Αφηρημένο

Γονιδιωματική εκτροπές αριθμό αντιγράφων (προσαρμογείς CNA) σε γαστρικό καρκίνο έχουν ήδη εκτενώς χαρακτηρίζεται από συγκριτική γονιδιωματική υβριδισμού (array CGH) ανάλυση της σειράς. Ωστόσο, η συμμετοχή των γονιδιωματικών CNAs στη διαδικασία υποβλεννογόνια εισβολή και μετάσταση λεμφαδένα στις αρχές γαστρικού καρκίνου είναι ακόμη πλήρως κατανοητό. Σε αυτή τη μελέτη, για να αντιμετωπίσει αυτό το ζήτημα, συλλέξαμε συνολικά 59 δείγματα όγκων από 27 ασθενείς με υποβλεννογόνια-επεμβατική γαστρικών καρκίνων (SMGC), ανέλυσε γονιδιωματική προφίλ τους από array CGH, και σε σύγκριση με τους μεταξύ ζευγαρωμένα δείγματα του βλεννογόνου (MU) και υποβλεννογόνια (SM) εισβολής (23 ζεύγη), και SM εισβολή και λεμφαδένα (LN) μετάσταση (9 ζεύγη). Αρχικά, υποθέσαμε ότι απόκτηση ειδικών CNA (ες) είναι σημαντική για αυτές τις διαδικασίες. Ωστόσο, δεν παρατηρήσαμε σημαντική διαφορά στον αριθμό των γονιδιωματικών CNAs μεταξύ ζευγών MU και SM, και μεταξύ ζεύγη SM και LN. Επιπλέον, ήμασταν σε θέση να βρει οποιαδήποτε προσαρμογείς CNA συγκεκριμένα σχετίζεται με SM εισβολή ή LN μετάσταση. Μεταξύ των 23 περιπτώσεις που αναλύθηκαν, 15 είχαν κάποιο παρόμοιο μοτίβο του γονιδιακού προφίλ μεταξύ SM και MU. Είναι ενδιαφέρον, 13 από τις 15 περιπτώσεις έδειξε επίσης ορισμένες διαφορές στην γενωμική προφίλ. Αυτά τα αποτελέσματα υποδηλώνουν ότι η πλειονότητα των SMGCS αποτελούνται από ετερογενείς υποπληθυσμών που προέρχεται από το ίδιο κλωνικής καταγωγής. Σύγκριση της γονιδιωματικής CNAs μεταξύ SMGCS με και χωρίς LN μετάσταση αποκάλυψε ότι η αύξηση του 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 και ενίσχυση της 17q21 ήταν πιο συχνές σε μεταστατικό SMGCS, γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτές οι προσαρμογείς CNA σχετίζονται με LN μετάσταση του πρώιμου γαστρικού καρκίνου. Συμπερασματικά, τα δεδομένα μας δείχνουν ότι η γενιά των γενετικά διακριτές υπο-κλώνους, παρά την απόκτηση των συγκεκριμένων CNA σε MU, είναι αναπόσπαστο μέρος της διαδικασίας της υποβλεννογόνια εισβολής, και ότι υποκλώνοι που αποκτούν κέρδος 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 ή ενίσχυση των 17q21 είναι πιθανό να γίνει μεταστατική

Παράθεση:. Kuroda Α, Tsukamoto Υ, Nguyen LT, Noguchi Τ, Takeuchi Ι, Uchida M, et al. (2011) γονιδιακό προφίλ του υποβλεννογόνια-διηθητικού καρκίνου Γαστρικό από Array-Based Συγκριτική Γονιδιωματική υβριδοποίηση. PLoS ONE 6 (7): e22313. doi: 10.1371 /journal.pone.0022313

Επιμέλεια: Giuseppe Novelli, Πανεπιστήμιο Tor Vergata της Ρώμης, Ιταλία

Ελήφθη: 25 Φεβ 2011? Αποδεκτές: 19 του Ιουνίου, 2011? Δημοσιεύθηκε: 21 Ιούλη 2011

Copyright: © 2011 Kuroda et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η έρευνα υποστηρίχθηκε εν μέρει από το Υπουργείο Παιδείας, Επιστήμης, Αθλητισμού και Πολιτισμού της Ιαπωνίας, και επιχορηγήσεις-in-ενισχύσεις για Νέους επιστήμονες (Β), Νο 20790286 (https://www.mext.go.jp), και η έρευνα του Ταμείου κατά τη διακριτική ευχέρεια του Προέδρου, του Πανεπιστημίου Oita (https://www.oita-u.ac.jp/english/index.html). Καμία πρόσθετη εξωτερική χρηματοδότηση ελήφθη για τη μελέτη αυτή. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

γαστρικός καρκίνος παραμένει μια από τις πιο θανατηφόρες ασθένειες, παρά σταθερά πτωτική τάση της σε όλο τον κόσμο. Συνολικά, η θνησιμότητα λόγω καρκίνου του στομάχου υπολογίζεται να είναι 700.000 περιπτώσεις ετησίως (10,4% όλων των θανάτων που σχετίζονται με τον καρκίνο), κατάταξη 2η μόνο μετά τον καρκίνο του πνεύμονα [1]. Κλινική αποτέλεσμα είναι καλύτερο όταν τα καρκινικά κύτταρα περιορίζονται στο βλεννογόνο. Ωστόσο, όταν τα κύτταρα του όγκου να διέρχεται από το μυϊκό βλεννογόνο, η κλινική έκβαση γίνεται χειρότερο, επειδή ο κίνδυνος λεμφαδένα μετάστασης, η οποία είναι μία από τις πιο σημαντικές προγνωστικούς παράγοντες σε γαστρικό καρκίνο, αυξάνει σημαντικά στο 18% ή περισσότερο, σε σύγκριση με λιγότερο από 4% όταν τα κύτταρα όγκου να περιορίζεται στο βλεννογόνο [2], [3]. Ως εκ τούτου, απαιτείται καλύτερη κατανόηση των μηχανισμών που εμπλέκονται στη διαδικασία της υποβλεννογόνου εισβολής.

αναγνωρίζεται σήμερα ότι πολυσταδιακή συσσώρευση γενετικών ανωμαλιών είναι υπεύθυνη για την εμφάνιση και την εξέλιξη των διαφόρων μορφών καρκίνου [4]. Στην πραγματικότητα, έχει αναφερθεί ότι ο συνολικός αριθμός των γονιδιωματικών εκτροπών αυξάνει με την εξέλιξη του όγκου σε διάφορους τύπους όγκων [5]. Βρήκαμε επίσης ότι οι συχνότητες των κερδών στο 20q, 20p12, 1q42, 3q27 και 13q34 και ζημίες κατά 4q34-qter, 4p15, 9p21, 16q22, 18q21 και 3p14, που είχαν συχνά εντοπιστεί σε καρκίνο του στομάχου, ήταν πιο συχνές σε AGC από σε EGC [6]. Εν τω μεταξύ, έχει πρόσφατα αναφερθεί ότι, κατά τη διάρκεια της προόδου του όγκου, ένα μοναδικό κύτταρο όγκου προέλευσης εξελίσσεται σε αρκετές γενετικά διακριτές υποπληθυσμών μέσω της απόκτησης μιας ευρείας ποικιλίας γενωμικού εκτροπών. Η προκύπτουσα μάζα του όγκου, η οποία αποτελείται από γενετικά ετερογενή υποπληθυσμών, θεωρείται ότι καθίστανται ανθεκτικά σε μία ποικιλία πιέσεων περιβαλλοντικής επιλογής [7], [8], [9], [10].

Array-based συγκριτική γονιδιωματική υβριδισμού (array CGH) παρέχει πληροφορίες σχετικά με γονιδιωματικής αριθμού αντιγράφων εκτροπές (προσαρμογείς CNA) σε ολόκληρο το γονιδίωμα [11]. Επιπλέον, CGH είναι επίσης εφαρμόσιμη στη μελέτη του ενδοογκική γενωμικού ετερογένειας [12], [13], [14], [15]. Παρά το γεγονός ότι αρκετές ομάδες έχουν χρησιμοποιήσει array CGH για τον εντοπισμό περιοχών που φιλοξενούν ογκογόνο ή ογκο-κατασταλτική γονιδίων σε γαστρικό καρκίνο [6], [16], [17], [18], [19], [20], [21], [22 ], [23], [24], [25], CNAs σχετίζονται υποβλεννογόνιο εισβολή και την πρώιμη φάση της λέμφου μετάσταση στους λεμφαδένες δεν έχουν ακόμη προσδιοριστεί. Επιπλέον, δεδομένου ότι οι περισσότερες προηγούμενες μελέτες των CNAs στο γαστρικό καρκίνο έχουν αναλυθεί μόνο ένα δείγμα για κάθε όγκο, λεπτομέρειες της ετερογένειας της γονιδιωματικής προφίλ εντός ενός γαστρικού καρκίνου έχουν παραμείνει σε μεγάλο βαθμό ασαφής.

Στην παρούσα μελέτη, διερευνήθηκε η συμμετοχή των γονιδιωματικών CNAs στη διαδικασία υποβλεννογόνια εισβολή και μετάσταση λεμφαδένα στις αρχές του γαστρικού καρκίνου. Για το σκοπό αυτό, συλλέξαμε δείγματα όγκων από διαφορετικά τμήματα του ίδιου όγκου χωριστά, ανέλυσε γονιδιωματική προφίλ τους με array CGH, και συνέκριναν τις γονιδιωματικές προφίλ μεταξύ ζευγαρωμένων δειγμάτων του βλεννογόνου (MU) και υποβλεννογόνια (SM) τμήματα, και το τμήμα SM και λέμφου κόμβου (LN) μετάσταση. Επιπλέον, συγκρίνοντας την προσαρμογείς CNA μεταξύ μεταστατικών και μη-μεταστατικών υποβλεννογόνια επεμβατική γαστρικών καρκίνων (SMGC), εντοπίσαμε ο υποψήφιος προσαρμογείς CNA σχετίζεται με LN μετάσταση του πρώιμου γαστρικού καρκίνου.

Υλικά και Μέθοδοι

ηθική Δήλωση

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Oita (Έγκριση Όχι P-05-04). Ενημέρωσε γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους ασθενείς ή /και των οικογενειών τους.

Οι ασθενείς, τα δείγματα ιστού και την εξαγωγή του γονιδιακού DNA

Είκοσι επτά SMGCS είχαν χειρουργικά στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Όιτα. Τομές ιστού κόπηκαν από σταθεροποιημένο με φορμαλίνη, εγκλεισμένο σε παραφίνη ιστό, και χρώση με αιματοξυλίνη-ηωσίνη (ΗΕ) για ιστολογική ανάλυση και με μπλε τολουιδίνης (Wako, Osaka, Japan) για την εκχύλιση του γενωμικού DNA (Σχήμα 1Α). Χρησιμοποιώντας λέιζερ σύλληψη μικροδιατομής, συλλέξαμε 1 έως 3 δείγματα από το MU, SM και /ή μεταστατικό μερίδα LN του ίδιου ιστού SMGC χωριστά. Ως αποτέλεσμα, ήμασταν σε θέση να λάβουν συνολικά 59 δείγματα από 27 ασθενείς (Πίνακας 1). Όλα τα δείγματα και ένα μέρος των κυττάρων όγκου που υπερβαίνουν το 70% του συνόλου. Γονιδιωματικό ϋΝΑ εξήχθη σε σύμφωνα με την πρότυπη μέθοδο πρωτεϊνάσης Κ πέψη, ακολουθούμενη από εκχύλιση με φαινόλη /χλωροφόρμιο. Μη νεοπλασματικές γαστρικό ιστό από τους ίδιους ασθενείς χρησιμοποιήθηκε ως φυσιολογικό έλεγχο.

(Α) HE (A, C και Ε) και μπλε τολουϊδίνης (b, d και f) χρώση περίπτωση 18 σε χαμηλή (α και β) και υψηλής (c, d, e και f) απόψεις δύναμη. Οι τομές ιστού μετά μικροδιατομής φαίνεται στο (δ) και (στ). (Β) Επισκόπηση του πειραματικού σχεδιασμού. Πρώτον, γονιδιωματικό προφίλ των 23 δειγμάτων MU (α) συγκρίθηκαν με εκείνα των ζευγών 23 δειγμάτων SM (β). Στη συνέχεια, οι γονιδιωματικές προφίλ των 9 δειγμάτων SM (γ) συγκρίθηκαν με εκείνες των αντίστοιχων ζευγών 9 δείγματα LN (δ). Τέλος, γονιδιακό προφίλ συγκρίθηκαν μεταξύ της SM 12 περιπτώσεων με LN μετάσταση (e) και ο SM από 15 περιπτώσεις χωρίς μετάσταση (στ). Τα μεμονωμένα δείγματα (α) – (β) υποδεικνύονται με εκθέτες στον Πίνακα 1.

Η

array CGH και ανάλυση δεδομένων

ανάλυση Array-CGH πραγματοποιήθηκε με τη χρήση 44 συστοιχίες K ολιγονουκλεοτίδιο CGH (Agilent Technologies Inc., Palo Alto, CA). Σήμανση και υβριδοποίηση διεξήχθησαν σύμφωνα με το πρωτόκολλο που παρέχεται από Agilent Technologies Inc. Εν συντομία, 0,85 έως 2 μg του DNA του όγκου και μία ίση ποσότητα του DNA ελέγχου υπέστησαν πέψη με ΑΙυΙ και RsaI (Promega, Madison, WI, USA) για 24 ώρες σε 37 ° C. Η πέψη του όγκου και το DNA ελέγχου σημάνθηκαν με Cy5-dUTP και Cy3-dUTP, αντίστοιχα, χρησιμοποιώντας ένα γονιδιωματικό DNA Labeling Kit Plus (Agilent), καθαρίστηκε με Microcon ΥΜ-30 φίλτρα (Millipore, Billerica, ΜΑ, USA), και συμπυκνώθηκε σε 80,5 μl. Ίσες ποσότητες όγκου και ελέγχου DNAs στη συνέχεια ομαδοποιήθηκαν και αναμίχθηκαν με ανθρώπινο Cot-1 DNA, διαλυμένο σε ρυθμιστικό διάλυμα υβριδοποίησης (Agilent Oligo aCGH Hybridization Kit? Agilent Technologies), μετουσιώθηκε και υβριδοποιήθηκε με τον array CGH στους 65 ° C για 24 ώρες. γυάλινες πλάκες πλύθηκαν και στη συνέχεια σαρώνεται σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή.

εικόνες μικροσυστοιχιών αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας v.9.5.3.1 ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΟ εκχύλισης (Agilent Technologies) με γραμμική κανονικοποίηση (πρωτόκολλο CGH-v4_95_Feb07), και το προκύπτον δεδομένων εισήχθησαν v.4.0.81 DNA Analytics (Agilent Technologies). Μετά την κανονικοποίηση των πρώτων στοιχείων, η log2ratio των Cy5 (όγκου) με Cy3 (ελέγχου) υπολογίστηκε. Η ανώμαλη περιοχές προσδιορίστηκαν με τον αλγόριθμο ADM-2 από το όριο του 8,0. Για την ανίχνευση των κερδών και ζημιών, θέτουμε τις τιμές των παραμέτρων για τα φίλτρα εκτροπή ως: ελάχιστος αριθμός των ανιχνευτών στην περιοχή 2, ελάχιστη απόλυτη μέση log2ratio για την περιοχή 0,26, μέγιστος αριθμός παρεκκλίνουσα περιοχών 10000, και το ποσοστό διεισδυτικότητα ανά χαρακτηριστικό 0. Ομοίως, για να ανιχνεύουν ενισχύσεις και τις διαγραφές, θέτουμε τις τιμές των παραμέτρων για τα φίλτρα εκτροπή ως: ελάχιστος αριθμός των ανιχνευτών στην περιοχή 2, ελάχιστη απόλυτη μέση log2ratio για την περιοχή 1.0, το μέγιστο αριθμό των μη-φυσιολογικών περιοχών 10000, και το ποσοστό διεισδυτικότητα ανά χαρακτηριστικό 0. τα δεδομένα που παράγονται από ανιχνευτές αντιστοιχίζονται με το Χ και είχαν εξαλειφθεί Υ χρωμοσώματα. Genomic θέσεις των ανιχνευτών και παρεκκλίνουσα περιοχές βασίστηκαν στην αλληλουχία UCSC Μάρτιο του του 2006 ανθρωπίνων αναφοράς (hg18) (NCBI χτίσει 36 αλληλουχία αναφοράς). Όλα τα δεδομένα είναι MIAME συμμορφούμενα (https://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame.html) και τα ανεπεξέργαστα δεδομένα έχουν κατατεθεί στη βάση δεδομένων MIAME συμβατό GEO (http: //www.ncbi.nlm.nih .gov /geo /, αριθμός ένταξης GSE26800). Μια επισκόπηση του πειραματικού σχεδιασμού φαίνεται στην Εικόνα 1Β. Για τη σύγκριση των CNAs μεταξύ ζευγών τμημάτων MU και SM, επιλέξαμε 23 περιπτώσεις από το σύνολο των 27 (Σχήμα 1 Β, Α και Β), αφού είχαν αναλυθεί επιτυχώς οι γονιδιωματικές προφίλ και των δύο τμημάτων σε αυτές τις περιπτώσεις. Ομοίως, για τη σύγκριση των CNAs μεταξύ ζευγών SM και τμήματα LN, επιλέξαμε 9 από τα 12 περιπτώσεις με ένα τμήμα LN (Σχήμα 1Β, γ και δ). Επιπλέον, συγκρίναμε τις συχνότητες των CNAs μεταξύ των περιπτώσεων με και χωρίς LN μετάσταση (σχήμα 1Β, ε και στ).

Ανοσοϊστοχημεία

Η ανοσοϊστοχημεία πραγματοποιήθηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [21] χρησιμοποιώντας αντι- EGFR (1:100? Dako, Glostrup, Denmark), αντι-CTTN (1:200? Abcam, Cambridge, MA, USA) και αντι-ΕrbΒ2 (1:800? Cell Signaling Technology, Berverly, MA, USA) αντισώματα.

Η στατιστική ανάλυση

χρησιμοποιήθηκαν ζεύγη t-test και το ακριβές τεστ του Fisher. Διαφορές στο

P

& lt?. 0.05 θεωρήθηκαν στατιστικά σημαντικές

Αποτελέσματα

Γονιδιωματική κλωνικότητας και η ανομοιογένεια της βλεννογόνου και υποβλεννογόνια τμήματα SMGC

Για να διερευνηθεί η συμμετοχή των γονιδιωματικών CNAs στη διαδικασία της υποβλεννογόνια εισβολής, πρώτα έναντι του αριθμού των CNAs μεταξύ ζευγαρωμένων δειγμάτων MU και SM από τα 23 SMGCS (Σχήμα 2Α). Έντεκα από τα 23 περιπτώσεις έδειξε αυξημένο αριθμό CNAs στο τμήμα SM σε σύγκριση με το τμήμα MU, 11 εμφάνισαν μειωμένο αριθμό, και το υπόλοιπο ένα περίπτωση δεν έδειξαν καμία μεταβολή (Σχήμα 2Α). Ως αποτέλεσμα, δεν υπήρχε στατιστικά σημαντική διαφορά στον αριθμό των CNAs μεταξύ ζευγών MU και SM τμήματα (Σχήμα 2Α, δεν είναι σημαντικές σε ζευγαρωμένα t-test). Επιπλέον, για τον εντοπισμό CNAs συγκεκριμένα σχετίζεται με υποβλεννογόνια εισβολή, συγκρίναμε τις κατά μέσο όρο συχνότητες των CNAs στο τμήμα MU με εκείνες στην ζεύγη τμήμα SM (Σχήμα 2Β), αλλά δεν ήταν σε θέση να βρει κάποια.

(Α) Σύγκριση του αριθμού των CNAs στα τμήματα MU και SM. Για την ανάλυση αυτή, χρησιμοποιήθηκαν δείγματα που υποδεικνύεται από «α» και «β» στον Πίνακα 1. (Β) Γονιδίωμα-ευρύ συχνότητες των CNAs στο MU και το αντίστοιχο ζεύγη SM σε 23 περιπτώσεις. Οι οριζόντιες γραμμές: Οι ολιγονουκλεοτιδικοί ανιχνευτές φαίνονται στη σειρά από χρωμοσώματα 1 έως 22. Μέσα σε κάθε χρωμόσωμα, οι κλώνοι που φαίνεται με τη σειρά από το p τελομερών στο τελομερών q. Οι κάθετες γραμμές: Οι συχνότητας (%) των κερδών (θετική άξονας) και ζημίες (αρνητικός άξονας) παρουσιάζονται για κάθε ανιχνευτή. (C-F) Εκπρόσωπος γονιδιωματική προφίλ των τμημάτων MU και SM της SMGC. Ολόκληρο γονιδιωματική προφίλ του ζευγαρωμένου MU (παραπάνω) και SM (κάτω) τμήματα από την περίπτωση 4 που φαίνεται στο (C). Λεπτομερείς γονιδιωματική προφίλ CHR9, CHR7 και CHR11 φαίνεται στο (Δ), (Ε) και (F), αντίστοιχα. Οριζόντιες γραμμές πάνω από το κέντρο αντιπροσωπεύουν περιοχές του κέρδους, και εκείνοι κάτω από το κέντρο αντιπροσωπεύουν περιοχές της απώλειας. Τόσο MU και SM δείχνουν παρόμοια γενωμική μοτίβα σε χρωμόσωμα 9p (D). Ωστόσο, η ενίσχυση 7p12, όπου βρίσκεται το γονίδιο EGFR, ανιχνεύεται μόνο στο τμήμα MU (Ε), και το κέρδος του 11q13, όπου βρίσκεται το γονίδιο CTTN, ανιχνεύεται μόνο στο τμήμα SM (F).

Για να διερευνηθεί η διαφορά των CNAs μεταξύ MU και SM από τον ίδιο όγκο, συγκρίναμε τις γονιδιωματικής προφίλ ζευγών MU και SM σε κάθε περίπτωση. Μία αντιπροσωπευτική περίπτωση φαίνεται στο Σχήμα 2C, D, Ε και F. Η ζευγαρωμένα MU και τα δείγματα SM μοιράστηκε ένα παρόμοιο μοτίβο γονιδιωματικών χρωμοσωμικών εκτροπών 9p (Σχήμα 2D). Ωστόσο, υπήρχαν διακριτές γενωμική εκτροπές σε χρωμοσώματα 7ρ και 11 στην ίδια περίπτωση, όπως φαίνεται στο Σχήμα 2Ε και F. Ενίσχυση του 7p12 παρατηρήθηκε μόνο σε MU, αλλά όχι σε SM (Σχήμα 2Ε), και παρατηρήθηκε κέρδος του χρωμοσώματος 11 μόνο σε SM, αλλά όχι σε MU (Σχήμα 2F). Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι τα καρκινικά κύτταρα στην MU και SM αυτής της υπόθεσης ήταν τα κλωνικώς σχετιζόμενα, αλλά αποτελείται από γενετικά ετερογενή υποπληθυσμών.

Στη συνέχεια, για να καθορίσει αν τα καρκινικά κύτταρα δείχνουν ενίσχυση της 7p12 και εκείνων που παρουσιάζουν κέρδος 11q13 του περίπτωση 4 ήταν πραγματικά περιορίζεται στην MU και SM, αντίστοιχα, αναλύσαμε τομές ιστού από την περίπτωση 4 με ανοσοϊστοχημεία με αντισώματα έναντι EGFR, η οποία ενισχύθηκε μόνο στο τμήμα MU (Σχήμα 2Ε), και CTTN, η οποία αποκτήθηκε μόνο στο SM τμήμα (Σχήμα 2F). Όπως φαίνεται στο Σχήμα 3, η θετική ανοσοδραστικότητα για EGFR περιοριζόταν στο τμήμα MU (Σχήμα 3D, Ε και F), ενώ μόνο το τμήμα SM έδειξε ισχυρή ανοσοαντιδραστικότητα για CTTN (Εικόνα 3G, Η και Ι). Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι, σε περίπτωση 4, τα καρκινικά κύτταρα με 7ρ ενίσχυση στην MU δεν θα μπορούσε να εισβάλει το SM, ενώ αυτοί με το χρωμόσωμα 11 κέρδος θα μπορούσε να εισβάλει το SM.

χρώση HE (Α-Γ), και ανοσοϊστοχημεία με αντισώματα έναντι EGFR (D-F) και CTTN (G-I) δείχνονται στο χαμηλής (Α, D και G) και υψηλής (B, C, E, F, Η και Ι) απόψεις δύναμη. EGFR, η οποία ενισχύθηκε μόνο στο τμήμα MU (βλέπε Σχήμα 2Ε), είναι ισχυρά θετικός μόνο στο τμήμα MU (D, Ε και F). Εν τω μεταξύ, η έκφραση της CTTN, η οποία αποκτήθηκε μόνο σε SM (βλέπε Σχήμα 2F), δείχνει υψηλότερη θετικότητα σε SM ό, τι σε MU (G, Η και Ι).

Η

Στη συνέχεια, αναλύσαμε γονιδιωματική κλωνικότητα και ετερογένεια στην MU και SM από άλλες περιπτώσεις. Μεταξύ των άλλων 22 περιπτώσεις, 14 παρουσίασαν ένα παρόμοιο μοτίβο της γονιδιωματικής εκτροπής στα MU και SM (σχήματα S1 (6 περιπτώσεις) και S2 (8 περιπτώσεις)), γεγονός που υποδηλώνει ότι τα καρκινικά κύτταρα στο MU και SM από αυτές τις περιπτώσεις ήταν κλωνικώς σχετικές . Είναι ενδιαφέρον, 12 από τις 14 περιπτώσεις έδειξε μια σημαντική διαφορά στο γονιδιακό πρότυπα προφίλ μεταξύ MU και SM (σχήματα S1 (6 περιπτώσεις) και S2 (6 περιπτώσεις)), γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτές οι υποθέσεις και αποτελούνται από γενετικά ετερογενή υποπληθυσμών.

Genomic κλωνικότητα και ετερογένεια στην πρωτοβάθμια (SM) και μεταστατικό (LN) τμήματα SMGC

στη συνέχεια, για να διερευνηθεί η εμπλοκή των CNAs στη διαδικασία λεμφαδένα μετάστασης του πρώιμου γαστρικού καρκίνου, συγκρίναμε τον αριθμό του CNAs μεταξύ ζευγών πρωτογενούς (SM) και μεταστατικό (LN) τμήματα 9 SMGCS (Σχήμα 4Α). Τρεις από τις 9 περιπτώσεις έδειξαν έναν αυξημένο αριθμό CNAs στο τμήμα LN, ενώ οι υπόλοιπες 6 περιπτώσεις έδειξαν μια μείωση (Σχήμα 4Α). Ως αποτέλεσμα, δεν υπήρχε σημαντική διαφορά στον αριθμό των CNAs μεταξύ των ζευγαρωμένων SM και LN τμήματα (Σχήμα 4Α, δεν είναι σημαντικές σε ζευγαρωμένα t-test). Επιπλέον, για τον εντοπισμό CNAs συγκεκριμένα σχετίζεται με LN μετάσταση, συγκρίναμε τις κατά μέσο όρο συχνότητες των CNAs σε SM με εκείνες του ζευγαρωμένα τμήμα LN (Εικόνα 4Β), αλλά δεν ήταν σε θέση να βρει κάποια.

(Α) Σύγκριση ο αριθμός των CNAs στα τμήματα SM και LN. Για την ανάλυση αυτή, χρησιμοποιήθηκαν δείγματα που υποδεικνύεται από «c» και «d» στον πίνακα 1. (Β) Γονιδίωμα-ευρύ συχνότητες των CNAs στο SM και της αντίστοιχης ζεύγη LN σε 9 περιπτώσεις. Οι οριζόντιες γραμμές: Οι ολιγονουκλεοτιδικοί ανιχνευτές φαίνονται στη σειρά από χρωμοσώματα 1 έως 22. Μέσα σε κάθε χρωμόσωμα, οι κλώνοι που φαίνεται με τη σειρά από το p τελομερών στο τελομερών q. Οι κάθετες γραμμές: Οι συχνότητας (%) των κερδών (θετική άξονας) και ζημίες (αρνητικός άξονας) παρουσιάζονται για κάθε ανιχνευτή. (C, D και E) Εκπρόσωπος γονιδιωματικής προφίλ των τμημάτων SM και LN των SMGC. Ολόκληρο γονιδιωματική προφίλ ζεύγη SM (παραπάνω) και LN (κάτω) τμήματα από περίπτωση 9 φαίνεται στο (C). Λεπτομερείς γονιδιωματική προφίλ CHR8 και CHR14 φαίνεται στο (Δ) και (Ε), αντίστοιχα. Οριζόντιες γραμμές πάνω από το κέντρο αντιπροσωπεύουν περιοχές του κέρδους, και εκείνοι κάτω από το κέντρο αντιπροσωπεύουν περιοχές της απώλειας. Τόσο SM και LN παρουσιάζουν παρόμοια γενωμική μοτίβα στο χρωμόσωμα 8 (D). Ωστόσο, το κέρδος του χρωμοσώματος 14q ανιχνεύεται μόνο στο τμήμα SM (Ε).

Η

Για να διερευνηθεί η διαφορά των CNAs μεταξύ SM και LN του ίδιου όγκου, συγκρίναμε τις γονιδιωματικής προφίλ ζευγών SM και δείγματα LN σε κάθε περίπτωση. Μια αντιπροσωπευτική περίπτωση παρουσιάζεται στο Σχήμα 4C, D και Ε των ζευγαρωμένων SM και τα δείγματα LN παρουσιάζουν ένα παρόμοιο μοτίβο γονιδιωματικών χρωμοσωμικών εκτροπών 8 (Εικόνα 4D), υποδεικνύοντας ότι και τα δύο τμήματα προήλθαν από την ίδια κλωνικής καταγωγής. Ωστόσο, το κέρδος του χρωμοσώματος 14 παρατηρήθηκε μόνο σε SM, αλλά όχι σε LN (Σχήμα 4Ε). Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι τα κύτταρα του όγκου στα τμήματα SM και LN αυτής της υπόθεσης ήταν τα κλωνικώς σχετιζόμενα, αλλά αποτελείται από γενετικά ετερογενή υποπληθυσμών.

Αναλύσαμε επίσης γονιδιωματικής κλωνικότητας και η ανομοιογένεια της SM και LN τμήματα από άλλες περιπτώσεις. Μεταξύ των άλλων 8 περιπτώσεις, 5 έδειξαν ένα παρόμοιο μοτίβο της γονιδιωματικής εκτροπή τόσο SM και LN (Σχήμα S3), γεγονός που υποδηλώνει ότι τα ζεύγη SM και LN μερίδες από αυτές τις περιπτώσεις ήταν κλωνικώς σχετικό. Επιπλέον, 4 από τις 5 περιπτώσεις έδειξαν μια σημαντική διαφορά στο γονιδιακό πρότυπα προφίλ μεταξύ SM και LN (Σχήμα S3), γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτές οι υποθέσεις και αποτελούνται από γενετικά ετερογενή υποπληθυσμών.

Σύγκριση της γονιδιωματικής προφίλ των μεταστατικών και μη μεταστατικό SMGC

Δεδομένου ότι δεν παρατηρήθηκαν στατιστικά σημαντικές διαφορές εντοπίστηκαν στις συχνότητες των CNAs μεταξύ των αξιόπιστων SM και τα τμήματα LN (Εικόνα 4Β), υποθέσαμε ότι υποπληθυσμών που μεταφέρουν μετάστασης που σχετίζονται με προσαρμογείς CNA μπορεί να είναι παρόντες στο SM, καθώς και ως το τμήμα LN του μεταστατικού SMGC. Ως εκ τούτου, είμαστε δίπλα σύγκριση των συχνοτήτων των CNAs στο τμήμα SM του μεταστατικού SMGCS (12 περιπτώσεις) με εκείνες των μη μεταστατικό SMGCS (15 περιπτώσεις), και διαπίστωσε ότι τα κέρδη στο 11q13, 11q14, 11q22 και 14q32 εντοπίστηκαν πιο συχνά σε μεταστατικό SMGCS από ότι σε μη-μεταστατικά SMGCS (Σχήμα 5Α και Πίνακας 2). Συγκρίναμε επίσης τις συχνότητες του υψηλού επιπέδου εκτροπών αριθμό αντιγράφων, όπως ενίσχυση και τη διαγραφή, μεταξύ των δύο ομάδων, και διαπίστωσε ότι η ενίσχυση του 17q21 ανιχνεύθηκε συχνότερα σε μεταστατικό SMGCS από ότι σε μη-μεταστατικά SMGCS (Πίνακας 3 και Πίνακας S1) . Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι τα κέρδη στο 11q13, 11q14, 11q22, 14q32 και ενίσχυση σε 17q21 που εμπλέκονται στη μετάσταση LN της SMGCS.

(Α) Συχνότητα (%) των κερδών (θετικό άξονα) και ζημίες (αρνητικό άξονα ) σε 12 SMGCS με μετάσταση στους λεμφαδένες (LN (+) 12 περιπτώσεις) και 15 SMGCS χωρίς μετάσταση στους λεμφαδένες (LN (-) 15 περιπτώσεις) εμφανίζονται. Για την ανάλυση αυτή, χρησιμοποιήθηκαν δείγματα που υποδεικνύεται από «e» και «f» στον πίνακα 1. (Β) Ανοσοϊστοχημεία με αντι-ΕτοΒ2. Πρωτογενής SM (a, b και c) τμήματα ανοσοχρώση με το αντίσωμα έναντι ErbB2. Θήκες με ενίσχυση στο 17q21 έδειξαν ισχυρή ανοσολογική αντίδραση για ΕΚΒΒ2 (α και β), ενώ οι περιπτώσεις χωρίς τέτοια ενίσχυση δεν το έκανε (γ).

Η

Η

Η ελάχιστη κοινή περιοχή της ενίσχυσης σε 17q21 περιείχε 5 γονίδια παρατίθενται στον πίνακα 3. από erbB2, μια πολύ γνωστή ογκογονίδιο [26], [27], [28], είχε συμπεριληφθεί στον κατάλογο, θα πραγματοποιηθεί ανοσοϊστοχημική ανάλυση υπερέκφραση ErbB2 σε όλες τις 27 περιπτώσεις. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 5Β, οι περιπτώσεις με 17q21 ενίσχυση εμφάνισαν ισχυρή χρώση για ERBB2 σε SM, ενώ μία περίπτωση χωρίς ενίσχυση δεν το έκανε. Επιπλέον, υπερέκφραση ErbB2 συσχετίστηκε σημαντικά με 17q21 ενίσχυση (Πίνακας 4), υποδηλώνοντας ότι η ενίσχυση ErbB2 και υπερέκφραση μπορεί να εμπλέκεται στην μετάσταση LN ενός μέρους των SMGCS.

Η

Συζήτηση

είναι ευρέως αποδεκτό ότι ένας όγκος προκύπτει από ένα μόνο κύτταρο. Ωστόσο, το πώς εξελίσσεται σε προχωρημένο στάδιο βρίσκεται ακόμα υπό συζήτηση. Πρώιμες μελέτες του παχέος εντέρου και του παγκρέατος καρκίνων οδήγησε σε μια αντίληψη ότι η ανάπτυξη και η πρόοδος αυτών των καρκίνων σχετίζονται με τη συσσώρευση των χρωμοσωμικών ανωμαλιών, που αναφέρεται ως πολλαπλών βημάτων μοντέλο ογκογένεση [29], [30]. Για παράδειγμα, οι γονιδιωματικές εκτροπές των γονιδίων APC, KRAS, Smad4 και ΤΡ53 εμπλέκονται στην αλληλουχία αδένωμα-καρκίνωμα στο κόλον [29]. Ωστόσο, τέτοιες μελέτες επικεντρώθηκαν μόνο σε ένα ποσοστό των γονιδίων που σχετίζονται με όγκο, και παραμεληθεί το ρόλο των περισσότερων άλλων γονιδίων. Επιπλέον, το μοντέλο αυτό δεν ήταν σε θέση να αξιολογήσουν τη σημαντικότητα των ενδοογκική γενωμικού ετερογένειας για την ανάπτυξη και την εξέλιξη του όγκου. Εν τω μεταξύ, πρόσφατες μελέτες έχουν οδηγήσει στη δημιουργία ενός άλλου μοντέλου, όρισε την κλωνική μοντέλο εξέλιξης [7], [9], [10]. Σε αυτό το μοντέλο, ένας μοναδικός κλώνος εξελίσσεται σε αρκετές διακριτές υποπληθυσμούς μέσω της συσσώρευσης των ποικίλων γενετικών ανωμαλιών. Το κυρίαρχο πληθυσμός μπορεί να αντικατασταθεί από διακεκριμένες υποπληθυσμών εντός ενός και μόνο μάζα του όγκου διά των επιπτώσεων της πίεσης του περιβάλλοντος επιλογής ή /και το στάδιο της εξέλιξης του όγκου. Ως συνέπεια, πολλά κυτταρικοί πληθυσμοί γενετικά ετερογενείς μπορούν να συνυπάρχουν σε ένα ενιαίο μάζα του όγκου. Αποδεικτικά στοιχεία ενδοογκική γενετική ετερογένεια που σχετίζεται με κλωνική εξέλιξη έχει ληφθεί για διάφορους συμπαγείς όγκους, συμπεριλαμβανομένων του καρκίνου του προστάτη [14], ο οισοφάγος του Barrett [31], τον καρκίνο των ωοθηκών [32], [33], ο καρκίνος του τραχήλου της μήτρας [34], του καρκίνου του μαστού [15], [35], το νευροβλάστωμα [36], του καρκίνου του παγκρέατος [13], [37], και του παχέος εντέρου [38]. Είναι ενδιαφέρον ότι, σε μια μελέτη του θανατηφόρου μεταστατικού καρκίνου του προστάτη, δεν CNAs σχετίζονται ειδικά με την τοποθεσία μετάστασης βρέθηκαν [14]. Ομοίως, σε μια μελέτη των υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνωμα των ωοθηκών, δεν υπήρχε απόδειξη για μια σχέση μεταξύ απόκτηση ανθεκτικότητας σισπλατίνη και ειδικών CNAs [39]. Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι η πολυσταδιακή ογκογένεση μοντέλο, στο οποίο συγκεκριμένες εκτροπές παίζουν σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη και την εξέλιξη του όγκου, δεν αντιπροσωπεύει πάντα τον τρόπο με τον οποίο οι όγκοι αποκτούν κακοήθη χαρακτήρα τους. Στην παρούσα μελέτη, αρχικά υποθέσαμε ότι απόκτηση ειδικών CNA (ες) μπορεί να είναι σημαντικό για υποβλεννογόνια εισβολή. Ωστόσο, δεν μπορέσαμε να βρούμε CNAs που ήταν πιο συχνές σε SM σε σχέση με το ζεύγη δείγμα MU. Επιπλέον, παρατηρήσαμε επίσης καμία σημαντική διαφορά όσον αφορά τον αριθμό των CNAs στα ζεύγη τμημάτων MU και SM. Ωστόσο, βρήκαμε ότι η πλειοψηφία των SMGCS αποτελούνταν από κλωνικά-συναφών, αλλά γενετικά διακριτές υποπληθυσμών, γεγονός που υποδηλώνει ότι κλωνική εξέλιξη μπορεί να συμβεί κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου του στομάχου. Στο σύνολό τους, αν και ο αριθμός των περιπτώσεων που εξετάστηκαν ήταν περιορισμένη, τα ευρήματά μας πρότεινε ότι γενιά των γενετικώς διαφορετικών υποπληθυσμών παρά απόκτηση ειδικών CNAs στο τμήμα MU μπορεί να είναι σημαντική για τη διαδικασία της υποβλεννογόνου εισβολής. Βάσει αυτών των ευρημάτων, προτείνουμε ένα υποθετικό μοντέλο για τη διαδικασία της SM εισβολής και LN μετάσταση του πρώιμου γαστρικού καρκίνου (Σχήμα 6). Για να επιβεβαιωθεί αυτή η υπόθεση, θα απαιτηθούν περαιτέρω μελέτες με μεγαλύτερα δείγματα.

Η οριζόντια γραμμή στο κέντρο του σχήματος δείχνει το μυϊκό βλεννογόνο. Γκρι κύκλοι δείχνουν τα καρκινικά κύτταρα. Χρωματιστά μικροί κύκλοι δείχνουν γονιδιωματική εκτροπές. Γαστρικών όγκων προκύπτουν από ένα μόνο κύτταρο με ένα (ή μερικά) γενωμικού εκτροπή (α). Ο μοναδικός κλώνος στη συνέχεια πολλαπλασιάζεται πιο αποτελεσματικά από τους γείτονές της (β). Κατά τη διαδικασία πολλαπλασιασμού στο γαστρικό βλεννογόνο, μερικά καρκινικά κύτταρα αποκτούν νέες μεταλλάξεις τυχαία. Ακολούθως, καθένα από τα γενετικά διακριτές υποκλώνων σχηματίζει ένα μοναδικό υποπληθυσμό (γ και δ). Μεταξύ αυτών των υποπληθυσμών, μόνο ένα (ες) με την ικανότητα για εισβολή μπορεί να περάσει μέσα από το μυϊκό βλεννογόνο και πολλαπλασιάζονται στον υποβλεννογόνο (d και d ‘). Σημαντικά, άλλοι κλώνοι δεν μπορούν να εισβάλουν στον submucosa (γ), αλλά μπορούν να πολλαπλασιαστούν και μορφή υποπληθυσμών γενετικά διακριτή από την επεμβατική ένα. Μετά την εισβολή, ένα (ή μερικά) υποπληθυσμός αναπτύσσει πάλι περαιτέρω γενετικά διακριτές υποπληθυσμών μέσω κλωνικής εξέλιξης (Ε και F), και ένα με την ικανότητα για μετάσταση μπορεί να εξαπλωθεί σε λεμφαδένες (f και f ‘). Έτσι, ο πρωταρχικός μάζα του όγκου γίνεται ετερογενής ως συνέπεια της κλωνικής εξέλιξης.

Η

Τα στοιχεία μας δείχνουν ότι οι SMGCS αποτελείται από γενετικά ετερογενή υποπληθυσμών είναι σημαντικές στο πλαίσιο του γαστρικού έρευνα και τη θεραπεία του καρκίνου, επειδή η ετερογένεια του όγκου καθιστά την ανάπτυξη αποτελεσματικών φαρμάκων δύσκολη. Από γενωμική CNAs έχουν αντίκτυπο στο προφίλ γονιδιακής έκφρασης σε διάφορους καρκίνους [16], [21], [40], [41], [42], [43], είναι πιθανό ότι κάθε μια από τις γενετικά διακριτών υποπληθυσμών εντός ενός ενιαίου όγκου μπορεί να διαφέρουν τόσο βιολογική συμπεριφορά και ανταπόκριση σε αντικαρκινικά φάρμακα, συμπεριλαμβανομένων των παραγόντων μοριακής στόχευσης. Cooke et al. έχουν προτείνει ότι η αποσαφήνιση των διαφορετικών γενετικών υποπληθυσμών εντός ενός ενιαίου όγκου θα επιτρέψει την αποτελεσματική θεραπεία που χρησιμοποιεί έναν ειδικό παράγοντα στόχευσης μια κοινή γονιδιωματική εκτροπή ή σε συνδυασμό παραγόντων στόχευσης μοναδική γενωμική εκτροπές σε καθεμία από τις διακριτές υποπληθυσμών [39]. Αυτή η στρατηγική μπορεί να εφαρμοστεί στην θεραπεία του γαστρικού καρκίνου επίσης.

Μεταξύ των 23 περιπτώσεων που αναλύσαμε, 15 έδειξε μια κλωνική σχέση μεταξύ των τμημάτων MU και SM. Επιπλέον, 13 από τα τελευταία 15 περιπτώσεις έδειξε επίσης διαφορές σε προσαρμογείς CNA μεταξύ των δύο περιοχών, γεγονός που υποδηλώνει ότι κλωνική εξέλιξη εμφανίζεται συχνά στην πρώιμη φάση της γαστρικής καρκινογένεσης. Η σχέση μεταξύ των ζεύγη δειγμάτων MU και SM στις άλλες 8 περιπτώσεις χωρίς κοινή προσαρμογείς CNA παρέμεινε ασαφής. Δύο πιθανές εξηγήσεις για αυτό μπορεί να προταθεί. Το ένα είναι ότι οι όγκοι στα ζεύγη τμήματα, τα οποία δεν έχουν κοινά προσαρμογείς CNA, που αναπτύχθηκε ανεξάρτητα. Το άλλο είναι ότι τα ζεύγη τμήματα μοιράζονται άλλοι τύποι γενετικών ανωμαλιών, όπως οι μεταλλάξεις και των μετατοπίσεων, οι οποίες δεν μπορούν να ανιχνευθούν με array CGH. Στην τελευταία περίπτωση, αλληλούχιση επόμενης γενιάς θα μπορούσε να είναι χρήσιμη για την ανάλυση αυτών των σχέσεων.

Σε αυτή τη μελέτη, τα κέρδη στο 11q13, 11q14, 11q22 και 14q32, και ενίσχυση στο 17q21, ήταν πιο συχνές στο τμήμα SM του μεταστατικού SMGCS σε σχέση με εκείνους των μη μεταστατικό SMGCS. Είναι ενδιαφέρον ότι, τα κέρδη στο 11q13 και 14q32 φέρεται να εμπλέκονται σε μετάσταση στο ήπαρ του καρκίνου του παχέος εντέρου [38]. Ως εκ τούτου, τα δεδομένα αυτά υποδεικνύουν ότι το κέρδος σε 11q13 και 14q32 μπορεί να εμπλέκεται στην μετάσταση των γαστρεντερικών καρκίνων. Χρωμόσωμα 17q21 φιλοξενεί ένα ισχυρό ογκογονίδιο, ErbB2. Σύνδεσμος έκφραση ERBB2 με τις κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά του γαστρικού καρκίνου έχει διερευνηθεί σε διάφορες μελέτες [44], [45], [46], [47], [48], [49]. Ωστόσο, η επίδραση της υπερέκφρασης ErbB2 επί LN μετάσταση διέφεραν μεταξύ εκείνων μελέτες [44], [46], [47]. Στην παρούσα μελέτη, παρά τον περιορισμένο αριθμό των SMGCS εξετάστηκαν, όλοι εκείνοι με ενίσχυση ErbB2 και υπερέκφραση έδειξε μετάσταση λεμφαδένα. Περαιτέρω μελέτη χρησιμοποιώντας ένα μεγαλύτερο αριθμό SMGCS θα πρέπει να αξιολογήσει τη σημασία αυτής της τάσης.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

υποθέσεις που δείχνει τόσο κοινές και διαφορετικές γονιδιωματικής εκτροπές μεταξύ των τμημάτων MU και SM. Τα αριστερά πάνελ παρουσιάζουν κοινά μοτίβα γονιδιωματικών εκτροπών σε MU και SM για κάθε περίπτωση. Το κέντρο και το δεξί πάνελ παρουσιάζουν διαφορετικά μοτίβα της γονιδιωματικής εκτροπής μεταξύ των δύο τμημάτων σε κάθε περίπτωση

doi:. 10.1371 /journal.pone.0022313.s001

(ΔΕΘ)

Εικόνα S2.

υποθέσεις που δείχνει τόσο κοινές και διαφορετικές γονιδιωματικής εκτροπές μεταξύ των τμημάτων MU και SM. Τα κοινά και διαφορετικά μοτίβα της γονιδιωματικής εκτροπή μεταξύ MU και SM για κάθε περίπτωση παρουσιάζεται

doi:. 10.1371 /journal.pone.0022313.s002

(ΔΕΘ)

Εικόνα S3.

υποθέσεις που δείχνει τόσο κοινές και διαφορετικές γονιδιωματικής εκτροπές μεταξύ των τμημάτων SM και LN. Τα αριστερά πάνελ παρουσιάζουν κοινά πρότυπα της γονιδιωματικής εκτροπή μεταξύ SM και LN για κάθε περίπτωση. Το κέντρο και το δεξί πάνελ παρουσιάζουν διαφορετικά μοτίβα της γονιδιωματικής εκτροπής μεταξύ των δύο τμημάτων σε κάθε περίπτωση

doi:. 10.1371 /journal.pone.0022313.s003

(ΔΕΘ)

Πίνακα S1.

Περιοδική ενισχύσεις και τις διαγραφές στο SMGCS.

doi:. 10.1371 /journal.pone.0022313.s004

(DOC)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε Misuzu Taguchi, Yoko Miyanari και Τσούγιοσι Ιννβο για την εξαιρετική τεχνική βοήθεια τους