Αφηρημένο

Στόχοι

του υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (EGFR)

γονιδιακές μεταλλάξεις σε όγκους προβλέψει απόκριση όγκου στους αναστολείς τυροσίνης κινάσης του EGFR (EGFR-ΤΚΙδ) στον καρκίνο του πνεύμονα μη-μικρού κυττάρου (NSCLC). Ωστόσο, η λήψη ιστού του όγκου για ανάλυση μετάλλαξης είναι προκλητική. Εδώ, έχουμε ως στόχο να ανιχνεύσει πεπτίδια ορού /πρωτεϊνών που σχετίζονται με το

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου, και να ελέγξετε κατά πόσο θα μπορούσε να αναπτυχθεί ένας αλγόριθμος ταξινόμησης βασίζεται στην πρωτεομική προφίλ του ορού να αναλύσει

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου σε ενίσχυση θεραπευτική διαδικασία λήψης αποφάσεων.

ασθενείς και Μέθοδοι

Ο ορός που συλλέχθηκαν από 223 σταδίου ΙΙΙΒ ή IV NSCLC ασθενείς με γνωστή

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου σε όγκους τους πριν από τη θεραπεία ήταν αναλύθηκαν με υποβοηθούμενη από μήτρα λέιζερ εκρόφησης /ιοντισμού χρόνου πτήσης φασματομετρίας μάζας (MALDI-TOF-MS) και το λογισμικό ClinProTools. Διαφορές σε πεπτίδια /πρωτεΐνες ορού μεταξύ των ασθενών με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις και αγρίου τύπου

EGFR

γονίδια εντοπίστηκαν σε μια εκπαιδευτική ομάδα 100 ασθενών? με βάση αυτή την ανάλυση, ένας αλγόριθμος πρωτεομική κατάταξη ορό αναπτύχθηκε για να ταξινομήσει

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου και δοκιμαστεί σε μια ανεξάρτητη ομάδα επικύρωσης των 123 ασθενών. Η συσχέτιση μεταξύ

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου, όπως προσδιορίζονται με την πρωτεομική ταξινομητή ορού και απάντηση σε EGFR-TKIs αναλύθηκε.

Αποτελέσματα

Εννέα πεπτιδίων /πρωτεϊνών κορυφές ήταν σημαντικά διαφορετικές μεταξύ ασθενών με NSCLC με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις και αγρίου τύπου

EGFR

γονίδια στην ομάδα κατάρτισης. Ένα γενετικό μοντέλο αλγόριθμο που αποτελείται από πέντε πεπτιδίων /πρωτεϊνών (m /z 4092,4, 4.585,05, 1365,1, 4.643,49 και 4.438,43) αναπτύχθηκε από την ομάδα κατάρτισης να διαχωρίσει ασθενείς με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις και αγρίου τύπου

EGFR

γονίδια. Ο ταξινομητής επέδειξε ευαισθησία 84,6% και ειδικότητα 77,5% στην ομάδα επικύρωσης. Στους 81 ασθενείς από την ομάδα επικύρωση θεραπεία με EGFR-TKIs, 28 (59,6%) από 47 ασθενείς των οποίων ταιριάζουν δείγματα επισημαίνονται ως «μεταλλαγμένη» από τον ταξινομητή και 3 (8,8%) από 34 ασθενείς των οποίων αντίστοιχα δείγματα χαρακτηρίστηκαν ως » άγρια ​​»επιτευχθεί μια αντικειμενική ανταπόκριση (p & lt? 0,0001). Οι ασθενείς των οποίων ταιριάζουν δείγματα επισημαίνονται ως «μεταλλαγμένη» από τον ταξινομητή είχαν σημαντικά μεγαλύτερη επιβίωση χωρίς εξέλιξη της νόσου (PFS) από τους ασθενείς των οποίων αντίστοιχα δείγματα χαρακτηρίστηκαν ως «άγρια» (p = 0,001).

Συμπέρασμα

τα πεπτίδια /πρωτεΐνες που σχετίζονται με

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου βρέθηκαν στον ορό. Ταξινόμηση των

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου χρησιμοποιώντας την πρωτεομική ταξινομητή ορού εγκατεστημένος στην παρούσα μελέτη σε ασθενείς με σταδίου ΙΙΙΒ ή IV NSCLC είναι εφικτή και μπορεί να προβλέψει ανταπόκριση του όγκου σε EGFR-TKIs

Αιτιολογική αναφορά.: Yang L, Tang C, Xu Β, Wang W, Λι J, Λι Χ, et al. (2015) Η κατάταξη των

υποδοχέα επιδερμικού αυξητικού παράγοντα

Γονιδιακή μετάλλαξη Κατάσταση χρήση ορού πρωτεομικής Profiling Προβλέπει ανταπόκριση του όγκου σε ασθενείς με σταδίου ΙΙΙΒ ή IV μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα. PLoS ONE 10 (6): e0128970. doi: 10.1371 /journal.pone.0128970

Ακαδημαϊκό Επιμέλεια: Ramon Andrade de Mello, Πανεπιστήμιο του Algarve, Πορτογαλία

Ελήφθη: 3η Φεβρουαρίου, 2015? Αποδεκτές: 21, Μαρτίου 2015? Δημοσιεύθηκε: 5, Ιουνίου, 2015

Copyright: © 2015 Yang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του χαρτιού

Χρηματοδότηση: το έργο υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση από το Υπουργείο Επιστήμης και Τεχνολογίας της Λαϊκής Δημοκρατίας της Κίνας (κινεζική Εθνικό Instrumentation Πρόγραμμα, Νο 2011YQI70067? διεύθυνση URL της ιστοσελίδας χρηματοδότη του:. www. most.gov.cn? XQL λάβει τη χρηματοδότηση). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του πνεύμονα είναι η κύρια αιτία θανάτου από καρκίνο σχετίζονται με όλο τον κόσμο [1]. καρκίνο του πνεύμονα μη μικρών κυττάρων (NSCLC) είναι η πιο κοινή ιστολογικός τύπος της νόσου και αντιπροσωπεύει περίπου το 80% των καρκίνων του πνεύμονα [2]. Επειδή περισσότερο από το 70% των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα διαγιγνώσκονται με προχωρημένη στάδιο της νόσου [3], συστηματική θεραπεία παίζει σημαντικό ρόλο στην κλινική διαχείριση. Η χημειοθεραπεία έχει ο ακρογωνιαίος λίθος της θεραπείας για NSCLC για πολλά χρόνια. Ωστόσο, επιδερμικό αναστολείς παράγοντα ανάπτυξης κινάσης τυροσίνης υποδοχέα (EGFR-ΤΚΙδ), όπως erlotinib, gefitinib και icotinib, έχει αποδειχθεί ότι βελτιώσει σημαντικά κλινικά αποτελέσματα και ασφάλεια σε σύγκριση με τη χημειοθεραπεία σε ορισμένους ασθενείς με προχωρημένο NSCLC [4-8]. ευαισθησία EGFR-ΤΚΙ έχει συσχετισθεί με την ενεργοποίηση μεταλλάξεις στο τομέα κινάσης του

EGFR

γονίδιο, ειδικά ένα

εξόνιο 19

διαγραφή και μεταλλάξεις στο

εξόνιο 21 (L858R)

και

εξόνιο 18 (G719X)

[9-11]. Όλα

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ ευαίσθητο μεταλλάξεις έχουν ως αποτέλεσμα την ενεργοποίηση της περιοχής κινάσης τυροσίνης EGFR, η οποία είναι ο στόχος του EGFR-TKIs. Ως εκ τούτου, οι ασθενείς με αυτά τα

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις έχουν σημαντικά καλύτερη απάντηση σε EGFR-TKIs, ενώ αυτοί με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια εμφανίζουν χειρότερη ανταπόκριση του όγκου. Αξιολόγηση των

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου είναι εξαιρετικά σημαντική για τη θεραπευτική διαδικασία λήψης αποφάσεων.

Εθνική συνολικό δίκτυο του καρκίνου (NCCN) κατευθυντήριες γραμμές αναφέρουν ότι το DNA ανάλυση μεταλλάξεων στα κύτταρα του όγκου είναι η προτιμώμενη μέθοδος για την αξιολόγηση

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου. Ωστόσο, σε ορισμένες περιπτώσεις, ιστός όγκου είτε είναι ανεπαρκής για μοριακή δοκιμασία λόγω της περιεκτικότητάς του όγκου μικρής ποσότητας ή πολύ χαμηλή ή δεν είναι άμεσα διαθέσιμος [3]. Αρκετές ομάδες έχουν ανιχνευθεί

EGFR

γονιδιακών μεταλλάξεων στο DNA που απομονώθηκε από το πλάσμα [3, 12-16], ή ορό δείγματα [17, 18], τα οποία χρησιμεύουν ως υποκατάστατα για ιστό όγκου? μερικές ομάδες έχουν αποδείξει μία συσχέτιση μεταξύ της κατάστασης μετάλλαξης στο πλάσμα /ορό και ιστό του όγκου [3, 12, 13, 15-18]. Επιπλέον,

EGFR

γονιδιακών μεταλλάξεων ανιχνεύθηκε στο πλάσμα ή τον ορό μπορεί να είναι προβλεπτική της ανταπόκρισης σε EGFR-TKIs [3, 13, 14, 16, 18]. Ωστόσο, οι μέθοδοι που χρησιμοποιούνται για την αξιολόγηση

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης γονιδίων σε δείγματα πλάσματος ή ορού που δεν έχουν εγκριθεί από τις ισχύουσες κατευθυντήριες γραμμές. Έτσι, άλλα ευαίσθητα και μη επεμβατική προσεγγίσεις για την αξιολόγηση

εξακολουθούν να χρειάζονται EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου με τη χρήση υποκατάστατων ιστών όγκων για την πρόβλεψη της αποτελεσματικότητας του EGFR ΤΚΙ.

Matrix τη βοήθεια εκρόφησης λέιζερ /ιονισμού χρόνου του κύκλου πτήσεως σπεκτρομετρίας μάζης (MALDI-TOF-MS) είναι μία ευαίσθητη, ταχεία, φθηνή, και απλή τεχνική για πρωτεομική ανάλυση πολύπλοκων βιολογικών δειγμάτων, όπως ιστός, τα ούρα και το αίμα [19-26]. Οι κορυφές στο φάσμα μάζας αντιστοιχούν σε ιόντα που σχηματίζονται από σχετικά άφθονα είδη στο δείγμα, κυρίως πεπτίδια και πρωτεΐνες. Πρόσφατα, πεπτίδιο δακτυλικών αποτυπωμάτων μάζα βασίζεται σε MALDI-TOF-MS έχει χρησιμοποιηθεί ευρέως για την ανίχνευση διαγνωστικών, προγνωστικών, και προγνωστική πρωτεομική βιοδείκτες. Σε πρόσφατα δημοσιευμένες μελέτες, πεπτίδιο μάζα δακτυλικών αποτυπωμάτων έχει εφαρμοστεί με επιτυχία για την ανάλυση του ορού από ασθενείς και υγιείς ελέγχους για την ανίχνευση διαφορών στα πεπτίδια /πρωτεΐνες? Οι διαφορές αυτές χρησιμοποιήθηκαν για την ανάπτυξη αλγορίθμων ταξινόμησης για τη διάγνωση της νόσου [22-25]. Επιπλέον, το πεπτίδιο μάζα δακτυλικών αποτυπωμάτων μπορεί να ανιχνεύσει διαφορές σε ορό /πλάσμα πεπτίδια /πρωτεΐνες μεταξύ υποομάδες ασθενών με το ίδιο είδος της ασθένειας. Taguchi [26] και Wu [27] χρησιμοποιείται MALDI-TOF-MS για την ανάλυση ορού και πλάσματος από ασθενείς με NSCLC? παρατήρησαν λεπτές διαφορές στο /πλάσμα πεπτιδίων /πρωτεϊνών του ορού ανάμεσα σε δύο υποομάδες που παρουσίασαν σημαντικά διαφορετική απόδοση των EGFR-ΤΚΙ και ανέπτυξε αλγόριθμους κατάταξης σύμφωνα με διαφορικό πεπτιδίων /πρωτεϊνών για την πρόβλεψη της αποτελεσματικότητας του EGFR-ΤΚΙ σε ασθενείς με NSCLC. Επειδή η αποτελεσματικότητα του EGFR-ΤΚΙ έχει συσχετιστεί με

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου, οι συνιστούν πεπτίδια /πρωτεΐνες των αλγορίθμων ταξινόμησης ορού /πλάσματος που αναπτύχθηκε από Taguchi και Wu για την πρόβλεψη της αποτελεσματικότητας EGFR-ΤΚΙ μπορεί να σχετίζεται με το

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου [27, 28].

στην παρούσα μελέτη, με στόχο την ανίχνευση πεπτίδια ορού /πρωτεϊνών που σχετίζονται με το

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου και να ελέγξετε αν μια ταξινόμηση θα μπορούσε να αναπτυχθεί ο αλγόριθμος βασίζεται σε πρωτεομική προφίλ του ορού για την ανάλυση των

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου για να βοηθήσουν στη θεραπευτική διαδικασία λήψης αποφάσεων. Για να επιτευχθεί αυτό, θα εφαρμοστεί το πεπτίδιο μάζα δακτυλικών αποτυπωμάτων με χρήση MALDI-TOF-MS σε συνδυασμό με το λογισμικό ClinProTools για την ανάλυση του ορού από 223 ασθενείς με NSCLC με γνωστή

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου (δηλαδή, που καθορίζεται από την ενίσχυση του συστήματος πυρίμαχα μετάλλαξη [ΟΠΛΑ ] στον ιστό του όγκου) και τον εντοπισμό των διαφορών στο πεπτιδίων /πρωτεϊνών του ορού μεταξύ των ασθενών με NSCLC με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ ευαίσθητο μεταλλάξεις και οι ασθενείς με NSCLC με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια. Έχουμε αναπτύξει μια πρωτεομική ταξινομητή ορού για την αξιολόγηση

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου και δοκίμασαν το ταξινομητή σε μια ανεξάρτητη ομάδα επικύρωσης. Αναλύσαμε επίσης συσχετίσεις μεταξύ

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου, όπως προσδιορίζονται από την πρωτεομική ταξινομητή ορού και απάντηση σε EGFR-TKIs να δοκιμαστεί η πιθανή χρησιμότητα

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου που προσδιορίζονται από την πρωτεομική ταξινομητή ορού για την πρόβλεψη κλινική ανταπόκριση στη θεραπεία EGFR-ΤΚΙ.

ασθενείς και Μέθοδοι

ασθενείς και δείγματα

για να είναι επιλέξιμες για τη μελέτη, οι ασθενείς απαιτείται να έχουν παθολογικά επιβεβαίωσε στάδιο IIIB ή IV NSCLC, η κατάσταση απόδοσης Eastern Cooperative Oncology Group του 0-2, προκαθορισμένες

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου σε ιστούς όγκων με βάση ΟΠΛΩΝ (σκορπιούς ενίσχυση του συστήματος πυρίμαχα μετάλλαξη, Qiagen, Γερμανία) πριν από τη θεραπεία, και είναι διαθέσιμη ορρός. Μόνο ασθενείς που έλαβαν θεραπεία με 307 Νοσοκομείο του PLA από Μάιος 2011 – Απρίλιος 2013 είχαν εγγραφεί. Αυτή η μελέτη διεξήχθη σύμφωνα με τα πρωτόκολλα που εγκρίθηκε από την τοπική επιτροπή δεοντολογίας (Επιτροπές Δεοντολογίας των 307 Νοσοκομείο, PLA), και όλοι οι ασθενείς με την προϋπόθεση γραπτή συγκατάθεση για να συμμετάσχουν σε αυτή τη μελέτη και έδωσε την άδεια για τη χρήση των δειγμάτων αίματος τους. Για την αξιολόγηση της ανταπόκρισης του όγκου, αξιολογήσαμε αντικειμενικές αποκρίσεις μετά από 8 εβδομάδες θεραπείας με βάση την αξονική τομογραφία (CT). Η απόκριση όγκου προσδιορίστηκε σύμφωνα με RECIST 1.0. Συνολική επιβίωση (OS) ορίστηκε ως ο χρόνος από την ημερομηνία της διάγνωσης του καρκίνου του πνεύμονα με την ημερομηνία του θανάτου. Επιβίωση χωρίς εξέλιξη (PFS) ορίστηκε ως ο χρόνος από την έναρξη της θεραπείας με EGFR ΤΚΙ την ημερομηνία της εξέλιξης της νόσου ή θανάτου από οποιαδήποτε αιτία. Η ημερομηνία αποκοπής για παρακολούθηση ήταν 10 Νοεμβρίου 2014. Κάπνισμα κατάστασης βασίστηκε σε στοιχεία από την πρώτη κλινικές επισκέψεις των ασθενών, και οι άνθρωποι που κάπνιζαν περισσότερα από 100 τσιγάρα στη ζωή τους θεωρήθηκαν καπνιστές. ελήφθησαν εργαστηριακά δεδομένα και καταγράφονται ανεξάρτητα από τους ερευνητές οι οποίοι δεν γνώριζαν τα κλινικά δεδομένα έως ότου οι αναλύσεις ολοκληρώθηκαν με βιοστατιστικολόγο.

Πενήντα ασθενείς επιλέχθηκαν τυχαία από τους ασθενείς με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ ευαίσθητο μεταλλάξεις και αγρίου τύπου

EGFR

γονίδια, αντίστοιχα (συνολικά 100 ασθενείς) για να σχηματίσουν την ομάδα κατάρτισης για την ανίχνευση των διαφορών στα πεπτιδίων /πρωτεϊνών του ορού μεταξύ των ασθενών με NSCLC με

EGFR

γονίδιο TKI- ευαίσθητες μεταλλάξεις και οι ασθενείς με NSCLC με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια, και η γενιά του μοντέλου ταξινόμησης, και οι υπόλοιποι ασθενείς αποτέλεσαν την ομάδα επικύρωσης για τη δοκιμή του μοντέλου.

οι ασθενείς νηστεία όλη τη νύκτα. Όλα τα δείγματα αίματος συλλέχθηκαν πριν οι ασθενείς έλαβαν θεραπεία πρώτης γραμμής. Τα δείγματα αίματος συλλέχθηκαν σε σωλήνες συλλογής αίματος κενού που περιέχει πηκτική και γέλη διαχωρισμού και φυγοκεντρείται στις 3000 rpm για 10 λεπτά στους 4 ° C για το διαχωρισμό του ορού. Το υπερκείμενο διαιρέθηκε σε 100 μΙ κλάσματα και αποθηκεύεται στους -80 ° C μέχρι την επεξεργασία.

πεπτιδιώματος απομόνωση

δείγματα ορού τήχθηκαν σε πάγο και κλασματοποιείται με ασθενή ανταλλαγής κατιόντων μαγνητικά σφαιρίδια (MB- WCX, Εθνικό Κέντρο Βιοϊατρικής Ανάλυσης, Κίνα). Τα δείγματα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία ακόλουθα τρία βήματα: δέσμευσης, πλύση και έκλουση. Για κάθε ανάλυση, 5 μl σφαιριδίων πλένονται τρεις φορές σε 50 μΙ διαλύματος δέσμευσης (Εθνικό Κέντρο Biomedical Analysis, Κίνα), 20 μΙ διαλύματος δέσμευσης και 5 μΐ δείγματος προστέθηκαν σε ένα σωλήνα Eppendorf και επωάζονται για 10 λεπτά σε θερμοκρασία δωματίου θερμοκρασία. Ο σωλήνας τοποθετήθηκε σε μαγνητική συσκευή διαχωρισμού σφαιριδίων για την απομόνωση του πεπτιδιώματος. Το υπερκείμενο απομακρύνθηκε και τα σφαιρίδια πλύθηκαν τρεις φορές με 100 μΙ διαλύματος πλύσης (Εθνικό Κέντρο Biomedical Analysis, Κίνα) να απορρίψει μη δεσμευμένες πρωτεΐνες. Τέλος, τα σφαιρίδια πλύθηκαν με 20 μΙ διάλυμα έκλουσης (Εθνικό Κέντρο Biomedical Analysis, Κίνα) για την απόκτηση συνδεδεμένες πρωτεΐνες για ανάλυση MALDI-TOF-MS.

ανάλυση MALDI-TOF-MS

Για την ανάλυση MALDI-TOF-MS, 1 μΙ πεπτιδίου έκλουσης μικτών 1: 1 (ν /ν) με ένα διάλυμα μήτρα που αποτελείται από κορεσμένα α-κυανο-4-υδροξυ-κινναμωμικού οξέος (α-HCCA, Bruker Daltonics, Γερμανία ) σε 50% ακετονιτρίλιο (ACN, Sigma-Aldrich, USA) και 0,1% τριφθοροοξικό οξύ (TFA, Sigma-Aldrich, USA) κηλιδώθηκε επί των κηλίδων άγκυρα δείγμα μιας πλάκας στόχου AnchorChip 600/384 (Bruker Daltonics, Γερμανία) και αφήνονται να στεγνώσουν στον αέρα σε θερμοκρασία δωματίου για να αφήσει τη μήτρα κρυσταλλωθεί. ClinProt Peptide Calibration Standard I (Bruker Daltonics, Γερμανία), ένα εμπορικά διαθέσιμο μίγμα πρωτεΐνης /πεπτιδίου βαθμονομητές που αποτελούνταν από αγγειοτενσίνη II (m /z 1,047.19), αγγειοτενσίνη Ι (m /z 1,297.49), ουσία Ρ (m /z 1,348.64) , βομβεσίνη (m /z 1,620.86), ACTH κλιπ 1-17 (m /z 2,094.43), ACTH κλιπ 18-39 (m /z 2,466.48) και σωματοστατίνη (m /z 3,149.57) αναμίχθηκε 1: 1 (ν /ν ) με διάλυμα μήτρας, και 0.5 ml αποτέθηκε επί βαθμονόμησης άγκυρα σημεία της πλάκας στόχου AnchorChip για βαθμονόμηση του οργάνου. η φασματομετρία μάζας

οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν σε ένα Ultraflex III MALDI-TOF-MS (Bruker Daltonics, Germany). Οι συνθήκες λειτουργίας ήταν ως ακολούθως: γραμμικό τρόπο θετικού ιόντος? ρυθμό επανάληψης, 200 Hz? τάσεις πηγή ιόντων, 25 και 23,50 kV? τάσης του φακού, 6.5 kV? παλμική χρόνος εκχύλισης ιόντων, 100 ns. Για την καταστολή της μήτρας, χρησιμοποιήσαμε ένα υψηλό συντελεστή περίφραξη με καταστολή του σήματος μέχρι 300 m /z. Για κάθε φάσμα, 3000 βολές αποκτήθηκαν με μη αυτόματο τρόπο από έξι τυχαίες θέσεις πάνω από την επιφάνεια του τόπου (δηλαδή, 500 βολές ανά θέση). Η απόκτηση των δεδομένων πραγματοποιήθηκε σε 43% της μέγιστης ενέργειας λέιζερ. Κάθε φάσμα ήταν εξωτερικά βαθμονομηθεί. Κορυφές στο φάσμα m /z από 800-10.000 Da καταγράφηκαν με την v3.4 λογισμικό απόκτηση FlexControl (Bruker Daltonics, Γερμανία).

Βιοπληροφορική

Φασματική επεξεργασία.

ClinProTools λογισμικού v2.1 (Bruker Daltonics, Γερμανία) χρησιμοποιήθηκε για την επεξεργασία αυτόματα τα δεδομένα φάσματα MALDI-TOFMS χρησιμοποιώντας τις ρυθμίσεις προετοιμασία των δεδομένων σύμφωνα με το ακόλουθο πρότυπο ροής εργασίας: Κάθε πρώτων φάσμα ομαλοποιήθηκε με το σύνολο των ιόντων του τρέχοντος? όλες οι φάσματα επαναβαθμονομείται χρησιμοποιώντας τις τιμές εμφανή, κοινά m /z? αφαίρεση της γραμμής βάσεως, λείανση, και ανίχνευση κορυφής διεξήχθησαν? και υπολογίστηκαν τα εμβαδά των κορυφών για κάθε φάσμα. Ο λόγος σήματος προς θόρυβο ορίστηκε σε 5 για ανίχνευση κορυφών. Εμβαδά των κορυφών υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας μηδενικό επίπεδο τύπου ολοκλήρωσης. Φάσματα ήταν επίσης » κορυφαίο καπέλο «βασική αφαιρείται με το ελάχιστο πλάτος γραμμής βάσης στο 10%, λειαίνεται και υποβάλλονται σε επεξεργασία στο εύρος 800-10.000 Da.

Κατάρτιση και δημιουργία μοντέλου ταξινόμησης στην ομάδα κατάρτισης.

Μόνο φάσματα από αυτά χρησιμοποιείται η ομάδα κατάρτισης. Οι διαφορές στο πεπτίδιο κορυφές μεταξύ των ασθενών με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ ευαίσθητο μεταλλάξεις και σε ασθενείς με άγριου τύπου

επιλεγμένη EGFR

γονίδια χρησιμοποιώντας περιοχές αιχμής, με βάση στατιστικές διαφορές. Built-in μαθηματικά μοντέλα σε ClinProTools 2.1 (δηλαδή, γενετικό αλγόριθμο (GA), υπό την επίβλεψη νευρωνικό δίκτυο (SNN) αλγόριθμο και γρήγορο ταξινομητή (QC) αλγόριθμο) χρησιμοποιήθηκαν στη συνέχεια για να επιλέξετε το πεπτίδιο κορυφές και δημιουργία μοντέλων ταξινόμησης για τον προσδιορισμό των βέλτιστων επιπέδων διαχωρισμού μεταξύ των δειγμάτων από ασθενείς με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις και αγρίου τύπου

EGFR

γονίδια. Μετά από κάθε μοντέλο δημιουργήθηκε, μια τυχαία διαδικασία διασταυρούμενης επικύρωσης διεξήχθη με το λογισμικό, και το ποσοστό να αφήσει έξω και τον αριθμό των επαναλήψεων καθορίστηκαν σε 20 και 10, αντίστοιχα.

Για να προσδιοριστεί η ακρίβεια της μοντέλο πρόβλεψης τάξη, το λογισμικό ποσοτικοποιεί διασταυρωμένης επικύρωσης και δυνατότητα αναγνώρισης. Cross-επικύρωσης είναι ένα μέτρο της αξιοπιστίας ενός μοντέλου και μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να προβλεφθεί πώς ένα μοντέλο θα συμπεριφερθεί στο μέλλον. Η μέθοδος αυτή χρησιμοποιείται για την αξιολόγηση της απόδοσης ενός αλγορίθμου για ένα δεδομένο σύνολο δεδομένων και υπό καθορισμένη παραμετροποίησης. δυνατότητα αναγνώρισης περιγράφει την απόδοση ενός αλγορίθμου, δηλαδή, τη σωστή κατάταξη συγκεκριμένου συνόλου δεδομένων.

Τυφλή δοκιμή του μοντέλου ταξινόμησης που οι περισσότεροι διαχωρίζεται αποτελεσματικά δείγματα από ασθενείς με

EGFR

γονίδιο TKI- ευαίσθητες μεταλλάξεις από δείγματα από ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια στην ομάδα επικύρωσης.

η επικύρωση πραγματοποιήθηκε με τυφλό τρόπο στο εν λόγω ανάλυση MALDI-TOF-MS εκτελέστηκε και δείγματα ήταν ταξινομηθεί πριν τέθηκαν στη διάθεση τους ερευνητές τα δεδομένα της κλινικής έκβασης.

Για κάθε ασθενή από τις ομάδες επικύρωσης, ένα αντίστοιχο φάσμα παρουσιάστηκε στο επιλεγμένο μοντέλο κατάταξης (που ονομάζεται ταξινομητής), η οποία στη συνέχεια επέστρεψε μια ετικέτα, είτε » μετάλλαξη «(δηλαδή, την κατάταξη σε κατηγορία που αποτελείται από δείγματα από ασθενείς με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις) ή« άγρια ​​»(δηλαδή, την κατάταξη σε κατηγορία που αποτελείται από δείγματα από ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδιο), ή έξοδο ένα μήνυμα ότι το φάσμα ήταν αταξινόμητο. Τα αποτελέσματα από το επιλεγμένο μοντέλο ταξινόμησης συγκρίθηκαν με τα ευρήματα από την αγκαλιά στους όγκους για να εκτιμηθεί η αποτελεσματικότητα διαχωρισμού του μοντέλου.

Η στατιστική ανάλυση

Τα κλινικά και τα χαρακτηριστικά της νόσου μεταξύ διαφορετικών όπλων, την αντικειμενική ανταπόκριση ποσοστό επιτοκίου (ORR) και τον έλεγχο της νόσου (DCR) μεταξύ ασθενών των οποίων τα αντίστοιχα δείγματα χαρακτηρίστηκαν ως «μεταλλαγμένο» και «άγρια» συγκρίθηκαν χρησιμοποιώντας ένα χ

2 ή ακριβές τεστ του Fisher. Η συμφωνία μεταξύ της ΟΠΛΑ σε όγκους και η πρωτεομική ταξινομητής ορού στην αξιολόγηση

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας ένα τεστ Kappa. Οι καμπύλες επιβίωσης υπολογίστηκαν με τη μέθοδο Kaplan-Meier, και οι διαφορές μεταξύ των καμπυλών αξιολογήθηκαν με την δοκιμασία log-rank. Οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με SPSS λογισμικό, v19.0 (SPSS Inc., USA). Μια ρ-τιμή μικρότερη από 0.05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική.

Αποτελέσματα

Χαρακτηριστικά Ασθενών

Ένα σύνολο 223 ασθενών που πληρούσαν τα κριτήρια εγγραφής και εντάχθηκαν σε αυτή τη μελέτη. Με βάση το κριτήριο της ARMS σε όγκους, υπήρχαν 102 ασθενείς με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις και 121 ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια. Πενήντα ασθενείς επιλέχθηκαν τυχαία από εκείνους με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ ευαίσθητο μεταλλάξεις και από άτομα με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια (δηλαδή, συνολικά 100 ασθενείς) για να σχηματίσουν την ομάδα κατάρτισης, και οι υπόλοιποι 123 ασθενείς (δηλαδή, 52 ασθενείς με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις και 71 με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια) που σχηματίζεται από την ομάδα επικύρωσης. Τα κλινικά και τα χαρακτηριστικά της νόσου των όλων των ασθενών παρατίθενται στον Πίνακα 1. Οι ασθενείς εξισορροπείται μεταξύ της ομάδας εκπαίδευση και την ομάδα επικύρωσης (Πίνακας 2). Στην ομάδα της κατάρτισης, δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές μεταξύ των ασθενών με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις και αγρίου τύπου

EGFR

γονίδια σε σχέση με την ηλικία, ιστολογικός τύπος, ή το στάδιο της νόσου, αλλά παρατηρήθηκαν διαφορές στο φύλο και το κάπνισμα ιστορία μεταξύ των δύο αυτών όπλων, με περισσότερα θηλυκά και περισσότερο μη-καπνιστές σε ασθενείς με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις (Πίνακας 3).

Η

οι διαφορές των κορυφών στον ορό μεταξύ των ασθενών με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ ευαίσθητο μεταλλάξεις και σε ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια στην ομάδα κατάρτισης

Ένα σύνολο 129 πεπτιδίου κορυφές εντοπίστηκαν στα φάσματα του συνόλου δεδομένων εκπαιδευτική ομάδα που παράγεται από MALDI-TOF-MS, και 9 κορυφές ήταν σημαντικά διαφορετικές (p & lt? 0,05) μεταξύ των ασθενών με

EGFR

γονίδιο TKI- ευαίσθητες μεταλλάξεις και σε ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια (Πίνακας 4). Δύο σήματα (με m /z 1365,1 και 1866,47) εμφάνισαν χαμηλότερη περιοχή της κορυφής και επτά σήματα (με m /z 3315.75, 3883.79, 3956.66, 4092,4, 4585.05, 4643.49 και 5866.96) παρουσίασαν υψηλότερη περιοχή της κορυφής σε ασθενείς με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις σε σύγκριση με τους ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια. κορυφές πεπτίδιο με m /z 4092,4 και 4585,05 παρουσίασαν τη μεγαλύτερη διαφορά σε τομείς αιχμής μεταξύ των ασθενών με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ ευαίσθητο μεταλλάξεις και σε ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια (p & lt? 0,00001) . Επομένως, αυτές οι δύο κορυφές (m /z 4092.4, άξοναςχ? M /z 4585,05, άξονας ψ). Απεικονίσθηκαν σε προβολή 2D κορυφή διανομής (Σχήμα 1)

Τα χαρακτηριστικά γνωρίσματα που διακρίνουν των δύο επιλεγμένων πεπτιδίων ήταν που δημιουργούνται από το λογισμικό ClinProTools βιοπληροφορικής. Οι τιμές αντιπροσωπεύουν την αναλογία πεπτίδιο αφθονία, και αυτές οι τιμές ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των ασθενών με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ ευαίσθητο μεταλλάξεις και σε ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια. Οι ελλείψεις αντιπροσωπεύουν την τυπική απόκλιση του μέσου όρου της τάξης των επιφανειών των κορυφών /εντάσεις.

Η

δημιουργία μοντέλου ταξινόμησης

Τρεις αλγόριθμοι, GA (βελτιστοποιηθεί με την προσαρμογή του αριθμού των γειτόνων για ένα k-πλησιέστερου γείτονα ταξινόμηση), SNN και QC, εφαρμόστηκαν για την κατασκευή μοντέλου ταξινόμησης χρησιμοποιώντας φασματικά δεδομένα από την ομάδα κατάρτισης που δημιουργούνται από MALDI-TOF-MS. Η δυνατότητα αναγνώρισης και διασταυρωμένης επικύρωσης από τα μοντέλα που παρουσιάζονται στον Πίνακα 5, και το μοντέλο GA-7 (που ονομάζεται ταξινομητής), η οποία αποτελείται από πέντε πεπτιδίου κορυφές με m /z 4092,4, 4.585,05, 1365,1, 4643.49 και 4438.43, παρουσίασαν το καλύτερη απόδοση στο διαχωρισμό δείγματα από ασθενείς με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μεταλλάξεις και δείγματα από ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια, με δυνατότητα αναγνώρισης του 93,32% και διασταυρωμένης επικύρωσης της 81.23% (Σχήμα 2).

η

Τυφλωμένος δοκιμών του ταξινομητή στην ομάδα επικύρωση

ο ταξινομητής στη συνέχεια επικυρώνονται σε μια ανεξάρτητη ομάδα επικύρωσης των 123 ασθενών με NSCLC σε ένα τυφλωμένη δοκιμή (Πίνακας 6). Τρία από τα 123 δείγματα έδωσαν αταξινόμητο φάσματα (δηλαδή, ένα δείγμα ήταν από ασθενή με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητα μετάλλαξη, και δύο από τους ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια, όπως επιβεβαιώνεται από ARMS σε όγκους). Μεταξύ των 52 δειγμάτων από ασθενείς με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητο μεταλλάξεις επιβεβαιώνονται από ARMS σε όγκους, 44 (84,6%) είχαν επισημανθεί ως «μεταλλαγμένο» από τον ορό πρωτεομική ταξινομητή? και μεταξύ των 71 δειγμάτων από ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια επιβεβαιώνεται από ARMS σε όγκους, 55 (77,5%) είχαν επισημανθεί ως «άγρια» από την πρωτεομική ταξινομητή ορό, επιτυγχάνοντας μια συνολική ακρίβεια 80,5%, με ευαισθησία 84,6% και ειδικότητα 77,5%, η οποία έδειξε μια υψηλή συνοχή μεταξύ ARMS σε όγκους και την πρωτεομική ταξινομητή ορού στην αξιολόγηση

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου (P & lt? αξίας Κάππα, 0.648?? 0,001 3 ασθενείς με μη έγκυρο φάσματα εξαιρούνται). Ωστόσο, 52 δείγματα από ασθενείς με

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητο μεταλλάξεις επιβεβαιώνονται από ARMS σε όγκους, 7 (13,5%) είχαν επισημανθεί ως «άγρια» από τον ταξινομητή? Ομοίως, 71 δείγματα από ασθενείς με άγριου τύπου

EGFR

γονίδια που καθορίζεται από ARMS σε όγκους, 14 (19,7%) είχαν επισημανθεί ως «μεταλλαγμένο» από τον ταξινομητή.

Η

Συσχέτιση μεταξύ

EGFR

γονίδιο ΤΚΙ-ευαίσθητο μεταλλάξεις που προσδιορίζονται από τον ταξινομητή και το θεραπευτικό αποτέλεσμα του EGFR-TKIs στην ομάδα επικύρωσης

φάσματα

στην ομάδα επικύρωσης, τρία από τα 123 δείγματα έδωσαν αταξινόμητο, και οι τρεις αντίστοιχες ασθενείς αποκλείστηκαν από την ανάλυση. Μεταξύ των υπολοίπων 120 ασθενείς, 81 είχαν μετρήσιμους όγκους και έλαβαν θεραπεία EGFR-ΤΚΙ. Τα κλινικά και τα χαρακτηριστικά της νόσου των εν λόγω 81 ασθενείς παρουσιάζονται στον Πίνακα 7, και ο μέσος χρόνος παρακολούθησης των ασθενών αυτών ήταν 29,0 μήνες (εύρος, 7.0 να 40,0 μήνες). Οι ασθενείς των οποίων ταιριάζουν δείγματα επισημαίνονται ως «μεταλλαγμένη» και «άγρια» από τον ταξινομητή παρουσίασαν διαφορετικές απαντήσεις όγκου σε EGFR-TKIs? Αυτές οι αποκρίσεις που παρατίθενται στον Πίνακα 8. Είκοσι οκτώ (59,6%) από 47 ασθενείς των οποίων αντίστοιχα δείγματα σημάνθηκαν ως «μεταλλαγμένο» από τον ταξινομητή και 3 (8,8%) από 34 ασθενείς των οποίων αντίστοιχα δείγματα σημάνθηκαν ως «άγρια» από το ταξινομητής παρουσίασαν αντικειμενική ανταπόκριση (p & lt? 0,0001). τον έλεγχο της νόσου παρατηρήθηκε σε 41 (87,2%) από 47 ασθενείς των οποίων ταιριάζουν δείγματα επισημαίνονται ως «μεταλλαγμένη» από τον ταξινομητή και 12 (35,3%) από 34 ασθενείς των οποίων αντίστοιχα δείγματα χαρακτηρίστηκαν ως «άγρια» από τον ταξινομητή (p & lt? 0,0001 ). Kaplan-Meier για την επιβίωση του PFS και OS για ασθενείς των οποίων αντίστοιχα δείγματα σημάνθηκαν ως «μεταλλαγμένο» και «άγρια» από τον ταξινομητή δείχνονται στο Σχήμα 3. Ο διάμεσος χρόνος PFS για ασθενείς των οποίων αντίστοιχα δείγματα σημάνθηκαν ως «μεταλλαγμένο» και » άγρια ​​»από τον ταξινομητή ήταν 10,0 μήνες (95% CI, 9,0 έως 10,9) και 2,3 μήνες (95% CI, 01.09 με 02.07), αντίστοιχα. Οι ασθενείς των οποίων ταιριάζουν δείγματα επισημαίνονται ως «μεταλλαγμένη» από τον ταξινομητή είχαν σημαντικά μεγαλύτερο PFS από ασθενείς των οποίων αντίστοιχα δείγματα χαρακτηρίστηκαν ως «άγρια» από τον ταξινομητή (p = 0,001, δοκιμασία log-rank, Σχήμα 3Α). Οι ασθενείς των οποίων ταιριάζουν δείγματα επισημαίνονται ως «μεταλλαγμένη» από τον ταξινομητή είχε χρόνο OS 29.0 μήνες (95% CI, 25,2 έως 32,8) σε σύγκριση με 28,0 μήνες (95% CI, 17,7 έως 38,3) για τους ασθενείς των οποίων αντίστοιχα δείγματα σημάνθηκαν ως «άγριου-τύπου» από τον ταξινομητή. Δεν υπήρχε σημαντική διαφορά στο OS μεταξύ των δύο ομάδων (p = 0,441, δοκιμασία log-rank, Σχήμα 3Β).

Η

(Α) PFS μεταξύ των ασθενών των οποίων αντίστοιχα δείγματα χαρακτηρίστηκαν ως » μεταλλαγμένο «(n = 47) και ασθενείς των οποίων αντίστοιχα δείγματα σημάνθηκαν ως« άγρια ​​»(n = 34). (Β) OS μεταξύ των ασθενών των οποίων ταιριάζουν δείγματα επισημαίνονται ως «μεταλλαγμένη» (n = 47) και «άγρια» (n = 34).

Η

Συζήτηση

Η αξιολόγηση των

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου στον ιστό του όγκου έχει σημαντικές προγνωστική αξία και μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την επιλογή θεραπείες για την αντιμετώπιση του NSCLC. Πολλοί ασθενείς με προχωρημένο και μεταστατικό NSCLC διαγιγνώσκονται με μικρές βιοψίες ή με λεπτή βελόνη των όγκων, που συχνά δίνει ανεπαρκή DNA για την αξιολόγηση

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου. Μη επεμβατική προσεγγίσεις της αξιολόγησης

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου που χρησιμοποιούν υποκατάστατα για ιστούς όγκων θα είναι αξία για τους ασθενείς στους οποίους ιστό επαρκής όγκος δεν είναι διαθέσιμη [16]. Πίνακας 9 παρέχει λεπτομέρειες σχετικά με τις διάφορες μεθόδους που χρησιμοποιήθηκαν σε προηγούμενες εκθέσεις για την ανίχνευση

EGFR

μεταλλάξεις γονιδίων σε δείγματα ορού /πλάσματος [3, 12-18]. Ανάλογα με την τεχνική, η αντιστοιχία μεταξύ

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης γονιδίων σε όγκο και δείγματα πλάσματος /ορού κυμαίνεται από 66% έως 100%, με το υψηλότερο δείκτη συσχέτισης που αναφέρθηκαν για μετουσίωση χρωματογραφία υψηλής απόδοσης [3] και μεταλλαγμένη εμπλουτισμένο PCR [13]. Ωστόσο, αυτές οι μέθοδοι εκτίμησης

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου σε δείγματα πλάσματος ή ορού δεν χρησιμοποιούνται ευρέως για την καθοδήγηση του EGFR ΤΚΙ θεραπεία στην κλινική πρακτική εξαιτίας της κατώτερης ευαισθησίας τους σε σύγκριση με τα ευρήματα από καρκινικό ιστό ή από το γεγονός ότι μελέτες που εξετάζουν αυτές τις μεθόδους έχουν χρησιμοποιήσει μικρά μεγέθη δείγματος. Σε αυτή τη μελέτη, διαπιστώσαμε ότι μεταξύ των 123 ασθενών στην ομάδα της επικύρωσης, οι εκτιμήσεις του

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου χρησιμοποιώντας πρωτεομική ταξινομητές ορό απέδωσε αποτελέσματα που ήταν σύμφωνη με τα αποτελέσματα της ARMS σε όγκους στο 80,5% των περιπτώσεων, με υψηλή ευαισθησία 84,6%.

η

Ωστόσο, δεν είχαμε βρει

EGFR

μεταλλάξεις γονιδίων που είχαν επιτυχία που προσδιορίζονται από μία μόνο μέθοδο (δηλαδή, πρωτεομική ταξινομητής ορό ή τα όπλα σε όγκους) στο 17,1% των ασθενών στην ομάδα της επικύρωσης (δηλαδή, 11,4% [14/123] από την πρωτεομική ταξινομητή ορό μόνο, 5,7% [7/123] από ΟΠΛΩΝ σε όγκους μόνο). Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι οι περιπτώσεις στις οποίες τα αποτελέσματα των δοκιμών ήταν ασυνεπής μεταξύ του ταξινομητή πρωτεομικής ορού και ARMS σε όγκους δεν μπορούν να θεωρηθούν ως τα συμβατικά «false-αρνητικά» ή «ψευδώς θετικά». Μια πιθανή εξήγηση γι ‘αυτή την ασυνέπεια στον προσδιορισμό της μεταλλάξεως κατάσταση είναι ετερογένεια των γενετικών ανωμαλιών στους όγκους. Σε τέτοιες περιπτώσεις, τα δείγματα βιοψίας του όγκου μπορεί να μην φέρουν το

EGFR

γονιδιακές μεταλλάξεις που προσδιορίζονται από την πρωτεομική ταξινομητή ορό επειδή αυτά ταξινομητή-που αποτελούν τα πεπτίδια /πρωτεΐνες που σχετίζονται με

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου θα μπορούσε να προέρχεται από διαφορετικά τμήματα του όγκου. Η χαμηλότερη περιεκτικότητα σε κύτταρο όγκου σε ορισμένες από τις όγκων θα μπορούσε επίσης να συμβάλλει στην έλλειψη ανιχνεύσιμης μεταλλάξεων. Ομοίως, είτε υπάρχει μικρή ή καθόλου πεπτίδια ταξινομητή-που αποτελούν /πρωτεϊνών που σχετίζονται με την

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου που έχυσε στο αίμα σε μια δεδομένη περίπτωση, ή η ποσότητα των πεπτιδίων /πρωτεϊνών στον ορό επηρεάζεται από ορισμένα συνθήκες, όπως η φλεγμονή, η κατάταξη των

EGFR

κατάσταση μετάλλαξης του γονιδίου βασίζεται στην πρωτεομική προφίλ του ορού μπορεί να παρεμποδιστεί παρά την παρουσία των μεταλλάξεων στους όγκους.

EGFR που κωδικοποιείται από το άγριου τύπου

EGFR

γονίδιο είναι ένας υποδοχέας κινάσης τυροσίνης διαμεμβράνης με μοριακό βάρος 170 kDa. Η διαφορά μεταξύ του EGFR που κωδικοποιείται από

EGFR

γονίδιο με ΤΚΙ-ευαίσθητο μεταλλάξεις και EGFR που κωδικοποιείται από άγριου τύπου

EGFR

γονίδιο είναι ότι οι πρώην λιμάνια ενεργοποιώντας περιοχή της κινάσης της τυροσίνης. Αυτές οι δύο EGFRs θα πρέπει να έχουν παρόμοια μοριακά βάρη. Λόγω του υψηλού μοριακού βάρους, είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι η MALDI-TOF-MS που περιγράφονται σε αυτή τη μελέτη είναι ούτε κατάλληλη για άμεση ανίχνευση EGFR που κωδικοποιείται από

EGFR

γονίδιο με ΤΚΙ ευαίσθητο μεταλλάξεις ούτε EGFR που κωδικοποιείται από άγρια -τύπου

EGFR

γονίδιο, διότι η τυπική παρατηρήσιμη εύρος μάζας είναι 800 – 10000 Da. Αντ ‘αυτού, εντοπίσαμε τα προφίλ απόκλιση πεπτιδίων /πρωτεϊνών μεταξύ EGFR που κωδικοποιείται από

EGFR

γονίδιο με ΤΚΙ-ευαίσθητο μεταλλάξεις και EGFR που κωδικοποιείται από άγριου τύπου

EGFR

γονίδιο. Οι ταυτότητες των συστατικών πεπτιδίων /πρωτεϊνών είναι άγνωστη προς το παρόν? είναι πιθανό ότι είναι άγνωστος συν-εκφράζονται πεπτίδια /πρωτεΐνες με χαμηλά μοριακά βάρη που εμπλέκονται, ή ότι ανιχνεύσαμε θραύσματα EGFR ή άλλα υψηλής μοριακού βάρους πρωτείνες, όπως πρωτεΐνες από την EGFR μονοπάτι [29] σηματοδότησης. Είναι καλά γνωστό ότι η διάδοση των καρκινικών κυττάρων και αποπτωτικών διεργασιών σε όγκους και στα όρια του όγκου του ιστού συνεπάγεται αλλαγές στις πρωτεολυτικές δραστηριότητες μιας σειράς διαφορετικών πρωτεασών που μπορεί να οδηγήσει στο σχηματισμό θραυσμάτων πρωτεΐνης, παρέχοντας έτσι μια ισχυρή συσχέτιση με τον ιστό του όγκου,