Αφηρημένο

μεταβοτροπικού υποδοχέα γλουταμικού 1 (GRM1) σηματοδότηση έχει ενοχοποιηθεί σε καλοήθεις και κακοήθεις παθήσεις, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του προστάτη (PCA). Για να διερευνήσουν περαιτέρω το ρόλο των γενετικών αλλοιώσεων του

GRM1

στη ΣΕΣ, θα προβληθεί το σύνολο του ανθρώπινου

GRM1

γονίδιο συμπεριλαμβανομένων κωδικοποίησης κόμβων ακολουθία, εξόνιο-ιντρόνιο, και πλευρικές αμετάφραστες περιοχές (UTRs) για το παρουσία των μεταλλάξεων και πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (SNPs) σε διάφορες κυτταρικές σειρές προστάτη και να συνδυαστούν με όγκο φυσιολογικούς ιστούς από Καυκάσου Αμερικανοί (ΑΠ) και Αφροαμερικανοί (AAS). Χρησιμοποιήσαμε αμφίδρομη αλληλουχίας, αλληλο-ειδικό PCR, και της βιοπληροφορικής για τον προσδιορισμό των γενετικών αλλαγών στο

GRM1

και να προβλέψουν το λειτουργικό τους ρόλο. Ένα μυθιστόρημα παρερμηνεύσιμη μετάλλαξη που εντοπίζονται σε C1744T (582 Pro & gt? Ser) θέση του

GRM1

γονιδίου σε ένα πρωτογενές κύτταρο γραμμή AA-προστάτη (E006AA) είχε προβλεφθεί να επηρεάσει τη σταθερότητα της πρωτεΐνης και των λειτουργιών. Μια άλλη νέα μετάλλαξη που προσδιορίζονται στο εξόνιο-ιντρονίου διασταύρωση του εξονίου-8 στην κυτταρική σειρά C4-2B οδήγησε σε αλλοίωση του

GRM1 Ιστοσελίδα ματίσματος δότη. Επιπλέον, βρήκαμε παρανοηματικές SNP στο T2977C (993 Ser & gt? Pro) θέση και πολλαπλούς μη-κωδικοποίησης μεταλλάξεις και SNPs σε 3′-UTR του

GRM1

γονιδίου σε κυτταρικές σειρές και ιστούς PCa. Αυτές οι νέες μεταλλάξεις μπορούν να συμβάλλουν στην ασθένεια με μεταβολές στην

GRM1

γονίδιο ματίσματος, η ενεργοποίηση του υποδοχέα, και προς τα κάτω σηματοδότηση μετά τον δέκτη

Παράθεση:. Ali S, M Shourideh, Koochekpour S (2014) ταυτοποίηση νέων

GRM1

μεταλλάξεις και πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου στον καρκίνο του προστάτη κυτταρικές σειρές και ιστούς. PLoS ONE 9 (7): e103204. doi: 10.1371 /journal.pone.0103204

Επιμέλεια: Mohammad Saleem, Hormel Ινστιτούτο, το Πανεπιστήμιο της Μινεσότα, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 16 Απρ 2014? Αποδεκτές: 25, Ιουν 2014? Δημοσιεύθηκε: 25 του Ιούλη 2014

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης, χωρίς όλα τα πνευματικά δικαιώματα, και δεν μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, να μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο λόγο. Το έργο γίνεται διαθέσιμα υπό την Creative Commons CC0 αφοσίωση δημόσιο τομέα

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Οι συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. Η εργασία αυτή χρηματοδοτήθηκε από R01MD005824, R21CA183892, και επιχορηγήσεις R21CA181152 με το Δρ Shahriar Koochekpour. Πρόσθετη στήριξη παρασχέθηκε από Roswell Park Cancer Institute και το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου επιχορήγησης # P30 CA016056. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

σηματοδότηση Γλουταμινικό οδηγεί στην ενεργοποίηση πολλαπλών κατάντη καταρράκτες σηματοδότησης. Αυτές οι καταρράκτες κατάντη σηματοδότησης περιλαμβάνουν (ί) ενεργοποίηση του συνδέτη διαύλων ιόντων (γνωστή ως ιονοτροπικούς υποδοχείς γλουταμινικού (iGluRs)) και εισροή Ca

2+ και /ή Κ + ιόντα

στο κεντρικό και περιφερικό νευρικό σύστημα [ ,,,0],1], (ii) ενεργοποίηση μεταβοτροπικών υποδοχέων γλουταμικού (mGluRs) είναι γνωστή ως υποδοχείς συζευγμένοι με πρωτεΐνη (GPCRs) και δεύτερα μονοπάτια αγγελιοφόρος όπως φωσφολιπάση C (PLC), φωσφοϊνοσιτιδίου 3 κινάση /ρετροϊό AK θύμωμα /mTOR (ΡΙ3Κ /ΑΚΤ /mTOR) [2], και (iii) την ενεργοποίηση του G-πρωτεΐνη-ανεξάρτητες οδούς μεταγωγής σήματος, ενεργοποιημένη με μιτογόνο πρωτεϊνική κινάση (ΜΑΡΚ) και πρωτεϊνική κινάση C (PKC) /ERK1 /2 οδών [3], [4]. Τελευταία δύο καταρράκτες σηματοδότησης, PI3K /AKT /mTOR και ΜΑΡΚ /ΕΚΚ έχουν εκτενώς εμπλακεί σε πολλαπλές καρκίνους του ανθρώπου και να τονίσει το ρόλο της σηματοδότησης γλουταμικού σε ογκογένεση [4]

mGluRs περιλαμβάνει ένα βασικό χαρακτηριστικό της αρχιτεκτονικής:. Ένα μεγάλο bi-λοβωτά εξωκυτταρικό αμινο-τελική περιοχή (ATD), επίσης γνωστή ως «ΔΙΩΝΑΊΑ» με μια ειδική αλληλουχία 24 αμινοξέων για θέση δέσμευσης του γλουταμικού, ένα 70 αμινοξέων πλούσια σε κυστεΐνη περιοχή (CRD) που απαιτείται για διμερισμό μετά την ενεργοποίηση, που ακολουθείται με κλασικό επτά άλφα-ελικοειδή διαμεμβρανική περιοχή, και μία ενδοκυτταρική κυτοπλασμική επικράτεια ουρά (CTD) [5]. Διάφορες ισομορφές της Ομάδας Ι mGluRs (mGluR1) έχουν ταυτοποιηθεί ανάλογα με το μήκος του C-τερματικού τομέα [5]. Αυτό Ο-τερματικό πεδίο περιλαμβάνει ένα μοτίβο πλούσια σε προλίνη Homer1 πρόσδεσης (ισομορφή α), η οποία περιλαμβάνει σε περίπλοκα αλληλεπιδράσεις μεταξύ πρωτεϊνών και ο σχηματισμός συμπλόκου με μεταγενέστερα μόρια [6]. Η αποκοπή του CTD οδηγεί στην απώλεια του μοτίβου δέσμευσης Homer1 σε ισόμορφα b-d και έτσι επηρεάζει την αλληλεπίδραση με άλλα μόρια σηματοδότησης καθοδικά και τις οδούς [5]. Παρουσία διαφορετικών ισομορφών μήκος του

GRM1

γονίδιο με διαφορετικό ρόλο στην επακόλουθη ενεργοποίηση των οδών κατάντη σηματοδότησης, τονίζουν τη σημασία των μηχανισμών ματίσματος στο

GRM1

λειτουργίας των γονιδίων [5].

mGluRs σηματοδότηση αρχικά εμπλακεί στον κυτταρικό πολλαπλασιασμό κυττάρων γλοιώματος [7] και της ανάπτυξης μελανώματος [8] είτε σε

in vitro

ή

in vivo

μελέτες και στη συνέχεια αυτός ο υποδοχέας έχει δειχθεί ότι παίζουν κρίσιμο ρόλο σε διάφορους τύπους καρκίνων [9], [10], [11], [12] ογκογόνος λειτουργία του mGluR1 φάνηκε από την επαγωγή του μετασχηματισμένου φαινοτύπου με υπερέκφραση του

GRM1

γονίδιο στα μελανοκύτταρα [13] . Ομοίως, σε προηγούμενη μελέτη μας, μελετήσαμε την έκφραση της mGluR1 στην πρωτοβάθμια και μεταστατικές κυτταρικές σειρές και ιστούς [10] του προστάτη. PCa ανάπτυξη κυττάρων της εξάρτησης από τα

GRM1

-signalling καταδείχθηκε επίσης με αποκλεισμό γλουταμινικού ή χρήση της ριλουζόλης, ως ανταγωνιστής GRM1 ή ένας αναστολέας της απελευθέρωσης γλουταμινικού. Η ριλουζόλη μείωσε την PCa κύτταρα πολλαπλασιασμός, μετανάστευση, εισβολή, και επαγόμενη απόπτωση, όπως φαίνεται από την αυξημένη επίπεδο έκφρασης του διασπασμένη κασπάση 9, -7, -3, PARP, και phopho-Η2ΑΧ

Ser139 [10].

Σωματικές μεταλλάξεις έχουν ταυτοποιηθεί σε διάφορους τομείς του mGluRs, συμπεριλαμβανομένων πεδίο σύνδεσης συνδετήρα, πεδίο διαμεμβράνης και κυτοσολικά τομέα σε διάφορους τύπους καρκίνου [4]. Εσφαλμένου νοήματος μεταλλάξεις του mGluR εντοπίζονται σε διάφορους τομείς μπορεί να έχει βιολογική σημασία σε καρκίνους. Στην πραγματικότητα, έχουν σωματικές μεταλλάξεις στα mGluRs έχουν αναφερθεί για την προώθηση του καρκίνου του μαστού, το μελάνωμα, και ανάπτυξη καρκίνωμα νεφρικών κυττάρων και την εξέλιξη

in vivo

[11], [12], [14]. Esseltine και συνάδελφος [15] μελέτησαν τις λειτουργικές συνέπειες των πολλαπλών νοηματικές μεταλλάξεις εντοπίζονται σε διαφορετικούς τομείς του mGluRs σε διάφορους τύπους καρκίνων περιλαμβανομένων του αδενοκαρκινώματος του πνεύμονα, καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων, υψηλού βαθμού αστροκύτωμα, και καρκίνων του μαστού. Αυτές οι νοηματικές μεταλλάξεις σε διάφορους τομείς της mGluRs επηρεάζουν την έκφραση του υποδοχέα και παρέχουν επιλεκτικό πλεονέκτημα σε διαφορετικά μονοπάτια κατάντη σηματοδότησης (π.χ., PI3K /Akt /mTOR, ERK1 /2 ενεργοποίηση) και αλλαγές στην κυτταρική μορφολογία.

Υπάρχουν μερικές αναφορές για GRM1 μεταλλάξεων και πολυμορφισμών μοναδικού νουκλεοτιδίου (SNPs) σε κυτταρικές σειρές του προστάτη ή ιστούς. Οι μελέτες αυτές περιορίζονται σε αλληλούχιση ολόκληρου exome και ανάλυση μεταγραφικό. Αυτές οι υψηλές αναλύσεις απόδοσης δεν είναι σε θέση να προσδιορίσει κόμβους ιντρονίου-εξονίου ή μη-κωδικοποίησης παραλλαγών και απαιτούν περαιτέρω πειραματική επιβεβαίωση των προσδιοριζόμενων μεταλλάξεις. Επιπλέον, αυτές οι μελέτες δεν περιλαμβάνουν αφροαμερικάνων (ΑΑ) δείγματα -PCa και κυτταρικές γραμμές για GRM1 μετάλλαξη ή ανίχνευση SNP. Για να ξεπεραστούν αυτοί οι περιορισμοί, εμείς διαλογή πλήρους μήκους GRM1 γονίδιο συμπεριλαμβανομένων όλων εξώνια, κόμβους εξονίων-ιντρονίων, και συνοδευτικά μη-κωδικοποιητικές 5 ‘και 3’-αμετάφραστες περιοχές (UTRs) για τον εντοπισμό γενετικών αλλοιώσεων σε αρκετές κυτταρικές σειρές προστάτη και συμφωνημένα όγκου -τις κανονικές ιστούς σε συμφωνίες σύνδεσης και του Καυκάσου Αμερικανοί (ΑΠ). Εντοπίσαμε νέες μεταλλάξεις και SNPs στο γονίδιο GRM1. Λειτουργικές συνέπειες αυτών των μεταλλάξεων είχαν προβλεφθεί με βάση τα διαθέσιμα online εργαλεία βιοπληροφορικής.

Υλικά και Μέθοδοι

τηλέφωνα Γραμμές

Θα προβληθεί το γονιδιακό DNA των δέκα κυτταρικές σειρές προστάτη (PC-3 , E006AA, DU-145, MDA-PCa2b, 22RV1, LAPC4, vcap, CWR-R1, LNCaP, C4-2B) και φυσιολογικά επιθηλιακά προστάτη κυττάρων για ανίχνευση μεταλλάξεων και πολυμορφισμών στην περιοχή κωδικοποίησης, συνοδευτικά αμετάφραστες περιοχές (5′-και 3′-UTRs), και κόμβους εξονίων-εσωνίων του πλήρους μήκους

GRM1

γονίδιο.

ευνουχισμού ανθεκτικά (PC-3, DU-145, MDA-PCa2b, vcap και 22RV1) και ανδρογόνα διεγείρονται κυτταρικές σειρές προστάτη (LNCaP LAPC4 και) αγοράστηκαν από την American Type Culture Collection (ATCC, Manassa, VA) [16], [17]. Κανονικό προστάτη επιθηλιακά κύτταρα (NL-Pr.EC) και κυτταρικές γραμμές C4-2B αγοράστηκαν από την Clonetics (Βίο Whittaker, Walkersville, MD) και UROCOR (Ομάδα Uroscience, Oklahoma City, ΟΚ) αντίστοιχα. E006AA ιδρύθηκε από έναν ασθενή ΑΑ με προστάτη όργανο-περιορισμένο [16]. κυτταρική σειρά CWR-R1 δόθηκε ως δώρο από τον Dr. Elizabeth Wilson (Πανεπιστήμιο της Βόρειας Καρολίνας, Chapel Hill, NC, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής) [18]. PC-3, κυτταρικές γραμμές DU-145, και vCap διατηρήθηκαν σε ϋΜΕΜ συμπληρωμένο με ορό εμβρύου μόσχου (FBS, 10%) και αντιβιοτικά (1%). E006AA, 22RV1, CWR-R1, C4-2B, και LNCaP κυτταρικές σειρές καλλιεργήθηκαν σε RPMI1640 με FBS (10%) και αντιβιοτικό (1%). MDA-PCa2b κυτταρική σειρά καλλιεργήθηκε σε ορίζουν μέσον όπως συνιστάται από τον κατασκευαστή (ATCC, Manassa, VA). κυτταρικές σειρές LAPC4 ήταν ο πολιτισμός σε IMDM συμπληρωμένο με 10% FBS και 1% αντιβιοτικό.

δείγματα όγκων και Ηθικοί

Για την αξιολόγηση γενετικών αλλοιώσεων στο

GRM1

γονίδιο, συμπεριλάβαμε συνολικά συμφωνημένα προστάτη δειγμάτων κανονικού όγκου 21 λαμβάνεται από αο (n = 10) και ΑΠ (n = 11). Όλοι οι ιστοί biospecimens ελήφθησαν από τον πυρήνα biospecimen εγκατάσταση στην Λουιζιάνα Cancer Research Consortium (LCRC) συνδεδεμένες με Tulane Ιατρική Σχολή και Τμήμα Ιατρικής, Κέντρο Louisiana State University Health Sciences (LSUHSC, Νέα Ορλεάνη, LA). Προ-ενημέρωσε εγγράφως τη συγκατάθεση λήφθηκε από κάθε ασθενή κατά τη συλλογή δειγμάτων για τη χρήση των δειγμάτων τους σε επιστημονικές ανακαλύψεις και η μελέτη εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο Institutional Review (IRB) σε LSUHSC. Συμφωνήθηκε ιστούς κανονική όγκων ήταν διαθέσιμα για οκτώ υποθέσεις (Ν3-Τ3? Ν4-Τ4? Ν5-T5? N13-T13? N21-T21? N35-Τ35? N52-T52? N71-T71) της ΑΠ και έξι περιπτώσεις (N2 Τ2? Ν6-T6? N26-T26? N27-T27? N32-Τ32? N38-T38) των ασθενών ΑΑ

Genomic Απομόνωση DNA, αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης, και αλληλουχίας των

GRM1

Gene

Γενωμικό DNAs απομονώθηκαν από ιστούς του προστάτη και κυτταρικές γραμμές χρησιμοποιώντας AllPrep DNA /RNA Quigen κιτ (Qiagen, Valencia, CA). Πλήρους μήκους

επιλέχθηκε GRM1

γονίδιο (ισομορφή α) (NM_000838.3) για να σχεδιαστούν οι εκκινητές που καλύπτει όλες τις εξώνια, διασταυρώσεις εξονίου-ιντρονίου, και 5′- και 3′-UTRs. Αυτή η μεταγραφή περιλαμβάνει συνολικά εννέα εξώνια. Με βάση τις μεταλλάξεις και SNPs ανακαλύφθηκε στο εξόνιο-8 και -9 σε κυτταρικές σειρές προστάτη, επιλέξαμε αυτές τις περιοχές για περαιτέρω προσδιορισμό της αλληλουχίας σε συμφωνημένα όγκο φυσιολογικούς ιστούς. Primer σχεδιασμό διεξήχθη χρησιμοποιώντας PrimerSelect εργαλείο DNASTAR Lasergene 9 πυρήνα κοστούμι (DNASTAR, Madison, WI). Ένα σύνολο 9492 bp ενισχύθηκε σε δεκαέξι αμπλικόνια συμπεριλαμβανομένης της συνοδευτικών 50-100 bp που καλύπτει την εξόνιο-ιντρονική αλληλουχία. Οι Primer στοιχεία (αλληλουχία, θερμοκρασία τήξης, και το μέγεθος αμπλικονίου) παρέχονται στον Πίνακα S1. Κάθε δείγμα γενωμικού DNA (σύνολο 25 ng) ενισχύθηκε με 32 κύκλους σε 10 μΐ συνολικού όγκου της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR) που περιέχουν ειδικούς εκκινητές (0.2 μΜ), dNTPs (0,2 mM), MgCl2 (1,5 mM)? GoTaq DNA πολυμεράση (0.75 U) σε 1χ ρυθμιστικό διάλυμα PCR (Promega, Madison, WI, USA). Τα προϊόντα PCR καθαρίστηκαν με κατεργασία με 5 U εξονουκλεάσης-Ι (Εχο-1) και 2 U του αλκαλική φωσφατάση γαρίδας (SAP) σε συνδυασμό με 1χ ρυθμιστικό διάλυμα στους 37 oC για 2-3 ώρες ακολουθούμενη από θερμική-αδρανοποίηση των ενζύμων στους 85 oC για 20 λεπτά. Μετά εξο-SAP θεραπεία, τα προϊόντα PCR αραιώθηκαν σε 15 ng /μl συγκέντρωση. ειδικότητα PCR προϊόν, την ποσότητα και την ποιότητα αναλύθηκαν με ηλεκτροφόρηση σε πήκτωμα αγαρόζης 1,2%. Αμφίδρομη αλληλούχιση των προϊόντων PCR διεξήχθη σε Γονιδιωματικό πυρήνα εγκατάσταση (RPCI, Buffalo) χρησιμοποιώντας ΑΒΙ 3130xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems, CA). Τα δεδομένα αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας λογισμικό ανάλυσης αλληλουχίας και επαληθεύεται με οπτική εξέταση των προσδιορισθέντων παραλλαγές ηλεκτροφόρημα.

συγκεκριμένου αλληλόμορφου γονοτυπικός του C1744T Mutation σε δείγματα όγκων

Έχουμε αναπτύξει μια βασιζόμενη σε PCR συγκεκριμένου αλληλόμορφου μέθοδο προσδιορισμού του γονότυπου για την αξιολόγηση της μη-συνώνυμη μετάλλαξη που προσδιορίζονται από την άμεση αλληλούχιση του

GRM1

γονιδίου σε C1744T (582 Pro & gt? Ser) θέση στην κυτταρική σειρά E006AA. Για αμφίδρομης ενίσχυση της συγκεκριμένης μετάλλαξης, τέσσερα εκκινητές σχεδιάστηκαν (Πίνακας S1, Primer αριθμούς 19 έως 22), δύο εξωτερικά αρχικά τεμάχια και δύο αλληλόμορφο-ειδική (AS) εσωτερικά αρχικά τεμάχια με 3 ‘άκρο τους εξειδίκευση σε κάθε αλληλόμορφο (C & gt ? Τ). C-αλληλόμορφο ενισχύεται σε μία κατεύθυνση με ένα AS εσωτερικό εκκινητή και ενός εξωτερικού ζεύγους διεγερτών (# 19 και # 20? Μέγεθος αμπλικονίου 439 bp), ενώ μεταλλαγμένο Τ-αλληλόμορφο ενισχύεται προς την αντίθετη κατεύθυνση με το άλλο εσωτερικό και εξωτερικό ζεύγος διεγερτών (# 21 και # 22? μέγεθος αμπλικονίου 297 bp). Τα δύο εξωτερικά αρχικά τεμάχια ενισχύουν επίσης μια σταθερή θραύσμα (# 20 και # 22? Μέγεθος αμπλικονίου 736 bp), τα οποία χρησιμεύουν ως θετικοί έλεγχοι για PCR. Όλα τα τέσσερα αρχικά τεμάχια χρησιμοποιήθηκαν σε ενιαίο αντίδρασης και οι συνθήκες της PCR βελτιστοποιείται με ρύθμιση της συγκέντρωσης του κάθε εκκινητή και θερμοκρασίες ανόπτησης (Πίνακας S1). Σε κάθε σύνολο PCR αντίδραση, συμπεριλάβαμε ένα θετικό και ένα δείγμα αρνητικού ελέγχου να παρατηρήσουμε την αποτελεσματικότητα της AS-γονότυπου.

βιοπληροφορική ανάλυση του Αναγνωρίζει Μυθιστόρημα

GRM1

Μεταλλάξεις

μεταλλάξεις Μυθιστόρημα προσδιορίζονται στο

GRM1

γονίδιο ελέγχθηκαν bioinformatically για διάφορες πιθανές επιδράσεις στην πρωτεϊνική δομή, τη λειτουργία και την παραλλαγή θέση ματίσματος. Η επίδραση της μετάλλαξης παρερμηνεύσιμη (σερίνη σε προλίνη) σε 582 θέση αα ελέγχθηκε χρησιμοποιώντας online εργαλεία? (I) PolyPhen2 (https://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/) [19], (ii) SIFT (https://sift.jcvi.org/) [20], και (iii) Phd- SNP (https://gpcr2.biocomp.unibo.it/cgi/predictors/PhD-SNP/PhD-SNP.cgi) [21].

Για να προβλέψει την πιθανή δομική συνέπεια του εντοπίστηκαν μετάλλαξη στο εξόνιο -intron κόμβους του εξονίου-8 στο

GRM1

γονιδίου, χρησιμοποιήσαμε δύο διαφορετικά εργαλεία σε απευθείας σύνδεση βιοπληροφορικής: (α) finder Ανθρωπίνων μάτισμα (https://www.umd.be/HSF/) [22] και ( β) ESEfinder (https://rulai.cshl.edu/tools/ESE/) [23]. αλληλουχία DNA που περιλαμβάνει άγριου τύπου ή μεταλλαγμένο αλληλόμορφο χρησιμοποιήθηκε ως ερώτημα στο εργαλείο Ανθρωπίνων Splice Finder για να προβλέψει την τοποθεσία ματίσματος δότη ή δέκτη.

Αποτελέσματα

Αναγνώριση Μυθιστόρημα

GRM1

μεταλλάξεις και SNPs σε κυτταρικές σειρές καρκίνου του προστάτη

αλληλουχίας ολόκληρων εξώνια του

GRM1

γονιδίων σε 10 κυτταρικές σειρές προστάτη έδειξε 18 γενετικές αλλαγές, που περιλαμβάνουν πρόσφατα εντοπίστηκαν μη συνώνυμες μεταλλάξεις, παραλλαγές ματίσματος του ξενοδοχείου, μη συνώνυμες, συνώνυμο, και μη-κωδικοποίησης πολυμορφισμών (Σχήμα 1 και 2? Πίνακας 1-2). Μία νέα μη συνώνυμες μετάλλαξη σε C1744T (582 Pro & gt? Ser) θέση του εξονίου-8 ανιχνεύτηκε σε E006AA, ένα πρωτογενές κύτταρο γραμμή ΑΑ-PCa (Σχήμα 1). Αυτή η μετάλλαξη εμφανίστηκε σε ετερόζυγη κατάσταση (CC & gt? CT) και βρίσκεται κοντά στην διαμεμβρανική περιοχή με επιπλέον κυτταρικό πλευρά του υποδοχέα GRM1 και οδήγησε σε προλίνη (υδρόφιλο αμινοξύ, κωδικόνιο-ΚΔ) σε σερίνη (ουδέτερο αμινοξύ, κωδικόνιο-TCT) αμινο αλλαγή οξύ (Σχήμα 2). Δεύτερον νέα μετάλλαξη ταυτοποιήθηκε στο εξονίου-ιντρονίου του εξονίου διασταύρωση-8 σε C4-2B, μια κυτταρική γραμμή ανθεκτική ευνουχισμού προστάτη (Σχήμα 1, Πίνακας 1). Αυτή η μετάλλαξη είχε σαν αποτέλεσμα G για μετατροπή Τ κατά την έναρξη του ιντρονίου-8 και εμφανίστηκε σε ετερόζυγη κατάσταση. Πέντε μη-κωδικοποιητική μεταλλάξεις βρέθηκαν επίσης σε 3′-UTR περιοχή του εξονίου 9 του

GRM1

γονιδίου σε δύο διαφορετικές κυτταρικές σειρές προστάτη (LAPC4 και MDA-PCa2b) (Πίνακας 2). Μία από αυτές τις μεταλλάξεις βρίσκεται στα 2149 bp καθοδικά του κωδικονίου στοπ σε LAPC4 και αναφέρθηκαν σε NCBI βάση δεδομένων (dbSNP χτίσει 139) ως rs41285865. Ενώ άλλες τέσσερις μεταλλάξεις βρίσκονται στα 221 bp, 486 bp, 2.664 bp και 2.737 bp καθοδικά για να σταματήσει κωδικόνιο στην κυτταρική σειρά MDA-PCa2b (Πίνακας 2). Αυτές οι μεταλλάξεις που αναφέρθηκαν σε NCBI βάσης δεδομένων (dbSNP χτίσει 139) όπως rs362827, rs6918099, rs79394543 και rs362829 αντίστοιχα.

Απλή αναζήτηση

Εκτός από αυτές τις μεταλλάξεις, ενός εσφαλμένου νοήματος SNP (rs6923492 ) ταυτοποιήθηκε στην θέση 993 αμινοξέος σε κυτταρικές γραμμές διερευνήθηκαν. Τα ομόζυγα ΤΤ γονότυπο παρατηρήθηκε σε PC-3, 22RV1, CWR-R1 κυτταρικές σειρές, και NL-Pr.EC. Ετερόζυγο γονότυπο TC ανακαλύφθηκε σε κυτταρικές σειρές vcap MDA-PCa2b και, και ομόζυγο γονότυπο CC σε E006AA, DU-145, LAPC4, C4-2B, κυτταρικές σειρές LNCaP. Σε αυτό το τόπο, την αλλαγή του Τ σε νουκλεοτίδιο C οδήγησε σε σερίνη (TCC) προς προλίνη (CCC) μετατροπή. Αυτός ο πολυμορφισμός παρανοηματική βρίσκεται στην κυτταροπλασματική περιοχή του υποδοχέα GRM1 μεταξύ διαμεμβρανική περιοχή και μοτίβο συσπειρωμένης σπείρας (Σχήμα 2). Τέσσερις έχουν αναφερθεί στο παρελθόν συνώνυμη πολυμορφισμοί ταυτοποιήθηκαν επίσης σε αλληλουχία κωδικοποίησης του εξονίου-9 σε 931 (rs2942), 1056 (rs6923864), 1071 (rs1047006) και 1165 αμινοξέων (rs9373491) θέσεις (Πίνακας 1). Έξι μη-κωδικοποίησης SNPs βρέθηκαν στην 3′-UTR του

GRM1

γονιδίου και αυτές οι πολυμορφισμοί βρίσκονται στα 637 bp (rs362819), 1277 bp (rs3804294), 1278 bp (rs3804293), 1369 bp (rs362820) , 2392 bp (rs362821) και 2616 bp (rs362822) προς τα κάτω για να σταματήσει κωδικόνιο (Πίνακας 2).

Αναγνώριση

GRM1

Μεταλλάξεις και SNPs σε καρκίνο του προστάτη ιστοί

αλληλουχίας επιλεγμένων εξώνια-8 και -9 του

GRM1

γονιδίου σε ιστούς όγκων του προστάτη έδειξε πολλαπλές γενετικές αλλοιώσεις. Ένα ομόζυγο κατάσταση γονότυπο (CC γονότυπο) σε σύγκριση με ετερόζυγο γονότυπο (CT γονότυπος) στο γειτονικό φυσιολογικό ιστό σε 637 bp καθοδικά (rs362819) για να σταματήσει κωδικόνιο βρέθηκε σε ΑΑ όγκου (δείγματα N38-T38, Πίνακας 3). Άλλες δύο γονότυπους (CC και GA) βρέθηκαν στην 3′-UTR περιοχή μόνο σε δείγματα ΑΑ στη θέση 221 bp (rs362827? Ν2-T2) και 486 bp (rs6918099? Ν6-Τ6, N32-Τ32 και N38-T38) κατάντη να σταματήσει κωδικόνιο. Ωστόσο, οι αλλαγές αυτές ήταν της βλαστικής σειράς προέλευσης. Από την ετερόζυγο γονότυπο (GA στο rs6918099) στους 486 bp καθοδικά για να σταματήσει κωδικόνιο βρέθηκε σε 3 από 11 ΕΑ, φαίνεται να είναι μια εθνική-ειδικό γονότυπο. Η ομόζυγο γονότυπο CC (rs362827) που υπάρχει μόνο σε ένα ενιαίο AA-ασθενής μπορεί να είναι μια σποραδική μετάλλαξη βλαστικής ή μια σπάνια παραλλαγή.

Η

Παρόμοια με τα στοιχεία της αλληλουχίας κυτταρική γραμμή, εντοπίσαμε ένα πολυμορφισμό των εσφαλμένων διευθύνσεων ( rs6923492) στην θέση 993 αμινοξέος που οδηγεί σερίνης σε προλίνη αλλαγή αμινοξέος και παρατηρήθηκε σε 7 από τα 10 ΕΑ (Ν2-T2, N26-T26, N27-T27, N32-Τ32, Τ62, Τ25, Τ11) και 5 από 11 ΑΠ (Ν3-Τ3, Ν5-T5, Ν21-T21, T20, T34) ιστούς (Πίνακας 3). Ένα μη κωδικεύοντα SNP (rs362819) βρέθηκε στο 637 bp καθοδικά για να σταματήσει κωδικονίου. Η κατάσταση γονότυπος για αυτά τα SNPs σε ιστούς όγκων ήταν ίδιο για να παρακείμενο φυσιολογικό ιστό, υποδηλώνοντας πολυμορφισμοί βλαστικής γραμμής (Πίνακας 3). Δύο συνώνυμο πολυμορφισμοί βρέθηκαν επίσης στο εξόνιο-9 και στους δύο πληθυσμούς συμφωνίες σύνδεσης και τις αρμόδιες αρχές. Αυτά που βρίσκονται στην θέση 931 αμινοξέος (rs2942) και ένας κωδικός για κατάλοιπο λυσίνης, ενώ μια άλλη συνώνυμη πολυμορφισμός που βρίσκεται στη θέση αμινοξέος 1056 (rs6923864) κωδικός για υπόλειμμα γλυκίνης.

Χρησιμοποιώντας αλληλόμορφο-ειδική (AS) εκκινητές PCR και άμεση αλληλούχιση σε συμφωνημένα όγκο φυσιολογικούς ιστούς, είμαστε ο γονότυπος το πρόσφατα εντοπίστηκαν μη συνώνυμη μετάλλαξη σε C1744T (582 Pro & gt? Ser) θέση (σε E006AA) και η μετάλλαξη στο εξόνιο-ιντρονίου διασταύρωση του εξονίου-8 (σε C4-2B) . Αυτές οι μεταλλάξεις δεν ανιχνεύθηκαν σε οποιαδήποτε από τις κακοήθεις ιστούς του προστάτη (Σχήμα 3).

Παρουσία C-αλληλόμορφου έδειξε ενίσχυση ενός θραύσματος 439 bp και παρουσία των Τ-αλληλόμορφου έδειξε ενίσχυση ενός θραύσματος 267 bp. Ένα μη ειδικό κομμάτι των 706 bp ενισχύθηκε σε όλα τα δείγματα.

Η

Προβλεπόμενη λειτουργίες του Προσδιόρισε

GRM1

μεταλλάξεις

Η πρόβλεψη του λειτουργικού ρόλου των νέων μη συνώνυμες (582 Pro & gt? Ser) μετάλλαξη που προσδιορίζονται στο

GRM1

διεξήχθη χρησιμοποιώντας διάφορα εργαλεία. PolyPhen-2 προβλέψει μια επιβλαβή Bayes οπίσθια πιθανότητα αξία βαθμολογία 0,60 για αυτήν την μετάλλαξη. Η βαθμολογία αυτή πρόβλεψη βασίζεται σε πολλαπλές ευθυγράμμιση ακολουθίας με ομόλογη αλληλουχία του γονιδίου αυτού στην βάση δεδομένων και υποδεικνύει ότι η μετάλλαξη επηρεάζει τη σταθερότητα της πρωτεΐνης ή τη λειτουργία του.

Ανεξάρτητα αναλύονται, Ταξινόμηση Δυσανεκτικοί Από ανεκτική (SIFT) αλγόριθμο προέβλεψε επίσης αξία βαθμολογία της μισαλλοδοξίας 0,02 για υποκατάσταση αμινοξέος που προσδιορίζονται σε αυτό το τόπο. Με βάση την πρωτεΐνη διατήρηση αλληλουχίας σε όλη την εξέλιξη, SIFT προέβλεψε ότι 582 Pro & gt? Υποκατάσταση αμινοξέος Ser μπορεί επίσης να επηρεάσει τη λειτουργία της πρωτεΐνης. Επιπλέον, χρησιμοποιείται η μέθοδος PhD-SNP που χρησιμοποιεί διαθέσιμη ασθένειες που σχετίζονται με τη βάση δεδομένων και μηχανικής μάθησης τεχνική SNP για την πρόβλεψη nsSNP που σχετίζονται με την ανθρώπινη ασθένεια. Αυτή η ανάλυση αποκάλυψε ασθένεια σχετική του 582 Pro & gt? Ser μετάλλαξη με μία τιμή δείκτη αξιοπιστίας 3.

Δεδομένου ότι σημειακές μεταλλάξεις στο εξόνιο-ιντρονίου ή διασταύρωση ιντρονίου-εξονίου μπορεί να οδηγήσει σε εξώνιο ολίσθηση ή εναλλακτική συρραφή, ήμασταν ενδιαφέρεται να αναλύσει την πιθανή επίδραση του μυθιστορήματος μετάλλαξη ανακαλύφθηκε στο εξόνιο-ιντρονίου διασταύρωση των εξόνιο 8 κυτταρική σειρά C4-2B. Για το σκοπό αυτό, χρησιμοποιήσαμε την Ανθρώπινη Συγκόλληση Finder (HSF) και Exon Συγκόλληση Enhancer (ESE) εργαλεία εύρεσης για να προβλέψει την επίπτωση στην θέση ματίσματος μοτίβο με δύο διαφορετικά αλληλόμορφα εντοπίζονται μετάλλαξη [22], [23]. Βρήκαμε ότι η παρουσία των Τ-αλληλόμορφου προβλέπει έντονα την δυνατότητα μοτίβο δότη ματίσματος (caaGtgagt) με υψηλή συναίνεση αξίας 88,26. Ωστόσο, η υποκατάσταση των Τ- προς G-αλληλόμορφο οδήγησε σε απώλεια αυτού του μοτίβου δότη ματίσματος (Σχήμα 4Α και 4Β). Ομοίως, η ESEfinder προέβλεψε μια υψηλή βαθμολογία (9,49) μοτίβο (ενισχυτή εξονικό-splicing) για την ακολουθία με G-αλληλόμορφο στο εξόνιο 8-ιντρονίου διασταύρωση των

GRM1

γονίδιο. Ωστόσο, αυτή η βαθμολογία μειώνεται σε -7,52 για αλληλουχία μοτίβο με μεταλλαγμένο Τ-αλληλόμορφο.

Είκοσι μία ακολουθία ζευγών βάσεων που πλευρίζουν του θέσης μετάλλαξης με άγριου τύπου (Α) και μεταλλαγμένο αλληλόμορφο (Β) ελέγχθηκε για την πρόβλεψη του ματίσματος μοτίβο θέση (δότης ή δέκτης).

η

Συζήτηση

GRM1 σηματοδότηση έχει ενοχοποιηθεί σε πολλές κακοήθεις καρκίνους συμπεριλαμβανομένου του αδενοκαρκινώματος του παχέος εντέρου, το μελάνωμα, καρκίνωμα του πνεύμονα, καρκίνωμα του θυρεοειδούς, καρκίνωμα του μαστού, αστροκύτωμα, νευροβλάστωμα και rabdomyosarcoma [4], [5], [24]. υποδοχέα γλουταμικού απέκτησε ιδιαίτερο ενδιαφέρον δεδομένου μετασχηματισμό δυναμικό της και τη διαθεσιμότητα του προσδέματος, γλουταμικό της, στο πλαίσιο του μικροπεριβάλλον του όγκου και εύκολα προσβασιμότητα υποδοχέα στην επιφάνεια των κυττάρων του όγκου. Διαφορική έκφραση, την κατάσταση ενεργοποίησης ή επαναπρογραμματισμό σήματος του γλουταμικού υποδοχέα σε νεοπλασματικά κύτταρα μπορούν να συμβάλουν στην ανάπτυξη και εξέλιξη του καρκίνου. Αυτές οι αλλαγές μπορούν να προκύψουν από συγκεκριμένες μεταβολές συμπεριλαμβανομένων σωματικών και βλαστικής σειράς γενετικών αλλοιώσεων, αντίγραφο παραλλαγή αριθμός, επιγενετική, και μετα-μεταφραστική αλλαγές που προκύπτουν σε τροποποιημένη έκφραση ή την ενεργοποίηση και ενισχύοντας έτσι την εξέλιξη του όγκου και τη μετάσταση [25].

Deep αλληλούχιση μελέτες έχουν δείξει ότι συζευγμένο υποδοχέα G-πρωτεΐνη (GPCR) μεταλλάσσονται σε περίπου 20% του συνόλου της οικογένειας υποδοχέων γλουταμικού καρκίνο και αντιπροσωπεύουν μια δεύτερη πιο συχνά μεταλλαγμένο στέλεχος GPCRs οικογένειας [26]. Σωματικές μεταλλάξεις σε

GRM1

έχει αναφερθεί σε ευρείες ποικιλίες των όγκων όπως το μελάνωμα, το καρκίνωμα του μαστού, καρκίνωμα του κόλου, αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα, όγκους του εγκεφάλου, heamatopoitic, και λεμφικό ιστό [15].

GRM1

γονίδιο αποτελείται από διαφορετικά πεδία με συγκεκριμένες λειτουργίες, συμπεριλαμβανομένης της δέσμευσης συνδέτη τομέα, πλούσια σε κυστεΐνη περιοχή για διμερισμό, διαμεμβρανικές, και C-τερματικό πεδίο για αλληλεπίδραση με κατάντη μόρια σηματοδότησης. Μεταλλάξεις σε αυτά τα συντηρημένα κατάλοιπα μπορεί να διαδραματίσει έναν πιθανό ρόλο στην πρόσδεση του υποδοχέα GRM1 με συνδετήρα, την έναρξη, τη μετάδοση του σήματος, ή τον τερματισμό ή αύξηση των φαινοτύπων λειτουργία σηματοδότησης. Αυτές οι μεταλλάξεις μπορεί να μην περιλαμβάνει μόνο την ανάπτυξη και την εξέλιξη του όγκου, αλλά επίσης να επηρεάσει τη μετάσταση συμπεριλαμβανομένων κυτταρική κινητικότητα και την προώθηση της αγγειογένεσης.

Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι μεταλλάξεις σε διαφορετικά G-πρωτεΐνη υποδοχέα, CCK2R και GRM1 συνδέονται με αλλοιωμένη λειτουργίας του υποδοχέα, καθοδικά μονοπάτια σηματοδότησης, αλλοιωμένη κυτταρική μορφολογία, τη μετανάστευση, και προάγουν την αγγειογένεση, οδηγώντας σε αυξημένη tumerogenesis [15], [27]. Esseltine

κ.ά.

μελέτησαν το λειτουργικό ρόλο του

GRM1

μεταλλάξεις που βρίσκεται στη θέση του γλουταμικού-bonding (A168V), γλουταμινικό-πεδίο σύνδεσης (R375G), πλούσια σε κυστεΐνη περιοχή (G396V), G- πρωτεΐνη δέσμευσης περιοχή (R696W), και ο Όμηρος περιοχή σύνδεσης (P1148L) στην καρβοξυ-τερματική ουρά του υποδοχέα GRM1 [15]. Πρόσκαιρη έκφραση του μεταλλαγμένου

GRM1

συνδέθηκε με είτε μειωμένη έκφραση στην κυτταρική επιφάνεια ή βασικοκυτταρικό /quisqualate διεγείρεται ενεργοποίηση φωσφορικής ινοσιτόλης (ΙΡ) και /ή 2 ενεργοποίηση ERK1 /[15]. Μετάλλαξη στον Όμηρο-δεσμευτική περιοχή (P1148L) φάνηκε να μεταβάλει την κυτταρική μορφολογία και θα μπορούσαν να επηρεάσουν την κυτταρική μετανάστευση.

Αν και έχουν πολλαπλές μεταλλάξεις έχουν αναφερθεί σε

GRM1

γονιδίου σε διαφορετικούς ανθρώπινους καρκίνους [4], μόνο ένας περιορισμένος αριθμός μελετών υψηλής απόδοσης συμπεριλαμβανομένης της ανάλυσης ολόκληρη αλληλουχίας exome ή μεταγραφικό διεξήχθησαν και εντοπίστηκαν λίγες

GRM1

μεταλλάξεις στα δείγματα προστάτη [28], [29]. Δύο νέες μεταλλάξεις (R868H και G144S) στο

GRM1

(Πίνακας S2) ταυτοποιήθηκαν με αλληλούχιση των exomes 50 θανατηφόρα catrate ανθεκτικά προστάτη, 11 υψηλής ποιότητας κύριο όργανο-confind δείγματα προστάτη (θεραπεία αφελείς) και 11 κυτταρικές σειρές προστάτη [29]. αλληλουχίας exome 112 προστάτη όγκου /φυσιολογικό ζεύγη εντοπίστηκαν δύο μεταλλάξεις απουσίας (A573E και R681H) στο

GRM1

γονίδιο [28]. Μια μετάλλαξη ανοησίες αναφέρθηκε επίσης στο εξόνιο-2

GRM1

γονίδιο. (TCGA: https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/)

exome ή ακολουθία μεταγραφικό ανάλυση έχουν εγγενείς περιορισμούς τους, συμπεριλαμβανομένης της ανικανότητας για την ανίχνευση μεταλλάξεων σε κόμβους εξονίων-ιντρονίων ή μη κωδικεύουσα περιοχή και την ανάγκη για περαιτέρω πειραματική επιβεβαίωση των προσδιορισμένων μεταλλάξεων [28]. Περαιτέρω, αυτές οι μελέτες δεν περιελάμβαναν τα δείγματα ΑΑ-όγκου ή κυτταρικές γραμμές τους. Λόγω αυτών των περιορισμών, έχουμε διαλογή, για πρώτη φορά, ολόκληρη η περιοχή του εξωνίου

GRM1

γονίδιο συμπεριλαμβανομένων των συνοδευτικών 5′- και 3′-UTRs και κόμβους εξονίων-ιντρονίων σε δέκα συνήθως χρησιμοποιούνται κυτταρικές σειρές προστάτη συμπεριλαμβανομένης της δύο καθιερωμένες κυτταρικές γραμμές AA-προστάτη (E006AA και MDA-PCa2B), και 21 συμφωνημένα προστάτη όγκου-φυσιολογικούς ιστούς από 11 ΑΠ και 10 ΕΑ ασθενείς.

σε αυτή τη μελέτη, εντοπίσαμε δύο νέες μεταλλάξεις στο E006AA και C4 2Β κυτταρικές γραμμές. Αυτές οι μεταλλάξεις δεν ταυτοποιήθηκαν σε προηγούμενες μελέτες με βάση το σχεδιασμό της μελέτης τους ή τις κυτταρικές σειρές που περιλαμβάνονται για την αλληλούχιση [29]. Μη συνώνυμη μετάλλαξη (C προς Τ) στη θέση 582 αμινοξέος οδήγησε σε προλίνη στην αλλαγή σερίνη. Αυτή η μετάλλαξη βρίσκεται κοντά στο διαμεμβρανική περιοχή στο εξωκυτταρικό πλευρά. Βιοπληροφορική πρόβλεψη λειτουργικό ρόλο αυτής της μετάλλαξης, με τη χρήση πολλαπλών αναλυτικά εργαλεία, έδειξε την μετατροπή των υδρόφιλων (σερίνη) στην ουδέτερη (προλίνη) αμινοξύ είναι είτε δυσανεξία ή προκαλούν επιβλαβή επίδραση στην σταθερότητα της πρωτεΐνης και τη λειτουργία. Η μετατροπή από σερίνη σε αμινοξέος προλίνη μπορεί επίσης να επηρεάσει την ισχύ της μετάδοσης του σήματος μετά την δέσμευση συνδέτη και ενεργοποίηση του υποδοχέα GRM1. Μια άλλη μετάλλαξη που προσδιορίζονται στο εξόνιο-ιντρονίου του

GRM1

εξόνιο-8 στην κυτταρική σειρά C4-2B.

ανάλυση Βιοπληροφορική χρησιμοποιώντας δύο διαφορετικές online εργαλεία προέβλεψε ότι η G σε Τ νουκλεοτίδιο μετατροπή σε αυτή τη θέση είχε ως αποτέλεσμα σε διακοπή του site δότη συρραφής. Η διακοπή του ματίσματος τόπου μοτίβο στη διασταύρωση εξονίου-ιντρονίου στο εξόνιο-8 η θέση μπορεί να αποτελέσει τη βάση για τη δημιουργία διάφορες παραλλαγές ματίσματος στο

GRM1

γονίδιο. Διάφορες ισομορφές του

γονίδιο GRM1

με διαφορετικό μήκος πρωτεΐνη συνδέονται με διαφορική ενεργοποίηση των κατάντη σήματα είτε μέσω αλλαγών στην ισχύ του σήματος ή αλληλεπίδραση με άλλα κυτοσολικές πρωτεΐνες [30]. Περαιτέρω μελέτες απαιτούνται για την επικύρωση του λειτουργικού ρόλου των νέων μεταλλάξεων του

GRM1

γονίδιο που προσδιορίζονται στην παρούσα μελέτη και εκείνα από άλλους ερευνητές [28], [29]. Τέσσερα επιπλέον μεταλλάξεις ταυτοποιήθηκαν σε MDA-PCa2b και μία μετάλλαξη στην κυτταρική σειρά LAPC4 που βρίσκεται στο 3′-UTR του

GRM1

γονιδίου και οι μεταλλάξεις έχουν αναφερθεί σε NCBI βάση δεδομένων (dbSNP Κατασκευάστηκε 39) σε διαφορετικούς πληθυσμούς. Αυτές οι μεταλλάξεις εμφανίστηκαν ως μεταβολές βλαστικής σειράς σε δείγματα όγκων διερευνάται και παρατηρήσαμε ότι η συχνότητα αυτών των μεταλλάξεων είναι υψηλή σε δείγματα όγκων ΑΑ, σε σύγκριση με ΑΠ. Υψηλή συχνότητα αυτών των μεταλλάξεων που παρατηρούνται στα δείγματα ΑΑ μπορεί να συνδέεται με απόκλιση

GRM1

έκφραση και η λειτουργία, η οποία μπορεί να οδηγήσει στην εξέλιξη ή περισσότερο τη σοβαρότητα της ασθένειας. πληθυσμού AA έδειξε ένα υψηλό ποσοστό επίπτωσης και της θνησιμότητας και παρουσιάζει μια κλινικά πιο επιθετική νόσο από ΑΠ. Ο λειτουργικός ρόλος αυτών των μεταλλάξεων δεν έχει αναφερθεί στη βιβλιογραφία [31]

Ένας πολυμορφισμός των εσφαλμένων διευθύνσεων (rs6923492 Τ & gt? C). Εντοπίζονται στο εξώνιο 9 του

GRM1

γονιδίων σε κυτταρικές σειρές προστάτη και όγκων οδήγησε σε σερίνη στην αλλαγή προλίνη στη θέση 993 αμινοξέος στο κυτταροπλασματικό άκρο του υποδοχέα. Προηγούμενη μελέτη με τη χρήση 1000 ασθενείς με καρκίνο του μαστού έδειξε συσχέτιση αυτού του SNP στο πορογενές καρκίνωμα ER + /PR + στο φορέα ΤΤ γονότυπο με μεγαλύτερη ηλικία κατά τη διάγνωση (4,9 έτη) σε σύγκριση με είτε TTC-και CC-γονότυπο φορείς [32]. Ωστόσο, δεν διαπιστώθηκε καμία συσχέτιση με την ευαισθησία μελάνωμα [33]. Μια μεγαλύτερη μελέτη δείγματα όγκων καλείται να επιβεβαιώσει τη σύνδεση αυτού του SNP με ευαισθησία στην καρκινογένεση του προστάτη, την επιθετικότητα και την εξέλιξη.

Συμπεράσματα

Σε αυτή τη μελέτη, εντοπίσαμε νέες μεταλλάξεις στο

GRM1

γονίδιο εκτός από τις παραπάνω αναφερθείσες μεταλλάξεις και SNPs σε κυτταρικές γραμμές προστάτη και επίσης σε ένα υποσύνολο των κακοηθών ιστών του προστάτη. Αυτές οι νέες μεταλλάξεις προβλέπεται ότι θα παίξει σημαντικό ρόλο στην λειτουργία του γονιδίου συμπεριλαμβανομένης της σταθερότητας πρωτεΐνης και μάτισμα των διαφορετικών ισομορφών. Λειτουργική επικύρωση αυτών των μεταλλάξεων θα ενισχύσει περαιτέρω τον ρόλο των γενετικών αλλοιώσεων του

γονίδιο GRM1

στην καρκινογένεση του προστάτη και την εξέλιξη.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

Λεπτομέρειες των εκκινητών που χρησιμοποιούνται για την αλληλούχιση του

GRM1

γονίδιο. Γονιδιωματικές αλληλουχίες των εκκινητών που χρησιμοποιήθηκαν για PCR και αλληλούχιση σύμφωνα με Genome Συνέλευση Human (

GRM1

γονίδιο προσχώρηση # NM_000838.3)

doi:. 10.1371 /journal.pone.0103204.s001

(DOC )

Πίνακας S2.

Λεπτομέρειες σωματικών μεταλλάξεων στο

GRM1

γονίδιο που προσδιορίζονται στο σύνολό exome ή αλληλουχίας μεταγραφικό μελέτες των κυτταρικών σειρών καρκίνου του προστάτη και οι όγκοι

doi:. 10.1371 /journal.pone.0103204.s002

( DOC)