Αφηρημένο

Ιστορικό

Γονιδίωμα-ευρύ γονιδιακής έκφρασης αναλύσεις των όγκων είναι ένα ισχυρό εργαλείο για τον εντοπισμό γονίδιο υπογραφές που συνδέονται με βιολογικά και κλινικά σχετικά χαρακτηριστικά και για αρκετούς τύπους όγκων είναι υπό κλινική επικύρωση από προοπτικές μελέτες. Ωστόσο, το χειρισμό και την επεξεργασία των κλινικών δειγμάτων μπορεί να επηρεάσει σημαντικά τα μοριακά δεδομένα που λαμβάνονται από την ανάλυση τους. Μελετήσαμε την επίδραση του χρόνου χειρισμού ιστού για γονιδιακή έκφραση σε ανθρώπινα φυσιολογικών και καρκινικών ιστών κόλου που υποβάλλονται σε χειρουργικές επεμβάσεις ρουτίνας.

Μέθοδοι

RNA που εκχυλίζεται από δείγματα 15 ασθενών σε τέσσερα χρονικά σημεία (για μια συνολικά 180 δείγματα) μετά από χειρουργική επέμβαση αναλύθηκε για την έκφραση του γονιδίου σε μικροδιατάξεις ολιγονουκλεοτιδίων υψηλής πυκνότητας. Ένα μοντέλο μικτής επιδράσεις χρησιμοποιήθηκε για την ταυτοποίηση ανιχνευτών με μέσα διαφορετικά έκφραση στους τέσσερις διαφορετικά χρονικά σημεία. Οι p-τιμές του μοντέλου ρυθμίστηκαν με τη μέθοδο Bonferroni.

Αποτελέσματα

Τριάντα-δύο σετ ανιχνευτών που σχετίζονται με το χρόνο το χειρισμό των ιστών στα δείγματα των όγκων, και τριάντα ένας στους φυσιολογικούς ιστούς , εντοπίστηκαν. Τα περισσότερα γονίδια εμφάνισαν μέτριες αλλαγές στην έκφραση πάνω από τα χρονικά σημεία που αναλύθηκαν? Ωστόσο, τέσσερις από αυτούς ήταν ογκογονιδίων, και δύο επιβεβαίωσαν την επίδραση του χειρισμού των ιστών από ανεξάρτητη επικύρωση.

Συμπεράσματα

Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι ένα κρίσιμο χρονικό σημείο για τον χειρισμό στο παχύ έντερο ιστό φαίνεται να είναι 60 λεπτά σε θερμοκρασία δωματίου. Αν και ο αριθμός του χρόνου που εξαρτώνται από τα γονίδια που εντοπίστηκαν ήταν χαμηλή, τα τρία γονίδια που ήδη έδειξε αλλαγές σε αυτό το χρονικό σημείο σε δείγματα όγκων ήταν όλα τα ογκογονίδια, ως εκ τούτου, συνιστά την τυποποίηση των πρωτοκόλλων του ιστού-χειρισμού και προσπάθεια για να μειωθεί ο χρόνος από την απομάκρυνση του δείγματος να snap κατάψυξη λογιστική για τη θερμή ισχαιμία σε αυτόν τον τύπο όγκου

Παράθεση:. Musella V, Verderio P, Reid JF, Pizzamiglio S, M Gariboldi, Callari M, et al. (2013) Επιδράσεις της Warm ισχαιμική Ώρα για Gene Expression προφίλ σε καρκίνο του παχέος εντέρου ιστούς και φυσιολογικού βλεννογόνου. PLoS ONE 8 (1): e53406. doi: 10.1371 /journal.pone.0053406

Επιμέλεια: Shoba Ranganathan, Πανεπιστήμιο Macquarie, Αυστραλία

Ελήφθη: 18 του Απρίλη 2012? Αποδεκτές: 30 Νοεμβρίου 2012? Δημοσιεύθηκε: 7 Ιανουαρίου 2013

Copyright: © 2013 Musella et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από το Ίδρυμα Cariplo-Regione Lombardia (Τίτλος έργου: «Biobanca per il καρκίνωμα colorettale»), Associazione Italiana Ricerca Cancro, Εθνική Contro il Cancro, και του έργου EurocanPlatform. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

με την εισαγωγή των νέων τεχνολογιών γονιδιωματικής, όπως RNA μικροσυστοιχίες ιστού που βασίζεται, πρότυπα γονιδιακής έκφρασης που προσδιορίζονται από μικροσυστοιχιών αναλύσεις έχουν ανακαλύψει ότι η διαστρωμάτωση όγκους και να προβλέψει τις κλινικές εκβάσεις σε διάφορους τύπους καρκίνου [1]. Μερικά από αυτά έχουν χρησιμοποιηθεί με επιτυχία για την αναγνώριση των ασθενών που μπορούν να ωφεληθούν από ειδική επεξεργασία και FDA (Food and Drug Administration) -approved δοκιμές που βασίζονται σε υπογραφές γονίδιο του καρκίνου του μαστού είναι τώρα διαθέσιμα στο εμπόριο. Κατά συνέπεια, συλλέγοντας σε τράπεζες ιστών χειρουργικά δείγματα που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για αυτές τις αναλύσεις έχει γίνει υποχρεωτική ζήτημα για την κατανόηση των διασυνδέσεων αποτελέσματα της πλειονότητας των τρέχουσες κλινικές δοκιμές. Ωστόσο, η μεταβλητότητα στο χειρισμό των ιστών και την επεξεργασία των χειρουργικών δειγμάτων μπορεί να επηρεάσει την αναπαραγωγιμότητα και την ερμηνεία των αποτελεσμάτων. Πολλές μεταβλητές, συμπεριλαμβανομένων χειραγώγηση των ιστών, ζεστό ex-vivo ισχαιμία και οι χρόνοι αποθήκευσης μπορούν να μεταβάλλουν τα επίπεδα έκφρασης του mRNA και να επηρεάσει αρνητικά την εγκυρότητα των μελετών που χρησιμοποιούνται κλινικά δείγματα [2]. Όλες αυτές οι μεταβλητές πρέπει να διερευνηθούν προσεκτικά ώστε να δημιουργήσει τις κατευθυντήριες γραμμές για τις τραπεζικές ιστού [3]. Η οργάνωση εξειδικευμένο και πιστοποιημένο βιοτράπεζες πρέπει να είναι η βάση για την εξασφάλιση της δικτύωσης των δραστηριοτήτων και τη διαθεσιμότητα της ποιότητας πιστοποιημένο βιολογικό υλικό.

Ο σκοπός αυτής της πιλοτικής μελέτης ήταν να διερευνήσει τις επιπτώσεις του χρόνου το χειρισμό ιστού ακριβώς τεκμηριωμένη ιστό δείγματα που ακολούθησαν τις συνήθεις προδιαγραφές μεταποίησης στο Ίδρυμα μας (Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, INT-ΜΙ), για την ανάπτυξη ενός κλινικά εφαρμόσιμη μέθοδος δειγματοληψίας όγκων σε τράπεζες ιστών που μπορούν να χρησιμοποιηθούν με ασφάλεια για τις αναλύσεις των μικροσυστοιχιών. Χρησιμοποιήσαμε το μοντέλο καρκίνου του παχέος εντέρου (CRC). CRC είναι η δεύτερη πιο συχνή αιτία θανάτου από καρκίνο στις δυτικές χώρες και παρά τις σημαντικές προόδους στον τομέα της διαχείρισης, η συνολική επιβίωση για τις προηγμένες και μεταστατική νόσο έχει αλλάξει ελάχιστα κατά τα τελευταία 20 χρόνια, με πέντε χρόνια σχεδόν το 90% για την έγκαιρη και 15% για τα τέλη όγκους [4]. Κατά συνέπεια, υπάρχει επιτακτική ανάγκη για νέες βιοδείκτες για τη βελτίωση της ανίχνευσης και την κλινική θεραπεία του CRC. Χρησιμοποιώντας υψηλής πυκνότητας μικροδιατάξεις ολιγονουκλεοτιδίων ερευνήσαμε διαδοχική επιδράσεις του χειρισμού ιστού σε δείγματα που λαμβάνονται από 15 CRCs και σε συμφωνημένα φυσιολογικό ιστό τους συλλέγονται σε Ίδρυμα μας και αφέθηκε σε θερμοκρασία δωματίου σε διάφορα χρονικά σημεία μετά την επέμβαση. Το κύριο αποτέλεσμα της μελέτης ήταν να αξιολογηθεί η επίδραση του χρόνου σε δείγματα όγκων και πιθανώς επιλέξτε ειδικών γονιδίων των οποίων η έκφραση είναι ο χρόνος που σχετίζονται με τα οποία θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν ως ανιχνευτές αποικοδόμησης ιστού. Επιπλέον, για την ταυτοποίηση γονιδίων επηρεάζεται από το χρόνο ανεξάρτητα από τον τύπο δείγματος (κανονικό ή όγκου), διερευνήσαμε επίσης το χρόνο επίδραση σε φυσιολογικούς ιστούς και συγκρίθηκε η διαφορική έκφραση μεταξύ των δύο τύπων ιστού αντιπροσωπεύουν φορά.

Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι η επίδραση του χρόνου χειρισμού ιστού σε ολόκληρο το προφίλ γονιδιακής έκφρασης μπορεί να θεωρηθεί ήσσονος σημασίας στο παχύ έντερο και ότι ένα λογικό όριο για τη συλλογή δειγμάτων θα μπορούσε να είναι 60 λεπτά μετά το χειρουργείο, όταν δεν παρατηρήθηκαν γονίδιο αλλοιώσεις. Τέτοια δείγματα μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την παραγωγή επαναλήψιμη προφίλ μικροσυστοιχιών για την ενίσχυση απόφαση για τη θεραπεία αποφάσεων χρησιμοποιώντας clinicogenomic μοντέλα.

Υλικά και Μέθοδοι

1 Δεοντολογίας Δήλωση

Όλοι οι ασθενείς των οποίων τα βιολογικά δείγματα είχαν συμπεριληφθεί στη μελέτη υπέγραψε εν επιγνώσει συναίνεση, η οποία εγκρίθηκε από τον Ανεξάρτητο Επιτροπή Ηθικής του INT-MI, να δωρίσει INT-MI τα δείγματα έχουν απομείνει ιστού μετά την ολοκλήρωση διαγνωστικές διαδικασίες για ερευνητικούς σκοπούς. Η Ανεξάρτητη Επιτροπή Ηθικής του INT-MI ενέκρινε τη χρήση των δειγμάτων για συγκεκριμένη μελέτη, στο πλαίσιο ενός σχεδίου στον έλεγχο της ποιότητας βιοτράπεζες.

2 Μελέτη και Δείγμα Χειρισμός

Ο όγκος και οι φυσιολογικά δείγματα αντιπαραγωγική μέρος χρησιμοποιήθηκαν στα πειράματα προοπτικά συλλέχθηκαν από 15 ασθενείς οι οποίοι υποβλήθηκαν σε χειρουργική εκτομή κατά την INT-MI και των οποίων οι όγκοι ήταν αντιπροσωπευτικά των διαφόρων παθολογικών στάδια αυτού του τύπου όγκου. Στο ιστολογική εξέταση ρουτίνας όλα τα δείγματα όγκων είχαν ταξινομηθεί μετρίως διαφοροποιημένων παχέος εντέρου Τα αδενοκαρκινώματα NOS (βαθμός G2 σύμφωνα με τη μεικτή επιτροπή Αμερικής για τον Καρκίνο 2010 https://www.cancerstaging.org/). Οι κλινικο-παθολογικές και ιστολογικές λεπτομέρειες παρατίθενται στον Πίνακα ελήφθησαν 1. Έξι τεμάχια από κάθε δείγμα και χωρίστηκαν τυχαία αφέθηκαν σε θερμοκρασία δωματίου σε διάφορα χρονικά σημεία ως ακολούθως: τρία θραύσματα στα & lt? 20 λεπτά. (Τ0), ένα θραύσμα σε 60 λεπτά. (Τ1), ένα θραύσμα στα 180 λεπτά. (Τ2) και ένα θραύσμα στα 360 λεπτά. (Τ3). Ο χρόνος μετρήθηκε ξεκινώντας από χειρουργική εκτομή του ασθενούς και το πρώτο χρονικό σημείο αναλύθηκαν (Τ0) υποβλήθηκε σε επεξεργασία και καταψύχθηκαν μέσα σε 20 λεπτά. από τη χειρουργική επέμβαση. Τα δείγματα μεταφέρθηκαν από το θέατρο με την παθολογία σε θερμοκρασία δωματίου χωρίς πάγο. Ο συνολικός αριθμός των θραυσμάτων που αναλύθηκαν ήταν 180 (90 κανονικά δείγματα και 90 δείγματα όγκου). Νεοπλασματικές δείγματα λήφθηκαν από την κεντρική περιοχή της νεοπλασίας, αποφεύγοντας την επιλογή νεκρωτικό υλικό ή μεταβατικές ζώνες με υγιή βλεννογόνο. Δείγματα του κόλου υγιή βλεννογόνο αποκόπηκαν τουλάχιστον 20 εκατοστόμετρα μακριά από την νεοπλασία και απομακρυσμένες από τα χειρουργικά όρια εκτομής. Ο έλεγχος ήταν costituited αποκλειστικά από κανονική βλεννογόνο, απογυμνώνεται από την επιφάνεια του αυλού.

Η

3 RNA εξαγωγή και η αξιολόγηση

Δείγματα ιστών αποθηκεύτηκαν στους -80 ° C μέχρι την εκχύλιση του RNA. Ολικό RNA εκχυλίστηκε από 10-20 mg των δειγμάτων όγκου όσο και από 30-40 mg κανονικών δειγμάτων. Οι ιστοί διασπάστηκαν μηχανικά και ταυτόχρονα ομογενοποιείται παρουσία QIAzol Λύσης αντιδραστηρίου (Qiagen, Valencia, CA, USA), χρησιμοποιώντας ένα Mikrodismembrator (Braun Biotech International, Melsungen, Germany). RNA εκχυλίστηκε χρησιμοποιώντας το κιτ miRNeasy Mini (Qiagen) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Καθαρισμός και DNase πέψη διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας δύο διαφορετικά κιτ: RNeasy MinElute Cleanup (Qiagen) χρησιμοποιήθηκε για έως και 45

μ

g του RNA ενώ RNeasy Mini Kit (Qiagen) χρησιμοποιήθηκε για RNA που κυμαίνεται μεταξύ 45 και 100

μ

g. Οι συγκεντρώσεις RNA μετρήθηκαν με την NanoDrop ND-100 φασματοφωτόμετρο (NanoDrop Technologies, Wilmington, DE), ενώ η ποιότητα του RNA εκτιμήθηκε με την Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Palo Alto, CA) χρησιμοποιώντας το RNA 6000 κιτ Nano (Agilent Technologies). Το RNA Ακεραιότητα Αριθμός (RIN) [5] προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας το λογισμικό που παρέχεται από τον κατασκευαστή.

4 Gene Expression Profiling

RNA δείγματα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία για υβριδοποίηση μικροσυστοιχιών από τον πυρήνα εγκατάσταση Λειτουργική Γονιδιωματική σε INT-MI. Εν συντομία, 800 ng του συνολικού RNA μεταγράφηκε αντίστροφα, σημασμένο με βιοτίνη και ενισχύθηκαν όλη τη νύχτα (14 ώρες) χρησιμοποιώντας το κιτ RNA Illumina TotalPrep Amplification (Ambion, Austin, Texas, USA) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. Ένα ug του βιοτινυλιωμένου δείγματος cRNA αναμίχθηκαν με το ρυθμιστικό hybridizatioin Hyb E1 περιέχει 37.5% (w /w) φορμαμιδίου και μετά υβριδίζεται με Sentrix Bead Chip HumanHT12_v3 (Illumina, Inc., San Diego, CA) στους 58 ° C όλη τη νύκτα (18 ώρες). Η σειρά αντιπροσωπεύει πάνω από 48000 είδη χάντρα, το καθένα με μια μοναδική αλληλουχία που προέρχεται από ανθρώπινα γονίδια στο Εθνικό Κέντρο Πληροφοριών Βιοτεχνολογίας αλληλουχίας αναφοράς και βάση δεδομένων UniGene. Array chips πλύθηκαν με διάλυμα E1BC κατασκευαστή, βάφονται με 1 ug /ml Cy3-στρεπταβιδίνης (Amersham Biosciences? GE Healthcare, Piscataway, NJ, USA). Και τελικά σαρωθεί με Illumina BeadArray Reader

5 Real Time PCR

δοκιμασίες γονιδίου TaqMan® χρησιμοποιήθηκαν για την επικύρωση των γονιδίων ABL1 (Hs00245443), Fos Β (Hs01547109), ΙΟΥΝ (Hs00277190) στα δείγματα των όγκων και HIST1H1D (Hs00271187), HIST1H1E (Hs00271195), HIST1H4E (Hs003743461), HIST4H4 (Hs00545522) τόσο όγκου και φυσιολογικών δειγμάτων. Όλα τα γονίδια κανονικοποιήθηκαν προς 18S (HS03003631), ενώ οι τρεις γονίδια όγκου που σχετίζεται ήταν επίσης κανονικοποιήθηκαν προς ACTB (HS03023942) και GAPDH (Hs00266705). Εν συντομία, το cDNA συνετέθη εις διπλούν για την επικύρωση της ABL1, fosB και Ιούνιο και σε μία μόνο αντίδραση για την επικύρωση των γονιδίων ιστόνης από 500 ng ολικού RNA με τη χρήση της υψηλής χωρητικότητας cDNA Reverse Transcription Kit (Applied Biosystems, Foster City, CA ) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Real-Time qPCR διεξήχθη χρησιμοποιώντας το FAST χημεία (Applied Biosystems) με το γονίδιο-ειδικών δοκιμασιών σε ΑΒΙ PRISM 7900 HT σύστημα πραγματικού χρόνου PCR (Applied Biosystems) με τη χρήση 10 ng του cDNA.

6 Ανάλυση Δεδομένων

6.1 δεδομένα Microrarray προ-επεξεργασίας.

Πρώτες στοιχεία ελήφθησαν από σαρωμένες εικόνες χρησιμοποιώντας το λογισμικό Illumina BeadStudio (έκδοση 3.3.8) και προ-επεξεργασία με χρήση του πακέτου lumi [6] του Bioconductor του έργου [7]. Η μέση τιμή του σήματος, το ποσοστό ανίχνευσης και το μεταξύ αποστάσεων συστοιχίας αξιολογήθηκαν στο στάδιο ελέγχου της ποιότητας. Δύο από τα 90 προφίλ από δείγματα όγκου και δύο από τα 90 προφίλ από φυσιολογικά δείγματα δεν περάσει τους ελέγχους ποιότητας και απορρίφθηκαν στην επακόλουθη ανάλυση. Τα δεδομένα ομαλοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας την μέθοδο Robust Spline κανονικοποίησης και ανιχνευτές με τιμή-ρ & lt ανίχνευση? 0,01 σε λιγότερο από 10% των δειγμάτων διηθήθηκαν. Όλα τα δεδομένα μικροσυστοιχιών είναι MIAME συμβατό και τα πρωτογενή δεδομένα αυτά κατατίθενται σε γονιδιακής έκφρασης του NCBI του Omnibus (GEO) βάση δεδομένων (https://www.ncbi.nmlm.nih.gov/projects/geo/) με αριθμό ένταξης συσχέτιση μεταξύ GSE37182.The προφίλ βάσης των γονιδίων και κλινική-παθολογικά χαρακτηριστικά αναλύθηκε από την One-way ANOVA. αναλύει

6.2 Χρονική πορεία.

για τον εντοπισμό ανιχνευτές σε δείγματα όγκων με διαφορετικό τρόπο εκφράζεται σε όλα τα τέσσερα διαφορετικά χρονικά σημεία (

χρόνο ανάλυση της έκφρασης φυσικά

) ένα μοντέλο μικτής επιπτώσεις εφαρμόστηκε στα δεδομένα μικροσυστοιχιών λαμβάνοντας υπόψη τον παράγοντα

ώρα

(Τ0, Τ1, Τ2, Τ3) είναι το σταθερό και τον παράγοντα

ασθενή ως τυχαία [8]. Το μοντέλο υλοποιήθηκε θεωρώντας ως εξαρτημένες μεταβλητές του αρχείου καταγραφής (βάση 2) ​​αξίας έκφραση κάθε ανιχνευτή. Οι τιμές ρ του μοντέλου ρυθμίστηκαν με τη μέθοδο Bonferroni [9]. Για τη μελέτη επικύρωσης η ίδια προσέγγιση εφαρμόστηκε θεωρώντας ως εξαρτημένες μεταβλητές οι -ΔCt τιμές που λαμβάνονται από qPCR εκτελούνται στα γονίδια ενδιαφέροντος. Η στατιστική ανάλυση πραγματοποιήθηκε με την εφαρμογή ενός ειδικού κώδικα που αναπτύχθηκε στη SAS ® λογισμικό v. 9.2 (SAS Institute Inc. Cary, NC). Επιτιθέμενες αποτελέσματα παρήχθησαν με τη χρήση της γλώσσας προγραμματισμού R v. 2.12.0 [10], καθώς και με τη χρήση του διανέμεται ελεύθερα και το πακέτο open-source λογισμικό EDGE [11]. Ένα πανομοιότυπο στατιστική διαδικασία εφαρμόστηκε στη συνέχεια στην επεξεργασία των δεδομένων από το φυσιολογικό ιστό. RIN τιμές που αντιστοιχούν σε δύο φυσιολογικά και καρκινικά δείγματα αναλύθηκαν ακολουθώντας την ίδια προσέγγιση που χρησιμοποιείται για τα δεδομένα μικροσυστοιχιών με επίσης λαμβάνοντας υπόψη τον παράγοντα

Πληκτρολογήστε

(κανονική ή όγκου) ως πάγια (

χρονική πορεία ανάλυσης RIN

) .

σύνολο

6.3 Γονιδιακή ανάλυση

Γονίδιο που λειτουργική ανάλυση χρησιμοποιώντας το Gene Ontology (2010) [12].? [13] βάσεις δεδομένων πραγματοποιήθηκε με τη χρήση των πακέτων Bioconductor GOstats [14] και της κατηγορίας (v 2.16.0.) Με τις προεπιλεγμένες παραμέτρους (υπερ-εκπροσώπηση με τιμή p & lt? 0,01) (v 2.16.0.).

Αποτελέσματα

1 RIN Ανάλυση

Το RNA Ακεραιότητα Αριθμός (RIN) όλων των δειγμάτων σε όλα τα χρονικά σημεία είχαν μέση τιμή 5,8 με ενδο-quantile εύρος 1,95. δείγματα όγκων είχαν κατά μέσο όρο υψηλότερη τιμή RIN από τα κανονικά δείγματα (διάμεση τιμή των 6,4 και 5,35 αντίστοιχα), ιδιαίτερα κατά την πρώτη φορά σημείο Τ0. Παρόμοια κατανομή των τιμών RIN θα μπορούσε να παρατηρηθεί σε όλα τα διαφορετικά χρονικά σημεία και σημαντικές διαφορές παρατηρήθηκαν για κάθε δείγμα εντός του σημείου Τ0 πρώτη φορά (RIN διακύμανση διάμεσος = 1.668, IQR = 2,084), η οποία ήταν εντονότερη στα φυσιολογικά δείγματα. Η ανάλυση μάθημα RIN φορά έδειξε ότι οι τιμές RIN είχε την τάση να μειώνονται με την πάροδο του χρόνου (συνολική τιμή p για την Ώρα = 0,0565 και για την ενιαία αντιθέσεις σε σχέση με Τ0, Τ1 = 0.0214, T2 = 0,1705 και Τ3 = 0,0529). Η κατανομή των τιμών RIN διαφέρουν σημαντικά (p-value = 0,0008) σε δείγματα όγκων σε σχέση με τα κανονικά (Εικ. 1).

RIN κατανομές σε κάθε χρονικό σημείο και για τις δύο όγκων (Α) και φυσιολογικά ( Β) δείγματα. Ένα υψηλότερο RIN δείχνουν μια υψηλότερη ποιότητα του RNA.

Η

Με την εξέταση όλων των τεσσάρων χρονικά σημεία εντοπίσαμε ένα υποσύνολο των 6 κανονικό και 7 περιπτώσεις όγκων οι τιμές RIN της οποίας ήταν ποτέ μεγαλύτερη από πέντε και έκφραση πορεία του χρόνου ανάλυση διεξήχθη επίσης για αυτό το υποσύνολο των δειγμάτων. Θα πρέπει να τονιστεί ότι δεν παρατηρήθηκε καμία συσχέτιση μεταξύ των προφίλ γονιδιακής σε δείγματα όγκων σε Τ0 και το στάδιο (p-value = 0,59) ή τη θέση (p-value = 0,95) της νόσου.

2 Ώρα μαθήματος Ανάλυση Έκφρασης

Μετά τον έλεγχο της ποιότητας των δεδομένων των μικροσυστοιχιών, τα προφίλ έκφρασης των 4 δείγματα (2 προφίλ από όγκου και 2 από την κανονική δείγματα) αφαιρέθηκαν. Αυτές οι ακραίες τιμές ανήκαν σε διαφορετικά χρονικά σημεία δύο ασθενών στην περίπτωση των κανονικών δειγμάτων και στον ίδιο ασθενή για δείγματα όγκων. Λόγω της φύσης του σχεδιασμού της μελέτης ήταν σημαντικό να έχουμε για κάθε ασθενείς μια πλήρη εικόνες σε όλα τα χρονικά σημεία και έτσι όλα τα προφίλ που σχετίζονται με τους ασθενείς που δεν είχαν λάβει υπόψη στην ανάλυση πορεία του χρόνου. Κατά συνέπεια, συνολικά 13 ασθενείς χρησιμοποιήθηκαν στην Κανονική σύνολο δεδομένων το οποίο περιείχε 17,895 ανιχνευτές και 14 στο σύνολο δεδομένων Tumor περιέχει 18.007 ανιχνευτών. Και τα δύο σύνολα δεδομένων μοιράζονται 16.698 κοινών ανιχνευτές

Οι ανιχνευτές που προσδιορίζονται από την αυστηρή Bonferroni διόρθωση. (Τιμή p & lt? 0,05) μέθοδο στο

Ώρα

παράγοντα ή σε τουλάχιστον μία από τις χρόνου αντιθέσεις ( Τ0 βασική γραμμή) στην κανονική και συνόλων δεδομένων Tumor παρατίθενται στον πίνακα 2 (Ν = 32) και στον πίνακα 3, (Ν = 31), αντιστοίχως. Σε αυτούς τους πίνακες, οι σειρές έχουν παραγγελθεί σύμφωνα με τις πρώτες π-αξίες που απορρέουν από το

Ώρα

παράγοντα και ένα αστέρι (*) στις στήλες «Ώρα», «T1», «T2» ή « Τ3 »δηλώνει από την οποία Αντίθετα επιλέχθηκε ο ανιχνευτής. Heatmaps στον πίνακα Α και Β του σχήματος S1 αντιπροσωπεύουν γραφικά την κατεύθυνση της μεταβολής έκφρασης σε κάθε χρονικό σημείο στον όγκο και Normal σύνολα δεδομένων, αντίστοιχα.

Η

Πέντε ανιχνευτές (γονίδια) εμφανίζουν διαφορετικές μέσα έκφρασης μεταξύ των τεσσάρων χρονικά σημεία εντοπίστηκαν τόσο στην κανονική και τα σύνολα δεδομένων όγκου (

HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H4E, HIST4H4 και 5960086).

Η πλειοψηφία της μεταβλητότητας που παρατηρείται προέρχεται από το σημείο Τ3 τελευταία φορά στις 360 λεπτά κατά τη σύγκριση με το σενάριο αναφοράς Τ0. Αυτό ισχύει ιδιαίτερα στη δέσμη στοιχείων των όγκων, ενώ κάποιοι ανιχνευτές που απορρέουν από την αντίθεση Τ2 αναδύονται στην Κανονική σύνολο δεδομένων. Όλα τα γονίδια που εντοπίστηκαν στο σύνολο δεδομένων των όγκων είναι σταθερά πάνω ρυθμισμένα την πάροδο του χρόνου? το ίδιο ισχύει και για την κανονική σύνολο δεδομένων με λίγες εξαιρέσεις. Σε γενικές γραμμές ωστόσο, τα περισσότερα γονίδια δεν εμφανίζουν δραστικές αλλαγές στα επίπεδα έκφρασης. Λειτουργική σχολιασμός των γονιδίων από τους δύο καταλόγους (χρησιμοποιώντας τόσο Gene Ontology και KEGG τις οδούς βάσεις δεδομένων) τόνισε ότι 22 από τα 32 γονίδια που διαμορφώνονται στο φυσιολογικό ιστό ήταν ιστονών, που εμπλέκονται στην nucleasome οργάνωση και χρωματίνης συναρμολόγηση. Τέσσερις από αυτούς ήταν επίσης εξαρτώμενη από το χρόνο στα δείγματα των όγκων, μαζί με άλλα 27 γονίδια με διάφορες λειτουργίες που εμπλέκονται στον καρκίνο, συμπεριλαμβανομένων των ογκογονιδίων, όπως

Ιούνιος

,

fosB

,

ABL1

και

EGR1

. Ένα άλλο γονίδιο συνήθως διαμορφώνονται σε φυσιολογικών και καρκινικών ιστών ήταν

RNU11

, ένα μικρό πυρηνικό RNA.

Ένα ταυτόσημο ανάλυση πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το υποσύνολο των δειγμάτων με ένα RIN μεγαλύτερη από πέντε που αναγνωρίζονται μόνο 6 ανιχνευτές στην κανονική σύνολο δεδομένων και 6 στον όγκο σύνολο δεδομένων, το σύνολο δεδομένων πιθανώς λόγω του μειωμένου μεγέθους του δείγματος. Δεν κοινών ανιχνευτές όπου βρίσκονται στις δύο λίστες. Πέντε από 6 ανιχνευτές (

HIST1H1E

,

HIST1H4B

,

HIST1H4E

,

HIST4H4

,

5.960.086

) στην κανονική σύνολο δεδομένων ήταν επίσης παρούσα στην ανάλυση, χρησιμοποιώντας όλα τα δείγματα και 2 (

HSPA1A

,

IER5

) ήταν κοινή σε όγκων δεδομένων.

3 RT-PCR Επικύρωση

τα τρία γονίδια

που ήταν σημαντικές

για «Ώρα», «T2» και τις αντιθέσεις «Τ3»

στα δείγματα των όγκων (Ιούνιος

,

fosB

και

ABL1)

επελέγησαν για τεχνική επικύρωση με Real Time PCR (RT-PCR) ανάλυση στους ίδιους ιστούς όγκων που ανήκουν στα 14 διαφορετικούς ασθενείς αναλύθηκε με μικροσυστοιχίες. Δύο από αυτές (

Jun και Fos Β)

επιβεβαίωσαν τα αποτελέσματα από τις συστοιχίες. Το Σχήμα 2 αναφέρει την έκφραση δυναμική την πάροδο του χρόνου των γονιδίων, κανονικοποιημένη προς 18S. Κανονικοποίηση χρησιμοποιώντας GAPDH και τα γονίδια οικοκυρική ACTB επιβεβαίωσε αυτά τα αποτελέσματα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). ABL1 δεν είχε επικυρωθεί όπως ισχαιμία που σχετίζεται γονίδιο που πιθανόν να οφείλεται στην αδύναμη επίπεδο συνεργασίας μεταξύ των μικροσυστοιχιών και δεδομένα RT-PCR. Αυτό μπορεί να εξηγηθεί εν μέρει από την περιορισμένη μεταβλητότητα έκφραση αυτού του γονιδίου σε δείγματα μας σε σύγκριση με Jun και Fos Β (Εικ. S2). Τέσσερα γονίδια συνήθως διαμορφώνονται σε κανονικό και όγκου ιστό, αναλύθηκαν επίσης (HIST1H1D, HIST1H1E, HIST1H4E και HIST4H4)? μόνο μία από αυτές, HIST1H4E, επιβεβαίωσε τα δεδομένα μικροσυστοιχιών.

αξίες RT-PCR του FosB, ΙΟΥΝ και ABL1 (-ΔCt) κανονικοποιούνται για το σπίτι-κρατώντας 18S γονίδιο.

Η

συζήτηση

Μελετήσαμε την επίδραση του χρόνου χειρισμού για την παγκόσμια γονιδιακής έκφρασης χρησιμοποιώντας CRC ιστού δείγματα υπο-δειγματοληψία και snap-κατεψυγμένα σε διαφορετικά χρονικά σημεία μετά τη χειρουργική επέμβαση, μετά από συνήθη πρωτόκολλα χειρισμό ιστού της μονάδας Παθολογίας. την ποιότητα του RNA αξιολογείται από την RNA Ακεραιότητα Αριθμός (RIN) έδειξε μια μικρή τάση μείωσης που συνδέονται με το χρόνο με τα δείγματα όγκων παρουσιάζουν υψηλότερη και λιγότερο μεταβλητή RIN τιμές σε Τ0 σε σύγκριση με τα φυσιολογικά δείγματα. Η παρουσία της υποβάθμισης σε Τ0 θα μπορούσε να δείξει τη μεταβλητότητα της διαδικασίας ή μια συγκεκριμένη ευαισθησία του RNA από ιστό του παχέος εντέρου. Τα αποτελέσματα που λαμβάνονται για τα δείγματα όγκων είναι σε συμφωνία με αυτό που βρέθηκε από Bray et al. [15]. Όλα τα δείγματα που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση μικροσυστοιχιών ανεξάρτητα από τον αριθμό RIN τους για να καταλάβουμε αν η πλατφόρμα μικροσυστοιχιών θα μπορούσε να αναδείξει καλύτερα πληρεξούσια ποιότητας για το χειρισμό των ιστών. Η κατανομή των εντάσεων χαρακτηριστικό ανά συστοιχία ήταν πολύ παρόμοια σε όλες τις 180 σειρές που αναλύθηκαν, υποδηλώνοντας ότι όλες οι RNAs που εκτελούνται στο ίδιο επίπεδο και ότι οι υβριδοποιήσεις έγιναν παρομοίως? μόνο 4 δείγματα δεν περάσει τους ελέγχους ποιότητας.

Για την εκτίμηση της μεταβλητότητας των μετρήσεων της γονιδιακής έκφρασης ως συνάρτηση του χρόνου, κάθε χαρακτηριστικό (καθετήρα) διαμορφώθηκε σε σχέση με τις κατηγορίες ώρας και προσαρμόζονται για τον παράγοντα ασθενούς. Αυτό έγινε ξεχωριστά σε δύο όγκου και φυσιολογικών συνόλων δεδομένων. Χρησιμοποιώντας μια διόρθωση Bonferroni του Ρ & lt? 0,05, τριάντα ένα ιχνηλάτες ταυτοποιήθηκαν ως εξαρτώμενη από το χρόνο στα δείγματα όγκου και τριάντα δύο στα φυσιολογικά δείγματα. Πολλά από τα γονίδια που ταυτοποιήθηκαν στη δέσμη στοιχείων όγκου ήταν DNA-δεσμευτικές πρωτεΐνες εμπλέκονται σε διαφορετικές διαδικασίες: μερικοί αντιστοιχούσαν σε γονίδια που εμπλέκονται στον καρκίνο, όπως

ABL1

,

Ιούνιος

,

Fos Β

,

NFKB1A

και

CCL5

? τέσσερις ανιχνευτές ανήκαν σε ιστόνες (

HIST1H1E

,

HIST1H4E

,

HIST1H1D

και

HIST4H4

), άλλοι ήταν οι παράγοντες μεταγραφής (

DDIT3

) ή γονίδια που εμπλέκονται στην μεταγραφή, όπως

EGR1

και

PPP1R15A

. Έξι γονίδια που εμπλέκονται στην απόπτωση, μία από τις διεργασίες που προκαλούνται από εκτομή ιστού. Τα περισσότερα από τα γονίδια που εντοπίστηκαν (N = 22) ήταν σημαντικές σε σύγκριση Χρόνος που περιλαμβάνει όλα τα χρονικά σημεία, 16 εντοπίστηκαν σε Τ3 έναντι Τ0 αντίθεση και μόνο 3 γονίδια (

ABL1

,

Ιούνιος

και

FOS

) και στα δύο χρονικά σημεία Τ2 και Τ3. Εννέα γονίδια αλλάξει μόνο σε Τ3. Από την άλλη πλευρά, πολλά από τα γονίδια που προσδιορίζονται στις κανονικά δείγματα (Ν = 21) αντιστοιχούσε σε γονίδια που κωδικοποιούν για τις πρωτεΐνες ιστόνης, και τρία ήταν μικρά πυρηνικά RNAs (

RNU2-1

,

RNU11

και

RNU12

). Τριάντα δύο γονίδια άλλαξε πάνω από όλα τα τέσσερα χρονικά σημεία που αναλύθηκαν? 17 από αυτούς ήταν σημαντικά διαφορετικά κατά το χρονικό σημείο Τ3 και 8 στα δύο χρονικά σημεία Τ2 και Τ3. Δύο γονίδια αλλάξει μόνο σε Τ3. Με την εκτέλεση την ίδια ανάλυση μόνο με τη χρήση των δειγμάτων με ένα RIN παραπάνω πέντε πολύ λίγα γονίδια εντοπίστηκαν (6 ανιχνευτές σε δύο σύνολα δεδομένων) εκ των οποίων κυρίως ιστονών ήταν κοινά με τα προηγουμένως ταυτοποιημένα γονίδια. Τα αποτελέσματα από αυτές τις δύο προσεγγίσεις υποδεικνύουν ότι οι μεταβολές που παρατηρήθηκαν την πάροδο του χρόνου είναι αρκετά αμελητέα. Πράγματι, όταν συγκρίναμε τους τύπους ιστών μεταξύ φυσιολογικών και συνόλων δεδομένων Tumor έναν πολύ μεγάλο αριθμό των διαφορών που παρατηρούνται όπου, όπως αναμενόταν, ανεξάρτητα από την ποιότητα του RIN. Περαιτέρω, λειτουργική ανάλυση αυτών των ανιχνευτών χρησιμοποιώντας το Εγκυκλοπαίδεια του Κιότο γονιδίων και γονιδιωμάτων (KEGG) βάση δεδομένων οδού έδειξαν ότι οι διαφορές αυτές συνδυάζονται με έντεκα σημαντικές οδούς που εμπλέκονται στην πρόοδο του καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του κυτταρικού κύκλου, την αντιγραφή του DNA και του μονοπατιού σηματοδότησης ρ53 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Οι αλλαγές που παρατηρούνται στα γονίδια και για τις δύο φυσιολογικών και καρκινικών ιστών προέκυψε κυρίως σε Τ3, αν και ορισμένα γονίδια είχαν ήδη μεταβληθεί στο Τ2, γεγονός που υποδηλώνει ότι ένα κρίσιμο χρονικό σημείο καθορίζει σε 60 λεπτά σε θερμοκρασία δωματίου. Είναι ενδιαφέρον ότι, τα τρία γονίδια που έδειξαν μεταβολές ήδη στο Τ2 σε δείγματα όγκων ήταν όλα ογκογονίδια, γεγονός που υποδηλώνει να εξετάσει προσεκτικά μεταβολές αυτών των γονιδίων κατά το χειρισμό δειγμάτων όγκου και να χρησιμοποιούν μια πιο συντηρητική όριο χρόνου (δηλ 60 λεπτά) για τη συλλογή του δείγματος. Τα επίπεδα έκφρασης διαχρονικά από τα περισσότερα από τα γονίδια ήταν αυξημένες. Το παρόν εύρημα είναι σε συμφωνία με αυτό που βρέθηκε από Dumur et al. [16] στις ωοθήκες περιπτώσεων καρκίνου και Bray et al. [15], σε CRC, όπου ο αριθμός των ανιχνευτών με αυξημένη έκφραση αυξηθεί με το χρόνο. Όπως συζητήθηκε από τους συντάκτες των δύο μελετών, αυτό είναι αντίθετο με ό, τι αναμένεται από την εποχή του χειρισμού θα πρέπει να ευνοούν την υποβάθμιση του RNA μεταγραφές και μπορεί εν μέρει τουλάχιστον να αντικατοπτρίζει μια ενεργή ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης. Σύγκριση μεταξύ GO κατάταξη των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων σε μας (FDR ρυθμιστεί τιμές p & lt? 0,05) και αναλύσεις Bray έδειξε μερικά κοινά εμπλουτισμένο όρους ( «δραστηριότητα διμερισμό πρωτεΐνη» και «δραστικότητα του παράγοντα μεταγραφής»). Πιθανές εξηγήσεις για αυτά τα αποτελέσματα θα μπορούσαν να είναι τα διαφορετικά χρονικά σημεία αξιολογείται (μέχρι 360 λεπτά στη μελέτη μας και μέχρι 120 λεπτά σε μελέτη Bray του), διαφορετικές διαδικασίες που ακολουθούνται για τη συλλογή δειγμάτων (χειρουργικά δείγματα που ακολούθησαν τη ρουτίνα πρότυπο επεξεργασίας vs βιοψίες των όγκων) και διαφορετικές πλατφόρμες μικροσυστοιχιών που χρησιμοποιούνται για την έκφραση αναλύσεις (Illumina vs Affymetrix).

Δύο από τα τρία γονίδια που έχουν επιλεγεί για την επικύρωση

σε ιστούς όγκων

(

Jun και Fos Β) επιβεβαίωσαν τα αποτελέσματα σειρά

. Αυτά τα γονίδια ήταν επίσης μεταξύ των mRNAs που πλήττονται περισσότερο σημαντικά από χρόνο σε κατάψυξη σε μια μελέτη για τον καρκίνο του μαστού [17]. Όπως αναφέρθηκε από τους συγγραφείς αυτούς, Jun και Fos Β είναι το στρες που προκαλείται από την άμεση παράγοντες πρώιμης μεταγραφής που είναι συστατικά του ΑΡ-1 διμερή, και έχουν αυτά τα διμερή έχουν βρεθεί μεταβληθεί από ισχαιμία σε διάφορους ιστούς, συμπεριλαμβανομένων του προστάτη και του καρκίνου του παχέος εντέρου. Στην ισχαιμική και riperfused κύτταρα τα δύο γονίδια επάγουν πολλαπλασιασμό και την απόπτωση και θα μπορούσε να σχετίζεται στενά με attemps για την αποικοδόμηση ή την αναγέννηση των ιστών injuried [18]. Πέντε ανιχνευτές επιμερίζεται μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών δειγμάτων. Εντόπισαν τα γονίδια από την οικογένεια των ιστονών (

HIST1H1D

,

HIST1H1E

,

HIST1H4E

και

HIST4H4

) που συμμετέχουν στην οργάνωση του DNA, και ένα μικρό πυρηνικό RNA (

RNU11

). Μόνο ένα από αυτά τα γονίδια (

HIST1H4E

) επικύρωσε τα δεδομένα μικροσυστοιχιών. Η υψηλή ομοιότητα αλληλουχίας των ιστονών θα μπορούσε να εξηγήσει τον υψηλό αριθμό των διαμορφωμένων ιστονών εντοπίζονται, ότι θα μπορούσε να οφείλεται σε μη επιλεκτική μερική υβριδοποίηση και θα μπορούσε να είναι ο λόγος για την έλλειψη επικύρωσης με ανεξάρτητη τεχνική.

Σε αυτή την εργασία περιέγραψαν για πρώτη φορά την επίδραση την πάροδο του χρόνου για το χειρισμό έως 6 ώρες κανονικής ορθοκολικού ιστού, η οποία χρησιμοποιείται συχνά ως έλεγχος σε ευρεία αναλύσεις γονιδίωμα. Είναι ενδιαφέρον, κανονικό ιστό έδειξε μικρότερη αποικοδόμηση από αντίστοιχο δείγμα όγκου της, τόσο όσον αφορά την ποιότητα του RNA (τιμή RIN) και του διαμορφωμένου γονιδίων που ήταν κυρίως ιστόνες. Τα αποτελέσματά μας ευνοούν την αποθήκευση του φυσιολογικού ιστού, εκτός από την καρκινική.

Οι συνολικές αλλαγές στην έκφραση γονιδίων παρατηρείται στα δείγματα που αναλύθηκαν στην παρούσα μελέτη, όπου ερευνήθηκαν πάνω από 16.000 ανιχνευτές, δεν φαίνεται να συσχετίζονται με ένα παγκόσμιο γεγονός μεταγραφικό που θα περίμενε κανείς, τουλάχιστον κατά τη διάρκεια του χρονικού πλαισίου που αναλύονται σε αυτή τη μελέτη (& lt? 20 λεπτά, 60 λεπτά, 180 λεπτά και 360 λεπτά). Λαμβάνοντας υπόψη το πολύ χαμηλό αριθμό επηρεάζονται γονίδια που βρέθηκαν, η επίδραση του χρόνου το χειρισμό των ιστών στη συνολική έκφραση του γονιδίου προφίλ, τουλάχιστον στην CRC, θα μπορούσε να θεωρηθεί ήσσονος σημασίας και δεν θα πρέπει να αναμένεται να διαδραματίσουν σημαντικό ρόλο στη γονιδιακή έκφραση που βασίζεται σε διαστρωμάτωση του όγκου.

Τα αποτελέσματά μας συμφωνούν με αυτή των Dumor et al. [16] και του Micke et al. [19], η οποία δεν έδειξε σχετικές αλλαγές στον καρκίνο των ωοθηκών και με ό, τι Χατζής et al. βρέθηκαν στον καρκίνο του μαστού [20]. Άλλες μελέτες έχουν δείξει σημαντικές αλλαγές στο RNA μετά από 30 λεπτά εκρίζωση ιστού [15]? [21]? [22]. Από το σχεδιασμό μας δεν περιλαμβάνουν την πρόωρη φορές, δεν μπορούμε να αποκλείσουμε ότι οι σχετικές αλλαγές έχουν ήδη συμβεί πριν από την πρώτη μας χρονικό σημείο (20 λεπτά). Εντούτοις, οι προαναφερθείσες μελέτες έχουν συνήθως πολύ μικρά μεγέθη δειγμάτων και θα χρειαστεί περαιτέρω επικύρωση.

σημαντική μεταβολή του προφίλ γονιδιακής έκφρασης παρατηρήθηκαν σε προηγούμενη μελέτη μας σε δείγματα καρκίνου του μαστού, όπου ο χρόνος χειρισμό ιστού μετέβαλε την έκφραση των γονιδίων που περιλαμβάνονται στο οι συχνότερη μορφή καρκίνου του μαστού πρόβλεψης γονίδιο υπογραφές [23]. Τα δεδομένα αυτά ήταν σε συμφωνία με Borgan et al. [17], που βρήκε miRNA (microRNA) και mRNA έκφραση alterated στον καρκίνο του μαστού με το χρόνο ισχαιμίας έως έξι ώρες. Πράγματι, Χατζής και συνεργάτες [20] στον καρκίνο του μαστού δεν παρουσίασαν σχετικές μεταβολές στα επίπεδα έκφρασης του ενιαίου γονιδίων και πολυγονιδιακή υπογραφές, πιθανώς επειδή θεωρούσαν 40 λεπτά, καθώς μακρύτερο χρονικό σημείο σε θερμοκρασία δωματίου ή έως 180 λεπτά, αλλά χρησιμοποιώντας την ΚΝΑ-αργότερα να διατήρηση της ακεραιότητας του RNA.

Παρά τη μερική διαφωνία σχετικά με την έκταση, την ώρα της διακίνησης ιστού μπορεί να έχει επίδραση στην έκφραση του γονιδίου, και κατά πάσα πιθανότητα θα μπορούσε να ποικίλλει ανάλογα με ιστό και με τον τύπο του όγκου, συμπεριλαμβανομένων και εκείνων που θα μπορούσαν να παρουσιάζουν μεγαλύτερη ευαισθησία στις επιδράσεις της υποξίας , όπως είναι οι όγκοι του εγκεφάλου [24].

Συμπεράσματα

τα ευρήματα ότι τέσσερα από τα λίγα γονίδια που διαφέρουν σημαντικά μεταξύ τους χρονικά σημεία που αναλύθηκαν στα δείγματα των όγκων ήταν ογκογονίδια, υπαινίσσεται ότι η ανάλυση της έκφρασής τους στο δείγματα όγκων μπορεί να οδηγήσει σε παραπλανητικά αποτελέσματα. Ακόμα κι αν ο χρόνος το χειρισμό των ιστών έχει ασθενή επίδραση στο συνολικό προφίλ της γονιδιακής έκφρασης, η απορύθμιση των γονιδίων που εμπλέκονται άμεσα σε διαδικασίες όγκου σημαίνει ότι οι ιστοί πρέπει να αποθηκεύονται στους πρώιμους χρόνους μετά τη χειρουργική επέμβαση (στο πλαίσιο μας όχι περισσότερο από μία ώρα) και να υποστηρίξει σθεναρά τους εισαγωγή ως κατευθυντήρια γραμμή για αποθετήρια ιστού.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Έκφραση μεταβολή σε κάθε χρονικό σημείο στον όγκο (Α) και Normal (Β) σύνολα δεδομένων

doi: 10.1371 /journal.pone.0053406.s001

(PPTX)

Εικόνα S2.

Scatter διαγράμματα τιμών RT-PCR ΔCt (χ-άξονας) έναντι τιμές έντασης log2 μικροσυστοιχιών (γ-άξονα) για ABL1, Jun και Fos Β γονίδια. Σε κάθε γράφημα ο συντελεστής συσχέτισης Pearson (R) χρησιμοποιήθηκε για να μετρηθεί η αντοχή του συνεταιρίζεσθαι

doi:. 10.1371 /journal.pone.0053406.s002

(PPTX)