Αφηρημένο

Αρκετές μελέτες έχουν δείξει ότι οι καρκίνοι ρυθμίζουν ενεργά εναλλακτικό μάτισμα. Altered μηχανισμούς ματίσματος σε μόλυβδο καρκίνου για καρκίνο συγκεκριμένες μεταγραφές διαφορετική από την πισίνα των μεταγραφών που συμβαίνουν μόνο σε υγιή ιστό. Ταυτόχρονα, αλλοιωμένη παρουσίαση τάξης επιτόπων HLA Ι παρατηρείται συχνά σε διάφορους τύπους καρκίνου. Κάτω ρύθμιση των γονιδίων που σχετίζονται με ΗΕΑ τάξης Ι αντιγόνο επεξεργασίας έχει παρατηρηθεί σε διάφορους τύπους καρκίνου, οδηγώντας σε λιγότερες HLA τάξης Ι αντιγόνα στην επιφάνεια των κυττάρων. Εδώ, χρησιμοποιούμε μια ευρεία ανάλυση πεπτιδιώματος των προβλεπόμενων εναλλακτικών μορφών ματίσματος, που βασίζεται σε δημόσια βάση δεδομένων, για να δείξει ότι τα πεπτίδια υπερεκπροσωπούνται σε παραλλαγές συρραφής του καρκίνου περιλαμβάνουν σημαντικά λιγότερες προβλέψει επιτόπων HLA τάξης I σε σύγκριση με πεπτίδια από την κανονική μεταγραφές. Πεπτίδια υπερεκπροσωπούνται στις μεταγραφές του καρκίνου είναι στην περίπτωση των τριών πιο κοινά HLA τάξης Ι supertype εκπροσώπους βρεθεί με συνέπεια να περιέχουν λιγότερες προβλέψει επιτόπων σε σύγκριση με το φυσιολογικό ιστό. Παρατηρήσαμε μια σημαντική διαφορά στη σύνθεση των αμινοξέων μεταξύ των αλληλουχιών πρωτεΐνης που σχετίζονται με την κανονική έναντι καρκινικού ιστού, καθώς οι μεταγραφές που βρέθηκαν στον καρκίνο εμπλουτισμένο με υδρόφιλα αμινοξέα. Αυτή η παραλλαγή συμβάλλει στην παρατηρούμενη σημαντική χαμηλότερη πιθανότητα καρκίνου-ειδικών πεπτιδίων για να προβλεφθεί επίτοπα σε σύγκριση με τα πεπτίδια που βρέθηκαν σε φυσιολογικό ιστό

Παράθεση:. Stranzl Τ, Larsen MV, Lund O, Nielsen Μ, Brunak S (2012 ) Ο Καρκίνος exome δημιουργούνται με εναλλακτική mRNA Συγκόλληση αραιώνει Προβλεπόμενη HLA Τάξης I Επιτόπου πυκνότητας. PLoS ONE 7 (9): e38670. doi: 10.1371 /journal.pone.0038670

Επιμέλεια: Kjetil Tasken, Πανεπιστήμιο του Όσλο, Νορβηγία

Ελήφθη: 28 Δεκέμβρη 2011? Αποδεκτές: 9η του Μάη 2012? Δημοσιεύθηκε: 25, Σεπτεμβρίου 2012

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης, χωρίς όλα τα πνευματικά δικαιώματα, και δεν μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, να μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο λόγο. Το έργο γίνεται διαθέσιμα υπό την Creative Commons CC0 αφοσίωση δημόσιο τομέα

Χρηματοδότηση:. Η εργασία αυτή υποστηρίζεται από μια επιχορήγηση από το Συμβούλιο της Δανίας Έρευνας Τεχνολογίας και Παραγωγής Επιστημών (Project «Νόσος Gene εύρεση, σωματικών μεταλλάξεων, και εμβόλιο Design «? κύρια χρηματοδότηση παραλήπτη, Søren Brunak) και υποστηρίχθηκε από το National Institutes of Health (σύμβαση HHSN26620040006C). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

παραλλαγές ματίσματος ειδική για τον καρκίνο είναι σημαντικό ενδιαφέρον, δεδομένου ότι μπορεί να εμπλέκονται στην παθογένεση και μπορεί περαιτέρω δυνητικά να χρησιμοποιηθούν ως βιοδείκτες και να δημιουργήσει νέους στόχους για τον καρκίνο [1], [2]. Το ανθρώπινο ανοσοποιητικό σύστημα είναι ικανό να ανταποκρίνεται σε ορισμένα από αυτά τα συγκεκριμένα καρκίνο αντιγόνα, όπως δείχνεται για πρώτη φορά από ένα μελάνωμα αντιγόνο ειδικό, MAGE-1, είναι σε θέση να διεγείρουν ανθρώπινα Τ κύτταρα [3], [4]. Γενικότερα, τα άτομα με υψηλό ή μέσο κυτταροτοξική δράση των λεμφοκυττάρων του περιφερικού αίματος που σχετίζεται περαιτέρω με σημαντικά χαμηλότερο κίνδυνο καρκίνου, προτείνοντας ένα ρόλο για τους φυσικούς μηχανισμούς ανοσολογικής άμυνας του ξενιστή στον καρκίνο [5].

Το εναλλακτικό μάτισμα μπορεί να αλλάξει η δομή του mRNA με συμπερίληψη ή παράκαμψη εξωνίων, και αυτό μπορεί να μεταβάλλει τη λειτουργία, σταθερότητα ή ιδιότητες δεσμεύσεως των πρωτεϊνών που κωδικοποιούνται και να συμβάλει έτσι ανθρώπινες ασθένειες, όπως ο καρκίνος [6]. Σε μια μελέτη που διερεύνησε εναλλακτικών γεγονότων ματίσματος στους ιστούς του μαστού και των ωοθηκών που επηρεάζονται από όγκους, διαπιστώθηκε ότι περίπου το ήμισυ όλων των γεγονότων ματίσματος σε αυτούς τους ιστούς μεταβάλλονται σε όγκους, πολλοί από αυτούς που οφείλονται σε εξώνιο παρακάμπτοντας [7]. Παρόμοιες τάσεις παρατηρήθηκαν σε άλλους τύπους καρκίνου, π.χ., στον καρκίνο του παχέος εντέρου και των όρχεων όγκων [8], [9], καθώς επίσης και σε καρκίνο του στομάχου, όπου βρέθηκαν τα γονίδια που δείχνουν διαφορική έκφραση μεταξύ καρκινικές κυτταρικές γραμμές και τα αντίστοιχα φυσιολογικούς ιστούς [ ,,,0],10]. Επιπλέον του καρκίνου που εμπλέκονται σε οδούς dysregulating, συμβάλλοντας έτσι σε αλλαγές στην εναλλακτική έκφραση μάτισμα και το γονίδιο που ελέγχεται από τις πρωτεΐνες αυτές [11], το αντιγόνο ανθρώπινων λευκοκυττάρων (HLA) τάξης Ι αντιγόνου εξαρτήματα επεξεργασίας και έκφραση HLA έχουν επίσης δειχθεί να προς τα κάτω σε σύνδεση με τον καρκίνο [12], [13]. Μια μελέτη που διερεύνησε αλλοιώσεις της έκφρασης HLA τάξης Ι σε 12 ασθενείς καρκίνο των ωοθηκών ανέφεραν χαμηλά επίπεδα αντιγόνων Ι σε καρκινικά κύτταρα από όλους τους ασθενείς HLA τάξης. Μία κυτταρική γραμμή όγκου που λαμβάνονται από ασθενή έδειξε μία πλήρη απώλεια απλότυπο, συμπεριλαμβανομένης της θέσεως HLA-A2 [14].

Οι παρατηρήσεις αυτές ερμηνεύονται ως μηχανισμοί που εφάρμοσαν όγκων να ξεφύγουν από το ανοσοποιητικό επιτήρησης και να αποφεύγεται η αναγνώριση καρκινικών κυττάρων και την καταστροφή [15], [16]. Έχει προταθεί ότι η απέκκριση των αναπτυσσόμενους όγκους από το ανοσοποιητικό σύστημα μπορεί να οδηγήσει σε επιλογή των παραλλαγών του όγκου που είναι αποτελεσματικές για την αποφυγή του ανοσοποιητικού συστήματος αναγνώρισης [17]. έτσι φαίνεται να υπάρχει σωρευτικά απόδειξη για καρκίνο που συνδέεται με εναλλακτικό μάτισμα, καθώς και σε μία αποτελεσματικότητα σε διαφυγή από το ανοσοποιητικό σύστημα με την προς τα κάτω ρύθμιση και την αλλοίωση της έκφρασης HLA. Οι περισσότερες από τις μελέτες που αφορούν τον καρκίνο ειδικό εναλλακτικό μάτισμα να μεταβληθεί το ανοσοποιητικό σύστημα επιτήρησης, ωστόσο, περιορισμένου μεγέθους και στις περισσότερες περιπτώσεις ανέκδοτες. Εδώ, θελήσαμε να διερευνήσουμε, σε μια μεγάλης κλίμακας μελέτη, αν η εναλλακτική λύση exome καρκίνου ήδη στο στάδιο του mRNA ματίσματος περιέχει μια προκατάληψη σε σχέση με την κανονική μεταγραφές στο σύνολο των επιτόπιων δυνατόν HLA τάξης Ι.

Αποτελέσματα

μεταγραφές υπερεκπροσωπούνται στον καρκίνο περιέχουν λιγότερες προβλέψει επιτόπων περιορίζεται από τα τρία πιο κοινά HLA τάξης Ι supertypes

Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν να διερευνηθεί, χρησιμοποιώντας ένα σύνολο δεδομένων μεγάλης κλίμακας, εάν peptidomes ειδικά για τον καρκίνο έναντι κανονικού ιστού έχουν διαφορετικές ιδιότητες που σχετίζονται με την αλλοιωμένη βαθμού ανοσολογική επαγρύπνηση συστήματος. Για να γίνει αυτό, κατασκευάσαμε δύο σετ πεπτιδίων, ένα υπερ-αντιπροσωπεύεται από καρκινικό ιστό και ένα υπερ-αντιπροσωπεύεται από φυσιολογικό ιστό. Παγκοσμίως παραλλαγμένα εκδόσεις αυτών των συνόλων παρήχθησαν όπως περιγράφεται στο Υλικά και Μέθοδοι. Η παγκόσμια μετάθεση καταστρέφει δομικά χαρακτηριστικά εντός των HLA-δεσμευτική 9-μερών, μόνο διατηρώντας τις ιδιότητες της παγκόσμιας σύνθεσης. Για σύγκριση, κατασκευάσαμε τοπικά παραλλαγμένα φυσιολογικών και καρκινικών σύνολα από permutating κάθε πεπτίδιο χωριστά, διατηρώντας έτσι την σύνθεση τοπική αμινοξέων του κάθε πεπτιδίου. Για να διερευνήσουν συνδέονται με το ανοσοποιητικό ιδιότητες, δυναμικό επιτόπιων καλύπτει όλες τις 12 HLA τάξης supertypes μου είχαν προβλεφθεί χρησιμοποιώντας NetMHCpan. Για κάθε supertype, υπολογίσαμε τα ποσοστά των προβλεπόμενων επιτόπων για τα σύνολα δεδομένων έξι πεπτίδιο: κανονικό, κανονικό σε παγκόσμιο επίπεδο και κανονικό τοπικά παραλλαγμένα, ο καρκίνος και ο καρκίνος σε παγκόσμιο επίπεδο και καρκίνος τοπικά παραλλαγμένα

Είναι γνωστό ότι ορισμένα HLA τάξης. έχω supertype εκπρόσωποι είναι πιο συχνές από ό, τι άλλοι. Ως εκ τούτου, αναμένεται ότι για τα λιγότερο συχνά αλληλόμορφα HLA, τα αποτελέσματα είναι πιο πιθανό να περιλαμβάνουν θόρυβο. Η πηγή σύνολο δεδομένων μας, τη βάση δεδομένων ASTD, είναι σε μεγάλο βαθμό προέρχονται από τα δεδομένα EST χωρίς HLA συγκεκριμένες πληροφορίες. δεδομένων EST βασίζεται κυρίως σε Καυκάσου Ευρωπαίους [18]? Ως εκ τούτου, μπορούμε με ασφάλεια να υποθέσουμε ότι οι πιο κοινοί τύποι HLA στον ευρωπαϊκό πληθυσμό είναι επίσης πιο συχνή σε σύνολο δεδομένων μας. Οι συχνότητες αλληλίου HLA ελήφθησαν από τη βάση δεδομένων dbMHC [19]. Οι κατά προσέγγιση αριθμό των αναμενόμενων φαινοτύπου ανά supertype στον ευρωπαϊκό πληθυσμό δίνονται στον Πίνακα 1.

Η

Τα τρία πιο κοινά εκπροσώπους supertype στον ευρωπαϊκό πληθυσμό είναι HLA-A * 2:01, HLA-A * 01 :01 και HLA-A * 3:01. Για αυτούς τους τρεις εκπροσώπους supertype, οι μεταγραφές που συνδέονται με φυσιολογικό ιστό έχουν ένα σημαντικά υψηλότερο ποσοστό της προβλεπόμενης επιτόπων από μεταγραφές υπερ-εκπροσωπούνται στον καρκίνο. Το Σχήμα 1 δείχνει τις παρατηρούμενες αριθμούς, σε ποσοστά προβλεπόμενης επιτόπων ανά 9-μερή, για τα διάφορα σύνολα δεδομένων για αυτές τις τρεις εκπροσώπους πιο κοινά υπερτύπο. Όλες οι παρατηρούμενες διαφορές μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών που φαίνεται στο Σχήμα 1, είναι σημαντικές (ρ & lt? 0.006, δοκιμή 2-δείγματος για την ισότητα των αναλογιών).

Δεδομένα δείχνεται για τα τρία πιο κοινά αλληλόμορφα HLA-I στην Ευρωπαϊκή πληθυσμός. Κάθε γραμμή δείχνει το ποσοστό της προβλεπόμενης επιτόπων ανά 9-mer στο αντίστοιχο σύνολο. Κάθε σετ αποτελείται από πεπτίδια που είτε υπερεκπροσωπούνται σε κανονικές ή καρκίνου ιστού. Παγκοσμίως παραλλαγμένα ή τοπικά παραλλαγμένα έκδοση του πεπτιδίου σύνολα κατασκευάστηκαν όπως περιγράφεται στο Υλικά και Μέθοδοι. Όλες οι παρατηρούμενες διαφορές μεταξύ του καρκίνου και των φυσιολογικών ιστών είναι σημαντική (p & lt? 0.006, δοκιμή 2-δείγματος για την ισότητα των αναλογιών).

Η

Για τους περισσότερους HLA τάξης Ι supertypes, μεταγραφές καρκίνο περιέχουν λιγότερες προβλέψει επιτόπων

Επιπλέον, το ποσοστό της προβλεπόμενης επιτόπων για παραλλαγμένα και όχι-παραλλαγμένο αλληλουχίες για όλους τους εκπροσώπους 12 supertype φαίνεται στον πίνακα 2. Εδώ, παρατηρήσαμε μια παρόμοια τάση σε σύγκριση με την παρατήρηση μας για τις τρεις πιο κοινές supertypes στον ευρωπαϊκό πληθυσμό . Για μη παραλλαγμένο αλληλουχιών, επτά από τους εκπροσώπους δώδεκα supertype (HLA-A * 1:01, HLA-A * 2:01, HLA-A * 3:01, HLA-A * 24:02, HLA-A * 26:01, HLA-B * 15:01 και 58:01 * HLA-B) είχαν σημαντικά χαμηλότερο κλάσμα των προβλεπόμενων επιτόπων σε αλληλουχίες εκχωρηθεί σε παθολογία του καρκίνου. Μια στατιστικά σημαντική διαφορά, όπου ο καρκίνος σχετίζεται με πεπτίδια που περιέχονται περισσότερες προβλέψει επιτόπων, από την άλλη πλευρά, παρατηρείται μόνο για ένα αντιπροσωπευτικό supertype, δηλαδή το HLA-B * 27:05.

Η

Κατά την ανάλυση παραλλαγμένο ακολουθίες , παρατηρήθηκαν παρόμοια αποτελέσματα. Μόνον ένας εκπρόσωπος supertype (HLA-B * 40:01, τοπικά παραλλαγμένο) είχαν σημαντικά περισσότερα προβλεπόμενα επίτοπα στην παραλλαγμένα αλληλουχίες του καρκίνου σε σχέση με τις κανονικές παραλλαγμένα αλληλουχίες. Από την άλλη πλευρά, παραλλαγμένα, φυσιολογικές αλληλουχίες είχαν σταθερά τόσο για τις τοπικές και παγκόσμιες παραλλαγμένα σύνολα περισσότερα προβλεπόμενα επίτοπα για επτά εκπρόσωποι supertype (HLA-A * 1:01, HLA-A * 2:01, HLA-A * 3:01 , HLA-A * 24:02, HLA-A * 26:01, HLA-B * 15:01, 58:01 * HLA-B). Για αυτούς τους επτά εκπροσώπους supertype, η διαφορά μεταξύ της κανονικής και του καρκίνου σύνολα δεδομένων είναι σημαντική για το παραλλαγμένο, καθώς και τα σύνολα μη παραλλαγμένο δεδομένων. Η παρατήρηση ότι οι μεταγραφές του καρκίνου περιέχουν λιγότερα προβλέψει επιτόπους για τα περισσότερα HLA τάξης Ι supertype εκπρόσωποι, είναι σταθερό, όταν τα διαφορετικά κατώτατα όρια για την πρόβλεψη των πιθανών επιτόπων που εφαρμόζεται (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

HLA μοτίβο και αμινοξέων προκαταλήψεις σύνθεση

Η σχετική διαφορά στην προβλεπόμενη πυκνότητα επιτόπιο μεταξύ κανονικών και καρκίνου είναι, για ορίστηκε προηγουμένως αλληλόμορφα πιο κοινά HLA μας, σχετικά σταθερή. Επίσης, η διαφορά στην πυκνότητα επιτόπιο είναι μεγαλύτερη κατά τη σύγκριση μη παραλλαγμένο να παγκόσμιο παραλλαγμένα σύνολα πεπτιδίου. Για HLA-A * 2:01, μια αξιοσημείωτη μείωση των προβλεπόμενων επιτόπων παρατηρείται κατά τη σύγκριση φυσιολογικών και καρκινικών μη παραλλαγμένο πεπτίδια στα φυσιολογικά και τον καρκίνο παραλλαγμένα πεπτίδια. Όπως φαίνεται από τον Πίνακα 2 και το Σχήμα 1, η διαφορά στο ποσοστό των επιτόπων είναι η μεγαλύτερη κατά τη σύγκριση των μη παραλλαγμένο αλληλουχίες με τις παγκόσμια παραλλαγμένα αλληλουχίες (κανονικό: 0.83 vs 0.73, καρκίνος: 0.77 vs 0.69). Για HLA-A * 1:01, το ποσοστό των επιτόπων σε μη παραλλαγμένο έναντι παραλλαγμένα αλληλουχίες φαίνεται να είναι σχετική σταθερή (κανονική: 0,82 vs 0,80, καρκίνος: 0.77 vs 0.76), ενώ παραλλαγμένα HLA-A * 3:01 αλληλουχίες έχουν περισσότερα προβλεπόμενα επίτοπα από τα αντίστοιχα μη παραλλαγμένο αλληλουχίες (κανονικό: 0,94 vs 1,01, καρκίνος: 0.91 vs 0.96). Για αυτούς τους τρεις εκπροσώπους supertype, το ποσοστό της προβλεπόμενης επιτόπων σε τοπικά παραλλαγμένα πεπτίδια πέφτει πάντα μεταξύ των αντίστοιχων ποσοστών για τα μη παραλλαγμένο και παγκοσμίως παραλλαγμένα αλληλουχίες. Τοπικά παραλλαγμένα πεπτίδια διατηρήσει μόνο τη σύνθεση των τοπικών αμινοξέων, και σε παγκόσμιο επίπεδο παραλλαγμένα πεπτίδια έχουν τοπικές δομικές ιδιότητες τους να καταστρέφονται και να διατηρήσει μόνο τη σύνθεση της παγκόσμιας αμινοξέων. Αυτές οι παρατηρήσεις δείχνουν ότι και οι δύο παγκόσμιες και τοπικές ιδιότητες των διαρθρωτικών αμινοξύ είναι παράγοντες που καθορίζουν τις παρατηρούμενες διαφορές στις πυκνότητες επιτόπου μεταξύ της κανονικής και του καρκίνου πεπτιδιώματος.

Μια ανάλυση της σύνθεσης σε σχέση αμινοξέος διεξήχθη για όλα υπερεκπροσωπούνται 9-μερή συνδέονται με την κανονική και καρκίνο. Βρήκαμε ότι υδρόφιλα υπολείμματα είναι πιο συχνές σε πολυπεπτίδια από μεταγραφές καρκίνο, παρά από τις κανονικές πολυπεπτίδια. Οι σχέσεις αναλογιών N /C σε σύγκριση με την κλίμακα υδροφιλικότητα των αμινοξέων από τους Ηορρ-Woods, η κλίμακα υδροφοβικότητας με Wimley-White, καθώς και η μέση κατάταξη των αμινοξέων σύμφωνα με την συχνότητα εμφάνισης τους για 38 δημοσιεύθηκε κλίμακες υδροφοβικότητας δείχνονται στο σχήμα 2. στο σχήμα 2, τα υπολείμματα είναι πιο συχνές σε καρκίνο αν N /C είναι μικρότερες από 1. υδρόφιλα υπολείμματα επισημαίνονται μαύρο.

αναλογίες N /C σε σχέση με κλίμακα υδροφιλικότητας Ηορρ-Woods (Α) , Wimley-White κλίμακα υδροφοβικότητας (Β) και προς τη μέση κατάταξη των αμινοξέων με βάση 38 κλίμακες υδροφοβικότητας (C). αναλογία N /C είναι το ποσοστό της παρατηρούμενης συχνότητες των αντίστοιχων αμινοξέων σε πολυπεπτίδια υπερ-αντιπροσωπεύεται μεταγραφές από την κανονική και καρκινικούς ιστούς. Εάν η τιμή Ν /Ο & gt? 1, το αμινοξύ είναι πιο κοινή σε κανονικό ιστό? Εάν η τιμή Ν /Ο & lt? 1, το αμινοξύ είναι πιο κοινή σε καρκίνο. Πράσινο ράβδοι αναφέρονται σε πιο υδρόφοβα αμινοξέα, ενώ μαύρες γραμμές γίνεται αναφορά σε περισσότερα υδρόφιλα αμινοξέα. Όλες οι αναλογίες N /C μεγαλύτερο ή μικρότερο από 1 είναι σημαντικές. (P & lt? 0.001, υπολογίζεται με βάση το Wilson σκοράρει [45] και Bonferroni διορθωθεί)

Η

Η Ηορρ-Woods και Wimley-Άσπρο κλίμακες συσχετίζονται έντονα με τις αναλογίες N /C με Spearman συντελεστής συσχέτισης τάξης του -0,72 και 0,78, αντίστοιχα. Η μέση κλίμακα κατάταξης αμινοξέων συσχετίζεται με συντελεστή συσχέτισης -0,65. Και οι τρεις συντελεστές συσχέτισης είναι σημαντικές (Ρ-τιμή & lt? 0,003, ακριβής δοκιμή μετάθεση). Δεν βρέθηκε συσχέτιση για άλλες ιδιότητες αμινοξέων, όπως μάζα, επιφάνεια ή όγκο (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Είναι εντυπωσιακό να παρατηρεί ότι όλα τα ισχυρά υδρόφιλα αμινοξέα (KPRQ, κλίμακα Ηορρ-Woods) εμπλουτισμένο σε αλληλουχίες που σχετίζονται με τον καρκίνο. Μια παρόμοια παρατήρηση γίνεται για Wimley-White κλίμακα: Έχουμε εντοπίσει επτά αμινοξέα σημαντικά πιο συχνή σε καρκίνο (APERKDQ). Έξι από αυτά (όλα εκτός από Α) είναι εντός των επτά πιο υδρόφιλα αμινοξέα με βάση το Wimley-White κλίμακα. Ένα αντιστραφεί τάση αποτελέσματα για υδρόφοβα αμινοξέα. Η κορυφαία σημαντική αμινοξέα ταξινομούνται και με Ηορρ-Woods και Wimley-Scott ως υδρόφοβο (WFICM) είναι όλα πιο συχνή σε ακολουθίες που σχετίζονται με μεταγραφές από φυσιολογικό ιστό.

Με βάση αυτά τα ευρήματα, θα μπορούσε κανείς να προτείνει μια εξήγηση για η διαφορά στην πυκνότητα επιτόπιο μεταξύ της κανονικής και του καρκίνου πεπτιδιώματος. Τα μοτίβα δέσμευσης για τις 3 εκπροσώπους πιο συχνές supertype φαίνεται στο Σχήμα 3. Από τις τέσσερις πλέον προτιμώμενη αμινοξέα στις θέσεις HLA-A * 2:01 άγκυρα, τα τρία αμινοξέα (VMI) εμπλουτισμένο σε κανονικές μεταγραφές, ενώ μόνο ένα (L) είναι τόσο κοινή σε κανονική και σε καρκίνο. Αυτό οδηγεί στο συμπέρασμα ότι τουλάχιστον μέρος των παρατηρούμενων διαφορών σε ποσοστό της προβλεπόμενης επιτόπων σε κανονικά έναντι μεταγραφές καρκίνο οφείλονται σε σύνθεση αμινοξέων. Η ίδια τάση αποτελέσματα για HLA-Α * 1:01. Οι δύο πιο συχνές αμινοξέα στο μοτίβο (YT) είναι επίσης πιο συχνά σε φυσιολογικό ιστό, ενώ S είναι ουδέτερο και το επόμενο κοινό αμινοξύ, D, είναι πιο συχνή σε καρκίνο. Η πιο συχνή αμινοξύ για το HLA-A * 3:01 (K) είναι ελαφρώς πιο συχνή σε καρκίνο, ενώ ο δεύτερος επόμενη συχνές (Υ) είναι, λόγω της ισχυρότερης προτίμηση για να ταιριάζουν πεπτίδια από φυσιολογικούς ιστούς, μετατοπίζοντας η κλίση προς αμινοξέα πιο κοινή σε ματίσματος παραλλαγές που σχετίζονται με φυσιολογικό ιστό. Και για τα τρία μοτίβα, υπολογίσαμε περαιτέρω σταθμισμένο μέσο προκαταλήψεις, με βάση δείκτες N /C και συχνότητες αμινοξέων (βλέπε υλικά και μέθοδοι). Οι σταθμισμένες προκαταλήψεις υπολογίστηκαν τόσο για τις αντίστοιχες 5 πιο συχνές αμινοξέων ανά μοτίβο καθώς και όλα τα 20 αμινοξέα. Για τα τρία μοτίβα παρατηρήσαμε μια γενική προτίμηση για τα αμινοξέα που βρέθηκαν σε κανονικό σύνολο των ιστών μας.

Οι τρεις πιο κοινοί τύποι HLA στον ευρωπαϊκό πληθυσμό. Το ύψος μιας στήλης γραμμάτων είναι ίσο με το περιεχόμενο των πληροφοριών σε αυτή τη θέση, ενώ το ύψος κάθε γράμμα μέσα σε μια στήλη είναι ανάλογη προς τη συχνότητα του αντίστοιχου αμινοξέος σε αυτήν την θέση [44].

Η

Συζήτηση

το εναλλακτικό μάτισμα μεταγραφών mRNA είναι ένας σημαντικός μηχανισμός για την παραγωγή γονιδιωματικών πολυπλοκότητα και έχει δειχθεί ότι διαφέρουν μεταξύ καρκίνου και των αντίστοιχων φυσιολογικών ιστών [1], [8], [9]. Επιπλέον, οι καρκίνοι, σε ορισμένες περιπτώσεις ρυθμίζουν προς τα κάτω αντιγονικά συστατικά επεξεργασίας τάξης Ι HLA και έκφραση HLA τάξης Ι να αποφύγουν τον εντοπισμό από το ανοσοποιητικό σύστημα. Αυτές οι παρατηρήσεις μας οδήγησε να διερευνήσει κατά πόσον οι μεταγραφές που βρέθηκαν στα χαρακτηριστικά μερίδιο του καρκίνου του ιστού που θα μειώσει το ανοσοποιητικό σύστημα αναγνώρισης. Εδώ, έχουμε προβεί σε ανάλυση μεγάλης κλίμακας με στόχο τον προσδιορισμό του ανοσοποιητικού αποτυπώματα που σχετίζονται με το σύστημα που μπορεί να διαφοροποιήσει τον καρκίνο από την κανονική μεταγραφές. Βάσει της βάσης δεδομένων ASTD, μια βάση δεδομένων που παρέχει προβλέψει μορφές συρραφής, εντοπίσαμε δύο σύνολα πεπτίδιο δεδομένων? ένα σχετίζεται με μεταγραφές υπερεκπροσωπούνται σε καρκίνο και μία που σχετίζεται με μεταγραφές υπερεκπροσωπούνται σε φυσιολογικό ιστό. Χρησιμοποιώντας state-of-the-art εργαλεία immunoinformatics πρόβλεψη, είμαστε δίπλα ανέλυσε τα δύο σύνολα δεδομένων για τις διαφορές όσον αφορά την πιθανότητα να παρουσιαστεί σε μόρια Ι, και ως εκ τούτου το δυναμικό για την ενεργοποίηση του ανοσοποιητικού συστήματος που επικρατεί HLA τάξης.

Βρήκαμε ότι τα πεπτίδια, τα οποία λόγω εναλλακτικού ματίσματος εκφράζονται σε καρκινικό ιστό, περιέχουν λιγότερες προβλέψει επιτόπους περιορίζεται από τα τρία πιο κοινά HLA τάξης Ι αλληλόμορφα από τα πεπτίδια εκφράζεται σε φυσιολογικό ιστό. Χρησιμοποιώντας παγκόσμιο permuted σύνολα δεδομένων που με συνέπεια, για τα αλληλόμορφα τρία πιο κοινά HLA τάξης Ι, βρέθηκε ότι η παρατηρούμενη απώλεια πυκνότητας επιτόπου στην πεπτιδιώματος καρκίνος διατηρείται και για τα σύνολα δεδομένων με ιονανταλλαγή. Αυτό υποδεικνύει έντονα ότι οι διαφορές στη σύνθεση των αμινοξέων μεταξύ πεπτίδια από εναλλακτικά ματισμένες φυσιολογικών και καρκινικών μεταγραφές είναι η κινητήρια δύναμη της μειωμένης προβλεπόμενη πυκνότητα επιτόπου.

Ο λόγος για την παρατηρούμενη αλλαγή στη συχνότητα ειδικών αμινοξέων σε πρωτεΐνες που συνδέονται με τον καρκίνο, σε σύγκριση με φυσιολογικό ιστό είναι άγνωστη, αλλά το φαινόμενο έχει ήδη παρατηρηθεί σε μελέτες που αποσκοπούν στον προσδιορισμό βιολογικών δεικτών για την έγκαιρη ανίχνευση στάδιο του καρκίνου: σε μια πρόσφατη μελέτη, τα επίπεδα της αλανίνης, ισολευκίνη, λευκίνη και valanine βρέθηκαν να αυξάνονται στα παγκρέατα αρουραίων με καρκίνο του παγκρέατος σε σύγκριση με δείγματα από αρουραίους με χρόνια παγκρεατίτιδα και υγιείς αρουραίους [20]. Σε μια άλλη μελέτη, τα επίπεδα της Ν-μεθυλαλανίνη και λυσίνης βρέθηκαν να αυξηθεί σημαντικά στο πλάσμα από ασθενείς με καρκίνο του παγκρέατος, ενώ το επίπεδο της γλουταμίνης και φαινυλαλανίνη βρέθηκε να μειωθεί [21]. Οι μελέτες αυτές προσδιορίζονται διαφορές στη σύνθεση των αμινοξέων σε ένα ενιαίο τύπο του καρκίνου με βάση την πλάσματος αίματος και δείγματα ιστών. Εμείς, αντίθετα, να αναλύσει υπερεκπροσωπούνται πεπτίδια καρκίνου γενικά. Όπως ήταν αναμενόμενο, τα συμπεράσματα όσον αφορά τη συγκέντρωση αμινοξέων που αναφέρονται στην παρούσα μελέτη δεν συμπίπτουν με αυτά των μελετών μόνο είδος καρκίνου.

Μια πιθανή εξήγηση ως προς το γιατί παρατηρήσαμε λιγότερες προβλέψει επιτόπια σε πεπτίδια, η οποία οφείλεται σε εναλλακτικό μάτισμα εκφράζονται σε καρκίνο, θα μπορούσε να είναι ότι το ανοσοποιητικό σύστημα του ξενιστή περιορίζει την exome καρκίνου. Στην περίπτωση αυτή, η πίεση από το ανοσοποιητικό σύστημα disfavors καρκινικά κύτταρα που παρουσιάζουν νέα επίτοπα στην κυτταρική επιφάνεια. Μια εναλλακτική εξήγηση – η οποία δεν αποκλείει την προηγούμενη εξήγηση – έχει ως αφετηρία την παρατηρούμενη αλλαγή στη συχνότητα αμινοξέος, ειδικά την αύξηση υδρόφιλα αμινοξέα σε πρωτεΐνες του καρκίνου

Έχει προηγουμένως δειχθεί ότι οι μεταλλάξεις εσφαλμένου νοήματος σε. η περιοχή BRCA του μαστού υψηλού κινδύνου και ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών στοχεύουν συχνά έντονα υδρόφοβα αμινοξέα [22]. Περαιτέρω, έχει προταθεί ότι η σταθεροποίηση μιας δομής πρωτεΐνης είναι σε μεγάλο μέρος οφείλεται στο υδρόφοβο αποτέλεσμα [23]. Κατά συνέπεια, η αύξηση των υδρόφιλων αμινοξέων έχει μια αποσταθεροποιητική επίδραση στη δομή της πρωτεΐνης, η οποία είναι σε συμφωνία με την πρωτεΐνη απώλειας λειτουργία που σχετίζεται με την εξέλιξη του καρκίνου. Αυτό δίδεται παραδειγματικά με μελέτη σχετικά με κληρονομούμενες μεταλλάξεις εσφαλμένου νοήματος του γονιδίου καταστολής του όγκου,

BRCA-1

, η οποία μπορεί να προδιαθέτουν σε καρκίνο του μαστού ή των ωοθηκών [24]. Σε αυτή τη μελέτη, βρέθηκε ότι οι μεταλλάξεις στοχεύουν κυρίως διατηρημένων υδρόφοβα αμινοξέα που είναι υπεύθυνα για αναδίπλωση και σταθερότητα. Δεδομένου ότι, ειδικότερα, η πιο κοινή HLA τάξης Ι αλλήλιο, Α * 2:01, προτιμά υδρόφοβα αμινοξέα στις θέσεις πρόσδεσης, μια αύξηση στην υδρόφιλα αμινοξέα θα οδηγήσει αναπόφευκτα σε λιγότερες προβλέψει επιτόπους. Η μείωση της πυκνότητας επιτόπου στα πεπτίδια που σχετίζονται με τον καρκίνο θα μπορούσε ως εκ τούτου να είναι μια εγγενής ιδιότητα των πρωτεϊνών που αποσταθεροποιούνται από τη μείωση των υδρόφοβων αμινοξέων στο πλαίσιο της εξέλιξης σε καρκίνο. Είμαστε, ωστόσο, δεν γνωρίζει μελέτες που δείχνουν μια γενική αύξηση υδρόφοβων αμινοξέων σε διαφορετικές μορφές καρκίνου.

Μια προκατάληψη λιγότερων δυνητικών επίτοπων λόγω καρκίνου προηγουμένως δείχνεται από Wiedenfeld et al. [25] Τα πεπτίδια που προκαλείται από μεταλλάξεις εσφαλμένου νοήματος της ρ53 έδειξαν να έχουν μειωμένη προσαρμογή στο HLA-A * 2:01 μοτίβο. Όλες οι προβλεπόμενες παραλλαγές των πεπτιδίων ήταν είτε από ασθενείς με άλλες αλληλόμορφα ή αλληλόμορφου χάθηκε κατά τη διάρκεια της ογκογένεσης. Η μειωμένη ταιριάζει με το μοτίβο HLA οφείλεται σε μεταλλάξεις είναι σε συνέπεια με τη μελέτη μας ερευνά τις διαφορές στην πυκνότητα επιτόπου λόγω εναλλακτικό μάτισμα. Απ ‘όσο γνωρίζουμε, αυτή είναι η πρώτη μελέτη που δείχνει ότι εναλλακτικά ματισμένες μεταγραφές του καρκίνου τείνουν να εκφράσουν λιγότεροι δυνητικοί επίτοποι από εναλλακτικά ματισμένες μεταγραφές βρέθηκαν σε φυσιολογικό ιστό. Το ταυτοποιημένο διαφορά στη σύνθεση των αμινοξέων προς υδρόφιλα αμινοξέα στην εναλλακτική ματισμένη exome καρκίνος είναι μια πιθανή εξήγηση για την προκατάληψη σε επίτοπους Ι δυναμικό HLA τάξης. Η προτίμηση για υδρόφιλα αμινοξέα στο στάδιο του εναλλακτικού ματίσματος mRNA θα μπορούσε να υποστηρίξει την ανάπτυξη του καρκίνου με την παροχή αυτή με τη δυνατότητα αποφυγής του ανοσοποιητικού συστήματος του ξενιστή. Στην περίπτωση αυτή με οδηγεί σε επιτόπια έχω λιγότερους πιθανούς HLA τάξης παρουσιάζονται στην κυτταρική επιφάνεια.

Υλικά και Μέθοδοι

εξαγωγή δεδομένων από τη βάση δεδομένων ASTD

Το εναλλακτικό μάτισμα και Απομαγνητοφώνηση βάση δεδομένων Διαφορετικότητα (ASTD) παρέχει πρόσβαση σε μια συλλογή εναλλακτικών γεγονότων ματίσματος και οι μεταγραφές των γονιδίων από το ανθρώπινο, ποντικού και αρουραίου [26]. Ο στόχος της βάσης δεδομένων είναι να αναλυθούν οι μηχανισμοί εναλλακτικού ματίσματος σε κλίμακα γονιδιώματος κλίμακα. Ενσωματώνει ένα υπολογιστικό αγωγό για την ανίχνευση και τον χαρακτηρισμό των προτύπων ματίσματος ισομορφής καθώς και εναλλακτικές εσώνια και εξόνια. Η βάση δεδομένων περιέχει προβλεπόμενη μεταγραφές, που δημιουργούνται από τη χαρτογράφηση εκφρασμένων ετικετών αλληλουχίας (ESTs) για να γονιδιώματος αλληλουχίες. Η μελέτη μας βασίζεται στην έκδοση ASTD v1.1 build 9 (προσβάσιμες σε ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/astd/). Η βάση δεδομένων καλύπτει 14.194 ανθρώπινα γονίδια και απαριθμεί 50.581 μοναδικές μεταγραφές που δεν καλύπτονται από Ensembl γονίδια. Με βάση την σχετική τεκμήρια από βιβλιοθήκες cDNA, πολλές από αυτές τις μεταγραφές έχουν επισημανθεί με πληροφορίες παθολογία. Οι πληροφορίες παθολογία δίνεται ως EVOC οντολογίες, το οποίο είναι ένα ελεγχόμενο λεξιλόγιο για δεδομένα ενωτική γονιδιακή έκφραση [27]. Ως εναλλακτική λύση στη βάση δεδομένων ASTD, θα θέλαμε να χρησιμοποιήσει τα στοιχεία αλληλουχίας RNA, αλλά δεν μπόρεσε να εντοπίσει κάποιο χρησιμοποιήσιμο βάση δεδομένων, παρέχοντας γονιδίωμα-ευρεία κάλυψη πιθανών μεταγραφές, μαζί με τις πληροφορίες παθολογία.

Δύο σύνολα δεδομένων ήταν δημιουργούνται με βάση σχολιασμένη πληροφορίες παθολογία. Όλες οι μεταγραφές ετικέτα με τις πληροφορίες να εκφράζεται σε φυσιολογικό ιστό αποδόθηκαν σε υποομάδα N. Αυτό το υποσύνολο αποτελείτο από 30.739 μεταγραφές προέρχονται από 11.980 γονίδια. Ένα δεύτερο υποσύνολο, C, με μεταγραφές που σχετίζονται με τον καρκίνο, αποτελούνταν από 27967 μεταγραφές που προέρχεται από 10.730 γονίδια

Το υποσύνολο του καρκίνου περιλαμβάνει όλες τις μεταγραφές με ετικέτα όρους EVOC που σχετίζονται με τον καρκίνο.? ότι είναι να είναι μια υποομάδα του όγκου στην ιεραρχία οντολογία EVOC (Πίνακας 3). Διάφοροι όροι EVOC μπορεί να συσχετιστεί με την ίδια μεταγραφή.

Η

Για την ανάλυση μας, μας ενδιαφέρει μεταγραφές συνδέεται αποκλειστικά με το φυσιολογικό ιστό ή σε μία ή περισσότερες από τις καρκίνο όρων EVOC. Δύο νέα υποσύνολα που αποτελούνται από μεταγραφές που σχετίζονται μόνο είτε σε κανονικό ή καρκίνο όροι EVOC δημιουργήθηκαν. Από 30.739 μεταγραφές που συνδέονται με την κανονική, 16.566 ήταν μοναδικά που σχετίζονται με φυσιολογικό ιστό, οφείλεται στη βάση δεδομένων ASTD, και όχι με τον καρκίνο (μοναδικό σύνολο N). Το υποσύνολο των μεταγραφών μοναδικά σχετίζεται με τον καρκίνο (μοναδικό σύνολο C) αποτελείται από 13.794 μεταγραφών (βλέπε πίνακα 4). Οι μεταγραφές που καλύπτονται από κάθε σύνολο δεδομένων είναι μοναδικά για είτε φυσιολογικό ιστό ή καρκίνο, όπως ορίζεται από τη βάση δεδομένων ASTD. Η βάση δεδομένων ASTD δεν παρέχει πληροφορίες παθολογίας για όλες τις μεταγραφές, ούτε λίστες όλους τους πιθανούς τύπους ιστών ή παθολογίες. Κατά συνέπεια, αναφερόμαστε σε σύνολα μας για μεταγραφές μοναδικά σχετίζεται με φυσιολογικά ή καρκίνο ως υπερ-εκπροσωπούνται είτε σε κανονική ή καρκινικού ιστού.

Η

Η μετάφραση στα πρωτεΐνες

Όλες οι μεταγραφές ανατεθεί είτε κανονική ή του καρκίνου παθολογία μεταφράστηκαν στις αντίστοιχες πρωτεϊνική ακολουθία τους χρησιμοποιώντας το Virtual ριβοσώματος [28]. Η μακρύτερη ORF μεταξύ όλων των τριών πλαισίων αναγνώσεως επιλέχθηκε ως μεταφρασμένη αλληλουχία πρωτεΐνης. Η πρωτεϊνική αλληλουχία και η αντίστοιχη μεταγραφής απορρίφθηκαν αν δεν ORF βρέθηκε ή εάν η προκύπτουσα αλληλουχία πρωτεΐνης ήταν μικρότερη από 9 αμινοξέα. Το όριο των 9 αμινοξέων επελέγη ως ακολούθως έχουμε εφαρμόσει την πρόβλεψη επίτοπο σε 9-μερές πεπτίδια, αν και γνωρίζουμε ότι αυτό το μικρό πρωτεΐνες μπορεί να μην είναι λειτουργική. Εφαρμόζοντας αυτό το φίλτρο οδήγησε σε ένα κανονικό σύνολο 16.490 μεταγραφές και μια σειρά καρκίνου των 13.721 μεταγραφές.

Δημιουργία μοναδική 9-μερή

Όλες οι πρωτεΐνες έχουν ανατεθεί είτε σε κανονική ή καρκίνο κράτη παθολογία χωρίστηκαν σε επικαλυπτόμενα 9-μερές πεπτίδιο ακολουθίες. Πεπτιδίου αλληλουχίες που βρέθηκαν και στις δύο ομάδες απομακρύνθηκαν, οδηγώντας στη δημιουργία δύο σύνολα μοναδικά πεπτίδια 9-μερές. Υπάρχουν 1.856.231 μοναδικές 9-μερή στην κανονική ομάδα (Ν-πεπτιδιώματος) και 1.684.028 μοναδική 9-μερή στην ομάδα του καρκίνου (C-πεπτιδιώματος). Σημειώστε ότι φυσιολογικών και καρκινικών σύνολα δεν αποτελούνται από πλήρεις πρωτεΐνες? αποτελούνται μόνον από τα μοναδικά 9-μερές πεπτίδια δεν βρέθηκε σε ένα άλλο σύνολο. Παραλλαγμένο σύνολα τόσο τη μοναδική Ν και μοναδικό σύνολο C δημιουργήθηκαν. Για κάθε σύνολο, ένα τοπικά παραλλαγμένα και ένα παγκόσμιο παραλλαγμένο σύνολο 9-Meric πεπτίδια δημιουργήθηκε. Τα τοπικά παραλλαγμένα σκηνικά κατασκευάστηκαν με μετάθεση κάθε 9-μερές, διατηρώντας έτσι την σύνθεση αμινοξέων σε κάθε 9-μερές σταθερό. Οι παγκόσμιες παραλλαγμένα σύνολα έγιναν κατασκευάζοντας τυχαία νέες 9-μερή έξω από όλα τα αμινοξέα σε κάθε σειρά. Αυτό διατηρεί την σύνθεση συνολική αμινοξέος εντός των μοναδικών Ν και C σύνολα, τοπικές ιδιότητες μέσα σε κάθε 9-mer, ωστόσο, να καταστραφούν.

Πρόβλεψη των πιθανών HLA τάξης Ι επίτοπων

Η μέθοδος πρόβλεψης NetMHCpan-2,4 [29], [30] χρησιμοποιήθηκε για την πρόβλεψη δυνητικών επίτοπων για το 12 HLA τάξης Ι supertypes [31]. Η μέθοδος NetMHCpan-2.4 εκπαιδεύτηκε σε πειραματικά επικυρωμένων στοιχείων άνω των 100.000 ποσοτική πεπτίδιο – αλληλεπιδράσεις HLA τάξης Ι που καλύπτουν πάνω από 100 μόρια HLA και έχει αξιολογηθεί ως το καλύτερο παν-ειδική μέθοδο για το πεπτίδιο HLA δεσμευτικός ως προς μια μεγάλη μελέτη συγκριτικής αξιολόγησης [32]. Μια γενική αποδεκτές κατώφλι για σύνδεση είναι ένας όρος βαθμό του 1% [33], [34] (δεσμευτική δύναμη που εμπίπτουν στο ανώτατο 1% σε σύγκριση με ένα μεγάλο σύνολο τυχαίων φυσικών πεπτιδίων), το οποίο είναι επίσης το κατώτατο όριο, που χρησιμοποιούνται σε όλη αυτή τη μελέτη .

Τα ποσοστά των πιθανών επιτόπων ανά 9-mer για όλες τις 6 σειρές (κανονική 9-μερή, κανονική παραλλαγμένο σε παγκόσμιο 9-μερή, κανονική παραλλαγμένο τοπικά 9-μερή, καρκίνο 9-μερή, καρκίνο παγκοσμίως παραλλαγμένο 9- μερή και του καρκίνου τοπικά παραλλαγμένα 9-μερή) υπολογίστηκαν. Ρ-τιμές για διαφορά στο ποσοστό της προβλεπόμενης επιτόπων μεταξύ φυσιολογικού και του καρκίνου του 9-μερών για τη μη παραλλαγμένο και παραλλαγμένα υποσύνολα υπολογίστηκαν με δοκιμή 2-δείγματος για την ισότητα των αναλογιών και προσαρμόζεται για πολλαπλές δοκιμές (Bonferroni διόρθωση).

αμινοξέων κλίμακες

Η αφθονία αμινοξέων για φυσιολογικό ιστό σε σύγκριση με καρκινικό ιστό προσδιορίστηκε με βάση όλες τις μοναδικές 9-μερή των δύο συνόλων δεδομένων. Οι σχετικές συχνότητες για όλα τα αμινοξέα, τόσο τα φυσιολογικά και καρκινικά σύνολα υπολογίστηκαν. Παρατηρούμενη αναλογία των συχνοτήτων (Ν /Ο) των αμινοξέων μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών συσχετίστηκε με Ηορρ-Woods υδροφιλικότητα [35] και Wimley-White κλίμακα υδροφοβικότητας [36] αξίες. Η αναλογία περαιτέρω συσχετίστηκε με μια μέση κλίμακα κατάταξης ανά αμινοξέων όπως δημοσιεύονται από Simpso]. Σύμφωνα με Simpson [37], η κλίμακα είναι με βάση τη μέση κατάταξη των αμινοξέων σύμφωνα με τη συχνότητα εμφάνισης τους σε κάθε βαθμίδα αλληλουχία για 38 δημοσιεύθηκε κλίμακες υδροφοβικότητας [38]. Άλλες κλίμακες που ερευνήθηκαν μέσος όγκος των θαμμένα υπολείμματα [39], [40], van der Waals όγκο [41] και το συνολικό εμβαδόν προσιτή επιφάνεια [42].

Bootstrapping εφαρμόστηκε για να ελέγξετε αν μια κλίμακα ιδιοκτησίας αμινοξύ συσχετίζεται με εμπλουτισμένο έκφραση των υπολειμμάτων είτε σε μοναδικές φυσιολογικά ή καρκινικά 9-μερή. Για κάθε κλίμακας, η ο συντελεστής Spearman υπολογίστηκε και η σημασία της συσχέτισης υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας το ακριβές τεστ μετάθεσης.

προκατάληψη HLA μοτίβο

μοτίβα πρόσδεσης HLA παρήχθησαν από τα δεδομένα NetMHCpan-2.4 κατάρτισης . Θέση ειδικού βάρους-μήτρες υπολογίστηκαν με τη χρήση στάθμισης ακολουθίας και της διόρθωσης για χαμηλά επίπεδα [43]. λογότυπα Ακολουθία οπτικοποιήθηκαν όπως περιγράφεται από τους Schneider και Stephens [44], όπου το κάθε γράμμα αντιπροσωπεύει αναλογική συχνότητα του αντίστοιχου αμινοξέος σε αυτή τη θέση. Βασισμένο σε συχνότητες αμινοξέων και παρατηρούμενη αναλογία των συχνοτήτων (Ν /Ο) των αμινοξέων μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών, εμείς υπολογίζεται για το HLA-A * A02:01, HLA-A * A01:01 και HLA-A * A03: 01 μοτίβα αντίστοιχη συνολική μεροληψία τους προς είτε που ορίζεται κανονικές ή καρκίνου του πεπτιδίου μας. Αυτό έγινε για όλα τα 20 αμινοξέα και για τα 5 περιστατικά πιο συχνές αμινοξέος ανά μοτίβο. Ανά θέση, η τάση για να ταιριάζει κατά προτίμηση είτε στην κανονική είτε ο καρκίνος πεπτιδιώματος υπολογίστηκε με άθροιση των αντίστοιχων συχνοτήτων αμινοξέων πολλαπλασιάζεται με τις σχετικές τιμές N /C για όλα τα 20 αμινοξέα.