Αφηρημένο

Η υπερφόρτωση σιδήρου έχει συσχετιστεί με καρκινογένεση σε ανθρώπους. Η ενδοπεριτοναϊκή χορήγηση σιδήρου νιτριλο ξεκινά μια αντίδραση Fenton στη νεφρική εγγύς σωληνάρια των τρωκτικών που τελικά οδηγεί σε μια υψηλή συχνότητα εμφάνισης νεφροκυτταρικό καρκίνωμα (RCC) μετά από επανειλημμένες θεραπείες. Πραγματοποιήσαμε υψηλής ανάλυσης μικροσυστοιχιών συγκριτική γενωμική υβριδισμού για τον προσδιορισμό χαρακτηριστικών στο γονιδιωματικό προφίλ αυτού του οξειδωτικού στρες που προκαλείται από Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης αρουραίου. Τα αποτελέσματα αποκάλυψαν εκτεταμένη μεγάλης κλίμακας γονιδιωματικών μεταβολών με προτίμηση για τις διαγραφές. Διαγραφές και ενισχύσεις ήταν πολλές και μερικές φορές κατακερματισμένη, αποδεικνύοντας ότι η αντίδραση Fenton είναι η αιτία αυτής της γονιδιωματικής αλλαγές

in vivo

. Συχνότητα αποτύπωση έδειξε ότι δύο από τα πιο συχνά μεταβάλλεται τόπους αντιστοιχούσε σε

CDKN2A

/

2β

διαγραφή και

Met

ενίσχυσης. Τα μεγέθη των όγκων που σχετίζονται με αναλογικά

Met

έκφραση ή /και ενίσχυση, και η ανάλυση ομαδοποίησης επιβεβαιωμένα αποτελέσματα μας. Επιπλέον, έχουμε αναπτύξει μια διαδικασία για σύγκριση ολόκληρο γενωμική μοτίβα του αριθμού αντιγράφων μεταβολές μεταξύ διαφορετικών ειδών με βάση τα χρωμοσωμική συνταινιακή σχέση. Μοτίβα των Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης αρουραίου έδειξε την ισχυρότερη ομοιότητα με τα ανθρώπινα Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης μεταξύ πέντε τύποι ανθρώπινων καρκίνων, που ακολουθείται από την ανθρώπινη κακόηθες μεσοθηλίωμα, μια υπερφόρτωση καρκίνος που σχετίζεται με σίδηρο. Ως εκ τούτου, ένα σίδερο-εξαρτώμενη Fenton χημική αντίδραση προκαλεί αλλοιώσεις γονιδιωματική μεγάλης κλίμακας κατά τη διάρκεια της καρκινογένεσης, η οποία μπορεί να οδηγήσει σε διακριτές γονιδιωματική προφίλ. Με βάση τα χαρακτηριστικά της εκτεταμένης μεταβολές γονιδιώματος σε ανθρώπινο καρκίνο, τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι αυτή η χημική αντίδραση μπορεί να παίζει ένα σημαντικό ρόλο κατά τη διάρκεια της ανθρώπινης καρκινογένεσης

Παράθεση:. Akatsuka S, Yamashita Υ, Ohara Η, Liu ΥΤ, Izumiya M , Abe Κ, et al. (2012) Fenton αντίδραση που προκαλείται καρκίνος στην Άγρια αρουραίοι Τύπος ανακεφαλαιώνει Γονιδιωματική μεταβολών που παρατηρούνται σε ανθρώπινα καρκινικά. PLoS ONE 7 (8): e43403. doi: 10.1371 /journal.pone.0043403

Επιμέλεια: Kamaleshwar Singh, το Texas Tech University, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: δεύτερης, Μαρτίου 2012? Αποδεκτές: 19 Ιούλ του 2012? Δημοσιεύθηκε: 29, Αυγ, 2012

Copyright: © Akatsuka et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη υποστηρίχθηκε από Princess Τακαμάτσου Καρκίνο Ταμείο Έρευνας (10-24213)? μια Grant-in-Ενισχύσεις για την Έρευνα του Καρκίνου από το Υπουργείο Υγείας, Εργασίας και Πρόνοιας της Ιαπωνίας? και ένα Grant-in Aid από το Υπουργείο Παιδείας, Πολιτισμού, Αθλητισμού, Επιστημών και Τεχνολογίας της Ιαπωνίας. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Ο καρκίνος είναι μια ασθένεια των συσσωρευμένων γονιδιωματικών μεταβολών, πιθανώς προκαλείται από μια συστηματική διαδικασία κατά τη διάρκεια της κυτταρικής βλάβης και επισκευής. Αιτιολογικοί παράγοντες για καρκινογένεση είναι πολυάριθμες συμπεριλαμβανομένων γ-ακτινοβολία, υπεριώδης ακτινοβολία, φλεγμονή, τα χημικά και υπερφόρτωση σιδήρου [1]. Γονιδιακό δεδομένα μιας ποικιλίας ανθρώπινων καρκίνων επί του παρόντος αναλύεται είτε με συστοιχία με βάση συγκριτική γενωμική υβριδοποίησης (CGH) [2] ή αλληλούχιση επόμενης γενιάς [3], [4]. Τα έργα αυτά εκτελούνται για να βρείτε αιτιολογικός μεταλλάξεις γονιδίων που θα οδηγήσουν στον εντοπισμό νέων χημικών ουσιών ή αντισώματα που κατευθύνονται για τις αλληλεπιδράσεις της υπεύθυνης μορίων σηματοδότησης. Οι προσπάθειες αυτές αναμένεται να οδηγήσει σε εξελίξεις των αποτελεσματικών φαρμάκων. Ωστόσο, η πρόληψη του καρκίνου στην καθημερινή ζωή είναι τόσο σημαντική όσο και η θεραπεία του.

Στην παρούσα μελέτη, προσπαθήσαμε να επιλύσουμε ρόλους του οξειδωτικού στρες σιδήρου μεσολάβηση κατά την καρκινογένεση, χρησιμοποιώντας σειρά που βασίζεται CGH. Το οξειδωτικό στρες που προκαλείται από ιδιοσυστατικά το μεταβολισμό του μοριακού οξυγόνου [5], αλλά κυρίως ρυθμίζεται από διάφορα αντιοξειδωτικά συστήματα. Ωστόσο, σε μια ποικιλία παθολογικών καταστάσεων, το οξειδωτικό στρες φορτία υπερβαίνει την αντιοξειδωτική ικανότητα [6]. Ο σίδηρος είναι το πιο άφθονο βαρέων μετάλλων στη θηλαστικά, όπως τα τρωκτικά και ανθρώπους. Ενώ ο σίδηρος είναι απαραίτητη για την μεταφορά οξυγόνου ως συστατικό της αιμοσφαιρίνης, περίσσεια σιδήρου έχει συνδεθεί με την καρκινογένεση [7], [8], πιθανώς μέσω μιας αντίδρασης Fenton [9]. Ιοντικές μορφές σιδήρου είναι μόλις διαλυτά σε ουδέτερο ρΗ, αλλά σιδήρου νιτριλοτριοξεικό (Fe-ΝΤΑ), ένα χηλικό σιδήρου, είναι διαλυτό σε ρΗ 7,4 και είναι ένα αποτελεσματικό καταλυτικό παράγοντα για την αντίδραση Fenton [10]. Στη δεκαετία του 1980, η ομάδα μας απέδειξε ότι επαναλαμβανόμενη ενδοπεριτοναϊκή διοικήσεις των Fe-ΝΤΑ προκαλούν μια υψηλή συχνότητα εμφάνισης της νεφροκυτταρικό καρκίνωμα (RCC) σε τρωκτικά [11], [12]. Αργότερα, δείξαμε ότι η νεφρική βλάβη λαμβάνει χώρα μέσω μιας αντίδρασης Fenton με μια ποικιλία από ρίζα υδροξυλίου μεσολάβηση χημικών προϊόντων, όπως το 8-υδροξυ-2′-δεοξυγουανοσίνης [13], [14] και 4-υδροξυ-εννεανάλη [15] , [16]. Έχει διαπιστωθεί ότι η υπερφόρτωση σιδήρου σε πολλές παθολογικές καταστάσεις που συνδέονται με την παρουσία του καταλυτικού σιδήρου [17], [18].

Κατά συνέπεια, από την αξιολόγηση ολόκληρο το γονιδίωμα του Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης, θα μπορούσαμε να βρούμε μια γενική αρχή για την γονιδιωματική αλλοιώσεις υπό οξειδωτικά-ακραίες συνθήκες. Έχουμε αναφερθεί ένα

CDKN2A /2β

διαγραφή χρησιμοποιώντας ανάλυση μικροδορυφορικού σε αυτό το μοντέλο [19]. Σε αυτή τη μελέτη, αξιολογήσαμε το σύνολο του γονιδιώματος του Fe-ΝΤΑ που προκαλείται Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης αρουραίου και κυτταρικές γραμμές τους χρησιμοποιώντας CGHs συστοιχίας που βασίζεται. Επιπλέον, έχουμε μετατραπεί τα δεδομένα σε ένα ανθρώπινο γονιδίωμα μέσω χρωμοσωμικών συνταινιακή σχέση και ανέλυσε τη συσχέτιση.

Αποτελέσματα

Γονιδίωμα-ευρύ Απόψεις της αντιγραφής του DNA Αριθμός Αλλαγές στο Fe-ΝΤΑ που προκαλείται από Rat Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης

δείγματα RCC DNA Δεκαπέντε αρουραίου, η οποία περιελάμβανε 13 δείγματα πρωτογενούς όγκου και 2 δείγματα κυτταρική γραμμή, υβριδοποιήθηκαν σε Agilent ολιγονουκλεοτιδίων μικροσυστοιχίες για CGH με 181.978 γονιδιωματική τόπους (ένταξη GEO: GSE36101). Συγκρίνοντας τη σειρά των διαφορετικών προφίλ που βασίζονται CGH με ποσοτικό τρόπο είναι δύσκολη. Μια μετατόπιση στο μέσο αριθμό αντιγράφων προκαλείται από πολυπλοειδία και τη μόλυνση των φυσιολογικών κυττάρων. Ως εκ τούτου, έχουμε αναπτύξει μια στατιστική μέθοδος που λαμβάνει υπόψη αυτούς τους παράγοντες για την εκτίμηση του αριθμού αντιγράφων χρωμοσωμικού (Methods S1). Στο έγγραφο αυτό, οι αναλύσεις των δεδομένων array-CGH που βασίζεται προφίλ με βάση τον εκτιμώμενο αριθμό αντιγράφων χρησιμοποιώντας αυτή τη μέθοδο.

Array με βάση CGH προφίλ αποκάλυψε ότι τα γονιδιώματα των Fe-ΝΤΑ που προκαλείται Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης αρουραίο είναι συχνά πολύπλοκα και έχουν πολλές εκτεταμένες χρωμοσωμικές ανωμαλίες (Σχ. 1Α και S1). Μια ολόκληρη ανάλυση συχνότητας γονιδίωμα με 15 δείγματα εντοπίστηκαν επαναλαμβανόμενες περιοχές ενός αριθμού αντιγράφων εκτροπή των Fe-ΝΤΑ που προκαλείται Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης (Εικ. 1Β). Αντιγραφή αριθμού εκτροπές προσδιορίστηκαν με βάση την κατανομή των τιμών λόγου log2 που υπολογίστηκαν εκ νέου με τον εκτιμώμενο αριθμό των αντιγράφων για ένα σύνολο 13 πρωτογενείς όγκους και 2 κυτταρικές σειρές (Εικ. S2). Σε αυτή την κατανομή, τα όρια που αντιπροσώπευε το κέρδος και την απώλεια επιλέχθηκαν σε ± 0,377. Μια εκπροσωπούν ενίσχυση όριο επιλέχθηκε στο 0,811, ενώ η ομόζυγη διαγραφή (πλήρη απώλεια) ανατέθηκε στην θέση στην οποία ο αριθμός αντιγράφων εκτιμήθηκε ως 0. Το πιο χαρακτηριστικό γνώρισμα της παγκόσμιας αποκαλύφθηκε από την ανάλυση συχνότητας ήταν μια προδιάθεση να χάσει ένα μεγάλο ευρύ περιοχή των χρωμοσωμάτων, ειδικά για χρωμοσώματα 3, 5, 6, 8, 9, 14, 15, 17 και 20. Το δεύτερο χαρακτηριστικό ήταν ένα συχνό ενίσχυση επί μακρό pericentromeric περιοχή σε χρωμόσωμα 4.

(α) Εκπρόσωπος array-CGH με βάση τα προφίλ από δύο όγκους RCC. Οι κόκκινες γραμμές δείχνουν log2 αναλογίες του εκτιμώμενου αριθμού αντιγράφων κατά την τεκμαιρόμενη πλοειδίας καρκίνο σε σχέση με τη γονιδιωματική θέση για όλους τους ανιχνευτές μικροσυστοιχιών CGH. (Β) Κατανομή συχνότητας του αριθμού αντιγράφων εκτροπών σε ολόκληρη την γονιδίωμα αρουραίου. Οι σχετικές συχνότητες της ενίσχυσης (σκούρο κόκκινο), κέρδος (ντομάτα), την απώλεια (πράσινο κίτρινο) και ομόζυγη διαγραφή (σκούρο πράσινο) εντός 13 RCC όγκους και δύο κυτταρικές σειρές RCC καταγράφεται σε κάθε γονιδιωματική θέση. Δύο καρκίνου που σχετίζονται με τόπους,

Met

και

CDKN2A

, οι οποίες πλήττονται περισσότερο συχνά από τον αριθμό αντιγράφων εκτροπή υποδεικνύονται από τα βέλη.

Η

Συχνές Χρωμοσωμικές Απώλεια στην χρωμοσωμάτων αρουραίος 5 και ομόζυγη απαλοιφή στο

CDKN2A /2β

Locus

χρωμόσωμα 5 υποβλήθηκε σε εκτεταμένη απώλεια σε αριθμό αντιγράφων, όχι λιγότερο από ότι σε άλλα χρωμοσώματα (π.χ., χρωμοσώματα 6, 8 και 20 ) (Σχ. 1Β). Όπως αναφέρεται σε εκτεταμένη απώλεια, ομόζυγη διαγραφές πιο συχνά παρατηρούνται στο

CDKN2A /2β

θέση στο χρωμόσωμα 5 (Εικ. 2Α). Αυτό συνήθως διαγράφονται περιοχή περιλαμβάνονται δύο τόπους (

CDKN2A

και

CDKN2B

) για τρεις διαφορετικές ογκοκατασταλτικά γονίδια (

p16

και

p19

στο

CDKN2A

?

P15

στο

CDKN2B

) (Σχήμα 2Β).. Τερματισμός του

p16 /p19

και

έκφραση p15

mRNA επιβεβαιώθηκε στα δείγματα που περιείχαν μια ομόζυγη διαγραφή του κατά τη

CDKN2A /2β

τόπου (Σχ. 2C και 2D) . Σε δείγματα με ημιζυγωτική διαγραφή στο

CDKN2A

θέση (δηλαδή, FB32-4, FB28-7),

p16

και

p19

εκφράσεις ρυθμίστηκαν προς τα κάτω, προφανώς επειδή η περιοχές υποκινητή των υπόλοιπων αλληλόμορφα μεθυλιωμένα. Ωστόσο, ορισμένα από τα δείγματα είτε με ένα ημίζυγος ή καθόλου διαγραφή (π.χ., FB14-3? BF51-1? FB14-6? FB30-5 και FB33-7) έδειξε αξιοσημείωτη υπερέκφραση του

p16

και

p19

.

(Α) Το ιστόγραμμα αντιπροσωπεύει τις περιοχές των χρωμοσωμικών απώλειας (πράσινο κίτρινο) και ομόζυγη διαγραφή (σκούρο πράσινο) κατά μήκος του χρωμοσώματος 5 για 13 RCC όγκους και δύο κυτταρικές σειρές RCC. Η κάθετη κόκκινη γραμμή στο φόντο υποδεικνύει τη θέση του

CDKN2A

τόπο. (Β) Μεγέθυνση του ιστόγραμμα με επίκεντρο την

CDKN2A /2β

τόπους. Οι γονιδιωματικές περιοχές όλων των γονιδίων που περιλαμβάνονται στην REFSEQ απεικονιζόμενου του χρωμοσώματος απεικονίζονται ως κάθετες μπάρες στο φόντο. (Γ) Η ανάλυση έκφρασης των

CDKN2A

(

p16

ΙΝΚ4 &

και

p19

ΑΠΦ

) για 13 RCC όγκους και δύο κυτταρικές σειρές RCC, χρησιμοποιώντας το πραγματικό -Ώρα PCR με ειδικά ζεύγη εκκινητών για κάθε διαφορετική μεταγραφή. Οι τιμές για το

y-άξονα

δείχνουν σχετικό επίπεδο έκφρασης του mRNA σε σύγκριση με το μέσο όρο των ατόμων σε φυσιολογικά νεφρά των τριών αρουραίων ελέγχου. ανάλυση (D) Έκφραση του

CDKN2B

(

P15

Ink4b

) για 13 RCC όγκους και δύο κυτταρικές σειρές RCC με πραγματικού χρόνου PCR. Οι τιμές για το

y-άξονα

δείχνουν σχετικό επίπεδο έκφρασης του mRNA σε σύγκριση με το μέσο όρο των ατόμων σε φυσιολογικά νεφρά των τριών αρουραίων ελέγχου.

Η

Η συχνή Ενισχύσεις πάνω από την περιοχή Pericentromeric του χρωμοσώματος 4 και ενίσχυση στο

Met

Locus

κατά τη διάρκεια μιας μακράς τμήμα του pericentromeric περιοχής στο χρωμόσωμα 4, παρατηρήθηκαν συχνές αντίγραφο κέρδος αριθμός και η ενίσχυση (Εικ. 1Β). Genomic ενίσχυση και έκφραση γονιδίου σε αντίστοιχες περιοχές του χρωμοσώματος 4 ήταν ως επί το πλείστον αναλογικά (Εικ. S3). Ένα οικόπεδο μπαρ της ενισχυμένης περιοχής κατά μήκος της pericentromeric περιοχή στο χρωμόσωμα 4 αποκάλυψε ότι

Met

ογκογονίδιο κατοικεί στη συνηθέστερη επικαλυπτόμενες γονιδιωματικής τμήμα (Εικ. 3Α). Η πιο επικαλυπτόμενα τμήμα με μήκος περίπου 222 kb αποτελούνταν από έναν ενισχυμένης περιοχής σε 11/15 δείγματα και περιείχε μόνο μία REFSEQ-επιμέλεια γονίδιο (

Met

) (Σχ. 3Β). Μια μεγαλύτερη από 5-φορές αύξηση σε

Met

έκφραση mRNA παρατηρήθηκε σε 6 δείγματα μεταξύ των 9 όγκους που περιείχε ένα γονιδιωματικό ενίσχυση του

Met

(Σχ. 3C).

(Α) Το ιστόγραμμα αντιπροσωπεύει τις περιοχές ενίσχυσης κατά μήκος ενός 65 Mb pericentrometic περιοχή του χρωμοσώματος 4 για 13 RCC όγκους και δύο κυτταρικές σειρές RCC. Οι τέσσερις κατηγορίες ενίσχυσης που υποδεικνύεται από το χρώμα διαβάθμιση μπαρ? όσο πιο σκούρο το κόκκινο, όσο μεγαλύτερο είναι το πλάτος. (Β) Μια μεγεθυμένη άποψη του ιστόγραμμα παραπάνω δείχνει την περιοχή του πιο επικαλυπτόμενη περιοχή. Οι γονιδιωματικές περιοχές όλων των γονιδίων που περιλαμβάνονται στην REFSEQ απεικονιζόμενου του χρωμοσώματος απεικονίζονται ως κάθετες μπάρες στο παρασκήνιο. ανάλυση (C) Έκφραση του

Met

για 13 RCC όγκους και δύο κυτταρικές σειρές RCC με πραγματικού χρόνου PCR. Οι τιμές για το

y-άξονα

δείχνουν σχετικό επίπεδο έκφρασης του mRNA σε σύγκριση με το μέσο όρο των ατόμων σε φυσιολογικά νεφρά των τριών αρουραίων ελέγχου.

Η

Συλλογικά, σχετικά με χρωμοσωμικών ανωμαλιών σε αυτά τα δύο καρκίνου -σχετικών loci, κάθε εξετάστηκαν καρκίνωμα συμπεριλαμβανομένων των δύο κυτταρικές σειρές περιείχαν είτε το

Met

ενίσχυση ή την

CDKN2A /2β

διαγραφή (Πίνακας 1, Σχ. 2Β και 3Β). Άλλες κοινές γενετικές αλλαγές συνοψίζονται στον Πίνακα S1 (20 αφαιρούμενα γονίδια, κοινή σε 2-4 όγκους RCC) και στον Πίνακα S2 (340 ενισχυμένα γονίδια, κοινή σε 2-9 όγκους RCC). Μεταξύ εκείνων

Zbtb38

ενίσχυσης επιβεβαιώθηκε για υπερέκφραση (Εικ. S4).

Η

Όγκων Μέγεθος του Fe-ΝΤΑ που προκαλείται Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης ρυθμίζεται από τα γενετικά χαρακτηριστικά

εξέτασε τις συσχετίσεις μεταξύ γενετικές μεταβολές και διάφορα χαρακτηριστικά RCC συμπεριλαμβανομένων εκείνων που συνοψίζονται στον πίνακα 1. μεταξύ όλων των σχέσεων που εξετάστηκαν,

Met

έκφρασης και το μέγεθος του όγκου ήταν αναλογικά συνδέονται (Σχ. 4Α). Επιπλέον, μια ιεραρχική συσταδοποίηση των όγκων με βάση το ολικό πρότυπα των χρωμοσωματικών μεταβολών αποκάλυψε ότι μια ομάδα μεγάλων όγκων (δηλαδή, FB7-7, FB30-5 και FB33-7) αντιστοιχούσε σε ένα ξεχωριστό σύμπλεγμα (Εικ. 4Β). Ως εκ τούτου, ένα χαρακτηριστικό του όγκου, το μέγεθος τη στιγμή ο όγκος ήταν κλινικά έκδηλη, συνδέθηκε με όλο το φάσμα με βάση τα προφίλ CGH.

(Α)

Met

έκφραση συσχετίστηκε σημαντικά με το μέγεθος του όγκου . συντελεστή κατά Pearson συσχέτισης (r) και η αντίστοιχη τιμή P είναι γραμμένα στην περιοχή σχεδίασης. (Β) Ιεραρχική συσταδοποίηση των όγκων RCC με βάση ολόκληρη πρότυπα γονιδιώματος του αριθμού αντιγράφων αλλαγές. Οι όγκοι μεγάλου μεγέθους αποτελούν ξεχωριστό σύμπλεγμα.

Η

Σύγκριση Αντιγραφή Αριθμός Τροποποίηση προφίλ στον Καρκίνο γονιδιώματος Μεταξύ αρουραίους και ανθρώπους

Για να προσδιοριστεί η γενική αρχή της γονιδιωματικής μεγάλης κλίμακας αλλαγές στο καρκίνος μεταξύ των ειδών θηλαστικών, συγκρίναμε καρκίνος γονιδιώματα των αρουραίων και των ανθρώπων ως ένα ολόκληρο φάσμα χρωμοσωμικές ανωμαλίες. Πρώτον, μετασχηματίζονται τα προφίλ CGH αρουραίου συστοιχία που βασίζεται πάνω σε ανθρώπινα χρωμοσώματα σύμφωνα με μια synteny μεταξύ των δύο ειδών. Στη συνέχεια, συγκρίναμε το σύνολο των μοντέλων που βασίζονται στον εκτιμώμενο αριθμό αντιγράφων χρησιμοποιώντας πολυδιάστατη μεθόδους ανάλυσης δεδομένων. Βρήκαμε ότι Fe-ΝΤΑ που προκαλείται από RCC αρουραίου ήταν πιο παρόμοια με την ανθρώπινη Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης, που ακολουθείται από την ανθρώπινη κακόηθες μεσοθηλίωμα (Σχ. 5Α και 5Β).

(Α) Το οικόπεδο χρώμα αντιπροσωπεύει μια μήτρα ομοιότητας μεταξύ των αρουραίων Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης και διάφορους ανθρώπινους καρκίνους. rRCC, καρκίνωμα νεφρικών κυττάρων του αρουραίου? hPDAC, παγκρεατικού πόρου αδενοκαρκίνωμα του ανθρώπου? hTALL, ανθρώπινων Τ-κυττάρων οξεία λεμφοβλαστική λευχαιμία? hGBM, ανθρώπινη πολύμορφο γλοιοβλάστωμα? hRCC, ανθρώπινο καρκίνωμα νεφρικών κυττάρων. (Β) Αριθμητική περίληψη της μήτρας ομοιότητας. Ο αριθμός σε κάθε τετράγωνο υποδεικνύει μία μέση τιμή του δείκτη ομοιότητας (που ορίζεται μεταξύ -1000 και 1000). Ανατρέξτε στην ενότητα Υλικά και Μέθοδοι για λεπτομέρειες.

Η

Συζήτηση

Στην παρούσα μελέτη, αναφέρουμε για πρώτη φορά τις αναλύσεις του συνόλου των δεδομένων από σειρά με βάση CGH εφαρμόζεται σε Fenton χημεία προκαλούμενη καρκινογένεση σε ένα μοντέλο νεφρού αρουραίου [20]. Βρήκαμε ότι το οξειδωτικό στρες προκαλεί εκτεταμένη γενωμική μεταβολές στην επαγόμενη γονιδίωμα καρκίνο σε χρωμοσωμικό επίπεδο (Σχ. 1Α). Είναι γνωστό ότι η πλειοψηφία των ανθρώπινων κακοήθων στερεών όγκων έχουν κέρδη ή ζημίες σε πολυάριθμες χρωμοσώματα [21], [22], και ενίσχυση μπορεί να είναι ένας κατάλληλος στόχος για τη χημειοθεραπεία του καρκίνου. Κατά τη διάρκεια της καρκινογένεσης διαδικασία τέτοιων όγκων, χρωμοσωμική αστάθεια πιστεύεται ότι συμβάλλει ως κινητήριος παράγοντας [23]. Μεταξύ μοντέλα τρωκτικών καρκινογένεσης άγριου τύπου, όμως, λίγα μοντέλα αναφέρουν τη χρήση δειγμάτων πρωτογενούς όγκου εκτεταμένες γενετικές μεταβολές λόγω της χρωμοσωμικής αστάθειας [24], [25]. Ακτινοβολία επαγόμενη κακοήθες λέμφωμα ποντικού [26] και αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα ποντικού που επάγεται από 4- (μεθυλονιτροζαμινο) -1- (3-πυριδυλ) -1-βουτανόνη, καρκινογόνος συστατικά του καπνού [27], αποκάλυψε ελαφρώς πιο ακαθάριστο χρωμοσωμικές ανωμαλίες από οι αντίστοιχες αυθόρμητη όγκοι, αν και η χαμηλή ανάλυση στο (array βακτηριακό τεχνητό χρωμόσωμα [BAC] της ~6,500) έκθεσης. Τα γεγονότα που ελέγχουν οι αρουραίοι εμφανίζουν κανένα Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης [11], [12] και Fe-ΝΤΑ που προκαλείται μοντέλο RCC αρουραίου παρουσιάζει μια ισοδυναμία σε ανθρώπινους καρκίνους σε γονιδιωματική αλλαγές σε χρωμοσωμικό επίπεδο υποστηρίζουν σθεναρά την ιδέα ότι αυτή η καρκινογένεση μοντέλο μιμείται ένα πραγματικό καρκινογόνο διαδικασία αυτοί οι άνθρωποι που στερούνται ισχυρή χαρακτηριστικά ευαισθησίας στον καρκίνο.

Αντίθετα, τα ποντίκια με πολλαπλά γενετικά τροποποιημένα σχετίζονται με τον καρκίνο γονίδια δείχνουν γενετική τροποποίηση αυτού του είδους [28]. Πιστεύουμε ότι αυτά τα πειράματα αντιστοιχούν σε μια καθιερωμένη φαινότυπο μεταλλάκτη [29] και, ως εκ τούτου, με την καρκινογόνο διαδικασία σε ανθρώπους που έχουν ισχυρή χαρακτηριστικά ευαισθησίας του καρκίνου, όπως το σύνδρομο Li-Fraumeni (

p53

) [30] ή το μελάνωμα συγγενικούς κύκλους (

p16

) [31]. Ως κληρονομική μοντέλο αρουραίου RCC, αναλύσαμε επίσης τα Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης των αρουραίων Eker, τα οποία δεν παρουσιάζουν επιθετική χαρακτηριστικά, όπως η μετάσταση [32], [33], [34]. Παρατηρήσαμε ότι αυτά τα Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης έδειξαν μηδενική ή λεπτές γενετικές αλλοιώσεις (Εικ. S5). Κατά συνέπεια, το οξειδωτικό στρες, συμπεριλαμβανομένου ότι οφείλονται στην περίσσεια σιδήρου, θα μπορούσε να είναι μία από τις αιτίες των ανθρώπινων νεφρικών καρκινογένεσης. Πράγματι, πολλές επιδημιολογικές μελέτες έχουν συσχετίσει εργαζόμενοι της βιομηχανίας σιδήρου και χάλυβα με αυξημένο κίνδυνο RCC [35].

Μια ανάλυση οικόπεδο συχνότητα αποκάλυψε δύο αξιοσημείωτα χαρακτηριστικά. Πρώτον, οι χρωμοσωμικές ανωμαλίες έδειξαν την προτίμησή τους για την απώλεια κατά την πλοειδία του κάθε γονιδιώματος του καρκίνου. Κυρίως, η εκτροπή εκπροσωπήθηκε από τη διαγραφή είτε στο σύνολό του χρωμοσώματος (μονοσωμία) ή σε επίπεδο τμηματική (Εικ. 1Β). Ο πιο κοινός στόχος για την απώλεια ήταν το

CDKN2A /2β

τόπο. Η επικράτηση της απώλειας στο προφίλ του χρωμοσωμικές ανωμαλίες μπορεί να αποδοθεί στην πρώιμη φάση της καρκινογένεσης. Έχουμε στο παρελθόν έδειξαν ότι τα κύτταρα με ένα ημιζυγωτική διαγραφή στο

CDKN2A

εμφανίζονται ήδη από μερικές εβδομάδες μετά την έναρξη της μια διοίκηση Fe-ΝΤΑ [36].

παρούσα ανάλυση μας αποκάλυψε ότι η μο- νοαλληλική απώλεια χρωμόσωμα 5 στο σύνολό της ή μιας ισοδύναμα ευρύτερη περιοχή είναι η κύρια πρώτη εκδήλωση. Πράγματι, βρήκαμε μόνο μία περίπτωση (6,7%) ενός μο- νοαλληλική απώλεια ενός εξαιρετικά στενή περιοχή (~350 κιλοβάσεις? Τα Σχ. 2Α και 2Β). Fe-ΝΤΑ καταλύει την παραγωγή ριζών υδροξυλίου μέσω της αντίδρασης Fenton ειδικά στο αυλούς της νεφρικής εγγύς σωληναρίων, η οποία οδηγεί σε εκφυλισμό και νέκρωση /απόπτωση αυτών των κυττάρων [37], [38]. Επειδή νεφρό είναι ένα ζωτικό όργανο που εκτελεί έκκριση ουρίας, επαναπορρόφηση των πολύτιμων μορίων, καθώς και ιοντική διατήρηση ομοιόστασης, αναγέννηση από τα υπόλοιπα σωληνοειδή κύτταρα είναι έντονα προωθείται. Σύμφωνα με χρόνιο οξειδωτικό στρες από επαναλαμβανόμενες χορηγήσεις Fe-ΝΤΑ, αυτή η διαδικασία εκφυλισμού και αναγεννήσεως θα συνεχιστεί για μήνες έως χρόνια, αυξάνοντας τον κίνδυνο μιτωτικής συμβάντα ταυτόχρονα με την επισκευή της οξειδωτικής βλάβης του DNA. Πιστεύουμε ότι αυτό το οξειδωτικό στρες προκαλεί μη φυσιολογική αντιγραφή του DNA και χρωμοσωμικές ανώμαλο διαχωρισμό, η οποία οδηγεί στην εμφάνιση της ανευπλοειδικών κυττάρων. Παραδόξως, αυτή η σειρά των γεγονότων εμφανίζονται να συμβαίνουν σε μήνες, οδηγώντας σε μία υψηλή συχνότητα εμφάνισης (-90%) του RCC σε αρουραίους μέσα σε δύο χρόνια. Ανευπλοειδικών κύτταρα συνήθως εμφανίζουν φαινοτύπους συνάδει με την αυξημένη ενεργειακή ανάγκη και proteotoxic στρες. Ωστόσο, ανευπλοειδία μπορεί να προωθήσει ογκογένεση κάτω από τις ακόλουθες δύο υποθετικές μηχανισμούς: 1) ανευπλοειδία μπορεί να προκαλέσει μία πολλαπλασιαστική πλεονέκτημα μέσω της απώλειας του G1 /ελέγχου μετάβαση S υπό συνθήκες στις οποίες η κανονική euploid κύτταρα δεν διαιρούνται [39] και 2) ανευπλοειδία μπορεί να προωθήσει ογκογένεση με προώθηση γενωμική αστάθεια, με αποτέλεσμα την αύξηση της συνεκτίμησης των όγκων [40]. Η συχνή διαγραφή του

CDKN2A

/

2β

τόπο παρατηρείται στον αρουραίο περιτοναϊκή μεσοθηλίωμα, μια υπερφόρτωση που σχετίζεται με όγκο σιδήρου [41], που προκαλείται είτε από μια άλλη ένωση σιδήρου (σίδηρος σακχαρικό) [ ,,,0],42] ή από τον αμίαντο [43]. Αυτά τα κοινά χαρακτηριστικά των ζωικών μοντέλων υποδεικνύουν έντονα ότι

CDKN2A

/

2β

αποτελεί βασικό στόχο στην καρκινογένεση σιδήρου μεσολάβηση. Η ίδια γενετική μεταβολή παρατηρείται στο μεσοθηλίωμα αρουραίων που προκαλείται από πολλαπλά τοιχώματα νανοσωλήνες άνθρακα [44], στην οποία δεν έχει ακόμη τεκμηριωθεί η συμμετοχή του σιδήρου. Θα ήθελα να προσθέσω εδώ για την βιολογική σημασία των αποτελεσμάτων μας ότι η ομόζυγη διαγραφή του

CDKN2A /2B

συχνά παρατηρείται σε ανθρώπινο μεσοθηλιώματος συνδέεται με την έκθεση στον αμίαντο [45], [46].

Μερικοί από τους όγκους με ένα υπόλοιπο

CDKN2A

/

2β

αλληλόμορφο έδειξε εξαιρετικά υψηλά επίπεδα έκφρασης των δύο προϊόντων από αυτήν την θέση,

p16 /ΙΝΚ4 &

και

ρ19 /ΤΑΠ.

Αυτή είναι μια στιγμή συζητείται το θέμα σε ανθρώπινο καρκίνο [47]. Υπάρχουν σημαντικές ενδείξεις ότι αρκετά νεοπλάσματα επιδεικνύουν σημαντικά επίπεδα ρ16 σε κυτταρόπλασμα [48]. Αυτό μπορεί να είναι μια ανεπιτυχή προσπάθεια να σταματήσει τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων στην περίπτωση της κατάντη

Rb

απορρύθμιση [49] ή μπορεί να αντιπροσωπεύει έναν εναλλακτικό μηχανισμό για τη διαμόρφωση αγνώστων μονοπατιών. έκθεμα δεδομένα -50% ημιζυγωτική διαγραφή μας

Rb

. Αυτό απαιτεί περαιτέρω διευκρινίσεις με επιγενετικές ανάλυση.

Το δεύτερο χαρακτηριστικό προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας την ανάλυση οικόπεδο συχνότητας υψηλή συχνότητα εμφάνισης της ενίσχυσης κατά μήκος μιας περιορισμένης χρωμοσωμικής περιοχής προς το κεντρομερίδιο του χρωμοσώματος 4, δείχνοντας με τον

Met

τόπος. Μια περιοχή που εκτείνεται 80 Mb από την κεντρομερές του χρωμοσώματος αρουραίου 4 είναι συνταινιακή στο ανθρώπινο χρωμόσωμα 7. Διάφορες ανθρώπινους καρκίνους, όπως πολύμορφο [50] και μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα [51], αναφέρονται στο λιμάνι ενισχύσεις σε χρωμόσωμα 7. Τυροσίνη κινάση ΜΕΤ είναι ένας υποδοχέας για έναν αυξητικό παράγοντα ηπατοκυττάρων και βρίσκεται ανάντη του

ras

στην οδό μεταγωγής σήματος, εξυπηρετώντας έτσι ως πλεονέκτημα για τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων [52]. Ως εκ τούτου, είναι κατανοητό ότι το μέγεθος του όγκου αναλογικά σχετίζεται με το

Met

επίπεδο έκφρασης (Σχ. 3C και 4Α). Επειδή έχουμε τεμαχίσει το ζώο, μόλις αναγνωρίζουμε τον όγκο, πιστεύουμε ότι μεγάλου μεγέθους όγκοι είναι πιο επιθετικό χαρακτήρα. Αξίζει να σημειωθεί ότι το μέγεθος του όγκου σχετίζεται επίσης με το πρότυπο γονιδιώματος αλλοίωση (Εικ. 4Β), και συνδέθηκε με ενίσχυση και υπερέκφραση του

Zbtb38

βρίσκεται στο χρωμόσωμα 8 (Εικ. S4). ZBTB38 (CIBZ) καταστέλλει τη μεταγραφή του μετουσιωμένο πρότυπα [53], έτσι ρυθμίζει προφανώς επιγενετικών μηχανισμών. Κάτω ρύθμιση του ZBTB38, ενός νέου υποστρώματος της κασπάσης-3, επάγει την απόπτωση [54] και αυτό το γονίδιο εντοπίζεται σε έναν τόπο επιδεκτικότητα καρκίνου του προστάτη [54]. Τα αποτελέσματα αυτά επιβεβαιώνουν τη δυνατότητα της κατάταξης όγκου χρησιμοποιώντας array-CGH βάση.

Met

προέκυψε εξελικτικά αργά και είναι μοναδική για τα θηλαστικά [52]? Θα μπορούσε επομένως να συνδέεται με το μοναδικό ενίσχυσης σε ολόκληρο το γονιδίωμα.

Genomic ενίσχυση υποτίθεται ότι συμβαίνει μέσω του κύκλου θραύση-σύντηξης-γέφυρα [55], [56], [57]. Μια αντίδραση Fenton προκαλεί δίκλωνο DNA θραύση [10]. Τα αποτελέσματά μας αποκάλυψαν ότι αυτές οι ενισχύσεις αποτελούνταν από ένα μίγμα ενισχύσεις χαμηλού επιπέδου ευρύ φάσμα και κατακερματισμένη, στενό πολλαπλασιασμούς υψηλού επιπέδου (Σχ. 3Α). Αυτό υποδηλώνει ένα μηχανισμό θετικής ανάδρασης για ενίσχυση, ξεκινώντας από την ενίσχυση χαμηλού επιπέδου ευρύ φάσμα. Υποψιαζόμαστε μια συμμετοχή της διπλής λεπτά, και η παρουσία των ευπαθών γονιδιωματικής τόπους. Αυτή η υπόθεση απαιτεί περαιτέρω μελέτη. Ήταν ενδιαφέρον ότι δύο όγκων κατασταλτικά γονίδια,

Cav1

[58], [59] και

ST7

[60], η οποία περιβάλλεται η

Met

θέση (Εικ. 3Β) . Αυτό μπορεί να είναι ο λόγος για τον οποίο η

Met

τόπος ήταν παρονομαστής για τα Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης αρουραίο. Ολόκληρο exome ή γονιδιώματος μπορεί να αποκαλύψει περαιτέρω νέα ευρήματα σχετικά με σημειακή μετάλλαξη και χρωμοσωμική μετατόπιση.

Τέλος, συγκρίναμε τα παρόντα αποτελέσματα αρουραίο με τους αντίστοιχους ανθρώπινους όγκους με τη μετατροπή των δεδομένων βασίζεται σε χρωμοσωμικές synteny (Σχ. 5Α και 5Β). Ήταν αναμενόμενο ότι η γονιδιωματική μεταβολή του Fe-ΝΤΑ που προκαλείται RCC αρουραίου ήταν πιο παρόμοια με την ανθρώπινη RCC προφανώς επειδή τα κύτταρα-στόχοι είναι τα ίδια. Ωστόσο, αναπάντεχα, τα ανθρώπινα μεσοθηλίωμα ήταν το δεύτερο παρόμοιο. Είναι πλέον αποδειχθεί ότι τα περισσότερα ανθρώπινα μεσοθηλίωμα αποτελέσματα από την έκθεση στον αμίαντο, και ο κύριος παθογόνος διαδικασία που εμπλέκονται είναι η υπερφόρτωση σιδήρου [8], [61]. Το ίδιο μεσοδερμικό προέλευση των νεφρικών σωληναρίων κύτταρα και mesothelial κυττάρων μπορεί να προκαλέσει την ομοιότητα των array-CGH με βάση τα προφίλ. Ενδοδερμικά όγκου, όπως παγκρεατικού πόρου αδενοκαρκίνωμα (PDAC), και εξωδερματική όγκων, όπως πολύμορφο γλοιοβλάστωμα (GBM), παρουσίασαν σημαντική διαφορά στην γονιδιωματική προφίλ.

Εν κατακλείδι, δείξαμε ότι οι επανειλημμένες αντιδράσεις Fenton σε άγριας αρουραίους τύπου επάγεται καρκίνου που ανακεφαλαιώνει γονιδιωματική μεταβολές παρόμοιες με αυτές σε ανθρώπινους καρκίνους, υποδηλώνοντας την εμπλοκή του οξειδωτικού στρες ως ένας σημαντικός παράγοντας στην ανθρώπινη καρκινογένεση. Σε αυτή την νεφρική μοντέλο καρκινογένεσης, προτιμώνται οι μεταβολές ήταν διαγραφή?

CDKN2A /2B

διαγραφή και

Met

ενίσχυσης ήταν οι σημαντικές τροποποιήσεις του γονιδίου-στόχου. Μια συγκριτική ανάλυση μεταξύ των ειδών θα μπορούσε να συμβάλει στον εντοπισμό υποψήφιων καρκινογόνους παράγοντες.

Υλικά και Μέθοδοι

Fe-ΝΤΑ που προκαλείται από νεφροκυτταρικό καρκίνωμα Μοντέλο

Fe-ΝΤΑ που προκαλείται από τα πειράματα καρκινογένεση ήταν πραγματοποιείται με τη χρήση αρσενικών F1 υβρίδιο αρουραίους που ήταν ένας σταυρός μεταξύ Fischer 344 και Brown-Norway αμιγή στελέχη (Charles River, Yokohama, Japan) όπως περιγράφηκε προηγουμένως [62]. Δεκατρείς υποθέσεις RCC χρησιμοποιήθηκαν σε αυτή τη μελέτη, και η ιστολογική ποιότητα του όγκου προσδιορίστηκε σύμφωνα με την τροποποιημένη ταξινόμηση του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας όπως περιγράφηκε προηγουμένως [62]. Τα στοιχεία συνοψίζονται στον πίνακα 1. Οι επιτροπές πείραμα ζώων του Graduate School of Medicine, Kyoto University Graduate School of Medicine και Nagoya University Graduate School of Medicine ενέκρινε την εν λόγω μελέτη. κυτταρικές σειρές FRCC001 και FRCC562 ​​καθιερώθηκαν από πρωτογενή Fe-ΝΤΑ επαγόμενη Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης όπως περιγράφηκε προηγουμένως [63].

Array-based Συγκριτικό Genomic Hybridization

Γονιδιωματικό DNA από τους όγκους και τις κυτταρικές γραμμές ήταν απομονωθεί με DNeasy (Qiagen, Valencia, CA). Array-based CGH διεξήχθη με ένα Agilent 185 γονιδίωμα K αρουραίου CGH μικροσυστοιχιών (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) όπως περιγράφηκε προηγουμένως [64]. Δεκατρείς πρωτογενείς όγκους και δύο κυτταρικές σειρές του Fe-ΝΤΑ που επάγεται Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας αναφοράς DNA εξάγεται από ένα φυσιολογικό νεφρό ενός αρουραίου από Brown-Norway imbred στέλεχος. Ένα δείγμα RCC ενός θηλυκού Eker αρουραίου [32] αναλύθηκε χρησιμοποιώντας αναφοράς DNA εξάγεται από ένα φυσιολογικό νεφρό ενός αρσενικού Eker αρουραίου. Δύο επιπλέον δείγματα RCC των αρσενικών αρουραίων Eker αναλύθηκαν με Αρουραίος Γονιδιώματος CGH μικροσυστοιχιών 105Α (G4436A? Agilent Technologies), με τη χρήση αναφοράς DNA που εξάγεται από ένα φυσιολογικό ήπαρ άλλου αρσενικού Eker αρουραίου. Οι κανονικοποιημένες array-CGH με βάση τα δεδομένα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία για να δημιουργήσει ένα τμηματικό προφίλ με εγκύκλιο δυαδική τμηματοποίηση (CBS) [65] με ένα αλλαγμένο επίπεδο σημαντικότητας (α = 0,0001). Η διαδικασία της επεξεργασίας των δεδομένων για την εκτίμηση του αριθμού αντιγράφων περιγράφεται λεπτομερώς στο Μέθοδοι S1.

Ποσοτική RT-PCR ανάλυση

Το συνολικό RNA απομονώθηκε χρησιμοποιώντας αντιδραστήρια Isogen (Nippon Gene Co. Ltd., Τόκιο, Ιαπωνία ) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. cDNA συντέθηκε χρησιμοποιώντας ένα κιτ ver RNA PCR. 3.0 (Takara Bio, Shiga, Ιαπωνία) με τυχαία εναύσματα. Ένα κιτ Platinum SYBR Green qPCR SuperMix-UDG (Invitrogen, Carlsbad, CA) και ένα 7300 Real-Time PCR System (Applied Biosystems, Foster City, CA) χρησιμοποιήθηκαν για ποσοτική ανάλυση σε πραγματικό χρόνο PCR. Rat β-ακτίνη χρησιμοποιήθηκε ως ένας εσωτερικός έλεγχος. Οι εκκινητές που χρησιμοποιήθηκαν ήταν ως ακολούθως:

ρ16

ΙΝΚ4 &

, 5′-aaacgccccgaacactttc-3 ‘και 5′-gttcgaatctgcaccatagga-3’?

p19

ΑΠΦ

, 5′-accccaagtgagggttttct-3 ‘και 5′-agagctgccactttgacgtt-3’?

P15

Ink4b

, 5′-tccacaggctagagggaaaa-3 ‘και 5′-gtgcaggtgactccttggtt-3’?

Met

, 5′-ttaagcgagagcacgacaaat-3 ‘και 5′-ccacataggaaaacgcactgt-3’?

Zbtb38

, 5′-gtagctgctgctccaaatcc-3 ‘και 5′-cctgttgagggtggtgaact-3′? β-ακτίνη, 5’-tgtgttgtccctgtatgcctctg-3 ‘και 5′-atagatgggcacagtgtgggtg-3’.

Ανθρώπινο δεδομένων

Χρησιμοποιήσαμε την ανθρώπινη σειρά που βασίζεται σε δεδομένα CGH του αδενοκαρκινώματος παγκρεατικού πόρου (hPDAC) [ ,,,0],28], Τ-κυττάρων οξεία λεμφοβλαστική λευχαιμία (hTALL) [28], γλοιοβλάστωμα (hGBM) [66], μεσοθηλίωμα κυτταρική γραμμή (ΗΜΜ) [67] και καρκίνωμα νεφρικών κυττάρων (hRCC) [56]. Τα δεδομένα Agilent CGH-συστοιχία των πρώην τέσσερις τύπους ανθρώπινου καρκίνου ελήφθησαν από Gene Expression NCBI του Omnibus (GEO) Ιστοσελίδα (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/). Οι αριθμοί ένταξη GEO για τα σύνολα δεδομένων είναι GSE7599 (hPDAC), GSE7603 (hTALL), GSE9177 (hGBM) και GSE22237 (HMM). Το ανθρώπινο δεδομένων ΣΠΣ που λαμβάνονται μέσω αναλύσεων με μικροσυστοιχίες BAC (4361 κλώνοι) [68]. Ορίσαμε δείκτης ομοιότητας μεταξύ των δύο προφίλ CGH συστοιχία που βασίζεται ως ακολούθως. Πρώτον, υπολογίσαμε το συντελεστή συσχέτισης με log2 αναλογίες του εκτιμώμενου αριθμού αντιγράφων κατά την τεκμαιρόμενη πλοειδίας καρκίνου για τους γονιδιωματική θέσεις που αντιστοιχούν σε όλα τα Agilent 44 K ανθρώπινη CGH ανιχνευτές μικροσυστοιχιών. Στη συνέχεια, πολλαπλασιάζεται η τιμή του 1 × 10

3 μετά την αλλαγή της απόλυτης τιμής στην τετραγωνική ρίζα του.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Array-CGH προφίλ από όλα τα Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης που εξετάστηκαν. Κόκκινες γραμμές δείχνουν αναλογίες log2 του εκτιμώμενου αριθμού αντιγράφων πάνω τεκμαιρόμενη πλοειδίας καρκίνο έναντι γονιδιωματική θέση για όλους τους ανιχνευτές μικροσυστοιχιών CGH

doi:. 10.1371 /journal.pone.0043403.s001

(PDF)

Εικόνα S2.

κατανομή τιμών αναλογίας log2 του εκτιμώμενου αριθμού αντιγράφων για όλους τους ανιχνευτές σε όλες τις μικροσυστοιχίες διεξαχθεί.

doi: 10.1371 /journal.pone.0043403.s002

(PDF)

Εικόνα S3.

Παράδειγμα της παγκόσμιας έκφρασης αλλάζει σύμφωνα με γονιδιωματική μεταβολή. Οι διαφορές στο γονιδίωμα και μεταγραφικό αναλύονται ανάμεσα σε δύο Συντονιστικά Κέντρα Διάσωσης, FB7-7 έχει ευρύ φάσμα ενίσχυση στο χρωμόσωμα 4 έναντι FB28-7 έχει καμία ουσιαστική γονιδιωματική μεταβολή στο χρωμόσωμα 4. (Α) Sky οικόπεδο μπλε κύκλο δείχνει αναλογία εκτιμώμενο αριθμό αντιγράφου με βάση array-CGH βάση (FB7-7

vs

FB28-7). Κόκκινο οικόπεδο κύκλος υποδεικνύει αναλογία των κανονικοποιημένων σημάτων σε μικροσυστοιχίες έκφρασης Affymetrix (FB7-7

vs

FB28-7). (β) οι τιμές λόγου Έκφραση ο μέσος όρος κατά μήκος του χρωμοσώματος. Εδώ, το κόκκινο οικόπεδο κύκλος δείχνει μέση τιμή σε 2-MB Windows

doi:. 10.1371 /journal.pone.0043403.s003

(PDF)

Εικόνα S4.

Zbtb38

έκφραση του mRNA είναι αποδεδειγμένα σχετίζεται με τον αριθμό χρωμοσωμικό αντίγραφο του. προφίλ (Α) Array-CGH των δύο RCC όγκων που φιλοξενούν ενίσχυση πάνω από

Zbtb38

θέση στο χρωμόσωμα ανάλυση 8. (Β) Έκφραση του

Zbtb38

στις 13 RCC όγκους με πραγματικού χρόνου PCR. Οι τιμές του

y-άξονα

αναφέρει το σχετικό επίπεδο έκφρασης του mRNA σε σύγκριση με το μέσο όρο των ατόμων σε φυσιολογικά νεφρά των τριών αρουραίων ελέγχου

doi:. 10.1371 /journal.pone.0043403.s004

(PDF)

Εικόνα S5.

προφίλ Array-CGH τριών κληρονομικών (Eker αρουραίος) νεφρικών όγκων.