Αφηρημένο

Ιστορικό

Η πολυπλοκότητα του ανθρώπινου proteome πλάσματος αποτελεί μια σημαντική πρόκληση για την ανακάλυψης βιοδεικτών. Πρωτεομική ανάλυση των γενετικά μοντέλα ποντικών του καρκίνου και απομονώθηκαν καρκινικά κύτταρα και κυτταρικές σειρές παρέχουν εναλλακτικές μεθόδους για την ταυτοποίηση των πιθανών δεικτών καρκίνου που θα ήταν ανιχνεύσιμη σε ανθρώπινο αίμα χρησιμοποιώντας ευαίσθητες δοκιμασίες. Ο στόχος αυτής της εργασίας είναι να αξιολογήσει τη χρησιμότητα της ενσωμάτωσης στρατηγικής για τη χρήση αυτών των δύο προσεγγίσεων για την ανακάλυψη βιοδεικτών.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Ερευνήσαμε μια στρατηγική που συνδύαζε ποσοτική πρωτεομική ενός ωοθηκών πλάσμα μοντέλο ποντικού καρκίνου με ανάλυση των πρωτεϊνών που εκκρίνονται ή αποβάλλεται από ανθρώπινα καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών. Από 106 πρωτεΐνες του πλάσματος προσδιορίζονται με αυξημένα επίπεδα σε ποντικούς που φέρουν όγκο, 58 είχαν επίσης εκκρίνονται ή αποβάλλεται από τα καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών. Το υπόλοιπο αποτελείται κυρίως από πρωτεΐνες του ξενιστή-απόκρισης. Από 25 πρωτεΐνες που εντοπίζονται στην μελέτη που δοκιμάστηκαν, 8 ως επί το πλείστον εκκρινόμενες πρωτεΐνες κοινά σε πλάσμα ποντικού και ανθρώπινα καρκινικά κύτταρα ήταν σημαντικά ρυθμισμένη προς τα πάνω σε ένα σύνολο πλασμάτων από ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών. Πέντε από τους οκτώ πρωτεϊνών επιβεβαιώθηκαν να ρυθμίζεται προς τα πάνω σε ένα δεύτερο ανεξάρτητο σύνολο των πλασμάτων του καρκίνου των ωοθηκών, συμπεριλαμβανομένης της νόσου πρώιμο στάδιο.

Συμπεράσματα /Σημασία

Ολοκληρωμένη πρωτεομική ανάλυση των μοντέλων και των ανθρωπίνων ποντίκι του καρκίνου καρκινικό κύτταρο του πληθυσμού παρέχει μια αποτελεσματική προσέγγιση για τον εντοπισμό δυνητικών κυκλοφορούν πρωτεϊνικών βιοδεικτών

Παράθεση:. Pitteri SJ, JeBailey L, facA VM, Thorpe JD, Silva MA, Ireton RC, et al. (2009) Ολοκληρωμένη πρωτεομική ανάλυση των ανθρώπινων κυττάρων του καρκίνου και πλάσμα από ποντίκια που φέρουν όγκο για καρκίνο των ωοθηκών βιοδεικτών Discovery. PLoS ONE 4 (11): e7916. doi: 10.1371 /journal.pone.0007916

Επιμέλεια: Alfred Nordheim, Πανεπιστήμιο Tuebingen, Γερμανία

Ελήφθη: 30 Ιουνίου 2009? Αποδεκτές: 26 Οκτωβρίου του 2009? Δημοσιεύθηκε: 19, Νοεμ 2009

Copyright: © 2009 Pitteri et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς επιθυμούν να αναγνωρίσουν NIH επιχορήγησης Spore, # P50 CA83636 και # P50 CA105009, το National Cancer Institute Πρώιμη Ανίχνευση Δίκτυο Έρευνας και Κανάριοι Ιδρύματος. Daniela Dinulescu είναι ένα Ίδρυμα V Μελετητής και υποστηρίζεται επίσης από την Burroughs Wellcome, Rivkin, των ωοθηκών Cancer Research, και τα Ιδρύματα Mary Kay Ash, των Dana-Farber Ινστιτούτο Καρκίνου Madeline Franchi και Moorman Awards, και τα μοντέλα ΝΙΗ ποντίκι του Human Cancer Consortium χορηγούν # U01 CA084301. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή οι

οι πρωτεΐνες ανιχνεύσιμες στον ορό και στο πλάσμα συνήθως επικαλούνται για την παρακολούθηση των ωοθηκών, του παγκρέατος, και η ανταπόκριση καρκίνο του παχέος εντέρου σε θεραπεία και την υποτροπή της νόσου μέσω της μέτρησης του CA125, ΟΑ19.9 και CEA αντίστοιχα. Επιπλέον, η διαλογή και η παρακολούθηση του καρκίνου του προστάτη επί του παρόντος βασίζεται εν μέρει σε μετρήσεις των επιπέδων PSA στο αίμα [1] – [3]. Η ανάπτυξη αποτελεσματικών στρατηγικών για την ταυτοποίηση των κυκλοφορούντων πρωτεϊνικών δεικτών που συμπληρώνουν ρεύμα δείκτες θα ήταν επωφελής [4]. Μια σειρά πρόσφατων μελετών του καρκίνου των ωοθηκών έχουν χρησιμοποιήσει πρωτεϊνωματική για τον εντοπισμό πρωτεϊνών σε ωοθηκών καρκινικά κύτταρα, ιστούς, και τα υγρά [5] – [9]. Τέτοιες μελέτες δείχνουν εκατοντάδες των πιθανών υποψηφίων λόγω της υπερέκφρασης, αλλά δεν δίνουν μια ένδειξη ως προς το εάν μπορεί να συμβεί αυξημένα επίπεδα στο αίμα των υποψήφιων πρωτεϊνών σε υποκείμενα με καρκίνο. Η ταυτοποίηση νέων δεικτών πρωτεΐνης που κυκλοφορεί μέσω των χαρακτηριστικών του πλάσματος αντιπροσωπεύει μια σημαντική πρόκληση. Παρά το γεγονός ότι το πλάσμα είναι ένα από τα πιο προσβάσιμα βιολογικά υλικά που περιέχει τεράστια συγκροτήματα των πρωτεϊνών και των συμπλοκών και παρουσιάζει σημαντική ανομοιογένεια μεταξύ και εντός των υποκειμένων που εμποδίζουν πρωτεομική ανάλυση των χαμηλών πρωτεϊνών αφθονίας [10]. Κατασκευασμένα μοντέλα ποντικών του καρκίνου που χαρακτηρίζεται από περιορισμένη ετερογένεια και ένα ευνοϊκό όγκο αναλογία μάζας σώματος σε αυτά, και απομονωμένοι πληθυσμοί κυττάρου όγκου που μπορεί να έχει προφίλ σε σημαντικό βάθος παρόν εναλλακτικές στρατηγικές για την αναγνώριση πιθανών δεικτών καρκίνου, κυρίως εκκρινόμενες πρωτεΐνες που μπορούν να υποβληθούν σε επικύρωση στο ανθρώπινο αίμα, χρησιμοποιώντας ευαίσθητες δοκιμασίες.

Έχουμε αναπτύξει διάφορα μοντέλα ποντικών του επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών [11]. Αυτά τα μοντέλα έχουν δημιουργηθεί με τη χρήση εντός του θυλάκου παράδοση των αδενο-Cre (AdCre) αδενοϊό μέσω του infundibulum σε γενετικά τροποποιημένα ποντίκια. Αυτή η μέθοδος ενεργοποιεί επιλεκτικά ογκογονίδια και αδρανοποιεί καταστολείς των όγκων μέσα από την επιφάνεια του επιθηλίου των ωοθηκών (ΟΣΕ), μια περιοχή προέλευσης των πολλών ανθρώπινων όγκων των ωοθηκών. Έχουμε στο παρελθόν στηρίχθηκε στις

LSL-K-ras

G12D /+

και

PTEN

ΙοχΡ /ΙοχΡ

όρους ποντικού στελέχη (εδώ αναφέρεται ως K-ras /ΡΤΕΝ) να αναπτύξει ένα μοντέλο ποντικού για καρκίνο των ωοθηκών [11] – [13]. Ένα δεύτερο μοντέλο που αναπτύχθηκε παράλληλα με εμάς και τους άλλους βασίζεται στη συνεργασία μεταξύ των οδών Wnt και PTEN (

APC

ΙοχΡ /LOX PTEN

ΙοχΡ /LOX

γενετικό συνδυασμό, αναφέρεται στο παρόν ως PTEN /APC) [14]. Και τα δύο μοντέλα παρουσιάζουν χαρακτηριστικά ενδομητριοειδές όγκων των ωοθηκών.

Έχουμε αναλάβει πρόσφατα πρωτεομική χαρακτηριστικών των πληθυσμών του καρκίνου των ωοθηκών κυττάρων συμπεριλαμβανομένων κυτταρικών σειρών και φρέσκα κύτταρα όγκου εμπλουτίζονται από υγρό ασκίτη, που είχε ως αποτέλεσμα την ταυτοποίηση πολλών χιλιάδων πρωτεϊνών και διαλευκανθεί η ρεπερτόριο των πρωτεϊνών που εκφράζονται στην επιφάνεια των κυττάρων και πρωτεϊνών που απελευθερώνονται στο εξωκυττάριο περιβάλλον [15]. ανάλυση proteome έχει αποκαλύψει σκόρπισμα των εξω-κυτταρικών τομείς και ιδιαίτερα δυναμικές διαδικασίες της έκκρισης της πρωτεΐνης. Εδώ έχουμε εφαρμόσει μια διεξοδική ποσοτική πρωτεομική προσέγγιση [16] – [18] για την ανάλυση των αλλαγών στις πρωτεΐνες του πλάσματος σχετίζονται με την ανάπτυξη του όγκου σε ένα PTEN ωοθηκών μοντέλο K-ras /ποντίκι του καρκίνου για να καθορίσει τη συμμετοχή τους στα μονοπάτια και τα δίκτυα και τους αλληλογραφία με τις πρωτεΐνες που εκφράζονται ή απελευθερώνονται από ανθρώπινα καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών. Τυφλές ανάλυση των ανθρώπινων δειγμάτων έγινε για να καθοριστεί ποια δοκιμάστηκαν πρωτεϊνών από τα ολοκληρωμένα δεδομένα καρκινικών κυττάρων και πλάσμα ποντικού έδωσε στατιστικά σημαντικές αυξήσεις στα επίπεδα τους σε περιπτώσεις καρκίνου των ωοθηκών σε σχέση με τους μάρτυρες. Ένα υποσύνολο πρωτεΐνη που αντιπροσωπεύει κυρίως πρωτεΐνες που εκκρίνονται από το συνδυασμένο πλάσμα ποντικού και ανθρώπου πρωτεομικά δεδομένα καρκινικών κυττάρων απέδωσε σημαντικές διαφορές στα επίπεδα μεταξύ πλασμάτων από ασθενείς καρκίνο των ωοθηκών και πλασμάτων από άτομα ελέγχου.

Αποτελέσματα

Ποσοτική Plasma Αλλαγές πρωτεΐνης παρατηρούνται σε καρκίνο των ωοθηκών μοντέλο ποντικού

ένα σύνολο δειγμάτων πλάσματος από AdenoCre μολυσμένα K-ras /PTEN ποντίκια (n = 5) και μια πισίνα από ένεση ελέγχους αδενο-άδειο (n = 5) ήταν υποβάλλεται σε ποσοτική πρωτεομική ανάλυση για τον προσδιορισμό διαφορών στα επίπεδα πρωτεϊνών του πλάσματος. Ξεχωριστές δεξαμενές πλάσματος από περιπτώσεις και μάρτυρες υποβλήθηκαν σε ανοσοεξάντληση προς απομάκρυνση άφθονες πρωτεΐνες του πλάσματος, ακολουθούμενη από διαφορική ισοτοπική επισήμανση για τη διάκριση περιπτώσεων καρκίνου από τους ελέγχους. Τα δείγματα αναμίχθηκαν και στη συνέχεια υποβάλλεται σε ανέπαφη πρωτεΐνη κλασμάτωση με ανταλλαγή ιόντων ακολουθούμενη από χρωματογραφία ανάστροφης φάσης. Πρωτεΐνες στις επιμέρους κλάσματα που συλλέχθηκαν ενζυματικώς πέψη και υποβλήθηκαν σε απευθείας σύνδεση LC-MS /MS για την ταυτοποίηση και τον ποσοτικό προσδιορισμό της πρωτεΐνης (Σχήμα 1). Ένα χαρακτηριστικό της πλατφόρμας IPAS είναι ότι εκτεταμένη κλασματοποίηση επιτρέπει de-συμπλοκοποίηση των δειγμάτων σε επί μέρους κλάσματα που επιτρέπουν την ταυτοποίηση και τον ποσοτικό προσδιορισμό των πρωτεϊνών που υπάρχουν στο πλάσμα πάνω από 6-7 τάξεις μεγέθους [16], [19]. Μια προηγούμενη μελέτη με τη χρήση αυτής της προσέγγισης έχει δείξει ότι η ποσοτική ανάλυση των μεταβολών της πρωτεΐνης μπορεί να προσδιοριστεί με αξιοπιστία [18]. Σε αυτή τη μελέτη, περίπου 1.725.000 φάσματα μάζας συνελέγησαν και αναλύθηκαν. 1031 μοναδικές πρωτεΐνες ταυτοποιήθηκαν με υψηλή εμπιστοσύνη (Πίνακας S1). 106 πρωτεΐνες ρυθμίζεται προς τα πάνω κατά 1,5 φορές ή μεγαλύτερη (ρ-τιμή & lt? 0,05) (Πίνακας S2). Η πλειοψηφία (57%) των πρωτεϊνών που περιέχονται αυξητικά ένα πεπτίδιο σήμα για έκκριση, ενώ το 17% περικλείονται σε αντίστοιχη αλληλουχία γονιδίου τους ένα πεδίο trans-μεμβράνης. 28% των πρωτεϊνών ρυθμίζεται αυξητικά είχαν προηγουμένως εντοπιστεί σε πρωτεώματος των χαρακτηριστικών των ηπατικού ιστού ποντικού, μια σημαντική πηγή πρωτεϊνών πλάσματος [20], [21]. 9% δεν είχε καμία ανθρώπινη ορθόλογο όπως προσδιορίζεται με βάση τη βάση δεδομένων Mouse Genome [22]. Σε αντίθεση, 36 πρωτεΐνες μειωτικά 1,5-πλάσια ή μεγαλύτερη (ρ-τιμή & lt? 0,05). (Πίνακας S3) συμπεριλαμβανομένων εκκρινόμενες πρωτεΐνες με 8 αντιπροσωπεύουν πρωτεΐνες προηγουμένως προσδιορίζονται στην ηπατικού ιστού ποντικού

Μια σχηματική παράσταση της ροής εργασίας που χρησιμοποιείται στην αυτή η μελέτη. Πισίνες ελέγχου και το πλάσμα του καρκίνου από το μοντέλο ποντικού K-ras /PTEN για πρώτη φορά ανοσολογικά να αφαιρέσετε άφθονες πρωτεΐνες και στη συνέχεια επισημαίνονται με D0- και D3- ισότοπα ακρυλαμιδίου να διακρίνει τον καρκίνο από τον έλεγχο. Οι πισίνες αναμίχθηκαν και υποβλήθηκαν σε εκτεταμένη ανέπαφη πρωτεΐνη κλασματοποίηση με ανταλλαγή ανιόντων, ακολουθούμενη από χρωματογραφία ανάστροφης φάσης. Μετά τρυπτική πέψη, τα δείγματα υποβλήθηκαν σε φασματομετρία μάζας υψηλής ανάλυσης και καραμπίνα ανάλυση LC-MS /MS για την ταυτοποίηση πρωτεϊνών και ποσοτικοποίηση. Μετά στατιστική ανάλυση και την εξόρυξη δεδομένων, ρυθμίζεται αυξητικά πρωτεΐνες στο πλάσμα ποντικού συγκρίθηκαν με τα δεδομένα που προκύπτουν καρκινικά κύτταρα /καρκινική κυτταρική σειρά ανθρώπινου ασκίτη. Επιπλέον, η ανάλυση μονοπάτι χρησιμοποιήθηκε για να προσδιοριστεί σημαντικές βιολογικές οδούς και διεργασίες. Η έκφραση των σχετικών απορυθμίζεται πρωτεϊνών περαιτέρω επικυρωθεί σε ποντίκια και ανθρώπινους όγκους και πλάσματος.

Η

Συγκριτική ανάλυση των όγκων Έχοντας Mouse Plasma και Ανθρωπίνων ωοθηκών κυττάρων όγκου των πρωτεϊνών

Είμαστε σε σύγκριση πλάσμα ποντικού δεδομένα με δεδομένα από μια εκτεταμένη πρωτεομική μελέτη των τριών ανθρώπινων καρκινικών κυτταρικών γραμμών ωοθηκών (OVCAR3, Caov3, και ES2) και των καρκινικών κυττάρων από υγρό ασκίτη που λαμβάνεται από ένα ασθενή με καρκίνο των ωοθηκών [15]. Οι κυτταρικές σειρές αποτελούνταν από δύο φτωχά διαφοροποιημένα αδενοκαρκινώματα ορώδες (OVCAR3, Caov3) και ένα σαφές καρκίνωμα (ES2). Οι ασκίτες προερχόμενα κύτταρα όγκου συλλέχθηκαν από έναν ασθενή με καρκίνο των ωοθηκών ορώδης. Τα κύτταρα ισότοπα επισημαίνονται στην καλλιέργεια χρησιμοποιώντας SILAC [23] για να επιτρέψει διαπίστωση της κυτταρικής προέλευσης των πρωτεϊνών που προσδιορίζονται στα μέσα ενημέρωσης. Με τη σύγκριση των πρωτεϊνών του πλάσματος ρυθμίζεται αυξητικά ποντικού με τη λίστα των πρωτεϊνών εμπλουτισμένα στην επιφάνεια ή εκκρίνεται κυτταρικών διαμερισμάτων από ανθρώπινα καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών (Πίνακας S2), 55% (58/106) των απορυθμίζεται πρωτεϊνών σε πλάσμα ποντικού βρέθηκαν να απελευθερωθεί από ωοθηκών τα καρκινικά κύτταρα μέσω της έκκρισης ή εκπέμπουν ή εμπλουτισμένο στο διαμέρισμα επιφάνεια της ωοθήκης καρκινικό κύτταρο. Προηγουμένως περιγράφηκε υποψήφιος δείκτες για τον καρκίνο των ωοθηκών που προσδιορίζονται τόσο στο πλάσμα ποντικού και ωοθηκικών καρκινικών κυττάρων (Πίνακας S4), που περιλαμβάνεται WFDC2 (HE4), IGFBP2, και LCN2. Η ισορροπία των πρωτεϊνών που δεν προσδιορίζονται σε καρκινικές κυτταρικές ωοθηκών αναλύσεις αποτελούνταν κυρίως από φλεγμονώδη και ανοσολογική πρωτεΐνες που σχετίζονται με απόκριση. Είναι ενδιαφέρον ότι, αν και η K-ras /ΡΤΕΝ μοντέλο έχει τα χαρακτηριστικά γνωρίσματα του ενδομητριοειδές καρκίνο των ωοθηκών, τα δεδομένα πρότειναν ότι ρυθμίζεται προς τα πάνω εκκρινόμενων πρωτεϊνών που προσδιορίζονται στο πλάσμα ποντικού με την ανάπτυξη των όγκων ήταν πιο ευρέως αντιπροσωπευτική των άλλων καρκίνου των ωοθηκών ιστολογική υπότυπους, δεδομένου ότι οι ανθρώπινες κυτταρικές σειρές και ασκίτη που προέρχονται καρκινικά κύτταρα προέκυψαν από θηλώδη αδενοκαρκίνωμα, σαφείς κυττάρων και ορώδες υποτύπους αντίστοιχα [24], [25].

Εκτός από τις ποσοτικές καρκίνο προς έλεγχο αναλογίες για τις πρωτεΐνες που παρουσιάζονται, αρκετές πρωτεΐνες είχαν επισημασμένα πεπτίδια ανιχνεύονται μόνο με η βαριά μορφή του ακρυλαμιδίου, που αντιπροσωπεύουν «καρκίνος-only» πεπτίδια. Από τις 106 πρωτεΐνες πάνω ρυθμισμένα σε πλάσμα ποντικού IPAS, 33 πρωτεΐνες είχαν επιπλέον καρκίνο μόνο πεπτίδια που αναγνωρίζονται (Πίνακας S2), περαιτέρω επιβεβαιώνουν τα επάνω ρυθμισμένη κατάσταση τους. Επιπλέον, επτά πρωτεΐνες: Cacna1c, Vcl, Fcgbp, ΜΜΡ19, Lyz2, Eef1a1 και Gapdhs είχαν καρκίνο μόνο πεπτίδια (Πίνακας S2). Vcl δρα ως πρωτεΐνη σύνδεσης στην εστιακή προσκόλληση και έχει μελετηθεί στο πλαίσιο του καρκίνου [26]. ΜΜΡ19, μέρος της οικογένειας μεταλλοπρωτεϊνάσης που εμπλέκονται στον καρκίνο, έχει αναφερθεί ότι επάγουν τη μετανάστευση των επιθηλιακών κυττάρων, παίζει έναν σημαντικό ρόλο στην πρώιμη φάση του καρκίνου [27]. Μέλη της οικογένειας Eef1a έχουν αναφερθεί ως πιθανές ογκογονίδια υπερεκφράζεται στον καρκίνο των ωοθηκών [28], [29].

Βιολογικές Λειτουργίες και Δικτύων μεταξύ απορυθμίζεται Πρωτεΐνες στο ποντίκι Plasma

ανάλυση δρόμος έγινε σε τον προσδιορισμό των βιολογικών διαδικασιών που συμβάλλουν αλλαγές στο proteome πλάσμα με την ανάπτυξη των όγκων των ωοθηκών, και να διερευνήσουν οδούς για τις πρωτεΐνες που παρουσιάζουν ενδιαφέρον για την κατανόηση των διεργασιών που συμμετέχουν. Βασιστήκαμε σε δύο εργαλεία μονοπάτι προς αυτή την κατεύθυνση, εφευρετικότητα και MetaCore GeneGo του. Αρχική ανάλυση μονοπάτι του καταλόγου των 106 απορυθμίζεται πρωτεϊνών χρησιμοποιώντας το υπολογιστικό εργαλείο πρόβλεψης του δικτύου γονιδίων, Ingenuity Pathways Analysis, κατηγοριοποιούνται τις πρωτεΐνες σε βιολογικές λειτουργίες. Τριάντα πρωτεΐνες που συνδέονται με τη φλεγμονή (ρ = 1,30 × 10

-6). Καρκίνο του αναγνωρίστηκε ως μια σημαντική εξέλιξη της νόσου (p = 3,71 × 10

-5) σε σχέση με όλες τις πρωτεΐνες που εντοπίζονται, να αντιπροσωπεύονται από 52 σχετικές πρωτεΐνες από αυτή τη λίστα. Είναι ενδιαφέρον, γονίδια για 11 πρωτεΐνες που συνδέονται ως ομάδα με καρκίνο των ωοθηκών (p = 1,41 × 10

-3) (CFH, CLU, IFI30, IGFBP2, IGFBP4, LCN2, ΜΜΡ2, POSTN, TFF3, TNFRSF9, HE4 (WFDC2 .) HE4, ένας γνωστός δείκτης υποψήφιος για τον καρκίνο των ωοθηκών [30], [31] ρυθμίζεται αυξητικά (8,8 φορές p & lt?. 0,001) στο σύνολο δεδομένων πλάσμα ποντικού Ορισμένες πρωτεΐνες από αυτή τη λίστα έχουν επίσης εντοπιστεί σε μελέτες όγκων ως κλινική έκβαση προγνωστικοί παράγοντες (Νοέμβριος, CLU TNC, POSTN, IGFBP2, LCN2) ή μεσολαβητών της αντίστασης στη χημειοθεραπεία (CLU, FBLN1, THBS, STIP1, PTGES3, IGFBP4, ATOX1) [32] – [45].

58 οι 106 ρυθμίζεται αυξητικά πρωτεΐνες στην ανάλυση πλάσμα ποντικού βρέθηκαν να εμπλουτίζεται στην επιφάνεια ή εκκρίνεται υπο-κυτταρικά διαμερίσματα των καρκινικών κυττάρων των ωοθηκών. Pathway ανάλυση αυτών των 58 πρωτεΐνες που ταυτοποιούνται τέσσερα σημαντικά δίκτυα που χρησιμοποιούν Ingenuity (Σχήμα 2 και Σχήμα S1) και πέντε δίκτυα με ροή εργασίας MetaCore (Εικόνα S2). Οι πιο διαδεδομένες μέθοδοι επισημαίνονται στα δίκτυα Ingenuity περιλαμβάνονται ανάπτυξη του όγκου, τον κυτταρικό πολλαπλασιασμό και την απόπτωση, τη ρύθμιση της μικροπεριβάλλον του όγκου, αγγειογένεση, κυτταρική μετανάστευση, εισβολή και μετάσταση (Πίνακας S5). Μια πρόσθετη αξιολόγηση χρησιμοποιώντας εργαλεία εμπλουτισμού MetaCore σε όλη οντολογίες GeneGo και Gene Ontology (Σχήμα S2, S3 Εικόνα, Πίνακας S6) επιβεβαίωσε την προσκόλληση των κυττάρων, τον πολλαπλασιασμό, την ανάπτυξη και την εξωκυττάρια μήτρα αναδιαμόρφωση ως σημαντική εκπροσωπείται διαδικασίες. Τα δύο κορυφαία δίκτυα που δημιουργούνται από Ingenuity υπογραμμίζουν τη σημασία του TGFβ-μεσολάβηση ρύθμιση του κυτταρικού πολλαπλασιασμού, του μεταβολισμού και του κυτταροσκελετού αναδιαμόρφωση (Σχήμα 2, Πίνακας S5), συμπληρώνοντας τα αποτελέσματα εμπλουτισμού MetaCore (Σχήμα S3). Εκτός από ΤΟΡβ, άλλες κεντρικές κόμβους (τόσο με εφευρετικότητα και MetaCore) περιλαμβάνουν ΜΜΡ2, p38MAPK, NFkB, και RAS, όλα είναι γνωστό ότι είναι σημαντικό για τον καρκίνο των ωοθηκών [46], [47]. ανάλυση μονοπατιού των 48 πρωτεϊνών που βρέθηκαν να είναι προς τα πάνω ρυθμισμένη σε πλάσμα ποντικού με την ανάπτυξη του όγκου, αλλά δεν αναγνωρίζονται ως εκκρινόμενες πρωτεΐνες ή επιφανειακής μεμβράνης σε καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών απέδωσε τρία σημαντικά δίκτυα με Ingenuity (Σχήμα S4, S5 Πίνακα). Ο κατάλογος περιλαμβάνει υποθετικό φλεγμονώδεις πρωτεΐνες, όπως απτοσφαιρίνης (HP), S100A8, και CCL8. Η κατηγοριοποίηση των απορυθμίζεται πρωτεϊνών στο πλάσμα βασίζονται σε εμπλουτισμό σε καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών υποκλάσματα παρέχεται ένα μέσο για την εκτίμηση που ρυθμίζεται αυξητικά πρωτεΐνες στο πλάσμα ήταν πιο πιθανό προέρχονται από τα καρκινικά κύτταρα, και οι οποίες πρωτεΐνες είχαν περισσότερες πιθανότητες που σχετίζονται για να φιλοξενήσει-απόκρισης.

Επάνω δύο δίκτυα (Α, Β) αποδίδεται από Ingenuity Pathway Ανάλυση για απορυθμίζεται πρωτεΐνες στο πλάσμα ποντικού που είχαν επίσης εμπλουτισμένο σε δεδομένα καρκινική κυτταρική σειρά. Κεντρική κόμβοι περιλαμβάνουν ΤΟΡβ, ΡΙ3Κ, ΜΜΡ-2, Ras, και ΜΑΡΚ. Πρωτεΐνες χρωματισμένο με κόκκινο χρώμα αντιπροσωπεύουν απορυθμίζεται πρωτεΐνες και μη χρωματισμένα πρωτεΐνες αυτές που έχουν ανατεθεί από Ingenuity βάσεις δεδομένων όσο το δυνατόν ενδιάμεσο αλληλεπιδράσεις ως βάση για τη βάση δεδομένων εφευρετικότητα. Συμπαγείς γραμμές υποδεικνύουν άμεσες σχέσεις (δύο μόρια κάνουν σωματική επαφή) και διακεκομμένες γραμμές δείχνουν έμμεσες σχέσεις (δεν απαιτεί φυσική επαφή). Οι βαθμολογίες για Α) και Β) είναι 51 και 24 αντίστοιχα.

Η

Ανάλυση ανοσοκηλιδώσεως ποντικού και ανθρώπου Δείγματα

Ένα σύνολο από πρωτεΐνες που προσδιορίζονται σε καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών και βρέθηκε να ρυθμίζεται αυξητικά σε πλάσμα από ποντίκια που φέρουν όγκο, TIMP1, LCN2, IGFBP2, PFN1, SPARC, EEF1B2, CLU, και FBLN2, επιλέχθηκαν για ανάλυση ανοσοκηλιδώσεως με τη χρήση του ιστού του όγκου που συλλέγονται από τα μοντέλα ποντικού, ρυθμισμένο μέσο από κυτταρικές γραμμές ανθρώπινου καρκίνου των ωοθηκών, και πρωτογενείς όγκους των ωοθηκών από ανθρώπινα υποκείμενα. Αυξημένα επίπεδα πρωτεΐνης για Timp1, Lcn2, IGFBP2, Pfn1, και Sparc παρατηρήθηκαν σε ιστούς ωοθηκών όγκου που απομονώθηκε από Κ-ras /ΡΤΕΝ (Σχήμα 3Α) και ΡΤΕΝ /Αρο (Σχήμα 3Β) ωοθηκών μοντέλα ποντικών καρκίνο σε σύγκριση με τον έλεγχο λύματα ιστό. Ομοίως, ο εμπλουτισμός σε TIMP1, LCN2, IGFBP2, PFN1, SPARC, EEF1B2, CLU, και FBLN2 παρατηρήθηκε σε ρυθμισμένα μέσα (CM) συλλέγεται από κυτταρικές σειρές καρκίνου των ωοθηκών προέρχεται από ορώδες αδενοκαρκινώματα (OVCAR-3, SKOV3, Caov3, OVCAR-5 , OVCAR-8), καρκίνωμα ενδομητριοειδές (TOV112D), σαφείς κυττάρων καρκινώματος (ES-2, IGROV1) σε σύγκριση με ρυθμισμένο μέσο που προέρχεται από ανθρώπινο επιφανειακό επιθήλιο των ωοθηκών (εύκαμπτος σωλήνας, Εικόνα 3C). Επιπλέον, τα επίπεδα έκφρασης του TIMP1, LCN2, PFN1, IGFBP2, SPARC, EEF1B2, CLU, και FBLN2 ήταν αυξημένα σε λύματα όγκων των ωοθηκών σε σχέση με τον έλεγχο των ιστών που παρελήφθη πρόσφατα από ασθενείς που υποβάλλονται σε χειρουργική επέμβαση (Σχήμα 3D).

Protein επίπεδα TIMP1, LCN2, PFN1, IGFBP2, SPARC, EEF1B2 και CLU προσδιορίστηκαν από την ακόλουθη: (A) κανονικό ιστό των ωοθηκών (Ν) και των ωοθηκών (Τ) απομονώθηκαν από το K-ras /ΡΤΕΝ, ή (Β) PTEN /μοντέλο ποντικού APC της καρκίνο των ωοθηκών, (C) ρυθμισμένου μέσου (CM) από φυσιολογικά γραμμές ανθρώπινα κύτταρα επιφανειακό επιθήλιο (ΣΩΛΗΝΑ) και καρκινικών κυττάρων των ωοθηκών γραμμές και (D) ανθρώπινα πρωτογενή ιστούς (ΗΡΤ): φυσιολογικό ιστό ωοθηκών (Ν) και των ωοθηκών όγκων (Τ). Για τα παρασκευάσματα ποντίκι, προϊόντα λύσης ιστού παρασκευάστηκαν από φυσιολογικές ωοθήκες και όγκων που λαμβάνονται από το ίδιο ζώο (Α-ϋ) μαζί με τέσσερις-πέντε όγκους από ξεχωριστά ζώα (e-i). Για πρωτογενή όγκου (ΗΡΤ) δείγματα ανθρώπινου, προϊόντα λύσης ιστού παρασκευάστηκαν από 4 δείγματα όγκων σε συνδυασμό με τις αντίστοιχες φυσιολογικό ιστό τους από τον ίδιο ασθενή και 3 μόνων δείγματα όγκων, στην οποία δεν φυσιολογικά δείγματα ήταν διαθέσιμα. Τα δείγματα ασθενών έχουν ως εξής: Ο ασθενής # 14 είχε ανεξάρτητη διμερείς ορώδες οριακά όγκους στο αριστερό (TL) και δεξιά ωοθήκη (TR), οι όγκοι # 3, # 7 και # 15 είναι θηλώδες ορώδες καρκίνωμα, όγκος # 12 είναι ένα επιθηλιακό οριακά όγκου του Müllerian τύπου, με ενδοτραχηλικά βλεννώδες και ορώδες διαφοροποίηση, όγκου # 13 είναι σαφές καρκίνωμα, και του όγκου # 16 είναι ενδομητριοειδές αδενοκαρκίνωμα.

η

ELISA δοκιμασίες χρησιμοποιώντας το ποντίκι και Ανθρωπίνων πλάσματος

Δοκιμάσαμε περαιτέρω ένα υποσύνολο των πρωτεϊνών που βρίσκονται με φασματομετρία μάζας για να ρυθμίζεται προς τα πάνω στο πλάσμα από ποντίκια που φέρουν όγκο, για τα επίπεδα τους σε ανθρώπινο και ποντικού πλάσματος. Μπορούμε επίσης σύγκριση των επιδόσεων των πρωτεϊνών βρέθηκε να εκκρίνεται από τα καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών αλλά είτε δεν προσδιορίζονται στο πλάσμα ποντικού ή δεν βρέθηκε να είναι αυξημένα στο πλάσμα από ποντίκια που φέρουν όγκο. 25 πρωτεΐνες επιλέχθηκαν με βάση τη διαθεσιμότητα των δοκιμασιών ELISA. Για προσδιορισμούς ποντίκι, εκτιμήσαμε τα επίπεδα Timp1 και Lcn2 σε βιολογικά υγρά και πλάσμα από ποντίκια που φέρουν όγκο (στάδιο Ι /ΙΙ, η = 6? Σταδίου III /IV, η = 5? Ελέγχους, η = 18). επίπεδα Timp1 στο Στάδιο Ι /ΙΙ και σταδίου III /IV δείγματα αυξήθηκε 5,9-φορές (ρ & lt? 0,0001) και 9,5-φορές (ρ & lt? 0,0001) σε σύγκριση με τους μάρτυρες, αντιστοίχως (Σχήμα 4Α). Παρόμοια ευρήματα παρατηρήθηκαν για Lcn2 (Σχήμα 4Β). Εξετάσαμε περαιτέρω εάν Timp1 και Lcn2 εμπλουτίστηκαν σε ρευστό που εξάγεται από όγκους των ωοθηκών προχωρημένο στάδιο και σε περιτοναϊκή ασκίτη δεδομένης της εγγύτητας αυτών των υγρών προς τα καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών και η εκκρινόμενη φύση των πρωτεϊνών. επίπεδα Timp1 ήταν αυξημένα πάνω από 400-φορές και 250-φορές σε υγρό των ωοθηκών του όγκου και περιτοναϊκή ασκίτη σε σύγκριση με ποντικού πλάσματος, αντίστοιχα (Σχήμα 4C). Ομοίως, Lcn2 είχε ένα παρόμοιο μοτίβο με 79- και 19-φορές αυξημένα επίπεδα στο υγρό των ωοθηκών όγκου και περιτοναϊκή ασκίτη, αντίστοιχα (Σχήμα 4D), σύμφωνα με την ενεργό έκκριση τους σε περιβάλλοντα υγρά από τα καρκινικά κύτταρα.

TIMP1 και τα επίπεδα LCN2 σε μυϊκό πλάσμα σε διάφορα στάδια της εξέλιξης του όγκου προσδιορίστηκαν με ELISA όπως περιγράφεται στα Υλικά και Μέθοδοι (Α, Β). Επίσης παρουσιάζονται οι TIMP1 (C) και LCN2 (D) επίπεδα σε ρευστό ποντικού ωοθηκών όγκου και περιτοναϊκή ασκίτη σε σύγκριση με το πλάσμα. Η στατιστική σημαντικότητα προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας ένα δύο-ουρών Student t-test * ρ & lt? 0,05, ** p & lt? 0,01 και *** ρ & lt?. 0.0001 σε σύγκριση με τους μάρτυρες

Η

Οι 25 πρωτεΐνες που επιλέγεται για προσδιορισμούς σε ανθρώπινα πλάσματα ήσαν είτε: 1) επάνω ρυθμισμένο σε πλάσμα ποντικού, 2) που εκφράζεται από τα καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών, ή 3) και τα δύο επάνω ρυθμισμένο σε πλάσμα ποντικού και εκφράζεται από τα καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών. Το αρχικό σύνολο των ανθρώπινων πλασμάτων, εφεξής Σετ 1, αποτελούνταν από δείγματα πλάσματος από 13 γυναίκες με επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών (η = 3 πρώιμο στάδιο, η = 10 προχωρημένο στάδιο) και 56 υγιείς γυναίκες. Όλα τα δείγματα σε Set 1 συλλέχθηκαν στην κλινική, υπό μη χειρουργικές συνθήκες (Πίνακας S7). Τα αποτελέσματα της ανάλυσης από Set 1 συνοψίζονται στον Πίνακα S2, μαζί με τα δεδομένα του πλάσματος ποντικιού και κυτταρική γραμμή που χρησιμοποιείται για να επιλέξει τις πρωτεΐνες για τη δοκιμή. Τα επίπεδα των 8 από τους 25 πρωτεΐνες, GRN, IGFBP2, THBS1, RARRES2, TIMP1, PPBP, CD14, και NRCAM, βρέθηκαν να είναι στατιστικώς σημαντικά (ρ & lt? 0,05) είναι αυξημένα σε νεοδιαγνωσθέντες ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών σε σύγκριση με τους μάρτυρες (Πίνακας 1, Σχήμα 5).

Σετ 1, τα επίπεδα πρωτεΐνης σε ασθενείς με καρκίνο συγκρίθηκαν με τα επίπεδα στα υγιείς ελέγχους, με όλα τα δείγματα που συλλέχθηκαν στην κλινική υπό μη χειρουργικές συνθήκες. Στο σετ 2, τα επίπεδα πρωτεΐνης σε ασθενείς με καρκίνο συγκρίθηκαν με ελέγχους με όλα τα δείγματα που συλλέγονται στο χειρουργείο υπό χειρουργικές συνθήκες. λογιστική ανάλυση παλινδρόμησης χρησιμοποιήθηκε για τον προσδιορισμό στατιστική σημασία των αλλαγών στα επίπεδα της πρωτεΐνης μεταξύ υπόθεση και ελέγχου ομάδων. Για Set 2, οι ρ-τιμές για τα πρώιμα και όψιμα στάδια υπολογίστηκαν εάν η τιμή ρ ήταν σημαντική σε ολόκληρο το σύνολο 2 (όλες τις περιπτώσεις). * Ρ & lt? 0,05, ** ρ & lt? 0,01, και *** ρ & lt? 0,0001 για τις περιπτώσεις συγκριτικά με τους μάρτυρες. επίπεδα δείκτη ομαλοποιήθηκαν για να δώσουν υγιείς μάρτυρες μέση τιμή 0 και τυπική απόκλιση 1. Οι y-άξονες αντιπροσωπεύουν τα τυποποιημένα επίπεδα δείκτη.

Η

Είναι ενδιαφέρον, 5 από τα 8 πρωτεΐνες που βρίσκονται επάνω -regulated σε Σετ 1 (GRN, IGFBP2, THBS1, RARRES2, και TIMP1) έχουν εκκρινόμενες πρωτεΐνες από την διασταύρωση των δεδομένων πλάσμα ποντικού και καρκινικών κυττάρων. PPBP ήταν μια εκκρινόμενη πρωτεΐνη που βρίσκεται πάνω ρυθμισμένα στο πλάσμα ποντικού, αλλά όχι ανακαλύφθηκε στις καρκινικές κυτταρικές σειρές των ωοθηκών, ενώ CD14 και NRCAM ήταν κυτταρικής επιφάνειας πρωτεϊνών από τα κυτταρικές γραμμές καρκίνου των ωοθηκών, και δεν προσδιορίστηκαν ποσοτικά σε πλάσμα ποντικού.

Οι 8 πρωτεΐνες που έδειξαν στατιστικά σημαντικά αυξημένα επίπεδα της κατηγορίας 1 προσδιορισμοί δοκιμάστηκαν περαιτέρω σε ένα πρόσθετο σύνολο των δειγμάτων ανθρώπινου πλάσματος, εφεξής set 2. σετ 2 αποτελούνταν από δείγματα πλάσματος από 55 γυναίκες με επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών (n = 31 πρώιμο στάδιο, n = 23 προχωρημένο στάδιο, και η = 1 στάδιο άγνωστη) και 39 έλεγχοι υποβάλλονται σε χειρουργική επέμβαση. Όλα τα δείγματα σε Σετ 2 συλλέχθηκαν στο χειρουργείο υπό χειρουργικές συνθήκες (Πίνακας S7). Από τις 8 πρωτεΐνες που βρίσκονται σημαντικά σε Σετ 1, επιβεβαιώθηκαν να ρυθμίζεται προς τα πάνω σε Set 2 (Πίνακας 1, Σχήμα 5) 5 πρωτεΐνες (GRN, IGFBP2, RARRES2, TIMP1, και CD14). Αξίζει να σημειωθεί ότι όλα 5 των πρωτεϊνών στατιστικώς σημαντικά αυξημένα στα δείγματα πρώιμο στάδιο.

Από τους 25 πρωτεΐνες που δοκιμάστηκαν, δέκα είχε συγκλίνοντα ευρήματα σε πλάσμα ποντικού και τα δεδομένα κυτταρική γραμμή. Είναι ενδιαφέρον, πέντε πρωτεΐνες που ήταν παρόντες στη διασταύρωση των υποψηφίων από το πλάσμα του ποντικιού και στοιχεία για τον πληθυσμό των κυττάρων (GRN, IGFBP2, THBS1, RARRES2, και TIMP1), βρέθηκαν να υπερεκφράζονται σημαντικά σε Σετ 1 και τέσσερις από τις πέντε πρωτεΐνες επιβεβαιώθηκαν στην Σετ 2, με THBS1 ως εξαίρεση. συνθήκες συλλογής

Δείγμα μπορεί να επηρεάσει τα επίπεδα των κυκλοφορούντων πρωτεϊνών. Για παράδειγμα, ασθενείς που έχουν αίμα που κατά το χρόνο της χειρουργικής επέμβασης μπορεί να έχουν αυξημένα επίπεδα ορισμένων πρωτεϊνών, ως αποτέλεσμα του στρες [48]. Χρησιμοποιώντας μια μέθοδο που περιγράφηκε προηγουμένως [48], αξιολογήσαμε κατά πόσο τα επίπεδα της πρωτεΐνης διέφερε μεταξύ υπόθεση και ομάδες ελέγχου μετά την προσαρμογή για τις συνθήκες της συλλογής αίματος. Στα δείγματα που χρησιμοποιούνται για δοκιμασίες, επτά ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών είχαν αίμα αντλεί σε δύο χρονικά σημεία: πριν από τη χειρουργική επέμβαση, και κατά το χρόνο της χειρουργικής επέμβασης. Τα επίπεδα πρωτεΐνης στα δύο χρονικά σημεία για κάθε ασθενή που φαίνεται στο Σχήμα S5. αναλύσεις παλινδρόμησης πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση γενικευμένων εξισώσεις εκτίμησης μεθόδους (GEE) [48] για να εξηγήσει την συσχέτιση των επιπέδων πρωτεΐνης των 7 γυναίκες με δύο συλλογές του αίματος, και να δώσει ρ-τιμές που είναι αμερόληπτη από την πολλαπλή αίμα αντλεί από τις ίδιες τις γυναίκες (Πίνακας S8). Μετά από προσαρμογή για τους όρους της κλήρωσης του αίματος, οι πέντε πρωτεΐνες προηγουμένως διαπίστωσε σημαντικές σε Σετ 1 και Σετ 2 λογιστική ανάλυση παλινδρόμησης, βρέθηκαν επίσης σημαντικές στο μοντέλο GEE για την περίπτωση έναντι υγιών σύγκριση έλεγχο. Για ένα δευτερεύον μοντέλο Gee, ο συντελεστής για τις συνθήκες κλήρωση του αίματος καθορίστηκαν από την πρώτη ανάλυση GEE για την αποφυγή μεροληψίας από την επανατοποθέτηση. Η δεύτερη ανάλυση περιορίστηκε σε δείγματα που συλλέχθηκαν κατά τη χειρουργική επέμβαση και όλοι οι 5 πρωτεΐνες που βρίσκονται σημαντικά στην πρώτη ανάλυση ήταν σημαντική στην περίπτωση εναντίον μη περίπτωση, στις αρχές περίπτωση έναντι μη περίπτωση, και αργά υπόθεση εναντίον μη υπόθεσης σύγκρισης. Αυτά τα αποτελέσματα υποστηρίζουν τα ευρήματα από τη λογιστική παλινδρόμηση και δείχνουν ότι IGFBP2, TIMP1, RARRES2, CD14, και GRN είναι αυξημένα σε όλες τις περιπτώσεις σε σχέση με τον έλεγχο και κυρίως στις αρχές περιπτώσεις σε σύγκριση με τους μάρτυρες.

GRN έχει περιγραφεί ως ένα υποθετικό νέο παράγοντα ανάπτυξης για τον καρκίνο των ωοθηκών, και βρέθηκε να είναι εξαιρετικά εκκρίνονται από τα καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών [49]. Αυξημένα επίπεδα GRN και RARRES2 σε πλάσμα από ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών, τόσο στην πρώιμη και οι περιπτώσεις όψιμου σταδίου αποτελούν μια νέα ευρήματα σε αυτή τη μελέτη. CD14, και IGFBP2 έχουν προηγουμένως δοκιμάστηκαν σε ορό από ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών [37], [50], [51]. Είχαν σημαντικά αυξημένα σε αυτή τη μελέτη σε πλάσμα ποντικού και εμπλουτισμένο στο εκκρινόμενη πρωτεΐνη κλάσμα κυτταρικών σειρών καρκίνου των ωοθηκών. Η διαπίστωση του ενδιαφέροντος στη μελέτη μας είναι η εμφάνιση των αυξημένων επιπέδων της IGFBP2 και CD14 στα ασθένειας σε πρώιμο στάδιο. TIMP1 εκτελούνται επίσης έδειξαν αυξημένα επίπεδα και στις δύο πρώιμη και όψιμη περιπτώσεις στάδιο. δεδομένων γραμμή κυττάρων έδειξαν ότι TIMP1 απελευθερώθηκε από καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών σε νανογραμμάρια ανά εκατομμύριο καρκινικά κύτταρα ανά ώρα [18], η οποία θα ευθύνονται για τα αυξημένα επίπεδα σε δείγματα ανθρώπινου ωοθηκών ασθενή με καρκίνο.

Συζήτηση

Υπάρχει είναι σήμερα περιορισμένη κατανόηση των αλλαγών στις πρωτεΐνες του πλάσματος που συμβαίνουν με την ανάπτυξη των όγκων των ωοθηκών και για τους περισσότερους τύπους όγκων γενικά [52], [53]. Η ανακάλυψη νέων δεικτών πλάσματος έχει αντιπροσώπευε μια σημαντική πρόκληση, ιδιαίτερα για τους δείκτες που εφαρμόζονται σε αρχικό στάδιο της νόσου. Ανάλυση των υψηλών διαστάσεων γονιδιωματικής, transcriptomic ή πρωτεομική δεδομένων επιτρέπει την πληγείσα μονοπάτια, τα δίκτυα και οι κόμβοι σηματοδότησης που πρέπει να διερευνηθούν [53], [54]. Η παρούσα μελέτη παρέχει ενδείξεις για τη χρησιμότητα της ενσωμάτωσης στοιχείων από διεξοδική ποσοτική ανάλυση πρωτεώματος της μοντέλα ποντικών του καρκίνου με δεδομένα από ανθρώπινα καρκινικά κύτταρα για την ταυτοποίηση βιοδεικτών. Εδώ χρησιμοποιήσαμε ένα μοντέλο ποντικού του επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών σε συνδυασμό με την πρωτεομική πλατφόρμα IPAS να μας επιτρέψει να εκτιμήσει αξιόπιστα και να ποσοτικοποιηθούν οι αλλαγές που περιλαμβάνει πρωτεΐνες χαμηλής αφθονίας στο πλάσμα του ποντικιού με την ανάπτυξη του όγκου [53]. Ενσωμάτωση με δεδομένα από ανθρώπινες καρκινικές κυτταρικές σειρές των ωοθηκών παρέχεται ένα μέσο για την εκτίμηση που ρυθμίζεται αυξητικά πρωτεΐνες εκφράστηκαν σε καρκινικά κύτταρα. προσδιορίστηκαν επιπλέον κόμβους σηματοδότησης που συνέβαλαν ρυθμίζεται προς τα πάνω τις πρωτεΐνες του πλάσματος. Ως αποτέλεσμα, οι πρωτεΐνες που πιθανόν προέκυψε από φλεγμονώδεις και ανοσολογικές μεταβολές ανταπόκρισης ήταν διακρίνεται από πρωτεΐνες οι οποίες πιο πιθανό αποτέλεσμα την έκκριση από κύτταρα όγκου ή από ογκογόνο διεργασίες. Οι αλλαγές στο μικροπεριβάλλον του όγκου και της ECM που συνδέονται με αυτοκρινείς ρύθμιση. Οι πρωτεΐνες ECM έχουν προηγουμένως ταυτοποιηθεί ως γονίδια ωοθηκών μετάστασης καρκίνου υπογραφή [55], [56]. Αλλαγές στο κυτταροσκελετό παρατηρήθηκαν συμπεριλαμβανομένων κυτταροσκελετικών μεσολάβηση μετανάστευση, προσκόλληση, και εισβολή. Τέλος, παρατηρήθηκαν και ενσωματώθηκαν κυτταρική απόπτωση κυτταρικές αλλαγές πολλαπλασιασμό. Αρκετές κόμβοι κεντρική σηματοδότησης εντοπίστηκαν στην παρούσα μελέτη, συμπεριλαμβανομένων TGFβ, ΜΜΡ2 και σηματοδότηση ΝΡκΒ. ΤΟΡβ, σηματοδοτώντας ειδικότερα είναι κεντρικής σημασίας για ένα πλήθος διαδικασιών, συμπεριλαμβανομένων του κυτταρικού πολλαπλασιασμού και της απόπτωσης, ECM αναδιαμόρφωση, κυτταρική μετανάστευση, προσκόλληση, εισβολή και μετάσταση, αγγειογένεση και φλεγμονή και το ανοσοποιητικό επιτήρησης [57], [58]. Η οικογένεια ΤΟΡβ είναι ένα ενεργό στόχο για την πρόληψη και τη θεραπεία [57] καρκίνου, [58]. Είναι ενδιαφέρον, ΤΟΡβ είναι γνωστό ότι έχει τόσο ογκοκατασταλτικά και pro-oncongenic επιδράσεις σε διάφορους καρκίνους συμπεριλαμβανομένου ωοθηκών [59]. ΤΟΡβ παίζει επίσης ρόλο στην ομοιόσταση επιθηλιακών βλαστικών κυττάρων κόγχη [60], και τη διαγραφή του υποδοχέα ΤΟΡβ επάγει μία ιδιαίτερα πολλαπλασιαστική και διηθητική περιβάλλον [61]. Tumbar et al. Προσδιορίστηκε επίσης ότι η απώλεια των υποδοχέων ΤΟΡβ σε συνδυασμό με ογκογόνο Ras ενισχυμένη καρκινογέννεση. Αυτή η υπόθεση υποστηρίζεται επίσης από παραγόμενων δικτύων στην ανάλυση μονοπατιού μας (Σχήμα 2Β), στο οποίο ΝΡκΒ (πιθανώς υπό τον έλεγχο του ΤΟΡβ) εκχωρείται για να εκμαιεύσει Ras, ΡΙ3Κ, και ΜΑΡΚ σηματοδότηση προς αποκρίσεις ακτίνη μεσολάβηση οδήγηση κυτταρική μετανάστευση, ΕΜΤ , εισβολή, και μετάσταση [59]. Ο ρόλος της TGFβ σηματοδότησης θυμίζει τις επιπτώσεις της στην εμβρυϊκά βλαστικά κύτταρα pluripotency και ανάπτυξη εμβρυϊκών ιστών, συμπεριλαμβανομένων των ωοθηκών [62] – [64]. Συνεπής με αυτή την υπόθεση, πρόσθετα δίκτυα που απεικονίζεται με ανάλυση οδού (Σχήμα S1) για την καθυστερημένη φάση πρωτεώματος αποκορύφωμα Notch και Dkk3, γνωστή τελεστές βλαστικών κυττάρων [65], [66]. Επομένως, δεν είναι έκπληξη το γεγονός ότι αυτή η τελεστική κυριαρχεί στα δεδομένα του πλάσματος και κυτταρική σειρά καρκίνου, υποστηρίζοντας την τρέχουσα ρόλος του ΤΟΡβ, καθώς προκαλεί μια ποικιλία αποκρίσεων που σχετίζονται με τις διαδικασίες του καρκίνου (πολλαπλασιασμός, απόπτωση, φλεγμονή, αγγειογένεση, autorcrine-ρύθμιση του όγκου μικροπεριβάλλον /ECM και πρόσφυση, εισβολή και μετάσταση).

σε μια αναζήτηση για πιθανούς βιοδείκτες του καρκίνου των ωοθηκών, πραγματοποιήσαμε μια νέα ολοκληρωμένη ανάλυση, συγκρίνοντας τα δεδομένα proteome πλάσματος ποντικού με ανθρώπινη κυτταρική σειρά και ασκίτη που προέρχονται δεδομένων των καρκινικών κυττάρων.