Abstract

Ιστορικό

Ανθρώπινο ηπαρινάσης παίζει σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη του καρκίνου και πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNPs) στο γονίδιο ηπαρινάσης (HPSE) έχουν δειχθεί ότι συσχετίζεται με καρκίνο του στομάχου. Η παρούσα μελέτη εξέτασε τις συσχετίσεις μεταξύ μεμονωμένων SNPs ή απλότυπους στο HPSE και ευαισθησία, κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους και την πρόγνωση του καρκίνου του στομάχου σε ένα μεγάλο δείγμα πληθυσμού Χαν στη βόρεια Κίνα.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Γενωμικό DNA εκχυλίστηκε από, δείγματα φυσιολογικού ιστού γαστρικό μονιμοποιηθεί με φορμαλίνη εμπεδωθεί με παραφίνη από 404 ασθενείς και από το αίμα από 404 υγιείς ελέγχους. Έξι SNPs γονότυπος με λέιζερ εκρόφηση /ιοντισμό φασματομετρία μάζας υποβοηθούμενης από μήτρα χρόνο-πτήσης. Μια chi-square (χ2) δοκιμή και ανεπιφύλακτη λογιστική παλινδρόμηση χρησιμοποιήθηκαν για την ανάλυση του κινδύνου καρκίνου του στομάχου? μια δοκιμασία Log-rank και Cox μοντέλο αναλογικών κινδύνων χρησιμοποιήθηκαν για την παραγωγή ανάλυση επιβίωσης και μία μέθοδο Kaplan-Meier χρησιμοποιήθηκε για να χαρτογραφήσει καμπύλες επιβίωσης. Οι μέσες γονοτυπική ποσοστά επιτυχίας ήταν περισσότερο από 99% και στις δύο ομάδες. Απλότυπος CA στο μπλοκ που αποτελείται από rs11099592 και rs4693608 είχε μια μεγαλύτερη διανομή στην ομάδα των τύπων Borrmann 3 και 4 (P = 0.037), η ομάδα του μεγαλύτερου αριθμού των μεταστάσεων λεμφαδένα (Ν3 vs ομάδα N0, P = 0,046), και επιπλέον συσχετίστηκε με κακή επιβίωση (CG CA vs: HR = 0,645, 95% CI: 0,421 – 0,989, P = 0,044). Επιπλέον, γονότυποι rs4693608 ΑΑ και rs4364254 ΤΤ σχετίζεται με κακή επιβίωση (P = 0,030, HR = 1,527, 95% CI: 1,042 – 2,238 για rs4693608 AA? P = 0,013, HR = 1,546, 95% CI: 1,096 – 2,181 για rs4364254 ΤΤ). Δεν υπήρχαν συσχετίσεις μεταξύ μεμονωμένων SNPs ή απλότυπους και του γαστρικού τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου.

Συμπεράσματα /Σημασία

Ένα λειτουργικό απλότυπος σε HPSE βρέθηκε, η οποία περιελάμβανε τα σημαντικά rs4693608 SNP. SNPs σε HPSE διαδραματίζουν σημαντικό ρόλο στη γαστρική εξέλιξης του καρκίνου και την επιβίωση, και ίσως μπορεί να είναι ένας μοριακός δείκτης για την πρόγνωση και τη θεραπεία τιμές

Παράθεση:. Li AL, Τραγούδι YX, Wang ZN, Gao P, Miao Υ, Zhu JL, et al. (2012) πολυμορφισμών και ένας απλότυπος σε ηπαρινάσης Gene Ενώσεις με την εξέλιξη και την πρόγνωση του καρκίνου του στομάχου σε Βόρεια κινεζικού πληθυσμού. PLoS ONE 7 (1): e30277. doi: 10.1371 /journal.pone.0030277

Επιμέλεια: Masaru Katoh, Εθνικό Κέντρο Καρκίνου, Ιαπωνία

Ελήφθη: 13 του Οκτ, 2011? Αποδεκτές: 12 Δεκ 2011? Δημοσιεύθηκε: 20 Ιαν 2012

Copyright: © 2012 Li et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από το Εθνικό Ίδρυμα Επιστημών της Κίνας (Αρ 30972879 και Νο 81172370), μια εξειδικευμένη Ταμείο Έρευνας για τον Διδακτορικό Πρόγραμμα της Ανώτατης Εκπαίδευσης (Νο 200 801 590 006) και το Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της επαρχίας Liaoning (Νο 20092129). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

καρκίνο του στομάχου είναι η τέταρτη πιο κοινή μορφή καρκίνου παγκοσμίως και δεύτερη κύρια αιτία θνησιμότητας από καρκίνο [1]. Παρά τις προόδους στη διάγνωση και τη θεραπεία, η πρόγνωση για τους ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο του στομάχου παραμένει ζοφερή [2]. Επιπλέον, γαστρικό καρκίνο είναι μια ασθένεια του αλληλεπιδράσεων γονιδίων-περιβάλλοντος και γενετικοί παράγοντες παίζουν σημαντικό ρόλο στην ογκογένεση και την εξέλιξη [3]. Ως εκ τούτου, η ανακάλυψη και εφαρμογή των βιοδεικτών ενσωματωθεί με την παραδοσιακή διάγνωση του καρκίνου, στάσης, και η πρόγνωση θα μπορούσε να θεωρηθεί η καλύτερη επιλογή για τον έλεγχο αυτής της απειλητικής για τη ζωή ασθένειας [4].

πολυμορφισμοί ενός νουκλεοτιδίου (SNPs) έχουν σκεφτεί να είναι ελκυστική βιοδείκτες στην αξιολόγηση του καρκίνου του κινδύνου, διαλογή, στάσης, ή τη διαβάθμιση [5]. Επίσης, το ανθρώπινο γονιδίωμα αποτελείται από μια σειρά από «μπλοκ απλότυπου», τα οποία είναι μη τυχαία ενώσεις αλληλόμορφα λόγω ανισορροπίας σύνδεσης (LD) και είναι δυνατόν να αξιοποιηθεί ένα τεράστιο ποσό των πληροφοριών σχετικά με αυτά τα μπλοκ απλότυπος [6], [7 ]. Παρά το γεγονός ότι η εφαρμογή των επιμέρους SNP ανάλυση έχει περιοριστεί μέχρι στιγμής, η μελέτη σύνδεσης απλότυπος που βασίζεται έχει προταθεί ως μια ισχυρή και ολοκληρωμένη προσέγγιση για τον εντοπισμό αιτιώδους γενετική παραλλαγή υποκείμενες πολύπλοκες ασθένειες [8], [9].

ηπαρινάσης είναι το μόνο γνωστό ένζυμο που αποδομεί θηλαστικών θειική ηπαράνη (HS) πρωτεογλυκανών σε μεμβράνες και της εξωκυττάριας μήτρας [10]. Αυτό οδηγεί σε αποσυναρμολόγηση του εξωκυτταρικού εμποδίων, απελευθέρωση του HS-δεσμευμένη παράγοντες βιοδραστικά και η παραγωγή τεμαχίων HS που προωθούν δέσμευσης παράγοντα ανάπτυξης-υποδοχέα και σηματοδότηση [11], [12]. Ηπαρινάσης συνδέεται στενά με την εξέλιξη του καρκίνου και μετάσταση, συμπεριλαμβανομένων κυτταρική επιβίωση, εισβολή, πολλαπλασιασμό, νεοαγγείωση, και τη δημιουργία μιας αύξησης ανεκτική μικροπεριβάλλον [13], [14] και έχει και προγνωστικές και θεραπευτικές εφαρμογές [15]. Το γονίδιο ηπαρινάσης (HPSE), κλωνοποιήθηκε πρώτα το 1999, βρίσκεται στο χρωμόσωμα 4q21.3 [16]. Υπήρξαν λίγες μελέτες για SNPs στο γονίδιο HPSE. Μοριακή επιδημιολογικές μελέτες έχουν δείξει διαφορές διανομής σε SNPs σε HPSE σε διάφορες ισραηλινές εβραϊκοί πληθυσμοί [17]. Ενώσεις για ευαισθησία όγκου έχουν επίσης αποδειχθεί, περιλαμβανομένων των κακοηθειών αιματολογικές και γαστρικού καρκίνου, αλλά τα αποτελέσματα δεν έχουν σύμφωνος [18] – [20]. Επιπλέον, Shirley Ralphand [21] έχει δείξει ένα απλότυπος HPSE συσχετίστηκε στα στάδια των ωοθηκών καρκίνωμα και Yue et al. [20] έχουν δείξει SNPs συσχετίστηκαν με κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους και το ποσοστό επιβίωσης. Συγκεκριμένα, η μελέτη έδειξε ότι SNPs σε HPSE συνδέθηκαν με τα επίπεδα έκφρασης ηπαρινάσης και παρείχε τη βάση για περαιτέρω μελέτες σχετικά με τις συσχετίσεις μεταξύ SNPs και της νόσου [22]. Ωστόσο, αυτές οι μελέτες συσχέτισης περιορίζονταν σε μικρά δείγματα.

Πρόσφατα, Hennig G [23] και το Κέρας H [24] παρατηρηθεί υψηλά ποσοστά του γονότυπου ανίχνευσης (93,5% και 94-97%) και ένα τέλειο ποσοστό αντιστοιχίας των 100% με το DNA που εξάγεται από την κανονική σταθεροποιημένο με φορμαλίνη, εγκλεισμένους σε παραφίνη ιστούς (FFPETs) σε σύγκριση με βλαστικής σειράς DNA με τη χρήση υποβοηθούμενης από μήτρα λέιζερ εκρόφησης /ιοντισμού χρόνου πτήσης φασματομετρίας μάζας (MALDI-TOF MS). Εκτός αυτού, άλλες εκθέσεις έδειξαν επίσης υψηλά ποσοστά ανίχνευσης γονότυπου και ένα τέλειο ρυθμό συμφωνία με FFPET DNA προερχόμενο συμπεριλαμβανομένων μπλοκ δεκαετίες σε σύγκριση με το αίμα από το ίδιο άτομο, χρησιμοποιώντας άλλες μεθόδους, ακόμη και σε γονιδίωμα κλίμακα προσδιορισμού γονοτύπου [25] – [28]. Έχει διαπιστωθεί ότι FFPET προερχόμενο DNA ήταν επαρκής για την ανάλυση γενετικού πολυμορφισμού. Στην παρούσα μελέτη, χρησιμοποιήσαμε μια μεγάλη συλλογή από FFPET που προέρχονται από δείγματα DNA από ασθενείς και το DNA του αίματος που προέρχονται από τους ελέγχους σε μια μέθοδο MALDI-TOF MS σε γονότυπο και να μελετήσει τις πιθανές συσχετίσεις μεταξύ των έξι SNPs (rs4693602, rs6856901, rs4364254, rs11099592 , rs4693608 και rs4328905) ή απλοτύπων σε HPSE και όγκου ευαισθησία, κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους, και την επιβίωση του καρκίνου του στομάχου με ένα μεγάλο δείγμα πληθυσμού Χαν στη βόρεια Κίνα. Ως αποτέλεσμα, ατομική SNPs και απλότυπος βρέθηκαν να παρουσιάζουν συσχετίσεις με την εξέλιξη και την πρόγνωση του καρκίνου του στομάχου.

Αποτελέσματα

Θέμα χαρακτηριστικά

Η μέση ηλικία ήταν 56,67 ± 11.923 y και το ποσοστό των αρσενικών ήταν 70,54% στην ομάδα υπόθεση. Η μέση ηλικία της ομάδας ελέγχου ήταν 56,91 ± 11,477 y και το ποσοστό των αρσενικών ήταν 70,54%. Δεν υπήρχε διαφορά στην κατανομή φύλο και την ηλικία μεταξύ των ασθενών και των μαρτύρων (Ρ = 1,00 τόσο για το φύλο και την ηλικία). Από τους 404 ασθενείς, το στάδιο Ι γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου αντιπροσώπευαν το 21,0% (85/404), το στάδιο ΙΙ του γαστρικού περιπτώσεων καρκίνου αντιπροσώπευαν το 26,5% (107/404) και το στάδιο ΙΙΙ γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου αντιπροσώπευαν το 52,5% (212/404) ( Πίνακας 1).

Η

ποσοστά επιτυχίας Γονοτυπικές

Χρησιμοποιήσαμε το λογισμικό MassArray Typer Αναλυτής 4.0.4.20 για την αυτοματοποιημένη επεξεργασία φασμάτων και ταυτοποίηση του γονότυπου. Αντιπροσωπευτικά προφίλ MALDI-TOF-MS του κάθε γονότυπου των έξι SNPs στο HPSE δείχθηκαν στο Σχήμα S1. Όλες οι SNPs ήταν πολυμορφικές με μικρές συχνότητα αλληλόμορφου & gt? 10% και τον γονότυπο κατανομές ήταν όλα σε συμφωνία με ισορροπία Hardy-Weinberg (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Τα υψηλά ποσοστά επιτυχίας, που κυμαίνονται μεταξύ 96,29% και 100% (μέση τιμή: 99,09%) στην ομάδα FFPETs και μεταξύ 99.50% και 100% (μέση τιμή: 99,79%) στην ομάδα ελέγχου, έδειξαν (Πίνακας S1)

Σύλλογοι μεταξύ μεμονωμένων SNPs και κλινικοπαθολογικών παραμέτρων και την επιβίωση

τα αλληλόμορφα συχνότητες και γονοτυπική συχνότητες στις έξι SNPs δεν διέφεραν σημαντικά μεταξύ ασθενών και μαρτύρων (Ρ & gt? 0.05 και η P & gt? 0,05 μετά από μια δοκιμασία μετάθεσης για αλληλομόρφων συχνότητες? P & gt ? 0,05 και P & gt? 0,05 μετά την προσαρμογή για το φύλο και την ηλικία για γονοτυπική συχνότητες?. οι πίνακες S2 και S3)

SNPs αξιολογήθηκαν για τις ενώσεις με τα κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους. rs4364254 γονότυποι σχετίστηκαν με ιστολογική βαθμούς (Ρ = 0,002? Πίνακας S4), γονότυπος ΤΤ συσχετίζεται με κυτταρική διαφοροποίηση καλά σε σύγκριση με το γονότυπο TC /CC (OR = 0.482? 95% CI: 0,300 – 0,774). Άλλες SNPs δεν είχε σημαντικές συσχετίσεις με κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους.

Στην μονοπαραγοντική ανάλυση, οι ασθενείς που φέρουν το γονότυπο rs4693608 ΑΑ είχε κακή καρκίνο του στομάχου, ειδικά επιβίωσης σε σύγκριση με τους ασθενείς με γονότυπο AG + GG (P = 0.049, HR = 1,387 , 95% CI: 1,001 έως 1,923? Πίνακας 2, Εικόνα 1 και Εικόνα S2). Στην πολυπαραγοντική ανάλυση, ο γονότυπος rs4693608 ΑΑ και rs4364254 ΤΤ γονότυπο και οι δύο είχαν μια κακή καρκίνο του στομάχου ειδικά επιβίωση (P = 0,030, HR = 1,527, 95% CI: 1,042 – 2,238 για rs4693608? P = 0,013, HR = 1,546, 95% CI: 1,096 – 2,181 για rs4364254? Πίνακας 2). Επίσης, ο τύπος Borrmann (P & lt? 0.001), κατηγορία Pt (P & lt? 0.001), κατηγορία ΡΝ (P & lt? 0.001), και lymphovascular εισβολή (P & lt? 0.001) συσχετίζονταν σημαντικά με την επιβίωση στην μονοπαραγοντική ανάλυση. Τύπος Borrmann (P = 0,021), την κατηγορία Pt (P & lt? 0.001), και την κατηγορία ΡΝ (P & lt? 0.001) παρέμεινε σημαντικά συσχετίζεται με την επιβίωση στην πολυπαραγοντική ανάλυση (Πίνακας 2)

Τα αποτελέσματα δείχνουν ότι αθροιστικά ποσοστό επιβίωσης του. 381 περιπτώσεις με καρκίνο του στομάχου συνδέθηκαν με τους διαφορετικούς γονότυπους rs4693608 στο γονίδιο HPSE.

Η

Παρουσία ενός απλότυπου που σχετίζονται με κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά και την επιβίωση

Υπήρχαν δύο δύο-δείκτη μπλοκ απλότυπος κατασκευάστηκε μεταξύ των έξι SNPs στα αποτελέσματά μας (Σχήμα 2). Αποκλεισμός 1 αποτελούνταν από rs4693602 και rs6856901 και περιείχε τρία κοινά απλοτύπων (εύρος συχνότητας: 0,025 – 0,850), που αντιπροσώπευε περίπου το 99,9% των ατόμων? μπλοκ 2 αποτελούνταν από rs11099592 και rs4693608 και περιείχε επίσης τρία κοινά απλοτύπων (εύρος συχνότητας: 0,091 – 0,798), που αντιπροσώπευε περίπου το 99,9% των θεμάτων. Όλα τα έξι κοινά απλοτύπων δεν είχε καμία σχέση με το γαστρικό κίνδυνο καρκίνου (P & gt? 0.05 και η P & gt? Πίνακας S5? 0,05 μετά από μια δοκιμασία μετάθεσης)

Α: γονιδιακή δομή HPSE.. Γεμιστά κουτιά αντιπροσωπεύουν τα 13 εξώνια (5 ‘→ 3’). Τα βέλη δείχνουν τις θέσεις των SNPs. Β: Χαρτογράφηση της δομής του όγκου των έξι SNPs που δημιουργούνται από Haploview. Η τιμή για κάθε τετράγωνο στο οικόπεδο τρίγωνο αντιπροσωπεύει την κατά ζεύγη συσχετισμό μεταξύ SNPs (μετρούμενη ως D ‘) που ορίζεται από την επάνω αριστερή και επάνω δεξιά πλευρά των τετραγώνων. Οι πλατείες χωρίς αριθμό αντιστοιχούν σε D ‘= 1. Η σκίαση αντιπροσωπεύει το μέγεθος και τη σημασία της κατά ζεύγη LD, με ένα κόκκινο-σε-λευκό κλίση αντανακλώντας υψηλότερες σε χαμηλότερες τιμές LD. Η συχνότητα του κάθε κοινή απλότυπου μέσα σε ένα μπλοκ είναι προς την πλευρά του απλοτύπου.

Η

Ενώσεις μεταξύ απλοτύπων σε HPSE και γαστρικό καρκίνο κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά κατά τη στιγμή της διάγνωσης αξιολογήθηκαν. Απλότυπου CA στο μπλοκ 2 είχαν μεγαλύτερη κατανομή στην ομάδα των τύπων Borrmann 3 και 4 σε σύγκριση με TG + CG απλοτύπων (Ρ = 0,037? Πίνακας 3). Παρατηρήθηκαν διαφορές διανομή απλότυπου στην κατηγορία ΡΝ (Ρ = 0,045? Πίνακας 3), CA είχαν μεγαλύτερη κατανομή στην ομάδα N3 από την ομάδα N0 σε σύγκριση με CG (OR = 1.837,95% CI: 1,010 έως 3,341, P = 0,046 ), αλλά δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές κατανομή μεταξύ του Ν2 και N0 ομάδων και μεταξύ του Ν1 και N0 ομάδες (P = 0.671 και P = 0,496, αντίστοιχα).

η

Οι απλότυποι του μπλοκ 2 ενδείκνυται σημαντική διαφορά στην επιβίωση του όγκου που σχετίζονται. Οι ασθενείς που φέρουν τον απλότυπο CA είχε μια κακή καρκίνο του στομάχου ειδικά επιβίωσης (CG vs CA: HR = 0,645, 95% CI: 0,421 – 0,989, P = 0,044? Πίνακας 4).

Η

Συζήτηση

Όπως έχουμε γνωστό, FFPET που προέρχονται από το DNA έχει χαμηλότερη αποτελεσματικότητα και την ποιότητα (κατακερματισμένη DNA) λόγω μερικής εγκάρσιας σύνδεσης νουκλεϊκών οξέων και της υποβάθμισης από το αίμα που προέρχεται από DNA εκχύλισης. Αλλά αρχειοθετούνται FFPETs παρέχουν μια ανεκτίμητη πηγή για Μοριακές γενετικές μελέτες με πολλά πλεονεκτήματα, όπως (i) το μόνο είδος των δειγμάτων για τα άτομα που δεν μπορούν αλλιώς να παρέχει ένα δείγμα DNA, (ii) μια εξαιρετική πηγή για μεγάλης κλίμακας μελέτες αναδρομική βιοδεικτών, ( iii) ένας μεγάλος αριθμός δειγμάτων σε σύνοδο με μακροχρόνια δεδομένα κλινική παρακολούθηση, (iv) μια πολύτιμη πηγή με τη διάγνωση και την ιστολογική ταυτοποίηση, (v) των διαθέσιμων πόρων από τα αρχεία παθολογία. Πρόσφατα, FFPET-εξαχθεί το DNA έχει αναφερθεί να είναι επαρκής για την γονοτυπική και έχει επιτραπεί για βιοδεικτών και λειτουργικές μελέτες γονιδιωματικής [23] – [29].

MALDI-TOF MS μέθοδος, προσφέροντας ακρίβεια περίπου 100% για SNP γονοτυπική, θεωρείται σήμερα ως ένα χρυσό πρότυπο [29], [30]. Γονότυπων του FFPET DNA προερχόμενο από MALDI-TOF MS έχει αποδειχθεί ότι είναι αξιόπιστα και να αναπαραχθούν. Προηγουμένως εκθέσεις έδειξαν ότι δεν υπήρχαν διαφορές συχνοτήτων αλληλόμορφων μεταξύ FFPET προερχόμενο DNA και DNA αίμα προέρχεται από το ίδιο άτομο μέσω διαφόρων μεθόδων συμπεριλαμβανομένης της MALDI-TOF MS [24] – [26], [28]. Οι προσπάθειές μας έδειξαν υψηλά ποσοστά επιτυχίας που κυμαίνονται μεταξύ 96,29% και 100% (μέση τιμή: 99,09%), η οποία ήταν σύμφωνα με τις προηγούμενες στοιχείων [23], [24], [29]

SNPs είναι σταθερά κληρονομείται. , εξαιρετικά πλούσια και δείχνουν την πολυμορφία εντός και μεταξύ των πληθυσμών, τα οποία πιστεύεται ότι είναι ελκυστική βιοδείκτες. Ωστόσο, η εφαρμογή των επιμέρους SNPs έχει περιοριστεί επειδή είναι χαμηλή διεισδυτικότητα και τα αποτελέσματά τους είναι σχετικά δύσκολο να εντοπιστούν [5], [31]. Συνεπώς, η σημασία των πληροφοριών απλότυπου έχει αυξηθεί για να συνδέσει παραλλαγή αλληλουχίας DNA με τη νόσο. [32] Τα άρθρα έχουν αναφέρει ότι η λειτουργική SNPs σε HPSE συνδέθηκαν με ηπαρινάσης διαφορές έκφρασης και ηπαρινάσης έχει δειχθεί να συμμετέχουν ενεργά στην παθολογική διεργασία, την πρόοδο και την έκβαση της νόσου [10], [22]. Πώς να ενσωματώσει SNPs, ωστόσο, σε μελέτες σχετικά με γαστρικό προδιάθεση του καρκίνου και την πρόγνωση και πώς να προσδιορίσουν την πραγματική ενώσεις εξακολουθούν να είναι δύσκολες εργασίες.

Δεν υπήρξαν μεμονωμένες SNPs συσχετίζεται με γαστρικό κίνδυνο καρκίνου στα αποτελέσματα μας. Οι συσχετίσεις μεταξύ των τεσσάρων επιμέρους SNPs (rs4328905, rs4693608, rs11099592 και rs6856901) και γαστρικό κίνδυνο καρκίνου με 155 ασθενείς και 204 μάρτυρες αναφέρθηκαν από Yue et al. [20] ήταν σύμφωνα με τα αποτελέσματα μας. Επιπλέον, όλα τα έξι κοινά απλότυποι δεν είχε σημαντικές διαφορές στο γαστρικό κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Αυτή η συνέπεια έδειξε SNPs σε HPSE δεν είχε καμία σχέση με τη συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου του στομάχου σε εθνοτικές Han Βόρεια Κίνα, όχι μόνο από τη σκοπιά των ατομικών SNPs, αλλά και από τη σκοπιά των απλοτύπων.

Στην παρούσα μελέτη μας, γονότυπο rs4364254 ΤΤ συσχετίζεται με τη διαφοροποίηση των κυττάρων καλά. Επιπλέον, Ostrovsky et al. [22] βρέθηκε άτομα με γονότυπο ΤΤ κατείχε σχετικά υψηλά επίπεδα mRNA (P = 0.0029). Ωστόσο, υπήρξαν αντικρουόμενα αποτελέσματα αναφέρονται ως προς συσχετίσεις μεταξύ ηπαρινάσης έκφρασης και ιστολογική διαφοροποίηση. Endo Κ et al. [33] διαπίστωσε ότι ιστολογική διαφοροποίηση ήταν χειρότερη στα ηπαρινάσης mRNA-θετικών γαστρικών καρκινικούς ιστούς (ρ & lt? 0,01). Chen JQ et al. [34] βρήκαν ότι ιστολογική διαφοροποίηση δεν ήταν συνδεδεμένη με την έκφραση ηπαρινάσης mRNA σε γαστρικό καρκίνο (Ρ = 1,000). Takaomi Ohkawa et al. [35] έδειξαν ότι η έκφραση ηπαρινάσης ανιχνεύθηκε ως ισχυρότερη σε καλά διαφοροποιημένα κύτταρα (Ρ = 0.0277), το οποίο είναι ένα εύρημα που consistents με τα αποτελέσματά μας. Ως εκ τούτου, ηπαρινάσης μπορεί να εμπλέκεται στην κυτταρική διαφοροποίηση, αλλά οι μηχανισμοί δεν είναι σαφές προς το παρόν

Στην μονοπαραγοντική ανάλυση, οι ασθενείς που φέρουν rs4693608 ΑΑ γονότυπο είχαν μια κακή επιβίωση (P = 0,049).? στην πολυπαραγοντική ανάλυση, rs4693608 ΑΑ και rs4364254 ΤΤ τόσο συσχετίζονταν σημαντικά με κακή επιβίωση (P = 0,030 για rs4693608 AA και P = 0,013 για rs4364254 ΤΤ). Ενδεχομένως, η απουσία συναίνεσης στην μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική ανάλυση ήταν λόγω της δυσμενούς επίδρασης του ατόμου SNP, αλλά όταν το άτομο SNP θεωρήθηκε μαζί με τα άλλα SNP, τύπου Borrmann, κατηγορία Pt, και την κατηγορία ΡΝ σε πολυπαραγοντική ανάλυση, δημιουργείται μια επιρροή στην πρόγνωση. Υπάρχουν άφθονα στοιχεία που δείχνουν ότι οι γενετικοί παράγοντες συμβάλλουν στην εξέλιξη της νόσου σε κοινή πολύπλοκες ασθένειες γνώρισμα, αλλά το αποτέλεσμα μιας ενιαίας παραλλαγή είναι μάλλον μικρή [36]. Εκτός αυτού, Οστρόβσκι et al. [37] παρέχεται μια πρώτη απόδειξη της συσχέτισης μεταξύ των λειτουργικών rs4693608 SNPs και rs4364254 και του κινδύνου οξείας μοσχεύματος έναντι ξενιστή (GVHD) ανάπτυξη, και ο rs4693608 ήταν το πιο σημαντικό. Τα αποτελέσματά τους ήταν σύμφωνα με τη δική μας. Επιπλέον, Ostrovsky et al. [22] που αναφέρθηκε τόσο rs4364254 ΤΤ γονότυπο και rs4693608 γονότυπο ΑΑ είχαν συσχετιστεί με ένα σχετικά υψηλό επίπεδο mRNA (P = 0,0029 και 0,004, αντίστοιχα), η οποία μπορεί να εξηγήσει εν μέρει χειρότερη πρόγνωση σε ασθενείς με rs4693608 ΑΑ ή rs4364254 ΤΤ στην παρούσα μελέτη . Αυτές οι παρατηρήσεις ήταν βιολογικά αληθοφανής, επειδή η υπερέκφραση του HPSE συνδέθηκε στενά με μεγαλύτερη εισβολής του γαστρικού καρκίνου [38] – [40]. Τα παρόντα αποτελέσματα έδειξαν τεκμήριο μας που SNPs είχαν εμπλακεί στη ρύθμιση της ηπαρινάσης έκφρασης, επηρεάζοντας έτσι την ικανότητα εισβολής και την επιβίωση στον καρκίνο του στομάχου.

Αν και δεν γονότυπο rs11099592 CC ούτε rs4693608 ΑΑ παρουσίασαν στατιστικά σημαντική διαφορά στον τύπο Borrmann, απλότυπος CA αποτελείται μαζί τους έδειξε μια σημαντική διαφορά. Απλότυπος CA είχε μια μεγαλύτερη διανομή στην ομάδα των τύπων Borrmann 3 και 4 (P = 0,037). Ίσως οι ασθενείς με απλότυπο CA ήταν πιο πιθανό να αναπτύξουν μια φτωχότερη γενικού τύπου. Εκτός αυτού, απλότυπος CA είχαν μεγαλύτερη κατανομή στην ομάδα N3 (Ρ = 0.046, σε σύγκριση με την ομάδα N0). Ωστόσο, δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές μεταξύ της κατανομής Ν2 και N0 ομάδες και μεταξύ των ομάδων Ν1 και N0. Ίσως υπήρχε συσχέτιση μεταξύ απλότυπος CA και μεγαλύτερους αριθμούς μεταστάσεων στους λεμφαδένες, αλλά χρειάζεται περαιτέρω μελέτη. Επιπλέον, οι ασθενείς που φέρει το απλότυπο CA έδειξαν επίσης περιορισμένη γαστρική ειδική για τον καρκίνο επιβίωση, η οποία ήταν σύμφωνη με τις διαφορές στον τύπο Borrmann και τους αριθμούς των μεταστάσεων λεμφαδένα. Επιπλέον, Οστρόβσκι et al. [22] ανέφερε ότι rs11099592 CC γονότυπο και rs4693608 ΑΑ γονότυπο συσχετίστηκαν με υψηλή έκφραση του mRNA (P = 0,0167 και p = 0,004, αντίστοιχα), τα οποία ήταν σύμφωνα με τα αποτελέσματά μας για απλότυπος CA. Ίσως ο απόλυτος κίνδυνος που σχετίζεται με κάθε ένα από SNPs ήταν χαμηλή, αλλά συνδυασμένη ανάλυση απλότυπου μπορεί να είναι πιο χρήσιμη για τον εντοπισμό ατόμων με υψηλό κίνδυνο για πρόοδο της ασθένειας. Ίσως να ήταν ειδική απλοτύπων που παίζουν σημαντικό ρόλο στη γαστρική εισβολή καρκίνου και μετάσταση, επηρεάζουν περαιτέρω την πρόγνωση.

Ένα λειτουργικό μπλοκ απλότυπος που αποτελείται από rs11099592 και rs4693608 βρέθηκε στα αποτελέσματά μας, η οποία σχετίζεται με τον τύπο Borrmann, pn κατηγορία και την πρόγνωση του καρκίνου του στομάχου. Από τη μία πλευρά, SNP rs11099592 είναι Α-G υποκατάσταση nonsynonymous SNP που βρίσκεται στο εξόνιο 8 και η μεταβολή αυτή οδηγεί σε μια αντικατάσταση αργινίνης-to-λυσίνη στη θέση 307, οδηγώντας ίσως σε μια λειτουργική διαφορά στην πρωτεΐνη. Από την άλλη πλευρά, SNP rs4693608 βρίσκεται στο ιντρόνιο 3 και έδειξε μία συσχέτιση με την επιβίωση. Αυξανόμενες ποσότητες στοιχεία δείχνουν ότι γονιδιωματική παραλλαγές σε μη-κωδικοποιητικές αλληλουχίες μπορεί να αλλοιώσει την έκφραση γονιδιακών προϊόντων αλλάζοντας γονιδιακή ρύθμιση, το εξόνιο ματίσματος, σταθερότητα mRNA, κρυπτικό ενεργοποίηση θέσεις ματίσματος και ούτω καθεξής, η οποία μπορεί επομένως αιτία φαινοτύπους της νόσου. Εκτός αυτού, απλοτύπων μπορούν να παρέχουν περισσότερες σχετικές πληροφορίες από μεμονωμένες SNPs [7], [41]. Επιπλέον, αν μεταγραφή γονιδίων, τη διατήρηση της κυτταρικής διαφοροποίησης και επαγωγή μια επεμβατική μεταστατικό φαινότυπο οφείλονται στην άμεση αλληλεπίδραση του ηπαρινάσης με DNA είναι ακόμη να αποδειχθεί.

Ostrovsky et al. [22] έδειξε σημαντική συσχέτιση μεταξύ συνδυασμό γονοτύπων για rs4693608 και rs4364254 SNPs και το επίπεδο έκφρασης του mRNA ηπαρινάσης. Επιπλέον, διαιρούμενο όλα σε συνδυασμό γονοτύπων σε τρεις υποομάδες (LR-χαμηλή έκφραση, MR-ενδιάμεσο έκφρασης, HR-υψηλή έκφραση) ανάλογα με το επίπεδο έκφρασης του mRNA ηπαρινάσης του κάθε γονότυπου, και επιβεβαίωσαν σημαντικές διαφορές μεταξύ των τριών υποομάδων σε συνδυασμό γονοτύπων φορέων και του mRNA επίπεδα. Εκτός αυτού, Οστρόβσκι et al. [37] βρέθηκε για πρώτη φορά συσχετίσεις μεταξύ συνδυασμό γονοτύπων για rs4693608 και rs4364254 SNPs και τον κίνδυνο οξείας ανάπτυξης GVHD στην ακόλουθη μελέτη τους με αυτό υποομάδες μέθοδο ανάλυσης. Είναι μια σημαντική και πολύτιμη μέθοδο. Επιπλέον, αυτή η μέθοδος είναι χρήσιμη για την πρόβλεψη του κινδύνου που συνδέεται με την προσέγγιση απλότυπο σε ακόλουθη κλινική πρακτική. μελλοντική μελέτη μας, η οποία συνδέεται επίπεδο έκφρασης του mRNA σε γονότυπους ή απλοτύπων στην HPSE του πληθυσμού Χαν στο βόρειο τμήμα της Κίνας, θα χρησιμοποιήσετε αυτήν τη μέθοδο.

Επειδή το μέγεθος του δείγματος του άγριου τύπου ομοζυγώτες ήταν σχετικά πολύ μικρό για στρωματοποιημένη ανάλυση σε κάθε γονότυπο και των έξι SNPs διερευνήθηκαν στη μελέτη μας, δεν θα μπορούσαμε να δείξουμε αποτελέσματα της ανάλυσης SNP σε κάθε γονότυπο, αλλά πραγματοποιείται ανάλυση σε συνδυασμό ετεροζυγώτες με άγριου τύπου ομοζυγώτες. Ήταν ένας περιορισμός αυτής της μελέτης.

Εν κατακλείδι, η παρούσα μελέτη αξιολόγησε τους πολυμορφισμούς του γονιδίου HPSE σε γαστρικό καρκίνο με μια μέθοδο MALDI-TOF MS και αρχειοθετούνται FFPETs σε ένα μεγάλο βόρειο κινεζική υπόθεση ελεγχόμενη ομάδα. Βρήκαμε ένα λειτουργικό μπλοκ απλότυπος που αποτελείται από rs11099592 και rs4693608, η οποία σχετίζεται με τον τύπο Borrmann, κατηγορία Pn και πρόγνωση? και SNP rs4693608, η οποία περιλαμβάνεται στο μπλοκ, έδειξε μια συσχέτιση με την επιβίωση. Τα αποτελέσματα αυτά υποστηρίζονται από τις ενώσεις μεταξύ SNPs σε HPSE και τα επίπεδα έκφρασης του mRNA που αναφέρθηκαν προηγουμένως από Ostrovsky et al. [22]. Επιπλέον, έξι ατομικές SNPs και απλότυποι δεν συσχετίστηκαν με γαστρικό κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Αυτά τα αποτελέσματα ήταν σύμφωνα με την αρχική μας υπόθεση ότι ηπαρινάσης συμμετείχε στην εισβολή καρκίνου και μετάσταση και επηρεάζονται πρόγνωση τελικά, αλλά δεν συμμετείχε στη συχνότητα εμφάνισης του καρκίνου.

Υλικά και Μέθοδοι

Η συλλογή των δειγμάτων

404 ασθενείς με ιστοπαθολογικά επιβεβαίωσε γαστρικό καρκίνο οι οποίοι είχαν λάβει ριζική χειρουργική επέμβαση από τον Ιανουάριο του 1998 και το Δεκέμβριο 2004 διαδοχικά επιλεγεί. Οι ασθενείς ήταν από τη βόρεια Κίνα και πιστεύεται ότι είναι καλό εκπροσώπους από την περιοχή αυτή. 404 δείγματα φυσιολογικού γαστρικού ιστού ελήφθησαν από ένα τμήμα των εκτομή δείγματα πλέον απομακρυσμένη από τον όγκο (& gt? 10 cm) και FFPETs αρχειοθετήθηκαν στο Χειρουργικό Τμήμα Ογκολογίας του Πρώτου Νοσοκομείου της Κίνας Ιατρικού Πανεπιστημίου στο βόρειο τμήμα της Κίνας. Όλα τα δείγματα σταθεροποιήθηκαν και ενσωματωμένα κάτω από πρότυπες κλινικές ιστολογικές συνθήκες και φυλάχθηκαν σε θερμοκρασία δωματίου. Παραφίνη τμήματα FFPETs βάφτηκαν με αιματοξυλίνη και εοσίνη (Η &? Ε) για παθολογικές επιθεώρηση για να επιβεβαιωθεί η απουσία οιδηματώδης ιστού. Ο όγκος ιστολογική βαθμίδα αξιολογήθηκε σύμφωνα με τα κριτήρια και τους όγκους του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας οργανώθηκαν χρησιμοποιώντας την 7η έκδοση του TNM στάσης της Διεθνούς Ένωσης κατά του Καρκίνου (UICC) αμερικανικές μεικτής επιτροπής για τον Καρκίνο σύστημα /(AJCC) (2010) με βάση την μετεγχειρητική παθολογικές εξέταση των δειγμάτων. Πλήρεις παθολογικά δεδομένα ελήφθησαν συμπεριλαμβανομένης της ηλικίας, του φύλου, την ημερομηνία της χειρουργικής επέμβασης, τη θέση του πρωτογενούς όγκου, ιστολογική βαθμολογία, φλεβική εισβολή, lymphovascular εισβολή, το βάθος της εισβολής, τον αριθμό των LNs ανακτώνται, τον αριθμό των μεταστατικών LNs, και τον αριθμό των καταθέσεων όγκου ανακτηθεί. Εκείνοι (i) με σύγχρονη ή metachronous κακοήθεις όγκους, (ii) με μακρινή μετάσταση βρέθηκε προεγχειρητικά, (iii) οι οποίοι υποβλήθηκαν σε προεγχειρητική ακτινοθεραπεία ή χημειοθεραπεία, ή (iv) με ατελή εγγραφές παθολογικά δεδομένα εξαιρέθηκαν από αυτή τη μελέτη. Παρακολούθηση ήταν ολοκληρωθεί για το σύνολο του πληθυσμού της μελέτης από τον Ιανουάριο του 2010. Δύο ασθενείς έχασαν τη ζωή τους κατά τη μετεγχειρητική περίοδο και 21 ασθενείς χάθηκαν κατά τη διάρκεια της παρακολούθησης, ως εκ τούτου, 381 ασθενείς συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση επιβίωσης. Διάμεση και μέση περιόδους παρακολούθησης ήταν 90,0 μήνες και 93,3 ± 20,24 μήνες (εύρος: 61 έως 136 μήνες), αντίστοιχα. Τα παρακάτω στοιχεία ελήφθησαν για όλους τους ασθενείς: ημερομηνία θανάτου (αν υπάρχει), αιτία του θανάτου (αν υπάρχει), και η ημερομηνία της συνέχειας. Το πρωτεύον καταληκτικό σημείο ήταν η διάρκεια επιβίωσης αιτία ειδικά από την ημερομηνία της γαστρικής διάγνωση του καρκίνου από την ημερομηνία του θανάτου. Το ποσοστό επιβίωσης 5 ετών των 404 ασθενών ήταν 54,2%.

404 δείγματα αίματος ελήφθησαν από καρκίνο χωρίς τα άτομα που επιλέχθηκαν τυχαία βασίζονται σε φυσικές εξετάσεις κατά τη διάρκεια της Δεκέμβριος 2009 – Αύγουστος 2011, ως ομάδα ελέγχου, και η ομάδα αυτή πιστεύεται ότι είναι ένα καλό αναπαράσταση του πληθυσμού στη βόρεια περιοχή της Κίνας. Τα κριτήρια επιλογής περιλαμβάνεται κανένα ατομικό ιστορικό καρκίνου, η συχνότητα που ταιριάζουν σε περιπτώσεις σχετικά με το φύλο και την ηλικία και τα άτομα που δεν είχαν σχέση εθνοτικών Κινέζων Χαν. Τα δείγματα (αιθυλενοδιαμινοτετραοξικό οξύ [EDTA] αντιπηκτικότητα) αποθηκεύτηκαν στους -20 ° C μέσα σε 30-40 λεπτά, και στη συνέχεια μεταφέρθηκε σε καταψύκτη στους -80 ° C μέσα σε 2 ή 3 ημέρες μετά τη συλλογή.

η μελέτη εγκρίθηκε από την Επιτροπή Ερευνών Δεοντολογίας της Κίνας Ιατρικού Πανεπιστημίου, Κίνα. Γραπτή πληροφορημένες συγκαταθέσεις ελήφθησαν από όλους τους ασθενείς πριν από τη συμμετοχή στη μελέτη.

DNA

εξόρυξη

Το γονιδιακό DNA εκχυλίζεται από δείγματα FFPET στην ομάδα υπόθεσης. Τμήματα με πάχος 8 μm και μία επιφάνεια μέχρι 250 mm

2 παρασκευάστηκαν με μικροτόμο και DNA απομονώθηκε από 6 έως 12 τμήματα, ανάλογα με το μέγεθος του ιστού και τον αριθμό των κυττάρων. Ο μικροτ μου είχε καθαριστεί και λεπίδες άλλαξαν για να αποφευχθεί η μόλυνση intersample. Εξαγωγή DNA από FFPETs διεξήχθη με QIAamp® DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Germany) [29], ακολουθώντας τις διαδικασίες που περιγράφονται από τον κατασκευαστή, περιλαμβανομένων (i) διαλύονται παραφίνη με ξυλόλιο και αφαιρέστε, (ii) δείγμα λύουν υπό μετουσιωτικές συνθήκες με πρωτεϊνάση Κ, (iii) την αντιστροφή της φορμόλης διασυνδέσεως επώαση στους 90 ° C, (iv) συνδέονται DNA με την μεμβράνη και θα επιτρέψει στα μιάσματα να ρέει μέσα, (v) πλύνετε υπολειμματική ρυπαντές, και (vi) την έκλουση καθαρό και συμπυκνώθηκε DNA από η μεμβράνη (με ρυθμιστικό tris-EDTA [ΤΕ]). Περίπου 2-10 μα DNA ανακτήθηκε σε 50 μΐ τελικό διάλυμα και αποθηκεύτηκε στους -80 ° C.

Γενωμικό DNA εκχυλίστηκε από δείγματα αίματος από την ομάδα ελέγχου με την καθολική Γονιδιωματικό DNA Extraction Kit Ver.3.0 (TAKARA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Περίπου 2-6 μg του DNA ανακτήθηκε σε ΤΕ και αποθηκεύθηκε στους -80 ° C.

Επιλογή των SNPs και γονοτυπική

Η μελέτη περιελάμβανε έξι SNPs σε HPSE, τα οποία ελήφθησαν από το βάση δεδομένων NCBI SNPs (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp) και η βάση δεδομένων HapMap (η βάση δεδομένων φάσης ΙΙΙ) (https://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.zh ). Αυτοί οι SNPs χαρτογραφήθηκαν στο γονίδιο HPSE (Σχήμα 2). rs 11099592 ήταν μοναδική, όχι μόνο με μια μικρή συχνότητα αλληλόμορφο (MAF) & gt? 1%, αλλά και ως πολυμορφικών στην Han China Beijing (HCB) του πληθυσμού μεταξύ όλων κωδικοποίησης SNPs περιοχή (cSNPs) σε HPSE, η οποία καταχωρήθηκε στις βάσεις δεδομένων. Επιπλέον, άλλα πέντε SNPs βρίσκονταν σε εσωνίου και 3′-UTR περιοχές. Επιπλέον, άλλοι ερευνητές έχουν δείξει ότι rs11099592, rs4693608, rs4364254 και συσχετίστηκαν με την έκφραση του mRNA ηπαρινάσης [22]. Επίσης, οι ενώσεις μεταξύ των μεμονωμένων SNPs ή απλότυπους στο HPSE και ευαισθησία, κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους και την πρόγνωση των όγκων που αναφέρονται στα άρθρα αυτά ήταν περίπλοκη, αλλά κυρίως επικεντρώθηκε στα έξι SNPs που επιλέγονται [17] – [22].

SNPs γονότυπος χρησιμοποιώντας το σύστημα MALDI-TOF MS (MassARRAY? Sequenom, San Diego, CA, USA) με εκκινητές και ανιχνευτές (Πίνακας S6) όπως περιγράφηκε προηγουμένως [29], [42]. Για να εξασφαλιστεί η ποιότητα δακτυλογράφηση, 1% θετικά δείγματα (στέλεχος κυττάρων Yanhuang) ενσωματώθηκαν σε κάθε πλάκα του γονότυπου για την επικύρωση της αξιοπιστίας των εκκινητών και 1% αρνητικών δειγμάτων (νερό χωρίς DNA) για την παρακολούθηση της μόλυνσης. 5% τυχαία δείγματα ελέγχθηκαν εις διπλούν από διαφορετικά πρόσωπα και η αναπαραγωγιμότητα ήταν 100%. Οι εργαστηριακές προσωπικό τυφλώθηκαν με τη διάταξη του δείγματος κατά τη διάρκεια της διαδικασίας. Υπήρχαν έξι βαθμίδες συμπεριλαμβανομένης της ενίσχυσης PCR, κατεργασία με αλκαλική φωσφατάση γαρίδας, επέκταση βάσης, απομάκρυνση άλατος με ρητίνη, SpectroCHIP διανομής (Sequenom, San Diego, CA, USA), και τα δεδομένα αποκτήσεις με MALDI-TOF MS σύμφωνα με Justenhoven et al. [43]. Τέλος, η ανάλυση των δεδομένων έγινε με τη χρήση του λογισμικού MassArray Typer Analyzer 4.0.4.20 (Sequenom, San Diego, CA) [44].

αποφασιστικότητα μπλοκ LD και απλότυπος κατασκευή

Haploview 4.2 λογισμικό χρησιμοποιήθηκε για να αξιολογούν LD και κατασκευή απλοτύπων [31]. LD μεταξύ των έξι SNPs που χρησιμοποιούνται στην ανάλυση του απλότυπου μετρήθηκε με στατιστική μια ανά ζεύγος D ‘. Η δομή του μπλοκ LD εξετάστηκε χρησιμοποιώντας τη μέθοδο του Gabriel et al. [45], χρησιμοποιώντας τα όρια εμπιστοσύνης 80% του Δ ‘να καθορίσει χώρους ιστορικού ανασυνδυασμού μεταξύ SNPs. Απλότυποι κατασκευάστηκαν από τα δεδομένα γονότυπο στο πλήρες μέγεθος του πίνακα ελέγχου περιπτώσεων μέσα από τις ενότητες, χρησιμοποιώντας μια ταχεία μέθοδο αλγόριθμο μεγιστοποίησης [46]. Εν συντομία, η μέθοδος αυτή δημιουργεί εξαιρετικά ακριβείς εκτιμήσεις της συχνότητας του πληθυσμού της σταδιακής απλοτύπων με βάση τη μέγιστη πιθανότητα, όπως καθορίζεται από unphased εισόδου [47].

Η στατιστική ανάλυση

Η στατιστική ανάλυση πραγματοποιήθηκε με τη χρήση των PASW Στατιστικά 18.0 λογισμικού (SPSS Inc., Somers, Νέα Υόρκη, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής). Μια δοκιμή διπλής όψης chi-square (χ2) χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση χαρακτηριστικών κατανομή του πληθυσμού, να συγκρίνουν τις διαφορές στο αλληλομόρφων και γονοτυπικές συχνότητες μεταξύ των περιπτώσεων και ελέγχων και να αξιολογεί τις ενώσεις μεταξύ των επιμέρους SNPs και κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους. Μια διαδικασία μετάθεσης (1.000 δοκιμές) χρησιμοποιήθηκε για να διορθώσει την τιμή Ρ των αποτελεσμάτων σύνδεσης μονής τόπο. αναλογίες πιθανοτήτων (OR) και τα διαστήματα εμπιστοσύνης (CI? 95%) υπολογίστηκαν με την άνευ όρων λογιστικής παλινδρόμησης για να αναλύσει τη σχέση μεταξύ των συχνοτήτων γονοτύπου και του γαστρικού τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου, και προσαρμόστηκαν για το φύλο και την ηλικία. Μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική ανάλυση επιβίωσης έγιναν με τη δοκιμασία log-rank και Cox μοντέλο αναλογικού κινδύνου χρησιμοποιώντας τις κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους και SNPs. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα την ταυτοποίηση συμμεταβλητών που συσχετίζεται με την επιβίωση των ασθενών. ανάλυση Πολυμεταβλητή επιβίωση διεξήχθη με χωριστά προσθήκη των μεταβλητών SNP σε όλες τις κλινικοπαθολογοανατομικές παραμέτρους. Μια μέθοδος Kaplan-Meier χρησιμοποιήθηκε για να χαρτογραφήσει τις καμπύλες επιβίωσης. Το πακέτο 4.2 λογισμικό Haploview χρησιμοποιήθηκε για να: εκτίμηση ζεύγη ανισορροπία σύνδεσης (LD), ανιχνεύουν απόκλιση από την ισορροπία Hardy-Weinberg, κατασκευή απλότυπος και να υπολογίσει τις συχνότητες απλότυπος και ενώσεις εκτίμηση μεταξύ των απλοτύπων και του γαστρικού τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου. Το λογισμικό Haplo.states χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση των ενώσεων μεταξύ απλοτύπων και κλινικοπαθολογική χαρακτηριστικά [31]. Το λογισμικό THEsias βασίζεται αναλογικών κινδύνων κατά Cox παλινδρόμησης επιβίωση στην ανάλυση σύνδεσης απλότυπου που βασίζεται χρησιμοποιώντας τον αλγόριθμο Στοχαστική-EM χρησιμοποιήθηκε για την παραγωγή ανάλυση επιβίωσης των απλοτύπων [48]. Ευχαριστούμε επίσης το Κολέγιο της Κίνας Ιατρικού Πανεπιστημίου για την παροχή τεχνικής βοήθειας σε πειράματα.