Αφηρημένο

Η συχνότητα του καρκίνου του παχέος εντέρου (CRC) αυξάνει με την ηλικία και την πρώιμη έναρξη δείχνει μια αυξημένη πιθανότητα για την γενετική προδιάθεση για την ασθένεια αυτή. Τα σωματικά γενετική της ανάπτυξης του όγκου σε σχέση με την ηλικία του ασθενούς παραμένει ως επί το πλείστον άγνωστη. Εξετάσαμε την κατάσταση μετάλλαξης του πέντε γνωστών καρκίνο κρίσιμων γονιδίων σε σχέση με την ηλικία κατά τη διάγνωση, και σε σύγκριση με το γενωμικό πολυπλοκότητα των όγκων από νεαρούς ασθενείς χωρίς γνωστή σύνδρομα CRC με εκείνα από ηλικιωμένους ασθενείς. Μεταξύ των 181 ασθενών CRC, στρωματοποιημένη κατά μικροδορυφόρων κατάσταση αστάθειας, αλλαγές στην αλληλουχία του DNA εντοπίστηκαν σε

KRAS

(32%),

BRAF

(16%),

PIK3CA

(4 %),

PTEN

(14%) και

TP53

(51%). Σε ασθενείς ηλικίας κάτω των 50 ετών (n = 45),

PIK3CA

μεταλλάξεις δεν έχουν παρατηρηθεί και

TP53

μεταλλάξεις ήταν πιο συχνές από ό, τι στις μεγαλύτερες ηλικιακές ομάδες. Ο συνολικός δείκτης μετάλλαξη του γονιδίου ήταν χαμηλότερη σε όγκους από τους νεότερους ασθενείς. Σε αντίθεση, η πολυπλοκότητα του γονιδιώματος, αξιολογούνται ως αριθμός αντιγράφων εκτροπές, ήταν υψηλότερη σε όγκους από τους νεότερους ασθενείς. Ένα συγκρίσιμο αριθμό των όγκων από τους νέους (& lt? 50 χρόνια) και ασθενείς ηλικίας (& gt? 70 ετών) ήταν τετράκλινα αρνητική για τα τέσσερα προγνωστικά δείκτες γονίδιο (

KRAS-BRAF-PIK3CA-PTEN

)? Ωστόσο, το 16% των νέων έναντι μόνο 1% των παλαιών ασθενών είχαν μεταλλάξεις του όγκου σε

PTEN /PIK3CA

αποκλειστικά. Αυτό σημαίνει ότι οι δοκιμές μετάλλαξης για την πρόβλεψη της ανταπόκρισης στη θεραπεία EGFR μπορεί να περιορίζεται σε

KRAS

και

BRAF

σε ηλικιωμένους (& gt? 70 ετών) ασθενείς. Διακριτές γενετικές διαφορές που διαπιστώθηκαν σε όγκους από νέους και ηλικιωμένους ασθενείς, τα οποία είναι συγκρίσιμα για γνωστή κλινική και παθολογική μεταβλητές, δείχνουν ότι οι νέοι ασθενείς έχουν ένα διαφορετικό προφίλ γενετικού κινδύνου για την ανάπτυξη CRC από ηλικιωμένους ασθενείς

Παράθεση:. Berg Μ, Danielsen Α.Ε., Ahlquist Τ, Merok MA, Ågesen Θ, Vatn ΜΗ, et al. (2010) DNA Ακολουθία Προφίλ του καρκίνου του παχέος εντέρου κρίσιμο γονίδιο Set

KRAS-BRAF-PIK3CA-PTEN-TP53

σχετίζονται με την ηλικία στην έναρξη της νόσου. PLoS ONE 5 (11): e13978. doi: 10.1371 /journal.pone.0013978

Επιμέλεια: Kelvin Yuen Kwong Chan, το Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ, Κίνα

Ελήφθη: 21 Ιουν, 2010? Αποδεκτές: 14 του Οκτωβρίου του 2010? Δημοσιεύθηκε: 12 Νοεμ 2010

Copyright: © 2010 Berg et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη χρηματοδοτήθηκε από επιχορηγήσεις από το νορβηγικό Αντικαρκινική Εταιρεία (https://www.kreftforeningen.no/english) με το RAL (Αριθμός επιχορήγηση 95.068 /RAL, συμπεριλαμβανομένων των επιχορηγήσεων PhD στην ΕΔΕ, MB και THA, και Ταχυδρομείων επιχορήγηση doc σε TA), και επιχορηγήσεις από το Ίδρυμα νορβηγικό Υγείας και Αποκατάστασης (https://www.helseogrehab.no/) μέσω του EXTRA κεφαλαίων (αριθμός επιχορήγηση HF-52015/002) για την ΕΤΕ Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Η συχνότητα του καρκίνου του παχέος εντέρου (CRC, MIM # 114500) έχει αυξηθεί στον δυτικό κόσμο, συμπεριλαμβανομένης της Νορβηγίας κατά τη διάρκεια των τελευταίων 50 ετών [1]. CRC βρίσκεται συνήθως σε ηλικιωμένα άτομα με μέση ηλικία κατά την έναρξη των 70 χρόνων, και μόνο περίπου πέντε τοις εκατό όλων των περιπτώσεων διαγιγνώσκονται σε ασθενείς ηλικίας κάτω των 50 ετών. Οι Κληρονομική σύνδρομα όπως οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση (FAP, MIM # 175100) και το σύνδρομο Lynch (HNPCC, MIM # 120435) που βρίσκονται σε λιγότερο από πέντε τοις εκατό του συνόλου CRCs [2]. Αν και πρώιμη έναρξη της νόσου είναι γενικά αποδεκτό ότι είναι ενδεικτική ενός δυνητικού γενετικού κινδύνου, οι περισσότεροι νέοι στην έναρξη περιπτώσεις θεωρούνται ως σποραδικές ως καμία γνωστή γενετική προδιάθεση βρίσκεται [3]. Λίγες μελέτες έχουν επικεντρωθεί στην ανάπτυξη σωματικών όγκου σε νέους ασθενείς που δεν είναι γνωστό κληρονομήσει σύνδρομα [4] – [6]

κινάσης τυροσίνης υποδοχέα (RTK) σηματοδότηση είναι απαραίτητη για τη διατήρηση του μεταβολισμού, τον πολλαπλασιασμό, την επιβίωση και την κινητικότητα. ενός κυττάρου [7]. Έτσι, τα σφάλματα σε συστατικά που ρυθμίζονται από υποδοχέα κινασών τυροσίνης (RTKs) που παρατηρείται συχνά σε ανθρώπινους καρκίνους [8], [9]. Τα ογκογονίδια

KRAS

(HGNC: 6407),

BRAF

(HGNC: 1097), και

PIK3CA

(HGNC: 8975) και το ογκοκατασταλτικό γονίδιο

PTEN

(HGNC: 9588). επηρεάζονται όλα ως απάντηση σε κυτοκίνες, αυξητικούς παράγοντες και ορμόνες σηματοδότησης μέσω RTK

Τόσο

KRAS

και

BRAF

έχει αποδειχθεί ότι έχουν ενεργοποιώντας μεταλλάξεις σε ~ 70% των CRCs [10], που οδηγεί στην αυτόνομη ERK σηματοδότησης [11], [12]. Μεταλλάξεις σε εξαρτήματα στην οδό ΡΙ3-κινάσης έχουν αναφερθεί ως μεταλλαχθεί σε -40% το CRC [13], και αναλύσεων του γενωμικού τοπίο των όγκων CRC έχουν δείξει την οδό ΡΙ3Κ να επηρεαστεί κατά τρόπο στατιστικά σημαντικά [14]. Σε δύο από αυτά τα συστατικά,

ΡΤΕΝ

και

PIK3CA

, μεταλλάξεις οδηγούν σε συστατική ενεργοποίηση του μονοπατιού ΡΙ3Κ από συσσώρευση φωσφατιδυλινοσιτόλης (3,4,5) τριφωσφορικής (PIP

3) , η οποία στη συνέχεια καταλύει την φωσφορυλίωση της ΑΚΤ. Η ενεργοποιημένη κινάση ΑΚΤ σερίνης-θρεονίνης ρυθμίζει ένα ευρύ φάσμα πρωτεϊνών στόχων που εμπλέκονται σε μία ποικιλία οδών κατάντη σηματοδότησης [15]. Μεταξύ AKTs κατάντη στόχων είναι το ογκοκατασταλτικό γονίδιο

TP53

(HGNC: 11998), ένας παράγοντας μεταγραφής που ενσωματώνει πληροφορίες από πολλούς διαφορετικούς τύπους κυτταρικό στρες, και να εκτελέσει κατάντη απαντήσεις κατάλληλες για τη συγκεκριμένη είσοδο [16].

TP53

διαπιστωθούν μεταλλαχθεί σε περίπου το ήμισυ του συνόλου του παχέος καρκινώματα [17]

Κατάσταση MSI στον πρωτογενή όγκο έχει προγνωστική επίδραση σε ασθενείς με CRC [18] – [20]..

KRAS

και

TP53

κατάσταση έχει συσχετιστεί με την κλινική τελικά σημεία, ο πρώην μόνο με αδύναμα ένωση σε μεγαλύτερες σειρές και το τελευταίο, μόνο εάν οι υποομάδες μεταλλάξεις που θεωρούνται [21] – [23] . Πρόσφατα, μια μελέτη έχει δείξει ότι

PIK3CA

μεταλλάξεις μπορεί να φέρει προγνωστικές πληροφορίες σε στάδια όγκου Ι-ΙΙΙ [24]. Αυτό το είδος των πληροφοριών που δεν έχει δημοσιευθεί για το

PTEN

μεταλλάξεις.

Η μεταστατική θεραπεία της νόσου στόχευση του EGFR έχει βρεθεί να είναι αποτελεσματική μόνο εάν

KRAS

και

BRAF

δεν είναι μεταλλαγμένα [25]. Ωστόσο, ακόμη και μεταξύ των ασθενών με άγριου τύπου

KRAS

και

BRAF δεν

όλα ανταποκριθεί σε αυτήν την θεραπεία [26,26]. Τον τελευταίο καιρό, έχει προταθεί ότι αυτό μπορεί να οφείλεται σε μεταλλάξεις στο

PIK3CA

και

PTEN

, δηλαδή μόνο τετράκλινα μετάλλαξη αρνητικούς όγκους θα ανταποκρίνονται στη θεραπεία [26] – [29].

στην παρούσα μελέτη έχουμε σε σύγκριση με το καθεστώς μετάλλαξη DNA αλληλουχία των γονιδίων

KRAS

,

BRAF

,

PIK3CA, PTEN

, και

TP53

σε δείγματα όγκων από ασθενείς ηλικίας κάτω των 50 ετών κατά τη διάγνωση και χωρίς γνωστές κληρονομικές σύνδρομα, και κατανεμημένες ανάλογα με την κατάσταση MSI και ηλικιωμένους ασθενείς CRC.

Αποτελέσματα

κλινικοπαθολογοανατομικές στοιχεία για ολόκληρη τη σειρά (n = 181), χωρίζονται σε τρεις ηλικιακές ομάδες, παρουσιάζονται στον πίνακα 1.

Η

μικροδορυφορικοί instability- και γονιδιακής μετάλλαξης κατάσταση

Η MSI- και μετάλλαξη-συχνότητες του αναλύονται τα γονίδια που παρουσιάζονται στον πίνακα 1, και ένας χάρτης θερμότητας που αντιπροσωπεύει δεδομένα μετάλλαξης για όλα τα δείγματα παρουσιάζεται στο Σχήμα 1. στη γενική σειρά, MSI βρέθηκε στο 18% των δειγμάτων, που κυμαίνονται από 13% στην & lt? 50 ηλικιακή ομάδα στην 20% στο & gt? 70 ηλικιακή ομάδα. MSI συσχετίστηκε με εντοπισμένο νόσου, Πίνακας S1. Τα γονίδια μεταλλάχθηκαν εντός του αναμενόμενου εύρους συχνοτήτων. Οι συχνότητες μετάλλαξης για κάθε γονίδιο ανεξάρτητα, και τις συχνότητες των συνδυασμών μεταλλάξεων στα γονίδια που ελέγχθηκαν, ήταν εξίσου κατανεμημένα μεταξύ όλα τα στάδια. Οι διαφορές αποδίδεται σε ηλικία κατά την έναρξη επεσήμανε παρακάτω.

Κατανομή των μεταλλάξεων στο γονίδιο σύνολο

KRAS-BRAF-PIK3CA-PTEN-TP53

, και την κατάσταση MSI, σε κάθε ηλικιακή ομάδα. Χρωματική κωδικοποίηση: σκούρο μπλε = MSI, γαλάζιο = MSS, κόκκινο = μετάλλαξη, πράσινο = άγριου τύπου, λευκό = δεν ανιχνεύθηκε

Η

Συνολικά, εννέα διαφορετικές μεταλλάξεις παρατηρήθηκαν σε

KRAS

, που επηρεάζουν κωδικόνια 12, 13 και 61. Είκοσι οκτώ όγκοι είχαν το

BRAF

αλλαγή V600E. Οκτώ

PIK3CA

μεταλλάξεις εντοπίστηκαν στα εξώνια εννέα και είκοσι. Δεκατέσσερις και δεκαπέντε όγκοι είχαν

PTEN

μεταλλάξεις και διαγραφές, αντίστοιχα. Ενενήντα τρεις όγκοι είχαν

TP53

μεταλλάξεις. Λεπτομέρειες όλων των μεταλλάξεων που παρατηρούνται, μπορεί να βρεθεί στον Πίνακα S2.

Η σύγκριση των ηλικιακών ομάδων

Οι σχέσεις μεταξύ των κλινικών και των μεταλλάξεων των παραμέτρων σε κάθε ηλικιακή ομάδα δίνονται στον Πίνακα S1. Για όλες τις ηλικίες, MSI-όγκοι ήταν πιο συχνά σε εντοπισμό του όγκου δεξιάς. Στην παλαιότερη ομάδα ασθενών MSI και

BRAF

μεταλλάξεις στατιστικά σημαντική συσχέτιση (

P

& lt? 0.001). Καμία τέτοια συσχέτιση βρέθηκε στο & lt? 50 ηλικιακή ομάδα. Οι όγκοι MSI εντός του & lt? Ηλικιακή ομάδα των 50, η ηλικιακή ομάδα 51-70 και το & gt? 70 ηλικιακή ομάδα είχε το 17%, 54% και 79%

BRAF

μεταλλάξεις, αντιστοίχως (

P

= 0.04). Επιπλέον, μεταξύ των έξι όγκους MSI στο & lt?. 50 της ομάδας μόνο τα μισά από τα δείγματα μεταφέρονται μεταλλάξεις στα γονίδια που αναλύθηκαν, ενώ μεταξύ MSI όγκους στις άλλες δύο ηλικιακές ομάδες, όλα τα δείγματα που εμφανίζονται μία ή περισσότερες μεταλλάξεις

KRAS

μεταλλάξεις βρέθηκαν σε 57 (32%) των όγκων στη συνολική σειρά. Οι συχνότητες μετάλλαξης ήταν ελαφρώς διαφορετικές μεταξύ των ηλικιακών ομάδων, Πίνακας 1. Οι περισσότερες από τις μεταλλάξεις που βρέθηκαν στα κωδικόνια 12 (68%) και 13 (28%) ανεξάρτητα από την ηλικιακή ομάδα. Οι κωδικόνιο 61 μεταλλάξεις βρέθηκαν μόνο σε δείγματα από την & gt?. 70 ηλικιακή ομάδα

KRAS

και

BRAF

μεταλλάξεις ήταν αλληλοαποκλείονται στο σύνολο της σειράς. Η συχνότητα των μεταλλάξεων του όγκου είτε σε

KRAS

ή

BRAF

αυξάνεται με την ηλικία του ασθενούς, τόσο κατά τη σύγκριση των ηλικιακών ομάδων και με την ηλικία ως συνεχής μεταβλητή.

Παραδόξως, κανένας από οι όγκοι στο & lt? 50 ηλικιακή ομάδα είχε

PIK3CA

μεταλλάξεις, ενώ πέντε (7%) και τρεις (4%) βρέθηκαν στην ομάδα 51-70 και & gt?. 70 της ομάδας, αντίστοιχα

Δεκαοκτώ

ΡΤΕΝ

μεταλλάξεις εντοπίστηκαν σε επτά από εννέα εξόνια (δεν μεταλλάξεις παρατηρήθηκαν στο εξώνιο 4 και 9). Οι μεταλλάξεις παρατηρήθηκαν σε όλες τις ηλικιακές ομάδες, όπως ήταν η περίπτωση για

PTEN

διαγραφές. Διαγραφές ανιχνεύεται από MLPA βρέθηκαν σε οκτώ τοις εκατό των δειγμάτων στο σύνολο, και συνύπαρξη διαγραφής και τροποποιήσεων ανιχνεύεται με αλληλούχιση βρέθηκαν σε τρεις όγκους. Συνολικά, το 14% των όγκων είχαν ένδειξη για απομείωση

PTEN

λειτουργία. Η συχνότητα των

PTEN

εκτροπές δεν έδειξε στατιστικά σημαντική διαφορά μεταξύ των ομάδων ηλικίας? 18%, 10% και 16% σε & lt? 50 ομάδα, 51-70 ομάδας και & gt?. 70 της ομάδας, αντίστοιχα

Ο αριθμός των

TP53

μεταλλαγμένα όγκους διέφερε μεταξύ των τριών ηλικιακές ομάδες (

P

= 0,02). Αυτή η διαφορά ήταν επίσης σημαντική κατά την ανάλυση μόνο οι όγκοι MSS, (

P =

0,03). Μεταλλάξεις ήταν περισσότερο εμφανής στον τομέα δέσμευσης DNA, που κωδικοποιείται από εξώνια 5-8, και μόνο περίπου πέντε τοις εκατό των μεταλλάξεων παρατηρήθηκαν στο εξόνιο 4 και εξόνιο 11. Επιπλέον, στο & lt? Ηλικιακή ομάδα των 50,

ΤΡ53

μεταλλάξεις και MSI ήταν αλληλοαναιρούνται, και αντιστρόφως ανάλογη με την gt 51-70 και &?. 70 ομάδες, αντίστοιχα

Γονιδιώματος πολυπλοκότητα και η σειρά μεταλλάξεων

Για ένα υποσύνολο των δειγμάτων (n = 41) υψηλής ανάλυσης σύνολο δεδομένων του αντιγράφου αλλαγές αριθμός που προκύπτει από τον πίνακα συγκριτικών στοιχείων υβριδοποίησης γονιδιώματος (aCGH) ήταν διαθέσιμη (Roche NimbleGen, 385 000 ολιγο σειρά καθετήρα) [30]. Όπως έχει ήδη δημοσιευθεί [30], βρήκαμε την & lt? 50 ομάδα να έχει ένα σημαντικά μεγαλύτερο αριθμό εκτροπών από το & gt? 70 ομάδα, ακόμη και αν το συνολικό τμήμα του γονιδιώματος με εκτροπές ήταν παρόμοια στις δύο ομάδες, Πίνακα 2. Ένας διαφορά στην πολυπλοκότητα βρέθηκε επίσης στο επίπεδο του γονιδίου, η οποία αξιολογείται ως δείκτης μετάλλαξη: στην ομάδα των ηλικιωμένων κάθε ασθενής είχε 1,5 μεταλλάξεις κατά μέσο όρο, σε σύγκριση με 1,0 στη νεότερη ηλικιακή ομάδα. Η κατανομή των σταδίων όγκου ήταν κάπως λοξά μεταξύ των δύο ομάδων. Ωστόσο, ούτε το ποσοστό της γονιδιωματικής εκτροπές, ούτε τον αριθμό των μεταλλάξεων διέφερε μεταξύ των σταδίων του όγκου.

Η

Κλινική ενώσεις

Δεν παρατηρήθηκε διαφορά στην επιβίωση βρέθηκε συγκρίνοντας τις ηλικίες, ακόμη και κατά την προσαρμογή για το στάδιο του όγκου κατά τη διάγνωση. Υπήρχε μια τάση που η αναλογία του ορθού όγκων μειώθηκε με την αύξηση της ηλικίας (

P

= 0,08), και οι νεότεροι ασθενείς έτειναν να έχουν ένα πιο προχωρημένο στάδιο του όγκου από ηλικιωμένους ασθενείς. Η επικράτηση του σταδίου III-IV όγκων ήταν 54%, 46%, και 36% στις & lt? 50, 51-70 και & gt?. 70 ομάδες, αντίστοιχα

Στο σύνολο σύνολο του δείγματος, το στάδιο του όγκου ήταν το πιο ισχυρό προγνωστικό μεταβλητής σε σχέση με τριετή συνολική επιβίωση, (

P

& lt? 0.001). Στην μονοπαραγοντική ανάλυση, οι ασθενείς με

TP53

μεταλλαγμένα όγκοι είχαν φτωχότερα τα ποσοστά επιβίωσης από ό, τι οι ασθενείς με άγριου τύπου

TP53

, 938 ± 31 ημέρες έναντι 1016 ± 23 ημέρες (

P

= 0.04), αντίστοιχα. Ωστόσο, η διαφορά αυτή δεν ήταν σημαντική κατά τη διόρθωση για το στάδιο του όγκου.

TP53

μεταλλάξεις ήταν υψηλότερη προγνωστική σημασία στη σωστή όψης όγκους, 1051 ± 26 ημέρες έναντι 883 ± 65 ημέρες για αγρίου τύπου και μεταλλαγμένα

TP53

, αντίστοιχα (

P

= 0.005).

Μεταξύ των ασθενών στη νεότερη ηλικιακή ομάδα, τα άτομα με

KRAS

μετάλλαξη είχαν σημαντικά μικρότερη επιβίωση από τους ασθενείς με

KRAS

δείγματα άγριου τύπου, 841 ± 101 ημέρες έναντι 1.033 ± 35 ημέρες (

P

= 0,02), αντίστοιχα. Κανένα από τα άλλα μεταλλάξεων παραμέτρους έδειξε καμία στατιστικά σημαντική διαφορά σε σχέση με την επιβίωση, ούτε εντός, ούτε μεταξύ των ηλικιακών ομάδων.

Συζήτηση

Βρήκαμε ότι η κατάσταση μετάλλαξης ενός γνωστού συνόλου γονίδιο του καρκίνου ποικίλλει σε ασθενείς CRC ανάλογα με την ηλικία κατά την έναρξη της νόσου, και να παρέχουν περαιτέρω απόδειξη των διαφορών στην σωματική ανάπτυξη των όγκων σε νέους και ηλικιωμένους ασθενείς.

Μικροδορυφορικοί αστάθεια κατάσταση

σε όλες τις ηλικιακές ομάδες, MSI ήταν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με το δεξί όψης όγκους, όπως αναμένεται [18], [18], [31,32]. Η συχνότητα της MSI στην παρούσα σειρά ήταν κάπως υψηλότερη από ό, τι αναφέρθηκε αλλού [33], [34], η οποία εξηγείται καλύτερα από μια τυχαία υπερβολική της δεξιάς όγκων στη συνολική σειρά. Ωστόσο, για την ομάδα των ασθενών ηλικίας μικρότερης των 50 ετών κατά τη διάγνωση η συχνότητα που παρατηρήθηκαν ήταν ελαφρώς χαμηλότερη από την αναμενόμενη [33], η οποία εν μέρει μπορεί να εξηγηθεί από τον αποκλεισμό των ασθενών με γνωστή σύνδρομα CRC σε αυτή τη μελέτη.

ασθενείς ηλικίας κάτω των 50 ετών, μόνο 50% των δειγμάτων MSI μεταλλάχθηκαν σε μία ή περισσότερες από τα γονίδια που αναλύθηκαν, ενώ σε ασθενείς ηλικίας άνω των 50, όλα τα δείγματα MSI εμφανίζεται γονίδιο αλλοιώσεις. Επιπλέον,

BRAF

μεταλλάξεις δεν ήταν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με το MSI στο & lt? Ομάδα 50 χρόνια, σε αντίθεση με ό, τι αναμενόταν [35]. Η μετάλλαξη στο

BRAF

V600E παρατηρείται για να προκαλέσει ρύθμιση προς τα κάτω των βασικών γονιδίων επιδιόρθωσης του DNA [36], με το δυναμικό να προκαλέσει MSI στο κύτταρο, που εξηγούν αυτή την συσχέτιση. Ως

Οι BRAF

μεταλλάξεις δεν έχουν παρατηρηθεί σε όγκους από ασθενείς με σύνδρομο Lynch [37], δεν μπορούμε να αποκλείσουμε ότι η MSI /

BRAF

δείγματα άγριου τύπου στην παρούσα σειρά είναι από κλινικά απαρατήρητα σύνδρομο Lynch ασθενών.

μεταλλάξεις γονιδίων

οι μεταλλάξεις συχνότητες στο

KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN

, και

TP53

βρέθηκαν να είναι μέσα έχουν αναφερθεί στο παρελθόν εύρος υποστήριξης η αντιπροσωπευτικότητα της σειράς [38].

η συνύπαρξη των

BRAF

και

KRAS

μεταλλάξεις θεωρείται ότι είναι ασυμβίβαστη με τον πολλαπλασιασμό, ως εκ τούτου, μια αρνητική επιλογή για την ταυτόχρονη ύπαρξη των και οι δύο μεταλλάξεις [12]. Κάναμε επιβεβαιώνουν μια αντίστροφη συσχέτιση μεταξύ μεταλλάξεων αυτών των δύο γονιδίων [39]. Επιπλέον, ένας αυξανόμενος αριθμός των όγκων είτε με

μετάλλαξη KRAS ή BRAF

παρατηρήθηκε με την αύξηση της ηλικίας, σε συμφωνία με μια πρόσφατη έκθεση σχετικά με τους νέους ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου [6].

Στο συνολική σειρά, οι όγκοι εμφανίζουν

BRAF

V600E ήταν συνήθως

TP53

άγριου τύπου και

PTEN

μεταλλαχθεί (Πίνακας S1), η οποία ήταν επίσης η περίπτωση για όγκους στο εσωτερικό της & gt? 70 ηλικιακή ομάδα. Έτσι, «

BRAF

V600E,

TP53

κ.β.,

PTEN

mut» μπορεί να θεωρηθεί ως ένα χαρακτηριστικό των γνήσιων σποραδικών όγκων.

σε σύγκριση με την αναφερόμενη 14% συχνότητα

PIK3CA

μεταλλάξεις σε ορθοκολικό καρκίνωμα στην κοσμική βάση δεδομένων [38], η τρέχουσα σειρά δείχνει μόνο το 4% μεταλλάξεις. Αυτό μπορεί εν μέρει να εξηγηθεί από το γεγονός ότι η τρέχουσα σειρά είναι εμπλουτισμένη με δείγματα από νέους ασθενείς, και οι όγκοι τους δεν είχαν

PIK3CA

μεταλλάξεις. Ωστόσο, η τελευταία αυτή παρατήρηση είναι σε αντίθεση με τις δύο προηγούμενες μελέτες [6], [40] ότι οι εκθέσεις δύο /μία ασθενείς ηλικίας κάτω των 50 ετών, με

PIK3CA

μεταλλάξεις. Οι διαφορετικές μεθοδολογίες που χρησιμοποιούνται, τον τύπο του δείγματος, φορμόλη σταθερό ή φρέσκο ​​κατεψυγμένο ιστό, και το μέγεθος της σειράς μπορεί να εξηγήσει εν μέρει αυτή τη διαφορά στη συχνότητα μετάλλαξης μεταξύ των μελετών. Μετάλλαξη είτε στο ογκογονίδιο

PIK3CA

ή το ογκοκατασταλτικό γονίδιο

ΡΤΕΝ

μπορεί να οδηγήσει σε μια συσσώρευση PIP

3, και κατάντη ενεργοποίηση ΑΚΤ. Ωστόσο, δεδομένου ότι μία αλλαγή αλληλουχίας σε

ΡΤΕΝ

υπονοεί ένα υπόλοιπο άγριου τύπου αλλήλιο, πρόσθετη μετάλλαξη ενεργοποίησης στο ίδιο μονοπάτι μπορεί να είναι επωφελής για τα κύτταρα του όγκου [41]. Βρήκαμε 32 όγκους με μεταβολή (ες) σε κάθε ένα από

PIK3CA

ή /και

PTEN

, μεταξύ των οποίων επτά όγκους με διάφορους

PTEN

εκτροπές. Ολόκληρη η αλληλουχία κωδικοποίησης του

ΡΤΕΝ

έχει διερευνηθεί [42] – [48], αλλά καμία από τις μελέτες έχουν ερευνήσει όγκους από νεαρούς ασθενείς ειδικά. Για τις γνώσεις μας, αυτό συνδυάζοντας η πρώτη έκθεση

PTEN

ολόκληρη δεδομένα ακολουθία κωδικοποίησης με το ακαθάριστο μοτίβο διαγραφή στο CRC από διαφορετικές ηλικιακές ομάδες.

Το

TP53

συχνότητα μετάλλαξης ήταν σημαντικά υψηλότερη στην & lt? 50 ηλικιακή ομάδα, σε σχέση με τις άλλες ηλικιακές ομάδες, η οποία εξηγείται καλύτερα από την υψηλότερη συχνότητα της αριστερής και του ορθού στο & lt? 50 ηλικιακή ομάδα. Όπως ήταν αναμενόμενο,

TP53

μεταλλάξεις που σχετίζονται με όγκους MSS, καθώς και η σημαντική διαφορά μεταξύ των ομάδων ηλικίας ήταν εξακολουθεί να ισχύει κατά την ανάλυση μόνο MSS όγκους.

Ένας δείκτης μετάλλαξη υπολογίστηκε και όγκους από ηλικιωμένους ασθενείς βρέθηκαν να έχουν συσσωρεύσει περισσότερες αλλαγές γονιδιακή αλληλουχία από αυτές από τους νέους ασθενείς (1,5 έναντι 1,0), οι οποίες μπορεί να υποδεικνύουν μια χρονική διαφορά στην ανάπτυξη του όγκου.

Διακριτές γενετικό make-up των όγκων από τους νέους και τους ηλικιωμένους ασθενείς

από τα στοιχεία aCGH σε ένα υποσύνολο των 41 δειγμάτων, παρατηρήσαμε ότι οι ασθενείς ηλικίας κάτω των 50 ετών είχαν σημαντικά περισσότερες εκτροπές στους όγκους τους, από ό, τι οι ασθενείς & gt? 70 χρόνια έκανε,

δηλαδή

. ένα υψηλότερο βαθμό γενωμικού πολυπλοκότητας. Αντιθέτως, όπως αναφέρθηκε ανωτέρω, οι όγκοι από ηλικιωμένους ασθενείς είχαν τον υψηλότερο δείκτη γονιδιακής μετάλλαξης, έστω και αν αυτή η ομάδα περιλαμβάνεται λιγότερες προχωρημένα στάδια. Στο σύνολό τους, μπορεί κανείς να υποθέσει ότι μεταξύ των νεαρών ασθενών, υπάρχουν φορείς με γενετική προδιάθεση επηρεάζουν τα γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες που εξασφαλίζουν την ορθή διαχωρισμό των χρωμοσωμάτων κατά τη διάρκεια της μίτωσης, και όχι συγκεκριμένων οδών.

Bardelli

et al.

[29] ανέφεραν ότι οι ασθενείς με μεταστατική νόσο που είναι «τετραπλή αρνητική» στο

KRAS-BRAF-PIK3CA-PTEN

σετ γονιδίων έχουν την υψηλότερη πιθανότητα απάντηση στην αντι-EGFR θεραπείες. Ωστόσο, επί του παρόντος μόνο

KRAS

δοκιμή συνιστάται πριν από την απόφαση σχετικά με την εν λόγω θεραπεία, και

BRAF

δοκιμές είναι προαιρετική [49].

Στην παρούσα σειρά της πρωτογενούς καρκίνους, συχνότητες μετάλλαξης σε αυτά τα τέσσερα γονίδια, κατανεμημένα ισομερώς μεταξύ όλων των σταδίων του όγκου. Ως εκ τούτου, έχουμε τον ακόλουθο υπέθεσαν τον αριθμό των δυνητικών ανταποκρίθηκαν με βάση ολόκληρη σύνολο δεδομένων (Σχήμα 2). Κατά την εξέταση των όγκων με μειωμένη

PTEN

και /ή μεταλλαγμένο

PIK3CA

αποκλειστικά, η νεαρότερη ηλικιακή ομάδα εμφανίζεται στο 16% (n = 7) μεταλλάξεις, σε σύγκριση με 1,4% (n = 1), η παλαιότερο ηλικιακή ομάδα. Αυτό σημαίνει ότι για τους ηλικιωμένους ασθενείς,

KRAS

και

BRAF

κατάσταση μετάλλαξης και μόνο θα αποκαλύψει το 98% των ασθενών ακατάλληλο για αντι-EGFR θεραπείας, σε σύγκριση με 71% σε ασθενείς & lt? 50 χρόνια . Η επίδραση των μεταλλάξεων στο

PIK3CA

και

PTEN

συζητούνται σε σχέση με αντι-EGFR θεραπείας [26], [28], [29]. Παρόλα αυτά, αν κατάστασης μεταλλάξεων τους δεν επηρεάζει σχετικά με την επίδραση των αντι-EGFR αγωγή, οι νεότεροι ασθενείς αναμένεται να έχουν ένα ακόμη μεγαλύτερο ποσοστό των δυνητικών ανταποκρίθηκαν σε αυτό το είδος της θεραπείας από τους ασθενείς μεγαλύτερης ηλικίας (Σχήμα 2).

Ποσοστό-σοφός κατανομή των εκτροπών για

KRAS

,

BRAF

,

PIK3CA

και

PTEN

και τους συνδυασμούς τους, στο & lt? 50 ηλικιακή ομάδα και & gt? 70 ηλικιακή ομάδα. Ασθενείς αρνητική για όλες τις μεταλλάξεις (τετράκλινα αρνητικό) είναι εν δυνάμει ανταποκρίθηκαν στην αντι-EGFR-θεραπεία. (Τροποποιημένο από Bardelli

et al.

[

29

])

Η

Σύνδεσμος σε κλινικά δεδομένα

Η συνεχόμενη δείγμα σειρά ορθοκολικού καρκινώματος από ένα μόνο νοσοκομείο έδειξε συνολική κατανομή των κλινικοπαθολογοανατομικών δεδομένων όπως αναμένεται για μια νορβηγική ομάδα [1]. Το ποσοστό των καρκίνων του ορθού μειώθηκε με την αύξηση της ηλικίας κατά την έναρξη, ενώ η αντίθετη τάση παρατηρήθηκε για δεξιάς όγκους, όπως αναφέρθηκε από τους άλλους [50], [51]. Επιπλέον, ένα μεγαλύτερο μέρος των ασθενών που έχουν διαγνωστεί πριν την ηλικία των 50 ετών είχαν πιο προχωρημένο στάδιο της νόσου σε σύγκριση με τις μεγαλύτερες ηλικιακές ομάδες. Αυτό μπορεί να αντικατοπτρίζει το γεγονός ότι CRC είναι απροσδόκητο σε νεαρούς ενήλικες και τα συμπτώματα παραμεληθεί τόσο από τον ασθενή και τον ιατρό [52]. Αναφορές των νεαρών ασθενών με καρκίνο του παχέος διαφέρει σε σχέση με επιθετικότητα της νόσου, και ως εκ τούτου το αποτέλεσμα [3], [52], [53]. Ωστόσο, στην παρούσα μελέτη, η τριετής συνολική επιβίωση ήταν ίση σε τρεις ηλικιακές ομάδες, ακόμη και κατά την προσαρμογή για το στάδιο του όγκου. Αυτό μπορεί να σημαίνει μια πιο επιθετική νόσο σε νεαρούς ασθενείς, όπως οι ηλικιωμένοι αναμένεται να έχουν υψηλότερο ποσοστό θνησιμότητας. Επιπλέον, η παρατηρούμενη υψηλότερο βαθμό πολυπλοκότητας γενωμικού σε όγκους από νεαρά έναντι ηλικιωμένους ασθενείς επίσης μπορεί να είναι ενδεικτική της διαφοράς σε επιθετικότητα. Θα πρέπει να σημειωθεί, ότι οι νέοι ασθενείς που περιλαμβάνονται δεν είναι φορείς των γνωστών ορθοκολικό καρκίνο σύνδρομα σύμφωνα με μόνο κλινικά κριτήρια.

Η προγνωστική και προβλεπτική αξία των

TP53

εξακολουθεί να είναι αμφιλεγόμενη [54]. Σε ασθενείς σύνολο δεδομένων μας με

TP53

μεταλλάξεις είχαν σημαντικά μικρότερη επιβίωση από τους ασθενείς άγριου τύπου. Επιπλέον, για τους ασθενείς με δεξιάς ή MSI όγκους

TP53

μεταλλάξεις έδειξε ακόμη μεγαλύτερη προγνωστική αξία, σύμφωνα με τα αποτελέσματα που αναφέρθηκαν από το

TP53

-CRC συνεργατική ομάδα μελέτης [55].

σε μια πρόσφατη μελέτη,

PIK3CA

μεταλλάξεις βρέθηκαν να χρησιμεύσει ως υποκατάστατο δείκτες για την κακή επιβίωση σε ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου [24]. Όπως λίγοι

PIK3CA

μεταλλάξεις παρατηρήθηκαν στο σύνολο του δείγματος μας, δεν θα μπορούσαμε να επιβεβαιώσει αυτά τα αποτελέσματα. Ωστόσο, οι μεταλλάξεις βρέθηκαν μόνο σε δείγματα από ασθενείς μεγαλύτερης ηλικίας, και δεν ήταν παρόντες σε ασθενείς με απομακρυσμένες μεταστάσεις, και μόνο λίγα ΙΙΙ ασθενείς σταδίου. Έτσι, τα στοιχεία μας δείχνουν ότι

PIK3CA

μεταλλάξεις είναι σημαντικές για την καρκινογένεση στους ηλικιωμένους ασθενείς, αλλά δεν χρησιμεύουν ως δείκτης για την ικανότητα να κάνουν μετάσταση.

Συμπέρασμα

Έχουμε βρέθηκαν σαφείς διαφορές στο γενετικό make-up των καρκινωμάτων από τους νέους και τους ηλικιωμένους ασθενείς. Οι όγκοι από τους νέους ασθενείς τους οποίους δεν είναι φορείς των γνωστών κληρονομικών συνδρόμων CRC έχουν λιγότερες μεταλλάξεις γονιδίων, αλλά πιο εκτροπές αριθμό αντιγράφων σε όλη την γονιδίωμα. Αυτά τα στοιχεία υποδηλώνουν ότι ορισμένοι νέοι ασθενείς μπορεί να έχουν δυνητικό αυξημένο κίνδυνο για καρκίνο που προκαλείται από αλλαγές στο γονίδιο (-α) που συμμετέχουν στη διατήρηση της σωστής διαχωρισμό των χρωμοσωμάτων.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

Γραπτή ενημερωμένη συγκατάθεση λήφθηκε από όλα τα άτομα που περιλαμβάνονται. Οι ερευνητικές βιοτράπεζες καταχωρηθεί σύμφωνα με την εθνική νομοθεσία και τις ερευνητικές μελέτες έχουν εγκριθεί από την Περιφερειακή Επιτροπή για την Ιατρική Έρευνα Ηθικής (REK South-East: 1.2005.1629? REK Νότια, 2003: S-02126)

Ασθενείς. και δείγματα όγκων

ένα σύνολο 181 ασθενών που συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη,

δηλαδή

μια συνεχόμενη σειρά 132 ασθενών εμπλουτιστεί με μια σειρά 49 ασθενών με νόσο σε νεαρή ηλικία (& lt? 50 χρόνια ). Οι Κάθε σειρά περιγράφονται στις ακόλουθες παραγράφους. Τα κλινικά δεδομένα συλλέχθηκαν προοπτικά. δεδομένα θάνατο ανακτήθηκαν είτε από τα αρχεία του νοσοκομείου ή από τον πληθυσμό Μητρώο νορβηγικά. Τα κλινικά και παθολογικά δεδομένα από αυτές τις δύο σειρές παρουσιάζονται στον Πίνακα S3.

Διαδοχική σειρά (n = 132).

Οι ασθενείς που υποβάλλονται σε εκλεκτική εκτομή του παχέος αδενοκαρκινώματος το 2005-2007 στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο του Όσλο , Aker, Όσλο, είχαν συμπεριληφθεί. Ασθενείς με FAP- ή σύνδρομο Lynch εξαιρέθηκαν με βάση κλινικά κριτήρια. Ιστός όγκου έγινε δειγματοληψία αμέσως μετά την εκτομή του δείγματος και αμέσως καταψύχθηκαν σε υγρό άζωτο. Όλα τα δείγματα ιστού αξιολογήθηκαν από έναν παθολόγο για τη δημιουργία διαφοροποίηση ποιότητας του περιεχομένου καρκινικών κυττάρων και όγκων.

σειρά πρώιμη έναρξη (n = 49).

Τα δείγματα από μια βιοτράπεζα από ένα πολυ-νοσοκομείο μελέτη (INFAC μελέτη – τα άτομα με οικογενή κίνδυνο για καρκίνο), συμπεριλαμβανομένου του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου του Όσλο, Aker, Όσλο και πέντε άλλα νοσοκομεία στην ίδια γεωγραφική περιοχή της Νορβηγίας είναι εγγεγραμμένοι 2.003 έως 2.008, συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη. Τα κριτήρια ένταξης στην INFAC-μελέτη ήταν ηλικίας & lt? 55 χρόνια, με εξαίρεση εκείνα που πληρούσαν τα κριτήρια όλων των γνωστών συνδρόμων CRC. Ιστός όγκου και τα αντίστοιχα φυσιολογικά δείγματα βλεννογόνου ελήφθησαν από τα εκτομή δείγμα στο θέατρο λειτουργία και αμέσως επωάστηκαν σε RNAlater. Ο ιστός μεταφέρθηκε σε νέους σωλήνες μετά 36-72 ώρες, και αποθηκεύεται στους μείον 80 ° C μέχρι τη χρήση. DNA από φυσιολογικών και καρκινικών ιστών εκχυλίστηκε, και χρησιμοποιήθηκε για ανάλυση.

Δείγματα περιλαμβάνονται στην ανάλυση CGH.

Για ένα υποσύνολο των ασθενών (n = 41) τα δεδομένα από aCGH αναλύσεις ήταν διαθέσιμα. Αυτό το υποσύνολο περιελάμβανε 24 ασθενείς ηλικίας κάτω των 50 ετών, και 17 ηλικίας άνω των 70 ετών κατά αρχική διάγνωση. Τα κλινικά και μεταλλάξεων δεδομένα για αυτούς τους ασθενείς παρουσιάζονται στον Πίνακα S2.

Ομαδοποίηση των ασθενών ανάλογα με την ηλικία.

Ασθενείς από τη σειρά πρώιμη έναρξη περιλήφθηκαν να εμπλουτίσει τον αριθμό των ασθενών έναρξης νωρίς το συνολικό σύνολο του δείγματος. επιλέχθηκαν ασθενείς από την πρώιμη έναρξη της σειράς για να ταιριάζει με ασθενείς ηλικίας κάτω των 55 ετών για τη διαδοχική σειρά σε σχέση με το φύλο, την μέση ηλικία, το στάδιο του όγκου και τον εντοπισμό, τον Πίνακα S3. Στη συνέχεια, τα δείγματα από τις δύο σειρές που συνδυάστηκαν και διαιρέθηκαν σε τρεις ομάδες ηλικιών? ηλικίας κάτω των 50 ετών 51 έως 70 ετών και άνω των 70 ετών, που αναφέρεται ως & lt? 50, 51-70 και & gt? 70, αντίστοιχα. Η μέση ηλικία κατά την αρχική διάγνωση ήταν 70 χρόνια στην διαδοχική σειρά, και ότι επιλέχθηκε ως αποκοπής για το παλαιότερο ηλικιακή ομάδα. Η αποκοπή για τη νεαρότερη ηλικιακή ομάδα ορίστηκε σε 50 χρόνια, από τις αρχές του εμφάνιση μπορεί να οφείλεται σε κληρονομική γενετικούς παράγοντες, και μόνο περίπου 5% του συνόλου των CRC έχουν διαγνωστεί πριν από 50 ετών. Οι όγκοι στο εγγύς κόλον με την σπληνική καμπή ορίστηκαν ως δεξιάς: εκείνες στο υπόλοιπο κόλον θεωρήθηκαν ως αριστερής πλευράς ενώ ορθού ορίστηκε ως 15 cm από το πρωκτικό χείλος όταν μετριέται με ένα άκαμπτο proctoscope. Εντοπισμένη νόσο ορίστηκε για UICC /AJCC στάδια Ι και ΙΙ και περιφερειακών ασθένεια για τα στάδια III και IV.

Μικροδορυφορικοί αστάθεια ανάλυση

Για όλους τους ασθενείς, όγκου και αντίστοιχο φυσιολογικό ιστό ή αίμα αναλύθηκε χρησιμοποιώντας οι δείκτες Bethesda [56]. Η ανάλυση πραγματοποιήθηκε όπως περιγράφεται από τους Wu

et al.

[57]. Υψηλός βαθμός αστάθεια μικροδορυφόρου (MSI-H) στο DNA του όγκου, σε σύγκριση με αντίστοιχο φυσιολογικό DNA, ορίστηκε εάν δύο ή περισσότεροι δείκτες έδειξαν αποκλίνον προφίλ κορυφή μετά από ανάλυση θραύσμα. Αν τόσο το κανονικό δείγμα και το δείγμα όγκου από έναν ασθενή έδειξε το ίδιο μοτίβο για όλους τους δείκτες, ο όγκος θεωρήθηκε μικροδορυφορικού σταθερό (MSS). Ανάλυση

Μετάλλαξη για KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN και TP53

για

BRAF

και

KRAS

, ενεργοποιώντας μεταλλάξεις στις θέσεις γνωστό ότι φέρουν συχνά αλλαγές έχουν αναφερθεί [11], [58]. Στην

PIK3CA

μεταλλάξεις γονιδίων σε ορθοκολικούς καρκίνους συμπλέγματος στα εξόνια 9 και 20 [59], και για

ΤΡ53

και

Οι ΡΤΕΝ

μεταλλάξεις που αναφέρονται σε ολόκληρη την αλληλουχία κωδικοποίησης [ ,,,0],17], [60].

Για

TP53

και

PTEN

, η συνολική κωδική αλληλουχία ενισχύθηκε σε multiplex PCR αντιδράσεις, χρησιμοποιώντας πολλαπλή PCR kit όπως συνιστάται από τον πωλητή (QIAGEN, GmbH, Hilden, Γερμανία) [30], [60]. Αντιδράσεις Singleplex PCR χρησιμοποιώντας HotStar Taq (QIAGEN) χρησιμοποιήθηκαν για να ενισχύσουν

PIK3CA

,

KRAS

και

BRAF

αμπλικόνια [10], [59], [61]. Σε

PIK3CA

εξώνια 9 και 20 ενισχύθηκαν, στο

KRAS

, εξώνια 2 και 3, συμπεριλαμβανομένων και των συχνά μεταλλαγμένα κωδικόνια 12, 13 και 61, και

BRAF

εξόνιο 15, συμπεριλαμβανομένης της μετάλλαξης στο κωδικόνιο 600, ενισχύθηκαν. Τα εναύσματα, τους όρους και τις λεπτομέρειες κομμάτι τρέχει περιγράφονται στον Πίνακα S4.

PCR προϊόντα καθαρίστηκαν χρησιμοποιώντας στήλες Sephadex (Millipore, Billerica, ΜΑ, ΗΠΑ και η GE Healthcare, Chalfont St.Giles, UK) πριν από την ενσωμάτωση της χρωστικής σημασμένο ddNTP και αλληλούχιση του DNA για την Analyzer 3730 (Applied Biosystems, Foster City, CA, ΗΠΑ) [30]. Σε περιπτώσεις όπου εντοπίστηκε μια μετάλλαξη, ένα νέο ανεξάρτητο προϊόν της PCR υποβλήθηκε σε αλληλούχιση για να επιβεβαιωθεί το αποτέλεσμα.

Multiplex απολίνωση-εξαρτώμενη ενίσχυση καθετήρα (MLPA) του PTEN

κιτ

Salsa MLPA P225- Β2 PTEN (MRC Ολλανδία, Άμστερνταμ, Ολλανδία) χρησιμοποιήθηκαν σύμφωνα με τις οδηγίες από τον διανομέα. Συνολικά, 25 ανιχνευτές καλύψει το

PTEN

γονίδιο, τουλάχιστον δύο ανιχνευτές για κάθε μία από τις εννέα εξώνια. Επίσης, 10 ανιχνευτές που βρίσκονται αλλού στο χρωμόσωμα 10, και επιπλέον 12 ανιχνευτές αναφοράς που βρίσκεται στην άλλη χρωμοσώματα χρησιμεύει ως έλεγχοι. Τα ενισχυμένα θραύσματα αναλύθηκαν σε DNA Analyzer 3730 (Applied Biosystems). Ανεπεξέργαστα δεδομένα αναλύθηκαν με Coffalyzer® (MRC Ολλανδία) με τις προεπιλεγμένες ρυθμίσεις. Cutoffs των 1.2 και 0.8 χρησιμοποιήθηκαν για τη βαθμολόγηση των κερδών και ζημιών, αντίστοιχα, εκτός από την ατομική αξιολόγηση του οικοπέδου από κάθε δείγμα. Αυτή η βαθμολόγηση προσδιορίζεται σύμφωνα με τον ακόλουθο υπολογισμό: κέρδος ένα αντίγραφο ή απώλεια σε 60% των κυττάρων σε έναν όγκο τριπλοειδή ισούται 1.2 και 0.8, αντίστοιχα. Τουλάχιστον δύο γειτονικές ανιχνευτές, που βρίσκεται στο ίδιο εξώνιο, με ταυτόχρονη κέρδος ή ζημία, περιορίστηκαν για την ανάθεση παρεκκλίνουσα αριθμό αντιγράφων σε μια περιοχή.

Στατιστικές αναλύσεις

Οι κλινικές μεταβλητές εξετάστηκαν για ενώσεις με μετάλλαξης αποτελέσματα για όλα τα γονίδια που αναλύθηκαν, και όλα τα γονίδια που ελέγχθηκαν για ενδο-σχεσιακή ενώσεις. Όλες οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του πακέτου λογισμικού PASW 17.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, ΗΠΑ). ακριβής δοκιμασία του Fisher χρησιμοποιήθηκε για cross-πίνακα μεταβλητών.