Αφηρημένο

Ιστορικό

Γονιδιωματική αστάθεια με αριθμό αντιγράφων συχνή DNA αλλαγές είναι ένα από τα βασικά χαρακτηριστικά της καρκινογένεσης . Οι χρωμοσωμικές περιοχές με συχνή αύξηση του αριθμού αντιγράφων του DNA και η απώλεια σε ανθρώπινο γαστρικό καρκίνο είναι ακόμα επαρκώς καθορισμένα. Παραμένει άγνωστο πώς το αντίγραφο DNA παραλλαγές αριθμού συμβάλλει στις αλλαγές των προφίλ γονιδιακής έκφρασης, ιδιαίτερα σε παγκόσμιο επίπεδο.

Κύρια Ευρήματα

Αναλύσαμε τον αριθμό αντιγράφων του DNA αλλαγές σε 64 ανθρώπινα γαστρικά δείγματα καρκίνου και 8 γαστρικού καρκίνου κυτταρικές γραμμές χρησιμοποιώντας τεχνητού χρωμοσώματος (BAC) συστοιχίες βακτηριακή βάση συγκριτική γενωμική υβριδοποίησης (aCGH). Η στατιστική ανάλυση εφαρμόσθηκε να συσχετίσει τα δεδομένα έκφρασης προηγουμένως δημοσιευθεί γονιδίου που λαμβάνεται από μικροσυστοιχίες cDNA με αντίστοιχα δεδομένα παραλλαγή αριθμός αντιγράφων του DNA για την αναγνώριση υποψήφιων ογκογονίδια και ογκοκατασταλτικά γονίδια. Βρήκαμε ότι η γαστρική δείγματα καρκίνου έδειξαν επαναλαμβανόμενες αντιγραφής του DNA παραλλαγές αριθμό, συμπεριλαμβανομένων των κερδών στα 5p, 8q, 20p, 20q, και οι απώλειες σε 4Q, 9p, 18q, 21q. Οι πιο συχνές περιοχές της ενίσχυσης ήταν 20q12 (7/72), 20q12-20q13.1 (12/72), 20q13.1-20q13.2 (11/72) και 20q13.2-20q13.3 (6/72) . Η πιο συχνή διαγραφεί περιοχή ήταν 9p21 (8/72). Συσχετίζοντας τα δεδομένα array γονιδιακής έκφρασης με aCGH εντοπίστηκαν 321 υποψήφια ογκογονίδια, τα οποία ήταν υπερεκφρασμένο και έδειξε τον αριθμό συχνές αντιγράφων του DNA κέρδη? και 12 υποψήφιες ογκοκατασταλτικών γονιδίων που ρυθμίζεται προς τα κάτω και έδειξε συχνή αντίγραφο DNA απώλειες αριθμός σε ανθρώπινο γαστρικό καρκίνους. Τρία δίκτυα σημαντικά εκφρασμένων γονιδίων σε γαστρικό καρκίνο δείγματα ταυτοποιήθηκαν με ανάλυση εφευρετικότητα οδού.

Συμπεράσματα

Αυτή η μελέτη παρέχει ενδείξεις για αντιγραφή του DNA παραλλαγές αριθμό και τη συμβολή τους στην αλλαγμένη προφίλ γονιδιακής έκφρασης κατά τη διάρκεια της ανθρώπινης γαστρικής την ανάπτυξη του καρκίνου. Παρέχει νέα ογκογονίδια υποψηφίου οδηγού ή ογκοκατασταλτικά γονίδια για την ανθρώπινη καρκίνο του στομάχου, χρήσιμους χάρτες πορείας για το μέλλον κατανόηση της μοριακής παθογένεσης της κακοήθειας, καθώς και την κατασκευή νέων θεραπευτικών στόχων

Παράθεση:. Fan Β, Dachrut S, Coral Η Yuen ST, Chu KM, νόμος S, et al. (2012) Ένταξη της αντιγραφής του DNA Αριθμός Αλλοιώσεις και Μεταγραφική ανάλυση της έκφρασης στα ανθρώπινα γαστρικού καρκίνου. PLoS ONE 7 (4): e29824. doi: 10.1371 /journal.pone.0029824

Επιμέλεια: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, Γαλλία

Ελήφθη: 19 Σεπτεμβρίου του 2011? Αποδεκτές: 3 Δεκέμβρη 2011? Δημοσιεύθηκε: 23, Απριλίου 2012

Copyright: © 2012 Fan et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίζεται από τη χρηματοδότηση που παρέχεται από το Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια Cancer Research συντεταγμένων Επιτροπή να XC. BF υποστηρίζεται από την Κίνα Υποτροφιών του Συμβουλίου Συμβόλαιο No.2010601079. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

γαστρικό καρκίνο είναι μία από τις πιο κοινές κακοήθειες και η δεύτερη πιο κοινή αιτία θανάτου σε όλο τον κόσμο που σχετίζονται με τον καρκίνο [1]. Ο κύριος τύπος του γαστρικού καρκίνου είναι αδενοκαρκίνωμα, το οποίο μπορεί να ταξινομηθούν περαιτέρω σε εντερικό τύπο και διάχυτη τύπου [2]. Εντερική τύπου βλάβες είναι συχνά ελκώδους και εμφανίζονται στο περιφερικό στομάχι. Διάχυτη τύπου οι βλάβες που σχετίζονται με χειρότερη πρόγνωση από τον εντερικό τύπο. Η χειρουργική θεραπεία είναι η μόνη θεραπευτική τροπικότητα που έχει μια δυνητικά θεραπευτική επίδραση στον καρκίνο του στομάχου. Η πρόγνωση των ασθενών με καρκίνο του στομάχου εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από την κλινική και παθολογική στάδιο της νόσου κατά τη διάγνωση. Τα ποσοστά επιβίωσης 5 ετών μετά από θεραπευτική χειρουργική εκτομή μείωση 60-90% στο στάδιο Ι μόνο 10-25 στο% για τους ασθενείς στο στάδιο ΙΙΙ της [3] της νόσου. Οι περισσότεροι ασθενείς με καρκίνο του στομάχου που εντοπίζονται σε προχωρημένο στάδιο, το οποίο οδηγεί στην μελαγχολική πρόγνωση.

Οι γενετικές αλλοιώσεις αποτελούν βασικά γεγονότα στην εξέλιξη των περισσότερων όγκων, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του γαστρικού [4]. Μελέτες δείχνουν ότι η εξέλιξη του όγκου εξαρτάται από την διαδοχική απόκτηση χρωμοσωμικών ανωμαλιών που οδηγούν σε κέρδη ή ζημίες του τμήματος του γονιδιώματος των καρκινικών κυττάρων. Ως εκ τούτου, ο χαρακτηρισμός των γονιδιωματικών ανωμαλιών μπορεί να βοηθήσει τη διαλεύκανση της μοριακής παθογένεσης του γαστρικού καρκίνου, καθώς και αποκαλύπτουν τα γενετικοί δείκτες της εξέλιξης. Array με βάση συγκριτική γενωμική υβριδοποίησης (aCGH) είναι μια ισχυρή μέθοδος που χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό παθογόνων αριθμό αντιγράφων DNA αλλαγές σε κλίμακα γονιδιώματος σε επίπεδο [5]. aCGH έχει εφαρμοστεί σε μια σειρά από συμπαγείς όγκους, συμπεριλαμβανομένων του καρκίνου του γαστρικού [6], [7]. Έχει αποδειχθεί ότι είναι χρήσιμη στην ταυτοποίηση νέων ογκογονιδίων και γονιδίων καταστολής όγκου, και για την ταξινόμηση των όγκων με βάση γενετικές αλλαγές.

πειράματα έκφρασης προφίλ προσδιορίζονται ένα μεγάλο αριθμό γονιδίων τα οποία εκφράζονται διαφορικά σε φυσιολογικών και καρκινικών ιστούς. Ωστόσο, τα περισσότερα από αυτά τα γονίδια είναι πιθανό να είναι γονίδια των επιβατών που έχουν περιορισμένη συνεισφορά στην ογκογένεση. Η βασική πρόκληση ήταν να προσδιορίσει ογκογονίδια οδηγό ή ογκοκατασταλτικά γονίδια που παίζουν σημαντικό ρόλο κατά τη διάρκεια της έναρξης του όγκου και της εξέλιξης, γονιδιωματικό DNA παραλλαγή αριθμός αντιγράφων είναι ένας σημαντικός τύπος γενετική μεταβολή που παρατηρείται σε καρκινικά κύτταρα, και συμβάλλει στην εξέλιξη του όγκου με αλλοιώσεις του έκφραση των γονιδίων εντός της περιοχής [8]. DNA αντίγραφο κέρδη και οι ζημίες αριθμός δεν είναι τυχαία, αλλά αποτελούν μάλλον συνεπής γενετικά συμβάντα κατά τη διάρκεια της καρκινογένεσης. Ταυτοποίηση των γονιδίων που είναι και οι δύο εκφράζονται πάνω-και ενισχυμένη ή υπο-εκφράζεται και διαγράφεται μπορεί να είναι επωφελής, διότι αυτά τα γονίδια μπορεί να αντιπροσωπεύουν οδηγού γενετικές αλλοιώσεις.

Προηγούμενες μελέτες έχουν αναφέρει τον αριθμό αντιγράφων του DNA αλλαγές ή προφίλ έκφρασης σε γαστρικά δείγματα καρκίνο . Οι μελέτες έχουν επίσης εντοπιστεί κέρδη κοινή χρωμόσωμα και ζημιών, καθώς και εκατοντάδες γονίδια που μπορούν να διακρίνουν τους όγκους από τους κανονικούς ιστούς [6], [9]. Ωστόσο, λίγες μελέτες έχουν διερευνήσει τη σχέση μεταξύ αντιγράφων του DNA παραλλαγές αριθμό και μεταγραφικό προφίλ έκφρασης. Σε αυτό το χειρόγραφο, εκτελέσαμε ανάλυση aCGH σε ένα μεγάλο αριθμό ανθρώπινων γαστρικών δειγμάτων καρκίνου. Επιπλέον, ολοκληρωμένη ανάλυση της αντιγραφής του DNA παραλλαγές αριθμού και των αντίστοιχων τιμών γονιδιακής έκφρασης έγινε για τον εντοπισμό σημαντικών γονιδίων που μπορούν να συμβάλλουν στην γαστρική παθοφυσιολογία του καρκίνου. Ένα σύνολο από 321 υποψήφια ογκογονιδίων και 12 υποψήφια γονίδια καταστολείς όγκων ταυτοποιήθηκαν μέσω της ανάλυσης.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική Δήλωση

Η χρήση του αρχειακού γαστρικό δείγμα για την τρέχουσα μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας του Πανεπιστημίου του Χονγκ Κονγκ και των εσωτερικών κριτική Συμβούλια του Πανεπιστημίου της Καλιφόρνια, στο Σαν Φρανσίσκο.

δείγματα όγκων, Γραμμές κυττάρων και DNA, RNA Προετοιμασία

δείγματα όγκων συλλέχθηκαν από γαστρεκτομή δείγματα από το Τμήμα Χειρουργικής, Queen Mary Νοσοκομείο, το Πανεπιστήμιο του Χονγκ Κονγκ. Οκτώ κυτταρικές γραμμές γαστρικού καρκίνου AGS, BGC823, Ν87, NUGC3, SNU 16, SNU5, KATOIII και MNK45 έχουν περιγραφεί σε προηγούμενες δημοσιεύσεις μας [10]. Γονιδιωματικό ϋΝΑ εξήχθη χρησιμοποιώντας το κιτ καθαρισμού Genomic DNA (Qiagen, Valencia, CA).

Οι κλινικο-παθολογική παραμέτρους των όγκων έχουν προηγουμένως δημοσιευθεί [11]. Όγκοι ταξινομούνται με την κατάταξη των εντερικών, διάχυτη, αναμιγνύεται Lauren, καθώς και απροσδιόριστο τύπων [2]. Η παρουσία του H. pylori στα δείγματα γαστρεκτομή προσδιορίστηκε από ιστολογικές εξετάσεις και συμπληρώνεται με τροποποιημένη χρώση Giemsa. Η παρουσία του ΕΒν σε καρκινικά κύτταρα αναλύθηκε με in situ υβριδισμού για Eber όπως περιγράφηκε προηγουμένως [12]. Τα στάδια του όγκου ορίστηκαν από τους Γενικούς Κανόνες για γαστρική Μελέτης του Καρκίνου της Ιαπωνικής Εταιρείας Έρευνας για τον Καρκίνο του γαστρικού [13].

Array με βάση CGH

Ανθρώπινο 1,14 συστοιχίες ελήφθησαν από τον Καρκίνο UCSF κέντρο Array πυρήνα (https://cc.ucsf.edu/microarray/). Αυτοί αποτελούνταν από 2353 βακτηριακού τεχνητού χρωμοσώματος (BAC) κλώνοι που καλύπτει το ανθρώπινο γονιδίωμα σε 1,5 Mb ανάλυση. Για την υβριδοποίηση, 1 μg DNA του όγκου και 1 μα DNA αναφοράς φύλου συνδυάζεται σημάνθηκε με τυχαία πριμοδότηση χρησιμοποιώντας Cy3-dCTP και Cy5-dCTP, αντίστοιχα, με την Bioprime Kit (Invitrogen). Τα μη ενσωματωμένα φθορίζοντα νουκλεοτίδια απομακρύνθηκαν με τη χρήση μίας στήλης Sephadex G-50 (Amersham, Piscataway, NJ). Δείγμα και αναφορά DNA αναμίχθηκαν με 100 μg Cot-1, καταβυθίστηκε και επαναιωρήθηκε σε διάλυμα υβριδοποίησης. Το διάλυμα υβριδισμού μετουσιώθηκε για 10 λεπτά στους 72 ° C και στη συνέχεια επωάστηκαν για 1 ώρα στους 37 ° C. Η υβριδοποίηση εκτελέστηκε για 48-72 ώρες σε υγρό θάλαμο σε ένα αργό τραπέζι ανακίνηση. Συστοιχίες πλύθηκαν για 10 λεπτά σε 50% φορμαμίδιο και 2 χ SSC στους 45 ° C, και 10 λεπτά σε φωσφορικό ρυθμιστικό διάλυμα σε θερμοκρασία δωματίου. Τα πλακίδια τοποθετούνται σε διαλύματα στερέωσης που περιέχει 0,3 μg /ml DAPI. Τρία μονά-έγχρωμες εικόνες έντασης (DAPI, Cy3 και Cy5) συλλέχθηκαν για κάθε συστοιχία, χρησιμοποιώντας ένα φορτίο σε συνδυασμό κάμερα της συσκευής.

Array-based Ανάλυση Δεδομένων CGH

Το λογισμικό UCSF SPOT [14] χρησιμοποιήθηκε για αυτόματα το τμήμα των κηλίδων με βάση τις εικόνες DAPI, εκτελούν τοπικές διορθώσεις φόντο, και να υπολογίσετε τις διάφορες παραμέτρους μέτρησης, συμπεριλαμβανομένων λόγων log2 του συνόλου των ολοκληρωμένων εντάσεων Cy3 και Cy5 για κάθε κηλίδα. Ανεπεξέργαστα δεδομένα της aCGH είναι διαθέσιμα σε GEO (αριθμός ένταξης: GSE33501).

SPROC Πρόγραμμα χρησιμοποιήθηκε για να συνδέσει τον κλώνο ταυτότητες και ένα αρχείο πληροφοριών χαρτογράφησης με κάθε σημείο, έτσι ώστε τα δεδομένα που θα μπορούσαν να καταγράφεται σε σχέση με τη θέση του οι ΠΑ. Χρωμοσωμικές ανωμαλίες είχαν ταξινομηθεί ως κέρδος, όταν η κανονικοποιημένη log2 Cy3 /Cy5 αναλογία ήταν & gt? 0.225 και ως απώλεια, όταν η αναλογία ήταν & lt? -0.225. Ο αριθμός προσδιορίστηκε ως 3 φορές τη μέση SD της κανονικής έναντι των φυσιολογικών υβριδισμού aCGH. Ενισχύσεις εντοπίστηκαν όταν η κανονικοποιημένη log2 Cy3 /Cy5 αναλογία ήταν & gt? 0,8. Παρομοίως, ομόζυγα διαγραφές εντοπίστηκαν όταν η κανονικοποιημένη log2 Cy3 /Cy5 αναλογία ήταν & lt? -0.7. Πολλαπλά κέρδη, οι ζημίες και ενισχύσεις μετρήθηκαν ως ξεχωριστά γεγονότα. Το κατώφλι του κέρδους ή της ζημίας ενός ολόκληρου βραχίονα του χρωμοσώματος ορίστηκε ως η αναλογία μέση log2 των & gt? 0.225 ή & lt?. -0,225 Για όλους τους κλώνους στο βραχίονα του χρωμοσώματος

Στατιστική Ανάλυση Δεδομένων

τα δείγματα κατηγοριοποιούνται με βάση τα πειραματικά αποτελέσματα και συγκρίνονται με τα κλινικά δεδομένα (Πίνακας S1) χρησιμοποιώντας σημαντική ανάλυση μικροσυστοιχιών (SAM) ανάλυση [15]. DNA αντιγραφή αριθμό αλλαγών, συμπεριλαμβανομένων διάμεσο ποσοστό του κέρδους και της απώλειας. Συχνή ενίσχυση και διαγραφή αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας CGH Explorer 3.2 (https://www.ifi.uio.no/forskning/grupper/bioinf/Papers/CGH/). «Ανάλυση των σφαλμάτων Copy» (ACE) πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας μια ψεύτικη ρυθμό ανακάλυψης (FDR) του 0,0001 και μέσης ευαισθησίας. Ομαδοποίηση όλων των δειγμάτων πραγματοποιήθηκε σε TreeView έκδοση 1.60.

λογισμικό R /Bioconductor, συμπεριλαμβανομένου του προγράμματος CBS, χρησιμοποιήθηκε για να υπολογιστεί η συσχέτιση μεταξύ της αλλαγής του αριθμού αντιγράφων και την έκφραση του γονιδίου. Τα στοιχεία έκφρασης των 6688 κλώνων cDNA που χρησιμοποιήθηκε στην προηγούμενη ανάλυση γονιδιακής έκφρασης [11], [16] (GEO αριθμός πρόσβασης: GSE2701) ανακτήθηκε. θέση χαρτογράφηση για αυτούς τους κλώνους cDNA ορίστηκαν χρησιμοποιώντας το συγκρότημα γονιδίωμα NCBI, πρόσβαση μέσω της βάσης δεδομένων του προγράμματος περιήγησης γονιδίωμα UCSC (NCBI χτίσει 35). Τα δεδομένα aCGH ήταν κατά διαστήματα με κυκλικές δυαδικό τμηματοποίησης (CBS), όπως εφαρμόζεται στο πακέτο αντιγράφων του DNA σε Ε /Bioconductor να μεταφράσει πειραματικές μετρήσεις της έντασης σε περιοχές των αριθμών ίσων αντίγραφο. Λείπει τιμές για κλώνους χαρτογράφηση κατά διαστήματα περιοχές αριθμών ίσων αντίγραφο καταλογίστηκαν χρησιμοποιώντας την τιμή του αντίστοιχου τμήματος. Οι κλώνοι έκφρασης γονιδίου χαρτογραφήθηκαν με τον κλώνο BAC εντός 1 Mb του κλώνου έκφρασης γονιδίου το οποίο είχε την υψηλότερη Pearson συσχέτιση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων και της έκφρασης του γονιδίου. «Smoothed» αξίες από το CBS με την αρχικά παρατηρείται αναλογία log2 για τους κλώνους ακραία περιγράφεται παραπάνω και τις τεκμαρτές τιμές για ελλείπουσες τιμές θεωρήθηκαν στον υπολογισμό της συσχέτιση με την έκφραση του γονιδίου. Συσχέτιση υπολογίστηκε μόνο για τους κλώνους, και ένας συντελεστής συσχέτισης 0,29 χρησιμοποιήθηκε ως το cut-off για τον εντοπισμό κλώνων που έχουν θετική συσχέτιση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων και της έκφρασης του γονιδίου.

σ

-τιμές για την γονιδιακή έκφραση και την αντιγραφή αριθμό συσχετίσεις ελήφθησαν με βάση την μετάθεση. Οι ετικέτες των δεδομένων έκφρασης επιλέχθηκαν τυχαία ανακατεύονται και η συσχέτιση Pearson μεταξύ των κλώνων έκφρασης γονιδίου και αριθμό αντιγράφων BAC κλώνων υπολογίστηκαν όπως περιγράφεται προηγουμένως. Αυτό επαναλήφθηκε 1000 φορές. Για κάθε κλώνο γονιδιακής έκφρασης, η ρ-τιμή προσδιορίστηκε ως η αναλογία των φορών που η μετάθεση βασίζεται συσχέτισης ήταν μεγαλύτερη από ή ίση με την παρατηρούμενη συσχέτιση. Η

p-τιμές

στη συνέχεια διορθώθηκαν για πολλαπλές Δοκιμές από τον έλεγχο για το ποσοστό εσφαλμένης ανακαλύψουν (FDR) χρησιμοποιώντας τη μέθοδο Benjamini-Hochberg [17].

Λειτουργική ανάλυση των σημαντικών γονιδίων διεξήχθη χρησιμοποιώντας το λογισμικό Ingenuity Pathway (Ingenuity Systems, Redwood City, CA).

Αποτελέσματα

Array με βάση CGH ανάλυση των Ανθρωπίνων γαστρικός καρκίνος

Για τον εντοπισμό DNA μεταβολές αριθμό αντιγράφων σε γαστρικό καρκίνους, εφαρμόσαμε BAC aCGH έως 64 δείγματα ανθρώπινου γαστρικού καρκίνου ιστό και 8 γαστρικού καρκίνου κυτταρικές γραμμές. Τα ανεπεξέργαστα δεδομένα είναι διαθέσιμα στον Πίνακα S2. Παρατηρήσαμε επαναλαμβανόμενες χρωμοσωμικές μεταβολές σε αυτά τα δείγματα, και προσδιορίστηκαν οι περιοχές με σημαντικό αριθμό αλλαγές αντιγράφων του DNA. Η προκύπτουσα οικόπεδο συχνότητα και η εκτροπή οικόπεδο κέρδη και οι ζημίες που φαίνεται στο Σχήμα 1Α και 1Β Σχήμα αντίστοιχα. Οι δύο αντιπροσωπευτικές αναλογία οικόπεδα γονιδιώματος για τα επιμέρους όγκου του στομάχου φαίνεται στο Σχήμα S1. Οι πιο συχνές αντίγραφο DNA παραλλαγές αριθμό σε αυτό το σύνολο των ανθρώπινων γαστρικών όγκων, όπως καθορίζεται από το μέσο ποσοστό του κέρδους ή της ζημίας που περιλαμβάνονται κέρδη από 5p, 8q, 20p, 20q, και οι απώλειες της 4Q, 9p, 18q, 21q.

(Α) Σε γενικές γραμμές η συχνότητα των αριθμό αντιγράφων του DNA αλλοιώσεις από aCGH. ανάλυση συχνότητας μετράται ως κλάσμα των περιπτώσεων κερδίζεται ή χάνεται πάνω από όλα τους κλώνους BAC στις συστοιχίες. Τα δεδομένα που παρουσιάζονται διατάχθηκε από τη θέση χρωμοσωμική χάρτη των κλώνων. Κάτω τα μπαρ αντιπροσώπευε απώλειες και άνω ράβδους εκπροσωπούνται κέρδη. Οι μωβ κάθετες μπάρες αντιπροσώπευε το σύνορο ανάμεσα σε κάθε χρωμόσωμα. αριθμός αλλοιώσεις (Β) αντίγραφο DNA σε κάθε γαστρικό δείγματα καρκίνου. 72 δείγματα όγκων διατάχθηκαν από πάνω προς τα κάτω. Κόκκινο στήλες εκπροσωπείται αριθμό αντιγράφων κέρδη και πράσινο στήλες απώλειες αριθμό εκπροσωπείται αντίγραφο.

Η

Στη συνέχεια, ανέλυσε το DNA παραλλαγές αριθμού αντιγράφων σε γαστρικό καρκίνο δείγματα με διαφορετικές κλινικο-παθολογικών χαρακτηριστικά, όπως το στάδιο του όγκου, τον τύπο του όγκου, το site του όγκου , η διαφοροποίηση του όγκου, Helicobacter pylori και μόλυνση EBV, καθώς και η διαφορά μεταξύ γαστρικού δείγματα όγκων και κυτταρικών σειρών, (Σχήμα S2, S3, S4, S5, S6, S7, S8 και Πίνακας S3). Βρήκαμε συγκεκριμένες χρωμοσωμικές ανωμαλίες εμπλουτισμένο σε ορισμένες κλινικο-παθολογικών χαρακτηριστικά. Για παράδειγμα, η απώλεια των 19p παρατηρήθηκε συχνότερα στο στάδιο 1 & amp? στάδιο 2 όγκοι (20%) από ό, τι κατά το τρίτο στάδιο 3 &? στάδιο 4 δείγματα (3,41%) (Πίνακας S3). απώλεια 16Ρ προσδιορίστηκε σε 10% των Helicobacter pylori αρνητικά δείγματα σε σύγκριση με 0% στα Helicobacter θετικά δείγματα, ενώ κέρδος 16Ρ παρατηρήθηκε στο 14,71% του Helicobacter pylori θετικά δείγματα, αλλά μόνο σε 3,33% των αρνητικών δειγμάτων Helicobacter (Πίνακας S3 ). Τα αποτελέσματα αυτά υποδηλώνουν την πιθανή συμβολή των γονιδίων μέσα σε συγκεκριμένες περιοχές σε συγκεκριμένους φαινότυπους όγκου.

Οι ενισχύσεις υψηλού επιπέδου και ομόζυγη διαγραφές συνοψίζονται στον Πίνακα S4. Η πιο συχνή ενίσχυση βρέθηκε στο μακρύ βραχίονα του χρωμοσώματος 20. Σε αυτή την περιοχή, θα μπορούσε να εντοπιστεί τέσσερις ξεχωριστές εστιακό αμπλικόνια: 20q12 (7/72), 20q12-20q13.1 (12/72), 20q13.1-20q13. 2 (11/72) και 20q13.2-20q13.3 (6/72). Η δεύτερη πιο συχνή ενίσχυση, που συμβαίνουν στο μακρύ σκέλος του χρωμοσώματος 8, είχε επίσης τέσσερις διαφορετικές εστιακό αμπλικόνια: 8q23.1 (3/72), 8q24.1 (7/72), 8q24.12-8q24.2 (6 /72) και 8q24.2 (6/72). Η πιο συχνή περιοχή ομόζυγη απαλοιφή βρέθηκε στο 9p21 (8/72) και στο 18q22 (6/72). Άλλες ενισχύσεις υψηλού επιπέδου και ομόζυγη διαγραφές σημειώθηκαν σε σχετικά χαμηλότερες συχνότητες. Παραδείγματα συχνών εκτροπών που φαίνεται στο Σχήμα 2. Κάποια καλά χαρακτηρισμένα ογκογονίδια (π.χ.,

HER2, TOP2A, κυκλίνη, TGFB1, ΑΚΤ2, MYC

) και ογκοκατασταλτικά γονίδια (π.χ.,

Ρ16, Smad4, Smad7

) βρίσκονται να βρίσκεται σε αυτές τις θέσεις. Είναι ενδιαφέρον, ένα υψηλότερο αριθμό ενισχύσεις και ομόζυγη διαγραφές εντοπίστηκαν στις κυτταρικές γραμμές σε σχέση με τα βασικά δείγματα γαστρικών όγκων καρκίνου.

Οι κλώνοι διατάχθηκαν από τη θέση τους από pter (αριστερά) για να qter (δεξιά). Οι αναλογίες log2 κάθε κλώνου σε αυτές τις συγκεκριμένες περιπτώσεις χαράσσονται ως σπασμένα γραφήματα γραμμής με διαφορετικό χρώμα. Πολλαπλές σαφές αριθμού αντιγράφων αλλαγές (κέρδη, ζημίες, ενισχύσεις και διαγραφές) μπορούν να αναγνωριστούν. Το κέντρο του αμπλικονίου και ομόζυγη πυρήνες διαγραφής υποδεικνύεται μαζί με γονίδια σε κάθε περιοχή πυρήνα. (Α) Ενίσχυση σε 17q11.2-17q21. (Β) Ενίσχυση σε 19q12-19q13.1. (Γ) Ενίσχυση σε 8q24.1-8q24.2. (D) Ομόζυγος διαγραφή στο 18q21.1. (Ε) Ομόζυγος διαγραφή στο 9p21. (F) Ομόζυγος διαγραφή στο 16q23. (G) Ομόζυγος διαγραφή στο 18q12.

Η

Συμβολή της Genomic DNA Copy Number Παραλλαγή στο Παγκόσμιο Gene Expression Αλλαγές στο Ανθρώπινο γαστρικός καρκίνος Δείγματα

Σε προηγούμενη μελέτη μας, έχουμε αναφερθεί η έκφραση του γονιδίου προφίλ σε 90 πρωτοβάθμια γαστρικό δείγματα καρκίνου σε σύγκριση με το 14 μεταστατική τους ομολόγους τους και 22 μη-νεοπλασματικές γαστρικού βλεννογόνου, με 6688 cDNA κλώνοι που δείχνουν σημαντική διακύμανση μεταξύ των δειγμάτων αυτών [11], [16]. Μεταξύ των 90 γαστρικό δείγματα καρκίνου, 62 δείγματα που περιλαμβάνονται στην παρούσα μελέτη aCGH. Για να προσδιοριστεί κατά πόσον γονιδιωματικό αντίγραφο DNA παραλλαγές αριθμός συμβάλλουν στις αλλαγές της παγκόσμιας πρότυπο γονιδιακής έκφρασης, προσδιορίσαμε την συσχέτιση μεταξύ των τιμών γονιδιακής έκφρασης και ο αντίστοιχος αριθμός αντιγράφων του DNA αλλαγές σε αυτούς τους 62 δείγματα ανθρώπινου γαστρικού καρκίνου σε γονίδιο με βάση γονίδιο. Του cDNA 6688 στις αρχικές μελέτες έκφρασης, 5719 cDNA κλώνων με πληροφορίες θέσης ανακτήθηκαν για την ανάλυση αυτή. Από αυτούς τους 5719 κλώνους cDNA, 1352 cDNA κλώνοι (23,6% του συνόλου των κλώνων cDNA που αναλύθηκαν), που αντιπροσωπεύουν περίπου 973 μοναδικά γονίδια, έδειξε στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ των τιμών της έκφρασης και παραλλαγές αριθμού αντιγράφων του DNA (συσχέτιση & gt? 0,29 και ρυθμίστηκε τιμή ρ μικρότερη από 0.01 με FDR λιγότερο από 3.4%. Βλέπε πίνακα S5 για τη λίστα των γονιδίων). Για να φανεί εάν η έκφραση αριθμό αντιγράφων του DNA επιρροή γονίδιο, συγκρίναμε το ζεύγος σοφό συσχέτιση των δεδομένων γονιδιακής έκφρασης είτε με τιμές aCGH του BAC κλώνων κοντά στον τόπο όπου κάθε γονίδιο βρίσκεται στο (διαγώνια), ή τιμές aCGH του BAC κλώνων που βρίσκονται σε άλλα περιοχές του γονιδιώματος. Βρήκαμε ζεύγη των περιοχών κατά μήκος της διαγωνίου έχουν υψηλότερη θετική συσχέτιση (διάμεση τιμή συσχέτισης ~0.12) από τα ζεύγη off-διαγώνια (μέση συσχέτιση ~0.0) (Σχήμα S9A). Ένας θερμικός χάρτης του ζεύγη συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης των γονιδίων και να αντιγράψετε τον αριθμό καταδεικνύει επίσης τη θετική συσχέτιση κατά μήκος της διαγωνίου (Σχήμα S9B).

Σε γενικές γραμμές, τα στοιχεία μας επιβεβαιώνουν ότι η γονιδιωματική αντίγραφο DNA παραλλαγές αριθμό συμβάλλουν στη ρύθμιση της έκφρασης του γονιδίου της περιφερειακής προφίλ σε ανθρώπινο γαστρικό δείγματα καρκίνου.

Ταυτοποίηση των υποψηφίων ογκογονιδίου ή ογκοκατασταλτικά γονίδια για τα ανθρώπινα γαστρικών καρκίνων

για να εντοπίσουμε τις υποψήφιες ογκογονίδια ή γονίδια καταστολής όγκων, εφαρμόσαμε δύο κριτήρια στη λίστα των 1352 cDNA κλώνοι που έδειξαν στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης γονιδίου και αντίστοιχες αλλαγές αριθμό αντιγράφων DNA. Πρώτον, ψάξαμε για τα γονίδια που έδειξαν 5 περισσότερα κέρδη από απώλειες ή 5 περισσότερες απώλειες από τα κέρδη στο γαστρικό δείγματα καρκίνου. Στη συνέχεια, θα ταίριαζε με τη λίστα γονίδιο με τα 3.329 cDNA κλώνους που ταυτοποιήθηκαν να εκφράζονται διαφορικά μεταξύ μη-όγκου γαστρικών ιστών και ανθρώπινου γαστρικού δείγματα καρκίνου του [11]. Έτσι, περιορίστηκε λίστα μας με 363 κλώνους, που εκπροσωπεί 333 μοναδικά γονίδια (Πίνακας S6). Μεταξύ αυτών των γονιδίων, 321 γονίδια ρυθμισμένα προς τα πάνω σε γαστρικό καρκίνο και τα δείγματα είχαν συχνά αποκτήθηκε ή ενισχύεται σε επίπεδο γονιδιωματικό DNA. Τα υπόλοιπα 12 γονίδια ρυθμισμένα προς τα κάτω σε γαστρικό καρκίνο και τα δείγματα είχαν συχνά διαγράφονται στο επίπεδο γονιδιωματικό DNA. Αυτά τα δύο σετ γονιδίων, ως εκ τούτου, αποτελούν εν δυνάμει υποψήφια ογκογονίδια ή γονίδια καταστολής όγκου, αντίστοιχα, οι οποίες μπορεί να εμπλέκονται σε γαστρικό παθογένεση και την ανάπτυξη του καρκίνου.

Αντιγραφή DNA αριθμός αλλάζει με το αντίστοιχο γονίδιο τιμές Έκφραση σε Επιλεγμένες συστάδες γονιδίων σε ανθρώπινο γαστρικό καρκίνοι

Για την περαιτέρω επεξήγηση πώς αντιγράφων του DNA παραλλαγές αριθμού επηρεάζουν τη γονιδιακή έκφραση, αναλύσαμε τα πρότυπα έκφρασης των 333 υποψήφιων ογκογονίδια και ογκοκατασταλτικά γονίδια στα 62 γαστρικό δείγματα καρκίνου με χρήση ιεραρχικής ομαδοποίησης (Εικόνα 3Α). Δεν ενώσεις ταυτοποιήθηκαν μεταξύ του προτύπου ομαδοποίησης και κλινικά χαρακτηριστικά (Σχήμα S10), υποδεικνύοντας ότι αυτά τα γονίδια δεν παρέχουν πρόσθετες τιμές για το μοριακό χαρακτηρισμό του ανθρώπινου γαστρικού καρκίνου. Είναι ενδιαφέρον, αρκετές συστάδες γονιδίων βρέθηκαν να βρίσκονται στις ίδιες χρωμοσωμικές περιοχές, συμπεριλαμβανομένων των γονιδίων που βρίσκονται σε 6p21.3-p21.1, 7q21-q22, 8q21-q24, 8q24.3, 12q14-q15, 20q11-q13 και 20q13. 3 (Σχήμα 3Β για 3h). Μια συνολική ισχυρή συσχέτιση μεταξύ συντονισμένων ρυθμίζεται προς τα πάνω έκφραση αυτών των συστάδων γονιδίων και αντιγραφή του DNA κέρδη αριθμό των αντίστοιχων χρωμοσωμικές περιοχές παρατηρήθηκε (Εικόνα 3Β για 3 ώρες). Προτείνει ότι η μεταβολή του αριθμού αντιγράφων του DNA είναι ένα βασικό παράγοντα που συμβάλλει στη μεταβολή της έκφρασης αυτών των γονιδίων εντός του συμπλέγματος.

(Α) Ιεραρχική ομαδοποίηση των προτύπων μεταβλητότητας στην έκφραση των 333 υποψήφιων ογκογονίδιο και ογκοκατασταλτικών γονιδίων (από τον πίνακα S6) σε 62 γαστρικών όγκων. Κάθε σειρά αντιπροσώπευε μια ξεχωριστή κλώνο cDNA στη μικροσυστοιχία και κάθε στήλη αντιπροσώπευε το πρότυπο έκφρασης σε ένα ξεχωριστό δείγμα όγκου ή ιστό. Η αναλογία της αφθονίας των μεταγραφών του κάθε γονιδίου σε μέση αφθονία της σε όλα τα δείγματα ιστού που απεικονίζεται σύμφωνα με την κλίμακα χρώμα εμφανίζεται στο κάτω μέρος. Γκρι αναφέρεται λείπουν ή αποκλείονται δεδομένων. Το δενδρόγραμμα στην κορυφή του σχήματος αντιπροσώπευε την ιεραρχική συσταδοποίηση των όγκων που βασίζεται στην ομοιότητα του τρόπου διεξαγωγής της έκφρασης αυτών των γονιδίων. (Β) έως (Η) σε σύγκριση αριθμός αντιγράφων του DNA αλλάζει με τις αντίστοιχες τιμές της γονιδιακής έκφρασης σε επιλεγμένες συστάδες γονιδίων σε κάθε επιμέρους δείγμα όγκου. Βλέπε Πίνακα S8 για πλήρη στοιχεία.

Η

Διαδρομή Ανάλυση Σημαντικά εκφρασμένων γονιδίων

Η εφευρετικότητα Διαδρομή Ανάλυση (IPA) λογισμικό που χρησιμοποιείται για τη διερεύνηση των αλληλεπιδράσεων μεταξύ των υποψηφίων ογκογονίδια ή γονίδια καταστολής όγκων που προσδιορίζονται από συστοιχία έκφρασης και aCGH. Το Σχήμα 4 δείχνει τα τρία πιο σημαντικά δίκτυα αλληλεπίδρασης σε γαστρικό δείγματα καρκίνου. Δίκτυο 1 ήταν ειδικά σχετίζεται με τον καρκίνο, νεφρική & amp? ουρολογικής νόσου, και του κυτταρικού κύκλου. Δίκτυο 2 ήταν ειδικά συνδέεται με την ανάπτυξη του συνδετικού ιστού και τη λειτουργία, ο καρκίνος, και γαστρεντερική πάθηση. Δίκτυο 3 ήταν ειδικά σχετίζεται με γενετική διαταραχή, σκελετικό & amp? μυϊκών διαταραχών, και η φλεγμονώδης νόσος (Πίνακας S7). Όλα τα δίκτυα φτάσει σε ένα σκορ 21 ή υψηλότερο και περιείχε 11 ή περισσότερα γονίδια, η οποία κατέδειξε την εκτεταμένη σχέση και αλληλεπίδραση μεταξύ των σημαντικά ρυθμίζονται τα γονίδια του καρκίνου του στομάχου. Κορυφή βιολογικές λειτουργίες αυτών των γονιδίων που σχετίζονται με τον κυτταρικό κύκλο, την αντιγραφή του DNA, ανασυνδυασμό και επισκευή, παραγωγή ενέργειας, και του μεταβολισμού νουκλεϊνικών οξέων (Σχήμα S11). Όλες αυτές οι λειτουργίες είναι γνωστό ότι εμπλέκονται στην καρκινογένεση, παρέχοντας πιθανές σχέσεις μεταξύ των καθορισμένων υποψήφια ογκογονίδια και ογκοκατασταλτικά γονίδια κατά τη διάρκεια της γαστρικής την ανάπτυξη του καρκίνου.

δίκτυα Ingenuity που δημιουργούνται από τη χαρτογράφηση των υποψήφιων ογκογονίδια και ογκοκατασταλτικά γονίδια που προσδιορίζονται από ολοκληρωμένη ανάλυση του πίνακα της έκφρασης και των δεδομένων aCGH. Κάθε δίκτυο γραφικά εμφανίζονται με γονίδια ή προϊόντα γονιδίων ως κόμβοι (διαφορετικά σχήματα αντιπροσώπευαν τις λειτουργικές κατηγορίες των γονιδιακών προϊόντων) και οι βιολογικές σχέσεις μεταξύ των κόμβων ως ακμές (γραμμές). Το μήκος μιας ακμής αντικατοπτρίζονται τα στοιχεία στη βιβλιογραφία που υποστηρίζουν ότι η σχέση κόμβο σε κόμβο. Η ένταση του χρώματος κόμβου έδειξε το βαθμό της ανάντη (κόκκινο) ή προς τα κάτω ρύθμιση (πράσινο) του αντίστοιχου γονιδίου. Γονίδια σε άχρωμη σημειώσεις δεν ταυτοποιήθηκαν ως εκφράζονται διαφορικά στο πείραμα μας και ενσωματώθηκαν στα υπολογιστικά δίκτυα που δημιουργούνται βάσει των στοιχείων που είναι αποθηκευμένα στη μνήμη της γνώσης ΙΡΑ δείχνει μια σχετικότητα σε αυτό το δίκτυο. Μια συνεχής γραμμή χωρίς βέλους που αλληλεπίδρασης πρωτεΐνης-πρωτεΐνης. Βέλη έδειξε την κατεύθυνση της δράσης (με ή χωρίς δέσμευση) ενός γονιδίου σε ένα άλλο.

Η

Συζήτηση

αριθμός αντιγράφων του γονιδίου αλλαγές είναι ιδιαίτερα σημαντική, καθώς απορρύθμιση γεγονότα στην εξέλιξη του καρκίνου. Σε αυτή τη μελέτη, αναλύσαμε Copy Number Παρεκκλίσεις (CNAs) από array CGH. Συχνές κέρδη και ζημίες αναγνωρίστηκαν από τη μελέτη. Επιπλέον, χρωμοσωμικές περιοχές με υψηλά επίπεδα ενισχύσεις και ομόζυγων διαγραφές περιγράφονται επίσης. Επιπλέον, η συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης των γονιδίων και του DNA CNAs ερευνήθηκαν. Υποψήφια ογκογονίδια και ογκοκατασταλτικά γονίδια ταυτοποιήθηκαν με την εκτέλεση ολοκληρωμένης αναλύσεις αριθμού αντιγράφων γονιδιώματος και γονιδιακή έκφραση. Τέλος, οι σχέσεις μεταξύ αυτών των υποψηφίων γονιδίων και η βιολογική λειτουργία τους έχουν περιγραφεί σε 3 δίκτυα που χρησιμοποιούν την ανάλυση οδό εφευρετικότητα. Τα δεδομένα υποστηρίζουν ότι ο συνδυασμός ανάλυση aCGH και γονιδιακής έκφρασης συστοιχία είναι μια ισχυρή μέθοδος για τον εντοπισμό υποψήφιων ογκογονίδια ή γονίδια καταστολής όγκων σε ανθρώπινο γαστρικό καρκίνο. Συνεπής με αυτή την εργασία, προηγούμενες μελέτες έχουν εφαρμοστεί παρόμοιες προσεγγίσεις για τον εντοπισμό του οδηγού γενετικά γεγονότα σε άλλους τύπους όγκων, όπως ο καρκίνος του ήπατος [18] και του καρκίνου του μαστού [19]. Είναι ενδιαφέρον ότι, ακόμη υποψήφια ογκογονίδια αναγνωρίστηκαν από υποψήφια γονίδια καταστολείς όγκων στη μελέτη μας. Θα μπορούσε να εξηγηθεί από το μεγαλύτερο δυνατό φάσμα μέγεθος της αύξησης σε σύγκριση με την απώλεια σε δείγματα όγκων σε συνδυασμό με συμπιεσμένο αναλογίες από αναμεμιγμένη μη νεοπλασματικά κύτταρα. Η διαφορά σε αριθμούς γονίδιο μπορεί επίσης να υποδεικνύουν ότι η έκφραση ογκογονιδίων μπορεί να ρυθμιστεί πιο βαθιά από CNAs από ογκοκατασταλτικά γονίδια είναι.

Κατά την ανάλυση aCGH, συχνές κέρδη και ενισχύσεις ανιχνεύθηκαν σε γαστρικό δείγματα καρκίνου. Αξίζει να σημειωθεί ότι, σύμφωνα με προηγούμενες μελέτες [20], [21], 20q ήταν η πιο συχνή θέση του κέρδους ανιχνεύεται σε γαστρικό δείγματα καρκίνου. Ενίσχυση στο 20q έχει επίσης αναφερθεί σε αρκετές άλλες μορφές καρκίνου, όπως ο καρκίνος του μαστού [22] και τον καρκίνο του παγκρέατος [23]. Στη μελέτη μας, ενισχύσεις υψηλό επίπεδο βρέθηκαν σε 20q12-q13.3 σε γαστρικό καρκίνο. Πολλά γονίδια που βρίσκονται σε αυτή τη θέση, όπως

Aib 1

και

BCAS1

.

Aib 1

(20q12), ένας υποδοχέας στεροειδών συν-ενεργοποιητή πρώτη διαπίστωση ενισχύεται σε καρκίνο του μαστού και των ωοθηκών, εμπλέκεται στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων γαστρικού καρκίνου μέσω της αλληλεπίδρασης με τους πυρηνικούς υποδοχείς [24].

BCAS1

(20q13.2), αλληλουχία καρκίνωμα μαστού ενισχύεται 1, ενισχύεται σε μια ποικιλία τύπων όγκου και σχετίζεται με πιο επιθετικές φαινοτύπους όγκου. Up-ρυθμιζόμενη έκφραση του

BCAS1

είναι συσχετίστηκε σημαντικά με την ενίσχυση υψηλού επιπέδου 20q13 σε αδενοκαρκινώματα του γαστρο-οισοφαγική διασταύρωση [25]. 8q ήταν η δεύτερη πιο συχνή θέση του κέρδους, όπως ανιχνεύθηκε σε 26,39% των δειγμάτων. Ενίσχυση κατά 8q έχει ταυτοποιηθεί σε πολλούς καρκίνους, όπως ο καρκίνος του μαστού και τον καρκίνο του παγκρέατος [23], [26]. Στη μελέτη μας, ενισχύσεις υψηλό επίπεδο βρέθηκαν σε 8q24.1-q24.2 σε γαστρικό καρκίνο. Πολλά γονίδια που βρίσκονται σε αυτή τη θέση.

MYC

είναι η πιο αντιπροσωπευτική. Είναι ένα από τα πιο μελετημένα ογκογονίδια, η οποία συμβάλλει στην κακοήθεια πολλών διαφορετικών επιθετική και αδιαφοροποίητων ανθρώπινων καρκίνων [27]. Η παθολογική επίδραση του

MYC

έχει αποδοθεί στην ικανότητά της να ελέγχει multiplecellular διεργασίες όπως κυτταρική ανάπτυξη, διαφοροποίηση, την απόπτωση, απόκριση βλάβης του DNA, γενωμική αστάθεια, αγγειογένεση, και εισβολή όγκου [28].

Μια άλλη σημαντική ενίσχυση υψηλού επιπέδου βρέθηκε σε 17q12-q21. Τα αντιπροσωπευτικά γονίδια που βρίσκονται σε αυτή τη θέση είναι

ΕΚΒΒ2

. Η υπερέκφραση ή /και ενίσχυση έχει παρατηρηθεί σε πολλά είδη καρκίνων, συμπεριλαμβανομένων γαστρικού καρκίνου [29], [30], [31]. Συσχέτιση μεταξύ των

ΕΚΒΒ2

ενίσχυση και υπερέκφραση παρατηρείται συγκρίνοντας aCGH και τα δεδομένα συστοιχία έκφρασης σε γαστρικό σύνολο δεδομένων του καρκίνου μας (Σχήμα S12). Η υπερέκφραση και ενισχύσεις εντοπίστηκαν σε μόνο ένα μικρό αριθμό (~ 6 από 72) του γαστρικού δειγμάτων καρκίνου. Αυτό μπορεί να εξηγήσει γιατί ΕΚΒΒ2 δεν επελέγη στο συσχετίζονται λίστα ογκογονίδιο υποψηφίου, δεδομένου ότι δεν ικανοποιούν τα κριτήρια ως ένα από τα διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων. Παρ ‘όλα αυτά, το αποτέλεσμα υποδηλώνει σαφώς ότι η ενίσχυση του 17q12-q21 μπορεί να αντιπροσωπεύει ένα βασικό μηχανισμό για υψηλά επίπεδα έκφρασης ERBB2 σε ένα υποσύνολο του ανθρώπινου γαστρικού δειγμάτων καρκίνου. ασθενείς με γαστρικό καρκίνο με ενίσχυση 17q12-q21 μπορεί να ωφεληθούν από τη θεραπεία με Herceptin, ένα ανθρώπινο αντίσωμα, η σχεδιαστεί για να στοχεύσουν και να μπλοκάρει τη λειτουργία της ErbB2.

Σύμφωνα με τη μελέτη του

Gorringe KL, et al

, ενισχύσεις στις 6p21 και 5p13 εντοπίστηκαν επίσης στη σειρά μας αποτελέσματα CGH [7]. Είναι ενδιαφέρον να σημειωθεί ότι μια δυσανάλογα μεγαλύτερο αριθμό ενισχύσεις υψηλού επιπέδου και ομόζυγη διαγραφές εντοπίστηκαν σε κυτταρικές γραμμές γαστρικού καρκίνου σε σύγκριση με τα δείγματα ιστών. Η παρατήρηση δείχνει ότι αυτά τα επιμηκύνσεις ή διαγραφές μπορεί να παρέχει πλεονεκτήματα κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης

in vitro

κυτταρικής καλλιέργειας, και ως εκ τούτου είναι εμπλουτισμένη σε κυτταρικές σειρές. Τα αποτελέσματα υπογραμμίζουν τη σημασία αυτών των ενισχύσεων υψηλού επιπέδου και ομόζυγη διαγραφές στη ρύθμιση του κυτταρικού πολλαπλασιασμού ή επιβίωσης. Οι κυτταρικές σειρές με αυτές τις ενισχύσεις ή διαγραφές παρέχει εξαιρετική πόρους για να βοηθήσει την περαιτέρω μελέτη τους λειτουργικούς ρόλους των γονιδίων μέσα σε αυτές τις περιοχές κατά τη διάρκεια της γαστρικής την ανάπτυξη του καρκίνου.

Προηγούμενες μελέτες έχουν παράσχει γνώσεις σχετικά με τη σημασία του συγκεκριμένου αριθμού αντιγράφων μεταβολές στην ανάπτυξη των επιθηλιακών όγκων, που δείχνει ότι αυτές οι αλλαγές μπορούν να οδηγήσουν στην αλλαγμένη έκφραση των κρίσιμων ογκογονιδίων ή καταστολέων όγκων [21], [31], [32]. Ως εκ τούτου, η μελέτη μας επιβεβαιώνει αυτές τις προηγούμενες εκθέσεις και παρέχει στοιχεία που να υποστηρίζουν ότι το ΚΥΠΕ αποτελεί σημαντικό παράγοντα για τη ρύθμιση της ανώμαλη προς τα πάνω ή προς τα κάτω την έκφραση αυτών των γονιδίων κατά τη διάρκεια της γαστρικής καρκινογένεσης του καρκίνου. Ωστόσο, τα περισσότερα από τα γονίδια που ταυτοποιήθηκαν από τις μελέτες μας είναι ακόμα πιθανό να είναι γονίδια των οποίων η έκφραση των επιβατών είναι ιδιαίτερα γονίδιο-δοσοεξαρτώμενη, και έχουν περιορισμένη λειτουργικούς ρόλους κατά τη διάρκεια της ογκογένεσης.