Αφηρημένο

Στόχος

Οι γενετικές παραλλαγές που ρυθμίζουν το ανοσοποιητικό σύστημα του ξενιστή μπορούν να συμβάλλουν στην ευπάθεια για την ανάπτυξη του καρκίνου του στομάχου. Λίγα είναι γνωστά για τον ρόλο της έμφυτης τη θωράκιση και μη-Hodgkin λέμφωμα (NHL)-σχετικών γονιδίων για γαστρικό κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Αυτή η μελέτη ασθενών-μαρτύρων ένθετη διεξήχθη για τον εντοπισμό υποψήφια γονίδια για γαστρικό κίνδυνο καρκίνου για μελλοντικές μελέτες.

Μέθοδοι

Στη φάση Discovery, 3072 SNPs σε 203 έμφυτη τη θωράκιση και 264 NHL που σχετίζονται με γονίδια χρησιμοποιώντας το φωτίσει GoldenGateTM OPA Panel αναλύθηκαν σε 42 συμφωνημένα σύνολα περίπτωση-ελέγχου που επιλέγεται από την κορεατική Multi-κέντρο Καρκίνου κοόρτης (KMCC). Έξι σημαντικές SNPs σε τέσσερις έμφυτη ανοσία (

DEFA6, DEFB1, JAK3,

και

ACAA1

) και 11 SNPs σε εννέα NHL που σχετίζονται με γονίδια (

INSL3, CHMP7, BCL2L11, TNFRSF8, RAD50, CASP7, Chuk, CD79B,

και

CLDN9

) με ένα παραλλαγμένο

σ

-τιμή & lt? 0,01 εκ νέου ο γονότυπος στη φάση της αναπαραγωγής μεταξύ 386 περιπτώσεις και 348 μάρτυρες. αναλογίες πιθανοτήτων (OR) για γαστρικό κίνδυνο καρκίνου υπολογίστηκαν με προσαρμογή για την ηλικία, το κάπνισμα, και

H. pylori

και CagA ορο-θετικότητα. συνοψίζονται ΕΑΠ στο συνολικό πληθυσμό της μελέτης (428 περιπτώσεις και 390 έλεγχοι) παρουσιάζονται χρησιμοποιώντας pooled- και μετα-αναλύσεις

Αποτελέσματα

Τέσσερις SNPs δεν είχε καμία ανομοιογένεια σε όλες τις φάσεις:. στη μετα- ανάλυση,

DEFA6

rs13275170 και

DEFB1

rs2738169 είχε τόσο 1,3 φορές αυξημένη αναλογία πιθανοτήτων (OR) για καρκίνο του στομάχου (95% ΚΠ = 1.1-1.6? και 1.1-1.5, αντίστοιχα) .

INSL3

rs10421916 και rs11088680 είχε και ένα 0,8-πλάσια μειωμένη ή για καρκίνο του στομάχου. (95% ΚΠ = 0,7 – 0,97? Και 0.7-0.9, αντίστοιχα)

Συμπεράσματα

Τα ευρήματά μας υποδηλώνουν ότι ορισμένες παραλλαγές στην έμφυτη ανοσία και NHL που σχετίζονται με τα γονίδια επηρεάζουν το γαστρικό κίνδυνο καρκίνου, ίσως διαμορφώνοντας μηχανισμούς λοίμωξη-φλεγμονή ασυλία που παραμένουν να καθοριστούν

Παράθεση:. Πάρκο SK, Γιανγκ JJ , Ω S, Cho LY, Ma SH, Shin A, et al. (2012) έμφυτη ανοσία και μη-Hodgkin λέμφωμα (NHL) Σχετικές γονίδια σε μελέτη ασθενών-μαρτύρων ένθετα για γαστρικός καρκίνος του κινδύνου. PLoS ONE 7 (9): e45274. doi: 10.1371 /journal.pone.0045274

Επιμέλεια: Τζωρτζίνα Λ Κρατήστε, Πανεπιστήμιο του Αμπερντίν, Ηνωμένο Βασίλειο

Ελήφθη: May 10, 2012? Αποδεκτές: 14 Αυγούστου, 2012? Δημοσιεύθηκε: 21, Σεπτεμβρίου 2012

Copyright: © Park et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση από το πρόγραμμα βασική επιστημονική έρευνα, μέσω του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών της Κορέας που χρηματοδοτείται από το Υπουργείο Παιδείας, Επιστημών και Τεχνολογίας [2009-0066258] και από BRL (Basic Research Laboratory) του προγράμματος μέσω του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών της Κορέας που χρηματοδοτείται από το Υπουργείο Παιδείας, Επιστημών και Τεχνολογίας [2011-0001564]. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνο του στομάχου είναι η δεύτερη πιο κοινή αιτία θανάτου από καρκίνο στις κόσμου [1] με την ένδειξη γεωγραφικής και εθνοτικής διακύμανση της επίπτωσης και της θνησιμότητας [2].

Helicobacter pylori

(

Η. Pylori

) μόλυνσης, που προσδιορίζονται από τον Διεθνή Οργανισμό Ερευνών για τον Καρκίνο (IARC) ως γαστρικό καρκινογόνο, είναι μια αποδεδειγμένη αιτιώδης παράγοντας για καρκίνο του στομάχου [1], [2]. Παρ ‘όλα αυτά, μερικές επιδημιολογικές μελέτες έχουν αναφερθεί παρά το υψηλό

H. pylori

ποσοστό επικράτησης, η συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του στομάχου είναι χαμηλή σε ορισμένες ασιατικές και αφρικανικές πληθυσμούς, γνωστή ως Ασίας /Αφρικής αίνιγμα της [3], [4]. Αυτό το αίνιγμα μπορεί να οφείλεται σε άλλους παράγοντες κινδύνου που σχετίζονται με διαφορές στην ευαισθησία του κάθε ατόμου σε καρκίνο του στομάχου.

H. pylori

μολύνσεις, χρόνιες γαστρική φλεγμονή παρουσιάζεται και οδηγεί σε μια άνοση απόκριση η οποία περιλαμβάνει την κανονική (δηλαδή, την έμφυτη ανοσία) και μη φυσιολογικές ανοσολογικές αποκρίσεις οι οποίες συμβαίνουν συχνά σε λέμφωμα μη-Hodgkin (NHL) [5] – [8]? και αυτές οι διεργασίες οδηγούν σε ατροφική γαστρίτιδα ακολουθούμενη από μεταπλασία και δυσπλασία, και τελικά τη σύνδεση με την ανάπτυξη του καρκίνου του στομάχου [5] – [8]. Έτσι, θεωρείται ότι οι κανονικές ανοσοαποκρίσεις προκαλούνται από

H

.

pylori

μόλυνση θα μπορούσε να συνδεθεί με μη φυσιολογικές ανοσολογικές αποκρίσεις σε άμεση ή /και έμμεσο τρόπο και, τέλος, θα μπορούσε να καθορίσει το τελικό αποτέλεσμα, όπως γαστρικό αδενοκαρκίνωμα, λέμφωμα, και άλλες κακοήθειες.

Δεδομένου ότι 1) το γονιδίωμα ενός ατόμου είναι ένας παράγοντας για την ευαισθησία του κάθε ατόμου? και 2)

H. pylori

μόλυνση σε γαστρικό ιστό οδηγεί σε φλεγμονή που με τη σειρά του επάγει κανονική /ανώμαλη ανοσοαποκρίσεων, γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες που σχετίζονται με τον ξενιστή και /ή φυσιολογικά και μη φυσιολογικά ανοσία μπορεί να έχει σημασία για την ατομική ευαισθησία σε γαστρική κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Αρκετές επιδημιολογικές μελέτες έχουν δείξει ότι τα γονίδια που σχετίζονται με την ανοσολογική απόκριση του ξενιστή παίζουν έναν κρίσιμο ρόλο στη γαστρική καρκινογένεση: 1) προφλεγμονωδών γονότυπους ξενιστή που επάγεται hypochlorhydric /ατροφική απαντήσεις στα γαστρικά

H. pylori

λοιμώξεις, οι οποίες προχωρούν σε noncardia αδενοκαρκίνωμα στομάχου [6]? 2) μια γενετική παραλλαγή του

TLR9,

η οποία διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στο έμφυτο ανοσοποιητικό σύστημα, συσχετίστηκε σημαντικά με το

H. pylori

επαγόμενη προκαρκινικές γαστρικό αλλαγές [7]? 3)

TLR4

Asp299Gly θα μπορούσε να είναι ένας γενετικός παράγοντας επιδεκτικός για γαστρικού βλεννογόνου που σχετίζεται λεμφικού ιστού (MALT) λέμφωμα [8]? και 4) η

CD14

γενετικές παραλλαγές εμφανίζονται να εμπλέκονται στην ανάπτυξη των γαστρικών MALT λέμφωμα [9].

Με βάση τα στοιχεία, υποθέσαμε ότι οι γενετικές παραλλαγές στην κανονική ανοσολογική απόκριση ( δηλαδή, η φυσική ανοσία που σχετίζονται με τα γονίδια) και φυσιολογική ανοσολογική απόκριση (δηλαδή, οι σχετικές NHL γονίδια) θα μπορούσε να επηρεάσει γαστρικό κίνδυνο καρκίνου διαμορφώνοντας τις ατομικές διαφορές ευαισθησίας. Να αξιολογήσει την υπόθεσή μας, πραγματοποιήσαμε μια γενετική ανάλυση σε δύο στάδια που περιλαμβάνουν: 1) η φάση Discovery για να διερευνήσει τις 1.536 SNPs σε 203 έμφυτη γονίδια ασυλία και 1.536 SNPs σε 264 σχετίζονται NHL γονιδίων με τη χρήση της Illumina) δοκιμασία ολιγονουκλεοτιδίων πισίνα GoldenGate ((OPA) και 2) η φάση αναπαραγωγής που ανέλυσε περαιτέρω τις πιο σημαντικές SNPs στη φάση Discovery.

Υλικά και Μέθοδοι

Θέματα Μελέτη

τα άτομα που επιλέγονται από την κορεατική Πολυκεντρική καρκίνο του Cohort (KMCC) σε αυτή τη μελέτη ένθετα περίπτωση ελέγχου βάσει πληθυσμού. Ο σχεδιασμός και η δειγματοληψία στρατηγική της KMCC έχουν περιγραφεί λεπτομερώς αλλού [10] – [12]. Εν συντομία, 1993-2004, συνολικά 19.688 συμμετέχοντες είχαν προσληφθεί από τέσσερις αστικές και αγροτικές περιοχές στην Κορέα. Όλοι οι συμμετέχοντες 1) υπέγραψαν έντυπο συγκατάθεσης πριν την είσοδο στην ομάδα? 2) ολοκλήρωσε λεπτομερή τυποποιημένα ερωτηματολόγια από προσωπική συνέντευξη? 3) δωρεά δείγματα αίματος και ούρων? και 4) παθητικά παρακολουθήθηκαν μέσω ρεκόρ δεσμούς με το εθνικό πιστοποιητικό θανάτου, ασφάλιση υγείας ιατρικές βάσεις δεδομένων αρχείων και το εθνικό μητρώο καρκίνου.

Μέχρι τον Δεκέμβριο του 2001, συνολικά 100 περιστατικό περιπτώσεων καρκίνου του στομάχου είχαν πρόσφατα εντοπίστηκαν σύμφωνα με τη Διεθνή Στατιστική Ταξινόμηση των Ασθενειών και Συναφών προβλημάτων Υγείας 10η Αναθεώρηση (ICD-10, C16). Από αυτούς, 42 περιπτώσεις και 42 μάρτυρες από την ηλικία, το φύλο, περιοχή εγγραφής, και το έτος περιλήφθηκαν στη φάση Discovery και με επιτυχία ο γονότυπος με το GoldenGate (Illumina) δοκιμασία ολιγονουκλεοτιδίων πισίνα (OPA) πάνελ. Στη φάση Replication, επιλέγονται οι πληθυσμοί της μελέτης ως εξής: 1) σύμφωνα με την ίδια μεθοδολογία για την περίπτωση διαπιστώσεις που αναφέρονται παραπάνω, 199 γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου επιπροσθέτως ορίζεται από την KMCC τον Δεκέμβριο του 2008 και να συνδυαστούν 1:01 σε ελέγχους ανάλογα με την ηλικία ( ± 5 έτη), το φύλο και το χρόνο εγγραφής? 2) στο Πανεπιστήμιο Chungnam Νοσοκομείο και Hanyang Πανεπιστημίου GURI Νοσοκομείο, 189 νεοδιαγνωσθέντων γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου είχαν προσληφθεί από τον Μάρτιο του 2002 έως τον Σεπτέμβριο του 2006. Έδωσαν έγγραφη συγκατάθεση και τα δείγματα αίματος κατά τη στιγμή της διάγνωσης ή πριν από τη γαστρική χειρουργική επέμβαση για καρκίνο? και 3) συνολικά 189 ελέγχους που βασίζονται στην κοινότητα συνδυάζεται με την ηλικία (± 5 έτη), το φύλο και το χρόνο εγγραφής επιλέχθηκαν τυχαία από την KMCC. Από τους 388 αγώνες περίπτωση ελέγχου, δύο περιπτώσεις και σαράντα μάρτυρες είχαν εξαλειφθεί λόγω της κακής ποσοστό του γονότυπου και γονιδιώματος επίπεδο DNA. Τέλος, 386 περιπτώσεις και 348 μάρτυρες αναλύθηκαν στη φάση της αναπαραγωγής.

Επιπλέον, με βάση την ανίχνευση ορολογικές-based,

H. pylori

μόλυνση και CagA /VacA οροθετικότητας αξιολογήθηκαν μεταξύ όλων των συμμετεχόντων στη μελέτη περιλαμβάνονται και στις δύο φάσεις. Χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία ανοσοαποτύπωσης Helico Blot 2.1 ™ (MP Biomedicals Ασίας-Ειρηνικού, Σιγκαπούρη), η οποία εξασφαλίζει υψηλή ευαισθησία (99% και για τα δύο

H.pylori

και CagA οροθετικότητας), καθώς και η ειδικότητα (98% για το

Η . pylori

και 90% για CagA οροθετικότητας) μεταξύ της Κορέας πληθυσμού [13], τα δείγματα ορού αναλύθηκαν και αλληλένδετα, σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Δεδομένου ότι CagA που παράγουν

H. pylori

σχετίζονται σημαντικά με αυξημένο κίνδυνο γαστρικού καρκίνου,

H. pylori

και CagA οροθετικότητας αντιμετωπίστηκαν ως ισχυρό συμπαράγοντες για καρκίνο του στομάχου και προσαρμοσμένο για τα στατιστικά μοντέλα.

Ηθική Δήλωση

Τα πρωτόκολλα μελέτης του KMCC και τη γενετική μελέτη εγκρίθηκαν από τα θεσμικά διοικητικά συμβούλια αναθεώρηση του Εθνικού Πανεπιστημίου της Σεούλ Νοσοκομείο (H-0110-084-002, και C-0603-161-170, αντίστοιχα). Επιπλέον, η μελέτη του γαστρικού καρκίνου νοσοκομείο με βάση εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο Institutional Review του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Hanyang (IRB no.2003-4). Όλοι οι συμμετέχοντες υπέγραψαν έντυπο συγκατάθεσης πριν από την είσοδο των μελετών.

SNP επιλογής και Γονοτυπικές

Στη φάση Discovery, το OPA Panel Illumina GoldenGate ™ έχει σχεδιαστεί με 203 έμφυτη ανοσία και 264 NHL σχετικές υποψήφια γονίδια χρησιμοποιώντας SNPs στο έργο SNP500Cancer (https://snp500cancer.nci.nih.gov) με γνωστά δεδομένα εκ νέου αλληλουχία και καρκινογόνος μηχανισμών που σχετίζονται γονίδιο [14]. Εστιάζοντας σε μια περιοχή που ήταν 20 kb 5 ‘προς την έναρξη μεταγραφής (εξόνιο 1) και 10 kb 3’ προς το τέλος του τελευταίου εξονίου (Ν) για κάθε υποψήφιο γονίδιο, υποψήφιος SNPs υποβλήθηκαν προκαταρκτικά σε διαλογή. Μετά από αυτό, SNPs Tag επιλέχθηκαν από την designable σύνολο των SNPs που ήταν μέρος του Διεθνούς Προγράμματος HapMap (https://www.hapmap.org/index.html) και σε νεότερες επαναλήψεις, χρησιμοποιήσαμε TagZilla (http: //tagzilla .nci.nih.gov) σύμφωνα με τα ακόλουθα κριτήρια: 1) συχνότητα ελάχιστο αλληλόμορφο (MAF) & gt? 0,05? 2) βαθμολογία σχεδιασμού = 1.1? και 3) r

2 & gt? 0,8 cut-off χρησιμοποιώντας dbSNP από HapMap Καυκάσου (CEU) (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Περίπου το 55% των SNPs βρίσκονταν στα ιντρόνια, 22% τα υποκινητές (πλευρική περιοχή, UTR), 15% 3 ‘προς το κωδικόνιο στοπ (STP), και 9% στα εξόνια? μεταξύ των SNPs που βρίσκονταν στο εξόνιο, το 73% ήταν συνώνυμες και το 27% ήταν nonsynonymous αλλαγές [15].

Μεταξύ των 1.536 SNPs που αποδίδονται στις έμφυτη γονίδια που σχετίζονται με ανοσία, 384 SNPs αποκλείστηκαν λόγω της MAF & lt ? 0,05 (151 SNPs), ένα HWE

σ

-τιμή & lt? 0,0001 (1 SNP), monomorphism (162 SNPs), και δοκιμασία προβλήματα (71 SNPs). Για το NHL που σχετίζονται με πάνελ, καταργήσαμε 396 SNPs με HWE

σ

-τιμή & lt? 0,0001 (2 SNPs), ένα MAF & lt? 0,05 (143 SNPs), προβλήματα προσδιορισμού (50 SNPs), και monomorphism (201 SNPs). Τέλος, η στατιστική ανάλυση περιελάμβανε 1.151 SNPs στο έμφυτο ανοσοποιητικό πάνελ και 1.140 SNPs στον πίνακα NHL για τα σύνολα 42 case-control συνδυάζεται με την ηλικία, το φύλο, περιοχή και έτος εγγραφής.

Η γονοτύπηση εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας γονιδιακό DNA που προέρχονται από το περιφερικό αίμα με την Gentra Puregene αίμα Kit (Gentra, Minneapolis, USA) στην Εγκατάσταση πυρήνα Γονοτυπικές (CGF) της Διεύθυνσης Cancer Epidemiology και Γενετικής, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου. Σε αυτή τη μελέτη, η ολοκλήρωση γονότυπο σε δείγματα γονιδιακού DNA υπερέβαινε το 95%.

Για τη φάση της αναπαραγωγής, έξι SNPs των τεσσάρων γονιδίων στο έμφυτη πίνακα γονίδιο ανοσία (

DEFA6

rs2738120,

DEFB1

rs2702829,

DEFA6

rs13275170,

JAK3

rs2286662,

DEFB1

rs2738169, και

ACAA1

rs2239621) και 11 SNPs εννέα γονίδια στο πίνακα NHL (

INSL3

rs10421916,

CHMP7

rs7463256,

BCL2L11

rs686952,

TNFRSF8

rs755398,

INSL3

rs11086080,

RAD50

rs17772583,

CASP7

rs11196422,

Chuk

rs2230804,

CD79B

rs2003549,

CLDN9

rs11862306, και

TNFRSF8

rs641941) επελέγησαν σύμφωνα με τα ακόλουθα κριτήρια: ο SNPs με 1) ένα παραλλαγμένο

ρ-τιμή

& lt? 0,01? και /ή 2) Benjamini-Hochberg ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (BH-FDR) διορθώνεται

p-τιμές

& lt? 0,2 στις σημαντικότερες SNPs όλων των γονιδίων στη φάση Discovery. Η γονοτύπηση εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας τον προσδιορισμό Illumina VeraCode GoldenGate με BeadXpress σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Illumina, San Diego, CA, USA) [16]. Για να εξασφαλιστεί η αξιοπιστία των μεθόδων προσδιορισμού του γονότυπου στις δύο φάσεις, 188 δείγματα γονότυπος δύο φορές από κάθε μέθοδο. Το ποσοστό αντιστοιχίας ήταν & gt? 98,4%. Δύο περιπτώσεις και σαράντα ελέγχους με ανεπαρκή DNA ή ποσοστό κλήση του γονότυπου & lt?. 90% εξαιρέθηκαν

Στατιστική Ανάλυση

Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE) στην ομάδα ελέγχου εκτιμήθηκε με τη χρήση του chi -πλατεία δοκιμή ή την ακριβή δοκιμασία του Fisher με ένα επίπεδο αποκοπής των HWE & lt? 0,0001. Επιλεγμένα χαρακτηριστικά αξιολογήθηκαν με τη χρήση χ

2 για τις κατηγορικές μεταβλητές και

t

τεστ για συνεχείς μεταβλητές. Αξιολογήσαμε τη συσχέτιση μεταξύ των επιμέρους SNPs και γαστρικό κίνδυνο καρκίνου βασίζεται τόσο η πρώτη και παραλλαγμένα

σ

-τιμές που υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας τη δοκιμή δείκτη Πιθανότητα (LRT), με 1 βαθμό ελευθερίας στην τάση (πρόσθετο) μοντέλο . Η δοκιμή τάση υποθέτει μια επίδραση δόσης-απόκρισης (δηλαδή, γραμμική επίδραση) με έναν αυξανόμενο αριθμό παραλλαγής αλληλόμορφα. Παραλλαγμένο

σ

-τιμές υπολογίστηκαν από 10.000 δοκιμές μετάθεση. αναλογίες πιθανοτήτων (OR) και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (95% ΠΙ) υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης για την προσαρμογή για την ηλικία, το κάπνισμα τσιγάρων (ναι

vs.

όχι),

H. pylori

μολυσματικότητα, και CagA λοιμογόνο παράγοντες (θετική

vs.

αρνητικές) που φέρονται παράγοντες κινδύνου για καρκίνο του στομάχου, αν και οι μεταβλητές δεν ήταν σημαντικές στα δεδομένα μας. Όταν τα δεδομένα είναι αραιά και ασυμπτωτική προσέγγιση βασίζεται σε μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης είναι αναξιόπιστα, πρέπει να θεωρούνται ακριβείς συμπέρασμα [17]. Έτσι, αν η συχνότητα του γονότυπου είτε τις περιπτώσεις είτε οι έλεγχοι ήταν λιγότερο από 10% (Ν = 4), ακριβή ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης διεξήχθη για τον υπολογισμό των ΕΑΠ και 95% ΠΙ.

Για να αποφευχθούν ψευδείς συσχετίσεις με ψευδείς θετικά αποτελέσματα, επιλέξαμε όλα τα SNPs με τις σημαντικότερες

σ

-τιμή για κάθε γονίδιο, και το Benjamini-Hochberg ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (BH-FDR) διορθώνεται

σ

τιμαί κάθε SNP υπολογίστηκε σύμφωνα με τον αριθμό των γονιδίων [18]. Είμαστε κατά κύριο λόγο επιλεγεί σημαντική SNPs με παραλλαγμένο

σ

-τιμή & lt? 0.01 και BH-FDR

σ

-τιμή & lt?. 0.2

Στη φάση αναπαραγωγής, το πιο σημαντικό SNPs που εντοπίζονται στην φάση Discovery ήταν επανεκτιμηθεί. Με βάση το πρόσθετο ή υπολειπόμενο μοντέλα, γαστρικό κίνδυνο καρκίνου εκτιμήθηκε ως ΕΑΠ και 95% ΚΠ χρησιμοποιώντας μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης για την προσαρμογή για τις ίδιες συμπαράγοντες που αναφέρθηκαν παραπάνω. Για να συνοψίσουμε τα αποτελέσματα από την ανακάλυψη και τις φάσεις αναπαραγωγής, pooled- και μετα-αναλύσεις διεξήχθησαν. Με την σταθερή επίδραση μοντέλο, τα συνοπτικά ΕΑΠ και 95% ΚΠ υπολογίστηκαν. Επιπλέον, η ετερογένεια μεταξύ των μελετών αξιολογήθηκε από τα στατιστικά στοιχεία Cochran Q [19].

Όλα στατιστική ανάλυση πραγματοποιήθηκε με την έκδοση του λογισμικού plink 1.06 (https://pngu.mgh.harvard.edu/purcell/plink) και η SAS έκδοση λογισμικού 9.1 (SAS Institute, Cary, Βόρεια Καρολίνα).

Αποτελέσματα

Θήκες και οι έλεγχοι ήταν συγκρίσιμες ως προς την ηλικία,

H. pylori

λοίμωξη, CagA /VacA οροθετικότητας, πίνοντας κατάσταση και το ιστορικό γαστρικού έλκους. Μια οριακά σημαντική και σημαντικά διαφορετική κατανομή για το κάπνισμα μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων παρατηρήθηκε στην αναπαραγωγή και συγκεντρωτικές αναλύσεις (Πίνακας 1).

Η

συχνότητες γονότυπου για όλα τα SNPs δεν αποκλίνουν από την ισορροπία Hardy-Weinberg (HWE) (

σ

& gt? 0.0001).

στη φάση Discovery, Έξι SNPs σε τέσσερα γονίδια (

DEFA6, DEFB1, JAK3

, και

ACAA1

) μεταξύ 1.152 SNPs που επιλέγονται από τα εγγενή γονίδια που σχετίζονται με την ασυλία και 11 SNPs σε εννέα γονίδια (

INSL3, CHMP7, CASP7, RAD50, Chuk, TNFRSF8, CD79B, BCL2L11,

και

CLDN9

) μεταξύ των 1.104 SNPs σε 246 NHL που σχετίζονται με γονίδια που σχετίζονταν σημαντικά με γαστρικό κίνδυνο καρκίνου, σύμφωνα με το παραλλαγμένο

σ

-τιμές (

σ

& lt? 0,01). Μετά τη διόρθωση για πολλαπλές συγκρίσεις, μόνο δύο SNPs,

DEFA6

rs2738120 και

DEFB1

rs2702829, παρέμεινε οριακά σημαντική για καρκίνο του στομάχου (FDR = 0,08 και FDR = 0,08, αντίστοιχα), η οποία έδειξε μια αυξημένη κινδύνου για καρκίνο του στομάχου (ή [95% CI] = 4.1 [01.06 – 10.04] και 2,9 [1.3 έως 6.1], αντίστοιχα). Του NHL που σχετίζονται με πάνελ γονιδίου, ένα SNP σε εννέα γονίδια παρέμεινε οριακά σημαντική (FDR-BH

σ

-τιμή = 0,09)?

INSL3

rs10421916 συσχετίστηκε με σημαντικά μειωμένο για καρκίνο του στομάχου (ή [95% CI] = 0,6 [0,3 – 0,97]) (Πίνακας 2).

Η

Σε συνδυασμένη ανάλυση (δηλαδή, συγκεντρώθηκαν και αναλύει μετα) που περιλάμβανε τις φάσεις Discovery και αναπαραγωγή, δύο SNPs,

DEFA6

rs13275170 και

DEFA1

rs2738169 στην έμφυτη γονίδια ασυλία και

INSL3

rs10421916 και rs11086080 στο NHL που σχετίζονται με γονίδια που παρέμεινε σημαντικά σχετίζονται με τον κίνδυνο για καρκίνο του στομάχου (μετα OR = 1,3 [95% CI: 1.1-1.6]? μετα OR = 1,3 [95% CI: 1,1-1,5]? μετα OR = 0,8 [ ,,,0],95% CI: 0,7 έως 0,97]? μετα OR = 0,8 [95% CI: 0,7-0,9], αντίστοιχα). Δεν υπήρχε ετερογένεια σε όλες τις αναλύσεις (δοκιμασία Cochran Q,

σ

& gt? 0,05). (Πίνακας 3)

Η

Συζήτηση

Μια γενετική συσχέτιση των δύο σταδίων μελέτη με 1.536 SNPs σε 203 έμφυτη ανοσία που σχετίζονται με (δηλαδή, που σχετίζονται με την φυσιολογική ανοσολογική απόκριση) γονίδια και 1.536 SNPs σε 264 NHL που σχετίζονται με (δηλαδή, η μη φυσιολογική ανοσολογική απάντηση που σχετίζονται) γονίδια διεξήχθη για τον εντοπισμό παραλλαγές στην έμφυτη ανοσία και NHL που σχετίζονται με τις υποψήφιες γονίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο του στομάχου. Στη φάση της Discovery, έξι SNPs σε τέσσερις έμφυτη γονίδια ανοσία (

DEFA6, DEFB1, JAK3

, και

ACAA1

) και 11 SNPs σε εννέα NHL που σχετίζονται με γονίδια (

INSL3, CHMP7 , CASP7, RAD50, Chuk, TNFRSF8, CD79B, BCL2L11,

και

CLDN9

) ήταν σημαντικά σχετίζονται με γαστρικό κίνδυνο καρκίνου (παραλλαγμένο

σ

& lt? 0,01)? και μετά τη δοκιμή BH-FDR για τα γονίδια σε 42 σύνολα των περιπτώσεων και ελέγχων,

DEFA6

και

DEFB1

στην έμφυτη πίνακα γονίδιο ασυλία και

INSL3

στο NHL -σχετικών πίνακα γονίδιο ήταν σημαντικά σχετίζεται με γαστρικό κίνδυνο καρκίνου (BH-FDR

σ

& lt? 0,1). Στη φάση της αναπαραγωγής του γονότυπου με περισσότερες σειρές ασθενών-μαρτύρων και στις μετα- και συγκεντρωτικές αναλύσεις,

DEFA6, DEFB1

, και

INSL3

εξακολουθούσαν να σχετίζονται σημαντικά με γαστρικό κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου, χωρίς ανομοιογένεια σε όλη την φάσεις.

DEFA6

(αμυντοσίνη άλφα 6, Paneth κυττάρου-ειδική) και

DEFB1

(αμυντοσίνη beta 1), τα οποία ανήκουν στα μέλη της οικογένειας ντιφενσίνης, αποτελείται από 6 ανθρώπινης β-αμυντίνες (hBD1-hBD6) και δύο ανθρώπινα άλφα-αμυντίνες (HD5-HD6) και διαδραματίζουν έναν κρίσιμο ρόλο στον μηχανισμό άμυνας του ξενιστή, ιδίως σε σχέση με αντιμικροβιακή δραστικότητα και κυτταροτοξικότητα των ουδετερόφιλων [20], [21]. Αμυντοσίνες επάγεται από φλεγμονή ή λοιμώξεις μπορεί να αντισταθεί βακτηριακού αποικισμού σε επιθηλιακές επιφάνειες συμπεριλαμβανομένων γαστρεντερικό επιθήλιο [22] – [24]. Ειδικότερα, αμυντοσίνη δεσμεύει λιποπολυσακχαρίτη στο

H. pylori

κυτταρικού τοιχώματος και η defensin-

H. pylori

συγκρότημα ενεργοποιεί τον NF-kB σηματοδοτικό μονοπάτι για γαστρική καρκινογένεση [25]. Πρόσφατες μελέτες έδειξαν αμυντίνων που εμπλέκονται στην ανάπτυξη του καρκίνου εκφράστηκαν σε διάφορους ανθρώπινους όγκους, συμπεριλαμβανομένων γαστρικού καρκίνου [26] – [28]. Ως μία από τις πιθανές παραγόντων για γαστρική καρκινογένεση, αμυντοσίνες μπορεί να αλληλεπιδρά με το

H. pylori

μόλυνσης τόσο για αντίσταση και προστασία, και ανώμαλα δραστηριότητές τους μπορεί να προκαλέσει το πρώτο βήμα προς την κατεύθυνση της γαστρικής την ανάπτυξη του καρκίνου. Έτσι, είναι πιθανό ότι ορισμένες παραλλαγές σε

DEFA6

και

DEFB1

επηρεάζουν την ευαισθησία σε καρκίνο του στομάχου, τροποποιώντας τη φλεγμονώδη απόκριση μέσω αλλαγών στην έκφραση ή λειτουργία των εν λόγω πρωτεϊνών. Τα ευρήματά μας υποδηλώνουν ότι

DEFA6

rs2738120 (που βρίσκεται στο ιντρόνιο) και

DEFB1

rs2702829 (που βρίσκεται στο 3 ‘της STP) έχουν πιθανές γενετικές επιδράσεις στην ανάπτυξη του καρκίνου του στομάχου. Παρά την ετερογένεια της φάσης ανακάλυψη και την αντιγραφή, οι άλλες θέσεις του

DEFA6

(rs2738120) και

DEFB1

(rs2702829) ήταν επίσης σημαντικά στα αποτελέσματα μας. Περαιτέρω μελέτες θα πρέπει να διεξαχθούν για να διερευνήσει τις ακριβείς βιολογικές λειτουργίες των SNPs που σχετίζονται με τη δραστηριότητα αμυντοσίνης ή /και κυτταρική ικανότητα.

Το

INSL3

γονίδιο κωδικοποιεί την πρωτεΐνη INSL3, η οποία είναι μια ινσουλίνη όπως ορμονών. Η πρωτεΐνη INSL3 παράγεται κυρίως στο γοναδικών ιστούς στο ανθρώπινο σώμα? Ωστόσο, έχει εντοπιστεί σε ιστούς όγκων του γαστρεντερικού σωλήνα [29]. Λίγα είναι γνωστά για το πώς

INSL3

γονίδιο παρεμβαίνει στην ανθρώπινη καρκινογένεση. Επιπλέον, δεν είναι ευρέως γνωστό αν οι γενετικές παραλλαγές του

INSL3

γονίδιο συνδέονται με γαστρική καρκινογένεση, αλλά τα αποτελέσματα αυτής της μελέτης δείχνουν ότι τουλάχιστον δύο SNPs (rs10421916 βρίσκεται στο ιντρόνιο και rs11086080 βρίσκεται στην η 3 ‘του STP) σε ισχυρά ανισορροπία σύνδεσης (D’ = 0,86, LOD = 13,42, και r

2 = 0.56) φαίνεται να έχουν μια ισχυρή συσχέτιση με μειωμένο κίνδυνο για καρκίνο του στομάχου. Αν και πειραματική απόδειξη που δείχνει ένα λειτουργικό αποτέλεσμα της SNPs σε μοριακό επίπεδο είναι ανεπαρκής μέχρι σήμερα, εικάζεται ότι

INSL3

rs10421916 και rs11086080 μπορεί να επηρεάσουν την ατομική ευαισθησία στο γαστρικό καρκινογένεση. Περαιτέρω έρευνα, συμπεριλαμβανομένων σε βάθος

in vivo

και μελέτες σε ζώα πρέπει να γίνει για να διευκρινιστούν οι μηχανισμοί συνάφεια και το

INSL3

γενετικές επιδράσεις που εμπλέκονται στην ανθρώπινη γαστρική καρκινογένεση.

Ένας αριθμός των γονιδίων (δηλαδή,

JAK3, CHMP7, CASP7, RAD50, Chuk, TNFRSF8, CD79B, BCL2L11

, και

CLDN9

) έδειξε σημαντική συσχέτιση με καρκίνο του στομάχου στη φάση Discovery, αν και δεν σημαντική στις δοκιμές BH-FDR.

JAK3

,

TNFRSF8

, και

Chuk

μπορεί να επηρεάσει τη χρόνια φλεγμονή και ανοσία με

H. pylori

αποικισμός προς γαστρικό καρκίνο, το οποίο είναι σημαντικό σε γαστρικό καρκινογένεση ως εξής: 1)

JAK3

εμπλέκεται στην ενδοκυτταρική μεταγωγή σήματος μεσολάβηση υποδοχέα κυτοκίνης, και ο υποδοχέας κυτοκίνης που βρίσκονται συνήθως σε ανθρώπινο γαστρικό καρκινικό ιστό [30]? 2)

TNFRSF8

μεσολάβηση της μεταγωγής σήματος οδηγεί σε ενεργοποίηση του ΝΡ-κΒ [31]? και 3)

Chuk

εμπλέκεται στην NF-κΒ σηματοδοτικό μονοπάτι ενεργοποιείται από

H. pylori

σε γαστρικό καρκινικά κύτταρα [32]. Δεδομένου ότι το ανθρώπινο γαστρικό παθογόνο

H. pylori

ασκεί μεγάλο μέρος της παθογένειας του επάγοντας βλάβη του DNA και απόπτωση σε ξενιστές γαστρικά επιθηλιακά κύτταρα [33],

BCL2L11, CASP7

, και

CD79B

αναφερθεί ότι συνδέεται με την απόπτωση [34 ] – [38] και

RAD50

και

ACAA1

φέρεται να συνδέεται με το σύστημα βλάβες στο DNA και επισκευής σε σχέση με το γαστρικό ανάπτυξη του καρκίνου [39], [40] έδειξε επίσης μια βιολογική αληθοφάνεια .

CLDN9

δρα ως ογκοκατασταλτικό γονίδιο εμπλέκεται στην εντερική τύπου γαστρικό καρκίνο [41].

Αν και αυτή η μελέτη είναι μια μελέτη γενετική συσχέτιση δύο σταδίων, υπάρχουν διάφοροι περιορισμοί στη μελέτη. Πρώτον, τα περισσότερα γονίδια δεν ξεπεραστεί η ετερογένεια μεταξύ των φάσεων Discovery και αντιγραφή. Η ετερογένεια αυτή οφείλεται στη διαφορετική στατιστική ισχύ σε κάθε φάση: Ένα μικρό μέγεθος του δείγματος στη φάση Discovery είχε ως αποτέλεσμα μεροληπτική ΕΑΠ (δηλαδή, πάνω-εκτίμηση), και τα αποτελέσματα ήταν στατιστικά διακρίνονται από τις κανονικές-εκτιμώμενες τιμές κατά τη φάση της αναπαραγωγής. Παρά το γεγονός ότι η κατανομή των περιβαλλοντικών παραγόντων μεταξύ των περιπτώσεων που διαπιστώθηκε από μια μελέτη κοόρτης με βάση την κοινότητα και νοσοκομειακά κρούσματα που βασίζονται ήταν ελαφρώς διαφορετικό από κάθε άλλο, οι MAFs των πιο SNPs είχαν μικρή διαφορά. Δεύτερον, στρωματοποιημένη αναλύσεις σχετικά με τα διαφορετικά χαρακτηριστικά του γαστρικού καρκίνου (π.χ., ιστολογικών υποτύπων, καρδιακή

vs

μη καρδιακή?. Διάχυτη τύπου

vs

εντερικό τύπο?. Και το στάδιο TNM) και /ή ανεξάρτητοι παράγοντες κινδύνου (π.χ., ηλικία, φύλο, και

H. pylori

καθεστώς μόλυνσης) δεν θα μπορούσε να διεξαχθεί εξαιτίας 1) ομοιογενούς φύση του πληθυσμού της μελέτης (δηλαδή, οι περισσότεροι ασθενείς εμφάνισαν μη καρδιακά τύπων ή μη καθορισμένη τύπων, & gt? 95%? και οι εντερικές και διάχυτες τύποι ήταν λιγότερο από 3%)? και 2) η έλλειψη λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με τα δεδομένα ιστοπαθολογία λόγω παθητικές μεθόδους σύνδεσης δεδομένων παρακολούθησης που χρησιμοποιούν. Τρίτον, δεδομένου ότι επιλέγονται SNPs ετικέτα βασίστηκαν σε δεδομένα από έναν Καυκάσιο πληθυσμό, οι Ασίας-συγκεκριμένες γενετικοί δείκτες θα μπορούσαν να ληφθούν υπόψη στο στάδιο του σχεδιασμού. Τέλος, δεν θα μπορούσαμε να επιβεβαιώσει μια λειτουργική επίδραση της SNP σε μοριακό επίπεδο. Έτσι, τα αποτελέσματα πρέπει να ερμηνεύονται με προσοχή. Παρά τους περιορισμούς, η μελέτη μας είναι σταθερό έναντι αρκετών προκαταλήψεις που είναι κοινά σε αναδρομική σχέδια λόγω ένθετα σχεδιασμό περίπτωση ελέγχου με βάση τον πληθυσμό της.

Εν κατακλείδι, τα ευρήματά μας υποδηλώνουν

DEFA6

,

DEFB1

, και

INSL3

γενετικές παραλλαγές είναι ευαισθησία παράγοντες για την ανάπτυξη του καρκίνου του στομάχου. Περαιτέρω μελέτες με μεγαλύτερο αριθμό περιπτώσεων και μια πιο ουσιαστική γονιδιωματική κάλυψη θα μας επιτρέψει να φωτιστούν οι παθολογικές μηχανισμούς του καρκίνου του στομάχου. Επιπλέον, περαιτέρω βιολογικές μελέτες επικεντρώθηκαν σε αυτά τα γονίδια θα πρέπει να αποσαφηνίσει τους ρόλους τους στη γαστρική καρκινογένεση.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Υποστήριξη Πληροφορίες S1.

Λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με τις επιλεγμένες SNPs σε 203 έμφυτη γονίδια ασυλία και 264 που αφορούν NHL γονίδια: Στη φάση ανακάλυψης

doi:. 10.1371 /journal.pone.0045274.s001

(XLSX)

Ευχαριστίες

Εκτιμούμε δρχ. Stephen J. Chanock, Robert Welch, Nathaniel Rothman, οι οποίοι βοηθούν την αρχική του γονότυπου στο Τμήμα Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών, Πυρήνας Γονοτυπικές Διευκόλυνση στο Advanced Technology Κέντρο του Εθνικού Ινστιτούτου για τον Καρκίνο και τη διαίρεση των καρκινικών Επιδημιολογίας και Γενετικής, το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου , Bethesda, Maryland, USA