Αφηρημένο

Ο καρκίνος του παγκρέατος έχει ένα από τα χειρότερα ποσοστά θνησιμότητας όλων των καρκίνων. Λίγα είναι γνωστά για την αιτιολογία της, ιδίως όσον αφορά την κληρονομική κίνδυνο. Το έργο PanScan, μια μελέτη σύνδεσης γονιδίωμα-ευρεία, εντοπίστηκαν αρκετές κοινές πολυμορφισμοί που επηρεάζουν παγκρέατος ευαισθησία του καρκίνου. Πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) στο

ΑΒΟ

, ηχητική σκαντζόχοιρος (

ΕΛΕΡΠΕ

), της τελομεράσης ανάστροφης μεταγραφάσης (

TERT

), υποοικογένεια πυρηνικών υποδοχέων 5, ομάδα Α, μέλος 2 (

NR5A2

) βρέθηκε να σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου του παγκρέατος. Επιπλέον, η σάρωση προσδιορίζονται τόπους στα χρωμοσώματα 13q22.1 και 15q14, για τις οποίες δεν υπάρχουν γνωστά γονίδια ή άλλα λειτουργικά στοιχεία χαρτογραφηθεί. Επιδιώξαμε να αναπαράγουν αυτές τις παρατηρήσεις σε δύο επιπλέον, ανεξάρτητα πληθυσμούς (από τη Γερμανία και το Ηνωμένο Βασίλειο), καθώς επίσης και να αξιολογήσει τις πιθανές επιπτώσεις αυτών των SNPs στην επιβίωση των ασθενών. Είμαστε ο γονότυπος 15 SNPs σε 690 περιπτώσεις παγκρεατικού πόρου αδενοκαρκίνωμα (PDAC) και το 1277 υγιείς μάρτυρες. Έχουμε αναπαραχθεί αρκετές συσχετίσεις μεταξύ SNPs και τον κίνδυνο PDAC. Επιπλέον βρήκαμε ότι το SNP rs8028529 ήταν ασθενώς σχετίζεται με καλύτερη συνολική επιβίωση (OS) και στους δύο πληθυσμούς. Βρήκαμε επίσης ότι το

NR5A2

rs12029406_T αλληλόμορφο συνδέθηκε με βραχύτερη επιβίωση στο γερμανικό πληθυσμό. Εν κατακλείδι, διαπιστώσαμε ότι rs8028529 θα μπορούσε να είναι, αν τα αποτελέσματα αυτά αναπαράγονται, μια πολλά υποσχόμενη δείκτη τόσο για τον κίνδυνο και την πρόγνωση για αυτό το θανατηφόρο ασθένεια

Παράθεση:. RIZZATO C, D Campa, Giese Ν, Werner J, Rachakonda PS, Kumar R, et al. (2011) καρκίνο του παγκρέατος Ευαισθησία Loci και ο ρόλος τους στην επιβίωση. PLoS ONE 6 (11): e27921. doi: 10.1371 /journal.pone.0027921

Επιμέλεια: Hana Algul, Τεχνικό Πανεπιστήμιο του Μονάχου, Γερμανία

Ελήφθη: 27 Ιουν, 2011? Αποδεκτές: 27 Οκτωβρίου του 2011? Δημοσιεύθηκε: 18 Νοεμβρίου 2011

Copyright: © 2011 RIZZATO et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από την Ευρωπαϊκή Ένωση ως μέρος του έργου MolDiagPaCa καθώς και το γερμανικό Ομοσπονδιακό Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας (BMBF), ως μέρος του έργου PaCaNet στο πλαίσιο του προγράμματος NGFNplus, και το Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας Έρευνας Λίβερπουλ, του παγκρέατος Ιατροβιολογικών Ερευνών Μονάδα και η Λίβερπουλ Πειραματικό Cancer Medicine Centre. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του παγκρέατος είναι η πέμπτη συχνότερη αιτία των θανάτων από καρκίνο στην Ευρώπη και την όγδοη σε παγκόσμιο επίπεδο, με πέντε χρόνια σχετικής επιβίωσης λιγότερο από 5% [1]. Καμία αποτελεσματική διαγνωστική εξέταση για αυτό το κακοήθεια υπάρχει, και μεταστατική νόσο είναι συνήθως παρόντες κατά την αρχική διάγνωση. Ιδρύθηκε παράγοντες κινδύνου περιλαμβάνουν το κάπνισμα, η παχυσαρκία ή το υπερβολικό βάρος, ένα ιατρικό ιστορικό διαβήτη τύπου ΙΙ, και το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του παγκρέατος [2].

Το PanScan έργο, μια μελέτη σύνδεσης γονιδίωμα-ευρεία (GWAS), πρόσφατα εντόπισε διάφορες παγκρέατος τόπους ευαισθησία του καρκίνου. Αρκετοί πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου (SNPs) στο γονίδιο περιοχές του

ΑΒΟ

, ηχητική σκαντζόχοιρος (

ΕΛΕΡΠΕ

), της τελομεράσης ανάστροφης μεταγραφάσης (

TERT

), υποοικογένεια πυρηνικών υποδοχέων 5, ομάδα Α, στέλεχος 2 (

NR5A2

) βρέθηκε να σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου του παγκρέατος [3]. Στατιστικά σημαντικές συσχετίσεις βρέθηκαν επίσης με SNPs χαρτογράφηση σε μία περιοχή στο χρωμόσωμα 13q22.1 και μια περιοχή στο χρωμόσωμα 15q14, όπου δεν υπάρχουν γνωστά γονίδια χαρτογραφούνται [3].

Τα γονίδια με τα οποία αρκετές από τις θέσεις GWAS ήταν χαρτογραφήθηκαν είναι βιολογικά αληθοφανείς υποψήφιοι για συμμετοχή σε καρκίνο του παγκρέατος. Αρκετές πρώιμες μελέτες ανέφεραν μια συσχέτιση μεταξύ του τύπου αίματος ΑΒΟ και γαστρεντερικών καρκίνων, ισχυρότερο για καρκίνο του στομάχου, αλλά επίσης αξιοσημείωτο για τον καρκίνο του παγκρέατος [4], [5]. SHH παίζει βασικό ρόλο ως μορφογενετική παράγοντας και σχετίζεται με το σχηματισμό διαφόρων κακοηθειών, συμπεριλαμβανομένου καρκίνου του παγκρέατος [6].

NR5A2

κωδικοποιεί ένα πυρηνικό υποδοχέα της υποοικογένειας Fushi tarazu (Ftz-F1) που αλληλεπιδρά με β-κατενίνης και εκφράζεται κυρίως σε εξωκρινή πάγκρεας, το ήπαρ, το έντερο και των ωοθηκών σε ενήλικες. Η

TERT

γονίδιο κωδικοποιεί την καταλυτική υπομονάδα της τελομεράσης, που είναι απαραίτητες για τη διατήρηση άκρα των τελομερών. Ενώ δραστικότητα τελομεράσης δεν μπορεί να ανιχνευθεί στους περισσότερους φυσιολογικούς ιστούς, φαίνεται σε περίπου 90% των ανθρώπινων καρκίνων [7]. Η περιοχή του χρωμοσώματος 5p15.33 όπου

TERT

χάρτες έχει ταυτοποιηθεί σε μελέτες συσχέτισης γονιδίωμα-πάνω από έναν αριθμό διαφορετικών καρκίνων, συμπεριλαμβανομένων των όγκων του εγκεφάλου, καρκίνος του πνεύμονα, καρκίνωμα βασικών κυττάρων, και μελανώματος. Αν και η περιοχή σε 13q22.1 δεν περιέχει κανένα γνωστό γονίδιο, συχνά διαγράφεται σε ένα φάσμα καρκίνων, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του παγκρέατος [8], [9], [10].

Η GWAS έχει πειστικά δείξει συσχέτιση μεταξύ αρκετών από αυτούς τους τόπους και κίνδυνο καρκίνου του παγκρέατος. Για άλλους (SNPs στο

ΕΛΕΡΠΕ

περιοχή και σε ένα γονίδιο έρημο στο χρωμόσωμα 15q14), έδειξε επίσης πολλά υποσχόμενη ενώσεις, αν και υποστηρίζεται από λιγότερο ισχυρή στατιστικά στοιχεία [3]. Ως εκ τούτου, επιδιώξαμε να αναπαράγουν αυτές τις παρατηρήσεις σε ένα πρόσθετο, ανεξάρτητο πληθυσμό 690 περιπτώσεις παγκρεατικού πόρου αδενοκαρκίνωμα (PDAC), και αξιολόγησε τον πιθανό αντίκτυπο αυτών των SNPs στην επιβίωση των ασθενών.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Όλοι οι συμμετέχοντες υπέγραψαν ενημέρωσε γραπτή συγκατάθεση. Η μελέτη εγκρίθηκε από τις ηθικές συμβούλια αναθεώρηση των οργάνων που είναι αρμόδια για το θέμα πρόσληψης σε κάθε ένα από τα κέντρα στρατολόγησης. Οι επιτροπές δεοντολογίας ήταν οι εξής: South West Επιτροπή Ερευνητικής Δεοντολογίας (Λίβερπουλ Θέματα), Ethikkommission der Medizinischen Fakultät, Χαϊδελβέργη (γερμανικά θέματα), Ηθική Επιτροπή του Πανεπιστημίου της Οξφόρδης (θέματα της Οξφόρδης), Ηθική Επιτροπή του Πανεπιστημίου του Cambridge (θέματα Cambridge ).

πληθυσμός Μελέτη

τα δείγματα συλλέχθηκαν από ασθενείς με καρκίνο του παγκρέατος κατά τη διάρκεια χειρουργικής επέμβασης μεταξύ Δεκεμβρίου 1996 και τον Σεπτέμβριο του 2009, καταψύχονται σε υγρό άζωτο αμέσως μετά την εκτομή και στη συνέχεια αποθηκεύεται στους -80 ° C.

Λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με τον πληθυσμό ελέγχου δίνεται αλλού. Εν συντομία, ένα σύνολο 1141 υγιείς αιμοδότες της γερμανικής προέλευσης είχαν προσληφθεί το 2004 στο Ινστιτούτο Μετάγγισης Ιατρικής, Mannheim, Γερμανία [11].

136 Βρετανοί έλεγχοι επιλέχθηκαν από τους ανθρώπους που προσλαμβάνονται σε δύο ομάδες στο EPIC, μια διαρκής προοπτική σειρά που πραγματοποιούνται σε δέκα ευρωπαϊκές χώρες. Η ομάδα EPIC-Norfolk (https://www.srl.cam.ac.uk/epic/) περιλαμβάνει πάνω από 30.000 άτομα, ηλικίας 45 έως 75 στις προσλήψεις, κάτοικος στο Norfolk, East Anglia, και να προσληφθούν από τη γενική μητρώα πρακτικών μεταξύ 1993 και το 1997 [12]. Η ομάδα EPIC-Οξφόρδης περιλαμβάνει 65.429 ατόμων ηλικίας και άνω και ζουν στο Ηνωμένο Βασίλειο προσλαμβάνονται μεταξύ των ετών 1993 και 1999 [13] 20 χρόνια. Τα χαρακτηριστικά των ασθενών και των ελέγχων που περιγράφονται στον Πίνακα 1.

Η

Η επιλογή των γονιδίων και των πολυμορφισμών

Έχουμε επιλέξει 15 πολυμορφισμούς που βρέθηκαν να σχετίζονται με τον κίνδυνο ανάπτυξης καρκίνου του παγκρέατος από ένα πρόσφατη GWAS [3]. Σε κάθε μία από τις έξι περιφέρειες που προσδιορίζονται από την GWAS, επιλέξαμε τα SNPs που δείχνει τις ισχυρότερες ενώσεις: επιλέξαμε rs12029406, rs10919791, rs3790844 στο

NR5A2

γονίδιο? rs4635969 και rs401681 για το

TERT

/

CLPTM1L

περιοχή? rs172310, rs167020 για

ΕΛΕΡΠΕ

? rs657152, rs505922, rs630014, rs495828 για

ΑΒΟ

? rs9543325, rs9543325 στο 13q22.1? rs8028529 στο 15q14. Αναλυτικότερες πληροφορίες σχετικά με το επιλεγμένο SNPs δίνεται στον Πίνακα 2.

Η

εξαγωγή DNA και του γονότυπου

Το DNA που εξάγεται από κατεψυγμένα ή παραφίνη-ενσωματωμένες παγκρέατος ιστών από 690 ασθενείς με εκτομή όγκων ( 576 από τη Χαϊδελβέργη, 114 από Λίβερπουλ) χρησιμοποιώντας το AllPrep Απομόνωση Kit (Qiagen, Hilden, Germany) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. Γονοτυπική εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας ένα αλληλόμορφο-ειδική PCR-based σύστημα Kaspar SNP γονοτυπική (KBiosciences, Hoddesdon, UK), όπως συνιστάται από τον κατασκευαστή. Η σειρά των DNAs από τις περιπτώσεις και τους ελέγχους ήταν τυχαία σε πλάκες PCR, προκειμένου να διασφαλιστεί ότι ένας ίσος αριθμός των περιπτώσεων θα μπορούσαν να αναλυθούν ταυτοχρόνως. Θερμοκυκλοποίηση εκτελέστηκε σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Η ανίχνευση πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας ένα σύστημα ανίχνευσης ακολουθίας 7900 HT ΑΒΙ PRISM με SDS 2.2 λογισμικό (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA).

Γονοτυπικές για τους Βρετανούς ελέγχων έγινε στο πλαίσιο μιας μελέτης σύνδεσης γονιδίωμα-ευρεία χρησιμοποιώντας τον πίνακα του Ανθρώπου 660W-Quad BeadChip σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Illumina, San Diego, CA, USA) στο Imperial College.

η στατιστική ανάλυση

Hardy-Weinberg ισορροπία δοκιμάστηκε στους ελέγχους από η δοκιμή πλατεία chi. πραγματοποιήθηκε ανάλυση κινδύνου σε σύνολο 690 PDAC περιπτώσεις και 1277 υγιείς μάρτυρες. Χρησιμοποιήσαμε λογιστική παλινδρόμηση για πολυπαραγοντικές αναλύσεις για την εκτίμηση των σημαντικών επιπτώσεων του γενετικού πολυμορφισμού σε κίνδυνο καρκίνου του παγκρέατος, χρησιμοποιώντας ένα συν-κυρίαρχο μοντέλο κληρονομικότητας. Η πιο κοινή αλληλόμορφο στους ελέγχους αποδόθηκε ως κατηγορία αναφοράς. Όλες οι αναλύσεις προσαρμόστηκαν ως προς την ηλικία και το φύλο.

Για την ανάλυση επιβίωσης, ο διάμεσος χρόνος παρακολούθησης υπολογίστηκε με λογοκρισία παρατηρήσεις μόνο (20%), ενώ ο διάμεσος χρόνος επιβίωσης υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας δεδομένα από όλους τους ασθενείς. Η συνολική επιβίωση (OS) ορίστηκε ως το χρονικό διάστημα μεταξύ διάγνωσης και το θάνατο (χωρίς λογοκρισία παρατήρηση) ή την τελευταία ημερομηνία κατά την οποία ο ασθενής ήταν ακόμα ζωντανός (λογοκριμένη παρατήρηση, μέσο χρόνο παρακολούθησης 1249 ημέρες). OS αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας μεθόδους για λογοκρισία του χρόνου επιβίωσης. Συγκεκριμένα, ο κίνδυνος θανάτου υπολογίστηκε από αναλογίες κινδύνου (HR) και τα διαστήματα εμπιστοσύνης 95% (CI) στο Cox μοντέλα αναλογικών κινδύνων. Όλες οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με το λογισμικό STATA (StataCorp, College Station, TX, USA). Για την ανάλυση επιβίωσης, προκειμένου να ληφθεί υπόψη ο αριθμός των δοκιμών που διενεργούνται σε αυτό το έργο, θα υπολογίζεται για κάθε γονίδιο /περιοχή ο αριθμός των αποτελεσματικών ανεξάρτητων μεταβλητών, Μ

ΕΤΑ, με τη χρήση της προσέγγισης SNP Spectral αποσύνθεσης [14 ]. Πήραμε ένα γονίδιο-ευρεία Μ

eff αξίας για κάθε γονίδιο και επίσης μια μελέτη σε όλη την Μ

eff τιμή, προσθέτοντας το γονίδιο Μ

EFF. Για την ανάλυση αντιγραφής, δεδομένου ότι οι assocations είχαν ήδη δείξει πειστικά σε μια GWAS, μια διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές δεν είναι απαραίτητο, ως εκ τούτου, θα χρησιμοποιηθεί το ελάχιστο όριο του 0,05 για να επιβεβαιώσει τα ευρήματά μας.

Αποτελέσματα

σε αυτή τη μελέτη επιδιώξαμε να διερευνήσει δύο διαφορετικές παραμέτρους: την αντιγραφή των ενώσεων μεταξύ 15 GWAS SNPs και τον κίνδυνο ανάπτυξης καρκίνου του παγκρέατος, καθώς και την αξιολόγηση των πιθανών συσχετίσεων μεταξύ των ίδιων SNPs και την επιβίωση των ασθενών

. γονότυπος 15 SNPs σε 690 περιπτώσεις PDAC και 1277 υγιείς μάρτυρες. Ο μέσος ρυθμός κλήσεων ήταν 97,20% (εύρος 94,69% -98,79%). Για 27 περιπτώσεις, τόσο φυσιολογικών και καρκινικών ιστών ήταν διαθέσιμα και χρησιμοποιούνται για προσδιορισμό του γονότυπου. Δεν παρατηρήθηκαν διαφορές (398 ενημερωτικό συγκρίσεις γονότυπος). Περίπου το 10% των δειγμάτων αναλύθηκαν εις διπλούν και το ποσοστό αντιστοιχία με τους γονότυπους ήταν υψηλότερη από 99%. Οι κατανομές γονότυπου σε όλα loci ήταν σε ισορροπία Hardy-Weinberg ισορροπία στους ελέγχους, με μη σημαντικές τετράγωνο chi τιμές (χρησιμοποιώντας το ελάχιστο όριο του ρ & lt? 0,05, τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Οι συχνότητες και διανομής των γονοτύπων και οι λόγοι πιθανοτήτων για τη σύνδεση κάθε πολυμορφισμού με PDAC περιγράφονται στον πίνακα S1. Ήμασταν σε θέση να αναπαράγουν διάφορες σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ του κινδύνου SNPs και PDAC. Ο Πίνακας 3 δείχνει τα SNPs που συνδέεται με κίνδυνο καρκίνου του παγκρέατος σε αυτή τη μελέτη. Η ισχυρότερη συσχέτιση με έναν αυξημένο κίνδυνο PDAC που παρατηρήσαμε ήταν με το αλληλόμορφο C του 9q34 rs9543325 SNP (ή

het 1.23, 95% CI 0,98 έως 1,55, ή

hom 1.60, 95% CI 1.14 – 2.25, P

τάση = 0,0023). Για δύο SNPs σε

NR5A2

(rs12029406, rs10919791), ένα στο

ΕΛΕΡΠΕ

(rs167020) και το SNP 15q14 περιοχή (rs rs8028529) καμία στατιστικά σημαντική συσχέτιση εντοπίστηκε. Σχήμα S1 παρουσιάζει μια σύνοψη των επαναλήψεων στη μελέτη. Πίνακας S1 δείχνει την κατανομή του κάθε SNP γονότυπου στη μελέτη και τις σχετικές ΕΑΠ στους δύο πληθυσμούς χωριστά και μαζί.

Η

Ερευνήσαμε μια πιθανή συσχέτιση μεταξύ των επιλεγμένων SNPs και την επιβίωση των ασθενών. Η διάμεση επιβίωση των περιπτώσεων ήταν διαφορετική σε ασθενείς από Λίβερπουλ (305 ημέρες) και της Χαϊδελβέργης (387 ημέρες? Δοκιμή παλινδρόμησης Cox, σ = 10

-5), ως εκ τούτου, πραγματοποιήσαμε αυτή την ανάλυση ξεχωριστά για τα δύο πληθυσμούς. Τα αποτελέσματα αυτής της ανάλυσης αναφέρονται στον Πίνακα 4 και τον Πίνακα S2.

Η

Βρήκαμε ότι SNP rs8028529 (που βρίσκεται στο χρωμόσωμα 15q14) ήταν ασθενώς σχετίζεται με καλύτερη OS και στους δύο πληθυσμούς. Στο γερμανικό πληθυσμό, βρήκαμε ότι οι ετερόζυγοι φορείς είχαν καλύτερη επιβίωση (HR = 0,73, 95% CI 0,59 έως 0,91, Pvalue = 0.01, μέση επιβίωση ετεροζυγωτών = 440 ημέρες, μέση επιβίωση ομοζυγώτες για το κοινό αλληλόμορφο = 346 ημέρας ), ενώ στο βρετανικό πληθυσμό παρατηρήθηκε καλύτερη επιβίωση σε ομόζυγη φορείς του αλληλόμορφου παραλλαγής (HR = 0,40, 95% CI 0,16 έως 1,01, Ρ = 0,05, η διάμεση επιβίωση του ομοζυγώτες για την παραλλαγή αλληλόμορφου = 421 ημέρες, μέση επιβίωση ομοζυγώτες για το κοινό αλληλόμορφο = 287 ημέρες). Αναλύοντας όλα τα δείγματα μαζί, ρυθμίζοντας ανάλογα με την ηλικία, το φύλο και το κέντρο προσλήψεων, παρατηρήσαμε ότι η συνδυασμένη γονότυπο (C /T + C /C) είχε στατιστικά σημαντική συσχέτιση με καλύτερη επιβίωση των PDAC: HR = 0.76 (95% CI 0,64 – 0,92 ) p = 0,004.

στο γερμανικό πληθυσμό οι φορείς τουλάχιστον ενός Τ αλληλόμορφο του SNP rs12029406, το οποίο ανήκει στο

NR5A2

γονίδιο, έδειξε μικρότερο χρόνο επιβίωσης (HR = 1,23 , 95% CI 1,01 έως 1,49, P = 0.04, μέση επιβίωση των μεταφορέων αλληλόμορφου = 359 ημέρες). Ο Πίνακας 4 δείχνει τα αποτελέσματα για αυτές τις δύο SNPs, ενώ πίνακα S2 δείχνει τα αποτελέσματα για το σύνολο των SNPs.

υπολογίσαμε Μ

eff τιμές για κάθε υποψήφιο γονίδιο /περιοχή χωριστά και για το σύνολο της μελέτης (με την προσθήκη της μεμονωμένα γονίδιο Μ

ΕΤΑ τιμές?). Η μελέτη σε επίπεδο Μ

ΕΤΑ ήταν 9,8. Ως εκ τούτου, χρησιμοποιείται μια μελέτη σε επίπεδο σημαντικότητας p-όριο των 0,05 /9,8 = 0,0051. Χρησιμοποιώντας αυτό το όριο, δεν υπάρχουν σημαντικές συσχετίσεις παρατηρήθηκαν μεταξύ οποιωνδήποτε από τις πολυμορφισμών γονότυπου και της επιβίωσης των ασθενών, με την εξαίρεση του Τ αλληλόμορφου του rs8028529, στον πληθυσμό αναφοράς, με την επιβίωση καλύτερα τους ασθενείς.

Συζήτηση

Ο καρκίνος του παγκρέατος είναι μια από τις πλέον θανατηφόρες των καρκίνων, με τα ποσοστά θνησιμότητας που πλησιάζει ποσοστά επίπτωσης [1], [15]. Δεν υπάρχει καμία αποτελεσματική θεραπευτική αγωγή ακόμη για τον καρκίνο του παγκρέατος. Χειρουργική επέμβαση προσφέρει την μόνη θεραπευτική επιλογή που βελτιώνει σημαντικά την επιβίωση. Ως εκ τούτου, η εύρεση γενετικές παραλλαγές που σχετίζονται με τον κίνδυνο της νόσου, την εξέλιξη και την επιβίωση είναι υψίστης σημασίας. Δεδομένου ότι υπάρχουν λίγες γνωστούς παράγοντες κινδύνου, βελτιωμένη διάγνωση και μια καλύτερη κατανόηση της μοριακής παθογένεσης της νόσου απαιτούνται επειγόντως.

Έχουμε αναφέρει η επαναξιολόγηση των 15 SNPs βρέθηκε να σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου του παγκρέατος, όπως αναφερθεί σε PanScan [3] και η πιθανή εμπλοκή τους στην επιβίωση των ασθενών. Σε αυτή τη μελέτη, ήμασταν σε θέση να αναπαράγουν έξι SNPs σε

τιμή P τουλάχιστον 0,05 (0,0449 – 0,0023). Εμείς δεν θα μπορούσε να αναπαράγουν τις άλλες αναφερόμενες ενώσεις, αν και οι αλληλικές συχνότητες σε ασθενείς της μελέτης μας ήταν συγκρίσιμες με αυτές που ελήφθησαν σε PanScan, και τις τάσεις του κινδύνου πήγε προς την ίδια κατεύθυνση, όπως αναφέρθηκε από PanScan. Μια πιθανή εξήγηση για την αποτυχία μας στην αναπαράγει τις ενώσεις μπορεί να οφείλεται σε ανεπαρκή στατιστική δύναμη.

Το πιο σημαντικό και νέο εύρημα αυτού του χειρογράφου είναι το γεγονός ότι το αλληλόμορφο C του SNP rs8028529, βρίσκεται σε ένα γονίδιο έρημο χρωμόσωμα 15q14 σχετίζεται με καλύτερη επιβίωση. Η ένωση αυτή επιτεύχθηκε στατιστική σημαντικότητα, κατά το συμβατικό όριο 0,05, και στους δύο πληθυσμούς που μελετήθηκαν, μολονότι για τη γερμανική περιπτώσεις σημασία παρατηρήθηκε μόνο για την ετερόζυγη (C /T) φορείς, ενώ για τις βρετανικές περιπτώσεις παρατηρήθηκε για την ομόζυγη φορείς το αλληλόμορφο παραλλαγή (C /C) μόνο. Η ανάλυση όλων των δειγμάτων σε συνδυασμό, ρυθμίζοντας ανάλογα με την ηλικία, το φύλο και το κέντρο προσλήψεων, αποκάλυψε ότι η συνδυασμένη γονότυπο (C /T + C /C) είχε στατιστικά σημαντική συσχέτιση με καλύτερη επιβίωση των PDAC: HR = 0.76 (95% CI 0,64 έως 0.92) p = 0,004. Σε PanScan, η συσχέτιση βρέθηκε μεταξύ του αλληλόμορφου C και αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του παγκρέατος. Είναι πολύ δύσκολο να κατανοήσουμε το βιολογικό μηχανισμό που θα μπορούσε να εξηγήσει αυτές τις ενώσεις δεδομένου ότι το SNP βρίσκεται σε ένα γονίδιο έρημο. Το πλησιέστερο γονίδιο (που βρίσκεται σε απόσταση περίπου 500 kb) είναι μυελοειδή εισαγωγή οικοτροπικό θέση ομοιοακολουθίας 2 (

MEIS2

), η οποία είναι γνωστό ότι εκφράζεται σε υψηλά επίπεδα στο πάγκρεας και στον καρκίνο του παγκρέατος (στοιχεία από την στη βάση δεδομένων Silico Transcriptomics) [16]. Αυτό το γονίδιο κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη που ανήκει στην ομοιοακολουθίας η ιστορία ( «επέκταση βρόχος τριών αμινοξέων») οικογένεια των πρωτεϊνών που περιέχουν ομοπεδίου. πρωτεΐνες ομοιοκυτίου TALE είναι πολύ συντηρημένες ρυθμιστές της μεταγραφής, και έχουν πολλά μέλη έχει αποδειχθεί ότι είναι βασικοί παράγοντες για αναπτυξιακά προγράμματα. Πρόσφατες μελέτες έχουν δείξει ότι MEIS πρωτεΐνες μπορεί επίσης να εμπλέκεται στην ογκογένεση, αν και ο υποκείμενος μηχανισμός δεν είναι ακόμη σαφής [17], [18]. Θεωρούμε ότι η SNP θα μπορούσε να βρίσκεται σε μια ρυθμιστική περιοχή του

MEIS2

γονίδιο που μπορεί να τροποποιήσει την έκφρασή του και με αυτόν τον τρόπο να αλλάξουν τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου και την πρόγνωση. Ένας παρόμοιος μηχανισμός φαίνεται να είναι στη θέση τους στον τόπο στο χρωμόσωμα 8q24, όπου οι SNPs που σχετίζονται με τον κίνδυνο των διαφόρων τύπων καρκίνου που βρίσκεται σε ένα γονίδιο έρημο. Πρόσφατα στοιχεία δείχνουν ότι ένα από αυτά τα SNPs μπορεί να επηρεάσει την δέσμευση ενός παράγοντα μεταγραφής που ρυθμίζει το μονοπάτι WNT και, ενδεχομένως, το

MYC

ογκογονίδιο, το οποίο χαρτογραφεί περίπου 1 Mb κατάντη [19].

η έκθεση αυτή θα πρέπει επίσης διαπίστωσε ότι το

NR5A2

rs12029406_T αλληλόμορφο σχετίζεται με μικρότερη επιβίωση, αν και μόνο στο γερμανικό πληθυσμό. Σε μια πρόσφατη ανασκόπηση Li και Abruzzese [20] επισημαίνουν γιατί αυτός ο υποδοχέας μπορεί να παίζει ένα ρόλο στον καρκίνο του παγκρέατος. Οι συγγραφείς αναφέρουν ότι έχει σκεφτεί ότι

NR5A2

συμβάλλει σε ασθένειες που συνδέονται με δυσλειτουργία του παγκρέατος, όπως ο διαβήτης. Για παράδειγμα NR5A2 παίζει σημαντικό ρόλο στην μεταγραφική ενεργοποίηση του γονιδίου της αδιπονεκτίνης [21], ένα λιποκύτταρο-εκκρίνεται ορμόνη, που έχει προταθεί για να είναι ένα βιολογικό σύνδεση μεταξύ της παχυσαρκίας και του αυξημένου κινδύνου καρκίνου του παγκρέατος [22]. Είναι ενδιαφέρον να σημειωθεί ότι ένας

NR5A2

παραλλαγή γονιδίου σχετίζεται με περίσσεια ΔΜΣ σε μια μελέτη σύνδεσης γονιδιώματος σε επίπεδο [23]. SNPs σε

NR5A2

, όπως rs12029406, θα μπορούσε να ρυθμίζουν τη δραστηριότητα των υποδοχέων που με τη σειρά του μπορεί να τροποποιήσει τον κίνδυνο της νόσου και την επιβίωση.

Εφαρμόζοντας την διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές η μόνη ένωση που είναι χαμηλότερο από το μελέτη-σοφός όριο των 0,0051 φάνηκε από την συνδυασμένη ανάλυση των δύο πληθυσμών για το Τ αλληλόμορφο του rs8028529 και καλύτερη επιβίωση. Τα αποτελέσματα στα δύο πληθυσμούς δεν είναι ταυτόσημα, ωστόσο όλες οι HRs πηγαίνουν προς την ίδια κατεύθυνση και στους δύο πληθυσμούς, δηλαδή μια προστατευτική επίδραση του αλληλόμορφου παραλλαγής, αν και στατιστικά σημαντική μόνο στα ετεροζυγώτες στον πληθυσμό από τη Χαϊδελβέργη και μόνο στην ομοζυγώτες στον πληθυσμό από το Λίβερπουλ. Πράγματι, με τη συγκέντρωση των δύο πληθυσμών η επίδραση των αλληλόμορφο παραμένει παρόμοια από άποψη ανθρώπινου δυναμικού, αλλά και η στατιστική σημασία αυξάνεται, όπως αναμένεται με την αύξηση του αριθμού των υποκειμένων στη μελέτη. Δεν είναι άμεση για να εξηγήσει αυτή την ασυμφωνία: μπορεί να είναι ότι η υπολειμματική συγχυτικούς παράγοντες να συγκαλύψουν τα ενώσεις για τα ετεροζυγώτες στη βρετανική και στις ομοζυγώτες στους Γερμανούς, ή η διαφορά στην επιβίωση μεταξύ των δύο πληθυσμών μπορεί να συμβάλει στην κάλυψη του αληθινή ένωση . Τέλος, μπορεί να είναι ότι οι ενώσεις αυτές οφείλονται στην τύχη.

Τα αποτελέσματα αυτά πρέπει να ληφθούν με προσοχή και περαιτέρω επαναλήψεις και λειτουργικές μελέτες είναι δικαιολογημένη. Το γεγονός ότι ο πολυμορφισμός βρίσκεται σε μια πολύ ανεξερεύνητη περιοχή του γονιδίου της ερήμου καθιστά δύσκολη την αξιολόγηση πραγματικά μια άμεση κλινική επίδραση για τη διαπίστωση που αναφέρθηκαν σε αυτή τη μελέτη. Αυτά τα αποτελέσματα επιβεβαίωσαν αν μπορεί να παρακινήσει την έρευνα σχετικά με την μοριακή βιολογία του μηχανισμού και αυτό μπορεί τελικά περαιτέρω κατανόηση της νόσου. Ένα καλό παράδειγμα είναι οι 8q24 επιτυχίες, όπου μετά από μια αρχική επιδημιολογική παρατήρηση, πολλές μελέτες έχουν συμβάλει για να αποκαλύψει τη σχέση μεταξύ του SNP της περιοχής και την ενεργοποίηση του

MYC

γονίδιο [19]. Από την άποψη αυτή η μελέτη μας μπορεί να θεωρηθεί ως ένα πρώτο προκαταρκτικό βήμα που θα μπορούσε να συμβάλει στην καλύτερη κατανόηση της νόσου και, μακροπρόθεσμα, για τη δημιουργία διαγνωστικών και προγνωστικών εργαλείων.

Εν κατακλείδι, παρουσιάζουμε εδώ την αντιγραφή των έξι προηγουμένως συνδέονται SNPs με κίνδυνο καρκίνου του παγκρέατος και την πρώτη απόδειξη της πιθανής συμμετοχής του rs8028529 στο PDAC πρόγνωση.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

αναπαραγωγή των συσχετίσεων μεταξύ PanScan SNPs και τον κίνδυνο της PDAC.

doi: 10.1371 /journal.pone.0027921.s001

(ΔΕΘ)

Πίνακα S1.

Συλλόγων SNPs στο χρωμόσωμα 1q32.1, 5p15.33, 7q36, 9q34, 13q22.1, 15q14 με κίνδυνο PDAC.

doi: 10.1371 /journal.pone.0027921.s002

(DOC)

Πίνακας S2. ανάλυση παλινδρόμησης

Cox για SNPs γονότυπος σε PDAC περιπτώσεις και την επιβίωση.

doi: 10.1371 /journal.pone.0027921.s003

(DOC)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε Καθ Bugert στο Ινστιτούτο Μετάγγισης Ιατρικής και Ανοσολογίας, Γερμανικός Ερυθρός Σταυρός Υπηρεσία αίματος Βάδη-Βυρτεμβέργη – Έσσης για την παροχή δειγμάτων DNA ελέγχου

.