Αφηρημένο

Ιστορικό

Το βιοενεργειακό καθεστώς της μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του καρκίνο του πνεύμονα σχετίζεται με την επιθετικότητα του όγκου. Ο τύπος εξαρτάται από την τάση καναλιού ανιόντων 1 (VDAC1) είναι ένα συστατικό του μιτοχονδριακού μετάβασης διαπερατότητας πόρων, ρυθμίζει το μιτοχονδριακό ΑΤΡ /ADP ανταλλαγή υποδηλώνοντας ότι η υπερέκφραση του θα μπορούσε να σχετίζεται με εξαρτώμενα διαδικασίες ενέργειας, συμπεριλαμβανομένης της αυξημένης διάδοσης και εισβολής. Για να ελέγξει την υπόθεση αυτή, πραγματοποιήσαμε μία in vivo γονιδιακής έκφρασης μετα-ανάλυση των χειρουργικά μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC), χρησιμοποιώντας 602 μεμονωμένες προφίλ έκφρασης, να εξετάσει τον αντίκτυπο της VDAC1 στην επιβίωση.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

έκφραση υψηλής VDAC1 σχετίστηκε με μικρότερη συνολική επιβίωση με αναλογία κινδύνου (HR) = 0,6639 (95% διάστημα εμπιστοσύνης (CI) 0,4528 – 0,9721), p = 0,035352 που αντιστοιχεί στο 52 έναντι 101 μήνες. VDAC1 προβλεπόμενη βραχύτερο χρόνο επανεμφάνισης και δείχθηκε να είναι ένας ανεξάρτητος προγνωστικός παράγοντας σε σύγκριση με ιστολογία, το φύλο, την ηλικία, κομβικών στάδιο και το στάδιο του όγκου σε ένα Cox πολυπαραγοντική ανάλυση. Εποπτευόμενοι ανάλυση όλων των συνόλων δεδομένων εντόπισε 6-γονίδιο υπογραφής περιλαμβάνει HNRNPC, HSPA4, HSPA9, UBE2D2, CSNK1A1 και G3BP1 με επικαλυπτόμενες λειτουργίες που αφορούν ρύθμιση του κύκλου εργασιών της πρωτεΐνης, RAS-RAF-ΜΕΚ μονοπάτι και μεταγραφή. VDAC1 προβλέψει την επιβίωση στον καρκίνο του μαστού και μυελώματος και μια ανεξέλεγκτη ανάλυση αποκάλυψε εμπλουτισμό της υπογραφής VDAC1 σε συγκεκριμένες υποομάδες.

Συμπεράσματα

Εν κατακλείδι, η ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης προσδιορίζει την έκφραση του γονιδίου VDAC1 ως προγνωστικός δείκτης της κακής αποτέλεσμα σε NSCLC και άλλους καρκίνους και σχετίζεται με κακή ρύθμιση του συντηρημένο σύνολο των βιολογικών οδών, η οποία μπορεί να σχετίζεται αιτιολογικά με την επιθετική συμπεριφορά του όγκου

Παράθεση:. Ψησταριές C, Jithesh PV, Blayney J, Zhang SD, Fennell DA (2011) έκφραση γονιδίων μετα-ανάλυση εντοπίζει VDAC1 ως προγνωστικό δείκτη κακής έκβασης Early Stage μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα. PLoS ONE 6 (1): e14635. doi: 10.1371 /journal.pone.0014635

Επιμέλεια: Rory Edward Morty, Πανεπιστήμιο του Giessen πνεύμονα Κέντρο, Γερμανία

Ελήφθη: 5 Ιούλη του 2010? Αποδεκτές: 23 Νοεμ 2010? Δημοσιεύθηκε: 31 Ιαν 2011

Copyright: © 2011 Ψησταριές et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. CG είναι χρηματοδοτείται από το Υπουργείο Απασχόλησης και Μάθησης. DAF χρηματοδοτείται από την Έρευνα του Καρκίνου του Ηνωμένου Βασιλείου σε ιατρού Επιστήμονας υποτροφία. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

μη μικροκυτταρικός καρκίνος του πνεύμονα (NSCLC) είναι ένα κοινό, σε μεγάλο βαθμό ανίατη καρκίνου. Στη ρύθμιση πρώιμο στάδιο της νόσου, η χειρουργική εκτομή είναι το πρότυπο της φροντίδας και το όφελος της συμπληρωματικής χημειοθεραπείας είναι περιορισμένη σε 5-15% βελτίωση στην επιβίωση στο στάδιο II, αλλά όχι το στάδιο της νόσου I [1]. Ωστόσο, η υποτροπή είναι συχνή στον καρκίνο του σταδίου Ι, με 37% των ασθενών πεθαίνουν μέσα σε πέντε χρόνια, ως εκ τούτου, υπάρχει ανάγκη για τον εντοπισμό αξιόπιστων βιοδεικτών της κακής έκβασης, προκειμένου να στοχεύσετε άτομα για τα οποία επικουρική ή νέα στοχευμένη θεραπεία μπορεί να βελτιώσει την επιβίωση. Μεταβολή στο μεταβολισμό του όγκου είναι ένα χαρακτηριστικό γνώρισμα του καρκίνου και υψηλών επιπέδων εξοκινάσης που εξαρτώνται παγίδευσης γλυκόζης σε NSCLC αποδεικνύεται από τυποποιημένες τιμές πρόσληψης σε τομογραφία εκπομπής ποζιτρονίων, συνδέεται με βραχύτερη επιβίωση [2]. Αυτό φαίνεται σε τόσο πρώιμο και προχωρημένο NSCLC [3], [4].

Η τάση Εξαρτημένων ανιόντων Κανάλι 1 (VDAC1) είναι μια πρωτεΐνη της εξωτερικής μιτοχονδριακής μεμβράνης που εμπλέκονται στη ρύθμιση της ATP /ADP ανταλλαγή και αναπνευστικό έλεγχο [5]. VDAC1 αλληλεπιδρά με προ-αποπτωτικών Bcl-2 οικογένεια πρωτεϊνών [6], [7]. Ωστόσο, ο ρόλος του στη ρύθμιση μιτοχονδριακής αποπόλωση της εξωτερικής μεμβράνης υπήρξε αμφιλεγόμενη [8], [9], [10]. Ωστόσο, οι αναδυόμενες δεδομένα προσδιόρισε έναν πιθανό ρόλο για αυτή την πρωτεΐνη στη ρύθμιση της κυτταρικής επιβίωσης και για το λόγο αυτό βρήκαμε άξια περαιτέρω μελέτη. Η μετάβαση διαπερατότητα πόρου, η οποία περιλαμβάνει VDAC1, άμεσα ρυθμίζεται από το BH3-μόνο προ-αποπτωτικών Bcl-2 μέλος της οικογένειας BAD [10] και ρυθμίζει την επιβίωση των κυττάρων. Σε αντίθεση, η ισομορφή τύπου II (VDAC2) έχει αναγνωριστεί ως ένα αντιαποπτωτικές, αρνητικός ρυθμιστής της ΒΑΚ [9], [11], [12]. Η αδενίνη-νουκλεοτίδιο μεταθέτη (ΑΝΤ), το οποίο βρίσκεται στην εσωτερική μιτοχονδριακή θεωρείται επίσης να είναι ένα σημαντικό συστατικό της πόρων μετάβαση διαπερατότητας [13] και μαζί με VDAC πιστεύεται να ελέγχει μιτοχονδριακή διεργασίες αναδιαμόρφωση είτε άμεσα είτε έμμεσα [14] . Πρόσφατα, η βακτηριακή πρωτεΐνη Fila [15], έχει αποδειχθεί ότι ρυθμίζει ένα σύμπλοκο VDAC1 με εξοκινάση II [16] η οποία αναστέλλει την απόπτωση. Ένας αυξανόμενος όγκος δεδομένων υποδηλώνει ότι η αλληλεπίδραση εξοκινάσης-VDAC είναι αντι-αποπτωτική [17], και διάσπαση αυτής της αλληλεπίδρασης θα μπορούσε να είναι μια στρατηγική για την επαγωγή του κυτταρικού θανάτου [18], [19]. σύμπλοκο VDAC-εξοκινάσης έχει αναφερθεί ότι ρυθμίζεται από την κινάση συνθάση γλυκογόνου 3 βήτα [19] και ΑΚΤ [20].

Τα καρκινικά κύτταρα με χαμηλή VDAC1 επάγεται από έκθεμα παρεμβολή RNA ένα ελάττωμα στην ανάπτυξη των κυττάρων in vivo [21 ]. Αντιστρόφως, τα υψηλά επίπεδα των επιπέδων έκφρασης VDAC1 μπορούν να μεταβιβάζουν όγκου πλεονέκτημα κυτταρική επιλογή με τη διευκόλυνση της ενέργειας που εξαρτώνται από διεργασίες, όπως ο πολλαπλασιασμός και διεισδυτικότητα [22]. Αν και εξοκινάση II έκφρασης έχει συνδεθεί με την χειρότερη πρόγνωση [23], μέχρι σήμερα δεν έχουν υπάρξει μελέτες που εξετάζουν την πιθανή προγνωστική επίπτωση της VDAC1 σε ασθενείς με καρκίνο. Ως εκ τούτου, έγινε η υπόθεση ότι η έκφραση VDAC1 θα μπορούσαν να επηρεάσουν την επιβίωση μετά από NSCLC εκτομή. Εδώ, δείχνουμε χρησιμοποιώντας την έκφραση του γονιδίου μετα-ανάλυση ότι VDAC1 υπερέκφραση είναι μια ισχυρή, ανεξάρτητη, φτωχός προγνωστικός παράγοντας σε πρώιμο στάδιο μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα βασίζεται στην συνδυασμένη ανάλυση πολλαπλών συνόλων δεδομένων γονιδιακής έκφρασης. VDAC1 υπερέκφραση συνδέεται σταθερά με υπερέκφραση 6 επιπλέον γονίδια που εμπλέκονται στη σηματοδότηση επιβίωσης, πρωτεΐνης ουβικιτινίωση και δεσμευτική ΑΤΡ. Αυτή η ένωση διατηρείται σε πολλαπλές ανεξάρτητες σύνολα δεδομένων και σε διάφορους καρκίνους προτείνοντας ένα πιθανό ρόλο για αυτές τις βιολογικές διεργασίες στη ρύθμιση της συμπεριφοράς του όγκου και ως εκ τούτου, την κλινική έκβαση σε NSCLC.

Αποτελέσματα

VDAC1 υπερέκφραση προβλέπει μικρότερη επιβίωση σε NSCLC

συνολικά, 8 ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων NSCLC έχουν την επιμέλεια από την έκφραση γονιδίων Omnibus (GEO), με συνολικά 602 μικροσυστοιχίες. Σε όλες τις σειρές δεδομένων υψηλή έκφραση VDAC1 (άνω τριτημόριο) συσχετίστηκε με σημαντικά μικρότερη επιβίωση σε σύγκριση με εκείνη του κατώτερου τριτημόριο για έκφραση VDAC1, p = 0,0353, HR = 0.6639 (0.4528 έως 0.9721) (Σχήμα 1Α). Η μέση συνολική επιβίωση ήταν 101,6 μήνες σε ασθενείς με το χαμηλότερο τριτημόριο VDAC1 και 52 μήνες σε ασθενείς με υψηλότερο VDAC1 τριτημόριο

Εικόνα 1Α:. Εμφανίζει το οικόπεδο Kaplan Meier απεικονίζει την επιβίωση των ασθενών εξαρτάται από την υψηλή και χαμηλή έκφραση VDAC1. Η διακριτή διαφορά στην επιβίωση είναι ορατά εμφανής με τη διάμεση επιβίωση των ασθενών εκφράζουν υψηλά VDAC1 είναι μόνο το μισό των ασθενών χαμηλής έκφρασης. Οι καμπύλες είναι σημαντικά διαφορετικές με ρ = 0,0353 με τη δοκιμή logrank. Εικόνα 1Β: Το οικόπεδο επιβίωσης για τους ασθενείς σταδίου Ι. Και πάλι η διαφορά σε υψηλή και χαμηλή έκφραση δειγμάτων είναι σαφής με ασθενείς χαμηλού VDAC1 έχοντας καλύτερα ποσοστά επιβίωσης. Η δοκιμή logrank αποδεικνύει οι καμπύλες διαφέρουν σημαντικά με p = 0,0455. δείγματα σταδίου Ι ακολουθούν το ίδιο πρότυπο με όλα τα συνδυασμένα δεδομένα από όλα τα στάδια.

Η

έκφραση VDAC1 αποτελεί ανεξάρτητο προγνωστικό παράγοντα

Για να διερευνήσουν περαιτέρω τις επιπτώσεις της VDAC1 στην επιβίωση, θα πραγματοποιηθεί έξω συσχέτιση και την ανάλυση παλινδρόμησης Cox καθώς και πολυπαραγοντική δοκιμές χρησιμοποιώντας PASW Στατιστικά V.18 (SPSS: Μια εταιρεία IBM). υψηλή έκφραση VDAC1 φάνηκε να είναι ένας ανεξάρτητος προγνωστικός μεταβλητή για μικρότερη επιβίωση p & lt? 0.001 επίπεδο. Στάδιο (ρ = 0,013) και Pt, (πρωτογενής όγκος), (ρ = 0.022) αποδείχθηκε επίσης ότι είναι ανεξάρτητες μεταβλητές συσχετίζονται με την επιβίωση, ενώ πολυπαραγοντική ανάλυση έδειξε ότι ο συνδυασμός του σταδίου και ιστολογία επηρεάζει σημαντικά την επιβίωση των ασθενών (p = 0.027). Τα αποτελέσματα από την ανάλυση παλινδρόμησης Cox μπορεί να φανεί στον Πίνακα 1, όπου VDAC1 έχει την πιο σημαντική επίδραση στην επιβίωση ακολουθούμενη από την Πορτογαλία και το στάδιο.

Η

VDAC1 υπερέκφραση προβλέπει μικρότερο χρονικό διάστημα μέχρι την υποτροπή μετά από NSCLC εκτομή

Η επίδραση της έκφρασης VDAC1 στο χρόνο μέχρι την υποτροπή μετά από χειρουργική εκτομή ήταν ενδιαφέρον, όπως η κλινική αυτή η μεταβλητή δεν διαταράσσεται από τη θεραπεία μετά από υποτροπή. Ως εκ τούτου, είναι μια πιο ακριβή μέτρηση της προγνωστικής σημασίας. Έτσι αναλύσαμε μόνο τα στοιχεία υποτροπής και μονοπαραγοντική ανάλυση έδειξε VDAC1 να προβλέψει σημαντικά το χρόνο μέχρι την υποτροπή (p & lt? 0.001). Πληροφορίες για ιστολογική υπότυπο, το φύλο και την ηλικία ήταν διαθέσιμη για όλα τα δείγματα και βρέθηκαν να είναι μη σημαντική με p τιμές 0,35, 0,82 και 0,73 αντίστοιχα. Μια περίληψη της ανάλυσης αυτής μπορούν να βρεθούν στον πίνακα 2. Ομοίως πολυπαραγοντική ανάλυση κατατάσσονται αυτές τις μεταβλητές με την ίδια σειρά, με VDAC1 είναι το μόνο ανεξάρτητο παράγοντα (p & lt? 0.001).

Η

VDAC1 υπερέκφραση στο Στάδιο Ι δειγμάτων οδηγεί σε κακή επιβίωση

Πληροφορίες σχετικά με το στάδιο δεν ήταν διαθέσιμο με όλα τα σύνολα δεδομένων, αλλά αναλύσαμε τι είχαμε πρόσβαση. Είχαμε 89 δείγματα σταδίου Ι και το οικόπεδο Kaplan-Meier για αυτούς τους ασθενείς φαίνεται στο Σχήμα 1Β? p = 0,0455, με μια σχετική αναλογία κινδύνου 0,52 (0,1492 – 0,7653). Βρήκαμε τη συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης VDAC1 και την επιβίωση να είναι πολύ ισχυρή με p & lt? 0.001. ανάλυση παλινδρόμησης Cox στο στάδιο 1 NSCLC, όπου επικουρική χημειοθεραπεία δεν έχει αποδειχθεί ότι βελτιώνει την έκβαση των ασθενών [24], [25], [26], αποκάλυψε κανένα μεταβλητές να είναι στατιστικά σημαντική, αλλά, όπως και στην ανάλυση όλων των δεδομένων, VDAC1 ήταν η μεγαλύτερη επιρροή προγνωστικός δείκτης επιβίωσης (p = 0,241), και κατετάγη πάνω ιστολογία (p = 0,344), την ηλικία (p = 0,465), pT (p = 0.970), pN, (κομβικό στάδιο), (p = 0,975) και το φύλο (p = 0,999). Ο συντελεστής παλινδρόμησης για VDAC1 ήταν 29,18 δείχνει μια πολύ κακή πρόγνωση για τους ασθενείς με υψηλά επίπεδα των αριθμών δείγματος VDAC1.The ήταν χαμηλή για τα στάδια ΙΙ και ΙΙΙ με 68 δείγματα είναι Στάδιο ΙΙ και μόνο 16 δείγματα είναι το στάδιο ΙΙΙ, αυτό καθιστά δύσκολη την απόκτηση στατιστικώς σημαντικά αποτελέσματα. Η συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης VDAC1 και την επιβίωση σε δείγματα σταδίου ΙΙ και δείγματα σταδίου III ήταν ασήμαντος με p = 0,853 και p = 0,701 αντίστοιχα. Είχαμε μια ανεπαρκή αριθμό των συμβάντων σε δύο στάδια για να παράγει μια ακριβή οικόπεδο Kaplan Meier με λιγότερο από 10 περιστατικά θανάτου ανά κατηγορία. Η έλλειψη της τριτοβάθμιας δείγματα σταδίου μας οδήγησε να εστιάσει στην έξοδο από τα δείγματα του σταδίου Ι και από τα συνδυασμένα δεδομένα.

VDAC1 υπερέκφραση συσχετίζεται με ένα διατηρημένο 6-γονιδιακή υπογραφή

Για να αποκτήσουν μια εικόνα για τη βιολογία βασίζεται η κακή πρόγνωση της VDAC1 υπερεκφράζουν NSCLC in vivo, μια ανάλυση που πραγματοποιήθηκε για να προσδιορίσει ποια είναι τα γονίδια και τα δίκτυα γονίδιο που συνδέεται σταθερά με υψηλή έκφραση VDAC1. Ένα υποσύνολο των 6 γονιδίων ταυτοποιήθηκε σε VDAC1 υπερεκφράζουν NSCLC σύνολα δεδομένων που σχετίζονται με σημαντική διαφορική έκφραση σε 50% ή περισσότερο των συνόλων δεδομένων. Αυτά τα γονίδια ήταν CSNK1A1, G3BP1, HNRNPC, HSPA4, HSPA9 και UBE2D2? βλέπε Εικόνα 2, όπου η διαφορά στη μέση έκφραση αυτών των γονιδίων όταν VDAC1 είναι χαμηλή και υψηλή δείχνεται. Όπως ορίζεται από τον Gene Ontology Consortium [27] HNRNPC, HSPA4, HSPA9 και UBE2D2 εμπλέκονται σε μονοπάτια ουμπικουιτίνωση πρωτεΐνη, και CSNK1A1 ρυθμίζει τη λειτουργία eIF2. HSPA9 εμπλέκεται επίσης σε οδούς αντι-απόπτωσης ενώ G3BP1 συνδέεται με μεταγωγή σήματος πρωτεΐνη Ras και εξαρτώμενη ΑΤΡ DNA και τη δραστηριότητα ελικάσης RNA. CSNK1A1, HSPA4 και HSPA9 συνδέονται με δεσμευτικές ΑΤΡ, ενώ HNRNPC εμπλέκεται σε RNA και νουκλεοτιδίων δεσμευτική. Μια περίληψη των όρων GO για αυτά τα γονίδια μπορούν να βρεθούν στον Πίνακα 3. HNRNPC, HSPA9, G3BP1 και UBE2D2 προσδιορίστηκαν ως προγνωστικός χωριστά όταν μια μονοπαραγοντική ανάλυση πραγματοποιήθηκε στα επίπεδα έκφρασης τους και ο χρόνος επιβίωσης, οι σχετικές τιμές ρ ήταν 0.027 , 0.002, 0.02 και 0.003 αντίστοιχα.

Αυτό το γράφημα δείχνει τη μεταβολή στη γονιδιακή έκφραση του διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων μας στα δείγματα όπου η έκφραση VDAC1 είναι χαμηλό και όταν είναι υψηλή. Όλα τα γονίδια που συλλογικά απαρτίζεται υπογραφή μας ρυθμίζεται προς τα πάνω και έτσι να αυξήσει κατά VDAC1 αυξήσεις.

Η

Ανεξέλεγκτη ανάλυση εντοπίζει VDAC1 ως προγνωστικός και συνδέεται με ένα 6-γονίδιο υπογραφή

αναλύσαμε επίσης τα δεδομένα χωρίς φιλτράρισμα για την έκφραση VDAC1 να επαναβεβαιώσει VDAC1 θα ήταν σημαντικά διαφορικά εκφρασμένων κατά τη σύγκριση των επιπέδων έκφρασης των ζωντανών και νεκρών ασθενών. Χρησιμοποιώντας αυτή τη μέθοδο χωρίς επίβλεψη και την κατάταξή γονιδιακής έκφρασης σύμφωνα με συνολικό χρόνο επιβίωσης, VDAC1 βρέθηκε να ρυθμίζεται προς τα κάτω σε ασθενείς με μεγαλύτερη επιβίωση. Ομοίως, οι 6 γονίδια που ρυθμίζονται παράλληλα VDAC1 συμπεριφέρθηκαν με τον ίδιο τρόπο, το καθένα από αυτά ρυθμίστηκαν προς τα κάτω σε δείγματα από ασθενείς που επιβίωσαν για μεγάλο χρονικό διάστημα.

6-γονίδιο Υπογραφή σύνδεσης με VDAC1 υπερέκφραση είναι ανεξάρτητη του τύπος καρκίνου

για να επιβεβαιώσετε την εγκυρότητα και την πιθανή βιολογική σημασία της 6-γονιδίου υπογραφή συναλλοίωτη με VDAC1 δοκιμάσαμε διακριτική εξουσία της σε ένα ανεξάρτητο σύνολο δεδομένων του καρκίνου του μαστού. Ένα t-test διεξήχθη συγκρίνοντας υψηλής και χαμηλής δείγματα VDAC1 εκφράζουν. Βρήκαμε όλα τα 6 γονίδια ρυθμίζεται προς τα πάνω, όταν VDAC1 ήταν ιδιαίτερα εκφράζεται. Ομοίως, η έκφραση ήταν χαμηλή όταν η έκφραση VDAC1 ήταν χαμηλή και έτσι υπογραφή μας γονιδίων συναλλοίωτη με VDAC1 στα δεδομένα NSCLC παρουσίαζαν τα ίδια πρότυπα έκφρασης στα δεδομένα του καρκίνου του μαστού. Μπορούμε επίσης να διεξάγονται την ίδια δοκιμή χρησιμοποιώντας ένα ανεξάρτητο σύνολο δεδομένων καρκίνου του μυελώματος, που εκτελεί ένα t-test για τα στοιχεία που χωρίστηκε με βάση VDAC1 υψηλής και χαμηλής έκφρασης. Βρήκαμε πάλι όλα από τα 6 γονιδίων σε μας μετα-υπογραφή επιστρέφεται ως στατιστικά σημαντικές σε ρ & lt? 0.001 επίπεδο. Πρόσθετες επικύρωση βρέθηκε μέσα από την ανάλυση των κυτταρικών σειρών NCI60 βρέθηκαν σε GSE2003. Εμείς πάλι σύγκριση των δειγμάτων με βάση την έκφραση VDAC1 και βρήκε το 6-γονίδιο υπογραφή διατηρήθηκε σε 8 από αυτές τις κυτταρικές σειρές, δηλαδή UACC62 και SK_MEL2 (μελάνωμα), SF295 και SF539 (CNS), Α498 και SNC12C (νεφρική), Η23 και HOP62 (NSCLC). Αναλύοντας τα δεδομένα NCI60 για χαμηλή VDAC1 με χαμηλή έκφραση του γονιδίου 6-υπογραφή εντοπίστηκαν 5 κυτταρικές σειρές, CCRF-CEM, RPMI-8226 και K562B (λευχαιμία), IGROV1 (των ωοθηκών) και Η522 (NSCLC).

επικύρωση της 6-γονιδίου υπογραφή χρησιμοποιώντας ανάλυση κυρίων συνιστωσών (PCA)

PCA βοηθά να εξηγήσει την διακύμανση στα δεδομένα και είναι μια κοινή τεχνική για τη μείωση διάστασης σε δεδομένα υψηλής διάστασης. Πραγματοποιήσαμε το PCA για το σύνολο δεδομένων NSCLC GSE3141 και διαπίστωσε ότι αν και υπήρχαν κάποιες ακραίες τιμές χρησιμοποιώντας την πρώτη κύρια συνιστώσα, η οποία λογίζεται ως ένα μεγάλο μέρος της μεταβλητότητας του δυνατού, όλα τα 6 από τα γονίδια στο μας μετα-υπογραφή ήταν στην κορυφή του 1% με βάση τα φορτία συνιστώσα PC1. HNRNPC και G3BP1 απέδωσε ιδιαίτερα καλά τοποθετούνται τέταρτη και πέμπτη στη λίστα αντίστοιχα.

πρωτεϊνών Αλληλεπίδραση (PPI) Δίκτυα

Στο δίκτυο VDAC1 ΠΠΑ, χρησιμοποιώντας [28] κατηγοριοποίηση Yu et al του , κωδικοποιημένες πρωτεΐνες είχαν χαρακτηριστεί είτε ως κόμβων (κόμβους με υψηλές τιμές βαθμό που συνιστούν ευάλωτες περιοχές του δικτύου) ή /και συμφόρησης (εκείνοι με βαθμολογία κεντρικότητα υψηλή betweenness που αντιστοιχεί στο βασικό κόμβοι τομής). VDAC1 και τέσσερα από τα γονίδια, CSNK1A1, HSPA4, HNRNPC και UBE2D2 θεωρήθηκαν ως δύο hub-συμφόρησης.

Ομαδοποίηση εντοπίζονται πιθανές ομάδες γονιδίων που λειτουργούν στα ίδια μονοπάτια, διαδικασίες ή μοριακών συμπλόκων. Πέντε από τα γονίδια, G3BP1, UBE2D2, VDAC1, CSNK1A1 και HSPA4 ανήκαν σε τέσσερις συστάδες υψηλής βαθμολόγησης, η υψηλότερη κατάταξη από αυτά που περιέχουν και UBE2D2 και G3BP1. Λειτουργική ανάλυση αποκάλυψε αυτό το σύμπλεγμα να συνδέεται πλέον σημαντικά με τον τομέα SH2, θέσεις πρόσδεσης ΑΤΡ, πρωτεΐνης και δραστικότητα κινάσης πρωτεΐνης τυροσίνης, αυτοφωσφορυλίωση, δραστικότητα παράγοντα δέσμευσης DNA και η μεταγραφή. Η επόμενη πιο σημαντική σύμπλεγμα VDAC1 σχετίζονται περιλαμβάνονται HSPA4 οποία εμπλουτίστηκε στο πυρηνικό αυλό και νουκλεόπλασμα συστατικά και διαδικασίες RNA-δεσμευτικές και ματίσματος mRNA. ίδια VDAC1 συνδέθηκε με μια συστάδα top-βαθμολόγησης λειτουργικά εμπλουτισμένο σε ρύθμιση του προγραμματισμένου κυτταρικού θανάτου, την απόπτωση, αντι-απόπτωση, πυρηνόπλασμα, ενδοκυτταρικό οργανίδιο αυλό, δέσμευσης παράγοντα μεταγραφής και δραστηριότητες καταστολέα. Το σύμπλεγμα των οποίων CSNK1A1 ήταν ένα μέλος σχετίστηκε με σημαντική λειτουργικότητα σε επιχρισμένα λάκκο, ενδομεμβρανικού σύστημα, ενδοκύτωση, ενδοσώματος, δεσμευτικές και μεταφορικές δραστηριότητες.

Συντομότερη ανάλυση μονοπάτι αποκάλυψε μια υπο-δίκτυο των 14 γονιδίων, που περιλαμβάνει την VDAC1 γονίδια υπογραφή και κλειδιά που συνδέονται μεταξύ τους εταίρους, συμπεριλαμβανομένων TP53, RASA1, GRB2, CBL, CSK, RAF1 και KPNA2, βλέπε Σχήμα 3. Μόνο δύο από τα γονίδια HNRNPC και CSNK1A1 ήταν άμεση αλληλεπιδρούν? ικανότητα δέσμευσης HNRNPC του να διαμορφώνεται από φωσφορυλίωση CSNK1A1 μεσολάβηση.

Αυτά εμφανίζονται με πιο-πιο συχνά εμφανιζόμενες διασυνδεόμενων γονίδια. Συντομότερη διαδρομή ανάλυση αποκάλυψε μια υπο-δίκτυο των 14 γονιδίων, που περιλαμβάνει VDAC1 και τις 6 διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων που σχετίζονται με την έκφραση VDAC1. Οι βασικοί εταίροι διασυνδεόμενων περιλαμβάνονται TP53, RASA1, GRB2, CBL, CSK, RAF1 και KPNA2. Μόνο HNRNPC και CSNK1A1 αλληλεπιδρούν άμεσα.

Η

Λειτουργική ανάλυση αποκάλυψε εμπλουτισμένο διαδικασίες που συνδέονται κατά κύριο λόγο με τα γονίδια-στόχους VDAC1 συμπεριλαμβανομένης της ΑΤΡ-δέσμευσης και νουκλεοτιδικά δεσμευτική. Τόσο η VDAC1-στόχος και εσωτερική γονίδια συντομότερης διαδρομής συμμετείχαν από κοινού σε μια σειρά από σημαντικά εμπλουτισμένη διαδικασιών και μονοπάτια. Αυτά περιλαμβάνονται σηματοδότηση διαδικασίες, τις μεταφορές (πυρηνοκυτταροπλασματικής μεταφορές, την πυρηνική μεταφορά, ενδοκυτταρική πρωτεΐνη μεταφοράς) και αντι-απόπτωση (ενδοκυτταρικό καταρράκτη, RAS μεταγωγής σήματος της πρωτεΐνης, μικρές ΟΤΡάσης μεσολάβηση της μεταγωγής σήματος σηματοδότησης).

Τα γονίδια που παρέχουν εσωτερικές συνδέσεις μέσα το δίκτυο συντομότερης διαδρομής ήταν σημαντικά εμπλουτισμένη σε μονοπάτια σηματοδότησης, π.χ. Νευροτροφίνης, IGF-1, ινσουλίνη, ΤΡΟ, PDGF, EGF, ιντεγρίνη, υποδοχέα Τ κυττάρου, ΜΑΡΚ και ERKB. Περαιτέρω οδούς που εντοπίστηκαν περιλαμβάνονται: σηματοδότηση του υποδοχέα αυξητικού παράγοντα ηπατοκυττάρων, διαμεμβρανική πρωτεΐνη υποδοχέα κινάσης τυροσίνης μονοπάτι σηματοδότησης, ένζυμο συνδεδεμένη πρωτεΐνη υποδοχέα μονοπατιού σηματοδότησης, ρύθμιση sprouty σημάτων κινάσης τυροσίνης και IL-2 υποδοχέα β Αλυσίδα σε ενεργοποίηση Τ κυττάρου

Οι κύριες συνδυασμένες δραστηριότητες των γονιδίων VDAC1 (CSNK1A1, G3BP1, HSPA4, HSPA9 και UBE2D2) επικεντρώθηκαν στην ΑΤΡ και νουκλεοτιδικά δεσμευτική. Συγκεκριμένο άτομο εμπλουτισμένη λειτουργικότητα επίσης συνέβη, π.χ. δραστικότητα κινάσης πρωτεΐνης και αλληλεπίδραση ξενιστή-ιού (που σχετίζεται με τα γονίδια CSNK1A1 και VDAC1, αντίστοιχα).

Είναι ενδιαφέρον ότι, αν και λιγότερο προεξέχοντα εντός του δικτύου ΠΠΑ, τα γονίδια δύο μη hub-μη-συμφόρησης, HSPA9 και G3BP1, εμπλουτίστηκαν σε διακεκριμένα σύνολα λειτουργιών. Στην περίπτωση των G3BP1, μεταγωγής σήματος τονίστηκε (τόσο μικρό ΟΤΡάσης και πρωτεΐνη RAS) σε συνδυασμό με τα συνδετικά γονίδια, RAF1 και GRB2. HSPA9, ιδίως, συνδέθηκε με δύο ομάδες των λειτουργιών: στόχευση πρωτεϊνών και των μεταφορών (ενδοκυτταρική πρωτεΐνη, τα πυρηνικά και πυρηνοκυτταροπλασματικής) σε συνδυασμό με το TP53 και KPNA2? και αρνητική ρύθμιση του κυτταρικού θανάτου, την απόπτωση και τον προγραμματισμένο κυτταρικό θάνατο (μαζί με TP53 και RASA1).

Συζήτηση

VDAC1 υπερέκφραση προβλέπει μικρότερο χρονικό διάστημα μέχρι την υποτροπή και η συνολική επιβίωση για NSCLC, όπως αποδεικνύεται από το σύνολο γονιδίων ανάλυση έκφρασης. Είναι ένας ανεξάρτητος προγνωστικός παράγοντας, όπως αποδεικνύεται από την ανάλυση παλινδρόμησης Cox και προβλέπει την επιβίωση στο στάδιο 1 της νόσου, όπου η ανάλυση υποομάδας τυχαιοποιημένες ελεγχόμενες κλινικές δοκιμές των επικουρική χημειοθεραπεία έχουν αποτύχει να δείξει κλινικό όφελος [24], [25], [26]. Μια προσέγγιση ανάλυσης δεδομένων έκφρασης σε συνδυασμό γονιδίων έχει χρησιμοποιηθεί για να διερευνηθεί η επίδραση της έκφρασης VDAC1 στην επιβίωση, η οποία ήταν στατιστικά σημαντική σε όλα τα επιμέρους σύνολα δεδομένων που εξετάστηκαν.

Αρκετές πρόσφατες μελέτες ανάλυσης των δεδομένων των μικροσυστοιχιών για προγνωστικοί δείκτες σε NSCLC έχουν παραχθεί ασυνεπής αποτελέσματα [29]. Η διακριτή έλλειψη επικάλυψης συνδέονται μεταξύ των υπογραφών αυτών αντανακλά την αστάθεια και αποδίδεται σε μικρά μεγέθη δείγματος με λιγότερα από 200 δείγματα που χρησιμοποιήθηκαν ανά μελέτη. Ανάλυση πολλαπλών συνόλων δεδομένων, για παράδειγμα, συνδυασμένη ανάλυση των συνόλων δεδομένων γονιδιακής έκφρασης μικροσυστοιχιών αντιμετώπιση παρόμοιων βιολογικών ερωτήσεις που διεξάγονται σε ερμηνευτικό επίπεδο από μετα-ανάλυση, μπορεί να επιτρέψει πιο ακριβή αποτελέσματα. Πολλές μελέτες προτείνουν μεθόδους για την μετα-ανάλυση των δεδομένων των μικροσυστοιχιών με σκοπό τον εντοπισμό σημαντικά διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων σε όλες τις μελέτες χρησιμοποιώντας στατιστικές μεθόδους που αποφεύγουν την άμεση σύγκριση των τιμών γονιδιακής έκφρασης [30]. Η αξιολόγηση των πολλαπλών συνόλων δεδομένων, όπως χρησιμοποιείται στην παρούσα μελέτη έχει δείξει να δώσει πιο αξιόπιστα και έγκυρα αποτελέσματα, διότι βασίζονται σε μεγάλο αριθμό δειγμάτων και το άτομο προκατάληψη που προκαλείται από κάθε μελέτη αποδυναμώνεται [30].

δεν είναι γνωστό γιατί VDAC1 συσχετίζεται με προβλήματα επιβίωσης. Για να κατανοήσουμε τα πιο σχετικά γενετικά χαρακτηριστικά των VDAC1 υπερεκφράζουν NSCLC, πραγματοποιήσαμε μια έκφραση του γονιδίου μετα-ανάλυση [31], [32] για να προσδιορίσει ένα υποσύνολο των γονιδίων (υπογραφή) που ήταν σημαντικά εμπλουτισμένη. Εμείς που χρησιμοποιούνται αυστηρά στατιστικά κριτήρια, σε συνδυασμό με το μεγάλο μέγεθος του δείγματος για να υποστηρίξει την αναγνώριση αυτών των VDAC1-covariant γονίδια. VDAC1 και 6 γονίδιο υπογραφή στη συνέχεια επαληθεύεται σε μαστού, μυέλωμα και NCI-60 σύνολα δεδομένων [33], υποδηλώνοντας εμπλουτισμό των γονιδίων τα οποία ήταν ανεξάρτητη από τον τύπο του καρκίνου.

Είναι ενδιαφέρον ότι, από τα 6 γονιδίων που ταυτοποιούνται ως συντηρημένες και σημαντικά διαφορικά ρυθμίζονται στην ομάδα υψηλής VDAC1 εκφράζοντας, οι περισσότεροι είχαν συνδέονται λειτουργικά με τη ρύθμιση του κύκλου εργασιών της πρωτεΐνης. Τα γονίδια αυτά περιλαμβάνονται θερμικού σοκ 70kDa πρωτεΐνη 4 (HSPA4), ουβικιτίνης-σύζευξη ενζύμου E2D 2 (UBE2D2), και θερμικού σοκ 70kDa πρωτεΐνη 9 (mortalin /HSPA9), το οποίο κωδικοποιεί ένα γλυκόζης ρυθμίζεται 75 πρωτεΐνη kilodalton έχουν αναφερθεί στο παρελθόν, όπως συσχετίζεται με κακή επιβίωση σε ορθοκολικό του καρκίνου [34]. HSPA9 δεσμεύει επίσης και αδρανοποιεί άγριου τύπου ρ53 [35], και ρυθμίζει την οδό RAS RAF ΜΕΚ [36]. Ομοίως, ρ53 και RAS είναι στόχοι της ΟΤΡάσης πρωτεΐνης ενεργοποίησης (SH3 τομέα) πρωτεΐνης σύνδεσης 1 (G3BP1) [37], και φαίνεται να προβλέψουμε βραχύτερη επιβίωση σε καρκίνο του οισοφάγου [38]. Καζεΐνη κινάσης 1, άλφα 1 (CSNK1A1) ρυθμίζει τον κύκλο εργασιών πρωτεΐνη μέσω της έναρξης της μετάφρασης μέσω eIF2 και συμμετέχει στη σηματοδότηση Wnt? μια CSKNK2A1 ομόλογο έχει προηγουμένως αναγνωριστεί ως ανεξάρτητο προγνωστικό παράγοντα επιβίωσης στον καρκίνο εκ πλακωδών κυττάρων του πνεύμονα [39]. Όπως G3BP1, ετερογενές πυρηνικό ριβονουκλεοπρωτεϊνικού C (C1 /C2) ή HNRNPC εμπλέκεται σε RNA δεσμευτική και μεταγραφής [40].

Τα δίκτυα ΠΠΑ διαπίστωσε ότι οι κύριες συνδυασμένες δραστηριότητες των γονιδίων VDAC1 (CSNK1A1, G3BP1, HSPA4 , HSPA9 και UBE2D2) επικεντρώθηκαν σε ΑΤΡ και νουκλεοτιδικά δεσμευτική. Συγκεκριμένο άτομο εμπλουτισμένη λειτουργικότητα επίσης συνέβη, π.χ. δραστικότητα κινάσης πρωτεΐνης και αλληλεπίδραση ξενιστή-ιού (που σχετίζεται με τα γονίδια CSNK1A1 και VDAC1, αντίστοιχα). Είναι ενδιαφέρον, αν και λιγότερο εμφανή εντός του δικτύου ΠΠΑ, τα γονίδια δύο μη-hub-μη-συμφόρησης, HSPA9 και G3BP1, εμπλουτίστηκαν σε διακριτά σύνολα λειτουργιών. Στην περίπτωση των G3BP1, μεταγωγής σήματος τονίστηκε (τόσο μικρό ΟΤΡάσης και πρωτεΐνη RAS) σε συνδυασμό με τα συνδετικά γονίδια, RAF1 και GRB2. HSPA9, ιδίως, συνδέθηκε με δύο ομάδες των λειτουργιών: στόχευση πρωτεϊνών και των μεταφορών (ενδοκυτταρική πρωτεΐνη, τα πυρηνικά και πυρηνοκυτταροπλασματικής) σε συνδυασμό με το TP53 και KPNA2? και αρνητική ρύθμιση της απόπτωσης (μαζί με TP53 και RASA1).

Συμπεράσματα

Εν κατακλείδι, με βάση την κακή πρόγνωση που συνδέονται με την υπερέκφραση του VDAC1 και των συνδεδεμένων 6-γονιδιακή υπογραφή, μέθοδοι για τη στόχευση αυτή μοριακό υποκατηγορία των NSCLC μπορεί να είναι αποτελεσματική στην βελτίωση της επιβίωσης αποτελέσματα μετά την επέμβαση. Έχουμε εντοπίσει κυτταρικές σειρές που έχουν προς τα πάνω ρύθμιση της 6-γονίδιο υπογραφή βρέθηκαν σε VDAC1 υπερεκφράζουν NSCLC. Συνεχίζεται το έργο στοχεύει να στοχεύσετε αυτή την υπογραφή για τον προσδιορισμό των επιπτώσεων στη βιωσιμότητα των κυττάρων χρησιμοποιώντας το χάρτη συνδεσιμότητα. Προτείνουμε ότι ρυθμίζουν την έκφραση του VDAC1 ή /και γονίδια με το 6-γονίδιο υπογραφή, θα μπορούσε να παρέχει μία νέα θεραπευτική στρατηγική για τη στόχευση ασθενείς φτωχών κινδύνου με NSCLC

Υλικά και Μέθοδοι

Η γονιδιακή έκφραση. σύνολα δεδομένων

Για τη διεξαγωγή της γονιδιακής έκφρασης μετα-ανάλυση, μια βιβλιοθήκη των συνόλων δεδομένων γονιδιακής έκφρασης 8 NSCLC επιμελήθηκε από NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) [41]: GSE8894, GSE3141 (τύπος πίνακα: HG-U133 Plus2.0 ), GSE6253, GSE4573 (τύπος πίνακα: HG-U133A), GSE6253 (τύπος πίνακα: HG-U133B), GSE6253 (τύπος πίνακα: HG-U95Av2), GSE4716 (τύπος πίνακα: GeneFilter Ανθρωπίνων μικροσυστοιχιών τύπου ΙΙ) και GSE5123 (τύπος array : PC Ανθρώπινη Operon v 2 21k). Είχαν 602 δείγματα συνολικά και περιείχε πληροφορίες για την έκφραση του γονιδίου σε κυρίως εκτομή δείγματα όγκων που είχαν λάβει καμία προηγούμενη επεξεργασία. Είχαν προ-επεξεργασία με τη χρήση R [42] και Bioconductor [43]. Η κανονικοποίηση διεξήχθη με τη χρήση του αλγορίθμου RMA [44] όπως εφαρμόζεται στο Bioconductor. Τα δεδομένα ήταν βάση δύο log-μετασχηματιστεί, κατά περίπτωση. Μαζί με τις μετρήσεις γονιδιακής έκφρασης, υπήρχαν επίσης καταγραφές των πληροφοριών του ασθενούς, όπως η ηλικία, το φύλο, ιστολογία και συνολικό χρόνο επιβίωσης, και σε κάποιο στάδιο περιπτώσεις, επανάληψη ελεύθερο χρόνο επιβίωσης, το στάδιο του όγκου (ΡΤ) και κομβικών στάδιο (ΡΝ) καταγράφηκαν επίσης . Τα γονίδια που βρέθηκαν να είναι σημαντικά διαφορικά εκφράζονται στα σύνολα δεδομένων NSCLC στη συνέχεια επικυρώνονται ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων καρκίνο του μαστού που λαμβάνονται από GEO: GSE6434 περιέχει HG-U95Av2 δεδομένων πίνακα από 24 ασθενείς που είχαν υποβληθεί σε χημειοθεραπεία και GSE2034 με δεδομένα array HG-U133A από 286 δείγματα. Δοκιμάσαμε επίσης την μετα-υπογραφή σε ένα σύνολο δεδομένων μυέλωμα (GSE2658) με HG-U133 Plus2.0 δεδομένων πίνακα από 559 ασθενείς που είχαν υποβληθεί σε χημειοθεραπεία. Περαιτέρω επικύρωση βρέθηκε μέσα από την ανάλυση του NCI60 πίνακα κυτταρική σειρά (GSE2003) ήταν ελέγξαμε γονιδιακή έκφραση ταιριάζει αυτό που βρήκαμε στο υποσύνολο μας σημαντικών γονιδίων. Επιπλέον, ελέγξαμε τα αποτελέσματά μας με τη διεξαγωγή ανάλυση σε κύριες συνιστώσες με τα δεδομένα σε GSE3141.

μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική ανάλυση επιβίωσης

Η κατανομή της έκφρασης VDAC1 υποδιαιρείται σε τριτημόρια για κάθε σύνολο δεδομένων, που αντιστοιχούν σε χαμηλή, μεσαία και υψηλή. Καμπύλες κατά Kaplan-Meier χαράχθηκαν χρησιμοποιώντας Prism (GraphPad Software, San Diego California USA, www.graphpad.com) με βάση τα στοιχεία επιβίωσης, συγκρίνοντας την υψηλότερη έναντι χαμηλότερο τριτημόριο για VDAC1, αρχικά αυτά τα οικόπεδα παρήχθησαν για όλα τα δεδομένα και, στη συνέχεια, μόνο για το στάδιο αναλογίες I. κινδύνου συγκρίνοντας χαμηλά και υψηλά δείγματα VDAC1 εκφράζουν υπολογίστηκαν. Πραγματοποιήσαμε ανάλυση συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης VDAC1 και χρόνο επιβίωσης με τη χρήση συντελεστή συσχέτισης του Spearman. Πραγματοποιήσαμε επίσης μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική ανάλυση με τη χρήση PASW (SPSS: Μια εταιρεία IBM), χωρίς υποτροπή και η συνολική επιβίωση χρησιμοποιήθηκαν ως κλινικά τελικά σημεία για την αξιολόγηση προγνωστική σημασία της VDAC1? η αναλογία logrank θεωρήθηκε ότι είναι σημαντικό αν p & lt? 0,05. Cox πολυπαραγοντική ανάλυση χρησιμοποιήθηκε για να προσδιοριστεί αν VDAC1 αποτελεί ανεξάρτητο προγνωστικό μεταβλητή σε σχέση με 7 κλινικές μεταβλητές:. Η ηλικία, το φύλο, το στάδιο, ιστολογία, το μέγεθος του όγκου (PT), κομβικό στάδιο (PN) και την επιβίωση

Εποπτευόμενοι μικροσυστοιχιών μετα-ανάλυση

επιλεγεί η μέθοδος που ονομάζεται μετα-ανάλυση των μικροσυστοιχιών για να καθορίσει ποια γονίδια ρυθμίζονται παράλληλα VDAC1 [45]. Κάθε σύνολο δεδομένων υποδιαιρείται σύμφωνα με την έκφραση VDAC1 σε τριτημόρια? συγκρίναμε τα δείγματα πάνω και κάτω τριτημόρια VDAC1, χρησιμοποιώντας TMeV [46]. Κάθε γονίδιο αξιολογήθηκε για διαφορική έκφραση χρησιμοποιώντας ένα t-test δύο κατηγορίας για κάθε σύνολο δεδομένων με την κατηγορία 1 είναι χαμηλή έκφραση VDAC1 και κατηγορίας 2, υψηλή έκφραση VDAC1. διόρθωση Bonferroni ήταν χρησιμοποιείται επίσης και η ανάλυση αυτή διεξήχθη επί όλων των 8 σύνολα δεδομένων. διόρθωση Bonferroni βοηθά την ελαχιστοποίηση της πιθανότητας δημιουργίας ψευδών θετικών. Ο αριθμός των ανιχνευτών είναι τεράστια με κάποια σύνολα δεδομένων που περιέχουν πάνω από 54 000, έτσι για να μειωθεί σημαντικά γονίδια μας σε ένα διαχειρίσιμο λίστα ανά σύνολο δεδομένων χρησιμοποιήσαμε ένα αυστηρό cut off κριτηρίων όπου ένα γονίδιο σημάνθηκε ως σημαντικά διαφορικά εκφρασμένων εάν το t-test επέστρεψε αξία ap μικρότερο από 0.001. Οι ίδιες υποθέσεις εξετάστηκαν σε κάθε σύνολο δεδομένων NSCLC ανεξάρτητα π.χ. γονίδια εκφράζονται διαφορικά με βάση την έκφραση VDAC1. Για να ενεργοποιήσετε πολλαπλές δοκιμές υπόθεση, χρησιμοποιήσαμε μια μέθοδο που συγκρίνει στατιστικά μέτρα και τις τιμές Q (κατ ‘εκτίμηση ποσοστών εσφαλμένων ανακάλυψη) υπολογίζεται ανεξάρτητα από κάθε σύνολο δεδομένων [32], [47], όπου

Όπου p είναι η πιθανότητα, n είναι ο συνολικός αριθμός των γονιδίων και i είναι η ταξινομημένη βαθμό του ρ τιμή. Η αυστηρή π τιμή αποκοπής που εφαρμόζεται μεταφέρθηκε όταν υπολογίστηκαν οι τιμές Q. Μετά την κατάταξη τους σημαντικά διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων με βάση την αξία Q τους μια κατεύθυνση και τη σημασία όριο της Q & lt? 0,10 ορίστηκε να καθορίσει διαφορική υπογραφές έκφραση από τον ήδη υπολογιστεί ανάλυση διαφορικής έκφρασης. Έχοντας λάβει μια διατεταγμένη λίστα των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων για κάθε σύνολο δεδομένων τα γονίδια στη συνέχεια διηθήθηκαν με βάση τον αριθμό των συνόλων δεδομένων στην οποία είχαν διαφορικά εκφραζόμενα .. Τα γονίδια που ορίστηκαν ως σημαντικά διαφορικά εκφρασμένων στη συνέχεια επικυρώνονται ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων του καρκίνου του μαστού (GSE6434 και GSE2034) που λαμβάνεται από GEO με 24 και 286 δείγματα, αντίστοιχα. Δοκιμάσαμε επίσης την μετα-υπογραφή σε ένα σύνολο δεδομένων μυέλωμα (GSE2658) με 559 δείγματα. Τ-τεστ εκτελέστηκαν σε αυτή την επιπλέον δεδομένα? συγκρίναμε υψηλής και χαμηλής VDAC1 εκφράζουν δείγματα για να προσδιοριστεί εάν τα γονίδια από την υπογραφή μας ταυτοποιήθηκαν και πάλι. Η ίδια διαδικασία χρησιμοποιήθηκε για τις κυτταρικές σειρές NCI60 για τον εντοπισμό κυτταρικών σειρών στις οποίες τα επίπεδα έκφρασης συμφωνημένα υπογραφή μας.

πρωτεΐνη Πρωτεΐνη δίκτυο αλληλεπίδραση ανάλυση

Χρήση VDAC1 και τα έξι γονίδια που συνδέονται SDE ως σπόροι μαζί με τα αλληλεπιδράσεις τους στη βάση δεδομένων του Ανθρώπου πρωτεΐνης αναφοράς (HPRD) [48], ένα δίκτυο γονέας PPI (συμπεριλαμβανομένης της επαναληπτικής αλληλεπιδράσεις) δημιουργήθηκε χρησιμοποιώντας ένα πρόγραμμα Java που βασίζεται σε in-house. Χρησιμοποιώντας αυτές τις πρωτεΐνες σπόρων, όπως το αρχικό βάθος (επίπεδο 0), μετέπειτα βάθη ελήφθησαν χρησιμοποιώντας χιονοστιβάδας δειγματοληψίας. Το δίκτυο μητρική PPI (9266 γονίδιο κόμβους, 38800) στη συνέχεια είδαν, χειραγωγείται και αναλύονται σε Cytoscape [49]. Χρήση του αναλυτή δικτύου plug-in [50] γονίδιο κόμβους στη συνέχεια προσδιορίζονται είτε ως κόμβοι ή τα σημεία συμφόρησης χρησιμοποιώντας την κατάταξη του Yu et al [28]?