Αφηρημένο

Εισαγωγή

βλαστικής σειράς παραλλαγές στο

TP63

έχουν συνδεθεί σταθερά με αρκετές όγκους, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου της ουροδόχου κύστης, υποδεικνύοντας τη σημασία του

TP53

οδός στη γενετική προδιάθεση του καρκίνου. Ωστόσο, παραλλαγές και σε άλλα σχετικά γονίδια, συμπεριλαμβανομένων των

TP53

rs1042522 (Arg72Pro), εξακολουθούν να υπάρχουν αμφιλεγόμενα αποτελέσματα. Θα διεξαχθεί μια σε βάθος αξιολόγηση των ενώσεων μεταξύ των κοινών παραλλαγών βλαστικής σειράς στο TP53

οδού και της ουροδόχου κύστης τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου.

Υλικό και Μέθοδοι

Ερευνήσαμε 184 tagSNPs από 18 γονίδια σε 1.058 περιπτώσεις και 1.138 έλεγχοι από την ισπανική καρκίνο της ουροδόχου κύστης /EPICURO Μελέτη. Περιπτώσεις νεοδιαγνωσμένο ασθενείς με καρκίνο της ουροδόχου κύστης κατά τη διάρκεια του 1998-2001. έλεγχοι νοσοκομείο ήταν η ηλικία-φύλο, και την περιοχή ταιριάζει με τις περιπτώσεις. SNPs γονότυπος στο DNA του αίματος με τη χρήση Illumina Golden Gate και αναλύσεις TaqMan. Περιπτώσεις subphenotyped σύμφωνα με το στάδιο /ποιότητας και της έκφρασης p53 όγκου. Εφαρμόσαμε την κλασική δοκιμές για την αξιολόγηση μεμονωμένων ενώσεων SNP και το λιγότερο Απόλυτη Συρρίκνωση και Επιλογής Χειριστή (LASSO) -penalized ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης για την εκτίμηση πολλών SNPs ταυτόχρονα.

Αποτελέσματα

Με βάση τις κλασικές αναλύσεις, SNPs στο

BAK1

(1),

IGF1R

(5),

P53AIP1

(1),

PMAIP1

(2),

SERINPB5

(3),

TP63

(3), και

TP73

(1) έδειξε σημαντική ενώσεις σ-value≤0.05. Ωστόσο, καμία απόδειξη του συνεταιρίζεσθαι, είτε με το συνολικό κίνδυνο ή με ειδικούς υποτύπους της νόσου, παρατηρήθηκε μετά από διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές (p-value≥0.8). LASSO επέλεξε τα rs6567355 SNP στο

SERPINB5

με 83% αναπαραγωγιμότητας. Αυτό το SNP παρείχε μια OR = 1,21, 95% CI 1,05 – 1,38, p-value = 0,006, και μια διορθωμένη p-value = 0,5 κατά τον έλεγχο για υπερεκτίμηση.

Συζήτηση

δεν βρήκε ισχυρές ενδείξεις ότι οι κοινές παραλλαγές στο

TP53

μονοπάτι που σχετίζονται με την ευαισθησία του καρκίνου της ουροδόχου κύστης. Η μελέτη μας δείχνει ότι είναι απίθανο ότι

TP53

Arg72Pro εμπλέκεται στην UCB σε λευκό Ευρωπαίους.

SERPINB5

και

TP63

παραλλαγή αξίζουν περαιτέρω διερεύνηση σε όλο μελέτες

Παράθεση:. Pineda S, Milne RL, Calle ML, Rothman Ν, López de Maturana E, J Herranz , et al. (2014) γενετική παραλλαγή στο TP53

Pathway και καρκίνο της ουροδόχου κύστης κινδύνου. Μια ολοκληρωμένη ανάλυση. PLoS ONE 9 (5): e89952. doi: 10.1371 /journal.pone.0089952

Επιμέλεια: Masaru Katoh, Εθνικό Κέντρο Καρκίνου, Ιαπωνία

Ελήφθη: 29 Οκτωβρίου, 2013? Αποδεκτές: 24η Ιανουαρίου του 2014? Δημοσιεύθηκε: May 12, 2014

Copyright: © 2014 Pineda et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Fondo de Investigación Sanitaria, η Ισπανία (οι αριθμοί επιχορήγηση 00/0745, PI051436, PI061614, G03 /174)? Κόκκινο Temática de Investigación Cooperativa en καρκίνου (αριθμός επιχορήγηση RD06 /0020-RTICC), την Ισπανία? Marató TV3 (αριθμός επιχορήγηση 050.830)? Ευρωπαϊκή Επιτροπή (αριθμοί επιχορήγηση ΕΕ-FP7-HEALTH-F2-2008-201663-UROMOL? US National Institutes of Health (επιχορήγηση αριθμός ΗΠΑ-ΝΙΗ-RO1-CA089715)? Και το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα του Τμήματος Επιδημιολογίας Καρκίνου και Γενετικής, εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου των Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας των ΗΠΑ?. Consolider ONCOBIO (Ministerio de Economía y Competitividad, Μαδρίτη, Ισπανία) Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου.

Αντικρουόμενα συμφέροντα: FX Ρεάλ είναι μια Συντακτική μέλος του Διοικητικού συμβουλίου PLoS ONE Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικά |

Εισαγωγή

στις περισσότερες ανεπτυγμένες χώρες, καρκίνωμα urothelial της ουροδόχου κύστης (UCB) είναι η τέταρτη πιο κοινή μορφή καρκίνου στους άνδρες και η δέκατη έβδομη στις γυναίκες, η συνολική male:female αναλογία είναι 3:01. η αναλογία αυτή είναι μεγαλύτερη (6:01) στην Ισπανία, όπου η ασθένεια παρουσιάζει ένα από τα υψηλότερα ποσοστά εμφάνισης μεταξύ των ανδρών (51 ανά 100.000 ανθρωποώρες το χρόνο) [1]. Το κάπνισμα και η επαγγελματική έκθεση σε αρωματικές αμίνες έχουν καθιερωθεί ως τα ισχυρότερα παράγοντες κινδύνου, μεταξύ άλλων, [2]. Ενώ δεν υπάρχει υψηλή διεισδυτικότητα αλληλόμορφο /γονίδιο έχει εντοπιστεί μέχρι σήμερα ως σχετίζονται με την UCB, δεν υπάρχει καθιερωμένη αποδείξεις ότι η UCB κίνδυνο επηρεάζεται από κοινές γενετικές παραλλαγές [3], [4].

Προηγούμενες μελέτες χαρακτηρισμού UCB συνάδουν με την ύπαρξη, τουλάχιστον, δύο υπότυποι της νόσου με βάση μορφολογικά και γενετικά χαρακτηριστικά τους. Η πρώτη υπότυπος περιλαμβάνει χαμηλού κινδύνου, θηλώδες, μη επεμβατική μυών όγκους (NMIT, 60-65% του συνόλου των UCB) και ο δεύτερος τύπος περιλαμβάνει τόσο NMIT υψηλού κινδύνου (15-20% του συνόλου των UCB) και μυϊκή επεμβατική όγκους ( MIT, το 20% -30% του συνόλου των UCB). Υποστήριξη αυτών των μορφολογικών υποτύπων, διαφορικό γενετικά μονοπάτια έχουν περιγραφεί και συνδέθηκαν με ξεχωριστή εξέλιξη UCB. Σωματικές μεταλλάξεις στο

FGFR3

είναι πιο συχνή σε χαμηλού κινδύνου NMIT, ενώ μεταλλάξεις στο

TP53

και

RB

εμπλέκονται κυρίως σε NMIT υψηλού κινδύνου και το MIT [5] [6]? μεταλλάξεις στο

PIK3CA

και

HRAS

συμβαίνουν παρόμοια στις δύο υποτύπους του όγκου. Είναι ενδιαφέρον, μια διερευνητική ανάλυση έδειξε ότι ορισμένες βλαστική γενετικές παραλλαγές μπορεί να συνδέονται διαφορικά με τον κίνδυνο εμφάνισης διακριτές υποφαινότυπους UCB ορίζεται σύμφωνα με το στάδιο του όγκου (Τ) και του βαθμού (G) [7].

TP53

είναι το πιο σημαντικό γονίδιο καταστολής όγκου ανθρώπου και οι επιπτώσεις της στην UCB έχουν μελετηθεί εκτενώς [8].

TP53

βρίσκεται in17p13, μια περιοχή που συχνά διαγράφονται σε ανθρώπινους καρκίνους, και το οποίο κωδικοποιεί την πρωτεΐνη p53. p53 είναι ένας παράγοντας μεταγραφής ελέγχουν τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, του κυτταρικού κύκλου, την κυτταρική επιβίωση, και γονιδιωματική ακεραιότητα και – ως εκ τούτου – ρυθμίζει ένα μεγάλο αριθμό γονιδίων. Υπό κανονικές κυτταρικές συνθήκες, ρ53 είναι ταχέως υποβαθμισμένη λόγω της δραστηριότητας του

MDM2

, ένας αρνητικός ρυθμιστής ρ53 που είναι επίσης ένα γονίδιο στόχος ρ53. Κατά την βλάβη του DNA ή άλλες καταπονήσεις, ρ53 σταθεροποιείται και ρυθμίζει την έκφραση πολλών γονιδίων που εμπλέκονται σε διακοπή του κυτταρικού κύκλου, απόπτωση, και την επιδιόρθωση του DNA, μεταξύ άλλων. Σωματικές αλλαγές στο

TP53

/p53 είναι μια από τις πιο συχνές αλλαγές που σχετίζονται με την UCB, ειδικά με τις πιο επιθετικούς όγκους [9].

βλαστικής σειράς

TP53

μεταλλάξεις προδιαθέτουν σε ένα ευρύ φάσμα των καρκίνων πρώιμης-έναρξης και προκαλούν Li-Fraumeni και συναφή σύνδρομα [10], [11]. Αυτές οι μεταλλάξεις είναι συνήθως υποκαταστάσεις μονής βάσης. Πάνω από 200 βλαστική πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) στο

TP53

έχουν εντοπιστεί προς το παρόν [12]. SNP rs1042522 (Arg72Pro) έχει εκτιμηθεί σε συνεργασία με διάφορους καρκίνους, μεταξύ των οποίων και η UCB. Ωστόσο, τα αποτελέσματα των μελετών αυτών είναι ασυνεπής [13], [14], [15], [16], [17], [18]. Σε αντίθεση, μια ένωση μεταξύ SNP rs710521 στο

TP63

, ένα

TP53

μέλος της οικογένειας, και ο κίνδυνος της UCB έχει πειστικά αναπαραχθεί, επισημαίνοντας τη συμμετοχή του

TP53

οδού μέλη στην UCB ευαισθησία [4].

Ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν να διερευνηθεί διεξοδικά αν SNPs βλαστική στα γονίδια που εμπλέκονται στην TP53

μονοπάτι που σχετίζονται με τον κίνδυνο της UCB. Για το σκοπό αυτό, συνολικά 184 tagSNPs σε 18 βασικά γονίδια αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας δεδομένα από τη μελέτη ισπανική καρκίνο της ουροδόχου κύστης /EPICURO.

Υλικά και Μέθοδοι

Θέματα Μελέτη

Η Ισπανικά καρκίνο της ουροδόχου κύστης /EPICURO μελέτη είναι μια μελέτη περίπτωσης-ελέγχου που διενεργείται σε 18 νοσοκομεία από πέντε περιοχές στην Ισπανία και περιγράφεται αλλού [2], [4], [7]. Εν συντομία, οι περιπτώσεις ήταν ασθενείς διαγνώστηκαν με πρωτοπαθή UCB στην ηλικία των 21-80 ετών μεταξύ 1998 και 2001. Όλοι οι συμμετέχοντες ήταν της αυτο-αναφερόμενη λευκό ευρωπαϊκή καταγωγή. Διαγνωστικό διαφάνειες από κάθε ασθενή εξετάστηκαν από μια ομάδα εμπειρογνωμόνων παθολόγους για να επιβεβαιωθεί η διάγνωση και να διασφαλίσει ότι ενιαίων κριτηρίων ταξινόμησης εφαρμόστηκαν με βάση το 1999 του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας και της Διεθνούς Εταιρείας Ουρολογικής συστημάτων Παθολογίας [19].

οι έλεγχοι ήταν ασθενών που εισάγονται σε νοσοκομεία που συμμετέχουν για τις συνθήκες πιστεύεται ότι είναι άσχετη με τους παράγοντες κινδύνου UCB. Οι κύριοι λόγοι για την εισαγωγή σε νοσοκομείο ήταν: κήλη (37%), άλλα εγχείρηση στην κοιλιακή χώρα (11%), κάταγμα (23%), άλλες ορθοπεδικές πρόβλημα (7%), υδροκήλη (12%), κυκλοφορική διαταραχή (4%), δερματολογικές διαταραχή (2%), οφθαλμολογική διαταραχή (1%), και άλλες ασθένειες (3%). Έλεγχοι ατομικά ταιριάζει με τις υποθέσεις που αφορούν την ηλικία στις κατηγορίες 5 ετών, το φύλο, την εθνοτική καταγωγή και την περιοχή κατοικίας.

Πληροφορίες για sociodemographics, τις καπνιστικές συνήθειες, επαγγελματική και περιβαλλοντική έκθεση, και το παρελθόν ιατρικό και οικογενειακό ιστορικό καρκίνου συλλέχθηκαν από εκπαιδευμένους παρατηρητές μελέτη που διεξήγαγε μια περιεκτική σε υπολογιστή υποβοηθούμενης προσωπική συνέντευξη με τους συμμετέχοντες στη μελέτη κατά τη διάρκεια της νοσηλείας τους. Του 1457 επιλέξιμες περιπτώσεις και 1.465 ελέγχους, 1.219 (84%) και 1.271 (87%), ερωτήθηκαν, αντίστοιχα.

Όλα τα άτομα έδωσαν έγγραφη συγκατάθεση για να συμμετάσχουν στη μελέτη, η οποία είχε εγκριθεί από τις επιτροπές δεοντολογίας των συμμετεχόντων κέντρα.

Γονοτυπικές

Ένα σύνολο 184 tagSNPs από 18 γονίδια που συμμετέχουν στο

TP53

οδού επιλέχθηκαν χρησιμοποιώντας το Επιλέξτε SNPs σας πρόγραμμα (SYSNPs) [20 ]. SYSNP χρησιμοποιούνται πληροφορίες από dbSNP Β25, hG17 και HapMap Τύπου # 21. Haploview του Tagger αλγόριθμο (v3.32) εφαρμόστηκε με προεπιλεγμένες τιμές παραμέτρων. Το εργαλείο θεωρεί όλες τις διαθέσιμες πληροφορίες για κάθε SNP και εφαρμόζει αλγορίθμους που παρέχουν την κατάσταση του κάθε SNP ως tagSNP, ένα κατέλαβε SNP ή μη συλληφθεί SNP. Σύμφωνα με τις πληροφορίες tagSNPs επιλέχθηκαν. Εξετάστηκαν οι ακόλουθες ομάδες γονιδίων: 1)

TP53

μέλη της οικογένειας (

TP53

,

TP63

και

TP73

) και 2) τα γονίδια που είναι γνωστό ότι είναι οι στόχοι της p53 ή ρυθμιστές της λειτουργίας p53 [

BAK1, ΒΑΧ, BBC3, BIRC5, CDKN1A, FAS, GADD45A, IGF1R, MDM2, PCNA, PMAIP1, SERPINB5, SFN

(Stratifin, 14-3-3sigma) ,

TP53AIP1

), και 3) C-

MYC

, μια σημαντική ογκογονιδίου εμπλέκεται σε ένα ευρύ φάσμα ανθρώπινων καρκίνων που ρυθμίζει το ρ53 προ-αποπτωτική δραστικότητα (Βλέπε πίνακα S1 στο File S1). SNPs γονότυπος χρησιμοποιώντας Illumina Golden Gate και TaqMan (Applied Biosystems) δοκιμασίες στην Εγκατάσταση ισπανική Πυρήνα Γονοτυπικές στο CNIO (CEGEN- CNIO). Γονοτυπική ήταν επιτυχής για 1.058 περιπτώσεις και 1.138 ελέγχους. Υπολογίσαμε την κάλυψη για κάθε γονίδιο χρησιμοποιώντας Haploview 4.2 επιλέγοντας τα SNPs μέσα σε ένα γονίδιο με MAF≥0.05 από το έργο 1000 γονιδιώματα, ως σημείο αναφοράς, και έλαβε τον αριθμό των SNPs δεν σταματούν με τα SNPs γονότυπου σε r2≥0.8 μέσα σε κάθε γονίδιο.

Στατιστική Ανάλυση

Αναχώρηση από την ισορροπία Hardy-Weinberg αξιολογήθηκε σε ελέγχους χρησιμοποιώντας το τεστ chi-τετράγωνο του Pearson. Λείπει γονότυπους καταλογίστηκαν για το μοντέλο πολλαπλών SNP χρησιμοποιώντας τη μέθοδο BEAGLE 3.0 [21]. Συσχετίσεις μεταξύ της UCB και των SNPs θεωρείται αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας δύο προσεγγίσεις: την κλασική λογιστικής και polytomous παλινδρόμηση αναλύσεις που εφαρμόζεται σε κάθε SNP ξεχωριστά, και το λιγότερο Απόλυτη Συρρίκνωση και χειριστή Επιλογής (LASSO) -penalized λογιστικής παλινδρόμησης για την αξιολόγηση όλων των SNPs ταυτόχρονα. Όλα τα μοντέλα προσαρμόστηκαν ως προς την ηλικία κατά τη διάγνωση (περιπτώσεις) ή συνέντευξη (έλεγχοι), το φύλο, την περιοχή, και το κάπνισμα. το κάπνισμα ήταν κωδικοποιημένα σε τέσσερις κατηγορίες (ποτέ: & lt? 100 τσιγάρα στη ζωή τους? περιστασιακή: τουλάχιστον μία ημέρα για ≥6 μήνες? πρώην: αν είχαν καπνίσει τακτικά, αλλά σταμάτησε τουλάχιστον 1 έτος πριν από την ημερομηνία ένταξης της μελέτης? και την τρέχουσα: αν είχαν καπνίσει τακτικά εντός ενός έτους από την ημερομηνία ένταξης [2]

Με τις «κλασικές» στατιστικές προσεγγίσεις αξιολογήσαμε SNP κύριες επιπτώσεις για το σύνολο της νόσου και για διαφορετικούς υποτύπους της UCB, όπως καλά. ως SNP * SNP και SNP * αλληλεπιδράσεις του καπνίσματος. υποτύπων Νοσημάτων ορίστηκαν με δύο τρόπους. Πρώτον, σύμφωνα με καθιερωμένα κριτήρια με βάση το στάδιο του όγκου (Τ) και του βαθμού (G) ως NMIT χαμηλού κινδύνου (TaG1 και TaG2), υψηλού κινδύνου NMIT (TAG3, T1G2, T1G3, και Tis), και το MIT (Τ2, Τ3 και Τ4)?. και το δεύτερο, σύμφωνα με την έκφραση του όγκου των p53, προσδιοριζόμενου με DO7 αντισώματος Εφαρμόσαμε την histoscore όπως, όπου ήταν το ποσοστό των κυττάρων .. με ένταση στη συνέχεια ταξινομούνται περιπτώσεις που έχουν χαμηλό ή υψηλό ρ53 έκφρασης σε σχέση με το μέσο histoscore

για να εκτιμήσει τη συνολική κύρια αποτελέσματα, εξετάστηκαν οι τέσσερις τρόποι κληρονομικότητας: συνεργασία κυρίαρχη, κυρίαρχη, υπολειπόμενο, και πρόσθετο . Η στατιστική σημαντικότητα των ενώσεων προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας το τεστ λόγου πιθανοφανειών (LRT). Αξιολογήσαμε τις ενώσεις μεταξύ των επιμέρους SNPs και τους υποτύπους UCB χρησιμοποιώντας polytomous λογιστικής παλινδρόμησης. Η ετερογένεια από τον υπότυπο ασθένεια υποβλήθηκε σε LRT συγκρίνοντας αυτό το μοντέλο με εκείνο με το ln (OR) περιορίζεται να είναι ίσες απέναντι υποτύπους. Αξιολογήσαμε επίσης όλες τις αμφίδρομες αλληλεπιδράσεις μεταξύ SNPs από LRT συγκρίνοντας μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης με τους δύο SNPs (προσθετικό μοντέλο) και συμπαράγοντες που περιγράφονται παραπάνω, με και χωρίς μια ενιαία όρος αλληλεπίδρασης για την πολλαπλασιαστική, ανά αλληλόμορφο αποτελέσματα. Οι αλληλεπιδράσεις μεταξύ κάθε SNP και χρήση τσιγάρο (ποτέ vs. ποτέ) αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας μια παρόμοια μέθοδο. Πολλαπλές δοκιμές λογιστικοποιήθηκε με την εφαρμογή ενός τεστ μετάθεση με 1.000 αντίγραφα. Εφαρμόσαμε Quanto (https://hydra.usc.edu/gxe/) για να αξιολογήσει στατιστική ισχύ υπόψη το διαθέσιμο μέγεθος του δείγματος.

Επίσης, εκτιμήθηκε συνδυασμένες επιπτώσεις SNP χρησιμοποιώντας LASSO. Η μέθοδος έχει περιγραφεί λεπτομερώς από [22]. Εν συντομία, η λειτουργία καταγραφής-πιθανότητας εφαρμόζεται στην κλασική λογιστική παλινδρόμηση (1) όπου

n

είναι ο αριθμός των παρατηρήσεων, έχει ανακατασκευαστεί ενσωματώνει μια ποινή έτσι ώστε (2) όπου

σ

είναι ο αριθμός των SNPs και

λ

είναι το λάσο ποινή. Ο αλγόριθμος Newton-Raphson εφαρμόζεται με την εξίσωση (2) για την εκτίμηση

β

‘s σε μια επαναληπτική τρόπο.

λάσο μέθοδος βασίζεται στην ιδέα της αφαίρεσης άσχετο μεταβλητών πρόβλεψης (β = 0) μέσω της παραμέτρου ποινή, επιλέγοντας έτσι μόνο τις πιο σχετικές SNPs ως υποσύνολο των δεικτών πλέον σχετίζεται με την ασθένεια. Η εφαρμογή της παραμέτρου ποινή αποφεύγει επίσης υπερπροσαρμογής οφείλεται τόσο υψηλής διάστασης και συγγραμικότητας μεταξύ συμπαράγοντες. Το μόνο που θεωρείται πρόσθετο γενετικό τρόπο κληρονομικότητας.

Αυτή η τεχνική δίνει προκατειλημμένη εκτιμητές για τη μείωση της διακύμανσης τους. Εξαιτίας αυτού, η εφαρμοστεί συσκευασία R δεν παρέχει εκτιμήσεις p-τιμές για τους συντελεστές παλινδρόμησης β, αφού τυπικά σφάλματα δεν έχουν νόημα κάτω από μια προκατειλημμένη εκτιμητή. Ως εκ τούτου, αξιολόγησε τα αποτελέσματα από την πρώτη εφαρμογή λάσο χρησιμοποιώντας ένα 5-φορές διασταυρωμένης επικύρωσης μεθόδου (CV) [23] για να επιλέξετε τη βέλτιστη λ εκείνη δίνει το ελάχιστο κριτήριο του Akaike (AIC)? Στη συνέχεια επιλέγεται το υποσύνολο των SNPs που ήταν πιο κατατοπιστική με το εν λόγω λ. Εκτιμήσαμε την ευρωστία της κάθε SNP που επιλέγεται στο βέλτιστο μοντέλο με τον υπολογισμό της αναπαραγωγιμότητας, όπως το ποσοστό των φορών που κάθε SNP επιλέχθηκε να είναι στο πολυπαραγοντικό μοντέλο από 1.000 επιμέρους δείγματα bootstrap [24].

Για την αξιολόγηση της σύνδεσης με UCB κίνδυνος του εν λόγω υποσυνόλου SNPs, τους δοκιμάστηκαν με την LRT σε ένα πολυπαραγοντικό μοντέλο παλινδρόμησης με όλα τα SNPs σε σύγκριση με τη μηδενική μοντέλο. Για να διορθωθεί η υπερεκτίμηση λόγω της προ-επιλογής των καλύτερων SNPs, πραγματοποιήσαμε μια δοκιμή μετάθεση με 10.000 επαναλήψεις.

STATA 10 χρησιμοποιήθηκε για να τρέξει την κλασική υλικοτεχνική και αναλύσεις multinomial παλινδρόμησης. Όλες οι άλλες στατιστικές αναλύσεις διεξήχθησαν σε R (https://www.R-project.org), με τη χρήση του τιμωρείται βιβλιοθήκη [25] για LASSO τιμωρούνται λογιστικής παλινδρόμησης.

Αποτελέσματα

Πίνακας 1 δείχνει την κατανομή των υποκειμένων της μελέτης περιλαμβάνονται στην ανάλυση: 1.058 περιπτώσεις και 1.138 μάρτυρες. Τα περισσότερα άτομα (87%) ήταν άνδρες και περιπτώσεις ήταν πιο πιθανό να είναι ενεργοί καπνιστές από τους ελέγχους (43% έναντι 25%, αντίστοιχα, p-value & lt? 0.001).

Η

Δεν υπάρχουν ενδείξεις αναχώρηση από Hardy-Weinberg ισορροπία παρατηρήθηκε για τυχόν SNPs μετά την εξέταση των πολλαπλών δοκιμών (μη διορθωμένη τιμή p & gt? 10

-4). Πολυμορφισμοί στο

TP53

δεν αποτέλεσαν αντικείμενο ατομικής συνδέονται με την UCB κίνδυνο, ακόμη και σε ονομαστική, χωρίς διόρθωση 5% επίπεδο σημαντικότητας (μη διορθωμένη τιμή p & gt? 0,4). Το ποσοστό των αναπαραγωγιμότητα από λάσο μοντέλο χρησιμοποιώντας 1.000 επιμέρους δείγματα bootstrap ήταν & lt? 50%, υποδεικνύοντας μία κακή ευρωστία των μοντέλων. Τα αποτελέσματα για τις πρόσθετης ύλης και του συν-κυρίαρχο μοντέλα συνοψίζονται στον Πίνακα 2.

Η

Χρησιμοποιώντας την κλασική λογιστική παλινδρόμηση, SNPs στο

BAK1

(1),

IGF1R

( 5),

P53AIP1

(1),

PMAIP1

(2),

SERPINB5

(3),

TP63

(3), και

TP73

(1) έδειξε σημαντικά αποτελέσματα, σε μη διορθωμένη p-value≤0.05, με συνολικό κίνδυνο UCB (Πίνακας 3). Ωστόσο, κανένα στοιχείο σύνδεσης με κίνδυνο παρατηρήθηκε για κάθε επιμέρους SNPs μετά από διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές (p-value δοκιμή μετάθεση & gt? 0,8). Αυτή ήταν επίσης η περίπτωση για τις ενώσεις με τις καθιερωμένες υποτύπους ασθένεια ορίζεται σύμφωνα με το στάδιο /βαθμό ή με έκφραση της ρ53 (Εικόνα 1). Αξίζει να σημειωθεί ότι, rs3758483 SNPs και rs983751 στο

FAS

ήταν διαφορετικά και αντίστροφα με το MIT και υψηλή p53 έκφραση όγκων σε μη διορθωμένη αναλύσεις (Πίνακες S2 και S3 στο S1 αρχείου). Παρατηρήσαμε επίσης καμία ένδειξη αλληλεπίδρασης SNP * SNP ή αλληλεπιδράσεις μεταξύ των SNPs και το κάπνισμα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Ένα SNP

θεωρείται p-value

πάνω από την κόκκινη γραμμή που συνδέεται με το φαινότυπος μετά από πολλαπλές διόρθωση δοκιμές από Bonferroni (4,2 για τα κύρια αποτελέσματα και 3.6 για υποτύπους). Όλα τα μοντέλα είναι προσαρμοσμένο για την ηλικία, το φύλο, την περιοχή και το κάπνισμα τσιγάρων.

Η

Όταν όλα τα 184 SNPs ήταν ταυτόχρονα αξιολογείται με Λάσο η μέθοδος που επιλέγεται rs6567355 στο

SERPINB5

με η αναπαραγωγιμότητα = 83%. Αυτό παρείχε ένα SNP OR = 1.21, 95% CI 1,05 – 1,38, p-value = 0,006 στο κύριο μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης αποτέλεσμα και μια διορθωμένη τιμή ρ = 0,5 κατά τον έλεγχο για υπερεκτίμηση (Πίνακας 3). Αν και δεν επιλέγονται από LASSO το τελευταίο μοντέλο κάτω από τα αυστηρά κριτήρια που εφαρμόζονται,

IGF1R

-rs1058696 (OR = 0,63, 95% CI 0,44 – 0,90, p-value = 0,010) και

TP63

-rs13321831 (OR = 1,36, 95% CI 1,06 – 1,73, p-value = 0,014) έδειξε ένα ποσοστό της αναπαραγωγιμότητας & gt?. 80%

Συζήτηση

γονότυπος κοινές παραλλαγές στα γονίδια σε η

TP53

οδού σε 1.058 περιπτώσεις και 1.138 ελέγχους των λευκών ευρωπαϊκής καταγωγής και δεν βρήκε κανένα ισχυρά αποδεικτικά στοιχεία για συσχέτιση με τον κίνδυνο της UCB συνολικά, ή από τους υποτύπους της νόσου καθορίζεται από το στάδιο και βαθμό ή με έκφραση p53.

Ένα βασικό γονίδιο στην οδό είναι

ΤΡ53

, και η πιο συχνά μελετηθεί παραλλαγή σε αυτό το συγκεκριμένο γονίδιο είναι Arg72Pro (rs1042522). επιπτώσεις της στην ευαισθησία σε διάφορους καρκίνους έχει αναφερθεί σε ασιατικές πληθυσμούς, αλλά όχι σε λευκό Ευρωπαίους. Μια μετα-ανάλυση των 49 τραχήλου μελέτες για τον καρκίνο που συμβάλλει συνολικά 7946 περιπτώσεις και 7888 ελέγχους διαπιστώθηκε ότι το αλληλόμορφο Arg συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του τραχήλου της μήτρας [14]. Ωστόσο, μια άλλη μετα-ανάλυση 39 μελετών (26,041 περιπτώσεις και 29.679 έλεγχοι) βρέθηκε αδύναμη στοιχεία για μια συσχέτιση της ίδιας παραλλαγής με μειωμένο κίνδυνο καρκίνου του μαστού [18]. Όσον αφορά τον καρκίνο του στομάχου, του μια συνδυασμένη ανάλυση των 6.859 περιπτώσεις και 9.277 μάρτυρες από 28 μελέτες διαπιστώθηκε μια ισχυρότερη αντίστροφη συσχέτιση μόνο μεταξύ των Ασιατών [26]. Για τον καρκίνο του πνεύμονα, μια οριακά σημαντική αύξηση του κινδύνου ήταν σε μια συνδυασμένη ανάλυση των δεδομένων με 15.647 περιπτώσεις και 14.391 έλεγχοι από 36 μελέτες, αν και η συσχέτιση φάνηκε να επίσης να περιορίζεται σε ασιατικό πληθυσμό της [27].

Η ένωση μεταξύ

TP53

Arg72Pro και UCB κινδύνου έχει αξιολογηθεί από δύο μετα-αναλύσεις. Συνολικά, καμία συσχέτιση παρατηρήθηκε από τον Jiang et al. κατά τη σύγκριση των 1.601 περιπτώσεις και 1.948 μάρτυρες από 10 μελέτες, αν και μια οριακά σημαντική συσχέτιση παρατηρήθηκε μεταξύ των Ασιατών (OR = 0,77, 95% CI 0,59 έως 1,00, για ArgArg /ArgPro εναντίον ProPro) [13]. έχουν αντικρουόμενα αποτελέσματα έχουν αναφερθεί πρόσφατα συνδυάζοντας στοιχεία από 14 μελέτες που συμβάλλουν με 2.176 περιπτώσεις και 2.798 μάρτυρες (OR = 1.268, 95% CI 1,003 έως 1,602, για ArgArg /ArgPro εναντίον ProPro μεταξύ των ασιατικών πληθυσμών) [17]. Ένας μεγάλος αριθμός μελετών επικαλύπτονται μεταξύ των δύο μετα-αναλύσεις. Η έλλειψη πληροφοριών σχετικά με τις αλληλεπιδράσεις γονιδίων-γονιδίων και γονιδίων-περιβάλλοντος, καθώς και για την ταυτόχρονη επίδραση του

TP53

σωματικές μεταλλάξεις μπορεί να εξηγήσει τα αντικρουόμενα αποτελέσματα [28].

Τα ευρήματα από μας μελέτης επιβεβαιώνουν την έλλειψη σύνδεσης των Arg72Pro στο

TP53

με τον κίνδυνο της UCB σε λευκό Ευρωπαίοι (OR = 0,98, 95% CI 0,77 έως 1,26, για ArgPro εναντίον ArgArg και OR = 0,91, 95% CI 0.75- 1.09, για ProPro εναντίον ArgArg, p-value = 0,5 για συνολικών επιπτώσεων) [13], [17]. Ωστόσο, δεν μπορούμε να αποκλείσουμε ότι η έλλειψη στατιστικής ισχύος μπορεί να εμποδίσει την αναγνώριση μιας μικρής ένωσης αποτέλεσμα: ακόμα και με μεγάλο μέγεθος δείγματος, η παρούσα μέγεθος του δείγματος της μελέτης θα μπορούσαν να ανιχνεύσουν μια OR≥1.3 ανά αλληλόμορφο για αυτό το SNP με 90% στατιστική ισχύ και σε επίπεδο σημαντικότητας 5%.

Όσον αφορά τις άλλες SNPs στο

TP53

, Lin et al ανέφεραν σύνδεσης με rs9895829 και rs1788227 (p-value = 0,003 και 0,027, αντίστοιχα) σε ένα μικρότερο μελέτη με 201 περιπτώσεις και 311 έλεγχοι σε ένα ασιατικό πληθυσμό [29]. Εμείς δεν γονότυπο αυτά τα SNPs, αν και είναι σε υψηλό LD με δύο SNPs θεωρείται εδώ: rs8079544 (LD = 1,0) και rs12951053 (LD = 0,7), αντίστοιχα. Παρ ‘όλα αυτά, καμία από τις αξιολογήσει επιπλέον SNPs στο

TP53

φάνηκε να σχετίζεται με την UCB κίνδυνο. Η μερική κάλυψη του γονιδίου με την αξιολόγηση των SNPs (38%) δεν μας επιτρέπει να απορρίψει το ρόλο του

TP53

στην ευαισθησία UCB.

TP63

είναι ένα άλλο βασικό μέλος του μελέτησαν οδού. Ένας SNP (rs710521) που βρίσκεται σε αυτό το γονίδιο έχει αναφερθεί να σχετίζεται με τον κίνδυνο της UCB από GWAS (αλληλόμορφο ανά Ή CI 1.12 – 1.27, p-value = 1,19, 95% = 1,15 × 10

-7) [30]. Η συσχέτιση αυτή ήταν πειστικά αναπαραχθεί σε μια συνδυασμένη ανάλυση των δεδομένων από διαφορετικές μελέτες (αλληλόμορφο-ειδική OR = 1,18, 95% CI 1.12 – 1.24, p-value = 1,8 × 10

-10), συμπεριλαμβανομένων δική μας, για την οποία ήταν γονότυπος ως μέρος μιας ξεχωριστής πρωτοβουλίας [4]. Αξίζει να σημειωθεί ότι αυτό το συγκεκριμένο SNP δεν έδειξε σημαντικά αποτελέσματα στη μελέτη μας (OR = 0,95, 95% CI 0,83 – 1,10, p-value = 0,5), γεγονός που μπορεί να εξηγηθεί από τα διάφορα που σχετίζονται με τη γεωγραφική θέση των ανοιγμάτων των συμμετεχόντων μελέτες , είναι η UCB μια περιβαλλοντική οδηγείται νόσου [31]. Η παρούσα μελέτη αξιολόγησε 32 SNPs σε

TP63

, παρέχοντας το 24% της κάλυψης του γονιδίου. Τρεις από αυτούς έδειξαν μη διορθωμένη σημαντικά αποτελέσματα στη συνολική ανάλυση σύνδεσης UCB με ποσοστό επαναληψιμότητας & gt? 70% από LASSO. Τα αποτελέσματα αυτά δικαιολογούν μια εκτεταμένη μελέτη UCB σε αυτή την περιοχή.

Όσον αφορά τις άλλες SNPs στα επιλεγμένα γονίδια, δεν βρήκαμε καμία ισχυρή απόδειξη της ένωσης μετά από διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές (μετάθεση δοκιμή p-value≥0.8 για τη συνολική κύρια εφέ και π-value≥0.3 για τις επιπτώσεις υπότυπο). Η κορυφαία (χωρίς διόρθωση) σημαντικές SNPs βρίσκονταν στο

BAK1

,

IGF1R

,

P53AIP1

,

PMAIP1

,

SERPINB5

, και

TP73

. Κοινό παραλλαγές σε αυτά τα γονίδια δεν έχουν προηγουμένως αναφερθεί όπως αυτές σχετίζονται με την UCB κινδύνου, αν και μια αλλοιωμένη έκφραση του

BAK1

και

IGF1R

έχει περιγραφεί σε όγκους της ουροδόχου κύστης.

Πολλά πολύπλοκες ασθένειες, όπως UCB, είναι πιθανόν λόγω των συνδυασμένων αποτελεσμάτων των πολλαπλών τόπων [32] και πιο παραδοσιακές μελέτες συσχέτισης εκτίμηση κύριες επιδράσεις για ένα SNP κάθε φορά είναι μικρής ισχύος για να ανιχνεύσει μικρές επιπτώσεις [33]. Ως εκ τούτου, η επίπτωση των κοινών γενετικών παραλλαγών μπορεί να εκτιμηθεί καλύτερα με μια μέθοδο που τόσο επιλέγει μια πολύ-μειωμένο σύνολο που ενδεχομένως συνδέονται SNPs και δοκιμές για σύνδεση σε παγκόσμιο επίπεδο. Αυτό ήταν μια πρόκληση, λόγω της υψηλής διάστασης και συγγραμμικότητας μεταξύ SNPs. Παρ ‘όλα αυτά, τιμωρείται τεχνικές μπορεί να ασχοληθεί με αυτά τα προβλήματα και αρχίζουν να αναδύονται σε μελέτες γενετικής σύνδεσης. Wu et al χρησιμοποίησαν τιμωρούνται λογιστική παλινδρόμηση σε μια μελέτη σύνδεσης του γονιδιώματος σε επίπεδο εφαρμόζεται στα δεδομένα κοιλιοκάκη και Zhou et al επεκταθεί αυτό το έργο με την αξιολόγηση του συνεταιρίζεσθαι για κοινές και σπάνιες παραλλαγές εφαρμόζεται σε στοιχεία του μητρώου καρκίνου οικογένειας [