Αφηρημένο

Ιστορικό

Οι μελέτες δείχνουν ότι τα μικροθρεπτικά συστατικά μπορεί να τροποποιήσει το κίνδυνος ή εξέλιξης καθυστέρηση του καρκίνου του προστάτη? Ωστόσο, οι μοριακοί μηχανισμοί που εμπλέκονται δεν είναι πλήρως κατανοητοί. Εξετάσαμε τις επιδράσεις του λυκοπενίου και ιχθυελαίου στην έκφραση του γονιδίου του προστάτη σε μια διπλή-τυφλή τυχαιοποιημένη κλινική μελέτη ελεγχόμενη με εικονικό φάρμακο.

Μέθοδοι

Ογδόντα τέσσερις άνδρες με καρκίνο του προστάτη χαμηλού κινδύνου κατανεμήθηκαν με βάση στην αυτο-αναφερθεί διαιτητική κατανάλωση ψαριών και τις ντομάτες και στη συνέχεια τυχαία σε 3 μήνες παρέμβαση του λυκοπενίου (n = 29) ή το ιχθυέλαιο (n = 27), συμπληρώματα ή εικονικό φάρμακο (n = 28). έκφραση γονιδίων σε μορφολογικά φυσιολογικό προστατικό ιστό μελετήθηκε κατά την έναρξη και στους 3 μήνες μέσω ανάλυσης cDNA μικροσυστοιχιών. αναλύσεις διαφορικής έκφρασης γονιδίων και πορεία έγιναν για τον εντοπισμό γονιδίων και μονοπατιών διαμορφώνεται από αυτά τα μικροθρεπτικά συστατικά.

Αποτελέσματα

Παγκόσμια ανάλυση της έκφρασης του γονιδίου δεν αποκάλυψε σημαντικές μεμονωμένων γονιδίων που σχετίζονται με την υψηλή πρόσληψη ψαριών ή ντομάτας κατά την έναρξη ή μετά από 3 μήνες συμπληρωμάτων με λυκοπένιο ή ιχθυέλαιο. Ωστόσο, διερευνητική πορεία αναλύσεις των γονιδίων rank-διέταξε (με βάση τις τιμές p δεν διορθώθηκαν για πολλαπλές συγκρίσεις) αποκάλυψε τη διαμόρφωση των ανδρογόνων και του μεταβολισμού των οιστρογόνων σε άνδρες που συνήθως καταναλώνεται περισσότερα ψάρια (p = 0,029) και ντομάτα (p = 0,008) σε σύγκριση με τους άνδρες που έτρωγαν λιγότερο. Επιπλέον, η διαμόρφωση του μεταβολισμού του αραχιδονικού οξέος (ρ = 0,01) παρατηρήθηκε μετά από 3 μήνες συμπληρωμάτων ιχθυελαίου σε σύγκριση με την ομάδα του εικονικού φαρμάκου? και διαμόρφωση του πυρηνικού παράγοντα (ερυθροειδή προέρχεται-2) Συντελεστής 2 ή

Nrf2

μεσολάβηση οξειδωτική αντίδραση στο στρες είτε για τη συμπλήρωση έναντι του εικονικού φαρμάκου. (ιχθυέλαιο: p = 0.01, λυκοπένιο: p = 0,001)

Συμπεράσματα

Εμείς δεν ανιχνεύει τις σημαντικές επιμέρους γονίδια που συνδέονται με την διατροφική πρόσληψη και συμπλήρωση του λυκοπενίου και ιχθυελαίου. Ωστόσο, διερευνητικές αναλύσεις αποκάλυψαν υποψήφιος

in vivo

οδούς που μπορεί να διαμορφώνεται από αυτά τα μικροθρεπτικά συστατικά

Δίκη ΕΓΓΡΑΦΕΣ

ClinicalTrials.gov NCT00402285

Παράθεση:. Magbanua MJM, Roy R, Sosa EV, Weinberg V, Federman S, Mattie MD, et al. (2011) γονιδιακή έκφραση και βιολογικές οδούς σε ιστό ανδρών με καρκίνο του προστάτη σε μια τυχαιοποιημένη κλινική μελέτη του λυκοπενίου και Ιχθυέλαιο συμπληρώματα. PLoS ONE 6 (9): e24004. doi: 10.1371 /journal.pone.0024004

Επιμέλεια: Moray Campbell, Roswell Park Cancer Institute, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 30 Μάρτη του 2011? Αποδεκτές: 28 Ιουλίου 2011? Δημοσιεύθηκε: 1 Σεπ, 2011

Copyright: © 2011 Magbanua et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. ΝΙΗ /NCI RO1 R01CA101042? Ίδρυμα του καρκίνου του προστάτη. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Πολλοί άνδρες με καρκίνο του προστάτη βραδείας ανιχνεύεται με ειδικό προστατικό αντιγόνο (PSA) διαλογή δεν θα παρουσιάζουν την εξέλιξη της νόσου κατά τη διάρκεια της ζωής τους. Ως εκ τούτου, η θεραπεία τους και τις συναφείς παρενέργειες μπορεί να είναι περιττή [1]. Η ενεργητική επιτήρηση είναι μια στρατηγική διαχείρισης που προσφέρει η στενή παρακολούθηση των εντοπισμένων καρκίνων να αποφευχθεί ή να καθυστερήσει η συννοσηρότητα των επεμβατικές θεραπείες όπως η χειρουργική επέμβαση ή ακτινοβολίες [2]. Θεραπευτική παρέμβαση προσφέρεται σε πρώιμα σημάδια της εξέλιξης της νόσου. Πρόσφατα, η έρευνα των διατροφικών συνηθειών και του τρόπου ζωής παρεμβάσεις και άλλες στρατηγικές χημειοπροφύλαξης στη ρύθμιση της ενεργού επιτήρησης έχει αποκτήσει σημαντική αποδοχή [3]. Για παράδειγμα, η ομάδα μας ανέφερε πρόσφατα τα αποτελέσματα του πιλοτικού προγράμματος που περιλαμβάνει 30 άνδρες που υποβλήθηκαν σε τρίμηνη παρέμβαση δίαιτα vegan χαμηλής περιεκτικότητας σε λιπαρά και ολοκληρωμένη αλλαγές στον τρόπο ζωής [4]. Έκφραση προφίλ και ανάλυση μονοπάτι που προσδιορίζονται σημαντική προς τα κάτω ρύθμιση των γονιδίων που εμπλέκονται σε βιολογικές διαδικασίες που έχουν κρίσιμο ρόλο στην ογκογένεση.

Εργαστήριο και τα πειράματα σε ζώα παρέχουν αποδείξεις ότι το ιχθυέλαιο [5] και το λυκοπένιο [6] μπορεί να διαδραματίσει ένα προστατευτικό ρόλο στην ανάπτυξη του καρκίνου του προστάτη. Επιπλέον, επιδημιολογικές μελέτες έχουν δείξει ότι οι δίαιτες πλούσιες σε ψάρια και ντομάτες, τα οποία αποτελούν σημαντικές πηγές διαιτητικών ωμέγα-3 λιπαρών οξέων και λυκοπένιο, αντίστοιχα, συνδέονται με μια χαμηλότερη συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του προστάτη [7], [8], [9 ], [10], [11]. Εμείς (Chan JM) [12] έχουν αναφερθεί στο παρελθόν ότι η μεγαλύτερη πρόσληψη ψαριών και σάλτσα ντομάτας μετά τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη συσχετίστηκαν με μείωση του κινδύνου υποτροπής ή εξέλιξης του καρκίνου του προστάτη σε μία ομάδα από 1.202 επιζώντες του καρκίνου του προστάτη. Αν και αυτές οι μελέτες συνδέουν το λυκοπένιο και το ιχθυέλαιο με μειωμένη προστάτη κίνδυνο εξέλιξης του καρκίνου, οι μοριακοί μηχανισμοί δράσης αυτών των διαιτητικών παραγόντων δεν έχουν ακόμη διευκρινιστεί.

Για να κατανοήσουμε τις επιπτώσεις του λυκοπενίου και ιχθυελαίου για τη γονιδιακή έκφραση του προστάτη, πραγματοποιήσαμε μια τυχαιοποιημένη, διπλή-τυφλή, ελεγχόμενη με εικονικό φάρμακο κλινική μελέτη μεταξύ των ανδρών με καρκίνο του προστάτη που διαγνώστηκαν πρόσφατα, ευνοϊκές κινδύνου (ΑΝΔΡΙΚΗ ή Μοριακής Επιδράσεις Συμπληρώματα Διατροφής). Επιλέξιμες άνδρες τυχαιοποιήθηκαν να λάβουν εικονικό φάρμακο, το λυκοπένιο ή τα ψάρια συμπληρώματα πετρελαίου για τρεις μήνες. αρχική υποθέσεις της δίκης επικεντρώθηκε στην ποσοτική ανάλυση RT-PCR του

a priori

γονίδια ενδιαφέροντος (

IGF-1, IGF-1 R, COX-2

). Τα αποτελέσματα αυτής της ανάλυσης ήταν κυρίως άκυρη και έχουν αναφερθεί χωριστά [13]. Τώρα έκθεση σχετικά με την

a priori

δευτερογενή αποτελέσματα της παγκόσμιας γονιδιακής έκφρασης και της οδού αναλύσεις μορφολογικά φυσιολογικού ιστού του προστάτη πριν και μετά την παρέμβαση.

Μέθοδοι

Μελέτη

Ο σχεδιασμός της μελέτης και το σκεπτικό για mens έχει αναφερθεί στο παρελθόν [13]. Το πρωτόκολλο για αυτή τη δοκιμή και την υποστήριξη κατάλογος CONSORT είναι διαθέσιμα ως υποστηρικτικές πληροφορίες? βλέπε Λίστα ελέγχου S1 και το πρωτόκολλο S1. Εν συντομία, MENS ήταν τρία βραχίονα τυχαιοποιημένη, διπλά τυφλωμένη ελεγχόμενη με εικονικό φάρμακο 90 ημέρα κλινική δοκιμή του πετρελαίου και του λυκοπενίου συμπληρώματα ψάρι με κάθε σύγκριση με ένα εικονικό φάρμακο. Οι παρεμβάσεις αποτελούνταν από δύο κάψουλες λυκοπένης softgel 15 mg ημερησίως (LYC-O-Mato® δωρεά, LycoRed, Ισραήλ) ή τρεις κάψουλες λαδιού gm ψάρια 1 ημέρα (που περιελάμβανε 1098 mg εικοσαπεντανοϊκό (ΕΡΑ) και 549 mg δοκοσαεξανοϊκό (DHA) λιπαρά οξέα? κατασκευάζεται από την τέλεια πηγή, Fullerton, CA με δραστικό συστατικό δωρεά από τη Roche Vitamins, Parsippany, NJ). Το εικονικό φάρμακο χορηγήθηκε από τις αντίστοιχες εταιρίες των ενεργών χαπιών για το λυκοπένιο και το ιχθυέλαιο. Όλοι οι άνδρες είχαν επίσης ένα πρότυπο πολυβιταμινούχο (1 δισκίο /ημέρα, Dixon /Akyma) και έδωσε εντολή να απόσχουν από οποιαδήποτε άλλα είδη της βιταμίνης ή συμπληρώματα μετάλλων κατά τη διάρκεια των τριών μηνών από την παρέμβαση. επιλέγεται το λάδι και το λυκοπένιο δόσεις ψάρια με βάση τον ελάχιστο και μέγιστο εύρος στο οποίο προηγούμενες κλινικές δοκιμές είχαν παρατηρηθεί φυσιολογικές επιδράσεις και καθόλου τοξικότητα για το λυκοπένιο [14], [15], [16], [17], [18] [19 ] [7], [συμπλήρωση 20] και το ιχθυέλαιο [21], [22], [23], [24], [25], [26], [27]. Η διάρκεια παρέμβαση τριών μηνών επιλέχθηκε βασίζεται σε προηγούμενες μελέτες που ανέφεραν σχετικά με τις αλλαγές γονιδιακή έκφραση εντός τριών μηνών [15], [21], [28]? και βασίζεται σε διαβούλευση με τους τοπικούς υποστηρικτές του καρκίνου του προστάτη και ομάδες υποστήριξης που ενημέρωσε ότι οι περισσότεροι άνδρες θα προτιμούσαν να μην σταματήσει άλλα συμπληρώματα για περισσότερο από τρεις μήνες.

Baseline διατροφικών στοιχείων για τα ψάρια και ντομάτα κατανάλωσης για τη διαστρωμάτωση ( δηλαδή, περισσότερο από 4 μερίδες /προϊόντα τομάτας ημέρα = υψηλό? περισσότερο από 2 μερίδες /εβδομάδα ψάρι = υψηλό? σημεία αποκοπής με βάση τη δημοσιευμένη βιβλιογραφία [12]) με τους ασθενείς που τυχαιοποιήθηκαν μέσα από κάθε στρώμα για τον έλεγχο για πιθανή σύγχυση κατά τη σύγκριση της παρέμβασης όπλα. Η ακολουθία τυχαιοποίηση για την 4 η διατροφή στρώματα δημιουργήθηκε χρησιμοποιώντας nQuery Σύμβουλος με μέγεθος μπλοκ 9. Για κάθε στρώμα δημιουργήθηκε μια σειρά από τυχαία αναθέσεις και δίνεται στην έρευνα φαρμακοποιό. Όταν ένας ασθενής ήταν επιλέξιμη για τη μελέτη, ο συντονιστής της μελέτης σε επαφή με την έρευνα φαρμακοποιό να καθορίσει την ανάθεση βραχίονα μελέτη? η έρευνα φαρμακοποιός τότε παρέχονται τα συμπληρώματα (ή εικονικό φάρμακο) στον ασθενή. V.W (βιοστατιστικολόγο μελέτη) που παράγονται την τυχαία κατανομή ακολουθία, P.R.C. και άλλοι ερευνητές που συμμετέχουν ουρολόγος στο Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια στο Σαν Φρανσίσκο (UCSF) είναι εγγεγραμμένοι στους συμμετέχοντες. Όλοι οι συμμετέχοντες, συντονιστές της μελέτης και ερευνητές εκτός V.W. τυφλώθηκαν ως προς την ανάθεση παρέμβαση.

Πληθυσμός μελέτης και τα κριτήρια επιλεξιμότητας

Τα λεπτομερή κριτήρια ένταξης και αποκλεισμού έχουν αναφερθεί στο παρελθόν [13]. Εν συντομία, η μελέτη αυτή διεξήχθη μεταξύ των ανδρών με χαμηλό καρκίνο του βάρους του προστάτη που πληρούν τα ακόλουθα κριτήρια: ιστολογικά τεκμηριωμένο αδενοκαρκίνωμα του προστάτη? επεκταθεί βιοψία σχέδιο εντός δύο ετών από την εγγραφή μελέτη με Gleason άθροισμα 6 ή χαμηλότερη, και χωρίς μοτίβο 4 ή 5? όχι περισσότερο από 33% των πυρήνων θετική βιοψία για καρκίνο? και όχι περισσότερο από 50% του μήκους του πυρήνα του όγκου που εμπλέκονται με καρκίνωμα? τρία επίπεδα ορού PSA εκτελούνται τουλάχιστον 2 εβδομάδων κατά το παρελθόν έτος πριν την τυχαιοποίηση και όλα τα επίπεδα PSA & lt? = 10 ng /ml. δεδουλευμένη στόχος για αυτή τη μελέτη ήταν 97 άνδρες. Το μέγεθος του δείγματος βασίστηκε στην πρωτογενή μελέτη αποσκοπεί χρησιμοποιώντας το ακριβές τεστ του Fisher με ισχύ 81% για τη διερεύνηση της διαφοράς σε αναλογίες της αλλαγής της 3 μήνες σε συγκεκριμένα γονίδια ανάμεσα σε κάθε συμπλήρωμα και το σκέλος του εικονικού φαρμάκου. Όλοι οι άνδρες που προβλέπεται προφορική και γραπτή συγκατάθεση για τη συμμετοχή, και αυτή η μελέτη εγκρίθηκε τον Απρίλιο του 2003 από το Πρόγραμμα Προστασίας Έρευνας UCSF του Ανθρώπου, η οποία είναι Διοικητικού Institutional Review UCSF του.

Μελέτη αποτελέσματα

Το κύριο αποτέλεσμα της δοκιμής ήταν περιορισμένη για να αλλάξει σε 2 ειδικά γονίδια (

IGF-1 και COX-2

) και έχει αναφερθεί προηγουμένως [13]. Η παρούσα έκθεση παρέχει αποτελέσματα για το δευτερεύον, διερευνητική σκοπός, που ήταν να ερευνήσει τις μεταβολές στην παγκόσμια έκφραση γονιδίων και ρύθμιση των κανονικών μονοπατιών σε φυσιολογικό προστατικό ιστό μεταξύ βασικής γραμμής και 3 μήνας βιοψίες, και μεταξύ των ομάδων διατροφής κατά την έναρξη (βλέπε παρακάτω).

Επεξεργασία βιοψία

για να προμηθευτούν φρέσκο ​​ιστό για την ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης, τέσσερις 18-gauge πυρήνα βελόνα πυρήνα δείγματα βιοψίας συλλέχθηκαν από κάθε συμμετέχοντα κατά την έναρξη και κατά τη τρεις μήνες παρακολούθησης (τέλος της επέμβασης ).

RNA ενίσχυση και microarray Analysis

οι λεπτομέρειες της ενίσχυσης RNA και ανάλυση μικροσυστοιχιών έχει περιγραφεί προηγουμένως [4], [29]. Όλα τα δεδομένα είναι MIAME συμβατά, και η πρώτη δεδομένα έχει κατατεθεί στο GEO υπό υπερ-σειρά ένταξης # GSE27140.

ποιότητα Array, αφαίρεση της προκατάληψης αντιτύπων και τη διαφορική έκφραση ανάλυση

Για την αναγνώριση διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων μεταξύ ομάδων θεραπείας κατά την έναρξη, ένα γραμμικό μοντέλο ήταν κατάλληλο για κάθε γονίδιο εκφράζεται ως η αναλογία log2 ως μεταβλητή απόκρισης και το σκέλος αγωγής η ανεξάρτητη μεταβλητή, για ζεύγη βραχιόνων. συνθήκες διατροφής διαχωρίστηκαν μεταξύ τους (υψηλή έναντι χαμηλή για τα ψάρια ή κατανάλωση ντομάτας) για να δοκιμαστεί η σχέση μεταξύ της διατροφής με τη γονιδιακή έκφραση κατά την έναρξη. Για να συγκριθεί η επίδραση μετά από 3 μήνες μεταξύ κάθε συμπλήρωμα και το εικονικό φάρμακο, η διαφορά στις αναλογίες log2 για κάθε γονίδιο μεταξύ των δύο χρονικά σημεία (βασική γραμμή και μήνες 3) χρησιμοποιήθηκε ως η μεταβλητή απόκρισης. Οι τιμές πιθανότητας ρυθμίστηκαν με τον έλεγχο του ρυθμού ψευδών ανακάλυψη [30]. Μια αλλαγή στην έκφραση γονιδίου προσδιορίστηκε ως σημαντικός εάν ο ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη ήταν μικρότερη από 0,05, πράγμα που σημαίνει ότι λιγότερο από το 5% των ψευδών ευρημάτων θα αναμενόταν μεταξύ των γονιδίων που δηλώνονται να εκφράζονται διαφορικά. Ο αριθμός των δοκιμών (πολλαπλές συγκρίσεις) εκτελείται ήταν 39.347, ίσο με τον αριθμό των ανιχνευτών cDNA στο μικροσυστοιχίας. Όλα τα γραμμικά μοντέλα ταιριάζουν με το πακέτο limma [31], [32] σε Bioconductor.

Ανάλυση Διαδρομή Canonical

Ένας πίνακας που περιέχει 39.347 ανιχνευτές cDNA και αντίστοιχες τιμές ID ένταξη Genbank και την έκφραση τους ( αλλαγή φορές και μη διορθωμένη p-value) έχουν φορτωθεί σε Ingenuity Pathways Ανάλυση (ΜΠΒ), το λογισμικό (Ingenuity Systems, Redwood City, CA). ΙΡΑ ήταν σε θέση να χαρτογραφήσουν 20490 αναγνωριστικά ένταξη Genbank σε γονίδια (ή μόρια) που υπάρχουν στη βάση δεδομένων του. IPA τότε αποδίδεται περιγραφές γονίδιο οντολογία της βιολογικής λειτουργίας και δημιουργούνται δίκτυα των αλληλεπιδράσεων γονιδίων με βάση τις πληροφορίες που ανακτώνται από τη βάση δεδομένων της βιβλιογραφίας του λογισμικού. Γονίδια που συνάντησε το cut-off (συζητήθηκε στο τμήμα αποτελεσμάτων) συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση μονοπάτι. Η Canonical ανάλυση οδούς που εντοπίστηκαν τα σημαντικά μονοπάτια από τη βιβλιοθήκη Ingenuity Pathways Ανάλυση των κανονικών μονοπατιών που αντανακλούσε την έκφραση του γονιδίου σε αυτό το σύνολο δεδομένων. ακριβής δοκιμασία του Fisher χρησιμοποιήθηκε για να υπολογίσει μια τιμή πιθανότητας που έδειξε την συσχέτιση μεταξύ κάθε γονίδιο στο σύνολο δεδομένων και την κανονική οδό. Μια τιμή πιθανότητας ≤0.05 επιλέχθηκε για να δείξει μια στατιστικά σημαντική υπερ-εκπροσώπηση των μορίων στο πείραμά μας, σε σύγκριση με επιμελημένες μονοπάτι.

Αποτελέσματα

Τα χαρακτηριστικά των ασθενών

Είμαστε εγγεγραμμένοι 97 άνδρες (δεδουλευμένη στόχο) από τον Οκτώβριο του 2003 και τον Δεκέμβριο του 2007. Βασική κλινικά και δημογραφικά στοιχεία της κλάσης ασθενών είχαν προηγουμένως περιγραφεί λεπτομερώς [13]. Δεκατρείς (13) συμμετέχοντες είχαν αποκλειστεί λόγω μη επιλεξιμότητας (n = 5), την εθελοντική απόσυρση (n = 3), την εξέλιξη της νόσου (n = 4), ή παραβίαση του πρωτοκόλλου (n = 1). Οι υπόλοιποι 84 συμμετέχοντες που αποτελείται το δείγμα της μελέτης για ανάλυση.

Ιστός όγκου απόδοση

Τέσσερις βασικές βιοψίες συλλέχθηκαν από κάθε μια από τις 84 ασθενείς κατά την έναρξη και στους 3 μήνες. Δύο από τα τέσσερα δοκίμια για κάθε ασθενή ελήφθησαν από την περιοχή (ες) που περιέχει καρκινικά ως διαγνωστεί προηγουμένως και τα υπόλοιπα δύο λήφθηκαν από την περιοχή (ες) χωρίς εμπλοκή. Από το σύνολο των 168 βιοψίες που ελήφθησαν από περιοχές με τη συμμετοχή των όγκων, μόνο το 20% περιείχε όγκου, δηλαδή 35 (20,8%) την έναρξη βιοψία πυρήνες από 26 ασθενείς και 30 (17,9%) 3-μηνών βιοψία πυρήνες από 23 ασθενείς. Όπως ήταν αναμενόμενο, η απόδοση του όγκου χαμηλής δόθηκε αρχικά κριτήρια επιλεξιμότητας του ασθενούς. Ανά πριν από τις υποθέσεις μας, η έκφραση του γονιδίου αναλύσεις επικεντρώθηκαν σε δεδομένα μικροσυστοιχιών από μορφολογικά φυσιολογικά δείγματα ιστού του προστάτη για όλους τους 84 ασθενείς.

δεδομένα μικροσυστοιχιών και της ποιότητας αξιολόγησης

Μια τυποποιημένη ποιοτική αξιολόγηση της ποιότητας σειρά διεξήχθη χρησιμοποιώντας το πακέτο Bioconductor arrayQuality [33]. Επειδή ένας ασθενής μπορεί να έχει δείγματα σε 2 έως 4 συστοιχίες τόσο στη γραμμή αναφοράς και 3 μήνες, μια σειρά με τα καλύτερα ποιοτικά μέτρα για κάθε χρονικό σημείο επιλέχθηκε. Ένα σύνολο 84 ζευγών που αντιπροσωπεύει ένα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης βάσης και τρεις μήνες από κάθε ασθενή υποβλήθηκαν σε ολική κανονικοποίηση και ανάλυση διαφορικής έκφρασης.

Δεδομένου ότι οι μικροσυστοιχίες cDNA τυπώθηκαν σε 7 παρτίδες άνω των 3 ετών, το αποτέλεσμα της εκτύπωσης παρτίδα διερευνηθεί. Χωρίς επίβλεψη ιεραρχική συσταδοποίηση αποκάλυψε ότι τα δείγματα υβριδίστηκαν με μικροσυστοιχίες από την ίδια παρτίδα εκτύπωσης συγκεντρωμένα. Μια προσπάθεια να αφαιρέσετε την παρτίδα εκτύπωσης υπολειμματική (βλέπε Μέθοδοι S1) δεν ήταν απολύτως επιτυχής, αν και μια σημαντική βελτίωση παρατηρήθηκε (Σχήμα S1). Αξίζει να σημειωθεί ότι τα δείγματα δεν του συμπλέγματος που βασίζεται σε σκέλη θεραπείας ή χρονικό σημείο (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Για να επαληθεύσετε την ποιότητα των δεδομένων μικροσυστοιχιών, συγκρίναμε την έκφραση βασική γονιδίου από μορφολογικά φυσιολογικό ιστό με τις διαθέσιμες συμφωνημένα ιστό του όγκου από 10 ασθενείς. ανάλυση Διαφορική έκφραση αποκάλυψε γονίδια που έχουν αναφερθεί στο παρελθόν να είναι μέχρι ρυθμίζεται στον καρκίνο του προστάτη, π.χ. HPN [34] και AMACR [35] (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Για να προσδιοριστεί η συγκρισιμότητα των βραχιόνων μελέτη, τα βασικά προφίλ γονιδιακής έκφρασης για τις ομάδες συμπλήρωση, το λυκοπένιο (n = 29) και το ιχθυέλαιο (n = 27) , το καθένα σε σύγκριση με την ομάδα του εικονικού φαρμάκου (n = 28). Διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια δεν ανιχνεύθηκαν, υποδεικνύοντας ότι η έκφραση του γονιδίου βασικής γραμμής σε όλες τις ομάδες παρέμβασης και του εικονικού φαρμάκου δεν ήταν σημαντικά διαφορετικές. Όπως έχει ήδη αναφερθεί, δημογραφικά και κλινικά χαρακτηριστικά ήταν επίσης παρόμοια στα σκέλη θεραπείας [13]

Ψάρια και η κατανάλωση ντομάτας:. Γονιδιακής έκφρασης βασική γραμμή και πορεία ανάλυσης

Πριν από την τυχαιοποίηση, οι ασθενείς κατανεμήθηκαν με βάση στην αυτο-αναφερθεί η κατανάλωση ψαριών και ντομάτα (δηλαδή, υψηλής ψάρια (n = 26), χαμηλή ψάρια (n = 58)? και υψηλή ντομάτας (n = 49) και χαμηλή ντομάτας (n = 35)). Σύγκριση της βασικής γραμμής προφίλ γονιδιακής έκφρασης μεταξύ των διαφορετικών ομάδων θρεπτικών συστατικών δεν αποκάλυψε διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων μετά από προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις

Επειδή δεν υπάρχει επιμέρους γονίδιο συναντήθηκε με τον κατώτατο όριο για την στατιστική σημαντικότητα (προσαρμοσμένη τιμή p & lt? 0,05)., Ερευνήσαμε το δυναμικό βιολογικές πληροφορίες που περιέχονται στους καταλόγους των γονιδίων που έδειξε τη μεγαλύτερη διαφορά μεταξύ των ομάδων που συγκρίνονται [36]. Σε αυτή τη μελέτη, εμείς επιλέξαμε την μη διορθωμένη τιμή ρ (όχι διορθωμένη για πολλαπλές συγκρίσεις) ως μέσο για την κατάταξη των γονιδίων από πάνω προς τα κάτω δηλαδή, εκείνων που βρίσκονται στην κορυφή είναι οι πιο διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων μεταξύ δύο ομάδων. Στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκε το όριο (μη προσαρμοσμένη τιμή-p ≤0.05) για να επιλέξετε τα κορυφαία γονίδια που πρέπει να περιλαμβάνονται στην ανάλυση μονοπάτι. Για παράδειγμα, εφαρμόζοντας το όριο στα γονίδια rank-διέταξε συνδέονται με την αυτο-αναφερόμενη υψηλή διαιτητική κατανάλωση ντομάτας ή ψάρι απέδωσε 482 και 192 κορυφαία γονίδια, αντίστοιχα (Πίνακες S1 και S2). Κάθε μία από αυτές τις λίστες των γονιδίων στη συνέχεια χρησιμοποιούνται χωριστά ως είσοδος για την ανάλυση της οδού μέσω του ΜΠΒ. Τα αποτελέσματα της ανάλυσης κανονικής οδού αποκάλυψε αρκετά ενδιαφέροντα οδούς που μπορεί να συνδέονται με υψηλή διαιτητική κατανάλωση ντομάτας ή ψάρι (Πίνακες 1 και 2). Για παράδειγμα, το δοκοσαεξανοϊκό οξύ (DHA) και σηματοδότησης των υποδοχέων της ινσουλίνης διαμορφώνονται μεταξύ των ανδρών με υψηλή κατανάλωση ψαριών σε σχέση με τους άνδρες που κατανάλωναν λιγότερα ψάρια. υψηλή κατανάλωση ντομάτας αποκάλυψε τη διαμόρφωση των γονιδίων που εμπλέκονται στο μεταβολισμό selenoamino οξύ. Επιπλέον, ανδρογόνων και μεταβολισμό των οιστρογόνων και οι δύο διαμορφώνονται μεταξύ των ανδρών που έτρωγαν τακτικά περισσότερα ψάρια και τις ντομάτες σε σχέση με τους άνδρες που κατανάλωναν λιγότερο

Η

Το λυκοπένιο ή συμπληρώματα ιχθυελαίου:. Γονιδιακής έκφρασης και ανάλυση μονοπάτι

για να διερευνηθεί η επίδραση του λυκοπενίου ή ψάρια συμπληρώματα πετρελαίου στον προστάτη, η μεταβολή στην έκφραση από άνδρες που πήραν το λυκοπένιο ή τα ψάρια συμπληρώματα πετρελαίου σε σύγκριση με τους άνδρες στην ομάδα του εικονικού φαρμάκου. Μετά τη διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές, κανένα μεμονωμένο γονίδιο συναντήθηκε με τον κατώτατο όριο για την στατιστική σημαντικότητα (προσαρμοσμένη τιμή p ≤0.05).

Παρόμοια με την προσέγγιση που περιγράφεται παραπάνω, θα εφαρμοστεί το cut-off (μη διορθωμένη τιμή p ≤0.05 ) στα γονίδια rank-διέταξε σχετίζεται με το λυκοπένιο ή ψάρια συμπληρώματα πετρελαίου. Για να αυξηθεί η αυστηρότητα της ανάλυσης, συμπεριλάβαμε μόνο γονίδια που είχαν ≥1.5 φορές αλλαγή σε σύγκριση με το εικονικό φάρμακο. Χρησιμοποιώντας αυτά τα όρια, 57 και 80 γονίδια (Πίνακες S3 και S4) για το λυκοπένιο και το ιχθυέλαιο, αντίστοιχα, συμπεριλήφθηκαν για ανάλυση μονοπατιού. Τα αποτελέσματα της ανάλυσης κανονικών μονοπάτι αποκάλυψε τη ρύθμιση του μεταβολισμού του αραχιδονικού οξέος στο σκέλος ιχθυέλαιο (p = 0.01) σε σύγκριση με το εικονικό φάρμακο? ενώ

Nrf2

μεσολάβηση οξειδωτική αντίδραση παρατηρήθηκε και στα δύο σκέλη συμπλήρωμα όταν κάθε συγκρίθηκε με το εικονικό φάρμακο (p = 0.01, ιχθυέλαιο? p = 0.001, το λυκοπένιο? Πίνακας 3 και 4)

Η.

Συζήτηση

Οι MENS (Μοριακή Επιδράσεις Συμπληρώματα Διατροφής) μελέτη ήταν μια διπλή τυφλή τυχαιοποιημένη κλινική μελέτη ελεγχόμενη με εικονικό φάρμακο που αναπτύχθηκε με βάση την επιδημιολογική και κλινική απόδειξη που συνδέονται με το λυκοπένιο και το ιχθυέλαιο με μειωμένη συχνότητα εμφάνισης καρκίνου του προστάτη και της εξέλιξης [10], [11], [12]. Αυτή η δοκιμή απέδειξε τη σκοπιμότητα και την ασφάλεια της μελέτης των επιπτώσεων των συμπληρωμάτων διατροφής για την έκφραση του γονιδίου προστάτη σε άνδρες με καρκίνο του προστάτη χαμηλού κινδύνου επιλέγουν για ενεργό παρακολούθηση. Επιπλέον, αυτή η μελέτη παρείχε περαιτέρω αποδείξεις ότι η ενεργός επιτήρηση μπορεί να προσφέρει ένα μοναδικό παράθυρο ευκαιρίας για τη διερεύνηση δυνητικούς παράγοντες προφύλαξης [37], [38]. Άλλες μελέτες συμπεριλαμβανομένων των Ανδρών Διατροφή και Living Μελέτη (Διατροφή) παρέχουν επίσης σημαντικά στοιχεία σχετικά με τη σκοπιμότητα της εφαρμογής κλινικών δοκιμών της διατροφικής παρέμβασης σε άνδρες με καρκίνο του προστάτη χαμηλού κινδύνου [4], [15], [39], [40], [ ,,,0],41].

Εμείς εξέτασε τη σχέση μεταξύ των προτύπων έκφρασης γονιδίων βασική και την αυτο-αναφερόμενη διαιτητικά επίπεδα πρόσληψης ψαριών και ντομάτα, και μελέτησε τις επιδράσεις των βραχυπρόθεσμων λυκοπένιο ή τα ψάρια συμπληρώματα πετρελαίου για την αλλαγή στην έκφραση του γονιδίου του προστάτη . Λαμβάνοντας υπόψη την προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις που απαιτούνται για την ανάλυση μικροσυστοιχιών, οι δύο αναλύσεις δεν έδωσαν ατομική γονίδιο που εκφράζεται διαφορικά. Αυτά τα αποτελέσματα υποδηλώνουν ότι δεν υπήρχαν διαφορές μεταξύ των ομάδων σε σχέση, ή ότι οι αλλαγές στην έκφραση ήταν πολύ λεπτές για να ανιχνευθούν δοθεί ένα όριο. Μέτρια μεταβολές στην έκφραση γονιδίων είναι δύσκολο να διακριθεί από το θόρυβο ιδιαίτερα όταν υπάρχει ένας μεγάλος αριθμός γονιδίων που δοκιμάστηκαν, περιορισμένη δείγματα και υψηλή μεταβλητότητα μεταξύ των ατόμων [42]. Επιπλέον, πιθανές αλλαγές στη γονιδιακή έκφραση μπορεί να έχει μετριαστεί από ένα συνδυασμό βιολογικών και τεχνικών παραγόντων που περιλαμβάνουν: 1) τη δοσολογία και τυποποίηση του λυκοπενίου και ιχθυελαίου χορηγούνται στη μελέτη μας δεν είχε την ικανότητα να προκαλούν αλλαγές στη γονιδιακή έκφραση? 2) η περίοδος παρέμβασης τριών μηνών μπορεί να ήταν πολύ μικρή? 3) η μεταβλητότητα οφείλεται σε δίαιτες διαφορετικών συμμετεχόντων? 4) ανιχνεύσιμες αλλαγές στη γονιδιακή έκφραση μπορεί να έχει συμβεί σε όγκους, αλλά δεν ήταν διαθέσιμες για ανάλυση? 5) το μέγεθος του δείγματος ήταν σχετικά μικρές και 6) ο θόρυβος εγγενής στην τεχνολογία cDNA μικροσυστοιχιών (π.χ. εκτύπωση παρτίδα δράση) μπορεί να έχουν καλυφθεί τα σχετικά ανεπαίσθητες επιδράσεις στη γονιδιακή έκφραση.

Παρά το γεγονός ότι κανένα άτομο γονίδιο ήταν σημαντικά ταυτίζεται με είτε αρχικά επίπεδα πρόσληψης ή αλλαγή με τη συμπλήρωση λυκοπένιο ή το ιχθυέλαιο, έχουμε ακόμη διερευνηθεί δεδομένων γονιδιακής έκφρασης του προστάτη μας για τις πιθανές βιολογικές ενδείξεις εκτελώντας μονοπάτι αναλύσεις των γονιδίων (χωρίς προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις), που έδειξαν τις μεγαλύτερες διαφορές μεταξύ των ομάδων σε σχέση [36]. Η μη διορθωμένη τιμή p υπολογίζεται για κάθε γονίδιο χρησιμοποιήθηκε για να παραγγείλετε και να επιλέξετε κορυφαία γονίδια κατάταξης για τις αναλύσεις της οδού. Η Canonical οδός αναλύσεις (σε IPA) αποκάλυψε υποψήφια μονοπάτια που σχετίζονται με την υψηλή διαιτητική πρόσληψη της ντομάτας ή ψαριών κατά την έναρξη όσο και ανεπαίσθητες αλλαγές της γονιδιακής έκφρασης μετά τη συμπλήρωση λυκοπένιο και ιχθυελαίου. Αυτές οι αναλύσεις έγιναν για τον εντοπισμό δυνητικών γονίδια για μελλοντική μελέτη, π.χ., RT-PCR των επιλεγμένων γονιδίων σε υποψήφια μονοπάτια διαμορφωμένα από διαιτητικές ή συμπλήρωση αυτών των μικροθρεπτικών συστατικών.

Παρατηρήσαμε ότι η υψηλή πρόσληψη ψαριών διαμορφωμένο γονίδια που εμπλέκονται σε μεταβολικές οδών, συμπεριλαμβανομένου του μεταβολισμού ορμόνη C21-στεροειδών και σηματοδότηση υποδοχέα ινσουλίνης στο φυσιολογικό ιστό προστάτη. Για το καλύτερο της γνώσης μας, συσχετίσεις μεταξύ της πρόσληψης ψαριών και το μεταβολισμό των στεροειδών ορμονών ή τον υποδοχέα ινσουλίνης σηματοδότηση στον προστάτη δεν έχουν αναφερθεί. Ωστόσο, η διαμόρφωση του δοκοσαεξανοϊκό οξύ σηματοδότησης (DHA) έχει νόημα ως DHA είναι ένα σημαντικό συστατικό του ιχθυελαίου. Μελέτες έχουν δείξει ότι το DHA αναστέλλει την ανάπτυξη των καρκινικών κυττάρων του προστάτη [43] και μπορεί να ενισχύσει την αποτελεσματικότητα των ταξανίων, και, ενδεχομένως, άλλα φάρμακα, όπως αναστολείς COX-2 [44], [45]. Επιπλέον, παρατηρήσαμε ότι η συμπλήρωση ιχθυελαίου διαμορφωμένου γονίδια που εμπλέκονται στο μεταβολισμό του αραχιδονικού οξέος.

In vivo

και

in vitro

πειραματικές μελέτες έχουν υποδείξει ότι το αραχιδονικό οξύ, ένα ωμέγα-6 λιπαρό οξύ, παίζει ένα ρόλο στην διέγερση των γονιδίων πολλαπλασιασμού που μπορεί να οδηγήσουν σε καρκίνο του προστάτη [46] . Μείωση αναλογία ωμέγα-6:omega-3 λιπαρό οξύ με αυξημένη πρόσληψη τροφίμων πλούσιων σε ωμέγα-3 λιπαρά οξέα (όπως ψάρια) και ίσως με συμπλήρωση ιχθυελαίου μπορεί να έχει ανασταλτικές επιδράσεις επί του καρκίνου του προστάτη, όπως καταδεικνύεται σε κυτταρικές σειρές και ξενομοσχεύματα [5 ], [12], [21], [46], [47], [48].

Selenoamino οξύ οδός μεταβολισμού του ήταν διαμορφωμένο σε άνδρες που είχαν υψηλή κατανάλωση ντομάτας. Οι Selenoamino οξέα υποτίθεται να είναι υπεύθυνοι για τις αντικαρκινικές ιδιότητες των ενώσεων σεληνίου [49]. Για παράδειγμα, σεληνο-μεθειονίνη επιλεκτικά προκαλούμενη αναστολή ανάπτυξης και απόπτωσης σε καρκινικά κύτταρα του προστάτη αλλά όχι σε φυσιολογικά κύτταρα [50], σύμφωνα με ορισμένες από τις παρατήρησης επιδημιολογικά δεδομένα υποδηλώνουν ότι το σελήνιο μπορεί να εμποδίσει τον καρκίνο του προστάτη. Αξίζει να σημειωθεί ότι τα συμπληρώματα σεληνίου δεν συσχετίστηκε με μείωση στην επίπτωση του καρκίνου του προστάτη σε Ε πρόληψη του καρκίνου Δίκη του σελήνιο και η βιταμίνη (SELECT) [51]. Παρατηρήσαμε επίσης ότι τα συμπληρώματα λυκοπένιο διαμορφωμένο μονοπάτια σηματοδότησης, συμπεριλαμβανομένων απόπτωση και σηματοδότηση του κεραμιδιού. Ceramide είναι μια οικογένεια λιπιδικών μορίων που προάγουν την απόπτωση και διακοπή του κυτταρικού κύκλου [52]. Απευθείας συσχετίσεις μεταξύ λυκοπενίου και σηματοδότηση κηραμιδίου δεν έχουν αναφερθεί, ωστόσο, αποπτωτικά αποτελέσματα του λυκοπενίου έχουν τεκμηριωθεί σε δύο ξενομοσχεύματα και κυτταρικές σειρές καρκίνου [53], [54], [55]. Είναι ενδιαφέρον ότι, η διαμόρφωση του μεταβολισμού ανδρογόνων και οιστρογόνων παρατηρήθηκε σε άνδρες με υψηλή κατανάλωση ψαριών και ντομάτες. Πολλοί διαιτητικοί παράγοντες, μεταξύ των οποίων μια διατροφή λιπαρών οξέων υψηλής ωμέγα-3, έχουν τεκμηριωθεί σε επηρεάσει τα επίπεδα ανδρογόνων ή οιστρογόνων [56].

Το

Nrf2

μεσολάβηση της οδού οξειδωτική αντίδραση στο στρες παρατηρήθηκε σε να διαμορφωθεί τόσο από το λυκοπένιο και το συμπλήρωμα ιχθυελαίου έναντι του εικονικού φαρμάκου. Μελέτες σε ποντίκια έχουν δείξει ότι η απώλεια του

Nrf2

λειτουργία συσχετίζεται με αυξημένη αντιδραστικά είδη οξυγόνου και βλάβες του DNA που οδηγεί στη μετατροπή του φυσιολογικού ιστού προστάτη [57]. Επιπλέον, μια μελέτη σε νοκ-άουτ ποντίκια αποκάλυψε σχέση μεταξύ των χημειοπροληπτικές επιπτώσεις της ισοφλαβόνες σόγιας και ο ρόλος του

Nrf2

στη διαμόρφωση μονοπατιών σηματοδότησης που εμπλέκονται στην πρόληψη του καρκίνου του προστάτη [58]. Πρόσφατες μελέτες έχουν δείξει ότι άλλα τρόφιμα που βασίζονται ή φαρμακολογικές ενώσεις ασκούν επίσης χημειοπροληπτική δράση τους μέσω του

Nfr2

μονοπάτι σηματοδότησης με διαμεσολάβηση αυξημένη δραστηριότητα των κυτταροπροστατευτικών ενζύμων, π.χ. φάση ΙΙ αποτοξίνωσης και αντιοξειδωτικά ένζυμα [59], [60], [61], [62]. Στο σύνολό τους, η διαμόρφωση του

Nrf2

μονοπάτι σηματοδότησης μπορεί να είναι ένα σημαντικό μοριακό μηχανισμό που εμπλέκονται στην χημειοπροφύλαξη από διάφορους παράγοντες, συμπεριλαμβανομένων λυκοπένιο και το ιχθυέλαιο. Οι παρεμβάσεις που στοχεύουν το

Nrf2

οδός μπορεί να προσφέρει μια πολλά υποσχόμενη στρατηγική για χημειοπροφύλαξη.

Εξερευνώντας τα κορυφαία γονίδια (τα περισσότερα διαφορικά εκφρασμένων) επιλέγεται μετά την εφαρμογή καθορίζονται cut-offs αποκάλυψε ενδιαφέροντα αποτελέσματα. Για παράδειγμα,

KLK3

(γνωστός και ως ειδικό προστατικό αντιγόνο ή PSA) ήταν μέχρι ρυθμίζεται με το χέρι λυκοπένιο (6,2 φορές αλλαγή) σε σύγκριση με την ομάδα του εικονικού φαρμάκου (Πίνακας S3), ενώ

KLK3

ήταν κάτω ρυθμίζονται (-2,5 φορές μεταβολής) σε άνδρες που είχαν υψηλή κατανάλωση ψαριών κατά την έναρξη σε σύγκριση με τους άνδρες που κατανάλωναν λιγότερα ψάρια (Πίνακας S2). Αξίζει να σημειωθεί ότι,

IGF1

ήταν κάτω ρυθμίζονται στο βραχίονα ιχθυέλαιο (-1.5 φορές μεταβολής) σε σύγκριση με την ομάδα του εικονικού φαρμάκου (Πίνακας S4). Down ρύθμιση του

IGF1

δεν παρατηρήθηκε στο σκέλος λυκοπένιο. Ενώ προκλητική, πρέπει να δοθεί προσοχή κατά την ερμηνεία των αποτελεσμάτων αυτών δεδομένου ότι αυτά τα γονίδια δεν ήταν σημαντική μετά από προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις.

Εκτός από

Nrf2

μεσολάβηση οξειδωτική αντίδραση στο στρες, καμία από τις οδούς που εντοπίστηκαν μετά συμπλήρωση επικαλύπτονται με τις οδούς που εντοπίστηκαν κατά την έναρξη. Είναι ενδιαφέρον, υπάρχουν σε εξέλιξη συζητήσεις, [63] αν λήψη θρεπτικών συστατικών από ολόκληρο το τρόφιμο έχει τις ίδιες επιπτώσεις στην υγεία, όπως τα συμπληρώματα. Εκτός από το λυκοπένιο και ιχθυελαίου (DHA /EPA), άλλα φυσικά θρεπτικά συστατικά σε ολόκληρες τομάτες (π.χ. άλλα καροτενοειδή) [64] και τα ψάρια (π.χ. άλφα-λινολενικό οξύ) μπορεί επίσης να είναι σημαντική για τις θετικές επιδράσεις στην υγεία από αυτά τα τρόφιμα. Ωστόσο, οι ερμηνείες που κατασκευάζεται από τη σύγκριση των αποτελεσμάτων μεταξύ της ανάλυσης της βασικής γραμμής και συμπλήρωση ομάδες σε αυτή τη μελέτη θα πρέπει να γίνεται με προσοχή, διότι η αρχική τιμή και η παρέμβαση αναλύσεις είχαν αρχικά σχεδιαστεί για τη μέτρηση διαφορετικά αποτελέσματα.

Πρόσφατες έρευνες στην εξατομικευμένη διατροφή έχει απέδειξαν ότι οι θρεπτικές ουσίες μπορούν να αλληλεπιδράσουν με γενοτυπικών και φαινοτυπικών υπόβαθρο ενός ατόμου [65], [66]. Για παράδειγμα, τα συμπληρώματα μπορούν να επηρεάσουν την έκφραση του γονιδίου σε διαφορετικές κατευθύνσεις (δηλαδή ανάντη ή προς τα κάτω ρύθμιση), ανάλογα με το γονότυπο /φαινότυπο του ατόμου. Επιπλέον, τα θρεπτικά συστατικά μπορούν να παράγουν διαφορετικούς φαινοτύπους σε ασθενείς με διαφορετικούς γονότυπους. Ένα αλληλόμορφο του κυτοχρώματος Ρ450, για παράδειγμα, μπορεί να μεταβολίζουν ένα διατροφικό υπόστρωμα σε ένα βιοενεργό μορφή, σε αντίθεση με ένα άλλο αλληλόμορφο που παράγει ένα ανενεργό μεταβολίτη [67]. Ως εκ τούτου, η μεταβλητότητα μεταξύ των ασθενών μπορούν να ακυρώσουν τα αποτελέσματα των διατροφικών παραγόντων, αν αναλυθεί σε παγκόσμιο επίπεδο, με αποτέλεσμα ένα μη ανιχνεύσιμο καθαρή μεταβολή. Καθώς τα περισσότερα παραδείγματα των αλληλεπιδράσεων διατροφής-γονίδιο που ανακαλύφθηκε, αυξημένη ισχύ και την πολυπλοκότητα των κλινικών δοκιμών θα καταστεί δυνατή.

Μια πιο πρόσφατη έκθεση από την Δίκη πρόληψη του καρκίνου σελήνιο και η βιταμίνη Ε (SELECT) έδειξε το κελί και ειδική ιστού επιδράσεις του σεληνίου και βιταμίνης Ε στην γονιδιακή έκφραση πρωτεΐνης στον προστάτη [68]. Ανίχνευσαν διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια (σε σχέση με την ομάδα του εικονικού φαρμάκου) σε άνδρες που έπαιρναν σελήνιο ή βιταμίνη Ε ή σε συνδυασμό, μόνο όταν ελήφθη κυτταρικό τύπο (φυσιολογικό επιθήλιο, στρώμα ή όγκου) υπόψη. Στη μελέτη MENS, μορφολογικά φυσιολογικό ιστό που χρησιμοποιείται για την έκφραση του γονιδίου που περιέχεται τόσο στρώμα και φυσιολογικό επιθήλιο? ως εκ τούτου, τον τύπο κυττάρου ειδική ανάλυση δεν ήταν δυνατή.

Αν και διαφορική ανάλυση της έκφρασης δεν ανίχνευσε σημαντική μεμονωμένα γονίδια, διερευνητική ανάλυση μας αποκάλυψε υποψήφιος

in vivo

οδούς που μπορεί να διαμορφωθεί από τις διατροφικές ψάρια και ντομάτα πρόσληψη ή με το λυκοπένιο και τα ψάρια συμπληρώματα πετρελαίου. Η μελέτη μας παρέχει μια πλατφόρμα για τη διερεύνηση της βιοδραστικότητας και τη συνάφεια των θρεπτικών ουσιών στον καρκίνο του προστάτη. Κατανόηση μοριακούς μηχανισμούς με τους οποίους τα μικροθρεπτικά συστατικά επηρεάζουν την έκφραση του γονιδίου θα έχει μεγάλη επίδραση στην ανάπτυξη στρατηγικών πρόληψης και θεραπείας του καρκίνου του προστάτη, ειδικά για τους άνδρες εκλογή ενεργό επιτήρηση. Τέλος, οι βελτιώσεις στην ενίσχυση εμπορικών RNA, πλατφόρμες ολιγονουκλεοτιδίων μικροσυστοιχιών, τη δραστικότητα και μεγαλύτερες περιόδους παρέμβασης είναι σημαντικοί παράγοντες για να εξετάσει κατά την εκτέλεση των μελετών γονιδιακής έκφρασης για τους παράγοντες που έχουν ανεπαίσθητες επιδράσεις στον ανθρώπινο μεταγραφικό.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

δείγματα υβριδίστηκαν με 7 διαφορετικές παρτίδες τυπωμένα μικροσυστοιχίες cDNA (# 11, 12, 14, 17, 18, 19 και 20). Εκτύπωση τρέξιμο επίδραση που ελέγχεται από την τοποθέτηση ενός γραμμικού μοντέλου με αναλογία log2 όπως ανταπόκριση και αποτέλεσμα της παρτίδας ως επεξηγηματική μεταβλητή και χρησιμοποιώντας τα υπολείμματα από την προσαρμογή για περαιτέρω αναλύσεις

doi:. 10.1371 /journal.pone.0024004.s001

( DOC)

πίνακα S1.