Αφηρημένο

Ιστορικό

Πολλά στοιχεία ευνοούν την εμπλοκή των υποδοχέων των ανδρογόνων στην έναρξη του καρκίνου του προστάτη μέσω της επαγωγής των διαφόρων προγραμμάτων ενεργοποίησης του γονιδίου. Ο σκοπός της μελέτης είναι να προσδιορίσει το δυναμικό βιοδείκτες για την έγκαιρη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη (PCA) μεταξύ των γονιδίων ανδρογόνο ρυθμιζόμενη (ARG) και να αξιολογήσει τη συγκριτική έκφραση αυτών των γονιδίων σε κανονικό προστάτη και φυσιολογικό προστάτη σχετίζονται με ανδρογόνο-ευαίσθητους ιστούς που δεν το κάνουν (ή σπάνια) να οδηγήσει σε καρκίνο.

Μέθοδοι

επιλέχθηκαν

ARG σε προστάτη επιθηλιακά RWPE-1 κύτταρα μη-νεοπλασματικές ενήλικο άνθρωπο που εκφράζουν σταθερά ένα εξωγενές ανθρώπινο υποδοχέα ανδρογόνων, χρησιμοποιώντας RNA-μικροσυστοιχίες και επικύρωση από qRT-PCR. Η έκφραση των γονιδίων 48 προεπιλεγεί ποσοτικοποιήθηκε σε δείγματα ιστού (σπερματοδόχων κύστεων, του προστάτη μεταβατικές ζώνες και καρκίνους του προστάτη, καλοήθης υπερτροφία του προστάτη ελήφθησαν από χειρουργικά δείγματα) χρησιμοποιώντας συστοιχίες χαμηλής πυκνότητας TaqMan®. Τα διαγνωστικά επιδόσεις αυτών των πιθανών βιοδεικτών συγκρίθηκαν με εκείνη των γονιδίων που είναι γνωστό ότι σχετίζονται με προστάτη (δηλαδή PCA3 και DLX1).

Αποτελέσματα και Συζήτηση

Με τη διέλευση μελέτες έκφρασης σε 26 συμφωνημένα ΣΕΣΣ και φυσιολογικό προστάτη μεταβατική δείγματα ζώνη, και 35 ταιριάζουν σπερματοδόχο κύστη και δείγματα προστάτη, εντοπίστηκαν 14 γονίδια. Ομοίως, 9 γονίδια υπερεκφράζονται σε 15 καλοήθη υπερτροφία του προστάτη δείγματα, σε σύγκριση με τα δείγματα PCa. Συνολικά, επιλέξαμε 8 γονίδια που παρουσιάζουν ενδιαφέρον για την αξιολόγηση διαγνωστικών επιδόσεις τους σε σύγκριση με εκείνη των PCA3 και DLX1. Μεταξύ αυτών, 3 γονίδια: CRYAB, KCNMA1 και δϋΡΚ, είχαν υπερεκφράζεται σε όλους τους 3 αναφοράς μη-καρκινικούς ιστούς. Οι περιοχές κάτω από ROC καμπύλες των γονιδίων αυτών έφθασε εκείνες του PCA3 (0,91) και DLX1 (0.94).

Συμπεράσματα

Εντοπίσαμε ARG με μειωμένη έκφραση σε προστάτη και με σημαντικές διαγνωστικές τιμές για τη διάκριση μεταξύ καρκινικών και μη-καρκινικές προστάτη ιστούς, παρόμοια εκείνη των PCA3. Δεδομένου πρότυπο έκφρασης τους, θα μπορούσαν να θεωρηθούν ως δυνητικά προστατευτικά έναντι του καρκίνου του προστάτη. Επιπλέον, θα μπορούσαν να είναι συμπληρωματικές προς γνωστά γονίδια υπερεκφράζεται σε προστάτη και περιλαμβάνεται μαζί με τους multiplex διαγνωστικά εργαλεία

Παράθεση:. Altintas DM, Allioli Ν, Decaussin Μ, de Bernard S, Ruffion Α, Samarut J, et al. (2013) διαφορικά εκφρασμένων ανδρογόνα-ρυθμιζόμενα γονίδια στα ανδρογόνα-ευαίσθητους ιστούς Αποκαλύπτουν Δυναμικό βιοδείκτες του πρώιμου καρκίνου του προστάτη. PLoS ONE 8 (6): e66278. doi: 10.1371 /journal.pone.0066278

Επιμέλεια: Antimo Migliaccio, ΙΙ Università di Napoli, Ιταλία

Ελήφθη: 14 του Φεβρουαρίου του 2013? Αποδεκτές: 3 Μαΐου του 2013? Δημοσιεύθηκε: 28 Ιούνη 2013

Copyright: © 2013 Altintas et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από το γαλλικό Λιγκ κατά του καρκίνου στο πλαίσιο του προγράμματος «Equipe Labellisée», από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου (INCA) και το εθνικά και περιφερειακά προγράμματα του Καρκίνου. DA ήταν ο αποδέκτης της επιχορήγησης PhD από το γαλλικό Υπουργείο Εθνικής Παιδείας, Έρευνας και Τεχνολογίας (MENRT Grant). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Ιστορικό

ο καρκίνος του προστάτη (PCA) είναι στους άνδρες ο συχνότερος καρκίνος και η δεύτερη κύρια αιτία θανάτου [1]. Τρέχουσες διάγνωση βασίζεται στην ιστολογική εξέταση του προστάτη βελόνα πυρήνα βιοψίες. Αυξημένη PSA ορού (ειδικό προστατικό αντιγόνο) χρησιμοποιείται ευρέως από τους γιατρούς, αν και δεν είναι συγκεκριμένες, για τη λήψη απόφασης βιοψίες του προστάτη και την ανίχνευση του καρκίνου του προστάτη [2]. Στην πραγματικότητα, καλοήθους υπερτροφίας του προστάτη (ΚΥΠ) και άλλες μη-καρκινικές καταστάσεις του προστάτη, όπως οξεία ή χρόνια προστατίτιδα, μπορεί να αυξήσει τα επίπεδα PSA. Αυτό οδηγεί σε περιττές βιοψίες του προστάτη αφού περισσότερο από το 60% των βιοψιών που προτείνεται από εξέταση PSA τελικά εμφανιστεί αρνητικό. Επιπλέον, εξέταση PSA δεν διαφοροποιούν κλινικά σημαντική από νωχελικός όγκους, με αποτέλεσμα υπερδιάγνωσης και μερικές φορές υπερδοσολογίας. Κατά συνέπεια, υπάρχει ανάγκη για νέους βιοδείκτες που βοηθούν κλινική λήψη αποφάσεων σχετικά με τη βιοψία και την αρχική θεραπεία.

Η συνήθης στρατηγική για τον καρκίνο του βιοδείκτη ανακάλυψη είναι η σύγκριση του καρκίνου του προστάτη με καλοήθη ιστό του προστάτη. Ετσι ταυτοποιήθηκε το πολλά υποσχόμενο PCA3 βιοδεικτών (γονίδιο καρκίνου του προστάτη 3) με διαφορική εμφάνιση του καρκίνου σε σύγκριση με την κανονική και καλοήθη υπερπλασία του προστάτη δείγματα [3]. τεχνολογιών υψηλής απόδοσης, όπως η ανάλυση μικροσυστοιχιών και φασματομετρία μάζας, έχουν αυξήσει το πεδίο του καρκίνου του προστάτη ανακάλυψη βιοδεικτών. Από τις πρώτες δημοσιεύσεις στο τέλος των 90 s και τις αρχές του s 2000, πολλές βιοδείκτες ή προφίλ «υπογραφή» που προσιδιάζουν σε κάθε παθολογική κατάσταση, π.χ. φυσιολογικό

έναντι

καρκίνου, έχουν προταθεί για τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη (Revue στο [4], [5]). Είτε αυτές οι πιθανές νέες βιοδείκτες είναι όλοι κλινικά σχετικές ερείπια, ωστόσο, αβέβαιο αφού κανείς να φτάσει τη φάση ανάπτυξης του PCA3 [6].

προστάτη είναι ένα από τα ανδρογόνα-ευαίσθητους ιστούς. Πιο συγκεκριμένα, οι δύο εμβρυϊκής ανάπτυξης του προστάτη και του προστάτη διατηρώντας την ενηλικίωση εξαρτώνται από μια κανονική εμποτισμού ιστού από ανδρογόνα. Τα ανδρογόνα δρουν μέσω ενός ειδικού υποδοχέα, AR (υποδοχέα ανδρογόνων), η οποία ανήκει στην υπεροικογένεια των πυρηνικών υποδοχέων. AR συμμετέχει στην ανάπτυξη προστάτη [7], [8], αλλά και στην έναρξη της [9], μέσω της επαγωγής αρκετών γονιδίων [10], [11], [12], [13]. Εάν αυτά τα γονίδια μπορούν να θεωρηθούν ως πιθανοί βιοδείκτες για την έγκαιρη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη αξίζει να αξιολογηθεί. Ως εκ τούτου, προτείνεται μια στρατηγική δύο σταδίων για το σκοπό της διάγνωσης του καρκίνου του προστάτη βιοδεικτών ανακάλυψη. Υποθέσαμε πρώτα ότι οι πιθανοί βιοδείκτες για την έγκαιρη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη θα μπορούσε να εντοπιστεί μεταξύ των ανδρογόνων-ρυθμιζόμενα γονίδια (args). Έχουμε επιλέξει args σε αθανατοποιημένα RWPE-1 επιθηλιακών κυττάρων του προστάτη που εκφράζουν σταθερά AR [14], με τη χρήση μικροσυστοιχίες RNA και επικύρωση από qRT-PCR. Δεύτερον, αξιολογήσαμε συγκριτική έκφραση αυτών των args σε κανονικό προστάτη και φυσιολογικό προστάτη σχετίζονται με ανδρογόνο-ευαίσθητους ιστούς που δεν (ή σπάνια) προκαλούν καρκίνο. Χρησιμοποιήσαμε αντίστοιχα δείγματα των σπερματοδόχων κύστεων, του προστάτη μεταβατικές ζώνες και καρκίνοι του προστάτη από ασθενείς που λειτουργούν σε ριζικές προστατεκτομές και επικυρωμένων διαγνωστικών επιδόσεις τους, αποδεικνύοντας την ικανότητά τους να διακρίνουν μεταξύ της κανονικής προστάτη, καλοήθη υπερπλασία του προστάτη και του καρκίνου των ιστών, και να συγκρίνεται με αυτή των γνωστών βιοδεικτών καρκίνους του προστάτη (PCA3, DLX1).

Μέθοδοι

Transcriptomic ανάλυση σχετικά με RWPE-1-AR κύτταρα που διεγείρονται από R1881

Χρησιμοποιήσαμε τη σταθερή κυτταρική γραμμή RWPE-1-AR που εκφράζει συστατικώς μια εξωγενή AR όπως περιγράφεται αλλού [14]. Τα κύτταρα διατηρήθηκαν σε μέσο ανάπτυξης κερατινοκυττάρου (Invitrogen 17005-042) συμπληρωμένο με rEGF (ανασυνδυασμένο επιθηλιακό αυξητικό παράγοντα) και ΒΡΕ (εκχύλισμα υπόφυσης βοοειδούς) (Invitrogen 37000015), αντιβιοτικά και αντιμυκητιασικά. RWPE-1-AR κύτταρα διεγέρθηκαν με το μη-μεταβολίσιμο ανδρογόνων, R1881 (10-9 Μ), στο μέσο ανάπτυξης στερούνται ΒΡΕ. Τρία ανεξάρτητα πειράματα κυτταρικής καλλιέργειας για κάθε συνθήκη θεραπείας (όχημα ή R1881 για 3 ώρες και 24 ώρες) διεξήχθησαν για ανάλυση μικροσυστοιχίας. Ολικό RNA εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας το κιτ RNeasy® mini (74104, Qiagen). Η συγκέντρωση του RNA μετρήθηκε με ανάγνωση OD χρησιμοποιώντας φασματοφωτόμετρο Nanodrop.

Για να ελεγχθεί η ανταπόκριση προς R1881 στα διεγερμένα κύτταρα, η έκφραση ενός πάνελ γνωστών γονιδίων AR στόχος αναλύθηκε με ποσοτική αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (qPCR) για κάθε κατάσταση. Το cDNA που λαμβάνεται από 1 μg retrostranscribed RNA (Promega M1701) ενισχύθηκε χρησιμοποιώντας κιτ QuantiTect SYBR® Πράσινη PCR (Qiagen 204145). Αστάρια παρέχονται από Qiagen:. Hs_KLK3 /PSA (QT00027713), MME (QT00048755), Hs_TMPRSS2 (QT00058156), Hs_MMP2 (QT00088396), Hs_MCM10 (QT00030338), και Hs_TPB (QT00000721) η γονιδιακή καθαριότητας

Η ποιότητα των εκχυλίζεται RNA αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας ένα Bioanalyzer 2100 (τεχνολογίες Agilent). αριθμούς ακεραιότητα του RNA όλων των δειγμάτων ήταν 10. Η αντίστροφη μεταγραφή, την επισήμανση και την υβριδοποίηση σε Affymetrix Human 133 συν 2.0 Πίνακες πραγματοποιήθηκαν από την υπηρεσία ProfileXpert (Bron, Γαλλία) σύμφωνα με τα πρωτόκολλα Affymetrix ™ (Expression Ανάλυση Τεχνικό Εγχειρίδιο, 2008, Affymetrix). Ένα μg ολικού RNA χρησιμοποιήθηκε για την παρασκευή του βιοτινυλιωμένου cRNA και 15 μα cRNA υβριδοποιήθηκαν. Το ρευστών Σταθμός Affymetrix 450 χρησιμοποιήθηκε για το πλύσιμο και χρώση. Συστοιχίες σαρώθηκαν χρησιμοποιώντας το GeneChip Scanner 3000 (Affymetrix). αρχεία Affymetrix CEL αναλύθηκαν στην έρευνα, χρησιμοποιώντας τη σουίτα Bioconductor των πακέτων. σήματα πρώτες ανιχνευτής ήταν σε διόρθωση υποβάθρου, ομαλοποιημένη και συνοψίζεται χρησιμοποιώντας τη διαδικασία RMA. Γραμμικά μοντέλα εφαρμόστηκαν χρησιμοποιώντας το πακέτο limma για τον εντοπισμό γονιδίων με δυνητικά σημαντική αλλαγή στην έκφραση σε απόκριση σε ισχύ ώρα ή θεραπεία R1881 σε κάθε διάρκεια (τύπος μοντέλου: ~ Διάρκεια + Διάρκεια: R1881). Η εμπειρική μέθοδος Bayes χρησιμοποιήθηκε για να υπολογιστεί Συντονίστρια ρ-τιμές που στη συνέχεια διορθώθηκαν για πολλαπλές συγκρίσεις χρησιμοποιώντας τη διαδικασία που ελέγχει Benjamini και Hochberg ψευδή ρυθμό ανακάλυψης (FDR). Τα δεδομένα μικροσυστοιχιών έχουν κατατεθεί και περιγράφονται, σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές MIAME, στο Gene Expression Omnibus υπό τον αριθμό προσχώρησης GSE29232 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE29232 ).

Για να εκτιμηθεί ότι τα σχετικά επίπεδα έκφρασης RNA των 14 ρυθμίζονται-μεταγραφές ήταν σύμφωνα με τα δεδομένα μικροσυστοιχιών, RT-qPCR διεξήχθη εις τριπλούν από την ίδια RNA όπως σε πειράματα μικροσυστοιχιών χρησιμοποιώντας Kit QuantiTect SYBR® Πράσινο PCR (Qiagen 204.145). Αστάρια παρέχονται από Qiagen: Hs_EGFR (QT00085701), SOX2 (QT00237601), Hs_NDRG1 (QT02290232), Hs_MME (QT00048755), Hs_TFPI2 (QT00062804), Hs_CDK5R1 (QT00231644), Hs_SCNN1G (QT00063217), Hs_RHOB (QT00227409), Hs_PRDM1 (QT00060494), Hs_IL7R (QT00053634), Hs_SERPINB2 (QT00077497), Hs_PAX9 (QT00023317), Hs_FST (QT01665853), Hs_ADAMTS1 (QT00098588) και Hs_TPB (QT00000721) η γονιδιακή καθαριότητας για την εξομάλυνση των πρώτων δεδομένων. Οι συσχετίσεις μεταξύ των μικροσυστοιχιών και τα αποτελέσματα qPCR διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας δοκιμασία Spearman και η ανάλυση γραμμικής παλινδρόμησης

Αναγνώριση γονιδίων βιοδεικτών υποψηφίου

Πιθανά υποψήφια γονίδια επιλέχθηκαν με βάση τα ακόλουθα κριτήρια:. 1) ανδρογόνο ρυθμίζονται: εξέταση log2 φορές αλλαγή κόψει αξία στο 1.2 και το FDR (ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη) με

P

& lt? 0,05? 2) που εκφράζεται σε σημαντικά υψηλότερα επίπεδα μετά τη θεραπεία (3 ώρες και /ή 24 ώρες διάρκεια)? 3) κατηγορίες Gene Οντογένεση και των σχετικών οδών χρησιμοποιώντας Ingenuity Διαδρομή Ανάλυση (IPA®) λογισμικό (Ingenuity Systems). Ένα σύνολο των 36 στόχων του γονιδίου επιλέχθηκαν για επιβεβαίωση (διαφορικό) έκφραση σε δείγματα ασθενών.

δείγματα ιστών

δήλωση Δεοντολογίας.

Μη επεμβατική βιοϊατρική ερευνητικό πρωτόκολλο για τον ιστό δείγματα διατήρησης μετά από μια εγχείρηση προστάτη έχει set-up στο νοσοκομειακό κέντρο της Λυών-Sud και στην επιτροπή δεοντολογίας στη Λυών (CPP Sud-Est 2) ενέκρινε ειδικά για αυτή τη μελέτη. Ως εκ τούτου, οι ασθενείς που εισάγονται στο Τμήμα Ουρολογίας στο νοσοκομειακό κέντρο της Λυών-Sud ενημερώθηκαν και έδωσαν εθελοντικά, υπέγραψε συγκατάθεση πριν από οποιαδήποτε συντήρηση του δείγματος ιστού και για ερευνητική χρήση.

δείγματα ιστών.

Ο καρκίνος του προστάτη (PCA), τη ζώνη μετάπτωσης του προστάτη (PTZ) και σπερματοδόχο κύστη (SV) κατεψυγμένα ιστοί ελήφθησαν από ριζικές προστατεκτομές. Το σκορ Gleason (GS) χρησιμοποιείται για την κατάταξη του καρκίνου του προστάτη ιστό. ΡΤΝ στάσης παθολογική όγκου προσδιορίστηκε σύμφωνα με UICC ΤΝΜ ταξινόμηση 2002 (6

η έκδοση). Κατεψυγμένα ιστούς από ασθενείς με καλοήθη υπερπλασία του προστάτη ελήφθησαν από διουρηθρική εκτομή του προστάτη. Η απουσία του καρκίνου σε δείγματα ΒΡΗ αξιολογήθηκε από έναν παθολόγο με εμπειρία στον τομέα των ασθενειών του προστάτη. Τα παθολογικά χαρακτηριστικά του καρκίνου ασθενών που συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη συνοψίζονται στον Πίνακα 1.

Η

Για συγκριτικές μελέτες έκφρασης σε προστάτη, SV και PTZ αντίστοιχα δείγματα ιστών, που λαμβάνεται από τα ίδια χειρουργικά δείγματα, η απουσία των καρκινικών κυττάρων σε SV και PTZ ελέγχθηκε με αυστηρή ιστολογική εξέταση των ιστών που γειτνιάζουν με αυτά τα κομμάτια που προορίζονται για τα κατεψυγμένα και RNA εκχύλισης. Για διαγνωστικούς σκοπούς, χρησιμοποιήθηκαν 50 δείγματα ιστού του προστάτη: GS 6 (

n = 1

), GS 7 (3 + 4) (

n = 12

), GS 7 (4 + 3 ) (

n = 24

), GS 8 (

n = 6

), και GS 9 (

n = 7

).

εκχύλιση RNA και αντίστροφη μεταγραφή

κατεψυγμένοι ιστοί αποθηκεύτηκαν σε υγρό άζωτο μέχρι την εκχύλιση RNA Ολικό RNA εκχυλίστηκε από ομογενοποιημένο ιστούς με Trizol® (Invitrogen) και αξιολογήθηκε για την ακεραιότητα με χρήση του 2100 Bioanalyzer® (Agilent). 1 μg του ολικού RNA μετατράπηκε σε cDNA χρησιμοποιώντας το πρώτο-Strand cDNA Synthesis kit® (Invitrogen). Το cDNA που προέκυψε χρησιμοποιήθηκε αμέσως σε πραγματικό χρόνο qPCR

TLDA πραγματικό χρόνο qPCR

Η τεχνολογία Applied Biosystems TaqMan (TaqMan® συστοιχίες χαμηλής πυκνότητας: TLDAs). Χρησιμοποιείται για την ποσοτική ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης. Η αρχή του πραγματικού χρόνου σύστημα υψηλής απόδοσης qPCR βασίζεται στην 384-φρεατίων μικροροής κάρτα (8 ξεχωριστές θύρες φόρτωσης, το καθένα με 48 ξεχωριστά φρεάτια) [15]. Κάθε 2 μΙ καλά περιέχει ειδικές, καθορίζονται από το χρήστη εκκινητές και ανιχνευτές, ικανό ειδικώς ανιχνεύει ένα μόνο γονίδιο. Κάθε δείγμα cDNA (100 ng ισοδύναμο cDNA) προστέθηκε σε ένα ίσο όγκο 2 χ TaqMan Gene. Έκφραση Δάσκαλος Mix® (Applied Biosystems) για ένα σύνολο 100 μl ανά θύρα. Μετά από ήπια ανάμιξη και φυγοκέντρηση, το μίγμα μεταφέρθηκε σε μια θύρα φόρτωσης σε μια κάρτα TLDA. Η συστοιχία φυγοκεντρήθηκε δύο φορές για 1 λεπτό, κάθε στις 1200 rpm, για να διανείμει τα δείγματα από το λιμάνι φόρτωσης σε κάθε φρεάτιο. Η κάρτα στη συνέχεια σφραγίστηκε και PCR ενίσχυση πραγματοποιήθηκε με χρήση 7900HT Fast Real-time PCR System® (Applied Biosystems) ακολουθώντας το πρωτόκολλο που περιγράφεται από τον κατασκευαστή.

Σε αυτή τη μελέτη, μετρήθηκαν τα επίπεδα του mRNA της 48 γονιδίων. Κάθε πλάκα είχε 18S-ειδικό εκκινητή /ανιχνευτή όπως έναν ενδογενή μάρτυρα. Επιπλέον, HMBS, RPL13A, ACTB, TBP, και η UBB μετρήθηκαν ως πιθανά γονίδια καθαριότητας. Δύο τεχνικές αντίγραφα έγιναν για κάθε διαφορετικό δείγμα.

Η στατιστική ανάλυση

δεδομένων σε πραγματικό χρόνο.

Ο κύκλος κατωφλίου (Ct) ήταν αυτομάτως δίνεται από την SDS2.2® Πακέτα λογισμικού (Applied Biosystems). Σχετική ποσότητες (RQ) προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας την εξίσωση: RQ = 2-ΔΔCt. Όλα τα δεδομένα παρήχθησαν εις διπλούν για κάθε γονιδιακή έκφραση ανά δείγμα. Τα δεδομένα Array κάρτες TaqMan αναλύθηκαν ταυτόχρονα για διαφορική έκφραση χρησιμοποιώντας το 4.0® πακέτο Integromics πραγματικό χρόνο StatMiner που ενσωματώνει το λογισμικό BioConductor R. Τα διάφορα στάδια της διαδικασίας ροής εργασίας της ανάλυσης των δεδομένων PCR: τον έλεγχο της ποιότητας, επιλέγοντας την πιο σταθερή ενδογενή μάρτυρα, κανονικοποίηση των δεδομένων και η σχετική ποσοτικοποίηση, επιτεύχθηκαν με αυτό το εργαλείο βιοπληροφορικής. Ως έλεγχοι για την παρουσία των κυττάρων του προστάτη στα προστάτη δείγματα, δύο προστάτη-ειδικούς δείκτες, τα μέλη της οικογένειας καλλικρεϊνης, δηλ KLK2 και KLK3 /PSA, χρησιμοποιήθηκαν για την κανονικοποίηση. Πολλαπλές μεταβολές στη γονιδιακή έκφραση παρουσιάστηκαν από Log10RQ (Log10RQ = 0 αν καμία αλλαγή έκφραση? Log10RQ = 1 εάν το δείγμα δοκιμής εκφράζεται 10 φορές μεγαλύτερη σε σχέση με το δείγμα βαθμονομητή? Log10RG = -1 αν το δείγμα δοκιμής εκφράζεται 10 φορές λιγότερο από ό, τι στο δείγμα βαθμονομητή). t ζεύγη δοκιμασία του Student χρησιμοποιήθηκε για συγκρίσεις μεταξύ αντίστοιχα δείγματα. Η μη παραμετρική δοκιμή Wilcoxon χρησιμοποιήθηκε για συγκρίσεις μεταξύ μη αντίστοιχα δείγματα. Η Benjamini και Hochberg False Discovery Rate λήφθηκε ως το επίπεδο σημαντικότητας. Σημασία θεωρήθηκε ως

P

& lt?. 0.01

Αξιολόγηση των διαγνωστικών παραστάσεις

Δέκτης-λειτουργικό χαρακτηριστικό (ROC) καμπύλες υπολογίστηκαν ώστε να εκτιμηθεί η διαγνωστική δύναμη του. κάθε ξεχωριστή μεταβλητή univariately από την περιοχή κάτω από την καμπύλη (AUC) της καμπύλης ROC. Οι τιμές για τις καμπύλες ROC ήταν -ΔCt κανονικοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας το γεωμετρικό μέσο όρο των ΤΒΡ, KLK2 και KLK3. Το διάστημα εμπιστοσύνης 95% (95% IC) των τιμών AUC υπολογίστηκαν όπως περιγράφεται (13). Για τη μελέτη αυτή την έκφραση, το δυναμικό βιοδείκτες θεωρήθηκαν πολύτιμα αν AUCs ≥0.9 (13). Όλες αυτές οι στατιστικοί υπολογισμοί πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του λογισμικού STATA®11.0 (Κόλετζ Στέισον, Τέξας).

Αποτελέσματα και Συζήτηση

ανδρογόνων-ρυθμίζεται προφίλ γονίδια έκφρασης και εντοπισμό πιθανών βιοδεικτών mRNA

Επιδιώξαμε να προσδιορίσουμε τα προγράμματα γονιδιακή ενεργοποίηση εξαρτώμενων από ανδρογόνα δυνητικά εμπλέκονται στα πρώτα στάδια της καρκινογένεσης του προστάτη. Αποφασίσαμε λοιπόν να χρησιμοποιήσει ένα μοντέλο κύτταρο όσο το δυνατόν πλησιέστερα προς τα κανονικά κύτταρα προστάτη και όχι κυτταρικές σειρές καρκίνου του προστάτη, στην οποία μοριακών γεγονότων είναι πιθανόν να αντιπροσωπεύουν τελευταία στάδια της ανάπτυξης του καρκίνου του προστάτη. Χρησιμοποιήσαμε μη-καρκινικές RWPE-1 κύτταρα που λαμβάνονται προηγουμένως από αθανατοποίηση των προστατικών επιθηλιακών κυττάρων του ανθρώπου μη νεοπλασματικά ενήλικα με ανθρωπίνων θηλωμάτων 18 [16]. Παρά αθανατοποίηση, τα κύτταρα αυτά αποδείχθηκαν να συμπεριφέρονται σαν σχεδόν φυσιολογικά κύτταρα προστάτη: διατήρηση του Υ χρωμοσώματος, η κανονική έκφραση του κυτοκερατίνες και Ε-καδερίνης, η διέγερση της ανάπτυξης καθώς και την έκφραση του PSA και AR σε απόκριση σε ανδρογόνα [17], [18]. Μπορούν διατήρησε επίσης τη δυνατότητα να αναπτυχθούν, ιδιαίτερα σε Matrigel 3D καλλιέργειες, καλά-πολωμένο κοίλα σφαιροειδή υφίστανται και τελικά κυψελοειδή διαφοροποίηση ως απάντηση σε παράγοντες ανάπτυξης και ως αποτέλεσμα των αλληλεπιδράσεων με εξω-κυτταρική μήτρα [17], [18], [ ,,,0],19].

Για την ενίσχυση των προγραμμάτων ενεργοποίησης του γονιδίου των ανδρογόνων που εξαρτώνται, χρησιμοποιήσαμε σταθερά επιμολυσμένα RWPE-1 κύτταρα με το γονίδιο AR άγριου τύπου [14]. Οι οδήγησε RWPE-Ι-AR κύτταρα έντονα ανδρογόνο-ευαίσθητα, όπως ελέγχεται από δοκιμασίες πολλαπλασιασμού. Αυτά τα κύτταρα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία από το μη μεταβολίσιμο συνθετικό ανδρογόνο R1881 για 3 ώρες και 24 ώρες. Ανδρογόνα επαγόμενη διέγερση πρώτα ελέγχεται με ποσοτική RT-PCR ενός πάνελ γνωστών γονιδίων AR-στόχους, συμπεριλαμβανομένων KLK3 /PSA, ΜΜΚ (μεταλλοελαστάση μακροφάγων), και TMPRSS2 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Εξάγεται cDNA από κύτταρα επεξεργασμένα ή όχι με R1881 ήταν τότε σε υβριδισμό σε Affymetrix Human 133 συν 2,0 συστοιχίες.

Transcriptomic προφίλ εντοπίζονται, χρησιμοποιώντας ένα log2 φορές αλλαγή κόψει αξίας 1,2, 75 γονίδια που εμφανίζουν ανοδική ρύθμιση και 33 γονίδια που παρουσιάζουν τα κάτω ρύθμιση σε R1881-θεραπεία RWPE-1-AR κύτταρα κατά τη διάρκεια 3 ώρες σε σχέση με τους μάρτυρες (όχημα αγωγή), λαμβάνοντας υπόψη το FDR (ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη) με

P

& lt? 0,05. Transcriptomic προφίλ εντοπίστηκαν 208 γονίδια που εμφανίζουν ανοδική ρύθμιση και 116 γονίδια που παρουσιάζουν τα κάτω ρύθμιση σε R1881-θεραπεία RWPE-1-AR κύτταρα κατά τη διάρκεια 24 ώρες σε σχέση με τους μάρτυρες, λαμβάνοντας υπόψη το FDR με

P

& lt?. 0.05

πειράματα επικύρωσης έγιναν για να επιβεβαιώσει την ακρίβεια των μετρήσεων της γονιδιακής έκφρασης σειρά σε επιλεγμένα μεταγραφές διαφορικά εκφρασμένων σε 3 ώρες ή /και διάρκεια 24 ώρες θεραπείας R1881 (7 up-ρυθμίζονται και 7 κάτω-ρυθμιζόμενες) χρησιμοποιώντας LightCycler πραγματικό χρόνο qPCR : EGFR, SOX2, NDRG1, MME, TFPI2, CDK5R1, SCNN1G, RhoB, PRDM1, IL7R, SERPINB2, PAX9, FST και ADAMTS1. Τα αποτελέσματα επιβεβαίωσαν ότι τα επίπεδα σχετικής έκφρασης RNA ήταν σύμφωνα με τα δεδομένα μικροσυστοιχιών (Πίνακας S1).

Για τον προσδιορισμό και την ιεράρχηση των υποψηφίων βιοδεικτών μεταξύ γονιδίων βρέθηκε να εκφράζεται διαφορικά μετά από 3 ώρες και /ή 24 ώρες θεραπείας R1881, θα βασίζεται

in silico

αναλύσεις σχετικά με τα βιολογικά χαρακτηριστικά θεωρείται ότι είναι η πιο σχετική με τόσο βιβλιογραφική έρευνα και την εφευρετικότητα Pathway Ανάλυση (IPA®). Οι αναλύσεις με αυτό το λογισμικό επέστρεψε τις ακόλουθες πληροφορίες: 1 /τις σχετικές λειτουργίες που σχετίζονται με το σύνολο δεδομένων και 2 /σηματοδότηση επηρεάζονται και μεταβολικές οδούς που συνδέονται με το σύνολο δεδομένων. Εκτός από την υψηλή φορές αλλαγή στην μικροσυστοιχιών σύνολο δεδομένων σε 3 ώρες και /ή 24 ώρες R1881 έκθεση, τα γονίδια είχαν σχεδιαστεί ως ενδιαφέροντος αν έχουν τουλάχιστον μία αυτές οι λειτουργικές σχολιασμούς ή ενώσεις της νόσου στη βάση δεδομένων Ingenuity Γνώση: πιθανή ανίχνευση στα ούρα , γνωστή έκφραση ιστού και, ειδικότερα, η διαφορική έκφραση σε κυτταρικές σειρές καρκίνου του προστάτη, σε προστάτη καλοήθεις ιστούς ή /και στον καρκίνο του προστάτη, και /ή ισχυρή σύνδεση με καρκινογόνο διεργασίες. Εμείς ευνοείται επίσης ρυθμίζεται προς τα πάνω γονίδια προς τα κάτω-ρυθμίζονται αυτά, σε μια προσπάθεια να διευκολύνει την πιθανή μελλοντική χρήση στην κλινική πράξη. Τριάντα έξι γονίδια συμφωνημένα αυτά τα κριτήρια (Πίνακας 2) και χρησιμοποιήθηκαν για περαιτέρω μελέτη.

Η

Ποσοτική ανάλυση των ανθρώπινων καρκινικών και μη καρκινικών προστάτη συμφωνημένα ιστούς RT-PCR

Για να διερευνηθεί περαιτέρω τα επίπεδα έκφρασης του ανδρογόνου ρυθμισμένων γονιδίων ταυτοποιήθηκαν με ανάλυση μικροσυστοιχιών, ποσοτική ανάλυση RT-PCR πραγματοποιήθηκε σε επιλεγμένους στόχους χρησιμοποιώντας ΠΑΠ και προστάτη ζώνη ανθρώπινη μετάβασης (ΡΤΖ) συμφωνημένα ιστούς. ΡΤΖ επιλέχθηκε επειδή είναι γνωστό ότι δίνουν σπανίως προκαλεί καρκίνο του προστάτη [20]. Ο στόχος μας ήταν να εντοπίσει βιοδείκτες που μπορούν να διακρίνουν μεταξύ καρκινικών και μη καρκινικών προστατικών ιστών. Εμείς επιλέξαμε μεγάλης κλίμακας RT-PCR RNA ποσοτικοποίηση σε συστοιχίες χαμηλής πυκνότητας TaqMan® (TLDAs? Applied Biosystems) που επιτρέπουν, ανά δείγμα, ταυτόχρονες αναλύσεις έως και 48 στόχους στις προσαρμοσμένες κάρτες. Ποσοτική RT-PCR επιλέχθηκε ως βάση για τη σύγκριση, επειδή επιτρέπει την ποσοτικοποίηση mRNA, μια διαδικασία που χρησιμοποιήθηκε προηγουμένως για την αξιολόγηση της έκφρασης των ιστών [21], [22], [23], [24], [25], [26] και του ουροποιητικού ποσά [22] του PCA3 (προστάτη γονίδιο του καρκίνου 3), ένα γονίδιο που ήθελε να χρησιμοποιήσει ως μάρτυρας θετικό γονίδιο. PCA3 πράγματι αναγνωρίζεται πλέον ως ένα πολύτιμο βιοδείκτης του καρκίνου του προστάτη (Revue στο [27], [28]) και έχει δειχθεί ότι εκφράζεται ειδικά σε έως και 95% του προστάτη [3], [29]. Ως εκ τούτου, PCA3 χρησιμοποιήθηκε ως θετικός έλεγχος, αντικατοπτρίζοντας πίνακα ειδική έκφραση PCa-. TMPRSS2 [30] και DLX1 [31], [32] είναι επίσης δυνητικοί βιοδείκτες PCa, όπως αποκαλύπτεται από την εξέταση των δεδομένων των μικροσυστοιχιών χρησιμοποιώντας το Oncomine βάση δεδομένων, και η έκφρασή τους αξιολογήθηκε παρομοίως ως θετικοί μάρτυρες. Επιπλέον, αξιολογήσαμε την έκφραση της 6ης πιθανά γονίδια housekeeping: 18S, ACTB, HMBS, RPL13A, ΤΒΡ, και UBB, καθώς και 2 γονίδια θεωρούνται ως προστάτη-ειδικών γονιδίων: KLK2 και KLK3 /PSA. Ως παγκόσμιος δείκτης των ανδρογόνων-ευαίσθητους ιστούς (προστάτη και των σπερματοδόχων κύστεων), επιλέξαμε επίσης γονίδιο AR για ανάλυση (Πίνακας 2).

Είτε προστάτη και PTZ ιστοί εκφράζουν παρόμοιες ποσότητες RNA είναι άγνωστη. Κανονικοποίηση από ένα γονίδιο καθαριότητας ήταν, επομένως, δικαιολογημένη. Πρόσφατες εκθέσεις έδειξαν ότι τα γονίδια καθαριότητας μπορεί στην πραγματικότητα να παρουσιάσουν σοβαρές διαφορές μεταξύ των ιστών, κυτταρικές σειρές ή κλινικών δειγμάτων [33]. Ως εκ τούτου, το πρώτο προσπάθησε να καθορίσει ποια δυναμικό καθαριότητας γονίδια εκφράζονται σταθερά κάτω από τις διαφορετικές συνθήκες μεταξύ 6 επιλέξαμε. ΤΒΡ βρέθηκε ως η πλέον σταθερή ενδογενή μάρτυρα χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο NormFinder του πακέτου StatMiner® και χρησιμοποιήθηκε ως το γονίδιο ομαλοποίηση στα ακόλουθα μέρη της μελέτης. Οι προστάτη-ειδικών γονιδίων KLK2 και KLK3 /PSA αποκαλύπτονται επίσης σαφές σταθερότητα έκφρασης και χρησιμοποιήθηκαν μαζί με ΤΒΡ όπως και η ενδογενής ελέγχου (γεωμετρικός μέσος).

Συγκρίναμε την έκφραση όλων των επιλεγμένων γονιδίων σε 26 συμφωνημένα φυσιολογικό προστάτη ΡΤΖ και προστάτη τους ιστούς, που λαμβάνονται από ριζική προστατεκτομή δείγματα. Κατά συνέπεια, 26 γονίδια βρέθηκαν να είναι σημαντικά (

P

& lt? 0,01) υπερεκφράζεται στην κανονική ζώνη μετάπτωσης του προστάτη σε σύγκριση προς PCA (Σχήμα 1Α και το Σχήμα S1). Ingenuity Pathway Η ανάλυση έδειξε ότι 17 και 21 του εν λόγω 26 γονίδια ανήκουν σε 2 σημαντικά αντιπροσωπεύεται βιολογικές λειτουργίες: την κυτταρική κίνηση (μετανάστευση των κυττάρων συγκεκριμένα) και του καρκίνου (επιθηλιακό καρκίνωμα ειδικότερα), αντίστοιχα. Αντίθετα, μόνο PCA3 και DLX1 γονίδια προσδιορίστηκαν ότι έχουν υψηλότερα επίπεδα (πάνω από 50- και 60-φορές, αντίστοιχα) σε ιστούς προστάτη σε σύγκριση με τους φυσιολογικούς ιστούς συμφωνημένα ΡΤΖ (

P

& lt? 0,01) (Σχήμα 1Α). Αξίζει να σημειωθεί ότι ACTB (που κωδικοποιεί β-ακτίνη), συνήθως θεωρείται ως πιθανή γονίδιο οικοκυρική, βρέθηκε επίσης ότι υπερεκφράζεται σε PTZ. Στην πραγματικότητα, είναι ACTB ανδρογόνα ρυθμίζεται [34], [35] και έχει προηγουμένως αναφερθεί ότι εκφράζεται διαφορικά μεταξύ καρκινικών και μη-καρκινικούς ιστούς του προστάτη [36]

Υ-άξονας:. Log10 του RQ (σχετική ποσότητες)? Χ-άξονας: γονίδια των οποίων η έκφραση ήταν στατιστικά σημαντικά διαφορετική μεταξύ: α.) 26 συμφωνημένα κανονική μεταβατική ζώνη του προστάτη και των δειγμάτων καρκίνου του προστάτη Β) δείγματα καρκίνου του 27 του προστάτη και 15 δείγματα της καλοήθους υπερπλασίας του προστάτη C) 35 συμφωνημένα σπερματοδόχος κύστη και ο καρκίνος του προστάτη δείγματα

η καλοήθης υπερτροφία του προστάτη (ΚΥΠ) είναι ένα ενδιαφέρον μοντέλο με το οποίο είναι σχετικό σύγκριση με προστάτη. Οι δύο αυτές παθολογικές καταστάσεις μοιράζονται πράγματι πολλά σημεία, συμπεριλαμβανομένων των ειδικών τοπικό περιβάλλον (παροχή ίδιο αίμα και έκθεση σε μιτογόνα), ανδρογόνο-ευαισθησία και ανεξέλεγκτο πολλαπλασιασμό των κυττάρων. Αντίθετα προς PCA, ΒΡΗ προέρχεται από PTZ και πιστεύεται ποτέ να είναι η πηγή του κακοήθους μετασχηματισμού. Η έκφραση των επιλεγμένων γονιδίων κατά συνέπεια σε σύγκριση με τις 26 προηγουμένως δοκιμαστεί δείγματα προστάτη και σε 15 άσχετα δείγματα ΒΡΗ, κατά την οποία η απουσία των καρκινικών κυττάρων εξακριβώθηκε από έναν εμπειρογνώμονα παθολόγο στο πεδίο του προστάτη παθολογία. Χρησιμοποιήσαμε τα ίδια 3 γονίδια κανονικοποίηση (TBP, KLK2 και KLK3 /PSA), το οποίο αποδείχθηκε ότι είναι σταθερή σύμφωνα με τον αλγόριθμο NormFinder. Με τον τρόπο αυτό, προσδιορίσαμε σημαντικά 9 γονίδια (

P

& lt? 0,01) υπερεκφράζεται σε καλοήθη υπερπλασία του προστάτη, σε σύγκριση προς PCA (Σχήμα 1Β και το Σχήμα S2): AR, AUTS2, CDK5R1, CRYAB, FOXA2, KCNMA1, ΜΜΚ, SCEL και SDPR. CDK5R1 (και μόνο αυτό το γονίδιο) επίσης βρέθηκε να υπερεκφράζεται σε ιστούς ΒΡΗ κατά τη σύγκριση με την έκφραση του σε φυσιολογικό PTZ προστάτη. Κωδικοποιεί το λεγόμενο πρωτεΐνη ρ35, η οποία δρα ως ένα ουσιαστικό ενεργοποιητής του CDK5, ενός ισχυρού ρυθμιστή της νευρωνικής μετανάστευσης. Η πρωτεΐνη ρ35 είναι ασθενώς εκφράζεται σε δείγματα ιστού του προστάτη και αποδείχθηκε ότι εμπλέκεται στην κυτταρική απόπτωση προστάτη [37]. Στο καλύτερο της γνώσης μας, ειδική έκφραση σε ΒΡΗ δεν έχει ποτέ αναφερθεί. Πέντε γονίδια ταυτοποιήθηκαν ως υπερεκφράζεται σε PCa σε σύγκριση με καλοήθη υπερπλασία του προστάτη: ALCAM, CLDN7, DLX1, PCA3 και RASD1 (Σχήμα 1Β). Το γονίδιο PCA3, εξαιρετικά ειδικό για καρκινικά κύτταρα του προστάτη, έχει αναφερθεί ότι υπερεκφράζεται 66 έως 100 φορές σε καρκίνο προστάτη

έναντι

φυσιολογικό προστάτη και 140-φορές σε καρκίνο προστάτη

έναντι

ΒΡΗ [ ,,,0],3], [21]. Στη μελέτη μας, παρατηρήσαμε μια ισχυρή υπερέκφραση PCa από 50 έως 210 φορές, σε σύγκριση με κανονικό προστάτη και καλοήθη υπερπλασία του προστάτη, αντίστοιχα. DLX1 έδειξε το ίδιο μοτίβο έκφρασης, όπως παρατηρήθηκε στο παρελθόν [31]. ALCAM και CLDN7 αμφότερες κωδικοποιούν πρωτεΐνες εντοπισμένες στα δια-κυτταρικές συνδέσεις διαφορετικών επιθηλίων και έχουν προηγουμένως προταθεί ως ανδρογόνα ρυθμίζεται και υπερεκφράζεται σε PCa [38], [39]. RasD1 περιγράφηκε αρχικά ως μία πρωτεΐνη ras που σχετίζονται με δεξαμεθαζόνη επαγώγιμο και το δυναμικό παράγοντας στην πρόληψη της ανώμαλη αύξηση των κυττάρων σε διάφορες κυτταρικές σειρές [40]. Σύμφωνα με Ingenuity Pathway Analysis®, μεταξύ των 14 γονιδίων έτσι βρέθηκε να εκφράζεται διαφορικά σε ΒΡΗ και καρκίνο του προστάτη, όλοι συμμετείχαν σε μια αντιπροσώπευε σημαντικά λειτουργικό δίκτυο – κυτταρική ανάπτυξη και τον πολλαπλασιασμό – εκτός PCA3 (λίγα είναι γνωστά για τη λειτουργία της, αλλά PCA3 στον έλεγχο της επιβίωσης των κυττάρων προστάτη, εν μέρει μέσω διαμόρφωσης σηματοδότηση AR [41]) και CDK5R1 (μάλλον εμπλέκονται, μαζί με 8 άλλα γονίδια, σε σημαντικά αντιπροσωπεύεται βιολογική λειτουργία:. κυτταρικού θανάτου και επιβίωσης)

Ποσοτική RT-PCR ανάλυση των ανθρώπινων καρκινική προστάτη και των σπερματοδόχων κυστιδίων συμφωνημένα ιστούς

Οι παραπάνω μελέτες συγκριτικής έκφρασης μας επέτρεψε την ταυτοποίηση γονιδίων που υπερεκφράζονται σε μη καρκινικούς ιστούς του προστάτη, σε σύγκριση με τον καρκίνο του προστάτη. Παρά το δυναμικό διαγνωστική αξία τους, αυτά τα γονίδια μπορεί επίσης να είναι σημαντική καθώς θεωρούμενων δείκτες των διαδικασιών προστασίας κατά μετασχηματισμού του καρκίνου. υψηλή έκφραση τους στην ΚΥΠ και κανονική PTZ θα μπορούσε να σχετίζεται με την κακή ή μηδενική συχνότητα εμφάνισης καρκίνου σε αυτούς τους ιστούς, ενώ ασθενής έκφραση τους στον προστάτη θα μπορούσε να επιτρέψει την έναρξη του καρκίνου με μεγάλη συχνότητα. Ένας τέτοιος μηχανισμός έχει πρόσφατα προταθεί σε άλλο ιστό προστάτη σχετίζονται με: σπερματοδόχο κύστη [42]. Οι συγγραφείς χρησιμοποίησαν μια στρατηγική 2-βήμα επιλέγοντας πρώτα γονίδια με σημαντικά υψηλότερα επίπεδα έκφρασης σε σπερματοδόχων κύστεων και όχι σε κανονικό προστάτη και, δεύτερον, με το πέρασμα αυτής της λίστας με τα γονίδια που προσδιορίζονται αλλού, επειδή η έκφρασή τους είχε σιγήσει στο προστάτη από προαγωγέα DNA μεθυλίωση. Ως εκ τούτου, Οκτώ γονίδια ενδιαφέροντος ταυτοποιήθηκαν [42]. Η παρούσα μελέτη είναι σύμφωνη με αυτή δημοσιεύθηκε ένα από το γεγονός ότι χρησιμοποιήσαμε επίσης μια στρατηγική 2-βήμα που μας επέτρεψε να επιλέξετε επιτυχία υποψήφια γονίδια ανδρογόνο ρυθμίζεται η έκφραση του οποίου μετρήθηκε στα δείγματα προστάτη και σε σύγκριση με αναφορά ιστούς του προστάτη που είναι γνωστό ότι σπάνια ή ποτέ να οδηγήσουν με τον καρκίνο, παρά την κοινή εμβρυολογική προέλευση τους και καρκινογόνες έκθεσης. Ομοίως, είναι γνωστό ότι, παρά τα χαρακτηριστικά μοιράζεται από κοινού από τον προστάτη και των σπερματοδόχων κύστεων, συμπεριλαμβανομένων ειδικά εξαρτώμενων από ανδρογόνα ανάπτυξη και λειτουργία, η συχνότητα εμφάνισης καρκίνου των σπερματοδόχων κύστεων και του προστάτη αδένα είναι εντυπωσιακά διαφορετικό [42]. Είναι σημαντικό ότι η βάση αυτής της ανισότητας θα μπορούσε να συσχετιστεί με μηχανισμούς που διέπουν την καρκινογένεση του προστάτη [42]. Ως εκ τούτου, προσθήκη ιστούς από φυσιολογικά σπερματοδόχες κύστεις θεωρήθηκε στην παρούσα μελέτη, για την ενίσχυση σύγκριση έκφραση μεταξύ καρκίνου του προστάτη και καλοήθη ιστό αναφοράς, ιδιαίτερα προστατευμένη έναντι μεταμόρφωση του καρκίνου.

Συνεπώς, αξιολογήθηκε έκφραση του γονιδίου σε 35 συμφωνημένα σπερματοδόχο κύστη και ιστούς προστάτη χρησιμοποιώντας τις ίδιες επιλεγμένων γονιδίων (Πίνακας 2). Η έλλειψη σπερματοδόχων κυστιδίων εμπλοκή με καρκίνο του προστάτη ήταν προσεκτικά παθολογικά εξακριβωθεί πριν από τη χρήση στη μελέτη. ΤΒΡ βρέθηκε ως η πλέον σταθερή ενδογενή μάρτυρα χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο NormFinder του πακέτου StatMiner® και χρησιμοποιήθηκε ως το γονίδιο κανονικοποίησης. Όπως αναμένεται, οι ειδικού προστατικού KLK2 και KLK3 γονίδια υποεκφράζεται στο σπερματικό κυστίδιο σε σύγκριση με ιστό προστάτη (

P

& lt? 0,01). Δέκα άλλα γονίδια ήταν επίσης σημαντικά υπερεκφράζεται σε PCa σε σύγκριση με σπερματικό κυστίδιο: ALCAM, LOX, BNIP3, CLDN8, AQP3, FOXA2, και NDRG1, καθώς και η αναμενόμενη TMPRSS2, DLX1 και PCA3 (Εικόνα 1C και Εικόνα S3). Αντίθετα, 18 γονίδια βρέθηκαν να υπερεκφράζεται σημαντικά στην σπερματοδόχο κύστη, σε σύγκριση με προστάτη: CRYAB, KCNMA1, AKR1C1 /2, TFP12, SDPR, CD24L4, SERPINB1, FLRT3, DACT1, SCNN1G, FST, RhoB, SGK1, LAMA3, AKR1C3 , SEPP1, RGS2 και ACTB (

P

& lt? 0,01).