Αφηρημένο

Ευαισθησία σε κοινούς καρκίνους είναι πολυγονιδιακή που προκύπτουν από χαμηλή έως υψηλή διεισδυτικότητα προδιάθεση-παραγόντων και περιβαλλοντικής έκθεσης. Γονιδιωματικής μελέτες δείχνουν βλαστική ομοζυγωτικότητας ως νέου παράγοντα χαμηλής διεισδυτικότητας που συμβάλλουν στην κοινούς καρκίνους. Υποθέσαμε ότι ([TOH] εκτάσεις-of-ομοζυγωτία) στο λιμάνι του καπνού-εξαρτώμενη και ανεξάρτητη προδιάθεση καρκίνο του πνεύμονα (ή προστασίας) των γονιδίων καιρό ομόζυγη περιοχές. Πραγματοποιήσαμε i

ν σι

γονιδίωμα-ευρεία SNP-σειρά-με βάση την ανάλυση των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα του ευρωπαϊκού καταγωγή από την εξέταση-μελέτη κοόρτης PLCO για τον εντοπισμό περιοχών TOH μεταξύ 788 καρκίνο περιπτώσεις και 830 καταγωγή συμφωνημένα ελέγχους. Σύλλογος αναλύσεις Στη συνέχεια διεξήχθη μεταξύ παρουσία του καρκίνου του πνεύμονα και των κοινών (γ) TOHs (λειτουργικά ορίζεται ως 10 ή περισσότερα άτομα που μοιράζονται ≥100 πανομοιότυπα ομόζυγη κλήσεις), aTOHs (allelically αντιστοίχιση ομάδων εντός cTOH), τα δημογραφικά στοιχεία και καπνού έκθεσης. Τέλος, η ενσωμάτωση των σημαντικών c /aTOH με μεταγραφικό διεξήχθη σε λειτουργικά-χάρτη-γονίδια κινδύνου καρκίνο του πνεύμονα. Μετά τον έλεγχο για τα δημογραφικά στοιχεία και το κάπνισμα, εντοπίσαμε 7 cTOHs και 5 aTOHs που σχετίζονται με τον καρκίνο του πνεύμονα (προσαρμοσμένο σ & lt? 0,01). Τρεις cTOHs ήταν υπερεκπροσωπούνται σε περιπτώσεις κατά τους ελέγχους (OR = 1,75 – 2,06, p = 0,007 – 0,001), ενώ 4 είχαν υποεκπροσωπούνται (OR = 0,28 – 0,69, p = 0,006 – 0,001). παρατηρήθηκε αλληλεπίδραση μεταξύ του καπνίσματος και της cTOH3 /aTOH2 (2p16.3-2p16.1) (προσαρμοσμένο p & lt? 0,03). Οι υπόλοιπες σημαντικές aTOHs έχουν ΕΑΠ 0,23 – 0,50 (p = 0,004 – 0,006) και 2,95 – 3,97 (p = 0,008 – 0,001). Μετά την ενσωμάτωση σημαντικών cTOH /aTOHs με δημόσια διαθέσιμα σύνολα δεδομένων μεταγραφικό καρκίνο του πνεύμονα που ακολουθείται από το φιλτράρισμα με βάση τον καρκίνο του πνεύμονα και των σχετικών οδών της αποκάλυψε 9 υποθετικό γονίδια που προδιαθέτουν (p & lt? 0,0001). Εν κατακλείδι, διαφορικά-διανέμεται cTOH /aTOH γονιδιωματικής παραλλαγές μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων λιμάνι σύνολα εύλογες διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια που αντιπροσωπεύουν την πολυπλοκότητα της προδιάθεσης καρκίνο του πνεύμονα

Παράθεση:. Orloff MS, Zhang L, Bebek G, Eng C (2012) Ολοκληρωμένες Γονιδιωματική ανάλυση αποκαλύπτει Επέκταση βλαστικής σειράς ομοζυγωτισμός με καρκίνο του πνεύμονα κινδύνου στο PLCO Cohort. PLoS ONE 7 (2): e31975. doi: 10.1371 /journal.pone.0031975

Συντάκτης: Amanda Ewart Toland, Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Οχάιο Medical Center, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 10 Οκτ 2011? Αποδεκτές: 16 Γενάρη του 2012? Δημοσιεύθηκε: 27 Φεβρουαρίου 2012