Αφηρημένο

Προηγουμένως τρεις ογκογονίδιο διαγονιδιακών zebrafish γραμμές με επαγόμενη έκφραση του

Xmrk

,

KRAS

ή

Myc

στο ήπαρ έχουν δημιουργηθεί και αυτές οι διαγονιδιακές σειρές αναπτύσσουν ογκογονίδιο-εθισμένος όγκους του ήπατος μετά από χημική επαγωγή. Στην παρούσα μελέτη, η συγκριτική transcriptomic προσεγγίσεις χρησιμοποιήθηκαν για να εξεταστεί η συσχέτιση των τριών επάγεται διαγονιδιακά ήπατος καρκίνους με ανθρώπινους καρκίνους του ήπατος. RNA προφίλ από τις τρεις zebrafish όγκους αναφέρεται σχετικά μικρές επικαλύψεις σημαντικά απελευθερωμένη γονιδίων και των βιολογικών οδών. Παρ ‘όλα αυτά, οι τρεις διαγονιδιακές υπογραφές όγκου όλα παρουσίασαν σημαντική συσχέτιση με προχωρημένο ή πολύ προχωρημένο καρκίνωμα ανθρώπινου ηπατοκυτταρικού (HCC). Είναι ενδιαφέρον, μοριακή υπογραφή από κάθε ογκογονίδιο που προκαλείται zebrafish όγκο ήπατος συσχετίζεται με μόνο ένα μικρό υποσύνολο των ανθρώπινων δειγμάτων HCC (24-29%) και υπήρχαν συντηρημένες πάνω ρυθμισμένα οδούς μεταξύ του ψαριού zebra και συσχετίστηκε ανθρώπινη HCC υποομάδα. Τα τρία zebrafish μοντέλα καρκίνου του ήπατος από κοινού αντιπροσωπεύουν σχεδόν το ήμισυ (47,2%) των ανθρώπινων HCCs ενώ ορισμένα ανθρώπινα HCCs έδειξε σημαντική συσχέτιση με περισσότερες από μία υπογραφή ορίζεται από τις τρεις zebrafish όγκους ογκογονίδια εθισμένος. Σε αντίθεση, κοινώς απορρυθμισμένη γονίδια (21 έως και 16 κάτω) στα τρία μοντέλα zebrafish όγκων γενικά έδειξε σύμφωνος απορρύθμισης στην πλειονότητα των ανθρώπινων HCCs, γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτά τα γονίδια μπορεί να απελευθερωθεί περισσότερο σταθερά σε ένα ευρύ φάσμα των ανθρώπινων HCCs με διαφορετικούς μοριακούς μηχανισμούς και έτσι να χρησιμεύσει ως κοινή δείκτες διάγνωσης και θεραπευτικών στόχων. Έτσι, αυτά τα διαγονιδιακά zebrafish μοντέλα με καλά καθορισμένες ογκογονίδιο που προκαλείται από όγκους είναι πολύτιμα εργαλεία για τη μοριακή ταξινόμηση των ανθρώπινων HCCs και για την κατανόηση των μοριακών οδηγούς σε ηπατοκαρκινογένεσης σε κάθε ανθρώπινη υποομάδα HCC

Παράθεση:. Zheng W, Li Ζ , Nguyen AT, Li C, Emelyanov Α, Γκονγκ Z (2014)

Xmrk

,

Kras

και

Myc

Μοντέλα διαγονιδιακά ψάρια-ζέβρες καρκίνου του ήπατος Μοιραστείτε Μοριακής υπογραφές με υποσύνολα ανθρώπινων ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα. PLoS ONE 9 (3): e91179. doi: 10.1371 /journal.pone.0091179

Επιμέλεια: Xiaolei Xu, Mayo Clinic, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 2 Οκτώβρη, 2013? Αποδεκτές: 9 του Φλεβάρη 2014? Δημοσιεύθηκε: 14 Μαρτίου 2014

Copyright: © 2014 Zheng et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση από το Εθνικό Ιατρικό Ερευνητικό Συμβούλιο της Σιγκαπούρης. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Zhiyuan Γκονγκ είναι σήμερα ένας ακαδημαϊκός συντάκτης του PLoS ONE? αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

ανθρώπινο ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα (HCC) είναι γνωστό ότι είναι μια πολύ ετερογενής νόσος, ιδιαίτερα σε μέσων και προχωρημένων σταδίων [1]. Λόγω των ποικίλων και πολύπλοκων αιτιών συμβάλλοντας στην HCC συχνότητα, διαφορετικές γενετικές μεταλλάξεις ή αλλοιωθεί μοριακών οδών που θα μπορούσε να είναι υπεύθυνη για ηπατοκαρκινογένεσης. Μέχρι στιγμής, έχουν αρκετές καρκινογόνες οδοί έχουν αναγνωριστεί ότι εμπλέκεται στην ανάπτυξη και την πρόοδο του HCC, συμπεριλαμβανομένου του VEGFR, EGFR, και μονοπάτια mTOR [2]. Στην προσπάθεια να αποκρυπτογραφήσει το ρόλο των διαφόρων ογκογόνο οδών, ένας αριθμός διαγονιδιακών μοντέλα ποντικών έχουν τεκμηριωθεί [3], [4] και τα συγκριτικά transcriptomic αναλύσεις έχουν χρησιμοποιηθεί για τον προσδιορισμό των βέλτιστων διαγονιδιακών μοντέλα ποντικού για ανθρώπινη HCCs [4].

Το zebrafish αναγνωρίζεται όλο και περισσότερο ως ένα πολύτιμο πειραματικό μοντέλο για ανθρώπινες ασθένειες, ιδιαίτερα για τους καρκίνους [5], συμπεριλαμβανομένων των καρκίνων του ήπατος [6] – [11]. Έχει δειχθεί ότι οι όγκοι είχαν zebrafish εντυπωσιακές ομοιότητες με τον ανθρώπινο καρκίνο ιστολογικά [12], [13]. Transcriptomic και επιγενετικές αναλύσεις ανέφεραν επίσης συντηρημένα χαρακτηριστικά της καρκινογόνου που προκαλείται από zebrafish HCC με την ανθρώπινη HCC [14] – [16]

Στο παρελθόν έχουμε δημιουργήσει διάφορα μοντέλα όγκου ήπατος από διαγονιδιακά έκφραση των τριών διαφορετικών ογκογονιδίων (

KRAS, Xmrk

ή

Myc

) ειδικά στο zebrafish ήπαρ και αυτά τα διαγονιδιακά zebrafish συνήθως παράγουν όγκους του ήπατος με ποικίλους βαθμούς σοβαρότητας από ηπατοκυτταρικό αδένωμα (HCA) για να HCC [6] – [9]. Οι τρεις ογκογονίδια που χρησιμοποιήσαμε στην zebrafish έχουν όλα δειχθεί ότι εμπλέκονται σε ηπατοκαρκινογένεσης.

KRAS

είναι μεταλλαγμένο σε ~ 7% των καρκίνων του ήπατος στον άνθρωπο [17], αλλά Ras σηματοδότησης πανταχού ενεργοποιείται σε HCC [18].

Xmrk

είναι μια φυσική παραλλαγή του EGFR στα ψάρια του γένους

Xiphophorus

(platyfish και swordtails) με το καταστατικό αυτοφωσφορυλίωση και ενεργοποίηση των μεταγενέστερων σημάτων [19]. Η ενεργοποίηση του σήματος EGFR σχετίζεται με κακή πρόγνωση των ασθενών με ΗΚΚ [20].

MYC

συνήθως ενισχύεται σε πολλούς καρκίνους συμπεριλαμβανομένων HCC και υψηλότερο επίπεδο έκφρασης του MYC συνδέεται με την πιο προηγμένη κατάσταση του HCC [21]. Έχουμε δείξει ότι η υπερέκφραση του

KRAS

και

Xmrk

στο zebrafish ήπαρ θα μπορούσε να προκαλέσει HCC [7] – [9], ενώ η υπερέκφραση του

Myc

που προκαλείται κυρίως HCA [ ,,,0],6].

Συγκριτική transcriptomic αναλύσεις ζωικά μοντέλα και ανθρώπινα κλινικά δείγματα παρέχουν ένα ισχυρό εργαλείο για την ταυτοποίηση των συντηρημένων μοριακών οδών και γονίδια βιοδεικτών για τη διάγνωση και τη θεραπεία [15], [22]. υπάρχοντα ογκογονιδίου τρανσγονικό ψάρι zebra μοντέλα μας έχουν καλά καθορισμένα πάνω ρύθμιση του ογκογονιδίου οδηγού και αυτό μπορεί να παρέχει ένα πολύτιμο εργαλείο για τον εντοπισμό των δυνάμεων μοριακών οδήγηση σε ανθρώπινο καρκινογένεση με συγκριτικές transcriptomic αναλύσεων. Έτσι, σε αυτή τη μελέτη, χρησιμοποιήσαμε την τεχνολογία αλληλούχισης RNA να συγκρίνουν τις transcriptomic προφίλ των τριών όγκων του ήπατος που προκαλείται από ογκογονίδια σε τρανσγονικό ψάρι zebra. Με συγκριτικές αναλύσεις με ανθρώπινα ηπατικά transcriptomes από κίρρωση συκώτια σε πολύ προχωρημένο HCC, βρήκαμε ότι όλοι έδειξαν ισχυρή μοριακή συσχέτιση με προχωρημένο ή πολύ προχωρημένο ανθρώπινα HCCs. Παρ ‘όλα αυτά, υπάρχουν αρκετά διακριτές απελευθερωμένης βιολογικές μεθόδους με βάση τις απορυθμισμένη γονίδια στα τρία ογκογονίδιο διαγονιδιακά μοντέλα. Είναι ενδιαφέρον ότι, κάθε zebrafish μοντέλο όγκου ήπατος συσχετίζεται με ένα υποσύνολο των ανθρώπινων HCCs και κάθε υποσύνολο έχει κάποια διακριτά μοριακά χαρακτηριστικά. Δείξαμε ότι τα διαγονιδιακά zebrafish μοντέλα με καλά καθορισμένες οδηγού-γονιδίου δραστηριότητα πρέπει να είναι πολύτιμη για την ταξινόμηση των ανθρώπινων HCCs και για την κατανόηση των μοριακών μηχανισμών πίσω από κάθε υπότυπο HCC.

Υλικά και Μέθοδοι

Θεραπεία και της πρόκλησης καρκίνου του ήπατος στα μοντέλα Τρεις Ζεβρόψαρο διαγονιδιακά

τα ψάρια-ζέβρες διατηρήθηκαν μετά το εγκεκριμένο πρωτόκολλο από Θεσμικών Φροντίδα ζώων και Χρήση επιτροπή του Εθνικού Πανεπιστημίου της Σιγκαπούρης (πρωτόκολλο 079/07). Η γενιά του

Xmrk

και

Myc

διαγονιδιακά zebrafish, στο παρελθόν ήταν που περιγράφεται και είχαν χαρακτηριστεί ως

ΓΙΑ (Xmrk)

[9] και

ΓΙΑ (Myc)

[6], αντίστοιχα στις προηγούμενες εκδόσεις. Οι δύο διαγονιδιακές σειρές κατασκευάστηκαν χρησιμοποιώντας ένα διαγονιδιακό σύστημα που επάγεται από τετρακυκλίνη και το ογκογονίδιο έκφρασης που προκαλείται από δοξυκυκλίνη. Η

kras

V12

διαγονιδιακά γραμμή που χρησιμοποιείται στην παρούσα μελέτη ήταν πρόσφατα δημιουργήθηκε με τη χρήση ενός συστήματος μιφεπριστόνη επαγόμενο [7] σε συνδυασμό με ένα σύστημα Cre-ΙοχΡ (αδημοσίευτη). Για το

Xmrk

και

Myc

διαγονιδιακές σειρές, τα γενετικά τροποποιημένα ψάρια και μη διαγονιδιακά αδέλφια τους υποβλήθηκαν σε θεραπεία με 60 μg /ml δοξυκυκλίνη (Sigma, USA) ξεκινώντας από 3,5 MPF (μήνα μετά τη γονιμοποίηση) για 6 εβδομάδες. Όλες τις φωτογραφίες

Xmrk

ψάρια αναπτύσσονται HCC και όλα

Myc

ψάρια αναπτύσσονται HCA. Συνολικά, για κάθε διαγονιδιακή γραμμή, ένα δείγμα όγκου (τρανσγονικό ψάρι θεραπεία με δοξυκυκλίνη) και τρία δείγματα ελέγχου (μη διαγονιδιακά αδέλφια παρόμοια επεξεργασία με δοξυκυκλίνη, διαγονιδιακά αδέλφια χωρίς θεραπεία δοξυκυκλίνη, και μη διαγονιδιακά αδέλφια χωρίς θεραπεία με δοξυκυκλίνη) συλλέχθηκαν για αλληλούχιση RNA. Σε όλες τις περιπτώσεις, τα δείγματα ήπατος που χρησιμοποιείται για αλληλούχιση RNA συνενώθηκαν από τέσσερα σε πέντε αρσενικά ψάρια. Για το

kras

V12

διαγονιδιακά ψάρια, ένας μηνών διαγονιδιακά ψάρια υποβλήθηκαν σε θεραπεία με 1 μΜ μιφεπριστόνη (Sigma, USA) για 36 ώρες για να προκληθεί Cre ανασυνδυασμός μέσω ενεργοποίησης του

KRAS

V12

διαγονιδίου έκφραση στο ήπαρ. Η

kras

V12

ενεργοποιηθεί διαγονιδιακά ψάρια αφέθηκαν να αναπτυχθούν για έξι μήνες για να αναπτύξουν τα δείγματα HCC και HCC στη συνέχεια συλλέγονται για προσδιορισμό της αλληλουχίας RNA. Τρεις όγκοι ήπατος από προκαλείται από τα γενετικά τροποποιημένα ψάρια και τρεις κανονικές συκώτια από μη επαγόμενα διαγονιδιακά ψάρια συνενώθηκαν ξεχωριστά ως δείγματα όγκου και ελέγχου. Όλα τα δείγματα που χρησιμοποιήθηκαν ήταν από αρσενικό ψάρι και χρησιμοποιήθηκαν δύο σύνολα βιολογικών επαναλήψεις.

Ταυτοποίηση Λίστες Gene αποτυπώματος σε έκαστο Zebrafish ήπατος μοντέλο καρκίνου

Το συνολικό RNA εξήχθη χρησιμοποιώντας το αντιδραστήριο ΤΚΙζοΙ (Invitrogen, USA ) και επεξεργάστηκε με ϋΝάση Ι προς απομάκρυνση γονιδιωματικό DNA μόλυνση. 3 ‘RNA-SAGE (σειριακή ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης) αλληλούχιση διεξήχθη επί ΑΒΙ σταθερή πλατφόρμα από την αποστολή Biotech (Ταϊβάν) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή και 10-23 εκατομμύριο διαβάζει παρήχθησαν από κάθε δειγματολήπτη (Πίνακας S1). Εν συντομία, το mRNA καθαρίστηκε χρησιμοποιώντας Dynabeads Oligo (dT) EcoP (Invitrogen) και υποβλήθηκε σε σύνθεση cDNA. CDNA που προέκυψε υπέστη πέψη με ΝΙθΙΙΙ και EcoP15I να οδηγήσει σε μια ετικέτα cDNA 27 νουκλεοτιδίων μεταξύ των δύο προσαρμογέων αλληλούχισης. Οι ετικέτες χαρτογραφήθηκαν στο NCBI REFSEQ (ακολουθία αναφοράς) βάση δεδομένων mRNA για zebrafish με ένα κριτήριο που επιτρέπει κατ ‘ανώτατο όριο 2 αναντιστοιχίες νουκλεοτιδίων. Όλα τα δεδομένα RNA-Seq υποβλήθηκαν γονιδιακής έκφρασης της βάσης δεδομένων Omnibus με τους ακόλουθους αριθμούς πρόσβασης: GSE53342 για

Xmrk

και

Myc

δεδομένων και GSE53630 για

KRAS

δεδομένων. μετράει ετικέτα για κάθε μεταγραφή ομαλοποιήθηκαν με TPM (μεταγραφές ανά εκατομμύριο) για να διευκολύνεται η σύγκριση μεταξύ διαφορετικών δειγμάτων. Τα διαφορικά ρυθμιζόμενα γονίδια στο

Myc

– και

Xmrk

– που προκαλείται από καρκίνους του ήπατος ταυτοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα δείγμα t-test, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [23], και τα διαφορικά εκφρασμένα γονίδια στο

KRAS

επαγόμενη από καρκίνο του ήπατος προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας δύο-tailed t-test του Student.

για να διευκολυνθεί η λειτουργική επιπτώσεις των zebrafish μεταγραφικό, όλα τα zebrafish γονίδια χαρτογραφήθηκαν σε σχολιασμένο ανθρώπινα γονίδια, προκειμένου να χρησιμοποιούν τα υφιστάμενα λογισμικό online αναπτύχθηκε σε ανθρώπινα γονίδια. Έτσι, η χαρτογράφηση της ανθρώπινης ομολογίας του zebrafish clusters Unigene ανακτήθηκαν από το γονιδίωμα Ινστιτούτο της Σιγκαπούρης Ζεβρόψαρο Σχολιασμός Database (https://123.136.65.67/). Για Unigene συστάδες χαρτογραφηθεί από περισσότερα από ένα συμμετοχές μεταγραφής, το υψηλότερο TPM χρησιμοποιήθηκε για να αντιπροσωπεύει το επίπεδο έκφρασης του συμπλέγματος Unigene. Μερικά zebrafish συστάδες Unigene χαρτογραφήθηκαν σε περισσότερες από μία ανθρώπινη Unigene συστάδες, τα οποία συνήθως προέρχονται από την ίδια οικογένεια γονιδίων. Για να αφαιρέσετε απόλυσης και αποφεύγουν να προκαλούν μεροληψία στις λειτουργικές αναλύσεις, επιλέχθηκε μόνο το πρώτο ανθρώπινο σύμπλεγμα Unigene στη λίστα για να αντιπροσωπεύουν τις zebrafish Unigene συμπλέγματα. Οι κατάλογοι των σημαντικά up-ρυθμιζόμενα γονίδια zebrafish που χαρτογραφήθηκαν με τα ανθρώπινα ομόλογα και χρησιμοποιούνται για τη συγκριτική analyese με δεδομένα τα ανθρώπινα HCC παρουσιάζονται στον Πίνακα S2.

Γονιδιακή Ρύθμιση Εμπλουτισμός Ανάλυση (GSEA)

GSEA χρησιμοποιήθηκε για να καθοριστεί η σχετικότητα μεταξύ των διαγονιδιακών zebrafish μοντέλα και ανθρώπινους καρκίνους του ήπατος [24]. GSEA είναι μια υπολογιστική μέθοδος που καθορίζει αν ένα

priori

καθορισμένο σύνολο των γονιδίων εμφανίζει στατιστικά σημαντική, σύμφωνη διαφορές μεταξύ των δύο βιολογικών δειγμάτων? υπολογίζει ένα σκορ εμπλουτισμό χρησιμοποιώντας ένα τρέξιμο-άθροισμα στατιστική μέσα από ένα ιεραρχημένο κατάλογο συνόλου δεδομένων γονιδιακής έκφρασης. Ανθρώπινα ομόλογα των σημαντικά up-ρυθμιζόμενα γονίδια από τα zebrafish ιστούς όγκων χρησιμοποιήθηκαν ως υπογραφές καρκίνος για κάθε τρανσγονικό ψάρι zebra μοντέλο για transcriptomic σύγκριση με στοιχεία για τους ανθρώπους HCC. Κάθε επιλεγεί φαινότυπος των ανθρώπινων HCCs (είτε ένα συγκεκριμένο στάδιο HCC ή ένα συγκεκριμένο δείγμα HCC) συγκρίθηκε με το υπόλοιπο των δειγμάτων στο ίδιο σύνολο δεδομένων. Όλα τα γονίδια στο επιλεγμένο φαινότυπο κατατάχθηκαν με t-test για τον προσδιορισμό των διαφορών μεταξύ των έκφραση διαφορετικά στάδια HCC ή διαφορετικά δείγματα HCC. Η βαθμολογία εμπλουτισμός του προκαθορισμένων διαγονιδιακά υπογραφή zebrafish καρκίνο υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας μια λειτουργία ποσού στατιστική μέσω των κατετάγη γονίδια. Η στατιστική σημαντικότητα του εμπλουτισμού βαθμολογίας εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας μια εμπειρική διαδικασία δοκιμής μετάθεση φαινότυπο που βασίζεται. Μια τιμή FDR (ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη) παρασχέθηκε με την εισαγωγή ρύθμισης πολλαπλών έλεγχο υποθέσεων. δεδομένων μεταγραφικό ανθρώπινη καρκίνο του ήπατος ανακτήθηκαν από την έκφραση γονιδίων Omnibus βάση δεδομένων (GEO). Το ανθρώπινο σύνολο δεδομένων, συμπεριλαμβανομένων των διαφόρων σταδίων της ΕΑΣ που χρησιμοποιούνται για τη σύγκριση ήταν GSE6764 [25]. Οι δέκα ανθρώπινα σύνολα δεδομένων HCC που χρησιμοποιούνται για την εξέταση της εκπροσώπησης των zebrafish υπογραφές γονίδιο του καρκίνου του ήπατος συνοψίζονται στον Πίνακα S3. πληροφορίες σχολιασμό ανακτήθηκε από SOURCE (https://smd.stanford.edu/cgi-bin/source/sourceSearch). Για πολλαπλούς ανιχνευτές που μπορούν να αντιστοιχιστούν σε ένα σύμπλεγμα Unigene, επιλέχθηκε η μέγιστη ένταση του σήματος να εκπροσωπεί το επίπεδο έκφρασης του συμπλέγματος Unigene.

GSEA Pre-κατετάγη Ανάλυση

GSEA προ-κατετάγη επιλογή χρησιμοποιήθηκε για να αναλυθούν τα απορυθμισμένη οδούς σε κάθε τρανσγονικό ψάρι zebra μοντέλο και υποομάδες των ανθρώπινων HCCs. Εν συντομία, το σύνολο μεταγραφικό κατετάγη από p-value λογάριθμο μετατραπεί (με βάση το 10). Τα ρυθμισμένα προς τα πάνω γονίδια δόθηκαν θετικές αξίες, και οι κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια αρνητικές τιμές. χρησιμοποιήθηκαν οι επιμέλεια κανονικών μονοπατιών από την MSigDB (Molecular Υπογραφή Database). Ο αριθμός των μετάθεση που χρησιμοποιήθηκε ήταν το 1000.

RT-qPCR Validation

ολικού RNA μεταγράφηκε αντίστροφα χρησιμοποιώντας το SuperScript II cDNA Synthesis Kit (Invitrogen). RT-qPCR διεξήχθη με ίδια σύνολα των cDNA που χρησιμοποιείται για αλληλούχιση SAGE χρησιμοποιώντας το σύστημα I κύριο LightCycler 480 SYBR Green (Roche). Οι αντιδράσεις διεξήχθησαν εις τριπλούν για κάθε δείγμα cDNA και οι αλληλουχίες εκκινητή φαίνονται στον Πίνακα S4. επίπεδα έκφρασης γονιδίων σε κάθε έλεγχο ή διαγονιδιακών δείγμα ήπατος κανονικοποιήθηκαν με το επίπεδο του

β-ακτίνης mRNA

ως εσωτερικός έλεγχος. Το ημερολόγιο

2 αλλαγές φορές μεταξύ των δειγμάτων όγκου και ελέγχου υπολογίζεται χρησιμοποιώντας τη μέθοδο CT σύμφωνα με τον τύπο: log

2 φορές αλλάζει = -ΔΔCT = – [(CT ενδιαφέρον γονίδιο-CT

β-ακτίνης

) διαγονιδιακών δείγματος, (CT ενδιαφέρον γονίδιο-CT β-ακτίνης) δείγμα ελέγχου]. Δύο-tailed t test ετεροσκεδαστική διεξήχθη χρησιμοποιώντας κανονικοποιημένες τιμές CT (CT γονίδιο – CT β-ακτίνη) και τις αλλαγές με ρ & lt? 0.05 θεωρούνται σημαντικές

Αποτελέσματα

ταυτοποίηση διαφορικά εκφραζόμενων. γονίδια στα μοντέλα τρεις διαγονιδιακά ψάρια-ζέβρες καρκίνου του ήπατος

Οι τρεις ογκογονίδιο διαγονιδιακές σειρές (

Xmrk, Myc

και

kras

V12

) παρακινήθηκαν να αναπτύξουν όγκους στο ήπαρ ( Σχήμα S1) και αυτά τα δείγματα όγκου υποβλήθηκαν σε ανάλυση αλληλουχίας ΚΝΑ-SAGE. Με ένα κριτήρια επιλογής των φορές αλλαγής & gt? 1.5, σ αξία & lt? 0.05 και TPM & gt? 10 (είτε σε μάρτυρες ή σε δείγματα όγκων), διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων επιλέχθηκαν από τις τρεις σειρές των όγκων. Υπήρχαν 2.892, 797 και 494 γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω και 169, 902 και 676 γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω στο

Xmrk

-,

KRAS

– και

Myc

– Induced zebrafish καρκίνο του ήπατος, αντίστοιχα (Σχήμα 1Α, Β). Η απορρύθμιση γονιδίων από τα τρία διαγονιδιακά μοντέλα έδειξαν σχετικά μικρές επικαλύψεις, υποδεικνύοντας ότι οι τρεις ογκογονίδια ρυθμίζονται αρκετά διακριτά σύνολα γονιδίων. Αυτό είναι σύμφωνο με την έκθεση που μορφολογικά ομοιόμορφων τύπος καρκίνου συχνά ταξινομούνται σε διάφορες υποομάδες με βάση διακριτά πρότυπα γονιδιακής έκφρασης τους [26]. Είναι ενδιαφέρον, υπήρχαν 21 επάνω ρυθμισμένη και 16 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια που βρίσκονται συνήθως σε όλα τα τρία μοντέλα όγκων (Σχήμα 1Α, Β, Πίνακας 1).

(Α) διάγραμμα Venn του πάνω ρυθμισμένα γονίδια στο τρεις zebrafish διαγονιδιακά μοντέλα HCC. (Β) διάγραμμα Βεν της κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια στα τρία zebrafish διαγονιδιακά μοντέλα HCC. (Γ) Η απορρύθμιση πορείες στις τρεις ογκογονίδιο διαγονιδιακά όγκους του ήπατος. Πάνω και κάτω-ρυθμίζονται μονοπάτια σε κάθε zebrafish διαγονιδιακό μοντέλο HCC αναλύθηκαν από την προ-κατετάγη ανάλυση GSEA. Κόκκινο και πράσινο δείχνουν πάνω και κάτω ρύθμιση, αντίστοιχα, και το χρωματικό κώδικα με βάση FDR εμφανίζεται στα αριστερά. Μονοπάτια συσχετίζεται με γκρίζα κύτταρα δεν ανιχνεύθηκαν με οποιαδήποτε αλλαγή. Τα πάνω-ρυθμίζονται οδούς οι οποίες χωρίστηκαν σε επτά κατηγορίες καρκίνο σήμα κατατεθέν (με εξαίρεση επιτρέποντας αντιγραφική αθανασία) σύμφωνα με Hanahan και Weinberg [27] και τα κάτω-ρυθμίζονται μονοπάτια ταξινομήθηκε με βάση τις διάφορες πτυχές του μεταβολισμού στο ήπαρ (βλέπε πίνακα S1 για λεπτομέρειες).

η

διακριτών οδών ρυθμίζονται στα μοντέλα όγκων τρεις Ζεβρόψαρο ήπατος

ανάλυση Διαδρομή χρησιμοποιώντας GSEA έδειξε ότι τα τρία διαγονιδιακά μοντέλα καρκίνου του ήπατος έχουν διαφορετικές πορείες απελευθερωθεί (σχήμα 1Γ, Πίνακας S5) . Έχει γίνει ευρέως αποδεκτό ότι υπάρχουν οκτώ κύρια χαρακτηριστικά του καρκίνου για πολυσταδιακή καρκινογένεση και την πολυπλοκότητα των νεοπλασμάτων [27], [28]. Βρήκαμε ότι τα GSEA-πανομοιότυπες οδούς πέσει σε τουλάχιστον επτά σφραγίδες καρκίνου (εκτός για την ενεργοποίηση αντιγραφική αθανασία).

Xmrk

κυρίως πάνω ρυθμισμένα οδών που εμπλέκονται στην αποφύγει καταστολείς της ανάπτυξης και την αποφυγή της καταστροφής του ανοσοποιητικού, η οποία περιελάμβανε την ενεργοποίηση του κυτταρικού κύκλου, την προώθηση της μεταγραφής του RNA, up-ρύθμιση του πρωτεασώματος και την αλλαγή του ανοσοποιητικού ιδιότητες.

Kras

παρέχονται τα καρκινικά κύτταρα με την ικανότητα για αυτοσυντηρούμενη πολλαπλασιαστικά σήματα από up-ρύθμιση EGFR, Raf-ΜΕΚ-ΕΚΚ, ΡΙ3Κ-ΑΚΤ-mTOR και GSK3 μονοπάτια σηματοδότησης. Συγκεκριμένα, μεταβάλλεται και το εστιακό συγκολλητικό χαρακτήρες καρκινικών κυττάρων τα οποία θα μπορούσαν να ενεργοποιήσουν εισβολή και τη μετάσταση.

Myc

κυρίως επάνω ρυθμισμένη μετάφραση και πρωτεόλυση για να βοηθήσει τα καρκινικά κύτταρα να διαφεύγουν καταστολείς ανάπτυξης, και αυτό επίσης επάνω ρυθμισμένη μονοπάτι VEGF, έτσι δυνητικά επάγουν αγγειογένεση. Ενώ δεν υπήρχε μια μοναδική οδός, σημαντικά πάνω ρυθμισμένα σε όλα τα τρία μοντέλα όγκων, υπήρχαν κάποια μονοπάτια up-ρυθμίζονται σε δύο μοντέλα, όπως πρωτεασώματος στο

Xmrk

και

Myc

μοντέλα, και IGF1 μονοπάτι, mTOR μονοπάτι, βιοσύνθεση tRNA και εστιακής προσκόλλησης στο

Xmrk

και

KRAS

μοντέλα. Σε αντίθεση, μονοπάτια σε επαναπρογραμματισμό του μεταβολισμού της ενέργειας ήταν γενικά κάτω-ρυθμίζονται σε όλα τα τρία μοντέλα αν και η ρύθμιση προς τα κάτω στο

Myc

μοντέλο ήταν λιγότερο εμφανής από ό, τι τα άλλα δύο μοντέλα. Εν τω μεταξύ, πολλές άλλες οδοί που εμπλέκονται στην κανονική λειτουργία του ήπατος, όπως παράγοντες αίματος, το μεταβολισμό αμινοξέων, αποτοξίνωση και ξενοβιοτικών μεταβολισμό, το μεταβολισμό των λιπαρών οξέων, και τη σύνθεση της χολής ήταν ομοιόμορφα ρυθμισμένα προς τα κάτω σε όλα τα τρία μοντέλα όγκων. Ωστόσο, μία εξαίρεση ήταν ρύθμιση των ορμονών που ήταν προφανώς τα πάνω ρυθμισμένη στο

KRAS

όγκους.

Συσχέτιση των Τριών Gene Υπογραφές Ζεβρόψαρο όγκους του ήπατος με διαφορετικά στάδια της ανθρώπινης HCCs

Οι up-ρυθμιζόμενα γονίδια, 2892, 797 και 494 από το

Xmrk

,

KRAS

και

Myc

όγκους αντίστοιχα, χρησιμοποιήθηκαν ως τα γονίδια υπογραφή για κάθε μοντέλο. Αυτά τα up-ρυθμιζόμενα γονίδια μετατράπηκαν σε 1.362, 490, και 146 του ανθρώπου Unigenes αντίστοιχα, προκειμένου να συγκρίνει με τα διαθέσιμα στοιχεία transcriptomic από μελέτες σε ανθρώπους. Στη συνέχεια συνέκριναν τα σύνολα γονίδιο τρία υπογραφή με ένα σύνολο ανθρώπινων transcriptomic δεδομένων (GSE6764) από διαφορετικά στάδια της συνθήκες ανθρώπινου ήπατος: κιρρωτικό ήπαρ, χαμηλής οζίδια βαθμού δυσπλαστικές (LGDN), οζίδια υψηλού βαθμού δυσπλαστικές (HGDN), και πολύ νωρίς, νωρίς , προηγμένες, και πολύ προχωρημένο HCC (veHCC, eHCC, AHCC και vaHCC), στην οποία οι παθολογικές στάδια HCC έχουν οριστεί από το μέγεθος του όγκου, το καθεστώς της διαφοροποίησης και του επιπέδου μετάσταση [25]. Οι τρεις σειρές γονιδίων υπογραφή ήταν όλα πάνω ρυθμισμένα καθώς η νόσος εξελίσσεται, αλλά άρχισαν να είναι προς τα πάνω ρυθμισμένα σε διαφορετικά στάδια της ογκογένεσης (Σχήμα 2). Η

Xmrk

υπογραφή έδειξε θετική συσχέτιση με την ΕΑΣ, αρχής γενομένης από eHCC, και συσχετίστηκε σημαντικά με AHCC και vaHCC. Η

kras

υπογραφή συσχετίζεται θετικά με AHCC και vaHCC, και ήταν μόνο συσχετίστηκε σημαντικά με vaHCC. Η

Myc

υπογραφή έδειξαν σημαντικά θετική συσχέτιση με την ΕΑΣ, αρχής γενομένης από eHCC, παρόμοιο με το προηγούμενο αποτέλεσμα μας χρησιμοποιώντας ένα ανεξάρτητο σύνολο δεδομένων RNA-επόμενα από την ίδια διαγονιδιακό γραμμή [6]. Είναι ενδιαφέρον ότι, οι κοινές 21 έως ρυθμιζόμενα γονίδια και στα τρία μοντέλα όγκων έδειξε επίσης ρύθμιση προς τα πάνω ακόμα και από το πολύ πρώιμο στάδιο του HCC, αναφέροντας αυτά τα γονίδια συσχετίζονται με ολόκληρο νεοπλασματική διαδικασία.

Το up-ρύθμιση του γονιδίου υπογραφές από τις τρεις διαγονιδιακές όγκους (Xmrk, KRAS και Myc) και 21 κοινώς up-ρυθμιζόμενα γονίδια (Κοινό) χρησιμοποιήθηκαν για βαθμολογίες κανονικοποιήθηκαν εμπλουτισμό GSEA και Ness ((γ-άξονας) σχεδιάζονται κατά διάφορα στάδια της ανθρώπινης HCCs (χ-άξονας .) NES παρατίθεται στον πίνακα και ο αστερίσκος υποδεικνύει στατιστική σημαντικότητα: FDR & lt? 0,25 Συντομογραφίες:. CL, κίρρωση συκώτια? LGDN, χαμηλή οζίδια βαθμό δυσπλαστικών? HGDN, υψηλής ποιότητας οζίδια δυσπλαστικών? veHCC, πολύ νωρίς HCC? eHCC, νωρίς HCC? AHCC, προχώρησε HCC?. vaHCC, πολύ προχωρημένο HCC

η

εκπροσώπηση των τριών γονιδίων υπογραφές ζεβρόψαρο όγκων του ήπατος στα HCC δείγματα ανθρώπινου

Επειδή τα διακριτικά μονοπάτια μεταβληθεί σε τρεις zebrafish ήπατος μοντέλα όγκων και το υψηλό επίπεδο της ετερογένειας σε ασθενείς ανθρώπινου HCC, επιδιώξαμε να εξετάσει το βαθμό εκπροσώπησης των τριών zebrafish μοντέλα καρκίνου του ήπατος σε ανθρώπινα δείγματα HCC. Εξετάσαμε δέκα σύνολα δημοσιευμένων δεδομένων κλινικών HCC μικροσυστοιχιών, καθένα από τα οποία περιλαμβάνονται τουλάχιστον 80 κλινικά δείγματα. Οι δέκα σύνολα δεδομένων περιέχουν συνολικά 1.272 δείγματα που καλύπτουν διαφορετικές εθνοτικές ομάδες και τους παράγοντες κινδύνου (Πίνακας S2). Βρήκαμε ότι το

Xmrk

,

KRAS

και

Myc

γονίδιο υπογραφές συσχετίζονταν σημαντικά με 30,8%, 24,8% και 25,6% του συνόλου των κλινικών δειγμάτων, αντίστοιχα. 47,2% των ανθρώπινων δειγμάτων HCC είχε σημαντική συσχέτιση με τουλάχιστον μία από τις τρεις zebrafish υπογραφές γονίδιο (Πίνακας 2, Εικόνα S2). Σε διαφορετικές ανθρώπινες σύνολα δεδομένων HCC, το ποσοστό κυμαίνεται από 22,0% έως 60,4%. Επιπλέον, ορισμένα από τα κλινικά δείγματα συσχετίστηκαν με δύο ή ακόμα και τρία zebrafish υπογραφές γονίδιο. Co-συσχέτιση των δύο υπογραφών γονιδίων, δηλαδή

Xmrk

/

KRAS

,

kras

/

Myc

και

kras

/

Myc,

αντιπροσώπευαν το 17,5%, 13,5% και 12,4% των ανθρώπινων δειγμάτων HCC. 9,3% των ανθρώπινων δειγμάτων έδειξαν συν-συσχέτιση των τριών υπογραφών γονιδίων. Έτσι, φαίνεται ότι τα τρία διαγονιδιακά zebrafish μοντέλα ήπατος όγκου αντιπροσωπεύουν μοριακούς μηχανισμούς της ηπατοκαρκινογένεσης σχεδόν οι μισές από τις περιπτώσεις ανθρώπινου HCC και το άλλο μισό του ανθρώπινου HCC μπορεί να οφείλεται σε διαφορετικούς μοριακούς μηχανισμούς.

Η

περαιτέρω κατέδειξε ότι τα υποσύνολα ανθρώπινων HCCs τα οποία έδειξαν σημαντικά θετική συσχέτιση με το ίδιο γονίδιο υπογραφή επίσης μοιράζονται παρόμοια επάνω ρυθμισμένη οδούς (Σχήμα 3, Πίνακας S6). Για την ανάλυση αυτή, κάθε ένα από τα ανθρώπινα σύνολα HCC διαχωρίστηκε σε δύο υποομάδες: εκείνων που παρουσιάζουν σημαντική συσχέτιση με μία από τις zebrafish υπογραφών, και τα υπόλοιπα. Διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια μεταξύ των δύο ομάδων ταυτοποιήθηκαν με δύο ουρών t-test, και αναλύσεις μονοπάτι διεξήχθησαν με προ-κατετάγη ανάλυση GSEA. Οι οδοί υποβλήθηκαν σε ιεραρχική συσταδοποίηση με λογάριθμο-μετασχηματισμένα τιμές FDR χρησιμοποιώντας MeV [29], [30]. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 3, οι οδοί διαφορικά ρυθμίζονται σε ανθρώπινα HCCs η οποία έδειξε σημαντική συσχέτιση με μία από τις zebrafish υπογραφών είχαν διαφορετικά πρότυπα. Το σύμπλεγμα οδός Α αποτελείται από οδούς επάνω ρυθμισμένη σε όλες τις τρεις υποομάδες, συμπεριλαμβανομένων πρωτεασώματος, βιοσύνθεση tRNA και οξειδωτική φωσφορυλίωση. Ριβοσώματος, μεταγραφή και μετάφραση, και του κυτταρικού κύκλου ήταν επίσης εξαιρετικά πάνω ρυθμισμένα, υποδηλώνοντας ότι τα ανθρώπινα δείγματα HCC συσχετίστηκε σημαντικά με οποιοδήποτε από τα zebrafish υπογραφών ήταν πιθανώς περισσότερο πολλαπλασιαστική από εκείνους που δεν συσχετίζονται σημαντικά. Το σύμπλεγμα της οδού Β περιέχει μονοπάτια κάτω-ρυθμίζονται στις περισσότερες από τις υποομάδες που σχετίζονται με το

Xmrk

αλλά πάνω ρυθμισμένα στις υποομάδες που σχετίζονται με το

KRAS

και

Myc

. Είναι ενδιαφέρον, διατριβές μονοπάτια ήταν σύμφωνες με ιδιαίτερα κάτω-ρυθμίζονται μονοπάτια στο

Xmrk

επαγόμενη zebrafish HCC, συμπεριλαμβανομένου του μεταβολισμού της ενέργειας, το μεταβολισμό αμινοξέων, το μεταβολισμό των λιπαρών οξέων, βιοσύνθεση των χολικών οξέων, οδού του συμπληρώματος, βιοσύνθεση των στεροειδών, και Ν-γλυκάνης βιοσύνθεση. Το σύμπλεγμα της οδού C είναι πιο up-ρυθμίζονται στα

kras

-associated HCC υποομάδες, συμπεριλαμβανομένου του μεταβολισμού του γλουταμινικού και γλυκόλυση. Έχει αναφερθεί ότι

Kras

μπορούσε να αυξήσει την μετατροπή της γλυκόζης σε γλουταμινικού, και αυτό ήταν απαραίτητο για

Kras

μεσολάβηση ογκογονικότητα [31]. Το σύμπλεγμα της οδού D ήταν γενικά μέχρι ρυθμίζεται στο

Xmrk

– και

kras

-correlated ανθρώπινα HCCs, αλλά έδειξε μια ανόμοια μοτίβο στο

Myc

-correlated ανθρώπινα HCCs . Αυτή η συστάδα περιείχε πολλές κινάσης μονοπάτια που είχαν απελευθερωθεί στο

Xmrk

– και

kras

επαγόμενη zebrafish καρκίνο του ήπατος, αλλά δεν άλλαξε σημαντικά το

Myc

επαγόμενη zebrafish ήπατος Καρκίνος. Το σύμπλεγμα της οδού Ε ήταν αρκετά ετερογενής. Το σύμπλεγμα μονοπάτι F ήταν καλά διαχωρισμένο από όλα τα άλλα και περιείχε οδούς οι οποίες ως επί το πλείστον κάτω-ρυθμίζονται σε όλα τα ανθρώπινα υποομάδες HCC σχετίζεται με zebrafish υπογραφές, συμπεριλαμβανομένων κυττάρων αιμοποιητικής γραμμής, μονοπάτι κυτοκίνη, σηματοδότηση ασβέστιο, και GPCR οδό. Δεδομένου ότι οι περισσότεροι από αυτούς κάτω-ρυθμίζονται μονοπάτια εμπλέκονται σε φλεγμονώδη απόκριση, είναι πιθανό ότι οι υποομάδες των ανθρώπινων HCCs δεν συλλαμβάνεται από τις τρεις zebrafish μοντέλα έχουν πιο σοβαρή φλεγμονώδη κατάσταση.

Οι έγχρωμες γραμμές αντιπροσωπεύουν το λογάριθμο μετασχηματισμένα τιμές FDR. Μέχρι ρυθμιζόμενες οδών δίνεται θετικές τιμές (κόκκινο) και ρυθμισμένα προς τα κάτω οδών αρνητικές τιμές (πράσινο). Μονοπάτια συσχετίζεται με γκρίζα κύτταρα δεν ανιχνεύονται σε αναλύσεις μονοπάτι. Μονοπάτια είτε με FDR = 1 ή δεν έχουν εντοπιστεί σε περισσότερες από πέντε από τα 30 συνδυασμοί είναι προ-εξαιρούνται από την ανάλυση.

Η

Οι συνήθως πάνω και κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια σε ψάρι zebra όγκους του ήπατος είναι επίσης σταθερά πάνω και κάτω-ρυθμίζονται σε ανθρώπινο ΕΑΣ

Ενώ οι τρεις υπογραφές γονίδιο αντιπροσωπεύουν πάνω ρύθμιση των διακριτών μονοπατιών και συσχετίζονται με διαφορετικές υποομάδες των ανθρώπινων HCCs, επιδιώξαμε να διερευνήσει κατά πόσον το 21 συνήθως ρυθμίζεται up-and 16 συνήθως κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια και στα τρία διαγονιδιακά μοντέλα θα ρυθμιστούν με παρόμοιο τρόπο σε ανθρώπινα HCCs. Μεταξύ των δέκα ανθρώπινα σύνολα δεδομένων HCC που χρησιμοποιήσαμε, ήμασταν σε θέση να εξετάσει τα δύο σύνολα δεδομένων τα οποία περιλαμβάνονται τόσο ΕΑΣ και οι αντίστοιχες μη καρκινικούς ιστούς τους (GSE14520 και GSE25097). Ωστόσο, μόνο GSE14520 μπορούσαν να συγκριθούν με τα δεδομένα zebrafish καθώς τα περισσότερα από τα ανθρώπινα γονίδια ομόλογα προς τα κοινά zebrafish γονίδια θα μπορούσαν να ταυτοποιηθούν από την πλατφόρμα μικροσυστοιχιών χρησιμοποιήθηκαν: 19 από τα 21 up-ρυθμιζόμενα γονίδια (εκτός

FOXA3

και

MRPS9

) και 12 από τα 16 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια (εκτός από

cyp2ad2

,

slco1d1

,

TDH

και

MIOX)

. GSE14520 σύνολο δεδομένων περιέχει 229 πρωτογενή HCCs και τα αντίστοιχα ζεύγη μη-όγκου ηπατικούς ιστούς [32], [33]. Η

Xmrk

,

KRAS

και

Myc

υπογραφές συσχετίζονταν σημαντικά με 30,5%, 20,0% και 20,5% των δειγμάτων HCC, και συνολικά 47,6% του δείγματα HCC έδειξαν σημαντική αυξητική ρύθμιση ενός τουλάχιστον από τα zebrafish υπογραφών του καρκίνου του ήπατος (Πίνακας 2). Μεταξύ των 19 up-ρυθμιζόμενα γονίδια, 16 από αυτούς είχαν πάνω ρυθμισμένα σε περισσότερο από το ήμισυ των ασθενών HCC, και 9 από αυτούς ήταν πάνω ρυθμισμένα σε περισσότερες από 75% των ασθενών (Σχήμα 4).

STMN1

ήταν ρυθμισμένα προς τα πάνω σε 96.9% των ανθρώπινων HCCs από το σύνολο δεδομένων, το οποίο είναι το πλέον πανταχού ρυθμισμένα προς τα πάνω.

STT3A

και

SRP14

ήταν πάνω ρυθμισμένα σε 93,0% των ανθρώπινων HCCs. Μεταξύ των 12 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια, 11 από αυτούς είχαν κάτω-ρυθμίζονται σε περισσότερο από το ήμισυ των ασθενών HCC.

FBP1

ήταν κάτω-ρυθμίζονται στο 96,9% των εξετασθέντων ανθρώπινα HCCs. FBP1 είναι ένα ρυθμιστικό ένζυμο γλυκονεογένεση και λειτουργεί για να ανταγωνιστεί τη γλυκόλυση σε γαστρικό καρκίνο [34].

FBP1

ρυθμίζεται προς τα κάτω στην πλειονότητα των ανθρώπινων HCCs από μεθυλίωση [35]. Αποκατάσταση της έκφρασης FBP1 σε ανθρώπινες κυτταρικές σειρές HCC ανάπτυξη ανέστειλε σημαντικά κυττάρων, υποδηλώνοντας ότι θα μπορούσε να λειτουργήσει ως καταστολέας όγκου [35].

19 των up-ρυθμιζόμενα γονίδια και 12 από τα γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω ταυτοποιήθηκαν στην πλατφόρμα μικροσυστοιχίας. Το κόκκινο χρώμα δείχνει προς τα πάνω ρύθμιση, και το πράσινο χρώμα δείχνει προς τα κάτω ρύθμιση.

Η

Τέλος, η έκφραση αυτών των 19 πάνω και 16 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια επίσης επικυρωθεί από RT-qPCR σε όλα τρεις διαφορετικούς τύπους όγκων. Όπως φαίνεται στο Σχήμα S3, η πλειονότητα των γονιδίων στην πλειονότητα των δοκιμών (-90%) επιβεβαίωσε συνεπής τάση των μεταβολών στα δείγματα του όγκου.

Συζήτηση

Είναι γνωστό ότι η ανθρώπινη HCCs είναι εξαιρετικά ανομοιογενής? Έτσι, μεταξύ των ειδών συγκριτικές μελέτες σε transcriptomic επίπεδο θα πρέπει να είναι πολύτιμη για τον εντοπισμό συντηρημένες και κρίσιμα μονοπάτια στην καρκινογένεση σε είδη σπονδυλωτών. Εδώ καθορίζεται πρώτη απελευθερωμένη μονοπάτια από κάθε ογκογονιδίου διαγονιδιακών zebrafish μοντέλο. Αν και τα τρία μοντέλα διαγονιδιακών όγκου είχε αρκετά διακριτές απελευθερωμένης βιολογικά μονοπάτια, όλα συσχετίζονται με προχωρημένο ή πολύ προχωρημένο ΕΑΣ σε σύγκριση με το γονίδιο υπογραφές από ανθρώπινα HCCs. Επιπλέον, βρήκαμε επίσης ότι κάθε ένα από τα zebrafish μοντέλου αντιπροσωπεύουν ένα υποσύνολο των ανθρώπινων HCCs. Από ογκογονιδίου διαγονιδιακές σειρές μας έχουν καλά καθορισμένα μονοπάτια οδήγηση στην καρκινογένεση, οι πληροφορίες από το τρανσγονικό ψάρι zebra θα πρέπει να είναι πολύτιμη για την κατανόηση των κύριων μοριακών μηχανισμών της κάθε υποομάδας HCC, η οποία είναι επιτακτική ανάγκη για την ανάπτυξη πιο αποτελεσματικών θεραπευτικών ειδικά για κάθε υποομάδα. Είναι ενδιαφέρον ότι, τρία ογκογονίδιο τρανσγονικό ψάρι zebra μοντέλα μας αντιπροσωπεύουν σημαντικά μόνο λιγότερο από το ήμισυ του ανθρώπινου HCCs και υπάρχει ανάγκη να αναπτυχθούν περισσότερες και διαφορετικές ογκογονιδίου διαγονιδιακά ζωικά μοντέλα για την κάλυψη πιο ανθρώπινο HCCs για περαιτέρω κατανόηση των διακριτών μοριακών μηχανισμών σε ηπατοκαρκινογένεσης, με έμφαση στην φλεγμονώδη μονοπάτια.

στην παρούσα μελέτη, αναγνωρίσαμε επίσης έναν κατάλογο κοινά γονίδια είχαν διαφορετική έκφραση σε όγκους του ήπατος που προκαλείται από διάφορες ογκογόνο σήματα εντοπίστηκε και εκφραστικές αλλαγές τους σε ανθρώπινα δείγματα HCC επικυρώθηκαν

in silico

(Πίνακας 1, Σχήμα 4). Αυτά τα γονίδια θα μπορούσαν να εξυπηρετηθούν ως πιθανούς θεραπευτικούς στόχους δεδομένου ότι ήταν ανεξάρτητη από επιμέρους ογκογόνο οδών. Τα πάνω-ρυθμιζόμενα γονίδια περιλαμβάνει εκείνους στη μετάφραση της πρωτεΐνης και την επεξεργασία (

eif5a2

,

abce1

,

rrp9

,

srp14

,

itm1 <