Αφηρημένο

Στόχος

Μια συστηματική ανασκόπηση και μετα -την ανάλυση διεξήχθησαν με σκοπό να συνοψίσει τις τρέχουσες δημοσιευμένες μελέτες και να αξιολογήσει LINE-1 υπομεθυλίωση στο αίμα και σε άλλους ιστούς ως επιγενετική δείκτης για τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου.

Μέθοδοι

μια συστηματική βιβλιογραφική έρευνα στη βάση δεδομένων Medline, χρησιμοποιώντας PubMed, διεξήχθη για επιδημιολογικές μελέτες, που δημοσιεύτηκαν πριν από το Μάρτιο του 2014. το μοντέλο τυχαίων δράσεων χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση σταθμισμένη μέση τιμή των διαφορών (MDS) με 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (ΠΙ). Επιπλέον, υποομάδα αναλύσεις διεξήχθησαν με τον τύπο δείγματος (δειγμάτων ιστού ή αίματος), τα είδη του καρκίνου, και με δοκιμασίες χρησιμοποιούνται για τη μέτρηση της παγκόσμιας επίπεδα μεθυλίωσης του DNA. Το πακέτο λογισμικού Cochrane κριτική Διευθυντής 5.2 χρησιμοποιήθηκε.

Αποτελέσματα

Ένα σύνολο από 19 μοναδικά αντικείμενα σε 6107 δείγματα (2554 από ασθενείς με καρκίνο και 3553 δείγματα ελέγχου) συμπεριλήφθηκαν στη μετα-ανάλυση. LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης ήταν σημαντικά χαμηλότερα σε ασθενείς με καρκίνο σε σχέση με τους ελέγχους (MD: -6,40, 95% CI: -7.71, -5.09? P & lt? 0.001). Η σημαντική διαφορά στα επίπεδα μεθυλίωσης επιβεβαιώθηκε σε δείγματα ιστού (MD -7,55? 95% CI: -9,14, -65,95? Ρ & lt? 0.001), αλλά όχι σε δείγματα αίματος (MD: -0,26, 95% CI: -0,69, 0,17 ? p = 0.23). επίπεδα LINE-1 μεθυλίωση ήταν σημαντικά χαμηλότερα σε παχέος εντέρου και ασθενείς με γαστρικό καρκίνο από ό, τι στην ομάδα ελέγχου (MD: -8,33? 95% CI: -10.56, -6,10? p & lt? 0.001 και MD: -5,75? 95% CI: -7,75, – 3,74? p & lt?. 0,001), ενώ δεν παρατηρήθηκε σημαντική διαφορά για τον καρκίνο στο ήπαρ

Συμπεράσματα

Η παρούσα μετα-ανάλυση προσθέτει νέα στοιχεία στην αυξανόμενη βιβλιογραφία σχετικά με το ρόλο των LINE-1 υπομεθυλίωση στον καρκίνο του ανθρώπου και καταδεικνύει ότι τα επίπεδα LINE-1 μεθυλίωσης ήταν σημαντικά χαμηλότερα σε ασθενείς με καρκίνο από ό, τι στα δείγματα ελέγχου, ειδικά σε ορισμένους τύπους καρκίνου. Το αποτέλεσμα αυτό επιβεβαιώθηκε σε δείγματα ιστού, τόσο φρέσκο ​​/κατεψυγμένο ή FFPE δείγματα, αλλά όχι στο αίμα. Απαιτούνται περαιτέρω μελέτες για να διευκρινιστεί καλύτερα το ρόλο των LINE-1 μεθυλίωσης σε συγκεκριμένες υποομάδες, λαμβάνοντας υπόψη τόσο τον καρκίνο και το δείγμα του τύπου, καθώς και οι μέθοδοι μέτρησης

Παράθεση:. Barchitta M, Quattrocchi Α, Maugeri Α, Vinciguerra Μ , Agodi Α (2014) LINE-1 υπομεθυλίωση σε δείγματα αίματος και ιστών ως Επιγενετική δείκτης για τον καρκίνο του κινδύνου: μια συστηματική ανασκόπηση και μετα-ανάλυση. PLoS ONE 9 (10): e109478. doi: 10.1371 /journal.pone.0109478

Επιμέλεια: Masaru Katoh, Εθνικό Κέντρο Καρκίνου, Ιαπωνία

Ελήφθη: 23 του Ιουνίου 2014? Αποδεκτές: 31 του Αυγούστου 2014? Δημοσιεύθηκε: 2 Οκτωβρίου του 2014

Copyright: © 2014 Barchitta et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς δεν έχουν καμία χρηματοδότηση ή υποστήριξη στην έκθεση

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Manlio Vinciguerra έχει υπηρετήσει ως PLoS ONE Συντακτική Επιτροπή μέλος για τρία χρόνια. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE Editorial πολιτικές και κριτήρια.

Εισαγωγή

επιγενετικές διαταραχές, κληρονομικές τροποποιήσεις του DNA που δεν προϋποθέτουν αλλαγές στην αλληλουχία του DNA, συνδέονται με τις αλλαγές στην γονιδιακής έκφρασης και είναι σημαντικές για τη διατήρηση της σταθερότητας γονιδιωματική [1]. Μεταξύ επιγενετική, μεθυλίωση του DNA είναι η πιο συχνά μελετηθεί και εμπλέκονται σε διάφορες βιολογικές διαδικασίες συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου [2] – [5]. Παγκόσμια υπομεθυλίωση, μια συνολική γονιδιώματος σε επίπεδο μείωση της περιεκτικότητας μεθυλίωσης του DNA, συνδέεται με γενωμική αστάθεια και αυξημένο αριθμό συμβάντα μεταλλάξεως [6]. Γονιδιωματικής υπομεθυλίωσης του DNA είναι πιθανό να προκύψουν από απομεθυλίωση σε επαναλαμβανόμενα στοιχεία, τα οποία αντιπροσωπεύουν περίπου το 55% του ανθρώπινου γονιδιώματος και να καθορίσει γονιδιακής ρύθμισης και της γονιδιωματικής σταθερότητας [7], [8]. επαναλαμβανόμενα στοιχεία μακράς διανθίζονται νουκλεοτιδικές Στοιχείο 1 (LINE-1) και Alu είναι κύρια συστατικά της διεσπαρμένης επαναλήψεων DNA. Λόγω της υψηλής εμφάνισή τους σε όλο το γονιδίωμα, η μεθυλίωση σε επαναλαμβανόμενα στοιχεία έχουν αποδειχθεί ότι συσχετίζονται με την παγκόσμια περιεχόμενο γενωμικό μεθυλίωσης του DNA και απομεθυλίωση έχει συσχετισθεί με γονιδίωμα αστάθεια και χρωμοσωμικές εκτροπές. Έτσι, LINE-1 και Alu έχουν χρησιμοποιηθεί ως παγκόσμια υποκατάστατοι δείκτες για την εκτίμηση του γενωμικού επίπεδο μεθυλίωσης του DNA σε ιστούς του καρκίνου [6], [9] – [10], και λευκοκύτταρα περιφερικού αίματος [11]. LINE-1 υπομεθυλίωση παρατηρήθηκε σε διάφορους τύπους καρκίνου [12] – [14] και συνδέθηκε με κακή πρόγνωση [15]. Σε μια μετα-ανάλυση [11], η παγκόσμια υπομεθυλίωση του DNA σε λευκοκύτταρα περιφερικού αίματος συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου. Μια άλλη μετα-ανάλυση, τη διερεύνηση του γονιδιώματος σε επίπεδο μεθυλίωσης του DNA στο DNA του περιφερικού αίματος και του κινδύνου καρκίνου, αναφέρει σημαντική αντίστροφη σχέση μεταξύ γονιδιωματικού επιπέδων 5-μεθυλκυτοσίνη και τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου, αλλά καμία συνολική συσχέτιση κίνδυνος χρησιμοποιώντας υποκατάστατα για γονιδιωματική μεθυλίωση, συμπεριλαμβανομένου μεθυλίωση στη γραμμή -1 και Alu επαναλαμβανόμενα στοιχεία βρέθηκε [16]. Ο σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν να πραγματοποιήσει μια πιο ολοκληρωμένη συστηματική ανασκόπηση και μετα-ανάλυση, προκειμένου να συνοψίσει τις τρέχουσες δημοσιευμένες μελέτες και να αξιολογήσει LINE-1 υπομεθυλίωση στο αίμα και σε άλλους ιστούς ως επιγενετική δείκτης για τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου.

Μέθοδοι

στρατηγική αναζήτησης και επιλογής

Μια αναζήτηση συστηματική βιβλιογραφίας στη βάση δεδομένων Medline, χρησιμοποιώντας PubMed, διεξήχθη για επιδημιολογικές μελέτες, που δημοσιεύτηκαν πριν από τον Μάρτιο 2014, η διερεύνηση της σχέσης μεταξύ LINE-1 υπομεθυλίωσης και τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Οι αναζητήσεις περιορίζονται σε μελέτες γραμμένο στα αγγλικά? δεν συμπεριλήφθηκαν οι περιλήψεις και αδημοσίευτες μελέτες. βιβλιογραφική έρευνα διεξήχθη ανεξάρτητα από δύο συγγραφείς. Τα ακόλουθα κριτήρια επιλογής χρησιμοποιήθηκαν για να αναζητήσετε άρθρα και αποσπάσματα: ( «καρκίνος» ή «όγκος» ή «καρκίνωμα») ΚΑΙ ( «LINE-1» ή «Long διανθίζονται Στοιχείο-1» ή «παγκόσμια») ΚΑΙ ( «υπομεθυλίωση» ή «μεθυλίωσης»). Επιπλέον, οι κατάλογοι αναφοράς από επιλεγμένα άρθρα ελέγχθηκαν για να αναζητήσετε άλλες σχετικές μελέτες. Δεν πραγματοποιήθηκαν μελέτες είχαν αποκλειστεί εκ των προτέρων για την αδυναμία του σχεδιασμού ή της ποιότητας των δεδομένων. Τα άρθρα συμπεριλήφθηκαν στην ποσοτική ανάλυση μόνο αν πληρούσαν τα ακόλουθα κριτήρια: (1) περίπτωση ελέγχου ή μελέτη κοόρτης σχέδια? και (2) μελέτες που ανέφεραν οι μέσες τιμές και οι τυπικές αποκλίσεις (SD) του επιπέδου μεθυλίωσης του DNA σε ασθενείς με καρκίνο και στην ομάδα ελέγχου. Επιπλέον κριτήρια αποκλεισμού ήταν τα εξής: (1) τη μελέτη αναφέρουν μόνο τα αποτελέσματα ως μέση τιμή των επιπέδων μεθυλίωσης ή μέσω γραφικής απεικόνισης, ή το 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (ΠΙ) με προσαρμοσμένη αναλογίες πιθανοτήτων (OR) ή σχετικούς κινδύνους για τον κίνδυνο καρκίνου σε άτομα με το χαμηλότερο επίπεδο της παγκόσμιας μεθυλίωσης του DNA (τριτημόριο, τεταρτημόριο ή δεκατημόριο) σε σύγκριση με την ομάδα με το υψηλότερο επίπεδο, (2) η μελέτη αναφορά μόνο γονιδίου-ειδική ανάλυση μεθυλίωσης του DNA, και (3) άρθρα ανασκόπησης.

σε περίπτωση που υπήρχαν λείπει είχαν απαιτούμενα στοιχεία ή πρόσθετες πληροφορίες, συγγραφείς της μελέτης είχαν έρθει σε επαφή μέσω ηλεκτρονικού ταχυδρομείου.

Τα προτιμώμενα στοιχεία αναφοράς για συστηματικές ανασκοπήσεις και μετα-ανάλυση (PRISMA) κατευθυντήριες γραμμές για τη διεξαγωγή της μετα-ανάλυσης ακολούθησαν [17] .

η συλλογή δεδομένων και

εξόρυξη

Δύο από τους συγγραφείς ανεξάρτητα εξέτασε όλες τις επιλέξιμες μελέτες και αντλείται τις ακόλουθες πληροφορίες σε τυποποιημένη μορφή: επώνυμο συγγραφέα, έτος έκδοσης, χώρας όπου η μελέτη πραγματοποιήθηκε, το σχεδιασμό της μελέτης, χώρους καρκίνο και τύπους, τον τύπο του δείγματος, πειραματικές μέθοδοι για τη μέτρηση της παγκόσμιας επίπεδα μεθυλίωσης του DNA, ο αριθμός των περιπτώσεων και ελέγχων, μέσες τιμές και SD της παγκόσμιας επίπεδα μεθυλίωσης του DNA για κάθε ομάδα και κύρια αποτελέσματα.

Στατιστική Ανάλυση

Όλα τα δεδομένα αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας τον διαχειριστή ΑΝΑΣΚΟΠΗΣΗ 5.2 λογισμικό που παρέχεται από την Cochrane Collaboration (https://ims.cochrane.org/revman).

το μοντέλο τυχαίων δράσεων ήταν χρησιμοποιούνται για την εκτίμηση σταθμισμένη μέση τιμή των διαφορών (MDS) με 95% CI [18] και ως εκ τούτου, δεν ελήφθη καμία προσαρμογή για τις περιβαλλοντικές επιπτώσεις υπόψη. Επιπλέον, υποομάδα αναλύσεις διεξήχθησαν με τον τύπο δείγματος (δειγμάτων ιστού ή αίματος), με την πηγή του δείγματος (φρέσκο ​​ιστό ή σταθεροποιημένο με φορμαλίνη, εγκλεισμένοι σε παραφίνη, FFPE ιστούς), με τους τύπους καρκίνου (του ορθού, του στομάχου, ηπατοκυτταρικό), και με δοκιμασίες που χρησιμοποιούνται για τη μέτρηση της παγκόσμιας επίπεδα μεθυλίωσης του DNA. οικόπεδα Δάσος δημιουργήθηκαν για να απεικονίσουν τα μεγέθη αποτέλεσμα μελέτης ειδικών, μαζί με μια CI 95%. Ετερογένεια μεταξύ των μελετών, μετρήθηκε με τη χρήση του Q-τεστ βασίζεται στην στατιστική χ2, λαμβάνοντας υπόψη στατιστικά σημαντική ετερογένεια ως p & lt? 0.1. Όπως δοκιμασία Cochran δείχνει μόνο την παρουσία της ετερογένειας και όχι το μέγεθός της, έχουμε αναφερθεί επίσης το I

2 στατιστικό στοιχείο, το οποίο υπολογίζει το ποσοστό του αποτελέσματος διακύμανσης που μπορεί να αποδοθεί στην ετερογένεια μεταξύ των μελετών. Μια I

2 τιμή 0% δηλώνει μη παρατηρούμενης ετερογένειας, ενώ το 25% είναι «χαμηλό», το 50% είναι «μέτρια» και το 75% είναι «υψηλό» ετερογένεια [19]. Εκτιμήσαμε επίσης την διακύμανση μεταξύ-μελέτη με τη χρήση ταυ-τετράγωνο (τ

2) Στατιστική [20].

Για τον προσδιορισμό της παρουσίας της προκατάληψης δημοσίευση, τη συμμετρία των οικοπέδων χοάνη στην οποία απεικονίζονται σημαίνει διαφορές κατά αξιολογήθηκαν αντιστοιχεί τυπικά σφάλματα τους.

Αποτελέσματα

δεδομένα εξόρυξη

Τα λεπτομερή βήματα της συστηματική ανασκόπηση και τη διαδικασία μετα-ανάλυση δίνεται ως ένα διάγραμμα ροής PRISMA στην εικόνα 1. ένα σύνολο 324 άρθρα ανακτήθηκαν από τη βάση δεδομένων, ένα άρθρο προστέθηκε με χειροκίνητη αναζήτηση με τη λίστα αναφοράς και έτσι 46 χαρτιά, που δημοσιεύτηκαν μεταξύ 2004 και 2014, συμπεριλήφθηκαν στην συστηματική ανασκόπηση και συνοψίζονται στον πίνακα 1 από την ιστοσελίδα του καρκίνου ή τον τύπο .

Η

χαρακτηριστικών δεδομένων και αξιολόγηση της ποιότητας

Ένα σύνολο των 18 μελετών ήταν από χώρες της Ασίας (40%), 13 από τις χώρες της Ευρώπης (28%), 13 από τις ΗΠΑ (28%) και 1 από την Αργεντινή και από την Αίγυπτο (2%, η κάθε μία).

Τριάντα οκτώ αναδρομική μακροχρόνιες μελέτες σε σύγκριση LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης μεταξύ ασθενών με καρκίνο και σε υγιή άτομα ή κανονική γειτονικούς ιστούς σε ασθενείς με καρκίνο. Οκτώ υποψήφιους μακροχρόνιες μελέτες αναλύθηκαν LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης σε ομάδες των ασθενών με καρκίνο, σε σχέση με το προσδόκιμο ζωής, το αποτέλεσμα της νόσου ή η κακοήθεια του όγκου, τον προσδιορισμό του ρόλου του LINE-1 υπομεθυλίωση ως βιοδείκτη της κακής πρόγνωσης σε ασθενείς με καρκίνο [15], [21] – [27].

41 μελέτες LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης αξιολογήθηκαν τόσο σε όγκο και σε υγιείς μάρτυρες ιστούς, και στις υπόλοιπες 5 μελέτες μόνο σε ασθενείς με καρκίνο.

σε γενικές γραμμές, οι μελέτες που ανιχνεύονται LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης στο 15332 δείγματα: 8103 από ασθενείς με καρκίνο (δείγματα 4679 ιστού, 3276 δείγματα αίματος, 72 προφορικές πλύσεις και 76 πλασματοκύτταρα του μυελού των οστών) και 7136 δείγματα ελέγχου (6277 από υγιή άτομα και 859 από την κανονική γειτονικούς ιστούς σε ασθενείς με καρκίνο).

Αναφορικά με τις πειραματικές μεθόδους για τη μέτρηση LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης, η μέθοδος «χρυσό πρότυπο», που χρησιμοποιείται στο 63% των μελετών, ήταν η Pyrosequencing του όξινου θειώδους μετατροπή του DNA. Επιπλέον, 9 μελέτες χρησιμοποίησαν συνδυασμένο όξινο θειώδες ανάλυση περιορισμού του LINE-1 (COBRA LINE-1) και 8 μελέτες χρησιμοποιηθούν και άλλες μέθοδοι, δηλαδή της αλληλουχίας, PCR πραγματικού χρόνου, AQAMA PCR, Σύγκριση δοκιμασίας μεθυλίωσης, Δοκιμασία MulticolorMethyLight και MS-MLPA.

Ο πιο συχνός τύπος όγκου στη μελέτη ήταν καρκίνο του παχέος εντέρου που αναλύθηκαν σε οκτώ μελέτες [15], [21], [28] – [33], ακολουθούμενη από επτά μελέτες που αξιολόγησαν το επίπεδο μεθυλίωσης σε καρκίνο του στομάχου [23], [ ,,,0],27], [32], [34] – [37], πέντε σε ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα [25], [38] – [41], τέσσερα στον καρκίνο της ουροδόχου κύστης [1], [14], [42], [43] και το κεφάλι και το λαιμό καρκίνωμα [10], [44] – [46], δύο στον καρκίνο του πνεύμονα [47], [48] και του καρκίνου του μαστού [24], [49], και μεμονωμένες μελέτες αξιολογούνται τα επίπεδα μεθυλίωσης στον καρκίνο νεφρικών κυττάρων [ ,,,0],50], του καρκίνου του προστάτη [51], νευροενδοκρινούς όγκου [52], τον καρκίνο των ωοθηκών [53], τον καρκίνο του θυρεοειδούς [54], καρκίνο του οισοφάγου [26], καρκίνος του τραχήλου [55], του καρκίνου του ενδομητρίου [32], το μελάνωμα του δέρματος [22] , ο καρκίνος των όρχεων [56], λευχαιμία [57], του πολλαπλού μυελώματος [58], παραγαγγλίωμα [59], ινοελασματοειδών καρκίνωμα [60] και της γαστρεντερικής [61]. Τέσσερις μελέτες αξιολογήθηκαν επίπεδο μεθυλίωσης σε διάφορες τοποθεσίες του καρκίνου [13], [28], [29], [32]. Όσον αφορά τη μέθοδο προσδιορισμού, Pyrosequencing χρησιμοποιήθηκε σε 29 μελέτες, που ακολουθείται από COBRA σε 9 μελέτες, σε πραγματικό χρόνο PCR και AQAMA-PCR σε 2 μελέτες. MulticolorMethyLight Δοκιμασία, MS-MLP, να συγκρίνουν και QUBRA εγκρίθηκαν μόνο μελέτη καθένα.

Η μετα-ανάλυση

Από τις 46 επιλεγμένες εφημερίδες, 14 ανέφεραν μέσα και SD επίπεδα μεθυλίωσης του DNA. Επιπλέον, τα μέσα και τα SDS ανεξάρτητα υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας δεδομένα από 2 άρθρα και, μεταξύ Συγγραφείς επικοινωνήσει για τα δεδομένα που λείπουν, 3 ανταποκρίθηκαν στα αιτήματα ηλεκτρονικού ταχυδρομείου και τα στοιχεία προστέθηκαν στην ανάλυση [30], [50], [56]. Έτσι, 19 μοναδικά αντικείμενα συμπεριλήφθηκαν στην ποσοτική ανάλυση. Επιπλέον, δύο έγγραφα από Antelo et al. [28] και από Παβίτσιτς et al. [32], τα παρεχόμενα στοιχεία από διαφορετικούς τύπους καρκίνου και έτσι, αυτά χωρίστηκαν σε 4 και 8 υπο-μελέτες, αντίστοιχα (Πίνακας 1)

Ένα σύνολο από 6107 δείγματα συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση:. 2554 από καρκίνο ασθενείς (1127 δείγματα ιστών και 1427 δείγματα αίματος) και 3553 δείγματα ελέγχου (2811 από υγιή άτομα και 742 από την κανονική γειτονικούς ιστούς σε ασθενείς με καρκίνο).

επίπεδα LINE-1 μεθυλίωση ήταν σημαντικά χαμηλότερα σε ασθενείς με καρκίνο σε σχέση με τον έλεγχο δείγματα (MD: -6,40, 95% CI: -7.71, -5.09? p & lt? 0.001). Ωστόσο, η ετερογένεια μεταξύ των μελετών ήταν σημαντικά υψηλή (I

2 = 99%) (Σχήμα 2), έτσι, έγινε ανάλυση υποομάδων ανάλογα με τον τύπο του δείγματος (δείγματα ιστών ή αίματος). Η σημαντική διαφορά στα επίπεδα μεθυλίωσης επιβεβαιώθηκε σε δείγματα ιστού (MD -7,55? 95% CI: -9,14, -65,95? Ρ & lt? 0.001), αλλά όχι σε δείγματα αίματος (MD: -0,26, 95% CI: -0,69, 0,17 ? p = 0.23)

η ανάλυση των υποομάδων ανάλογα με τον τύπο του δείγματος

η

Μια ανάλυση υποομάδας με βάση την πηγή του δείγματος διεξήχθη… LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης ήταν σημαντικά χαμηλότερα σε ασθενείς με καρκίνο σε σχέση με τα δείγματα ελέγχου σε νωπά ή /και κατεψυγμένα ιστού (MD -8,19? 95% CI: -10.54, -5,84? P & lt? 0.001) και σε FFPE ιστούς (MD: -6,96 ? 95% CI: -9.73, -4.20? p & lt? 0.001). Ετερογένεια μεταξύ των μελετών, στις δύο υποομάδες ήταν σημαντικά υψηλή (Ι

2 = 98% και 96% αντίστοιχα) (Σχήμα 3).

ανάλυση υποομάδες με βάση την πηγή του δείγματος.

Η

Επιπλέον, η ανάλυση μίας υποομάδας με συγκεκριμένους τύπους καρκίνου, για τον ορθοκολικό, ηπατοκυτταρικό και γαστρικό καρκίνο, διεξήχθη. LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης ήταν σημαντικά χαμηλότερα σε παχέος εντέρου και ασθενείς με γαστρικό καρκίνο από ό, τι στα δείγματα ελέγχου (MD: -8,33? 95% CI: -10.56, -6,10? P & lt? 0.001 και MD: -5,75? 95% CI: -7,75, -3.74? p & lt? 0.001). Καμία διαφορά από LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης σε λευκοκύτταρα αίμα παρατηρήθηκε για ηπατοκυτταρικό καρκίνο (MD: -5,76? 95% CI: -12.03, 0,51? P = 0.23). Ετερογένεια μεταξύ των μελετών, σε ορθοκολικό και ηπατοκυτταρικό υποομάδες ήταν σημαντικά υψηλή (Ι

2 = 96%), και μετρίως υψηλή στα γαστρικά υποομάδες (Ι

2 = 66%) (Σχήμα 4).

υποομάδες ανάλυσης με βάση τον τύπο του καρκίνου.

η

Μία ανάλυση των υποομάδων από δοκιμασίες που χρησιμοποιούνται για τη μέτρηση των επιπέδων μεθυλίωσης, και ειδικότερα, μεταξύ των δύο ευρέως χρησιμοποιούμενες τεχνικές, Pyrosequencing και COBRA LINE-1, εκτελέστηκε. Το MDS για

Pyrosequencing

και

COBRA LINE-1

υποομάδες ήταν -7,33 (95% CI: -9.06, -5.59? P & lt? 0.001) και -5.75 (95% CI: -7,13 , -4,37? p = 0.03), αντίστοιχα. Ετερογένεια μεταξύ των μελετών και η

Pyrosequencing

υποομάδα ήταν σημαντικά υψηλή (Ι

2 = 100%), και μετρίως υψηλή στο

COBRA

υποομάδα (Ι

2 = 63% ) (Σχήμα 5).

υποομάδες ανάλυση με βάση την μέθοδο.

η

Μια ανάλυση υποομάδων ανά τύπο δείγματος, ιδιαίτερα δείγματα ιστού, και η μέθοδος προσδιορισμού διεξήχθη. Οι γιατροί στις υποομάδες των μελετών που ανιχνεύεται LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης σε δείγματα ιστών μέσω Pyrosequencing και COBRA LINE-1, ήταν -10,42 (95% CI: -12.93, -7,91? P & lt? 0.001) και -5.12 (95% CI : -6,33, -3,91? p = 0.10), αντίστοιχα. Ετερογένεια μεταξύ των μελετών και η

Pyrosequencing

υποομάδα ήταν σημαντικά υψηλή (Ι

2 = 97%), μέτρια με υψηλή περιεκτικότητα σε

COBRA LINE-1

υποομάδα (Ι

2 = 56 %) (Σχήμα 6). Διαστρωμάτωση μεταξύ των μελετών που ανιχνεύεται LINE-1 μεθυλίωσης σε δείγματα αίματος που δεν εκτελέστηκε λόγω της σπανιότητας των μελετών.

ανάλυση υποομάδες ανάλογα με τη μέθοδο.

Η

Το χωνί οικόπεδα δείχνουν μικρή έως μέτρια ασυμμετρία, γεγονός που υποδηλώνει ότι η προκατάληψη δημοσίευση δεν μπορεί να αποκλειστεί πλήρως ως παράγοντα επιρροής για την παρούσα μετα-ανάλυση (Εικόνες 7-12).

η ανάλυση των υποομάδων ανάλογα με τον τύπο του δείγματος.

η

ανάλυση υποομάδας με βάση τους τύπους δείγματος ιστού. SE, τυπικό σφάλμα, MD, σημαίνει διαφορά.

Η

Η ανάλυση των υποομάδων ανάλογα με τον τύπο του καρκίνου σε δείγματα αίματος.

Η

Η ανάλυση των υποομάδων ανάλογα με τον τύπο του καρκίνου σε δείγματα ιστού.

Η ανάλυση των υποομάδων ανάλογα με τη μέθοδο ανίχνευσης σε δείγματα αίματος.

Η

Η ανάλυση των υποομάδων ανάλογα με τη μέθοδο ανίχνευσης σε δείγματα ιστών.

Η

Συζήτηση

Το χαμηλό επίπεδο της μεθυλίωσης του DNA σε όγκους σε σύγκριση με το επίπεδο μεθυλίωσης του DNA σε ομολόγους φυσιολογικό ιστό τους ήταν ένα από τα πρώτα επιγενετικών μετατροπές να βρεθεί στο ανθρώπινο καρκίνο [62]. Η απώλεια της μεθυλίωσης οφείλεται κυρίως στην υπομεθυλίωση επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών DNA και LINE-1 στοιχεία είναι τυπικά βαριά μεθυλιωμένα σε φυσιολογικούς ιστούς, ενώ η γραμμή-1 υπομεθυλίωση έχει αναφερθεί σε καρκινικούς ιστούς. Επιπλέον, Liao et al. [50] ανέφεραν ότι τα επίπεδα LINE-1 μεθυλίωση, μετρούμενη σε λευκοκυττάρων DNA, ήταν σημαντικά υψηλότερα σε ασθενείς με καρκίνο του νεφρού σε σχέση με υγιή άτομα.

Δύο πρόσφατες μετα-αναλύσεις διεξήχθησαν με σκοπό την εκτίμηση συνολικό κίνδυνο του καρκίνου, σύμφωνα με παγκόσμια υπομεθυλίωση του DNA στα λευκοκύτταρα του αίματος. Η μετα-ανάλυση από Woo και Kim [11] αναφέρει ότι η παγκόσμια DNA υπομεθυλίωση των λευκοκυττάρων του αίματος συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου, αν και η ένωση μεταβάλλεται από τις πειραματικές μεθόδους που χρησιμοποιούνται (% 5- μέθοδο μεθυλοκυτοσίνη, LINE-1 με Pyrosequencing και μεθυλο αποδοχής δοκιμασίας), η περιοχή του DNA-στόχοι και ο τύπος του καρκίνου. Ένα ενημερωμένο μετα-ανάλυση που πραγματοποιήθηκε από Brennan και Flanagan [16] δείχνει μια σημαντική αντίστροφη σχέση μεταξύ γονιδιωματικής επίπεδα 5-μεθυλκυτοσίνη και τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου (OR = 3,65? 01.20 – 06.09), αλλά καμία συνολική συσχέτιση του κινδύνου για μελέτες που χρησιμοποιούν υποκατάστατα για γονιδιωματική μεθυλίωση, συμπεριλαμβανομένου μεθυλίωση στο επαναληπτικό στοιχείο LINE-1 (OR = 1,24? 0,76 έως 1,72). Αξίζει να σημειωθεί ότι, τα προηγούμενα δύο μετα-αναλύσεις που περιλαμβάνονται μελέτες αναφέρουν ανάλυση συσχέτιση μεταξύ των επιπέδων μεθυλίωσης του αίματος και τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου, αλλά δεν αξιολόγησε τις μελέτες διαφορές στα μέσα επίπεδα μεθυλίωσης στο αίμα και σε άλλους ιστούς αναφοράς. Η παρούσα μετα-ανάλυση των πρόσφατων εκθέσεων διεξήχθη συμπεριλαμβανομένων των μελετών που αναφέρουν τα επίπεδα μεθυλίωσης στο αίμα και σε άλλους ιστούς. Αυτή η μετα-ανάλυση αφορούσε 19 μοναδικά αντικείμενα, αλλά από δύο άρθρα που περιλαμβάνονται περισσότερες από μια μελέτη που διεξήχθη σε διαφορετικούς πληθυσμούς ασθενών, συνολικά υπήρχαν περιλαμβάνονται 29 μη μοναδική μελέτες. Σε συνολικά 2554 δείγματα από ασθενείς με καρκίνο και 3553 δείγματα ελέγχου, αυτό εκθέσεις μετα-ανάλυση που σημαίνουν τα επίπεδα μεθυλίωσης σε ασθενείς με καρκίνο ήταν σημαντικά κατά 6,4% χαμηλότερες σε σχέση με τα δείγματα ελέγχου.

Η συσχέτιση μεταξύ του κινδύνου του καρκίνου και της παγκόσμιας DNA μεθυλίωση έχει ως επί το πλείστον διερευνηθεί σε δείγματα αίματος, επειδή ιστός συγκομιδής όγκου είναι επεμβατική και δεν μπορεί να εκτελεστεί ρουτίνα. Ωστόσο, αρκετές μελέτες έχουν αναφέρει ότι η μεθυλίωση των επαναλαμβανόμενων στοιχείων είναι ειδικό ιστό, πιο μεταβλητή σε ιστό όγκου, και δεν συσχετίζεται μεταξύ του όγκου και του αίματος [63] – [65]. Σταθερά, τα στοιχεία αποκαλύπτουν ότι γονιδιωματική υπομεθυλίωση σε όγκο και φυσιολογικό γειτονικό ιστό του ουροδόχου κύστης και του παχέος εντέρου δεν ήταν ανιχνεύσιμη στο αίμα [43], [66], υποδηλώνοντας ότι υπομεθυλίωση περιορίζεται στην επηρεάζεται ασθένεια ιστού. Είναι ενδιαφέρον, στην παρούσα μετα-ανάλυση η σημαντική διαφορά στη μέση επίπεδα μεθυλίωσης επιβεβαιώθηκε μόνο σε δείγματα ιστού, τόσο φρέσκο ​​/κατεψυγμένο ή FFPE δείγματα, αλλά όχι σε δείγματα αίματος. Επιπλέον, η μετα-ανάλυση παρείχε επαρκείς αποδείξεις ότι LINE-1 υπομεθυλίωση, αυξάνει σημαντικά παχέος εντέρου και του γαστρικού καρκίνου. Αντιθέτως, καμία συνολική συσχέτιση αποτελέσματα για το ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα. Αξίζει να σημειωθεί ότι όλες οι μελέτες με επίκεντρο παχέος εντέρου και του γαστρικού όγκους αξιολογήθηκε LINE-1 μεθυλίωσης σε δείγματα ιστών, ενώ όλοι οι περιλαμβάνονται μελέτες σχετικά με ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα διερευνήθηκε η συσχέτιση μόνο στα δείγματα των λευκοκυττάρων του αίματος. Παγκόσμια μεθυλίωση του DNA μπορεί να μετρηθεί με άμεσες και έμμεσες δοκιμασίες ποσοτικοποίησης. Αν και η μέτρηση των ποσοστών της 5- μεθυλκυτοσίνη να εκτιμηθεί παγκόσμια περιεχόμενα της μεθυλίωσης DNA είναι ιδιαίτερα ποσοτική και επαναλήψιμη, απαιτούν μεγάλη ποσότητα του DNA και δεν είναι κατάλληλες για μεγάλες επιδημιολογικές μελέτες. Pyrosequencing με κατεργασμένου με όξινο θειώδες DNA, το «χρυσό πρότυπο» για ανάλυση μεθυλίωσης του DNA [67], [68], είναι ένα υψηλής απόδοσης και ακριβή μέθοδο που διατίθενται σήμερα για τη μέτρηση LINE-1 μεθυλίωσης ως υποκατάστατο δείκτη για την παγκόσμια υπομεθυλίωσης του DNA. Ωστόσο, LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης μπορεί να ποικίλει ανάλογα με την αλληλουχία στόχο CpG ανιχνεύεται [69], που αντιπροσωπεύουν ένα σημαντικό παράγοντα στη μελέτη συσχέτιση με τον κίνδυνο καρκίνου. Στην παρούσα μετα-ανάλυση, λαμβάνοντας υπόψη τις δύο πιο συχνά χρησιμοποιούμενες μέθοδοι ανίχνευσης (Pyrosequencing και COBRA LINE-1) και οι δύο υποομάδες αναφέρουν σημαντικά χαμηλότερο LINE-1 επίπεδα μεθυλίωσης σε ασθενείς με καρκίνο από ό, τι στα δείγματα ελέγχου, αν και η ετερογένεια μεταξύ των μελετών ήταν σημαντικά υψηλή σε ο

Pyrosequencing

υποομάδα και μετρίως υψηλή στην COBRA

υποομάδα.

Οι κύριοι περιορισμοί αυτής της μετα-ανάλυσης είναι ο μικρός αριθμός των μελετών που περιλαμβάνονται (n = 19) και η υψηλή ετερογένεια μεταξύ των μελετών. Παρά το γεγονός ότι έγινε ένα τυχαίο μοντέλο αποτελέσματα, προκειμένου να ληφθεί υπόψη η υψηλή ετερογένεια, τα συγκεντρωμένα εκτιμήσεις πρέπει να ερμηνεύονται με προσοχή. Για να ξεπεραστεί αυτό το πρόβλημα, συγκεντρώθηκαν εκτιμήσεις υπολογίζονται σε περισσότερο ομοιογενή υποσύνολα μελέτες (ανάλυση υποομάδων). Επιπλέον, εξετάστηκε η πιθανή ύπαρξη ενός σφάλματος εκ της δημοσίευσης. Εξέταση των οικοπέδων χοάνη έδειξαν μικρή έως μέτρια ασυμμετρία, γεγονός που υποδηλώνει ότι η προκατάληψη δημοσίευση δεν μπορεί να αποκλειστεί εντελώς και μπορεί να είχε τουλάχιστον μια μέτρια επίδραση στα αλήθεια εκτιμήσεις μέγεθος της επίδρασης. Στην πραγματικότητα, ορισμένα δεδομένα, όπως περιλήψεις συνεδρίου, μη-αγγλική λογοτεχνία, αδημοσίευτα δεδομένα και άλλες ασυνεπής εκθέσεις σύμφωνα με τα κριτήρια επιλογής μας αποκλείστηκαν. Επιπλέον, η σύνδεση μεθυλίωση κινδύνου τείνουν μόνο να αναφερθεί αν αποκαλύπτει στατιστικά σημαντικά αποτελέσματα, και αν οι συντάκτες κρίνουν ανάλυση κατάλληλα [16].

Επιπλέον, δεδομένου ότι οι περισσότερες μελέτες (83%) είχαν μια υπόθεση ελέγχου σχεδιασμού οι μεγάλες μελέτες κοόρτης που απαιτούνται προκειμένου να διευκρινιστεί αν η υπερθέρμανση του υπομεθυλίωσης είναι ένα πρώιμο καρκίνο προκαλώντας εκτροπή ή ένα αποτέλεσμα της καρκινογένεσης [11].

Εν κατακλείδι, η παρούσα μετα-ανάλυση προσθέτει νέα στοιχεία στην αυξανόμενη βιβλιογραφία σχετικά με ο ρόλος του LINE-1 υπομεθυλίωση στον καρκίνο του ανθρώπου και δείχνει ότι τα επίπεδα LINE-1 μεθυλίωσης ήταν σημαντικά χαμηλότερα σε ασθενείς με καρκίνο σε σχέση με τους ελέγχους, ειδικά για ορισμένους τύπους καρκίνου. Το αποτέλεσμα αυτό επιβεβαιώθηκε σε δείγματα ιστών, αλλά όχι στο αίμα. Απαιτούνται περαιτέρω μελέτες για να διευκρινιστεί καλύτερα το ρόλο των LINE-1 μεθυλίωσης σε συγκεκριμένες υποομάδες, λαμβάνοντας υπόψη τόσο τον καρκίνο και το δείγμα του τύπου, καθώς και τις μεθόδους μέτρησης.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Λίστα ελέγχου S1.

PRISMA Λίστα ελέγχου

doi:. 10.1371 /journal.pone.0109478.s001

(DOC)

Checklist S2.

μετα-ανάλυση για τους Γενετικούς Συλλόγου Μελετών Checklist

doi:. 10.1371 /journal.pone.0109478.s002

(DOC)

Ευχαριστίες

Οι συγγραφείς θα ήθελαν να ευχαριστήσω τους συγγραφείς Α Goel και Κ Hur και οι συνεργάτες του, LM Liao και LE Moore και οι συνεργάτες του και ΜΗ Greene και L. Μιραμπέλλου και οι συνεργάτες του για τη στήριξη περισσότερα στοιχεία δεν αναφέρονται σε άρθρα τους.