Abstract

Υψηλής ποιότητας ορώδης καρκίνο των ωοθηκών (HGSOC) είναι η πιο επιθετική ιστολογικό τύπο του επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών, η οποία χαρακτηρίζεται από μια υψηλή συχνότητα των σωματικών

ΤΡ53

μεταλλάξεις. Πραγματοποιήσαμε exome αναλύσεις των όγκων και των φυσιολογικών ιστών συμφωνημένα 34 Ιάπωνες ασθενείς με HGSOC και παρατηρείται ένα σημαντικό αριθμό ασθενών χωρίς

ΤΡ53

μετάλλαξη (24%, 8/34). Σε συνδυασμό με τα αποτελέσματα των αναλύσεων μεταβολής αριθμού αντιγράφων, θα υποδιαιρεθούν οι 34 ασθενείς με HGSOC σε υποτύπους οριστεί ST1 και ST2. ST1 έδειξε άθικτα μονοπάτι ρ53 και χαρακτηρίζεται από λιγότερες σωματικές μεταλλάξεις και τον αριθμό αντιγράφων αλλοιώσεις. Αντίθετα, η οδός ρ53 διαταράσσεται ST2, η οποία χαρακτηρίζεται από άφθονη σωματικές μεταλλάξεις και τον αριθμό αντιγράφων αλλοιώσεις. προφίλ γονιδιακής έκφρασης σε συνδυασμό με αναλύσεις με τη χρήση του πόρου Gene Ontology υποδεικνύουν την εμπλοκή συγκεκριμένων βιολογικών διαδικασιών (μίτωση και DNA ελικάση) που είναι σχετικές με γονιδιωματική σταθερότητα και την αιτιολογία του καρκίνου. Ειδικότερα επιδεικνύουμε την παρουσία ενός νέου υποτύπου ασθενών με HGSOC που χαρακτηρίζεται από ένα ανέπαφο μονοπάτι ρ53, με περιορισμένη γονιδιωματικές αλλαγές και συγκεκριμένα προφίλ γονιδιακής έκφρασης

Παράθεση:. Hayano Τ, Yokota Υ, Hosomichi Κ, Nakaoka Η, Yoshihara Κ, Adachi S, et al. (2014) Μοριακός Χαρακτηρισμός ενός ακέραιου Δευτερεύων p53 Pathway σε High-Grade υδαρής καρκίνου των ωοθηκών. PLoS ONE 9 (12): e114491. doi: 10.1371 /journal.pone.0114491

Επιμέλεια: Μιχαήλ Baudis, Πανεπιστήμιο της Ζυρίχης, Ελβετικό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής, Ελβετία

Ελήφθη: May 16, 2014? Αποδεκτές: 10 Νοεμβρίου του 2014? Δημοσιεύθηκε: 2 Δεκ, 2014

Copyright: © 2014 Hayano et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι, για τις εγκεκριμένες λόγους, ορισμένοι περιορισμοί πρόσβασης ισχύει για τα στοιχεία στα οποία βασίστηκαν τα συμπεράσματα. Τα δεδομένα περιέχουν πληροφορίες ταυτότητας και δεν μπορούν να διατεθούν. Μια αποχαρακτηριστούν ελάχιστο σύνολο δεδομένων είναι διαθέσιμο σε Figshare: https://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.1235612. είναι διαθέσιμα συμπληρωματικά δεδομένα κατόπιν αιτήματος Καθ Ituro Inoue ([email protected])

Χρηματοδότηση: Το έργο υποστηρίχθηκε εν μέρει από μια επιχορήγηση-in-Ενισχύσεις για Νέους Επιστήμονες (Β) (δεν χορηγούν . 23791816) από την Ιαπωνία Εταιρείας για την Προώθηση της Επιστήμης (https://www.jsps.go.jp/) (KY). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Οι προσαρμοσμένες ηλικία ποσοστά καρκίνου της μήτρας των εξαρτημάτων των ωοθηκών και άλλων το 2002 ήταν 10,6 ανά 100.000, και 5,2 ανά 100.000 άτομα-έτη στις ΗΠΑ και την Ιαπωνία, αντίστοιχα [1]. Επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών είναι μια ετερογενής οντότητα που περιλαμβάνει πολλαπλά ιστολογικών τύπων όπως υψηλής ποιότητας ορώδης, χαμηλού βαθμού ορώδης, σαφείς κυττάρων, ενδομητριοειδές, και βλεννώδες καρκίνους [2], [3]. Οι καρκίνοι των ωοθηκών χωρίζονται σε Τύπου Ι και Τύπου II όγκων [2], [4]? όγκων τύπου Ι περιλαμβάνουν χαμηλού βαθμού ορώδες, χαμηλού βαθμού ενδομητριοειδές, σαφής-κυττάρων, και βλεννώδες καρκίνωμα. Αυτοί οι όγκοι κακώς ανταποκρίνονται σε θεραπεία με βάση την πλατίνα, λιμάνι υψηλή συχνότητα των μεταλλάξεων στα γονίδια που κωδικοποιούν συστατικά του μονοπατιού σηματοδότησης RAS, και είναι σχετικά σταθερές σε γονιδιωματική δομή. όγκους του τύπου II περιλαμβάνουν υψηλής ποιότητας ορώδες και υψηλής ποιότητας καρκινώματα ενδομητριοειδές και είναι πολύ επιθετική. Μια μεγάλης κλίμακας μελέτη της υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνο των ωοθηκών (HGSOC) με την ομάδα του καρκίνου Γονιδιώματος Atlas (TCGA) χαρακτηρίζεται HGSOC ως

TP53

-mutation εμπλουτισμένο (96%) με εκτροπές του γονιδιώματος σε επίπεδο σωματικών αντίγραφο του γονιδίου αριθμούς. Η μελέτη αυτή προσδιορίζονται συνήθως μεταβάλλεται μονοπάτια όπως RB1, PI3K /RAS, Notch, ομόλογο ανασυνδυασμό και πορείες FOXM1 [5]. Η κατάσταση μετάλλαξης του

TP53

σχετίζεται με τα στάδια, τα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης, και η επιβίωση των ασθενών με καρκίνο των ωοθηκών ορώδες [6].

Προσπαθήσαμε να καθιερώσει ένα σύστημα ταξινόμησης των κινδύνων για ορώδες ωοθηκικό καρκίνου χρησιμοποιώντας προφίλ γονιδιακής έκφρασης που αποκτήθηκαν χρησιμοποιώντας δεδομένα μικροσυστοιχιών [7], [8]. Εντοπίσαμε 88 γονίδια που σχετίζονται με την επιβίωση χωρίς εξέλιξη σε 110 Ιάπωνες ασθενείς με προχωρημένο στάδιο ορώδες καρκίνο των ωοθηκών [7], καθώς και 126 γονίδια που σχετίζονται με τη συνολική επιβίωση σε 260 Ιάπωνες ασθενείς με προχωρημένο στάδιο HGSOC [8]. Να παρέχει μια καλύτερη κατανόηση των μοριακών μηχανισμών που εμπλέκονται στην παθογένεια αυτών των καρκίνων και να αναπτύξει ένα σύστημα ταξινόμησης των κινδύνων, πραγματοποιήσαμε προφίλ των σωματικών μεταλλάξεων παρόντες σε αυτούς τους όγκους.

Εμείς συγκεντρώνονται γονιδιωματικής πληροφορίες για τους ασθενείς με HGSOC χρησιμοποιώντας αλληλουχίας exome και παραλλαγή αριθμό αντιγράφων (CNV) αναλύσεις. Σύμφωνα με τα προφίλ των σωματικών ενιαίας παραλλαγών νουκλεοτιδίων (SNVs), μικρά εισαγωγές και διαγραφές (indels), και CNVs, ταξινομήσαμε HGSOC σε υποτύπους ορισθεί ST1 και ST2 που χαρακτηρίζονται από ανέπαφο ή εξασθενημένη μονοπάτια σηματοδότησης ρ53, αντίστοιχα. Εμείς χαρακτηριζόμενη περαιτέρω τα δύο υποτύπους μέσω σύγκρισης των προφίλ γονιδιακής έκφρασης τους. Gene οντολογία (GO) ανάλυση έδειξε ότι διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων σημαντικά εμπλουτισμένο σε ομάδες ελικάσης GO μίτωση και DNA που μπορούν να συμμετέχουν στην γενωμική αστάθεια και την ογκογένεση του HGSOC. Αυτά τα ευρήματα παρέχουν νέες γνώσεις σχετικά με τις μοριακά χαρακτηριστικά και τα νέα βιολογικές διαδικασίες που συμβάλλουν στην παθογένεση του HGSOC, ιδιαίτερα σε ασθενείς με ακέραιο οδό ρ53.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

Οι επιτροπές δεοντολογίας του Πανεπιστημίου Νιιγκάτα (IRB Νο 239, 428, και 455) και το Εθνικό Ινστιτούτο Γενετικής (IRB Νο 23-11) ενέκρινε τα πρωτόκολλα μελέτης, και κάθε συμμετέχων παρέχεται γραπτή συγκατάθεση για τη συλλογή των δειγμάτων και μετέπειτα αναλύσεις.

Κλινικά δείγματα

Καταψυγμένα δείγματα λήφθηκαν από πρωτεύοντες ιστούς όγκου πριν από τη χορήγηση της χημειοθεραπείας. Δύο παθολόγοι αξιολόγησε τα ιστολογικά χαρακτηριστικά του μονιμοποιηθεί με φορμαλίνη και εγκλεισμένα σε παραφίνη αιματοξυλίνη και ηωσίνη τομές. Επειδή οριστική ιστολογική χαρακτηρισμός ήταν ένα κρίσιμο συστατικό της μελέτης, ένα κεντρικό παθολογική ανασκόπηση διεξήχθη από δύο ανεξάρτητους παθολόγους γυναικολογικών (ΗΤ και TM) χωρίς τη γνώση της κλινικής κατάστασης των ασθενών. Η ιστολογική τύπους και βαθμός ιστολογικής διαφοροποίησης προσδιορίστηκαν σύμφωνα με την ταξινόμηση του ΠΟΥ των όγκων ωοθηκών και ταξινόμηση Silverberg, αντίστοιχα [8]. Τα κλινικά δεδομένα (PT- και FIGO σταδίων) φαίνονται στον Πίνακα S1. Χρησιμοποιήσαμε περιφερικού αίματος ως αντιστοιχισμένης φυσιολογικό ιστό.

αλληλούχιση exome

Γονιδιωματικό DNA απομονώθηκε από ιστούς όγκων χρησιμοποιώντας μία μέθοδο φαινόλης-χλωροφορμίου και από το περιφερειακό αίμα με τη χρήση του QIAamp Blood DNA Maxi Kit (QIAGEN ) [8]. Γονιδιωματικό DNA υβριδοποιήθηκε με SureSelect Ανθρώπινα Όλα εξόνιο Kits (Agilent) για την παρασκευή βιβλιοθηκών αλληλούχιση, και οι βιβλιοθήκες υποβλήθηκαν σε καθορισμό αλληλουχίας χρησιμοποιώντας το Illumina HiSeq 2000 (Illumina) με 90 ή 100 μονάδες τέλος ζεύγη βάσεων. Ακολουθία διαβάζει ευθυγραμμίστηκαν σε ένα γονιδίωμα αναφοράς (UCSC hg19) χρησιμοποιώντας BWA [9] και SAMtools [10]. Picard (https://picard.sourceforge.net) χρησιμοποιήθηκε για την αφαίρεση διπλές διαβάζει. Τοπική επανευθυγράμμιση των διαβάζει γύρω από γνωστές indels και επαναρρύθμισης της ποιότητας βάσης έγιναν χρησιμοποιώντας GATK [11]. Η ευρετική σωματικών καλούντα μετάλλαξη, VarScan 2 [12], χρησιμοποιήθηκε για σωματική κλήση μετάλλαξη. βασικά κριτήρια για την ανίχνευση σωματικών μεταλλάξεων είχαν ως εξής: φυσιολογική παραλλαγή συχνότητα 0% και exact test p αξία του Fisher & lt? 0,00001. Λειτουργικές πληροφορίες σωματικών μεταλλάξεων σχολιασμένη χρησιμοποιώντας ANNOVAR [13] και Oncotator (https://www.broadinstitute.org/oncotator/).

Πρόβλεψη των λειτουργικών επιπτώσεων της εσφαλμένης διευθύνσεως μόνο νουκλεοτιδίου παραλλαγές

λειτουργικές επιδράσεις των προσδιορισμένων σωματικών νοηματικές μεταλλάξεις αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας MutationAssessor 2 [14], η οποία προβλέπει την επίδραση των υποκαταστάσεων αμινοξέων σύμφωνα με ένα μοτίβο της εξελικτικής διατήρησης βασίζονται σε πολλαπλές ευθυγραμμίσεις αλληλουχίας μιας οικογένειας πρωτεϊνών. νοηματικές μεταλλάξεις με σκορ λειτουργικές επιπτώσεις (FIS) της & gt? 2.0 ορίστηκαν ως επιβλαβή

Ανίχνευση του καρκίνου γονιδίων οδηγού

Για την ανίχνευση πιθανών γονιδίων οδηγού του καρκίνου με βάση τις προσδιοριζόμενες σωματικές μεταλλάξεις, μπορούμε. μεταχειρισμένα OncodriveFM [15], η οποία αξιολογεί την συσσώρευση μεταλλάξεων με υψηλή λειτουργική επίδραση εντός ενός γονιδίου, υποθέτοντας ότι τα γονίδια οδηγός καρκίνος είναι ιδιαίτερα μεταλλαχθεί και να ασκήσει ουσιαστική λειτουργική επιπτώσεις. Ωστόσο, οι συνέπειες των μεταλλάξεων στα γονίδια των επιβατών είναι ως επί το πλείστον καλοήθεις. OncodriveFM προέρχεται FIS από την MutationAssessor 2 για να εκτιμήσει κατά πόσον μεταλλαγμένα γονίδια είναι οδηγοί ή επιβάτες.

Αναλύσεις CNV και του όγκου καθαρότητα

πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου (SNP) πειράματα πίνακα με χρήση Genome-Wide Ανθρωπίνων SNP 6.0 (Affymetrix) έχουν προηγουμένως διεξήχθη για 30 από 34 δείγματα HGSOC [8], [16]. Λόγω των τεχνικών δυσκολιών και περιορισμένες ποσότητες DNA, δεν θα μπορούσαμε να αποκτήσει SNP δεδομένα array για υπόλοιπα τέσσερα δείγματα. Affymetrix CEL αρχεία από πειράματα συστοιχία SNP χρησιμοποιώντας 30 δείγματα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία με τη χρήση του πακέτου λογισμικού CNV ανίχνευση PennCNV [17]. CNVs κλήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα κρυφό μοντέλο Markov, σύμφωνα με τους υπολογισμούς του δείκτη log R και τιμές Β-αλληλόμορφο συχνότητας. Η συχνότητα CNV μεταξύ όγκου και φυσιολογικών δειγμάτων αξιολογήθηκε για κάθε SNP χρησιμοποιώντας το ακριβές τεστ του Fisher στον αλγόριθμο ParseCNV [18]. βασικά κριτήρια για επαναλαμβανόμενες περιοχές CNV (CNVRs) είχαν ως εξής: exact test p αξία του Fisher & lt? 0,0005 και καμία επικάλυψη με τις διαρθρωτικές μεταβολές στα δείγματα από υγιή άτομα [19]. Επιπλέον, τα αρχεία CEL χρησιμοποιήθηκαν για να εκτιμηθεί η καθαρότητα του όγκου. Χρησιμοποιήσαμε το ASCAT (αλληλο-ειδικό αριθμό Αντιγραφή Ανάλυση όγκοι) αλγόριθμο [20] στην έκδοση αριθμού αντιγράφων NEXUS λογισμικού 6.0 (BioDiscovery) [21], για να εκτιμηθεί η έκταση των μολύνσεων των φυσιολογικών κυττάρων σε δείγματα όγκων. Οι MIAME συμβατό δεδομένα συστοιχία SNP κατατέθηκαν στην έκφραση του γονιδίου Omnibus αποθετήριο δεδομένων (αριθμός ένταξης GSE61237).

πειράματα μικροσυστοιχιών και την επεξεργασία των δεδομένων

Εξαγωγή του RNA, την επισήμανση Cy3, υβριδοποίησης μικροσυστοιχιών, σήμα σάρωση και εξαγωγής χαρακτηριστικών διεξήχθησαν σε προηγούμενες μελέτες [7], [8]. κανονικοποίηση των δεδομένων έγινε με τη χρήση της ρύθμισης GeneSpringGX11 (Agilent) των πρώτων όριο σήματος 1,0 και ομαλοποίηση στο 75

ο εκατοστημόριο.

Η γονιδιακή έκφραση ανάλυση

Η σημασία των διαφορών στη γονιδιακή έκφραση μεταξύ των δύο υποτύπων αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας το

t-test

. Μετά την αξιολόγηση, πολλαπλές δοκιμές διορθώθηκε από το ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) χρησιμοποιώντας τη διαδικασία Benjamini-Hochberg [FDR (BH)]. Θέτουμε FDR (BH) για να & lt? 0,1 ως σημαντική όριο. Αυτές οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση της μονάδας ComparativeMarkerSelection της GenePattern [22].

GO ανάλυση

GO ανάλυση πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας το λειτουργικό εργαλείο σχολιασμού Clustering που περιλαμβάνονται στο πόρων βιοπληροφορικής DAVID [23]. Αυτό το εργαλείο αξιολογεί την ομοιότητα των όρων σχολιασμού χρησιμοποιώντας στατιστικά στοιχεία κάπα και ομάδες δυνάμεις τους για να μοιράζονται παρόμοια προφίλ σχολιασμού χρησιμοποιώντας μια ασαφή ευρετική πολλαπλής σύνδεσης διαμέρισμα [24]. Ρυθμίσεις είχαν ως εξής: οκτώ κατηγορίες σχολιασμού (OMIM_Disease, COG_Ontology, SP_PIR_Keywords, GOterm_BP_FAT, GOterm_MF_FAT, BBID, BioCarta, και KEGG_Pathway), ομοιότητα όρος επικάλυψη των ≧ 3, κάπα όριο στατιστική του 1, των μελών της ομάδας των ≧ 3, και η ασαφής πολλαπλής -διασύνδεση όριο διχοτόμηση της 1, αντίστοιχα. Εμπλουτισμός βαθμολογίες υπολογίστηκαν με τη χρήση του γεωμετρικού μέσου του π τιμές ακριβής δοκιμασία του τροποποιημένου του Fisher (-log κλίμακα) για γονιδιακή εμπλουτισμό του κάθε όρου GO σε κάθε ομάδα GO και ένα σκορ εμπλουτισμό & gt? 1.3 θεωρείται σημαντική [23]

.

οπτικοποίηση δεδομένων

τα σωματικά στοιχεία μετάλλαξη εμφανίζεται χρησιμοποιώντας Gitools (έκδοση 1.8.4) [25]. δεδομένα αριθμού αντιγράφων εμφανίστηκαν χρησιμοποιώντας Ολοκληρωμένες Genomics Viewer (IGV, έκδοση 3.2.25) [26]. Μέλισσα σμήνος και κουτί οικόπεδα δημιουργήθηκαν χρησιμοποιώντας το πακέτο beeswarm στο αποθετήριο CRAN (https://cran.r-project.org/). απόψεις χάρτη θερμότητας των δεδομένων γονιδιακής έκφρασης εκτέθηκαν χρήση της ενότητας HeatMapViewer στο GenePattern [22].

Αποτελέσματα

γονιδιωματική μεταβολή προφίλ

Οι σωματικές μεταλλάξεις εντοπίστηκαν σε δείγματα που αποκτήθηκαν από 34 ιαπωνικά ασθενείς με HGSOC έχουν αρχειοθετηθεί με βάση την ανάλυση των δεδομένων αλληλουχίας exome. Το μέσο βάθος ανάγνωσης ήταν 91 × 84 × και για όγκου και φυσιολογικών δειγμάτων, αντίστοιχα. Κάλυψη ≧ 10 × επιτεύχθηκε το 89% και το 88% των βάσεων της κωδικοποιητικής όγκου και φυσιολογικών δειγμάτων, αντίστοιχα (Πίνακας S2). Εμείς εντοπίστηκαν 1.399 σωματικά nonsynonymous (εσφαλμένου νοήματος και ανοησίες) και συναρμογής μεταλλάξεις χώρο (41 μεταλλάξεις ανά δείγμα) χρησιμοποιώντας VarScan 2 [12] με τα προκαθορισμένα κριτήρια που περιγράφονται στο τμήμα Υλικά και Μέθοδοι. Από αυτά τα σωματικά παραλλαγές, 158 επιλέχθηκαν τυχαία και υποβλήθηκαν σε ανάλυση αλληλουχίας Sanger, και 143 παραλλαγές επιτυχώς επικυρώνονται (143/158, 91%). Όλα

TP53

σωματικά nonsynonymous και συναρμογής μεταλλάξεις ιστοσελίδα κλήθηκαν και επικυρωθεί χρησιμοποιώντας VarScan 2 και Sanger αλληλούχισης, αντίστοιχα. Για εννέα ασθενείς με κανένα

TP53

σωματικά nonsynonymous και συναρμογής μεταλλάξεις ιστοσελίδα, πραγματοποιήσαμε περαιτέρω αλληλουχίας Sanger για όλα τα δέκα

TP53

κωδικοποίησης εξώνια επειδή ψευδώς αρνητικά μπορεί να αναμένεται λόγω των υφιστάμενων χαμηλό βάθος διαβάζει . Διαπιστώσαμε μια διαγραφή καρέ-shift στο εξόνιο 3 για S022 (Πίνακας S3). Σωματικά SNVs και indels σχολιάστηκαν σε 1.405 σε 1.159 γονίδια.

ΤΡ53

ήταν η πιο συχνά μεταλλαγμένο (76%, 26/34) (Σχήμα 1Α), ωστόσο, η συχνότητα μετάλλαξης ήταν χαμηλότερη από τις προηγούμενες εκθέσεις [5], [27]. Υπήρχαν 24 διακριτές και διαφορετικές

TP53

μεταλλάξεις (Πίνακας S4). Δύο ασθενείς (S066 και S271) μοιράζονται την ίδια παραλλαγή των εσφαλμένων διευθύνσεων (R273H) και τα άλλα δύο ασθενείς (S009 και S017) μοιράζονται την ίδια παραλλαγή ανοησίες (R196 *). Από τα υπόλοιπα 22

TP53

παραλλαγές, πέντε ήταν διαγραφές μετατόπισης πλαισίου (A86fs για S020, S022 P27fs για, F113fs για S119, S006 S241fs για, και E286fs για S 118), η μία ήταν μια παραλλαγή ανοησία (Q52 * για S015), δύο ήταν παραλλαγές ματίσματος (Y126splice για S188 και S008 S261splice για), και το υπόλοιπο 14 ήταν εσφαλμένου νοήματος (Πίνακας S4). FIS για τα 15

ΤΡ53

παραλλαγές εσφαλμένου νοήματος ήταν & gt? 2.0 σύμφωνα με MutationAssessor 2 [14] ανάλυση και ορίστηκαν ως επιβλαβή (Πίνακας S4)

(Α) σωματικών μεταλλάξεων τοπίο του 34 ασθενείς. με HGSOC. Οι Σωματικές μεταλλάξεις εντοπίζονται σε περισσότερες από ή ίση με τρεις ασθενείς εμφανίζονται. Οι ασθενείς με μεταλλάξεις του ίδιου γονιδίου εμφανίζονται με κόκκινο χρώμα. (Β) Αντίγραφο αριθμό αλλοίωση του τοπίου των 30 ασθενών με HGSOC. αριθμού αντιγράφων είναι (ΣΟ) αλλαγές υποδεικνύονται ως εξής: CN = 0, σκούρο μπλε? CN = 1, γαλάζιο? = CN 3, ροζ? και CN ≧ 4, κόκκινο). Μπλε γραμμή στην πίστα διαγραφής και κόκκινη γραμμή όσον αφορά τη συχνότητα αριθμό επίδειξη αντιγράφου αλλοίωση Ενίσχυση κομμάτι. Γκρι γραμμές στα ίχνη διαγραφής και Ενίσχυσης δείχνουν τα -λογάριθμος μετασχηματισμένα ακριβείς τιμές ρ δοκιμασία του Fisher του 0,0005.

Η

Η δεύτερη πιο συχνά μεταλλαγμένα γονίδια ήταν

BCLAF1

,

CLCNKA

, και

MAGEC1

(29%, 10/34 για κάθε γονίδιο). Σύμφωνα με FIS προσδιορίζεται με τη χρήση MutationAssessor 2, όλες τις μεταλλάξεις εκτός K911fs του

BCLAF1

αξιολογήθηκαν ως καλοήθεις και θεωρήθηκαν μεταλλάξεις των επιβατών. Ενενήντα δύο τοις εκατό (1.063 /1.159) των γονιδίων μεταλλάχθηκαν σε έναν ασθενή. Για να διερευνηθεί περαιτέρω γονίδια οδηγός καρκίνος υποψήφιος μεταλλαχθεί σε τουλάχιστον δύο ασθενείς, OncodriveFM εφαρμόστηκε όπως περιγράφεται στο Υλικά και Μέθοδοι τμήμα. Μόνο

ΤΡ53

ανιχνεύθηκε ως γονίδιο οδηγός καρκίνο με υψηλή συσσώρευση επιβλαβείς μεταλλάξεις στα δείγματα HGSOC μας (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

CNV προφίλ για 30 από τα δείγματα 34 HGSOC φαίνεται στην Εικόνα 1Β και αρχείων S1. Οι αριθμοί αντίγραφο του γονιδιώματος-πάνω από 30 δείγματα HGSOC άλλαξαν. ParseCNV εντοπίστηκαν εννέα διαγραφεί επανειλημμένα CNVRs (1ρ36.11, 4q24, 5q13.1, 5q13.2, 6q22.33-23.1, 15q24.2-24.3, 17q12, 18q21.31, και 22q12.3) και τέσσερα ενισχυμένα CNVRs (1p34 0,1 έως 33, 3q27.2, 6p24.2 και 10p12.31-12.2) με εντοπίστηκαν γονίδια, αντίστοιχα (πίνακες S5 και S6).

Αποκλεισμός των ασθενών οδού με προβλήματα p53 από μη μεταλλαγμένη TP53 HGSOC

Το

TP53

συχνότητα μετάλλαξης ήταν σημαντικά χαμηλότερη σε δείγματα μας σε σύγκριση με εκείνα που αναφέρθηκαν σε προηγούμενες μελέτες ως εξής: 26/34 έναντι 301/316? exact test p αξία του Fisher των 0,0060 [5] και 26/34 έναντι 118/126? exact test ρ τιμή του Fisher του 0,0069 [27]. Μεταξύ των οκτώ δείγματα με μη μεταλλαγμένη

ΤΡ53

(Σχήμα 2Α), η ανάλυση έδειξε CNV ετερόζυγο απώλεια αριθμού αντιγράφων του

ΤΡ53

για δείγμα S004 (Σχήμα 2Β). MDM2 είναι μια Ε3 ουμπικουιτίνης πρωτεΐνης λιγάση που στοχεύει p53 για την αποικοδόμηση του πρωτεασώματος και θεωρείται αρνητική τελεστή της ρ53 [28]. Υπάρχει μια σχέση μεταξύ της ενίσχυσης της

MDM2

και απώλεια της λειτουργίας ρ53 σε ορισμένους όγκους [27]. Για τους οκτώ δείγματα με ανέπαφο

ΤΡ53

, δεν

παρατηρήθηκε MDM2

ενίσχυση αριθμού αντιγράφων (Σχήμα 2Α). Για να διερευνήσουν περαιτέρω το εάν ένας εναλλακτικός μηχανισμός λογαριασμούς για τη στυτική p53, αξιολογήσαμε μια λίστα των γονιδίων στόχων άμεση p53 (Πίνακας S7) που λαμβάνεται από τη βάση δεδομένων Pathway Αλληλεπίδραση (PID) [29]. Εντοπίσαμε ένα

IRF5

(ρυθμιστικό παράγοντα ιντερφερόνης 5) μετάλλαξη θέση ματίσματος (W181splice) του δείγματος S018. Συνολικά, εντοπίστηκαν έξι ρ53 μονοπάτι ανέπαφη ασθενείς από τους οκτώ ασθενείς με HGSOC με μη μεταλλαγμένη

ΤΡ53

(Εικόνα 2Α). Εμείς ανατεθεί έξι ασθενείς με ST1 και το υπόλοιπο να ST2.

(Α) Σύνοψη των ασθενών με

Τα TP53

μεταλλάξεις εμφανίζονται σε ροζ χρώμα στο

TP53

κομμάτι _mut.

είναι ετερόζυγο αντίγραφο TP53

διαγραφές αριθμό που εμφανίζεται με μπλε χρώμα στο

TP53

_DEL κομμάτι.

MDM2

ενίσχυση αριθμού αντιγράφων εμφανίζεται με κόκκινο χρώμα στο

MDM2

κομμάτι _amp. Οι μεταλλάξεις στα γονίδια που είναι άμεσοι στόχοι της p53 εμφανίζεται με πράσινο χρώμα στην πίστα p53_Target_mut. (Β) Dot οικόπεδο αναλογία log R (ΕΚΚ) των Chr17 για το δείγμα S004. Μπλε κουκκίδες υποδεικνύουν τιμές LRR. Η θέση της γραμμής του LRR = 0 ενδείκνυται ως 0 για το δικαίωμα του κάθε γραφήματος.

TP53

(17ρ13.1) υποδεικνύεται από την μπλε αστερίσκο στην κάθετη γραμμή.

Η

Γονιδιωματική μεταβολές στην ST1 και ST2

Δεν ανιχνεύθηκαν μεταλλάξεις σε γονίδια ειδικά για χαμηλού βαθμού ορώδες τύπου, όπως

BRAF

,

CTNNB1

,

KRAS

, και

PIK3CA

[27], μεταξύ του 1159 γονίδια μεταλλαγμένα στα δείγματα 34 HGSOC (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Για να χαρακτηριστεί διαφορές στην γενωμική μεταβολές μεταξύ ST1 και ST2, συγκρίναμε τους αριθμούς των σωματικών μεταλλάξεων nonsynonymous και ματίσματος θέση και βρέθηκε ο αριθμός των σωματικών μεταλλάξεων ST1 ήταν σημαντικά χαμηλότερο σε σύγκριση με το ST2 (Wilcoxon rank sum test p αξίας 0,00070) (Εικόνα 3Α).

(Α) σύγκριση του αριθμού των σωματικών nonsynonymous και συναρμογής μεταλλάξεις ιστοσελίδα. (Β) Σύγκριση του αριθμού των CNV τμημάτων (άνω πάνελ) και προφίλ CNV (κάτω πίνακας) στα χρωμοσώματα 17 και 12 μεταξύ ST1 και ST2. Αντιγραφή αριθμού μεταβολές έχουν ως εξής: CN = 0, σκούρο μπλε? CN = 1, γαλάζιο? = CN 3, ροζ? και CN ≧ 4, κόκκινο). ST1 περικλείεται από το πράσινο ορθογώνιο. (Γ) καθαρότητες Όγκου του ST1 και ST2.

Η

Επιπλέον, συγκρίναμε ST1 και ST2 σε σχέση με τον αριθμό των τμημάτων CNV που προσδιορίζονται από PennCNV [17] σε κάθε αυτοσωματικό χρωμόσωμα (Πίνακας S8). Τα αποτελέσματα του τεστ Wilcoxon Rank Sum και τη διόρθωση πολλαπλών δοκιμών για 22 αυτοσωμικά χρωμοσώματα σύμφωνα με ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη (FDR) [30] παρουσίασαν σημαντικά λιγότερες τμήματα CNV στα χρωμοσώματα 17 και 12 (FDR αξία q των 0.040 και 0.047, αντίστοιχα) για ST1 (Σχήμα 3Β). Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι ST1 διατήρησε το φυσιολογικό καρυότυπο και ST2 έτρεφε γονιδιώματος σε επίπεδο αριθμού αντιγράφων μεταβολές ιδιαίτερα εμπλουτισμένο σε χρωμοσώματα 17 και 12 (Σχήμα 3Β).

Για να αποκλείσει το ενδεχόμενο ότι ο μικρός αριθμός των μεταλλάξεων και μερικά τμήματα CNV του ST1 ήταν λόγω του υψηλού βαθμού μόλυνσης με φυσιολογικά κύτταρα, καθαρότητα όγκου αξιολογήθηκε όπως περιγράφεται στο Υλικά και Μέθοδοι τμήμα. Οι μέσες καθαρότητες όγκου ήταν 79% και 73% για ST1 και ST2, αντίστοιχα, και δεν υπήρχε σημαντική διαφορά στην καθαρότητα του όγκου μεταξύ των υποτύπων (Wilcoxon Rank Sum test τιμή ρ 0,48) (Σχήμα 3C και τον Πίνακα S9).

ανάλυση έκφρασης γονιδίων σε λειτουργικά χαρακτηρισμό ST1 και ST2

Τα προφίλ γονιδιακής έκφρασης του ST1 και ST2 προσδιορίστηκαν χρησιμοποιώντας ένα mRNA μικροσυστοιχιών [7], [8]. Ογδόντα-εννέα ανιχνευτές που αντιπροσωπεύουν το 70 γονίδια που αποκάλυψε διαφορές στα επίπεδα έκφρασης μεταξύ ST1 και ST2 σε FDR (BH) του & lt? 0.1 (Πίνακες S10 και S11). Τα επίπεδα έκφρασης του 33 και 37 γονίδια ήταν υψηλότερη (Πίνακας S10) και κάτω (Πίνακας S11), αντίστοιχα, για ST1 σε σύγκριση με εκείνη για ST2. Τα 70 γονίδια που παρουσίασαν σχετικά ομοιογενείς και ετερογενείς εκφράσεις σε ST1 και ST2, αντίστοιχα (Σχήμα 4)

Εβδομήντα γονίδια (89 ανιχνευτές) που εμφανίζουν διαφορές σε FDR (BH) του & lt?. 0.1 εμφανίζονται. ST1 περικλείεται από το πράσινο ορθογώνιο. Υψηλής και Χαμηλής δείχνουν τα επίπεδα έκφρασης του ST1 σε σύγκριση με το ST2.

Η

Για την αξιολόγηση των βιολογικών και λειτουργικές συνέπειες της έκφρασης αυτών των 70 γονιδίων, GO ανάλυση εφαρμόστηκε χρησιμοποιώντας DAVID. Τριάντα-πέντε γονίδια ταξινομήθηκαν σε 18 GO ομάδες μοιράζονται τους ίδιους όρους GO (Πίνακας S12). Δύο από τις 18 ομάδες GO (μίτωση και DNA ελικάση) έδειξαν σημαντικό εμπλουτισμό των γονιδίων (Εμπλουτισμός σκορ & gt? 1,3) (Σχήμα 5 και Πίνακας S12).

NEK1

και

NEK9

στην ομάδα μίτωσης ήταν ρυθμισμένη προς τα πάνω και

ASPM

,

BIRC5

,

CDCA2

, και

SKA3

ρυθμίστηκαν προς τα κάτω σε σχέση με ST1 ότι ST2.

BLM

,

PIF1

, και

RECQL4

, τα οποία κωδικοποιούν ελικάσες DNA, εκφράστηκαν σε σχετικά χαμηλά επίπεδα σε ST1. Οι διαφορές στην έκφραση αυτών των γονιδίων μίτωσης και DNA ελικάσης αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας την δοκιμή Kolmogorov-Smirnov, δοκιμή F, και

t-test

με R έκδοση 3.0.2 (Σχήμα 6 και Πίνακας S13).

Heat-χάρτη προβολή των γονιδίων οντολογίας (GO) ομάδες. Δύο ομάδες GO (μίτωση και DNA ελικάση) με σημαντικό εμπλουτισμό γονίδιο υποδεικνύονται ως ομάδες GO 1 και 2, αντίστοιχα. ST1 περικλείεται από το πράσινο ορθογώνιο.

Η

μέλισσα σμήνος και κουτί οικόπεδα εμφανιστεί το πρότυπο έκφρασης του γονιδίου της ST1 και ST2 ασθενείς. άξονας Υ δείχνει κανονικοποιημένα σήματα γονιδιακής έκφρασης σε επεξεργασία από GeneSpring. Οι αστερίσκοι (*) ή συν πινακίδες (+) υποδεικνύουν

t-test

σ τιμές ως εξής: * p & lt? 0,05, ** p & lt? 0,01 και ***

(+++) p & lt? 0.001.

Η

Συζήτηση

Οι αναλύσεις των σωματικών μεταλλάξεων του HGSOC έδειξε εμπλουτισμό του

TP53

μεταλλάξεις (Εικόνα 1Α). Η ανάλυση αποκάλυψε CNV μια αλλαγμένη κατατομή του αριθμού αντιγράφων του γονιδιώματος σε επίπεδο (Εικόνα 1Β). Αυτά τα ευρήματα είναι συνεπή με εκείνα μιας προηγούμενης μελέτης [5]. Ωστόσο, διαπιστώσαμε μια σημαντική διαφορά στη συχνότητα των

TP53

μεταλλάξεις σε σύγκριση με αυτό που αναφέρθηκε σε προηγούμενες εκθέσεις [5], [27]. Συγκεκριμένα, οκτώ δείγματα HGSOC δεν φιλοξενούν

ΤΡ53

μεταλλάξεις, και μετάλλαξη ενός γονιδίου στόχου ρ53

IRF5

εντοπίστηκε σε ένα δείγμα. Περαιτέρω, ένας είχε

TP53

αντιγράψετε διαγραφή αριθμό. Στο σύνολό τους, βάλαμε έξι δείγματα HGSOC ως ST1 και τα υπόλοιπα 28 δείγματα ως ST2.

Όλοι οι ασθενείς με HGSOC σε αυτή τη μελέτη ήταν Ιάπωνες, ενώ οι ασθενείς στις προηγούμενες μελέτες [5], [27] ήταν προέρχονται κυρίως από πληθυσμούς σε ευρωπαϊκό απόγονος. Η διαφορά του

TP53

συχνότητες μετάλλαξης μπορεί να προέρχονται από διαφορές πληθυσμού όπως παρατηρήθηκε στην περίπτωση του υποδοχέα του επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (

EGFR

) μεταλλάξεις για τους καρκίνους μη μικροκυτταρικό πνεύμονα [31], [ ,,,0],32].

EGFR

ποσοστά μετάλλαξης ήταν ως εξής: 11% και 32% στη Δυτική Ευρώπη και την ανατολική Ασία ασθενείς, αντίστοιχα [31], και 2% και 26% των ασθενών στις ΗΠΑ και την Ιαπωνία, αντίστοιχα [32] . Οι χαμηλοί αριθμοί των ασθενών στην παρούσα μελέτη σε σχέση με τα δεδομένα TCGA που [5] μπορεί να μην είναι αρκετά για να παρέχουν σταθερή σύναψη της TP53

συχνότητα μετάλλαξης. Προφανώς, η μελέτη πολύ μεγαλύτερη κλίμακα, συμπεριλαμβανομένων της Ασίας ασθενείς Ιάπωνες και άλλους με HGSOC χρειάζονται. Η άλλη δυνατότητα είναι η ύπαρξη μικρό κλάσμα των

TP53

μεταλλαγμένα καρκινικά κύτταρα, λόγω της ετερογένειας των όγκων στα

TP53

μη μεταλλαγμένη ασθενείς. Είναι ευρέως αποδεκτό ότι τότε θα πρέπει να παρατηρηθεί σωματικών μεταλλάξεων οδηγός όπως μεταλλάξεις του

ΤΡ53

συμβαίνουν σε ένα πρώιμο συμβάν του καρκίνου σχετικά υψηλή συχνότητα της μετάλλαξης. Στην παρούσα μελέτη, εμείς πράγματι παρατηρείται τουλάχιστον το 20% των συχνοτήτων παραλλαγή του όγκου για

TP53

. Ως εκ τούτου, κατά πάσα πιθανότητα δεν παραβλέπουμε μεταλλάξεις οδηγός του

TP53

από την αλληλούχιση exome (Σχήμα 1).

Οι χαμηλοί αριθμοί των σωματικών μεταλλάξεων και τμήματα CNV παρατηρείται σε ST1 αντανακλούν πιθανό ένα λειτουργικά ανέπαφο p53 μονοπάτι. ST2 εμπλουτίστηκε για

ΤΡ53

μεταλλάξεις, και τα προφίλ αριθμό αντιγράφων του γονιδιώματος σε επίπεδο ήταν παρόμοια με εκείνα των όγκων Τύπου II. Σε αντίθεση,

ΤΡ53

ήταν μη μεταλλαγμένη σε ST1 και επέδειξε μία φυσιολογικό καρυότυπο παρόμοια με εκείνη των όγκων τύπου Ι, όπως προτείνεται στην προηγούμενη εξέταση, [2]. Ωστόσο, δεν είχαμε ανιχνεύσει μεταλλάξεις σε γονίδια που κωδικοποιούν συστατικά του μονοπατιού σηματοδότησης RAS σε ST1 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Στο μεγαλύτερο σύνολο δεδομένων από TCGA [5], 15 των 316 δειγμάτων από ασθενείς με HGSOC έτρεφε μη μεταλλαγμένη

TP53

. Όταν έψαξε για

TP53

διαγραφές,

MDM2

ενίσχυσης, ή μεταλλάξεις στόχο γονίδιο p53 στα 15 δείγματα, μόνο ένα (TCGA-25 έως 1328), είχε χαρακτηριστεί ως ST1 (Σχήμα S1) . Ιεραρχική ομαδοποίηση χρησιμοποιώντας 45 επικαλυπτόμενων γονιδίων μεταξύ των 70 διαφορικά εκφρασμένα γονίδια αποδίδεται TCGA-25 – 1328 με ST1 (Σχήμα S1, κάτω). Τα αποτελέσματα αυτά υποδηλώνουν ότι ST1 είναι μια νέα υποτύπου HGSOC βασίζεται στην μετάλλαξη και τα προφίλ CNV.

Για τον περαιτέρω χαρακτηρισμό τα λειτουργικά χαρακτηριστικά του ST1 και ST2, συγκρίναμε τα προφίλ γονιδιακής έκφρασης τους (Σχήμα 4). Χρησιμοποιώντας ένα κατώφλι σημασία [FDR (BH) & lt? 0,1], εντοπίσαμε 70 γονίδια που εκφράζονται σε ομοιογενώς μικροσυστοιχία ST1 και ετερογενώς εκφράζεται σε μικροσυστοιχία ST2 (Σχήμα 4). Το ετερογενές έκφραση γονιδίων ST2 μπορεί να υποδεικνύει τη διαφοροποίηση της μοριακής υποτύπων ως δευτερεύουσες εκδηλώσεις, όπως προτείνεται στο πλαίσιο της αναθεώρησης προαναφερθείσα [2], και ομοιογενή γονιδιακή έκφραση ST1 μπορεί να αντανακλά μια πρώιμη εκδήλωση της ογκογένεσης πριν συμβεί χρωματίνης αστάθεια.

GO ανάλυση εντοπίστηκαν 18 ομάδες GO που μοιράζονται πολύ παρόμοιες βιολογικές όρους, και δύο ομάδες ήταν σημαντικά εμπλουτισμένη για γονίδια που εμπλέκονται στην μίτωση και αυτά που κωδικοποιούν ελικάσες DNA (Σχήματα 5 και 6). Ελαττώματα σε μίτωση οδηγήσει σε ανώμαλο αριθμό χρωμοσωμάτων που σχετίζεται με ογκογένεση [33]. Δύο μιτωτικά γονίδια που κωδικοποιούν τις κινάσες NEK1 και NEK9 ήταν ιδιαίτερα εκφράζονται σε ST1, και προς τα πάνω ρύθμιση αυτών των κινασών συνδέεται με γονιδιωματική σταθερότητα και ογκογένεση [34] – [37]. Επιπλέον, άλλα μιτωτικής γονίδια (

ASPM

,

BIRC5

,

CDCA2

, και

SKA3

) ήταν ιδιαίτερα εκφράζονται σε ST2 και ανώμαλη ενεργοποίηση του έκφραση αυτών των γονιδίων που σχετίζονται με ογκογένεση [5], [38] – [42]

ελικάσες DNA διατηρεί τη σταθερότητα του γονιδιώματος μέσω επιδιόρθωσης του DNA, ανασυνδυασμός, και αντιγραφή.. Οι ελικάσες DNA, BML και RECQL4, αδρανοποιούνται σε καρκίνο επιρρεπή γενετικών διαταραχών όπως Bloom και σύνδρομα Rothmund-Thomson [43], [44]. Προς τα πάνω ρύθμιση της έκφρασης ελικάση DNA εμφανίζεται συνήθως σε αρκετούς καρκίνους (π.χ., αιμοποιητικά, του προστάτη, και ηπατοκυτταρικό) [43] – [48]. Αυξημένη έκφραση των γονιδίων ελικάση DNA

BLM

,

PIF1

, και

RECQL4

που γενικά παρατηρείται σε καρκίνους μπορεί να εξηγήσει μια λειτουργία ανάκτησης από χρωματίνη αστάθεια στην ST2. Σε αντίθεση, μειωμένη έκφραση των γονιδίων που κωδικοποιούν ελικάσες DNA που χαρακτηρίζεται από ST1 υποδεικνύει ότι χρωματίνης αστάθεια δεν παρουσιάζεται στα ST1. απαιτούνται περαιτέρω έρευνες για να αποσαφηνιστεί η σχέση μεταξύ της έκφρασης αυτών των γονιδίων και την παθογένεια της HGSOC.

Δεν εντοπίσαμε διαφορές στη συνολική ή επιβίωση χωρίς εξέλιξη των ασθενών ταξινομούνται είτε ως ΣΤ1 ή ST2 (Εικόνα S2). Όλα τα δείγματα είχαν διαγνωστεί ως καρκίνος υψηλής ποιότητας από παθολόγους, και τα δείγματα που ταξινομούνται ως ST1 έγιναν αναδρομικά εξετάστηκε? Ωστόσο, δεν είχαν μοναδικό παθολογικά χαρακτηριστικά. ST1 χαρακτηριζόταν από ένα ανέπαφο μονοπάτι ρ53? Ωστόσο, δεν υπήρχαν διαφορές σε παθολογικά ευρήματα ασθενών ή κλινικές συνέπειες. Αυτά τα ευρήματα υποδηλώνουν την παρουσία αγνώστων βιολογικών διαδικασιών που εμπλέκονται στο φαινότυπο ST1, υποδεικνύοντας ότι μια πιο αποτελεσματική θεραπεία θα πρέπει να αναπτυχθεί για αυτούς τους ασθενείς.

Εν περιλήψει, περιγράφουμε την ταυτοποίηση ενός νέου υποτύπου ανέπαφη ρ53 μονοπάτι στα ιαπωνικά ασθενείς με HGSOC. Τα ευρήματά μας υπόσχονται να ενισχύσουν την κατανόηση των μοριακών μηχανισμών ογκογένεσης και να διευκολύνουν την ανάπτυξη θεραπευτικών στρατηγικών που στοχεύουν μη μεταλλαγμένη

TP53

σε ασθενείς με HGSOC.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

ST1 στα δεδομένα TCGA. (Άνω πάνελ) Περίληψη των μεταλλάξεων για

TP53

και μονοπάτι ρ53 γονίδια για 15

TP53

μη μεταλλαγμένη ασθενείς με HGSOC στα δεδομένα TCGA.

TP53

ομόζυγη διαγραφή παρουσιάζεται σε σκούρο μπλε και ετερόζυγο αριθμός αντιγράφων διαγραφές φαίνονται στο γαλάζιο στο

TP53

_DEL κομμάτι.

MDM2

ενίσχυση αριθμού αντιγράφων εμφανίζεται με κόκκινο χρώμα στο

MDM2

κομμάτι _amp. Οι μεταλλάξεις στα γονίδια που είναι άμεσοι στόχοι της p53 εμφανίζεται με πράσινο χρώμα στην πίστα p53_Target_mut. (Κάτω πίνακας) Ιεραρχική ομαδοποίηση των TCGA-25 με 1328 και 33 HGSOC χρησιμοποιώντας 45 επικαλυπτόμενων γονιδίων μεταξύ των 70 διαφορικά εκφρασμένα γονίδια

doi:. 10.1371 /journal.pone.0114491.s001

(PDF)

Εικόνα S2. ανάλυση

επιβίωσης. (Αριστερό πάνελ) Σε γενικές γραμμές καμπύλες επιβίωσης για ST1 και ST2. (Δεξιά πλευρά) καμπύλες επιβίωσης χωρίς εξέλιξη για ST1 και ST2. Αυτές οι καμπύλες επιβίωσης απεικονίζονται χρησιμοποιώντας τη μέθοδο Kaplan-Meier. σ τιμές αντιστοιχούν σε δοκιμασία Logrank σύγκριση των καμπυλών επιβίωσης

doi:. 10.1371 /journal.pone.0114491.s002

(PDF)

Πίνακα S1.

κλινικά δεδομένα. PT- και ΦΥΓΩ-στάδια. Οι δύο υπότυποι (ST1 και ST2) που αναγράφονται στη στήλη Δευτερεύων

doi:. 10.1371 /journal.pone.0114491.s003

(XLSX)

Πίνακας S2.

Βάθος και την κάλυψη της αλληλουχίας exome. Το βάθος και την κάλυψη υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας DepthOfCoverage ενότητα της GATK

doi:. 10.1371 /journal.pone.0114491.s004

(XLS)

Πίνακα S3.

Βάθος της κωδικοποίησης εξώνια του

TP53

Βάθος δέκα κωδικοποίησης εξώνια του

TP53

(NM_001126112.2) υπολογίστηκαν με τη χρήση SAMtools

doi:.. 10.1371 /journal.pone. 0114491.s005

(XLSX)

Πίνακας S4.

σωματικά

TP53

μεταλλάξεις. Οι λειτουργικές επιπτώσεις της εσφαλμένης διευθύνσεως και μόνο παραλλαγές νουκλεοτιδίων που αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας MutationAssessor 2 εμφανίζονται στη στήλη FIS

doi:. 10.1371 /journal.pone.0114491.s006

(XLS)

Πίνακας S5. αριθμός

αντιγραφής διαγράφονται περιοχές. Οι επαναλαμβανόμενες αριθμός αντιγράφων διαγραφεί περιοχές φαίνεται στο CNVR στήλη (hg18). στήλη γονίδιο δείχνει γονίδια που βρίσκονται σε αυτές τις CNVRs

doi:. 10.1371 /journal.pone.0114491.s007

(PDF)

Πίνακας S6. αριθμός

Αντιγραφή ενισχυμένες περιοχές. Οι επαναλαμβανόμενες αριθμός αντιγράφων ενισχυμένες περιοχές φαίνεται στο CNVR στήλη (hg18). στήλη γονίδιο δείχνει γονίδια που βρίσκονται σε αυτές τις CNVRs

doi:. 10.1371 /journal.pone.0114491.s008

(PDF)

Πίνακας S7.

Λίστα p53 άμεση γονιδίων στόχων. Μια λίστα των p53 άμεσων γονιδίων στόχων προήλθαν από τη βάση δεδομένων Pathway Αλληλεπίδραση (PID)

doi:. 10.1371 /journal.pone.0114491.s009

(XLSX)

Πίνακας S8.

CNV τμήματα.