Αφηρημένο

μελέτες προφίλ διαφορική γονιδιακή έκφραση έχουν οδηγήσει στην ταυτοποίηση των διαφόρων βιοδεικτών της νόσου. Ωστόσο, οι ογκογόνο αλλαγές σε περιοχές κωδικοποίησης μπορεί να τροποποιήσει τις λειτουργίες των γονιδίων, χωρίς να επηρεάζεται το δικό τους προφίλ έκφρασης. Επιπλέον, μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις μπορεί να τροποποιήσει την δραστικότητα του κωδικοποιημένου πρωτεΐνης χωρίς να μεταβάλλουν τα επίπεδα έκφρασης του γονιδίου που κωδικοποιεί, αλλά προκαλεί διακυμάνσεις στα επίπεδα έκφρασης των γονιδίων που ρυθμίζονται. Οι σκέψεις αυτές αιτιολογούν την μελέτη της επανα-καλωδίωσης δικτύων συν-εκφρασμένων γονιδίων ως συνέπεια των προαναφερόμενων τροποποιήσεων, προκειμένου να συμπληρώσει το πληροφοριακό περιεχόμενο της διαφορικής έκφρασης. Αναλύσαμε 339 mRNAomes πέντε διαφορετικούς τύπους καρκίνου να βρείτε μόνο τα γονίδια που παρουσιάζονται μοτίβα συν-έκφραση έντονα διαφοροποιημένες μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών φαινοτύπων. Η ανάλυσή μας των διαφορικά συνδεδεμένα γονίδια δείχνει την απώλεια της σύνδεσης ως κοινό γνώρισμα τοπογραφικών δικτύων καρκίνου, και αποκαλύπτει νέα γονίδια υποψήφιος καρκίνο. Επιπλέον, ολοκληρωμένη προσέγγιση μας, που συνδυάζει τη διαφορική έκφραση μαζί με το διαφορικό συνδεσιμότητα βελτιώνει την κλασική ανάλυση μονοπάτι εμπλουτισμό παρέχοντας νέες ιδέες για το υποτιθέμενο Biosystems γονίδιο του καρκίνου δεν είναι ακόμα πλήρως διερευνηθεί

Παράθεση:. Anglani R, Creanza TM, Liuzzi VC , Piepoli Α, Πάντσα Α, Andriulli A, et al. (2014) Απώλεια της σύνδεσης σε δίκτυα Καρκίνο Co-έκφραση. PLoS ONE 9 (1): e87075. doi: 10.1371 /journal.pone.0087075

Επιμέλεια: Filippo Castiglione, Εθνικό Συμβούλιο Ερευνών της Ιταλίας (CNR), Ιταλία

Ελήφθη: 11η Σεπτεμβρίου 2013? Αποδεκτές: 18η, Δεκεμβρίου του 2013? Δημοσιεύθηκε: 28 Ιανουαρίου, 2014

Copyright: © 2014 Anglani et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε εν μέρει με επιχορηγήσεις από Regione Puglia PO FESR 2007–2013 Progetto BISIMANE (Cod. n. 44), Progetto FIRB RBAP11B2SX, Progetto di Ricerca Finalizzata 2009 RF /2009 με 1.471.624. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

κατά τη διάρκεια των τελευταίων ετών, η έρευνα του καρκίνου έχει βιώσει αξιοσημείωτες προόδους που παρέχονται από τη βιολογία νέα συστήματα προσεγγίσεις μετά την ανάπτυξη των τεχνολογιών υψηλής απόδοσης σε συνδυασμό με νέες στατιστικές τεχνικές [1], [2]. Μία από τις περισσότερο χρησιμοποιούμενες μεθόδους για τη μελέτη της γενετικής μοτίβα σε καρκινικούς ιστούς είναι η έκφραση του γονιδίου προφίλ μέσω RNAseq ή ανάλυση μικροσυστοιχιών που παρέχει μετρήσεις των επιπέδων mRNA του συνόλου γενετικής τοπίο σε ένα δεδομένο βιολογικό δείγμα. Γενικά, οι νοσούντες ιστούς συγκριτικά με φυσιολογικούς ελέγχους προκειμένου να εντοπίσει ομάδες γονιδίων των οποίων τα επίπεδα έκφρασης είναι σημαντικά διαφορετική στις δύο συνθήκες φαινότυπο και κατά συνέπεια σχετίζεται με τη νόσο [3], [4]. Αυτός ο πληθυσμός των γονιδίων, που ορίζεται ως εκφράζονται διαφορικά (DE), θεωρείται συνήθως κατασκευάζεται από υποψήφιων βιοσημειωτών για την έναρξη και την πρόοδο της παθολογίας και έχει μελετηθεί ευρέως για την ταυτοποίηση των οδών που αφορούν τις ασθένειες [5], [6].

Αν και διαφορική μελέτες έκφρασης έχουν εφαρμοστεί ευρέως και επιτυχώς σε πολλές προσεγγίσεις, παρουσιάζουν σοβαρές ελλείψεις στην έρευνα των πολύπλοκων παθολογίες. Ένα κρίσιμο παράδειγμα αντιπροσωπεύεται από καρκινογένεση η οποία είναι μέθοδος πολλαπλών σταδίων που περιλαμβάνει την προοδευτική συσσώρευση των γενετικών μεταλλάξεων, που μπορεί να συμβεί αδιάφορα σε ρυθμιστικά ή κωδικοποίησης θέσεις των γονιδίων. Ως Μάλιστα, οι μεταβολές περιοχή κωδικοποίησης και οι μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις (π.χ. φωσφορυλίωση, ακυλίωση, μεθυλίωση, κ.λ.π.) μπορεί να τροποποιήσει την δραστικότητα της πρωτεΐνης χωρίς να επηρεάζεται το επίπεδο γονιδιακής έκφρασης, αλλά αλλάζοντας το μοτίβο αλληλεπίδρασης με άλλα γονίδια. [7 ]. Για παράδειγμα, παρανοηματικές και ανοησίες μεταλλάξεις στις θέσεις που κωδικοποιούν τις περιοχές δέσμευσης πρωτεΐνης θα μπορούσε να διαταράξει διαφόρων θεμελιωδών αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης-πρωτεΐνης, χωρίς τροποποίηση των επιπέδων έκφρασης. Ένα πολύ γνωστό περίπτωση αυτού του είδους των αλλαγών σε καρκίνους περιλαμβάνει αδενωματώδη πολυποδίαση coli (APC), η οποία είναι η πιο κοινή μεταλλαγμένο γονίδιο σε καρκίνο του παχέος εντέρου [8], [9]. Η πιο συχνή μετάλλαξη APC οδηγεί σε μια κολοβωμένη πρωτεΐνη που στερείται τις θέσεις δέσμευσης για ορισμένες πρωτεΐνες αλληλεπίδρασης [10]. Ως εκ τούτου, μια ανάλυση που βασίζεται αποκλειστικά σε μελέτες διαφορικής έκφρασης θα μπορούσε να είναι αναποτελεσματική για την ανάδειξη ορισμένων βασικών γενετικών οδηγούς σε νεοπλασματικές αλλοιώσεις. Από την άλλη πλευρά, ένα άλλο κρίσιμο μειονέκτημα της ανάλυσης διαφορικής έκφρασης συνίσταται στο γεγονός ότι τα γονίδια αντιμετωπίζονται ξεχωριστά, έτσι ώστε οι αλληλεπιδράσεις δεν λαμβάνονται υπόψη. Πράγματι, είναι ευρέως αποδεκτό ότι η κατανόηση των μηχανισμών που διέπουν την εξέλιξη των γενετικών διαταραχών όπως ο καρκίνος πρέπει να εξετάσει τη συμβολή των αλληλεπιδράσεων μεταξύ των γονιδίων [11]. Επιπλέον, είναι σημαντικό να διερευνηθεί ο τρόπος αυτές οι αλληλεπιδράσεις μεταβληθούν στο φαινότυπο της νόσου, σε σχέση με την κατάσταση άγριου τύπου [12] – [14], δεδομένου ότι είναι αποδεδειγμένο ότι δεν είναι όλα τα γονίδια είναι ενεργά και στις δύο καταστάσεις. Για παράδειγμα, [15] έδειξε ότι σε απάντηση σε διάφορες διαταραχές τα πρότυπα αλληλεπίδρασης των παραγόντων μεταγραφής μπορεί να τροποποιηθεί προκαλώντας επανασυρμάτωση του δικτύου.

Στο πλαίσιο της προφίλ γονιδιακής έκφρασης, η μελέτη των στατιστικώς σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ ζεύγη γονιδίων μπορεί να αποκαλύψει υποθετικό αλληλεπιδράσεις, εξαρτήσεις ή συντονισμένες δραστηριότητες των γονιδίων σε μια δεδομένη βιολογική κατάσταση. Ειδικότερα, τα δίκτυα με βάση την έκφραση του γονιδίου κατά ζεύγη συσχετισμούς μπορεί να αντιπροσωπεύει άμεση κανονισμούς γονίδιο και περιλαμβάνει επίσης γονίδια που συνδέονται έμμεσα μέσω ρυθμιστικών μονοπατιών [16]. Επιπλέον, δεδομένου ότι η μεταγραφή είναι το αποτέλεσμα μιας σύνθετης διαδικασίας πολλαπλών επιπέδων, τεκμαιρόμενη δίκτυο συσχετισμός λαμβάνει υπόψη όχι μόνο μεταγραφή αλληλεπιδράσεις παράγοντα-DNA, αλλά και οι παράγοντες που ρυθμίζουν βιοχημικά τα συστήματα. Ως εκ τούτου, είναι δυνατόν να μαντέψει ότι οι τροποποιήσεις των αλληλεπιδράσεων μεταξύ γονιδίων κάτω από διαφορετικές πειραματικές συνθήκες θα προβληματιστούν σχετικά με διαφορετικές εξόδους πρότυπο συσχέτισης. Σε αυτήν την εικόνα, οι πρόσφατες προσεγγίσεις επικεντρώνεται στον εντοπισμό των αλλαγών στις δομές του γονιδίου συν-έκφραση (ποσοτικά με ζεύγη συσχετισμοί) μεταξύ υγιών και προσβεβλημένων ιστών με στόχο την παροχή καλύτερης ιδέες των αλλαγμένη μηχανισμών ρύθμισης και του υποδεικνύει κρίσιμων γονιδίων οδηγού διαταραχή [7 ]. Ειδικότερα, οι αναλύσεις δίκτυο απόκλιση συν-έκφρασης έχουν εφαρμοστεί ευρέως και έχουν δείξει σημαντικές ενδείξεις για την έρευνα των δικτύων γονίδιο του καρκίνου [17] – [19]. Και τον εντοπισμό του μεταλλαγμένου, αλλά όχι διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων [20]

Η ιδέα στην οποία βασίζεται η παρούσα μελέτη είναι ότι οι τροποποιήσεις της συνδεσιμότητας του γονιδίου σε βιολογικά δίκτυα που συνδέονται με σημαντικές φαινοτυπικές αλλαγές. Μια ενθαρρυντική απόδειξη αναφέρεται στο [15], όπου βρέθηκαν οι συγγραφείς ότι η συνδεσιμότητα της γονιδιακής ρύθμισης στο

Saccharomyces cerevisiae

υφίσταται δραματικές αλλαγές κατά τη διάρκεια των κυτταρικών διεργασιών. Πράγματι, έδειξαν ότι πολλοί παράγοντες μεταγραφής υπάρχουν μόνο ένας μικρός αριθμός αλληλεπιδράσεων που διατηρούνται σε όλες τις διαφορετικές συνθήκες, ενώ οι υπόλοιπες συνδέσεις είναι ενεργές μόνο σε συγκεκριμένες συνθήκες του συστήματος.

Στην παρούσα μελέτη, δείχνουμε ότι η σύνδεσης με το δίκτυο μπορεί λογικά να αλλάξει σε νεοπλασματικών ιστών. Ως μέτρο συνδεσιμότητα ενός γονιδίου χρησιμοποιήσαμε το βαθμό επειδή είναι μια θεμελιώδης παρατηρήσιμη στη θεωρία γραφική παράσταση και έχει μια σαφή βιολογική ερμηνεία [15]. Συγκεκριμένα, μελετήσαμε τις αλλαγές αλληλεπίδραση γονιδίου που αναδύονται σε ιστούς του καρκίνου σε σχέση με τους υγιείς μάρτυρες με σύγκριση των ειδικών συναχθεί δίκτυα συν-έκφρασης. Για το σκοπό αυτό, ερευνήσαμε για τα ενιαία κόμβους που παρουσιάζονται μια δομή σύνδεσης έντονα τροποποιηθούν στο διάστημα μεταξύ δύο βιολογικών φαινοτύπων. Μη παραμετρικές random tests μετάθεση εκδόθηκαν προκειμένου να επισημαίνουν τις γονίδιο που έχει παραλλαγές βαθμό associated με την παθολογία και δεν οφείλεται στην τύχη.

Βρήκαμε ότι η απώλεια της σύνδεσης σε δίκτυα καρκίνο σε σχέση με κανονικές τιμές είναι ένα κοινό γνώρισμα μεταξύ των διαφόρων ειδών καρκίνου. Στη συνέχεια, βρήκαμε ότι μια μελέτη των διαφορικών συνδεσιμότητα μπορούν να δείξουν γονίδια όγκων που σχετίζονται με δεν αποκαλύπτεται από αναλύσεις διαφορικής έκφρασης. Τέλος, δείξαμε πως η ένταξη της διαφορικής έκφρασης με διαφορικό συνδεσιμότητα μπορεί να βελτιώσει την κλασική ανάλυση εμπλουτισμό αποκαλύπτοντας μονοπάτια που σχετίζονται με κύρια χαρακτηριστικά τον καρκίνο και την εμβάθυνση σε ζητήματα σχετικά με τα νέα υποθετικό συστήματα βιοδείκτη.

Αποτελέσματα

Αναλύσαμε έκφρασης επίπεδα ανθρώπινης 339 mRNAomes συμπεριλαμβανομένων φυσιολογικών και νεοπλασματικών δείγματα ιστού που σχετίζονται με πέντε σύνολα δεδομένων γονιδιακής έκφρασης των διακριτών νεοπλασιών από GEO και ArrayExpress: ορθοκολικό, πνεύμονα, στομάχου, του παγκρέατος και του τραχήλου της μήτρας. Όλα τα δείγματα προφίλ με τις τεχνολογίες Affymetrix και σε προεπεξεργασία με Affymetrix Έκφραση λογισμικό της κονσόλας (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι).

Απώλεια της σύνδεσης σε δίκτυα καρκίνου

Ερευνήσαμε τις τοπολογικές ιδιότητες των δικτύων συνεργασίας έκφρασης τα υγιή και άρρωστα συνθήκες όσον αφορά την συνδεσιμότητα του γονιδίου ή πτυχίο (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Εμείς συναχθεί τις κανονικές και τον καρκίνο των δικτύων συν-έκφραση με βάση συντελεστές συσχέτισης Spearman: δύο γονίδια που συνδέονται με μια ακμή αν ο συντελεστής συσχέτισης μεταξύ των προφίλ έκφρασής τους δεν ήταν μηδενική σε επίπεδο σημαντικότητας 5% με Benjamini-Hochberg [21] ψευδής ποσοστό ανακάλυψη (FDR) κάτω του 20% (βλέπε Εικόνα 1 και Υλικά και Μέθοδοι).

υγιή κατάσταση στα αριστερά και ιστών νόσου επηρεάζεται στα δεξιά. Πράσινο συνδέσεις παραμένουν αμετάβλητες στα δύο φαινοτύπους. Κόκκινο συνδέσεις είναι η απώλεια από υγιείς στο δίκτυο του καρκίνου. Blu ακμές είναι νέα συνδέσεις στον καρκινικό ιστό.

Η

Όπως ήταν αναμενόμενο, η τοπολογία των δικτύων συναχθεί γονίδιο αποδείχθηκε να αποκλίνει από ένα τυχαίο μοντέλο (βλέπε Σχήματα 2Α-Ε και Υλικά και Μέθοδοι) από το κατανομές πτυχίο τους προέκυψαν διαφορετικές από εκείνες των αντίστοιχων τυχαία γραφήματα με τον ίδιο μέσο βαθμό και τον ίδιο αριθμό κόμβων (, Kolmogorov-Smirnov test). Επιπλέον, ο καρκίνος και η κανονική δίκτυα χαρακτηρίζονται από κόμβους με εξαιρετικά μεταβλητή μοίρες, από γονίδια με λίγες συνδέσεις με «κόμβους» με χιλιάδες συνδέσεις (Σχήμα 2Α-F).

(ΑΕ) συνάρτηση κατανομής του γονίδιο βαθμό. (F) Boxplots των βαθμών γονιδίου για τις πέντε ιστούς στις δύο συνθήκες. Κόκκινο χρώμα αναφέρεται στην φαινότυπο καρκίνου. Το μπλε χρώμα αναφέρεται στην φυσιολογικό φαινότυπο. Το μεσαίο βαθμό στον καρκίνο είναι χαμηλότερο από ό, τι σε κανονικές συνθήκες

Η

Από την άλλη πλευρά, η σύγκριση μεταξύ της κανονικής και του καρκίνου των δικτύων έφερε ένα αξιοσημείωτο χαρακτηριστικό είναι κοινές στα διάφορα είδη όγκων:. Συν-έκφραση του γονιδίου δίκτυα νεοπλασματικών ιστών παρουσιάζουν μειωμένη συνδετικότητα σε σχέση με την υγιή κατάσταση (βλέπε Σχήμα 2F). Πράγματι, μια δοκιμή Kolmogorov-Smirnov έδειξε ότι όλα τα δίκτυα του καρκίνου που χαρακτηρίζεται από έναν βαθμό γονίδιο το οποίο στοχαστικά μειώνεται σε σχέση με τις αντίστοιχες κανονικές γραφήματα ().

απόκλιση Gene συνδεσιμότητα και αλληλεπίδραση της με τη διαφορική έκφραση

Οι σημαντικές μεταβολές της σύνδεσης με το δίκτυο για τον καρκίνο δείχνουν ότι τα γονίδια με έντονα μεταβληθεί συνδέσεις μπορεί να έχει ένα ρόλο στη βιολογία του καρκίνου και να παρακινήσει μια μελέτη σχετικά με ένα μέτρο βαθμολόγησης συνδεσιμότητα με βάση για τον προσδιορισμό των υποθετικών οδηγών καρκίνου. Για το σκοπό αυτό, για κάθε γονίδιο, αξιολογήσαμε το διαφορικό συνδεσιμότητα (DC) ως διαφορά του γονιδίου βαθμούς στις δύο φαινοτυπικές συνθήκες και αξιολογήσαμε στατιστική σημαντικότητα της με μια τιμή ρ και ψευδώς ρυθμό ανακάλυψης. Επιπλέον, μελετήθηκε η απόδοση του μέτρου αυτού και η σχετική αξία του σε σχέση με τη διαφορική έκφραση (DE) από την άποψη της p-value και FDR (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι).

Μια ανάλυση του FDR σαν συνάρτηση ρ-τιμές για τις δύο απόκλιση μέτρων έδειξαν ότι για ρ-τιμές μικρότερες από 0,01, υπήρχε ένα ποσοστό ψευδών ευρημάτων κάτω του 22% για το DC και 10% για DE (Σχήματα 3Α-Ε). Αυτό σημαίνει ότι, για τα δύο μέτρα, ο αριθμός των προκυπτόντων απόκλιση χαρακτηριστικά είναι σημαντικά υψηλότερο από ό, τι θα αναμενόταν από την τύχη, αν και η FDR του DC είναι μεγαλύτερη από την FDR του DE για κάθε ρ-τιμές.

Red χρώμα αντιπροσωπεύει τα διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων (DE). Μπλε χρώμα αντιπροσωπεύει τα διαφορικά συνδεδεμένα γονίδια (DC).

Η

Ως περαιτέρω διερεύνηση, αναλύσαμε την αλληλεπίδραση μεταξύ της απώλειας συνδεσιμότητα και τις τιμές ρ διαφορική έκφραση και τη διαφορική σύνδεση. Βρήκαμε ότι όσο μικρότερη είναι η p-τιμή του DC το μεγαλύτερο είναι ο αριθμός των χαμένων συνδέσεων για όλα τα σύνολα δεδομένων (, Spearman συσχέτισης, βλέπε Σχήματα 4Α-Ε). Αυτό το αποτέλεσμα επιβεβαιώνει την υπόθεση ότι αντιστοιχεί πιο πιθανό σε απώλεια συνδέσεων από την κανονική σε καρκινικούς ιστούς σημαντική απόκλιση σύνδεση. Αναλόγως, βρήκαμε μια θετική συσχέτιση μεταξύ του κέρδους του βαθμού και του ρ-τιμή διαφορική έκφραση σε κάθε ασθένεια με την εξαίρεση του καρκίνου του παχέος εντέρου, για τα οποία υπάρχει μια αρνητική συσχέτιση (Σχήμα 4F). Αυτό δείχνει ότι τα γονίδια που εκφράζονται διαφορικά είναι πιο πιθανό χαρακτηρίζονται από μειωμένο βαθμό στον καρκίνο, εκτός από την περίπτωση του παχέος εντέρου για τα οποία οι διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων τείνουν να αποκτούν συνδέσεις στον ιστό του όγκου (Σχήματα 4A-F).

( ΑΕ) (άνω πάνελ) p-value διαφορική γονιδιακή συνδεσιμότητα ως συνάρτηση του λόγου βαθμό. (Κάτω πίνακας) p-value διαφορική γονιδιακή έκφραση ως συνάρτηση του λόγου βαθμό. Κάθε σημείο αντιπροσωπεύει ένα γονίδιο και η γραμμή τάσης είναι το λιγότερο πλατεία γραμμή. (F) συσχετίσεις μεταξύ του p-value διαφορική έκφραση και το κέρδος των συνδέσεων. Ρ-τιμές για τις ράβδους ανατρέξτε στην δεξιά ουρά δοκιμές για τις θετικές συσχετίσεις, και δοκιμές αριστερά ουρά για τις αρνητικές συσχετίσεις. (G) συσχετίσεις μεταξύ απόκλιση p-τιμές έκφρασης και p-τιμές διαφορική σύνδεση.

Η

highlights συνδεσιμότητα Διαφορικές γνωστά γονίδια του καρκίνου του

Για να διερευνηθεί αν η διαφορά συνδεσιμότητα μπορεί δάχτυλο προς όγκο ειδικών γονιδίων και ξεπερνά την ανάλυση διαφορικής έκφρασης, συλλέξαμε γνωστές λίστες γονίδιο του καρκίνου από τη βιβλιογραφία και την επιμέλεια των βάσεων δεδομένων που πρόκειται να ελεγχθεί για τον εμπλουτισμό. Ως εκ τούτου, η επιλογή ενός συγκεκριμένου ορίου σημασία για ρ-τιμές DC και DE αποδείχθηκε ότι ήταν αναγκαίο. Κατά συνέπεια, για κάθε σύνολο δεδομένων για τον καρκίνο, φτιάξαμε δύο λίστες συλλογής γονίδια έχουν σημαντική διαφορική έκφραση και τη συνδεσιμότητα στο ίδιο επίπεδο του 0,05, αντίστοιχα (βλέπε πίνακα S1).

Η μελέτη σχετικά με τον ορθοκολικό καρκίνο σύνολο δεδομένων είχε ως αποτέλεσμα 1870 διαφορικά συνδεδεμένα γονίδια και 6792 διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια σε έναν αριθμό 17.400 δοκιμάστηκαν γονιδίων. Οι πληθυσμοί αποδείχθηκε να είναι διακριτές με (Εικόνα 4G). Ο κατάλογος γονίδιο DC είναι εμπλουτισμένο σε γονίδια καταστολής όγκων και ογκογονιδίων συχνά συνδέεται με καρκίνο του παχέος εντέρου, όπως αναφέρεται στο έργο του [22] (,,), όπου είναι το μέγεθος του καταλόγου των γνωστών γονιδίων του καρκίνου, είναι ο αριθμός των γονιδίων DC σε η λίστα και είναι ακριβή τιμή p τεστ του Fisher. Υιοθετώντας ένα πιο αυστηρό επίπεδο των 0.005, τα γονίδια DC είναι επίσης εμπλουτισμένα σε γνωστά γονίδια του καρκίνου από το Cancer Gene Απογραφή [23] (,, ακριβής δοκιμασία του Fisher), στη λίστα γονίδιο του καρκίνου KEGG Ασθένεια H00020 του παχέος εντέρου [24] (,) και η γονίδια μεταλλαγμένα σε καρκίνους του παχέος όπως αναφέρεται στο έργο του ξύλου

et al.

[25] (,). Αντιθέτως, τα διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια δεν είχε ως αποτέλεσμα εμπλουτισμένα στις προαναφερθείσες γνωστές παχέος λίστες γονίδιο καρκίνου: στο [22] (,), Cancer Gene Απογραφή [23] (,), στη λίστα γονίδιο του καρκίνου KEGG Disease H00020 παχέος [24] ( ,) και στο [25] (,).

για το σύνολο των δεδομένων του καρκίνου του πνεύμονα, οι κατάλογοι των γονιδίων που είναι διαφορικά συνδεδεμένα και εκφράζονται μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών του πνεύμονα περιελάμβανε 2749 και 7125 γονίδια, αντίστοιχα (σε ένα αριθμός 12157 δοκιμάστηκαν γονιδίων). Παρά το γεγονός ότι βρήκαμε μια θετική συσχέτιση () μεταξύ των ρ-τιμές της διαφορικής έκφρασης και των ρ-τιμές της διαφορικής σύνδεσης (Εικόνα 4G), κάποια αξιοσημείωτη εξαιρέσεις, δηλ διαφορικά συνδεδεμένα αλλά όχι εκφραζόμενα γονίδια, είχε ως αποτέλεσμα κριτικά σχετίζεται με την παθολογία. Για παράδειγμα, η

EGFR

γονίδιο, είχε ως αποτέλεσμα να είναι DC (), αλλά όχι DE (), είναι μια σημαντική συχνά μεταλλαγμένο ογκογονίδιο και ένας στόχος φάρμακο για αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα [26], [27]. Επιπλέον, ο κατάλογος γονίδιο DC είναι εμπλουτισμένο σε γονίδια που φέρουν ανωμαλίες (μεταλλάξεις, ενισχύσεις ή /και συντήξεις) που συμμετέχουν στην ανάπτυξη του καρκίνου του πνεύμονα μη-μικρού κυττάρου, όπως αναφέρεται στην εργασία του [28] (,,). Ο κατάλογος αυτών των γονιδίων του καρκίνου αποδείχθηκε ότι δεν είναι υπερ-εκπροσωπούνται στον κατάλογο των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων (,).

Η ανάλυσή μας σχετικά με το γαστρικό σύνολο δεδομένων καρκίνου οδήγησε σε 3016 DC και 11.108 γονίδια DE (για ένας αριθμός 19.520 δοκιμάστηκαν γονιδίων) με τις δύο λίστες σημαντικά διακριτές (βλέπε Εικόνα 4G). Βρήκαμε ως διαφορικά συνδεδεμένα τα Smads υποδοχέα-ρυθμίζεται (R-Smads) για TGF-β (

SMAD2

και

Smad3

) και για BMP μονοπάτι σηματοδότησης (

SMAD1

και

SMAD5

) και το κοινό-μεσολαβητής Smad (

Smad4

). Αυτά τα γονίδια, με μόνη εξαίρεση

SMAD5

, δεν εκφράζονται διαφορικά (βλέπε πίνακα S1). Επιπλέον, βρήκαμε ότι οι κατάλογοι των γονιδίων με τα εμπλουτισμένα σε γονίδια που μοιράζονται ένα

TCF3 Ιστοσελίδα -σύνδεση μοτίβο (E47_01,,) και σε γονίδια που μοιράζονται ένα

Smad4

-σύνδεση μοτίβο ιστοσελίδα (SMAD4_Q6,,) [29]. Σημειώνουμε ότι είναι γνωστό ότι ο TGF – ενεργοποιημένα Smads αναστέλλουν την έκφραση του Id πρωτεϊνών, οι οποίες με τη σειρά τους αναστέλλουν την πρόσδεση των παραγόντων μεταγραφής bHLH όπως Ε12 και Ε47 [30] DNA, [31]. Κατά συνέπεια, η ανάλυση διαφορικής συνδεσιμότητα προτείνει τροποποιήσεις των προαναφερόμενων δραστηριοτήτων σηματοδότησης στο γαστρικό καρκινικούς ιστούς.

Η μελέτη για την παγκρέατος σύνολο δεδομένων καρκίνου οδήγησαν σε 12434 διαφορικά συνδεδεμένα γονίδια και 14726 διαφορικά εκφρασμένα γονίδια σε ένα σύνολο 19.520 γονίδια σε το τσιπ. Λόγω του μεγάλου αλληλεπικάλυψη μεταξύ των δύο ομάδων (Σχήμα 4G), δεν είναι έκπληξη το γεγονός ότι και οι δύο ομάδες εμπλουτισμένα για τα συνήθως διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων σε πόρου αδενοκαρκίνωμα του παγκρέατος που προκύπτουν από τη μελέτη μετα-ανάλυση πραγματοποιήθηκε σε τέσσερα διαφορετικά σύνολα δεδομένων στο [32] . Επιπλέον, τα τρία γονίδια (

KRAS

,

TP53

,

STK11

) που σχετίζονται με τον καρκίνο του παγκρέατος ΟΜΙΜ Έναρξη 260.350 [33] βρέθηκαν δύο διαφορικά συνδεδεμένα και διαφορικά εκφρασμένων με το ίδιο. Ωστόσο, με μια πιο συντηρητική επίπεδο σημαντικότητας 0.005, ο κατάλογος γονίδιο καρκίνου από Cancer Gene Απογραφή [23] βρέθηκε να εμπλουτιστεί σημαντικά γονίδια DC (,,), αλλά όχι σε γονίδια DE (,).

Τέλος, η ανάλυση σχετικά με το σύνολο δεδομένων του καρκίνου του τραχήλου αποκάλυψε 2302 DC και 6.186 γονίδια DE (σε μια σειρά των 12.507 δοκιμάστηκαν γονιδίων) με τα δύο πληθυσμοί είναι σημαντικά διακριτή με (Εικόνα 4G). Ένας εμπλουτισμός ανάλυση των DC και DE γονιδίων πραγματοποιήθηκε στον κατάλογο που προβλέπεται από το έργο του [34] από τα γονίδια συνήθως alterated μαζί με εκείνα που βρέθηκαν μεταλλαγμένα από τη μελέτη αλληλουχίας ολόκληρου exome τους στην ενδομητρίου και των ωοθηκών. Η μελέτη αυτή είχε ως κίνητρο την ιδέα της εκμετάλλευσης δεδομένων DNA που συλλέγονται από δοκιμές Παπανικολάου, προκειμένου να αποκαλύψει σωματικές μεταλλάξεις που αφορούν την τραχηλικού ιστού μετά την ρίξει από ενδομητρίου ή των ωοθηκών καρκίνους. Αυτή η ομάδα των γονιδίων που προέκυψε εμπλουτίζεται από 6 γονίδια DC πάνω από ένα σύνολο 15 (, ακριβής δοκιμασία του Fisher), ενώ περιλαμβάνεται 8 γονίδια DE (, ακριβής δοκιμασία του Fisher) δίδοντας μια σημαντική αλληλοεπικάλυψη μόνο στην πρώτη περίπτωση.

Εμείς περίγραμμα μια σημαντική παρατήρηση. Παρά το γεγονός ότι βρήκαμε ότι το ρ-τιμές για διαφορική σύνδεση συσχετίζονται αρνητικά με εκείνες για διαφορική έκφραση μόνο για παχέος εντέρου, του στομάχου και του σετ τραχήλου δεδομένα, η συνολική σημασία των 5 ανεξάρτητες δοκιμές πρότεινε ότι οι ρ-τιμές DC και DE συνδέονται μέσω ενός σημαντική αρνητική συσχέτιση (βλέπε Εικόνα 4G). Εν κατακλείδι, τα γονίδια DC και DE μπορούν να συμπεριφέρονται ως διακριτοί πληθυσμοί και ανάλυση βιοπληροφορικής μας υποστηρίζει την ιδέα ότι τα γονίδια που εμπλέκονται στον καρκίνο που δεν αλλάζουν την έκφραση τους μπορεί να επισημανθεί με μια ανάλυση της διαφορικής σύνδεσης. Ως εκ τούτου, μπορεί κανείς να μαντέψει ότι τα γονίδια DC είναι γονίδια που φέρουν μεταλλάξεις που μεταβάλλουν τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ των γονιδιακών προϊόντων, χωρίς να επηρεάζει τα επίπεδα έκφρασης τους.

Συνδεσιμότητα

Διαφορικές προτείνει μυθιστόρημα που βασίζεται σε δίκτυο βιοδείκτες του καρκίνου

Η μελέτη μας μπορεί επίσης να διαφωτίσει γονίδια των οποίων ο καρκίνος-συγκεκριμένους ρόλους μπορεί να μαντέψει από τη βιβλιογραφία ή ακόμα θέμα συζήτησης και περαιτέρω μπορεί να παρακινήσει λειτουργικά πειράματα σχετικά με τη συμμετοχή αυτών των γονιδίων στην παθογένεια της νόσου. Από την ανάλυσή μας του γαστρικού σύνολο δεδομένων για τον καρκίνο, ο αναστολέας της τυροσινικής κινάσης του Bruton (

IBTK

) είχε ως αποτέλεσμα το γονίδιο με τη μεγαλύτερη απώλεια σύνδεσης () (βλέπε πίνακα S3). Ως Μάλιστα, η πρωτεΐνη που κωδικοποιείται από το

IBTK

ρυθμίζει προς τα κάτω δράση κινάσης της

BTK

η οποία με τη σειρά της μια αρνητική ρυθμιστή της Wnt-βήτα-κατενίνης σηματοδότησης [35]. Από την άλλη πλευρά, η

IBTK

πρωτεΐνη ρυθμίζει αρνητικά την ενεργοποίηση του πυρηνικού παράγοντα κάππα-Β-καθοδηγείται (

ΝΡ-κΒ

) μεταγραφή. Δεδομένου ότι είναι καλά τεκμηριωμένο ότι

ΝΡ-κΒ

και Wnt /κατενίνης οδών σηματοδότησης ενεργοποιούνται στις περισσότερες των γαστρικών καρκίνων [36], [37], είναι δυνατόν να μαντέψει μια εμπλοκή του

IBTK

στην εξέλιξη του όγκου.

στην περίπτωση του καρκίνου του παχέος εντέρου, η δεύτερη κορυφαία γονίδιο για την απώλεια της σύνδεσης με το (βλέπε πίνακα S3) είναι ο υποδοχέας αρυλο υδρογονανθράκων (

AhR

) ότι στη μελέτη του [38] αποδείχθηκε ότι έχουν ένα κρίσιμο ρόλο στην καταστολή της εντερικής καρκινογένεσης με αποικοδόμηση πρωτεασωμική του β-κατενίνης, η οποία αλληλεπιδρά με την κανονική

APC

εξαρτώμενη οδό. Επιπλέον, η έκτη κορυφαία γονίδιο « διαγράφονται πολυποδίαση 1 » (

DIP1

) έχει βρεθεί να έχει ένα ρόλο των ογκοκατασταλτικών στην καρκινογένεση του παχέος εντέρου [39].

Μια περαιτέρω παράδειγμα προέρχεται από το σύνολο των δεδομένων του καρκίνου του πνεύμονα, όπου το γονίδιο

TNFSF11

έδειξαν την υψηλότερη απώλεια της σύνδεσης (βλέπε πίνακα S3). Προηγούμενες μελέτες πρότειναν ότι αυτή η πρωτεΐνη μπορεί να ρυθμίζει την κυτταρική απόπτωση ενεργοποίηση αντι-αποπτωτική κινάση

ΑΚΤ /ΡΚΒ

μέσω ενός συμπλόκου σηματοδότησης που περιλαμβάνει SRC κινάσης και παράγοντας σχετίζεται με τον υποδοχέα παράγοντα νέκρωσης όγκων (

TRAF

) 6 (βλέπε EntrezGene Περίληψη:.. [40] Επιπλέον, η

SRC

και

οι TRAF6

πρωτεΐνες είναι γνωστό ότι εμπλέκονται σε πολλαπλές πτυχές της ογκογένεσης σε ανθρώπινο πνεύμονα [41], [42] η έργο του [8] επιβεβαιώνουν τη συμμετοχή της

TNFSF11

στη μετανάστευση των καρκινικών κυττάρων ανθρώπινου πνεύμονα. Πράγματι, το γονίδιο

TNFSF11

συμβάλλει στην μετάσταση όγκου δρουν μέσω

MEK /ERK

, η οποία με τη σειρά της ενεργοποιεί

NFKB

, με αποτέλεσμα την ενεργοποίηση του

ICAM1

.

ως τελική παρατήρηση, η ανάλυση μας για το σύνολο των δεδομένων όγκου πνεύμονα επισημαίνονται ως δεύτερη top-κατετάγη γονίδιο για την απώλεια του ενζύμου εμπνευστής συνδεσιμότητα O-γλυκοζυλίωση Ν-ακετυλγαλακτοζαμινυλτρανσφεράση-14 (

GALNT14

). [50] έδειξε ότι

GALNT14

μπορεί να είναι μια έξυπνη βιοδείκτη για τη θεραπεία dulanermin-based σε NSCLC επειδή διαπιστώθηκε ότι η ευαισθησία σε dulanermin (μια πρωτεΐνη που επάγει την απόπτωση στα καρκινικά κύτταρα) ήταν έντονα συσχετίζεται με την υπερέκφραση του

GALNT14

. Βρήκαν επίσης μια λειτουργική σχέση μεταξύ των υποδοχέων θανάτου Ο-γλυκοζυλίωση και αποπτωτική σηματοδότηση δείχνει ότι η τόσο φαρμακολογική αναστολή της γλυκοζυλίωσης και ενζύμου νοκ ντάουν με μικρά παρεμβαλλόμενα RNA που στοχεύουν

GALNT14

μειωμένη dulanermin-επαγόμενη απόπτωση [45].

Αυτά τα ευρήματα δείχνουν ότι η ανάλυση διαφορικής σύνδεσης είναι σε θέση να ανιχνεύσει γνωστά γονίδια του καρκίνου και επίσης να προτείνει νέους υποψηφίους βιοδεικτών (μερικοί δυνητικά druggable) παροχή νέων υποθέσεων για συγκεκριμένα λειτουργικά πειράματα.

συνδεσιμότητα

απόκλιση είναι συμπληρωματικό προς διαφορικές έκφραση για να αποκαλύψει που σχετίζονται με οδούς καρκίνου

Παρακινημένος από τις ενδείξεις που εμφανίζονται στις προηγούμενες ενότητες, μπορεί κανείς να μαντέψει ότι η ανάλυση μονοπατιού για προκαθορισμένα σετ γονιδίων που θεωρεί και τις δύο αλλαγές στην έκφραση γονιδίων και αλλαγές στη συνδεσιμότητα μπορεί να βελτιώσει το μοριακό χαρακτηρισμό των μηχανισμών της νόσου. Για το λόγο αυτό, εστιάσαμε πρώτα στη μελέτη κλασικό εμπλουτισμό διενέργεια δειγματοληπτικού-Set-βασισμένη ανάλυση οδού (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι) για την ταυτοποίηση των οδών λειτουργικώς συναφή γονίδια εμπλουτισμένα για διαφορική έκφραση [46]. Κατά συνέπεια, ερευνήσαμε τα μονοπάτια που προέκυψαν απελευθερωθεί από μια συνδυασμένη ανάλυση των εμπλουτισμό των γονιδίων που είτε διαφορικά εκφρασμένων ή διαφορικά συνδεδεμένα (DEC) (βλέπε Εξ. 5 στο Υλικό και Μέθοδοι). ανάλυση δοκιμαστεί λίστες γονιδίων μας

a priori

που ανήκουν στις συλλογές κανονικό μονοπάτι (C2-CP) Μοριακής βάση δεδομένων υπογραφών (MSigDB) [5], η οποία συλλέγει 1452 μονοπάτια από το Reactome, KEGG, Biocarta και άλλες βάσεις δεδομένων. Η συμπεριφορά του FDR ως συνάρτηση της ρ-τιμή εμπλουτισμού χωριστά μελετήθηκε σε DE και DEC περιπτώσεις (βλέπε Σχήματα 5Α-Ε). Για όλους τους καρκίνους (εκτός από την παγκρεατική περίπτωση), η σύγκριση των FDRs στις δύο μετρήσεις έδειξαν ότι οι τιμές DE ήταν πάντα μεγαλύτερες από τις αντίστοιχες του DEC και των η τελευταία οδήγησε λιγότερο από 15% σε επίπεδο σημαντικότητας μικρότερο από 0,01. Επιπλέον, για την άνω και κάτω τελεία και τα δεδομένα των πνευμόνων σύνολα, οι καμπύλες του FDR οδήγησε καλά διαχωρισμένοι, π.χ. λαμβάνοντας υπόψη το μέτρο διαφορική συνδεσιμότητα απέδωσε μείωση 91% της αξίας του FDR για μια τιμή p 0,003. Κατά συνέπεια, έχουμε σκεφτεί ότι οι οδοί που εμπλέκονται στη βιολογία του όγκου απορυθμισμένη στην έκφραση γονιδίων και χαρακτηρίζεται από αλλαγμένη αλληλεπιδράσεις γονίδιο δεν είναι απαραίτητα επηρεάζουν τα πρότυπα έκφρασης. Ένα βιολογικό επικύρωση αυτής της υπόθεσης απαιτείται η αξιολόγηση της σχετικής αποτελεσματικότητας του μέτρου Δεκέμβριο στην ταυτοποίηση των οδών που διέπουν τις γενικές τους μηχανισμούς και τις ιστο-ειδικά χαρακτηριστικά των νεοπλασιών.

(ΑΕ) Benjamini-Hochberg False Discovery Rate (FDR) ως συνάρτηση της p-value. Κόκκινο χρώμα αναφέρεται στις οδούς εμπλουτισμένο των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων (DE). χρώμα Blu αναφέρεται στις οδούς εμπλουτισμένο των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων ή διαφορικά συνδεδεμένα όνες (DEC). μονοπάτια (F) Reactome του ανοσοποιητικού συστήματος. Εμπλουτισμός p-τιμές μετα-ανάλυση σε όλη τους ιστούς για « Reactome ανοσοποιητικού συστήματος », πρώτη και δεύτερη υπο-μονοπάτια της. Το ιστόγραμμα στο ένθετο δείχνει τις τιμές p εμπλουτισμό ιστο-ειδική του « Reactome ανοσοποιητικού συστήματος ». ανάλυση βασικό σύνολο εμπλουτισμό οδός (Ζ-Η). Οι αριθμοί των βασικών σύνολο μονοπατιών που βρέθηκαν τόσο σημαντική στο 0,01 επίπεδο (G) και στις κορυφαίες θέσεις (H) που εμφανίζονται στις μπάρες. Στο ένθετο αυτό αναφέρεται η τιμή ρ που σχετίζεται με τη σχετική αξία της μεταφοράς DEC μέτρου σε σχέση με DE που λαμβάνεται με ένα τεστ μετάθεσης.

Η

Στο πλαίσιο της γενικής φαινοτύπου του καρκίνου, ως ένα ειδικό παράδειγμα, εμείς επικυρώνονται τα δύο μετρήσεις στην ταυτοποίηση των Reactome ανοσοποιητικού συστήματος, η οποία σχετίζεται με μία από τις πιο σημαντικές σφραγίδες καρκίνος [46]. Πραγματοποιήσαμε μια μετα-ανάλυση των ΕΔ και DEC εμπλουτισμό συνδυάζοντας τις π-αξίες που σχετίζονται με τους διάφορους ιστούς (συνδυασμένη δοκιμή πιθανότητας Fisher). Είναι ενδιαφέρον ότι η ρ-τιμή μετα-ανάλυση Δεκέμβριο συνδέονται στο ανοσοποιητικό σύστημα () αποδείχθηκε ότι ήταν πολύ μικρότερη από την αντίστοιχη τιμή DE (), η οποία είναι πάνω από το επίπεδο σημαντικότητας 0.01 (Εικόνα 5F). Επισημαίνουμε ότι, αν λάβει κανείς υπόψη την ανάλυση του εμπλουτισμού των ιστών ειδικά, οι τιμές p εμπλουτισμό Δεκέμβριο πάντα ως αποτέλεσμα μικρότερες από τις αντίστοιχες τιμές DE. Επιπλέον, η κλασική ανάλυση οδός δεν είναι σε θέση να υποδείξει, για κάθε όργανο, ο Reactome ανοσοποιητικό σύστημα ως σημαντική στο επίπεδο του 0,05 είτε (βλέπε ένθετο στο Σχήμα 5F).

Από την άλλη πλευρά, η ικανότητα ανίχνευσης οργάνου-ειδικά χαρακτηριστικά του καρκίνου δοκιμάστηκε σε κατάλληλη « βασικά σύνολα » που συλλέγουν τα γνωστά συστήματα σήμα κατατεθέν του όγκου-ειδική (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Συγκεκριμένα, ερευνήσαμε εάν η ανάλυση του εμπλουτισμού Δεκέμβριο ξεπερνά την κλασική προσέγγιση DE στην ιεράρχηση των οδών στη βασική σειρά.

Μελετήσαμε χωριστά τις επιδόσεις των ΕΔ και DEC μέτρων για τον εντοπισμό και σημαντικές τις βασικές καρκίνο σύνολο μονοπατιών. Ειδικότερα, για κάθε μέτρο, εκτιμήσαμε τη σημασία του αριθμού των πυρήνων που οδούς που έχει ένα (Σχήμα 5G) χρησιμοποιώντας την ακριβή τεστ του Fisher. Ως εκ τούτου, σημειώστε ότι η εκμετάλλευση των γονιδίων Δεκέμβριο επιτρέπει να αποκαλύψει καλύτερα γνωστές οδούς του καρκίνου. Πράγματι, ο εμπλουτισμός Δεκέμβριο υπερτερεί η ανάλυση DE τόσο ως προς τον αριθμό των σημαντικών οδών και ρ-τιμές για παχέος εντέρου, του πνεύμονα και του τραχήλου της μήτρας. Η διαφορά μεταξύ του DEC και των DE παραστάσεις αξιολογήθηκε με μια τυχαία δοκιμή μετάθεση. Ειδικότερα, συγκρίναμε τις σταθμισμένο αριθμό των σημαντικών βασικό σύνολο μονοπατιών που προκύπτουν από τις δύο αναλύσεις (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Αν και υπάρχει μια ισχυρή απόδειξη της σχετικής αξία της ανάλυσης Δεκέμβριος μόνο στο παχύ έντερο και πνεύμονα μαζί με μια μικρή ένδειξη για τραχήλου, βλέπουμε ότι θεωρώντας γονίδια DEC στη ανάλυση εμπλουτισμού μονοπάτι αποκαλύπτει συνολικά περισσότερα σήματα που σχετίζονται με την παθολογία, επειδή η συνολική σημασία είναι (βλέπε ένθετο στο Σχήμα 5G).

Επιπλέον, έχουμε ποσοτικοποιηθεί πόσο οι κατατάξεις μονοπάτι που λαμβάνονται με τις δύο μετρήσεις διαφέρουν από μια τυχαία παραγγελία στον προσδιορισμό των οδών καρκίνου (Σχήμα 5Η). Για το σκοπό αυτό, για κάθε μέτρο, θα κατατάσσονται τα μονοπάτια από την άποψη της p-τιμές εμπλουτισμού και μετράται ο αριθμός των πυρήνων που μονοπάτια που υπάρχουν στα πρώτα κορυφαίες θέσεις στις λίστες (βλέπε πίνακα S2). Για παράδειγμα, σε καρκίνο του παχέος εντέρου, στις πρώτες 104 θέσεις βρήκαμε 11 πυρήνα που οδούς εμπλουτισμένο γονιδίων DE () έναντι 18 μονοπάτια εμπλουτισμένο γονιδίων DEC (). Είναι ενδιαφέρον, σημειώνουμε ότι η ανάλυση του εμπλουτισμού Δεκέμβριο ξεπερνά πάντα το μέτρο DE με την εξαίρεση του στομάχου και του παγκρέατος περιπτώσεις, για τις οποίες οι δύο μετρήσεις είναι εξίσου αποτελεσματική στον εντοπισμό των σετ βασικών οδών. Πράγματι, η προσέγγιση Δεκέμβριο παγκοσμίως κατατάσσεται στις υψηλότερες θέσεις του καρκίνου που σχετίζονται με οδούς από την κλασική ανάλυση εμπλουτισμό DE, όπως επιβεβαιώνεται από p-τιμές συνδυασμένη δοκιμή πιθανότητας Fisher δείχνουν (DE? DEC)

Τέλος, επισημαίνουμε ότι για. περίπτωση το πάγκρεας, το βασικό σύνολο καρκίνος είναι απροσδόκητα υποεκπροσωπούνται μεταξύ των δύο DE και DEC μονοπάτια (Σχήμα 5G-H). Ως Μάλιστα, παρά τις οδούς που συνδέονται συνήθως με τον καρκίνο του παγκρέατος, ανάλυση Δεκέμβριο βρεθεί πιο μεταβληθεί εν λόγω οδούς (βλέπε πίνακα S2) με τη νευροενεργές αλληλεπίδραση συνδέτη-υποδοχέα και την μεταγωγή οσφρητική μαζί με υπεροικογένεια τους παρόμοιους με ροδοψίνη G πρωτεΐνης- συζευγμένων υποδοχέων (GPCRs).