Αφηρημένο

Σκοπός

Για να διαλευκανθεί ο ρόλος των βιολογικών και κλινικών επιπτώσεων της ανώμαλης υπερμεθυλίωση προαγωγού (PH) στον καρκίνο των ωοθηκών (OC).

Πειραματικός Σχεδιασμός

PH του

PGP9.5

,

HIC1

,

AIM1

,

APC

,

ΡΑΚ3

,

MGMT

,

KIF1A

,

CCNA1

,

ESR1

,

SSBP2, GSTP1, FKBP4

και

VGF

ήταν αξιολογήθηκε με ποσοτική μεθυλίωση ειδική PCR (QMSP) σε ένα σύνολο εκπαίδευσης. Έχουμε επιλέξει δύο γονίδια (

VGF

και

PGP9.5

) για περαιτέρω ανάλυση QMSP σε μια μεγαλύτερη ανεξάρτητη επικύρωση (IV), που με τα διαθέσιμα κλινικά δεδομένα. Βιολογική σημασία του

VGF

γονιδίου αξιολογήθηκε επίσης.

Αποτελέσματα

συχνότητα PH για

PGP9.5

και

VGF

ήταν 85 % (316/372) και 43% (158/366) αντίστοιχα στην IV σύνολο δειγμάτων ενώ δεν PH παρατηρήθηκε στους μάρτυρες. Σε 372 περιπτώσεις οργανωμένου εγκλήματος με τις διαθέσιμες συνέχεια,

PGP9.5

και

VGF

PH συσχετίσθηκαν με καλύτερη επιβίωση των ασθενών [Δείκτες κινδύνου (HR) για τη συνολική επιβίωση (OS) ήταν 0,59 (95% διαστήματα εμπιστοσύνης (CI) = 0,42 – 0,84, p = 0,004), και 0,73 (95% CI = 0,55 – 0,97, p = 0,028), αντίστοιχα, και για συγκεκριμένες νόσους επιβίωση (DSS) ήταν 0,57 (95% CI 0,39 έως 0,82, p = 0,003) και 0,72 (95% CI 0,54 – 0,96, p = 0,027). Στην πολυπαραγοντική ανάλυση,

VGF

PH παρέμεινε ένα ανεξάρτητο προγνωστικό παράγοντα για το OS (HR 0.61, 95% CI 0,43 – 0,86, p & lt? 0.005) και DSS (HR 0.58, 95% CI 0,41 – 0,83, p & lt? 0.003 ). Επιπλέον,

PGP9.5

PH συσχετίστηκε σημαντικά με χαμηλότερο βαθμό, οι όγκοι πρώιμο στάδιο, και με την απουσία της υπολειμματικής νόσου. Αναγκαστική έκφραση

VGF

σε κυτταρικές σειρές OC ανάπτυξη ανέστειλε κυττάρων.

Συμπεράσματα

Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι

VGF

και

PGP9.5

PH είναι πιθανοί βιοδείκτες καρκίνο ωοθηκών. Οι επιβεβαιωτικές ομάδες με διαχρονική παρακολούθηση απαιτείται σε μελλοντικές μελέτες για να καθορίσουν την κλινική επίδραση του

VGF

και

PGP9.5

PH πριν από την κλινική εφαρμογή

Παράθεση:. brait M , Maldonado L, Noordhuis M, Begum S, M Loyo, Poeta ML, et al. (2013) Ένωση Ανάδοχος μεθυλίωση του

VGF

και

PGP9.5

με καρκίνο των ωοθηκών Εξέλιξη. PLoS ONE 8 (9): e70878. doi: 10.1371 /journal.pone.0070878

Επιμέλεια: Αντώνης W. Ι Lo, το Κινεζικό Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, Χονγκ Κονγκ

Ελήφθη: 18 Ιαν 2013? Αποδεκτές: 24 του Ιούν, 2013? Δημοσιεύθηκε: 27η Σεπτεμβρίου του 2013

Copyright: © 2013 brait et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το βραβείο ανάπτυξης καριέρας με τον Δρ Hoque από εξειδικευμένο πρόγραμμα της ερευνητικής αριστείας P50 επιχορήγηση CA098252 (PI: TC Wu). Ο Δρ Hoque και ο Δρ Begum υποστηρίζονται από ένα Βραβείο Νέου Επιστήμονα Κλινική από το Attendant πτήσης Medical Research Institute. Ο Δρ Marchionni υποστηρίζεται από το Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου P30CA006973 επιχορήγησης. Μ.Ο. Noordhuis είναι αποδέκτης των επιχορηγήσεων από τις studiefonds ολλανδικά Αντικαρκινική Εταιρεία και Jo Kolk. Οι οργανισμοί χρηματοδότησης είχαν κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή δεδομένων, ανάλυση, ερμηνεία των αποτελεσμάτων, την προετοιμασία του χειρογράφου, ή την απόφαση να υποβάλει το χειρόγραφο προς δημοσίευση

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Έχουμε το ακόλουθα συμφέροντα. Σύμφωνα με μια συμφωνία άδειας εκμετάλλευσης μεταξύ OncoMethylome Sciences, SA (τώρα MDxHealth) και το Πανεπιστήμιο Johns Hopkins, D.S. δικαιούται μερίδιο των δικαιωμάτων που έλαβε από το Πανεπιστήμιο μετά από τις πωλήσεις των διαγνωστικών προϊόντων που περιγράφονται σε αυτό το άρθρο. D.S. κατέχει OncoMethylome Sciences, SA απόθεμα, (τώρα MDxHealth), η οποία υπόκειται σε ορισμένους περιορισμούς στο πλαίσιο της πολιτικής του Πανεπιστημίου. D.S. είναι αμειβόμενη σύμβουλος OncoMethylome Sciences, SA (τώρα MDxHealth) και είναι αμειβόμενη μέλος της Επιστημονικής Συμβουλευτικής Επιτροπής της εταιρείας. A. van der Zee ήταν μια πληρωμένη σύμβουλος MDxHealth (Προηγουμένως OncoMethylome Sciences SA). Συγγραφέας ΜΟΗ είναι μέλος PLoS ONE Συντακτική Επιτροπή. Υπάρχει μια αίτηση για δίπλωμα ευρεσιτεχνίας που περιλαμβάνει μερικά από τα στοιχεία που πρέπει να δημοσιεύονται εδώ σε αυτό το άρθρο: WO201 /099.489, EP2401408A2 – Καρκίνος των ωοθηκών Methylome. Δεν υπάρχουν περαιτέρω διπλώματα ευρεσιτεχνίας, τα προϊόντα για την ανάπτυξη ή την εμπορία προϊόντων που να δηλώνουν. Αυτό δεν αλλάζει προσήλωση μας σε όλα τα PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Ο καρκίνος των ωοθηκών (OC) είναι η δεύτερη πιο κοινή γυναικολογικό καρκίνο και η κύρια αιτία θανάτου μεταξύ των γυναικολογικών καρκίνων σε όλο τον κόσμο [1]. 22.240 νέες περιπτώσεις εκτιμήθηκαν για το 2013 στις Ηνωμένες Πολιτείες, που οδηγούν σε 14.030 θανάτους από αυτόν τον τύπο καρκίνου [2]. Η μέση ηλικία των ασθενών με OC είναι 60 έτη και η μέση διάρκεια ζωής του κινδύνου για την ανάπτυξη του οργανωμένου εγκλήματος στις γυναίκες είναι περίπου 1 στα 70 [3]. Εβδομήντα τοις εκατό των ασθενών με OC έχουν προχωρημένη νόσο (στάδιο III ή IV) κατά τη στιγμή της διάγνωσης, με ποσοστό επιβίωσης 5 ετών 15 έως 20%, παρά την επιθετική θεραπεία [4], σε σύγκριση με τους ασθενείς πρώιμο στάδιο με την επιβίωση ποσοστό άνω του 90% [3]. OC έχει γενικά αντιμετωπίζεται με βάση την πλατίνα χημειοθεραπεία και συχνά επανεμφανίζεται λόγω αποκτήθηκαν αντίσταση από λευκόχρυσο. Η αρχική κλινική ανταπόκριση σε φάρμακα με βάση την πλατίνα είναι ένας σημαντικός καθοριστικός παράγοντας της έκβασης των ασθενών με OC. Οι ασθενείς με όγκους που αποδεικνύουν in vitro ακραίες φαρμακευτικής αντοχής σε πλατίνα βρέθηκαν να είναι σε σημαντικά αυξημένο κίνδυνο για εξέλιξη και θανάτου όταν έλαβαν την καθιερωμένη σχήματα με βάση την πλατίνα [5]. Ως εκ τούτου, μείζονος σημασίας είναι να προσδιορίσει χρήσιμο προγνωστικό δείκτες που δείχνει την ευαισθησία της πλατίνας. Αυτά μπορεί να επιτρέψει την καλύτερη επιλογή θεραπείας για την 1

ης γραμμής θεραπεία, πιθανώς επιτρέποντας καλύτερο αποτέλεσμα για τους ασθενείς ανθεκτικοί πλατίνα. Προσδιορισμός κατάλληλων δεικτών για την πρόβλεψη απόκριση σε τυπικά χημειοθεραπευτικά ή νεότερο βιολογικών παραγόντων θα επιτρέψει τη βελτίωση των ποσοστών ελέγχου και θεραπεία για OC, καθώς και η επιλογή της επικουρικής θεραπείας ή ταυτοποίηση ασθενών κατάλληλων για συγκεκριμένες κλινικές δοκιμές. Επιπλέον, η ικανότητα να προβλέψει τα αποτελέσματα OC μετά χειρουργική εκτομή είναι κρίσιμης σημασίας για τους κλινικούς ιατρούς, καθώς θα επηρεάσει την χρήση των επικουρική χημειοθεραπεία και ακτινοβολία θεραπείες. Ένας ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης επιβίωσης OC ήταν συνεπώς είναι πολύτιμη για τους ιατρούς και τους ασθενείς στην επιλογή θεραπευτικών επιλογών.

Είναι γνωστό ότι η γενετική (αλλαγές στην αλληλουχία του DNA, όπως διαγραφές, επιμηκύνσεις και μεταλλάξεις) και επιγενετικές μεταβολές (που ορίζεται ως κληρονομικές αλλαγές στη γονιδιακή έκφραση που συμβαίνουν χωρίς αλλαγές στην αλληλουχία DNA) να συμβάλλει στην ανάπτυξη και πρόοδο των καρκινικών κυττάρων [6]. Οι πιο κοινές επιγενετικό εκδηλώσεις περιλαμβάνουν μεθυλίωση του DNA και ακετυλίωση ιστονών [7], που είναι μεθυλίωσης του DNA πιθανώς το πιο ευρέως μελετηθεί πτυχή της επιγενετική όσον αφορά την καρκινογένεση, και τον κεντρικό άξονα φαρμακολογικών παρεμβάσεων σε κλινικές δοκιμές. Αναφέρεται στην προσθήκη μιας ομάδας μεθυλίου στην θέση 5-άνθρακος του δακτυλίου κυτοσίνης για να σχηματίσει την 5-μεθυλκυτοσίνη (5mC), αλλά μόνο σε κυτοσίνες που προηγούνται ένα γουανοσίνης στην αλληλουχία του DNA, που είναι γνωστή ως CpG δινουκλεοτίδιο [8]. Υπάρχουν CpG περιοχές πλούσιες γνωστές ως νησίδες CpG που συνήθως καλύπτουν την περιοχή 5 ‘άκρο (υποκινητή, μη μεταφραζόμενη περιοχή και το εξώνιο 1) πολλών γονιδίων με δραστικότητα καταστολέα όγκων και είναι συνήθως μη μεθυλιωμένο σε φυσιολογικά κύτταρα [9]. Το ανθρώπινο γονιδίωμα σε αυτό φυσιολογικά κύτταρα δεν είναι μεθυλιωμένη ομοιόμορφα, που περιέχουν μη μεθυλιωμένα τμήματα που διανθίζονται με μετουσιωμένο περιοχές [10], ενώ τα μοτίβα καρκινικά κύτταρα μεθυλίωσης μεταβληθεί, που υποβάλλονται σε παγκόσμια υπομεθυλίωση του DNA [11], καθώς και υπερμεθυλίωση ορισμένα νησιά CpG [8] . Η ανώμαλη CpG νησί υπερμεθυλίωση (ιδίως στην υποκινητή ογκοκατασταλτικά γονίδια »), καθώς και ιστόνης τροποποίηση οδηγούν σε μεταγραφικές αδρανοποίηση και γονιδιακή σίγηση, είναι ένα κοινό φαινόμενο σε ανθρώπινα καρκινικά κύτταρα και πιθανόν μία από τις πρώτες εκδηλώσεις στην καρκινογένεση [7]. Ειδικότερα, υπερμεθυλίωση προαγωγέα (PH) είναι μια συχνή μηχανισμός αδρανοποίησης των ογκοκατασταλτικών γονιδίων (ΟΚΓ) [7], [8] και PH ορισμένων γονιδίων που σχετίζονται με τον καρκίνο βρέθηκε να σχετίζεται με θεραπευτική ανταπόκριση και την έκβαση της νόσου [12 ], [13].

στην παρούσα μελέτη, αναλύσαμε PH των 13 γονιδίων

(PGP9.5

,

HIC1

,

AIM1

,

APC

,

ΡΑΚ3

,

MGMT

,

KIF1A

,

CCNA1

,

ESR1

,

SSBP2, GSTP1

,

VGF, FKBP4)

από ποσοτική φθορισμογόνο σε πραγματικό χρόνο μεθυλίωσης ειδική PCR (QMSP) σε ένα σύνολο εκπαίδευσης και δοκιμαστεί τελικά δύο γονίδια (

VGF

και

PGP9.5

) σε ένα ανεξάρτητο σύνολο επικύρωσης για να αξιολογούν κατά πόσο υπάρχει οποιαδήποτε σύνδεση των PH αυτών των δύο γονιδίων με οποιαδήποτε κλινικοί παράγοντες συμπεριλαμβανομένης συνολική έκβαση του ασθενούς. Επιπλέον, μελετήσαμε το ρόλο των VGF ως αντι-ογκογόνο μόριο που προέρχεται OC κυτταρικές σειρές.

Υλικά και Μέθοδοι

ομάδα μελέτης

Κατάρτιση Set.

για να συνθέσει το πρώτο σύνολο των δειγμάτων που λαμβάνονται δείγματα του ιστού του όγκου των ωοθηκών από το αρχείο του ιστού μας, που συλλέχθηκαν από 33 ασθενείς με επιθηλιακό OC που υποβλήθηκαν σε θεραπευτική χειρουργική επέμβαση στο The Johns Hopkins University School of Medicine. Λάβαμε επίσης δείγματα από 24 ασθενείς με OC που υποβλήθηκαν σε χειρουργική επέμβαση στο Πανεπιστήμιο Campus Bio-Medico, Ρώμη της Ιταλίας. Για να συμπεριληφθεί στην ομάδα, αποτελεί επιλέξιμη ασθενής έπρεπε να έχουν μια επιβεβαιωμένη διάγνωση της OC και επαρκή ποσότητα αρχειακού υλικού του όγκου για την εκχύλιση του DNA. Τα δείγματα διατηρούνται σε παραφίνη, και ένα σύνολο διαφανειών (10 μικρά πάχους) ελήφθησαν από κάθε μπλοκ. Η δημογραφική και κλινικές πληροφορίες που λαμβάνονται από το μηχανογραφημένο μητρώο του όγκου στο The Johns Hopkins Σύστημα Υγείας ή από το μητρώο στο Τμήμα Μαιευτικής και Γυναικολογίας, Πανεπιστημιούπολη Βιο-Medico της Ρώμης, στην Ιταλία. Οι όγκοι ταξινομούνται σύμφωνα με το σύστημα σταδιοποίησης ΦΥΓΩ [14]. Από τους ασθενείς Johns Hopkins (33), 16 ασθενείς παρουσιάζονται με αρχικό στάδιο της νόσου (15 στάδιο Ι και 1 στάδιο ΙΙ) και 17 με προχωρημένη νόσο (14 στάδιο ΙΙΙ και 3 σταδίου IV). Όλα τα δείγματα ήταν επιθηλιακά καρκινώματα των ωοθηκών με ορώδες-θηλώδες ιστολογία. Από τους 24 ασθενείς από την Ιταλία, 10 είχαν πρώιμο στάδιο της νόσου (6 με σταδίου Ι και 4 με τη φάση ΙΙ), 13 είχαν προχωρημένη νόσο (12 με σταδίου ΙΙΙ, και 1 με το στάδιο IV) και 1 είχε άγνωστη στάδιο. Δεκαοκτώ ασθενείς παρουσιάζονται με επιθηλιακά καρκινώματα των ωοθηκών (ορώδες, ενδομητριοειδές, βλεννώδες, πλακώδες, αδιαφοροποίητα), ένα με γεννητικών κυττάρων του όγκου, τέσσερις παρουσιάζονται με δευτερογενή (μεταστατικό) όγκους, και 1 ασθενής είχε άγνωστη ιστολογία. Το φυσιολογικό επιθήλιο ιστό των ωοθηκών ελήφθη από 13 ασθενείς οι οποίοι υποβλήθηκαν σε προφυλακτική χειρουργική επέμβαση για οποιαδήποτε καλοήθης κατάσταση στο νοσοκομείο Σαν Χοσέ Tec de Μοντερέι στο Μεξικό. Μια λεπτομερής περίληψη του εκπαιδευτικού συνόλου των ασθενών που είναι διαθέσιμο στον Πίνακα 1 (Α).

Η

ανεξάρτητη επικύρωση (IV) Ορισμός.

Αναλύσαμε ένα ανεξάρτητο σύνολο επικύρωσης για την πιο ελπιδοφόρα γονίδια. Αυτή η ανεξάρτητη ομάδα αποτελούνταν από 372 όγκους των ωοθηκών, 17 οριακή όγκους και 18 cystadenomas ωοθηκών (όλα διατηρηθεί ως κατεψυγμένα δείγματα). Αυτοί οι ασθενείς υποβλήθηκαν σε χειρουργική επέμβαση στο Ιατρικό Κέντρο του Πανεπιστημίου του Groningen, Groningen (UMCG), Κάτω Χώρες. Η δημογραφική και κλινικές πληροφορίες που προέρχονται από το μητρώο του Τμήματος Γυναικολογικής Ογκολογίας, UMCG, Ολλανδία. Μια λεπτομερής σύνοψη των δημογραφικών και κλινικοπαθολογικών παραμέτρων των δειγμάτων αυτών φαίνεται στον Πίνακα 1 (Β).

Έγκριση για την έρευνα σε ανθρώπινα υποκείμενα αποκτήθηκε από τα διοικητικά συμβούλια των θεσμικών αναθεώρηση του Πανεπιστημίου Johns Hopkins. Αυτή η μελέτη πληροί τις προϋποθέσεις για απαλλαγή βάσει του Αμερικάνικο Υπουργείο Υγείας και Ανθρωπίνων Υπηρεσιών της πολιτικής για την προστασία του ανθρώπου [45 CFR 46.101 (β)]. IRB κατευθυντήριες γραμμές ακολουθήθηκαν σε κάθε έναν από τους εμπλεκόμενους φορείς. Όλα τα ανθρώπινα υλικά που χρησιμοποιήθηκαν στη μελέτη από το Τμήμα Μαιευτικής και Γυναικολογίας, Πανεπιστημιούπολη Βιο-Medico της Ρώμης, στην Ιταλία, συλλέχθηκαν σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές της Τοπικής Επιτροπής Ηθικής της Campus Bio-Medico της Ρώμης. Οι κατευθυντήριες γραμμές της Επιτροπής Δεοντολογίας Τοπική, οι οποίες είναι σε προεπιλογή συμβατό προς την Αρχή Δεδομένων ιταλική Προστασίας, καθορίζει ότι τα δείγματα συλλέχθηκαν αναδρομικά από το Τμήμα Παθολογίας (φορμόλη-σταθερό, έχει εμπεδωθεί με παραφίνη ιστό) δεν πρέπει να έχουν καμία έγκριση και είναι απαλλάσσονται από την απόκτηση γραπτή συγκατάθεση. Σύμφωνα με τους κανόνες ιταλική Προστασίας Δεδομένων Αρχή (https://www.garanteprivacy.it/web/guest/home_en έγγρ web n 1884019), Ιταλικά θεσμικά όργανα στην προεπιλογή επιτρέπεται να χρησιμοποιούν τα δείγματα και τα αντίστοιχα κλινικά δεδομένα που περιλαμβάνονται στη μελέτη. Όλα τα δείγματα που συλλέγονται από το Νοσοκομείο San Jose Tec de Monterrey, Μοντερέι, Μεξικό συλλέχθηκαν σύμφωνα με τους κανόνες επιτροπή δεοντολογίας. Σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές από τη μεξικανική νομοθεσία για την Έρευνα Υγείας (Reglamento de la Ley General de Salud en Materia de Investigación para la Salud, άρθρο 23

ου, 2

ου τίτλου, 1

κεφάλαιο st: αναδρομικές μελέτες θεωρούνται μελέτες μη-κινδύνου και ως εκ τούτου δεν απαιτείται γραπτή συγκατάθεση από τους συμμετέχοντες ή Ηθικές από έγκριση της επιτροπής. τα δείγματα από το Μεξικό ήταν από αρχειοθετημένα δείγματα (φορμόλη-σταθερό, έχει εμπεδωθεί με παραφίνη ιστού) και ανακτήθηκαν από το αρχείο παθολογίας των νοσοκομείων . για τους ασθενείς που προέρχονται από την UMCG στην Ολλανδία, οι ασθενείς έδωσαν συγκατάθεση για τη συλλογή και την αποθήκευση των δειγμάτων ιστού σε μια τράπεζα ιστών για μελλοντική έρευνα. Όλα τα σχετικά δεδομένα του ασθενούς ανακτήθηκαν και μεταφέρθηκαν σε ένα ανώνυμο, προστατεύονται με κωδικό πρόσβασης, βάση δεδομένων. Η . η ταυτότητα των ασθενών προστατευόταν από μελέτη ειδικών, μοναδικούς κωδικούς του ασθενούς και την πραγματική τους ταυτότητα ήταν γνωστή μόνο σε δύο ειδικές διαχειριστές των δεδομένων Σύμφωνα με την ολλανδική νομοθεσία, αυτές οι προφυλάξεις που σήμαινε ήταν απαραίτητη καμία περαιτέρω έγκριση του διοικητικού συμβουλίου αναθεώρηση των θεσμικών (http: //www.federa .org /). δεδομένα όλων των ασθενών ήταν de-εντοπίστηκαν για τους ερευνητές σε όλες τις 4 ιδρύματα.

Γονίδιο Επιλογής

Στην παρούσα μελέτη, επιλέξαμε ένα σύνολο 13 γονιδίων για να αναλύσει την κατάσταση μεθυλίωσης τους (χρησιμοποιώντας QMSP ) με μια προσέγγιση υποψηφίου γονιδίου. επιλεγμένων γονιδίων βασίστηκαν σε καρκίνο συγκεκριμένες μεθυλίωση τους σε OC ή /και οποιοδήποτε άλλο στερεό τύπους καρκίνου. Τα γονίδια που επιλέχθηκαν ήταν:

PGP9.5

,

HIC1

,

AIM1

,

APC

,

ΡΑΚ3

,

MGMT

,

KIF1A

,

CCNA1

,

ESR1

,

SSBP2, GSTP1, VGF

και

FKBP4

. Μια λεπτομερής περίληψη των πληροφοριών σχετικά με αυτά τα γονίδια είναι διαθέσιμη στον πίνακα S1 στο S1 αρχείου.

Με βάση τις μεταβολές των προαναφερόμενων γονιδίων στον καρκίνο (που συζητείται περαιτέρω στο τμήμα συζήτηση), αναλύσαμε όλα αυτά τα 13 γονίδια σε ένα σύνολο εκπαίδευσης των δειγμάτων και επέλεξε δύο γονίδια (

VGF

και

PGP9.5

) για περαιτέρω ανάλυση ενός μεγάλου και σχολιασμένη ανεξάρτητο σύνολο των δειγμάτων. Τα κριτήρια επιλογής των γονιδίων που πρόκειται να δοκιμαστεί σε ανεξάρτητο σύνολο επικύρωσης ήταν: α) η συχνότητα μεθυλίωσης σε δείγματα όγκων στο σύνολο εκπαίδευσης? β) τη συχνότητα μεθυλίωσης σε φυσιολογικά δείγματα? Γ) Φαντεζί του γονιδίου για OC? D) γνωστές λειτουργίες του κάθε γονιδίου από την αναζήτηση βιβλιογραφίας /PubMed.

DNA

εξόρυξη

Μετά την αρχική de-ταυτοποίησης του ασθενούς, όλα τα πρωτότυπα διαφάνειες OC ιστολογική αναθεωρήθηκαν για να επιβεβαιώσουν τη διάγνωση από έναν ανώτερο παθολόγο. Ένα αντιπροσωπευτικό συγκρότημα ανακτήθηκε για την εκχύλιση του DNA. Ελήφθησαν ιστολογική διαφανειών από την σταθεροποιημένο με φορμαλίνη, εγκλεισμένα σε παραφίνη ιστού. Τα σλάϊντς μικροτομή να ληφθούν & gt? 70% νεοπλασματικά κύτταρα. Η μικροδιατομή φυσιολογικό επιθήλιο των ωοθηκών απομονώθηκε από ωοθηκικό ιστό εκτομή κατά την διάρκεια χειρουργείου, επιβεβαιώνοντας μετά την απουσία οποιασδήποτε κακοήθη και /ή προ-κακοήθη διαδικασία στον ιστό. DNA εκχυλίζεται χρησιμοποιώντας το πρωτόκολλο εκχύλισης φαινόλης-χλωροφόρμιο που ακολουθείται από καταβύθιση με αιθανόλη, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [15]. Ως προς τα δείγματα UMCG, DNA απομονώθηκε με τη χρήση τυποποιημένων εκχύλιση άλατος-χλωροφόρμιο και καθίζηση με ισοπροπανόλη. Το καταβυθισμένο DNA επαναιωρήθηκε σε ρυθμιστικό Tris-EDTA (10 mM Tris? 1 mM EDTA, ρΗ 8,0). Γονιδιακού DNA ενισχύθηκε σε ένα multiplex PCR σύμφωνα με το πρωτόκολλο BIOMED-2, για να ελέγξετε την ποιότητα του DNA [16].

όξινο θειώδες νάτριο Θεραπεία

DNA από πρωτοπαθείς όγκους και φυσιολογικό επιθήλιο των ωοθηκών ήταν υποβάλλεται σε κατεργασία όξινο θειώδες νάτριο, το οποίο μετατρέπει μη μεθυλιωμένα υπολείμματα κυτοσίνης σε ουρακίλη καταλοίπων, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [17]. Για το σκοπό αυτό, το κιτ EpiTect Bisulfite (Cat Νο 59104, QIAGEN Inc., Valencia, CA) χρησιμοποιήθηκε σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Για τα δείγματα UMCG, διθειώδες αγωγή εκτελέστηκε με το κιτ μεθυλίωση EZ DNA σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή (Ζυμογόνο, BaseClear, Leiden, Ολλανδία). Μετά την επεξεργασία, το DNA αποθηκεύτηκε σε -80 ° C μέχρι να χρησιμοποιηθούν.

Ανάλυση μεθυλίωσης

κατεργασμένου με όξινο θειώδες DNA χρησιμοποιήθηκε ως μήτρα για με βάση φθορισμό πραγματικού χρόνου PCR, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [ ,,,0],17]. Οι αντιδράσεις ενίσχυσης διεξήχθησαν εις τριπλούν σε ένα τελικό όγκο 20 μL που περιείχαν 3 μλ όξινου θειώδους-τροποποιημένου DNA? 600 nm συγκεντρώσεις εμπρόσθιοι και αντίστροφοι εκκινητές? 200 nM καθετήρα? 0.6 U της πλατίνας Taq πολυμεράσης (Invitrogen, Frederick, MD)? 200 μΜ συγκεντρώσεις καθένα από τα dATP, dCTP, dGTP και dTTP? και 6,7 mM ΜαΟΙ

2. Οι εκκινητές και ανιχνευτές σχεδιάστηκαν να ενισχύσουν ειδικά τους υποκινητές των 13 γονίδια που ενδιαφέρουν και του υποκινητή ενός γονιδίου αναφοράς,

ACTB

? Οι αλληλουχίες εκκινητών και ανιχνευτών και θερμοκρασίες ανόπτησης που παρέχεται στον Πίνακα S2 σε S1 αρχείου. Πολλαπλασιασμοί διεξήχθηκαν χρησιμοποιώντας το ακόλουθο προφίλ: 95 ° C για 3 λεπτά, ακολουθούμενη από 50 κύκλους στους 95 ° C για 15 δευτερόλεπτα και 60 ° C για 1 λεπτό. Οι αντιδράσεις ενίσχυσης διεξήχθησαν σε πλάκες 384-φρεατίων σε έναν ανιχνευτή ακολουθία 7900HT (Perkin-Elmer Applied Biosystems, Beverly, ΜΑ) και αναλύθηκαν με ένα σύστημα ανιχνευτή ακολουθία (SDS 2,4? Applied Biosystems). Κάθε πλάκα συμπεριληφθούν δείγματα DNA ασθενών, θετικό (

in vitro

μεθυλιωμένου λευκοκυττάρων DNA) και αρνητικό (κανονικό DNA λευκοκυττάρων ή DNA από ένα γνωστό μη μεθυλιωμένα κυτταρική γραμμή) μάρτυρες, και πολλαπλές κενά νερό. Λευκοκυττάρων DNA από ένα υγιές άτομο μεθυλιώθηκε

in vitro

με περίσσεια SSSI μεθυλοτρανσφεράσης (New England Biolabs Inc., Beverly, ΜΑ) για να δημιουργήσει πλήρως μεθυλιωμένο DNA, και σειριακές αραιώσεις (90 έως 0,009 ng) αυτού του DNA ήταν χρησιμοποιήθηκε για να κατασκευαστεί μια καμπύλη βαθμονόμησης για κάθε πλάκα. Όλα τα δείγματα ήταν εντός του εύρους της ανάλυσης της ευαισθησίας και της αναπαραγωγιμότητας βασίζεται στην ενίσχυση του εσωτερικού προτύπου αναφοράς (κύκλος όριο [CT] τιμή για το

ACTB

40). Το σχετικό επίπεδο του μεθυλιωμένου DNA για κάθε γονίδιο σε κάθε δείγμα προσδιορίστηκε ως η αναλογία του ειδικού γονιδίου ΡΟΚ-ενισχυμένου μεθυλίωση για

ACTB

(γονίδιο αναφοράς) και στη συνέχεια πολλαπλασιάζεται με 1000 για ευκολότερη πινακοποίηση (μέση τιμή των τριπλών του γονίδιο που μας ενδιαφέρει διαιρείται με την [μέση τιμή των τριπλών του

ACTB

] × 1000). Τα δείγματα ταξινομήθηκαν ως μη μεθυλιωμένη ή μεθυλιωμένη βάση την ευαισθησία της δοκιμασίας.

Για

VGF

, διθειώδες ανάλυση αλληλουχίας πραγματοποιήθηκε επίσης για την επιβεβαίωση της κατάστασης μεθυλίωσης στις κυτταρικές σειρές που προέρχονται από τον καρκίνο των ωοθηκών (IGROV, IGROV CP, Α2780, Α2780 CP, το 2008 και το 2008 C13) και από κανονική κυτταρικές σειρές επιθηλίου επιφάνεια των ωοθηκών (ΟΣΕ) (OSE2A, OSE2B και OSE7). Κατεργασμένο με όξινο θειώδες DNA ενισχύθηκε για την 5 ‘περιοχή η οποία περιλαμβάνεται τουλάχιστον ένα τμήμα του νησιού CpG εντός 1 kb της προτεινόμενης θέσης έναρξης μεταγραφής (TSS), το ενδεχόμενο το ίδιο εμβαδόν με τους εκκινητές QMSP και ανιχνευτή. Οι εκκινητές σχεδιάστηκαν να μην περιέχουν θέσεις CpG, και λαμβάνοντας υπόψη το κατεργασμένο με όξινο θειώδες αλληλουχία, προκειμένου να ενισχύσει την περιοχή ανεξάρτητα από την κατάσταση μεθυλίωσης του, που μας επιτρέπει να παρατηρήσουμε χωρίς προκατάληψη αντίδραση. Η αλληλουχία εκκινητές ήταν: 5’-Forward TTTGTTTTTGTTAGGGGGTTGTT-3 ‘και 5′-Αντίστροφη AACACCAATAAAAACTAATACTA-3’. PCR προϊόντα καθαρίστηκαν επί πηκτής χρησιμοποιώντας το κιτ QIAquick Gel Extraction (Qiagen, Valencia, CA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Κάθε δείγμα ενισχυμένου DNA αλληλουχήθηκε από τον αναλυτή DNA Applied Biosystems 3700 με χρήση των εμπρός ή αντίστροφους εκκινητές και τερματισμού με χρωστική BD (Applied Biosystems, Foster City, CA). Τρεις ανεξάρτητες αντιδράσεις έτρεξαν να επιβεβαιώσουν τα παρατηρούμενα δεδομένα.

Στατιστική Ανάλυση

Η στατιστική ανάλυση έγινε με το IBM SPSS Statistics 19.0 (SPSS Inc., Chicago, IL). Για κάθε γονίδιο ένα όριο μεθυλίωση (cut-off) πάνω από την υψηλότερη τιμή στην ομάδα ελέγχου χρησιμοποιήθηκαν για να επιτευχθεί 100% ειδικότητα στο σύνολο εκπαίδευσης και τις ίδιες τιμές cut-off εφαρμόστηκαν για

VGF

και

PGP9.5

σε ανεξάρτητο σύνολο επικύρωσης, της ανάλυσης διεξήχθησαν επίσης χρησιμοποιώντας αποκοπής στο 75

ο εκατοστημόριο των τιμών μεθυλίωσης. Οι διαφορές στην μεθυλίωση αναλογία μεταξύ φυσιολογικά και καρκίνων αξιολογήθηκαν με την ακριβή δοκιμή του Fisher. Επιπλέον, οι τιμές υπερμεθυλίωση για κάθε γονίδιο συγκρίθηκαν επίσης μεταξύ του καρκίνου και φυσιολογικά με Mann-Whitney U test. Συσχετίσεις των επιπέδων μεθυλίωσης των γονιδίων εκτιμήθηκαν με συντελεστές συσχέτισης Spearman. Η συσχέτιση μεταξύ υπερμεθυλίωσης και των κλινικο-παθολογικών χαρακτηριστικών αξιολογήθηκε με λογιστική παλινδρόμηση, chi-square και ακριβή τεστ του Fisher, ανάλογα με την περίπτωση. Η συνολική επιβίωση (OS) ορίστηκε ως ο χρόνος από τη διάγνωση μέχρι θανάτου από οποιαδήποτε αιτία ή την τελευταία επίσκεψη παρακολούθησης ζωντανός. Συγκεκριμένες ασθένειες επιβίωσης (DSS) ορίστηκε ως το χρονικό διάστημα από τη διάγνωση μέχρι το θάνατο ως συνέπεια της OC. Διαφορές στο OS και DSS σύμφωνα με κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά και μεθυλίωση των γονιδίων αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας ανάλυση παλινδρόμησης Cox. Όλες οι σημαντικές μεταβλητές με ένα

τιμή P

& lt? 0,05 σε μονοπαραγοντική ανάλυση συμπεριλήφθηκαν στην πολυπαραγοντική ανάλυση.

τιμή P s & lt? 0,05 θεωρήθηκαν στατιστικά σημαντικές. Όλο το

αξίες P

είναι δύο όψεων.

Θεραπεία

5-αζα-2′-δεοξυκυτιδίνη των κυττάρων και αντίστροφη μεταγραφή-PCR και σε πραγματικό χρόνο αντίστροφη μεταγραφή-PCR

Εμείς σπέρνεται (πυκνότητα: 1 × 10

6) έξι κυτταρικές σειρές καρκίνου των ωοθηκών (IGROV, IGROV CP, Α2780, Α2780 CP, το 2008 και το 2008 C13) γραμμές στις αντίστοιχες μέσο καλλιέργειας τους και να τους διατηρείται για 24 ώρες πριν από τη θεραπεία τους με 5 μΜ 5-αζα-2′-δεοξυκυτιδίνη (5-αζα-dC? Sigma) για 5 έως 7 ημέρες. Εμείς ανανεωμένη μέσο που περιέχει 5-αζα-άΟ κάθε 24 ώρες κατά τη διάρκεια της θεραπείας. Εμείς χειρίζεται τα κύτταρα ελέγχου (ψεύτικη θεραπεία) κατά τον ίδιο τρόπο, χωρίς την προσθήκη 5-αζα-DC. Έχουμε αντιμετωπίζονται επίσης 5-αζα-dC σε συνδυασμό με τριχοστατίνη Α (TSA, Sigma, St. Louis, ΜΟ), έναν αναστολέα deacecetylase ιστόνης, και TSA μόνο. Στοκ διαλύματα των 5-αζα-dC διαλύθηκαν σε φωσφορικό ρυθμιστικό αλατούχο διάλυμα PBS (ρΗ 7.5). Παρασκευάσαμε ολικό RNA χρησιμοποιώντας Qiazol (Qiagen Inc. Valencia, CA), ακολουθώντας τις οδηγίες του κατασκευαστή.

Αντίστροφη μεταγραφή-ΡΟΚ (RT-PCR)

cDNA συντέθηκε χρησιμοποιώντας Superscript III (Invitrogen, Life Technologies, Carlsbad, CA), με αρχικό ποσό του 1 μg του RNA, ακολουθώντας πρότυπο πρωτόκολλο της. RT-PCR διεξήχθη όπως περιγράφηκε προηγουμένως [18]. Ένα μικρολίτρο εκάστου cDNA χρησιμοποιήθηκε για πραγματικού χρόνου RT-PCR χρησιμοποιώντας ειδικούς εκκινητές και ανιχνευτή TaqMan για το γονίδιο ενδιαφέροντος. Πολλαπλασιασμοί διεξήχθηκαν σε πλάκες 384-φρεατίων σε μια 7900HT Sequence Detector System (Applied Biosystems, Foster City, CA). Η έκφραση των γονιδίων σε σχέση με την αφυδρογονάση 3-φωσφορικής αφυδρογονάσης (GAPDH) υπολογίστηκε με βάση τον κύκλο κατωφλίου (Ct) ως 2

-Δ (ΔΟΙ), όπου ΔΟ

t = C

t, γονίδιο- C

t, GAPDH και Δ (ΔΟ

t) = ΔΟ

t, αΖΑ-ΔΟ

t, M (Μ, mock θεραπεία? Aza, 5-αζα-dC θεραπεία) [19] .

Colony δοκιμασία εστίαση

σύγκριση του προφίλ μεθυλίωσης και την έκφραση του

VGF

σε 3 φυσιολογικές κυτταρικές σειρές επιθηλίου επιφάνεια των ωοθηκών (ΟΣΕ) (OSE2A, OSE2B και OSE7) και 3 ζεύγη ισογονιδιακές OC κυτταρικές σειρές (Α2780 και A2780cp, 2008 και 2008C13, και IGROV και IGROV CP) διαφορετικά σε σχέση με σισπλατίνη ευαισθησία. Στη συνέχεια εκτελείται δοκιμασία σχηματισμού εστίασης για VGF χρησιμοποιώντας δύο κυτταρικές σειρές (2008 και 2008C13) που ήταν μεθυλιωμένα και δεν εκφράζουν

VGF.

Η

OC κυτταρικές σειρές 2008 και 2008C13 σπάρθηκαν σε δίσκους των 10 cm και επιμολυσμένα με φορέα έκφρασης VGF (pCMV6-AC-VGF-GFP) και άδειο φορέα (pCMV6-AC-GFP) (ΟηΟεηε, Rockville, MD). Είκοσι τέσσερις ώρες μετά την επιμόλυνση, τα κύτταρα χωρίστηκαν σε πολλά πιάτα. Από την επόμενη ημέρα, τα κύτταρα καλλιεργήθηκαν για 2 εβδομάδες σε μέσο που περιέχει 400 μg /ml και 30 μg /mL του G418 (Cellgro, Manassas, VA) για το 2008 και 2008C13 αντίστοιχα. Μετά από 2 εβδομάδες τα κύτταρα πλύθηκαν δύο φορές με PBS, μονιμοποιήθηκαν με 25% οξικό οξύ και 75% μεθανόλη σε θερμοκρασία δωματίου για 10 λεπτά και στη συνέχεια χρωματίζονται με 0,1% κρυσταλλικό ιώδες. Οι αποικίες μετρήθηκαν και ο αριθμός των αποικιών ανά τρυβλίο υπολογίστηκε κατά μέσο όρο από τρία ανεξάρτητα πειράματα (αποικίες στην & gt? 2 mm σε διάμετρο θεωρήθηκαν ως θετικό). Για να επιβεβαιωθεί η έκφραση του VGF, τα κύτταρα συλλέχθηκαν 48 ώρες μετά την επιμόλυνση και ανάλυση κηλίδας Western εκτελέστηκε, χρησιμοποιώντας VGF αντίσωμα (Santa Cruz, CA), ομαλοποιήθηκε με β-ακτίνης επίπεδα (αντίσωμα από την Sigma-Aldrich, Saint Louis, ΜΟ).

Αποτελέσματα

Συνολικά συχνότητα μεθυλίωσης σε δείγματα OC και Κανονική ωοθηκών δείγματα (Training Set)

Δεκατρείς γονίδια (

PGP9.5

,

HIC1

,

AIM1

,

APC

,

ΡΑΚ3

,

KIF1A

,

CCNA1

,

ESR1

,

SSBP2, GSTP1

,

MGMT, VGF

και

FKBP4

) αναλύθηκαν για το pH χρησιμοποιώντας QMSP σε δύο διαφορετικά σετ δειγμάτων. Τα παρατηρούμενα συχνότητες μεθυλίωση του κάθε γονιδίου για το σύνολο εκπαίδευσης συνοψίζονται στον Πίνακα 2Α. Εν συντομία, το σύνολο εκπαίδευσης (σύνολο), οι πιο συχνά μεθυλιωμένα γονίδια ήταν:

PGP9.5

,

HIC1

,

ESR1 και VGF

. Η παρατηρούμενη συχνότητα της μεθυλίωσης σε αυτό το σύνολο ήταν 19% (11/57) για

ESR1

, 67% (38/57) για

HIC1

, 28% (16/57) για

PGP9.5

και 37% (21/57) για

VGF

. Κάθε μία από τις τελευταίες 4 γονίδια ήταν σημαντικά πιο μεθυλιωμένα σε OC από το κανονικό (p = & lt? 0,05 για κάθε γονίδιο). Συνδυάζοντας όλα τα 4 γονίδια που αναλύονται στο σύνολο εκπαίδευσης, παρατηρούμε μεθυλίωση σε τουλάχιστον 1 από τα 4 γονίδια στο 81% (46/57) των δειγμάτων OC, με ειδικότητα 100%.

Η

Αυτό το σύνολο των δειγμάτων όγκου αναλύθηκαν μόνο γονίδιο το σκοπό της προεπιλογής. Για τη μεγιστοποίηση της εξειδίκευσης, μια εμπειρική τιμή αποκοπής προσδιορίστηκε πάνω από την υψηλότερη τιμή στην ομάδα ελέγχου για κάθε γονίδιο. Η τιμή αποκοπής του κάθε γονιδίου φαίνεται στον Πίνακα 2Α.

Σύνδεσης μεταξύ αλλαγές μεθυλίωσης του DNA και κλινικοπαθολογοανατομικές παράγοντες στην εκπαίδευση που

σύγκριση της κατάστασης μεθυλίωσης των δύο γονιδίων (

PGP9.5

και

VGF

) σε 57 δείγματα OC της εκπαίδευσης που στις δημογραφικές και κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους όπως η ηλικία, το στάδιο, ιστολογικό τύπο, το βαθμό, το κάπνισμα και το ιστορικό κατανάλωσης αλκοόλ των ασθενών, με την υλικοτεχνική ανάλυση παλινδρόμησης.

VGF

μεθυλίωση ήταν συχνά παρούσα σε προηγούμενα στάδια (στάδιο Ι και ΙΙ), του οργανωμένου εγκλήματος, σε σύγκριση με το τελευταίο στάδιο (στάδιο ΙΙΙ και IV) των όγκων [14/26 (54%) έναντι 6/30 (20 %) μετουσιωμένο] (αναλογία πιθανοτήτων, OR = 0,21, 95C.I. [0,07 – 0,7],

σ

value = 0,011). Συσχετίσεις με όλες τις άλλες παραμέτρους κλινικοπαθολογική δεν ήταν σημαντικές με μεθυλίωση οποιουδήποτε από τα άλλα γονίδια (Πίνακας 3Α).

Η

Η μεθυλίωση συχνότητα

VGF

και

PGP9.5

στην ανεξάρτητη επικύρωση (IV) σύνολο των δειγμάτων και κλινικοπαθολογοανατομικών συσχέτιση

με βάση τη διαθεσιμότητα των δειγμάτων και καινοτομία των γονιδίων για OC και μεθυλίωση συχνότητες στο σετ εκπαίδευσης, επιλέξαμε 2 γονίδια (

VGF

και

PGP9.5

) για τη δοκιμή σε μια ανεξάρτητη ομάδα των δειγμάτων που αποτελείται από 372 καρκινώματα, 18 οριακή όγκους και 17 cystadenomas. Τόσο

VGF

και

PGP9.5

μεθυλίωσης έδειξε ένα συγκεκριμένο μοτίβο του καρκίνου, με 43% και 85% αντίστοιχα συχνότητα σε όγκους, ενώ το 0% σε φυσιολογικούς, όπως αναφέρθηκε προηγουμένως (Πίνακας 2Β) ( Φιγούρα 1). Ενδιαφέρον παρουσιάζει υψηλή συχνότητα μεθυλίωσης παρατηρήθηκε και για τα δύο γονίδια σε οριακά όγκους και κυσταδένωμα (Πίνακας 2Β) (Σχήμα 1).

Ο υπολογισμός του

PGP9.5

ή

VGF

γονίδιο να

αναλογίες

β-ακτίνης βασίστηκε στις τιμές έντασης εκπομπής φθορισμού για αμφότερα τα γονίδια που λαμβάνονται με ποσοτική μεθυλίωση-ειδική ανάλυση σε πραγματικό χρόνο PCR. Τα λαμβανόμενα ποσοστά πολλαπλασιάστηκαν κατά 1.000 για ευκολότερη κωδικοποίηση. Οι τιμές που υποδεικνύονται Zero στο κάτω μέρος του γραφήματος, που δείχνει την ποσότητα των δειγμάτων, καθώς δεν μπορούν να καταγράφεται σωστά σε λογαριθμική κλίμακα. (Α)

PGP9.5

τιμές μεθυλίωσης σε φυσιολογικά δείγματα (0/13, 0%), cystadenomas (12/17, 71%), οριακά όγκους (18/18, 100%) και των ωοθηκών ( 316/372, 85%). (Β) Η μεθυλίωση του

PGP9.5

διάρκεια των ιστολογικών τύπων (O.R = 0,24, 95% C.I [0,14 – 0,40],

σ

& lt?. 0.001). (C)

PGP9.5

μεθυλίωση συσχετίστηκε σημαντικά με χαμηλότερο βαθμό (O.R = 0,24, 95% Ο.Ι. [0,14 – 0,40],

σ

= 0.012). (D)

PGP9.5

μεθυλίωση συσχετίστηκε σημαντικά με την απουσία της υπολειμματικής νόσου (κάτω από 2 cm) (OR = 0,41, 95% CI [0,24 – 0,68],

σ

= 0,001) . (Ε)

PGP9.5

μεθυλίωση συσχετίστηκε σημαντικά με το πρώιμο στάδιο των όγκων (OR = 0,26, 95% CI [0,16 – 0,45]

σ

& lt?. 0.001 (Ε)

VGF

τιμές μεθυλίωση και συχνότητες σε φυσιολογικά δείγματα (0/13, 0%), cystadenomas (5/16, 31%), οριακά όγκους (6/18, 33%) και των ωοθηκών (158/366, 43 %).

η

στην ανεξάρτητη ομάδα επικύρωσης, χρησιμοποιώντας μονοπαραγοντική ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης, συγκρίναμε την κατάσταση μεθυλίωσης του

VGF

και

PGP9.5

στις δημογραφικές και κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους όπως η ηλικία, το στάδιο, ιστολογικός τύπος, ο βαθμός και η παρουσία της υπολειμματικής νόσου μετά από χειρουργική επέμβαση.

PGP9.5

μεθυλίωση (με τη χρήση της αποκοπής πάνω από το 75ο εκατοστημόριο του λόγου μεθυλίωσης) συσχετίστηκε σημαντικά με χαμηλότερο βαθμό και πρώιμο στάδιο των όγκων (OR = 0,52, 95% CI [0,31 – 0,86],

σ

= 0.012) και (OR = 0,27, 95% CI [0,16 – 0,45],

p

& lt? 0.001), αντίστοιχα, καθώς και με απουσία υπολειμματικής νόσου (OR = 0.41, 95% CI [0,24 – 0,68],

σ

= 0,001) και ιστολογικού τύπου (μη-ορώδες) (OR = 0,24, 95% CI [0,14 – 0,40],

σ

& lt? 0.001) (Πίνακας 3Β) (Σχήμα 1). Μια περίληψη της μεθυλίωσης του

VGF

και

PGP9.5

με κλινικοπαθολογοανατομικές αντιστοιχίας του ανεξάρτητο σύνολο επικύρωσης φαίνονται στον Πίνακα 3Β.

Όλα τα 372 περιπτώσεις καρκίνου των ωοθηκών της ανεξάρτητο σύνολο επικύρωσης ήταν διαθέσιμα για παρακολούθηση ανάλυση. Χρησιμοποιήσαμε Cox αναλογικό μοντέλο κινδύνου να προβλέψει τη συνολική επιβίωση (OS) και της νόσου ειδικά επιβίωση (DSS) από αυτούς τους 372 ασθενείς που σχετίζονται με PH του

PGP9.5

και

VGF

. Διάμεση παρακολούθηση αυτών των ασθενών ήταν 30 μήνες, κυμαίνονται από 1 έως 234 μήνες. Συνεπής με την προηγούμενη παρατήρηση, από μια μονοπαραγοντική ανάλυση Cox παλινδρόμησης, βρήκαμε συσχέτιση της κακής επιβίωσης με μεταγενέστερο στάδιο (III /IV) του όγκου (Αναλογία κινδύνου (HR) 8,22, 95% CI [4,91 – 13,76], σ & lt? 0.001), και παρουσία υπολειπόμενης νόσου (HR 4.73, 95% CI [3,47 – 6,44], p & lt? 0.001) (Πίνακας 4). κατάσταση μεθυλίωσης του καθενός από τα γονίδια ήταν ένας κρίσιμος παράγοντας για την πρόβλεψη OS ασθενούς και DSS. Πίνακας S1. Πίνακας S2.