Αφηρημένο

Η εξελικτική λειτουργία μιας οικογένειας πολλαπλών γονιδίων μπορεί να αλλάξει με την πάροδο του χρόνου, ανάλογα με τη λειτουργική διαφοροποίηση και την τοπική γονιδιωματική περιβάλλον των μελών της οικογένειας. Σε αυτή τη μελέτη, δείχνουμε μια τέτοια αλλαγή στο αντιγόνο μελανώματος (

MAGE

) οικογένεια γονιδίων στο χρωμόσωμα Χ των θηλαστικών. Η

MAGE οικογένεια γονιδίων

αποτελείται από δέκα υπο-οικογένειες που μπορούν να κατηγοριοποιηθούν σε δύο τύπους. γονίδια τύπου Ι είναι σχετικά πρόσφατη προέλευση, και που κωδικοποιούν επίτοπα για το αντιγόνο ανθρώπινων λευκοκυττάρων (HLA) σε καρκινικά κύτταρα. γονίδια τύπου II είναι σχετικά αρχαία και ορισμένα από τα προϊόντα τους είναι γνωστό ότι εμπλέκονται στην απόπτωση ή τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων. Η εξελικτική ιστορία του

γονίδιο της οικογένειας MAGE

μπορεί να χωριστεί σε τέσσερις φάσεις. Σε πρώτη φάση, μια κατάσταση μόνο-αντίγραφο του ένα προγονικό γονίδιο και το εξελικτικά συντηρημένη κατάσταση διήρκεσε μέχρι την εμφάνιση της eutherian θηλαστικά. Στη φάση ΙΙ, οκτώ υποοικογένεια των προγόνων, με την εξαίρεση για

MAGE-C

και

MAGE-D

υποοικογένειες, σχηματίστηκαν μέσω ρετρομετάθεση ανεξάρτητα. Αυτό θα συμπέσει με μια έκρηξη μεταφορά του

LINE

στοιχεία στο eutherian ακτινοβολία. Ωστόσο,

MAGE-C

δημιουργήθηκε από διπλασιασμό γονιδίου του

MAGE-A

. Φάση ΙΙΙ χαρακτηρίζεται από εκτεταμένη επικάλυψη γονίδιο μέσα σε κάθε υπο-οικογένειας και ειδικότερα τον σχηματισμό παλίνδρομα στο

MAGE-A

υποοικογένεια, η οποία συνέβη σε έναν πρόγονο του κατάρρινοι. Φάση IV χαρακτηρίζεται από την αποσύνθεση του παλίνδρομου στα περισσότερα κατάρρινοι, με την εξαίρεση των ανθρώπων. Αν και το παλίνδρομο περικόπτεται από συχνές διαγραφές σε πιθήκους του Παλαιού Κόσμου και πιθήκους, συγκρατείται σε ανθρώπους. Εδώ, υποστηρίζουν ότι αυτή η κατακράτηση ειδική ανθρώπου πηγάζει από την αρνητική επιλογή που ενεργεί για

ΜΑΟΕ-Α

γονίδια που κωδικοποιούν επιτόπους των καρκινικών κυττάρων, η οποία διατηρεί την ικανότητά τους να συνδέονται με πολύ ανομοιογενείς μόρια HLA. Αυτά τα ευρήματα ερμηνεύονται με προσοχή από τους βιολογικούς παράγοντες που διαμορφώνουν την πρόσφατη ανθρώπινη

MAGE-Α

γονίδια

Παράθεση:. Κατσούρα Υ, Satta Υ (2011) εξελικτική ιστορία της ασυλίας του Καρκίνου Αντιγόνου

MAGE

Gene Οικογένεια. PLoS ONE 6 (6): e20365. doi: 10.1371 /journal.pone.0020365

Επιμέλεια: Νικόλας Νικολαίδης, California State University Fullerton, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 14 Φεβρουαρίου 2011? Αποδεκτές: 18, Απριλίου, 2011? Δημοσιεύθηκε: 10 του Ιούνη 2011

Copyright: © 2011 Κατσούρα, Satta. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση-in ενισχύσεις για την επιστημονική έρευνα σε τομείς προτεραιότητας (17018032). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Η εξελικτική λειτουργία μιας οικογένειας γονιδίου, δηλαδή η διαδικασία της γέννησης και του θανάτου των γονιδίων και τις εκτάσεις απόκλιση αλληλουχίας, εξαρτάται από την λειτουργική απόκλιση από διπλές γονιδίων και στην τοπική δομή του γονιδιώματος όπου η οικογένεια κατοικεί [1], [2]. Εδώ, τοπική δομή του γονιδιώματος αναφέρεται σε σειρά ή ανεστραμμένες επαναλήψεις (IRS). Η εξέλιξη μιας οικογένειας γονιδίων για εκτελεστικούς κανόνες μπορεί να είναι ιδιαίτερα πολύπλοκη, ως αποτέλεσμα της ομογενοποίησης από συχνές γονιδιακή μετατροπή και δομική αστάθεια, όπως λόγω συχνών προσθήκες ή /και διαγραφές.

Warburton et al. (2004) βρήκαν μια υπεροχή των μεγάλων, IRs με υψηλό βαθμό ομοιότητας μεταξύ επαναλήψεων στο Χ και Υ χρωμοσώματα (-30% των IRs στο ανθρώπινο γονιδίωμα είναι στο Χ και Υ χρωμοσώματα) [3]. Πολλοί IRs στο Χ και Υ περιέχουν γονίδια που εκφράζονται κυρίως στους όρχεις [3]. Warburton και οι συνεργάτες του πρότειναν ότι αυτά IRs παίζουν σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη του ανθρώπινου γονιδιώματος. Ωστόσο, ο ακριβής ρόλος των εκτελεστικών κανόνων στην εξέλιξη παραμένει ασαφής. Ως εκ τούτου, στην παρούσα μελέτη, προσπαθούμε να εξετάσουμε το ρυθμό και τον τρόπο της γονιδιακής οικογένειας εξέλιξη στην IRS, με ιδιαίτερη έμφαση στο αντιγόνου μελανώματος (

MAGE

) οικογένεια γονιδίων, στην οποία τα μέλη της βρίσκονται σε μεγάλη ( ~ 100 kb) παλίνδρομο στο χρωμόσωμα του ανθρώπου Χ.

MAGE

αρχικά χαρακτηριστεί ως «ένα αντιγόνο μελανώματος» και αργότερα

MAGE

και ομόλογά του που ανακαλύφθηκαν για να σχηματίσουν ένα πολυγονιδιακή οικογένεια σε eutherian γονιδιώματα [4] – [7].

MAGE

ομόλογες αλληλουχίες που έχουν βρεθεί σε μερικά σπονδυλωτά (zebrafish και κοτόπουλο) [8], [9] και τα ασπόνδυλα (μύγα των φρούτων) [10]. Στο ανθρώπινο γονιδίωμα, αυτή η οικογένεια αποτελείται από 10 υποοικογένειες και κάθε υπο-οικογένεια αποτελείται από ένα έως 15 γονίδια [7]. Εκτός από την ταξινόμηση κατά υποοικογένεια,

MAGE

γονίδια μπορούν επίσης να ταξινομηθούν σε τύπου Ι ή τύπου ΙΙ, με βάση τα πρότυπα της έκφρασης και της λειτουργίας. Τα γονίδια τύπου Ι αποτελείται από τρεις υπο-οικογένειες (

MAGE-Α

, σε –

C

) και τύπου ΙΙ γονίδια επτά υπο-οικογένειες (

MAGE-D

σε –

F

, –

H

, –

L2

,

NDN

,

NDNL2

). Τα γονίδια τύπου Ι που εκφράζεται σε υψηλά πολλαπλασιαζόμενα κύτταρα όπως οι όγκοι, του πλακούντα και αναπαραγωγικής σειράς κυττάρων [4]. γονίδια τύπου ΙΙ, αντιθέτως, εκφράζονται παντού σε σωματικά κύτταρα, και κάποια γονίδια τύπου II είναι γνωστό ότι εμπλέκονται στην απόπτωση ή τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων [11].

Όλα Τύπος I

MAGE

της γονίδια βρίσκονται στα αντιγόνα Χ χρωμόσωμα και κωδικοποιούν όγκου που παίζουν καθοριστικό ρόλο στην ανοσία του καρκίνου. Πεπτίδια στον τομέα ομολογίας ανθρώπινης MAGE (MHD), το οποίο είναι 160-170 αμινοξέων μακρύ, είναι επίτοποι για ανθρώπινο αντιγόνο λευκοκυττάρων (HLA) τάξης Ι μόρια [4]. Όταν το αντιγόνο (πεπτίδιο με τον MHD) σε ένα κύτταρο όγκου συνδέεται με έναν υποδοχέα σε ένα Τ-κυττάρων φονέων, οι επιθέσεις Τ-κυττάρων το κύτταρο όγκου [4], [12].

HLA

είναι εξαιρετικά πολυμορφική στο ανθρώπινο γονιδίωμα και διαφορετικές

HLA

αλληλόμορφα μπορούν να δεσμεύουν διαφορετικά επιτόπια [13], [14].

MAGE

γονίδια μπορούν να κωδικοποιούν πολλές επίτοπους, έτσι ώστε να συνδέεται με, ή να αντιδράσουν με, κάθε μόριο HLA. Έτσι, έχει ενδιαφέρον να εντοπίσει την προέλευση της συσχέτισης μεταξύ

HLA

και

MAGE

καθώς και να καθορίσουν τον τρόπο η γενετική ποικιλομορφία στην περιοχή επιτόπου κωδικοποίησης έχει εξελιχθεί και έχουν διατηρηθεί.

Πολλοί

MAGE

γονίδια πιστεύεται ότι είναι θηλαστικά ειδικά [7]. Επιπλέον, οι περισσότερες eutherian

MAGE

γονίδια έχουν ένα απλό εξόνιο να κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη και ως εκ τούτου είναι πιθανό να έχουν προέλθει από ρετρομετάθεση του

MAGE-D

[7], επειδή μόνο

MAGE-D μελών

υποοικογενείας έχουν 14 εξώνια όπου ένα ORF κωδικοποιείται μεταξύ του δεύτερου έως 12 εξώνια [15]. Ωστόσο, η σχέση μεταξύ του τύπου Ι και τύπου ΙΙ γονιδίων δεν έχει πλήρως διερευνηθεί και η λειτουργία της διαφοροποίησης αυτών των γονιδίων παραμένει ασαφής.

Σε αυτή τη μελέτη, θα διερευνηθεί η εξελικτική ιστορία του

MAGE

γονιδιακή οικογένεια. Πρώτον, ψάξαμε για τις πιο αρχαιότητα απέκλιναν

MAGE

γονίδια σε σπονδυλωτά και ασπόνδυλα γονιδιώματα. Δεύτερον, ερευνήσαμε το πώς και πότε οι πρόγονοί κάθε τρεις τύπου Ι και επτά υποοικογένειες τύπου II παρήχθησαν με ειδική αναφορά στον τρόπο λειτουργίας τους ενίσχυσης. Τρίτον, έχουμε επικεντρωθεί στο

MAGE

–

Μια

υποοικογένεια (ένα από τον τύπο Ι υποοικογένειες) και να δείξει πώς έχει συμβεί η ρύθμιση του γονιδιώματος σε πρωτεύοντα θηλαστικά. Τέλος, δείχνουμε ότι ορισμένα ανθρώπινα

MAGE

–

A

γονίδια έχουν υποστεί αρνητική επιλογή έναντι ομογενοποίηση μέσω γονιδιακής μετατροπής προκειμένου να διατηρήσουν γενετικές παραλλαγές τους, μεταξύ αλληλουχίες αμινοξέων. Προτείνουμε ότι αυτή η επιλογή σχετίζεται με τη διατήρηση της ποικιλίας των HLA επιτόπιων σε καρκινικά κύτταρα.

Υλικά και Μέθοδοι

Ακολουθίες χρησιμοποιείται

Ανθρώπινο (

Homo sapiens

) δεδομένα αλληλουχίας νουκλεοτιδίων και αντίστοιχες πληροφορίες γονίδιο ελήφθησαν από τη βάση δεδομένων NCBI (build 36,3? https://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Συνταινιακή ή ομόλογες αλληλουχίες γονιδιώματος από άλλα πρωτεύοντα θηλαστικά και τα θηλαστικά, συμπεριλαμβανομένων των οπόσουμ (

Monodelphis domestica

) και platypuses (

Ornithorhynchus anatinus

), ανασύρθηκαν από τα NCBI και Ensembl βάσεις δεδομένων (http: //uswest .ensembl.org /index.html). Για να βρείτε συντηρημένο synteny μεταξύ του ανθρώπινου χρωμοσώματος Χ και χρωμοσώματα σε άλλα ζώα, BLAST αναλύσεις με χρήση ανθρώπινων

MAGE

πραγματοποιήθηκαν γονίδια ως ερωτήματα. Για τον εντοπισμό ομόλογων αλληλουχιών, χρησιμοποιούμε το 70% ως τιμή αποκοπής για τις αναζητήσεις BLAST.

Αναγνώριση της γονιδιωματικής δομών

Ταυτοποίηση εφορία και διαδοχικές επαναλήψεις διεξήχθη χρησιμοποιώντας μια προσέγγιση dot-matrix [ ,,,0],16]. GenomeMatcher [17] στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκε για να ληφθούν λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με ομοιότητα αλληλουχίας νουκλεοτιδίου μεταξύ των διπλών μονάδων. Ένα διάγραμμα που έχει αναληφθεί από το πρόγραμμα αυτό απεικονίζει την έκταση της ομοιότητας μεταξύ αλληλουχιών χρησιμοποιώντας χρωματικούς κώδικες, με το κόκκινο αντιπροσωπεύει ομοιότητα μεγαλύτερη από 95%, πορτοκάλι που αντιπροσωπεύουν περίπου το 90% -95%, το πράσινο που αντιπροσωπεύουν περίπου το 85% -90%, και μπλε αντιπροσωπεύουν χαμηλότερο από 85 %.

η φυλογενετική και μοριακή εξελικτική αναλύει

Για να μελετήσουμε φυλογενετικές σχέσεις μεταξύ των

MAGE

μέλη της οικογένειας, 158 αλληλουχίες κωδικοποίησης (CDS) στον ανθρώπινο, χιμπατζή (

Pan τρωγλοδυτών

), μακάκος (

Macaca mulatta

), το ποντίκι (

Mus musculus

), αγελάδα (

Bos taurus

), ο σκύλος (

Canis lupus

), opossum, πλατύπους, κοτόπουλο (

είδους Gallus gallus

) και zebrafish (

Danio rerio

) γονιδιώματος ανακτήθηκαν από τη βάση δεδομένων NCBI (Πίνακας S1).

MAGE

ομόλογα επίσης έψαξε σε Ensembl βάση δεδομένων της δυτικής Αφρικής ανακτήθηκαν βάτραχος (

Xenopus tropicalis

), λαμπρένων (

Petromyzon marinus

), lancelets (

Branchiostoma floridae

), χιτωνοφόρα (

Ciona intestinalis

) και αχινούς (

Strongylocentrotus purpuratus

). Για καθένα από τα είδη αυτά, ψάξαμε για

MAGE

ομόλογα κατά τη διάρκεια των ολόκληρων γονιδιωμάτων. Στις έρευνες για ομόλογα,

MAGE-D

μέλη υποοικογένεια χρησιμοποιήθηκαν ως ερώτημα, γιατί

MAGE-D

πιστεύεται ότι είναι το πατρογονικό

MAGE

υποοικογένεια [7] . Όταν χρησιμοποιούμε άλλες ανθρώπινες

MAGE

της ακολουθίες ως ερώτημα, βρήκαμε ότι οι αλληλουχίες ανιχνεύθηκαν είχαν ήδη συμπεριληφθεί στο αποτέλεσμα που λαμβάνεται χρησιμοποιώντας το

MAGE-D

.

Στο ανθρώπινο γονιδίωμα , υπήρχαν 37 σχολιασμένη

MAGE

γονίδια στο χρωμόσωμα Χ: 15

MAGE-Α

s, 11

MAGE-Β

s, τρεις

MAGE-C

s, πέντε

MAGE-D

s, δύο

MAGE-Ε

s και ένα

MAGE-Η

. Επιπλέον, οι δύο

MAGE-F

s βρίσκεται στο χρωμόσωμα 3, και

necdin-σαν 2

(

NDNL2

ή

MAGE-G

) ,

MAGE-σαν 2

(

MAGE-L2

) και

necdin

(

NDN

) είναι στο χρωμόσωμα 15. Εκτός από τα σχολιασμένα γονίδια, ένα ομόλογη αλληλουχία (

psMAGEA-όπως: psMAGEAL

, NC_000023: 2765558 ‥ 2770471) που αντιστοιχεί στην ανθρώπινη

MAGE

ψευδογονίδιο,

psMAGEA

(NC_000023: συμπληρωματικά 151.952.946 ‥ 151957859), εντοπίστηκε. συντομογραφίες γονίδιο που χρησιμοποιείται σε αυτή τη μελέτη ακολουθούν τα πρότυπα που χρησιμοποιούνται για τα ανθρώπινα γονίδια.

Οι αλληλουχίες που ελήφθησαν ευθυγραμμίστηκαν χρησιμοποιώντας λογισμικό Clustal W [18] με χειροκίνητη διορθώσεις. Οι ακολουθίες των ανθρώπινων

MAGE-Η

, –

A5

, και το ποντίκι –

A9

ήταν σύντομη. Αυτά απορρίφθηκαν επειδή συμπερίληψη αυτών των αλληλουχιών έκανε μια ουσιαστική σύντομη ευθυγράμμισης ακολουθίας. Ο αριθμός των διαφορών νουκλεοτιδίων ανά περιοχή (

σ

-Απόσταση) στη συνέχεια υπολογίζεται χρησιμοποιώντας MEGA4 [19], και η φυλογένεση κατασκευάστηκε με τη χρήση του γείτονα-που ενώνει (NJ) [20] μέθοδο διαθέσιμα σε αυτό το λογισμικό. Φυλογενέσεων κατασκευάστηκαν επίσης με τυχαιοποιημένη A (x) ccelerated Μέγιστη Πιθανότητα (RAxML) [21] και Bayesian μέθοδοι (Bayes). Ένα πρόγραμμα για τη μέθοδο RAxML παρέχεται από https://phylobench.vital-it.ch/raxml-bb/και ότι για τη μέθοδο Bayes είναι MrBayes 3 [22]. Οι ευθυγραμμίσεις που χρησιμοποιούνται εδώ είναι διαθέσιμα κατόπιν αιτήματος. DnaSP V5 [23] χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση παράθυρο του νουκλεοτιδίου απόκλισης. RepeatMasker [24] χρησιμοποιήθηκε για τη διαλογή αλληλουχιών για διάσπαρτα επαναλήψεις στη βάση δεδομένων NCBI. Ένα πρόγραμμα, GENECONV [25] χρησιμοποιήθηκε για την ανίχνευση γονιδιακής μετατροπής.

δεσμευτικός παράγοντας μεταγραφής θέσεις

θέσεις πρόσδεσης παράγοντα μεταγραφής (TFBs) εξετάστηκαν χρησιμοποιώντας τη βάση δεδομένων TRANSFAC R4.3 [26], διαθέσιμα στην ιστοσελίδα TFBIND (http: //tfbind.ims.u-tokyo.acjp/) [27]. Για να βρείτε έναν υποψήφιο TFB, αλληλουχίες ανάντη των γονιδίων στόχων ήταν ευθυγραμμισμένες και πολύ συντηρημένες αλληλουχίες επιλέχθηκαν. Οι αλληλουχίες ελέγχθηκαν για την παρουσία TFBs σχολιασμένη στη βάση δεδομένων.

Αποτελέσματα

Καταγωγή των σπονδυλωτών και θηλαστικών

MAGE

οικογένεια γονιδίων

Για την αναγνώριση

MAGE

ομόλογα σε λαμπρένων, lancelets, χιτωνοφόρα και αχινούς θάλασσα, μια αναζήτηση BLAST πραγματοποιήθηκε για γονιδίωμά τους και αλληλουχιών EST, χρησιμοποιώντας το

MAGE-D

γονίδια ως ερωτήματα. Παρά το γεγονός ότι δεν υπήρχαν ανιχνεύσιμα ομόλογα γονίδια σε λαμπρένων και αχινούς, υποθετικά γονίδια στα δύο χιτωνόζωα (XM_002119518) και lancelets (XM_002613563) έδειξε 37% ομοιότητα αλληλουχίας με το ανθρώπινο

MAGE-D1

. Τα αποτελέσματα της αναζήτησης BLAST έδειξαν ότι η εμφάνιση του

MAGE

γονίδιο θα μπορούσε να έχει συμβεί πριν από την απόκλιση των Protochordata από Chrodata.

Σε jawed σπονδυλωτά, το zebrafish γονιδίωμα διαθέτει ένα ενιαίο

MAGE

γονίδιο,

Necdin-σαν 2

(

DareNDNL2

) [8].

Οι NDNL2

γονίδια βρίσκονται επίσης σε ανθρώπους, ποντίκια και αγελάδες, αλλά eutherian

NDNL2s

επεξεργασία γονίδια και έχουν ένα μόνο εξόνιο, ενώ

DareNDNL2

κατέχει ~ 11 εξώνια. Ένα φυλογενετικό δέντρο που βασίζεται στις αλληλουχίες αμινοξέων που δείχνει ότι eutherian

NDNL2

s είναι paraphyletic να

DareNDNL2

(Σχήματα 1 και S1.):

DareNDNL2

είναι ένα «πρωτογενές» ορθόλογο της eutherian

MAGE

γονίδια [28]. Αυτή η φυλογενετική σχέση (τοπολογία του δέντρου) υποστηρίζεται επίσης από RAxML και Bayes δέντρα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

‘CDS 158

MAGE

χρησιμοποιήθηκαν γονίδια (βλέπε πίνακα S1). Τα CDS σύγκριση είναι μακρύς 204 bp. Μετά την ευθυγράμμιση, όλα τα κενά αποκλείστηκαν για την κατασκευή δέντρων. Οι Υποοικογένεια συστάδες εμφανίζονται. Ο αριθμός σε κάθε κόμβο είναι ο κώδικας εκκίνησης αξία που υποστηρίζουν τον κόμβο. Ψάρια

NDNL2

(

Τολμήστε NDNL2

) και θηλαστικών

NDNL2

εμφανίζονται με μπλε χρώμα. συντομογραφίες όνομα του είδους είναι οι εξής: Bota (

Bos taraus

), Capo (

Cavia porcellus

), Τολμήστε (

Danio rerio

), Γκάγκα (

είδους Gallus gallus

), Hosa (

Homo sapiens

), Mamu (

Macaca mulatta

), Modo (

Monodelphis domestica

), Mumu (

Mus musculus

), Orna (

Ornithorhynchus anatinus

), και Πατρ (

Pan troglodytes

). Εικόνα S1 είναι μια διευρυμένη έκδοση αυτού του σχήματος και έχει ευανάγνωστο κείμενο.

Η

Κάθε ένα από τα βατράχου και κοτόπουλου γονιδιώματα διαθέτει μόνο ένα

MAGE

γονίδιο. Σε αμφότερες τις περιπτώσεις, όσον αφορά τη σχέση συνταινιακή με

DareNDNL2

, θέση του γονιδίου σε ένα χρωμόσωμα δεν θα μπορούσε να επιβεβαιωθεί λόγω της ατελούς εκχώρηση των γονιδίων στα χρωμοσώματα σε αυτά τα είδη. Ωστόσο, δεδομένου ότι οι φάσεις σε κάθε εξόνιο και ιντρόνιο όριο στα CDS των ψαριών, βατράχια και κοτόπουλα ήταν καλά συντηρημένο (Πίνακας 1), το ενιαίο

MAGE

γονίδια στο βάτραχο και το κοτόπουλο είναι πιθανό να είναι ένα-προς όνη ορθόλογα του

DareNDNL2

.

η

Παρά το γεγονός ότι μόνο ένα

MAGE

βρέθηκε σε ψάρια, βατράχια και κοτόπουλα, τους ανθρώπους και ποντίκια έχουν πολλαπλές υπο-οικογένειες των

MAGE

γονίδια [7]. Έτσι, είναι ενδιαφέρον να διερευνήσει

MAGE

ομόλογα σε Μονοτρήματα (πλατύπους) και τα μαρσιποφόρα (οπόσουμ). Μια αναζήτηση πλήρους γονιδιώματος BLAST χρησιμοποιώντας ανθρώπινα

MAGE-D1

ως ένα ερώτημα ανιχνεύεται ένα

MAGE

-όπως (

Μάγγελ

) ακολουθία στο πλατύπους και δύο

Μάγγελ

s στο οπόσσουμ. Αυτά ήταν διστακτικά το όνομα

OrnaMAGEL

και

ModoMAGEL1

/

L2

, αντίστοιχα. BLAST αναζήτηση χρησιμοποιώντας άλλα

MAGE

γονίδια όπως

DareNDNL2

ως ένα ερώτημα οδήγησε στην ανίχνευση των ίδιων γονιδίων.

οπόσουμ

ModoMAGEL1

και

ModoMAGEL2

βρίσκονται στα χρωμοσώματα Χ και 8, αντίστοιχα.

ModoMAGEL2

κωδικοποιείται από ένα απλό εξόνιο, ενώ

ModoMAGEL1

κωδικοποιείται από 11 εξόνια. Έτσι,

ModoMAGEL2

είναι πιθανό να είναι μια επεξεργασία γονίδιο που προέρχεται από

ModoMAGEL1

. Πράγματι,

ModoMAGEL1

και

ModoMAGEL2

σχηματίζουν ένα μονοφυλετικότητα στο δέντρο (Εικ. 1, Εικ. S1) και στα δέντρα κατασκευάζονται από τρεις διαφορετικές μεθόδους (NJ, RAxML και Bayes).

Οι platypuses

OrnaMAGEL

γονίδιο βρίσκεται στο contig Ultra 403 και αποτελείται από 10 εξώνια. Αν και ο αριθμός των εξονίων διαφέρει από εκείνη σε

ModoMAGEL1

, οι φάσεις και τα μεγέθη των κοινών εξονίων είναι καλά διατηρημένη (Πίνακας 1). Επιπλέον, Ultra 403 περιέχει επίσης το γονίδιο ουμπικουϊτίνης λιγάσης

HUWE1

(HECT, UBA και WWE τομέα που περιέχουν 1), η οποία βρίσκεται περίπου 600 kb ανοδικά από

OrnaMAGEL

. Ένα

in situ υβριδισμού

μελέτη επιβεβαίωσε ότι στις πλατύπους,

HUWE1

βρίσκεται στο χρωμόσωμα 6 [29]? Έτσι, είναι πιθανό ότι αυτό contig είναι ένα μέρος του χρωμοσώματος 6. Platypus χρωμόσωμα 6 είναι ομόλογο με το αυτοσωματικό πρόγονο του eutherian και μαρσιποφόρο χρωμοσώματα Χ [29]. Στην πραγματικότητα, η περιοχή που περιβάλλει

OrnaMAGEL

επί το contig έδειξε μια συνταινιακή σχέση με την ανθρώπινη περιοχή Xp11. Στο ανθρώπινο γονιδίωμα, η θέση που αντιστοιχεί σε

OrnaMAGEL

καταλαμβάνεται από

MAGE-D2

και –

D3

(Εικ. 2). Ανθρώπινα

MAGE-D2

και –

D3

έχουν 13 εξώνια και τις φάσεις και τα μεγέθη των κοινών εξώνια είναι συντηρημένα με

OrnaMAGEL

, καθώς και με το

ModoMAGEL1

και άλλα

MAGE

γονίδια στο κοτόπουλο, βάτραχος, και zebrafish γονιδιώματα (Πίνακας 1).

Κόκκινο μπάρες δείχνουν

MAGE-D

ή

Μάγγελ

γονίδια στο ανθρώπινο ή πλατύπους, αντίστοιχα. Μαύρες γραμμές και τα ονόματα των γονιδίων δείχνουν συνταινιακή γονιδίων μεταξύ ανθρώπων και platypuses. Μπλε γραμμές και τα ονόματα των γονιδίων δείχνουν τα γονίδια τα οποία δεν παρουσιάζουν synteny. Άλλες

MAGE-D

μέλη υποοικογένεια,

MAGE-D1

και

MAGE-D4

βρίσκονται σε 51,6 Μ και 51,9 M στο χρωμόσωμα του ανθρώπου Χ, αντίστοιχα.

φυλογένεση των θηλαστικών

MAGE

οικογένεια γονιδίων

Ένα δέντρο της ανθρώπινης

MAGE

γονιδίων δείχνει ότι οι τρεις τύπου Ι em

MAGE

υποοικογένειες (

MAGE-Α

, –

Β

και –

C

) σχηματίζουν ένα μονοφυλετική σύμπλεγμα που είναι διαφορετική από τις επτά υποοικογένειες τύπου ΙΙ (

MAGE- D

, –

E

, –

F

, –

H

, –

L2

,

NDN

και

NDNL2

) (Εικ. 3). Τα στοιχεία που υποστηρίζεται από πέντε φυλογενετικά ενημερωτικό αντικαταστάσεις (D16Y, K23T, I62V, A113E, και R156Q σε ευθυγράμμιση του MHD, Εικ. S3). Επιπλέον,

MAGE-D

γονίδια αποτελούν ένα μονοφυλετική συμπλέγματος. Αν και ο αριθμός των νουκλεοτιδίων που χρησιμοποιούνται σε αυτή την ανάλυση είναι μικρό, είναι σαφές ότι η υπο-οικογένειες τύπου Ι απέκλινε πιο πρόσφατα από τον τύπο υποοικογένειες II (Εικ. 3 και το Σχ. S2).

Το δέντρο βασίζεται στον αριθμό των διαφορές αμινοξέων ανά περιοχή (

σ

-distances). Γονίδια αλλά για

DareNDNL2

στο δέντρο είναι όλα

MAGE

γονίδια που βρίσκονται στο ανθρώπινο γονιδίωμα.

DareNDNL2

από zebrafish χρησιμοποιείται για να καθορίσει τη ρίζα του δέντρου. Ο αριθμός των θέσεων σε σύγκριση είναι 92 αμινοξέα, χωρίς κενά. Η bootstrap αξία υποδεικνύεται στον κόμβο. Οι αλληλουχίες παρατίθενται στον Πίνακα S1.

MAGE-Ε

έχει αντιγραφεί MHD και η επικάλυψη έχει συμβεί νωρίτερα από την εμφάνιση των γονιδίων Ι τύπου.

MAGEE1_1

(

MAGEE2_1

) και

MAGEE1_2

(

MAGEE2_2

) αντιπροσωπεύουν το MHD στο Ν και C τερματική πλευρά του

MAGE-E1

(

MAGE-Ε2

), αντίστοιχα. Η eutherian

MAGE-D3

γονίδιο κωδικοποιεί trophinin (TRO), η οποία εκφράζεται στον πλακούντα και επηρεάζει την εμφύτευση του εμβρύου.

Η

Με την εξαίρεση του

MAGE-D

γονίδια, θηλαστικών

MAGE

γονίδια έχουν ένα ενιαίο εξόνιο για CDS. Έτσι, αυτά είναι πιθανόν να υποστούν επεξεργασία γονίδια που προέρχονται από μεταγραφές του

MAGE-D

ή άλλων

MAGE-D

επεξεργασία γονίδια [7], [30]. Ωστόσο, δεν μπορούμε να αποκλείσουμε την πιθανότητα ότι ένας πρόγονος του κάθε υπο-οικογένειας προέκυψε από επικάλυψη ενός επεξεργασμένου γονιδίου.

Για να εξετάσει πώς ο πρόγονος της κάθε οικογένειας γονιδίων προέκυψε, οι αλληλουχίες νουκλεοτιδίων ενός ενιαίου αντιπροσώπους από κάθε υπο-οικογένεια ήταν σε σύγκριση με ένα άλλο χρησιμοποιώντας dot-matrix ανάλυση [16]. Εάν έχει αντιγραφεί μια ολόκληρη περιοχή κωδικοποίησης συμπεριλαμβανομένων των συνοδευτικών περιοχή, η dotter ανάλυση δείχνει την ομοιότητα πέρα ​​από τα CDS. Από την άλλη πλευρά, ένας πρόγονος του κάθε υπο-οικογένεια έχει δημιουργηθεί από ρετρομετάθεση, η ανάλυση δείχνει την ομοιότητα μόνο στα CDS.

Για την πιο

MAGE

γονίδια, η ανάλυση dot-matrix αποκάλυψε ότι, εντός και μεταξύ των τύπου Ι και ΙΙ σημαντικές ομοιότητες παρατηρήθηκαν μόνο σε CDS περιοχές, γεγονός που υποδηλώνει μια retrotranspostion. Μια σύγκριση μεταξύ των

MAGE-A

και

MAGE-C

, από την άλλη πλευρά, ήταν μια εξαίρεση. Η σύγκριση αποκαλύπτει την ομοιότητα πέρα ​​από τα CDS, γεγονός που υποδηλώνει το DNA με βάση το γονίδιο επικάλυψη. Ωστόσο, μπορεί να είναι δυνατόν ότι και άλλες υποοικογένειες επίσης παράγεται από διπλασιασμό γονιδίου. Η ομοιότητα αλληλουχίας σε όμορες περιοχές των διπλών πιθανότατα χάνεται κατά τη διάρκεια της εξέλιξης λόγω του ασθενέστερου λειτουργικών περιορισμών. Πράγματι, η έκταση της συνώνυμη αποκλίσεις αλληλουχίας μεταξύ γένος τύπου II και εκείνες μεταξύ τύπου Ι και ΙΙ γονιδίων κυμαίνεται από 0,81 έως 1,0, έτσι ώστε δεν παρατηρήθηκε καμία σημαντική ομοιότητα σε μια περιοχή πέρα ​​από τα CDS τύπου. Παρά το γεγονός ότι, καμία τέτοια πληροφοριακά στοιχεία βρέθηκαν κλαδιστική δείκτες όπως

Γραμμές

μπορεί να ήταν κατατοπιστική για τη διάκριση ρετρομετάθεση από διπλασιασμό γονιδίου. Ως εκ τούτου, ελλείψει υποστηρικτικών αποδείξεων, καταλήξαμε στο συμπέρασμα ότι

MAGE-C

αναπαρήχθη από

MAGE-A

και ότι άλλες υπο-οικογένειες δημιουργήθηκαν από ρετρομετάθεση. Συνολικά, οκτώ ενθέσεις retrotransposed

MAGE

έχουν συμβεί στο γονιδίωμα της προγονικής Eutheria και κάθε επεξεργασία γονιδίου έγινε πρόγονος ενός υπο-οικογένειας. Μετά ρετρομετάθεση, ένας ανεξάρτητος διπλασιασμό γονιδίου φαίνεται να έχουν λάβει χώρα μέσα σε κάθε υπο-οικογένεια.

Gene επικαλύψεις και παλίνδρομο σχηματισμό

Αξίζει να σημειωθεί ότι το πρότυπο ομαδοποίηση των

MAGE-A

διαφέρει από εκείνη του

MAGE-Β

(Εικ. 1, Εικ. S1). Κάθε ένα από τα 11 ανθρώπινα

MAGE-Β

γονίδια αποτελούν ένα μονοφυλετική σύμπλεγμα με ορθόλογα σε άλλες eutherians, ενώ το 15

MAGE-Α

γονίδια σχηματίζουν των διαφόρων ειδών ή της ταξινομικής κατηγορίας ειδικά συμπλέγματα (Εικ. 1 , Σχ. S1 και S2). Επιπλέον, τρεις

MAGE-C

γονίδια φαίνεται να είναι πρωτεύον ειδικό. Εντός δύο τύπου II

MAGE

υποοικογένειες, πέντε

MAGE-D

και δύο

MAGE

–

E

γονίδια δείχνουν επίσης ένα σχέδιο ομαδοποίησης (το ένα προς ένα ορθολόγων σχέση) παρόμοια με εκείνη του

MAGE-Β

(Σχ. 1 και 3).

ένα σύνολο 16

ΜΑΟΕ-Α

γονίδια βρίσκονται Xq28, στην περιοχή του 148 έως 153 Mb Mb, και είναι συγκεντρωμένα σε τρία τετράγωνα Α, Β και C (εικ. 4Α). Μπλοκ Α και Β περιέχουν πέντε (

MAGE

–

Α11

, –

Α9

, –

A9B

, –

Α8

και

psMAGEA7

) και δέκα (

MAGE

–

A4

, –

A5

, –

Α10

, –

A6

, –

Α2Β

, –

Α2

, –

Α12

, –

Α3

,

psMAGEA

και em

psMAGEAL

) γονίδια, αντίστοιχα, ενώ μπλοκ C περιέχει ένα μόνο γονίδιο (

MAGE-A1

) (Εικ. 4Β και C). Κάθε ένα από τα τρία μπλοκ έχει ένα παλίνδρομο (Εικ. 4C). Ωστόσο, στις περισσότερες μόνο γονίδια Β μπλοκ (έξι από τους δέκα) βρίσκονται στις δύο βραχίονες του παλίνδρομου (Εικ. 4C). Τρία σχεδόν πανομοιότυπα ζεύγη

MAGE

–

Α2

/

Α2Β

, –

A3

/

A6

,

psMAGEA /psMAGEAL

βρίσκονται σε συμμετρικές θέσεις σχετικά με τα όπλα (Εικ. 4Β και 4Γ), ενώ

MAGE-A12

βρίσκεται στην περιοχή βρόχου. Έχουμε ορίσει ένα ζευγάρι των διπλών γονίδια ή ακολουθίες x και y για συμμετρική θέσεις του παλίνδρομου ως x /y. Η φυλογενετική σχέση μεταξύ 16

ΜΑΟΕ-Α

γονιδίων που περιλαμβάνουν

psMAGEAL

(Εικ. 4Β, βλέπε Υλικά και Μέθοδοι) και με το

MAGE-D

χρησιμοποιείται ως ένα εξω αποκάλυψε ότι πέντε γονίδια στο μπλοκ Β είναι σε μονοφυλετικότητα, ενώ ένα ζεύγος

psMAGEA

/

psMAGEAL

γονίδια έχουν μακρινή σχέση με άλλα

MAGE-α

γονίδια.

(

Α

) Μια διαγώνιος γραμμή που χαράσσεται από το επάνω αριστερά προς τα κάτω δεξιά δείχνει την ταυτότητα της περιοχής. Η περιοχή χωρίζεται σε τρεις υποπεριοχές, Α, Β, και Γ, οι οποίες περιέχουν πέντε, 10 και ένα

γονίδια ΜΑΟΕ-Α

, αντίστοιχα. (

Β

) Το δέντρο κατασκευάστηκε χρησιμοποιώντας τον αριθμό των διαφορών νουκλεοτιδίων (

σ

-distances) μεταξύ των CDSs (1916 bp) της 16ης

MAGE-Α

γονίδια. Ο αριθμός σε κάθε κόμβος αντιπροσωπεύει το bootstrap πιθανότητα υποστηρίζουν αυτόν τον κόμβο. Οι Bootstrap τιμές μεγαλύτερες από το 50% που φαίνεται. Επιχειρησιακή ταξινομικές μονάδες (ΕΞΩ) σε φούξια, πράσινο και μπλε αντιπροσωπεύουν γονίδια σε υποπεριοχές Α, Β και C, αντίστοιχα. (

C

) Τρεις προβλέψει παλίνδρομα εμφανίζονται σε υποπεριοχές Α, Β και C. Στην υποπεριοχή Β, τα περισσότερα από τα γονίδια βρίσκονται σε υποτιθέμενο όπλα παλίνδρομο.

Η

Ανθρώπινο μπλοκ Β αποτελείται από επτά διπλές μονάδες. Κάθε μονάδα έχει μήκος 10-20 kb και περιέχει ένα

MAGE-Α

και ένα γονίδιο που σχετίζεται chondrosarcoma (

CSAGE

) [31] (εικ. 5

Α

). ανάλυση BLAST των γονιδιωμάτων των θηλαστικών δείχνει επίσης την απουσία του

CSAGE

ομόλογα σε μη-πρωτεύοντα θηλαστικά. Το παλίνδρομο στο μπλοκ Β δεν παρατηρήθηκε σε μη-πρωτεύον γονιδιώματα, όπως τα γονιδιώματα του ποντικιού, του σκύλου και άλογο.

(

A

) Οι διαγώνιες γραμμές από τα αριστερά πάνω προς τα κάτω δεξιά υποδεικνύει ταυτότητα εντός του ανθρώπινου (αριστερό πάνελ) ή του (δεξί πάνελ) αλληλουχία μακάκου. Κενά στην διαγώνια γραμμή στο μακάκος δείχνουν τα κενά αλληλουχίας. Τα χρωματιστά κουτιά στο κάτω μέρος κάθε πίνακα υποδεικνύουν επτά διπλές μονάδες. Τα ίδια χρωματιστό κουτιά μέσα σε ένα είδους δείχνουν ότι είναι πιο στενά συνδεδεμένα μεταξύ τους παρά με τους άλλους, ενώ εκείνοι μεταξύ των ειδών δείχνουν υποθετικό ορθόλογα. (

Β

) παλίνδρομα προέβλεψε στην υποπεριοχή Β του ανθρώπου (αριστερά) ή (δεξιά) ακολουθία μακάκος. Οι αριθμοί δίπλα από τις γραμμές δείχνουν κάθε διπλή μονάδα. (

C

) Ένα NJ δέντρο που βασίζεται στο

σ

-distances μεταξύ διπλές μονάδες (2880 bp) εμφανίζεται. Το χρώμα-code για OTU είναι η ίδια όπως στο (

Α

) και (

Β

).

Η

Μεταξύ των πρωτευόντων, μπλοκ Β μπορεί να εντοπιστεί σε μακάκους (Εικ. 5

Α

). Αυτή η ενότητα περιλαμβάνει επίσης επτά διπλές μονάδες, αλλά η μορφή της αναμενόμενης παλίνδρομο διαφέρει μεταξύ των ανθρώπων και των μακάκου. Σε αντίθεση με το μακρύ στέλεχος και μικρή θηλιά που παρατηρείται στον άνθρωπο, στο μακάκος, ένα σύντομο στέλεχος και ένα μεγάλο δομή βρόχου προβλέπεται (εικ. 5

B

). Περαιτέρω, η Orthology των μονάδων μεταξύ μακάκοι και οι άνθρωποι είναι περίεργοι δίνεται θέσεις τους. Για λόγους ευκολίας, έχουμε ορίσει τα επτά διπλές μονάδες στο μπλοκ Β, όπως

h1

να

θ7

στον άνθρωπο και

m1

να

m

7 σε μακάκους ( Εικ. 5

Α

) και, στη συνέχεια, εξετάζονται οι φυλογενετικές σχέσεις τους (εικ. 5

C

). Μονάδες

h1

/

H7

υπόθαλψη

psMAGEAL

και

psMAGEA

γονίδια είναι ορθόλογες να

m1

/

M7

. Μονάδες

h3

/

h5

με

MAGE-Α2 /A2B

γονίδια είναι ορθόλογες να

M5

με

MAGE-Α2

: ωστόσο, σε μακάκους,

M5

βρίσκεται στο βρόχο και δεν υπάρχει κανένας εταίρος (ένα πολύ παρόμοια ακολουθία) του

M5

στο μπλοκ. Η μονάδα του

h4

με

MAGE-Α12

είναι ορθόλογες να

m3

, αλλά σε μακάκους η μονάδα αυτή δεν περιέχει ένα

MAGE

γονίδιο (Εικ . 5

Α

). Επιπλέον, οι σχέσεις μεταξύ των

h2

/

h6

,

m

2,

m4

και

m

6 είναι κάπως ασαφής, παρά το γεγονός ότι η

MAEG-A3 /A6

είναι στο

h2

/

h6

και τρεις πιθανές ομόλογα (

MAGE-Α3

, –

3L

, και –

A3L

) είναι

m

2,

m4

και

m

6. Η

σ

-Απόσταση μεταξύ

h2

και

h6

ήταν 0,7% (± 0,2), ενώ το

σ

-distances μεταξύ των

m

2,

m4

και

m

6 είναι πολύ μεγαλύτερη (12,1%) από ό, τι το πρώτο. Τα ζεύγη αποστάσεις των μονάδων μεταξύ των ανθρώπων και μακάκοι κυμάνθηκε από 8,3% (± 0,5) έως 17,7% (± 0,7), το οποίο είναι πολύ μεγάλο για ένα ορθόλογα σχέση. Η φυλογένεση επίσης δεν υποστηρίζει μια ορθόλογες σχέση μεταξύ κάθε μία από τις τρεις μονάδες σε μακάκους (

m

2,

m4

, ή

m

6) και

h2

/

h6

(Εικ. 5

C

).

Για να εξετάσει περαιτέρω τις σχέσεις ορθόλογες αυτών διπλές μονάδες, κλαδιστική δείκτες όπως

ΣΙΝΕ

s και

LINE

s αναζητήθηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό RepeatMasker [24] (Εικ. 6). Σε γενικές γραμμές, η διάταξη των

ΣΙΝΕ

s,

LINE

s,

LTR

s, και σύντομες επαναλήψεις στο μπλοκ Β δείχνει μερική ομοιότητα μεταξύ του γονιδιώματος του ανθρώπου και μακάκου. Η θέση και το είδος των επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών που βρέθηκαν σε όλη την

m2

περιοχή είναι σχεδόν ταυτόσημες με αυτές που βρέθηκαν στο περιφερικό ήμισυ του

h2

. Μια παρόμοια κατανομή των επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών παρατηρείται ανάμεσα σε μια περιοχή του

M5

και

h5

, και η ομοιότητα παρατηρείται επίσης μεταξύ ενός μέρους του

m4

και του

h4

. Ωστόσο, τα συγκεκριμένα είδη περιοχές φαίνεται να είναι παρόντες σε κάθε γονιδίωμα. Στους ανθρώπους, η περιοχή είναι ~ 40 kb μακρύς και εκτείνεται από τα μέσα του

h2

να

h4

, ενώ σε μακάκους, η περιοχή συγκεκριμένα είδη είναι ~ 30 kb και εκτείνεται από τη μέση του

m2

να

m4

. Σε αντίθεση με τα αποτελέσματα των αναλύσεων φυλογένεση και γενετική απόσταση (Εικ. 5

C

και 6), οι κλαδιστική δείκτες έδειξαν ότι

h2

με ανθρώπινο

MAGE-A6

και

m2

με την μακάκος

MAGE3L

είναι πράγματι ορθόλογες ο ένας στον άλλο.

Χρωματιστά τρίγωνα δείχνουν διάσπαρτα στοιχεία (

γραμμές

ή

Σίνες

) ,

LTRs

, τρανσποζόνια DNA (

DNA-TP

) ή απλών επαναλήψεων (

SR

) που βρίσκονται στο γονιδίωμα του ανθρώπου ή μακάκου, αντίστοιχα. Παρένθεση κάτω από κάθε γραμμή δείχνουν διπλές μονάδες. Φως ροζ βέλη δείχνουν παλίνδρομο δομή. Το γαλάζιο βέλος υποδεικνύει τα κενά αλληλουχίας σε μακάκους. Γράμματα Α έως L και ένα «i» για να στα τρίγωνα δείχνουν ορθόλογες στοιχεία εισαγωγής στα γονιδιώματα του ανθρώπου και μακάκου. Το φως πράσινη γραμμή δείχνει ένα ανθρώπινης ή μακάκος-συγκεκριμένη περιοχή και διακεκομμένες γραμμές δείχνουν το όριο μεταξύ συγκεκριμένα είδη και ορθόλογες περιοχές.

Η

Ανθρώπινο ειδικά παλίνδρομο και γονιδιακή μετατροπή

Η ανάλυση dot-matrix αποκάλυψε ότι το παλίνδρομο στο μπλοκ Β είναι εμφανής μόνο σε ανθρώπους. Αν και υπάρχουν σήμερα κενά αλληλούχιση στον χιμπατζή και ουραγκοτάγκου γονιδιώματος, οι διαθέσιμες ακολουθίες έδειξαν ότι η παλίνδρομη αλληλουχία στο μπλοκ Β είναι λιγότερο εμφανής σε αυτούς τους δύο πιθήκους από τον άνθρωπο (Εικ. 7). Εμείς φειδωλά συνήγαγε την προγονική κατάσταση του παλίνδρομο χρησιμοποιώντας τις πληροφορίες αλληλουχίας του γονιδιώματος των υπαρχόντων πρωτευόντων ειδών.

Το μέγεθος του παραθύρου είναι 500 bp χωρίς επικάλυψη μεταξύ γειτονικών παραθύρων. Χρωματιστά τετράγωνα στο κάτω μέρος του σχήματος δείχνουν τη διπλή μονάδα, συμπεριλαμβανομένου του

MAGE

της γονίδια (βέλη φως ροζ). Η τεταγμένη παριστάνει νουκλεοτίδιο απόκλιση (

δ

) και η τετμημένη παριστά θέση (σε bp) σε σχέση με το κέντρο του βρόχου (θέση μηδέν, μπλε βέλος). Η περιοχή γύρω από μια κόκκινη διακεκομμένη γραμμή υποδεικνύει την υψηλή απέκλιναν περιοχή

MAGE-Α3

και

MAGE-Α6

.

Η

Τα γονίδια για παλίνδρομα μπορεί να εμφανίσουν συχνές γονιδιακής μετατροπής . Πράγματι, μια ανάλυση παράθυρο 500 bp με ένα μη-επικαλυπτόμενα διάστημα αποκαλύπτει ότι οι αλληλουχίες του παλίνδρομου στα όπλα είναι σχεδόν πανομοιότυπες (Εικ. 8).