Αφηρημένο

Ιστορικό

Οι πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου (SNPs) σε μεταλλοπρωτεϊνάσης μήτρας 1 (ΜΜΡ-1) παίζουν σημαντικό ρόλο σε ορισμένες μορφές καρκίνου. Αυτή η μελέτη εξέτασε τις συσχετίσεις μεταξύ μεμονωμένων SNPs ή απλότυπους στο ΜΜΡ-1 και την ευαισθησία, κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους και την πρόγνωση του καρκίνου του στομάχου σε ένα μεγάλο δείγμα πληθυσμού Χαν στη βόρεια Κίνα.

Μέθοδοι

αυτή η περίπτωση-ελεγχόμενη μελέτη, υπήρχαν 404 ασθενείς με καρκίνο του στομάχου και 404 υγιείς μάρτυρες. Επτά SNPs γονότυπος χρησιμοποιώντας το σύστημα MALDI-TOF MS. Στη συνέχεια, το λογισμικό SPSS, Haploview 4.2 λογισμικό, Haplo.states και λογισμικό THEsias χρησιμοποιήθηκαν για να εκτιμηθεί η συσχέτιση μεταξύ μεμονωμένων SNPs ή απλότυπους των ΜΜΡ-1 και του γαστρικού ευαισθησίας στον καρκίνο, την εξέλιξη και την πρόγνωση.

Αποτελέσματα

Μεταξύ των επτά SNPs, δεν υπήρχαν ατομικές SNPs συσχετίζεται με γαστρικό κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Επιπλέον, μόνο ο γονότυπος rs470206 είχε μια συσχέτιση με ιστολογικές βαθμούς, και οι ασθενείς με GA /ΑΑ είχε και τα κινητά διαφοροποίηση σε σύγκριση με τους ασθενείς με γονότυπο GG (OR = 0,573? 95% CI: 0,353 – 0,929? P = 0,023). Στη συνέχεια, κατασκευάσαμε ένα μπλοκ απλότυπος τέσσερις-δείκτη που περιείχε 4 κοινή απλοτύπων: TCCG, GCCG, TTCG και ΤΤΤΑ. Ωστόσο, όλοι οι τέσσερις κοινούς απλότυπους δεν είχε καμία σχέση με το γαστρικό κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου και δεν βρήκαμε καμία σχέση μεταξύ αυτών των απλοτύπων και κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους στον καρκίνο του στομάχου. Επιπλέον, ούτε μεμονωμένα ούτε SNPs απλότυπους είχε μια σύνδεση με την επιβίωση των ασθενών με καρκίνο του στομάχου.

Συμπεράσματα

Αυτή η μελέτη αξιολόγησε πολυμορφισμούς του γονιδίου ΜΜΡ-1 σε καρκίνο του στομάχου με MALDI-TOF μέθοδο MS σε ένα μεγάλο βόρεια κινεζική υπόθεση ελεγχόμενη ομάδα. Τα αποτελέσματά μας έδειξαν ότι αυτά τα επτά SNP της ΜΜΡ-1 μπορεί να μην είναι χρήσιμα ως σημαντική δείκτες για την πρόβλεψη γαστρικό ευαισθησίας στον καρκίνο, την εξέλιξη ή την πρόγνωση, τουλάχιστον στον πληθυσμό Χαν στη βόρεια Κίνα

Παράθεση:. Song ΥΧ, Zhou Χ, Wang ZN, Gao P, Li aL, Liang JW, et al. (2012) Ο Σύνδεσμος μεταξύ Ατομική SNPs ή απλότυποι της μεταλλοπρωτεϊνάσης 1 και γαστρικός καρκίνος Ευαισθησία, Εξέλιξη και πρόγνωση. PLoS ONE 7 (5): e38002. doi: 10.1371 /journal.pone.0038002

Επιμέλεια: Yury Ε Khudyakov, Κέντρα Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 30 Ιανουαρίου 2012? Αποδεκτές: 29 Απρίλη, 2012? Δημοσιεύθηκε: May 24, 2012 |

Copyright: © 2012 Song et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Ίδρυμα Επιστημών της Κίνας (Αρ 30972879 και Νο 81172370), το Πρόγραμμα Επιστημονικής και Τεχνολογικής Τμήμα της επαρχίας Liaoning (Νο 2010225032) και Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της επαρχίας Liaoning (Νο 20092129). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

γαστρικό καρκίνο είναι μία από τις πιο κοινές κύριες αιτίες θνησιμότητας σχετίζονται με τον καρκίνο παγκοσμίως [1]. Παρά τις κάποιες προόδους στη διάγνωση και τη θεραπεία του καρκίνου του στομάχου κατά τις τελευταίες δεκαετίες, η πρόγνωση για τους ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο του στομάχου παραμένει φτωχή [2]. Όπως και άλλες μορφές καρκίνου, η ανάπτυξη του καρκίνου του στομάχου είναι μια διαδικασία πολλών σταδίων με τη συσσώρευση των γενετικών και επιγενετικών αλλαγών. Η ανακάλυψη και η εφαρμογή των βιοδεικτών που μπορούν να ενσωματωθούν με την παραδοσιακή καρκίνο διάγνωση, σταδιοποίηση και την πρόγνωση θα μπορούσε να συμβάλει σε μεγάλο βαθμό να βελτιώσουν την έγκαιρη διάγνωση και τη φροντίδα των ασθενών [3]. Με την ολοκλήρωση του έργου ανθρώπινου γονιδιώματος, έχουν τα εκατομμύρια των πολυμορφισμών απλού νουκλεοτιδίου (SNPs) έχουν ταυτοποιηθεί ως ελκυστική βιοδείκτες στην αξιολόγηση του κινδύνου του καρκίνου, διαλογή, στάσης, ή τη διαβάθμιση [4].

μεταλλοπρωτεϊνάσες μήτρας (MMPs) είναι μια σημαντική οικογένεια μεταλλο-εξαρτώμενων ενζύμων τα οποία είναι υπεύθυνα για την αποδόμηση συστατικών εξωκυτταρικής μήτρας [5]. Μοριακές επιδημιολογικές μελέτες έχουν δείξει συσχέτιση μεταξύ γενετικών πολυμορφισμών των MMPs και ευαισθησίας στον καρκίνο, την εξέλιξη και την πρόγνωση [6] – [10]. Πρόσφατα, κάποιοι SNPs της ΜΜΡ-1 έχει αποδειχθεί ότι σχετίζονται σημαντικά με αυξημένο κίνδυνο για την ανάπτυξη καρκίνου του πνεύμονα [6], [7], [11]. Στον καρκίνο του μαστού, Karolina Przybylowska et al. Βρέθηκε ότι η 2G αλληλόμορφο του 1G /2G ΜΜΡ-1 γονίδιο πολυμορφισμός μπορεί να είναι υπεύθυνη για λεμφαδένα (LN) μετάσταση [8]. Από την άλλη πλευρά, και οι δύο μελέτες Hinoda Υ et al. και Ghilardi G et al. Βρέθηκε ότι SNPs της ΜΜΡ-1 συνδέθηκαν με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου [12], [13]. Επιπλέον, μια SNP στον υποκινητή ΜΜΡ-1 αποδείχθηκε ότι συσχετίζεται με την ιστολογική διαφοροποίηση του γαστρικού καρκίνου [14]. Ωστόσο, άλλες μελέτες έδειξαν μια αρνητική συσχέτιση μεταξύ ΜΜΡ-1 πολυμορφισμών και επιδεκτικότητα του καρκίνου [15], [16], [17]. Επιπλέον, οι περισσότερες από αυτές τις μελέτες περιορίστηκαν σε μικρά δείγματα, λίγοι SNPs ή απλότυπους κατασκευασμένη από δύο ή τρεις πολυμορφικές θέσεις. Έτσι, ένα μεγάλο δείγμα και πιο πολυμορφικές περιοχές είναι ζωτικής σημασίας για την κατανόηση του ρόλου της ΜΜΡ-1 SNPs στο γαστρικό ανάπτυξη του καρκίνου.

Στην παρούσα μελέτη, σε ένα μεγάλο δείγμα πληθυσμού Χαν στη βόρεια Κίνα, χρησιμοποιήσαμε σταθεροποιημένα με φορμαλίνη, εγκλεισμένους σε παραφίνη ιστούς (FFPETs) προερχόμενο δείγματα DNA από ασθενείς και DNA προέρχονται από το αίμα από τους ελέγχους σε μία φασματομετρία μάζας υποβοηθούμενης από μήτρα λέιζερ εκρόφησης /ιοντισμού χρόνου πτήσης (MALDI-TOF MS) μέθοδος για τη μελέτη της πιθανές συσχετίσεις μεταξύ των επτά SNPs (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 και rs1144396) ή απλοτύπων στην ΜΜΡ-1 και του όγκου ευαισθησία, κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους, και την επιβίωση του καρκίνου του στομάχου.

Υλικά και Μέθοδοι

Θέμα

επιλογή

Αυτή η μελέτη αποτελούνταν από 404 ασθενείς με πρωτοπαθή καρκίνο του στομάχου και 404 έλεγχοι και όλα τα θέματα που ήταν από τον πληθυσμό των Χαν στη βόρεια Κίνα. Τα θέμα χαρακτηριστικά έχουν περιγραφεί προηγουμένως [18]. Εν συντομία, είναι επιλέξιμες οι ασθενείς είχαν λάβει ριζική χειρουργική επέμβαση στην Πρώτη Νοσοκομείο της Κίνας Ιατρικού Πανεπιστημίου, μεταξύ Ιανουαρίου 1998 και Δεκεμβρίου 2004 και είχαν διαγνωστεί με καρκίνο του στομάχου με βάση την ιστοπαθολογική αξιολόγηση. Ο όγκος ιστολογική βαθμίδα αξιολογήθηκε σύμφωνα με τα κριτήρια και τους όγκους του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας οργανώθηκαν χρησιμοποιώντας την 7η έκδοση του TNM στάσης της Διεθνούς Ένωσης κατά του Καρκίνου (UICC) αμερικανικές μεικτής επιτροπής για τον Καρκίνο σύστημα /(AJCC) (2010) με βάση την μετεγχειρητική παθολογική εξέταση των δειγμάτων. Πλήρεις παθολογικά δεδομένα ελήφθησαν συμπεριλαμβανομένης της ηλικίας, του φύλου, την ημερομηνία της χειρουργικής επέμβασης, τη θέση του πρωτογενούς όγκου, ιστολογική βαθμολογία, φλεβική εισβολή, lymphovascular εισβολή, το βάθος της εισβολής, τον αριθμό των LNs ανακτώνται, τον αριθμό των μεταστατικών LNs, και τον αριθμό των καταθέσεων όγκου ανακτηθεί. Εκείνοι (i) με σύγχρονη ή metachronous κακοήθεις όγκους, (ii) με μακρινή μετάσταση βρέθηκε προεγχειρητικά, (iii) οι οποίοι υποβλήθηκαν σε προεγχειρητική ακτινοθεραπεία ή χημειοθεραπεία, ή (iv) με ατελή εγγραφές παθολογικά δεδομένα εξαιρέθηκαν από αυτή τη μελέτη. Παρακολούθηση ολοκληρώθηκε για το σύνολο του πληθυσμού της μελέτης μέχρι τον Ιανουάριο του 2010. Δύο ασθενείς έχασαν τη ζωή τους κατά τη μετεγχειρητική περίοδο (εντός 30 ημερών) και 21 ασθενείς χάθηκαν κατά την παρακολούθηση? Ως εκ τούτου, 381 ασθενείς συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση επιβίωσης. Διάμεση και μέση περιόδους παρακολούθησης ήταν 90,0 μήνες και 93,3 ± 20,24 μήνες (εύρος: 61 έως 136 μήνες), αντίστοιχα. Τα παρακάτω στοιχεία ελήφθησαν για όλους τους ασθενείς: ημερομηνία θανάτου (αν υπάρχει), αιτία του θανάτου (αν υπάρχει), και η ημερομηνία της συνέχειας. Το κύριο τελικό σημείο ήταν ειδική για τον καρκίνο διάρκεια επιβίωσης από την ημερομηνία της γαστρικής διάγνωση του καρκίνου με την ημερομηνία του θανάτου. Το ποσοστό επιβίωσης 5 ετών των 404 ασθενών ήταν 54,2%.

404 δείγματα αίματος της ομάδας ελέγχου ελήφθησαν από καρκίνο χωρίς τα άτομα που επιλέχθηκαν τυχαία βασίζονται σε φυσικές εξετάσεις κατά τη διάρκεια της Δεκέμβριος 2009 – Αύγουστος 2011, και η ομάδα αυτή πιστεύεται ότι είναι ένα καλό αναπαράσταση του πληθυσμού στην περιοχή αυτή. Τα κριτήρια επιλογής περιλαμβάνεται κανένα ατομικό ιστορικό καρκίνου, η συχνότητα που ταιριάζουν σε περιπτώσεις σχετικά με το φύλο και την ηλικία και τα άτομα που δεν είχαν σχέση εθνοτικών Κινέζων Χαν. Τα δείγματα (αιθυλενοδιαμινοτετραοξικό οξύ [EDTA] αντιπηκτικότητα) αποθηκεύτηκαν στους -20 ° C μέσα σε 30-40 λεπτά, και στη συνέχεια μεταφέρθηκε σε καταψύκτη στους -80 ° C μέσα σε 2 ή 3 ημέρες μετά τη συλλογή.

Ηθική δήλωση

Η μελέτη εγκρίθηκε από την Επιτροπή Ερευνών Δεοντολογίας της Κίνας Ιατρικού Πανεπιστημίου, Κίνα. Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους ανθρώπους πριν από τη συμμετοχή στη μελέτη.

DNA

εξόρυξη

Το γονιδιακό DNA εκχυλίζεται από δείγματα FFPET στην ομάδα υπόθεσης. Τμήματα με πάχος 8 μm και μία επιφάνεια μέχρι 250 mm

2 παρασκευάστηκαν με μικροτόμο και DNA απομονώθηκε από 6 τμήματα σε 12 τμήματα, ανάλογα με το μέγεθος του ιστού και τον αριθμό των κυττάρων. Η μικροτόμο είχε καθαριστεί και οι λεπίδες άλλαξαν για να αποφευχθεί η μόλυνση intersample. Εξαγωγή DNA από FFPETs διεξήχθη με QIAamp® DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Germany) [19], ακολουθώντας τις διαδικασίες που περιγράφονται από τον κατασκευαστή και προηγούμενη εργασία μας [18]. Περίπου 2-10 μα DNA ανακτήθηκε σε 50 μΐ τελικό διάλυμα και αποθηκεύτηκε στους -80 ° C.

Γενωμικό DNA εκχυλίστηκε από δείγματα αίματος από την ομάδα ελέγχου με την καθολική Γονιδιωματικό DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή και την προηγούμενη εργασία μας [18]. Περίπου 2-6 μg του DNA ανακτήθηκε σε ΤΕ και αποθηκεύθηκε στους -80 ° C.

Επιλογή των υποψήφιων SNPs

Η μελέτη περιελάμβανε επτά SNPs σε ΜΜΡ-1, που ελήφθησαν από η βάση δεδομένων NCBI SNPs και η βάση δεδομένων HapMap. Έχουμε επιλέξει SNPs σε όλη την γονιδίου τόπους για να εξασφαλιστεί η υψηλή πυκνότητα των δεικτών και να παρέχει επαρκή χαρακτηρισμό της διαφορετικότητας απλότυπος [6]. Όλα τα επιλεγμένα SNPs όφειλαν να έχουν μια μικρή συχνότητα αλληλόμορφο ≥5%. Ως εκ τούτου, επιλέγεται επτά SNP:. Rs2071231 (εσώνιο), rs7125062 (εσώνιο), rs491152 (εσώνιο), rs470558 (εξόνιο), rs2075847 (5’UTR), rs470206 (5 ‘UTR) και rs1144396 (Εικ. 1Α)

Μια δομή γονίδιο ΜΜΡ-1. Γεμιστά κουτιά αντιπροσωπεύουν τα εξόνια (5 ‘→ 3’). Τα βέλη δείχνουν τις θέσεις των SNPs. Β: Χαρτογράφηση της δομής του όγκου των επτά SNPs που δημιουργούνται από Haploview. Η τιμή για κάθε τετράγωνο στο οικόπεδο τρίγωνο αντιπροσωπεύει την κατά ζεύγη συσχετισμό μεταξύ SNPs (μετρούμενη ως D ‘) που ορίζεται από την πάνω αριστερά και τα επάνω δεξιά πλευρά των τετραγώνων. Οι πλατείες χωρίς αριθμό αντιστοιχούν σε D ‘= 1. Σκίαση αντιπροσωπεύει το μέγεθος και τη σημασία της κατά ζεύγη LD, με ένα κόκκινο-σε-λευκό κλίση αντανακλώντας υψηλότερες σε χαμηλότερες τιμές LD. Η συχνότητα του κάθε κοινή απλότυπος μέσα σε ένα μπλοκ είναι το δικαίωμα της απλότυπος

Η

SNPs ανάλυση και επικύρωση

SNPs γονότυπος χρησιμοποιώντας το σύστημα MALDI-TOF MS (MassARRAY?. Sequenom , San Diego, CA, USA) με εκκινητές και ανιχνευτές (Πίνακας S1) όπως περιγράφηκε προηγουμένως [19], [20]. Για να εξασφαλιστεί η ποιότητα πληκτρολόγηση, 1% θετικά δείγματα (στέλεχος κυττάρου Yanhuang) ενσωματώθηκαν σε κάθε πλάκα προσδιορισμού του γονότυπου για την επικύρωση της αξιοπιστίας των εκκινητών και 1% αρνητικών δειγμάτων (νερό χωρίς DNA) χρησιμοποιήθηκαν για την παρακολούθηση της μόλυνσης. 5% τυχαία δείγματα ελέγχθηκαν εις διπλούν από διαφορετικά πρόσωπα και η αναπαραγωγιμότητα ήταν 100%. Οι εργαστηριακές προσωπικό τυφλώθηκαν με τη διάταξη του δείγματος κατά τη διάρκεια της διαδικασίας. MALDI-TOF MS ανάλυση ήταν σύμφωνα με Justenhoven et al. [21] και η κύρια διαδικασία που περιλαμβάνεται ενίσχυσης PCR (GeneAmp® PCR System 9700 Διπλής 384 φρεατίων Δείγμα Block Module, Sequenom), γαρίδες κατεργασία με αλκαλική φωσφατάση (Sequenom), αντιδράσεις επέκτασης βάση, αφαίρεση άλατος με ρητίνη, SpectroCHIP διανομής (384 φρεατίων SpectroCHIP μικροσυστοιχιών, Sequenom). Αλληλόμορφες διακρίσεις ελήφθη με ανάλυση με φασματόμετρο μάζας Compact MassARRAY Analyzer (MT9). Τέλος, η ανάλυση των δεδομένων πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του λογισμικού MassArray Typer Analyzer 4.0 (Sequenom, San Diego, CA) [22].

ανισορροπία σύνδεσης (LD) καθορισμός μπλοκ και απλότυπος κατασκευή

Haploview 4.2 λογισμικό ήταν χρησιμοποιούνται για την αξιολόγηση LD και να κατασκευάσουν απλοτύπων όπως περιγράφηκε προηγουμένως [6]. LD μεταξύ των επτά SNPs που χρησιμοποιούνται στην ανάλυση του απλότυπου μετρήθηκε με στατιστική μια ανά ζεύγος D ‘. Η δομή του μπλοκ LD εξετάστηκε χρησιμοποιώντας τη μέθοδο του Gabriel et al. [23], χρησιμοποιώντας τα όρια εμπιστοσύνης 80% του Δ ‘να καθορίσει χώρους ιστορικού ανασυνδυασμού μεταξύ SNPs. Απλότυποι κατασκευάστηκαν από τα δεδομένα γονότυπο στον πίνακα ελέγχου περιπτώσεων πλήρους μεγέθους στο μπλοκ χρησιμοποιώντας μια ταχεία μέθοδο αλγόριθμο μεγιστοποίησης με Haploview 4.2 του λογισμικού [6], [24]. Επιπλέον, κάναμε συνδυασμούς γονοτύπου SNP για να βρείτε τη σχέση τους με το γαστρικό κίνδυνο καρκίνου [25].

Η στατιστική ανάλυση

Ένα διπλής όψης chi-square (χ2) δοκιμή χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση κατανομή του πληθυσμού χαρακτηριστικά, να συγκρίνουν τις διαφορές στο αλληλομόρφων και γονοτυπικές συχνότητες μεταξύ ασθενών και μαρτύρων και των ενώσεων εκτίμηση μεταξύ των επιμέρους SNPs και κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους. Για να εκτιμηθεί η σημασία, μια διαδικασία μετάθεση (1000 τεστ) χρησιμοποιήθηκε για να διορθώσει την τιμή Ρ αποτελεσμάτων σύνδεσης μονού τόπου [6]. Μια δοκιμή μετάθεση είναι ένα είδος τεστ στατιστικής σημαντικότητας στο οποίο επιτυγχάνεται η κατανομή του στατιστικού αποτελέσματος της δοκιμής σύμφωνα με την μηδενική υπόθεση με τον υπολογισμό όλων των πιθανών τιμών του στατιστικού αποτελέσματος της δοκιμής σύμφωνα με αναδιατάξεις των ετικετών στα παρατηρούμενα σημεία δεδομένων. Επιπλέον, η διόρθωση Bonferroni χρησιμοποιήθηκε για πολλαπλές διόρθωση δοκιμής [26]. Λογιστική παλινδρόμηση χρησιμοποιήθηκε για να αναλυθεί η σχέση μεταξύ των συχνοτήτων γονοτύπου και του γαστρικού κίνδυνο καρκίνου, προσαρμοσμένο για το φύλο και την ηλικία. αναλύσεις επιβίωσης έγιναν με τη δοκιμασία log-rank και Cox μοντέλο αναλογικού κινδύνου. Το πακέτο 4.2 λογισμικό Haploview χρησιμοποιήθηκε για να: εκτίμηση ζεύγη LD, ανιχνεύουν απόκλιση από την ισορροπία Hardy-Weinberg, κατασκευή απλοτύπων, υπολογίζει τις συχνότητες απλότυπος και ενώσεις εκτίμηση μεταξύ των απλοτύπων και του γαστρικού τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Χρησιμοποιήσαμε επίσης το λογισμικό Haplo.states να αξιολογήσει τις ενώσεις μεταξύ των απλοτύπων και κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά [6], [27]. Το λογισμικό THEsias βασίζεται αναλογικών κινδύνων κατά Cox παλινδρόμησης επιβίωση στην ανάλυση σύνδεσης απλότυπου που βασίζεται χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο Στοχαστική-EM χρησιμοποιήθηκε για την παραγωγή ανάλυση επιβίωσης των απλοτύπων [28]. Λόγω των πολλαπλών έλεγχος υποθέσεων, η τιμή του P για τη σημασία προσαρμόστηκε συντηρητικά με διόρθωση Bonferroni για να & lt? 0.007 (0,05 /7)

Αποτελέσματα

Θέμα χαρακτηριστικά

Όπως φαίνεται στο ο Πίνακας 1 και το προηγούμενο έργο, ο μέσος όρος ηλικίας ήταν 56,67 ± 11,92 y και το ποσοστό των αρσενικών ήταν 70,54% στην ομάδα υπόθεση. Η μέση ηλικία της ομάδας ελέγχου ήταν 56,91 ± 11,48 y και το ποσοστό των αρσενικών ήταν 70,54%. Δεν υπήρχε στατιστικά σημαντική διαφορά στην κατανομή του φύλου και της ηλικίας μεταξύ ασθενών και μαρτύρων (όλα Ρ = 1,00). Επιπλέον, από τους 404 ασθενείς, 85 (21,04%) είχαν σταδίου Ι γαστρικό καρκίνο, 107 (26,49%) είχαν σταδίου ΙΙ καρκίνο του στομάχου, και 212 (52,48%) είχαν σταδίου III του γαστρικού καρκίνου (Πίνακας 1). Τα άλλα κλινικοπαθολογικών παραμέτρων των ασθενών με καρκίνο του στομάχου φαίνεται στον Πίνακα 1.

Η

ποσοστά επιτυχίας Γονοτυπικές, LD και απλότυπος δομή

Όλα τα SNPs ήταν πολυμορφικές με μικρές συχνότητες αλληλόμορφο & gt? 10% και κατανομές γονότυπου ήταν όλα σε συμφωνία με ισορροπία Hardy-Weinberg (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Τα ποσοστά επιτυχίας ήταν υψηλά στην ομάδα περίπτωση (98,27 – 100%) και την ομάδα ελέγχου (99,50 – 100%? Πίνακας S2). Στη συνέχεια, χρησιμοποιήσαμε Haploview 4.2 λογισμικό για την αξιολόγηση LD και κατασκευή απλοτύπων. LD παρατηρήθηκε σε όλη rs2071231, rs7125062, rs491152 και rs470558 (όλα τα D ≥0.99), και αυτά τα τέσσερα SNPs κατασκευάστηκε μπλοκ 1. Πεδίο 1 καλύπτονται 5.0 kb και περιείχε 4 κοινή απλοτύπων: TCCG, GCCG, TTCG και ΤΤΤΑ (εύρος συχνοτήτων: 0.127- 0.500), το οποίο αντιπροσώπευε περίπου το 99,9% των ατόμων (Σχήμα 1Β).

Σύλλογοι μεταξύ μεμονωμένων SNPs και γαστρικό κίνδυνο καρκίνου, κλινικοπαθολογικών παραμέτρων και την επιβίωση

Όπως φαίνεται στον πίνακα 2, υπήρχε καμία στατιστική διαφορά στην κατανομή αλληλόμορφο μεταξύ ασθενών και μαρτύρων (Ρ & gt? 0.007 και P & gt? 0.007 μετά από μια δοκιμασία μετάθεσης για αλληλομόρφων συχνότητες και διόρθωση Bonferroni). Επιπλέον, δεν υπήρχε συσχέτιση μεταξύ κατανομές γονότυπου των επτά SNPs σε ΜΜΡ-1 και τον κίνδυνο γαστρικού καρκίνου (P & gt? 0.007 και P & gt? 0.007 μετά την αναπροσαρμογή για το φύλο και την ηλικία για γονοτυπική συχνότητες, Πίνακας 3)

Οι γονότυποι των επιμέρους SNPs αξιολογήθηκαν για τις ενώσεις με τα κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους. Πίνακας 4 έδειξε ότι rs470206 γονότυπους είχε μια συσχέτιση με ιστολογικές βαθμούς, και οι ασθενείς με GA /ΑΑ είχε και τα κινητά διαφοροποίηση σε σύγκριση με τους ασθενείς με γονότυπο GG (OR = 0,573? 95% CI: 0,353 – 0,929? P = 0,023). Ωστόσο, δεν ήταν σημαντική μετά από διόρθωση Bonferroni. Οι άλλοι γονότυποι των SNPs δεν είχε σημαντικές συσχετίσεις με κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους στον καρκίνο του στομάχου.

Η

Στην μονοπαραγοντική ανάλυση, τύπου Borrmann, κατηγορία pt, λεμφικό μετάσταση στους λεμφαδένες, lymphovascular εισβολή και το στάδιο TNM είχαν αποδειχθεί ότι είναι σημαντικό προγνωστικό παράγοντες (Πίνακας 5). Ωστόσο, τα στατιστικά αποτελέσματα έδειξαν ότι όλοι οι γενότυποι των επτά SNPs δεν είχε ενώσεις με την επιβίωση των ασθενών με καρκίνο του στομάχου (όλα τα P & gt? 0.007, Πίνακας 5).

Η

Σύλλογοι μεταξύ απλοτύπων ή συνδυασμούς γονότυπο SNP και γαστρικό κίνδυνο καρκίνου, κλινικοπαθολογικών παραμέτρων και την επιβίωση

Χρησιμοποιώντας Haploview 4.2 λογισμικό, κατασκευάσαμε ένα μπλοκ απλότυπος τέσσερις-δείκτη, η οποία περιείχε τέσσερις κοινούς απλότυπους: TCCG, GCCG, TTCG και ΤΤΤΑ. Όλες οι τέσσερις κοινούς απλότυπους δεν είχε καμία σχέση με το γαστρικό κίνδυνο καρκίνου (P & gt? 0.007 και P & gt? 0.007 μετά από μια δοκιμαστική μετάθεση? Πίνακα S3). Επιπλέον, δεν βρήκαμε καμία σχέση μεταξύ αυτών των τεσσάρων κοινών απλοτύπων και κλινικοπαθολογικών παραμέτρων σε καρκίνο του στομάχου (όλα τα P & gt? 0.007, Πίνακας S4). Επιπλέον, το αποτέλεσμα της μονοπαραγοντική ανάλυση δεν έδειξε κάποια συσχέτιση μεταξύ όλων των απλοτύπων και την επιβίωση των ασθενών με καρκίνο του στομάχου. (Όλα τα P & gt? 0.007, Πίνακας S5)

Στη συνέχεια, κάναμε συνδυασμούς γονοτύπου SNP για να βρείτε τη σύνδεσή τους με το γαστρικό τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Μεταξύ όλων των συνδυασμών, οι συνδυασμοί γονότυπου των δύο SNPs (rs2071231 και rs470206) είχε τέσσερις υποομάδες: ΤΑ, TG, GG και ΑΑ. Αν και η LD μεταξύ των δύο SNPs δεν υπήρχαν και οι τέσσερις υποομάδες δεν είχαν καμία συσχέτιση με γαστρικό κίνδυνο καρκίνου (Ρ = 0,523), οι ασθενείς με ΤΒ είχαν καλά τα κινητά διαφοροποίηση σε σύγκριση με τους ασθενείς με γονότυπο TG (OR = 0.561? 95% CI : 0,357 – 0,881? P = 0,022). Ωστόσο, δεν ήταν σημαντική μετά από διόρθωση Bonferroni. Επιπλέον, όλες οι υποομάδες δεν είχε ενώσεις με την επιβίωση των ασθενών με καρκίνο του στομάχου (όλα τα P & gt? 0.007). Οι άλλοι συνδυασμοί γονότυπο δεν είχαν σημαντικά αποτελέσματα.

Συζήτηση

Η αποικοδόμηση εξωκυτταρικής μήτρας και βασικής μεμβράνης από MMPs είναι ένα από τα πιο σημαντικά ρυθμιστικά στοιχεία σε πολλές φυσιολογικές και παθολογικές διαδικασίες εισβολής όγκου και μετάσταση [5]. Η πλειοψηφία των προηγούμενων μελετών έχουν επικεντρωθεί στη σχέση μεταξύ SNPs και ΜΜΡ-2 και ΜΜΡ-9. Επιπλέον, ορισμένες SNPs της ΜΜΡ-1 έχει αποδειχθεί ότι σχετίζονται σημαντικά με αυξημένο κίνδυνο για την ανάπτυξη του καρκίνου του πνεύμονα, ο καρκίνος του μαστού και του παχέος εντέρου [6] – [8], [11] – [13]. Ωστόσο, άλλες μελέτες έδειξαν μια αρνητική συσχέτιση μεταξύ ΜΜΡ-1 πολυμορφισμών και επιδεκτικότητα του καρκίνου [15] – [17]. Επιπλέον, σε γαστρικό καρκίνο, οι περισσότερες από τις μελέτες επί της ΜΜΡ-1 έχουν επικεντρωθεί μόνο στη σημασία του SNP (-1607 1G /2G) στην προαγωγό σε σχετικά μικρά δείγματα. Jin Χ et al. ανέφερε ότι δεν υπήρχε καμία συσχέτιση του πολυμορφισμού υποκινητή ΜΜΡ-1 (-1607 1G /2G) με ευαισθησία σε γαστρικό αδενοκαρκίνωμα της καρδιακής στη βόρεια Κίνα (183 ασθενείς) [15]. Ωστόσο, μια μελέτη σε ένα ιαπωνικό πληθυσμό (215 ασθενείς) έδειξε ότι, αν και η παρουσία του αλληλόμορφου 2G (-1607) στον υποκινητή ΜΜΡ-1 δεν αυξάνουν τον κίνδυνο καρκίνου του στομάχου, μπορεί να εμπλέκονται σε διαφοροποίηση του γαστρικού καρκίνου [14]. Ως εκ τούτου, ένα μεγάλο δείγμα και πιο πολυμορφικές περιοχές είναι ζωτικής σημασίας για την κατανόηση του ρόλου της ΜΜΡ-1 SNPs στο γαστρικό ανάπτυξη του καρκίνου.

Λαμβάνοντας υπόψη τα ανωτέρω, επιλέξαμε επτά πολυμορφικά σημεία σε όλη την ΜΜΡ-1 για να εξασφαλιστεί μια υψηλή πυκνότητα δείκτες και να παρέχουν επαρκή χαρακτηρισμό της διαφορετικότητας απλότυπος. Επιπλέον, επιλέξαμε 404 ασθενείς και 404 μάρτυρες που είχαν τις ίδιες κατανομές για το φύλο και την ηλικία. Από την άλλη πλευρά, μέχρι τώρα, οι περισσότεροι από τους SNPs μελετήθηκαν με μήκος θραύσματος περιορισμού πολυμορφισμού (RFLP) δοκιμασία [29], TaqMans [19], DHPLC [30], MALDI-TOF MS [6], [20] και Pyrosequencing ανάλυση [31]. Επί του παρόντος, η μέθοδος MALDI-TOF MS, προσφέροντας ακρίβεια περίπου 100% για SNP γονοτυποποίηση, θεωρείται ως ένα χρυσό πρότυπο [19], [32]. Επιπλέον, προηγούμενες εκθέσεις έδειξαν ότι δεν υπήρχαν διαφορές συχνοτήτων αλληλόμορφων μεταξύ FFPET προερχόμενο DNA και το αίμα που προέρχεται από DNA από το ίδιο άτομο μέσω διαφόρων μεθόδων, συμπεριλαμβανομένης της MALDI-TOF MS [33] – [35]. Ως εκ τούτου, γονοτυπική του FFPET DNA προερχόμενο από MALDI-TOF MS είναι αξιόπιστη και επαναλήψιμη. Τα αποτελέσματά μας έδειξαν επίσης υψηλά ποσοστά επιτυχίας που κυμαίνονται μεταξύ 98,27% και 100% (μέση τιμή: 99,43%), η οποία ήταν σύμφωνα με τις προηγούμενες στοιχείων [19], [32], [33]

Μεταξύ των επτά SNPs. , Sun et al. έδειξαν ότι οι συχνότητες αλληλόμορφων κίνδυνος rs7125062, rs2075847 και rs470206 ήταν υψηλότερα σε ασθενείς με καρκίνο του πνεύμονα από ό, τι στους ελέγχους [6]. Όμως, στην παρούσα μελέτη, δεν υπήρχαν μεμονωμένα SNPs συσχετίζεται με γαστρικό κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Επιπλέον, rs470206 γονότυπους είχε corelation με ιστολογικές βαθμούς, και οι ασθενείς με GA /ΑΑ είχε και τα κινητά διαφοροποίηση σε σύγκριση με τους ασθενείς με γονότυπο GG. Αυτό το αποτέλεσμα ήταν παρόμοιο με τις θέσεις πολυμορφισμού (-1607 1G /2G), που μπορεί να εμπλέκονται στη διαφοροποίηση του γαστρικού καρκίνου [14]. Επιπλέον, ορισμένες μελέτες αποκάλυψαν ότι ο πολυμορφισμός υποκινητή ΜΜΡ-1 (-1607 1G /2G) έχει μια συσχέτιση με την πρόγνωση στον καρκίνο της γλώσσας [36], του καρκίνου του μαστού [37] και του παχέος εντέρου [38]. Ωστόσο, δεν βρήκαμε καμία ατομική SNPs συσχετίζονται με την πρόγνωση σε καρκίνο του στομάχου στη μελέτη μας.

SNPs είναι σταθερά κληρονομείται, εξαιρετικά πλούσια και δείχνουν την πολυμορφία εντός και μεταξύ των πληθυσμών, τα οποία πιστεύεται ότι είναι ελκυστική βιοδείκτες. Ωστόσο, η εφαρμογή των επιμέρους SNPs έχει περιοριστεί επειδή έχουν χαμηλή διεισδυτικότητα και τα αποτελέσματά τους είναι σχετικά δύσκολο να εντοπιστούν. Συνεπώς, η σημασία των πληροφοριών απλότυπου έχει αυξηθεί για τη σύνδεση μιας παραλλαγής σειράς DNA με νόσο [6], [18], [39]. Στη μελέτη μας, κατασκευάσαμε ένα μπλοκ απλότυπος τέσσερις-δείκτη που περιείχε 4 κοινή απλοτύπων: TCCG, GCCG, TTCG και ΤΤΤΑ, τα οποία ήταν σύμφωνα με τη μελέτη της Sun et al. [6]. Η μελέτη τους έδειξε απλότυπος TTCG είχε μια συχνότητα η οποία ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ ασθενών και μαρτύρων. Επιπλέον, απλότυπος TTCG εμφάνισαν αυξημένο κίνδυνο για μακρινή μετάσταση του καρκίνου του πνεύμονα και, σε αντίθεση με απλότυπο TTCG, απλότυπος ΤΤΤΑ έδειξε μια προστατευτική επίδραση έναντι της εξέλιξης του καρκίνου του πνεύμονα [6]. Ωστόσο, στη μελέτη μας, όλοι οι τέσσερις κοινούς απλότυπους δεν είχε καμία σχέση με το γαστρικό κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου και δεν βρήκαμε καμία σχέση μεταξύ αυτών των απλοτύπων και κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους στον καρκίνο του στομάχου. Επιπλέον, το αποτέλεσμα της μονοπαραγοντική ανάλυση δεν έδειξε κάποια συσχέτιση μεταξύ όλων των απλοτύπων και την επιβίωση των ασθενών με καρκίνο του στομάχου. Μέχρι τώρα, ένας αυξανόμενος αριθμός μελετών έχουν επικεντρωθεί στην συσχέτιση μεταξύ SNPs και την ασθένεια, αλλά ακόμη και με την ίδια SNP, τα αποτελέσματα ήταν συνήθως διαφορετικό. Όλο και περισσότερες μελέτες αποκάλυψαν ότι διαφορετικά αποτελέσματα θα μπορούσε να αποδοθεί κυρίως σε διάφορους συνδυασμούς παραγόντων, όπως ετερογένεια ασθένεια, τον πληθυσμό, το περιβάλλον, αλληλικές συχνότητες ή /και διαφορές LD, πηγή ιστού που χρησιμοποιείται, το μέγεθος των δειγμάτων, τεχνική ανίχνευσης και ούτω καθεξής.

Είναι ενδιαφέρον ότι, αν και η Ν.Δ. μεταξύ rs2071231 και rs470206 δεν υπήρχε, θα εξακολουθούν να γίνονται συνδυασμοί γονότυπου SNP σύμφωνα με τη μελέτη της Ostrovsky O et al. [25]. Βρήκαμε ότι, σε σύγκριση με τους ασθενείς με γονότυπο TG, οι ασθενείς με ΤΒ είχαν καλά κυτταρικής διαφοροποίησης. Ωστόσο, η συχνότητα αυτού του τύπου του συνδυασμού γονότυπο SNP ήταν πολύ χαμηλό στον πληθυσμό.

Εν κατακλείδι, η παρούσα μελέτη αξιολόγησε τους πολυμορφισμούς του γονιδίου ΜΜΡ-1 σε καρκίνο του στομάχου με μια μέθοδο MALDI-TOF MS και αρχειοθετούνται FFPETs σε ένα μεγάλο βόρεια κινεζική υπόθεση ελεγχόμενη ομάδα. Παρά το γεγονός ότι τα αποτελέσματά μας ήταν αρνητικά, η μελέτη αυτή έδειξε πρώτος ότι η SNPs (rs2071231, rs7125062, rs491152, rs470558, rs2075847, rs470206 και rs1144396) της ΜΜΡ-1 δεν θα μπορούσε να είναι χρήσιμη ως σημαντική δείκτες για την πρόβλεψη γαστρικό ευαισθησίας στον καρκίνο, την εξέλιξη ή την πρόγνωση, σε τουλάχιστον του πληθυσμού των Χαν στην βόρεια Κίνα. Επιπλέον, τα αποτελέσματα αυτά θα μπορούσαν να παρέχουν την σημαντική πληροφορία σε άλλους επιστήμονες κάνουν έρευνα για τον καρκίνο για να εξαλειφθούν αυτά τα επτά SNPs ως διαγνωστικοί δείκτες για καρκίνο του στομάχου.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

Primer ακολουθίες που χρησιμοποιούνται για τον προσδιορισμό του γονότυπου των επτά SNPs σε MMP-1

doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s001

(DOC)

Πίνακας S2.

γονοτυπικός τα ποσοστά επιτυχίας των επτά SNPs σε MMP-1

doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s002

(DOC)

Πίνακα S3.

Σύλλογοι μεταξύ συχνοτήτων απλοτύπων των τεσσάρων SNPs σε ΜΜΡ-1 και του κινδύνου του καρκίνου του στομάχου

doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s003

(DOC)

Πίνακας S4.

Σύλλογοι μεταξύ συχνοτήτων απλοτύπων των τεσσάρων SNPs σε ΜΜΡ-1 και κλινικοπαθολογικών παραμέτρων

doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s004

(DOC)

Πίνακας S5. ανάλυση

Επιβίωση των απλοτύπων των τεσσάρων SNPs σε MMP-1

doi:. 10.1371 /journal.pone.0038002.s005

(DOC)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε το Τμήμα Χειρουργικής Ογκολογίας του πρώτου Νοσοκομείου της Κίνας Ιατρικού Πανεπιστημίου για την παροχή ανθρώπινα δείγματα. Ευχαριστούμε επίσης το Κολέγιο της Κίνας Ιατρικού Πανεπιστημίου για την παροχή τεχνικής βοήθειας σε πειράματα.