Αφηρημένο

Ιστορικό

Οι πρωτεϊνικές κινάσες αποτελούν βασικούς ρυθμιστές κυτταρικών διεργασιών (όπως πολλαπλασιασμό, την απόπτωση και την εισβολή), που συχνά απορυθμισμένη στους ανθρώπινους καρκίνους. Συνεπώς, κινάση γονίδια ήταν το πρώτο που πρέπει να αναλυθούν συστηματικά σε ανθρώπινους όγκους οδηγώντας στην ανακάλυψη ότι πολλά ογκογονίδια αντιστοιχούν σε μεταλλαγμένες κινάσες. Στις περισσότερες περιπτώσεις, οι γενετικές αλλοιώσεις μεταφράσει σε μόνιμα ενεργής κινάσης πρωτεϊνών, οι οποίες είναι επιδεκτικές θεραπευτικής στόχευσης. Οι όγκοι του παγκρέατος είναι επιθετικά νεοπλάσματα για τα οποία δεν αποτελεσματική θεραπευτική στρατηγική είναι προς το παρόν διαθέσιμο.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση DNA ακολουθίας ενός επιλεγμένου συνόλου των 35 γονιδίων κινάσης σε ένα πάνελ 52 του παγκρέατος νεοπλάσματα εξωκρινείς, συμπεριλαμβανομένων 36 παγκρεατικού πόρου αδενοκαρκίνωμα, και 16 λήκυθος του καρκίνου του Vater. Μεταξύ άλλων αλλαγών βρήκαμε σωματικές μεταλλάξεις στο

ATM

,

EGFR, EPHA3, ΕΡΗΒ2

, και

KIT

, κανένα από τα οποία περιγράφηκε προηγουμένως σε καρκίνους.

Συμπεράσματα /Σημασία

Αν και οι αλλαγές εντοπίζονται απαιτούν περαιτέρω πειραματική αξιολόγηση, ο εντοπισμός εντός καθορισμένων πρωτεΐνη τομείς δείχνει λειτουργική σημασία για τα περισσότερα από αυτά. Μερικά από τα μεταλλαγμένα γονίδια, συμπεριλαμβανομένων των κινασών τυροσίνης

EPHA3

και

ΕΡΗΒ2

, είναι σαφώς επιδεκτικά φαρμακολογική παρέμβαση και θα μπορούσαν να αντιπροσωπεύουν νέα θεραπευτικοί στόχοι για αυτούς τους καρκίνους ανίατη.

Citation : Corbo V, Ritelli R, Barbi S, Funel Ν, Campani D, Bardelli A, et al. (2010) Μεταλλακτική προφίλ των κινασών στα ανθρώπινα Όγκοι του παγκρέατος προέλευσης προσδιορίζει γονίδια του καρκίνου του Υποψηφίου σε πορογενές και Ληκύθου του Vater καρκινώματα. PLoS ONE 5 (9): e12653. doi: 10.1371 /journal.pone.0012653

Επιμέλεια: Hana Algul, Τεχνικό Πανεπιστήμιο του Μονάχου, Γερμανία

Ελήφθη: May 20, 2010? Αποδεκτές: 12 Αυγ του 2010? Δημοσιεύθηκε: 8η Σεπτεμβρίου, 2010

Copyright: © 2010 Corbo et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από Associazione Italiana Ricerca Cancro (AIRC, https://www.airc.it/), Fondazione CariParo (www.fondazionecariparo.it), Fondazione Monte dei Paschi di Siena (https://www.fondazionemps.it /)? Ιταλικό Υπουργείο Υγείας, Ρώμη, Ιταλία (https://www.salute.gov.it/)? Ευρωπαϊκής Κοινότητας ΠΠ VI πρόγραμμα επιχορήγησης PL018771 (MolDiagPaca, https://www.moldiagpaca.eu/). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

οι πρωτεϊνικές κινάσες αποτελούν βασικούς ρυθμιστές των διαφορετικών και πολύπλοκων κυτταρικών διεργασιών όπως εξέλιξη του κυτταρικού κύκλου, διαφοροποίηση, την απόπτωση και την εισβολή [1] – [4]. Το συμπλήρωμα της πρωτεϊνικής κινάσης (που ορίζονται ως «kinome») αντιπροσωπεύει ένα σημαντικό μέρος του ανθρώπινου γονιδιώματος, και πρόσφατα Manning

κ.ά.

. οργανωμένη το σε ένα δενδρόγραμμα που περιέχει εννέα ευρείες ομάδες γονιδίων [5]. Αλλοιώσεις στο γονίδιο της κινάσης μπορεί να οδηγήσει σε παρεκκλίνουσα δραστικότητα πρωτεΐνης, η οποία μπορεί να έχει ένα ρόλο στην έναρξη του καρκίνου και την εξέλιξη [6], [7]. Αυτές οι μεταβολές, συμπεριλαμβανομένων σημειακές μεταλλάξεις και διαγραφές σε συντηρημένες περιοχές, συχνά καταλήγουν σε ιδιοσυστατικά ενεργοποιημένα κινάσες, οι οποίες είναι εν δυνάμει θεραπευτικοί στόχοι για τη θεραπεία του καρκίνου. Πράγματι, υπάρχουν διάφοροι αναστολείς μικρού μορίου επί του παρόντος σε χρήση ή υπό αξιολόγηση σε κλινικές δοκιμές [8] – [10]. Μεταλλάξεις σε ένα γονίδιο της κινάσης μπορεί επίσης να οδηγήσει σε απενεργοποίηση του, όπως για γονίδια που εμπλέκονται στη διατήρηση της σταθερότητας γονιδιώματος [11], [12] ή τον έλεγχο της επικοινωνίας κυττάρου-κυττάρου [13]. Τα τελευταία χρόνια, εκτεταμένη ανάλυση αλληλουχίας των γονιδιωμάτων των όγκων και ιδιαίτερα οικογένειας γονιδίου κινάσης έχει διεξαχθεί σε διαφορετικές επιθηλιακών όγκων που οδηγεί στην αναγνώριση των διαφόρων σωματικών μεταλλάξεων [14] – [22]. Τα έργα αυτά δείχνουν ένα υποσύνολο των γονιδίων κινάσης με γνωστή ή πιθανή σχέση με την ανάπτυξη στερεών όγκων, καθώς εμφανίζουν σχετικά υψηλή συχνότητα μεταλλάξεων.

Για να προσδιοριστεί η παρουσία μεταλλάξεων σημαίνουσα ενδεχομένως ως θεραπευτικοί στόχοι, πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση του DNA-αλληλουχία ενός επιλεγμένου συνόλου γονιδίων κινάσης σε ένα πάνελ δύο διαφορετικών παγκρεατικών νεοπλάσματα, συμπεριλαμβανομένου του αδενοκαρκινώματος παγκρεατικού πόρου (PDAC) και λήκυθος του καρκίνου Vater (AVC). Για αυτούς τους τύπους όγκων δεν αποτελεσματικών θεραπευτικών παραγόντων είναι σήμερα διαθέσιμα [23], [24]. Για παράδειγμα, PDAC είναι εξαιρετικά επιθετική και ανθεκτικό σε συμβατικές και στοχευμένους θεραπευτικούς παράγοντες, με αποτέλεσμα μια μελαγχολική ποσοστό επιβίωσης 5 ετών 3% έως 5% [24]. Εδώ παρουσιάζουμε την μεταλλακτική προφίλ 35 γονιδίων που ανήκουν στις οικογένειες γονιδίων κινάσης σε PDAC και AVC. Συγκεκριμένα βρήκαμε μη συνώνυμες μεταλλάξεις στα γονίδια εξής:

ATM, BRAF, EGFR, EPHA3, ΕΡΗΒ2, erbB2, FGFR2, KIT

, και

PIK3CA

. Μεταξύ αυτών των αλλαγών, υπήρχαν τόσο καλά χαρακτηρίζεται μεταλλάξεις και οι μεταλλάξεις που επηρεάζουν αμινοξέων δεν βρέθηκε προηγουμένως να μεταλλαχθεί σε ανθρώπινους καρκίνους.

Υλικά και Μέθοδοι

Δήλωση Ηθικής

Όλη η έρευνα που αφορούν τα ανθρώπινα συμμετέχοντες εγκρίθηκε από το Πανεπιστήμιο και το Διοικητικό συμβούλιο Θεσμικών Νοσοκομείο Trust του. Λήφθηκε ενυπόγραφη συγκατάθεση εγγράφως από ζώντες ασθενείς ή συγγενείς για όλους τους ιστούς που χρησιμοποιούνται σε αυτή τη μελέτη.

Δείγματα

Η ομάδα των 52 του παγκρέατος δείγματα καρκίνου αποκτήθηκε από την τράπεζα όγκων που τηρείται από το Τμήμα παθολογία, τμήμα Ανατομικά παθολογίας, Πανεπιστήμιο της Βερόνα (Βερόνα, Ιταλία), εκτός για έξι δειγμάτων παγκρεατικού αδενοκαρκινώματος που παρέχονται από τον Δρ Ντανιέλα Campani (Πανεπιστήμιο της Πίζας). Τα δείγματα συλλέχθηκαν σύμφωνα με τις δεοντολογικές απαιτήσεις και τους κανονισμούς των διοικητικών συμβουλίων επανεξέταση τόσο του Πανεπιστημίου της Βερόνα (Βερόνα, Ιταλία) και το Πανεπιστήμιο της Πίζας (Πίζα, Ιταλία). Αυτή η ομάδα περιελάμβανε 36 PDAC και 16 AVC (βλ συμπληρωματικός Πίνακας S1 για λεπτομερείς κλινικές πληροφορίες των δειγμάτων του καρκίνου). Τα 23 PDAC όγκοι σε καλλιέργεια in vitro ως κυτταρικές σειρές ή σε γυμνά ποντίκια ως ξενομοσχεύματα για την απομάκρυνση μολυσματικών μη νεοπλασματικά κύτταρα [25]. Οι κυτταρικές σειρές συλλέχθηκαν μετά από ένα πολύ έξι

in vitro

περάσματα για την προετοιμασία νουκλεϊκών οξέων. Δεκατρείς δείγματα PDAC προηγουμένως περιγράφηκε ανθρώπινη παγκρεατική κυτταρικές γραμμές όγκου [26] (βλέπε συμπληρωματικός Πίνακας S2 για λεπτομέρειες). Δείγματα ιστού εκτιμάται ότι περιέχει περισσότερο από 80% των κυττάρων του όγκου χρησιμοποιήθηκαν. Γονιδιωματικό DNA απομονώθηκε χρησιμοποιώντας DNeasy αιμοποιητικού και κιτ Tissue (Qiagen, Μιλάνο, Ιταλία). Συμφωνήθηκε κανονική DNA χρησιμοποιήθηκε για να προσδιοριστεί αν οι μεταλλάξεις που εντοπίστηκαν ήταν σωματικά ή βλαστική. Αριθ συμφωνημένα φυσιολογικό δείγμα ήταν διαθέσιμο για τους 13 καθιερωμένες κυτταρικές γραμμές που περιλαμβάνονται στη μελέτη. Γονιδιακού DNA ήταν περισσότερο απομονωμένος μετά κρυοστάτη εμπλουτισμό από κατεψυγμένα ιστούς του πρωτογενούς PDAC να επιβεβαιώσει τις μεταλλάξεις τελικά προσδιορίζονται στις αντίστοιχες ξενομοσχεύτηκε όγκους.

Γονίδια, PCR και αλληλούχιση

Τριάντα-πέντε γονίδια που ανήκουν στην οικογένεια γονιδίων της πρωτεϊνικής κινάσης επιλέχθηκαν με βάση την υψηλή συχνότητα τους μεταλλάξεων σε ανθρώπινους καρκίνους του παγκρέατος, εκτός από όπως αξιολογείται σε προηγούμενες εργασίες [14] – [22]. Αυτά τα γονίδια ήταν:

ΑΚΤ2, ΑΤΜ, ATR, AURKC, BRAF, BRD2, DDR1, DYRK2, EGFR, EPHA3, EPHA5, EPHB6, ΕΡΗΒ2, erbB2, erbB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT1, FLT3, FRAP1 , ΚΟΚ, KIT, MAP2K4, ΚΟΑ, NTRK2, NTRK3, ΡΑΚ4, PDGFRA, PDPK1, PI3KCA, RPS6KC1, STK11, TGFBR2

. Εκκινητές για ενίσχυση και αλληλούχιση του DNA σχεδιάστηκαν χρησιμοποιώντας το πρόγραμμα Primer3 (https://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi) και αναφέρονται στο National Center for Biotechnology Information (NCBI, http: //www.ncbi.nlm.nih.gov) αλληλουχία αναφοράς αρχεία με το γονίδιο και Απομαγνητοφώνηση ID (REFSEQ) που παρέχονται στο συμπληρωματικό πίνακα S3. PCR εκκινητές σχεδιάστηκαν για να ενισχύσουν τις επιλεγμένες εξώνια και τις πλευρικές ιντρονικές αλληλουχίες, συμπεριλαμβανομένων ματίσματος δότη και δέκτη περιοχές. PCR προϊόντα ήταν ~ 400 bp σε μήκος, με πολλαπλά επικαλυπτόμενα προϊόντα επιμηκύνσεως για μεγαλύτερα εξώνια. Οι συνθήκες της PCR, καθαρισμό και την άμεση αλληλούχιση έχουν περιγραφεί προηγουμένως [14].

Ανάλυση δεδομένων

Οι διαφορές αλληλουχίας με την αλληλουχία αναφοράς NCBI ταυτοποιήθηκαν μέσω χειρονακτική επιθεώρηση των ευθυγραμμισμένων ηλεκτροφορήματα επικουρείται από την μετάλλαξη Surveyor πακέτο λογισμικού (SoftGenetics, State College, PA). Η γενετική αλλοίωση που εντοπίστηκαν διασταυρούμενη αναφορά στην παραλλαγή πληροφορίες από τη βάση δεδομένων NCBI SNP, η Browser Ensemble Γονιδιώματος (https://www.ensembl.org), το Swiss-Prot (https://ca.expasy.org) και GeneBank βάσεις δεδομένων https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank), η κοσμική βάση δεδομένων (https://www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic), και τη λογοτεχνία. Εκτός από την μη συνώνυμες γενετικές αλλαγές, ανιχνεύσαμε πολυάριθμες σιωπηρές παραλλαγές αλληλουχίας που αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το ASSP (https://www.es.embnet.org/~mwang/assp.html) εργαλείο ανάλυσης αλληλουχίας να αποκλείσει ότι κρυπτικό sites ματίσματα μπορεί να ενεργοποιηθεί. Αυτές οι σιωπηλές μεταλλάξεις δεν παρουσιάζονται και αναλύονται περαιτέρω εδώ. Όλα τα νέα δεδομένα ακολουθία έχει κατατεθεί στην GenBank.

Αποτελέσματα και Συζήτηση

Πραγματοποιήσαμε μια μετάλλαξης χαρακτηριστικών των 35 γονιδίων κινάσης σε μια ομάδα 36 PDAC, και 16 AVC, συμπεριλαμβανομένων των πρωτογενών όγκων, ξενομοσχεύματα και κυτταρικές σειρές. Για κάθε γονίδιο, όλα τα εξόνια στην οποία σωματική μετάλλαξη είχε προηγουμένως εντοπιστεί αναλύθηκαν. Εξόνιο ειδικοί εκκινητές σχεδιάστηκαν για να ενισχύσουν και αλληλουχία της περιοχής κωδικοποίησης, και τουλάχιστον 15 ιντρονική βάσεις τόσο στο 5 ‘και 3’ άκρα, συμπεριλαμβανομένου του δότη ματίσματος και θέσεις δέκτη. Ένα σύνολο 8.321 PCR προϊόντων, που εκτείνονται πάνω από 3 Mb του όγκου γενωμικού DNA, παράχθηκαν και υποβλήθηκαν σε άμεση αλληλούχιση. Από τους 147 εξώνια εξάγεται, το 92% επιπλωμένο ίχνη καλή σειρά (δηλαδή, πάνω από το 90% των βάσεων στην περιοχή-στόχο είχε Phred βαθμολογία (ορίζεται ως -10 [log

10 (ακατέργαστη ανά βάση σφάλματος)]) της τουλάχιστον 20 σε τουλάχιστον τα τρία τέταρτα των δειγμάτων που αναλύθηκαν), και ως εκ τούτου αναλύθηκαν ψάχνοντας για συγκεκριμένες μεταλλάξεις. Αλλαγές προηγουμένως περιγραφεί ως πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (SNPs) αποκλείστηκαν από περαιτέρω ανάλυση. Για να εξασφαλιστεί ότι οι τελικά παρατηρήθηκαν μεταλλάξεις δεν PCR ή αντικείμενα αλληλούχιση, αμπλικόνια ανεξάρτητα εκ νέου ενισχυμένου και την εκ νέου προσδιορισμό αλληλουχίας στα αντίστοιχα όγκους. Όλες οι αλλαγές επαλήθευσε resequenced παράλληλα με την συμφωνημένα κανονικό DNA, να γίνει διάκριση μεταξύ σωματικών μεταλλάξεων και SNPs που δεν περιγράφονται προηγουμένως.

Αυτή η προσέγγιση οδήγησε στην ταυτοποίηση του συνολικά 10 διαφορετικές μη συνώνυμες μεταλλάξεις (Πίνακας 1) . Μεταξύ αυτών των μεταλλάξεων, 9 ήταν εσφαλμένου νοήματος? μία ήταν μια μικρή εισαγωγή, ενώ δεν βρέθηκαν μεταλλάξεις στις θέσεις ματίσματος ή περιοχές UTR (Πίνακας 1).

Η

Όσον αφορά PDAC αναλύσαμε συνολικά 36 δείγματα, 13 εκ των οποίων ιδρύθηκαν κυττάρων γραμμές. Συνολικά 7 διαφορετικές νοηματικές μεταλλάξεις που επηρεάζουν τα ακόλουθα γονίδια βρέθηκαν:

BRAF, EGFR, EPHA3, ΕΡΗΒ2, FGFR2, KIT, PIK3CA

(Πίνακας 1). Από αυτές οι μεταλλάξεις

FGFR2

P582L

και

PIK3CA

H1047R εντοπίστηκαν σε κυτταρικές σειρές αδενοκαρκινώματος (ΡΤ45 και ΚΑΚ, αντίστοιχα) για τις οποίες δεν ταιριάζει κανονικό δείγμα ήταν διαθέσιμο. Ως εκ τούτου, η σωματική κατάσταση των μεταλλάξεων αυτών δεν ήταν δυνατόν να εξακριβωθεί. Η

PIK3CA

H1047R μετάλλαξη έχει προηγουμένως σχετίζονται με τον καρκίνο και εκτενώς χαρακτηρίζεται [27] – [30]. Αν και οι μεταλλάξεις του

FGFR2

έχουν προηγουμένως βρεθεί σε ανθρώπινους καρκίνους [16], [31], [32], δεν έχουν μεταλλάξεις αυτού του γονιδίου έχουν αναφερθεί ότι συνδέονται με καρκίνους του παγκρέατος μέχρι σήμερα. χαρακτηρισμός μας καθιερωμένων παγκρεατικού κυτταρικές γραμμές όγκου με την σχέση με τις γενετικές αλλοιώσεις σε αυτό το δυναμικό της οικογένειας στόχος του καρκίνου παρέχει τελικά κατάλληλα κυτταρικά συστήματα για την ερμηνεία των δεδομένων, την επικύρωση στόχου, καθώς και προκλινικά μοντέλα για την ανάπτυξη νέων στοχευμένων φαρμάκων κατά του καρκίνου.

BRAF

G464V έχει προηγουμένως σχετίζονται με τον καρκίνο και χαρακτηρίζεται [33]. Το εύρημα ενός

BRAF

μετάλλαξη στο PDAC είναι κάπως αναμενόμενο αφού συναφείς μονοπάτι της μεταβάλλεται σε όλα σχεδόν τα παγκρεατικά αδενοκαρκινώματα [34], αν και μεμονωμένα

BRAF

μεταλλάξεις είναι αρκετά σπάνιο σε αυτό το είδος της καρκίνο και γενικά εμφανίζονται σε όγκους που στερούνται

KRAS

μεταλλάξεις [35], [36]. Είναι ενδιαφέρον ότι η μετάλλαξη που βρήκαμε ήταν σε ομόζυγη κατάσταση (Σχήμα 1Β), η οποία δεν αναμένεται για μια πρωτεΐνη που δρα με κυρίαρχο τρόπο. Οι ίδιες παρανοηματική σωματικές μεταλλάξεις του

ΕΡΗΒ2

(D283H) βρέθηκαν σε δύο διαφορετικά PDAC δείγματα (Σχήμα 1Α), ένα από τα οποία εμφανίζεται επίσης μια παρερμηνεύσιμη μετάλλαξη στο

EPHA3

(K207N). Οι μεταλλάξεις που εντοπίστηκαν στο

BRAF

και

ΕΡΗΒ2

εκ νέου αναλύονται στις αντίστοιχες πρωτογενείς όγκους (Συμπληρωματική Εικόνα S1) για την περαιτέρω επιβεβαίωση της παρουσίας μεταλλάξεων και έτσι να αποκλείσει το ενδεχόμενο ότι οι γενετικές αλλοιώσεις θα μπορούσε να είναι η συνέπεια του μοσχεύματος σε γυμνούς ποντικούς. Ειδικότερα, η ανάλυση της αλληλουχίας του πρωτογενούς καρκίνου που αντιστοιχεί στο ξενομοσχεύματος 377 (Πίνακας 1) επιβεβαίωσε επίσης την ομόζυγη κατάσταση της μετάλλαξης που προσδιορίζονται στην

BRAF

γονίδιο. Οι υποδοχείς Eph αντιπροσωπεύουν το μεγαλύτερο υποοικογένεια του trans-μεμβράνης υποδοχείς κινάσης τυροσίνης και είναι πρωτεύοντα εμπλέκονται στη διαδικασία της κυτταρικής προσκόλλησης και της μετανάστευσης κατά την ανάπτυξη, ομοιοστασία και ασθένεια [13], [37]. Σε αυτή τη μελέτη, αναφέρουμε τα μεταλλάξεων προφίλ των τεσσάρων μελών της οικογένειας (

EPHA3

,

EPHA7

,

ΕΡΗΒ2

, και

EPHB6

), τα οποία έχουν βρεθεί συχνά μεταλλαγμένο ή σιγήσει σε προηγούμενη μελέτη σε ανθρώπινους καρκίνους [13]. Για παράδειγμα, οι μεταλλάξεις του ΕΡΗΒ2 που πιθανώς να οδηγήσει σε απώλεια της δραστικότητας έχουν βρεθεί σε ορθοκολικό καρκίνο του προστάτη και [38], [39], ενώ οι μεταλλάξεις σε

EPHA3

έχουν περιγραφεί σε μελάνωμα, του πνεύμονα και του παχέος εντέρου [14] – [16], [19]. Μέχρι στιγμής, δεν υπάρχουν μεταλλάξεις του

ΕΡΗΒ2

έχει αναφερθεί ότι σχετίζεται με τον καρκίνο του παγκρέατος. Διαφορετικά, μια πολύ πρόσφατη εργασία που αναλύονται σε βάθος τα γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες σε παγκρεατικά αδενοκαρκινώματα ανέφεραν την εμφάνιση ενός εσωνίου σημείο μετάλλαξης του

EPHA3

[34]. Οι μεταλλάξεις του

ΕΡΗΒ2

και

EPHA3

βρήκαμε στην παρούσα μελέτη εντοπισμένη στην εξελικτική διατηρημένη πλούσια σε Cys εξωκυτταρική περιοχή που πιστεύεται ότι εμπλέκονται στον καθορισμό της συγγένειας δέσμευσης προς τους συνδέτες τους, καθώς και η tetramerization των ενεργοποιημένων υποδοχέων [40]. Πράγματι, αυτές οι αμινοξύ αλλαγές (D283H και K207N) ενδέχεται να επηρεάσουν την δέσμευση των υποδοχέων για τους συνδέτες τους και επομένως πιθανά να διαταράξει την κανονική καταρράκτη σηματοδότησης. Επιπλέον, ολοένα και περισσότερες ενδείξεις υποδηλώνουν έναν ρόλο των ephrin συστήματος υποδοχέα /ephrin στην εισβολής στον καρκίνο καθώς και των δυνατοτήτων που παρουσιάζει ενδιαφέρον της για θεραπευτικούς στόχευση [41]. Μεταλλάξεις του EGFR (L815F) που επηρεάζουν τον τομέα κινάσης harbored σε μόνο ένα από τα δείγματα PDAC σύμφωνα με την χαμηλή επίπτωση EGFR σωματικών αλλοιώσεων που βρέθηκαν στον καρκίνο του παγκρέατος από άλλους [42], [43]. Τέλος, αναφέρουμε για πρώτη φορά μια σωματική μετάλλαξη στην περιοχή κινάσης του ΚΙΤ (R740K) στον καρκίνο PDAC.

KIT

, που ορίζεται επίσης ως

CD117

, επηρεάζεται συχνά με την ενεργοποίηση μεταλλάξεων σε στρωματικά όγκους γαστρο-εντερικές [44], [45], έτσι που αντιπροσωπεύει ένα λογικό θεραπευτικό στόχο για αυτή την κακοήθεια [46 ]. Αν και αρκετές μελέτες προτείνουν μια εμπλοκή του ΚΙΤ σε παγκρεατικά καρκινογένεση, δεν σωματικές μεταλλάξεις έχουν βρεθεί προηγουμένως [47] – [49]

μεσαία

, χρωματογράφημα της αλληλουχίας ενός δείγματος όγκου.?

πάνω

, χρωματογράφημα της αντιστοιχισμένης φυσιολογικό. Τα βέλη δείχνουν τη θέση της μετάλλαξης απουσίας. Αριθμός πάνω από τα ίχνη αλληλουχία είναι μέρος της εξόδου του λογισμικού. Η αρίθμηση των νουκλεοτιδίων χρησιμοποιεί το Α της θέσης έναρξης της έναρξης μετάφρασης ATG ως νουκλεοτίδιο 1, με βάση τις αλληλουχίες αναφοράς που παρέχεται στο συμπληρωματικό πίνακα S3. Α, μετάλλαξη στο PDAC? Β, μετάλλαξη στο PDAC? C, η μετάλλαξη σε AVC.

Συντομογραφίες:.

G, γονιδιωματικής αλληλουχίας? π., ακολουθία πρωτεϊνών.

Η

Όσον αφορά AVC αναλύσαμε συνολικά 16 δείγματα, συμπεριλαμβανομένων 15 πρωτογενείς όγκους και μία κυτταρική σειρά. Βρήκαμε ένα σύνολο τεσσάρων διαφορετικών σωματικών μεταλλάξεων, των οποίων οι τρεις ήταν εσφαλμένου νοήματος και μια ήταν μια μικρή εισαγωγή, που επηρεάζουν τα ακόλουθα γονίδια (Πίνακας 1):

ATM, EGFR, EPHA3

, και

ΕΚΒΒ2

. Η σωματική μετάλλαξη

ΕΚΒΒ2

V777L έχει προηγουμένως βρεθεί σε καρκίνους του ανθρώπου [50], [51]. Επιπλέον, μια προσεκτική ανάλυση των

ERBB2

αλληλουχία ηλεκτροφορησιογράφημα έδειξε ότι η κορυφή που αντιστοιχεί στη μετάλλαξη ήταν ασήμαντος συγκριτικά με τον άγριο τύπο αντίστοιχό του (Σχήμα 1 C). Αυτό υποδεικνύουν την εμφάνιση αυτής της παραλλαγής μόνο σε ένα υποπληθυσμό καρκινικών κυττάρων από τα δείγματα. Ένα από τα πιο ενδιαφέροντα μεταβολές βρήκαμε ήταν η παρεμβολή που συμβαίνουν στο εξόνιο 22 του EGFR που οδηγεί σε ένα πρόωρο κωδικόνιο τερματισμού στις αμινοξύ 896 μέσα στην καταλυτική περιοχή της πρωτεΐνης. Αυτή η μετάλλαξη, ωστόσο χρειάζεται περαιτέρω αξιολόγηση για να καθοριστεί λειτουργική σημασία της. Είναι ενδιαφέρον, το

EPHA3

μετάλλαξη K207N έχει επίσης ανιχνευθεί σε ένα δείγμα PDAC. Αυτό ενδεχομένως να υποδηλώνει μια μερική αλληλοεπικάλυψη φάσμα της γενετικής τροποποίησης που διέπουν αυτές τις διαφορετικές παγκρέατος υποτύπων καρκίνου εκτός αν αυτές είναι οι μεταλλάξεις που συμβαίνουν κατά τύχη.

Εν κατακλείδι, στην παρούσα μελέτη εντοπίστηκαν 10 διαφορετικές μεταλλάξεις που επηρεάζουν 9 γονιδίων κινάσης σε πορογενές αδενοκαρκίνωμα του παγκρέατος και λήκυθο των καρκίνων Vater. Δεν οριστική μορφή σωματικών μεταλλάξεων προσδιορίστηκε για κάθε τύπους όγκων και μόνο μία αλλαγή (

EPHA3

K207N) έδειξε επικάλυψη μεταξύ των τύπων όγκων που αναλύθηκαν. Σε συμφωνία με τα αποτελέσματα από προηγούμενες μελέτες παρατηρήσαμε μία χαμηλή συχνότητα ειδικών σωματικών μεταλλάξεων σε γονίδια κινάσης [15], [16], [18] – [22], [34]. Εκτός από το

FGFR2

και

PIK3CA

μεταλλάξεις που επηρεάζονται ανθρώπινες κυτταρικές γραμμές όγκου, οι υπόλοιποι 8 μεταλλάξεις βρέθηκαν σε δείγματα που προέρχονται από πρωτοπαθείς όγκους και ήταν σωματικά προέλευσης όπως εκτιμάται από την ανάλυση αλληλουχίας του συμφωνημένα κανονικό DNA (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Όσον αφορά PDAC πρόσφατα Jones

et al.

Πραγματοποιηθεί μια ολοκληρωμένη γενετική ανάλυση που οδηγεί στην αναγνώριση ενός καθορισμένου συνόλου των οδών μερικώς επικαλυπτόμενα σηματοδότησης που είχαν μεταβληθεί, παρά το γεγονός ότι οι αλλαγές που επηρεάζουν το μεμονωμένο συστατικό ποικίλλει σημαντικά μεταξύ των επιμέρους όγκους [34]. Πράγματι, κανένα από τα σωματικών μεταλλάξεων περιγράφεται από τον Jones

κ.ά.

βρέθηκαν σε αναλύσεις και αντίστροφα μας. έτσι τα προηγούμενα αποτελέσματά μας και δείχνουν ότι μια βαθιά γενετική ανάλυση για κάθε γονίδιο θα μπορούσε να πραγματοποιηθεί σε μια μεγάλη σειρά παγκρεατικού πόρου αδενοκαρκίνωμα δειγμάτων για να διαλευκάνουν τη συμβολή ενός ειδικού γονιδίου σε παγκρεατικά ογκογένεση.

Τέλος, κανένα από τα αλλοιώσεις βρήκαμε σε πρωτογενείς όγκους είχαν προηγουμένως περιγραφεί σε καρκίνους. Αυτές οι αλλαγές απαιτούν περαιτέρω πειραματική αξιολόγηση για να καθορίσει λειτουργική σχέση τους και σε ορισμένες περιπτώσεις μπορεί να αποδειχθεί ότι αντιπροσωπεύουν επιβατών παρά τις μεταλλάξεις οδηγού. Από την άλλη πλευρά, ο εντοπισμός εντός καθορισμένων περιοχών πρωτεΐνη υποδεικνύει λειτουργική συνάφεια των περισσότερων από τις γενετικές αλλοιώσεις εντοπίζονται. Επιπλέον, οι μεταλλάξεις επηρεάζουν τα γονίδια που είναι δυνητικά σχετικές ως στόχο φαρμακολογική παρέμβαση για αυτούς τους τύπους καρκίνου. Είναι η περίπτωση των πιο ελπιδοφόρες αλλαγές βρήκαμε επηρεάζουν το

EPHA3

και

ΕΡΗΒ2

γονίδια σε αδενοκαρκίνωμα του παγκρέατος και δείγματα AVC, θεωρώντας αναδυόμενο ρόλο τους ως ελκυστικό θεραπευτικό στόχο για τον καρκίνο [41].

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Παραδείγματα σωματικών μεταλλάξεων που προσδιορίζονται στην πρωτογενή δείγματα PDAC. Τα χρωματογράμματα αναφέρονται στην ακολουθία των δειγμάτων όγκου. Α, ομόζυγη μετάλλαξη στο γονίδιο BRAF (g.143148 G & gt? T, p.G464V). Β, ετερόζυγη μετάλλαξη στο ΕΡΗΒ2 (g.152108 G & gt? C, p.D283H). Τα βέλη δείχνουν τη θέση της μετάλλαξης απουσίας. Οι αριθμοί πάνω από τα ίχνη αλληλουχία είναι μέρος της εξόδου του λογισμικού. Η αρίθμηση των νουκλεοτιδίων χρησιμοποιεί το Α της θέσης έναρξης της έναρξης της μετάφρασης ATG ως νουκλεοτίδιο +1, με βάση τις αλληλουχίες αναφοράς που προβλέπονται στο συμπληρωματικό πίνακα S3

doi:. 10.1371 /journal.pone.0012653.s001

(1.35 MB ΔΕΘ)

Πίνακας S1.

κλινικές πληροφορίες σχετικά με τους όγκους του παγκρέατος που περιλαμβάνονται στη μελέτη

doi:. 10.1371 /journal.pone.0012653.s002

(0,06 MB DOC)

Πίνακας S2. κυτταρικές σειρές όγκων

του παγκρέατος που περιλαμβάνονται σε αυτή τη μελέτη

doi:. 10.1371 /journal.pone.0012653.s003

(0,03 MB DOC)

Πίνακα S3.

γονίδια πρωτεϊνών κινάσης και εκκινητές που χρησιμοποιήθηκαν για ενίσχυση PCR και αλληλούχιση

DOI:. 10.1371 /journal.pone.0012653.s004

(0,24 MB DOC)