LGNI όγκων, ανάλυση γονιδίων οντολογίας σχολιασμού ήταν πραγματοποιήθηκε με τη χρήση του λογισμικού GOstat. Για ΙιΟΙη προέκυψε μια στατιστικά σημαντική υπο-αντιπροσώπευση (ρ & lt? 0,05) των γονιδίων που εμπλέκονται στην κυτταρική διαφοροποίηση, σε κυτταρικό κύκλο και στην θετική ρύθμιση της απόπτωσης και προγραμματισμένο κυτταρικό θάνατο? εκτός από μια στατιστικά σημαντική υπερ-εκπροσώπηση των γονιδίων που εμπλέκονται στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων και στη ρύθμιση της απόπτωσης. Από την άλλη πλευρά, η ανάλυση αποδεικνύεται για LGNI όγκους στατιστικά σημαντική υποεκπροσώπηση των γονιδίων που εμπλέκονται στην επαγωγή της απόπτωσης και προγραμματισμένο κυτταρικό θάνατο (Πίνακας S4)

Δεύτερο βήμα της ανάλυσης:. Σύγκριση μεταξύ array-CGH προφίλ για FIN και UroVysion δεδομένα σχετικά με FFPE

επόμενο πραγματοποιείται ανάλυση FISH με τη βοήθεια της δοκιμής Urovysion σχετικά με το πρόσθετο σύνολο των 10 TCCS αναλύονται από array-CGH? όταν είναι δυνατόν, δύο όγκων περιοχές του ίδιου τμήματος βαθμολογήθηκαν με σκοπό να αυξηθεί ο αριθμός των κυττάρων αναλύονται και να έχουν τα δεδομένα όσο το δυνατόν περισσότερο αντιπροσωπευτική, δεδομένου του πολύ γνωστό ετερογένεια σε αυτόν τον τύπο καρκίνου. Για κάθε ιχνηλάτη έγινε μια στατιστική ανάλυση για να βεβαιωθείτε ότι οι μετρήσεις σήματος σε 100 κύτταρα ήταν διαφορετικά εξέταση των δύο περιοχών ξεχωριστά ή ανάμειξη μαζί. Συγκλίνουσες αποτελέσματα μεταξύ των δύο όγκων περιοχές αναφέρθηκαν σε δύο περιπτώσεις ΙιΟΙη (070CR09 και 081CR09) (Σχήμα 4, Α)? Αντιστρόφως, στατιστικά σημαντική αντίθεση αποτελέσματα (ρ & lt? 0,05) έχουν αναφερθεί σε δύο περιπτώσεις ΙιΟΙη (009CR10 και 026CR10) (Σχήμα 4, Β)? στις υπόλοιπες έξι περιπτώσεις στατιστικά σημαντικές διαφορές μεταξύ των δύο όγκων περιοχές αποδείχθηκαν για μία (010CR10), δύο (028CR09 και 080CR09) ή τρεις ανιχνευτές (004CR10) (βλέπε επίσης Πίνακα S5). Τα δεδομένα αυτά τόνισε τη συνολική υψηλή ετερογένεια εντός του όγκου των δειγμάτων αυτών

Σύγκριση μεταξύ των αποτελεσμάτων δύο επιλεγμένες καρκινικές περιοχές του ίδιου τμήματος της FFPE: (Α):. Τα δύο πιο συγκλίνουσες όγκους (070CR09 και 081CR09)? (Β):. Οι δύο πιο ασύμφωνα όγκους (009CR10 και 026CR10)

Η

Στη συνέχεια, κάναμε μια προσπάθεια να συγκρίνουν τα δεδομένα UroVysion για FFPE μόλις αναφέρθηκαν με τα προφίλ array-CGH από τις 10 TCCS, περιγράφεται παραπάνω. Για το σκοπό αυτό, για κάθε δείγμα που παρέκταση των αποτελεσμάτων για την ανάλυση array-CGH που αντιστοιχούν στις τέσσερις UroVysion στοχευμένη χρωμοσώματα και τα συνέκριναν με δεδομένα FISH (Πίνακας 3). Πλήρης σύμπτωση βρέθηκε μόνο για 28CR09 (HGNI) και 09CR10 (ΙιΟΙη) (γκρίζες ζώνες στον Πίνακα 3). Ωστόσο, για τους άλλους όγκους, μια αρκετά καλή συσχέτιση έχει παρατηρηθεί μεταξύ των δύο τεχνικών? δηλαδή για όγκους 010CR10 και 070CR09 (τόσο ΙιΟΙη) η συμφωνία αποδείχθηκε για 3/4 στοχευμένες χρωμοσώματα. Βλέπε Εικόνα 5 για δύο παραδείγματα περισσότερο συγκλίνουσες (D) και λιγότερο συγκλίνουσες (Ε) των δεδομένων. Η μεγαλύτερη συμφωνία παρατηρήθηκε για χρωμόσωμα 3 (7/10), ενώ οι άλλες στοχευμένες χρωμοσώματα έδειξε μια λογική συσχέτιση (6/10). Για παράδειγμα, σε 082CR09 (LGNI) και 04CR10 (ΙιΟΙη), 9p21 απώλειες αποδεικνύεται μόνο με ανάλυση FISH? Από την άλλη πλευρά, η ενίσχυση σε θέση 3ρ25 για 028CR09 (HGNI) και για 070CR09 (ΙιΟΙη) προέκυψε μόνο από τα στοιχεία array-CGH. Για να επικυρώσετε τα δεδομένα array-CGH και να διακρίνει ένα πολυσωμία του χρωμοσώματος 3 από μια πραγματική ενίσχυση, ανάλυση FISH έγινε τόσο με δοκιμασία δοκιμασία Urovysion και το dual-χρώμα διάσπαση ανιχνευτή PPARγ (3ρ25), σε δύο διαδοχικές τομές FFPE της 028CR09 ( Εικόνα 5, C). Μια στατιστική ανάλυση των μετρήσεων του σήματος σε 100 πυρήνες αξιολόγησε την πραγματική ενίσχυση σε 3ρ25 σχέση με ένα πολυσωμία του χρωμοσώματος 3 (

t test

: p & lt? 0,01).

δοκιμή Urovysion εφαρμόζεται σε: (Α ): FIN δείγμα 032CR07 (HG NI)? (Β): FFPE δείγμα 080CR09 (LG NI). (Γ) τα ψάρια με το

PPAR

γ καθετήρα για 028CR09 (HGNI). Urovysion έναντι array-CGH δεδομένα: το παράδειγμα των συγκλίνουσες δεδομένων (Δ), (δείγμα 080CR09)? και μη συγκλίνοντα στοιχεία (Ε), (δείγμα 004CR10).

Η

Συζήτηση

Παρά την εκτεταμένη έρευνα σε γενετικές αλλοιώσεις του καρκίνου της ουροδόχου κύστης και λεπτομερή μοντέλα που συνδέουν αυτές τις αλλαγές από την έναρξη του όγκου και της εξέλιξης [20] – [22], υπάρχουν λίγες αξιόπιστες δείκτες για τη διάκριση των όγκων με την επιθετική χαρακτηριστικά κατά τη στιγμή της έγκαιρης διάγνωσης και είμαστε ακόμη ψάχνει για τη μέθοδο εκλογής για τον εντοπισμό τους. Σε αυτό το πλαίσιο, μια πρόσφατη προοπτική μελέτη έχει μάλιστα ότι κυστεοσκόπηση και μόνο παραμένει η πιο αποδοτική στρατηγική για την ανίχνευση υποτροπής του καρκίνου της ουροδόχου κύστης δεν κατακλύζουν το μυ [28]. Ωστόσο, σε αντίθεση με ό, τι έχει ήδη αναφερθεί από άλλους [29], αρκετοί συγγραφείς υποστήριξαν το ίδιο συμπέρασμα [30], καθώς και το ρόλο των Urovysion σε ύποπτες δείγματα ούρων παρέμεινε αμφισβητήσιμη, ιδίως ενόψει του υψηλού κόστους της.

Η ανάπτυξη της συστοιχίας-CGH οδήγησε στη δυνατότητα να αναλύσει το σύνολο του γονιδιώματος σε ένα μόνο πείραμα, υποδηλώνοντας πιθανή εφαρμογή της σε προγράμματα προσυμπτωματικού ελέγχου /εποπτείας των ασθενών με καρκίνο. Στην περίπτωση του καρκίνου της ουροδόχου κύστης, array-CGH θα έδινε την δυνατότητα να αναλύσει το DNA από μια βιοψία του όγκου, ενώ με Urovysion δείγματα ούρων είναι συνήθως αναλύονται.

Τα κύρια μειονεκτήματα αυτής της τεχνικής είναι ότι, ακόμη και αν είναι συγκεκριμένο και ευαίσθητο, είναι επεμβατική και εξακολουθεί να είναι ακριβό. Επιπλέον, μέχρι σήμερα δεν υπάρχουν επαρκή στοιχεία που να υποστηρίζουν τη χρήση του array-CGH σε αυτό το είδος των προγραμμάτων, αλλά θα μπορούσε να είναι ενδιαφέρον να εφαρμόσουν την τεχνική αυτή για τις κατηγορίες των ασθενών με υψηλό κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου.

Η multitarget Urovysion δοκιμασία έχει αναπτυχθεί για την ανίχνευση του TCC σε δείγματα ούρων [7]. Το βέλτιστο σετ ανιχνευτή FISH προσδιορίστηκε με τη δοκιμή διαφορετικών ανιχνευτών για την ανίχνευση TCC στα ούρα από ασθενείς με καρκίνο της ουροδόχου κύστης και την επιλογή εκείνων που ήταν είτε ο πιο ευαίσθητος μεμονωμένα ή ότι συμπληρώνονται άλλους καθετήρες να ενισχυθεί η συνολική ευαισθησία της δοκιμασίας. Οι ανιχνευτές CEP και LSI 9p21 ήταν συμπληρωματικά, διότι οι ανιχνευτές CEP ανιχνεύουν hyperdiploidy, κοινή σε καρκίνωμα

in situ

και επεμβατική TCC, ενώ ο καθετήρας LSI 9p21 ανιχνεύει διαγραφές της μπάντας 9p21, κοινή σε μη επεμβατικές TCC [7 ]. Έχει προηγουμένως προταθεί ότι ένα ψευδώς αρνητικό αποτέλεσμα FISH αντιπροσωπεύει κυρίως χαμηλού βαθμού TCC που δεν ρίχνουν καρκινικά κύτταρα στα ούρα ή δεν εμφανίζουν τα χρωμοσωμικές ανωμαλίες που ανιχνεύονται από τη δοκιμασία [11]. Ένα άλλο όριο, και μια άλλη πιθανή εξήγηση για ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα FISH, θα μπορούσε να αποδοθεί στο χαμηλό αριθμό των νεοπλασματικών κυττάρων που υπάρχουν στα δείγματα [30].

Στο πρώτο στάδιο αυτής της μελέτης συγκρίναμε την απόδοση του αυτό multitarget δοκιμασία για την ανίχνευση των καρκινικών κυττάρων της ουροδόχου κύστης, τόσο σε FIN, χωρίς ιστολογική διάγνωση και ακόμη και με χαμηλό αριθμό των νεοπλασματικών κυττάρων, και σε FFPE ιστούς. Η ανάλυσή μας προκύπτει μια καλή αντιστοιχία των δεδομένων FISH Urovysion μεταξύ FIN και FFPE για LGNI και ΙιΟΙη όγκων? ιδίως, στην πρώτη ομάδα, FIN έτειναν να ανιχνεύσει ένα μικρότερο αριθμό σε σχέση σήματος προς FFPE, ενώ στη δεύτερη ομάδα εκτιμήθηκε μια αντίθετη τάση. Για HGNI TCCS, προέκυψαν σημαντικές διαφορές για τρεις στοχευμένες ανιχνευτές, αλλά θα μπορούσε να οφείλεται στο χαμηλό αριθμό δειγμάτων της ομάδας αυτής. Η απόδοση αυτού του στοχευμένων δοκιμών εκ τούτου, είναι αρκετά αποδεκτή και από FIN δείγματα? Επιπλέον, οι ίδιες προσαρμογείς CNA ήταν πιστά αντικατοπτρίζεται από την ανάλυση σχετικά με FFPE. Μένει να εξετάσει κατά πόσον είναι μια αποτελεσματική μέθοδος για την ανίχνευση των πιο αντιπροσωπευτικό και αποτελεσματικό CNAs της TCCS. Για το σκοπό αυτό, στο δεύτερο στάδιο της μελέτης αυτής, array-CGH διεξήχθη επί 10 επιπλέον TCCS να τεμαχίσει το φάσμα αλλοιώσεων καρκίνο της ουροδόχου κύστης και να εντοπίσει επαναλαμβανόμενες εκτροπές που ενδέχεται να περιέχουν γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο.

ανιχνεύονται πολλές γενετικές αλλαγές array-CGH: η πιο συχνή απώλεια εμπλέκονται χρωμόσωμα 9p-βραχίονα, ενώ η πιο συχνή κέρδος που εμπλέκονται χρωμόσωμα 20q-βραχίονα, όπως αναφέρθηκε προηγουμένως από άλλους [5], [6], [14], [18], [19]. Παραδόξως, δεν βρήκαμε ένα υψηλό ποσοστό των όγκων με την αύξηση των 6p22.3 και 8q αναφερθεί σε άλλες μελέτες [14], [18], [19]. ΑΕ και υποεκπροσώπηση του χρωμοσώματος 9 είναι η πιο συχνά περιγράφεται γενετική μεταβολή στο TCC (& gt? 50%). Η κοινή απώλεια μιας ολόκληρης αντίγραφο του χρωμοσώματος 9 δείχνει την παρουσία των ογκοκατασταλτικών γονιδίων τόσο σε 9p και 9Q, και έχουν υποψήφια γονίδια έχουν εντοπιστεί σε πολλές περιοχές περιλαμβανομένων 9p21 (

CDKN2A

), 9q12-13 (

PTCH

), 9q32-33 (

DBC1

) και 9q34 (

TSC1

). Σε αυτή τη μελέτη, παρατηρήσαμε πλήρη ή μερική απώλεια της 9p ή /και 9Q σε 7/10 όγκους, τόσο HG και LG. Επιπλέον, σε ορισμένα HG παρατηρήσαμε μια αύξηση για αυτή τη θέση, ακόμη και εάν αυτό θα μπορούσε να οφείλεται σε χρωμόσωμα 9 πολυπλοειδία (όπως το σήμα της χρωμοσωμικής αστάθειας). Η πιο συχνή κέρδος είναι 20q (6 όγκοι), σύμφωνα με τα δεδομένα έχουν αναφερθεί στο παρελθόν σε πολλές άλλες μορφές καρκίνου, συμπεριλαμβανομένων της ουροδόχου κύστης, του παχέος εντέρου, των ωοθηκών και του μαστού [31]. Σύνδεσμος 5p και 20q κέρδη, που βρέθηκαν σε 3 HG όγκους, που αναφέρθηκαν από Bruch [32], θα μπορούσε να συσχετιστεί με την εξέλιξη. Τέλος, αύξηση της 17q21 εντοπίζεται μόνο στους όγκους HG, γεγονός που υποδηλώνει μια πιθανή ρόλο στην εξέλιξη του όγκου.

Το πιο ενδιαφέρον σημείο αυτής της μελέτης είναι η σύγκριση των δεδομένων array-CGH και τα δεδομένα FISH Urovysion. Πράγματι, αποδεικνύεται όχι μόνο μια υψηλή ενδο και ετερογένεια μεταξύ όγκου σε υλικό FFPE, όπως προέκυψε από την ανάλυση των δύο διαφορετικών όγκων περιοχές του ίδιου όγκου? βρήκαμε επίσης κάποιες διαφορές στις δύο τεχνικές που θα μπορούσαν να αποδοθούν εν μέρει σε μια πιθανή επίδραση συγκάλυψης από τα φυσιολογικά κύτταρα ή σε μια αντισταθμιστική επίδραση που προέρχεται από τη μεγάλη ετερογένεια των όγκων. Αυτή η ετερογένεια έχει ήδη περιγραφεί από την ομάδα μας στον καρκίνο της ουροδόχου κύστης βλαστικά κύτταρα που μοιάζουν με τα οποία είναι γενετικά διαφορετικά [33]. Μπορούμε να δείχνουν ότι αυτή η πολυμορφία δημιουργεί βιώσιμη και κλωνική σχέση υποπληθυσμών που γίνονται ετερογενή με τον ίδιο όγκο.

Τα συνολικά δεδομένα array-CGH τόνισε για άλλη μια φορά για την παρουσία των συχνών μεταβολών (δηλαδή 20p και 5ρ κέρδη) που δεν μπορεί να ανιχνευθεί με δοκιμασία Urovysion. Ένα επιπλέον πλεονέκτημα της χρήσης μιας ολοκληρωμένης τεχνική προσέγγιση προέκυψε για 028CR09 δείγμα: η ενίσχυση των 3p αποδεικνύεται από σειρά-CGH μελετήθηκε με τη μέθοδο FISH με δοκιμασία Urovysion και έναν ανιχνευτή LSI 3ρ. Μέσα από την ενσωμάτωση πολλαπλών μεθόδων, ήμασταν σε θέση να διακρίνουν την πραγματική ενίσχυση από πολυσωμία χρωμόσωμα 3. Αυτή η θέση περιλαμβάνει το πολλαπλασιασμό των υπεροξεισωμάτων ενεργοποιημένος γάμμα υποδοχέας (

PPARG

), έναν παράγοντα μεταγραφής που ενεργοποιείται συνδέτη που εμπλέκονται στη ρύθμιση του πολλαπλασιασμού και της διαφοροποίησης της ουροδόχου κύστης [34], [35].

απαιτείται ακόμη συμπέρασμα, σημαντική προσπάθεια να καθοριστούν τα γονίδια στηρίζονται οι χρωμοσωμικές ανωμαλίες σε μια κατανοήσουν καλύτερα των γενετικών μηχανισμών προκειμένου να αναπτυχθούν νέες θεραπευτικές στρατηγικές. Τα αποτελέσματά μας επιβεβαίωσαν τη σημασία της παγκόσμιας γονιδιωματικής μεθόδους διαλογής, δηλαδή array CGH βάση, να καθορίσει πλήρως τις γονιδιωματικής προφίλ της μεγάλης σειράς των όγκων TCCS. Ωστόσο, αυτή η τεχνική δεν έχει ακόμα κάποιους περιορισμούς, όπως το να μην είναι σε θέση να ανιχνεύσει χαμηλή μωσαϊκισμού επίπεδο, ή να μην ανιχνεύει καμία μεταβολή στον αριθμό των αντιγράφων για ένα είδος αντισταθμιστική επίδραση οφείλεται στην παρουσία υψηλών κυτταρική ετερογένεια. Έτσι, εξακολουθεί να είναι σκόπιμο να χρησιμοποιούν συμπληρωματικές τεχνικές, όπως array-CGH και FISH, καθώς η πρώτη είναι σε θέση να ανιχνεύουν μεταβολές στο επίπεδο του γονιδιώματος χωρίς να αποκλείεται κάθε χρωμόσωμα, αλλά ο τελευταίος είναι σε θέση να διατηρήσει τα επιμέρους στοιχεία σε επίπεδο μεμονωμένων κυττάρων , ακόμη και αν επικεντρώνεται σε μερικές περιοχές του γονιδιώματος.

Υλικά και Μέθοδοι

Μια αναλυτική μορφή μπορεί να βρεθεί στα Υλικά και Μέθοδοι S1.

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε και ιδρύθηκε από τον Direzione Generale Sanità Regione Lombardia και παρουσιάστηκε από τον Γενικό διευθυντή και την ηθική δέσμευση της ICP Νοσοκομείου Bassini. Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από τους συμμετέχοντες στη μελέτη πριν από τη συλλογή των ιστών.

Ασθενείς και δείγματα

Ένα σύνολο των 32 δείγματα όγκων (28 άνδρες και 4 γυναίκες) ελήφθησαν από διουρηθρική εκτομή σε μια συνεχόμενη σειρά των ασθενών που διαγνώστηκαν πρόσφατα με TCCS σε ένα μόνο κέντρο (Πίνακας S1). Λήφθηκε ενυπόγραφη συγκατάθεση πριν από τη συλλογή των ιστών. Στάσης και ταξινόμησης έγιναν σύμφωνα με τον Παγκόσμιο Οργανισμό Υγείας Συναίνεση Ταξινόμηση [1]. Είχαν διακρίνονται σε υψηλής ή χαμηλής ποιότητας (HG ή LG) και στους μυς επεμβατικές ή όχι (IN ή NI).

φθορισμού in situ υβριδισμού

Για FIN, βιοψίες κόπηκαν και καλλιεργούνται σε RPMI-1640 (EuroClone Spa) συμπληρωμένο με 20% FCS για 24 ώρες. Κομμάτια υποβλήθηκαν σε υποτονικό θεραπεία και σταθεροποιήθηκαν με 3: 1 μεθανόλη: οξικό οξύ. Ενιαία κύτταρα που απομονώθηκαν από βιοψίες με οξικό οξύ 60%, εντοπίστηκαν στις τσουλήθρες και αφήστε την να στεγνώσει. Για FFPE, ιστό καθορίστηκαν σύμφωνα με τις τυπικές διαδικασίες.

Η προεπεξεργασία και η ανάλυση FISH πραγματοποιήθηκαν σε δύο πυρήνες απομονώθηκαν από δείγματα FIN και FFPE χρησιμοποιώντας κιτ UroVysion καρκίνου της ουροδόχου κύστης (Vysis, Wiesbaden, Γερμανία), σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή .

Μετά την υβριδοποίηση τα μη δεσμευμένα ανιχνευτές απομακρύνθηκαν με μιά σειρά από πλύσεις και οι πυρήνες βάφτηκαν αντίθετα με 4 ‘, 6-διαμιδινο-2-φαινυλινδόλη (ϋΑΡΙ).

τουλάχιστον 100 κύτταρα για κάθε προετοιμασία βαθμολογήθηκαν και τα σήματα χωρίστηκαν σύμφωνα με απώλεια (αριθμός των σημάτων /κυττάρων & lt? 2), δισωμία (αριθμός των σημάτων /κύτταρο = 2) και το κέρδος (αριθμός των σημάτων /κυττάρων & gt? 2).

για την ενεργητική 3ρ25 ανάλυση FISH για FFPE πραγματοποιήθηκε με τη χρήση του Ποσειδώνα ™ Επαναλάβετε Δωρεάν ™ PPARγ (3ρ25) ανιχνευτής Break (Kreatech Diagnostics, Άμστερνταμ, Ολλανδία). Η στατιστική σημαντικότητα των διαφορών μεταξύ χρωμοσώματος 3 polisomy και 3ρ25 ενίσχυση αξιολογήθηκε με δοκιμή t του Student σε ξεχωριστά αριθμήσεις 100 πυρήνων. Οι διαφορές θεωρήθηκαν ως στατιστικά σημαντική με p & lt?. 0.01

Όλες οι ψηφιακές εικόνες συλλήφθηκαν χρησιμοποιώντας ένα μικροσκόπιο Leitz (Leica DM 5000B) εξοπλισμένο με χρέωση συνδυασμό συσκευή (CCD) και αναλύονται με τη βοήθεια του λογισμικού Chromowin (Tesi απεικόνισης, Μιλάνο, Ιταλία).

array-CGH

Για την ανάλυση της σειράς-CGH, ​​γονιδιακό DNA εκχυλίζεται από φρέσκα βιοψίες μετά από ενζυματική πέψη με κολλαγενάση H (Roche, Mannheim, Germany) και πρωτεϊνάση Κ (Roche, Mannheim, Germany) και καθαρίστηκαν χρησιμοποιώντας φαινόλη /χλωροφόρμιο (Carlo Erba, Μιλάνο, Ιταλία). Δείγμα προετοιμασία, η υβριδοποίηση διαφάνεια, και η ανάλυση πραγματοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας SurePrint G3 Ανθρώπινα CGH Microarray 8x60K (Agilent, Santa Clara, CA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Δείγματα DNA εμπορική Sex αντιστοίχιση (Promega) χρησιμοποιήθηκαν ως DNA αναφοράς κατά τη διάρκεια array-CGH. Οι συστοιχίες σαρώθηκαν σε ανάλυση 2-μm χρησιμοποιώντας Agilent μικροσυστοιχιών σαρωτή και αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας Feature Extraction v10.7 και Agilent Γονιδιωματική Workbench λογισμικά v5.0. Εκτροπή ανίχνευσης Μέθοδος 2 (ADM2) αλγόριθμος ζητηθεί από το λογισμικό Genomic Workbench χρησιμοποιήθηκε για να υπολογιστεί και να βοηθήσουν την ταυτοποίηση των εκτροπών για ένα δεδομένο δείγμα (κατώφλι = 5? Αναλογία log2 = 0,3). Για τον υπολογισμό του εκτιμώμενου ποσοστού μωσαϊκισμού χρησιμοποιήσαμε τον τύπο που καθορίζεται από Cheung SW et al. [36].

Γονιδιακή οντολογία ανάλυση

Για να αναλύσουμε ποιες κατηγορίες οντολογίας ήταν υπερβολική και υποεκπροσωπούνται μεταξύ των γονιδίων που οριοθετείται στο κέρδος και την απώλεια περιοχές ανιχνεύονται από array-CGH, ​​το λογισμικό GOstat ( διαθέσιμο σε https://gostat.wehi.edu.au/) χρησιμοποιήθηκε [37] με βάση Amigo (η βάση δεδομένων Gene Ontology) έκδοση 1.8.

η στατιστική ανάλυση

Θήκες περιγράφηκαν από υπολογισμό των αναλογιών της απώλειας, δισωμία και το κέρδος επί του συνόλου των τουλάχιστον 100 κύτταρα, ειδικά για τον τύπο ανάλυσης (FFPE και FIN), και ο ανιχνευτής της δοκιμής UroVysion.

Ένα multinomial μοντέλο λογιστικής για την παρουσία της ομαδοποίησης χρησιμοποιήθηκε για να εκτιμήσει για κάθε τύπο του όγκου και τον τύπο της ανάλυσης, το συνολικό ποσοστό της απώλειας, δισωμία και κέρδος με διαστήματα εμπιστοσύνης 95%. Το μοντέλο αυτό χρησιμοποιήθηκε επίσης για σύγκριση των συνολικών αναλογίες απώλειας, δισωμία και κέρδος που ανιχνεύονται από τους δύο τύπους ανάλυσης.

Ένα Poisson μοντέλο που βασίζεται σε λογαριθμική μετατροπή των μετρήσεων με την παρουσία της ομαδοποίησης χρησιμοποιήθηκε για να υπολογιστεί ο αριθμός των σημάτων που ανιχνεύονται από κάθε τύπο ανάλυσης με διαστήματα εμπιστοσύνης 95%. Το μοντέλο αυτό επέτρεψε επίσης να συγκρίνει τον αριθμό των σημάτων μεταξύ των δύο τύπων ανάλυσης (FFPE και FIN).

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

κλινικοπαθολογικοί χαρακτηριστικά των 32 δείγματα όγκων της μελέτης. Ιστολογία /Grade και τη φάση της μελέτης αναφέρονται

doi:. 10.1371 /journal.pone.0024237.s001

(DOC)

Πίνακας S2.

UroVysion αποτελέσματα των δοκιμών σε προσφάτως απομονωμένα interphasic πυρήνες (FIN) και σε φορμόλη σταθερά ενσωματωμένα σε παραφίνη πυρήνες (FFPE).

doi: 10.1371 /journal.pone.0024237.s002

(DOC)

Πίνακα S3. αριθμός αλλαγές

Copy (ΚΥΠΕ) από κοινού (συν) μεταξύ των 10 δειγμάτων TCC αναλύονται με array-CGH. NI-TCCS σημειώνονται με πλάγιους χαρακτήρες? IN-TCCS υποδεικνύονται με έντονους χαρακτήρες. Για Ιστολογία /Grade βλέπε πίνακα S1

doi:. 10.1371 /journal.pone.0024237.s003

(DOC)

Πίνακας S4.

Γονιδιακή Οντολογία. I. στατιστικά σημαντική (p & lt? 0,05) υποεκπροσώπηση των γονιδίων οντολογίας (GO) κατηγορίες HG σε όγκους. II. Στατιστικά σημαντική (p & lt? 0.05) υπερ-εκπροσώπηση των γονιδίων οντολογίας (GO) κατηγορίες HG σε όγκους. III. Στατιστικά σημαντική (p & lt? 0,05) υποεκπροσώπηση των γονιδίων οντολογίας (GO) κατηγορίες σε όγκους LG NI

doi:. 10.1371 /journal.pone.0024237.s004

(DOC)

Πίνακας S5. δεδομένων

Urovysion. I. Σύγκριση μεταξύ των δεδομένων Urovysion σε δύο διαφορετικές καρκινικές περιοχές του ίδιου τμήματος ΙΙ. Σύγκριση μεταξύ των στοιχείων Urovysion σε δύο διαφορετικές καρκινικές περιοχές του ίδιου τμήματος

doi: 10.1371 /journal.pone.0024237.s005

(DOC)

Υλικά και Μέθοδοι S1.

doi: 10.1371 /journal.pone.0024237.s006

(DOC)