Αφηρημένο

Στόχος

Για προφίλ έκφρασης του RNA σε καρκίνο του στομάχου από ανατομικές δευτερεύουσες τοποθεσίες ως πρώτο βήμα για τον προσδιορισμό μοριακών υποτύπους και παροχή στόχων για την έγκαιρη διάγνωση και τη θεραπεία.

μέθοδοι

Πραγματοποιήσαμε ανάλυση μεταγραφικό χρησιμοποιώντας το Affymetrix GeneChip U133A σε γαστρική αδενοκαρκινώματα καρδιακή (n = 62) και το γαστρικό αδενοκαρκινώματα noncardia (n = 72) και συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς τους από ασθενείς στην επαρχία Shanxi, και επικυρώνονται επιλεγμένα απορυθμισμένη γονίδια με πρόσθετες μελέτες RNA. Έκφραση της απορρύθμισης του γονιδίων σχετίζεται επίσης με την επιβίωση των περιπτώσεων.

Αποτελέσματα

Ανάλυση σε Κύριες Συνιστώσες έδειξαν ότι τα δείγματα ομαδοποιούνται ανά όγκο εναντίον κανονική, ανατομική θέση, και ιστοπαθολογικά χαρακτηριστικά. Paired t-tests του όγκου /φυσιολογικούς ιστούς εντοπίστηκαν 511 γονίδια των οποίων η έκφραση απορυθμίζεται (

P

& lt? 4.7E-07 και τουλάχιστον δύο φορές διαφορά στο μέγεθος) σε καρδιακή ή noncardia γαστρικών καρκίνων, συμπεριλαμβανομένων σχεδόν ένα -Μισό (n = 239, 47%) απορυθμίζεται τόσο καρδιακή και noncardia, το ένα τέταρτο απορυθμίζεται σε καρδιακή μόνο (n = 128, 25%), και περίπου το ένα τέταρτο σε noncardia μόνο (n = 144, 28%). Πρόσθετες μελέτες RNA επιβεβαίωσε προφίλ αποτελέσματα. Έκφραση συσχετίστηκε με την περίπτωση επιβίωσης για 20 γονίδια σε καρδιακή και 36 γονίδια σε noncardia γαστρικών καρκίνων.

Συμπεράσματα

Οι απορυθμισμένη γονίδια που εντοπίστηκαν εδώ αντιπροσωπεύουν ένα ολοκληρωμένο σημείο εκκίνησης για μελλοντικές προσπάθειες να κατανοήσουν αιτιολογικός ετερογένεια, ανάπτυξη διαγνωστικών βιοδεικτών για την έγκαιρη ανίχνευση και τον έλεγχο μοριακά στοχευμένες θεραπείες για καρκίνο του στομάχου

Παράθεση:. Wang G, Hu Ν, Yang HH, Wang Ε, Su Η, Wang C, et al. (2013) Σύγκριση της Παγκόσμιας Gene Expression του γαστρικού Καρδία και Καρκίνοι Noncardia από ένα πληθυσμό υψηλού κινδύνου στην Κίνα. PLoS ONE 8 (5): e63826. doi: 10.1371 /journal.pone.0063826

Επιμέλεια: Patrick Tan, Duke-Εθνικό Πανεπιστήμιο της Σιγκαπούρης Πτυχιούχος Ιατρικής Σχολής, Σιγκαπούρη

Ελήφθη: 3 Ιαν, 2013? Αποδεκτές: πέμπτης Απριλίου, 2013? Δημοσιεύθηκε: 22 Μαΐου 2013

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης, χωρίς όλα τα πνευματικά δικαιώματα, και δεν μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, να μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο λόγο. Το έργο γίνεται διαθέσιμα υπό την Creative Commons CC0 αφοσίωση δημόσιο τομέα

Χρηματοδότηση:. Η έρευνα αυτή χρηματοδοτείται από το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα των Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας, το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, το τμήμα Επιδημιολογίας του Καρκίνου και Γενετικής , και το Κέντρο Έρευνας για τον Καρκίνο. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Carol Giffen απασχολείται από τη Διοίκηση Information Services, Inc. Δεν υπάρχουν διπλώματα ευρεσιτεχνίας, τα προϊόντα στην ανάπτυξη ή εμπορία προϊόντων να δηλώσει. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών, όπως περιγράφεται λεπτομερώς σε απευθείας σύνδεση στον οδηγό για τους συγγραφείς.

Εισαγωγή

καρκίνο του στομάχου είναι η τέταρτη πιο κοινή μορφή καρκίνου και η δεύτερη πιο συχνή αιτία θανάτου από καρκίνο σε όλο τον κόσμο [1]. Ως αποτέλεσμα του μεγάλου πληθυσμού της και τα υψηλά ποσοστά, η Κίνα αντιπροσωπεύει το 42% όλων των θανάτων από καρκίνο του γαστρικού στον κόσμο κάθε χρόνο [1]. Shanxi επαρχία είναι μια από τις περιοχές με την υψηλότερη συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του στομάχου στην Κίνα [2], [3]. Στην πραγματικότητα, γαστρικό καρκίνο παραμένει η κύρια αιτία θανάτου από καρκίνο στους άνδρες (36%) και τις γυναίκες (28%) στην περιοχή αυτή [4], παρά τη μείωση της επίπτωσης για αυτόν τον καρκίνο στο βόρειο τμήμα της Κίνας.

γαστρικό ποσοστά καρκίνου στην Κίνα είναι υψηλότερη στα βόρεια και τους παράγοντες κινδύνου, τόσο για καρδιακή και noncardia γαστρικών καρκίνων έχουν προηγουμένως σπουδάσει εκεί. Αυξημένη ηλικία, το φύλο, το οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του ανώτερου γαστρεντερικού σωλήνα, έκθεσης στον καπνό, και

Helicobacter pylori

λοίμωξη έχουν όλοι συνεπείς παράγοντες κινδύνου τόσο για το αδενοκαρκίνωμα στομάχου καρδιακή (GCA) και το γαστρικό adenocardinoma noncardia (GNCA) [ ,,,0],5] – [13]? Επιπλέον, οι αναδυόμενες ενδείξεις είναι υπέρ της αύξησης του κινδύνου από θερμικές βλάβες από τα ζεστά τρόφιμα [6]. Διατροφή, ιδιαίτερα τα μικροθρεπτικά συστατικά, φαίνεται να παίζουν σημαντικό προστατευτικό ρόλο, όπως αποδεικνύεται από τα αποτελέσματα από μια μεγάλη, τυχαιοποιημένη ελεγχόμενη μελέτη διεξήχθη σε Linxian που επέδειξαν μειωμένη GCA και της θνησιμότητας GNCA από το αντιοξειδωτικό συνδυασμό του σεληνίου, βιταμίνης Ε και β-καροτένιο [14 ], [15]? άλλες διατροφικές μελέτες ερωτηματολόγιο που βασίζονται υποστηρίξει επίσης το ρόλο της διατροφής στην γαστρικό καρκίνο αιτιολογία [6].

γαστρικών καρκίνων είναι ιστοπαθολογικά κατατάσσονται σε διάχυτη και εντερικές τύπων [16] τόσο για την καρδιακή και noncardia. Ανατομικά, η καρδιακή κείται μεταξύ του τέλους του οισοφάγου και του σώματος του στομάχου, και είναι ένα μικρό μακροσκοπικά ασαφή ζώνη αμέσως περιφερικά από τον σύνδεσμο της γαστρο-οισοφαγικής. Συγχωνεύει περιφερικά στο βυθό και διακρίνεται μόνο από την ιστολογική μορφή του.

Εκτός του ότι είναι ανατομικά δίπλα, GCA και οισοφαγικό καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων (ESCC) και τα δύο συμβαίνουν σε ρυθμούς επιδημίας στον πληθυσμό αυτό, μοιράζονται κάποιο κίνδυνο αιτιολογικός παράγοντες, και πριν από την ευρεία χρήση των ενδοσκόπηση και βιοψία, διαγνώστηκαν ως ενιαία ασθένεια που αναφέρεται ως «καρκίνο του οισοφάγου» ή «ασθένεια σκληρά κατάποση» [17]. Η ικανότητα να διαγνώσουν GCA και με ακρίβεια το διακρίνουν από ESCC έχει οδηγήσει σε μια αύξηση της συχνότητας εμφάνισης καρκίνου του στομάχου σε σε αυτήν την περιοχή [18]. Ο λόγος για τα υψηλά ποσοστά της GCA και ESCC σε αυτή τη γεωγραφική περιοχή και τη σχέση τους με το άλλο παραμένει ασαφής, αλλά υπάρχουν σχεδόν βέβαιο κοινή αιτιολογικά σημαντικές περιβαλλοντικές εκθέσεις, και μια πρόσφατη μελέτη σύνδεσης του γονιδιώματος σε επίπεδο της βλαστικής σειράς DNA βρήκε ένα κοινό γονίδιο (

PLCE1

) που σχετίζονται με τον κίνδυνο τόσο για GCA και ESCC [19].

η γαστρική αδενοκαρκινώματα είναι μια ετερογενής ομάδα των όγκων. GCAs δείχνουν βιολογικές, επιδημιολογικές και κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά που μοιάζουν περισσότερο με τα αδενοκαρκινώματα του οισοφάγου (EACS) από GNCAs, γεγονός που υποδηλώνει ότι οι όγκοι που προκύπτουν στο στομάχι μπορεί να έχουν διαφορετικές αιτιολογίες. Για παράδειγμα, αρκετές μελέτες ανιχνευτεί σημαντικά υψηλότερο

TP53

ποσοστά μετάλλαξης σε περιπτώσεις με GCA από GNCA, ενώ η

TP53

φάσμα μετάλλαξη σε GCA έμοιαζε περισσότερο ΑΗΚ [20]. Ένας αριθμός άλλων γενετικών αλλοιώσεων έχουν αναφερθεί σε γαστρικό καρκίνο, συμπεριλαμβανομένων των

Cdh1

[21],

β-κατενίνης

[22],

ΤΡΡ1

[23], και

Met

[24], αλλά δεν υπάρχει μελέτη συνέκρινε τις τροποποιήσεις αυτές με ανατομικό δευτερεύουσα τοποθεσία. Περαιτέρω, αν και αρκετές έκφραση γαστρικό γονίδιο του καρκίνου προφίλ μελέτες έχουν ήδη αναφερθεί [25] – [31]., Κανένα δεν έχει άμεση σχέση με GCA και περιπτώσεις GNCA από μια γεωγραφική περιοχή υψηλού κινδύνου χρησιμοποιώντας ένα κοινό πρωτόκολλο

Ο στόχος της παρούσας μελέτης ήταν να προσδιορίσει γονιδιωματικής διαφορές μεταξύ καρκίνου του στομάχου από ανατομικές υποτύπων για να βοηθήσει την κατανόησή μας για τις αιτίες αυτών των δύο διακριτών καρκίνων και διευκολύνει την ανάπτυξη των κατάλληλων στοχευμένες στρατηγικές για την έγκαιρη διάγνωση, πρόγνωση και θεραπεία.

Υλικά και Μέθοδοι

1. Η επιλογή των ασθενών και Παρακολούθηση

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από την Institutional Review Boards του Shanxi Αντικαρκινικό Νοσοκομείο στην Κίνα και το Εθνικό Ίδρυμα Καρκίνου (NCI) των ΗΠΑ. Ασθενών που εισάγονται στο Shanxi Αντικαρκινικό Νοσοκομείο μεταξύ 1998 και 2001, με τη διάγνωση της GCA ή GNCA και θεωρούνται υποψήφιοι για θεραπευτική χειρουργική εκτομή εντοπίστηκαν και προσλαμβάνονται για να συμμετάσχουν στη μελέτη. Κανένας από τους ασθενείς είχαν προηγούμενη θεραπεία, και Shanxi ήταν το πατρογονικό σπίτι για όλους. Μετά την απόκτηση εν επιγνώσει συναίνεση, οι ασθενείς ερωτήθηκαν για να λάβουν πληροφορίες σχετικά με τη δημογραφική και τον καρκίνο του τρόπου ζωής τους παράγοντες κινδύνου και κλινικά δεδομένα και τα δείγματα ελήφθησαν.

Καρκίνος στομάχου εδώ ορίστηκε από την ιστολογία (μόνο αδενοκαρκινώματα περιλήφθηκαν) και ανατομικές θέσεις ορίστηκαν όπως αδενοκαρκίνωμα γαστρικό καρδιακή (GCA) και το αδενοκαρκίνωμα του γαστρικού noncardia (GNCA). Καρδία καρκίνοι ήταν γαστρικών καρκίνων που βρίσκονται στα εγγύς τρία εκατοστά του στομάχου (C16.0), ενώ noncardia καρκίνοι ήταν εκείνα στο υπόλοιπο του στομάχου (βυθού, το σώμα, άντρου, πυλωρού (C16.1-8), και μη καθορισμένη τοποθεσία (C16.9) με βάση τους κωδικούς site από τη διεθνή ταξινόμηση των Κακοήθεις όγκοι (έβδομη έκδοση)) [32].

Μεταξύ του 2005 και του 2007, όλοι οι ασθενείς (ή οι οικογένειές τους) από αυτή τη μελέτη ήταν εκ νέου σε επαφή να εξακριβωθεί ζωτική κατάσταση. Για όσους είχαν πεθάνει, προσδιορίστηκαν ημερομηνία και αιτία θανάτου.

2. Δείγμα Collection

Tumor και συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς που λαμβάνονται κατά τη διάρκεια της χειρουργικής επέμβασης καταψύχθηκαν σε υγρό άζωτο και αποθηκεύτηκαν στους -130 βαθμούς C μέχρι να χρησιμοποιηθούν. Περιπτώσεις επιλέχθηκαν για τη μελέτη αυτή βασίζεται σε τρία κριτήρια: (i) ιστολογική διάγνωση της GCA ή GNCA επιβεβαιώνεται από παθολόγους, τόσο σε Shanxi Αντικαρκινικό Νοσοκομείο και το NCI? (Ii) τα δείγματα όγκων που είχαν τουλάχιστον το 50% του όγκου? και (iii) την ποιότητα του RNA ιστού /ποσότητα επαρκή για εξέταση.

3. Προετοιμασία δείγματος και Chip υβριδισμός

Ολικό RNA εξήχθη από κατεψυγμένα όγκου και συμφωνημένα φυσιολογικούς ιστούς χρησιμοποιώντας αντιδραστήριο ΤΚΙζοΙ (Invitrogen, Carlsbad, CA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Καθαρισμός RNA διεξήχθη σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή για το RNeasy Mini Kit (Qiagen Inc, Valencia, CA) και RNase DNase-Free Set πέψη (Qiagen Inc, Valencia, CA). ποιότητα και την ποσότητα του RNA προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας το RNA 6000 LabChip /Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Germantown, MD)

πειράματα μικροσυστοιχιών πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση 8 μg ολικού RNA.? λεπτομέρειες της αντίστροφης μεταγραφής, την επισήμανση και υβριδισμού σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή (https://www.affymetrix.com/support/technical/manual/expression_manual.affx? προσπελαστεί 2013 14η Απριλίου). Εν συντομία, οι διαδικασίες που περιλαμβάνονται σύνθεση του πρώτου κλώνου cDNA, σύνθεση δεύτερου κλώνου cDNA, δίκλωνο cDNA καθαρίσει,

in vitro μεταγραφή

, ο καθαρισμός cRNA, και τον κατακερματισμό. Είκοσι μγρ βιοτινυλιωμένα cRNA χρησιμοποιήθηκαν σε κάθε υβριδισμό συστοιχίας. Τα δείγματα υποβλήθηκαν σε υβριδισμό σε Affymetrix GeneChip Ανθρώπινου Γονιδιώματος U133A μάρκες (Affymetrix, Santa Clara, CA). Μετά από υβριδισμό στους 45 ° C όλη τη νύκτα, συστοιχίες στη συνέχεια αναπτύχθηκαν με φυκοερυθρίνη στρεπταβιδίνη συζευγμένη με ρευστών σταθμό (ρευστονικής Station GeneChip 450, Santa Clara, CA) και σαρώθηκαν (GeneChip Scanner 3000, Santa Clara, CA) για να ληφθούν τα επίπεδα έκφρασης ποσοτικών γονίδιο . Ζεύγη όγκου και φυσιολογικών δειγμάτων ιστού από κάθε ασθενή υποβλήθηκαν σε επεξεργασία ταυτόχρονα σε ολόκληρη την πειραματική διαδικασία. Η μέση παρούσα πρόσκληση για τις 124 μάρκες από τους 62 ασθενείς GCA ήταν 50,0%? για τις 144 μάρκες από τους 72 ασθενείς GNCA ήταν 51,5%.

4. Στατιστική Ανάλυση

Υπάρχουν 22.283 σετ καθετήρα στο Affymetrix GeneChip Ανθρώπινου Γονιδιώματος U133A (HG_U133A). Η στιβαρή multiarray Μέση (RMA) αλγόριθμο [33], [34] εφαρμόζονται σε Bioconductor στο R (https://www.bioconductor.org? Προσπελαστεί 14ης Απριλίου 2013) χρησιμοποιήθηκε για διόρθωση υποβάθρου και την κανονικοποίηση σε όλα τα δείγματα. Όλες οι στατιστικές μέθοδοι αναπτύχθηκαν στο R. Το GEO αριθμός ένταξης για αυτά τα δεδομένα πίνακα είναι GSE29272.

Principal Components Analysis (PCA) χρησιμοποιήθηκε για την ομαδοποίηση ανάλυση όλων των γαστρικών δείγματα καρκίνου αναλύονται εδώ. Για το PCA μόνο, συμπεριλάβαμε επίσης δεδομένα από μια μελέτη που δημοσιεύθηκε πρόσφατα συστοιχία έκφραση των περιπτώσεων ESCC για σύγκριση [35].

Εφαρμόσαμε ζευγαρωμένα t-tests για κάθε μία από τις 22.283 probesets για την ταυτοποίηση γονιδίων που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ των όγκων και να συνδυαστούν φυσιολογικά δείγματα τους, αλλά παρουσιάζουμε αποτελέσματα μόνο για τους 21.130 probesets που αντιστοιχίζονται σε 13.003 γονίδια. Για να ληφθεί υπόψη για πολλαπλές συγκρίσεις, επιλέξαμε τα γονίδια που έδειξαν σημαντικές διαφορές με το

P

-τιμές λιγότερο από 4.73E-07 (ίση με 0.01 διαιρείται με 21.130, δηλαδή, μια συντηρητική ρύθμιση Bonferroni). Εκτός από το

P

-τιμή αποκοπής, διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων έπρεπε να δείξει τουλάχιστον δύο φορές διαφορά στο μέγεθος της γονιδιακής έκφρασης μεταξύ των όγκων και των φυσιολογικών ιστών (αλλαγή δηλαδή, να πάει πάσο είτε ≥2 ή ≤0.50) .

για την αναγνώριση απορυθμισμένη γονίδια των οποίων η έκφραση σχετίστηκε με την προσωπική (φύλο και το οικογενειακό ιστορικό του ανώτερου γαστρεντερικού ή του καρκίνου UGI) και κλινικές (το στάδιο του όγκου, το βαθμό, λεμφαδένα μετάσταση) χαρακτηριστικά, πραγματοποιήσαμε αταίριαστα t-tests για διαφορές έκφρασης γονιδίου μεταξύ των δειγμάτων χρησιμοποιώντας την αναλογία της γονιδιακής έκφρασης όγκου διαιρεμένο με τον συμφωνημένα κανονική έκφραση γονιδίου. Ένα

P

-τιμή κατωφλίου (

P

& lt? 0.005) χρησιμοποιήθηκε για σημασίας για αυτές τις αναλύσεις? εφαρμόστηκαν υπάρχουν φορές κριτήρια αλλαγή.

Για να εκτιμηθεί η σχέση του γονιδίου έκφρασης για την επιβίωση, Kaplan-Meier (KM) οικόπεδα χρησιμοποιήθηκαν για να απεικονίσει τις διαφορές επιβίωσης από υψηλή (πάνω από διάμεση τιμή) vs χαμηλό (κάτω μέση) της γονιδιακής έκφρασης δοκιμασίες κατάσταση και log-rank χρησιμοποιήθηκαν για τον έλεγχο των διαφορών με τη χρήση του σήματος probeset όγκου για κάθε διαφορικά εκφρασμένο γονίδιο εντοπίσθηκε στην ανάλυση του όγκου /φυσιολογικό paired t-test που περιγράφεται παραπάνω. Γονίδια των οποίων η έκφραση ήταν σημαντικά σχετίζονται με την επιβίωση σε δοκιμές log-rank αξιολογήθηκαν περαιτέρω σε Cox μοντέλα αναλογικών κινδύνων για την υψηλή vs χαμηλή έκφραση με προσαρμογή για δημογραφικά και κλινικά χαρακτηριστικά των όγκων (π.χ., ηλικία, φύλο, στάδιο, βαθμός, μετάσταση). Για όλες τις αναλύσεις επιβίωσης, χρησιμοποιήθηκαν δύο όψεων

P

-τιμή & lt?. 0.05 ως κατώφλι μας για τη στατιστική σημαντικότητα

5. Επικύρωση των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων-Χρησιμοποιώντας ποσοτική πραγματικού χρόνου RT-PCR

επιλέχθηκαν συνολικά 21 διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων (12 για την GCA και 9 για GNCA) για την επικύρωση χρησιμοποιώντας ποσοτική Real-Time RT-PCR ( qRT-PCR). Για τεχνική επικύρωση, δοκιμασίες qRT-PCR διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας το ίδιο όγκου και φυσιολογικών RNAs αναλύονται στο πείραμα μικροσυστοιχιών για ένα υποσύνολο των GCAs (n = 41 62) και GNCAs (n = 50, 72). Για την επικύρωση αντιγραφή, όγκου και συμφωνημένα κανονική RNAs από ένα νέο σύνολο GNCAs (n = 44) εξετάστηκαν.

Ο πρώτος κλάδος cDNA συνετέθη με τη χρήση 3 μα ολικού RNA με ολίγο (dT)

12-18 (500 μg /ml) σε μια αντίδραση 20 μΙ με σύστημα αντίστροφης μεταγραφάσης Superscript II (Invitrogen, Carlsbad, CA). Τα προϊόντα cDNA στη συνέχεια αραιώθηκαν σε 1:100. Real-time PCR αντιδράσεις πραγματοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα ΑΒΙ Prism 7000 Σύστημα Ανίχνευσης Αλληλουχίας (Perkin-Elmer Applied Biosystems, Foster City, CA). Όλοι οι εκκινητές και ανιχνευτές των επτά γονιδίων στόχων και μια αφυδρογονάση γλυκεραλδεΰδης-3-φωσφορικής γονίδιο εσωτερικού ελέγχου (

GAPDH

) αγοράστηκαν από την Applied Biosystems. Αντιδράσεις qRT-PCR διεξήχθησαν σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [36]. Οι συνθήκες θερμικής κυκλοποίησης περιλαμβάνονται ένα αρχικό βήμα μετουσίωσης στους 95 ° C για 10 λεπτά, 40 κύκλους στους 95 ° C κάθε 15 δευτερόλεπτα για 60 ° C για μία min, και 72 ° C για μία min. έκφραση του γονιδίου αναλύθηκε χρησιμοποιώντας 2

-ΔΔCT αλγόριθμο.

Αποτελέσματα

1. Χαρακτηριστικά ασθενή

Ένα σύνολο των 62 GCA και 72 ασθενείς GNCA αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας τον πίνακα Affymetrix U133A. Τα προσωπικά και κλινικά δεδομένα για τους ασθενείς που μελετήθηκαν συνοψίζονται στον Πίνακα 1 (Κλινικά χαρακτηριστικά για μεμονωμένες περιπτώσεις που μελετήθηκαν εδώ παρουσιάζονται στον Πίνακα S1). Η μέση ηλικία διάγνωσης ήταν τα μέσα της δεκαετίας του ’50, άνδρες κυριάρχησε, και περίπου το ένα τέταρτο είχε οικογενειακό ιστορικό του ανώτερου γαστρεντερικού συστήματος (UGI) καρκίνο (δηλαδή, του οισοφάγου ή γαστρικό καρκίνο στην πρώτη, δεύτερη ή συγγενείς τρίτου βαθμού). Τόσο για την GCA και GNCA, οι περισσότερες περιπτώσεις που μελετήθηκαν ήταν προχωρημένο στάδιο, υψηλής ποιότητας, και εντερικών όγκων τύπο κυττάρων με μετάσταση στους λεμφαδένες. Η διάμεση επιβίωση για τις περιπτώσεις GCA ήταν 20,3 μήνες, και για τις περιπτώσεις GNCA ήταν 27,8 μήνες, που βασίζεται σε ένα σύνολο 50 και 52 θανάτους αντίστοιχα.

Η

2. Ανάλυση σε Κύριες Συνιστώσες της γονιδιακής έκφρασης μικροσυστοιχιών Δεδομένων

χρησιμοποιείται ανάλυση κύριων συνιστωσών (PCA) για να κερδίσει την κατανόηση των παγκόσμιων γονιδιακής έκφρασης αυτών των δειγμάτων. Στην ανάλυση αυτή, αξιολογήσαμε 124 δείγματα από 62 ασθενείς GCA (το καθένα με όγκο και φυσιολογικό ζεύγος) και 144 δείγματα από 72 ασθενείς GNCA (το καθένα με όγκο και φυσιολογικό ζεύγος), καθώς και 106 δείγματα από ασθενείς ESCC (το καθένα με όγκο και φυσιολογικό ζεύγος ) από μια προηγούμενη μελέτη [35]. PCA απεκάλυψε δύο μεγάλες συστάδες των δειγμάτων διαχωρισμό όλων των γαστρικών καρκίνων συνδυάζονται (GCA σε κόκκινο, GNCA μπλε χρώμα) από ESCC (πράσινο) στον άξονα PC1 (Σχήμα 1). Οι δύο συστάδες διαιρέθηκαν περαιτέρω σε φυσιολογικών και καρκινικών ιστών με PC2 (όγκου και φυσιολογικών συμβολίζονται με Τ και Ν, αντίστοιχα). Η διαφορά μεταξύ GCA (κόκκινο) και GNCA (μπλε) ήταν επίσης αξιοσημείωτη, ειδικά για τους φυσιολογικούς ιστούς. Εμείς στη συνέχεια συμπυκνώθηκε για τις αναλύσεις του γαστρικού καρκίνου. PCA του GCA (Εικόνα 2) και GNCA (Σχήμα 3) έδειξαν και πάλι το διαχωρισμό των δειγμάτων σε όγκου (t) και φυσιολογικά (n) συστάδες.

PCA απεκάλυψε δύο μεγάλες συστάδες των δειγμάτων διαχωρισμού γαστρικού καρκίνου (CC [ ,,,0],GCA] στο κόκκινο, Ν = 62? BC [GNCA] σε μπλε, Ν = 72) από την ΕΚ [ESCC] (πράσινο, Ν = 53) στον άξονα PC1. PC2 διαιρούνται περαιτέρω συστάδες σε όγκου (t) και φυσιολογικά (n) δείγματα. (Σημείωση σχετικά με τη συγκρισιμότητα των αποτελεσμάτων έκφραση: Περιπτώσεις ESCC, GCA, και GNCA εντάχθηκαν ταυτόχρονα από ένα μόνο νοσοκομείο, χρησιμοποιώντας ένα κοινό πρωτόκολλο? Δείγματα συλλέχθηκαν, επεξεργασία, αποθηκεύονται και μεταφέρονται με τον ίδιο τρόπο? Και εργαστηριακές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν κατά τη διάρκεια της ίδια χρονική περίοδο, στο ίδιο εργαστήριο, από τον ίδιο τεχνικό προσωπικό, χρησιμοποιώντας την ίδια πλατφόρμα, και την ίδια τεχνική προσέγγιση.).

η

Κόκκινο «t» αντιπροσωπεύει όγκου και πράσινο «ν» αντιπροσωπεύει συμφωνημένα φυσιολογικό ιστό.

Η

Κόκκινο «t» αντιπροσωπεύει όγκου και πράσινο «ν» αντιπροσωπεύει συμφωνημένα φυσιολογικό ιστό.

Η

3. Ταυτοποίηση των γονιδίων Up-ή κάτω-ρυθμίζονται σε GCA και GNCA

Για GCA, συνολικά 367 γονιδίων που εκφράζονται διαφορικά μεταξύ των όγκων και να συνδυαστούν φυσιολογικά δείγματα τους. Από αυτά τα γονίδια, 199 γονίδια ρυθμίστηκαν προς τα πάνω και 168 είχαν ρυθμισμένα προς τα κάτω (εικόνα 4). Για GNCA, συνολικά 383 γονίδια εκφράζονται διαφορικά μεταξύ όγκων και αντίστοιχα δείγματα μη-όγκου, συμπεριλαμβανομένων των 192 γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω και 191 γονιδίων κατάντη ρυθμιζόμενη (Σχήμα 4).

Η

4. Σύγκριση της γονιδιακής έκφρασης σε GCA και GNCA

Συγκρίναμε τα δύο σύνολα των γονιδίων που έδειξαν σημαντικές διαφορές στην έκφραση γονιδίων για GCA και GNCA και εντόπισε 239 γονίδια που απορυθμίζεται τόσο GCA και GNCA, μεταξύ των οποίων 113 ήταν μέχρι – και 126 κάτω-ρυθμιζόμενη (Σχήμα 4 και Πίνακας S2). Επιπλέον, βρήκαμε ότι 128 γονίδια δυσρυθμισμένη μόνο σε GCA (86 ανάντη και 42 ρυθμισμένα προς τα κάτω) (Σχήμα 4 και Πίνακας S3), και 144 γονίδια δυσρυθμισμένη μόνο σε GNCA (79 ανάντη και 65 κάτω-ρυθμιζόμενες) ( Σχήμα 4 και Πίνακας S4).

Μεταξύ των 113 γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω τόσο GCA και GNCA ήταν γονίδια που συνδέονται με σημείου ελέγχου κύκλου κυττάρου (π.χ.,

CDC2, TOP2A

), σηματοδότηση Wnt (π.χ. ,

SULF1

,

SFRP4, LEF1, LAMB1

), προσκόλληση (π.χ.,

FN1

), και η οδός του ΤΟΡ-β (π.χ.,

COL1A1

,

ΟΟΙ_1Α2

,

COL3A1

). Σε αντίθεση, τα 126 κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια κοινά σε τόσο GCA και GNCA εμπλουτίστηκαν σε διεργασίες που εμπλέκονται στο μεταβολισμό (π.χ.,

AADAC

,

CA2

,

CA9

), πέψης (π.χ.,

ATP4A, ATP4B

), καθώς και η ανάπτυξη του γαστρεντερικού ιστού (π.χ.,

GIF

,

MUC5A

,

MUC6

,

TFF1

,

TFF2

) (Πίνακας S2). Τα αποτελέσματα αυτά δείχνουν ότι η GCA και GNCA μοιράζονται πολλά κοινά μονοπάτια αιτιολογικός.

Τα γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω μόνο σε GCA είχαν εμπλακεί στη ρύθμιση του σημείου ελέγχου του κυτταρικού κύκλου (π.χ.,

CCNB1

,

CCNB2

,

CCNE1, CDC25B, SFN

), CXC χημειοκίνη (π.χ.,

CXCL1

,

CXCL10

), και εξωκυτταρική μήτρα (π.χ.,

ΜΜΡ9, ΜΜΡ 11

)? ενώ η GCA-μόνο κάτω-ρυθμίζονται γονίδια που σχετίζονται με την αποτοξίνωση (π.χ.,

GPX3

) και ογκογονίδια (π.χ.,

ΦΩΣ

,

Ιούνιος

) (Πίνακας S3).

Μεταξύ των γονιδίων μεταβάλλεται σημαντικά σε GNCA μόνο, up-ρυθμιζόμενα γονίδια περιλαμβάνονται εκείνα που σχετίζονται με επιθηλιακή-προς-μεσεγχυματικά μετάβασης (π.χ.,

CALD1

,

IGFBP4

) και ακτίνη νήματα ( π.χ.,

DES, FLNA

). Αντίθετα, κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια λειτούργησε στην αποτοξίνωση (π.χ.,

CYP2C9

) και επιθηλιακά επιφάνειες (π.χ.,

MUC1

) (Πίνακας S4).

5. Σχέση μεταξύ Gene Expression και Ασθενών Προσωπικά /Κλινικά Χαρακτηριστικά

Σε GCA, διαφορικά εκφρασμένα γονίδια βρέθηκαν να σχετίζονται με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του UGI (Πίνακας S5A) και λεμφαδένα μετάσταση (Πίνακας S5B), αλλά όχι άλλες χαρακτηριστικά (δηλαδή, το φύλο, το στάδιο του όγκου, βαθμός του όγκου? δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Εξήντα επτά γονίδια ήταν σημαντικά απορυθμίζεται (47 πάνω και 20 κάτω-ρυθμιζόμενες) σε ασθενείς με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του UGI (n = 16 περιπτώσεις) σε σύγκριση με ασθενείς χωρίς τέτοιο ιστορικό (n = 46 περιπτώσεις), αλλά διπλώστε αλλαγές ήταν γενικά μικρό: η μεγαλύτερη αλλαγή φορές μεταξύ των up-ρυθμιζόμενων γονιδίων ήταν 1,39 (δηλαδή,

JDP1

), ενώ τέσσερα κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια (

LMO4

,

ABHD2, LAMA3

,

MAP17

) μειώθηκαν κατά το ένα τρίτο ή και περισσότερο (Πίνακας S5A). Για κλινικά χαρακτηριστικά, εντοπίσαμε 57 γονίδια που ήταν σημαντικά απορρυθμισμένης (9 ανάντη και 48 ρυθμισμένα προς τα κάτω) σε ασθενείς με GCA θετικούς λεμφαδένες (n = 50 περιπτώσεις) σε σύγκριση με αρνητικούς ασθενείς λεμφαδένα (n = 12 περιπτώσεις)? 11 από αυτά τα γονίδια (έξι κατάντη και πέντε up-ρύθμιση) ανήλθε σε 1,5 φορές αλλαγή (Πίνακας S5B).

Για GNCA, 37 γονίδια είχαν σημαντικά διαφορετικά επίπεδα έκφρασης σε οικογενειακό ιστορικό θετικό (n = 16) έναντι αρνητικό (n = 56) περιπτώσεις (Πίνακας S6a), αλλά διπλώστε αλλαγές ήταν λιγότερο από 1,5. Σημαντικές διαφορικά εκφρασμένα γονίδια εντοπίστηκαν επίσης για αρκετές όγκου κλινικά χαρακτηριστικά, συμπεριλαμβανομένων αργά (III /IV) έναντι νωρίς (Ι /ΙΙ) στάδιο (n = 90 γονίδια), και υψηλή (3) έναντι χαμηλή (1/2) βαθμού ( n = 89 γονίδια) (πίνακες S6b και S6c). Μετάσταση λεμφαδένα, το ισχυρότερο κλινική χαρακτηριστικό προγνωστική της επιβίωσης, συσχετίστηκε επίσης με τα επίπεδα έκφρασης σε 57 γονίδια (Πίνακας S6d).

6. Gene Expression και Επιβίωση

Αξιολογήσαμε τη σχέση της έκφρασης RNA για την επιβίωση για κάθε ένα από τα γονίδια /probesets στη μικροσυστοιχία. Για GCA, 20 γονίδια που σχετίζονταν σημαντικά με την επιβίωση (ονομαστική

P

-τιμή & lt? 0,05) από τις δοκιμές log rank (Πίνακας 2). Ένα ενδεικτικό παράδειγμα της καμπύλης επιβίωσης για έναν από αυτά τα γονίδια (

ΜΜΡ9)

φαίνεται στο Σχήμα 5. Έντεκα γονιδίων παρέμεινε σημαντική μετά από περαιτέρω προσαρμογή για συμμεταβλητές σε μοντέλα Cox. Παρόμοιες αναλύσεις για GNCA έδειξε ότι 36 γονίδια που σχετίζονταν σημαντικά με την επιβίωση σε δοκιμές log rank, συμπεριλαμβανομένων 27 που παρέμεινε σημαντική μετά συμμεταβλητή προσαρμογής (Πίνακας 3)? μια καμπύλη επιβίωσης για ένα από τα 36 (

ESRRG

) φαίνεται στο Σχήμα 6.

τελείες κόκκινες γραμμές δείχνουν υψηλή (πάνω από τη μέση) έκφρασης και σπασμένα μπλε γραμμές δείχνουν χαμηλή (κάτω από τη μέση ) έκφρασης.

η

τελείες κόκκινες γραμμές δείχνουν υψηλή (πάνω από τη μέση) έκφρασης και σπασμένα μπλε γραμμές δείχνουν χαμηλή (κάτω από τη μέση) έκφρασης.

η

η

7. Επικύρωση των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων-Χρησιμοποιώντας ποσοτική πραγματικού χρόνου RT-PCR

Πραγματοποιήσαμε πειράματα τεχνική επικύρωση για 12 γονίδια σε 41 από τις 62 περιπτώσεις GCA των οποίων τα δείγματα είχαν ακόμα επαρκή ποσότητα RNA μετά την ολοκλήρωση της μελέτης πίνακα. Τέσσερις up-ρυθμίζεται (

SULFI, CDC2, TOP2A, BUB1B)

και οκτώ κάτω-ρυθμιζόμενη (

CA9, CCKBR, PIK3C2G

,

FOS, ΙΟΥΝ, KLF4

,

, τα γονίδια KLK11 NUCB2

) προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας ποσοτική πραγματικού χρόνου RT-PCR (qRT-PCR). Τα αποτελέσματά μας έδειξαν ότι τα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης ήταν πολύ παρόμοια με τα αποτελέσματα του πειράματος συστοιχίας RNA (Πίνακας 4 και Πίνακας S7).

Η

Για GNCA, εννέα διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων (πέντε επάνω και τέσσερα κάτω-ρυθμιζόμενες) επιλέχθηκαν για την επικύρωση από qRT-PCR. ζεύγη δειγμάτων για 50 από 72 περιπτώσεις που εξετάστηκαν στο τσιπ RNA αξιολογήθηκαν για την τεχνική αντιγραφής και έδειξε αποτελέσματα παρόμοια με εκείνα από τη συστοιχία (Πίνακας 5 και Πίνακας S8a). Επιπλέον, σε συνδυασμό όγκου /φυσιολογικά δείγματα από ένα νέο σύνολο των 44 περιπτώσεων GNCA ελέγχθηκαν για την επικύρωση αντιγραφή. Τα αποτελέσματα ήταν σύμφωνα με αυτά από τα στοιχεία πίνακα έκφραση (Πίνακας 5 και Πίνακας S8b).

Η

Συζήτηση

GCA είναι μία από τις λίγες κακοηθειών που έχει αυξηθεί ραγδαία στις αναπτυγμένες χώρες τα τελευταία ετών για λόγους που δεν αποτελούν ακόμη ανεξήγητη, και τα μοριακά γεγονότα που περιβάλλουν αυτό το γαστρικό καρκίνο παραμένουν σε μεγάλο βαθμό άγνωστες [37], [38]. Για την καλύτερη κατανόηση των μοριακών γεγονότων σε καρκίνο του στομάχου και ανατομικά υποτύπους του, εμείς προφίλ γονιδιακής έκφρασης σε GCA και ασθενείς GNCA από έναν πληθυσμό υψηλού κινδύνου, στην Κίνα, χρησιμοποιώντας μικροσυστοιχίες έκφρασης RNA υψηλής πυκνότητας. Ταυτοποιήσαμε 511 γονίδια των οποίων η έκφραση απορυθμίζεται σε γαστρικό καρκίνο συνολικά, συμπεριλαμβανομένων σχεδόν το ήμισυ (n = 239, 47%) δυσρυθμισμένη τόσο GCA και GNCA, ένα τέταρτο απορρυθμισμένη σε GCA μόνο (n = 128, 25%), και περίπου το ένα τέταρτο σε GNCA μόνο (n = 144, 28%). Ενώσεις με οικογενειακό ιστορικό UGI υπαινιγμό καρκίνο σε γενετική προδιάθεση στην αιτιολογία, ενώ οι ενώσεις με κλινικά χαρακτηριστικά και την επιβίωση υποδεικνύουν πιθανούς θεραπευτικούς στόχους για περαιτέρω αξιολόγηση.

Οι κοινοί up-ρυθμιζόμενα γονίδια εντοπίστηκαν εμπλέκονται σε πολλά μονοπάτια που σχετίζονται με το ανάπτυξη του καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του κυτταρικού κύκλου, την κυτταρική ανάπτυξη και τον πολλαπλασιασμό, το σημείο ελέγχου του κυτταρικού κύκλου, εξωκυτταρική αναδιαμόρφωση μήτρας και αγγειογένεση (π.χ., σηματοδότηση Wnt και του κυτταρικού κύκλου οδούς σημείου ελέγχου, όπως

SULF1, SFRP4, LEF1, TOP2A,

και

CDC2

[26], [26], [27], [39] – [41], και η ιντεγκρίνη μονοπάτι σηματοδότησης (

ARPC1B

,

COL1A1

,

COL4A1

,

FN1

, και

LAMB1))

. Ορισμένα γονίδια σχετίζονται επίσης με προσαρμοστικές άνοσες αποκρίσεις (π.χ.,

CD14

) και μετάσταση όγκου (π.χ.,

CD9

). Οι κοινές κάτω-ρυθμιζόμενα γονίδια βρίσκονται σε GCA και GNCA είναι συνεπείς με άλλες μελέτες για τον καρκίνο του στομάχου, χρησιμοποιώντας μικροσυστοιχίες, όπως

AKR1B10

,

ALDH3A1

,

ATP4B

,

CA2

,

IGFBP2

,

KLF4

,

MUC5AC

,

MUC6

,

TFF1

, και

TFF2

[25], [29], [39]. Τα γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω στη μελέτη μας ασχολούνται κυρίως με μεταβολικές οδούς, την ανάπτυξη πεπτικού συστήματος, ή του βλεννογόνου ακεραιότητα. Πολλά γονίδια πιστεύεται ότι έχουν ειδικές λειτουργίες στο γαστρικό επιθήλιο, όπως

PGC

και

GIF

, υπονοώντας ότι αποδιαφοροποίηση είναι ένα κοινό χαρακτηριστικό της καρκινογένεσης [26].

BUB1B

είναι ένα γονίδιο σημείο ελέγχου ατράκτου συναρμολόγηση. Μια πρόσφατη έκθεση από μια υπόθεση με πολλές γαστρεντερικές νεοπλασίες, συμπεριλαμβανομένου του γαστρικού αδενοκαρκινώματα, εντοπίστηκε βλαστική ομόζυγη ιντρονική μετάλλαξη στο

BUB1B

, με χαμηλά επίπεδα

BUB1B

mRNA και πρωτεΐνης στα λεμφοκύτταρα και ινοβλάστες, προτείνοντας ότι

BUB1B

είναι ένα γονίδιο ευαισθησίας για αυτό τον όγκο [40]. Στη μελέτη μας

BUB1B

ήταν up-ρυθμίζεται τόσο GCA (2,56 φορές) και GNCA (2,11 φορές), η οποία είναι αντίθετη με την έκθεση περίπτωση που αναφέρει, γεγονός που υποδηλώνει ότι θα ήταν χρήσιμο να διερευνηθεί

BUB1B

κατάσταση μετάλλαξης σε GCA μας και ασθενείς GNCA.

Για γονιδίων απορυθμίζεται σημαντικά σε GCA μόνο, οφείλουμε να παρατηρήσουμε μερικά ενδιαφέροντα παραδείγματα εδώ.

SOX9

έδειξε 2.13 φορές αλλαγή σε ασθενείς GCA αλλά καμία σημαντική αύξηση των κρουσμάτων GNCA.

SOX9

(που βρίσκεται στο 17q24.3-q25.1) θεωρείται ότι παίζει σημαντικό ρόλο στον καθορισμό του φύλου και σηματοδοτεί τον πληθυσμό προδρόμων κυττάρων κατά την αντικατάσταση φυσιολογικών κυττάρων, συμπεριλαμβανομένου του αναγεννητική διαδικασία μετά από τραυματισμό [41], [42 ]. Η έκφραση του

SOX9

έχει προηγουμένως αναφερθεί σε διάφορα όργανα όπως το πάγκρεας και το έντερο [41], αλλά όχι στομάχι. Μία πρόσφατα δημοσιευμένη μελέτη διαπίστωσε ότι «

SOX9

σηματοδοτεί ένα υποθετικό πληθυσμό κυττάρων ενήλικα βλαστικά που συμβάλλει στην αυτο-ανανέωση και την επισκευή του ήπατος, εξωκρινείς του παγκρέατος και εντέρου, τρία όργανα της ενδοδερμικής προέλευσης» [41].

COL2A

είναι μια ρυθμιστική στόχος υποψήφιος του

SOX9

[42]. Σε περιπτώσεις GCA μας,

COL2A1

ήταν κάτω-ρυθμιζόμενη (πάσο αλλαγής 0,27), η οποία μπορεί να είναι αποτέλεσμα της

SOX9

πάνω ρύθμιση.

Μερικά από τα differentially- εκφρασμένα γονίδια που αναφέρθηκαν σε GCA επίσης απορυθμίζεται σε ένα παρόμοιο μοτίβο όπως του οισοφάγου καρκινώματα πλακωδών κυττάρων (ESCC) εξετάζονται από αυτόν τον ίδιο πληθυσμό υψηλού κινδύνου, όπως

CDC25B

και

ΟΟΙ_1Α2

[43]. Αυτή η ομοιότητα υποδηλώνει ότι παρά τις διαφορές τους σε κυτταρικό τύπο, GCA και ESCC από αυτόν τον πληθυσμό υψηλού κινδύνου της Κίνας πιθανότατα μοιράζονται κοινές γενετικές ή /και περιβαλλοντικών παραγόντων στην αιτιολογία τους. Αποδεικτικά στοιχεία για μια κοινή γενετική επιρροή είναι εμφανής από τα αποτελέσματα μιας πρόσφατης μελέτης σύνδεσης γονιδιώματος σε επίπεδο που βρέθηκε μια κοινή θέση ευαισθησίας στο

PLCE1

τόσο για GCA και ESCC [19].

Μεταξύ των γονιδίων σημαντικά απορυθμίζεται σε GNCA μόνο,

DES

είναι η μόνη που έδειξε μια διαφορετική κατευθυντικότητα έκφρασης σε GNCA (3,24 φορές η αλλαγή) από GCA (0,85 φορές η αλλαγή).

DES (δεσμίνη

στο 2q35) κωδικοποιεί δεσμίνη, ένα μυ-ειδική πρωτεΐνη του κυτταροσκελετού βρίσκονται σε ομαλή, καρδιακή, και την καρδιά τους μυς. Εντοπίσαμε πολλά γονίδια που συνδέονται με νημάτια ακτίνης, όπως

FLNA

,

ACTN1

,

SVIL

και

TPM1

. Αρκετά γονίδια απορυθμίζεται μόνο σε GNCA επίσης σχετίζονται με την εξωκυττάρια μήτρα, όπως

EMILIN1

και

TNC

. Μελέτες για

TNC

έδειξε ότι πάνω ρύθμιση του

TNC

πρόσφυση διαταράσσεται υπόστρωμα κυττάρων [44].

Ένας άλλος σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν να διερευνήσει τον τρόπο έκφρασης των γονιδίων στο όγκοι διέφερε μεταξύ των ασθενών με διαφορετικές κλινικές φαινοτύπους. Παρά το γεγονός ότι έχουμε εντοπίσει ένα μεγάλο αριθμό ενώσεων σε καθορισμένο

P μας

-τιμή κατωφλίου των 0.005, μόνο τρεις παρέμεινε σημαντική μετά από διόρθωση Bonferroni για πολλαπλές συγκρίσεις (δηλαδή,

P

& lt? 2.36E-06 ). Οι πιο σημαντικές συσχετίσεις ήταν για

COL11A1

και

ITGAX

με το στάδιο του όγκου σε GNCA, και

UNG

με μετάσταση, επίσης, σε GNCA.

COL11A1

[45] και

ITGAX

[46] έχουν και οι δύο ήταν στο παρελθόν που σχετίζονται με το στάδιο του όγκου για άλλες μορφές καρκίνου (π.χ., μελάνωμα, μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα), αλλά δεν υπάρχουν αναφορές για

UNG

και μετάσταση.

Θα επιδιωχθεί επίσης να αξιολογήσει την επιβίωση κατά την έκφραση του γονιδίου για γονίδια που ήταν σημαντικά απορυθμισμένη. Μεταξύ των 20 γονίδια που σχετίζονται με την επιβίωση GCA και τα 36 γονίδια που σχετίζονται με GNCA επιβίωση ήταν μόλις τρία γονίδια που επικαλύπτονται –

CTSB

,

LEPR

, και

LipF

. Οι πιο σημαντικές στατιστικές συσχετίσεις που παρατηρήθηκαν με την επιβίωση (

P

& lt? 0,01 σε δοκιμές log-rank) ήταν για

COL11A1, CTSB

, και

ΜΜΡ9

για GCA, και

ADA

,

ESRRG

, και

LHFP

για GNCA. Παρά το γεγονός ότι καμία μελέτη δεν έχει ακόμη δημοσιευθεί στην

COL10A1

,

ADA

, ή

LHFP

και την επιβίωση του καρκίνου,

CTSB

[47] και

MMP9

[48] και οι δύο έχουν στο παρελθόν που σχετίζονται με την επιβίωση σε γαστρικό καρκίνο, ενώ

ESRRG

έκφρασης έχει συσχετισθεί με την επιβίωση στον καρκίνο του προστάτη [49].

Συμπέρασμα

Αυτή είναι η πρώτη έκθεση επικεντρώθηκε στην παγκόσμια έκφραση του γονιδίου σε GCA και GNCA σε έναν πληθυσμό υψηλού κινδύνου από Shanxi της Κίνας.