Αφηρημένο

Ανοσοποιητικό γονίδια απάντηση που σχετίζονται με διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στην καρκινογένεση του παχέος μεσολαβώντας φλεγμονή ή ανοσο-επιτήρηση της φοροδιαφυγής. Αν και αξιοσημείωτη πρόοδος έχει γίνει για τη διερεύνηση του υποκείμενου μηχανισμού, η κατανόηση της περίπλοκης διαδικασίας καρκινογένεσης ήταν πάρα πολύ παρεμποδίζεται από μεγάλης κλίμακας ετερογένεια των όγκων. Ανάπτυξη και το μερίδιο καρκινογένεση εντυπωσιακές ομοιότητες στην κυτταρική συμπεριφορά τους και τις υποκείμενες μοριακών μηχανισμών. Η συσχέτιση μεταξύ της εμβρυϊκής ανάπτυξης και καρκινογένεση κάνει εμβρυϊκή ανάπτυξη ενός βιώσιμου μοντέλου αναφοράς για τη μελέτη του καρκίνου παρακάμπτοντας έτσι το δυνητικά παραπλανητική πολυπλοκότητα της ετερογένειας των όγκων. Εδώ είχαμε προτείνει ότι οι ανοσολογικές γονίδια, υπεύθυνη για την ενδο-ανοσοποιητικό αποπροσανατολισμό συνεργατικότητα (που ορίζεται σε αυτή τη μελέτη ως διαταραχή των αναπτυξιακών μοντέλων συσχέτισης της έκφρασης κατά την καρκινογένεση), πιθανώς περιέχει αναξιοποίητο προγνωστική πόρων του καρκίνου του παχέος εντέρου. Σε αυτή τη μελέτη, προσδιορίσαμε το προφίλ έκφρασης του mRNA του 137 ανθρωπίνων δειγμάτων βιοψίας, συμπεριλαμβανομένων των δειγμάτων από διαφορετικά στάδια της ανθρώπινης κολονικής ανάπτυξης, του παχέος εντέρου προκαρκινικές εξέλιξης και του παχέος δείγματα καρκίνου, μεταξύ των οποίων 60 ήταν επίσης χρησιμοποιείται για να παράγει miRNA προφίλ έκφρασης. Εμείς αρχικά ιδρύθηκε Spearman μοντέλο μετάβαση συσχέτισης για την ποσοτικοποίηση της αποπροσανατολισμό συνεργασιμότητα που σχετίζεται με την μετάβαση από την κανονική σε προκαρκινικές σε ιστό καρκίνου, σε συνδυασμό με το ρυθμιστικό δίκτυο miRNA-mRNA και αλγόριθμος μηχανικής μάθησης για την ταυτοποίηση γονιδίων με προγνωστική αξία. Τέλος, ένα 12-γονίδιο υπογραφή εξήχθη, του οποίου η προγνωστική αξία εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας ανάλυση επιβίωσης Kaplan-Meier σε πέντε ανεξάρτητα σύνολα δεδομένων. Χρησιμοποιώντας τη δοκιμασία log-rank, το 12-γονίδιο υπογραφή ήταν στενά συνδεδεμένη με τη συνολική επιβίωση σε τέσσερα σύνολα δεδομένων (GSE17536, n = 177,

σ

= 0.0054? GSE17537, n = 55,

p

= 0,0039? GSE39582, n = 562,

σ

= 0,13? GSE39084, n = 70,

σ

= 0,11), και σχετίζεται σημαντικά με την επιβίωση ελεύθερη νόσου σε τέσσερα σύνολα δεδομένων (GSE17536 , n = 177,

σ

= 0,0018? GSE17537, n = 55,

σ

= 0,016? GSE39582, n = 557,

σ

= 4.4e-05? GSE14333, n = 226,

σ

= 0,032). ανάλυση παλινδρόμησης Cox επιβεβαίωσε ότι ο 12-γονίδιο υπογραφή ήταν ένα ανεξάρτητο παράγοντα στην πρόβλεψη συνολική επιβίωση του παχέος ασθενούς με καρκίνο (αναλογία κινδύνου: 1.759? 95% διάστημα εμπιστοσύνης: 1,126 – 2,746?

σ

= 0.013], καθώς και ελεύθερη νόσου επιβίωση (λόγος επικινδυνότητας: 2.116? 95% διάστημα εμπιστοσύνης: 1,324 – 3,380?

σ

= 0,002)

Παράθεση:. Μια Ν, Shi Χ, Zhang Υ, Lv Ν, Feng L, Di Χ, et al (2015) Ανακάλυψη Υπογραφή Μυθιστόρημα του ανοσοποιητικού Gene με Ριζική προγνωστική αξία στον καρκίνο του παχέος εντέρου:.. ένα μοντέλο συνεργασιμότητα Αποπροσανατολισμός δημιουργούνται κατά τη διαδικασία από την ανάπτυξη του καρκίνου PLoS ONE 10 (9): e0137171. doi: 10.1371 /journal.pone.0137171

Επιμέλεια: Zhiqian Zhang, το Πανεπιστήμιο του Πεκίνου Αντικαρκινικό Νοσοκομείο

OS

, η συνολική επιβίωση?

DFS

, ελεύθερη νόσου επιβίωση.

Η

δειγματοληψία Τυχαία γονιδίου επαλήθευσε την εγκυρότητα της μεθοδολογίας μας

Για να επιβεβαιώσει την εγκυρότητα της διαδικασίας επιλογής την υπογραφή μας, μια ομάδα 12 γονιδίων ήταν τυχαία δειγματοληψία 2000 φορές σε όλη τους 972 συνδέονται με το ανοσοποιητικό γονίδια, 665 DVIGs, 280 γονίδια εκτροπή και 59 γονίδια miRNA-ρυθμίζονται, αντίστοιχα. Ο αριθμός των φορών που ένα τυχαία επιλεγμένο πάνελ των 12 γονιδίων θα μπορούσε ταυτόχρονα να διακρίνουν τα σύνολα δεδομένων επιβίωση (OS και DFS σε GSE17536 και GSE17537, DFS σε GSE39582 και GSE14333), ήταν 0, 0, 9 και 33 για τις προαναφερθείσες τέσσερις ομάδες γονιδίων, αντίστοιχα , παρέχοντας ισχυρές ενδείξεις για την εγκυρότητα της υπόθεσης και τη γονιδιακή μας αγωγού υπογραφής επιλογής (Σχήμα 7Α).

(Α) Μπαρ οικόπεδο του αριθμού των φορών που 12 τυχαία επιλεγμένα γονίδια θα μπορούσαν ταυτόχρονα να διακρίνουν τέσσερα σύνολα δεδομένων επιβίωση (OS και DFS σε GES17536 και GSE17537, DFS σε GSE39582 και GSE14333). (Β) Heatmap των 137 δειγμάτων βιοψίας ιδρύθηκε με το προφίλ έκφρασης του mRNA της 12-γονιδίου υπογραφή. Τα ακατέργαστα δεδομένα mRNA ομαλοποιήθηκαν και στη συνέχεια διηθείται (βλέπε «Υλικά και Μέθοδοι»). Σειρές αντιπροσωπεύουν γονίδια, και οι στήλες αντιπροσωπεύουν δείγματα βιοψίας. Σειρές, αντί στήλες, οι αναδιατάσσονται χρησιμοποιώντας UCA, ενώ τα δείγματα του ίδιου τύπου τοποθετήθηκαν μαζί.

DVIG

, ανάπτυξη διαφορετικό ανοσοποιητικό γονίδιο?

UCA

, ο αλγόριθμος χωρίς επιτήρηση clustering?

OS

, η συνολική επιβίωση?

DFS

, ελεύθερη νόσου επιβίωση.

Η

Συζήτηση

Η στενή σχέση μεταξύ της εμβρυϊκής ανάπτυξης και καρκινογένεση κάνει εμβρυϊκή ανάπτυξη ενός βιώσιμου μοντέλου αναφοράς για τη μελέτη του καρκίνου, η οποία καταστρατηγεί η δυνητικά παραπλανητική πολυπλοκότητα που σχετίζεται με την ετερογένεια των όγκων.