Αφηρημένο

Στόχος

μεθυλοτρανσφεράσης DNA 3β (DNMT3b) διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στην ανώμαλη μεθυλίωση κατά τη διάρκεια της ογκογένεσης. Πολυμορφισμός του

DNMT3b

γονίδιο μπορεί να επηρεάσει

DNMT3b

δραστηριότητα και να σχετίζεται με τον κίνδυνο καρκίνου. Αυτή η μελέτη είχε ως στόχο να διερευνήσει τη σχέση μεταξύ πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) του

DNMT3b

γονιδίου και την ευαισθησία και την πρόγνωση του καρκίνου του στομάχου.

Μέθοδοι

Τετρακόσια σαράντα επτά ιστολογικά επιβεβαιωμένο γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου, 111 γαστρικό περιπτώσεις ατροφία και 961 ελέγχους όγκου χωρίς εντάχθηκαν στη μελέτη. Πέντε SNPs ετικέτα (rs6119954, rs1569686, rs4911107, rs4911259 και rs8118663) του

DNMT3b

γονίδιο γονότυπος με τη δοκιμασία TaqMan. DNMT3b έκφραση αξιολογήθηκε σε 104 καρκινικούς ιστούς με τη μέθοδο της ανοσοϊστοχημείας.

Αποτελέσματα

Ο διάμεσος χρόνος παρακολούθησης για 422 γαστρικό ασθενείς με πληροφορίες πρόγνωση ήταν 55,1 (51,8 – 58,5) μήνα. Βρήκαμε ότι τα άτομα με την παραλλαγή rs1569686 γονότυπο (TG /GG) ήταν σημαντικά σχετίζεται με κακή πρόγνωση σε καρκίνο του στομάχου σε σύγκριση με εκείνους που φέρουν το γονότυπο TT (HR = 1,43, 95% CI: 1,02 – 1,99). Αυτή η τάση ήταν περισσότερο εμφανής στην μακροπρόθεσμη επιβίωση του καρκίνου του στομάχου. Παρόμοια αποτελέσματα παρατηρήθηκαν για τους μεταφορείς G αλληλόμορφο του rs4911107 και Τ αλληλίου φορείς rs4911259 καθώς αυτές οι δύο περιοχές ήταν σε πλήρη ανισορροπία σύνδεσης με rs1569686. Οι φορείς GG rs8118663 έτειναν να ζουν λιγότερο από ό, τι AA /AG γονότυπο (HR = 2,72, 95% CI: 1,45 – 5,12) σε ασθενείς ζουν περισσότερο από 2,0 χρόνια. Κανένας από τους πέντε SNPs συσχετίστηκε με τους κινδύνους του γαστρικού καρκίνου ή γαστρική ατροφία. Και καμία σχέση βρέθηκε μεταξύ κάθε της έκφρασης πέντε SNPs και DNMT3b.

Συμπεράσματα

Αυτή η μελέτη παρέχει στοιχεία ότι

DNMT3b

πολυμορφισμοί μπορεί να προβλέψει τη μακροπρόθεσμη επιβίωση του καρκίνου του στομάχου . Ωστόσο, απαιτούνται περαιτέρω μελέτες για να αποκαλύψει τις υποκείμενες βιολογικών ρόλων των

DNMT3b

πολυμορφισμού

Παράθεση:. Wang C, Jia Ζ, Cao Α, Μπορείτε L, Jin M, Γου Χ, κ.ά. . (2015) Ο πολυμορφισμός του DNA μεθυλοτρανσφεράσης 3β και Σύνδεσης με την ανάπτυξη και την πρόγνωση του καρκίνου του στομάχου. PLoS ONE 10 (8): e0134059. doi: 10.1371 /journal.pone.0134059

Επιμέλεια: Valli De Re, Centro di Riferimento Oncologico, IRCCS Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Ιταλία

Ελήφθη: 16 Απριλίου, 2015? Αποδεκτές: 3, Ιουλ, 2015? Δημοσιεύθηκε: 11 Αυγούστου 2015

Copyright: © 2015 Wang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. το ερευνητικό έργο χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (81072369, JJ), Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (81373084, JJ), Εθνικό Φυσικό Ίδρυμα Επιστημών της Κίνας (81273065, XYC), Norman Bethune Πρόγραμμα του Πανεπιστημίου Jilin (2013025, JJ), το Ίδρυμα Νεολαίας του πρώτου Νοσοκομείου του Πανεπιστημίου Jilin (JDYY42013014, ZFJ), το Ίδρυμα Νεολαίας του πρώτου Νοσοκομείου του Πανεπιστημίου Jilin (JDYY42013018 , DHC), και Επιστήμης και Τεχνολογίας Πρόγραμμα Ανάπτυξης της επαρχίας Jilin (20150414014GH, JJ). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Γαστρικό καρκίνο (GC) είναι μία από τις πιο κοινές κακοήθεις όγκους στην Κίνα και είναι η δεύτερη κύρια αιτία θανάτου από καρκίνο σχετίζονται [1, 2].

Helicobacter pylori

(

Η

.

pylori

) έχει χαρακτηριστεί ως καρκινογόνος ουσία έχω ομάδα του καρκίνου του στομάχου από το IARC το 1994 [3].

H

.

pylori

είναι επίσης ένας από τους παράγοντες κινδύνου για γαστρική ατροφία (GA), το οποίο εμπλέκεται στην ανάπτυξη του καρκίνου του στομάχου [4, 5]. Παρά το γεγονός ότι το ήμισυ του παγκόσμιου πληθυσμού έχει

Η

.

πυλωρού

μόλυνση, μόνο ένα μικρό ποσοστό από αυτούς να εξελιχθεί σε χρόνια ατροφική γαστρίτιδα και, στη συνέχεια, καρκίνο του στομάχου. Αυτοί προτείνουν ένα πιθανό ρόλο των γενετικών παραγόντων ξενιστή σε απόκριση σε χρόνιο

H

.

pylori

μόλυνση και γαστρικό ανάπτυξη του καρκίνου, στη συνέχεια [6].

μεθυλίωση του DNA είναι μία από οι επιγενετικές διαμορφώσεις και είναι σημαντικό στη ρύθμιση της μεταγραφής και της δομής της χρωματίνης αναδιαμόρφωση [7]. Παρεκκλίνουσα μεθυλίωση του DNA θα μπορούσε να οδηγήσει σε γονιδίωμα-ευρεία υπομεθυλίωσης και περιφερειακές υπερμεθυλίωση, η οποία αναγνωρίζεται ως πιθανός μηχανισμός της απενεργοποίησης ογκοκατασταλτικών γονιδίων [8-10]. DNA μεθυλοτρανσφεράση-3b (DNMT3b) είναι ένα

de novo

μεθυλοτρανσφεράση και πάνω εκφράζεται σε ποικιλία όγκων, όπως του καρκίνου του πνεύμονα [11], τα καρκινώματα του μαστού [12], ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα [13] και μεγάλα Β- λεμφώματα κυττάρων [14]. προηγούμενες εργασίες μας έδειξαν ότι DNMT3b εκφράζεται σημαντικά υψηλότερη σε γαστρικό καρκινικό ιστό σε σύγκριση με εκείνη των ζευγαρωμένων δειγμάτων ελέγχου [15]. Και υψηλότερα επίπεδα DNMT3b είχαν αναφερθεί ότι εμπλέκεται σε λεμφαδένα μετάσταση του καρκίνου των ωοθηκών [16] και βραχύτερη γενική επιβίωση της οξείας μυελοειδούς λευχαιμίας [17]. Αυτά πρότεινε ο πιθανός ρόλος της DNMT3b στην ανάπτυξη και την εξέλιξη των όγκων.

DNMT3b

τοποθετεί στο χρωμόσωμα 20q11.2 με συνολικό μέγεθος της 47kB. Θεωρήθηκε ότι πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου (SNPs) εντός της περιοχής του υποκινητή του

DNMT3b

γονίδιο μπορεί να τροποποιήσει τα επίπεδα γονιδιακής έκφρασης [18]. Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι SNPs του

DNMT3b

συσχετίσθηκαν με την ευαισθησία των διαφόρων μορφών καρκίνου, όπως το ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα [19], ο καρκίνος του πνεύμονα [18], ρινοφαρυγγικά καρκινώματα [20], του καρκίνου του μαστού [7] και το γαστρικό καρκίνος [21], και Azad κ.ά. [22] έχουν αποδείξει ότι

DNMT3b

rs2424913 πολυμορφισμού συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο επικινδυνότητας σε καρκίνο κεφαλής και τραχήλου. Αυτοί οι SNPs βρέθηκαν να επηρεάζουν τη δράση του

DNMT3b

για μεθυλίωσης του DNA, αλλάζοντας το επίπεδο της DNMT3b, διαμορφώνοντας έτσι την ευαισθησία στον καρκίνο [23, 24].

Ωστόσο, όσο εμείς ξέρετε, δεν υπάρχει χαρτί ήταν διαθέσιμο για το ρόλο του

DNMT3b

πολυμορφισμό στην πρόγνωση του καρκίνου του στομάχου. Στην παρούσα μελέτη, εξετάσαμε τη συσχέτιση μεταξύ των πολυμορφισμών του

DNMT3b

γονιδίου και την ευαισθησία του καρκίνου του στομάχου, καθώς και γαστρική ατροφία, και κλινικοπαθολογοανατομικές χαρακτηριστικά και τη συνολική επιβίωση του καρκίνου του στομάχου σε ένα κινεζικό πληθυσμό.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας του πρώτου Νοσοκομείου του Πανεπιστημίου Jilin. Γραπτή πληροφορημένες συγκαταθέσεις ελήφθησαν από όλα τα θέματα πριν από τη λήψη μέρος σε αυτή την έρευνα.

πληθυσμούς Μελέτη

Νεοδιαγνωσθείσα γαστρικό περιπτώσεις με καρκίνο που υποβάλλονται tumorectomy κλήθηκαν στη μελέτη στο Τμήμα Γαστρικό και του παχέος εντέρου χειρουργική επέμβαση, Πρώτη Νοσοκομείο του Πανεπιστημίου Jilin (Changchun, Κίνα) κατά τη διάρκεια του 2008 έως 2010. συνολικά 447 περιπτώσεις με ιστοπαθολογική διάγνωση καρκίνου του στομάχου είχαν συμπεριληφθεί και καμία από τις περιπτώσεις που είχαν υποβληθεί σε χημειοθεραπεία ή ακτινοθεραπεία πριν από τη χειρουργική επέμβαση. Τα κύρια κλινικά χαρακτηριστικά συλλέχθηκαν από τα ιατρικά αρχεία ή μέσω τηλεφωνικής συνέντευξης. Ορίσαμε χημειοθεραπεία ως μια αποτελεσματική θεραπεία για τουλάχιστον 3 κύκλους. Οι ασθενείς έλαβαν πολλές μετεγχειρητικές αγωγές χημειοθεραπείας, συμπεριλαμβανομένου FOLFOX-4 θεραπευτική αγωγή (συνδυασμό με 5-φθοριοουρακίλη, leucovorin και οξαλιπλατίνη)? αγωγή XELOX (καπεσιταβίνη και οξαλιπλατίνη)? άλλες χημειοθεραπείες όπως καπεσιταβίνη ή 5-φθοριοουρακίλη και μόνο. Κατά την ίδια περίοδο, οι εξεταζόμενοι παρακολουθούν το κέντρο check-up για την υγεία χωρίς ιστορικό όγκου κλήθηκαν με την ομάδα ελέγχου στο ίδιο νοσοκομείο και 1072 άτομα υπέγραψαν την ενημερωμένη συγκατάθεση. Μεταξύ αυτών, 150 άτομα βρέθηκαν να έχουν γαστρική ατροφία με εξέταση πεψινογόνου ορού και 111 επιβεβαιώθηκαν με βιοψία και ιστοπαθολογική εξέταση και συμπεριλήφθηκαν ως γαστρικό ομάδα ατροφία. Τα υπόλοιπα άτομα (961) συμπεριλήφθηκαν στην ομάδα ελέγχου. Πέντε χιλιοστόλιτρα περιφερικό αίμα συλλέχθηκε από όλους τους συμμετέχοντες και αποθηκεύτηκε στους -80 ° C μέχρι την εκχύλιση γενωμικού DNA.

Γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου ήταν συνέχεια με τηλεφωνικές κλήσεις τριών μηνών, έξι μηνών, και ένα έτος μετά την tumorectomy και κάθε ένα χρόνο αργότερα μέχρι το θάνατο ή την τελευταία προγραμματισμένη παρακολούθηση. Περιπτώσεις δεν θα πρέπει να περιλαμβάνονται στην ανάλυση επιβίωσης, αν (i) χάθηκαν κατά την παρακολούθηση κατά την πρώτη ώρα της τηλεφωνική συνέντευξη, ή (ii) είχαν πέθανε από επιπλοκές της χειρουργικής επέμβασης στην περιεγχειρητική περίοδο. Ο χρόνος επιβίωσης ορίστηκε ως η διάρκεια από την ημερομηνία της χειρουργικής επέμβασης από την ημερομηνία του θανάτου, αν οι ασθενείς έχασαν τη ζωή τους ή την ημερομηνία της τελευταίας επιτυχημένη συνέντευξη, αν οι ασθενείς χάθηκαν κατά την παρακολούθηση ή ζωντανός μέχρι το τέλος της μελέτης . χρόνος επιβίωσης ήταν σωστό λογοκρισία εκτός από το ότι οι ασθενείς είχαν πεθάνει από καρκίνο του στομάχου.

Δοκιμές του

Η

.

πυλωρού

λοίμωξη και η διάγνωση των γαστρικών ατροφία

Ορός ανοσοσφαιρίνη G (IgG) αντισωμάτων σε

H

.

pylori

, πεψινογόνου Ι (PGI) και πεψινογόνων II (PGII) αξιολογήθηκαν με ένζυμο-συνδεδεμένη ανοσορροφητική δοκιμασία (ELISA) ακολουθώντας τις οδηγίες του κατασκευαστή (Biohit, Φινλανδία). Τα άτομα με ΠΓΕ & lt? 82.3 ng /ml και οι αναλογίες της ΠΓΕ /ΡΟΙΙ & lt? 6.05 ήταν θετικά για γαστρική ατροφία διαλογή και στη συνέχεια να επικυρωθεί από τη βιοψία και ιστοπαθολογική εξέταση μέσω γαστροσκόπηση [25]. Ο συντελεστής πιστω- παραλλαγές (CV) των δειγμάτων ελέγχου μεταξύ των σετ ήταν 4,5%, 4,3% και 4,7% για το

Η

.

pylori

IgG, PG Ι και το PG II, αντίστοιχα.

Tagging SNPs επιλογή

SNPs που καλύπτει την περιοχή των

DNMT3b

αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας v4.0 SNPbrowser λογισμικού με βάση την Κινέζων Χαν πληθυσμού στο πρόγραμμα HapMap (06-02-2009 HapMap). Επιλέχθηκαν τέσσερις ετικέτες SNPs (tagSNPs, rs6119954, rs4911107, rs4911259 και rs8118663), η οποία θα μπορούσε να καλύψει τις 22 SNPs του

DNMT3b

με ελάχιστη ελάσσονα συχνότητα αλληλόμορφο (MAF) 0,05 και ζεύγη

r

2 0,8 ή μεγαλύτερο [26]. Επιπλέον, άλλες τρεις SNPs, rs2424913, rs6087990 και rs1569686, είχαν επίσης σκοπό να επιλεγεί ως υποψήφιες SNPs. Ωστόσο, μόνο rs1569686 ήταν ο γονότυπος ως rs2424913 είχε πολύ χαμηλή MAF (0.012, στοιχεία από HapMap Έργου) και rs6087990 ήταν σε απόλυτη LD (

D

‘= 1 και

r

2 = 1) με rs4911107. Τέλος, επιλέχθηκαν πέντε SNPs, rs6119954 (εσώνιο), rs1569686 (υποστηρικτής), rs4911107 (εσώνιο), rs4911259 (εσώνιο) και rs8118663 (3 ‘πλευρική περιοχή) για προσδιορισμό του γονότυπου.

Γονοτυπικές

γενωμικό DNA εκχυλίστηκε από δείγμα ολικού αίματος, χρησιμοποιώντας κιτ εκχύλισης αίματος γενωμικού DNA σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Axygen Biosciences, USA). Γονότυποι κάθε SNP προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας τις δοκιμασίες TaqMan γονοτυπική ακολουθώντας το πρωτόκολλο του κατασκευαστή στις πλάκες 384 φρεατίων (Applied Biosystems, USA). Ακολουθίες των εκκινητών και ανιχνευτών είναι διαθέσιμα κατόπιν αιτήματος. Οι αλυσιδωτές αντιδράσεις πολυμεράσης (PCR) ήταν ως ακολούθως: 1 κύκλος των 95 ° C για 10 λεπτά, ακολουθούμενη από 40 κύκλους των 95 ° C για 15 s και 60 ° C για 1 λεπτό. Οι διεργασίες ενίσχυσης εκτελέστηκαν σε BIO-RAD S1000 θερμικούς κυκλοποιητές (Bio-Rad, California) και τα τελικά προϊόντα διαβάστηκαν σε 7900 Ανιχνευτής ΑΒΙ PRISM ΗΤ Ακολουθία χρησιμοποιώντας την αλληλουχία ανιχνευτή Software V2.3 (Applied Biosystems, USA). Δύο τυφλές συμπεριλήφθηκαν σε κάθε δοκιμασία 384 φρεατίων διευκολύνοντας το λογισμικό για τον εντοπισμό γονότυπους. Πέντε τοις εκατό των τυχαία επιλεγμένων διπλούν δείγματα που περιλαμβάνονται σε κάθε πλάκες 384-καλά για τον έλεγχο της ποιότητας, και η συνολική συγκλίνουσες ποσοστό ήταν 99,91%.

Η ανοσοϊστοχημεία

έκφραση DNMT3b εκτιμήθηκε στον ιστό του όγκου των 104 ασθενείς με καρκίνο του στομάχου με τη μέθοδο της ανοσοϊστοχημείας. Οι 4 μm τομές πάχους από μπλοκ ιστού αποκόπηκαν, αποπαραφινοποιήθηκαν και χρωματίστηκαν χρησιμοποιώντας ένα στρεπταβιδίνης-βιοτίνης τεχνική ανοσοϋπεροξειδάσης. Εν συντομία, οι τομές ιστών επωάστηκαν όλη τη νύκτα στους 4 ° C με αντι-ανθρώπινο αντίσωμα DNMT3b πολύκλωνο (1: 200 αραιωμένο, sc-20704, Santa Cruz, USA). Σήματα έγιναν ορατά με 3, 3-Διαμινοβενζιδίνη (DAB) και τα πλακίδια με αιματοξυλίνη. Δεδομένου ότι οι αρνητικοί μάρτυρες, τα πλακίδια υποβλήθηκαν σε επεξεργασία με τις IgGs ισότυπου σε αντικατάσταση των πρωτογενών αντισωμάτων. Τα χρωματισμένα πλακίδια αξιολογήθηκαν από δύο ανεξάρτητους παθολόγους, οι οποίοι δεν γνώριζαν από κλινικά δεδομένα. Το ευρέως αποδεκτό σύστημα-βαθμολογία χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση ένταση χρώσης και τα ποσοστά των κυττάρων χρωματίζονται με ένα συγκεκριμένο μέγεθος της έντασης. Η-βαθμολογία υπολογίστηκε από την ακόλουθη εξίσωση: Η-βαθμολογία = ΣPi (i) (i = 0, 1, 2, 3, Pi = 0-100%). Το i σημαίνει την ένταση της χρώσης, δηλ καμία χρώση = 0, ασθενής χρώση = 1, μέτρια χρώση = 2 και ισχυρή χρώση = 3. Pi αντιπροσωπεύει ποσοστά των χρωματισμένων κυττάρων με εντάσεις που κυμαίνονται από 0 έως 100%. Η-βαθμολογία κυμαίνεται από 0 έως 300.

Η στατιστική ανάλυση

Συνεχής στοιχεία όπως η ηλικία και-βαθμολογία βαθμολογίες της έκφρασης DNMT3b συνοψίστηκαν ως διάμεση τιμή (εικοστή πέμπτη με εβδομηκοστού πέμπτου εκατοστημόρια) και συγκρίθηκαν με Mann-Whitney U δοκιμή ή δοκιμή Kruskal-Wallis. Κατηγορικά δεδομένα περιγράφονται ως συχνότητα και το ποσοστό και σε σύγκριση με τη χρήση χ

2 δοκιμή ή την ακριβή δοκιμασία Fisher, όταν κρίνεται σκόπιμο. Οι συχνότητες των γονοτύπων του κάθε SNP προσδιορίστηκαν μέσω άμεσης καταμέτρησης και απόκλιση από την ισορροπία Hardy-Weinberg ισορροπία στην ομάδα ελέγχου εκτιμήθηκε με ένα χ

2 τεστ καλοσύνη-of-fit. Ανισορροπία σύνδεσης (LD) μεταξύ των ζευγών των διαλληλικών loci προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας δύο μέτρα,

D

»και

r

2. Άνευ όρων ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό των πιθανοτήτων αναλογίες (ΕΑΠ) και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (ΠΙ), με προσαρμογή για πιθανούς συγχυτικούς παράγοντες (ηλικία ως μεταβλητή κλίμακας, το σεξ ως μια ονομαστική μεταβλητή και

Η

.

πυλωρού

αντισώματος ως ονομαστική μεταβλητή). λειτουργίες επιβίωσης των ασθενών με γαστρικό καρκίνο μέσα σε κάθε SNP χαράχθηκαν με τη μέθοδο Kaplan-Meier και συγκρίθηκαν με δοκιμασία log-rank. Οι αναλογίες κινδύνου (HR) με 95% ΚΠ χρησιμοποιήθηκαν για την ποσοτικοποίηση της επιρροής των γονότυπων κάθε SNP στη συνολική επιβίωση και υπολογίστηκαν με το μοντέλο παλινδρόμησης Cox. Για απλοτύπων με συχνότητες & gt? 1%, οι κίνδυνοι για την ευαισθησία και το θάνατο κινδύνου αξιολογήθηκαν σε σύγκριση με το απλότυπος αναφοράς (μεγάλες απλότυπος στην ομάδα ελέγχου) χρησιμοποιώντας την ανεπιφύλακτη μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης και το μοντέλο παλινδρόμησης Cox αντίστοιχα με την THESIAS έκδοση 3.1 του λογισμικού [27, 28]. Όλες οι στατιστικές δοκιμασίες ήταν αμφίδρομες και

P

αξία & lt? 0,05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική. Εκτός αν αναφέρεται διαφορετικά, αναλύσεις παραπάνω έγιναν σε SAS 9.1.3 λογισμικό (SAS Institute Inc, USA).

Αποτελέσματα

Θέμα χαρακτηριστικά

Ένα σύνολο από 1519 άτομα, 447 γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου, 111 γαστρικό περιπτώσεις ατροφία και 961 ελέγχους όγκου χωρίς συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη. Τα χαρακτηριστικά όλων των θεμάτων που συνοψίζονται στον Πίνακα 1. Η δημογραφικούς παράγοντες,, την ηλικία και το φύλο, δεν είχαν ομοιόμορφα κατανεμημένη στις τρεις ομάδες ότι η ομάδα GC είχε περισσότερα αρσενικά και τα μεγαλύτερα άτομα. Και 69,1% των περιπτώσεων GC ήταν θετικά για

Η

πυλωρού

, σημαντικά υψηλότερο από ό, τι στην ομάδα ελέγχου (49,7%,

P

& lt? 0.001). Λαμβάνοντας υπόψη ότι η μη σημαντικά χαμηλότερο από το γαστρικό ομάδα ατροφία (75,7%,

P

= 0,176). Καθώς αυτοί οι παράγοντες μπορεί να συγχύσει τα αποτελέσματα των SNPs, οι συγκρίσεις της κατανομής γονότυπου παρακάτω προσαρμόστηκαν ανάλογα με την ηλικία, το φύλο και

Η

.

πυλωρού

λοίμωξη. Οι περισσότεροι γαστρικό περιπτώσεις καρκίνου του εντέρου είχαν τύπος καρκίνου (87,3%) και 140 ασθενείς έλαβαν μετεγχειρητική χημειοθεραπεία (31,3%).

Η

Σύλλογος SNPs με τον κίνδυνο καρκίνου του στομάχου ή γαστρικού ατροφία

τέσσερις SNP τόπους, rs1569686, rs4911107, rs4911259 και rs8118663, ήταν σύμφωνες με την ισορροπία Hardy-Weinberg στην ομάδα ελέγχου (

P

ήταν 0.321, 0.341, 0.362 και 0.874, αντίστοιχα). Ο τόπος rs6119954, ωστόσο, βρέθηκε να αποκλίνει από αυτό (

P

= 0,0331). Παρ ‘όλα αυτά, αυτή η θέση περιελήφθη στην τελική ανάλυση δεδομένου ότι το ποσοστό αντιστοιχίας των διπλών δειγμάτων του rs6119954 ήταν 100%. μετρήσεις κατά ζεύγη της ανισορροπίας σύνδεσης εισήχθησαν στον πίνακα S1. Τρεις τόποι, rs1569686, rs4911107 και rs4911259 έδειξε πλήρη ανισορροπία σύνδεσης (

D

‘& gt? 0,98,

r

2 & gt? 0,96). Ως εκ τούτου, μόνο rs1569686 αναλύθηκαν εκπροσωπούν rs4911107 και rs4911259.

Σε σύγκριση με τις πιο κοινές γονότυπος κάθε SNP, δεν παρατηρήθηκε διαφορά στις διανομές των τριών τόπων μεταξύ γαστρικό καρκίνο ομάδα και την ομάδα ελέγχου μετά την προσαρμογή ως προς την ηλικία , το φύλο και

H

.

pylori

μόλυνση (Πίνακας 2). Κανένα αλληλόμορφο ή απλότυπος συσχετίστηκε με κίνδυνο γαστρικού καρκίνου. Παρόμοια αρνητικά αποτελέσματα ελήφθησαν σχετικά με τον κίνδυνο γαστρικού ατροφία (Πίνακας 2). Επιπλέον, υπάρχουν συσχετίσεις παρατηρήθηκαν μεταξύ SNPs ή απλότυπος και τον κίνδυνο των

Η

.

πυλωρού

λοίμωξη στην ομάδα ελέγχου (S3 Πίνακας).

Η

Σύλλογος SNPs με κλινικοπαθολογικοί παραμέτρους του γαστρικού καρκίνου

η γονοτυπική κατανομές των SNPs αναλύθηκαν σύμφωνα με κλινικοπαθολογική παραμέτρους όπως το μέγεθος του όγκου, το στάδιο, το βαθμό και μακρινή μετάσταση σε γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου. Οι ασθενείς που φέρουν το ΑΑ γονότυπο του rs6119954 είχαν υψηλότερη συχνότητα μακρινή μετάσταση (25,6%

vs

. 9,1%,

P

= 0,003). Και οι ασθενείς που φέρουν τον ΑΑ γονότυπο του rs8118663 είχε περισσότερο αναλογία του μεγέθους του όγκου ≥5 cm (33,5%

vs

. 23,3%,

P

= 0,040) (S4 Πίνακας).

Σύλλογος SNPs με την επιβίωση του καρκίνου του στομάχου

Συνέχεια πληροφορίες ήταν διαθέσιμες για 435 (97,3%) ασθενείς με γαστρικό καρκίνο μέχρι τον Φεβρουάριο του 2015. Δεκατρείς ασθενείς πέθαναν από μετεγχειρητικές επιπλοκές εντός 30 ημερών κατά την έναρξη της μελέτης και οι περιπτώσεις αυτές εξαιρέθηκαν από την ανάλυση των αποτελεσμάτων των SNPs στην επιβίωση. Τέλος, 422 περιπτώσεις συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση επιβίωσης. Κατά τη διάρκεια της παρακολούθησης, 195 (46,2%) των ασθενών που πέθαναν από καρκίνο του στομάχου, 14 (3,3%) περιπτώσεις πεθάνει από άλλες αιτίες, 203 ασθενείς (48,1%) έζησε και 10 (2,4%) ασθενείς είχαν χαθεί για την παρακολούθηση. Ο μέσος χρόνος παρακολούθησης ήταν 55,1 μήνες (που κυμαίνονται 1,1 έως 79,2 μήνες) για όλες τις περιπτώσεις που περιλαμβάνονται στην ανάλυση επιβίωσης.

αναλύσεις παλινδρόμησης Cox εκτελέστηκε για να αξιολογηθεί η συσχέτιση του

DNMT3b

γονότυπους στην επιβίωση του γαστρικού καρκίνου χρησιμοποιώντας το κυρίαρχο ή υπολειπόμενο μοντέλο. Βρήκαμε ότι rs1569686 TG /GG παραλλαγή γονότυπο συσχετίστηκε με στατιστικά σημαντική 43% αυξημένο κίνδυνο θανάτου σε σύγκριση με το γονότυπο ΤΤ στο κυρίαρχο μοντέλο. Επιπλέον, η τάση των αποτελεσμάτων για τη μακροπρόθεσμη επιβίωση μπορεί να παρατηρηθεί από τα οικόπεδα της επιβίωσης. Ως εκ τούτου, υποομάδα αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν σε ασθενείς ζουν περισσότερο από δύο χρόνια. Οι ασθενείς που φέρουν G αλληλόμορφο (TG ή GG γονότυπος) της 1569686 βρέθηκε να ζουν λιγότερα από εκείνα του ΤΤ γονότυπο (HR = 2,46, 95% CI: 1,29 – 4,69,

P

= 0,006) μετά την προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο, το στάδιο TNM και τη χημειοθεραπεία μετά tumorectomy (Σχήμα 1Α). Παρόμοια αποτελέσματα παρατηρήθηκαν για τους μεταφορείς G αλληλόμορφο του rs4911107 και Τ αλληλίου φορείς rs4911259 στη συνολική επιβίωση του γαστρικού καρκίνου (Πίνακας 3). Και εκείνοι που μεταφέρουν GG γονότυπο του rs8118663 έτειναν να έχουν μικρότερο χρόνο επιβίωσης από ένα φορείς αλληλόμορφο (ΑΑ ή AG) μετά την προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο, το στάδιο TNM και τη χημειοθεραπεία μετά tumorectomy (HR = 2,72, 95% CI: 1,45 – 5,12,

P

= 0,002) (Εικόνα 1Β).

(Α) οικόπεδο rs1569686 χρησιμοποιώντας το κυρίαρχο μοντέλο (TG /GG

vs

.TT). Οι ασθενείς που μεταφέρουν rs1569686 γονότυπο TG /GG έτειναν να ζουν λιγότερα από εκείνα που μεταφέρουν ΤΤ γονότυπο. Η τάση αυτή ήταν πιο εμφανής σε ασθενείς οι οποίοι έζησαν περισσότερο από 2.0 χρόνια με αναλογία κινδύνου (HR) 2,46 (95% CI 1,29 – 4,69) μετά την προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο στάδιο TNM και τον τύπο χημειοθεραπείας. (Β) οικόπεδο rs8118663 χρησιμοποιώντας το υπολειπόμενο μοντέλο (ΦΕΚ εναντίον ΑΑ /AG). Παρόμοια με rs1569686, rs8118663 φορείς GG έτειναν να έχουν μικρότερο χρόνο επιβίωσης.

Η

Σύνδεσης μεταξύ SNPs και έκφραση DNMT3b

έκφρασης

DNMT3b αξιολογήθηκε σε καρκινικούς ιστούς 104 γαστρικού καρκίνου περιπτώσεις χρησιμοποιώντας ανοσοϊστοχημική μέθοδο. έκφραση DNMT3b παρατηρήθηκε κυρίως σε κυτταρικό πυρήνα και τα επίπεδα έκφρασης ήταν υψηλή (Η-βαθμολογία & gt? 200) σε 64 περιπτώσεις (61,5%), μέτρια (100 & lt? HSCORE≤200) σε 30 (28,8%), χαμηλής (HSCORE≤100) σε 2 (1,9%) και αρνητικό (Η-βαθμολογία = 0) σε 8 (7,7%). Αποτελέσματα της έκφρασης σύμφωνα με γονότυπους των τριών SNP τόπους φαίνονται στον πίνακα 4. Ωστόσο, καμία διαφορά της έκφρασης DNMT3b μπορούσε να παρατηρηθεί μεταξύ γονότυπων κάθε SNP.

Η

Συζήτηση

η παρούσα μελέτη, ερευνήσαμε συστηματικά το ρόλο των παραλλαγών του

DNMT3b

γονίδιο για την ανάπτυξη και την πρόγνωση του καρκίνου του στομάχου σε ένα μεγάλο πληθυσμό. Βρήκαμε ότι rs1569686 γονότυπους TG /GG είχαν σημαντικά σχετίζονται με κακή επιβίωση του καρκίνου του στομάχου. Επιπλέον, παρατηρήσαμε ότι

DNMT3b

πολυμορφισμοί επηρεάζουν τη μακροπρόθεσμη επιβίωση του καρκίνου του στομάχου και το αποτέλεσμα ήταν ακόμα ισχυρότερη στους ασθενείς ζουν περισσότερο από δύο χρόνια.

Τα περισσότερα έργα που δημοσιεύθηκε επικεντρωθεί μόνο στο ρόλο της

DNMT3b

στην καρκινογένεση διαφόρων κακοηθειών. Όσο γνωρίζουμε, αυτή είναι η πρώτη έκθεση που περιγράφει τη σχέση μεταξύ

DNMT3b

πολυμορφισμό και γαστρικό καρκίνο επιβίωση σε ένα κινεζικό πληθυσμό. τρέχουσα μελέτη μας έδειξε ότι

DNMT3b

παραλλαγών που συνέβαλαν στη μακροπρόθεσμη επιβίωση του καρκίνου του στομάχου. Η

DNMT3b

rs1569686 παραλλαγή TG ή GG φορείς γονότυπο έδειξαν αυξημένη HR με ένα

P

-τιμή από 0,036 (HR = 1,43, 95CI: 1,02 – 1,99) σε σύγκριση με το ΤΤ άγριου τύπου. Εκτός αυτού, μεμονωμένα φέρει το G αλληλόμορφο του rs1569686 (TG ή GG) έχουν 2,46 φορές αύξηση του κινδύνου θνησιμότητας από μη G φορείς αλληλόμορφο σε ασθενείς ζουν περισσότερο από 2 χρόνια (Σχήμα 1Α), και τα άτομα που μεταφέρουν rs8118663 GG γονότυπο τείνουν να έχουν υψηλότερο κίνδυνο στη μακροπρόθεσμη επιβίωση (Σχήμα 1Β).

Εμείς περαιτέρω για πρώτη φορά διερευνήθηκε η σχέση μεταξύ

DNMT3b

πολυμορφισμών και κλινικά χαρακτηριστικά των ασθενών με καρκίνο του στομάχου. Οι ασθενείς που φέρουν το γονότυπο ΑΑ rs6119954 είχε περισσότερο συχνότητα μακρινές μεταστάσεις, υποδηλώνοντας ότι rs6119954 πολυμορφισμός μπορεί να εμπλέκονται στην εξέλιξη του καρκίνου του στομάχου. Παρομοίως, οι ασθενείς με γονότυπο ΑΑ rs8118663 έτειναν να έχουν μεγαλύτερο μέγεθος όγκου (≥5cm), υποδηλώνοντας ότι rs8118663 SNP μπορεί να παίζει ρόλο στην εξέλιξη του όγκου των ασθενών GC. Στο σύνολό τους, όλα αυτά τα ευρήματα αποδεικνύεται η προγνωστική αξία του

DNMT3b

πολυμορφισμών για την πρόοδο και την επιβίωση πρόγνωση σε ασθενείς με καρκίνο του στομάχου.

Το

DNMT3b

γονίδιο κωδικοποιεί DNMT3b, ένα μέλος της οικογένειας του DNA μεθυλοτρανσφεράση που συμμετέχει σε ένα ευρύ φάσμα των βιολογικών διεργασιών, συμπεριλαμβανομένης της ανάπτυξης του όγκου και ογκογένεση [29]. Αρκετές προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι οι πολυμορφισμοί του

DNMT3b

σχετίζονται με την ανάπτυξη καρκίνου σε μία ποικιλία όγκων. Shen et al [18] πρώτον ανέφεραν ότι οι φορείς της Τ αλληλόμορφα, ιδιαίτερα ετερόζυγη (CT) του rs2424913, είχε σχεδόν 2 φορές αυξημένο κίνδυνο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε σύγκριση με την ομόζυγο γονότυπο CC σε Καυκάσιο πληθυσμό. Επιπλέον, αυτό το C-to-T κοινή γενετική παραλλαγή στον υποκινητή DNMT3b βρέθηκε να αυξάνει έντονα την έκφραση του mRNA [30]. Ωστόσο, ο ρόλος του rs2424913 για τον καρκίνο στα κινεζικά θα μπορούσε να είναι αμελητέα, όπως το αλληλόμορφο C σε κινεζικού πληθυσμού είναι απούσα ή σπάνια [20], η σημασία της μεγάλη ποικιλία σε

DNMT3b

SNP διανομής μπορεί να οφείλεται σε διαφορετικές εθνοτικές ομάδες , άγνωστο περιβαλλοντικούς παράγοντες ή η αλληλεπίδραση μεταξύ των περιβαλλοντικών παραγόντων και γενετική προδιάθεση. Η rs1569686 αναφέρθηκε ότι σχετίζεται με την ευαισθησία του καρκίνου του πνεύμονα [31] και γαστρικού καρκίνου [21], αλλά όχι σε ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα [19], του οισοφάγου καρκίνος [32] και το ρινοφαρυγγικό καρκίνωμα [20]. Σε μια προηγούμενη μετα-ανάλυση βασίζεται σε 24 μελέτες ασθενών-μαρτύρων, η

DNMT3b

rs1569686 G αλληλόμορφο έχει αναγνωριστεί ως ένα χαμηλό παράγοντα κινδύνου για την ανάπτυξη καρκίνου του παχέος εντέρου [33]. Η rs1569686 βρίσκεται στην περιοχή του υποκινητή κακή CpG. Στην δοκιμασία προαγωγού vitro αποκάλυψαν ότι rs1569686 πολυμορφισμός δεν επηρεάζει την μεταγραφική δραστικότητα του

DNMT

υποκινητή [34], αλλά οι ακριβείς μηχανισμοί είναι σε μεγάλο βαθμό άγνωστες. Μια μελέτη από τον Lee et al [35] έδειξε ότι ο rs6087990 στην περιοχή του υποκινητή του

DNMT3b

, η οποία ήταν σε πλήρη LD με rs1569686, θα μπορούσε να τροποποιήσει τη δράση του υποκινητή του

DNMT3b

, τη μεταγραφή δραστηριότητα του αλληλόμορφου Τ ήταν σημαντικά χαμηλότερη σε σύγκριση με το αλληλόμορφο C, αλλά ο πολυμορφισμός rs1569686 δεν επηρέασε την δραστηριότητα προαγωγέα. Στη μελέτη μας, ωστόσο, δεν παρατηρήσαμε κάθε ένωση rs1569686 με την ανάπτυξη του καρκίνου του στομάχου ή γαστρικού ατροφία, ένας σημαντικός παράγοντας κινδύνου για καρκίνο του στομάχου (Πίνακας 2). Επίσης, δεν παρατηρήσαμε καμία διαφορά της έκφρασης DNMT3b εντός των γονότυπων κάθε SNPs χρησιμοποιώντας τη μέθοδο της ανοσοϊστοχημείας. Ο υποκείμενος μηχανισμός της

DNMT3b

στο γαστρικό καρκίνο πρέπει να διευκρινιστεί σε μελλοντικές μελέτες. Ένας άλλος sites, rs2424908, η οποία είναι σε πλήρη ανισορροπία σύνδεσης με rs8118663 (

r

2 = 0.956), έχει επίσης βρεθεί ότι εμπλέκεται στην όγκου, όπως του οισοφάγου καρκίνος [32] και του παχέος εντέρου [ ,,,0],34]. Ωστόσο, στη μελέτη μας, θα μπορούσε να παρατηρηθεί καμία θετική συσχέτιση με τον καρκίνο του στομάχου. Παρόμοια με τα ευρήματά μας, Yang et al ανέφεραν ότι

DNMT3b

rs2424908 πολυμορφισμοί δεν συνδέθηκαν με την ευαισθησία σε καρκίνο του στομάχου στο νότιο κινεζικού πληθυσμού [36]. Ως εκ τούτου, οι περισσότερες μελέτες μπορεί να χρειαστεί να συνάψει το ρόλο του γενετικού πολυμορφισμού του

DNMT3b

στην ανάπτυξη του καρκίνου του στομάχου.

Δύο περιορισμοί θα πρέπει να αναγνωριστεί στη μελέτη μας. Το ένα ήταν ότι μόνο SNPs με ελάχιστη έλασσον αλληλόμορφο του 0,10 ή μεγαλύτερη συμπεριλήφθηκαν λόγω των κριτηρίων επιλογής. παραλλαγές χαμηλής συχνότητας μπορεί επίσης να σχετίζεται με την ανάπτυξη του καρκίνου, όπως rs2424913 [22]. Απαιτείται περαιτέρω μελέτη καλύπτει τα SNPs με χαμηλή συχνότητα. Το άλλο είναι ότι ο χρόνος παρακολούθησης για γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου φαίνεται ανεπαρκής καθώς οι περισσότερες των περιπτώσεων στη δεξιά πλευρά των οικοπέδων επιβίωσης λογοκρίνονται. Επιρροές των SNPs για τη μακροπρόθεσμη επιβίωση δεν θα μπορούσαν να αντιμετωπιστούν πλήρως αν και θα μπορούσε να παρατηρηθεί μια τάση. Ωστόσο, όταν οι περιπτώσεις στρωματοποιημένη σε υποομάδα ζουν περισσότερο από δύο χρόνια, θα μπορούσε να παρατηρηθεί μία σημαντική συσχέτιση στη μακροπρόθεσμη πρόγνωση. Παρ ‘όλα αυτά, ο ρόλος του

DNMT3b

για καρκίνο του στομάχου θα πρέπει να επανεκτιμώνται και ενημερώνονται στο μέλλον, όπως η παρακολούθηση είναι ακόμα σε εξέλιξη.

Συμπεράσματα

Με λίγα λόγια, θα βρούμε πολυμορφισμοί του

DNMT3b

μπορεί να επηρεάσει τη συνολική επιβίωση του καρκίνου του στομάχου, γεγονός που υποδηλώνει τη δυνατότητα του

DNMT3b

SNPs ως ένα χρήσιμο δείκτη για την πρόβλεψη συνολική επιβίωση του καρκίνου του στομάχου, ειδικά σε ασθενείς που επιβιώνουν περισσότερο από δύο χρόνια. Ωστόσο, δεν παρατηρήσαμε οποιεσδήποτε σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ της

DNMT3b

παραλλαγές και τον κίνδυνο καρκίνου του στομάχου ή γαστρικού ατροφία. Περαιτέρω έρευνες απαιτούνται για να αποσαφηνιστεί πλήρως το ρόλο του

DNMT3b

για καρκίνο του στομάχου σε διαφορετικές εθνοτικές πληθυσμούς.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1. συντελεστές ανισορροπία σύνδεσης (

D

») και

r

2 μεταξύ

DNMT3b

htSNPs

doi:. 10.1371 /journal.pone.0134059.s001

(DOCX)

S2 πίνακα. Κλινικών δεδομένων των ασθενών με καρκίνο του στομάχου

doi:. 10.1371 /journal.pone.0134059.s002

(DOCX)

S3 πίνακα. Σύλλογος των SNPs και

Η

πυλωρού

λοίμωξη στην ομάδα ελέγχου

doi:.. 10.1371 /journal.pone.0134059.s003

(DOCX)

S4 Πίνακας . Κατανομές των γονοτύπων σύμφωνα με κλινικές παραμέτρους στο γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου

doi:. 10.1371 /journal.pone.0134059.s004

(DOCX)

S1 υποστηρικτικά στοιχεία. Τα κλινικά δεδομένα και οι συχνότητες γονοτύπου των πολυμορφισμών του γονιδίου DNMT3b στις περιπτώσεις και τους ελέγχους

doi:. 10.1371 /journal.pone.0134059.s005

(XLS)

Ευχαριστίες

Οι συγγραφείς θα ήθελα να ευχαριστήσω όλους όσοι συμμετέχουν σε αυτή τη μελέτη, ιδιαίτερα σε Ying τραγούδι για το έργο της σχετικά με την παρακολούθηση των θεμάτων και Chang-Τραγούδι Guo για την τεχνική υποστήριξή του.