Αφηρημένο

Οι βιοδείκτες που προέρχεται από την έκφραση του γονιδίου προφίλ δεδομένα μπορεί να έχουν ένα υψηλό ποσοστό ψευδώς θετικών αποτελεσμάτων και πρέπει να επικυρωθεί αυστηρά τη χρήση ανεξάρτητων συνόλων κλινικά δεδομένα, τα οποία δεν είναι πάντα διαθέσιμα. Παρόλο που τα ζωικά πρότυπα συστήματα θα μπορούσαν να παρέχουν εναλλακτικά σύνολα δεδομένων για να διατυπώσουν υποθέσεις και να περιορίσει τον αριθμό των υπογραφών που πρέπει να δοκιμαστεί σε κλινικά δείγματα, η προβλεπτική ισχύ μιας τέτοιας προσέγγισης δεν έχει ακόμη αποδειχθεί. Η παρούσα μελέτη έχει ως στόχο να αναλύσει τις μοριακές υπογραφές του καρκίνου του ήπατος σε γ-ΜΕΤ-διαγονιδιακό μοντέλο ποντικού και να διερευνήσει προγνωστική σημασία της για ανθρώπινο ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα (HCC). Δείγματα ιστών λήφθηκαν από όγκου (TU), γειτονικά μη-όγκου (ΑΝ) και μακρινό φυσιολογικά (DN) του ήπατος σε Tet-χειριστής ρυθμιζόμενη (TRE) ανθρώπινο c-ΜΕΤ διαγονιδιακών ποντικών (n = 21), καθώς και από ένα κινέζικο κοόρτη 272 ΗΒν και 9 ασθενείς HCC HCV-συνδέονται. Ολόκληρο το γονιδίωμα μικροσυστοιχία προφίλ έκφρασης διεξήχθη σε chips γονιδιακή έκφραση Affymetrix, και προγνωστική σημασίες των υπογραφών γονιδιακής έκφρασης αξιολογήθηκαν στις δύο ειδών. Τα δεδομένα μας αποκάλυψαν παραλληλισμοί μεταξύ ποντικού και ανθρώπου όγκους ήπατος, συμπεριλαμβανομένης της προς τα κάτω ρύθμιση των μεταβολικών οδών και πάνω ρύθμιση των διεργασιών κυτταρικού κύκλου. Οι όγκοι ποντικού ήταν περισσότερο όμοια με ένα υποσύνολο των δειγμάτων ασθενών που χαρακτηρίζεται από ενεργοποίηση του μονοπάτι Wnt, αλλά διακριτικό στα σήματα ρ53 μονοπάτι. Των δυνητικών κλινική χρησιμότητα, εντοπίσαμε μια ομάδα γονιδίων που ρυθμίζονται προς τα κάτω και στις δύο όγκους ποντικού και ανθρώπου HCC έχει σημαντική προβλεπτική ικανότητα για τη συνολική και την ελεύθερη νόσου επιβίωση, η οποία ήταν ιδιαίτερα εμπλουτισμένα για μεταβολικές λειτουργίες. Στα συμπεράσματα, η μελέτη αυτή αποδεικνύει ότι ένα μοντέλο της νόσου μπορεί να χρησιμεύσει ως μια πιθανή πλατφόρμα για τη δημιουργία υποθέσεων που πρόκειται να δοκιμαστεί σε ανθρώπινους ιστούς και αναδεικνύει μια αποτελεσματική μέθοδο για την παραγωγή υπογραφών βιοδείκτη πριν έχουν ξεκινήσει εκτεταμένες κλινικές δοκιμές.

Παράθεση : Ivanovska εγώ, Zhang C, Liu AM, Wong KF, Lee NP, Lewis P, et al. (2011) Υπογραφές γονίδιο που προέρχεται από ένα c-MET-Driven ήπατος Καρκίνος μοντέλο ποντικού Προβλέψτε επιβίωσης των ασθενών με ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα. PLoS ONE 6 (9): e24582. doi: 10.1371 /journal.pone.0024582

Επιμέλεια: Wanjin Χονγκ, Ινστιτούτο Μοριακής και Κυτταρικής Βιολογίας, Σιγκαπούρη

Ελήφθη: 9 Μαΐου του 2011? Αποδεκτές: 14 του Αυγούστου του 2011? Δημοσιεύθηκε: 16 Σεπ του 2011

Copyright: © 2011 Ivanovska et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτοί οι συγγραφείς δεν έχουν καμία υποστήριξη ή χρηματοδότηση για να αναφέρετε

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. ΙΙ, CZ, PL, UP, DB, CB, MS, MM, MAC, και HD που ασχολούνται με αυτό το έργο ως υπάλληλοι της Merck & amp? Co., Inc., μια κορυφαία φαρμακευτική εταιρεία? εκτός από αυτό, όλοι οι άλλοι συγγραφείς αποκαλύπτουν κανένα ανταγωνιστικών συμφερόντων. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Το ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα (HCC) είναι η πέμπτη πιο συχνή κακοήθεια σε όλο τον κόσμο, με πάνω από 300.000 νέα περιπτώσεις ετησίως στην Κίνα και με μια αυξανόμενη επίπτωση στις δυτικές χώρες [1]. Χειρουργική εκτομή ή μεταμόσχευση ήπατος είναι τα κύρια θεραπευτικές επιλογές για ασθενείς HCC έχει ένα ποσοστό επιβίωσης 5 ετών στο 50-60% [2]. Δυστυχώς, περίπου το 80% των ασθενών που διαγιγνώσκονται σε προχωρημένα στάδια κατά την παρουσίαση και είναι ουσιαστικά εκτός λειτουργίας και πυρίμαχα στα περισσότερα από τα συμβατικά χημειοθεραπείες [3]. Ως εκ τούτου, υπάρχει επείγουσα ανάγκη για ταυτοποίηση προγνωστικών δεικτών HCC [4], [5], [6], [7], [8], [9] και να αναπτύξουν στοχευμένες θεραπείες μέσω συμβατικών αναστολέων μικρού μορίου ή /και RNAi θεραπευτικά [10], [11], [12], [13], [14].

Αρκετά περίπλοκη διαγονιδιακά μοντέλα ποντικών του ανθρώπινου καρκίνου έχουν προταθεί για να μιμηθεί με ακρίβεια την παθοφυσιολογία και μοριακά χαρακτηριστικά των ανθρώπινων κακοηθειών [15], αλλά οι συγκρίσεις μεταξύ διαφορετικών ειδών έκφρασης των γονιδίων των ζωικών μοντέλων και ανθρώπινη ασθένεια δεν είναι διαθέσιμα για την επικύρωση [16]. HCC αναπτύσσεται σε ανθρώπους ως προοδευτική ασθένεια από μια προδιάθεση κίρρωση που προκαλείται από λοίμωξη ηπατίτιδας Β ή του ιού C, χρόνιο αλκοολισμό, ή έκθεση αφλατοξίνη. Ως αποτέλεσμα, το ανθρώπινο ιστό όγκου HCC περιβάλλεται από προκαρκινικές κιρρωτικούς ιστό [17]. Ένα διαγονιδιακό μοντέλο ποντικού HCC έχει αναπτυχθεί από Bishop και συνεργάτες στις οποίες όγκων που διεγείρονται από το ήπαρ-ειδική, ρυθμιζόμενη από τετρακυκλίνη (TRE) έκφραση ενός ανθρώπινου διαγονιδίου κινάσης c-met, γενετικής βλάβης που συνδέονται συνήθως με ανθρώπινα ηπατικά όγκους [18 ]. Οι όγκοι που οφείλονται σε ο-ΜΕΤ υπερέκφραση σε ποντίκια μοιάζουν με ανθρώπινες HCC στο επίπεδο της ιστολογίας [19]. Ενεργοποίηση μεταλλάξεις σε β-κατενίνη που οδηγούν σε αυξορρύθμιση του μονοπατιού σηματοδότησης Wnt, ένα άλλο κοινό χαρακτηριστικό των ανθρωπίνων HCC, παρατηρήθηκαν συχνά σε αυτούς τους όγκους. Παρ ‘όλα αυτά, οι πληροφορίες για ΤΡ53 ογκοκατασταλτικό γονίδιο, το οποίο είναι συνήθως μεταλλαγμένη σε ανθρώπινους HCC [20], και άλλους πιθανούς στόχους γονίδιο σε αυτό το μοντέλο του συστήματος δεν είναι διαθέσιμα. Επιπλέον, το μοριακό χαρακτήρας του γειτονικού μη κακοήθη ιστό που περιβάλλει τους όγκους δεν είναι καλά μελετηθεί και χαρακτηριστεί [21]. Η καλύτερη κατανόηση του πώς το μοντέλο ποντικού συγκρίνεται με την ανθρώπινη ασθένεια σε μοριακό επίπεδο είναι, επομένως, ζωτικής σημασίας για το σχεδιασμό και την ερμηνεία των μελετών αποτελεσματικότητας για θεραπείες.

Οι βιοδείκτες που προέρχεται από την έκφραση μικροσυστοιχιών προφίλ δεδομένα μπορούν να υπόκεινται σε υψηλή ψευδώς θετικός ρυθμός λόγω των πολλαπλών υπόθεση δοκιμή εγγενής στη συνεργασία με μεγάλο αριθμό γονιδίων και συνδυασμούς γονιδίων. Μια έξυπνη βιοδεικτών υπογραφή ή γονιδιακή σειρά που καθορίζεται από ένα δεδομένο σύνολο των δειγμάτων (σύνολο εκπαίδευσης) πρέπει να επικυρωθεί με δεδομένα από ανεξάρτητα δείγματα (το σύνολο ελέγχου /επαλήθευσης) [22], [23]. Η επίτευξη αυτού του στόχου μπορεί να είναι προκλητική ως ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων, ιδίως εκείνων που προέρχονται από κλινικά δείγματα αντιμετωπίζονται με παρόμοιο τρόπο, είναι λιγοστά ή να απαιτούν σημαντικές επενδύσεις χρόνο για να συσσωρεύονται. Ένα έργο-γύρω από αυτού του περιορισμού είναι να διαμορφώσει και τις υποθέσεις δοκιμής χρησιμοποιώντας δεδομένα από ένα πρότυπο σύστημα.

Σε αυτή τη μελέτη, εκτελέσαμε το μοριακό προφίλ της κανονικής ήπατος και του όγκου των ιστών από το κινούμενο μοντέλο ποντικού γ-ΜΕΤ, να κατανοήσουν τις μοριακές αλλαγές σε αυτά τα ποντίκια. Προσδιορίσαμε το πόσο καλά το μοντέλο προσεγγίζει ανθρώπινης νόσου και επιβεβαίωσε την έκφραση συγκεκριμένων στόχων καρκίνου. Χρησιμοποιήσαμε τα στοιχεία που προέρχονται από το μοντέλο γ-ΜΕΤ για να δημιουργήσει υπογραφές διάκριση όγκου (TU) από γειτονικά μη-όγκου (AN) και άγριου τύπου (WT) φυσιολογικούς ιστούς, και δοκίμασε την προγνωστική δύναμη αυτών των υπογραφών σε ένα σύνολο δεδομένων από ανθρώπινου HCC.

Μέθοδοι

Ηθική

το Διοικητικό συμβούλιο Institutional Review του Πανεπιστημίου του Χονγκ Κονγκ /Νοσοκομείο Αρχής του Χονγκ Κονγκ West Cluster (HKU /ΗΑ HKW IRB) ενέκρινε την εν λόγω μελέτη , και κάθε ασθενής έδωσε /γραπτή πληροφορημένη συγκατάθεσή του για τη χρησιμοποίηση των κλινικών δειγμάτων για την έρευνα. Όλες οι μελέτες που αφορούν τα ζώα ήταν πλήρως εγκριθεί από τις Merck Βοστώνη φροντίδας ζώων και την Επιτροπή Χρήση (αριθμοί πρωτοκόλλου: # 07-08-044 και # 08-08-041) και διεξήχθησαν σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές των θεσμικών ζώων ηθική

Το μοντέλο ο-ΜΕΤ HCC ποντίκι

Οι ποντικοί που χρησιμοποιήθηκαν σε αυτήν την μελέτη έχουν περιγραφεί (Πίνακας 1) [18], [24]. Όλοι οι ποντικοί ήταν σε FVB γενετικό υπόβαθρο. Ποντικοί που υπερεκφράζουν ανθρώπινο c-ΜΕΤ διεξάγεται ένα αντίγραφο του διαγονιδίου LAP-tTa (το ήπαρ-ειδικό προαγωγό LAP οδήγηση του τρανσενεργοποιητή Tet-VP16) και ένα αντίγραφο του διαγονιδίου TRE-ο-ΜΕΤ (Tet-χειριστής ρυθμίζεται ανθρώπινο γονίδιο c-ΜΕΤ ). Η παρουσία και των δύο διαγονιδίων αποτελέσματα στην έκφραση του ανθρώπινου γονιδίου c-ΜΕΤ ειδικά μέσα και σε όλο το ήπαρ (στο εξής ως το στέλεχος TRE-c-Met). Επτά ποντίκια από κάθε στέλεχος θυσιάστηκαν σε έξι (TRE-ο-ΜΕΤ), επτά (LAP-tTa) ή 14 (TRE-ο-ΜΕΤ) εβδομάδων. Φυσιολογικό ήπαρ ή ιστό του όγκου στο ήπαρ (δύο ανά ποντίκι) συλλέχθηκε και επεξεργασία για γονιδιακής έκφρασης στο Εργαστήριο Έκφραση Rosetta Gene. Επιπλέον, τα παρακείμενα ιστού ήπατος συλλέχθηκε από το μη εμπλεκόμενο ιστό δίπλα στα σύνορα του όγκου στο φέρουν όγκο ήπατος λοβού. Distant ηπατικού ιστού ήταν από ένα έδρανο λοβού μη όγκου ή από περιοχές τουλάχιστον 1 cm μακριά από τον όγκο. έργα των ζώων διεξήχθησαν σε AALAC-διαπιστευμένο εργαστήριο σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές των θεσμικών ζώων ηθική.

Η

ομάδες ασθενών και κλινικών δειγμάτων

Όλοι οι ασθενείς που εντάχθηκαν στη μελέτη αυτή υποβλήθηκε σε μια θεραπευτική ηπατεκτομή για HCC στο Queen Mary Hospital, Pokfulam, το Χονγκ Κονγκ, μεταξύ του 1993 και του 2007 [3], [25]. Η μελέτη αυτή εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο κριτική Θεσμικών για την ανθρώπινη ηθική και κάθε ασθενής έδωσε /γραπτή συγκατάθεση του της σχετικά με τη χρήση των κλινικών δειγμάτων για την έρευνα. Ο ηπατικός ιστός που ελήφθη από τους ασθενείς κατά το χρόνο της χειρουργικής επέμβασης θεραπευτική αμέσως καταψύχθηκαν ταχέως σε υγρό άζωτο και αποθηκεύτηκαν στους -80 ° C μέχρι να χρειαστούν.

Microarray και ανάλυση

συνολικό RNA εκχυλίζεται και καθαρίζεται από τα κλινικά δείγματα ήπατος (n = 272 HBV-HCC όγκου (TU), 257 HBV-HCC όγκο παρακείμενο φυσιολογικό (AN), 9 HCV-HCC όγκου (TU).

9 HCV- HCC όγκο παρακείμενο φυσιολογικό (ΑΝ)) χρησιμοποιώντας το SV96 Σύνολο Σύστημα Απομόνωση RNA (Promega) σύμφωνα με μια προσαρμοσμένη αυτοματοποιημένο πρωτόκολλο. Το εκχυλισμένο RNA ποσοτικοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το αντιδραστήριο ποσοτικοποίηση RiboGreen RNA (Invitrogen) και η ποιότητά του εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας Agilent 6000 RNA Pico Kit (Agilent, Santa Clara, CA) σε ένα Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent). Μόνο εκείνα τα δείγματα που διέρχεται από τα ελάχιστα όρια για την ποσότητα και την ποιότητα (RIN & gt? 6) ενισχύθηκαν και επισημαίνονται χρησιμοποιώντας το πρωτόκολλο Ovation WB (NuGEN Technologies, San Carlos, CA), σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Εν συντομία, 50 ng ολικού RNA ενισχύθηκε με τη χρήση της τεχνολογίας ριβο-SPIA (NuGEN Technologies), κατακερματισμένη και σημασμένο με βιοτίνη χρησιμοποιώντας το FL-Ovation cDNA Βιοτίνη Module V2 (NuGEN Technologies). Τα προκύπτοντα ενισχυμένα cRNAs υβριδοποιήθηκαν σε τσιπ Affymetrix γονιδιακή έκφραση (Human Rosetta Προσαρμοσμένη Affymetrix 1.0, Affymetrix, Santa Clara, CA) [26]. Οι εικόνες αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το τυποποιημένο πακέτο των Affymetrix GeneChip Λογισμικό Λειτουργικό (GCOS) (www.affymetrix.com/products/software/specific/gcos.affx) και ήταν περαιτέρω κανονικοποιήθηκαν και επεξεργασία για να προκύψουν οι εντάσεις αλληλουχία που βασίζεται με τη χρήση του αλγορίθμου RMA όπως εφαρμόζεται σε Affymetrix Ηλεκτρικά Εργαλεία (https://www.affymetrix.com/support/developer/powertools). Τα δεδομένα που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση αυτή πέρασε δύο επίπεδα ελέγχων ποιότητας (QC) (επίπεδο πίνακα χρησιμοποιώντας Affymetrix συνιστώμενες παραμέτρους, και το επίπεδο του έργου για τον αποκλεισμό συστοιχίες ακραία και συστοιχίες με μεγάλα μοτίβα που σχετίζονται με γνωστές παραμέτρους της διαδικασίας). Log10 (αναλογία) του κάθε γονιδίου σε κάθε δείγμα υπολογίζεται αφαιρώντας μέση του log10 (Ένταση) αυτού του γονιδίου σε όλα τα γειτονικά δείγματα μη-όγκου, ώστε να καταστούν συγκρίσιμα με τα στοιχεία μοντέλο ποντικού γ-ΜΕΤ όπου οι αναφορές είναι η πισίνα του άγριου τύπου ιστών ήπατος ποντικού. τα δεδομένα προφίλ έκφρασης των πρώτων γονιδίων κατατέθηκαν στο GEO με τους ακόλουθους αριθμούς πρόσβασης: GSE25142 (που προέρχεται από το μοντέλο ποντικού c-Met) και GSE25097 (που προέρχονται από ανθρώπινο HCC)

όγκου υπογραφή από τα προφίλ του ποντικιού

Χρησιμοποιήσαμε μονόδρομη ANOVA να καθορίσουν υπογραφή όγκου σε ποντικούς πείραμα c-ΜΕΤ, ας πούμε, για μια σύγκριση μεταξύ WT Vs. όγκου, εντοπίσαμε 6277 probesets ποντίκι με ANOVA P-value & lt? 0.001. Το ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) εδώ υπολογίζεται σε 0,62% από το 1000 μεταθέσεων. Μεταξύ αυτών probesets υπογραφή, 3114 έδειξε κατάντη του όγκου και 3163 του όγκου up-κανονισμούς σε σχέση με WT. Η υπογραφή του όγκου του ποντικιού στη συνέχεια αντιστοιχίζονται με τα ανθρώπινα probesets στο Affymetrix ανθρώπινο τσιπ. Εντοπίσαμε επίσης την υπογραφή του όγκου του ποντικιού από τις συγκρίσεις των παρακείμενων μη-όγκου εναντίον των όγκων και μακρινό μη-όγκου εναντίον του όγκου, με ανάλυση ANOVA.

Βιολογικά σχολιασμού και τον εμπλουτισμό geneset δοκιμή

Εμείς συγκεντρώνονται πολλά βάσεις δεδομένων περιλαμβάνουν γονίδιο σύνολα με γνωστές βιολογικές λειτουργίες ή ιδιότητες από μια ποικιλία από κοινού (GO κυτταρικά συστατικά, μοριακή λειτουργία, βιολογικές διεργασίες, πορείες KEGG, SwissProt Keywoards, κλπ), με άδεια (GeneGo, την εφευρετικότητα, NextBio biosets, κλπ), και ιδιόκτητο πηγές (εσωτερική ένωση, siRNA, το σώμα άτλαντα προφίλ, κλπ). Αυτά τα σχολιασμένα σειρές γονιδίων χρησιμοποιήθηκαν στη δοκιμή εμπλουτισμού. Οι Ρ-τιμές εμπλουτισμού (η πιθανότητα πιθανότητα παρατήρησης επικαλυπτόμενων γονιδίων μεταξύ του geneset εισόδου και της geneset στη βάση δεδομένων) υπολογίζεται χρησιμοποιώντας την εκθετική κατανομή [27].

Προγνωστική δύναμη των υπογραφών

για να εκτιμηθεί η προγνωστική ισχύ κάθε υπογραφών ποντικού, η υπογραφή χαρτογραφήθηκε σε ανθρώπινο probesets και στη συνέχεια αντιμετωπίζεται ως metagene [28], [29]. Δηλαδή, το επίπεδο έκφρασης για την metagene σε ανθρώπινα δείγματα HCC ήταν υπολογίζονται κατά μέσο όρο log (αναλογία) του συνόλου των γονιδίων χαρτογραφηθεί από το ποντίκι της επέκτασης ή υποβιβασμού ρυθμιζόμενων υπογραφές. Τα ανθρώπινα δείγματα HCC κατατάχθηκαν από το επίπεδο έκφρασης του metagene και στη συνέχεια χωρίζεται σε δύο ίσες ομάδες με τη μέση τιμή (για να αποφευχθεί η υπερβολική τοποθέτηση, δεν είχαμε τη βελτιστοποίηση του κατωφλίου). Οι Ρ-τιμές log-rank μεταξύ αυτών των δύο ομάδων υπολογίστηκαν με τη δοκιμασία log-rank με τη χρήση του χρόνου της συνολικής επιβίωσης και της νόσου επιβίωση χωρίς αντίστοιχα.

Αποτελέσματα

Παγκόσμια αλλαγές στη γονιδιακή έκφραση του ποντικιού και ανθρώπινου HCC

για τον προσδιορισμό της γονιδιακής έκφρασης όγκου-ειδικά στο μοντέλο ποντικού γ-ΜΕΤ του HCC, συγκρίναμε ιστό από ποντίκια που φέρουν όγκους σε διάφορους ιστούς ελέγχου, συμπεριλαμβανομένων γειτονικά και μακρινά κανονική ηπατικού ιστού από ποντίκια που φέρουν όγκο, άγριο -τύπος ηπατικού ιστού και ηπατικού ιστού από δύο μονά διαγονίδιο γονικών σειρών (Πίνακας S1). Χρησιμοποιήσαμε ιστού ήπατος άγριου τύπου (εικονική πισίνα από 7 ποντίκια) ως βασική και εκτελείται χωρίς επίβλεψη ομαδοποίηση των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων. Βρήκαμε ότι οι όγκοι είχαν ένα διακριτό πρότυπο έκφρασης (Σχήμα 1Α). Για τον χαρακτηρισμό της μοριακής φύσης των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων, πραγματοποιήσαμε Gene Ontology βιολογική σχολιασμό [30] (βλέπε επίσης συμπληρωματικά στοιχεία) σε κάθε σετ γονιδίων και διαπίστωσε ότι τα γονίδια κάτω-ρυθμίζονται εμπλουτίστηκαν για μεταβολικές διεργασίες, ενώ τα up-ρυθμιζόμενα γονίδια εμπλουτίστηκαν για τον κυτταρικό κύκλο και όροι κυτταροσκελετού που σχετίζονται με (Πίνακας S2). μεταβολές της γονιδιακής έκφρασης σε ανθρώπινα HCC έδειξε παρόμοια σχολιασμούς GO (Πίνακας S3), υποδεικνύοντας ότι σε παγκόσμιο επίπεδο γονιδιακής έκφρασης, το μοντέλο ποντικού γ-ΜΕΤ προσεγγίζει την ανθρώπινη HCC.

(Α) ανάλυση της έκφρασης του γονιδίου Παγκόσμια αποκάλυψε από όγκο συγκεκριμένες αλλαγές γονιδιακή έκφραση η οποία χαρακτηρίζεται από γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω σε όγκους που εμπλουτίστηκαν για μεταβολικές διεργασίες (λευκό κουτί) και γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω σε όγκους που εμπλουτίστηκαν για τον κυτταρικό κύκλο και κυτταροσκελετού της ακτίνης (κίτρινο). μη καρκινικούς ιστούς γειτονικούς ή σε απόσταση από τους όγκους έδειξαν παρόμοια πρότυπα έκφρασης ήταν διάσπαρτα στο χάρτη θερμότητα που παράγεται από ανεξέλεγκτους ομαδοποίησης, με δείγματα από το ίδιο ζώο ομαδοποίηση μαζί. Οι κάθετες μπάρες στα δεξιά του κάθε χάρτη θερμότητας αντιπροσωπεύουν χρωματική κωδικοποίηση των δειγμάτων που αντιστοιχεί στη λεζάντα κάθε πίνακα. (FVB-WT, μοβ) ήπατος ιστών από ζώα ελέγχου? (LAP-ΙΤΑ, σκούρο μπλε και TRE-ο-ΜΕΤ, πορτοκαλί) ηπατικού ιστού από μόνο του διαγονιδίου γονική στελέχη? (Γ-ΜΕΤ TU, πράσινο) καρκινικού ιστού από διπλή διαγονιδίου, τα ζώα που φέρουν όγκο? (Γ-ΜΕΤ AN, γαλάζιο) του ήπατος μη καρκινικών ιστών από διπλή διαγονιδίου, ζώα που φέρουν όγκο δίπλα σε όγκο? (C-ΜΕΤ DN, κόκκινο) συκώτι μη καρκινικών ιστών από διπλό διαγονιδίου, ζώα που φέρουν όγκο μακριά από όγκο. Ο χάρτης θερμότητας αντιπροσωπεύει μη επιβλεπόμενη ομαδοποίηση των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων (πάσο αλλαγή ≥1.25, σ & lt? 0,01, Cluster Αλγόριθμος: agglomerative, Ομοιότητα Μέτρο: συνημίτονο συσχέτιση). (Β) Η πλειονότητα των γονιδίων του ήπατος εμπλουτισμένου ήταν ρυθμισμένα προς τα κάτω στους όγκους c-met, συνεπή με την απώλεια της ηπατικής λειτουργίας. Για την ανάλυση αυτή, επιλέξαμε τα κορυφαία 400 γονίδια με τη μεγαλύτερη πολλαπλή μεταβολή από τα γονίδια του ήπατος εμπλουτισμένο προσδιορίζονται από Su και οι συνεργάτες του [18]. Ένα μικρό υποσύνολο των γονιδίων που ήταν πάνω ρυθμισμένα (κίτρινα κουτιά) μπορεί να περιέχει χρήσιμες βιοδείκτες της παρουσίας όγκου. Χρώμα θρύλος -0.5 & lt? Log

10 (αναλογία) & lt? 0.5. (C) Σύγκριση του ποντικιού γ-ΜΕΤ και προφίλ όγκου ανθρώπινου HCC. Ανθρώπου και ποντικού δείγματα όγκων συν-συγκεντρωμένα δείχνει παρόμοια πρότυπα γονιδιακής έκφρασης (κόκκινο πλαίσιο). Τα διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια μπορούν να χωριστούν σε τρεις ομάδες με βάση συγκεκριμένα μοτίβα ρύθμισή τους (κίτρινα κουτιά) και GO σχολιασμό. (HCC Adj) Ανθρώπινα γειτονικά μη-όγκου? (HCC TU) ανθρώπινων καρκινικών? (Γ-ΜΕΤ TU) του όγκου του ποντικιού? (Γ-ΜΕΤ Adj /DIS) ποντικού δίπλα και μακρινό φυσιολογικό. Ο χάρτης θερμότητας αντιπροσωπεύει μη επιβλεπόμενη ομαδοποίηση των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων (πάσο αλλαγή ≥1.25, σ & lt? 0,01, Cluster Αλγόριθμος: agglomerative, Ομοιότητα Μέτρο: συνημίτονο συσχέτιση).

Η

Πραγματοποιήσαμε χωρίς επίβλεψη ομαδοποίηση και διαπίστωσε ότι η προφίλ έκφρασης των γειτονικών και μακρινά δείγματα φυσιολογικού ιστού διανθίζονται, διαχωρίζονται από το ζώο από το οποίο ελήφθησαν και διακριτή από τα προφίλ του όγκου (Σχήμα 1Α). Αυτό το αποτέλεσμα δείχνει ότι η εγγύτητα του όγκου δεν μεταβάλλει σημαντικά την έκφραση του γονιδίου στο φυσιολογικό ιστό του ήπατος. Ωστόσο, μπορεί να υπάρχουν λεπτές διαφορές μεταξύ των γειτονικών και μακρινά δείγματα.

Παρά το γεγονός ότι και οι δύο HCV και HBV λοίμωξη έχει αποδειχθεί ότι προκαλεί HCC, λοιμώξεις HBV ήταν κυρίαρχη στην ομάδα αυτή (272 HBV-HCC όγκους και 9 HCV -HCC όγκοι). Για τον εντοπισμό δυνητικών μοριακές διαφορές μεταξύ HCV και HBV μολυνθεί HCC, αναλύσαμε όλα τα διαθέσιμα δείγματα του HCV σε αυτή την ομάδα (εννέα) και τα συνέκρινε με ίσο αριθμό τυχαία επιλεγμένων δειγμάτων HBV (εννέα). Τα δείγματα HBV κατανεμήθηκαν τυχαία σε μια ανεξέλεγκτη σύμπλεγμα όλων των δειγμάτων του όγκου (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται), υποδεικνύοντας ότι δεν είχαν λοξή προς ένα συγκεκριμένο μοριακό προφίλ. Εμείς δεν τήρησε καμία συνεπής μοριακή διαφορά μεταξύ αυτών των δειγμάτων (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Για να προσδιορίσετε αν παραλληλισμοί μεταξύ του ανθρώπου και των HCC ποντικιού υπάρχουν σε επίπεδο γονιδίου, πραγματοποιήσαμε άμεση σύγκριση του ποντικιού και του ανθρώπινου προφίλ HCC. Τα δείγματα κανονικοποιήθηκαν ποντικού έναντι του ιστού φυσικού τύπου ήπατος (εικονική πισίνα από 7 ποντικούς) και τα ανθρώπινα δείγματα ομαλοποιήθηκαν έναντι ενός μέσου όρου όλων των γειτονικών δειγμάτων μη-όγκου. Ανεξέλεγκτη ομαδοποίηση των ανθρώπινων και ποντικού δείγματα έδειξαν ότι τα μοριακά χαρακτηριστικά των δύο συνόλων των όγκων ήταν πιο στενά συνδεδεμένα μεταξύ τους παρά να συγγενές παρακείμενους ιστούς μη-όγκου τους (Σχήμα 1Β, κόκκινο κουτί), αποκαλύπτοντας ένα ογκο-ειδική μοριακή υπογραφή.

Μεταξύ των γονιδίων που εκφράζονται διαφορικά στην πλειονότητα των ποντικού και ανθρώπινων όγκων, προσδιορίσαμε τρία υποσύνολα γονίδιο με διακριτά χαρακτηριστικά (Σχήμα 1Β, κίτρινα κουτιά). Δύο ομάδες έδειξαν παρόμοια πρότυπα έκφρασης στους δύο τύπους όγκων: γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω και στις δύο τύπων όγκου εμπλουτισμένη για τις μεταβολικές διαδικασίες, ενώ τα γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω και στους δύο τύπους όγκων ήταν εμπλουτισμένα για διεργασίες κυτταρικού κύκλου. Γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω ειδικά στους ανθρώπινους όγκους ήταν εμπλουτισμένα για διαδικασίες ανοσολογικής απόκρισης, αντικατοπτρίζοντας ένα μοριακό διάκριση που μπορούν να δείξουν διαφορές στους μηχανισμούς εξέλιξης του όγκου. Συνοπτικά, η σύγκριση των μοριακών προφίλ των ανθρώπινων και ποντικού HCC αποκάλυψε εκτεταμένη παραλληλισμοί σε επίπεδο γονιδιακής έκφρασης. Ωστόσο, κάθε σύνολο των όγκων ήταν επίσης χαρακτηρίζεται από συγκεκριμένα μοτίβα γονιδιακής έκφρασης.

κάτω ρύθμιση των γονιδίων που εμπλέκονται σε μεταβολικές διεργασίες στους όγκους υποδεικνύει ότι οι λειτουργίες του ήπατος είναι μειωμένη ή εξασθενημένη. Για να διερευνήσει ταυτότητα του ήπατος σε αυτούς τους όγκους περαιτέρω, εξετάσαμε την έκφραση των γονιδίων του ήπατος εμπλουτισμένου [31], [32], [33] και διαπίστωσε ότι ήταν ρυθμισμένα προς τα κάτω στα δείγματα όγκου (Σχήμα 1C), συνεπή με την απώλεια του ταυτότητα λειτουργία του ήπατος και με την εξέλιξη του όγκου.

δραστηριότητα των οδών ογκολογίας στο HCC

για να αποκτήσουν μια καλύτερη κατανόηση της δραστηριότητας της σηματοδότησης οδών σχετικών με την ογκολογία στο μοντέλο C-ΚΟΑ του HCC, εμείς εκτελείται στοχευμένη ανάλυση της έκφρασης αλλαγές χρησιμοποιώντας υπογραφές μονοπάτι ορίζεται προηγουμένως. Το /β-κατενίνης υπογραφή Wnt αποτελείται από γονίδια πάνω και κάτω-ρυθμίζονται από siRNAs β-κατενίνης σε DLD-1 κύτταρα καρκινώματος του παχέος εντέρου [34]. Βρήκαμε αυξημένη δραστικότητα Wnt οδού (Σχήμα 2Α), σύμφωνα με τις ενεργοποιούμενες μεταλλάξεις του β-κατενίνης ανιχνεύεται συχνά σε αυτούς τους όγκους και η ενεργοποίηση του μονοπατιού Wnt στο ένα τρίτο των HCCs [35]. Ανεξέλεγκτη ομαδοποίηση των δειγμάτων ποντικού και ανθρώπου έδειξαν μία σχέση μεταξύ ενός υποσυνόλου των ανθρώπινων προφίλ HCC και τα δείγματα όγκων ποντικού (Σχήμα 2Β), υποδεικνύοντας ότι το ποντίκι c-Met μπορεί να είναι ένα χρήσιμο μοντέλο για τη μελέτη των ασθενών HCC με ενεργοποιημένο σηματοδότηση Wnt. Είναι ενδιαφέρον ότι, το γονιδίωμα κλίμακα προφίλ των όγκων ποντικιού και το υποσύνολο των ανθρώπινων HCC με έκφραση ρυθμίζεται προς τα πάνω μονοπάτι Wnt δεν συσχετίστηκαν (συσχέτιση = 0,07). Αυτό έρχεται σε αντίθεση με την σημαντική συσχέτιση παρατηρήθηκε για το γονίδιο εστιασμένη δέσμη μονοπάτι σηματοδότησης Wnt, υποδεικνύοντας ότι οι ομοιότητες περιορίζεται σε συγκεκριμένες οδούς.

(Α) Το μονοπάτι Wnt /β-κατενίνης ήταν ρυθμισμένα προς τα πάνω στο όγκους ποντικών όπως μετράται από το γονίδιο υπογραφή /β-κατενίνης Wnt [34]. Τα γονίδια σε κάθε υπογραφή υποδεικνύεται σε όλη την κορυφή του κάθε χάρτη θερμότητας. Τα δείγματα είναι στον Υ-άξονα και τον ιστό προέλευσής τους υποδεικνύεται στην κατακόρυφη χρωματική κωδικοποίηση μπάρα προς τα δεξιά του κάθε χάρτη θερμότητας. Χρωματικής κωδικοποίησης υπόμνημα για πίνακες Α και C είναι μεταξύ των πάνελ. Όλες οι συντμήσεις είναι όπως στην Εικόνα 1. (Β) Η /β-κατενίνης μονοπάτι Wnt ήταν ρυθμισμένη σε μια υποομάδα ασθενών ανθρώπινης HCC όπως απεικονίζεται από τα τρία ανθρώπινα δείγματα (HCC TU, μοβ) ότι συν-σύμπλεγμα με το HCC ποντίκι δείγματα (γ-ΜΕΤ TU, κίτρινο). Χρωματικής κωδικοποίησης υπόμνημα για πίνακες Β και D είναι μεταξύ των πάνελ. (Γ) Το ΤΡ53 μονοπάτι ήταν ρυθμισμένη στους όγκους ποντικού (γ-ΜΕΤ TU, πράσινο). (D) Up-ρύθμιση του TP53 μονοπατιού ήταν ειδικά για το μοντέλο ποντικού (γ-ΜΕΤ TU, κίτρινο) και δεν παρατηρήθηκε σε ανθρώπινο HCC (HCC TU, μοβ).

Η

δραστηριότητα p53 μονοπάτι στο μοντέλο HCC ποντίκι είναι ενδιαφέρον ως

TP53

μεταλλάξεις είναι συχνές (σε ~27% των περιπτώσεων) σε ανθρώπινο HCC [20]. Χρησιμοποιήσαμε ένα ρ53 μονοπάτι υπογραφή [36] και παρατηρείται αυξητική ρύθμιση του μονοπατιού ρ53 στους όγκους HCC ποντίκι, επιδεικνύοντας μια διαφορά από ανθρώπινο HCC (Σχήμα 2C). Σε αντίθεση, η ανθρώπινη δείγματα HCC δεν παρουσίασε ρ53 μονοπάτι πάνω ρύθμιση (Εικόνα 2D), προφανώς λόγω μεταλλάξεων ή άλλων μηχανισμών ρ53 αδρανοποίησης. Τα αποτελέσματα αυτά δείχνουν ότι αν και η ο-ΜΕΤ μοντέλο ποντικού μπορούν να αναπαράγουν ένα υποσύνολο των ανθρώπινων HCCs σε διάφορες πτυχές, μοριακές διαφορές υπάρχουν και θα πρέπει να ληφθούν υπόψη όταν τα δεδομένα που λαμβάνονται από αυτό το μοντέλο αναλύθηκαν, ιδιαίτερα για στόχους στο μονοπάτι ρ53. Αυτό οφείλεται στο καθεστώς άγριου τύπου ρ53 γονιδίου στο μοντέλο ποντικού σε μεγάλο βαθμό. Έτσι, θα πρέπει να δοθεί ιδιαίτερη προσοχή και μελέτη κατά τη σύγκριση του μοντέλου ανθρώπινης νόσου μεταξύ διαφορετικών ειδών. Το μονοπάτι σηματοδότησης Wnt και το μονοπάτι ρ53 είναι όλα πολύ κοινά στην ανάπτυξη καρκίνου. υπογραφές γονιδιακή έκφραση και των δύο οδών στο μοντέλο όγκου ποντικού και ανθρώπου HCC παρουσιάστηκαν στο σχήμα S2.

Ποντίκι που προέρχονται από τις υπογραφές του γονιδίου έχουν προβλεπτική ικανότητα για την επιβίωση των ασθενών ανθρώπινου HCC

Εντοπίσαμε υπογραφές γονίδιο στους όγκους ποντικών με σύγκριση του προτύπου έκφρασης του γονιδίου του όγκου στα τρία μη καρκινικούς ιστούς που υποδεικνύονται στον πίνακα S1 (άγριου τύπου (WT), παρακείμενες μη όγκου (ΑΝ) και μακρινό φυσιολογικά (DN) του ήπατος). Χρησιμοποιήσαμε το παρακείμενο vs. υπογραφή του όγκου, διότι είναι πλέον ανάλογη με τη σύγκριση των κλινικών δειγμάτων στη μελέτη μας. Το μακρινό εναντίον υπογραφή του όγκου παρέχει περαιτέρω πληροφορίες σχετικά με τις επιπτώσεις που εγγύτητας του όγκου μπορεί να ασκήσει στην παρακείμενο ιστό. Τέλος, δεδομένου ότι τόσο ο παρακείμενος και τα μακρινά ιστοί εκφράζουν επίσης την διαγονιδίου c-met, που περιλαμβάνει την άγριου τύπου εναντίον υπογραφή του όγκου για τον εντοπισμό τυχόν c-MET με γνώμονα τις αλλαγές της γονιδιακής έκφρασης.

Για κάθε ζεύγος -wise σύγκριση ιστός, εντοπίσαμε σύνολα γονιδίων που ήταν μεταγενέστερος ή πάνω ρυθμισμένα στον όγκο και δημιουργούνται χάρτες θερμότητας που χρησιμοποιούν αυτά τα γονίδια και τον όγκο ποντικού ο-ΜΕΤ και τα δείγματα άγριου τύπου FVB-WT παρουσιάζεται στο Σχήμα 3Α και Σχήμα S1 . Στη συνέχεια προβλέπεται αυτές τις υπογραφές στα ανθρώπινα δεδομένα HCC και προσδιορίζεται η επιβίωση προβλεπτική ισχύ τους και τον τρόπο έκφρασής τους. Ολόκληρη η ομάδα των ασθενών που χρησιμοποιήθηκε σε αυτή την ανάλυση και τα ανθρώπινα δείγματα χωρίστηκαν σε δύο ομάδες με βάση τον μέσο όρο log (αναλογία) όλων των γονιδίων στην υπογραφή όπως περιγράφεται στα Υλικά και Μέθοδοι.

(Α) υπογραφές έκφραση του γονιδίου του όγκου του ποντικιού. χάρτες θερμότητας δείχνουν την έκφραση των γονιδίων που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ του ιστού του όγκου και άγριου τύπου ή παρακείμενων φυσιολογικών ιστών στο ποντίκι. υπογραφές των όγκων (Β) Το ποντίκι χωρίστηκαν σε up-ρυθμίζονται και τα κάτω-ρυθμίζονται σύνολα και οικόπεδα Kaplan-Meier δημιουργήθηκαν για κάθε γονίδιο που να δοκιμαστεί η προβλεπτική δύναμη για τη συνολική επιβίωση των ασθενών.

Η

Είναι ενδιαφέρον, βρήκαμε ότι για όλες τις συγκρίσεις, τα γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω στους όγκους είχαν υψηλά προβλεπτική ικανότητα για την επιβίωση των ασθενών (Πίνακας 1) και επιβίωσης χωρίς νόσο (Πίνακας S4). Όπως φαίνεται προηγουμένως, αυτά τα γονίδια εμπλουτίστηκαν για μεταβολικές διεργασίες τόσο σε ανθρώπους όσο και το ποντίκι. Σε αντίθεση, το επάνω ρυθμισμένη υπογραφή, εμπλουτισμένα για διεργασίες του κυτταρικού κύκλου, δεν έχουν πολύ υψηλή προβλεπτική ικανότητα για επιβίωση (Πίνακας 1) ή επιβίωσης χωρίς νόσο (Πίνακας S4). Σχήμα 3Β και Σχήμα S1 δείχνουν τα οικόπεδα Kaplan-Meier για αυτά τα δεδομένα. Προτείνουμε ότι οι διαδικασίες του κυτταρικού κύκλου ρυθμίζεται προς τα πάνω δεν έχουν προβλεπτική ικανότητα επειδή αντιπροσωπεύουν γενικά εκδηλώσεις του όγκου, ενώ η απώλεια των μεταβολικών ιδιοτήτων συμβολίζει ειδικά απώλεια λειτουργικές ιδιότητες από τα κύτταρα του ήπατος που μπορεί να είναι επιζήμια για την επιβίωση του ασθενούς.

Για να καθοριστεί αν η προβλεπτική ικανότητα των υπογραφών προερχόμενα από ποντικό είναι ειδικά για το μοντέλο C-ΚΟΑ, αναλύσαμε την προβλεπτική ικανότητα μιας υπογραφής που προέρχεται από ανεξάρτητους μοντέλα ποντικών [37] και διαπίστωσε ότι ένα σημαντικό μέρος των γονιδίων είχε προβλεπτική ισχύ (Σχήμα S3). Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι η προβλεπτική ικανότητα των γονιδίων ποντικού προερχόμενα προέρχεται από τις ιδιότητες του όγκου των δειγμάτων ποντικού και προτείνει μια γενική χρησιμότητα των μοντέλων όγκου ποντικού για την ταυτοποίηση των υπογραφών γονιδίου πρόβλεψης του αποτελέσματος σε ανθρώπινους όγκους.

Επόμενο , αναλύσαμε την πρότυπο έκφρασης των υπογραφών γονιδίου ποντικού στα ανθρώπινα δείγματα και διαπίστωσε ότι τα γονίδια που ταυτοποιούνται στο μοντέλο ποντικού έδειξαν σημαντικές μεταβολές έκφρασης στα ανθρώπινους όγκους (εκπρόσωπος χάρτες θερμότητα στο Σχήμα 4.) Για να προσδιοριστεί αν οι μεταβολές έκφρασης ήταν σε η ίδια κατεύθυνση στο ποντικού και ανθρώπου, υπολογίσαμε το μέσο έκφρασης για κάθε γονίδιο στο ανθρώπινο όγκους σε σύγκριση με παρακείμενες μη-όγκου. Βρήκαμε ότι κάθε μία από τις έξι υπογραφές ποντίκι περιείχαν γονίδια των οποίων η έκφραση αλλάξει στα ανθρώπινους όγκους τόσο στον ίδιο και προς την αντίθετη κατεύθυνση. Για παράδειγμα, μεταξύ των γονιδίων ρυθμισμένων προς τα κάτω σε όγκους ποντικών έναντι WT ιστού (Σχήμα 4Α-Β), ένα υποσύνολο επίσης ρυθμίζεται προς τα κάτω σε ανθρώπινους όγκους (Σχήμα 4Α), ενώ ένα υποσύνολο ήταν ρυθμισμένα προς τα πάνω σε ανθρώπινους όγκους σε σύγκριση με το παρακείμενο μη καρκινικούς ιστούς (Σχήμα 4Β). Ομοίως, τα γονίδια που ρυθμίστηκαν προς τα πάνω σε όγκους ποντικών έναντι WT ιστού, ένα υποσύνολο των γονιδίων ήταν ρυθμισμένα προς τα κάτω στις ανθρώπινους όγκους και ένα υποσύνολο ρυθμιζόταν up-(τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Gene υπογραφές που παράγονται σε ιστούς ποντικών προβάλλεται στο σύνολο δεδομένων ανθρώπινου HKU HCC. Η χρωματική κλίμακα είναι όπως στο Σχήμα 1 (-0,5 περίπου 0.5). Τα μέσα επίπεδα έκφρασης απεικονίζονται στα δεξιά του κάθε χάρτη θερμότητας για να τονίσει τη σχέση ανάμεσα στην έκφραση και την πρόγνωση. Οι καμπύλες KM δίνονται κάτω από κάθε χάρτη θερμότητας.

Η

Για να κατανοήσουμε τη διαφορά μεταξύ των γονιδίων που ρυθμίζονται στην ίδια ή στην αντίθετη κατεύθυνση στο ποντίκι και ανθρώπινων όγκων, αναλύσαμε κάθε υποσύνολο ξεχωριστά για τους δύναμη να προβλέψει την επιβίωση (Πίνακας 2), η επιβίωση ελεύθερη νόσου (Πίνακας S5) και για εμπλουτισμό για βιολογικές οδούς (Πίνακας 2). Βρήκαμε ότι τα γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω, τόσο στον ποντικό και ανθρώπινους όγκους (Πίνακας S6) διατήρησε μια εξαιρετικά σημαντική προγνωστική ισχύ για την επιβίωση και τον εμπλουτισμό για τις μεταβολικές διαδικασίες. Σε αντίθεση, το υποσύνολο των γονιδίων που ρυθμίζεται προς τα κάτω στους όγκους ποντικών αλλά πάνω ρυθμισμένα σε ανθρώπινους όγκους δεν είχε προβλεπτική ικανότητα και σημαντικό εμπλουτισμό για οποιεσδήποτε βιολογικές διεργασίες. Μεταξύ των γονιδίων τα επάνω ρυθμισμένη στους όγκους ποντικού, αυτές που ρυθμίζεται προς τα κάτω στα ανθρώπινα νεοπλάσματα δεν έχουν καμία προβλεπτική ικανότητα για επιβίωση ή σημαντική βιολογική σχολιασμού (σημαντικό εμπλουτισμό των βιολογικών οδών, όπως μετράται με υπεργεωμετρικών P-value). Είναι ενδιαφέρον ότι, ενώ ολόκληρο το σύνολο των γονιδίων τα επάνω ρυθμισμένη σε όγκους ποντικών δεν είχε προβλεπτική ικανότητα (βλέπε ανωτέρω, Πίνακας 1 και Πίνακας S4), το υποσύνολο των γονιδίων που ρυθμίστηκαν προς τα πάνω τόσο ποντικού και ανθρώπινων όγκων έδειξε οριακά σημαντική προβλεπτική ικανότητα (Πίνακας 2, Πίνακας S7). Αυτό το αποτέλεσμα δείχνει ότι το φιλτράρισμα των discordantly γονιδίων που ρυθμίζονται μέσω ενός πρότυπου συστήματος και των κλινικών δειγμάτων και διατηρώντας μόνο εκείνα που είναι παρόμοια ρυθμίζονται τόσο μπορεί να αποκαλύψει σύνολα με προβλεπτική δύναμη που δεν μπορεί να ανιχνευθεί όταν είτε οι παγκόσμιες υπογραφές των δύο συστημάτων εξετάζεται χωριστά.

η

Δεδομένου ότι οι ΕΑΣ ποντικών που προκαλείται από γ-ΜΕΤ, επαναλάβαμε την ανωτέρω ανάλυση σε ανθρώπινο HCC, εστιάζοντας σε εκείνους τους ασθενείς με υψηλή γ-ΜΕΤ (ασθενείς με έκφραση HCC γ-ΜΕΤ & gt? διάμεση έκφραση του πληθυσμού) να καθορίσει τις υπογραφές στην ίδια ή αντίθετη κατεύθυνση μεταξύ ποντικού και ανθρώπου. Παρόμοια με το Σχήμα 4 Α & amp? Β, εντοπίσαμε 775 γονίδια τόσο κάτω ρυθμίζονται σε ποντικού και ανθρώπου ο-ΜΕΤ-υψηλή HCC, και 612 γονιδίων προς την αντίθετη κατεύθυνση. Μεταξύ αυτών, 749 επικαλύπτονται με 800 ίδια γονίδια κατεύθυνση χρησιμοποιώντας όλα τα δείγματα HCC (96,7% επικάλυψη, υπεργεωμετρική P-τιμή 0) και 562 επικαλύπτονται με 587 αντίθετη κατεύθυνση γονίδια χρησιμοποιώντας όλα τα δείγματα HCC (95,7% επικάλυψη, υπεργεωμετρική P-τιμή 0). Ανάλογα με το σχήμα 4 και στον Πίνακα 2, ελέγξαμε επίσης την προγνωστική δύναμη αυτών των δύο υπογραφές, οι Ρ-τιμές log-rank για τη συνολική επιβίωση είναι 2,2 × 10-6 και 0,78 αντίστοιχα, πολύ παρόμοια προβλεπτική ισχύ ανάλογα με την περίπτωση όπου το σύνολο του HCC ασθενείς χρησιμοποιήθηκαν για τη χαρτογράφηση των υπογραφών επικάλυψη (Πίνακας 2). Gene οντολογία αυτών των επικαλυπτόμενων γονιδίων διεξήχθη για να αποκαλύψει τις βιολογικές οδούς που συνδέονται με διαφορετικά σύνολα γονιδίου όταν συγκρίνονται οι ποντίκι c-ΜΕΤ οδηγείται όγκους του ήπατος και την ανθρώπινη c-Met-υψηλής HCC (Πίνακας S8).

Συζήτηση

η παρούσα μελέτη δείχνει ότι το μοντέλο όγκου ο-ΜΕΤ ποντίκι έχει ομοιότητες με την ανθρώπινη HCC σε μοριακό επίπεδο, συμπεριλαμβανομένων κάτω ρύθμιση των μεταβολικών διεργασιών και up-ρύθμιση των γονιδίων του κυτταρικού κύκλου. Ογκοειδικό υπογραφές γονίδιο που προέρχεται στο μοντέλο ποντικού μπορεί να διακρίνει όγκου από μη καρκινικό ιστό στο ανθρώπινο HCC. Τα γονίδια κάτω-ρυθμίζονται σε όγκο σε σύγκριση με το παρακείμενο μη καρκινικό ιστό, τόσο το ποντίκι και τα ανθρώπινα δείγματα είχαν σημαντική προβλεπτική ικανότητα για τη συνολική επιβίωση και την επιβίωση ελεύθερη νόσου σε ασθενείς με HCC.