έχουν

Αφηρημένο

Τα τελευταία χρόνια, μεγάλες μη-κωδικοποίησης RNAs (lncRNAs) έχει αποδειχθεί ότι παίζουν σημαντικό ρόλο στην ογκογένεση. Ωστόσο, οι εισφορές των lncRNAs με τον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας (CC) παραμένουν σε μεγάλο βαθμό άγνωστες. Σε αυτή τη μελέτη, διαφορικά εκφραζόμενα lncRNAs και mRNAs σε καρκίνο του τραχήλου της μήτρας και αντιστοιχισμένο περιογκική ιστοί ανιχνεύτηκαν με ανάλυση μεταγραφικό μικροσυστοιχίας. Βρήκαμε 708 σύνολα ανιχνευτή lncRNAs αυξηθεί και 836 σύνολα ελέγχων μειώθηκε σε ιστούς CC, ενώ 1288 σύνολα απόκλιση mRNA ανιχνευτή αυξηθεί και 901 σύνολα ανιχνευτών mRNA μειώθηκε. Τα αποτελέσματα επικυρώθηκαν από ποσοτικής αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης πραγματικού χρόνου (qPCR). Στη συνέχεια, βρήκαμε μια συγκεκριμένη διαφορικά εκφρασμένων lncRNA μπορεί φυσικά συνδέονται με ενισχυτή Zeste homolog2 (ΕΖΗ2) χρησιμοποιώντας RNA ανοσοκατακρήμνιση. Εμείς αυτό που ονομάζεται ως ΕΖΗ2 δεσμευτική lncRNA στον καρκίνο του τραχήλου της μήτρας [lncRNA-EBIC]. Επούλωσης τραυμάτων προσδιορισμούς και προσδιορισμούς εισβολής Matrigel χρησιμοποιήθηκαν για να προσδιοριστεί η λειτουργία αυτού του lncRNA με φίμωση αυτό. Παρατηρήσαμε ότι η μετανάστευση και εισβολή του τραχήλου της μήτρας καρκινικών κυττάρων

in vitro

ανεστάλησαν μετά την καταστολή της lncRNA-EBIC με siRNA. Βρήκαμε επίσης ότι η σχέση μεταξύ lncRNA-EBIC και ΕΖΗ2 ήταν απαραίτητη για την καταστολή της E-cadherin, το οποίο ήταν ένα βασικό μοριακό στη μετάσταση του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας.

Συμπέρασμα

Αυτά τα αποτελέσματα κατέδειξαν ότι lncRNA-EBIC ήταν ένα ογκογόνο lncRNA, το οποίο θα μπορούσε να προωθήσει καρκινικών κυττάρων εισβολή στο CC μέσω σύνδεσης με ΕΖΗ2 και αναστολή της έκφρασης Ε-καδερίνης

Παράθεση:. Sun Nx, Ye C, Zhao Q, Zhang Q, Xu C , Wang Sb, et al. (2014) Long ΜΗ ΚΩΔΙΚΟΠΟΙΗΤΙΚΌ RNA-EBIC Προωθεί Tumor Invasion κυττάρων με σύνδεση προς ΕΖΗ2 και καταστολή Ε-καδερίνης σε καρκίνο του τραχήλου. PLoS ONE 9 (7): e100340. doi: 10.1371 /journal.pone.0100340

Επιμέλεια: Vinod Scaria, CSIR Ινστιτούτο Γονιδιωματική και Integrative Βιολογίας, Ινδία

Ελήφθη: 30ης Ιανουαρίου 2014? Αποδεκτές: 26η Μαΐου του 2014? Δημοσιεύθηκε: 9 του Ιουλίου 2014

Copyright: © 2014 Sun et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη υποστηρίχθηκε από το Ίδρυμα Φύση Επιστημών της Κίνας (Νο 81272213), https://www.nsfc.gov.cn/Portal0/default152.htm, και το Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Σαγκάης (13ZR1414300), http: //www. stcsm.gov.cn. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του τραχήλου (CC) είναι η δεύτερη πιο συχνά διαγιγνώσκεται καρκίνος και η τρίτη κυριότερη αιτία θανάτου από καρκίνο στις γυναίκες [1]. Περίπου 49.000 νέες περιπτώσεις CC διαγνώστηκαν και 275.000 γυναίκες σκοτώθηκαν το 2011, την οποία οι περισσότεροι συνέβη στις αναπτυσσόμενες χώρες [2], [3]. Εκτός από την παθογένεση των ανθεκτικών, ιού των ανθρώπινων θηλωμάτων υψηλού κινδύνου (HPV) λοιμώξεις, οι συνεισφορές των άλλων παραγόντων στην ανάπτυξη και την εξέλιξη αυτής της κακοήθειας θα πρέπει να διευκρινιστεί.

Πιο πρόσφατα, οι αναδυόμενες ενδείξεις έχουν δείξει ότι επιγενετικών μηχανισμών μπορεί να είναι το κλειδί για την έναρξη της ογκογένεσης. Η διακοπή της επιγενετική έλεγχο της μεθυλίωσης του DNA, τη ρύθμιση του RNA, και την τροποποίηση της ιστόνης, κ.λπ., με αποτέλεσμα την κληρονομική διακύμανση των γονιδίων χωρίς αλλαγή αλληλουχία κωδικοποίησης τους, είναι διάχυτη σε κακοήθεια [4], [5]. Αν και έρευνες των μικρών μη κωδικεύουσας RNAs έχουν κυριαρχήσει στον τομέα της ρύθμισης RNA κατά τα τελευταία έτη [6], [7], ένα ευρύ φάσμα κυτταρικών λειτουργιών έχει επίσης συσχετιστεί με ορισμένες πρόσφατα περιγράφηκε κατηγορίες μη κωδικοποιητική RNAs. Μία τέτοια κατηγορία, μακράς RNAs μη κωδικοποιητική (lncRNAs), είναι πρακτικά της πάνω από 200 νουκλεοτίδια χωρίς δυναμικό που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη. Πολυάριθμες εκθέσεις έχουν δείξει ότι απορρύθμιση του έχει ένα λειτουργικό ρόλο σε διάφορους τύπους καρκίνων [8]. Για παράδειγμα, lncRNA-HEIH παίζει ένα ρόλο κλειδί στη ρύθμιση του κυτταρικού κύκλου των κυττάρων του ηπατοκυτταρικού καρκινώματος, και έκφραση υψηλού lncRNA-HEIH συσχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο υποτροπής και μειωμένο συνολικό ποσοστό μετεγχειρητικών επιβίωση [9]. Καθώς οι lncRNAs αναδύονται ως κρίσιμα συστατικά του μεταγραφικό καρκίνου, είναι εύλογο να αναμένει κανείς ότι lncRNAs συμβάλλουν στην ανάπτυξη και εξέλιξη του καρκίνου του τραχήλου της μήτρας. Ωστόσο, οι μελέτες σχετικά με το ρόλο των lncRNAs σε CC είναι πολύ προκαταρκτικά. Μέχρι τώρα μόνο μία έρευνα έχει ανιχνεύσει αυξημένα επίπεδα παρεκκλίνουσα έκφραση lncRNA σε τραχηλική ενδοεπιθηλιακή νεοπλασία (CIN) δείγματα που αντιπροσωπεύουν ήπια, μέτρια και σοβαρή ιστοπαθολογικές βαθμούς, αντίστοιχα, γεγονός που υποδηλώνει ότι lncRNAs μπορεί να παίζει σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη και την πρόοδο των προκαρκινικών αλλοιώσεων ή καρκινώματα [10]. Ωστόσο, οι συνολικές παθοφυσιολογικές εισφορές των lncRNAs σε CC παραμένουν σε μεγάλο βαθμό άγνωστες.

Μια πρόσφατη μελέτη ανέφερε ότι το ένα πέμπτο όλων των ανθρώπινων lncRNAs εντοπιστεί μέχρι σήμερα είναι φυσικά συνδέεται με Polycomb κατασταλτική συγκρότημα 2 (PRC2, που αποτελείται από ιστόνης H3 λυσίνη 27 μεθυλασης ΕΖΗ2, SUZ12 και ΕΕΔ), γεγονός που υποδηλώνει ότι μπορεί να έχουν μια γενική ρόλο σε πρωτεΐνες Polycomb ομάδα πρόσληψη σε γονίδια-στόχους τους και οδηγεί σε μεταγραφική καταστολή [11]. ΕΖΗ2 (Enhancer του Zeste ομόλογο 2) είναι ένα κρίσιμο συστατικό του PRC2, η οποία εμπλέκεται σε διάφορους σημαντικούς ρυθμιστικούς μηχανισμούς, όπως η διαφοροποίηση των βλαστικών κυττάρων, τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, του κυτταρικού κύκλου, και ογκογένεση [12], [13]. Υπάρχουν αυξανόμενες ενδείξεις ότι ΕΖΗ2 είναι συχνά υπερεκφράζεται σε πολλά είδη καρκίνων του ανθρώπου και θα μπορούσε να προωθήσει τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, εισβολή, και αγγειογένεση όγκου [14] – [16]. Επιπλέον, αρκετές lncRNAs, όπως lncRNA-HEIH, Η19 και Hotair, έχει αποδειχθεί ότι δεσμεύουν σωματικά να ΕΖΗ2 και παίζουν σημαντικούς ρόλους στην ρύθμιση της επιγονιδίωμα καρκίνος [9], [17], [18]. Με βάση αυτά τα ευρήματα, υποθέσαμε ότι ορισμένοι lncRNAs μπορεί επίσης να διαδραματίσει ενεργό ρόλο στα κακοήθη βιολογικές συμπεριφορές των CC μεσολαβώντας και τη συνεργασία με ΕΖΗ2.

Έτσι θα είναι ενδιαφέρον να καθορίσουν τις βιολογικές λειτουργίες του lncRNAs στο CC και αν λειτουργούν για την πρόσληψη πρωτεϊνών PCG να στοχεύσετε γονίδια. Σε αυτή τη μελέτη, μέσω της ανάλυσης μεταγραφικό μικροσυστοιχιών, βρήκαμε μια σειρά από lncRNAs πάνω ή προς τα κάτω-ρυθμίζονται σε CC σε σύγκριση με ζεύγη περινεοπλαστικό ιστούς. Έχουμε ακόμη εντοπίσει ένα νέο lncRNA που ήταν ρυθμισμένο στο CC και θα μπορούσε φυσικά συνδέονται με ΕΖΗ2 και να συμμετέχει στη ρύθμιση της μετανάστευσης και της εισβολής των CC κυτταρικές σειρές.

Υλικά και Μέθοδοι

Δήλωση Ηθικής

Η μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή Ειδικότητα για τη δεοντολογία της Βιοϊατρικής Έρευνας του δευτέρου Στρατιωτικό Ιατρικό Πανεπιστήμιο. Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από τους ασθενείς για τη χρήση των δειγμάτων ιστού τους σε αυτό το ερευνητικό έργο.

Τα χαρακτηριστικά των ασθενών και δείγματα ιστών

Είκοσι οκτώ ζεύγη snap-κατεψυγμένα CC και σε συνδυασμό περιογκική ιστοί ήταν που λαμβάνονται από τη Σαγκάη Changzheng Νοσοκομείο με ενημερωμένη συγκατάθεση και έγκριση από την επιτροπή θεσμικής ηθικής. κλινικά δείγματα ιστού ελέγχθηκαν ως όγκος ή μη-όγκου από ιστοπαθολογική εξέταση και αποθηκεύονται στους -80 ° C μέχρι τη χρήση. Τα χαρακτηριστικά των ασθενών που περιγράφονται στον Πίνακα S1.

μικροσυστοιχιών και της υπολογιστικής ανάλυσης

Εν συντομία, πέντε ιστούς CC και πέντε ζεύγη περιογκική ιστούς (Πίνακας S1) χρησιμοποιήθηκαν για να συνθέσουν δίκλωνο συμπληρωματικό DNA ( cDNA) με αντίστροφη μεταγραφή-αλυσωτή αντίδραση πολυμεράσης. Το δίκλωνο cDNA υβριδοποιήθηκε σε συστοιχίες Glue Grant Ανθρώπινα μεταγραφικό (Affymetrix, USA) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή, και Affymetrix® Expression Κονσόλα Λογισμικό (έκδοση 1.3.1) χρησιμοποιήθηκε για ανάλυση μικροσυστοιχίας. Ανεπεξέργαστα δεδομένα (αρχεία CEL) ομαλοποιήθηκαν στο επίπεδο της μεταγραφής χρησιμοποιώντας το ισχυρό multi-μέθοδο του μέσου (RMA workflow). Διάμεση περιληπτική παρουσίαση της έκφρασης μεταγραφής υπολογίζεται. δεδομένα γονίδιο-επίπεδο εκπροσωπούνται τα γονίδια που βρέθηκαν στο Rfamdb, fRNAdb, Ensembl, Noncodedb, και βάσεις δεδομένων REFSEQ. Χρησιμοποιώντας την ίδια μέθοδο, τα δεδομένα εξόνιο επιπέδου που εκπροσωπείται μεταγραφές πλήρους μήκους. Το τυχαίο πρότυπο διακύμανσης (RVM) t-test χρησιμοποιήθηκε για την ταυτοποίηση διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων μεταξύ του CC και περιογκική ομάδες, χωρίς να αυξηθεί το ποσοστό των εσφαλμένων θετικών [19]. Έχουμε επιλέξει διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων σύμφωνα με RVM και ψευδείς ρυθμό ανακάλυψης (FDR) αναλύει, με ένα προκαθορισμένο όριο P-τιμή του & lt? 0.05 [20]. Ιεραρχική συσταδοποίηση (Cluster3.0) και ανάλυση TreeView (Stanford University, USA) πραγματοποιήθηκαν με βάση τα αποτελέσματα των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων. Τα δεδομένα μικροσυστοιχιών που συζητήθηκαν σε αυτό το άρθρο έχουν υποβληθεί στο National Center for Biotechnology Information (NCBI) έκφραση γονιδίων Omnibus (GEO) και είναι προσβάσιμη μέσω του αριθμού ένταξης (GEO) Σειρά GSE55940 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov /geo/query/acc.cgi?acc=GSE55940).

φιλτράρισμα των δεδομένων και τη δημιουργία ενός γονιδίου συν-έκφραση δίκτυο

ένα σχέδιο ερωτήματος της Access Microsoft Office 2013 χρησιμοποιήθηκε για να επικαλύπτονται διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια με τη βάση δεδομένων του τραχήλου της μήτρας Καρκίνος Gene (ccdB) με το σύμβολο του γονιδίου. ανάλυση του δικτύου συν-έκφραση διεξήχθη μεταξύ των γονιδίων της επικάλυψης και διαφορική lncRNAs για τον εντοπισμό των αλληλεπιδράσεων γονιδίων [21]. δικτύων συν-έκφραση κτίστηκαν σύμφωνα με την κανονικοποιημένη ένταση του σήματος των ειδικών εκφρασμένων γονιδίων. Πρώτον, κατασκευάσαμε το πίνακας γειτνίασης δίκτυο όπως περιγράφηκε προηγουμένως [22]. Δεύτερον, υπολογίζεται η συσχέτιση Pearson για κάθε ζεύγος γονιδίων και επέλεξε τα εξέχοντα ζεύγη συσχετισμού για την κατασκευή του δικτύου. Για να κάνετε μια οπτική αναπαράσταση, επιλέχθηκαν μόνο εκείνα τα γονίδια με την ισχυρότερη αλληλεπίδραση (0.865 ή μεγαλύτερη). Στην ανάλυση του δικτύου, ένας βαθμός είναι η πιο σημαντική παράμετρος της κεντρικότητας ενός γονιδίου μέσα σε ένα δίκτυο που καθορίζει την σχετική σημασία. Βαθμός κεντρική ορίζεται ως ο αριθμός των συνδέσεων ενός κόμβος έχει στο άλλο. Για να εξερευνήσετε τη διαφορά βαθμού ορισμένων γονιδίων κόμβο και τους γείτονές μεταξύ καρκίνου και περιογκική ομάδες,