Abstract

πρωτεϊνικής φωσφατάσης-2Α (ΡΡ2Α) είναι ένα από τα σημαντικότερα κυτταρικών σερίνης-θρεονίνης φωσφατάσες και λειτουργεί ως καταστολέας όγκου που ρυθμίζει αρνητικά την δραστικότητα μερικών ογκογόνο κινασών. Πρόσφατες μελέτες έχουν αναφέρει ότι η έκφραση ΡΡ2Α κατεστάλη κατά τη διάρκεια του πνεύμονα καρκινογένεση, είμαστε εκεί υπέθεσαν ότι οι πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου (SNPs) σε γονίδια υπομονάδα ΡΡ2Α μπορεί να επηρεάσει τη λειτουργία ΡΡ2Α και έτσι συμβάλλουν στην ευπάθεια του καρκίνου του πνεύμονα. Σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων σε δύο στάδια με συνολικά 1559 ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα και 1679 ελέγχους, είμαστε ο γονότυπος οκτώ πιθανούς λειτουργική SNPs και ένα εντοπιστεί λειτουργικό SNP (δηλαδή, rs11453459) σε επτά μεγάλες υπομονάδες ΡΡ2Α (δηλαδή,

PPP2R1A

,

PPP2R1B

,

PPP2CA

,

PPP2R2A

,

PPP2R2B

,

PPP2R5C

,

PPP2R5E

) στη νότια και ανατολική κινεζική. Βρήκαμε ότι rs11453459G (-G /GG) παραλλαγή γονότυπους του

PPP2R1A

και η παραλλαγή rs1255722AA γονότυπο του

PPP2R5E

ανατίθενται αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα (rs11453459, -G /GG εναντίον -: OR = 1,31, 95% CI = 1,13 – 1,51? rs1255722, AA εναντίον AG /GG: OR = 1.27, 95% CI = 1,07 – 1,51). Μετά από συνδυασμό των δύο παραλλαγές, ο αριθμός των ανεπιθύμητων γονότυπων συσχετίστηκε θετικά με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα κατά τρόπο δόσης-απόκρισης (

P

τάση = 5,63 × 10

-6). Περαιτέρω λειτουργική δοκιμασία έδειξε ότι οι ιστοί του καρκίνου του πνεύμονα που φέρει rs1255722AA παραλλαγή γονότυπο είχαν σημαντικά χαμηλότερο επίπεδο του mRNA του PPP2R5E σύγκριση με τους ιστούς που φέρουν GG /GA γονότυπους. Ωστόσο, μια τέτοια επίδραση δεν παρατηρήθηκε για τις άλλες SNPs και άλλους συνδυασμούς. Τα ευρήματά μας πρότεινε ότι οι δύο λειτουργικές παραλλαγές στο

PPP2R1A

και

PPP2R5E

και ο συνδυασμός τους συνδέονται με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου του πνεύμονα στην κινεζική, η οποία μπορεί να είναι πολύτιμη βιοδείκτες για να προβλέψει τον κίνδυνο καρκίνου των πνευμόνων.

Παράθεση: Γιανγκ R, Γιανγκ L, Qiu F, Ζανγκ L, Wang Η, Yang Χ, et al. (2013) Λειτουργική γενετικών πολυμορφισμών στα γονίδια των υπομονάδων ΡΡ2Α προσδώσει αυξημένη κίνδυνοι του καρκίνου του πνεύμονα στη Νότια και Ανατολική Κινεζική. PLoS ONE 8 (10): e77285. doi: 10.1371 /journal.pone.0077285

Επιμέλεια: Francesc Calafell, Universitat Pompeu Fabra, Ισπανία

Ελήφθη: 27 του Απρίλη του 2013? Αποδεκτές: 2 Σεπτεμβρίου, 2013? Δημοσιεύθηκε: 29 Οκτωβρίου 2013

Copyright: © 2013 Yang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Φυσικό Επιστημονικό Ίδρυμα της Κίνας παρέχει 30671813, 30872178, 81072366, 81273149 (JL), και εν μέρει 81001278, 81171895 (YZ)? Guangdong Provincial εμπειρογνωμόνων υψηλού επιπέδου Επιχορηγήσεις 2010 – 79 (JL)? Changjiang μελετητές και τα καινοτόμα ερευνητική ομάδα του Πανεπιστημίου IRT0961 επιχορήγησης (JW), Guangdong φυσικές επιστήμες θεμέλιο επιχορήγησης ομάδα 10351012003000000 (WL). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει καμία σύγκρουση συμφερόντων

Εισαγωγή

αντιστρεπτή φωσφορυλίωση των πρωτεϊνών είναι ένας σημαντικός ρυθμιστικός μηχανισμός για τη διατήρηση της ομοιόστασης των κυττάρων που ρυθμίζει την κυτταρική ανάπτυξη, πολλαπλασιασμό, απόπτωση, επιβίωση και διαφοροποίηση [1]. Ισορροπεί μονοπάτια μεταγωγής σήματος που εξαρτάται από φωσφορυλίωση δυνάμει της φωσφορυλίωσης με πρωτεϊνικές κινάσες και φωσφατάσες αποφωσφορυλίωση με πρωτεΐνη. Πολλαπλές αποδείξεις έδειξαν ότι η ανώμαλη δραστικότητα της φωσφορυλίωσης περιλαμβάνει την ανάπτυξη αρκετών καρκίνων (π.χ., καρκίνος του πνεύμονα), η οποία προκλήθηκε από ενεργοποιημένα ογκογόνους κινάσες και φωσφατάσες απενεργοποιημένο [2]. Τα αδρανοποιημένα φωσφατάσες θα οδηγούσε σε ανώμαλη ενεργοποίηση των οδών ογκογονικής σηματοδότησης, και τελικά να προκαλέσει ογκογένεση [3], [4]. Οι δυσλειτουργικές φωσφατάσες έχουν παρατηρηθεί σε διάφορους όγκους με γενετικές ή λειτουργικές μεταβολές [2].

Ο πρωτεϊνικής φωσφατάσης 2Α σερίνης-θρεονίνης (ΡΡ2Α) είναι ένα από τα σημαντικότερα κυτταρικής Ser /Thr πρωτεΐνη φωσφατάσες η οποία παίζει βασικό ρόλο στη ρύθμιση κυτταρική ανάπτυξη [5], η απόπτωση [6], μετασχηματισμός [7] και προκαλεί αποφωσφορυλίωση σε αρκετές οδούς σηματοδότησης όπως σηματοδότησης ΜΑΡ κινάσης και σηματοδότηση Wnt [8], [9]. Πολλαπλές αποδείξεις έχουν προτείνει ότι λειτουργεί ΡΡ2Α ως καταστολέας όγκου [10], [11] αναστέλλοντας αρκετά ογκογόνο kinases_ENREF_11 όπως c-Myc και ΑΚΤ [12] – [14], και καταστολείς όγκων, όπως το ρ53 [15]. Σε αντίθεση, αδρανοποιημένο ΡΡ2Α θα προωθήσει ογκογένεση με την προώθηση του πολλαπλασιασμού των κυττάρων και την επιβίωση [16] _ENREF_19_ENREF_20. Δυσλειτουργική ΡΡ2Α έχει παρατηρηθεί σε διάφορους ανθρώπινους καρκίνους συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του πνεύμονα, η οποία μπορεί να οφείλεται σε γενετικούς ή επιγενετικές μεταβολές σε διαφορετικά γονίδια ΡΡ2Α υπομονάδα [17], [18].

Η ΡΡ2Α είναι ένα τριμερές ολοένζυμο αποτελούνταν από ένα σκαλωσιές Α υπομονάδα, μία ρυθμιστική υπομονάδα Β και μία καταλυτική υπομονάδα C [19]. Τυπικά, το δομικό πυρήνα υπομονάδα PP2Aa (PPP2R1A /PPP2R1B) αλληλεπιδρά με την καταλυτική υπομονάδα PP2Ac (PPP2CA /PPP2CB) να αποτελούν τον πυρήνα του ενζύμου, και η σύνδεση των ευρέως ποικίλες Β ρυθμιστικές υπομονάδες (15 γονίδια) στον πυρήνα του ενζύμου αποτελέσματα στον ιστό-εκφράζεται ειδικότητα και εξειδίκευση του υποστρώματος των συμπλοκών ΡΡ2Α ολοένζυμο. Πρόσφατα, αρκετές μελέτες έχουν αναφέρει ότι γενετικές παραλλαγές σε αυτά τα γονίδια υπομονάδων ΡΡ2Α συνδέθηκαν με διάφορες ανθρώπινες ασθένειες, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου [20] – [22]. Αξίζει να σημειωθεί ότι, τα αποτελέσματα από ένα γονιδίωμα-ευρεία μελέτη σύνδεσης (GWAS) που διεξήχθη στα κινέζικα, στην οποία μετείχε, εντόπισε ιντρόνιο πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου (SNP) κοντά σε ένα B ρυθμιστική υπομονάδα (

PPP2R2B

) να είναι καρκίνο του πνεύμονα ευπαθή τόπο, αντανακλώντας έναν σημαντικό ρόλο της στην ΡΡ2Α επί επιδεκτικότητα καρκίνου του πνεύμονα [23]. Ωστόσο, καμία μελέτη δεν έχει ακόμη δοκιμαστεί συστηματικά τις ενώσεις μεταξύ των γενετικών παραλλαγών στα γονίδια υπομονάδα ΡΡ2Α και τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα. Ως εκ τούτου, στην παρούσα μελέτη, ελέγξαμε την υπόθεση ότι οι γενετικές παραλλαγές στα γονίδια υπομονάδα ΡΡ2Α μπορεί να μεταβάλλει την ευαισθησία του καρκίνου του πνεύμονα.

Επειδή η ΡΡ2Α έχει εξειδίκευση ιστού-εκφράζεται, επιλέξαμε γενετικές παραλλαγές αυτών των υπομονάδων ΡΡ2Α με λειτουργία των πνευμόνων με βάση τα προηγούμενα δημοσιευμένα άρθρα (δηλαδή,

PPP2R1A

[24],

PPP2R1B

[25],

PPP2CA

[26],

PPP2R2A

[27],

PPP2R2B

[23],

PPP2R5C

[28] και

PPP2R5E

[29]). Σε μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων σε δύο στάδια, είμαστε ο γονότυπος εννέα υποθετικό λειτουργικό SNPs των παραπάνω γονιδίων στη νότια κινεζική και επικυρώνονται τα ελπιδοφόρα SNPs στην ανατολική κινεζική να αναλύσει τις συσχετίσεις μεταξύ τους και τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα. Η επίδραση των πολλά υποσχόμενων SNPs στην έκφραση των γονιδίων περαιτέρω ανιχνευθεί.

Υλικά και Μέθοδοι

Τα άτομα της μελέτης

Σε αυτή τη μελέτη, δύο ανεξάρτητες δειγματοληψίες ελέγχου περιστατικών που περιλάμβανε ένα νότιο κινεζικό πληθυσμό ως ένα σύνολο ανακάλυψης και Ανατολικής κινεζικού πληθυσμού ως επικύρωσης που χρησιμοποιήθηκαν όπως περιγράφεται προηγουμένως [30] – [34]. Εν συντομία, υπήρχαν 1056 ιστοπαθολογικά επιβεβαιωμένα κρούσματα πρωτογενή καρκίνο του πνεύμονα και 1056 η ηλικία (± 5 έτη) και το φύλο συχνότητα ταιριαστό καρκίνο χωρίς ελέγχους στο σύνολο ανακάλυψη, και 503 ασθενείς με πρόσφατα διαγνωσμένο καρκίνο του πνεύμονα και 623 ηλικία (± 5 έτη) και σεξ συχνότητα υγιείς μάρτυρες στο σύνολο επικύρωσης. Όλοι οι συμμετέχοντες ήταν γενετικά άσχετη εθνοτικών Κινέζων Χαν και κανένας δεν είχε μετάγγιση αίματος τους τελευταίους 6 μήνες. Έχοντας δώσει γραπτή συγκατάθεση, κάθε συμμετέχων είχε προγραμματιστεί για μια συνέντευξη με ένα δομημένο ερωτηματολόγιο για τη συλλογή επιλεγμένες πληροφορίες και να δωρίσουν 5 ml περιφερικού αίματος. Ο ορισμός της κατάσταση καπνίσματος, πακέτο-χρόνου καπνιστά, κατάσταση ποτό και το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου έχουν περιγραφεί προηγουμένως [32], [35]. Η μελέτη εγκρίθηκε από τα θεσμικά διοικητικά συμβούλια αναθεώρηση του Guangzhou Ιατρικό Πανεπιστήμιο και το Πανεπιστήμιο Soochow.

SNP επιλογής

Με την αναζήτηση της βάσης δεδομένων dbSNP (https://www.ncbi.nlm.nih.gov /), βρήκαμε υπήρχαν εννέα υποθετικό λειτουργικό SNPs στις προαναφερθείσες επτά γονίδια τα οποία βρίσκονται στην προβλεπόμενη υποκινητή 2000 bp, κωδικεύουσα περιοχή και 3′-αμετάφραστη περιοχή (3′-UTR) με μικρές συχνότητα αλληλόμορφου (MAF) & gt? 5 % στην Κινέζων Χαν. Είναι rs13344984T & ​​gt? C σε προαγωγός, rs10421191G & gt? Α στο 3′-UTR του

PPP2R1A

, rs2850247 C & gt? Α και rs612345 A & gt? G στο υποστηρικτής του

PPP2R1B

, rs7840855C & gt? T στην υποκινητή του

PPP2R2A

, rs3742424G & gt? C σε περιοχή κωδικοποίησης του

PPP2R5C

(προκαλώντας μια αλλαγή αμινοξέος από αλανίνη σε προλίνη στο κωδικόνιο 476), rs1255720T & gt? C και rs1255722G & gt? Α στο προαγωγό του

PPP2R5E,

rs2292283G & gt? Α στο υποστηρικτής του

PPP2CA

. Η (LD) ανάλυση ανισορροπίας σύνδεσης έδειξε ακόμη ότι οι δύο SNPs (rs1255720T & gt? C και rs1255722G & gt? Α) του

PPP2R5E

ήταν εντελώς LD με το άλλο (r

2 = 0,309, D ‘ = 1.0), μπορούμε επομένως επιλέγεται ένας από αυτούς (rs1255722G & gt? Α) στην τρέχουσα μελέτη. Επιπλέον, Yu-Chun Lin et.al έχουν εντοπίσει ένα SNP rs11453459- & gt? G εντός του υποκινητή του

PPP2R1A

είναι λειτουργική και κοινά με MAF & gt? 5% στα κινέζικα, επιλέξαμε επίσης αυτό το SNP αν ήταν δεν αναφέρονται σε dbSNP με δεδομένο συχνότητας CHB [36]. Ωστόσο, καμία τέτοια SNP παρατηρήθηκε για

PPP2R2B

. Στο σύνολό τους, επιλέξαμε εννέα SNPs γονιδίων ΡΡ2Α υπομονάδας (rs10421191G & gt? Α, rs11453459- /G και rs13344984T & ​​gt? Γ

PPP2R1A

, rs2850247 C & gt? Α και rs612345 A & gt? G του

PPP2R1B

, rs7840855C & gt? Τ PPP2R2A, rs1255722A & gt? G του

PPP2R5E

, rs3742424G & gt? Γ

PPP2R5C

, rs2292283A & gt? G του

PPP2CA

) στην παρούσα μελέτη.

γονότυπου ανάλυση

Ο προσδιορισμός των διακρίσεων αλληλομόρφων Taqman χρησιμοποιήθηκε για να γονότυπο κάθε SNP στο ΑΒΙ PRISM 7500 Detection Systems Sequence (Applied Biosystems, Foster City, CA), και αναδύονται οι γονότυποι με το λογισμικό ανίχνευσης Systems 2.0.1 (Applied Biosystems). Οι εκκινητές και ανιχνευτές για την ανίχνευση κάθε SNP ήταν αυτο-σχεδιασμένα από Primer Express 3.0 (Applied Biosystems) και συντίθεται από Σαγκάη GeneCore Βιοτεχνολογίες (Σαγκάη, Κίνα), όπως παρατίθενται στον Πίνακα S1. Έχουμε περαιτέρω επιλεγεί τυχαία περίπου 10% δείγματα για να εκτελέσει δοκιμασία επανάληψης, και τα αποτελέσματα ήταν 100% συγκλίνουσες. Τα ποσοστά επιτυχίας του γονότυπου για αυτούς τους πολυμορφισμούς ήταν όλα πάνω από το 99%

PPP2R5E mRNA έκφραση ανάλυση

Επειδή προηγούμενη μελέτη είχε δείξει τη λειτουργία του SNP rs11453459- & gt?. G [36], εστιάσαμε για τον έλεγχο της βιολογικής επίδρασης ενός άλλου SNP rs1255722A & gt? G της PPP2R5E, η οποία έχει μια σημαντική συσχέτιση με τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου του πνεύμονα. Το επίπεδο του mRNA της

PPP2R5E

ανιχνεύθηκε σε τριάντα δύο ιστοί όγκου πνεύμονα [32]. Ολικό RNA εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας το αντιδραστήριο ΤπζοΙ (Invitrogen) και αντίστροφη μεταγραφή σε συμπληρωματικό DNA χρησιμοποιώντας εκκινητή ολιγο και Superscript II (Invitrogen). Τα επίπεδα mRNA του PPP2R5E και ένα εσωτερικό γονίδιο αναφοράς β-ακτίνης μετρήθηκαν στο σύστημα ανίχνευσης 7500 αλληλουχία ΑΒΙ Prism (Applied Biosystems) χρησιμοποιώντας τη μέθοδο SYBR- Green. Οι εκκινητές για

PPP2R5E

ήταν: 5′-TCA GCA CCA ACT ACT ΚΔ CCA -3 ‘(προς τα εμπρός) και 5′-GCC TTG AGA ΚΔ ΑΑΑ CTG TGA G-3′ (reverse) και β- ακτίνη ήταν: 5’-GGC GGC ACC ACC ATG TAC ΚΔ -3 ‘και 5’ – ΑΓΓ GGC CGG ACT CGT CAT ACT -3 ‘. Όλες οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τυφλό τρόπο με τα εργαστηριακά πρόσωπα αγνοεί τα δεδομένα γονότυπου και κάθε δοκιμασία έγινε εις τριπλούν.

Στατιστική ανάλυση

Η ισορροπία Hardy-Weinberg (HWE) ελέγχθηκε με ένα καλοσύνη-of-fit chi-square test για να συγκρίνει τις αναμενόμενες συχνότητες γονοτύπου με παρατηρούμενες συχνότητες γονοτύπου σε ελέγχους. Η δοκιμή chi-square χρησιμοποιήθηκε για να αξιολογήσει τις διαφορές στην κατανομή των γονότυπων, καθώς και αλληλόμορφα από κάθε SNP μεταξύ ασθενών και μαρτύρων. Μια άνευ όρων μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης με προσαρμογή για την ηλικία, το φύλο, το κάπνισμα, την κατάσταση και ποτών και το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του χρησιμοποιήθηκε για να εκτιμηθεί η σχέση μεταξύ SNPs και τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Το καλύτερο γενετικό μοντέλο για κάθε SNP έγινε επέλεξε με βάση τη μικρότερη κριτήριο του Akaike του [37]. Η πιθανή αλληλεπίδραση μεταξύ των SNPs και γύρω παραγόντων σχετικά με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα εκτιμήθηκε από έναν πολλαπλασιαστικό μοντέλο αλληλεπίδρασης, όπως όταν ή 11 & gt? Ή 10 × Ή 01, στην οποία ή 11 = ο ή όταν οι δύο παράγοντες ήταν παρόντες, ή 01 = η ή όταν μόνο παράγοντα 1 ήταν παρούσα, ή 10 = η ή όταν μόνος παράγοντας 2 ήταν παρών [38], [39]. Η δοκιμή Breslow-Day χρησιμοποιήθηκε για να ελεγχθεί η ομοιογένεια μεταξύ στρώμα-ΕΑΠ. Επιπλέον, η στατιστική ισχύς υπολογίστηκε με τη χρήση του λογισμικού PS [40]. Η μονόδρομη δοκιμή ANOVA και σπουδαστή

t

δοκιμή χρησιμοποιήθηκαν για την αξιολόγηση των διαφορών σε

PPP2R5E

έκφραση σε ιστούς όγκων μεταξύ των διαφόρων γονότυπων. Όλες οι δοκιμασίες ήταν δύο όψεων με τη χρήση του λογισμικού SAS (έκδοση 9.3? SAS Institute, Cary, NC).

P

& lt?. 0.05 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική

Αποτελέσματα

Διανομή ΡΡ2Α υπομονάδας γονιδίων γονότυπους και τις ενώσεις τους με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα

Ο γονότυπος συχνότητες των παραπάνω SNPs μεταξύ των ελέγχων ήταν όλα σε συμφωνία με την ισορροπία Hardy-Weinberg (

P

& gt? 0,05 για όλους). Όπως φαίνεται στον Πίνακα 1, η ανάλυση λογιστική παλινδρόμηση έδειξε ότι οι γονότυποι -G και ΓΚ του rs11453459- & gt? G παρείχε 1,29 φορές και 1,51 φορές αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε σύγκριση με την κοινή – γονότυπο (-G vs. – : αναλογία πιθανοτήτων [OR] = 1,29, 95% διάστημα εμπιστοσύνης [CI] = 1,08 – 1,56,

P

= 0.006? GG εναντίον -: OR = 1.51, 95% CI = 01.04 έως 02.22,

P

= 0.033), και η παραλλαγή AA γονότυπος rs1255722G & gt? μια είχαν αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα κατά 38% (OR = 1,28, 95% CI = 1,07 – 1,77,

P

= 0,012) σε σύγκριση με την κοινή γονότυπο GG, αλλά AG δεν το έκανε. Σύμφωνα με το μικρότερο AIC, με την επίδραση των rs11453459- & gt? G τοποθετηθεί καλύτερα το κυρίαρχο μοντέλο, η rs11453459G παραλλαγές (-G + GG) που ασκείται σε 1,32 φορές αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα (OR = 1,32, 95% CI = 1.11- 1.58,

P

= 0,002)? ενώ η rs1255722G & gt? Ένα καλύτερο τοποθετηθεί το υπολειπόμενο γενετικό μοντέλο, η παραλλαγή rs1255722AA είχαν αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα κατά 27% (OR = 1,27, 95% CI = 1,02 – 1,57,

P

= 0,031) σε σύγκριση με το G γονότυπους (AG + GG). Ωστόσο, για τις άλλες επτά SNPs, δεν υπάρχει σημαντική συσχέτιση μεταξύ αυτών και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα (

P

& gt? 0,05 για όλους). Επιπλέον, οι παραλλαγές rs11453459G εξακολουθούσαν να σχετίζονται σημαντικά με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου μετά από πολλές δοκιμές (

P

Bonferroni = 0,018), ενώ rs1255722AA δεν ήταν (

P

Bonferroni = 0.279 ).

η

οι ενώσεις των δύο πολλά υποσχόμενες SNPs επιβεβαιώθηκαν περαιτέρω στην επικύρωση που, όπως φαίνεται στον πίνακα 2, οι γενότυποι rs11453459G ήταν σημαντικά σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα (OR = 1,28, 95 % CI = 1,00 – 1,63,

P

= 0.048), και ο γονότυπος rs1255722AA παρέχει αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε σύγκριση με άλλους γονότυπους (OR = 1.32, 95% CI = 0,98 – 1,77) με μία οριακή στατιστικώς σημαντική (

P

= 0,069). Ωστόσο, η πολλαπλή δοκιμή έδειξε ότι μόνο ο πολυμορφισμός rs11453459- & gt? G είχε πλησιάζει σημαντική συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου των πνευμόνων (

P

Bonferroni = 0,096), ενώ rs1255722G & gt? Α δεν είχε (

P

Bonferroni = 0,198). Συνδυάσαμε τα δύο πληθυσμούς για να αυξηθεί η ισχύς της μελέτης, διότι η δοκιμή ομοιογένειας έδειξε ότι οι παραπάνω ενώσεις σε δύο ομάδες ήταν ομοιογενές (

P

= 0,974 για rs11453459- & gt? G?

P

= 0.559 για rs1255722G & gt? Α). Οι φορείς της rs11453459G γονότυπους είχαν 1,31 φορές αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε κυρίαρχο μοντέλο (προσαρμογή OR = 1,31? 95% CI = 1,13 – 1,51?

P

= 2.00 × 10

-4?

P

Bonferroni = 4.00 × 10

-4), και οι φορείς της rs1255722AA γονότυπο είχαν 1,27 φορές αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε υπολειπόμενο μοντέλο (OR = 1,27? 95% CI = 1.07- 1,51?

P

= 0,007?

P

Bonferroni = 0,014). Επιπλέον, η κατανομή των δημογραφικών χαρακτηριστικών και παράγοντες κινδύνου από την ανακάλυψη που και επικύρωσης που παρουσιάστηκαν στον Πίνακα S2.

Η

Συνδυασμένη γονότυπους και τον καρκίνο του πνεύμονα

κινδύνου

Όπως φαίνεται στον Πίνακα 3 , συνδυάσαμε τους γονότυπους των κινδύνων από τις δύο SNPs με βάση τον αριθμό των γονότυπων κινδύνου (π.χ. rs11453459G και rs1255722AA γονότυποι). Ορίσαμε ότι οι μεταφορείς με rs11453459- και rs1255722G γονότυπους έχουν γονότυπο μηδενικό κίνδυνο? οι μεταφορείς με rs11453459- και rs1255722AA, ή rs11453459G και rs1255722G γονότυπους έχουν ένα γονότυπο κινδύνου? και οι φορείς με rs11453459G και rs1255722AA γονότυπους έχουν δύο γονότυπους κίνδυνο. Βρήκαμε ότι, σε σύγκριση με τους γονότυπους φορείς μηδενικό κίνδυνο, το ένα και δύο τον αριθμό των γονότυπων κινδύνου συνδέονται με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα σε έναν δοσο-εξαρτώμενο τρόπο (OR = 1.32, 95% CI = 1,14 – 1,53 για ένα, OR = 1.59, 95% CI = 01.23 με 02.06 για δύο γονότυπους κίνδυνο?

P

τάση = 5,63 × 10

-6)

η

ανάλυση Διαστρωμάτωση του αριθμού. γονότυπων κινδύνου και

τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα

Πραγματοποιήσαμε ανάλυση διαστρωμάτωσης, προκειμένου να αξιολογηθεί η επίδραση των γύρω παραγόντων στην συσχετίσεις μεταξύ αυξημένο αριθμό των γονότυπων του κινδύνου και του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα. Όπως φαίνεται στον Πίνακα 3, οι ενώσεις ήταν σημαντικές σε όλες τις υποομάδες, εκτός από σε άτομα με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του πνεύμονα, οι καπνιστές που καπνίζουν λιγότερα από 20 πακέτα-έτη, τα υποκείμενα των οποίων η ιστολογικών τύπων είναι καρκίνωμα μεγάλου κυττάρου και στο στάδιο II, η οποία μπορεί είναι λόγω του περιορισμού των μικρών μεγεθών των δειγμάτων σε αυτές τις υποομάδες. Επιπλέον, παρατηρήσαμε μια σημαντική θετική αλληλεπίδραση μεταξύ του αριθμού των

PPP2R1A

και

PPP2R5E

κινδύνου γονότυπους και το ποτό κατάσταση σχετικά με την αύξηση του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα (

P

= 0,034, Πίνακας S3) .

σύνδεσης μεταξύ της rs1255722G & gt? A γονότυπους και τα επίπεδα mRNA του γονιδίου PPP2R5E

Όπως φαίνεται στο Σχήμα 1, τα επίπεδα mRNA του PPP2R5E σε ιστούς με rs1255722AA γονότυπο ήταν σημαντικά χαμηλότερα από εκείνα με G γονότυπους (τεστ ANOVA:

P

= 0,003). Η διχοτομήθηκε ανάλυση έδειξε ότι ο γονότυπος ΑΑ συσχετίστηκε με μειωμένο επίπεδο του mRNA της PPP2R5E σε σύγκριση με G γονότυπους (

t

test του Student:

P

= 0,032).

Η

Βιοπληροφορική ανάλυση

Εμείς περαιτέρω πραγματοποιηθεί ανάλυση της βιοπληροφορικής να προβλέψει τη βιολογική επίδραση του rs1255722G & gt? Ένα για επηρεάζει την ικανότητα δέσμευσης των ισχυρών μεταγραφικών παραγόντων με τη χρήση TFSEARCH (https://www.cbrc.jp/research /db/TFSEARCH.html). Το λογισμικό έδειξε ότι η G σε Α μεταστροφή μπορεί να οδηγήσει σε δέσμευση του παράγοντα μεταγραφής c-Ets απώλεια.

Συζήτηση

Σε τρέχουσες μελέτες ασθενών-μαρτύρων σε δύο στάδια των περιπτώσεων καρκίνου του πνεύμονα 1559 και 1.679 ελέγχους που διεξάγονται στη νότια και ανατολική κινεζική πληθυσμούς, διαπιστώσαμε ότι οι γονότυποι rs11453459G του

PPP2R1A

και rs1255722AA γονότυπο του

PPP2R5E,

και σε συνδυασμό γονοτύπων τους ανατίθενται αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα. Τόσο οι δύο SNPs ήταν λειτουργικά όπως ότι ο γονότυπος rs1255722AA εξασκείται μια σημαντικά μειωμένη έκφραση του

PPP2R5E

σε ιστούς όγκου πνεύμονα σε σύγκριση με G γονότυπους, και rs11453459G γονότυπο μειώθηκε

PPP2R1A

έκφρασης όπως περιγράφεται προηγουμένως [ ,,,0],36]. Για τις άλλες SNPs των γονιδίων υπομονάδας ΡΡ2Α, δεν παρατηρήσαμε κάποια σημαντική συσχέτιση μεταξύ αυτών και τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου του πνεύμονα. Για το καλύτερο της γνώσης μας, αυτή είναι η πρώτη έκθεση σχετικά με τις γενετικές παραλλαγές στα γονίδια υπομονάδα ΡΡ2Α και την ευαισθησία του καρκίνου του πνεύμονα.

Η δομή Α υπομονάδα PPP2R1A και PPP2R5E υπομονάδα ρυθμιστικές Β συνήθως εκφράζονται σε πνεύμονα [24], [28] _ENREF_36. Μπορούν να αποφωσφορυλιώνει αρκετές ογκογόνο κινάσες μέσω σχηματισμού συμπλόκου ΡΡ2Α [9]. Οι συχνές γενετικές μεταλλάξεις και απώλειας της λειτουργίας τους σε όγκους (π.χ., καρκίνωμα του πνεύμονα) προτείνεται να είναι καταστολείς των όγκων [41] – [43]. Μία προηγούμενη μελέτη έχει προσδιορίσει ότι το SNP rs11453459- & gt? G μπορούν να οδηγήσουν σε χαμηλή μεταγραφική δραστηριότητα και ελάττωση

PPP2R1A

έκφρασης στους ιστούς του πνεύμονα [36]. Εδώ, βρήκαμε γενικώς ότι η SNP rs1255722G & gt? Α θα μπορούσε μειώθηκε σημαντικά

PPP2R5E

έκφραση σε ιστούς όγκου πνεύμονα, επειδή ο G σε Α μεταστροφής μπορεί να προκαλέσει δέσμευση ενός παράγοντα μεταγραφής c-Ets όπως και η ανάλυση βιοπληροφορικής απώλεια απεικονίζεται. Είναι ενδιαφέρον, αναφέρεται ότι το c-Ets δρα ως ενισχυτές μεταγραφής που προάγουν την έκφραση ΡΡ2Α σε ανθρώπινο [44]. Ως εκ τούτου, είναι βιολογικά κατανοητό ότι οι δύο SNPs συσχετίστηκαν με αυξημένο κίνδυνο και ο συνδυασμός τους να προκαλέσουν ένα πολύ υψηλότερο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα, επειδή μπορεί να προκαλέσει δυσλειτουργίες ΡΡ2Α.

Επιπλέον, παρατηρήσαμε μια σημαντική θετική αλληλεπίδραση μεταξύ των αριθμό των γονότυπων κινδύνου και πίνοντας στην αύξηση του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα. Είναι γνωστό ότι μεγάλο χρονικό διάστημα η κατανάλωση αλκοόλ είναι ένας παράγοντας ισχυρό κίνδυνο καρκίνου [45], και το ποτό αιθανόλη είναι ένα ερέθισμα της δραστηριότητας ΡΡ2Α [46], το SNP που προκαλείται από χαμηλά

PPP2A

έκφρασης μπορεί να προκαλέσει περισσότερες αρνητικές επιπτώσεις σε απάντηση σε αιθανόλη διέγερση και έτσι αλληλεπιδρά με το πόσιμο στην πνευμονική καρκινογένεση.

Γενετικές παραλλαγές στο

PPP2R1A

ή

PPP2R5E

είχε αναφερθεί να σχετίζεται με τον κίνδυνο των ανθρώπινων καρκίνων. Αρκετές SNPs σε

PPP2R1A

αναφέρθηκαν να σχετίζονται με διάφορες κίνδυνο καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του μαστού [22] και της μήτρας ορώδες καρκίνωμα [41]. Παρομοίως,

PPP2R5E

SNPs είναι ευαίσθητα τόποι για τον κίνδυνο του καρκίνου του μαστού [47], λεμφοκυτταρική λευχαιμία [48], και το σάρκωμα των μαλακών ιστών [49]. Ωστόσο, αυτές οι SNPs βρίσκονται όλα σε εσώνια. Η μελέτη μας ήταν μοναδική και αποκάλυψε δύο λειτουργικά SNPs στο

PPP2R1A

και

PPP2R5E

συσχετίστηκαν με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα. Τέλος πάντων, όλα αυτά εμπλέκεται η SNPs στο

PPP2R1A

και

PPP2R5E

εμπλέκονται στην ογκογένεση, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι παραλλαγές στο

PPP2R1A

και

PPP2R5E

μπορεί να είναι πολύτιμες βιοδείκτες για την πρόβλεψη του κινδύνου εμφάνισης καρκίνου.

Επειδή αυτή η μελέτη είναι μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων νοσοκομείο με βάση περιορίζεται στους πληθυσμούς κινεζικής Χαν, ορισμένοι περιορισμοί είναι αναπόφευκτες (π.χ., μεροληψία της επιλογής). Ωστόσο, οι συχνότητες γονοτύπου μεταξύ ελέγχους τοποθετηθεί ο νόμος ανισορροπία Hardy-Weinberg πρότεινε η τυχαία επιλογή θέματος. Και οι δυνάμεις της μελέτης ήταν αποδεκτή, έχουμε πετύχει μια δύναμη 95,5% μελέτης (δοκιμή διπλής όψης, α = 0,05) για την ανίχνευση ενός ή του 1,31 για τους γονότυπους rs11453459G (37,1% στους ελέγχους), και 88,3% της ισχύος της μελέτης για τον εντοπισμό ΑΝ ή 1,27 για το γονότυπο rs1255722AA (που συνέβησαν σε συχνότητα 18,3% στην ομάδα ελέγχου). Εν τω μεταξύ, οι ενώσεις ήταν επίσης λειτουργικά δυνατό. Επιπλέον, τα αποτελέσματα από την GWAS επίσης έδειξε ότι η κατανομή συχνότητας των SNP rs1255722G & gt? Α ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των περιπτώσεων και των ελέγχων (rs1255722:

P

= 0,014) [23], αλλά το SNP rs11453459- & gt? G δεν είχε συμπεριληφθεί στην Array Affymetrix® Genome-Wide Ανθρωπίνων SNP 6.0. Έτσι, φαίνεται ότι η εξεύρεση μας ότι οι συσχετίσεις μεταξύ των παραλλαγών γονιδίων ΡΡ2Α υπομονάδας και αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα είναι απίθανο να έχουν επιτευχθεί κατά τύχη.

Εν κατακλείδι, τα δεδομένα μας πρότεινε ότι οι δύο λειτουργικά SNPs (rs11453459- & gt? G του

PPP2R1A

και rs1255722A & gt? G του

PPP2R5E

) σχετίζονται με τον κίνδυνο καρκίνου του πνεύμονα στην κινεζική. Ο προσδιορισμός και η περιγραφή αυτών των δύο SNPs μπορεί να οδηγήσει στη χρήση τους ως γενετική βιοδείκτη όπως εξατομικευμένες πρόληψη και θεραπευτική στρατηγική. Οι επικυρώσεις με μεγαλύτερες πληθυσμιακές μελέτες σε διαφορετικές εθνοτικές ομάδες δικαιολογημένη.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

Πρωτοβάθμια πληροφορίες σχετικά με τη δοκιμασία ΤΑΟΜΑΝ εννέα SNPs σε γονίδια υπομονάδα ΡΡ2Α

doi:. 10.1371 /journal.pone.0077285.s001

(DOC)

Πίνακας S2.

κατανομές συχνότητας των επιλεγμένων μεταβλητών σε ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα και του καρκίνου χωρίς ελέγχους

doi:. 10.1371 /journal.pone.0077285.s002

(DOC)

Πίνακα S3.

Η αλληλεπίδραση μεταξύ του αριθμού των γονότυπων κινδύνου και πίνοντας στην αύξηση του κινδύνου καρκίνου του πνεύμονα από μια ανάλυση πολλαπλής αλληλεπίδρασης

doi:. 10.1371 /journal.pone.0077285.s003

(DOC)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε Δρ Bohang Zeng, Δρ Zhanhong Xie και την κα Wanmin Ζενγκ για τη βοήθειά τους στην πρόσληψη των θεμάτων.