Abstract

Molecular αίσθησης στο βλεννογόνο γλωσσική και στη γαστρεντερική οδό παίζουν ένα ρόλο στην ανίχνευση κατάποση επιβλαβών φαρμάκων και τοξινών. Ως εκ τούτου, γενετικών πολυμορφισμών που επηρεάζουν την ικανότητα της έναρξης αυτών των αντιδράσεων μπορεί να είναι κρίσιμη για τη μετέπειτα απόδοση της αποφυγής ή /και την εξάλειψη των πιθανών απειλών για τον οργανισμό. Με τη χρήση μιας προσέγγισης σήμανσης στην περιοχή της Γεύσης Receptor 2R38 (

TAS2R38

) γονίδιο, ερευνήσαμε όλη την κοινή γενετική παραλλαγή αυτής της περιοχής του γονιδίου σε σχέση με κίνδυνο ορθοκολικού καρκίνου με μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων σε ένα γερμανικό πληθυσμό (709 έλεγχοι και 602 περιπτώσεις) και σε Τσεχική πληθυσμού (623 έλεγχοι και 601 περιπτώσεις). Βρήκαμε ότι δεν υπήρχαν σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ μεμονωμένων SNPs του

TAS2R38

γονιδίου και του παχέος εντέρου στην Τσεχική ή στο γερμανικό πληθυσμό, ούτε στην κοινή ανάλυση. Ωστόσο, όταν αναλύσαμε τα diplotypes και των φαινοτύπων βρήκαμε ότι η μη-δοκιμαστής της ομάδας είχαν αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου σε σύγκριση με την ομάδα δοκιμαστή. Αυτή η ένωση ήταν οριακά σημαντική στην Τσεχική πληθυσμού, (OR = 1,28, 95% CI 0,99 – 1,67? P

value = 0,058) και στατιστικά σημαντική στο γερμανικό πληθυσμό (OR = 1,36, 95% CI 1,06 – 1,75? P

value = 0,016) και στην κοινή ανάλυση (OR = 1,34, 95% CI 1,12 – 1,61? P

value = 0,001). Συμπερασματικά, βρήκαμε μια υποβλητική σχέση μεταξύ του ανθρώπινου πικρή γεύση φαινότυπο και τον κίνδυνο CRC σε δύο διαφορετικούς πληθυσμούς του Καυκάσου προέλευσης

Παράθεση:. Carrai Μ, Steinke V, Vodicka P, Pardini Β, Rahner Ν, Holinski-Feder E, et al. (2011) Ένωση Μεταξύ TAS2R38 Gene πολυμορφισμών και καρκίνο του παχέος εντέρου Κίνδυνος: Μια μελέτη ασθενών-μαρτύρων σε δύο ανεξάρτητους πληθυσμούς του Καυκάσου Προέλευσης. PLoS ONE 6 (6): e20464. doi: 10.1371 /journal.pone.0020464

Επιμέλεια: Yiqing Τραγούδι, Brigham & amp? Νοσοκομείο Γυναικών, και το Harvard Medical School, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 28η Φεβρουαρίου, 2011? Αποδεκτές: 25 Απρ 2011? Δημοσιεύθηκε: 2 Ιούνη του 2011

Copyright: © 2011 Carrai et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε εν μέρει από τον Οργανισμό Grant της Τσεχικής Δημοκρατίας: CZ: GACR: GA310 /07/1430, από τον Ευρωπαϊκό Οικονομικό Χώρο /Νορβηγία Επιχορηγήσεις και η Τσεχική Δημοκρατία κρατικό προϋπολογισμό μέσω του Ταμείου Στήριξης Έρευνας: Α /CZ0046 /2 /0012. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου. Καμία πρόσθετη εξωτερική χρηματοδότηση που έλαβε για την παρούσα μελέτη

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. EHF και ΜΜ απασχολούνται από Ιατρικής Γενετικής Κέντρο /Medizinisch Genetisches Zentrum, το Μόναχο. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) είναι η τρίτη πιο κοινή μορφή καρκίνου στον κόσμο και το δεύτερο στην Ευρώπη [1], [2]. Γενετικό υπόβαθρο πιστεύεται ότι παίζουν ρόλο στην διαμόρφωση ατομικού κινδύνου [3]. Το κύριο ενδιαφέρον της έρευνας σχετικά με τη γενετική επιδεκτικότητα του CRC έχει εστιαστεί στην γονίδια που εμπλέκονται στην ξενοβιοτικών μεταφορά και το μεταβολισμό [4], [5], [6], [7] κύκλο, την επιδιόρθωση του DNA και την κυτταρική [8], [9 ], αντίσταση στην ινσουλίνη, την παχυσαρκία και τα επίπεδα της γλυκόζης [10], και η φλεγμονή [11], [12]. Ωστόσο, η πιθανή συσχέτιση μεταξύ υποδοχείς γεύσης, πικρή αίσθηση και τον κίνδυνο CRC έχει πρόσφατα δοκιμάστηκε [13], [14], [15], [16]. Το γευστικό σύστημα, που αναπτύχθηκε κατά τη διάρκεια της εξέλιξης, είναι μια θρεπτική φύλακα του σώματος να καθορίσει ποια τρόφιμα θα πρέπει να καταποθούν και τα οποία θα πρέπει να απορριφθεί ως δυνητικά επιβλαβείς. Ειδικότερα, η ικανότητα να διακρίνει πικρή γεύση έχει εξελιχθεί ως ένα κεντρικό προειδοποιητικό σήμα κατά την κατάποση των πιθανών τοξικών ουσιών.

TAS2R38,

η πιο μελετημένη γονίδιο που ανήκουν σε αυτή την οικογένεια, εμπλέκεται σε μεγάλο βαθμό στην ικανότητα να δοκιμάσετε τις glucosinolates, μια μεγάλη οικογένεια των πικρών ενώσεων γεύση τα οποία είναι ευρέως κατανεμημένη σε φυτά και ιδιαίτερα στο

Brassica

sp. [17], [18]. Η διάκριση της πικρής γεύσης μπορεί να επηρεάσει την κατανάλωση λαχανικών που περιέχουν αυτά τα προσδέματα και δεδομένου ότι ένα μειωμένο λαχανικών μπορεί να αυξήσει τον κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου, της ατομικής ανταπόκρισης στο πικρών ενώσεων μπορεί να διαμορφώσει τον κίνδυνο νόσου [19], [20], [21], [22 ]. Επιπλέον, οι πικρή γεύση υποδοχείς που κωδικοποιούνται από την οικογένεια γονιδίων που εκφράζονται TAS2R όχι μόνο στην γλώσσα, αλλά και στα κύτταρα του γαστρεντερικού (GI) σωλήνα [23], [24]. υποδοχείς γεύσης μπορεί να παρέχει, με αυτόν τον τρόπο, τον οργανισμό με δύο γραμμές άμυνας έναντι πιθανών τοξικών παραγόντων. Το πρώτο μπορεί να είναι στο επίπεδο της γεύσης στην γλώσσα, αποφεύγοντας την κατάποση. Η δεύτερη γραμμή άμυνας, η μοριακή ανίχνευση στον γαστρεντερικό σωλήνα, θα μπορούσε να είναι υπεύθυνη για την ανίχνευση κατάποση επιβλαβών ναρκωτικών και τις τοξίνες, εγκαινιάζοντας έτσι τις απαντήσεις κρίσιμη για την επιβίωση. Δηλαδή, η διαδικασία ανίχνευσης αρχίζει με την αποστολή μηνυμάτων προς το νευρικό σύστημα για να συνεπάγεται την κατάλληλη αντίδραση εξουδετέρωσης και απομάκρυνσης [23] τους. Επιπλέον, η μονάδα παρακολούθησης γεύση είναι ένα σημαντικό σύστημα για να ξεκινήσει η ορμονική ή /και νευρικών οδών που οδηγούν στην ρύθμιση της θερμιδικής πρόσληψης, την παγκρεατική έκκριση ινσουλίνης, και ο μεταβολισμός [23]. Παρόλο που αυτά τα θεμελιώδη συστήματα ελέγχου είναι γνωστή από πολλά χρόνια, οι κυτταρικοί και νευρικών οδών που μεσολαβούν βιολογικές αποκρίσεις σε αυλού ερεθίσματα εν γένει, και πικρός ειδικότερα, παραμένουν ελάχιστα χαρακτηριζόμενη, Ωστόσο, πρόσφατες αναφορές γρήγορα την προσθήκη νέων πληροφοριών σε αυτό το πολύ σημαντικό το θέμα [25], [26], [27], [28]

TAS2R38

γονίδιο χαρακτηρίζεται από τρία μη συνώνυμες SNPs κωδικοποίησης (rs713598 – G145C, Ala49Pro?. rs1726866 – T785C, Val262Ala? rs10246939 – A886G, Ile296Val). Αυτές οι τρεις πολυμορφισμούς, που είναι επίσης ετικέτες SNPs και καλύπτουν όλη την κοινή γενετική ποικιλομορφία του τόπου του γονιδίου, δημιουργούν αρκετές απλοτύπων. Δύο από αυτά τα απλοτύπων, Pro-Ala-Val (PAV) και Ala-Val-Ile (AVI) είναι κατά βρέθηκε μακράν η συνηθέστερα σε ανθρώπινους πληθυσμούς [29], [30], [31]. Θέματα που έχουν τουλάχιστον ένα αντίγραφο του αλληλόμορφου PAV είναι σημαντικά να ανταποκρίνεται περισσότερο στις πικρή tastants, όπως PROP ή PTC (δοκιμαστή φαινότυπο), από ό, τι εκείνοι που είναι ομόζυγα για το αλληλόμορφο AVI (μη-δοκιμαστή φαινότυπο). Από τις ξεχωριστές φαινοτύπους (δοκιμαστή

vs

μη δοκιμαστή) αντικατοπτρίζουν μια λειτουργικότητα διαφορικό δέκτη, η αδυναμία να πικρή γεύση ενώσεις θα μπορούσε να είναι επίσης ένας δείκτης για μια διαταραχή της λειτουργίας των υποδοχέων στην GI: μη δοκιμαστή τα άτομα θα μπορούσαν να αντιδράσουν πιο αργή στην εξάλειψη των ξενοβιοτικών ουσιών στο έντερο και, κατά συνέπεια, είναι σε υψηλότερο κίνδυνο για CRC.

Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν, χρησιμοποιώντας μια προσέγγιση tagging, για να αξιολογήσει την πιθανή συσχέτιση μεταξύ όλων την κοινή γενετική ποικιλότητα των

TAS2R38

και η προκύπτουσα «δοκιμάζοντας την ικανότητα» και τον κίνδυνο CRC σε συνολικά 1203 περιπτώσεις καρκίνου του παχέος εντέρου και 1332 ελέγχους από τις γερμανικές και Τσεχική πληθυσμούς, τα οποία είναι γνωστό ότι παρουσιάζουν μία από τις υψηλότερη συχνότητα εμφάνισης CRC [32].

Αποτελέσματα

σε αυτή τη μελέτη ασθενών-μαρτύρων αξιολογήσαμε τη μεταβλητότητα στο

TAS2R38

γονιδίου σε μια ομάδα θεμάτων της Γερμανίας και της Τσεχίας Καυκάσου προέλευσης. Οι λεπτομέρειες σχετικά με τα κύρια χαρακτηριστικά των δύο πληθυσμών της μελέτης παρουσιάζονται στον Πίνακα 1.

Η

ποσοστά επιτυχίας Γονοτυπικές και

ποιοτικού ελέγχου

Οι κατανομές γονότυπου σε όλες τις θέσεις ήταν σε ισορροπία Hardy-Weinberg στην ελέγχους, με μη σημαντικές τετράγωνο chi τιμές (ρ & gt? 0,05, τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). δείγματα τυχαία διπλούν (8%) συμπεριλήφθηκαν επίσης και τη συμφωνία των γονότυπων τους ήταν μεγαλύτερη από 99%. Το μέσο ποσοστό κλήσεων για τις τρεις SNPs ήταν 97,9%.

Κύρια αποτελέσματα του γονότυπου SNPs

Η κατανομή των γονότυπων και αναλογίες οι αποδόσεις τους (ΕΑΠ) για σύνδεση με CRC κίνδυνο παρουσιάζονται στον πίνακα 2. Αξιολογήσαμε τις ΕΑΠ χωριστά και από κοινού για τους δύο πληθυσμούς. Βρήκαμε ότι δεν υπήρχαν σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ του SNP της

TAS2R38

γονιδίων και CRC ούτε στους Τσέχους, στους Γερμανούς, ούτε στην κοινή ανάλυση.

Η

Απλότυπου, diplotype και ανάλυση φαινοτύπου

Η διανομή των μεγάλων απλοτύπων (PAV και AVI) δεν ήταν σημαντικά διαφορετικές (ρ = 0,99) στις δύο πληθυσμούς. Αν και σπάνια απλοτύπων (AAV? PVV? AAI? PVI και PAI) αντιπροσώπευε για την ίδια αθροιστική συχνότητα (4%) τόσο για τη γερμανική και τις τσεχικές ομάδες, που εμφανίστηκε με διαφορετικό τρόπο διανέμεται όπως αναφέρεται στη συμπληρωματική Σχήματα S1 και S2. Performing ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης κοινού στη γερμανική και την τσεχική πληθυσμούς παρατηρήσαμε μια στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ του

TAS2R38

diplotypes και τον κίνδυνο CRC: φορείς της diplotype AVI /AVI παρουσιάζουν αυξημένο κίνδυνο CRC σε σύγκριση με το PAV /PAV μεταφορείς με OR 1,33 (95% CI 1,03 – 1,72? p = 0,027). Χώρα καταγωγής και φύλου δεν μετέβαλε σημαντικά την παρατηρούμενη συσχέτιση (p = 0,85 και p = 0,36 αντίστοιχα), όπως αναφέρονται στον Πίνακα 3.

Η

Στην Τσεχική πληθυσμό οι φορείς της diplotype AVI /AVI παρουσιάζονται μια στατιστικά μη σημαντική τάση για αυξημένο κίνδυνο CRC, με ένα OR 1,15. (95% CI 0,80 – 1,66? p = 0.44)

στο γερμανικό πληθυσμό βρήκαμε μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ των μεταφορέων diplotype AVI /AVI και αυξημένο κίνδυνο CRC με OR 1,52 (95% CI 01.05 έως 02.21? p = 0,027) σε σύγκριση με τους φορείς PAV /PAV

Τέλος, χωρίσαμε όλες τις diplotypes σε δύο ομάδες που ορίζονται από το φαινότυπο τους. , ο δοκιμαστής (PAV /PAV? PAV /PVV? Ρ _ * /a_ *)) ομάδα και το μη-δοκιμαστής ((AVI /AVI? AAV /AVI) ομάδα μη-δοκιμαστών συσχετίστηκαν με αυξημένο κίνδυνο CRC στο. γερμανικό πληθυσμό (OR = 1,36? 95% CI 1,06 – 1,75? p = 0,016). μη-γευσιγνώστες επίσης σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο στην Τσεχική πληθυσμού, αν και όχι σε στατιστικά σημαντικό επίπεδο (OR = 1,28? 95% CI 0,99 -1.67? p = 0,0580. Αναλύοντας τους δύο πληθυσμούς κοινού ο σύλλογος ήταν ισχυρότερη (OR = 1,34? 95% CI 1,12 – 1,61, p = 0,001 (Πίνακας 4)

Η

Επιπτώσεις της γονότυπος SNPs σε διαφορετικά στρώματα του πληθυσμού

για την Τσεχική πληθυσμού έχουμε πραγματοποιήσει ανάλυση στρωματοποίηση για την κατάσταση των δύο φύλων και το κάπνισμα και πραγματοποιήσαμε επίσης μια ανάλυση με τη χρήση ΒΜΙ ως παράγοντα προσαρμογής. για γερμανικού πληθυσμού δεν είχαμε στοιχεία σχετικά με το κάπνισμα και το ΔΜΣ. στη μελέτη μας, δεν υπήρχε διαφορά στην οι κατανομές γονότυπου στα διάφορα στρώματα, ούτε ΔΜΣ είχε καμία επίδραση στην ένωση.

Συζήτηση

στην παρούσα μελέτη κοινή γενετική παραλλαγή στο

TAS2R38

ήταν εντελώς κατέλαβε. Η εφαρμοσμένη εντατική προσέγγιση tagging SNP παρέχει μια κοντά στην εξαντλητική ανάλυση των ενώσεων CRC κινδύνου με κοινή πολυμορφικές παραλλαγές γνωστή για τον τόπο που μας ενδιαφέρει. Επιπλέον, οι αναλύσεις των απλοτύπων, diplotype και φαινότυπος παρέχει μια ολοκληρωμένη εικόνα της κοινής γενετικής ποικιλότητας του

TAS2R38

γονίδιο σε σχέση με το CRC κίνδυνο.

στη μελέτη αυτή είχαμε αρκετή ισχύ (πάνω από 80% για ένα μοντέλο συνεπικρατούν) για την ανίχνευση OR = 1,30 σε άλφα = 0,05 για ένα SNP με MAF 0,33 (το οποίο είναι το πιο σπάνιο αλληλόμορφο μελετηθεί το παρόν) αν ληφθούν υπόψη μόνο το γερμανικό πληθυσμό. Για την Τσεχική πληθυσμού είχαμε την ίδια δύναμη για την ανίχνευση ενώσεων OR = 1,27 ή μεγαλύτερη και συγκεντρώνοντας τους δύο πληθυσμούς που λαμβάνονται επαρκή ισχύ για να ανιχνεύσει πιο μετριοπαθή ενώσεις (OR≥1.21).

Η παρούσα μελέτη παρέχει ενδιαφέροντα αποδεικτικά στοιχεία σχετικά με τον πιθανό ρόλο των TAS2R38 στο CRC κινδύνου. Αναλύοντας τις τρεις SNPs χωριστά δεν βρήκαμε καμία σχέση με CRC κίνδυνο. Ωστόσο, όταν αναλύσαμε την κατανομή των μεγάλων diplotypes μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων βρήκαμε ότι ο συνδυασμός AVI /AVI σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο CRC. Αυτή η σχέση ήταν ισχυρότερη κατά την εξέταση των δύο πληθυσμών μεταξύ τους (p για το τεστ τάσης = 0.007). Τα άτομα που φέρουν αυτό το diplotype αναφέρεται ως πικρό ενώσεων «μη-γευσιγνώστες», σε αντίθεση με την «γεύση». Θεωρήσαμε, τέλος, τον φαινότυπο μη-δοκιμαστή ενάντια σε όλους τους άλλους και διαπίστωσε ότι συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο CRC σε δύο πληθυσμούς, αν και η συσχέτιση ήταν ισχυρότερη στον γερμανικό πληθυσμό από ό, τι στην Τσεχική. Η εν λόγω ένωση υποδηλώνει ότι οι διακριτές φαινότυποι, τα οποία αντανακλούν μία λειτουργικότητα απόκλιση υποδοχέα στον αδυναμία πικρή γεύση ενώσεων, θα μπορούσε να είναι επίσης ένας δείκτης για μια εξασθενημένη λειτουργία των υποδοχέων σε GI: μη δοκιμαστή άτομα θα μπορούσαν να αντιδράσουν πιο αργή εξάλειψη ξενοβιοτικά στο έντερο και, κατά συνέπεια, είναι σε υψηλότερο κίνδυνο της CRC.

πιθανούς περιορισμούς αυτής της μελέτης περιλαμβάνουν το σχετικά μικρό μέγεθος του δείγματος και τις πιθανές διαφορές μεταξύ των δύο επιλεγμένων πληθυσμών, ιδιαίτερα στην σχέση των πιθανών συνεισφερόντων παραγόντων όπως η διατροφή. Ωστόσο, μπορούμε να αποκλείσει με βεβαιότητα ένα σημαντικό ρόλο των εθνοτικών διαφορών μεταξύ των δύο πληθυσμών. Σε μια πρόσφατη μελέτη Nelis και οι συνεργάτες της μελέτησαν την υποκείμενη διαστρωμάτωση του πληθυσμού στην Ευρώπη δείχνει ότι υπήρχαν πολύ λίγα, αν υπάρχουν, οι διαφορές στο γενετικό make-up των Γερμανών και Τσέχων [32]. Επιπλέον, η Τσεχική και η γερμανική πληθυσμοί έχουν επίσης συγκρίσιμη συχνότητα εμφάνισης CRC σύμφωνα με Globocan [1]. Διατροφικές συνήθειες και η πρόσληψη τροφής δεν είναι δραματικά διαφορετική στις δύο χώρες (https://faostat.fao.org/site/609/DesktopDefault.aspx?PageID = 609). Ωστόσο βρήκαμε μια ασθενέστερη συσχέτιση μεταξύ της γενετικής ποικιλότητας του

ενεργητική

και CRC κινδύνου στην Τσεχική πληθυσμού. Μία εξήγηση μπορεί να σχετίζεται με περιβαλλοντικούς παράγοντες (π.χ. δίαιτα, κάπνισμα). Μια δεύτερη εξήγηση θα μπορούσε να είναι η διαφορετική στρατηγική εγγραφή των συμμετεχόντων στη μελέτη δεδομένου ότι οι Γερμανοί είχαν οικογενειακό ιστορικό CRC ή CRC διαγνωστεί κάτω από την ηλικία των 50. Η μέση και η μέση ηλικία είναι χαμηλότερα στη γερμανική πληθυσμού και αυτό μπορεί να αντανακλά το γεγονός ότι η αιτιότητα του όγκου μπορεί να έχουν ισχυρότερη γενετική συνιστώσα δεδομένου ότι το περιβάλλον είχε λιγότερο χρόνο για να τροποποιήσει τον κίνδυνο καρκίνου για τα άτομα αυτά. Είναι επίσης πιθανό ότι οι αλληλεπιδράσεις μεταξύ γονιδίων και του περιβάλλοντος θα μπορούσε να είναι η αιτία του ασθενέστερου συνδέσμου στον πληθυσμό Czech με έναν τρόπο που δεν θα μπορούσε να ανιχνεύσει εντός αυτής της μελέτης. Τέλος, η ένωση θα μπορούσε να είναι ένα τυχαίο εύρημα, αλλά θα τείνουν να αποκλείουν αυτό για το γεγονός ότι σε δύο πληθυσμούς ο σύλλογος φαίνεται να δείχνει την ίδια ομάδα, όπως την αύξηση των ατόμων κίνδυνο.

Οι διαφορές των φύλων για τις πικρές γεύσεις έχουν έχουν διερευνηθεί [33] και για αυτούς τους λόγους που διεξάγεται στρωματοποιημένη αναλύσεις και στους δύο πληθυσμούς. Βρήκαμε ότι το σεξ δεν ήταν μια τροποποίηση παράγοντα είτε σε πληθυσμό.

Αρκετές μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS) στο CRC κινδύνου έχουν δημοσιευθεί [34], και κανένας

TAS2R38

αναδειχθεί ως μια πιθανή θέση ευαισθησίας. Ωστόσο, είναι ενδιαφέρον να σημειωθεί ότι η γονιδιωματική περιοχή στην οποία η

TAS2R38

έγκειται δεν καλύπτεται επαρκώς από τις συστοιχίες SNP που χρησιμοποιούνται σε δημοσιευμένες CRC GWAS. Ειδικότερα, rs1726866 και rs10246939 δεν είναι παρόντες σε αυτές τις πλατφόρμες (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). Βρήκαμε μια σύνδεση, χρησιμοποιώντας τους συνδυασμούς των τριών γονοτύπων σε diplotypes, ως εκ τούτου, δεν είναι έκπληξη το γεγονός ότι GWAS, όπου δύο από τα τρία SNPs έλειπαν, και η οποία δεν μελετούν συστηματικά απλοτύπων /diplotypes /φαινότυποι, δεν εντόπισε κανένα σήμα σε αυτό το τόπο.

Εν κατακλείδι, βρήκαμε μια υποβλητική σχέση μεταξύ του ανθρώπινου πικρή γεύση φαινότυπο και τον κίνδυνο CRC σε δύο διαφορετικούς πληθυσμούς του Καυκάσου προέλευσης. Μια μεγαλύτερη, ανεξάρτητη μελέτη είναι απαραίτητη για να διερευνήσει περαιτέρω αυτό το εύρημα.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Όλοι οι συμμετέχοντες υπέγραψαν ενημέρωσε γραπτή συγκατάθεση. Η μελέτη εγκρίθηκε από τις ηθικές συμβούλια αναθεώρηση των οργάνων που είναι αρμόδια για το θέμα πρόσληψης σε κάθε ένα από τα κέντρα στρατολόγησης.

Γραπτή ενημερωμένη συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους συμμετέχοντες στη μελέτη. Οι επιτροπές δεοντολογίας ήταν οι εξής:

Ethik Kommission der Medizinischen Fakultät der Ruhr Universität Bochum [Reg.-Nr.:1514]? Ethik Kommission – Medizinische Fakultät Βόννης [LFD. Nr. 115/09]? Ethik Kommission der Medizinische Fakultät der Universität Technischen? Δρέσδη [Bearbeitungs- Nr. EK170102000]? Ethikkommission der Medizinische Fakultät der Universität Χάινριχ Χάινε του Ντίσελντορφ [Studiennummer: 1172]? Ethikkommission Ι der Universität – Medizinische Fakultät Χαϊδελβέργη [Antrags- Nr .: 220/2002]? Ethikkommission II an der Fakultät für Klinische Medizin Ruprechts-Karl-Universität der Χαϊδελβέργης (σχετικά δείγματα από Mannheim) [Antrags- Nr .: 87/04] Ethikkommission der Medizinische Fakultät Universität München [Projekt Nr. 255/98]? Etická komise Ústravu experimentální Medici AV ČR Επιτροπής Δεοντολογίας του Ινστιτούτου Κλινικής και Πειραματικής Ιατρικής και Σχολή Thomayer Νοσοκομείο [C.J. 786/09 (9.4.09)]

πληθυσμούς Μελέτη

Για την παρούσα μελέτη περιπτώσεων ελέγχου έχουμε θεωρείται μια ομάδα ατόμων από δύο πληθυσμούς:. Ένα από Τσεχία (601 περιπτώσεις, 623 έλεγχοι) και η άλλη από τη Γερμανία (602 περιπτώσεις, 709 έλεγχοι).

η Τσεχική πληθυσμού έχει περιγραφεί εκτενώς αλλού [7]. Εν συντομία, οι περιπτώσεις ήταν CRC ασθενείς που επισκέπτονται εννέα ογκολογικά τμήματα (δύο στην Πράγα, από ένα σε Benesov, Μπρνο, Liberec, Ples, Pribram, Usti nad Labem, και Ζλιν) που διανέμεται σε όλες τις γεωγραφικές περιοχές της Τσεχικής Δημοκρατίας και να είναι αντιπροσωπευτικό του πληθυσμού των το σύνολο της χώρας. Η μελέτη αυτή περιλαμβάνει ασθενείς οι οποίοι θα μπορούσαν να κληθούν σε συνέντευξη και υπό τον όρο βιολογικά δείγματα επαρκούς ποιότητας για γενετική ανάλυση. Όλες οι περιπτώσεις είχαν ιστολογική επιβεβαίωση της διάγνωσης των όγκων τους. Στην ομάδα των περιπτώσεων, γενετικό έλεγχο για κληρονομικές μη-πολυποειδούς CRC (HNPCC) συστήθηκε σε τέσσερις ασθενείς, οι οποίοι ανήκαν σε οικογένειες που πληρούν τα κριτήρια του Άμστερνταμ ΙΙ, και αποκλείστηκαν οι περιπτώσεις αυτές.

Οι έλεγχοι επιλέχθηκαν μεταξύ των ασθενών που εισάγονται σε πέντε μεγάλες γαστρεντερολογικό τμήματα (Πράγα, Μπρνο, Jihlava, Liberec, και Pribram) σε όλη την Τσεχική Δημοκρατία, κατά τη διάρκεια της ίδιας περιόδου, όπως την πρόσληψη των περιπτώσεων. Μόνο τα υποκείμενα των οποίων κολονοσκοπικής αποτελέσματα ήταν αρνητικά για κακοήθεια, αδενώματα του παχέος εντέρου ή IBD επιλέχθηκαν ως έλεγχοι. Μεταξύ των 739 καλούνται ελέγχους, συνολικά 623 (84,3%) αναλύθηκαν σε αυτή τη μελέτη (έχασε έλεγχοι ήταν παρόμοιες με αυτές που περιλαμβάνονται σε σχέση με την κατανομή του φύλου).

Θήκες περιλαμβάνονται σε αυτή τη μελέτη είχαν μέση ηλικία 59,2 έτη (εύρος 27-74), ενώ οι έλεγχοι είχαν μέση ηλικία 55,3 έτη (εύρος 28-91).

Οι γενετικές αναλύσεις δεν παρεμβάλλονταν στις διαγνωστικές ή θεραπευτικές διαδικασίες για τα θέματα. Όλοι οι συμμετέχοντες υπέγραψαν ενημέρωσε έγγραφη συγκατάθεση και ο σχεδιασμός της μελέτης εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας του Ινστιτούτου Πειραματικής Ιατρικής, Πράγα, Τσεχική Δημοκρατία.

Για του γερμανικού πληθυσμού, όπως περιγράφεται στο [35], [ ,,,0],36] περιπτώσεις CRC περιελάμβανε ασθενείς 602 δείκτη (εύρος ηλικίας 13-82 ετών, μέση 43,2 χρόνια) και προσελήφθη με έξι γερμανικά πανεπιστημιακά νοσοκομεία (Μπόχουμ, Βόννη, Δρέσδη, Ντίσελντορφ, Χαϊδελβέργη και το Μόναχο /Regensburg). Περιπτώσεις συλλέχθηκαν ως μέρος μιας μεγάλης μελέτης για την ευαισθησία σε HNPCC. Τα κριτήρια ένταξης για τις περιπτώσεις ήταν (i) οικογενειακό ιστορικό CRC ή (ii) CRC διαγνωστεί κάτω από την ηλικία των 50. Ανάλυση για αστάθεια μικροδορυφόρου εφαρμόστηκε ως δοκιμή προ-διαλογή πριν από την ανάλυση μετάλλαξης στο

MSH2

και

MLH1

γονίδια. Όλες οι περιπτώσεις ελέγχθηκαν για να είναι μικροδορυφόρων σταθερή.

Η σειρά ελέγχου αποτελούνταν από 709 υγιείς, άσχετα και ethnicity-, sex- και ίδιας ηλικίας αιμοδοτών (26-64 ετών, μέση 44,5 χρόνια), η οποία προσλήφθηκαν μεταξύ 2004 και 2006 από το Ινστιτούτο Μετάγγισης Ιατρικής και Ανοσολογίας, Τμήμα Mannheim, Γερμανία. Τα χρονικά διαστήματα που ταιριάζουν για την ηλικία ήταν, ομάδες «νεότερος από 30 ετών, πέντε ετών (30-34, 35-39, …, 60-64) και« άνω των 65 ετών ». αιμοληψία πραγματοποιήθηκε κατά τη διάρκεια της τακτικής αιμοδοσίας σύμφωνα με τη γερμανική κατευθυντήριες γραμμές. Η μελέτη εγκρίθηκε από τις αρμόδιες τοπικές επιτροπές δεοντολογίας, καθώς και γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλα τα άτομα.

Λεπτομέρειες σχετικά με τα κύρια χαρακτηριστικά των δύο πληθυσμών της μελέτης παρουσιάζονται στον Πίνακα 1.

Επιλογή των ετικετών SNPs

Εμείς αποσκοπεί στη διερεύνηση ολόκληρο το σύνολο των κοινών γενετικών παραλλαγών στο

TAS2R38

. Για το σκοπό αυτό, ακολουθήσαμε ένα υβριδικό tagging-λειτουργική προσέγγιση. Χρησιμοποιήσαμε τον αλγόριθμο που περιγράφεται από Carlson και συνεργάτες [37] που αναπτύχθηκε για να επιλέξετε το μέγιστο πληροφοριακό σύνολο των SNPs ετικέτα σε μια μελέτη συσχέτισης υποψήφιων γονιδίων. Όλες οι πολυμορφισμοί στην περιοχή του

TAS2R38

τόπου με μικρές συχνότητα αλληλόμορφο (MAF) ≥5% σε Καυκάσιους από το Διεθνές HapMap Έργου (έκδοση 21α? https://www.hapmap.org) συμπεριλήφθηκαν. Tagging SNPs επιλέχθηκαν με τη χρήση του προγράμματος Tagger μέσα Haploview (https://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/? https://www.broad.mit.edu/mpg/tagger/) [38 ], [39], χρησιμοποιώντας ζεύγη ετικέτες με ελάχιστο r

2 0.8. Λαμβάνοντας υπόψη ότι η γονιδιωματική περιοχή του

TAS2R38

χαρακτηρίζεται από υψηλά επίπεδα σύνδεσης disquilibrium (LD), έχουμε υποθέτουν ότι τέτοιες SNPs είναι επίσης πιθανό να επισημάνετε τυχόν μέχρι σήμερα αγνώστων κοινή SNPs στο γονίδιο. Έχουμε επιλέξει rs713598, rs1726866 και rs10246939 ως tagging SNPs δεδομένου ότι είναι όλα τα μη-συνώνυμη λειτουργική [29], [30], [40], [41], [42], [43], [44], [45] SNPs .

εξαγωγή DNA και γονοτυπική

DNA εκχυλίζεται από δείγματα αίματος με τυπική πέψη πρωτεϊνάσης Κ που ακολουθείται από εκχύλιση φαινόλης /χλωροφορμίου και καταβύθιση αιθανόλης. Η σειρά των DNAs των περιπτώσεων και ελέγχων ήταν τυχαία σε πλάκες PCR, προκειμένου να διασφαλιστεί ότι ένας ίσος αριθμός των περιπτώσεων και ελέγχων θα μπορούσαν να αναλυθούν ταυτοχρόνως. Όλα γονοτυπική διεξήχθη χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία Taqman. Οι ανιχνευτές Taqman MGB και εκκινητές αγοράστηκαν από την Applied Biosystems (Foster City, CA) ως προ-σχεδιασμένο δοκιμασίες. Το μίγμα της αντίδρασης περιείχε 10 ng γενωμικού DNA, 10 pmol κάθε εκκινητή, 2 pmol κάθε ανιχνευτή και 2.5 ml 2χ κύριο μίγμα (Applied Biosystems) σε ένα τελικό όγκο των 5 μΙ. Η θερμοκυκλοποίηση περιελάμβανε 40 κύκλους με 30 δευτερόλεπτα στους 95 ° C που ακολουθείται από 60 s στους 60 ° C. πλάκες PCR διαβάστηκαν σε ένα όργανο ΑΒΙ PRISM 7900HT (Applied Biosystems).

Όλα τα δείγματα που δεν δίνουν ένα αξιόπιστο αποτέλεσμα στον πρώτο γύρο των γονοτυπική είχαν υποβληθεί εκ νέου σε έως και δύο επιπλέον γύρους του γονότυπου. Τα σημεία των δεδομένων που δεν έχουν ακόμα πληρωθεί μετά από αυτή τη διαδικασία έμειναν κενές.

Απλότυπου και diplotype ανασυγκρότηση

απλότυποι και diplotypes ανακατασκευάστηκαν με τη χρήση του λογισμικού ΦΑΣΗ [46].

Στατιστική Ανάλυση

Η κατανομή συχνοτήτων των γονότυπων εξετάστηκε για τις περιπτώσεις και τους ελέγχους. Hardy-Weinberg ισορροπία δοκιμάστηκε στις περιπτώσεις και στους ελέγχους και στις δύο πληθυσμούς χωριστά από chi square test. Χρησιμοποιήσαμε λογιστική παλινδρόμηση για πολυπαραγοντικές αναλύσεις για την εκτίμηση των σημαντικών επιπτώσεων του γενετικού πολυμορφισμού στο CRC κίνδυνο χρησιμοποιώντας ένα συν-κυρίαρχο και ένα κυρίαρχο μοντέλο κληρονομικότητας. Η πιο κοινή γονότυπος στους ελέγχους αποδόθηκε ως κατηγορία αναφοράς. Όλες οι αναλύσεις προσαρμόστηκαν ως προς την ηλικία και το φύλο. Στην Τσεχική πληθυσμό μπορούμε επίσης να προσαρμοστεί για το σώμα Max Index (BMI) ως συνεχής μεταβλητή. Αναλύσαμε τα δύο πληθυσμούς ξεχωριστά και μαζί (που ρυθμίζεται επίσης για το κέντρο προσλήψεων στη δεύτερη περίπτωση).

λογιστικής παλινδρόμησης θεωρώντας την ανακατασκευασμένη απλότυπος προσαρμοστεί για την ηλικία (συνεχής), φύλο και κέντρο μελέτης έγινε για τον υπολογισμό του κινδύνου υπολογίζει. Η (PAV) απλότυπος «γεύση» ορίστηκε ως ομάδα αναφοράς. Τελικά δημιουργήθηκε diplotypes για κάθε άτομο και ομαδοποιούνται και χωρίζονται τους σε δύο φαινοτυπικές ομάδες, η ομάδα δοκιμαστής ((PAV /PAV? PAV /PVV? Ρ _ * /a_ *) και η ομάδα μη-δοκιμαστή (AVI /AVI? AAV /AVI ). για την ανάλυση diplotype η ομάδα «γεύση» ορίστηκε ως σημείο αναφοράς.

Θα πραγματοποιηθεί, επίσης, στρωματοποιημένη ανάλυση για τις συνήθειες των φύλων και το κάπνισμα. οι καπνιστές είχαν ταξινομηθεί ως νυν καπνιστές, πρώην καπνιστές (σταματήσουν το κάπνισμα για περισσότερο από 5 χρόνια ) ή ποτέ καπνιστές. οι καπνιστές στη συνέχεια χωρίζονται σε βαρείς καπνιστές (πάνω από 20 τσιγάρα την ημέρα) και μη-βαρείς καπνιστές (λιγότερο από 20 τσιγάρα την ημέρα). Όλες οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση STATGRAPHICS

®

Centurion λογισμικό XVI (© 2009 από StatPoint Technologies, Inc.www.STATGRAPHICS.com) και του λογισμικού STATA (StataCorp, College Station, TX).

Υποστήριξη Πληροφορίες

Σχήμα S1.

Κατανομή απλοτύπων στην Τσεχική πληθυσμού

doi:. 10.1371 /journal.pone.0020464.s001

(DOC)

Εικόνα S2

Κατανομή απλοτύπων στο γερμανικό πληθυσμό..

doi: 10.1371 /journal.pone.0020464.s002

(DOC)