Αφηρημένο

Ιστορικό

Έχουμε ήδη εντοπιστεί μια ένωση μεταξύ ενός αναντιστοιχία γονίδιο επισκευή,

MLH1

, υποστηρικτής SNP (rs1800734) και μικροδορυφορικού ασταθής (MSI-H) του παχέος εντέρου (CRCs) σε δύο δείγματα. Η τρέχουσα μελέτη επεκτάθηκε σε αυτό το εύρημα ως διερευνήσαμε τη γενετική βάση της μεθυλίωσης του DNA σε αυτήν την περιοχή του χρωμοσώματος 3. Υποθέσαμε ότι συγκεκριμένες πολυμορφισμών στο

MLH1

γονιδιακή περιοχή που προδιαθέτουν σε DNA μεθυλίωση, με αποτέλεσμα την απώλεια του

MLH1

γονιδιακής έκφρασης, η λειτουργία αναντιστοιχία επισκευή, και, κατά συνέπεια, να γονιδιώματος σε επίπεδο μικροδορυφορικού αστάθειας.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Πρέπει πρώτα ελεγχθεί η υπόθεση μας σε ένα δείγμα από το Οντάριο (901 περιπτώσεις, 1.097 έλεγχοι) και να αναπαραχθεί σημαντικές διαπιστώσεις σε δύο επιπλέον δείγματα από τη Νέα Γη και Λαμπραντόρ (479 περιπτώσεις, 336 ελέγχους) και από το Σιάτλ (591 περιπτώσεις, 629 έλεγχοι). Λογιστική παλινδρόμηση χρησιμοποιήθηκε για να ελεγχθεί η συσχέτιση ανάμεσα SNPs στην περιοχή του

MLH1

και CRC, MSI-H CRC,

MLH1

έκφραση γονιδίου σε CRC, και μεθυλίωση του DNA σε CRC. Η συσχέτιση μεταξύ rs1800734 και MSI-H CRCs, έχουν αναφερθεί στο παρελθόν στο Οντάριο και Νέα Γη, επαναλήφθηκε στο δείγμα Σιάτλ. Δύο επιπλέον SNPs, σε ισχυρή ανισορροπία σύνδεσης με rs1800734, έδειξε ισχυρή ενώσεις με

MLH1

μεθυλίωση προαγωγού, απώλεια MLH1 πρωτεΐνης και MSI-H CRC σε όλα τα τρία δείγματα. Το μοντέλο λογιστικής παλινδρόμησης της MSI-H CRC που περιλαμβάνονται

MLH1

κατάσταση προαγωγέα-μεθυλίωσης και την κατάσταση immunohisotchemistry MLH1 ταιριάζει πιο φειδωλά και στα τρία δείγματα σε συνδυασμό. Όταν rs1800734 προστέθηκε με το μοντέλο αυτό, το αποτέλεσμα δεν ήταν στατιστικά σημαντική (

P

-τιμή = 0,72 έναντι 2,3 × 10

-4 όταν το SNP εξετάστηκε μόνο).

συμπεράσματα /Σημασία

η παρατηρούμενη συσχέτιση του rs1800734 με MSI-H CRC συμβαίνει μέσω της επίδρασής της στο

MLH1

μεθυλίωση προαγωγού, ανεπάρκεια MLH1 IHC, ή και τα δύο

Αιτιολογική αναφορά.: Μρκόνιτς Μ, Ρόσλιν NM, Greenwood CM, Ράπτης S, Pollett Α, Laird PW, et al. (2010) Ειδικές Παραλλαγές στο MLH1 Gene Περιφέρεια μπορεί να οδηγήσει μεθυλίωσης του DNA, απώλεια της έκφρασης πρωτεΐνης, και MSI-H Καρκίνος του παχέος εντέρου. PLoS ONE 5 (10): e13314. doi: 10.1371 /journal.pone.0013314

Επιμέλεια: Alfons Navarro, Πανεπιστήμιο της Βαρκελώνης, Ισπανία

Ελήφθη: 28 Ιούν του 2010? Αποδεκτές: 15, Σεπτεμβρίου του 2010? Δημοσιεύθηκε: 13 Οκτωβρίου, 2010

Copyright: © 2010 Μρκόνιτς et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση ομάδα από το καναδικό Ινστιτούτο Έρευνας Υγείας (CIHR επιχορήγηση CRT-43821 για να JM, ΒΒ, JK, SG, RG, PP και BY). Επιπλέον, το έργο αυτό υποστηρίζεται από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, National Institutes of Health υπό Αίτημα Για εφαρμογές CA-95-011 και μέσα από συμφωνίες συνεργασίας με τα μέλη της οικογένειας του παχέος εντέρου μητρώου και κύριοι ερευνητές (U01 CA074783 απονέμεται σε Οντάριο Μητρώου Μελετών της οικογενή καρκίνο του παχέος εντέρου, και U24 CA074794 απονέμεται σε Σιάτλ καρκίνο του παχέος εντέρου Οικογένεια Registry). A.D.P. και N.R. υποστηρίζονται από Genome Canada. A.D.P. κατέχει ο Καναδάς Έρευνας Έδρα Γενετικής πολύπλοκες ασθένειες. B.W.Z. και T.J.H. είναι αποδέκτες των Ανώτερος βραβεία ανακριτής από το Ινστιτούτο του Οντάριο για την Έρευνα του Καρκίνου, μέσω γενναιόδωρη υποστήριξη από το Υπουργείο Έρευνας και Καινοτομίας του Οντάριο. Επιπλέον, το έργο αυτό υποστηρίζεται εν μέρει από το Αμερικανικό Ινστιτούτο Έρευνας για τον Καρκίνο χορηγήσει 99B055 (Β.Β. και Ι.Κ.). Μ.Μ. είναι ένα Έρευνα Φοιτητικά του καναδικού Αντικαρκινικής Εταιρείας μέσω βραβείο από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου του Καναδά (018.668). Μ.Μ. υποστηρίχθηκε επίσης από τους μεταπτυχιακούς υποτροφία από την ομάδα στο Διεπιστημονικής Έρευνας για τον Καρκίνο του παχέος εντέρου, με χρηματοδότηση από τις καναδικές Ινστιτούτα Ερευνών Υγείας (CIHR) και από τον Samuel Lunenfeld Research Institute. Όλοι οι συγγραφείς είχαν την πλήρη ευθύνη για το σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή δεδομένων, την ανάλυση και ερμηνεία των δεδομένων, την απόφαση να υποβάλει το χειρόγραφο για δημοσίευση, και το γράψιμο του χειρογράφου. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) είναι η τέταρτη πιο κοινή μορφή καρκίνου, και η δεύτερη κύρια αιτία του καρκίνου που σχετίζονται με θανάτους στη Βόρεια Αμερική [1]. CRCs μπορεί να υποδιαιρεθεί φειδωλά σε δύο μεγάλες ομάδες που ορίζονται από τα γενετικά μονοπάτια που εμπλέκονται. Η οδός καταστολέα, παρατηρήθηκε σε & gt? 80% των περιπτώσεων CRC, περιλαμβάνει ανωμαλίες του /χωρίς φτερά μονοπάτι σηματοδότησης APC και χαρακτηρίζεται από συχνές σωματικές μεταλλάξεις των ογκογονιδίων και η απώλεια της ετεροζυγωτίας των ογκοκατασταλτικών γονιδίων, χρωμοσωμική αστάθεια, και μικροδορυφορικών σταθερές (MSS) όγκων. Η οδός μεταλλάκτη, από την άλλη πλευρά, αντιπροσωπεύει ~15-20% των περιπτώσεων CRC και τα αποτελέσματα από μια ανεπάρκεια του συστήματος επιδιόρθωσης αναντιστοιχία-(MMR), η οποία οδηγεί σε ευρεία γονιδιακή αστάθεια μικροδορυφόρου (MSI) [2], [ ,,,0],3]. MSI όγκοι έχουν κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά διακριτό από όγκους MSS σε ότι τείνουν να εμφανίζονται πιο συχνά σε εγγύς κόλον, έχουν βλεννώδες ιστολογία, ενδοδιηθητικά όγκου λεμφοκύτταρα, κακή διαφοροποίηση, και του Crohn-όπως αντίδραση [4]. CRCs μπορούν επίσης να ταξινομηθούν με βάση την επιγενετική αστάθεια σε CpG νησί Methylator φαινότυπο (CIMP) -θετικό και CIMP-αρνητικούς όγκους [5]. CIMP-θετικούς όγκους CRC μπορεί να υποδιαιρεθεί στη συνέχεια σε δύο ομάδες, μια πιο συχνοί όγκοι CIMP1, τα οποία είναι MSI-H οφείλεται σε

MLH1

μεθυλίωση υποστηρικτής, και οι όγκοι CIMP2, τα οποία είναι MSS [5]. Περίπου το 80-90% των σποραδικών MSI CRCs εμφανίζουν απώλεια της λειτουργίας MMR λόγω

MLH1

μεθυλίωση υποκινητή [6], [7]. Ο πιθανός μηχανισμός μέσω του οποίου το

MLH1

είναι επιγενετικώς σιωπή είναι ασαφής.

προηγούμενες εργασίες μας με στόχο να διαλευκανθεί ο ρόλος ενός πάνελ των SNPs στο MMR γονίδια σε CRC. Που περιλαμβάνονται σε αυτό το πάνελ ήταν ο

MLH1

-93G & gt? Ένα πολυμορφισμός υποκινητή (rs1800734), και παρατηρήσαμε τη σύνδεσή του με το MSI-H όγκων σε δύο δείγματα από τις καναδικές επαρχίες του Οντάριο και Νέα Γη και Λαμπραντόρ [8]. Αρκετές μελέτες επιβεβαίωσαν στη συνέχεια επεκτάθηκε και στις διαπιστώσεις μας και έχουν παρατηρηθεί συσχετίσεις μεταξύ του

MLH1

-93G & gt? Ένα πολυμορφισμός και

MLH1

μεθυλίωση προαγωγού σε CIMP CRCs, καθώς και η ανεπάρκεια MLH1 IHC [9] , [10], [11]. Ωστόσο, δεν προγνωστικό μοντέλο έχει προταθεί για να περιγράψει τέτοια ευρήματα. Η συσχέτιση μεταξύ του

MLH1

πολυμορφισμός υποκινητή (rs1800734) και μεθυλίωση μπορεί να υποδεικνύει την εξειδίκευση ακολουθίας με μεθυλίωση του DNA.

Υποθέσαμε μια σταδιακή εξέλιξη σε MSI-H CRCs με βάση τη γενετική προδιάθεση για την ηγετική της μεθυλίωσης του DNA να

MLH1

γονιδιακή σίγηση και αστάθειας του μικροδορυφορικού DNA (Σχήμα 1). Περαιτέρω, υποθέσαμε ότι η

MLH1

-93G & gt? A πολυμορφισμός μπορεί να είναι σε ισχυρή ανισορροπία συνδέσεως (LD) με άλλες παραλλαγές, και ότι μία ή περισσότερες από αυτές τις παραλλαγές προδιαθέτουν την περιοχή να μεθυλίωση, η οποία στη συνέχεια οδηγεί σε απώλεια του

MLH1

γονιδιακής έκφρασης και ένα ελαττωματικό MMR συστήματος, που οδηγεί σε μικροδορυφορική αστάθεια. Έχουμε αναλάβει μια προσέγγιση βασισμένη στον πληθυσμό με τη χρήση τριών ανεξάρτητων δειγμάτων. Αυτή η μελέτη χρησιμοποίησε ένα μοναδικό συνδυασμό της γενετικής επιδημιολογίας και λειτουργικές στρατηγικές για να προσδιορίσει και να χαρακτηρίσει αλληλόμορφα που παίζουν ρόλο στην τροποποίηση της ανάπτυξης CRC σε μια σημαντική και κοινή υποομάδα των περιπτώσεων.

Ειδικές SNPs προδιαθέτουν την περιοχή, συμπεριλαμβανομένου του

MLH1

γονίδιο υποκινητή, να μεθυλίωση, η οποία οδηγεί σε αποσιώπηση προαγωγό και την απώλεια του

MLH1

γονίδιο έκφρασης που μετράται με ανοσοϊστοχημική χρώση. Απώλεια το

MLH1

έκφραση του γονιδίου οδηγεί σε γονιδιώματος σε επίπεδο μικροδορυφορικού αστάθεια και MSI-Η καρκίνο του παχέος εντέρου.

Η

Υλικά και Μέθοδοι

Κριτήρια Επιλογής SNP

επιλέχθηκαν Οι πολυμορφισμοί αναλύθηκαν με 5 ‘νουκλεάσης δοκιμασία σε αυτή τη μελέτη με βάση την εκτεταμένη βάση δεδομένων και βιβλιογραφία αναζητήσεις όπως περιγράφηκε προηγουμένως [8], [12]. Η περιοχή 500 kb του χρωμοσώματος 3 που περιβάλλει το

MLH1

ήταν ο γονότυπος για όλες τις διαθέσιμες πολυμορφισμούς από ένα συνδυασμό Affymetrix GeneChip χαρτογράφησης του ανθρώπινου 100K και 500K πλατφόρμες. Επιπλέον, επιλέξαμε SNPs στην περιοχή του ενδιαφέροντος που βρίσκονται σε ισχυρή LD με rs1800734 στα δεδομένα HapMap (απελευθέρωση 27 σε πληθυσμό CEU), διατίθενται στο κοινό σε https://www.hapmap.org. Δύο τέτοιες SNPs εντοπίστηκαν και συμπεριλήφθηκαν επίσης

Θέματα Μελέτη

Πραγματοποιήσαμε τη μελέτη αυτή με θέματα από τρεις διαφορετικές θέσεις:. Η επαρχία του Οντάριο, η επαρχία της Νέας Γης και του Λαμπραντόρ (εφεξής όπως Newfoundland), και η μητροπολιτική περιοχή του Σιάτλ. Σε όλες τις περιοχές, συμπεριλήφθηκαν μόνο άτομα με ένα μόνο όγκο. ασθενείς CRC και ανεπηρέαστη ελέγχους από το Οντάριο και Νέα Γη προέκυψαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [8], [12]. Εν συντομία, για το Οντάριο 1004 ασθενείς CRC και το 1957 τους ελέγχους εντοπίστηκαν από το Οντάριο οικογενή καρκίνο του παχέος εντέρου Μητρώου (OFCCR) [13]. Για να ελαχιστοποιηθεί η πιθανότητα για τη διαστρωμάτωση του πληθυσμού που αποκλείονται από τις περιπτώσεις αναλύσεις που ήταν μη-λευκό και εκείνων που δεν αναφέρουν την εθνικότητα. Από τους ασθενείς περίπτωση 1004, 929 ήταν λευκό. Δεν υπάρχουν σχετικές περιπτώσεις χρησιμοποιήθηκαν στη μελέτη. Περαιτέρω, αποκλείσαμε όλα CRC ασθενείς με γνωστή MMR μεταλλάξεις γονιδίου βλαστικής γραμμής (11 περιπτώσεις με μία γνωστή μετάλλαξη στο MLH1, 10 στην MSH2, και ένα στην MSH6) και όλα τα CRC περιπτώσεις που ήταν ανεπαρκή σε μία από τις MMR πρωτεΐνες εκτός από MLH1 ( 14 MSH2 /MSH6 IHC ανεπάρκεια όγκοι). 901 ασθενείς CRC παρέμεινε και αποτελούν τις υποθέσεις του Οντάριο. Όλες οι πληροφορίες του ασθενούς, καθώς και λήφθηκαν δείγματα αίματος και ιστού όπως περιγράφηκε προηγουμένως [8].

Ένα σύνολο 1957 ατόμων της ομάδας ελέγχου από το Οντάριο συμφώνησαν να συμμετάσχουν στη μελέτη και ολοκλήρωσε τα τρία ερωτηματολόγια (οικογενειακή, προσωπική και ερωτηματολόγια διατροφής). Του 1957, 1314 ελέγχους που προβλέπονται από δείγματα αίματος, και 1097 από αυτούς ήταν λευκοί. Αυτά τα 1097 άτομα ελέγχου με επιτυχία ο γονότυπος και, συνεπώς, αποτελούσαν τους ελέγχους του Οντάριο. Περίπου το 21% των περιπτώσεων OFCCR και το 12% των ελέγχων έχουν συγγενείς πρώτου βαθμού που πάσχουν από CRC.

Η δεδουλευμένη μοτίβο που ακολουθείται από το Newfoundland οικογενή καρκίνο του παχέος εντέρου Μητρώου (NFCCR) ήταν παρόμοια με εκείνη που ακολουθείται από την OFCCR. Οι ασθενείς με CRC εντοπίστηκαν μέσω του μητρώου του όγκου Newfoundland? 1144 ασθενείς CRC εντοπίστηκαν, από τους οποίους 747 απάντησαν στο ερωτηματολόγιο οικογενειακό ιστορικό και 555 έδωσαν δείγματα αίματος? 490 παρέχονται πληροφορίες εθνικότητα και ταξινομήθηκαν ως λευκό. Δεν υπάρχουν σχετικές περιπτώσεις χρησιμοποιήθηκαν στη μελέτη. Τέσσερις CRC περιπτώσεις με γνωστές μεταλλάξεις βλαστικής σειράς στο MSH2 αποκλείστηκαν, όπως και οι 11 μη-MLH1 MMR IHC ανεπάρκεια περιπτώσεις (5 για MSH2, 5 για MSH6, και 1 για την ανεπάρκεια PMS2). Οι υπόλοιποι 479 ασθενείς CRC αποτελούν οι περιπτώσεις Newfoundland

Νέα Γη έλεγχοι είχαν προσληφθεί με χρήση τυχαίων ψηφίων κλήσης, και ταιριάζει στις περιπτώσεις κατά φύλο και ηλικιακή ομάδα 5 ετών.? 1602 έλεγχοι συμφώνησαν να συμμετάσχουν, από τους οποίους 336, σε αυτό το στάδιο, έχουν ολοκληρώσει και τα τρία ερωτηματολόγια και έδωσαν δείγματα αίματος. Δεν υπάρχουν σχετικές έλεγχοι χρησιμοποιήθηκαν στη μελέτη. Περίπου το 31% των περιπτώσεων NFCCR και 18% της ομάδας ελέγχου είχαν συγγενείς πρώτου βαθμού που πάσχουν από CRC.

Για το Σιάτλ, οι περιπτώσεις και οι έλεγχοι είχαν προσληφθεί από τον Έρευνας Καρκίνου Fred Hutchinson Center (FHCRC) όπως περιγράφηκε προηγουμένως [14] . Εν συντομία, οι ασθενείς CRC που είχαν διαγνωστεί μεταξύ των ηλικιών 20 και 74 χρόνια στο King, Snohomish, ή Pierce νομοί της Ουάσιγκτον από τον Ιανουάριο του 1998 και τον Ιούνιο του 2002 σε επαφή. Όλα τα CRC περιπτώσεις συμπεριλήφθηκαν ανεξάρτητα από το οικογενειακό ιστορικό. Από τις 1814 περιπτώσεις και 1531 ελέγχους που συμπλήρωσαν τα δύο ερωτηματολόγια, 1497 περιπτώσεις και 745 έλεγχοι δώρισε ένα δείγμα αίματος. Για τη μελέτη αυτή, θα λαμβάνονται δείγματα DNA για 668 CRC περιπτώσεις και 667 έλεγχοι του Καυκάσου εθνικότητας. Δεκαπέντε MMR IHC ανεπάρκεια CRC περιπτώσεις αποκλείστηκαν (10 για MSH2, 1 για MSH6, και 4 για την ανεπάρκεια PMS2). Δεν υπάρχουν σχετικές περιπτώσεις ή έλεγχοι χρησιμοποιήθηκαν στη μελέτη. Περίπου το 14% των περιπτώσεων FHCRC και 8% της ομάδας ελέγχου είχαν συγγενείς πρώτου βαθμού που πάσχουν από CRC.

Τα δεδομένα συλλέχθηκαν με την ηλικία κατά τη διάγνωση (για τις περιπτώσεις), ηλικία κατά την συμπλήρωση του ερωτηματολογίου οικογενειακό ιστορικό, τη θέση του όγκου, το στάδιο του όγκου, και βαθμού όγκου, όταν είναι διαθέσιμα, μέσω της αναθεώρησης των παθολογικών ή /και χειρουργικές εκθέσεις. Όγκοι οργάνωσαν και κλιμακώνονται ανάλογα με τη μέθοδο της μεικτής επιτροπής της Αμερικής για τον Καρκίνο [15]. δείγματα αίματος και ιστού ελήφθησαν μετά από ενημέρωση γραπτή συγκατάθεση για να συμμετάσχουν στη μελέτη, σύμφωνα με τα πρωτόκολλα έχουν εγκριθεί από τα διοικητικά συμβούλια έρευνας ηθική του Mount Sinai Hospital του Πανεπιστημίου του Τορόντο, Memorial University της Νέας Γης, και Έρευνας Καρκίνου Fred Hutchinson Center.

μοριακή γενετική ανάλυση

Single-νουκλεοτιδικός πολυμορφισμός γονότυπου.

λεμφοκύτταρα περιφερικού αίματος απομονώθηκαν από πλήρες αίμα με τη χρήση φυγοκέντρησης βαθμίδωσης Ficoll-Paque σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή (Amersham Biosciences, Baie d «Urfé, Κεμπέκ, Καναδάς). Φαινόλης-χλωροφορμίου ή το κιτ εκχύλισης ΟΝΑ Qiagen (Qiagen Inc., Montgomery Co., MD) χρησιμοποιήθηκε για την εκχύλιση γενωμικού DNA από λεμφοκύτταρα. Το φθορογόνο δοκιμασία 5 ‘νουκλεάσης αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης ή η δοκιμασία TaqMan [16] χρησιμοποιήθηκε για να γονότυπο κάθε ένα από τα ακόλουθα πέντε SNP:

MLH1

-93G & gt? Α (rs1800734), I219V (rs1799977), IVS14-19A & gt ? G (rs9876116),

LRRFIP2

ιντρόνιο 26 IVS26-18T & gt? C (rs749072),

LBA1

ιντρόνιο 8 (rs4431050), και διαγονιδιακές rs13098279. Ακολουθίες των εκκινητών και ανιχνευτών, καθώς και τα μίγματα κύριος αντίδρασης για rs1800734, rs1799977, rs9876116 και είχαν προηγουμένως περιγραφεί [8]. Η

LRRFIP2

rs749072,

LBA1

rs4431050, και διαγονιδιακές rs13098279 πολυμορφισμοί γονότυπος με χρήση του κιτ Eurogentec qtPCR (Eurogentec, San Diego, CA) [8]. Οι αλληλουχίες των εκκινητών και ανιχνευτών για rs749072, rs13098279, και rs4431050 που παρέχονται στο Συμπληρωματικό S4 αρχείου.

SNPs που βρίσκεται στην περιοχή των 500 kb του χρωμοσώματος 3 που περιβάλλει το

MLH1

γονίδιο γονότυπου στο Οντάριο δείγματα με τη χρήση του Affymetrix GeneChip χαρτογράφησης του ανθρώπινου 100K και 500K πλατφόρμες ως μέρος της αξιολόγησης του κινδύνου των όγκων παχέος εντέρου στο έργο του Καναδά (ARCTIC), που περιγράφηκε προηγουμένως [17]. 94 SNPs στην περιοχή των 500 kb, πέρα ​​από τις 5 SNPs γονότυπου με TaqMan, ο γονότυπος για τα δείγματα του Οντάριο εκτείνονται τα ακόλουθα γονίδια:

DCLK3

,

LBA1

,

EPM2AIP1

,

MLH1

,

LRRFIP2

, και

GOLGA4

. Ο κατάλογος των SNPs γονότυπου για τα δείγματα του Οντάριο παρέχεται στο Συμπληρωματικό S1 αρχείου. Τα δείγματα Νέα Γη και το Σιάτλ ήταν ο γονότυπος χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα Illumina iselect 500K Chip. Συνολικά 16 SNPs σε αυτή την περιοχή ήταν ο γονότυπος συμπεριλαμβανομένων rs1800734, rs749072 και rs13098279. Τα δείγματα Newfoundland περαιτέρω χαρακτηρίζεται για τρεις πολυμορφισμούς: rs1799977 και rs9876116 γονότυπου στο παρελθόν [8], και

LBA1

rs4431050. Η rs1800734 SNP ήταν ο γονότυπος και τα δύο από τα Affymetrix Μάρκες και Taqman πλατφόρμες στο Οντάριο και χρησιμοποιήθηκε για την επικύρωση κλήσεις του γονότυπου. Από 1884 δείγματα γονότυπου με τις δύο μεθόδους υπήρχαν 11 ασύμφωνα κλήσεις (0,58%, Συμπληρωματικό S1 αρχείου).

Ο ποιοτικός έλεγχος για προσδιορισμό του γονότυπου έγινε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [17]. Εν συντομία, SNPs αποκλείστηκαν από την ανάλυση των δεδομένων και αν ο ανήλικος συχνότητα αλληλόμορφο ήταν λιγότερο από 1% και ο συντελεστής ήταν λιγότερο από 87% κατά τους ελέγχους σε κάθε ένα από τα τρία κέντρα μελέτης. Επιπλέον, SNPs είχαν αποκλεισθεί αν το

P

-τιμή από ένα τεστ για την ισορροπία Hardy-Weinberg ήταν λιγότερο από 10

-4 στους ελέγχους. Τα άτομα είχαν αποκλεισθεί αν ο συντελεστής προσδιορισμού του γονότυπου ήταν λιγότερο από 87%.

όγκου αστάθεια μικροδορυφόρου ανάλυση.

Όγκων ανάλυση MSI διεξήχθη όπως περιγράφηκε προηγουμένως [18]. Εν συντομία, εγκλεισμένα σε παραφίνη ορθοκολικό όγκου και συμφωνημένα φυσιολογικό κολονικό ιστό από ασθενείς με νέες περιπτώσεις CRC είχαν μικροτομή σε περιοχές με περισσότερο από 70% κυτταρικότητα. PCR για DNA από CRC όγκου και συμφωνημένα φυσιολογικό ιστό του παχέως εντέρου χρησιμοποιήθηκε για να καθιερώσει και να συγκρίνουν τα μοτίβα MSI. ανάλυση MSI διεξήχθη με τουλάχιστον πέντε μικροδορυφορικών δεικτών από τον πίνακα 10 μικροδορυφορικών δεικτών, όπως συνιστάται από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου [19]. κατάσταση MSI ορίστηκε ως MSI υψηλή (MSI-H, ≥30% ασταθή δείκτες μεταξύ όλων δείκτες που εξετάστηκαν), MSI χαμηλή (MSI-L, & lt? 30% δείκτες ασταθής), ή μικροδορυφόρων σταθερό (MSS, δεν ασταθής δείκτες) όπως συνιστάται [19]. Για την ανάλυση, MSI-L και ομάδες MSS συνενώθηκαν σε μία ομάδα (εφεξής «MSS /L»). Οι εκκινητές ελήφθησαν από την Applied Biosystems (Foster City, CA), και αλληλουχίες εναρκτήρα είχαν προηγουμένως περιγραφεί [8].

MMR Protein ανοσοϊστοχημική χρώση

φορμαλίνη σταθερό, εγκλεισμένοι σε παραφίνη ιστοί CRC, συλλέγονται για διαγνωστικούς σκοπούς, χωρισμένο σε 4 μm αποπαραφινοποιήθηκαν και επανυδατώθηκαν με αλκοόλη και ξυλόλιο για ανοσοϊστοχημική ανάλυση του MLH1 όπως περιγράφηκε προηγουμένως [20], [21]. Μετά επανυδάτωση, τα πλακίδια τοποθετήθηκαν σε είτε μια χύτρα ταχύτητας ή αντιγόνου με μικροκύματα ανάκτησης μέσο (10 mmol /L ρυθμιστικού διαλύματος κιτρικού σε ρΗ 6,0 επί 3 λεπτά στους 115 ° C σε microMED T /T Mega? Hacker Instruments & amp? Industries, Inc., Fairfield , NJ). Πρωτεΐνη blocker (20%) με αβιδίνη χρησιμοποιήθηκε για την πρόληψη της μη ειδικής σύνδεσης (Signet Laboratories, Inc, Dedham, ΜΑ). Μετά τα πλακίδια πλύθηκαν σε PBS, οι τομές επωάστηκαν με αντίσωμα ποντικού έναντι MLH1 (δύο παρα είκοσι? G168-728, PharMingen, San Diego, CA), MSH2 (1:100? FE 11, Oncogene Research Products, Cambridge, ΜΑ ), MSH6 (1:100? 44, BD Transduction Laboratories, Mississauga, Ontario, Canada), ή PMS2 (1:50? BD Biosciences Pharmingen, Mississauga, Ontario, Canada) για 1 ώρα. Τα αντισώματα στη συνέχεια ανιχνεύεται με χρήση αβιδίνης-βιοτίνης:. 3,3′-διαμινοβενζιδίνη τετραχλωριούχο χρησιμοποιήθηκε ως χρωμογόνο και αιματοξυλίνη για αντιχρωματισμός

MLH1 Promoter Analysis μεθυλίωση

MLH1

μεθυλίωση προαγωγού αναλύθηκε χρησιμοποιώντας MethyLight [22], [23]. Tumor DNA από τις διαθέσιμες περιπτώσεις υπόκειται σε μετατροπή όξινο θειώδες νάτριο χρησιμοποιώντας ΕΖ μεθυλίωσης του DNA Gold Kit (Zymo Research, Orange, CA) σύμφωνα με τις συστάσεις του κατασκευαστή.

MethyLight ανάλυση του

MLH1

προαγωγού διεξήχθη όπως περιγράφηκε προηγουμένως [23]. Η αντίδραση ελέγχου Alu-C4 χρησιμοποιήθηκε για την κανονικοποίηση για το DNA εισόδου διθειώδες μετατραπέντα [23]. Τα δείγματα ταξινομήθηκαν ως θετικά για

MLH1

μεθυλίωση προαγωγού αν τοις εκατό μεθυλιωμένα αναφοράς (PMR) ≥10, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [23]. Οι αλληλουχίες εκκινητή και ανιχνευτή για τον

MLH1

και Alu-C4, καθώς και το πρόγραμμα PCR σε πραγματικό χρόνο για ανάλυση MethyLight έχουν αναφερθεί στο παρελθόν [23]. Όλες οι δοκιμασίες διεξήχθησαν σε πλάκες 96-φρεατίων από πολυπροπυλένιο (Axygen Scientific, Union City, CA) και τα αποτελέσματα αναλύθηκαν με τη χρήση του οργάνου ΑΒΙ 7500HT Real-Time PCR και το συνοδευτικό λογισμικό, SDS έκδοση 2.2 (Applied Biosystems, Foster City, CA) . Ανεξάρτητη ποιοτικού ελέγχου για την ανάλυση μεθυλίωσης υποστηρικτής MLH1 πραγματοποιήθηκε εξωτερικά στο 15% των δειγμάτων Οντάριο

Στατιστική Ανάλυση

Κάθε ένα από τα ακόλουθα αποτελέσματα δοκιμάστηκε για σύνδεση με κάθε SNP χρησιμοποιώντας λογιστική παλινδρόμηση:. Παχέος εντέρου καρκίνο (όλα τα CRC περιπτώσεις σε σχέση με τους ελέγχους), μεθυλίωση (

MLH1

μετουσιωμένο όγκων έναντι μη-μετουσιωμένο όγκοι), IHC (MLH1 IHC ανεπάρκεια έναντι καλά όγκοι), και MSI (MSI-H έναντι όγκων MSS /L) , χρησιμοποιώντας ένα πρόσθετο κωδικοποίηση των γονότυπων για κάθε SNP. Φύλο και την ηλικία κατά εξετάσεις, που συλλέγονται για τους ασθενείς και μη προσβλημένα άτομα ελέγχου, χρησιμοποιήθηκαν ως συμμεταβλητές όταν CRC ήταν το αποτέλεσμα, ενώ το φύλο και την ηλικία κατά τη διάγνωση (διατίθεται μόνο για τους ασθενείς) χρησιμοποιήθηκαν σε μοντέλα με τα άλλα αποτελέσματα. Η ανάλυση των ξεχωριστών μοντέλων για τις τρεις περιοχές συλλογής και το συνδυασμένο σύνολο δεδομένων αναλήφθηκε. Στην ανάλυση των συνδυασμένων στοιχείων, η ιστοσελίδα είχε συμπεριληφθεί ως συμμεταβλητή.

Πολλαπλά μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης για την κατάσταση της MSI αξιολογήθηκαν επίσης στο υποσύνολο των δεδομένων στην οποία δεν υπήρχαν τιμές που λείπουν για όλες τις μεταβλητές που περιλαμβάνονται στα μοντέλα (ηλικία, MSI, IHC, μεθυλίωση, και τρεις SNPs). κατάσταση MSI είχε υποχώρησε σε συνδυασμούς των IHC, μεθυλίωση και SNP, για κάθε ένα από τα τρία SNPs που έδειξαν οι ενώσεις στα αρχικά μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης. Δεδομένου ότι τα μεγέθη των δειγμάτων είναι μικρό, ιδιαίτερα στο Σιάτλ, η παλινδρόμηση διεξήχθη με όλα τα δείγματα σε συνδυασμό, ενώ χρησιμοποιώντας ένα συμμεταβλητή για τη θέση πρόσληψης. Για να ελέγξετε για τη συνοχή στα αποτελέσματα, τα μοντέλα επίσης να τρέξει σε κάθε δείγμα ξεχωριστά. Λόγω της ισχυρής σύνδεσης μεταξύ MSI, IHC, και μεθυλίωση και σχεδόν πλήρης διαχωρισμός, η μέγιστη τιμωρείται πιθανότητας χρησιμοποιήθηκε για την παραγωγή των πεπερασμένων εκτιμήσεις παραμέτρων [24]. Όλες οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με R 2.7.0 (https://www.R-project.org).

Για να ελεγχθεί η επίδραση των πολλαπλών δοκιμών, ένας αποτελεσματικός αριθμός των δοκιμών που εκτιμήθηκε για το Οντάριο , το Σιάτλ και Newfoundland, με βάση τη διαδικασία του Λι και Ji [25]. Αυτή η διαδικασία χρησιμοποιεί φασματική αποσύνθεση της παρατηρούμενης συσχέτισης μεταξύ SNPs να εκτιμηθεί ο αριθμός των πλήρως και μερικώς συσχετίζονται δοκιμές. Έτσι, για τον έλεγχο για σφάλμα τύπου Ι, το ονομαστικό επίπεδο σημαντικότητας 0,05 ρυθμίζεται με τον εκτιμώμενο αποτελεσματικό αριθμό των δοκιμών με τη χρήση της κανονικής Bonferroni διαδικασία. Η φασματική αποσύνθεσης πραγματοποιήθηκε με τη χρήση τροποποιημένων σενάρια κατεβάσει από την ιστοσελίδα του Dale Nyholt (https://gump.qimr.edu.au/general/daleN/SNPSpD 4 Ιουλίου 2005), μαζί με το χρυσό 1.1.0 [26] και R 2.7.0 (https://www.R-project.org).

Αποτελέσματα

γονότυπος 901 περιπτώσεις και 1097 ελέγχους από το Οντάριο για 99 SNPs σε μια περιοχή 500 kb του χρωμοσώματος 3 που περιβάλλει το

MLH1

γονιδίου (Σχήμα 2).

ένα σύνολο των 99 πολυμορφισμών εξετάστηκαν στα δείγματα του Οντάριο σε μια περιοχή 500kb του χρωμοσώματος 3 γύρω από το

MLH1

γονίδιο. Τα γονίδια στην περιοχή αυτή που περιγράφεται (άνω πλαίσιο) μαζί με μεταγραφική κατευθυντικότητα τους (κάτω πίνακας). Οι τρεις πολυμορφισμοί του ενδιαφέροντος υποδεικνύεται. Τροποποιημένο από Ensembl (www.ensembl.org)

Η

Έχουμε απομακρυνθεί 25 SNPs οφείλεται σε θέματα ποιοτικού ελέγχου:. Ελάσσονα συχνότητα αλληλόμορφου & lt? 1% (22), καλέστε το ποσοστό & lt? 87% (1) ή Hardy-Weinberg

P

-τιμή & lt? 10

-4 (2), με αποτέλεσμα 74 αναλύονται SNPs. Στη συνέχεια εξετάζονται τα δείγματα Newfoundland (479 περιπτώσεις και 336 έλεγχοι) και Σιάτλ (591 περιπτώσεις και 629 έλεγχοι) για 19 και 16 SNPs ενδιαφέροντος, αντίστοιχα. Όλες οι δείκτες στα δείγματα Νέα Γη και το Σιάτλ περάσει φίλτρα ελέγχου της ποιότητας. Όγκου μικροδορυφορικού αστάθεια αξιολογήθηκε για 744 Οντάριο, 463 Newfoundland, και 487 περιπτώσεις Σιάτλ. χρώση MLH1 IHC διεξήχθη σε 709 Οντάριο, 462 Newfoundland, και 517 περιπτώσεις το Σιάτλ, και

MLH1

ανάλυση μεθυλίωσης υποστηρικτής διεξήχθη σε 569 Οντάριο, 468 Newfoundland, και 210 περιπτώσεις Σιάτλ. Τα χαρακτηριστικά των τριών πληθυσμών δείγμα συνοψίζονται στον πίνακα 1. Γενικά κλινικά και παθολογικά χαρακτηριστικά του CRC του συνολικού πληθυσμού μας περίπτωση ήταν παρόμοια με αυτά των πληθυσμών περίπτωση που χρησιμοποιούνται στα πολλαπλά μοντέλα λογιστική παλινδρόμηση, με την εξαίρεση του Seattle, όπου υπήρχε μια προκατάληψη προς MSI-H όγκους (και αντίστοιχα IHC-ανεπαρκή όγκους). Ο κατάλογος όλων των πολυμορφισμών γονότυπος παρέχεται στο Συμπληρωματικό S1 αρχείου. Φασματική αποσύνθεσης αποκάλυψε ότι δοκιμάζοντας τις 74 SNPs στα δείγματα Οντάριο ήταν ισοδύναμη με 28 αποτελεσματικές δοκιμές? ως εκ τούτου, ο Σύλλογος

P

-τιμές σε σύγκριση με ένα κρίσιμο όριο των

P

= 0,0018, για τον έλεγχο του πειράματος-σοφός επίπεδο σημαντικότητας 5%. Για τα δεδομένα Νέα Γη, η ανάλυση των 19 SNPs αποτελούσαν 8 αποτελεσματικές δοκιμές (

P-τιμή

όριο = 0.0063), και για τα δεδομένα του Σιάτλ τα 16 SNPs ήταν ισοδύναμη με 6 αποτελεσματικές δοκιμές (

P

-τιμή κατωφλίου = 0,0083).

η

Εμείς δοκιμάστηκε για πρώτη φορά για την σχέση μεταξύ κάθε SNP και του κινδύνου CRC (έναντι ελέγχων), MSI-H CRCs (έναντι MSS /L CRCs), MLH1 IHC ανεπάρκεια CRCs (έναντι MLH1 IHC-θετικά), και με το

MLH1

μεθυλίωση προαγωγού (έναντι μη μεθυλιωμένα

MLH1

υποκινητή) (Συμπληρωματική S2 αρχείου). Δύο SNPs είχαν στατιστικά σημαντικά σχετίζεται με αυξημένο κίνδυνο CRC σε Οντάριο:. Rs931913 (

P

= 0.001) και rs4624519 (

P

= 0,005)

Τρεις επιπλέον SNPs ήταν συσχετίστηκε με αυξημένο κίνδυνο για MSI-H ΚΕΣ MLH1 IHC ανεπάρκεια ΚΕΣ και με το

MLH1

υποστηρικτής μεθυλιώνονται CRCs στο Οντάριο (για rs1800734

P

= 0.005,

P

= 0,04 και

P

= 0,018, αντίστοιχα? για rs749072

P

= 3,0 × 10

-4,

P

= 0.011 και

P

= 0,003, αντίστοιχα? και για rs13098279

P

= 0,017,

P

= 0.090 και

P

= 0,037, αντίστοιχα? Συμπληρωματικό S2 αρχείου). Εξετάσαμε αυτά τα ευρήματα στα δύο άλλα δείγματα: για rs1800734 στο Newfoundland,

P

= 8,53 × 10

-5, 1,92 × 10

-5, και 8,95 × 10

-7 για MSI-H, MLH1 IHC-ανεπάρκεια, και

MLH1

μεθυλίωση προαγωγού, αντίστοιχα, και, για το Σιάτλ,

P

= 0.08,

P

= 0.02, και

P

= 0,04, αντίστοιχα? για rs749072 στη Νέα Γη,

P

= 0.001,

P

= 2.4 × 10

-4,

P

= 6.65 × 10

-6, αντίστοιχα, και , για το Σιάτλ,

P

= 0.03,

P

= 0.004 και

P

= αντίστοιχα 0.014? για rs13098279 στη Νέα Γη,

P

= 4.5 × 10

-4,

P

= 4.30 × 10

-5, και 1,98 × 10

-6, αντίστοιχα, και , για το Σιάτλ,

P

= 0.24,

P

= 0.07, και

P

= 0.14 αντίστοιχα. Δείτε Συμπληρωματικό S2 αρχείου. Καμία από τις τρεις τελευταίες SNPs συσχετίστηκε σημαντικά με τον συνολικό κίνδυνο του CRC στα τρία δείγματα που μελετήθηκαν (Συμπληρωματική S2 αρχείου). Αυτά τα τρία SNPs καλύπτουν ένα 197.5-kb περιοχή με rs1800734 βρίσκεται στο

MLH1

προαγωγό, 93 νουκλεοτίδια ανοδικά της θέσης έναρξης της μετάφρασης? rs749072 βρίσκεται στο ιντρόνιο 26 του

LRRFIP2

(IVS26-18T & gt? C)? και rs13098279 βρίσκεται ανάμεσα

LRRFIP2

και

GOLGA4

(Σχήμα 2). Και οι τρεις SNPs βρίσκονται σε ισχυρή ανισορροπία σύνδεσης με τους ελέγχους του Οντάριο (ζεύγη

r

2

& gt? 0,73,

D

‘& gt? 0,98). Ζεύγη

D

»και

r

2

για όλα τα SNPs γονότυπος σε θέματα ελέγχου Οντάριο φαίνεται στο Συμπληρωματικό Σχήματα S1 και S2.

Ανάλυση του και τα τρία δείγματα σε συνδυασμό αποκάλυψαν ισχυρή συσχέτιση μεταξύ rs749072 και μειωμένο κίνδυνο

MLH1

προαγωγέα-μεθυλιωμένο CRC (

P

= 3.80 × 10

-6, ή για την κοινή αλληλόμορφο = 0,45, CI = 0,34 -0.60)? αυξημένο κίνδυνο MLH1-πρωτεΐνης που εκφράζουν CRC όπως μετρήθηκε με χρώση IHC (

P

= 3.99 × 10

-7, ή για την κοινή αλληλόμορφο = 1,87, CI = 1,47 – 2,39)? και μειωμένο κίνδυνο MSI-H CRC (

P

= 2.50 × 10

-7, ή για την κοινή αλληλόμορφο = 0,55, CI = 0,44 – 0,69). Επειδή οι άλλες δύο SNPs (rs1800734 και rs13098279) βρίσκονται σε ισχυρή ανισορροπία σύνδεσης με rs749072, αναλύσεις αυτών των SNPs απέδωσε παρόμοια αποτελέσματα (Πίνακας 2).

Η

Για να εξεταστεί κατά πόσον αυτά τα SNPs συνδέθηκαν με το μονοπάτι που υποθέσαμε (Σχήμα 1), έχουμε την επόμενη δημιούργησε μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης για MSI-H έναντι μη-MSI-H CRCs για τη συνδυασμένη σύνολο δεδομένων (Συμπληρωματική S3 αρχείου). Εμείς πρότυπο MSI-H ως συνάρτηση του καθενός από τα ανάντη προγνωστικών, καθώς και συνδυασμούς των παραγόντων πρόβλεψης: πρώτα κατάσταση MLH1 IHC? Στη συνέχεια

MLH1

κατάσταση προαγωγέα-μεθυλίωση? ένα SNP? τόσο MLH1 IHC κατάσταση και

MLH1

κατάσταση μεθυλίωσης υποστηρικτής? και, τέλος, την κατάσταση MLH1 IHC,

MLH1

κατάσταση προαγωγέα-μεθυλίωσης και κάθε SNP (Πίνακας 3). κατάσταση MLH1 IHC μόνη της ήταν ένας ισχυρός προγνωστικός δείκτης της MSI-H CRCs (

P

= 2,08 × 10

-30), όπως ήταν το

MLH1

κατάσταση προαγωγέα-μεθυλίωσης (

P

= 1.33 × 10

-44) για την SNPs ενδιαφέροντος (για rs1800734,

P

= 2.30 × 10

-4, για rs749072

P

= 1,36 × 10

-5, και για rs13098279

P

= 5.10 × 10

-3). Το μοντέλο με την ιδιότητα MLH1 IHC και

MLH1

κατάσταση προαγωγέα-μεθυλίωση έδωσε το μικρότερο Κριτήριο Akaike Πληροφοριών (AIC) (225,12) και προσθήκη της rs13098279 είχε ως αποτέλεσμα τη δεύτερη πιο φειδωλή μοντέλο (AIC = 225,94) (Πίνακας 3 ). Στο μοντέλο με την ιδιότητα του MLH1 IHC και

MLH1

κατάσταση προαγωγέα-μεθυλίωσης, οι δύο μεταβλητές ήταν στατιστικά σημαντικές, όπως ήταν το SNP στο μοντέλο όπου ήταν ο μοναδικός προγνωστικός δείκτης. Ωστόσο, όταν το SNP ενδιαφέροντος προστέθηκε στο μοντέλο με το καθεστώς MLH1 IHC και

MLH1

κατάσταση προαγωγέα-μεθυλίωσης, το SNP δεν παρέμεινε στατιστικά σημαντική: το

P

-τιμή από το δοκιμή σημασία για rs1800734 μεταβλήθηκε από 2,30 × 10

-4 όταν ήταν ο μόνος προγνωστικός δείκτης, σε 0,72 όταν το SNP,

MLH1

κατάσταση μεθυλίωσης υποκινητή και την κατάσταση MLH1 IHC ήταν προγνωστικοί παράγοντες? για rs749072, από 1,36 × 10

-5 έως 0,98? και για rs13098279 από 0,005 να 0.29 (Πίνακας 3). Στην πιο φειδωλή μοντέλο, το κέντρο της πρόσληψης δεν είχε σημαντική επίδραση στο μοντέλο (

P

≥0.26, Συμπληρωματικό S3 αρχείου).

Η

Αξιολογήσαμε τα ίδια μοντέλα της τοποθεσίας -εξειδικευμένης σύνολα δεδομένων και τα αποτελέσματα ήταν σύμφωνα με τα συνδυασμένα αποτελέσματα (Συμπληρωματική S3 αρχείου). κατάσταση MLH1 IHC,

MLH1

κατάσταση μεθυλίωσης υποστηρικτής, και το SNPs ενδιαφέροντος ήταν όλοι ισχυροί προάγγελοι του όγκου κατάστασης MSI-H. Το μοντέλο που περιλάμβανε κατάσταση MLH1 IHC και

MLH1

κατάσταση προαγωγέα-μεθυλίωση έδωσε το μικρότερο AIC και στα τρία δείγματα. Η προσθήκη οποιασδήποτε από τις τρεις SNPs δεν οδήγησε σε σημαντικά καλύτερο μοντέλο ταιριάζει (Συμπληρωματική S3 File).

Συζήτηση

Αυτή η μεγάλης κλίμακας πολυκεντρική μελέτη εξέτασε βλαστικής σειράς δεικτών DNA και τους συνεισφορές σε σωματικές εκδηλώσεις, ιδιαίτερα την ευαισθησία σε μεθυλίωσης του DNA στο CRC. Σε τρία ανεξάρτητα δείγματα, τρία πολυμορφισμούς, rs1800734, rs749072, και rs13098279 συνδέθηκαν με

MLH1

κατάσταση προαγωγέα-μεθυλίωση με αποτέλεσμα την απώλεια της πρωτεΐνης MLH1 και αστάθεια μικροδορυφόρου. Αν και αυτές οι τρεις δείκτες δεν συνδέονται με την αύξηση της συνολικής του κινδύνου CRC, κάνουν παίζουν ρόλο στην ογκογένεση του παχέος στο υποσύνολο του ΚΕΣ που εμφανίζουν γονιδιώματος σε επίπεδο αστάθεια μικροδορυφόρου. Μεταξύ των υποθέσεων σε κάθε πληθυσμιακό δείγμα και σε μια ανάλυση των τριών συνδυασμό, παρατηρήθηκαν στατιστικά σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ αυτών των τριών πολυμορφισμών και

MLH1

μεθυλίωση προαγωγού, ανεπάρκεια MLH1 IHC, και την κατάσταση του όγκου MSI-H. Σε πολλαπλά μοντέλα λογιστικής παλινδρόμησης, κάθε SNP συνδέθηκε με όγκο κατάσταση MSI-H?