Αφηρημένο

Η ενεργοποίηση του υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα είναι (EGFR) μεταλλάξεις αναγνωρίζονται βιοδείκτες για τους ασθενείς με μεταστατικό μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC) που έλαβαν θεραπεία με αναστολείς τυροσίνης κινάσης του EGFR (ΤΚΙδ). EGFR TKIs μπορούν επίσης να έχουν δράση έναντι NSCLC χωρίς μεταλλάξεις του EGFR, που απαιτεί τον εντοπισμό πρόσθετων σχετικών βιοδεικτών. Προηγούμενες μελέτες σχετικά με τα επίπεδα της πρωτεΐνης EGFR όγκου και του αριθμού αντιγράφων του γονιδίου EGFR αποκάλυψε ασυνεπή αποτελέσματα. Ο σκοπός της μελέτης ήταν να προσδιορίσει νέων βιολογικών δεικτών της ανταπόκρισης σε TKIs σε NSCLC από τη διερεύνηση της έκφρασης ολόκληρο το γονιδίωμα στο εξόνιο επίπεδο. Χρησιμοποιήσαμε συστοιχίες εξόνιο και κλινικά δείγματα από μια προηγούμενη μελέτη (SAKK19 /05) για να διερευνήσει τις παραλλαγές της έκφρασης στο εξόνιο-επίπεδο 3 γονίδια που πιθανώς να παίζει καθοριστικό ρόλο στη διαμόρφωση της ανταπόκρισης στη θεραπεία: EGFR, V-Ki-Ras2 Kirsten σαρκώματος αρουραίου ιογενή ογκογονίδιο ομόλογο (KRAS) και του αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα (VEGFA). Προσδιορίσαμε την έκφραση του EGFR εξόνιο 18 ως ένα νέο προγνωστικό δείκτη για ασθενείς με μη επεξεργασμένο μεταστατικό ΜΜΚΠ αντιμετωπίζεται με μπεβασιζουμάμπη και ερλοτινίμπη στη πρώτης γραμμής. Η υπερέκφραση του EGFR εξόνιο 18 σε όγκο ήταν σημαντικά σχετίζεται με συρρίκνωση του όγκου, ανεξάρτητα της κατάστασης μετάλλαξης του EGFR. Μια παρόμοια σημαντική συσχέτιση θα μπορούσε να βρεθεί σε δείγματα αίματος. Εν κατακλείδι, εξονικό έκφραση EGFR ιδιαίτερα στο εξόνιο 18 βρέθηκε να είναι μια σχετική προγνωστική βιοδείκτη για την αντιμετώπιση μπεβασιζουμάμπη και ερλοτινίμπη. Με βάση αυτά τα αποτελέσματα, προτείνουμε ένα νέο μοντέλο της δοκιμής EGFR σε όγκο και το αίμα

Παράθεση:. Baty F, Rothschild S, M Früh, Betticher D, Droge C, Cathomas R, et al. (2013) EGFR εξόνιο Επιπέδου βιοδείκτες του απάντηση σε Bevacizumab /erlotinib σε μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα. PLoS ONE 8 (9): e72966. doi: 10.1371 /journal.pone.0072966

Επιμέλεια: Giuseppe Viglietto, Πανεπιστήμιο Magna Graecia, Ιταλία

Ελήφθη: 6 Μάρτη, 2013? Αποδεκτές: 16 του Ιούλη, 2013? Δημοσιεύθηκε: 10 Σεπτεμβρίου 2013

Copyright: © 2013 Baty et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Εξόνιο ανάλυση της σειράς χρηματοδοτήθηκε από την Ελβετική Ομάδα Κλινικής Έρευνας του Καρκίνου (SAKK). Οι κύριες δραστηριότητες δίκη υποστηρίχθηκαν από το κράτος Γραμματεία της Ελβετίας για την Εκπαίδευση και την Έρευνα (SER) και η Roche Pharma (Schweiz) AG. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. LB λάβει αμοιβές από τη Roche και Astra Zeneca για διαλέξεις και συμμετοχή σε συνεδριάσεις συμβουλευτικής επιτροπής. OG δηλώνω ότι έλαβαν αμοιβές για συμβουλευτική επιτροπή. Όλοι οι άλλοι συγγραφείς δηλώνουν ότι δεν ανταγωνίζονται ενδιαφέρον. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Η πρόγνωση των ασθενών με σταδίου IV μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (NSCLC) συνεχίζεται να είναι φτωχοί. Παρά την τυπική κυτταροτοξική χημειοθεραπεία, σχεδόν το 50% δεν θα επιβιώσει περισσότερο από 12-14 μήνες [1], [2]. Στη διάρκεια των τελευταίων ετών, οι βελτιώσεις στα ποσοστά επιβίωσης έχουν κατά κύριο λόγο έχουν επιτευχθεί με την ανακάλυψη της πρόβλεψης μοριακών δεικτών που προσδιορίζονται υποομάδες ασθενών εξασφαλίζοντας σημαντικό όφελος από στοχευμένη θεραπεία. δοκιμές αρκετές τυχαιοποιημένη μελέτη φάσης ΙΙΙ έδειξαν πρόσφατα ένα σημαντικό όφελος των αναστολέων της τυροσινικής κινάσης του υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (EGFR-TKIs) σε ασθενείς που δεν είχαν χημειοθεραπεία που φιλοξενούν ένα ενεργοποίηση μετάλλαξης του EGFR [3] – [6]. Οι μεταλλάξεις του EGFR που βρέθηκαν σε περίπου 10-15% των Καυκάσιων ασθενών [7]. Σε ασθενείς με EGFR φυσικού τύπου η θεραπεία πρώτης γραμμής με EGFR-ΤΚΙ θα μπορούσε ακόμα και να βλάψει σε σύγκριση με συμβατική χημειοθεραπεία [8]. Ωστόσο, σε ασθενείς με μη επιλεγμένα είχαν λάβει προηγουμένως χημειοθεραπεία ο ρόλος του EGFR-TKIs είναι λιγότερο σαφής και προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει κατώτερα αποτελέσματα με TKIs με ή χωρίς bevacizumab σε σύγκριση με τη χημειοθεραπεία [9] – [11]. Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν, ότι υπάρχει μια υποομάδα ασθενών φυσικού τύπου EGFR που θα μπορούσαν να ωφεληθούν από τη θεραπεία με ΤΚΙ ή ΤΚΙ συν έναν αντι-αγγειογόνο παράγοντα. Το ίδιο ισχύει και για μη επιλεγμένα και προεπεξεργασία των ασθενών, όπου ο ρόλος της TKIs έχει αντιμετωπιστεί σε πολλές δοκιμές και τα ποσοστά αποτελεσματικότητας και επιβίωσης έχουν δείξει ότι είναι συγκρίσιμο με συμβατική χημειοθεραπεία [12] – [14]. Επιπλέον, πρόσφατες βιοδείκτη αναλύσεις των τριών μεγάλων δοκιμές θεραπεία συντήρησης δοκιμές με erlotinib σαφώς, ότι μια υποομάδα ασθενών άγριου τύπου EGFR αντλούν επίσης ένα σημαντικό όφελος από τη θεραπεία με EGFR-ΤΚΙ [15] – [17].

Εκτός από EGFR έχουν άλλες druggable ογκογόνων μεταλλάξεων σε προχωρημένο NSCLC έχουν περιγραφεί [18], [19]. Δυστυχώς, οι περισσότεροι ασθενείς με NSCLC δεν φιλοξενούν ένα αντίστοιχο μοριακό στόχο, επομένως, η χημειοθεραπεία συνεχίζει να είναι πρώτη θεραπεία της επιλογής τους. Ως εκ τούτου, ο προσδιορισμός των περαιτέρω υποομάδες των ασθενών που μπορούν να επωφεληθούν από στοχευμένη θεραπεία με τη διερεύνηση πρόσθετων μοριακών δεικτών είναι ζωτικής σημασίας.

Η θεραπεία με μπεβασιζουμάμπη και ερλοτινίμπη (BE) έχει δυνητικά οφέλη πάνω από χημειοθεραπεία, ιδιαίτερα σε σχέση με τους περισσότερους ευνοϊκό προφίλ τοξικότητας. Υπάρχουν ενδείξεις, ότι η προσθήκη του αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα (VEGF) μονοκλωνικό αντίσωμα που στοχεύει bevacizumab στις EGFR-ΤΚΙ erlotinib εμφανίζει αυξημένη αποτελεσματικότητα σε σύγκριση με erlotinib μόνη της σε μη επιλεγμένους ασθενείς οι οποίοι είχαν προηγουμένως υποβληθεί σε θεραπεία με χημειοθεραπεία [20]. Η παρατήρηση αυτή πιθανόν οφείλεται σε αυξημένη δραστηριότητα erlotinib, με δεδομένη την έλλειψη αποτελεσματικότητας της bevacizumab μονοθεραπεία στον καρκίνο του πνεύμονα.

Η Ελβετική Ομάδα Κλινικής Έρευνας του Καρκίνου (SAKK) ανέφερε πρόσφατα διάμεσος χρόνος έως την εξέλιξη (TTP) των 4,1 μηνών σε ασθενείς με μη επεξεργασμένο προχωρημένο μη-πλακώδες NSCLC αγωγή με BE [21]. Αυτό το αποτέλεσμα φαίνεται να είναι κατώτερη από ό, τι θα αναμενόταν με σύγχρονες συνδυασμούς χημειοθεραπείας σε παρόμοιες πληθυσμούς ασθενών [2], [22]. Στην τρέχουσα υπομελέτη, έχουμε ως στόχο να εντοπίσει μια πιθανή υποομάδα των ασθενών που συμμετέχουν στη δοκιμή SAKK 19/05, ιδίως στο πλαίσιο της ομάδας άγριου τύπου EGFR, οι οποίοι μπορούν να επωφεληθούν από τη θεραπεία με την ΒΕ. Ο κύριος στόχος αυτής της μελέτης ήταν να αξιολογηθεί η συσχέτιση της εξόνιο επιπέδου παραλλαγές έκφραση των 3 συγκεκριμένων γονιδίων [EGFR, V-Ki-Ras2 Kirsten σαρκώματος αρουραίου ομόλογο ιικό ογκογονίδιο (KRAS) και του αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα Α (VEGFA)] και η απάντηση στην πρώτη γραμμή BE θεραπεία σε ασθενείς που συμμετείχαν στη μελέτη SAKK 19/05.

Αποτελέσματα

χαρακτηριστικά του ασθενούς και την κλινική έκβαση

Η δίκη SAKK 19/05 περιλαμβάνονται 103 ασθενείς, 101 ήταν αξιολογήσιμοι για την πρωτογενή στατιστική ανάλυση. Συνολικά, η μέση ηλικία ήταν 65 ετών (εύρος, 32-80) ετών. Όλοι οι ασθενείς ήταν σε καλή κατάσταση απόδοσης (WHO 0-1), 48 ήταν άνδρες (48%), 53 ήταν γυναίκες (52%). Η πλειοψηφία (86%) είχαν σταδίου IV της νόσου. μεταλλάξεις του EGFR ταυτοποιήθηκαν σε 15 ασθενείς (15%). Ένας ασθενής είχε μια πρωτογενή αντίσταση Τ790Μ μετάλλαξη στο εξώνιο 20. μετάλλαξη KRAS εντοπίστηκαν σε 13 ασθενείς (13%). Αντικειμενικές ανταποκρίσεις του όγκου στις 12 εβδομάδες (PR ή CR) παρατηρήθηκαν σε 15 ασθενείς (15%). Αυτοί οι ασθενείς είχαν τον ακόλουθο EGFR κατάστασης μεταλλάξεων: EGFR del19 (n = 5), L858R (n = 2), άγνωστη κατάστασης μεταλλάξεων (n = 1), και EGFR φυσικού τύπου (η = 8). Ένας ασθενής με EGFR φυσικού τύπου και η απόκριση στη θεραπεία ΒΕ είχε G12D μετάλλαξη KRAS.

Από τους ασθενείς αυτούς, ιστό του όγκου για ανάλυση της σειράς εξόνιο ελήφθη από 42 ασθενείς και τα δείγματα αίματος από 75 ασθενείς (Πίνακας S1 με Βοηθητικές πληροφορίες). Μια λεπτομερής περιγραφή των χαρακτηριστικών του ασθενούς παρέχεται στον Πίνακα 1 (δείγματα καρκινικού ιστού) και στον Πίνακα 2 (δείγματα αίματος). δείγματα ιστού αντιστοιχεί στην πρωτογενή σύνολο δεδομένων μας που χρησιμοποιούνται για την ταυτοποίηση βιοδεικτών. δείγματα αίματος που χρησιμοποιούνται για την επιβεβαιωτική σκοπό (σύνολο επικύρωσης).

Η

Target ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης σε εξώνιο επιπέδου

επιδερμικού αυξητικού παράγοντα-υποδοχέα (EGFR).

έκφραση του γονιδίου EGFR μετρήθηκε σε 451 θέσεις, εκ των οποίων 51 βρίσκονταν μέσα σε εξώνια, και 400 βρίσκονταν έξω από τα εξώνια,

δηλαδή

εσωνίων, διαγονιδιακές ή ήταν αναξιόπιστα (Σχήμα 1, άνω φωτογραφία). Έτσι, συνολικά εντάσεων έκφρασης 51 εξωνίου probesets μετρήθηκαν εντός του γονιδίου EGFR. Μια περίληψη μέτρο όλων αυτών probesets εξόνιο επιπέδου παρεσχέθη από PCA (βαθμολογίες στον πρώτο άξονα PC). Η σχέση μεταξύ αυτού του σκορ και TS12 και ΤΤΡ υπό BE, OS και ΤΤΡ υπό χημειοθεραπεία, αξιολογήθηκε.

Τα κόκκινα τσιμπούρια δείχνουν τα εξονικό probesets, οι γκρι τσιμπούρια εμφανίσετε τα μη εξονικό probesets (εσωνίου, διαγονιδιακές και αναξιόπιστη ). Σε EGFR, KRAS και VEGFA, συνολικά 51 451, 13 262 και 25 26 εξονικό probesets μετρήθηκαν αντίστοιχα. Όλα τα άλλα probesets βρίσκονταν έξω από τα εξώνια,

δηλαδή

εσωνίων, διαγονιδιακές ή ήταν αναξιόπιστα.

Η

Βρήκαμε μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ EGFR PCA σκορ και TS12 μετά BE θεραπεία (Spearman, η) (Σχήμα 2Α, αριστερό πλαίσιο). Μια λεπτομερής ανάλυση probeset-από-probeset αποκάλυψε ότι το 86% των εξονικό probesets έδειξε μια σημαντική συσχέτιση με την συρρίκνωση του όγκου χωρίς διόρθωση για πολλαπλές δοκιμές () (Σχήμα 2Β, αριστερό πάνελ). Δύο probesets έδειξε μια ιδιαίτερα ισχυρή συσχέτιση με TS12 (probesets εξόνιο ID 3002770 και 3002769), η οποία παρέμεινε σημαντική μετά από διόρθωση Bonferroni για πολλαπλές δοκιμές. Αυτά τα 2 probesets βρίσκεται στο εξόνιο 18 (χρωμόσωμα 7, θέσεις 55’238’440 και 55’238’092, αντίστοιχα). Δεν υπάρχουν άλλες σημαντικές συσχετίσεις βρέθηκαν. Έξι ασθενείς είχαν ΤΤΡ από 15 μήνες ή περισσότερο. Τρεις από αυτούς είχαν del19 EGFR, και 3 ήταν EGFR και φυσιολογικό KRAS.

Σειρά Α απεικονίζει τη συσχέτιση μεταξύ της συρρίκνωσης του όγκου κατά την εβδομάδα 12 και το εξόνιο επιπέδου σύνθετη βαθμολογία (PCA άξονας 1) για EGFR, KRAS και VEGFA (αριστερά, κέντρο και δεξιά αντίστοιχα). Οι βαθμολογίες PCA ορίζονται ως τις συντεταγμένες των ασθενών σε ένα νέο χώρο που ορίζεται από γραμμικό συνδυασμό των αρχικών τιμών εντάσεως probeset χρησιμοποιώντας ανάλυση κύριων συνιστωσών. Οι ασθενείς με μεταλλάξεις του EGFR σημειώνονται με κόκκινο χρώμα, τα άτομα με μη διαθέσιμη κατάστασης μεταλλάξεων εμφανίζονται ως κενά κύκλους. Η σειρά Β δείχνει τη σημασία του συσχετισμού (-log (-τιμή)) μεταξύ κάθε probeset εξόνιο και την συρρίκνωση του όγκου κατά την εβδομάδα 12. Η θέση των εξονίων παρουσιάζεται στο μπλε.

Η

Σχήμα 3 απεικονίζει την σημαντική συσχέτιση της εξόνιο 18-EGFR ένταση έκφρασης και TS12. Το αριστερό πάνελ δείχνει μια ισχυρή συσχέτιση μεταξύ της έντασης της έκφρασης των εξόνιο 18-EGFR (probeset 3002770) και TS12 (Spearman, η).

Το αριστερό πλαίσιο απεικονίζει τη συσχέτιση μεταξύ της έντασης της έκφρασης του εξόνιο 18-EGFR ( probeset 3002770) και η συρρίκνωση του όγκου κατά την εβδομάδα 12. η κάθετη γραμμή δείχνει το μεσαίο ένταση έκφρασης του EGFR probeset είναι 3002770. οι ασθενείς με μεταλλάξεις του EGFR εμφανίζονται ως κόκκινες κουκκίδες απλό και επισημαίνονται accrodingly. Οι ασθενείς με μη διαθέσιμη κατάστασης μεταλλάξεων που εμφανίζονται ως κενά κύκλους. Το κεντρικό πλαίσιο αντιπροσωπεύει το χαρακτηριστικό λειτουργίας λήπτη (ROC) καμπύλη που δείχνει την ευαισθησία /ειδικότητα ενός τεστ με βάση το επίπεδο έκφρασης του EGFR probeset 3.002.770 για την ταξινόμηση ανταποκρίθηκαν (συρρίκνωση του όγκου κατά την εβδομάδα 120/20/30%) σε σχέση με μη ανταποκρινόμενους ( συρρίκνωση του όγκου κατά την εβδομάδα 120/20/30%). Οι απλό κουκίδες απεικονίζουν τα πραγματικά θετικά και ψευδώς θετικά ποσοστά που λαμβάνεται με τον καθορισμό της τιμής αποκοπής προς το μέσο επίπεδο έκφρασης του EGFR 3002770. Το οικόπεδο καταρράκτη (δεξιά πλευρά) εμφανίζει την αλλαγή στο μέγεθος του όγκου κατά την εβδομάδα 12 παραγγείλει από αριστερά προς τα δεξιά. Τα χρώματα που ορίζονται από την ένταση έκφρασης του EGFR 3002770 διχοτομήθηκε από το διάμεσο του Evel έκφρασης (μπλε: χαμηλές εντάσεις έκφραση? κόκκινο: υψηλές εντάσεις έκφραση).

Η

Η ισχυρή συσχέτιση μεταξύ του EGFR εξόνιο 18 έκφρασης και TS12 παρέμεινε πολύ σημαντική (Spearman, η), μετά τον περιορισμό της ανάλυσης σε ασθενείς με EGFR φυσικού τύπου (βλέπε Εικόνα S1 στις πληροφορίες υποστήριξης). Αυτή η υπο-ανάλυση δείχνει ότι η σχέση μεταξύ του EGFR εξόνιο 18 έκφρασης και TS12 ήταν ανεξάρτητη από την κατάσταση της μετάλλαξης του EGFR.

Η ανάλυση ROC (μεσαίο πάνελ) δείχνει τη σχέση μεταξύ ευαισθησίας και ειδικότητας ανάλογα με τα διαφορετικά επίπεδα αποκοπής της εξόνιο 18-EGFR (probeset 3002770) έκφραση για να χαρακτηρίσει τους ασθενείς σε «ανταποκρίθηκαν» εναντίον «δεν ανταποκρίθηκαν». Για τους σκοπούς της παρούσας ανάλυσης ROC, η κατηγοριοποίηση «ανταποκρίθηκαν» εναντίον «μη ανταποκρινόμενοι» προέρχεται από TS12. Προτείναμε 3 εναλλακτικοί ορισμοί για την «ανταποκρίθηκαν» θέτοντας την TS12 cut-off ως μεγαλύτερο ή ίσο με 0, 20, ή 30%, ανάλογα με το αν ή όχι ένα περιλαμβάνεται το σύνολο ή ένα μέρος των ασθενών σταθερή νόσο των «ανταποκρίθηκαν» κατηγορία . Χρησιμοποιώντας τη διάμεση έκφραση του EGFR probeset 3002770 ως test-κατώφλι παρέχει ακρίβεια ταξινόμησης του 75% (ευαισθησία = 100%, ειδικότητα = 67%). Όπως φαίνεται στην καμπύλη ROC, μια υψηλότερη ακρίβεια ταξινόμησης μπορεί να αναμένεται περαιτέρω μικρορύθμιση αυτό το όριο (περιοχή κάτω από την καμπύλη [AUC] = 0,93).

Τα 2 εξόνιο 18-EGFR probesets δείχνει την ισχυρότερη συσχέτιση με TS12 έδειξε επίσης μια σημαντική συσχέτιση για τον ίδιο τελικό σημείο όταν μετριέται με τη χρήση αίματος ().

Η σταθερότητα των εύρημα μας αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας bootstrapping, και cross-επικύρωσης στρατηγικές. Η διαδικασία επιβεβαίωσε την ισχυρή ακρίβεια ταξινόμησης των εξόνιο 18 EGFR με διάμεση ROC-AUC του 0.94 (95% CI: 0.70-1.00) και τη συγκεκριμένη σχέση μεταξύ της περιοχής εξόνιο 18 και συρρίκνωση του όγκου κατά την εβδομάδα 12 (βλέπε Εικόνα S2 και S1 Κείμενο για τη λεπτομερή διαδικασία).

Kirsten σαρκώματος αρουραίου ιικό ογκογονίδιο ομόλογο (KRAS) και του αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα-άλφα (VEGFA).

Συνολικά, οι εντάσεις έκφρασης 13 και 25 εξόνιο probesets μετρήθηκαν στο KRAS και VEGFA αντίστοιχα (Σχήμα 1, κεντρικό και δεξί πάνελ). Οι βαθμολογίες PCA που λαμβάνονται και για τα δύο σύνολα probeset (KRAS και VEGFA) δεν έδειξαν σημαντική συσχέτιση με οποιαδήποτε από τις κλινικές παραμέτρους. Μια probeset-από-probeset λεπτομερή ανάλυση δεν έδειξε κάποια σημαντική συσχέτιση είτε με TS12 (Σχήμα 2Α, Β, κεντρική και δεξιά πάνελ) ή τις άλλες παραμέτρους της έρευνας.

Συζήτηση

Για τις γνώσεις μας , αυτή είναι η πρώτη μελέτη που διερεύνησε τη συσχέτιση μεταξύ γονιδιακής έκφρασης αξιολογούνται σε subgenic εξονικές επίπεδο χρησιμοποιώντας Affymetrix Human εξόνιο 1,0 συστοιχίες ST και την ανταπόκριση στη θεραπεία με ένα EGFR-ΤΚΙ σε συνδυασμό με έναν αντι-αγγειογόνο παράγοντα. Ερευνήσαμε τις διακυμάνσεις της έντασης εξόνιο μέσα σε 3 βασικά γονίδια (EGFR, KRAS και VEGFA) που ενδεχομένως συνδέονται με την ανταπόκριση στη θεραπεία με την ΒΕ. Ήμασταν σε θέση να αποδείξει μια ισχυρή σχέση μεταξύ της πλειοψηφίας, αλλά όχι όλες, από τις probesets εξώνιο 51 EGFR και TS12 της πρώτης γραμμής BE θεραπεία σε ασθενείς με μη επεξεργασμένα προχωρημένο μη-πλακώδες NSCLC. Εξόνιο επίπεδα 18-EGFR έδειξε την καλύτερη συσχέτιση με την απάντηση να είναι. Με βάση την προηγούμενα πειράματα μας υποθέτουμε ότι το σήμα που μετράται σε EGFR εξόνιο 18 δεν εξαρτάται από την περιεκτικότητα των κυττάρων του όγκου [23]. Επιπλέον, υπήρξε μια ποσοτική σχέση – υψηλότερο επίπεδο mRNA EGFR συσχετίστηκε με πιο έντονη συρρίκνωση του όγκου, ανεξάρτητα από EGFR κατάστασης μεταλλάξεων. EGFR ανάλυση έκφρασης εξονίου-επίπεδο θα μπορούσε να γίνει ένα χρήσιμο βιοδείκτη για την καθημερινή κλινική πρακτική, καθώς παρέχει αρκετά πλεονεκτήματα σε σύγκριση με τα συμβατικά ανάλυση μεταλλάξεων με προσδιορισμό της αλληλουχίας του γονιδίου. Τυπικά, η έκφραση του γονιδίου EGFR μετράται χρησιμοποιώντας ποσοτική RT-PCR με εκκινητές πρόσδεσης σε μία μόνο περιοχή του γονιδίου συχνά κοντά στο 3′-άκρο του γονιδίου. Ωστόσο, όπως φαίνεται στη μελέτη μας, η έκφραση γονιδίου διέφεραν σημαντικά κατά τη διάρκεια του γονιδίου EGFR. Λόγοι για τέτοιες μεταβολές έκφρασης περιλαμβάνουν εναλλακτικό μάτισμα. Η παραλλαγή EGFR τύπου III (EGFRvIII) έχει μια εντός-πλαισίου εξάλειψη από εξώνια 2-7 που έχει βρεθεί να δημιουργηθούν από γονιδιακή αναδιάταξη ή μάτισμα παρεκκλίνουσα mRNA [24], [25]. Αυτή η εναλλακτική μορφή ματίσματος έχει βρεθεί σε NSCLC [26], [27]. Σε προκλινικές πειράματα, τα κύτταρα που εκφράζουν EGFRvIII ήταν ανθεκτικά έναντι αναστρέψιμες EGFR-TKIs, αλλά παρέμεινε ευαίσθητη σε μη αναστρέψιμους αναστολείς EGFR [28]. Βρήκαμε την καλύτερη συσχέτιση με TS12 και εξόνιο 18. Στα άκρα του γονιδίου EGFR αρκετές εξονικό probesets δεν έδειξε σημαντική συσχέτιση με την έκβαση. Dziadziuszko και συνεργάτες ανέφεραν ότι η έκφραση του mRNA υψηλή EGFR αναλύθηκαν με ποσοτική RT-PCR συνδέθηκε με αυξημένη απόκριση και παρατεταμένη PFS σε ασθενείς που έλαβαν θεραπεία με gefitinib [29]. Σε μια κινεζική μελέτη των 79 μη επιλεγμένους ασθενείς που έλαβαν θεραπεία με erlotinib δεν διαπιστώθηκε σημαντική συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης του EGFR mRNA, οι μεταλλάξεις του EGFR, μεταλλάξεις KRAS και κλινικά τελικά σημεία [30].

Αρκετές μελέτες έδειξαν ότι το κλινικό όφελος με EGFR-TKIs ήταν δεν περιορίζεται σε ασθενείς με μεταλλάξεις του EGFR ενεργοποίησης [13], [16], [31]. Από την άλλη πλευρά, η δοκιμή IPASS κατέδειξε ότι οι ασθενείς με EGFR φυσικού τύπου που έλαβαν θεραπεία με gefitinib είχαν σημαντικά μικρότερη PFS σύγκριση με τους ασθενείς στο σκέλος χημειοθεραπείας (αναλογία κινδύνου (HR): 2,85? 95% CI: 2,05 – 3,98?) [ ,,,0],8]. Στην παρούσα μελέτη, ήμασταν σε θέση να προσδιορίσει 3 ασθενείς με EGFR φυσικού τύπου και 18-EGFR επίπεδα έκφρασης υψηλά εξόνιο (2 μετράται σε βιοψίες και το αίμα, και 1 μετρήθηκαν στο αίμα μόνο) οι οποίοι είχαν σημαντική TS12 μετά τη θεραπεία με την ΒΕ. Πιστεύουμε ότι αυτά τα αποτελέσματα έχουν ενδιαφέρον, γιατί η συχνότητα εμφάνισης της ενεργοποίησης μεταλλάξεις του EGFR σε Καυκάσιους ασθενείς είναι 10-15% και της δοκιμής μας μπορούν να προσδιορίζουν πρόσθετες ασθενείς, οι οποίοι θα μπορούσαν να πηγαίνουν καλύτερα με πρώτης γραμμής EGFR-TKIs σε σύγκριση με τη χημειοθεραπεία. Η υπόθεση αυτή χρειάζεται προοπτική επικύρωσης.

Είναι ενδιαφέρον ότι, οι ασθενείς με σπανιότερες EGFR-μεταλλάξεις (

π.χ.

del L747-S751 και del R748-S752) για τις οποίες η απάντηση σε EGFR-TKIs έχει ακόμη να διερευνηθούν βρέθηκαν επίσης να έχουν υψηλότερα επίπεδα έκφρασης EGFR εξόνιο-επίπεδο το οποίο συσχετίστηκε με TS12. Δύο probesets βρίσκεται στο εξόνιο 18 έδειξε την ισχυρότερη συσχέτιση με συρρίκνωση του όγκου. Σε μια ιταλική μελέτη μόνο ίδρυμα, σπάνια EGFR-μεταλλάξεις (εξόνιο 18 και 20 και ασυνήθιστο μεταλλάξεις στα εξώνια 19 και 21 και /ή πολύπλοκες μεταλλάξεις) βρέθηκαν στο 2.6% των ασθενών. Ανέφεραν PR με την erlotinib σε έναν ασθενή με E709A + διπλή μετάλλαξη G719C και απόκριση σε erlotinib σε έναν ασθενή με μετάλλαξη G719S [32]. Άλλες ομάδες ανέφεραν ευαισθησία σε EGFR-ΤΚΙ για την E709A + διπλή μετάλλαξη G719C και για την G719S μετάλλαξη στο εξόνιο 18 [33] – [35]

Είναι ενδιαφέρον, παρατηρήσαμε συρρίκνωση του όγκου σε έναν ασθενή με μια μετάλλαξη KRAS. . Αυτή η ασθενής είχε ένα υψηλό EGFR έκφραση εξωνίου. Οι ασθενείς με μεταλλάξεις KRAS αντιπροσωπεύουν περίπου το 25% των ασθενών με NSCLC και έχουν περιγραφεί ως πολύ ανθεκτική στη θεραπεία EGFR-ΤΚΙ με RR κοντά στο 0% και χειρότερη έκβαση για μεταλλαγμένο ασθενείς που έλαβαν θεραπεία με EGFR-ΤΚΙδ σε ορισμένες δοκιμές [36], [37] . Η ανάλυση βιοδείκτη της μελέτης SATURN δεν έδειξε καμία δυσμενή επίδραση στην PFS με erlotinib σε ασθενείς με όγκους με μεταλλαγμένο KRAS [17]. Έτσι, τα επίπεδα έκφρασης του EGFR υψηλής εξόνιο μπορεί να είναι σε θέση να προσδιορίσει τους ασθενείς με μεταλλάξεις KRAS που αντλούν οφέλη από την πρώτη γραμμή ΒΕ.

Άλλες πιθανές μοριακών δεικτών πέραν του EGFR-μεταλλάξεις έχουν ερευνηθεί για την προγνωστική ρόλο τους για θεραπεία με TKIs ή TKIs σε συνδυασμό με αναστολείς VEGFR. EGFR έκφραση πρωτεΐνης ανιχνεύεται με ανοσοϊστοχημεία (IHC) είναι παρόν σε 60-90% των ασθενών με NSCLC [13], [38] και συνεπώς είναι απίθανο να είναι χρήσιμη για κλινική επιλογή για θεραπεία ΤΚΙ. Αν και αναλύσεις υποομάδων της ελεγχόμενες με εικονικό φάρμακο μελέτες φάσης ΙΙΙ σε ασθενείς με προ-θεραπεία έδειξε κάποια προγνωστική αξία της πρωτεϊνικής έκφρασης EGFR [13], [39], τα αποτελέσματα αυτά δεν επιβεβαιώθηκαν ούτε στην πρώτη γραμμή ή ρύθμιση συντήρησης [17], [40] . Παρομοίως, υψηλού αριθμό αντιγράφων EGFR, η οποία εμφανίζεται σε 30-50% των ασθενών με NSCLC, και γονιδιακή ενίσχυση, η οποία εμφανίζεται σε περίπου 10% [41], έχουν πρόσφατα δειχθεί σε € ακυρωθεί € από μεταλλάξεις του EGFR σε σχέση με την προγνωστική τους τιμή για την απόκριση σε EGFR-TKIs [40]. Προσδιορισμός της έκφρασης EGFR mRNA με ποσοτική PCR συσχετίστηκε με το EGFR FISH και IHC και δείχθηκε να είναι μια έξυπνη βιοδείκτης για gefitinib [29]. Ούτε η έκφραση της πρωτεΐνης EGFR, ούτε τη δοκιμή FISH EGFR χρησιμοποιούνται σήμερα στην κλινική πρακτική και την καλύτερη μοριακών δεικτών, ως εκ τούτου χρειάζονται επειγόντως.

Το γονίδιο EGFR δημιουργεί πολλαπλές μεταγραφές RNA μέσω εναλλακτικό μάτισμα και τη χρήση εναλλακτικών σημάτων πολυαδενυλίωσης [42 ]. Το γονίδιο EGFR εκτείνεται σχεδόν 200 kb και το πλήρους μήκους 170 kDa EGFR κωδικοποιείται από 28 εξόνια. Αρκετές εναλλακτικές παραλλαγές ματίσματος έχουν περιγραφεί [43]. Η πιο συχνά χρησιμοποιούμενη μέθοδος για την ανίχνευση EGFR μεταλλάξεις είναι άμεση αλληλούχιση των PCR-ενισχυμένες αλληλουχίες εξονίου. Ο αριθμός αντιγράφων του μεταλλαγμένου αλληλόμορφου, ανισόρροπη ενίσχυση PCR και την σχετική ποσότητα του μολυσματικού άγριου τύπου αλλήλιο του μη καρκινικών κυττάρων που μπορεί να επηρεάσει την ευαισθησία του μεταλλαγμένου ανίχνευση με άμεση αλληλούχιση [44]. Λόγω ανησυχία όσον αφορά την ευαισθησία της μεθόδου άμεσης αλληλούχισης, μία ποικιλία άλλων μεθόδων έχουν διερευνηθεί για να αυξηθεί η ευαισθησία του προσδιορισμού μετάλλαξης. Εδώ ερευνήσαμε για πρώτη ανάλυση της έκφρασης εξόνιο χρόνο. Η συστοιχία χρησιμοποιείται επιτρέπει ανάλυση γονιδιακής έκφρασης καθώς και ανίχνευση των διαφορετικών ισομορφών του γονιδίου. Σε αυτή τη μελέτη εκ των υστέρων διαπιστώνεται σχέση μεταξύ των επιπέδων έντασης εξόνιο στο EGFR και την έκβαση των ασθενών. Ο μηχανισμός μέσω του οποίου EGFR εξόνιο 18 έκφραση καθορίζει μια αυξημένη ευαισθησία σε bevacizumab-erlotinib είναι άγνωστη, αν και μπορεί να προταθεί διάφορες υποθέσεις. συστοιχία εξόνιο εξακολουθεί να είναι πολύ πρόσφατη με μεγάλες δυνατότητες της τεχνολογίας. Είναι φρένα με την κοινή ιδέα ότι η έκφραση του γονιδίου είναι σταθερό κατά τη διάρκεια ενός ολόκληρου γονιδίου. Ως εκ τούτου, δεν αποτελεί έκπληξη το ότι λαμβάνεται μια ισχυρότερη έκφραση EGFR στατιστική συσχέτιση κοντά στην περιοχή κωδικοποίησης για τη λειτουργική διαμεμβρανική μέρος του EGFR. Εάν η τιμή πρόβλεψης αυτής της ανάλυσης θα μπορούσε να επιβεβαιωθεί σε μια προοπτική μελέτη, η έκφραση του γονιδίου εξονίου-επίπεδο μπορεί να προσδιορίσει τους ασθενείς που απορρέουν όφελος από EGFR- και VEGFR-στοχευμένες θεραπείες πέραν των ασθενών που επιλέγονται από τα συμβατικά αλληλουχίας του γονιδίου.

Υπάρχουν ορισμένους περιορισμούς εντός της τρέχουσας μελέτης. Είναι ένα ενιαίο σχέδιο βραχιόνων και έχει ένα σχετικά χαμηλό αριθμό των ασθενών από τα οποία βιοψίες όγκων ήταν διαθέσιμα για ανάλυση. Κατά το πρώτο εξάμηνο του SAKK 19/05 δίκη βιοψία είχαν λάβει προηγούμενη θεραπεία δεν ήταν απαραίτητη για την ένταξη της μελέτης. Κατά την περίοδο αυτή ουσιαστικά δεν εισπράχθηκαν βιοψίες. Μετά από τροποποίηση (Οκτώβριος 2006) η βιοψία έγινε υποχρεωτική για την ένταξη της μελέτης, όπως η βιοψία είχαν λάβει προηγούμενη θεραπεία μπορεί να ληφθεί σχεδόν σε κάθε ασθενή συμπεριλαμβανομένων των ασθενών με NSCLC σε προχωρημένο στάδιο [23]. αναλύσεις σειρά εξόνιο έγιναν με μικτή βιοψίες καρκινικών κυττάρων χωρίς καμία τεχνική εμπλουτισμού καρκινικών κυττάρων, όπως λέιζερ συλλαμβάνει μικροδιατομής. Αυτό είναι πιθανό να οδηγήσει σε μια ορισμένη αραίωση του αληθινού σήματος όγκου. τεχνικές καρκινικών κυττάρων εμπλουτισμού θα μπορούσε να βελτιστοποιήσει περαιτέρω την αποτελεσματικότητα των βιοδεικτών που προέρχονται από αναλύσεις συστοιχίας εξώνιο. Η εγκυρότητα της ανάλυσης της έκφρασης EGFR εξόνιο ως βιοδείκτη της ανταπόκρισης στην ΒΕ θα πρέπει να επιβεβαιωθεί τόσο με τη χρήση RT-PCR ανάλυση στόχευση του EGFR εξώνιο 18. Η ολοκλήρωση της επικύρωσης του νέου βιοδείκτη απαιτεί τελικά να διερευνηθούν περαιτέρω με μια ανεξάρτητη προοπτική τυχαιοποιημένη μελέτη .

Εν κατακλείδι, με τη βοήθεια ενός νέου γονιδίου τεχνολογία συστοιχία έκφρασης με εξονικό κάλυψη, ήμασταν σε θέση να προσδιορίσει το εξόνιο 18-EGFR έκφραση ως πιθανή προγνωστική βιοδείκτη για την erlotinib και bevacizumab σε ασθενείς με προχωρημένο, μη επεξεργασμένα NSCLC .

Υλικά και Μέθοδοι

SAKK 19/05

Η SAKK 19/05 δίκη (ClinicalTrials.gov: NCT00354549) συμμετείχαν 103 ασθενείς με προχωρημένο μη-πλακώδες NSCLC, 101 ασθενείς αξιολογήθηκαν για περαιτέρω ανάλυση [21]. κριτήρια επιλεξιμότητας περιλαμβάνονται έτη ηλικίας, επαρκή λειτουργία του μυελού των οστών, κανονική νεφρική και ηπατική λειτουργία και μετρήσιμη νόσο. Οι ασθενείς με άμεση ανάγκη χημειοθεραπείας, με μεγάλους όγκους σε κεντρική τοποθεσία, προϋπάρχουσες cavitations όγκου και εγκεφαλικές μεταστάσεις αποκλείστηκαν. Extra προ-θεραπεία βιοψίες βρογχοσκοπικών για μεταγραφική μελέτες έγιναν σε 49 ασθενείς, από τους οποίους 42 ήταν επαρκούς ποιότητας για μετέπειτα ανάλυση της σειράς εξόνιο. Για την παρούσα υπομελέτη, προεπεξεργασίας δείγματα αίματος ήταν διαθέσιμα από 95 ασθενείς, και δείγματα από 75 ασθενείς είχαν επαρκή ποιότητα για συστοιχίες εξόνιο. Συνολικά, 76 ασθενείς με είτε όγκου ή δείγματα αίματος ή αμφότερα, συμπεριλήφθηκαν στην τρέχουσα υπομελέτη. Γραπτή συγκατάθεση για την μεταγραφική έρευνα λήφθηκε από όλους τους ασθενείς. Η κλινική δοκιμή, καθώς και η τρέχουσα υπομελέτη εγκρίθηκαν από το IRB του St Gallen (EKSG 06/012).

σχεδιασμός Δίκη

SAKK 19/05 ήταν μια πολυκεντρική, προοπτική, ανοικτή -τίτλου, ενός σκέλους, μελέτη φάσης ΙΙ σε προηγούμενη θεραπεία. Από Ιανουάριος 2006 – Απρίλιος 2009, 103 ασθενείς από 14 ελβετικά ιδρύματα συμμετείχαν και έλαβαν BE μέχρι την εξέλιξη της νόσου ή μη αποδεκτή τοξικότητα. Κατά τη στιγμή της εξέλιξης, οι ασθενείς έλαβαν χημειοθεραπεία με 4-6 κύκλους σισπλατίνης και γεμσιταβίνης. Το πρωτεύον καταληκτικό σημείο ήταν ρυθμό της νόσου σταθεροποίησης (DSR) ορίζεται ως το ποσοστό των ασθενών με πλήρη ανταπόκριση (CR), μερική ύφεση (PR) ή σταθερή νόσο (SD) μετά από 12 εβδομάδες θεραπείας ΒΕ. Δευτερεύοντα καταληκτικά σημεία περιελάμβαναν τον χρόνο TTP κάτω ΒΕ, καθώς και στο πλαίσιο CT, η συνολική επιβίωση (OS), συρρίκνωση του όγκου στις 12 εβδομάδες και 6 μήνες. Τα κλινικά αποτελέσματα αυτής της δοκιμής έχουν αναφερθεί νωρίτερα [21].

Παθολογία ανάλυση

Η φορμόλη-σταθερές και ενσωματωμένα σε παραφίνη δείγματα εξετάστηκαν και ταξινομήθηκαν σύμφωνα με την Παγκόσμια Οργάνωση Υγείας (ΠΟΥ) κριτήρια. Μεταλλακτικές αναλύσεις EGFR (εξόνιο 18-21) και KRAS (εξόνιο 12) διεξήχθησαν από μη χρωσμένα τομές ιστών (3 μm) ή Παπανικολάου-βάφτηκαν κυτταρολογικών δειγμάτων χρησιμοποιώντας άμεση αλληλούχιση όπως περιγράφηκε προηγουμένως [45], [46]. εμπλουτισμός του όγκου των κυττάρων επιτεύχθηκε είτε με macrodissection ή λέιζερ συλλαμβάνει μικροδιατομής και ανάλυση της αλληλουχίας του DNA.

Exon-επίπεδο γονιδιακής ανάλυσης έκφρασης

Το συνολικό RNA από ολικό βρογχοσκοπικών εξήχθησαν δείγματα βιοψίας και υπό την προϋπόθεση επαρκούς ποιότητας για μικροσυστοιχίας υβριδοποίηση σε 42 από 49 δείγματα. Κυκλοφορεί RNA από δείγματα περιφερικού αίματος εκχυλίζεται και υπό την προϋπόθεση επαρκούς ποιότητας για την υβριδοποίηση μικροσυστοιχιών σε όλα τα 75 δείγματα. mRNA υβριδίστηκε σε συστοιχίες Affymetrix Human εξόνιο 1.0ST (Affymetrix, SantaClara, CA, USA) ακολουθώντας πρότυπες συστάσεις από τον κατασκευαστή (λεπτομερή διαδικασία διατίθενται σε Κείμενο S1). Οι πρώτες δεδομένα έχουν κατατεθεί στο NCBIs Gene Expression Omnibus (GEO), και είναι προσβάσιμα μέσω του αριθμού ένταξη GEO Σειρά GSE37138. Οι εξόνιο και το επίπεδο του γονιδίου probesets προ-επεξεργασία, την ποιότητα ελέγχεται και κανονικοποιούνται χρησιμοποιώντας τη διαδικασία RMA [47]. Τα σύνολα δεδομένων ιστού και του αίματος αναλύθηκαν ανεξάρτητα χωρίς τη συγκέντρωση των δεδομένων. Το σύνολο δεδομένων ιστού χρησιμοποιήθηκε για την ανακάλυψη βιοδεικτών, ενώ το σύνολο δεδομένων αίμα χρησιμοποιηθεί για εσωτερική επικύρωση.

Στατιστικές εκτιμήσεις

Το αρχικό υπολογισμό του μεγέθους του δείγματος βασίστηκε στο κύριο καταληκτικό σημείο της κλινικής μελέτης (DSR σε την εβδομάδα 12 (DSR12) υπό BE θεραπεία). Οι 101 ασθενείς αξιολογήθηκαν δεδουλευμένων εγγυημένη υψηλή ακρίβεια στην εκτίμηση της DSR12. Σε μια στοχευμένη προσέγγιση γονίδιο, 3 γονίδια ειδικά μελετηθεί: EGFR (ENSG00000146648), KRAS (ENSG00000133703) και VEGFA (ENSG00000112715). EGFR περιλαμβάνονται 51, KRAS 13, και VEGFA 25 εξονική probesets (Σχήμα 1). Οι παράμετροι που εξετάζονται στην παρούσα μελέτη βιοδείκτη που περιλαμβάνονται συρρίκνωση του όγκου μετά από 12 εβδομάδες (TS12) της θεραπείας BE, TTP κάτω ΒΕ και OS. OS μετρήθηκε από την καταχώριση μέχρι το θάνατό του οποιαδήποτε αιτία. Το αποτέλεσμα των προηγούμενων αλληλούχισης EGFR όγκου χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση υπομελέτη. Η μονοπαραγοντική σύνδεσης μεταξύ των εντάσεων εξόνιο επιπέδου και time-to-event τελικά σημεία εκτιμήθηκε από αναλογικών κινδύνων κατά Cox παλινδρόμησης. Η συσχέτιση μεταξύ εντάσεων εξόνιο επιπέδου και συρρίκνωση του όγκου μετρήθηκε με τη χρήση συντελεστή συσχέτισης του Spearman και δοκιμάστηκαν για σημαντική διαφορά από το 0. Bonferroni διορθώσεις χρησιμοποιήθηκαν για να αντιπροσωπεύουν πολλαπλές δοκιμές. Ανάλυση κύριων συνιστωσών (PCA) χρησιμοποιήθηκε για να συνοψίσουμε τις πληροφορίες που περιέχονται σε διάφορες probesets εξόνιο επιπέδου σε σύνθετο βαθμολογίες (βαθμολογίες για τις πρώτες κύριες συνιστώσες). Δέκτης λειτουργίας Χαρακτηριστική (ROC) καμπύλες χρησιμοποιήθηκαν για την εκτίμηση της ευαισθησίας, ειδικότητας και ακρίβειας της έκφρασης εξωνίου προγνωστικών βάση. Προκειμένου να εκτιμηθεί η σταθερότητα των ευρημάτων μας, χρησιμοποιήθηκε μια στρατηγική διασταυρούμενης επικύρωσης. Η ακρίβεια του μοντέλου ταξινόμησης αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας bootstrapping. Όλες οι αναλύσεις έγιναν με τη χρήση του στατιστικού λογισμικού R (έκδοση 2.13.0? Πακέτα xmapcore, ade4, ROCR, Daim και την επιβίωση) [48]

Υποστήριξη Πληροφορίες

Σχήμα S1..

σύνδεσης μεταξύ EGFR εξόνιο 18 έκφρασης και συρρίκνωση του όγκου κατά την εβδομάδα 12 – υπο-ανάλυση. Μόνο EGFR ασθενείς άγριου τύπου συμπεριλήφθηκαν σε αυτή την ανάλυση. Το διάγραμμα διασποράς απεικονίζει τη συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης του EGFR εξόνιο 18 (probeset 3002770) και τη συρρίκνωση του όγκου κατά την εβδομάδα 12. Η κάθετη γραμμή δείχνει τη μέση ένταση της έκφρασης του EGFR εξώνιο 18.

doi: 10.1371 /journal.pone.0072966 .s001

(ΔΕΘ)

Εικόνα S2.

Σταθερότητα της ικανότητας πρόβλεψης των βιοδεικτών EGFR χρησιμοποιώντας στρατηγικές cross-επικύρωσης. Το αριστερό πλαίσιο απεικονίζει την ικανότητα του βιοδείκτη EGFR πιο σημαντικά που συνδέονται με TS12 (≤ /& gt? 20%) χρησιμοποιώντας το αρχικό σύνολο δεδομένων (probeset 3.002.770) για την ταξινόμηση των BE ανταποκρίθηκαν. Η καλύτερη τιμή αποκοπής, μαζί με το σχετικό ποσοστό ψευδώς θετικών (FPR), αλήθεια θετικό ποσοστό (TPR) και η περιοχή κάτω από την καμπύλη ROC (AUC) είναι δεδομένη. Ο δεξιός πίνακας απεικονίζει το μέσο όρο καμπύλη ROC που λαμβάνεται μετά από διαδικασία 0,632 εκκίνησης διασταυρωμένης επικύρωσης. Οι Boxplots δείχνουν την κατανομή της FPR όλη την εκ νέου δειγματοληψία σύνολα δεδομένων

doi:. 10.1371 /journal.pone.0072966.s002

(ΔΕΘ)

Πίνακα S1.

Περίληψη όλων των ασθενών που συμμετείχαν στη μελέτη SAKK 19/05. DST W12:. Εβδομάδας σταθεροποίηση της νόσου 12, 0 = αποτυχία, 1 = επιτυχία

doi: 10.1371 /journal.pone.0072966.s003

(PDF)

Κείμενο S1.

Πρόσθετο υλικό και τις μεθόδους πληροφόρησης. Η πρώτη παράγραφος παρέχει μια εκτεταμένη περιγραφή της ανάλυσης γονιδιακής έκφρασης εξώνιο επιπέδου. Η δεύτερη παράγραφος δίνει λεπτομέρειες σχετικά με την αξιολόγηση της σταθερότητας των λαμβανόμενων αποτελεσμάτων

doi:. 10.1371 /journal.pone.0072966.s004

(PDF)

Ευχαριστίες

Δείγμα τη συλλογή, τη ναυτιλία και την επεξεργασία έγινε στο πλαίσιο της δομής της Ελβετικής πνεύμονα βιοψία Βιοτράπεζα για την οποία είμαστε πολύ ευγνώμονες. Είμαστε πολύ ευγνώμονες προς τον Philippe Demougin που πραγματοποιήθηκε απομόνωση RNA και εξόνιο υβριδισμό συστοιχίας. Η μελέτη δεν θα μπορούσε να γίνει χωρίς την προθυμία των ασθενών να συμμετέχουν σε αυτή τη μελέτη, ιδιαίτερα να υποβληθεί σε πρόσθετο βρογχοσκόπηση σε ορισμένες περιπτώσεις.

Συντελεστές

Τα μέλη της ομάδας SAKK 19/05 Μελέτη