Αφηρημένο

Ιστορικό

Ο καρκίνος του προστάτη (PCA) είναι μια πολύ ετερογενής ασθένεια σε σχέση με την κλινική έκβαση. Αυτή η μελέτη διερεύνησε διαφορική μεθυλίωση του DNA σε ένα εκ των προτέρων επιλεγμένα γονίδια για τη διάγνωση του προστάτη και να προβλέψει κλινική αποτυχία (CF) σε ασθενείς υψηλού κινδύνου.

Μέθοδοι

Μια ποσοτική multiplex, μεθυλίωσης-ειδική δοκιμασία της PCR αναπτύχθηκε για να αξιολογήσει μεθυλίωση υποστηρικτής του

APC

,

CCND2

,

GSTP1

,

PTGS2

και

RaRb

γονίδια σε φορμαλίνη σταθερό, δείγματα ιστού εγκλεισμένα σε παραφίνη από 42 ασθενείς με καλοήθη υπερπλασία του προστάτη και ριζική προστατεκτομή δείγματα ασθενών με υψηλού κινδύνου προστάτη, που περιλαμβάνει ομάδες κατάρτισης και επικύρωσης των 147 και 71 ασθενείς, αντίστοιχα. τεστ log-rank, μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική μοντέλα Cox χρησιμοποιήθηκαν για να ερευνήσει την προγνωστική αξία της μεθυλίωσης του DNA.

Αποτελέσματα

Η υπερμεθυλίωση του

APC

,

CCND2

,

GSTP1

,

PTGS2

και

RaRb

ήταν πολύ ειδική για τον καρκίνο. Ωστόσο, μόνο το

GSTP1

μεθυλίωση συσχετίστηκε σημαντικά με κυστική ίνωση σε δύο ανεξάρτητες προστάτη ομάδες υψηλού κινδύνου. Είναι σημαντικό, trichotomization σε χαμηλή, μέτρια και υψηλή

GSTP1

υποομάδες επίπεδο μεθυλίωσης ήταν πολύ έξυπνη για CF. Οι ασθενείς είτε με χαμηλό ή υψηλό

GSTP1

επίπεδο μεθυλίωσης, σε σύγκριση με τις μέτριες ομάδες της μεθυλίωσης, ήταν σε υψηλότερο κίνδυνο για την κυστική ίνωση, τόσο στην εκπαίδευση (Αναλογία κινδύνου [HR], 3,65? 95% CI, 1,65 με 8.07) και την επικύρωση συνόλων (HR, 4,27? 95% CI, 1,03 έως 17,72), καθώς και στην συνδυασμένη ομάδα (HR, 2,74? 95% CI, 1,42 έως 5,27) σε πολυπαραγοντική ανάλυση

Συμπεράσματα.

Η κατάταξη των πρωτοπαθών όγκων υψηλού κινδύνου σε τρεις υποκατηγορίες με βάση μεθυλίωσης του DNA μπορεί να συνδυαστεί με κλινικο-παθολογικών παραμέτρων για μια πιο κατατοπιστική κινδύνου διαστρωμάτωση των ασθενών αυτών προστάτη

Παράθεση:. Litovkin K , Van Eynde Α, Joniau S, Lerut Ε, Laenen Α, Gevaert T, et al. (2015) Η μεθυλίωση του DNA-Καθοδηγούμενη Πρόβλεψη κλινική αποτυχία σε υψηλού κινδύνου του καρκίνου του προστάτη. PLoS ONE 10 (6): e0130651. doi: 10.1371 /journal.pone.0130651

Ακαδημαϊκό Επιμέλεια: Zoran Culig, Innsbruck Medical University, ΑΥΣΤΡΙΑ

Ελήφθη: 29, Αυγούστου, 2014? Αποδεκτές: 25η Μαΐου του 2015? Δημοσιεύθηκε: 18 Ιουνίου, 2015

Αυτό είναι ένα ανοικτό άρθρο πρόσβασης, χωρίς όλα τα πνευματικά δικαιώματα, και δεν μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, να μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο λόγο. Το έργο γίνεται διαθέσιμα υπό την Creative Commons CC0 δημόσιο τομέα αφοσίωση

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του χαρτιού

Χρηματοδότηση: Το έργο χρηματοδοτήθηκε από το Ίδρυμα Fournier-Majoie (ΓΓΑ ), η βιομηχανική Ταμείο Έρευνας του KU Leuven (IOF-HB 07/04 και IOF-HB /12/011), και το Εθνικό σχέδιο Καρκίνου του Βελγίου (Δράση 29_023). DNAlytics Α.Ε. παρέχεται στήριξη με τη μορφή των μισθών για τους συγγραφείς [PG και Θ], αλλά δεν έχουν κανένα πρόσθετο ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου. . Οι συγκεκριμένοι ρόλοι αυτών των συγγραφέων αρθρωτά στο τμήμα «συγγραφέας εισφορές»

Αντικρουόμενα συμφέροντα: Ένα δίπλωμα ευρεσιτεχνίας GB, με τίτλο «γονίδιο δείκτης με βάση την πρόγνωση του καρκίνου του προστάτη», κατατέθηκε στο Ηνωμένο Βασίλειο, με ημερομηνία προτεραιότητας της 27ης Ιανουαρίου 2014 (GB1401371.8), και με AVE, KL και ΜΒ ως εφευρέτες. TH είναι ο Διευθύνων Σύμβουλος και ο Pierre γραμμαρίου ο κύριος αναλυτής της DNAlytics, SA (Chemin du Κυκλοτρονικού 6, 1348 Louvain-la-Neuve, Βέλγιο). Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Κατά τη διάρκεια των δύο τελευταίων δεκαετιών, η ευρεία εφαρμογή του ειδικού προστατικού αντιγόνου του ορού (PSA) έχει οδηγήσει σε μια δραματική αύξηση στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη (PCA) [1]. Ωστόσο, πολλοί από τους όγκους PSA-διαγνωστεί κλινικά άνευ σημασίας. Μόνο το ένα τέταρτο περίπου των ασθενών με νέα διάγνωση προστάτη θεωρούνται ότι είναι σε υψηλό κίνδυνο ανάπτυξης θανατηφόρα ασθένεια, που εκδηλώνεται με κλινική αποτυχία (ΤΣ) και το θάνατο του καρκίνου που σχετίζονται με (ΟΚΑ) [2-4]. Σύμφωνα με την Ευρωπαϊκή Ένωση Ουρολογίας (EAU) και το Εθνικό Δίκτυο Comprehensive Cancer (NCCN) κατευθυντήριες γραμμές, αυτοί οι ασθενείς προστάτη υψηλού κινδύνου που ορίζεται από κλινικό στάδιο ≥T3a, μια βιοψία σκορ Gleason 8-10 ή /και σε επίπεδο PSA στον ορό & gt? 20 ng /ml [5,6]. Παρ ‘όλα αυτά, 62 έως 84% των ασθενών προστάτη υψηλού κινδύνου εμφανίσουν καρκίνο ειδική επιβίωση τουλάχιστον 15 έτη μετά από ριζική προστατεκτομή (RP), αποδεικνύοντας ότι δεν είναι όλοι οι ασθενείς σε αυτή την ομάδα έχουν φτωχή πρόγνωση [7]. Αυτή η ανομοιογενής κλινική έκβαση στην ομάδα υψηλού κινδύνου είναι πιθανώς εξηγείται από τη χρήση των μοντέλων διαστρωμάτωσης του κινδύνου που δεν λαμβάνουν υπόψη τις υποκείμενες (EPI) γενετικά και μοριακά χαρακτηριστικά του όγκου που καθορίζουν την παρουσία των μικρομεταστάσεων. Ως εκ τούτου, μία από τις κύριες προκλήσεις στη σύγχρονη έρευνα PCA είναι να εντοπίσει βιοδείκτες που βελτιώνουν την πρόβλεψη της ΚΙ και ΟΚΑ. Ένα καλύτερο χαρακτηρισμό των ασθενών με προστάτη υψηλού κινδύνου σε μοριακό επίπεδο θα πρέπει να επιτρέψει μια πιο εξατομικευμένη ιατρική, που ταιριάζουν ένταση θεραπεία για την επιθετικότητα της νόσου και αναμένεται πρόγνωση. Ωστόσο, μέχρι σήμερα δεν υπάρχει καθιερωμένη κλινική ένδειξη για τη χρήση εργαλείων μοριακής πρόβλεψη.

Είναι πλέον γνωστό ότι οι δύο μεταλλάξεις και επιγενετικές αλλαγές, ιδίως μεθυλίωση του DNA διαφορικό, παίζουν ρόλο στην καρκινογένεση [8]. μεθυλίωσης του DNA, η οποία εμφανίζεται κυρίως σε υπολείμματα κυτοσίνης σε ένα πλαίσιο αλληλουχία του CpG δινουκλεοτιδίων, λαμβάνει χώρα σε διαφορετικές περιοχές στο γονιδίωμα, δηλαδή σε προαγωγό CpG νησίδες (προαγωγός που συνδέεται CpG-πυκνές περιοχές), προαγωγό CpG νησίδα ακτές (περιοχή με χαμηλότερη CpG πυκνότητα σε κοντινή απόσταση από το νησί CpG), φορείς του γονιδίου και επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες [9]. Στον ενήλικα ανθρώπινο γονιδίωμα πιο CpGs είναι μεθυλιωμένα, με την εξαίρεση του προαγωγού CpG νησίδων και ακτές. Είναι γενικά αποδεκτό ότι PCa συνδέεται με μεταβολή από αυτά τα πρότυπα, που περιλαμβάνει γονιδίωμα κλίμακα υπομεθυλίωση καθώς προαγωγός-ειδικά υπερμεθυλίωση [8-12]. Μια παγκόσμια υπομεθυλίωση ανιχνεύεται σε πολλά γονιδιωματική τόπους, συμπεριλαμβανομένων επαναλαμβανόμενα στοιχεία και οι φορείς του γονιδίου, συμβάλλοντας στην γονιδιώματος αστάθεια και ψευδή μεταγραφική μυήσεις, αντίστοιχα. Ο υποστηρικτής σχετιζόμενη υπερμεθυλίωση σχετίζεται με γονιδιακή σίγηση και προωθεί PCa εξέλιξη από την αποσιώπηση γονιδίων καταστολής όγκων [8,13]. Στο προστάτη, έχουν διάφορα υπερμεθυλιωμένων γονίδια έχουν ταυτοποιηθεί, με το

GSTP1

είναι η πιο συχνά μεταβάλλεται και σπούδασε [13].

Με την παρούσα μελέτη, με στόχο να αναπτύξει μια αξιόπιστη ποσοτική δοκιμασία για την ταυτόχρονη καθορίζουν τα επίπεδα μεθυλίωσης υποστηρικτής της a priori επιλεγμένο PCA-συνδεδεμένα γονίδια

APC

,

CCND2

,

GSTP1

,

RaRb

και

PTGS2

, και να αξιολογήσει διαγνωστική και προγνωστική αξία τους για τους ασθενείς του προστάτη υψηλού κινδύνου [13].

Υλικά και Μέθοδοι

ασθενείς και δείγμα συλλογής

Οι ασθενείς με υψηλή -Κίνδυνος προστάτη επιλέχθηκαν σύμφωνα με τα κριτήρια που θεσπίζονται από την EAU και NCCN, δηλαδή ένα κλινικό στάδιο ≥T3a, μια βιοψία σκορ Gleason 8-10 ή /και τα επίπεδα PSA & gt? 20 ng /ml [5,6]. Φορμόλη σταθερό, έχει εμπεδωθεί με παραφίνη (FFPE) φυσιολογικό προστάτη και του προστάτη ιστοί ελήφθησαν από το Πανεπιστήμιο Leuven Νοσοκομεία (UHL, Leuven, Βέλγιο) και το Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο του Würzburg (UHW, Würzburg, Γερμανία). Στο UHL δείγματα ελήφθησαν από ασθενείς με καλοήθη υπερπλασία του προστάτη (ΚΥΠ, n = 42) ή υψηλού κινδύνου PCa (PCa2, n = 71). Δείγματα από ασθενείς PCa υψηλού κινδύνου ελήφθησαν επίσης από UHW (PCa1, n = 147). Προεγχειρητική σταδιοποίηση και στις δύο ομάδες περιλάμβανε δακτυλική εξέταση, ένα abdominopelvic-αξονική τομογραφία (CT) και σπινθηρογράφημα οστών. Εισαγωγική ορμονικές, ακτινοβολία ή χημειοθεραπεία ήταν κριτήριο αποκλεισμού. Στάσης και ταξινόμησης των δειγμάτων καρκίνου του προστάτη (ολόκληρα τμήματα mount, διαστήματα 4 mm) έγιναν σύμφωνα με το ΤΝΜ ταξινόμηση 2002 και το σύστημα ταξινόμησης Gleason, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [14]. Παρακολούθηση πραγματοποιήθηκε κάθε 3 μήνες για τα πρώτα 2 χρόνια μετά την επέμβαση, κάθε 6 μήνες στα επόμενα 3 χρόνια, και στη συνέχεια ετησίως. CF δηλώθηκε όταν είτε τοπική υποτροπή ή απομακρυσμένες μεταστάσεις είχαν ιστολογικά αποδεδειγμένη ή να επιβεβαιώνεται από CT ή το σπινθηρογράφημα των οστών. Οι κλινικο-παθολογική χαρακτηριστικά όλων των κοορτών περιγράφεται στον Πίνακα 1. Από τους ασθενείς του PCa1 και ομάδες PCa2, 84% και 21%, αντίστοιχα, που ελήφθη ανοσοενισχυτικό αγωγές (ραδιοθεραπεία ή /και ορμονική θεραπεία). Η μελέτη εγκρίθηκε από την Επιτροπή Ιατρικής Δεοντολογίας του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου του Leuven. Η τελευταία που χορηγείται άδεια για να εκτελέσετε αυτή την αναδρομική μελέτη χωρίς συγκατάθεση λόγω αρχειοθετούνται μόνο δείγματα προστάτη (αριστερά-πάνω από μπλοκ FFPE) χρησιμοποιήθηκαν. Όλα τα δείγματα αναλύθηκαν ανώνυμα.

Η

καλλιέργειας κυττάρων

Ανθρώπινο προστάτη PC-3 (CRL-1435, American Type Culture Collection (ATCC), Rockville, MD, USA), LNCaP ( ATCC,, ΗΤΒ-81) κυττάρων CRL-1740) και DU 145 (ATCC καλλιεργήθηκαν ως μονοστοιβάδες σε 50% Dulbecco τροποποιημένο μέσο Eagle (DMEM) και 50% του Ham F12, RPMI1640 και DMEM, αντίστοιχα, συμπληρωμένο με 10% ορό εμβρύου μόσχου . PZ-HPV-7 κύτταρα (ATCC, CRL-2221), μια αθανατοποιημένη κυτταρική σειρά που προέρχεται από φυσιολογικά ανθρώπινα κύτταρα προστάτη, καλλιεργήθηκαν σε μέσο ελεύθερο από κερατινοκύτταρα ορού συμπληρωμένο με 5 ng /ml ανθρώπινου ανασυνδυασμένου επιδερμικού αυξητικού παράγοντα και 0.05 mg /ml βόειας υπόφυσης εκχύλισμα. Η καλοήθης υπερπλασία του προστάτη κύτταρα ΒΡΗ-1 προσεφέρθησαν ευγενώς από τον καθηγητή J. Swinnen (KU Leuven, Βέλγιο) και διατηρήθηκαν σε μέσο RPMI 1640 συν 10%.

εκχύλιση του DNA στον ορό εμβρύου μόσχου [15] και όξινο θειώδες μετατροπή

Το πλήρες αίμα ανθρώπινο γονιδιακό DNA αγοράστηκε από Clontech Laboratories, Inc, Mountain View, CA, USA. Από κυτταρικές σειρές γονιδιωματικού DNA εκχυλίζεται με τη χρήση της GenElute θηλαστικών Γονιδιωματικό DNA Purification Kit (Sigma-Aldrich, St. Louis, ΜΟ, USA). Στην ομάδα ΒΡΗ, γενωμικό DNA εκχυλίστηκε από το σύνολο του τμήματος παραφίνη, χρησιμοποιώντας το κιτ WaxFreeTM DNA (TrimGen, Sparks, MD, USA). Και για τις δύο ομάδες του προστάτη, το μπλοκ FFPE με τη μεγαλύτερη περιοχή του όγκου ανακτήθηκε, και περιοχές με & gt? 90% καρκινικό ιστό, που περιλαμβάνει τόσο επιθηλιακών όγκων και όγκων που σχετίζονται με στρωματικά κύτταρα, σημαδεύτηκαν από την ίδια uro-παθολόγο και στη συνέχεια macrodissected. Απομόνωση γονιδιωματικού DNA πραγματοποιήθηκε μετά από μια τυπική διαδικασία φαινόλη-chlorophorm. Στη συνέχεια, γονιδιωματικό DNA (~ 500 ng) από κάθε δείγμα ήταν όξινο θειώδες μετατρέπεται χρησιμοποιώντας το κιτ μεθυλίωση EZ DNA (Zymo Research Corp., Orange, CA, USA) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή, και εκλούστηκε σε 25 μΙ H

2O .

Μεθυλίωση-ανεξάρτητο (MI) PCR και κλωνοποίηση

εκκινητές ΜΙ που περιέχει κατά μέγιστο μία θέση CpG κοντά στο 5 ‘άκρο σχεδιάστηκαν για να ενισχύσουν 100-200 ζευγών βάσεων (bp) θραύσματα γύρω η θέση έναρξης της μεταγραφής του

APC

,

CCND2

,

GSTP1

,

PTGS2

και

RaRb

(Πίνακας Α σε S1 αρχείου , Σχήμα Α στο S1 File). ΜΙ-PCR διεξήχθη όπως περιγράφηκε προηγουμένως [16]. Στη συνέχεια, ενισχυμένα θραύσματα κλωνοποιήθηκαν σε ικανά κύτταρα ϋΗ5α (Invitrogen Ltd, Paisley, Ηνωμένο Βασίλειο), χρησιμοποιώντας το Easy Vector System ρΟΕΜ-Τ (Promega Corporation, Madison, WI, USA) και περίπου 4 αποικίες επιλέχτηκαν τυχαία και αναλύθηκαν με καθορισμό αλληλουχίας διδεοξυνουκλεοτιδίων. Τα πλασμίδια με τα ενθέματα DNA που αντιστοιχεί στο πλήρως μεθυλιωμένα (που προέρχεται από LNCaP ή κύτταρα 3 PC-) περιοχές υποκινητή μετά διθειώδους μετατροπή ή μη μεθυλιωμένα (προέρχεται από ανθρώπινο ολικό αίμα), που συμβολίζεται τα πλασμίδια ρΜ και PU, αντίστοιχα, επιλέχθηκαν για περαιτέρω χρήση στην δεύτερο στάδιο της δοκιμασίας ποσοτικής multiplex μεθυλίωσης-ειδική PCR (QM-MSP) [16].

QM-MSP δοκιμασία

Μια δοκιμασία QM-MSP αναπτύχθηκε για την ποσοτικοποίηση της κατάσταση μεθυλίωσης του υποκινητή

APC

,

CCND2

,

GSTP1

,

PTGS2

και

RaRb

(εικόνα Α S1 αρχείου). Ένα λεπτομερές πρωτόκολλο περιγράφεται στο [15], και όλες οι ομάδες εκκινητών που ορίζονται στον πίνακα Α S1 αρχείου. Εν συντομία, στην πρώτη αντίδραση PCR ένα μίγμα επικυρωμένων γονιδίου-ειδικούς εκκινητές χρησιμοποιήθηκε για να συν-ενισχύσουν υποστηρικτές του

GSTP1

,

CCND2

,

RaRb

,

PTGS2

και

APC

γονίδια ανεξάρτητα από την κατάσταση μεθυλίωσης τους (σετ εκκινητών MI στον πίνακα Α S1 αρχείου). Για να εξασφαλιστεί ότι η QM-MSP μπορεί να χρησιμοποιηθεί με εξαιρετικά κατακερματισμένη DNA, το οποίο είναι συχνά προβληματική σε DNA που απομονώθηκε από FFPE ιστούς, τα multiplex εκκινητές σχεδιάστηκαν για την ενίσχυση θραυσμάτων PCR του ≈ 100-200 bp. Στη δεύτερη αντίδραση PCR, η απόλυτη ποσοτικοποίηση των μεθυλιωμένων και μη-μεθυλιωμένων DNA θραύσματα χωριστά εκτελείται για κάθε γονίδιο με τις επικυρωμένες ποσοτικούς μεθυλιωμένων και μη-μεθυλιωμένων ειδικών εκκινητών (MSP και USP εναρκτήρες σετ, αντίστοιχα, στον πίνακα Α S1 File, Σχήμα Β στο S1 Αρχείο). Τέλος, για να υπολογιστεί το ποσοστό% της μεθυλίωσης DNA η ποσότητα του συνολικού DNA προήλθε από το άθροισμα των μεθυλιωμένων και μη-μεθυλιωμένων DNA (U + Μ). Μόνο τα δείγματα που περιέχουν & gt? 3000 αντίγραφα του γονιδίου μετά από προ-ενίσχυσης έγιναν αποδεκτά για τον ποσοτικό προσδιορισμό, όπως περιγράφεται στο [16]. Η μεθυλίωση του

GSTP1

,

APC

και

CCND2

ήταν ποσοτικά κατά 147 και 70 δείγματα από την PCa1 και ομάδες PCa2, αντίστοιχα.

PTGS2

ήταν ποσοτικά κατά 147 και 66 δείγματα και

RaRb

σε 146 και 66 δείγματα από την PCa1 και PCa2 ομάδες, αντίστοιχα.

Η ανοσοϊστοχημεία

FFPE τμήματα ομάδα PCa2 βάφτηκαν σε BOND MAX Autostainer (Leica). Εν συντομία, ενσωματωμένες σε παραφίνη τομές αρχικά αποκηρωμένα, και ανάκτηση του αντιγόνου πραγματοποιήθηκε σε BOND διάλυμα επίτοπο ανάκτησης 1 (Leica). Mouse μονοκλωνικό 3F2 αντι-GSTP1 (1: 2000, 3369) και μονοκλωνικά αντι-ERG (1: 100, ab92513) αγοράστηκαν από την Cell Signaling Technology (Danvers, ΜΑ) και Abcam (Cambridge, UK), αντίστοιχα. Διαφάνειες αναλύθηκαν με οπτικό μικροσκόπιο, επανεξετάζονται και σκόραρε από uropathologist, σύμφωνα με τη μέθοδο του Allred [17]. Η βαθμολογία Allred είναι ένα ημι-ποσοτικό σύστημα που λαμβάνει υπόψη το ποσοστό των θετικών κυττάρων (κλίμακα 0-5) και την ένταση χρώσης (κλίμακα 0-3). Το ποσοστό και η ένταση βαθμολογία αθροίστηκαν για την απόκτηση του συνόλου των βαθμολογιών των 0, 2-8. Ένα σκορ 0-2 θεωρήθηκε ως αρνητικό, ενώ 3-8 ελήφθη ως θετική [17].

Η στατιστική ανάλυση

Η ομάδα BPH χρησιμοποιήθηκε για να καθοριστεί αρχικά επίπεδα μεθυλίωσης του DNA για όλους δείκτες μεθυλίωσης. Οι δέκτη-λειτουργίας-χαρακτηριστικών (ROC) την ανάλυση, την ευαισθησία, την ειδικότητα και θετική /αρνητική προγνωστική αξία προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας MedCalc για Windows, έκδοση 12.5 (MedCalc Λογισμικό, Οστάνδη, Βέλγιο). Η συσχέτιση μεταξύ μεθυλίωσης (ως συνεχής μεταβλητή) και κλινικο-παθολογικών παραμέτρων (Gleason σκοράρει και παθολογικές στάδιο), ERG και GSTP1 ανοσοκηλιδώσεις και το στρώμα περιεχομένου διερευνήθηκε με τη χρήση της U-test Mann-Whitney (για δύο κατηγορίες) ή τεστ Kruskal-Wallis ( για περισσότερο από δύο κατηγορίες). Fisher exact test χρησιμοποιείται για τη σύνδεση μεταξύ δύο κατηγορηματικές μεταβλητές. Συσχετίσεις μεταξύ μεθυλίωση των διαφορετικών γονιδίων υπολογίστηκαν με συντελεστή συσχέτισης του Pearson (

r

).

Κατηγοριοποίηση της μεθυλίωσης του DNA για τον κίνδυνο ταξινόμηση βασίστηκε σε μοντέλα Cox. Η λειτουργική σχέση μεταξύ της έκτασης της μεθυλίωσης του DNA και του χρόνου-to-εκδήλωση αποτελέσματα (CF) εξερευνήθηκε συγκρίνοντας μια γραμμική τάση για τετραγωνική και κυβική-splines με βάση τις λειτουργίες χρησιμοποιώντας το τεστ λόγου πιθανοφανειών [18]. Ένα ή δύο cut-off τιμές προσδιορίστηκαν σε περίπτωση μη γραμμικότητα. Η πρώτη τιμή αποκοπής προσδιορίστηκε λαμβάνοντας υπόψη όλες τις πιθανές dichotomizations, ενώ το δεύτερο καθορίστηκε με τον καθορισμό του πρώτου cut-off και λαμβάνοντας υπόψη όλες τις πιθανές trichotomizations. Τόσο το μοντέλο ταιριάζει (πιθανότητα) και του κλινικού αποτελέσματος ανά δεδομένων που ελήφθησαν υπόψη στην τελική επιλογή των εν λόγω τιμές cut-off.

Η διαφορά κινδύνου μεταξύ των ομάδων μεθυλίωση αναλύθηκε με μονομεταβλητά μοντέλα Cox και η δοκιμασία log-rank . Τα αποτελέσματα παρουσιάζονται με τη βοήθεια του δείκτη κινδύνου (HR) και τα διαστήματα εμπιστοσύνης 95% τους (CI), και με μια γραφική αναπαράσταση που παρέχονται με τη γραφική αναπαράσταση των εκτιμήσεων Kaplan-Meier. Η πολυπαραγοντική Cox αναλύσεις χρησιμοποιήθηκαν για να σχεδιάσουν κλινικο-παθολογική μοντέλα με και χωρίς τους δείκτες μεθυλίωσης. Η προγνωστική ακρίβεια των δύο μοντέλων αξιολογήθηκε μέσω της εκτίμησης Συμφωνία Πιθανότητα (CPE), η AUC-σαν δείκτη για το χρόνο-να-εκδήλωση δεδομένων, με τιμές μεταξύ 0,5 (χωρίς προγνωστική αξία) και 1 (τέλεια προγνωστική αξία) [19 ]. Για να διασφαλιστεί ότι η μετρούμενη CPE είναι αναπαραγώγιμη σε ασθενείς out-of-δείγματος, επαναλαμβανόμενη τυχαία υπο-δειγματοληψίας διασταυρούμενης επικύρωσης χρησιμοποιήθηκε. Η κατηγοριοποίηση της μεθυλίωσης του DNA που περιγράφονται παραπάνω και τα βάρη ενός μοντέλου Cox ήταν συντονισμένοι για τα σύνολα εκπαίδευσης και αξιολογείται σχετικά με τα αντίστοιχα σύνολα δοκιμών. Πραγματοποιήσαμε 200 τυχαία διασπάσεις της κλάσης σε 80% σύνολο εκπαίδευσης και το 20% σύνολο ελέγχου. Οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση SAS λογισμικού, έκδοση 9.2 για Windows (SAS Institute Inc., Cary, NC, USA).

P

-τιμές & lt?. 0.05 θεωρήθηκαν στατιστικά σημαντικές

Αποτελέσματα

Η μεθυλίωση των πέντε γονιδίων σήμανσης σε ανθρώπινες κυτταρικές προστάτη γραμμές και

ολικού αίματος

ζεύγη εκκινητών ειδικά για το γονίδιο σχεδιάστηκαν για να ενισχύσουν τα νησιά CpG στην περιοχή του υποκινητή του

GSTP1

,

APC

,

RaRb

,

CCND2

, και

PTGS2

, ανεξάρτητα από την κατάσταση μεθυλίωσης τους (Πίνακας Α σε S1 αρχείου). Η ενίσχυση αυτών των τόπων διεξήχθη σε μετατροπή γενωμικού DNA νάτριο-όξινο θειώδες απομονώθηκε από 5 ανθρώπινες κυτταρικές προστάτη γραμμές, συμπεριλαμβανομένων τριών PCa (LNCaP, PC-3 και DU 145) και δύο καλοήθεις (ΡΖ-ΗΡν-7 και ΒΡΗ-1) κυτταρικές γραμμές , και σε γενωμικό DNA που απομονώθηκε από ανθρώπινο ολικό αίμα από καρκίνο χωρίς πρόσωπο. αλληλούχιση όξινο θειώδες DNA αυτών των κλωνοποιημένων θραυσμάτων έδειξε ότι σχεδόν όλα τα δινουκλεοτίδια CpG μεθυλιώθηκαν σε PC-3 κυτταρικές γραμμές καρκίνου LNCaP και /ή, αλλά όχι σε καλοήθη κυτταρικές γραμμές και το αίμα (που απεικονίζεται στην εικόνα Α S1 αρχείων για

APC

). Στη συνέχεια, QM-MSP για τα πέντε επιλεγμένα γονίδια αναπτύχθηκε όπως περιγράφεται στο τμήμα υλικών και μεθόδων και εκτελούνται σε αυτούς τους έξι γονότυπους (Πίνακας 2). Όλα τα γονίδια εντελώς μεθυλιωμένη (≥99% μεθυλίωσης) στις ορμόνες ευαίσθητα κύτταρα LNCaP, σύμφωνα με τα δεδομένα διθειώδους αλληλούχιση μας και προηγούμενες μελέτες [20]. Στα ορμονοάντοχου κυτταρικές σειρές PC-3 και DU 145, τα επίπεδα μεθυλίωσης του DNA ήταν λιγότερο εμφανή, καθώς μόνο δύο γονίδια (

APC

και

PTGS2

) ήταν 100% μετουσιωμένο σε PC- 3 γραμμή, ενώ κανένα από τα γονίδια ήταν εντελώς μεθυλιωμένη στα κύτταρα DU 145. Η μεθυλίωση του DNA στα μη-κακοήθη γονότυπους, συμπεριλαμβανομένης της ΒΡΗ-1, PZ-HPV7 και ολικό αίμα, δεν ανιχνεύθηκε στο

GSTP1

,

RaRb

,

PTGS2

,

CCND2

, και

APC

γονιδιακούς τόπους, εκτός από

CCND2

στην ΚΥΠ-1, το οποίο ήταν 13% μετουσιωμένο.

Η

Καρκίνος συγκεκριμένες μεθυλίωση του DNA σε υψηλού κινδύνου προστάτη

στη συνέχεια, η μεθυλίωση υποστηρικτής του

APC

,

CCND2

,

GSTP1

,

PTGS2

και

RaRb

ποσοτικοποιήθηκε σε δείγματα ιστού FFPE προστάτη, χρησιμοποιώντας τη διαδικασία QM-MSP. Τα δείγματα προήλθαν από τη διουρηθρική εκτομή ή adenomectomy δείγματα των 42 ασθενών με καλοήθη υπερπλασία του προστάτη και τις ριζοσπαστικές δείγματα προστατεκτομή 218 ασθενείς με προστάτη υψηλού κινδύνου. Οι ασθενείς προστάτη αποτελείται από δύο ομάδες, ακόμη συμβολίζεται ως PCa1 ή κατάρτισης ομάδα (

n

= 147) και PCa2 ή επικύρωσης (

n

= 71) ομάδα. Στην ομάδα ΒΡΗ, το μέσο επίπεδο μεθυλίωσης αυτών των γονιδίων σήμανσης δεν υπερβαίνουν το 2% (Σχήμα 1, Πίνακας Β στο S1 File). Ωστόσο, ένα πολύ υψηλότερο βαθμό CpG μεθυλίωσης ανιχνεύθηκε για όλα τα γονίδια τόσο υψηλού κινδύνου PCa ομάδες, υποδεικνύοντας μια ειδική για τον καρκίνο μεθυλίωση των επιλεγμένων δεικτών (Εικόνα 1, Πίνακας Γ και Δ στο S1 File). Με μια τιμή αποκοπής μεθυλίωσης 1 ή 2%,

GSTP1

έδειξε την υψηλότερη ευαισθησία σε PCa1 (0,99) και PCa2 (0,97) ομάδες, σε μια ειδικότητα 1,00 για τις πέντε ενιαία δείκτες (Πίνακας Ε στο S1 αρχείου ). Άλλοι συνδυασμοί γονιδίων σήμανσης δεν βελτίωσε περαιτέρω την ευαισθησία, χωρίς να μειώνεται η ειδικότητα (Πίνακας Ε στο S1 αρχείου). Για να αξιολογηθεί περαιτέρω η ακρίβεια σε διακρίσεις PCa υψηλού κινδύνου από ΒΡΗ, ανάλυση δέκτης-λειτουργικού χαρακτηριστικά (ROC) για καθένα από τα μονά δεικτών διεξήχθη και η περιοχή κάτω από την καμπύλη (AUC) υπολογίστηκε (Σχήμα 1). Οι τιμές AUC κυμαίνονταν από 0,85 (

PTGS2

) έως 0,99 (

GSTP1

), επιβεβαιώνοντας τον καρκίνο ειδικά μεθυλίωση, με

GSTP1

μεθυλίωση ως το καλύτερο ταξινομητή.

Η μεθυλίωση του

RaRb

,

GSTP1

,

APC

,

CCND2

και

PTGS2

προσδιορίστηκε από QM-MSP σε ριζική προστατεκτομή δείγματα από 42 ασθενείς με καλοήθη υπερπλασία του προστάτη και από 147 (PCa1) και 71 (PCa2) ασθενείς με υψηλού κινδύνου του προστάτη. Τα δεδομένα παρουσιάζονται σε αγροτεμάχια dot για τα υποδεικνυόμενα γονίδια (Α-Ε, αριστερά διαγράμματα). επίπεδα μεθυλίωσης του κάθε γονιδίου σε κάθε κοόρτη PCa ήταν σημαντικά υψηλότερα από ό, τι στην ομάδα του ΒΡΗ, όπως καθορίζεται από το U-test Mann-Whitney (*, Ρ & lt? 0.001). Δέκτη-λειτουργίας-χαρακτηριστική ανάλυση (ROC) οι δείκτες μεθυλίωση να διακρίνει BHP από δείγματα υψηλού κινδύνου του καρκίνου του προστάτη (Α-Ε? Μεσαία, PCa1 και δεξιά, PCa2), χρησιμοποιώντας τα δεδομένα που εμφανίζονται στα διαγράμματα σημείων έγινε. Γκρι γραμμή, μέση? AUC, περιοχή κάτω από την καμπύλη.

Η

Η μεθυλίωση ετερογένεια σε υψηλού κινδύνου προστάτη

Το επίπεδο της μεθυλίωσης όλων των μεμονωμένων γονιδίων κυμαίνεται από 0% έως ~ 80%, γεγονός που υποδηλώνει μια τεράστια μεταξύ και ενδονεοπλασματική μοριακή ετερογένεια σε όγκους του προστάτη υψηλού κινδύνου (Σχήμα 1). Δεδομένου ότι το DNA εκχυλίστηκε από περιοχές με & gt? 90% καρκινικό ιστό, η οποία περιλαμβάνει και τις δύο όγκους επιθηλιακών και σχετίζονται με όγκους στρωματικά κύτταρα, έχουμε ημι-ποσοτικοποιείται το περιεχόμενο στρώμα των ιστών από την ομάδα PCa2 και ανέλυσε την συσχέτιση με το

GSTP1

μεθυλίωσης του DNA. Η περιεκτικότητα σε στρώμα κυμαινόταν από 10% έως 35% με δύο ακραίες τιμές των 40 και 60% (Πίνακας F σε S1 File). Είναι σημαντικό, δεν βρέθηκε συσχέτιση μεταξύ

GSTP1

μεθυλίωσης του DNA και το στρώμα περιεχομένου, όπως αναλύθηκε από Spearman (

P

-τιμή, 0.1550), Kruskal-Wallis και Fisher ακριβείς δοκιμές (πίνακας G στην S1 File), υποδεικνύοντας ότι η διαφορά στο περιεχόμενο στρώμα δεν είναι η βασική αιτία για την Inter και εντός του όγκου ετερογένεια της μεθυλίωσης DNA. Ως εκ τούτου, τα δεδομένα μας είναι σύμφωνες με την ιδέα ότι υπάρχει μια μεγάλη μεταξύ και εντός του όγκου ετερογένεια σε προστάτη υψηλού κινδύνου στο επίπεδο της μεθυλίωσης του DNA.

Είναι ενδιαφέρον ότι, με την κατάταξη των ασθενών της εκπαίδευσης και οι ομάδες επικύρωσης σύμφωνα με το επίπεδο μεθυλίωσης του

GSTP1

, το γονίδιο συχνότερα μεθυλιωμένα δείκτη, βρήκαμε ότι το επίπεδο μεθυλίωσης των άλλων 4 δείκτες ακολούθησαν γενικά το ίδιο μοτίβο και στις δύο ομάδες (σχήμα 2Α). Επιπλέον, διάγραμμα διασποράς αναλύσεων μεταξύ μεθυλίωση του

GSTP1

και τα άλλα γονίδια (Σχήμα 2Β και σχήμα C σε S1 αρχείου) αποκάλυψε ότι οι όγκοι που δεν μεθυλιώνεται σε

APC

,

CCND2

,

PTGS2

ή

RaRb

, συχνά μεθυλιωμένη στο

GSTP1

, με τα επίπεδα που κυμαίνονται από ~ 5-70%. Ωστόσο, αν οι όγκοι υπερμεθυλίωση στο

APC

,

CCND2

,

PTGS2

ή

RaRb

, ο βαθμός μεθυλίωσης τους ήταν γενικά ανάλογη με το

GSTP1

επίπεδα μεθυλίωσης. Τα ευρήματα αυτά επιβεβαιώθηκαν από τις πολύ σημαντικές θετικές Pearson συντελεστές συσχέτισης των επιπέδων μεθυλίωσης αυτών των δεικτών (

r

= 0,45 – 0,82?

P

& lt? 0.001? Πίνακα H στο S1 αρχείου). Λαμβανόμενα μαζί, αυτά τα δεδομένα δείχνουν ότι η μεθυλίωση των πέντε γονιδίων είναι μέτρια έως συσχετίζονται έντονα και πιθανότατα λαμβάνει χώρα στα ίδια κύτταρα.

Color κλίμακας αναπαράσταση της μεθυλίωσης του DNA σε όγκους από το PCa1 και ομάδες PCa2. (Α) Οι ασθενείς είχαν διαταχθεί σύμφωνα με το

GSTP1

αξία μεθυλίωση τους. Η% μεθυλίωση των άλλων γονιδίων 4 δείκτης παρουσιάζεται επίσης. Γκρι πλαίσια δείχνουν τις τιμές που λείπουν. (Β) οικόπεδα διασπορά της συσχέτισης μεταξύ

GSTP1

μεθυλίωση και

RaRb

μεθυλίωση σε PCa1 (αριστερό πάνελ) και PCa2 (δεξιά πλευρά) ομάδες

Η

Ανάδοχος. υπερμεθυλίωση έναντι κλινικο-παθολογικών παραμέτρων

οι συσχετίσεις μεταξύ της μεθυλίωσης του γονιδίου τόπους, η παθολογική στάδιο (pT), και το σκορ Gleason (GS) αξιολογήθηκαν σε δύο ομάδες ΣΕΣΣ. Κανένας από τους δείκτες έδειξαν μια σημαντική συσχέτιση με την Πορτογαλία, η οποία κατηγοριοποιούνται σε τέσσερις ομάδες (pT2, pT3a, pT3b και pT4). Για GS, τα δεδομένα χωρίστηκαν σε ομάδες των χαμηλών (GS2-6), το ενδιάμεσο (GS7) και υψηλού βαθμού (GS8-10). Τα διάμεσα επίπεδα μεθυλίωσης για αυτές τις ομάδες που δίνονται στον Πίνακα 3. Με βάση την Kruskal-Wallis και δοκιμασίες Mann-Whitney U, κανένας από τους δείκτες συσχετίστηκαν σε σημαντικό βαθμό με την GS και στις δύο ομάδες (Πίνακας 3 και Tabel Ι σε S1 File). Οι συγκρίσεις κατά ζεύγη των ομάδων GS αποκάλυψε ότι μόνο

PTGS2

μεθυλίωση ήταν σημαντικά αυξημένη σε GS8-10 και GS7, σε σύγκριση με GS2-6, σε PCa1 (Πίνακας Ι στο S1 File).

APC

και

RaRb

μεθυλιώσεις ήταν μόνο σημαντικά υψηλότερη σε GS7, σε σύγκριση με GS2-6, σε PCa2 (Πίνακας Ι S1 αρχείου).

Η

GSTP1

μεθυλίωση προβλέπει κλινική αποτυχία σε υψηλού κινδύνου ασθενείς προστάτη

στη συνέχεια, έχουμε διερευνήσει τη σχέση ανάμεσα στο βαθμό της μεθυλίωσης δείκτη και κλινική αποτυχία, χρησιμοποιώντας τα μοντέλα Cox [21]. Κλινική αποτυχία δηλώθηκε όταν είτε τοπική υποτροπή ή απομακρυσμένες μεταστάσεις είχαν ιστολογικά αποδεδειγμένη ή να επιβεβαιώνεται από CT ή των οστών σάρωσης. Καμία σημαντική γραμμική σχέση βρέθηκε μεταξύ κάθε ένα από τα πέντε γονίδια και CF. Δεδομένου ότι είναι καλά τεκμηριωμένο ότι βιοδείκτες, όταν εφαρμόζεται κλινικά, είναι συχνά διαχωρίστηκαν μεταξύ τους, χρησιμοποιήσαμε τα μοντέλα COX Για την επιλογή της βέλτιστης αποκοπές για καθένα από τα μονά δεικτών [22]. Μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική COX ανάλυση παλινδρόμησης έδειξε ότι η διχοτόμηση με βάση

CCND2

,

GSTP1

,

PTGS2

, ή

RaRb

μεθυλίωση ήταν μόνο συσχετίστηκε σημαντικά με κυστική ίνωση σε μία ομάδα, υποδεικνύοντας ότι είναι κλινικά άνευ σημασίας (Πίνακας J στο S1 αρχείου). Παρ ‘όλα αυτά, έχουμε παρατηρήσει ότι

GSTP1

μεθυλίωση ήταν σημαντική σχετίζονται με κυστική ίνωση στην PCa1 και PCa2 όταν χρησιμοποιήθηκαν διάφορες αποκοπές, δηλαδή, 15% και 50%, αντίστοιχα (Πίνακας J στο S1 αρχείου). Ως εκ τούτου, ερευνήσαμε την κλινική έκβαση των πολλαπλών

GSTP1

μεθυλίωση υποομάδες. Οι όγκοι υψηλού κινδύνου κατηγοριοποιήθηκαν σε τρεις ομάδες, με βάση το

GSTP1

επίπεδο μεθυλίωση, δηλαδή χαμηλή μεθυλίωση (LM, μεθυλίωση & lt? 15%), μέτρια μεθυλίωση (MM, μεθυλίωση 15-50%) και υψηλή μεθυλίωση (HM, μεθυλίωση & gt? 50%). Ασθενείς με είτε χαμηλή ή υψηλή μεθυλίωσης, σε σύγκριση με τις μέτριες ομάδες μεθυλίωση, ήταν σε σημαντικά υψηλότερο κίνδυνο για CF στην κοόρτη εκπαίδευση PCa1, όπως φαίνεται από μονοπαραγοντική ανάλυση παλινδρόμησης Cox (Πίνακας 4? HR, 2,96? 95% CI, 1,38 -6.36?

P

-τιμή 0.005). Αυτός ο αυξημένος κίνδυνος επικυρώθηκε στην ομάδα PCa2 (Πίνακας 4? HR, 3,34? 95% CI, 1,03 έως 10,89?

P

-τιμή 0,045), καθώς και η συνδυασμένη ομάδα (Πίνακας 4? HR, 2,59? 95% CI, 1,38 – 4,87?

P

-τιμή 0.003). Επιπλέον, μονοπαραγοντική ανάλυση παλινδρόμησης Cox της προεγχειρητικής PSA, GS και ρΤ αποκάλυψε ότι μόνο GS ήταν σημαντικός προγνωστικός για κλινική αποτυχία σε αμφότερες τις ομάδες (Πίνακας 4). Η προγνωστική δύναμη της GS σε αυτές τις ομάδες είναι σε συμφωνία με αρκετές προηγούμενες μελέτες [14,23,24].

Η

Για να υποστηρίξει περαιτέρω την ιδέα ότι trichotomization των ασθενών προστάτη υψηλού κινδύνου με βάση τους

GSTP1

επίπεδο μεθυλίωση βελτιώνει την πρόβλεψη της κλινικής έκβασης, οι πιθανότητες επιβίωσης για κάθε ομάδα εμφανίζεται χρησιμοποιώντας Kaplan-Meier οικόπεδα (Σχήμα 3). Αυτή η ανάλυση αποκάλυψε μια σημαντική διαχωρισμό στις καμπύλες τόσο στην εκπαίδευση (δοκιμασία log-rank,

P

-τιμή 0,014) και την επικύρωση (δοκιμασία log-rank,

P

της-τιμή 0.043) ομάδες καθώς και στη συνδυασμένη ομάδα (log-rank test,

P

-τιμή 0.006) (σχήμα 3Α, 3C και 3Ε). Μια σύγκριση της LM + ομάδες HM και το MM αποκάλυψε ότι περισσότεροι από τους μισούς από τους ασθενείς προστάτη υψηλού κινδύνου ταξινομήθηκαν στην υποομάδα MM και είχε μια πολύ καλύτερη CF επιβίωση χωρίς PCa1 (δοκιμασία log-rank,

P

-τιμή 0.007) και η συνδυασμένη ομάδα (δοκιμασία log-rank,

P

-τιμή 0,002). Ωστόσο, αυτή η διαφορά ήταν οριακή στην ομάδα PCa2 (δοκιμασία log-rank,

P

-τιμή 0.062).

Οι καμπύλες δείχνουν CF-free επιβίωση των ασθενών από το χαμηλό (LM, & lt ? 15%

GSTP1

μεθυλίωσης), μέτρια (ΜΜ, 15-50%

GSTP1

μεθυλίωση) και υψηλή (HM, & gt? 50%

GSTP1

μεθυλίωση) ομάδες σε PCa1 (Α), PCa2 (C) και PCa1 + 2 (Ε). Σύγκριση των CF-free επιβίωση μεταξύ των ομάδων HM ΜΜ και LM + σε PCa1 (Β), PCa2 (D) και PCa1 + 2 (F) παρουσιάζεται επίσης. CF, κλινική αποτυχία?

P

, δοκιμασία log-rank

P

-τιμή.

P

-τιμή, συνδεθείτε τεστ κατάταξης.

Η

Είναι σημαντικό, η trichotomized

GSTP1

μεθυλίωση αναδειχθεί ως ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης του ΤΣ, όταν ρυθμιστεί για την PT, τελική GS, προεγχειρητική επίπεδο PSA τόσο στην εκπαίδευση (Πίνακας 4? HR, 3,65? 95% CI, 1,65 – 8,07?

P

-τιμή 0.001) και οι ομάδες επικύρωσης (Πίνακας 4, HR, 4,27? 95% CI , 1,03 έως 17,72?

P

-τιμή 0,046), καθώς και στην κοινή ομάδα (Πίνακας 4? HR, 2,74? 95% CI, 1,42 – 5,27?

P

-τιμή 0,003 ). Μεταξύ των άλλων δοκιμάζονται μεταβλητές, μόνο η GS προέκυψε επίσης ως ανεξάρτητος προγνωστικός δείκτης της ΚΙ και στις δύο μονά και συνδυασμένα ομάδες. Έτσι, μεθυλίωση του DNA έχει προγνωστική ανεξάρτητη δύναμη της GS σε υψηλού κινδύνου του προστάτη.

Στη συνέχεια, συγκρίναμε την προγνωστική αξία του μοντέλου για το ΤΣ, συμπεριλαμβανομένων όλων των παραμέτρων κλινικο-παθολογικές, με και χωρίς trichotomized

GSTP1

μεθυλίωση, μέσω εκτιμήσεις Συμφωνία Πιθανότητα (CPEs) [19]. Τα μέτρα απόδοσης βελτιώθηκαν σημαντικά με την ένταξη των

GSTP1

μεθυλίωσης στο κλινικό μοντέλο και στις δύο ομάδες (Πίνακας 5). Έτσι, η ακρίβεια των μοντέλων πρόβλεψης για την κυστική ίνωση βασίζεται σε κλινικο-παθολογικές παράμετροι μπορούν να βελτιωθούν περαιτέρω με την ενσωμάτωση της trichotomized

GSTP1

μοντέλο μεθυλίωσης.

Η

Η μεθυλίωση καθοδηγούμενη κινδύνου διαστρωμάτωση των ασθενών με υψηλού κινδύνου προστάτη

Δεδομένου ότι η επιβίωση αναλύσεις έδειξαν ότι οι ασθενείς είτε με χαμηλά ή υψηλά επίπεδα

GSTP1

μεθυλίωση είναι σε υψηλότερο κίνδυνο για ΚΙ από εκείνους με μέτρια

GSTP1

επίπεδα μεθυλίωσης, θα διερευνηθεί το επίπεδο μεθυλίωσης του άλλου 4 δοκιμαστεί δείκτες σε αυτές τις υποομάδες. Πρώτον, στρωματοποιημένη τους ασθενείς της εκπαίδευσης, επικύρωσης και συνδυασμένες ομάδες σε τρεις ομάδες, δηλαδή χαμηλό (& lt? 15%), μέτρια (15% -50%) και υψηλή (& gt? 50%) μεθυλίωση, από την κατάταξη τους ανάλογα με η

GSTP1

επίπεδο μεθυλίωσης (Σχήμα 4Α). Όταν συνδυάζονται τα δεδομένα όλων των πέντε γονίδια δείκτες, οι διάμεσες τιμές μεθυλίωση στις ομάδες LM δεν υπερβαίνει το 6% και, εκτός από μερικές ακραίες τιμές, οι απόλυτες τιμές ήταν μικρότερες από 25% και στις δύο μονά και συνδυασμένα ομάδες (Εικόνα 4Β -4ϋ). Αυτό είναι σύμφωνο με τις υψηλές συντελεστές συσχετισμού Pearson (Πίνακας Η στο S1 File) και προτείνει ότι μόνο ένα μικρό ποσοστό των κυττάρων σε όγκους LM μεθυλιώθηκαν στα γονίδια δείκτες. Σε αντίθεση, οι διάμεσες τιμές της μεθυλίωσης των γονιδίων-δεικτών στις ομάδες MM /HM έφτασε το 18/45% (σύνολο εκπαίδευσης), 28/50% (σύνολο επικύρωσης) και 25/50% (σε συνδυασμό σύνολο), αντίστοιχα. 50%.