Αφηρημένο

Η μιτοχονδριακή δυσλειτουργία έχει μακρά πρότεινε να παίξει σημαντικό ρόλο στην ογκογένεση. Μιτοχονδριακού DNA (mtDNA) μεταλλάξεις, ειδικά η διαγραφή του mtDNA 4977 bp έχει βρεθεί σε ασθενείς των διαφόρων τύπων καρκίνου. Για να κατανοήσουμε το 4977 bp κατάσταση διαγραφή του mtDNA σε διάφορους τύπους καρκίνου, πραγματοποιήσαμε μια μετα-ανάλυση που αποτελείται από 33 εκδόσεις, στις οποίες περιλαμβάνονταν συνολικά 1613 κρούσματα καρκίνου, 1516 δίπλα φυσιολογικά και 638 υγιείς μάρτυρες. Όταν συγκεντρώθηκαν όλοι οι μελέτες, διαπιστώσαμε ότι καρκινικού ιστού πραγματοποιείται χαμηλότερη mtDNA 4.977 συχνότητα διαγραφή bp από το γειτονικό μη καρκινικό ιστό (OR = 0,43, 95% CI = 0,20 – 0,92,

P

= 0,03 για τη δοκιμή ετερογένειας ,

2

= 91,5%) μεταξύ των διαφόρων τύπων καρκίνου. Στην στρωματοποιημένη ανάλυση από τον καρκίνο Τύπος η συχνότητα διαγραφή ήταν ακόμα χαμηλότερο σε ιστό όγκου από ότι σε γειτονικό φυσιολογικό ιστό του καρκίνου του μαστού (OR = 0.19, 95% CI = 0,06 – 0,61,

P

= 0,005 για τη δοκιμή ετερογένεια,

2

= 82,7%). Είναι ενδιαφέρον, αυτή η παρατήρηση έγινε πιο σημαντική στην στρωματοποιημένη μελέτες με μεγαλύτερα μεγέθη δειγμάτων (OR = 0,70, 95% CI = 0,58 – 0,86,

P

= 0.0005 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 95,1%). Επιπλέον, σε σύγκριση με τον φυσιολογικό ιστό από τους υγιείς μάρτυρες, αυξημένες συχνότητες διαγραφή παρατηρήθηκαν και στα δύο παρακείμενα μη-καρκινικούς ιστούς (OR = 3.02, 95% CI = 02.13 έως 04.28,

P

& lt? 0,00001 για δοκιμή ετερογένειας,

2

= 53,7%), και καρκινικούς ιστούς (OR = 1,36, 95% CI = 1,04 – 1,77,

P

= 0,02 για τη δοκιμή ετερογένειας,

I

2

= 83,5%). Αυτό μετα-ανάλυση υποδεικνύει ότι η διαγραφή του mtDNA 4977 bp βρίσκεται συχνά σε καρκινικό ιστό και έτσι έχει τη δυνατότητα να είναι ένας βιοδείκτης για εμφάνιση καρκίνου σε ιστό, αλλά την ίδια στιγμή να επιλέγεται κατά σε διάφορους τύπους ιστών καρκινώματος. Μεγαλύτερες και καλύτερα σχεδιασμένες μελέτες εξακολουθούν να δικαιολογείται να επιβεβαιώσουν αυτά τα ευρήματα

Παράθεση:. Nie Η, Shu Η Vartak R, Milstein AC, Μο Υ, Χου Χ, et al. (2013) Μιτοχονδριακή Κοινή διαγραφή, μια πιθανή βιοδεικτών για την εκδήλωση καρκίνου, επιλέγεται κατά του Καρκίνου στο Ιστορικό: Μια μετα-ανάλυση 38 μελετών. PLoS ONE 8 (7): e67953. doi: 10.1371 /journal.pone.0067953

Επιμέλεια: Janine Santos, Πανεπιστήμιο Ιατρικής και Οδοντιατρικής του Νιου Τζέρσεϊ, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 16, Απρ 2013? Αποδεκτές: 23η Μαΐου του 2013? Δημοσιεύθηκε: 4 Ιουλ 2013

Copyright: © 2013 Nie et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίζεται από ΝΙΗ 1R21NS072777, Εθνικό Ίδρυμα Επιστημών Κινέζικα (Grant Νο 31070765 /C050605, 81000879 /H1602 και 81101506 /H1602), Zhejiang επαρχιακή Φυσικό Ίδρυμα Επιστημών της Κίνας (Grant Νο LZ12H12001 και Y2110605 /C0605) και το Πρόγραμμα της «Xinmiao» (Δυναμικό) Ταλέντα στην επαρχία Zhejiang (Grant Νο 2011R413048). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Yidong Bai είναι ένα ακαδημαϊκό πρόγραμμα επεξεργασίας για PLoS ONE. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Τα μιτοχόνδρια είναι οργανίδια πανταχού παρόντα σε ευκαρυωτικά κύτταρα με την κύρια λειτουργία για την παραγωγή ενέργειας με τη μορφή ΑΤΡ μέσω της σύζευξης της οξειδωτικής φωσφορυλίωσης (OXPHOS) [1]. Τα μιτοχόνδρια περιέχουν το δικό τους γονιδίωμα. Στον άνθρωπο, μιτοχονδριακό γονιδίωμα είναι ένα 16,5 kb συμπαγώς οργανωμένη, δίκλωνο, και κλειστού μορίου [2]. Ανθρώπινα mtDNA περιέχει 37 γονίδια που κωδικοποιούν πολυπεπτίδια 13, τα οποία είναι όλα τα συστατικά του συστήματος αναπνευστικής αλυσίδας /OXPHOS, 2 RNAs ριβοσώματος και 22 RNAs μεταβίβαση [2], [3]. Λόγω της έλλειψης ενός προηγμένου μηχανισμού επιδιόρθωσης του DNA, mtDNA είναι πιο επιρρεπείς σε επιθέσεις από αντιδραστικά είδη οξυγόνου (ROS), ένα υποπροϊόν της αναπνοής, και το σωματικό ρυθμός μετάλλαξης του mtDNA θεωρείται ότι είναι 10 έως 20 φορές υψηλότερη από εκείνη των πυρηνικών DNA [4], [5].

Ελαττώματα σε μιτοχονδριακή λειτουργία έχουν από καιρό υποτεθεί ότι παίζουν ένα ρόλο στην ογκογένεση [6], και ένα μεγάλο αριθμό μεταλλάξεων mtDNA έχουν ανιχνευθεί σε μία ποικιλία καρκίνων [7 ], [8]. Αναφέρθηκαν αλλαγές αλληλουχίας σε ασθενείς με καρκίνο συμπεριλαμβανομένων σημειακές μεταλλάξεις, πολλαπλές διαγραφές και αστάθεια μικροδορυφόρου (MSI) στην κωδικοποίηση και μη κωδικεύουσες περιοχές [9] – [12]. Ένα από τα καλύτερα που περιγράφεται μετάλλαξη μιτοχονδριακού DNA είναι το mtDNA 4977 bp ή κοινή διαγραφή [13], η οποία διαγράφει μεταξύ των νουκλεοτιδίων 8470 και 13447 του ανθρώπινου μιτοχονδριακού DNA. Αυτή η μετάλλαξη απομακρύνει το σύνολο ή μέρος των γονιδίων που κωδικοποιούν τέσσερις συγκρότημα υπομονάδες Ι, ένα σύμπλοκο IV υπομονάδα, δύο πολύπλοκες V υπομονάδες και πέντε γονίδια tRNA, τα οποία είναι απαραίτητα για τη διατήρηση της κανονικής λειτουργίας των μιτοχονδρίων [14].

Το μιτοχονδριακό κοινή διαγραφή έχει προσελκύσει τεράστια συμφέροντα, δεδομένου ότι είναι συνδεδεμένη με αρκετές σποραδικές ασθένειες που συμπεριλαμβάνουν μυοπάθειες, ασθένεια Alzheimer, σύνδρομο Pearson ‘s, φωτογήρανσης του δέρματος, σύνδρομο Kearns-Sayre (KSS) και χρόνια προοδευτική εξωτερική οφθαλμοπληγία (CPEO) [5], [13 ], [15] – [19]. Επιπλέον, αυτή η διαγραφή συσσωρεύεται επίσης σε πολλούς ιστούς κατά τη γήρανση, και έχει χρησιμοποιηθεί ως ένδειξη του mtDNA οξειδωτικής βλάβης [20], [21]. Αν και πολλές μελέτες συνδέουν αυτή την κοινή διαγραφή με ογκογένεση, τα αποτελέσματα από τις μελέτες πληθυσμού παραμένουν αντικρουόμενες παρά πειστικές [22] – [24]. Αρκετές μελέτες έχουν βρει τη διαγραφή bp mtDNA 4977 σε διάφορους τύπους καρκίνου, συμπεριλαμβανομένων του καρκίνου του μαστού, του ενδομητρίου, του οισοφάγου, του στομάχου, της κεφαλής και του τραχήλου, του ήπατος, του πνεύμονα, του στόματος, των νεφρών, του δέρματος και του θυρεοειδούς [22], [23] . Σε ορισμένες περιπτώσεις, η συχνότητα εμφάνισης και το επίπεδο της διαγραφής 4977 bp ήταν χαμηλότερες στον καρκινικό ιστό σε σύγκριση με παρακείμενες μη καρκινικό ιστό από τους ίδιους ασθενείς [24]. Σε ορισμένες εκθέσεις δεν υπάρχουν σημαντικές ενώσεις ανιχνεύθηκαν [25]. Μιτοχονδριακό DNA διαγραφές χρησιμεύσει ως βιοδείκτες της γήρανσης του δέρματος, αλλά είναι συνήθως απούσα σε μη καρκίνους του δέρματος μελανώματος. Έτσι, ο ρόλος αυτής της κοινής διαγραφής στην ογκογένεση είναι ενδιαφέρουσα, αλλά σε μεγάλο βαθμό αμηχανία, και κάθε μία από αυτές και μόνο τις μελέτες μπορεί να έχει underpowered για την ανίχνευση της συνδέσεως μεταξύ της κοινής διαγραφής και καρκίνους του mtDNA, λόγω του μικρού μεγέθους του δείγματος τους. Με την ελπίδα ότι η υποκείμενη ετερογένεια μεταξύ διαφορετικών μελετών μπορούν να επιλυθούν σε μια ανάλυση μεγάλης κλίμακας, πραγματοποιήσαμε μια συστηματική μετα-ανάλυση σε 33 σχετικές δημοσιεύσει άρθρα με 1613 υποθέσεις, 1516 δίπλα φυσιολογικά και 638 υγιείς μάρτυρες για να οδηγήσει μια πιο ακριβή εκτίμηση, και με βελτιωμένη στατιστική ισχύ για την ανίχνευση της σύνδεσης αυτής mtDNA αλλοίωση με διάφορους τύπους καρκίνου.

Υλικά και Μέθοδοι

στρατηγική Αναζήτηση και Κριτήρια επιλογής

Πραγματοποιήσαμε μια αναζήτηση στο PubMed και άλλους δημόσιους τομείς με ένα συνδυασμό των εξής λέξεις κλειδιά: «4977 bp διαγραφή», «καρκίνος» ή «καρκίνωμα», και «κίνδυνο» για τον εντοπισμό όλων των μελετών ασθενών-μαρτύρων που δημοσιεύθηκε σε ημερομηνία κατά την ένωση μεταξύ των μιτοχονδρίων διαγραφή του DNA 4977 bp και διάφορους τύπους καρκίνου (τελευταία ενημέρωση της αναζήτησης, το Νοέμβριο του 2012). Πρόσθετες μελέτες εντοπίστηκαν από ένα hands-on αναζήτηση της βιβλιογραφίας των πρωτότυπων μελετών για το θέμα αυτό

Οι μελέτες συμπεριλήφθηκαν εφόσον πληρούν τα ακόλουθα κριτήρια:. Άρθρα πλήρους κειμένου στα αγγλικά? case-control μελέτη του σχεδιασμού? πιθανότητες αναλογίες (ΕΑΠ) σε μελέτες ασθενών-μαρτύρων έχουν αναφερθεί με τα διαστήματα εμπιστοσύνης 95% (ΠΙ) (ή, εάν το 95% ΠΙ δεν έχουν αναφερθεί, τα αναφερόμενα στοιχεία ήταν επαρκή για τον υπολογισμό τους)? εάν περισσότερα από ένα άρθρο δημοσιεύτηκε χρησιμοποιώντας το ίδιο πληθυσμό ασθενών, μόνο η τελευταία ή η πλήρης μελέτη θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί σε αυτή την ανάλυση. Αποκλείσαμε μελέτες αν τα κρίσιμα δεδομένα δεν αναφέρθηκαν σε πρωτότυπες εργασίες, ή αν είχαν μια πολύ μεγάλη πιθανότητα της ανακριβούς πληροφόρησης.

Εξόρυξη Δεδομένων

Τα δεδομένα ανεξάρτητα προέρχονται από δύο συγγραφείς (Hezhongrong Nie και Hongying Shu) και ελέγχεται από το άλλο συγγραφέα, οποιαδήποτε διαφωνία επιλύθηκε από συζητήσεις μέχρι να επιτευχθεί συναίνεση. Οι ακόλουθες πληροφορίες προέρχονται από όλους τους περιλαμβάνονται εκδόσεις: η πρώτη συγγραφέας, έτος δημοσίευσης, τύπων καρκίνου, ο συνολικός αριθμός των υποθέσεων και των ελέγχων, τη χώρα και την εθνικότητα του πληθυσμού της μελέτης, η πηγή του DNA, ο αριθμός των περιελάμβαναν ασθενείς, η μέθοδος ανίχνευσης διαγραφή και τα αποτελέσματα διαγραφή κάθε μελέτης. Για τις μελέτες που συμπεριέλαβαν άτομα από διαφορετικές φυλετικές καταβάσεις, τα δεδομένα εξάγονται ξεχωριστά για κάθε εθνοτικής ομάδας κατηγοριοποιούνται ως ευρωπαϊκή καταγωγή (ΕΑ), της Ασίας ή άλλους. Όταν μια μελέτη δεν αναφέρει την εθνική τύπο ομάδα ή αν ήταν αδύνατο να διαχωρίσει τους συμμετέχοντες σύμφωνα με τα στοιχεία που παρουσιάστηκαν, το δείγμα ονομάστηκε ως «άλλοι». Επιπλέον, οι αναφορές που περιλαμβάνουν διαφορετικό τύπο καρκίνου, διαφορετική εθνοτική ομάδα, διαφορετικό μέγεθος του δείγματος, διαφορετική πηγή DNA και διαφορετική μέθοδο μέτρησης χωρίστηκαν σε δείγματα πολλαπλές μελέτης για αναλύσεις υποομάδων.

Ποσοτική Σύνθεση Δεδομένων

Οι αριθμοί των περιπτώσεων και ελέγχων από την κατάσταση διαγραφής από κάθε μελέτης συλλέχθηκαν για να αξιολογηθεί αυτή η συχνότητα διαγραφή μεταξύ των διαφόρων τύπων καρκίνου (ΕΑΠ και 95% ΠΙ), εν τω μεταξύ, η διάμεση τιμή της σχετικής επίπεδο διαγραφή συλλέχθηκαν επίσης από ορισμένες μελέτες που εμφανίζονται τα δεδομένα ( τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Επιπλέον, οι αναλύσεις διαστρωμάτωση διεξήχθησαν επίσης με την εθνικότητα (ΕΑ ή της Ασίας), τον τύπο του καρκίνου (αν ένας τύπος καρκίνου διερευνήθηκε σε λιγότερο από δύο μελέτες, θα πρέπει να συγχωνευθούν σε ομάδα των «άλλων καρκίνων»), το μέγεθος του δείγματος (όχι μεγαλύτερο από 50 και μεγαλύτερο από 50), η μέθοδος μέτρησης και η πηγή του DNA.

Στατιστική Ανάλυση

η ετερογένεια προσδιορίστηκε ποσοτικά με την

X

2-based test Q και

I

2

στατιστική, τη χρήση της δοκιμής Q για να αξιολογήσει μεταξύ μελετών ετερογένεια και θεωρείται σημαντική εάν

P

& lt? 0.05 [26], και

2

στατιστική μπορεί να λειτουργήσει μια τιμή που δείχνει το ποσοστό της συνολικής διακύμανσης μεταξύ των μελετών είναι πέρα ​​από την ευκαιρία. Συγκεκριμένα, 0% δείχνει ότι δεν υπάρχει παρατηρούμενη ετερογένεια, και μεγαλύτερες τιμές παρουσιάζουν αύξηση της ετερογένειας [27]. Η επιλογή των σταθερών επιδράσεων μοντέλο ή το μοντέλο τυχαίων δράσεων βασίστηκε στη μέθοδο Mantel-Haenszel και τη μέθοδο Dersimonian και Laird. Όταν

P

αξία της was≥0.05 τεστ ετερογένεια, χρησιμοποιήθηκε το μοντέλο σταθερής αποτελέσματα, τα οποία αναλαμβάνει η ίδια την ομοιογένεια του μεγέθους επίδραση σε όλες τις μελέτες [28]. Σε αντίθετη περίπτωση, το μοντέλο τυχαίων δράσεων ήταν πιο κατάλληλο, η οποία τείνει να παρέχει ευρύτερη διαστήματα εμπιστοσύνης και τα αποτελέσματα των συνιστωσών μελέτες διαφέρουν μεταξύ τους [29]. Αναλύσεις υποομάδων πραγματοποιήθηκαν επίσης με την εθνική ομάδα, τον τύπο του καρκίνου, το μέγεθος του δείγματος, η μέθοδος μέτρησης και η πηγή του DNA. Για να αξιολογηθούν οι επιπτώσεις των επιμέρους μελετών, ανάλυση ευαισθησίας έγινε με τον αποκλεισμό κάθε μελέτη σε μια στιγμή ξεχωριστά και εκ νέου υπολογισμό των ΕΑΠ και διαστήματα εμπιστοσύνης. Πιθανή προκατάληψη δημοσίευση εκτιμήθηκε από το ανεστραμμένο χωνί οικόπεδο, στο οποίο το τυπικό σφάλμα του log (OR) της κάθε μελέτης συναρτήσει του log (ή) [30], και ένα ασύμμετρο οικόπεδο υποδηλώνει μια πιθανή προκατάληψη δημοσίευση. οικόπεδο χοάνη ασυμμετρία αξιολογήθηκε από Begg και δοκιμασία γραμμικής παλινδρόμησης Egger του. Η σημασία της τομής προσδιορίζεται από το

t

δοκιμή όπως προτείνεται από Egger, και

P

& lt? 0,05 θεωρήθηκε αντιπροσωπευτικό των στατιστικά σημαντική προκατάληψη δημοσίευση [30]. Αυτή η μετα-ανάλυση πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το λογισμικό κριτική Διαχείριση (v.4.2) και Stata 12.0 (Stata Corporation, College Station, TX). Όλες οι

P

-τιμές ήταν δύο όψεων, και

P

& lt?. 0.05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική

Αποτελέσματα

Χαρακτηριστικά Μελέτη

Ένα σύνολο από 768 εν δυνάμει σχετικών αρχείων ταυτοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας τις λέξεις κλειδιά που αναφέρθηκαν νωρίτερα στις μεθόδους, εκ των οποίων 50 εξετάστηκαν το bp συχνότητα διαγραφή του mtDNA 4977 σε καρκίνους μετά τον τίτλο και την περίληψη επανεξέταση. Μετά από επανεξέταση πλήρους κειμένου, 17 εξαιρέθηκαν λόγω της διάφορους λόγους όπως ότι δεν παρέχουν διαθέσιμα δεδομένα ή οι μελέτες ήταν σχόλια. Τέλος, συνολικά 38 μελέτες σε 33 άρθρα πληρούσαν τα κριτήρια ένταξης μας. Τα χαρακτηριστικά της κάθε μελέτης ασθενών-μαρτύρων που παρατίθενται στον Πίνακα 1. Από τις 38 μελέτες, το μέγεθος των δειγμάτων κυμάνθηκε από 7 έως 130, στην οποία εννέα μελέτες με επίκεντρο τον καρκίνο του μαστού [25], [31] – [38], πέντε μελέτες επικεντρώνονται σχετικά με ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα [39] – [43], τέσσερα εστιάζοντας σε καρκίνο του στομάχου [38], [44] – [46], τρεις εστιάζοντας σε καρκίνο του παχέος εντέρου [25], [38], [47], τρεις εστιάζοντας σε καρκίνο του οισοφάγου [48] ​​- [50], τρεις με επίκεντρο τον καρκίνο του στόματος [51] – [53], δύο με επίκεντρο τον καρκίνο του θυρεοειδούς [25], [54], δύο με επίκεντρο τον καρκίνο του δέρματος [55], [56] και επτά μελέτες άλλους καρκίνους (ένα καρκίνωμα του ενδομητρίου [57], ο καρκίνος του ένα πνεύμονα [58], ένας καρκίνος Warthin του [59], ένας καρκίνος του τραχήλου της μήτρας [60], ένας οξεία λεμφοβλαστική λευχαιμία [61], ένας καρκίνος του προστάτη [62] και ένα κεφάλι και το λαιμό καρκίνο [38]). Επειδή ορισμένες μάρτυρες σε δύο έρευνες [25], [38] μοιράστηκαν από διάφορους καρκίνους, αυτό ορίστηκε ως τέσσερις μελέτες (καρκίνος του μαστού, ορθοκολικό καρκίνο, καρκίνο του στομάχου και καρκίνο κεφαλής και τραχήλου) και τρεις μελέτες (καρκίνος του θυρεοειδούς, καρκίνος του μαστού και καρκίνο του παχέος εντέρου) στην ανάλυση ανά τύπο καρκίνου, αλλά ορίζεται ως μια μελέτη στη συνολική ανάλυση ανάλυση και διαστρωμάτωση από την εθνικότητα, το μέγεθος του δείγματος, η μέθοδος μέτρησης και η πηγή του DNA. Συνολικά, 12 μελέτες χρησιμοποίησαν ΕΑ, 20 χρησιμοποιούνται Ασιάτες και ένας χρησιμοποιηθούν και άλλες εθνοτικές ομάδες. Αυτά ήταν 27 υπόθεση /παρακείμενο φυσιολογικό μελέτες και 15 περίπτωση /υγιή φυσιολογικά μελέτες που περιλαμβάνονται. Επιπλέον, ο ιστός ήταν η πιο κοινή πηγή του DNA, αν και εφαρμόστηκαν επίσης άλλες πηγές, όπως το αίμα και στοματικές μάκτρο [25], [32], [38], [48], [49]. Στοματικό μάκτρο ονομάστηκε ως ιστός στην στρωματοποιημένη ανάλυση από την πηγή του DNA.

Η

Meta Ανάλυση Αποτελέσματα

Έχουμε λάβει τα mtDNA 4977 δεδομένα διαγραφή bp από 33 δημοσιεύσεις που αποτελείται από 1613 υποθέσεις, 1516 παρακείμενο φυσιολογικό και 638 υγιείς ελέγχους. Όταν όλες οι επιλέξιμες μελέτες συγκεντρώθηκαν στη μετα-ανάλυση, βρήκαμε ότι καρκινικού ιστού πραγματοποιείται χαμηλότερη mtDNA 4.977 συχνότητα διαγραφή bp από το γειτονικό μη καρκινικό ιστό (OR = 0,43, 95% CI = 0,20 – 0,92,

P

= 0,03 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 91,5%? Εικ. 1Α). Ωστόσο, δεν υπάρχει σημαντική συσχέτιση βρέθηκε και αν τα δείγματα χωρίστηκαν σε αντικείμενο ομάδας ΕΑ (OR = 0,43, 95% CI = 0,11 – 1,73,

P

= 0,23 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 91,4%) ή της Ασίας υπόκεινται ομάδα (OR = 0,49, 95% CI = 0,17 – 1,44,

P

= 0,20 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 93,3 %). Στην στρωματοποιημένη ανάλυση ανά είδος καρκίνου (Πίνακας 2), βρήκαμε ότι η διαφορά της ανίχνευσης του 4977 διαγραφή bp σε καρκινικά δείγματα και αντίστοιχα μη καρκινικά δείγματα του μαστού ήταν περισσότερο έντονη (OR = 0.19, 95% CI = 0,06 – 0,61,

P

= 0,005 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 82,7%? Εικ. 1Β)? αλλά το φαινόμενο αυτό δεν υπήρχε στην ηπατοκυτταρικού καρκίνου (OR = 0,10, 95% CI = 0,00 – 3,74,

P

= 0,21 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 95,4%) , γαστρικό καρκίνο (OR = 0,33, 95% CI = 0,06 – 1,67,

P

= 0,18 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 86,9%), ο καρκίνος του οισοφάγου (OR = 0.28, 95% CI = 0,02 – 3,73,

P

= 0,34 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 69,0%) και του παχέος εντέρου (OR = 0,66, 95% CI = 0,37 – 1,16,

P

= 0,15 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 87,6%).

(Α) διαφόρων τύπων καρκίνου που σχετίζονται με mtDNA 4977 bp διαγραφή σε περίπτωση /παρακείμενη φυσιολογική ομάδα. (Β) στρωματοποιημένη ανάλυση για τον καρκίνο του μαστού που σχετίζονται με mtDNA 4977 διαγραφή bp σε περίπτωση /παρακείμενη φυσιολογική ομάδα.

Η

Όπως ο καρκίνος του μαστού έχει το πιο μελετηθεί ένα με την εμπλοκή της μιτοχονδριακής δυσλειτουργίας και mtDNA στην ογκογένεση, εξετάσαμε το ρόλο του μεγέθους του δείγματος στην ανίχνευση της επίδρασης της κοινής διαγραφής. Είναι ενδιαφέρον, βρήκαμε τη διαφορά στην συχνότητα διαγραφής σε καρκινικό ιστό και σε παρακείμενες μη-καρκινικό ιστό ήταν όλο και πιο σημαντική όταν το μέγεθος του δείγματος είναι μεγαλύτερο από 50 (OR = 0.70, 95% CI = 0,58 – 0,86,

P

= 0,0005 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 95,1%? Εικ. 2Α). Όσο για τις πειραματικές μεθόδους, η τακτική PCR φάνηκε να είναι πιο ευαίσθητα (OR = 0,39, 95% CI = 0,18 – 0,86,

P

= 0,02 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 91,7%?. Εικ. 2Β)

(Α) το μέγεθος του δείγματος μεγαλύτερο από 50. (κανονική μέθοδος μέτρησης PCR Β)

Η

Για να καθοριστεί περαιτέρω αν η κοινή διαγραφή του mtDNA μπορούσε. χρησιμεύσει ως πιθανό δείκτη για την ογκογένεση, μπορούμε στη συνέχεια συγκρίνονται οι συχνότητες των κοινών ανίχνευση διαγραφή σε ασθενή με καρκίνο, καρκινικό ιστό και τις παρακείμενες μη-καρκινικούς ιστούς με τους ιστούς από τους υγιείς ελέγχους, βρήκαμε ότι ήταν πιο πιθανό να ανιχνεύσει mtDNA συχνή σε ιστούς από το ασθενείς με καρκίνο και στις δύο καρκινικές (OR = 1,36, 95% CI = 1,04 – 1,77,

P

= 0,02 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 83,5%? Εικ. 3Α) και των παρακείμενων μη-καρκινικές (OR = 3,02, 95% CI = 02.13 – 04.28,

P

& lt? 0,00001 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 53,7%? Σχ. 3Β ) ιστούς.

(Α) περίπτωση /υγιή φυσιολογική ομάδα. (Β) γειτονικό φυσιολογικό /υγιή κανονική ομάδα των δειγμάτων ιστού στρωματοποιημένη ανάλυση.

Η

Αναλύσεις ευαισθησίας

Πραγματοποιήσαμε ανάλυση ευαισθησίας για να αξιολογηθεί η σταθερότητα των αποτελεσμάτων αυτής της μετα-ανάλυσης από διαδοχικά αποκλείοντας κάθε μελέτη σε δύο περιπτώσεων /παρακείμενο φυσιολογικό και υπόθεση /υγιή φυσιολογικά ομάδες. Η άδεια-one-out ανάλυση ευαισθησίας έδειξε ότι καμία μελέτη αλλάξει τις συγκεντρωτικές ΕΑΠ ποιοτικά, γεγονός που υποδηλώνει τη σταθερότητα αυτής της μετα-ανάλυσης (Εικ. S1 Α και σχήμα. S1B).

Δημοσίευση Bias

προκατάληψη Δημοσίευση εκτιμήθηκε με οικόπεδο χοάνη Begg και δοκιμή Egger του. Όπως φαίνεται στο Σχ. S2A και το Σχ. S2B, τα σχήματα των οικοπέδων χοάνη φάνηκε συμμετρικά και στις δύο περίπτωση /παρακείμενο φυσιολογικό και υπόθεση /υγιές φυσιολογικό ομάδες, γεγονός που υποδηλώνει την απουσία προκατάληψης δημοσίευση. Εν τω μεταξύ, δοκιμή του Egger του έγινε για να παρέχει στατιστικά στοιχεία του οικοπέδου χοάνη ασυμμετρίας. Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι δεν υπάρχουν στοιχεία για τη δημοσίευση μεροληψία της τρέχουσας μετα-ανάλυση (

P

= 0,081 σε περίπτωση /παρακείμενη φυσιολογική ομάδα και

P

= 0,573 σε περίπτωση /υγιή φυσιολογική ομάδα). Όλοι μαζί, πιστεύουμε ότι η προκατάληψη από τις δημοσιεύσεις δεν θα μπορούσε να έχει σημαντική επίδραση στα αποτελέσματα της μας μετα-ανάλυση.

Συζήτηση

Σε αυτό το μετα-ανάλυση των 1613 περιπτώσεων καρκίνου, 1516 δίπλα normals και 638 υγιείς ελέγχους από 33 ανεξάρτητες εκδόσεις, ενώ η διαγραφή μιτοχονδριακού DNA 4977 bp βρέθηκε σε τόσο καρκινικά και παρακείμενο φυσιολογικό ιστό, σε σύγκριση με υγιείς μάρτυρες, η συχνότητα διαγραφή ήταν σημαντικά χαμηλότερη σε ιστό όγκου παρά σε παρακείμενες μη-καρκινικό ιστό μεταξύ των διαφόρων τύπους καρκίνου. Αυτό υποδεικνύει ότι η διαγραφή του mtDNA 4997 bp επιλέγεται κατά σε καρκινικό ιστό σε σύγκριση με τον παρακείμενο φυσιολογικό ιστό, γεγονός που το καθιστά ελκυστικό βιοδείκτη για εμφάνιση καρκίνου.

μιτοχονδριακού DNA εκτίθεται συνεχώς σε οξειδωτικό στρες, συσσωρεύοντας έτσι ένα μεγάλο φορτίο μεταλλάξεων, ένα από τα πιο κοινά είναι η bp διαγραφή mtDNA 4977 [22]. Η διαγραφή του mtDNA 4977 bp έχει αναφερθεί σε διάφορα είδη καρκίνων, όπως του καρκίνου του μαστού [31], [34], [35], [38], ορθοκολικό καρκίνο [38], γαστρικού καρκίνου [38], [45], [46], ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα [42], [43], ο καρκίνος του πνεύμονα [58], καρκίνο κεφαλής και λαιμού [38], καρκίνο του οισοφάγου [63] και το καρκίνωμα του θυρεοειδούς [64]. Επίσης, δεν αποτελεί έκπληξη, λόγω της χαμηλής εξειδίκευσης αυτής της κοινής διαγραφής, mtDNA 4977 διαγραφή bp έχει επίσης δειχθεί ότι εμπλέκεται στην εμφάνιση των διαφόρων τύπων των εκφυλιστικών ασθενειών και της γήρανσης [43], [65], [66], καθώς και σε υγιή βρέφη και παιδιά [67]. Και οι δύο μελέτες σε ζώα και το μοντέλο των κυττάρων ανάλυση έδειξε ότι η διαγραφή του mtDNA 4977 bp έπαιξε σημαντικό ρόλο κατά τη διάρκεια της ογκογένεσης [68], [69]. Ωστόσο, τα αποτελέσματα των διαφόρων μελετών ανατομής του ρόλου αυτής της μετάλλαξης στην ανάπτυξη καρκίνου είναι αντικρουόμενα. Για παράδειγμα, η μελέτη του Ye διαπίστωσε ότι αν και το σύνολο των δειγμάτων που τους μεταφέρουν mtDNA 4977 bp μεγάλη διαγραφή, νόμιζαν δεν υπήρχε συσχέτιση μεταξύ του mtDNA 4977 bp κοινή διαγραφή και τον κίνδυνο του καρκίνου [34]? Tseng et al απέδειξαν ότι η συχνότητα ανίχνευσης της κοινής διαγραφής ήταν περισσότερο υψηλότερη σε παρακείμενο φυσιολογικό ιστό από ιστό καρκινώματος σε 60 ασθενείς με καρκίνο του μαστού τους από την Ταϊβάν [35]? Εν τω μεταξύ, η ανάλυση των Dani συμφώνησε με τα αποτελέσματα από Tseng σε διάφορους τύπους καρκίνου [38]. Τα 4977 bp μεταλλάξεις κοινή διαγραφή του mtDNA είναι μια εξαιρετικά μη-ειδική μετάλλαξη και όπως προαναφέρθηκε έχει παρατηρηθεί σε εκφυλιστικές διαταραχές, καθώς και σε υγιείς ιστούς. Αυτό μπορεί να εξηγήσει την ασυνέπεια στα δεδομένα που έχουν ληφθεί μέχρι στιγμής. Σαφώς, άλλες κυτταρικές καθώς και των ιστών ειδικά περιβαλλοντικά παράγοντες μπορούν επίσης να επηρεάσουν το αποτέλεσμα αυτής της μετάλλαξης για την επιβίωση των κυττάρων και ογκογένεση. Όσον αφορά το ποσοστό της διαγραφής σε καρκινικούς ιστούς, μπορεί να επηρεάζεται από πολλούς παράγοντες, όπως την παρουσία της στην πρόδρομο καρκινικών κυττάρων (ες) και του ρυθμού ανάπτυξης για τα καρκινικά κύτταρα. Ως εκ τούτου, ενώ ένα πολλά υποσχόμενο παρατήρηση, οι μελλοντικές μελέτες για να καθοριστεί αν η μετάλλαξη μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως μια επιτυχημένη βιοδείκτης για τον καρκίνο. προηγούμενες μελέτες μας έχουν δείξει ότι ετεροπλασμικά μετάλλαξη του DNA, όπου το βάρος της μετάλλαξης είναι λιγότερο, ήταν περισσότερο από ό, τι ογκογόνο ομοπλασμικά μετάλλαξη όπου μεταλλάσσεται όλα mtDNA [70]. Οι μελέτες μας έχουν επίσης δείξει μια διαφορά στις ανάδρομη μονοπάτια σηματοδότησης μεταξύ ομοπλασμικά μιτοχόνδρια και heteoplasmic μιτοχόνδρια με μικρότερο φορτίο μιας συγκεκριμένης μετάλλαξης ενεργοποιώντας οδούς επιβίωσης που περιλαμβάνουν ROS και Akt καθιστώντας έτσι τα κύτταρα ογκογόνο ενώ η αναστολή της ογκογένεσης παρατηρήθηκε σε κύτταρα με ομοπλασμικά μεταλλάξεις. Αυτό υποστηρίζει την υπόθεση μας που μπορεί να απαιτείται ένα μεγαλύτερο φορτίο μετάλλαξη κατά τα αρχικά στάδια της ανάπτυξης του όγκου, η μετάλλαξη που στη συνέχεια επιλέγεται έναντι εάν τα κύτταρα πρέπει να συνεχίσουν την πολλαπλασιαστική ανάπτυξη που οδηγεί σε μεγαλύτερη συχνότητα μεταλλάξεων στο γειτονικό φυσιολογικό ιστό σε σύγκριση με καρκινικό ιστό . Η διαγραφή του mtDNA 4977 bp μπορεί να χρησιμεύσει ως μια πιθανή βιοδείκτη για την ανάπτυξη των όγκων πρώιμο στάδιο. Τα αντιφατικά αποτελέσματα μπορεί επίσης να οφείλεται σε επιμέρους μελέτες με μικρά μεγέθη δείγματος και ως εκ τούτου δεν είναι αρκετή στατιστική δύναμη να διακρίνει την αξιόπιστη σύνδεση. Ως εκ τούτου, για την αντιμετώπιση του προβλήματος του μεγέθους του δείγματος και να κατανοήσουν το ρόλο αυτής της μετάλλαξης στον καρκίνο, πραγματοποιήσαμε αυτή την μετα-ανάλυση όπου βρήκαμε ότι η διαγραφή του mtDNA 4977 bp ήταν λιγότερο συχνές σε διάφορους ιστούς του καρκίνου, σε σύγκριση με παρακείμενες μη-καρκινικές ιστούς.

Αν και αυτή η μετα-ανάλυση έδειξε ότι η κοινή διαγραφή μιτοχονδριακού DNA ήταν πιο πιθανό να συμβεί σε διαφορετικούς τύπους των παρακείμενων μη-καρκινικούς ιστούς από ό, τι σε καρκινικούς ιστούς, μερικά αποτελέσματα από την ανάλυση διαστρωμάτωση μας θυμίζουν αντλώντας το συμπέρασμα με προσοχή. Η στρωματοποιημένη ανάλυση με βάση τον τύπο του καρκίνου έδειξαν ότι η εξάλειψη mtDNA 4977 bp ήταν πιο πιθανό σε παρακείμενες μη-καρκινικούς ιστούς των ασθενών με καρκίνο του μαστού (

P

= 0,005), το οποίο περιέχει το μεγαλύτερο μέγεθος δείγματος στον τύπο του καρκίνου μας στρωματοποιημένη ανάλυση . Ανάλυση ετερογένεια μας έδειξε ότι ο τύπος του καρκίνου συνέβαλαν στη σημαντική ετερογένεια, αυτά τα αντιφατικά αποτελέσματα από τύπους καρκίνου μπορεί να περιλαμβάνει διαφορετικές καρκινογόνες μηχανισμούς. Μια πιθανή εξήγηση για τις διαφορές που διαπιστώθηκαν μεταξύ των διαφόρων μη-καρκινικού ιστού ήταν η ύπαρξη των ποσοστών του κύκλου εργασιών mtDNA ιστο-ειδική και διάφορες περιβαλλοντικές και γενετικές επιρροές. Διαφορετικών βιολογικών οδών (όπως η επισκευή της οξειδωτικής βλάβης, το μεταβολισμό των ορμονών και σχετίζονται με την ηλικία σηματοδοτικό μονοπάτι των κυττάρων) θα μπορούσαν να αλληλεπιδράσουν με το mtDNA, με αποτέλεσμα διαφορετικές προσπάθειες σχετικά με τις ζημίες του mtDNA και την ευαισθησία του καρκίνου. Για παράδειγμα, αρκετές μελέτες διαπιστώθηκε η επίδραση του mtDNA 4977 bp διαγραφή για καρκίνο του παχέος εντέρου ήταν σημαντική για ορισμένες υποομάδες, όπως ασθενείς κάτω των 65 ετών ήταν πιθανότερο να φέρουν αυτή τη διαγραφή σε ιστούς όγκων (

P

= 0,027) [47]. Αυτό το αποτέλεσμα έδειξε ότι υπάρχει πιθανώς μια αρνητική επιλογή για την κοινή διαγραφή σε ιστούς όγκων κατά τη διάρκεια της γήρανσης [47].

Επιπλέον, η σημαντικά χαμηλότερη mtDNA 4.977 συχνότητα διαγραφή bp σε καρκινικό ιστό σε σύγκριση με παρακείμενες μη καρκινικό ιστό της μεγαλύτερες μελέτες μέγεθος του δείγματος (OR = 0,70, 95% CI = 0,58 – 0,86,

P

= 0.0005 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 95,1%) δείχνει σε μας ότι η γενετική τον κίνδυνο του καρκίνου που απορρέουν από τις κοινές παραλλαγές ήταν πολύ μέτρια και η διεισδυτικότητα των παραλλαγών ήταν πολύ μικρή, πράγμα που σημαίνει ότι ακόμη και αν η διακύμανση ήταν ζωτικής σημασίας για την καρκινογένεση, εξαιρετικά μεγάλης κλίμακας αποδείξεις θα είναι αναγκαίο να θεσπιστούν με υψηλή εμπιστοσύνη η παρουσία των συγκεκριμένων ενώσεις.

Ωστόσο, τα αποτελέσματα από την ανάλυση στρωματοποίησης με μέθοδο μέτρησης έδειξε ότι η συχνότητα διαγραφή ιστός όγκου ήταν επίσης χαμηλότερη από την παρακείμενη μη καρκινικό ιστό σε μελέτες με τη μέθοδο ανίχνευσης της τακτικής PCR (OR = 0.39, 95 % CI = 0,18 – 0,86,

P

= 0,02 για τη δοκιμή ετερογένειας,

2

= 91,7%). Αλλά εμείς θεωρείται η στατιστική ισχύς περιορίζεται στις αναλύσεις αυτών των υποομάδων, οι μελέτες αυτές να υποφέρουν από διάφορα σημαντικά μειονεκτήματα, όπως η προκατάληψη πληροφορίες, μεροληψία επιλογής, μικρότερο μέγεθος μελέτης και κατώτερα στατιστικής ισχύος, η οποία μπορεί να έχει μια ουσιαστική επίδραση στα αποτελέσματα της μας μετα-ανάλυση. Λαμβάνοντας υπόψη αυτούς τους περιορισμούς που περιλαμβάνονται στην στρωματοποιημένη ανάλυση, τα αποτελέσματά μας θα πρέπει να ερμηνεύονται με προσοχή, δεδομένου ότι δεν μπορεί να έχει αρκετή στατιστική ισχύ. Στη μέτρηση ανάλυση μέθοδο διαστρωμάτωσης, μόνο δύο μελέτες χρησιμοποιώντας ποσοτική PCR σε περίπτωση /παρακείμενη φυσιολογική ομάδα και την περίπτωση /υγιή φυσιολογική ομάδα, έτσι θα μπορούσαμε να μην πραγματοποιήσει την ανάλυση ετερογένεια. Σε αυτή την μετα-ανάλυση, αν και τακτική PCR ήταν πιο συχνά χρησιμοποιείται για την ανίχνευση της διαγραφής 4977 bp σε σύγκριση με ποσοτική PCR, ποσοτικής PCR ήταν πιο βολικό και λιγότερο χρόνο να καταναλώνουν.

Ως εκ τούτου, τα ευρήματα της mtDNA κοινή συχνότητα διαγραφή σε διαφορετικές μορφές καρκίνου σε αυτό το μετα-ανάλυση εξακολουθούν να απαιτούν περαιτέρω αντιγραφή με πιο ακριβή ανάλυση και μεγαλύτερες μελέτες για να αποφευχθούν τα μειονεκτήματα.

πρέπει να αντιμετωπιστεί Ορισμένοι από τους περιορισμούς της παρούσας μελέτης. Πρώτον, ο συνολικός αριθμός των μελετών ήταν πολύ μικρό για να εκτελέσει περαιτέρω αναλύσεις υποομάδων. Δεύτερον, στην ανάλυση μίας υποομάδας με βάση την εθνικότητα, οι συμπεριλαμβάνονται μελέτες συμμετείχαν μόνο ΕΑ και οι Ασιάτες, τα δεδομένα που αφορούν άλλες εθνοτικές ομάδες, όπως οι Αφρικανοί δεν βρέθηκαν. Τρίτον, μόνο δημοσιεύσεις στα αγγλικά επιλεγεί από βάσεις δεδομένων που περιλαμβάνονται σε αυτό το μετα-ανάλυση. Είναι πιθανό ότι ορισμένες σχετικές δημοσιεύσεις ή αδημοσίευτες μελέτες ή δημοσιεύσεις σε άλλες γλώσσες χάθηκαν, πράγμα που θα μπορούσε να διαθέσει μια προκατάληψη για τα αποτελέσματα μας. Περαιτέρω, υπάρχουν κάποιες ενδείξεις ότι η ηλικία και ο καπνός του τσιγάρου μπορεί να αλλάξει το mtDNA 4.977 συχνότητα διαγραφή bp [47], [58]. Ωστόσο, λόγω της έλλειψης των αρχικών δεδομένων στις δημοσιεύσεις, δεν διαστρωμάτωση των μελετών από αυτούς τους παράγοντες. Πιο ακριβείς Ή θα πρέπει να διορθωθεί με την ηλικία, το φύλο, το κάπνισμα, η κατανάλωση αλκοόλ και άλλων παραγόντων της έκθεσης.

Εν κατακλείδι, η μελέτη αυτή ήταν η πρώτη μετα-ανάλυση για να εκτιμηθεί η σχέση μεταξύ του mtDNA 4977 bp διαγραφή και καρκίνους, και αυτό το χαρτί στοιχεία που αποδεικνύουν ότι mtDNA 4977 διαγραφή bp έχει περισσότερες πιθανότητες να συμβεί σε ασθενή με καρκίνο, αλλά επιλέγεται κατά σε διάφορους τύπους καρκινικών ιστών. Ωστόσο, λόγω των περιορισμών του αρχικές μελέτες που περιλαμβάνονται στις μετα-αναλύσεις, περαιτέρω μελέτες μεγαλύτερης δείγμα χρησιμοποιώντας κατάλληλες μεθόδους και τα υποκείμενα που απαιτούνται για την αξιολόγηση του ρόλου του mtDNA 4977 διαγραφή bp στην ανάπτυξη καρκίνου. Επιπλέον, οι μελέτες αυτές πρέπει επίσης να λαμβάνουν υπόψη τους περιβαλλοντικούς παράγοντες, έτσι ώστε να αποκτήσουν μια καλύτερη και πιο ολοκληρωμένη κατανόηση της διαλεύκανσης τον υποκείμενο μηχανισμό της mtDNA διαγραφή 4977 bp στην ανάπτυξη και εξέλιξη του καρκίνου.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Ανάλυση ευαισθησίας των μελετών. (Α) περίπτωση /παρακείμενη φυσιολογική ομάδα. (Β) περίπτωση /υγιή φυσιολογική ομάδα

doi:. 10.1371 /journal.pone.0067953.s001

(ΔΕΘ)

Εικόνα S2.

Χωνί ανάλυση οικόπεδο για την ανίχνευση προκατάληψη δημοσίευση. (Α) περίπτωση /παρακείμενη φυσιολογική ομάδα. (Β) περίπτωση /υγιή φυσιολογική ομάδα

doi:. 10.1371 /journal.pone.0067953.s002

(ΔΕΘ)