Αφηρημένο

Εισαγωγή

καρκίνος του παχέος εντέρου είναι μια κοινή κακοήθεια. Ταυτοποίηση των γενετικών δεικτών πρόγνωσης μπορεί να βοηθήσει προγνωστική εκτιμήσεις σε καρκίνο του παχέος εντέρου. Γονίδια που ρυθμίζουν απόκριση στην υποξία και άλλα γονίδια που ρυθμίζονται υπό τις συνθήκες υποξίας έχουν δειχθεί ότι παίζουν ρόλους στην πρόοδο του καρκίνου. Σε αυτή τη μελέτη, υποθέσαμε ότι οι γενετικές παραλλαγές στα γονίδια οδού υποξία συσχετίστηκαν με τον κίνδυνο έκβαση σε ασθενείς με καρκίνο του παχέος.

Μέθοδοι

Αυτή η μελέτη πραγματοποιήθηκε σε δύο φάσεις. Στην πρώτη φάση, 49 SNPs από έξι γονίδια υποξία οδού (

HIF1A

,

HIF1B

,

HIF2A

,

LOX

,

ΠΔΠ

και

CXCL12

) σε 272 ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου αναλύθηκαν. Στη δεύτερη φάση, 77 SNPs από επτά γονίδια υποξία οδού (

HIF1A

,

HIF1B

,

HIF2A

,

HIF2B

,

HIF3A

,

LOX

και

CXCL12

) αναλύθηκαν σε μια πρόσθετη ομάδα των 535 ασθενών. Kaplan Meier, Cox αναλύσεις μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική παλινδρόμησης πραγματοποιήθηκαν για να αναλύσει τη σχέση μεταξύ της SNPs και τη συνολική επιβίωση (OS), ασθένεια ελεύθερη επιβίωση (DFS) ή ειδικά για τη νόσο επιβίωση (DSS). Δεδομένου ότι αυτό ήταν μια μελέτη υπόθεση ροών, εφαρμόστηκε καμία διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές.

Αποτελέσματα

Στη φάση Ι, ένα SNP (

HIF2A

rs11125070) βρέθηκε να είναι που συνδέονται με την DFS στην πολυπαραγοντική ανάλυση? ακόμα ένωση ενός proxy πολυμορφισμού (

HIF2A

rs4953342) δεν ανιχνεύθηκε στην ομάδα ασθενών φάσης ΙΙ. Στη φάση ΙΙ, οι ενώσεις των δύο SNPs (

HIF2A

rs4953352 και

HIF2B

rs12593988) ήταν σημαντική τόσο OS και DFS πολυπαραγοντική ανάλυση. Ωστόσο, η σύνδεση της

HIF2A

rs4953352 δεν επαναλήφθηκε στη φάση I ομάδα, χρησιμοποιώντας ένα πληρεξούσιο SNP (

HIF2A

rs6706003).

Συμπέρασμα

Σε γενικές γραμμές, μελέτη μας δεν κατάφερε να βρει τον πειστικές αποδείξεις για τη συμμετοχή των πολυμορφισμών διερευνήθηκαν με τα αποτελέσματα της νόσου σε καρκίνο του παχέος εντέρου

Παράθεση:. Χάια Mohideen AMS, το Hyde Α, Squires J, Wang J, Dicks Ε, Younghusband Β, et al. (2014) Εξετάζοντας τα πολυμορφισμοί στα γονίδια υποξία δρόμος σε σχέση με την έκβαση του καρκίνου του παχέος εντέρου. PLoS ONE 9 (11): e113513. doi: 10.1371 /journal.pone.0113513

Επιμέλεια: Armin Gerger, Ιατρικό Πανεπιστήμιο του Graz, Αυστρία

Ελήφθη: 25 Φλεβάρη του 2014? Αποδεκτές: 29 Οκτωβρίου του 2014? Δημοσιεύθηκε: 18 του Νοέμβρη 2014

Copyright: © 2014 Χάια Mohideen et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη υποστηρίχθηκε από την έρευνα και την ανάπτυξη Corporation της Νέας Γης (RDC? Ignite ταμείο για SS: αριθμός σύμβασης: 5404.1201.101 και ταμείο μόχλευσης σε SS, RG, PP: αριθμός σύμβασης: 5404.1201.102), το καναδικό Ινστιτούτο Έρευνας Υγείας (CIHR ) ταμείο λειτουργίας (σε SS, RG, PP? FRN: 110045), το Ίδρυμα Ιατρικής Έρευνας (MRF) -COX Award 2010 (σε SS και RG), CIHR ταμείο για την έρευνα της ομάδας της Υγείας καρκίνο του παχέος εντέρου Διεπιστημονικής στο Πανεπιστήμιο του Τορόντο και Πανεπιστήμιο Memorial, το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου του Καναδά (χορηγεί 18223 και 18226) και το Ταμείο Ατλαντικό Καινοτομίας για την Ερευνητική Ομάδα Διεπιστημονικής στο Human Genetics. Angela Hyde υποστηρίχθηκε από τον Walter και Jessie Boyd από τις εν λόγω SNPs που σχετίζεται ισχυρά με κάθε (r

2≥0.8), μόνο ένας εκπρόσωπος SNP συμπεριλήφθηκε στη μελέτη.

Για το σκοπό αυτό, για κάθε γονίδιο που περιλαμβάνονται στην παρούσα μελέτη τα δεδομένα γονότυπου για του Καυκάσου δείγματα είχαν κατεβάσει από τη βάση δεδομένων HapMap [14] πριν από την έναρξη του έργου, τα οποία χρησιμοποιήθηκαν για την κατασκευή χαρτών ανισορροπία σύνδεσης των γονιδίων με τη χρήση του λογισμικού Haploview [15]. r

2 τιμές υπολογίστηκαν και tagSNPs προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας τον ζεύγη Tagger [16] διαδικασία εφαρμόζεται σε Haploview. Και οι δύο tagSNPs και SNPs που δεν έχουν επισημανθεί από τους tagSNPs είχαν σκοπό να συμπεριληφθούν για να έχουν μια ολοκληρωμένη ανάλυση του κάθε γονιδίου. Στη φάση Ι, συνολικά 49 τέτοιες SNPs με επιτυχία ο γονότυπος χρήση αυτής της προσέγγισης (Πίνακας S1 στο αρχείο S1). Μεταξύ των 49 SNPs,

HIF2A

rs2346175 πολυμορφισμός είχε & gt? 15% τα δεδομένα που λείπουν και τρεις πολυμορφισμούς (

HIF1B

rs3738483,

HIF2A

rs6753127 και

HIF2A

rs11687512) είχε ελάσσονα συχνότητες αλληλόμορφο (MAFs) & lt?. 10% στη φάση Ι της γεννητικότητας

β) φάση ΙΙ

Ογδόντα ένα SNPs επιλέχθηκαν από τα γονίδια της οδού οκτώ υποξία χρησιμοποιώντας το. προσέγγιση που περιγράφεται στη φάση I. από τα επιλεγμένα SNPs, τέσσερα SNPs που είχε ένα MAF & lt? 10% εξαιρέθηκαν από τη στατιστική ανάλυση (

HIF1B

rs10305724,

HIF1B

rs3738483,

HIF2B

rs16972160, και

HIF2B

rs1139651), η οποία οδήγησε σε 77 SNPs που πρέπει να περιλαμβάνονται σε αυτή την φάση (Πίνακας S2 σε File S1). Αριθ πολυμορφισμό είχε περισσότερο από 15% ελλείποντα δεδομένα γονότυπο. Γονότυπους καμία SNP από το

ΠΔΠ

γονίδιο ήταν διαθέσιμα για αυτό ομάδα. Έτσι, συνολικά 77 SNPs από επτά γονιδίων (

HIF1A

,

HIF1B

,

HIF2A

,

HIF2B

,

HIF3A

,

LOX

και

CXCL12

) συμπεριλήφθηκαν στη φάση ΙΙ.

Δεκατρείς SNPs ερευνήθηκαν και στις δύο ομάδες ασθενών. Επιπλέον, υπήρχαν 15 SNPs διερευνηθεί σε φάση Ι, ότι είχε υψηλή συσχέτιση γονοτύπων με άλλους SNPs που ερευνήθηκαν στην ομάδα φάσης ΙΙ (Πίνακας S3 στο Αρχείο S1): οι υπόλοιπες SNPs διερευνήθηκαν είτε σε ομάδα Ι ή ομάδα II, αλλά όχι και στις δύο . Από SNPs με υψηλή συσχέτιση γονότυπους μπορεί να χρησιμεύσει ως υποκατάστατα για κάθε άλλο, κατά τη διάρκεια αυτής της μελέτης ελέγξαμε επίσης (εκτός από την πανομοιότυπη SNPs) κατά πόσον τα αποτελέσματα των στατιστικών ελέγχων που λαμβάνονται για SNPs μεσολάβησης και στις δύο ομάδες ήταν παρόμοιες όσον αφορά τις ενώσεις τους με το χρόνοι επιβίωσης.

Γονοτυπικές

α) φάση Ι

Σε αυτή τη φάση, τα δείγματα DNA που εξήχθησαν είτε από δείγματα αίματος ή από μη-όγκου του παχέος μπλοκ ιστό που λαμβάνεται κατά τη διάρκεια χειρουργικής επέμβασης . Οι γονότυποι των 49 πολυμορφισμών που περιλαμβάνονται σε αυτή τη φάση της μελέτης ελήφθησαν είτε με την τεχνολογία Sequenom MassArray σε μια εγκατάσταση εξωτερικής ανάθεσης του γονότυπου (Πανεπιστήμιο Δίκτυο Υγείας Αναλυτική Γενετικής Technology Centre, τον Καναδά? N = 35 SNPs) ή in-house δοκιμασίες TaqMan SNP γονοτυπική ( n = 14 SNPs). Για αναλύσεις του γονότυπου τόσο MassArray και TaqMan SNP, τουλάχιστον το 5% των συμμετεχόντων στη μελέτη ήταν ο γονότυπος δύο φορές και όλες οι γονότυποι που ελήφθησαν ήταν 100% συγκλίνουσες. Κάθε αντίδραση γονότυπο περιείχε επίσης ελέγχους μη-πρότυπο για την ανίχνευση εξωτερική μόλυνση του DNA. Τα εν λόγω δείγματα DNA που απέτυχαν ήταν να καθοριστεί ο γονότυπος από αναλύσεις του γονότυπου TaqMan SNP είχαν προσπαθήσει να γονότυπος δύο ή περισσότερες φορές, ανάλογα με τη διαθεσιμότητα των δειγμάτων DNA.

TaqMan SNP γονοτυπική

αναλύσεις του γονότυπου TaqMan SNP πραγματοποιήθηκαν σε 96 και γρήγορο πλάκες αντίδραση χρησιμοποιώντας το ΑΒΙ 7900HT Fast Real-Time PCR System. Τυπικά γονοτύπου αντιδράσεις περιείχαν 9 μΐ μίγματος αντιδράσεως και 1 μΐ δείγματος DNA (4 ng /μl). Το μίγμα αντίδρασης αποτελείτο από 5 μΐ TaqMan καθολική PCR Master Mix (2 χ) (Applied Biosystems PN 4304437), 0,25 μΙ Γονοτυποποίηση SNP Μίγμα Δοκιμασίας (20 Χ) (συγκεκριμένη για κάθε SNP) και 3.25 μΐ αποστειρωμένου νερού. Σε ορισμένες περιπτώσεις, ειδικά εκείνοι που έδειξαν φτωχή ενίσχυση, ο όγκος αντίδρασης ήταν 5 μΐ (που περιέχει 4 ng DNA)? Αυτό έγινε για να αυξήσει τις συγκεντρώσεις του DNA στις αντιδράσεις. Τα αναγνωριστικά δοκιμασία για τα SNPs γονότυπου με τη μέθοδο αυτή φαίνονται στον Πίνακα S4 στο S1 αρχείου. Μια σάρωση προ-τρέξιμο έγινε πριν από την έναρξη της ενίσχυσης. Οι συνθήκες αντίδρασης PCR ήταν ως εξής: α) ενεργοποίηση του AmpErase UNG σε 50 ° C για 2 λεπτά, β) ενεργοποίηση AmpliTaq Gold πολυμεράση στους 95 ° C για 10 λεπτά, και γ) 40 κύκλους αποδιάταξης του DNA στους 95 ° C για 15 sec ακολουθούμενη από ανόπτηση εκκινητή και επέκταση στους 60 ° C για 1 λεπτό. Μετά την ολοκλήρωση των αντιδράσεων, μια σάρωση μετα-τρέξιμο διεξήχθη και τα δεδομένα αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό ανίχνευσης αλληλουχίας (SDS). Τα αποτελέσματα του γονότυπου SDS ήταν επίσης το χέρι ελέγχονται για να καλέσετε τους τελικούς γονότυπων από έναν από εμάς (SS).

β) Φάση ΙΙ.

Στη φάση ΙΙ του έργου αυτού, τα στοιχεία γονότυπο του 77 SNPs λήφθηκαν ως μέρος ενός συνόλου μελέτης του γονότυπου του γονιδιώματος SNP. Γονότυπους ελήφθησαν με τη χρήση της Illumina Ανθρωπίνων Omni1-Quad Στεφάνη Chip σε έναν πάροχο υπηρεσιών (Centrillion Genomic Υπηρεσίες, USA) χρησιμοποιώντας τα δείγματα DNA που εξάγεται από τα δείγματα αίματος.

Στατιστικές μέθοδοι

γονότυπους που ελήφθησαν ήταν οργανώνονται σε φύλλα του Microsoft Excel και οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του στατιστικού πακέτου για Κοινωνικές Επιστήμες (SPSS) λογισμικού. Πριν από την στατιστική ανάλυση, όλες οι μεταβλητές ελέγχθηκαν για δεδομένα που λείπουν. Επιπλέον, MAFs των SNPs υπολογίστηκαν και γονότυπους ελέγχθηκαν οι αποκλίσεις από τον Hardy Weinberg ισορροπία (HWE). HWE υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας το Chi-square test. Οι μεταβλητές που είχαν περισσότερο από 15% ελλείποντα δεδομένα ή απόκλιση από το HWE συμπεριλήφθηκαν στην μονοπαραγοντική ανάλυση για ανίχνευση, αλλά αποκλείστηκαν από την πολυπαραγοντική ανάλυση. Γονότυπους κωδικοποιήθηκαν υποθέτοντας ότι το κυρίαρχο γενετικό μοντέλο. Εκτός ηλικία, όλες οι άλλες μεταβλητές που περιλαμβάνονται στην ανάλυση ήταν κατηγορηματική? ηλικία αναλύθηκε ως συνεχής μεταβλητή

Τρία διαφορετικά μέτρα έκβασης χρησιμοποιήθηκαν για τη στατιστική ανάλυση:. συνολική επιβίωση (OS), ασθένεια ελεύθερη επιβίωση (DFS) και η νόσος συγκεκριμένες επιβίωση (DSS). Για λειτουργικό σύστημα, ο θάνατος ήταν το κλινικό σημείο τέλους (που ορίζεται ως θάνατος από οποιαδήποτε αιτία). Για DFS, εμφάνιση υποτροπής της νόσου ή μετάστασης ή ο θάνατος ήταν η κλινική τελικό σημείο. Για DSS, καρκίνο του παχέος εντέρου συγκεκριμένες θανάτου ήταν η κλινική τελικό σημείο. DSS πληροφορίες ήταν διαθέσιμες μόνο για τη φάση I ομάδας. Οι ασθενείς που δεν παρουσίασαν την εκδήλωση ενδιαφέροντος κατά τη διάρκεια της περιόδου παρακολούθησης περικόπηκαν την ημερομηνία της τελευταίας συνέχεια τους επάνω.

Οι καμπύλες επιβίωσης παρήχθησαν με τη μέθοδο Kaplan Meier. Η σχέση μεταξύ κάθε μεταβλητής και τις μετρήσεις έκβασης (OS, DFS, Σ.Α.Τ.) αναλύθηκε ξεχωριστά χρησιμοποιώντας μέθοδο παλινδρόμησης Cox στην μονοπαραγοντική ανάλυση. Οι p-τιμές, αναλογίες κινδύνου (HR) και τα διαστήματα εμπιστοσύνης 95% (ΚΠ) για τις HRs επίσης υπολογίζονται βάσει της μεθόδου παλινδρόμησης Cox. Οι μεταβλητές που ήταν στατιστικά σημαντικές στην μονοπαραγοντική ανάλυση (p & lt? 0,05) συμπεριλήφθηκαν στα μοντέλα πολλαπλών μεταβλητών παλινδρόμησης Cox. Τα χαρακτηριστικά του ασθενούς μεταξύ δύο ομάδες μελέτης συγκρίθηκαν χρησιμοποιώντας το Chi-square στατιστικό αποτέλεσμα της δοκιμής για τις κατηγορικές μεταβλητές και το Mann-Whitney U για τις συνεχείς μεταβλητές. Μία τιμή ρ μικρότερη από 0,05 θεωρήθηκε ως στατιστικά σημαντική? καθώς αυτό ήταν μια διερευνητική ανάλυση έγινε καμία διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές. Όλες οι δοκιμασίες ήταν διπλής όψης.

Αποτελέσματα

Φάση Ι

βασικά χαρακτηριστικά της φάσης Ι ομάδα παρουσιάζονται στον Πίνακα 1. Σε αυτή την ομάδα (n = 280), η διάμεση ηλικία κατά τη διάγνωση ήταν 68,4 χρόνια (εύρος: 25,3 – 91,6), η διάμεση OS και DSS χρόνο παρακολούθησης ήταν 5,3 έτη (εύρος: μηδέν έως 12,5 έτη) και η διάμεση DFS χρόνο παρακολούθησης ήταν 3,4 έτη (εύρος: μηδέν έως 12,5 έτη).

η

από 49 πολυμορφισμοί που εξετάζονται στην παρούσα φάση, οι συχνότητες γονοτύπου για επτά SNPs (

LOX

rs10040971,

HIF1B

rs10847,

CXCL12

rs2236534,

CXCL12

rs2236533,

CXCL12

rs11592974,

HIF2A

rs9973653 και

HIF2A

rs4145836) παρέκκλινε από HWE (Πίνακας S1 στο αρχείο S1 ). . Αυτοί οι SNPs περιλήφθηκαν στην μονοπαραγοντική ανάλυση για ανίχνευση

Στην μονοπαραγοντική ανάλυση για τη συνολική επιβίωση, τρεις SNPs βρέθηκαν να σχετίζονται σημαντικά (p & lt? 0,05) με αποτέλεσμα:

LOX

rs10519694 (p = 0,046? HR = 0,735? 95% CI: 0,543 – 0,994),

HIF2A

rs11125070 (p = 0,003? HR = 0,616? 95% CI: 0,447 – 0,848) και

HIF2A

rs1868084 (p = 0,024? HR = 0,678? 95% CI: 0,483 – 0,950? Πίνακας S5 στο S1 αρχείου). Ωστόσο, σε ένα πολυπαραγοντικό μοντέλο, ενώσεις κανένα από αυτά τα SNPs παρέμεινε στατιστικά σημαντική όταν προσαρμοστεί για την ηλικία, το βαθμό, το στάδιο και το καθεστώς MSI (Πίνακας 2).

Η

Στην μονοπαραγοντική ανάλυση για συγκεκριμένες ασθένειες επιβίωσης, του συνεταιρίζεσθαι κανένα από τα SNPs ήταν σημαντικές (Πίνακας S6 στο S1 αρχείου)

στην μονοπαραγοντική ανάλυση για τη νόσο επιβίωση ελεύθερη, δύο SNPs (

LOX

rs10519694?. p = 0,012? HR = 0,685? 95 % CI: 0,510 – 0,919 και

HIF2A

rs11125070? p = 0,003? HR = 0,629? 95% CI: 0,461 – 0,858) συσχετίστηκαν (p & lt? 0,05) με το χρόνο επιβίωσης (Πίνακας S7 στο S1 αρχείου) . Ένα από αυτά τα SNPs (

HIF2A

rs11125070) παρέμεινε στατιστικά σημαντική στην πολυπαραγοντική ανάλυση, όταν ρυθμιστεί για

LOX

γονότυπους rs10519694, την ηλικία, το βαθμό, το στάδιο, και την κατάσταση MSI (HR: 0,619, 95% CI: 0,446 – 0,859, p = 0,004? Πίνακας 3)

η

φάση

ΙΙ

Μετά την ολοκλήρωση της φάσης Ι, μια πιο ολοκληρωμένη μελέτη (φάση ΙΙ) πραγματοποιήθηκε με την προσθήκη. πολυμορφισμοί από δύο ακόμα γονίδια που HIF-κωδικοποίησης (

HIF2B

,

HIF3A

) και διερευνώντας τις ενώσεις τους με το OS και DFS σε μια δεύτερη και μεγαλύτερη ομάδα ασθενών.

Τα αρχικά χαρακτηριστικά της φάσης II κοόρτη παρουσιάζονται στον πίνακα 4. στην ομάδα φάση II (n = 535), η διάμεση ηλικία ήταν 61,2 έτη (εύρος: 20,7 – 75,0 έτη), ο μέσος χρόνος OS ήταν 6,34 έτη (εύρος: 0,38 – 10,88 ) και ο μέσος χρόνος DFS ήταν 5,98 χρόνια (εύρος:. 0,22 – 10,88)

η

από 77 SNPs (Πίνακας S2 στο αρχείο S1), οι συχνότητες γονοτύπου των επτά πολυμορφισμών παρέκκλινε από HWE (

HIF2B

rs8041826,

HIF2B

rs7172914,

HIF2B

rs1020398,

HIF2B

rs4778600,

HIF2B

rs8033706,

HIF3A

rs12461322 και

HIF3A

rs11665853)? αυτά τα SNPs συμπεριλήφθηκαν μόνο στην μονοπαραγοντική ανάλυση για διερευνητικές σκοπούς

Σε αυτή τη φάση του έργου,

HIF2A

rs4953352 (p = 0,012? HR = 1.596? 95% CI:. 1,107 – 2,300 ) και

HIF2B

rs12593988 (p = 0,024? HR = 0,690? 95% CI: 0,500 – 0,952) πολυμορφισμοί που σχετίζονται με τον κίνδυνο θανάτου στην μονοπαραγοντική ανάλυση (p & lt? 0,05) (Πίνακας S8 στο αρχείο S1 ). Στην πολυπαραγοντική ανάλυση, οι ενώσεις του

HIF2A

rs4953352 (p & lt? 0.001? HR = 2.189? 95% CI: 1,468 – 3,265) και

HIF2B

rs12593988 (p = 0,009? HR = 0,627? 95 % CI: 0,442 – 0,890) με συνολική επιβίωση παρέμεινε σημαντική όταν προσαρμόστηκε επίσης για την κατάσταση αγγειακή εισβολή, το φύλο, το στάδιο και το καθεστώς MSI (Πίνακας 5)

Η

Στην μονοπαραγοντική ανάλυση επιβίωσης χωρίς νόσο,

. HIF2A

rs4953352 (p = 0,009? HR = 1.574? 95% CI: 1,122 – 2,207),

HIF2B

rs12593988 (p = 0,042? HR = 0,736? 95% CI: 0,548 – 0,988), και

HIF2B

rs8033706 (p = 0,023? HR = 0,704? 95% CI: 0,521 – 0,953) πολυμορφισμοί που σχετίζονται με τον κίνδυνο υποτροπής, μετάστασης ή θανάτου (p & lt? 0,05) (Πίνακας S9 στο S1 αρχείου). Στην πολυπαραγοντική ανάλυση,

HIF2A

rs4953352 (p & lt? 0.001? HR = 1.965? 95% CI: 1,366 – 2,828) και

HIF2B

rs12593988 (p = 0,017? HR = 0,678? 95% CI : 0,493 – 0,931) παρέμεινε σημαντική συσχέτιση με το χρόνο DFS όταν προσαρμόζεται για το φύλο, την τοποθεσία, το στάδιο, αγγειακή εισβολή και την κατάσταση MSI (Πίνακας 6). Της σημείωσης, δεδομένου ότι οι συχνότητες γονοτύπου του

HIF2B

rs8033706 πολυμορφισμού παρέκκλινε από HWE, δεν περιλαμβάνονται σε αυτό το πολυπαραγοντικό μοντέλο.

Η

SNPs διερευνηθεί σε ομάδες ΙΙ τόσο φάσης Ι και φάσης

Ένα σύνολο των 13 SNPs ερευνήθηκαν και στις δύο ομάδες. Επιπλέον, σύμφωνα με τα στοιχεία HapMap, υπήρχαν 15 πολυμορφισμοί διερευνηθεί σε πρώτη φάση, των οποίων οι γονότυποι είχαν υψηλή συσχέτιση (r

2≥0.8) με 15 άλλους πολυμορφισμούς διερευνηθεί στη φάση ΙΙ (Πίνακας S3 στο S1 αρχείου). Εμείς αιτιολογημένη ότι οι SNPs με υψηλή συσχέτιση γονότυπους μπορεί να χρησιμεύουν ως υποκατάστατα για τον άλλον. Αυτά τα proxy SNPs μας ώθησε να ελέγξετε αν μια ένωση ενός πολυμορφισμού ανιχνεύεται σε μία ομάδα επαναλήφθηκε σε άλλη ομάδα.

Για την

HIF2A

rs11125070 πολυμορφισμός σχετίζεται με τη νόσο επιβίωση χωρίς στη φάση I ομάδα, η

HIF2A

rs4953342 πολυμορφισμός ερευνηθεί στην ομάδα φάση ΙΙ ήταν ένα πληρεξούσιο (r

2 & gt? 0,90). Τα αποτελέσματά μας έδειξαν ότι το

HIF2A

rs4953342 δεν συσχετίστηκε με DFS στην ομάδα φάσης ΙΙ (Πίνακας S9 στο S1 αρχείου). Επιπλέον, για το

HIF2A

rs4953352 πολυμορφισμό που ανιχνεύθηκε να συνδέεται με τόσο συνολικά όσο και απαλλαγμένα από ασθένειες επιβιώσεις στην ομάδα φάση ΙΙ, υπήρχε ένας πολυμορφισμός (

HIF2A

rs6706003) γονότυπου στη φάση I με υψηλή συσχέτιση γονότυπους (r

2 = 0,87). Ομοίως, αυτός ο πολυμορφισμός δεν ανιχνεύτηκε να συνδέεται είτε με OS (Πίνακας S5 σε File S1) ή DFS (Πίνακας S7 σε S1 File) στη φάση Ι ομάδας.

Δεν υπήρχε SNP μεσολάβησης μελετηθεί σε φάση Ι ομάδα για το

HIF2B

rs12593988 πολυμορφισμός που ανιχνεύεται ως σχετίζονται με το OS και DFS φορές στην ομάδα των ασθενών ΙΙ.

Οι διαφορές μεταξύ της φάσης Ι και φάσης ΙΙ ομάδες από την άποψη της κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά τους

φάση Ι και ομάδες φάσης ΙΙ διέφεραν σημαντικά μεταξύ τους όσον αφορά τα ακόλουθα χαρακτηριστικά αναφοράς: ηλικία: p & lt? 0.001, το φύλο: p = 0,037, τάξη: p & lt? 0.001, λεμφική εισβολή: p & lt? 0.001, θέση : p & lt? 0.001 και το στάδιο:. p = 0,018

Συζήτηση

σε αυτή τη μελέτη, έχουμε ως στόχο να διερευνήσει τις ενώσεις των γενετικών παραλλαγών από επιλεγμένα γονίδια λειτουργούν στην οδό υποξία και της κλινικής έκβασης σε ορθοκολικό ασθενείς με καρκίνο. Η μελέτη αυτή περιλαμβάνει δύο διαφορετικές ομάδες και με κάποιο τρόπο ακόμα επικάλυψη δεν είναι ταυτόσημα σύνολα των γονιδίων και των SNPs όπως απεικονίζεται στο σχήμα 1. Εξαιρουμένων των 13 SNPs που ήταν κοινά μεταξύ φάσης Ι και ΙΙ, συνολικά 113 διαφορετικές SNPs ερευνήθηκαν είτε σε φάση Ι ή φάση ΙΙ.

σε πρώτη φάση του έργου αυτού, 49 SNPs από έξι γονίδια στο μονοπάτι υποξία και η σχέση τους με αποτέλεσμα στην ομάδα των ασθενών αναλύθηκε χρησιμοποιώντας τρία διαφορετικά μέτρα έκβασης (OS, DFS και DSS). Τα αποτελέσματά μας έδειξαν ότι δεν υπήρχε σύνδεση αυτών των πολυμορφισμών με το OS ή DSS σε αυτή την ομάδα. Ωστόσο, ένα συχνό SNP που βρίσκεται στην περιοχή κωδικοποίησης του mRNA της

HIF2A

γονίδιο (rs11125070, NM_001430.4: c.27-21086A & gt? Τ? Ελάσσονα συχνότητα αλληλόμορφου: 30,4% στη φάση Ι της γεννητικότητας) συσχετίστηκε με DFS στην πολυπαραγοντική ανάλυση ανεξάρτητα από άλλους προγνωστικούς δείκτες. Συγκεκριμένα, οι ασθενείς με τους γονότυπους ΑΤ και ΤΤ (γονότυπους που περιέχει το έλασσον αλληλόμορφο Τ) είχαν περίπου 0.4 φορές μειωμένο κίνδυνο υποτροπής, μετάστασης ή θανάτου σε σύγκριση με τους ασθενείς με γονότυπο ΑΑ. Ωστόσο, όταν η ένωση μιας υψηλή συσχέτιση του πολυμορφισμού διερευνηθεί στη φάση ΙΙ ομάδα (

HIF2A

rs4953342) ελέγχθηκε σε σχέση με τη νόσο επιβίωση χωρίς αυτό, η σύνδεση δεν ανιχνεύθηκε στην ομάδα φάση ΙΙ. Ως εκ τούτου, ενώ οι διαφορές μεταξύ των δύο ομάδων σε όρους κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά τους μπορεί να έχουν συμβάλει σε αυτή την ασυμφωνία, λαμβάνοντας υπόψη το γεγονός ότι δεν υπάρχει διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές εφαρμόστηκε στην παρούσα μελέτη, υποθέτουμε ότι η ένωση που παρατηρείται στη φάση Ι της γεννητικότητας ήταν ένα ψευδώς θετική συσχέτιση.

στη φάση ΙΙ του έργου αυτού, από τις 77 SNPs διερευνήθηκαν δύο SNPs (

HIF2B

rs12593988 και

HIF2A

rs4953352) σχετίστηκαν με αποτέλεσμα και στις δύο OS και DFS πολυπαραγοντική ανάλυση.

HIF2B

rs12593988 (NM_014862.3: Γ.31 + 8939A & gt? G) και

HIF2A

rs4953352 (NM_001430.4: c.27-8490T & gt? C) είναι και οι δύο συχνά πολυμορφισμοί (έλασσον αλληλόμορφο συχνότητες 19% και 49%, αντίστοιχα). Επί του παρόντος βιολογικές συνέπειες τους είναι άγνωστη, ωστόσο, ένα ρυθμιστικό ρόλο αυτών των παραλλαγών στον επηρεασμό της έκφρασης γονιδίου ή η λειτουργία δεν μπορεί να αποκλειστεί. Για

HIF2A

rs4953352, ένας άλλος πολυμορφισμός με υψηλή συσχέτιση γονότυπους (

HIF2A

rs6706003) δεν σχετίζεται είτε με λειτουργικό σύστημα ή DFS στη φάση Ι της γεννητικότητας. Μη αντιγραφή της εν λόγω ένωσης μπορεί να αποδοθεί στις διαφορές μεταξύ των δύο ομάδες ή στο μικρό μέγεθος του δείγματος της φάσης Ι της γεννητικότητας που μπορεί να οδηγήσει σε ανεπαρκή δύναμη μελέτη για να ανιχνεύσει αυτή τη συσχέτιση. Ωστόσο, αν εφαρμοζόταν μια διόρθωση για τη διαδικασία πολλαπλές δοκιμές, η παρατηρούμενη συσχέτιση δεν θα εξακολουθήσει να είναι σημαντική. Έτσι, η πιο πιθανή εξήγηση είναι ότι η συσχέτιση που παρατηρήθηκε στην ομάδα φάση ΙΙ ήταν μια ψευδώς θετική συσχέτιση

Δεν υπήρχε μεσολάβησης SNP για το

HIF2B

rs12593988 στην ομάδα μας, εγώ δεδομένων.? ως εκ τούτου, δεν ήμασταν σε θέση να δοκιμάσει τη σχέση της με τα αποτελέσματα της νόσου σε μια ανεξάρτητη ομάδα.

Σήμερα, μελετά τη δοκιμή των ενώσεων των πολυμορφισμών των γονιδίων υποξίας με συνολική ή ασθένεια ελεύθερη επιβιώσεις στον καρκίνο του παχέος εντέρου είναι αρκετά σπάνια. Για παράδειγμα, σύμφωνα με τη βάση δεδομένων dbCPCO [17] και τη βιβλιογραφική έρευνα πραγματοποιήθηκε, όπως του Γενάρη του 2014 μόνο τέσσερις μελέτες εξέτασαν τα πολυμορφισμών των γονιδίων που διερευνήθηκαν σε αυτή τη μελέτη (

HIF1A

,

ARNT /HIF1B

, και

CXCL12

). Η μόνη μελέτη που μελέτησε το

HIF1B

rs2228099 (Val174Val G /C) πολυμορφισμός δεν βρούμε μια ένωση με τη συνολική επιβίωση σε μια ομάδα ασθενών [18]. Επιπλέον, δύο πολυμορφισμούς από το

γονίδιο HIF1A

(rs11549465 Pro582Ser C /T [18], [19] και rs11549467 Ala588Thr G /A [19] διερευνήθηκαν σε σχέση με τη συνολική ή την ασθένεια ελεύθερη επιβιώσεις σε άλλες ομάδες: ωστόσο, οι μελέτες αυτές δεν βρείτε μια σύνδεση αυτών των πολυμορφισμών με αυτά τα αποτελέσματα σε ομάδες ασθενών τους. Τέλος, ένα

CXCL12

πολυμορφισμό του γονιδίου, G /A στην 3′-UTR (rs1801157 G801A), εξετάστηκε σε σχέση με επιβίωσης χωρίς νόσο σε δύο δημοσιευμένες μελέτες. Ενώ σε μία μελέτη αυτός ο πολυμορφισμός δεν συσχετίστηκε με τη νόσο επιβίωση χωρίς [20], σε μια άλλη μελέτη βρέθηκε ότι σχετίζεται με τη νόσο επιβίωση χωρίς τόσο μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική ανάλυση μόνο στους ασθενείς χωρίς λέμφος κόμβο μετάσταση [21]. αυτά τα ευρήματα της βιβλιογραφίας δείχνουν τη σπανιότητα της δημοσιευμένης έρευνας, συμπεριλαμβανομένων των πολυμορφισμών από τη λίστα των γονιδίων. Επιπλέον, μεταξύ αυτών είχαν ερευνηθεί στο παρελθόν πολυμορφισμούς, μόνο το

HIF1B

rs2228099 πολυμορφισμός διερευνήθηκε στη μελέτη μας ( τόσο φάση Ι και II). Αυτό δείχνει ότι, εκτός από ένα πολυμορφισμό (

HIF1B

rs2228099), οι πολυμορφισμοί που αναφέρονται στην παρούσα χειρόγραφο διερευνηθεί για πρώτη φορά σε σχέση με τα αποτελέσματα επιβίωσης σε καρκίνο του παχέος εντέρου.

Η μελέτη μας έχει ορισμένους περιορισμούς και τις δυνάμεις . Α) Δεδομένου ότι αυτό ήταν μια διερευνητική ανάλυση, προκειμένου να ελαχιστοποιηθούν οι ψευδώς αρνητικά ευρήματα μια διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές δεν πραγματοποιήθηκε. Θα πρέπει να σημειωθεί ότι καμία από τις ενώσεις που ανιχνεύονται σε αυτή τη μελέτη, θα εξακολουθήσει να είναι σημαντική μετά την εφαρμογή, για παράδειγμα, το τεστ Bonferroni για τη διόρθωση. Β) Η ομάδα των ασθενών μελετήθηκε σε φάση ήμουν χαρακτηρίζεται από ένα σχετικά μικρό μέγεθος του δείγματος (n = 272) και τη φάση Ι και ΙΙ ομάδες διέφεραν σημαντικά μεταξύ τους από την άποψη κάποιων βάσης κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά. Επιπλέον, φάσης ΙΙ κοόρτης ασθενής κλίση προς τα προηγούμενα στάδια και έτσι δεν ήταν αντιπροσωπευτική της κλάσης NFCCR (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Ωστόσο, απ ‘όσο γνωρίζουμε η ομάδα φάση II (n = 535) είναι επίσης μία από τις μεγαλύτερες ομάδες διερευνήθηκε σε μία τέτοια μελέτη σε καρκίνο του παχέος εντέρου. Γ) Η μελέτη αυτή περιορίζεται με οκτώ γονίδια που λειτουργεί στην οδό υποξία (

HIF1A

,

HIF1B

,

HIF2A

,

HIF2B

, και

HIF3A

,

ΠΔΠ

,

CXCL12

, και

LOX

)? πολλά άλλα γονίδια σε αυτό το μονοπάτι δεν ερευνήθηκαν.